source: trunk/GSASII.py @ 52

Last change on this file since 52 was 52, checked in by vondreel, 12 years ago

add help & status bar messages in various places
begin setup for saving integration results as 1-D
powder patterns

File size: 50.1 KB
Line 
1#GSASII
2
3import os.path as ospath
4import sys
5import math
6import cPickle
7import time
8import copy
9import numpy as np
10import wx
11import matplotlib as mpl
12
13# load the GSAS routines
14import GSASIIIO as G2IO
15import GSASIIcomp as G2cmp
16import GSASIIgrid as G2gd
17import GSASIIplot as G2plt
18
19# print versions
20print "Available python module versions for pyGSASII:"
21print "python:     ",sys.version[:5]
22print "wxpython:   ",wx.__version__
23print "matplotlib: ",mpl.__version__
24print "numpy:      ",np.__version__
25
26__version__ = '0.1.3'
27
28# useful degree trig functions
29sind = lambda x: math.sin(x*math.pi/180.)
30cosd = lambda x: math.cos(x*math.pi/180.)
31tand = lambda x: math.tan(x*math.pi/180.)
32asind = lambda x: 180.*math.asin(x)/math.pi
33acosd = lambda x: 180.*math.acos(x)/math.pi
34atan2d = lambda x,y: 180.*math.atan2(y,x)/math.pi
35
36def create(parent):
37    return GSASII(parent)
38
39[wxID_GSASII, wxID_GSASIIPATTERNTREE, wxID_GSASIIDATA, wxID_GSASIIPICKGRID,
40] = [wx.NewId() for _init_ctrls in range(4)]
41
42[wxID_GSASIIFILECLOSE, wxID_GSASIIFILEEXIT, wxID_GSASIIFILEOPEN, 
43 wxID_GSASIIFILESAVE, wxID_GSASIIFILESAVEAS, wxID_GSASIIUNDO, 
44] = [wx.NewId() for _init_coll_File_Items in range(6)]
45
46[wxID_GSASIIPWDRREAD,wxID_GSASIISNGLREAD,wxID_GSASIIADDPHASE,wxID_GSASIIDELETEPHASE,
47 wxID_GSASIIDATADELETE,wxID_GSASIIREADPEAKS,wxID_GSASIIPWDSUM,wxID_GSASIIIMGREAD,
48 wxID_GSASIIIMSUM,
49] = [wx.NewId() for _init_coll_Data_Items in range(9)]
50
51[wxID_GSASIIIMPORT, wxID_GSASIIIMPORTPATTERN, wxID_GSASIIIMPORTHKL, wxID_GSASIIIMPORTPHASE,
52wxID_GSASIIIMPORTCIF, wxID_GSASIIIMPORTPDB, 
53] = [wx.NewId() for _init_coll_Import_Items in range(6)]
54
55[wxID_GSAIIEXPORT, wxID_GSASIIEXPORTPATTERN, wxID_GSASIIEXPORTHKL, wxID_GSASIIEXPORTPHASE,
56wxID_GSASIIEXPORTCIF, wxID_GSASIIEXPORTPEAKLIST
57] = [wx.NewId() for _init_coll_Export_Items in range(6)]
58
59[wxID_GSASIIHELPABOUT, wxID_GSASIIHELPHELP, 
60] = [wx.NewId() for _init_coll_Help_Items in range(2)]
61
62class GSASII(wx.Frame):
63   
64    def _init_coll_GSASIIMenu_Menus(self, parent):
65        parent.Append(menu=self.File, title='File')
66        parent.Append(menu=self.Data, title='Data')
67        parent.Append(menu=self.Calculate, title='Calculate')
68        parent.Append(menu=self.Import, title='Import')
69        parent.Append(menu=self.Export, title='Export')
70        parent.Append(menu=self.Help, title='Help')
71
72    def _init_coll_File_Items(self, parent):
73        parent.Append(help='Open a gsasii project file (*.gpx)', id=wxID_GSASIIFILEOPEN,
74             kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Open project')
75        parent.Append(help='SAve project to old file', id=wxID_GSASIIFILESAVE, 
76            kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Save project')
77        parent.Append(help='Save project to new file', id=wxID_GSASIIFILESAVEAS, 
78            kind=wx.ITEM_NORMAL,text='SaveAs')
79        parent.Append(help='Close project, saving is optional', id=wxID_GSASIIFILECLOSE, 
80            kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Close project')
81        parent.Append(help='Exit from gsasii', id=wxID_GSASIIFILEEXIT, kind=wx.ITEM_NORMAL,
82            text='Exit')
83        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnFileOpenMenu, id=wxID_GSASIIFILEOPEN)
84        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnFileSaveMenu, id=wxID_GSASIIFILESAVE)
85        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnFileSaveasMenu, id=wxID_GSASIIFILESAVEAS)
86        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnFileCloseMenu, id=wxID_GSASIIFILECLOSE)
87        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnFileExitMenu, id=wxID_GSASIIFILEEXIT)
88       
89    def _init_coll_Data_Items(self,parent):
90        parent.Append(help='', id=wxID_GSASIIPWDRREAD, kind=wx.ITEM_NORMAL,
91            text='Read powder data')
92        parent.Append(help='',id=wxID_GSASIIIMGREAD, kind=wx.ITEM_NORMAL,
93            text='Read image data')
94        parent.Append(help='',id=wxID_GSASIIREADPEAKS, kind=wx.ITEM_NORMAL,
95            text='Read Powder Pattern Peaks')
96        parent.Append(help='', id=wxID_GSASIISNGLREAD, kind=wx.ITEM_NORMAL,
97            text='Read single crystal data')
98        parent.Append(help='', id=wxID_GSASIIPWDSUM, kind=wx.ITEM_NORMAL,
99            text='Sum powder data')
100        parent.Append(help='',id=wxID_GSASIIIMSUM, kind=wx.ITEM_NORMAL,
101            text='Sum image data')
102        parent.Append(help='', id=wxID_GSASIIADDPHASE, kind=wx.ITEM_NORMAL,
103            text='Add phase')
104        parent.Append(help='', id=wxID_GSASIIDELETEPHASE, kind=wx.ITEM_NORMAL,
105            text='Delete phase')
106        parent.Append(help='', id=wxID_GSASIIDATADELETE, kind=wx.ITEM_NORMAL,
107            text='Delete data')
108        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnPwdrReadMenu, id=wxID_GSASIIPWDRREAD)
109        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnPwdrSumMenu, id=wxID_GSASIIPWDSUM)
110        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnReadPowderPeaks, id=wxID_GSASIIREADPEAKS)
111        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnImageRead, id=wxID_GSASIIIMGREAD)
112        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnImageSum, id=wxID_GSASIIIMSUM)
113        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnSnglReadMenu, id=wxID_GSASIISNGLREAD)
114        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnAddPhase, id=wxID_GSASIIADDPHASE)
115        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnDeletePhase, id=wxID_GSASIIDELETEPHASE)
116        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnDataDeleteMenu, id=wxID_GSASIIDATADELETE)
117               
118    def _init_coll_Calculate_Items(self,parent):
119        self.UnDo = parent.Append(help='', id=wxID_GSASIIUNDO, kind=wx.ITEM_NORMAL,
120            text='UnDo')
121        self.UnDo.Enable(False)
122        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnUnDo, id=wxID_GSASIIUNDO)
123       
124    def _init_coll_Import_Items(self,parent):
125        self.ImportPhase = parent.Append(help='Import phase data from GSAS EXP file',
126            id=wxID_GSASIIIMPORTPHASE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Import GSAS EXP Phase')
127        self.ImportPDB = parent.Append(help='Import phase data from PDB file',
128            id=wxID_GSASIIIMPORTPDB, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Import PDB Phase')
129        self.ImportPattern = parent.Append(help='',id=wxID_GSASIIIMPORTPATTERN, kind=wx.ITEM_NORMAL,
130            text='Import Powder Pattern')
131        self.ImportHKL = parent.Append(help='',id=wxID_GSASIIIMPORTHKL, kind=wx.ITEM_NORMAL,
132            text='Import HKLs')
133        self.ImportCIF = parent.Append(help='',id=wxID_GSASIIIMPORTCIF, kind=wx.ITEM_NORMAL,
134            text='Import CIF')
135        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnImportPhase, id=wxID_GSASIIIMPORTPHASE)
136        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnImportPDB, id=wxID_GSASIIIMPORTPDB)
137        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnImportPattern, id=wxID_GSASIIIMPORTPATTERN)
138        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnImportHKL, id=wxID_GSASIIIMPORTHKL)
139        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnImportCIF, id=wxID_GSASIIIMPORTCIF)
140
141    def _init_coll_Export_Items(self,parent):
142        self.ExportPattern = parent.Append(help='',id=wxID_GSASIIEXPORTPATTERN, kind=wx.ITEM_NORMAL,
143            text='Export Powder Pattern')
144        self.ExportPeakList = parent.Append(help='',id=wxID_GSASIIEXPORTPEAKLIST, kind=wx.ITEM_NORMAL,
145            text='Export All Peak Lists')
146        self.ExportHKL = parent.Append(help='',id=wxID_GSASIIEXPORTHKL, kind=wx.ITEM_NORMAL,
147            text='Export HKLs')
148        self.ExportPhase = parent.Append(help='',id=wxID_GSASIIEXPORTPHASE, kind=wx.ITEM_NORMAL,
149            text='Export Phase')
150        self.ExportCIF = parent.Append(help='',id=wxID_GSASIIEXPORTCIF, kind=wx.ITEM_NORMAL,
151            text='Export CIF')
152        self.ExportPattern.Enable(False)
153        self.ExportPeakList.Enable(True)
154        self.ExportHKL.Enable(False)
155        self.ExportPhase.Enable(False)
156        self.ExportCIF.Enable(False)
157        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnExportPattern, id=wxID_GSASIIEXPORTPATTERN)
158        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnExportPeakList, id=wxID_GSASIIEXPORTPEAKLIST)
159        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnExportHKL, id=wxID_GSASIIEXPORTHKL)
160        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnExportPhase, id=wxID_GSASIIEXPORTPHASE)
161        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnExportCIF, id=wxID_GSASIIEXPORTCIF)
162               
163    def _init_coll_Help_Items(self, parent):
164        parent.Append(help='', id=wxID_GSASIIHELPHELP, kind=wx.ITEM_NORMAL,
165            text='Help')
166        parent.Append(help='', id=wxID_GSASIIHELPABOUT, kind=wx.ITEM_NORMAL,
167            text='About')
168        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnHelpHelpMenu, id=wxID_GSASIIHELPHELP)
169        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnHelpAboutMenu, id=wxID_GSASIIHELPABOUT)
170
171    def _init_utils(self):
172        self.GSASIIMenu = wx.MenuBar()
173        self.File = wx.Menu(title='')
174        self.Data = wx.Menu(title='')       
175        self.Calculate = wx.Menu(title='')       
176        self.Import = wx.Menu(title='')       
177        self.Export = wx.Menu(title='')       
178        self.Help = wx.Menu(title='')
179
180        self._init_coll_GSASIIMenu_Menus(self.GSASIIMenu)
181        self._init_coll_File_Items(self.File)
182        self._init_coll_Data_Items(self.Data)
183        self._init_coll_Calculate_Items(self.Calculate)
184        self._init_coll_Import_Items(self.Import)
185        self._init_coll_Export_Items(self.Export)
186        self._init_coll_Help_Items(self.Help)
187       
188    def _init_ctrls(self, parent):
189        wx.Frame.__init__(self, id=wxID_GSASII, name='GSASII', parent=parent,
190            size=wx.Size(300, 250),style=wx.DEFAULT_FRAME_STYLE, title='GSAS-II')
191        screenSize = wx.DisplaySize()
192        Size = self.GetSize()
193        xPos = screenSize[0]-Size[0]
194        self.SetPosition(wx.Point(xPos,0))
195        self._init_utils()
196        self.SetMenuBar(self.GSASIIMenu)
197        self.Bind(wx.EVT_SIZE, self.OnSize)
198        self.CreateStatusBar()
199        self.mainPanel = wx.Panel(self,-1)
200       
201        self.PatternTree = wx.TreeCtrl(id=wxID_GSASIIPATTERNTREE,
202            parent=self.mainPanel, pos=wx.Point(0, 0),style=wx.TR_DEFAULT_STYLE )
203        self.PatternTree.Bind(wx.EVT_TREE_SEL_CHANGED,
204            self.OnPatternTreeSelChanged, id=wxID_GSASIIPATTERNTREE)
205        self.PatternTree.Bind(wx.EVT_TREE_ITEM_COLLAPSED,
206            self.OnPatternTreeItemCollapsed, id=wxID_GSASIIPATTERNTREE)
207        self.PatternTree.Bind(wx.EVT_TREE_ITEM_EXPANDED,
208            self.OnPatternTreeItemExpanded, id=wxID_GSASIIPATTERNTREE)
209        self.root = self.PatternTree.AddRoot("Loaded Data")
210       
211        plotFrame = wx.Frame(None,-1,'GSASII Plots',size=wx.Size(700,600), \
212            style=wx.DEFAULT_FRAME_STYLE ^ wx.CLOSE_BOX)
213        self.G2plotNB = G2plt.G2PlotNoteBook(plotFrame)
214        plotFrame.Show()
215       
216        self.dataDisplay = None
217       
218    def __init__(self, parent):
219        self._init_ctrls(parent)
220        self.Bind(wx.EVT_CLOSE, self.ExitMain)
221        self.dirname = ''
222        self.GSASprojectfile = ''
223        self.Offset = 0.0
224        self.Weight = False
225        self.IparmName = ''
226        self.IfPlot = False
227        self.PatternId = 0
228        self.PickId = 0
229        self.PeakTable = []
230        self.LimitsTable = []
231        self.HKL = []
232        self.Lines = []
233        self.itemPicked = None
234        self.dataFrame = None
235        self.Contour = False
236        self.plotView = 0
237        self.Image = 0
238        self.Img = 0
239        self.TA = 0
240        self.Integrate = 0
241        self.Pwdr = False
242        self.imageDefault = {}
243        self.Sngl = 0
244        self.ifGetRing = False
245
246    def OnSize(self,event):
247        w,h = self.GetClientSizeTuple()
248        self.mainPanel.SetSize(wx.Size(w,h))
249        self.PatternTree.SetSize(wx.Size(w,h))
250                       
251    def OnPatternTreeSelChanged(self, event):
252        pltNum = self.G2plotNB.nb.GetSelection()
253        if pltNum >= 0:                         #to avoid the startup with no plot!
254            pltPage = self.G2plotNB.nb.GetPage(pltNum)
255            pltPlot = pltPage.figure.gca()
256#            pltPage.xylim = [pltPlot.get_xlim(),pltPlot.get_ylim()]
257#            print pltPage.xylim
258#            pltPage.views = copy.deepcopy(pltPage.toolbar._views)
259        item = event.GetItem()
260        G2gd.MovePatternTreeToGrid(self,item)
261       
262    def OnPatternTreeItemCollapsed(self, event):
263        event.Skip()
264
265    def OnPatternTreeItemExpanded(self, event):
266        self.PatternTree.ScrollTo(self.PatternTree.GetLastChild(event.GetItem()))
267       
268    def OnPatternTreeDeleteItem(self, event):
269        event.Skip()
270
271    def OnPatternTreeItemActivated(self, event):
272        event.Skip()
273       
274    def OnPwdrReadMenu(self, event):
275        self.CheckNotebook()
276        dlg = wx.FileDialog(self, 'Choose files', '.', '', 
277            'GSAS fxye files (*.fxye)|*.fxye|GSAS fxy files (*.fxy)|*.fxy|All files (*.*)|*.*', 
278            wx.OPEN | wx.MULTIPLE)
279        if self.dirname: dlg.SetDirectory(self.dirname)
280        try:
281            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
282                filenames = dlg.GetPaths()
283                filenames.sort()
284                self.dirname = dlg.GetDirectory()
285                for filename in filenames:
286                    Data,Iparm,Comments = G2IO.SelectPowderData(self, filename)              #Data: list of tuples (filename,Pos,Bank)
287                    if not Data:                                                    #if Data rejected by user - go to next one
288                        continue
289                    DataType = Iparm['INS   HTYPE ']                                #expect only 4 char string
290                    DataType = DataType.strip()[0:3]                                #just 1st 3 chars
291                    wx.BeginBusyCursor()
292                    try:
293                        for Item in Data:
294                            vals = Item[2].split()          #split up the BANK record
295                            Id = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text='PWDR '+ospath.basename(Item[0])+': '+vals[0]+vals[1])
296                            data = G2IO.GetPowderData(filename,Item[1],Item[2],DataType)
297                            self.PatternTree.SetItemPyData(Id,[Item,data])
298                            '''
299                            Each tree item data is a list with:
300                            Item: the (filename,Pos,Bank) tuple
301                            data: (x,y,w,yc,yb,yd) list  of np.arrays from GetPowderData
302                            '''
303                           
304                            self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Comments'),Comments)                           
305                            Tmin = min(data[0])
306                            Tmax = max(data[0])
307                            self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Limits'),[(Tmin,Tmax),[Tmin,Tmax]])
308                            self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Background'),[['chebyschev',1,3,1.0,0.0,0.0]])
309       
310                            data = [DataType,]
311                            if 'C' in DataType:
312                                s = Iparm['INS  1 ICONS']
313                                v = (G2IO.sfloat(s[:10]),G2IO.sfloat(s[10:20]),G2IO.sfloat(s[20:30]),G2IO.sfloat(s[55:65]),G2IO.sfloat(s[40:50])) #get lam1, lam2, zero, pola & ratio
314                                if not v[1]:
315                                    names = ['Type','Lam','Zero','Polariz.','U','V','W','X','Y','SH/L'] 
316                                    v = (v[0],v[2],v[4])
317                                    codes = [0,0,0,0]
318                                else:
319                                    names = ['Type','Lam1','Lam2','Zero','I(L2)/I(L1)','Polariz.','U','V','W','X','Y','SH/L']
320                                    codes = [0,0,0,0,0,0]
321                                data.extend(v)
322                                v1 = Iparm['INS  1PRCF1 '].split()                                                 
323                                v = Iparm['INS  1PRCF11'].split()
324                                data.extend([float(v[0]),float(v[1]),float(v[2])])                  #get GU, GV & GW - always here
325                                v = Iparm['INS  1PRCF12'].split()
326                                if v1[0] == 3:
327                                    data.extend([float(v[0]),float(v[1]),float(v[2])+float(v[3])])  #get LX, LY & S+H/L
328                                else:
329                                    data.extend([0.0,0.0,0.002])                                      #OK defaults if fxn #3 not 1st in iprm file
330                                codes.extend([0,0,0,0,0,0])
331                            self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Instrument Parameters'),[tuple(data),data,codes,names])
332                            self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Peak List'),[])
333                            self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Index Peak List'),[])
334                            self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Unit Cells List'),[])             
335                            self.PatternId = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,Id,'Limits')
336                    finally:
337                        wx.EndBusyCursor()
338                self.PatternTree.Expand(Id)
339                self.PatternTree.SelectItem(Id)
340   
341        finally:
342            dlg.Destroy()
343       
344    def OnReadPowderPeaks(self,event):
345        Cuka = 1.54052
346        self.CheckNotebook()
347        dlg = wx.FileDialog(self, 'Choose file with peak list', '.', '', 
348            'peak files (*.txt)|*.txt|All files (*.*)|*.*',wx.OPEN)
349        if self.dirname:
350            dlg.SetDirectory(self.dirname)
351        try:
352            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
353                self.HKL = []
354                self.powderfile = dlg.GetPath()
355                self.dirname = dlg.GetDirectory()
356                comments,peaks = G2IO.GetPowderPeaks(self.powderfile)
357                Id = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text='PKS '+ospath.basename(self.powderfile))
358                data = ['PKS',Cuka,0.0]
359                names = ['Type','Lam','Zero'] 
360                codes = [0,0]
361                self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Instrument Parameters'),[tuple(data),data,codes,names])
362                self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Comments'),comments)
363                self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Index Peak List'),peaks)
364                self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Unit Cells List'),[])             
365                self.PatternTree.Expand(Id)
366                self.PatternTree.SelectItem(Id)
367        finally:
368            dlg.Destroy()
369           
370    def OnImageRead(self,event):
371        self.CheckNotebook()
372        dlg = wx.FileDialog(self, 'Choose image file', '.', '',\
373        'MAR345 (*.mar3450;*.mar2300)|*.mar3450;*.mar2300|ADSC Image (*.img)\
374        |*.img|Perkin-Elmer TIF (*.tif)|*.tif|GE Image sum (*.sum)\
375        |*.sum|GE Image avg (*.avg)|*.avg|All files (*.*)|*.*',wx.OPEN)
376        if self.dirname:
377            dlg.SetDirectory(self.dirname)
378        try:
379            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
380                self.imagefile = dlg.GetPath()
381                self.dirname = dlg.GetDirectory()
382                ext = ospath.splitext(self.imagefile)[1]
383                Comments = []
384                if ext == '.tif':
385                    Comments,Data,Size,Image = G2IO.GetTifData(self.imagefile)
386                elif ext == '.img':
387                    Comments,Data,Size,Image = G2IO.GetImgData(self.imagefile)
388                    Image[0][0] = 0
389                elif ext == '.mar3450' or ext == '.mar2300':
390                    Comments,Data,Size,Image = G2IO.GetMAR345Data(self.imagefile)
391                elif ext in ['.sum','.avg']:
392                    Comments,Data,Size,Image = G2IO.GetGEsumData(self.imagefile)
393                if Comments:
394                    Id = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text='IMG '+ospath.basename(self.imagefile))
395                    self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Comments'),Comments)
396                    Imax = np.amax(Image)
397                    Imin = np.amin(Image)
398                    if self.imageDefault:
399                        Data = copy.copy(self.imageDefault)
400                        Data['refine'] = [False,False,False,False,False]
401                        Data['showLines'] = True
402                    else:
403                        Data['color'] = 'binary'
404                        Data['tilt'] = 0.0
405                        Data['rotation'] = 0.0
406                        Data['showLines'] = False
407                        Data['ring'] = []
408                        Data['rings'] = []
409                        Data['cutoff'] = 10
410                        Data['pixLimit'] = 20
411                        Data['ellipses'] = []
412                        Data['masks'] = []
413                        Data['calibrant'] = ''
414                        Data['IOtth'] = [2.0,5.0]
415                        Data['LRazimuth'] = [-135,-45]
416                        Data['outChannels'] = 2500
417                        Data['outAzimuths'] = 1
418                        Data['fullIntegrate'] = False
419                        Data['setRings'] = False
420                    Data['setDefault'] = False
421                    Data['range'] = [(Imin,Imax),[Imin,Imax]]
422                    self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Image Controls'),Data)
423                    self.PatternTree.SetItemPyData(Id,[Size,Image])
424                    self.PickId = Id
425                    self.Image = Id
426                    self.PatternTree.SelectItem(Id)
427                    self.PatternTree.Expand(Id)
428        finally:
429            dlg.Destroy()
430       
431    def OnSnglReadMenu(self,event):
432        self.CheckNotebook()
433        dlg = wx.FileDialog(self, 'Choose file', '.', '', 
434            'hkl files (*.hkl)|*.hkl|All files (*.*)|*.*', 
435            wx.OPEN)
436        if self.dirname: dlg.SetDirectory(self.dirname)
437        try:
438            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
439                filename = dlg.GetPath()
440                self.dirname = dlg.GetDirectory()
441                wx.BeginBusyCursor()
442                try:
443                    Data = {}
444                    names = ['Type','Lam']
445                    HKLref,HKLmin,HKLmax,FoMax,ifFc = G2IO.GetHKLData(filename)
446                    Id = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text='SXTL '+ospath.basename(filename))
447                    self.PatternTree.SetItemPyData(Id,HKLref)
448                    Sub = self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Instrument Parameters')
449                    data = ['SXC',1.5428,]
450                    self.PatternTree.SetItemPyData(Sub,[tuple(data),data,names])
451                    Data['Type'] = 'Fosq'
452                    Data['ifFc'] = ifFc
453                    Data['HKLmax'] = HKLmax
454                    Data['HKLmin'] = HKLmin
455                    Data['FoMax'] = FoMax
456                    Data['Zone'] = '001'
457                    Data['Layer'] = 0
458                    Data['Scale'] = 1.0
459                    Data['log-lin'] = 'lin'                   
460                    self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='HKL Plot Controls'),Data)
461                    self.PatternTree.SelectItem(Id)
462                    self.PatternTree.Expand(Id)
463                    self.Sngl = Id
464                finally:
465                    wx.EndBusyCursor()   
466        finally:
467            dlg.Destroy()
468           
469    def CheckNotebook(self):
470        if not G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Notebook'):
471            sub = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text='Notebook')
472            self.PatternTree.SetItemPyData(sub,[''])
473            sub = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text='Controls')
474            self.PatternTree.SetItemPyData(sub,[0])
475       
476       
477    class SumDialog(wx.Dialog):
478        def __init__(self,parent,title,text,type,data):
479            wx.Dialog.__init__(self,parent,-1,title, 
480                pos=wx.DefaultPosition,style=wx.DEFAULT_DIALOG_STYLE)
481            self.data = data
482            panel = wx.Panel(self)
483            mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
484            topLabl = wx.StaticText(panel,-1,text)
485            mainSizer.Add((10,10),1)
486            mainSizer.Add(topLabl,0,wx.ALIGN_CENTER_VERTICAL|wx.LEFT,10)
487            mainSizer.Add((10,10),1)
488            dataGridSizer = wx.FlexGridSizer(rows=len(data),cols=2,hgap=2,vgap=2)
489            for id,item in enumerate(self.data[:-1]):
490                name = wx.TextCtrl(panel,-1,item[1],size=wx.Size(200,20))
491                name.SetEditable(False)
492                scale = wx.TextCtrl(panel,id,str(item[0]),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
493                scale.Bind(wx.EVT_TEXT,self.OnScaleChange)                   
494                dataGridSizer.Add(scale,0,wx.LEFT,10)
495                dataGridSizer.Add(name,0,wx.RIGHT,10)
496            dataGridSizer.Add(wx.StaticText(panel,-1,'Sum result name: '+type),0, \
497                wx.LEFT|wx.TOP|wx.ALIGN_CENTER_VERTICAL,10)
498            self.name = wx.TextCtrl(panel,-1,self.data[-1],size=wx.Size(200,20),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
499            self.name.Bind(wx.EVT_TEXT,self.OnNameChange)
500            dataGridSizer.Add(self.name,0,wx.RIGHT|wx.TOP,10)
501            mainSizer.Add(dataGridSizer,0,wx.EXPAND)
502            OkBtn = wx.Button(panel,-1,"Ok")
503            OkBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnOk)
504            cancelBtn = wx.Button(panel,-1,"Cancel")
505            cancelBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnCancel)
506            btnSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
507            btnSizer.Add((20,20),1)
508            btnSizer.Add(OkBtn)
509            btnSizer.Add((20,20),1)
510            btnSizer.Add(cancelBtn)
511            btnSizer.Add((20,20),1)
512           
513            mainSizer.Add(btnSizer,0,wx.EXPAND|wx.BOTTOM|wx.TOP, 10)
514            panel.SetSizer(mainSizer)
515            panel.Fit()
516            self.Fit()
517           
518        def OnNameChange(self,event):
519            self.data[-1] = self.name.GetValue() 
520           
521        def OnScaleChange(self,event):
522            id = event.GetId()
523            value = self.FindWindowById(id).GetValue()
524            try:
525                self.data[id][0] = float(value)
526            except ValueError:
527                if value and '-' not in value[0]:
528                    print 'bad input - numbers only'
529                    self.FindWindowById(id).SetValue('0.0')
530           
531        def OnOk(self,event):
532            parent = self.GetParent()
533            parent.Raise()
534            self.SetReturnCode(wx.ID_OK)
535            self.MakeModal(False)             
536            self.Destroy()
537           
538        def OnCancel(self,event):
539            parent = self.GetParent()
540            parent.Raise()
541            self.SetReturnCode(wx.ID_CANCEL)
542            self.MakeModal(False)             
543            self.Destroy()
544           
545        def GetData(self):
546                return self.data
547           
548    def OnPwdrSumMenu(self,event):
549        TextList = []
550        DataList = []
551        SumList = []
552        Names = []
553        Inst = []
554        SumItemList = []
555        Comments = ['Sum equals: \n']
556        if self.PatternTree.GetCount():
557            item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
558            while item:
559                name = self.PatternTree.GetItemText(item)
560                Names.append(name)
561                if 'PWDR' in name:
562                    TextList.append([0.0,name])
563                    DataList.append(self.PatternTree.GetItemPyData(item)[1])    # (x,y,w,yc,yb,yd)
564                    if not Inst:
565                        Inst = self.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(self,item, 'Instrument Parameters'))
566                item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)
567            if len(TextList) < 2:
568                self.ErrorDialog('Not enough data to sum','There must be more than one "PWDR" pattern')
569                return
570            TextList.append('default sum name')               
571            dlg = self.SumDialog(self,'Sum data','Enter scale for each pattern in summation','PWDR',TextList)
572            try:
573                if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
574                    lenX = 0
575                    Xminmax = [0,0]
576                    Xsum = []
577                    Ysum = []
578                    Wsum = []
579                    result = dlg.GetData()
580                    for i,item in enumerate(result[:-1]):
581                        scale,name = item
582                        data = DataList[i]
583                        if scale:
584                            Comments.append("%10.3f %s" % (scale,' * '+name))
585                            x,y,w,yc,yb,yd = data
586                            if lenX:
587                                if lenX != len(x):
588                                    self.ErrorDialog('Data length error','Data to be summed must have same number of points'+ \
589                                        '\nExpected:'+str(lenX)+ \
590                                        '\nFound:   '+str(len(x))+'\nfor '+name)
591                                    return
592                            else:
593                                lenX = len(x)
594                            if Xminmax[1]:
595                                if Xminmax != [x[0],x[-1]]:
596                                    self.ErrorDialog('Data range error','Data to be summed must span same range'+ \
597                                        '\nExpected:'+str(Xminmax[0])+' '+str(Xminmax[1])+ \
598                                        '\nFound:   '+str(x[0])+' '+str(x[-1])+'\nfor '+name)
599                                    return
600                                else:
601                                    for j,yi in enumerate(y):
602                                         Ysum[j] += scale*yi
603                            else:
604                                Xminmax = [x[0],x[-1]]
605                                YCsum = [0.0 for i in range(lenX)]
606                                YBsum = [0.0 for i in range(lenX)]
607                                YDsum = [0.0 for i in range(lenX)]
608                                for j,yi in enumerate(y):
609                                    Xsum.append(x[j])
610                                    Ysum.append(scale*yi)
611                                    Wsum.append(w[j])
612                    outname = 'PWDR '+result[-1]
613                    Id = 0
614                    if outname in Names:
615                        dlg2 = wx.MessageDialog(self,'Overwrite data?','Duplicate data name',wx.OK|wx.CANCEL)
616                        try:
617                            if dlg2.ShowModal() == wx.ID_OK:
618                                Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,name)
619                        finally:
620                            dlg2.Destroy()
621                    else:
622                        Id = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text=outname)
623                    if Id:
624                        self.PatternTree.SetItemPyData(Id,[[''],[Xsum,Ysum,Wsum,YCsum,YBsum,YDsum]])
625                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Comments'),Comments)                   
626                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Limits'),[tuple(Xminmax),Xminmax])
627                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Background'),[['chebyschev',1,3,1.0,0.0,0.0]])
628                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Instrument Parameters'),Inst)
629                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Peak List'),[])
630                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Index Peak List'),[])
631                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Unit Cells List'),[])             
632                        self.PatternTree.SelectItem(Id)
633                        self.PatternTree.Expand(Id)
634                   
635            finally:
636                dlg.Destroy()
637
638    def OnImageSum(self,event):
639        TextList = []
640        DataList = []
641        SumList = []
642        Names = []
643        Inst = []
644        SumItemList = []
645        Comments = ['Sum equals: \n']
646        if self.PatternTree.GetCount():
647            item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
648            while item:
649                name = self.PatternTree.GetItemText(item)
650                Names.append(name)
651                if 'IMG' in name:
652                    TextList.append([0.0,name])
653                    DataList.append(self.PatternTree.GetItemPyData(item))        #Size,Image
654                    Data = self.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(self,item,'Image Controls'))
655                item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)
656            if len(TextList) < 2:
657                self.ErrorDialog('Not enough data to sum','There must be more than one "IMG" pattern')
658                return
659            TextList.append('default sum name')               
660            dlg = self.SumDialog(self,'Sum data','Enter scale for each image in summation','IMG',TextList)
661            try:
662                if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
663                    imSize = 0
664                    newImage = []
665                    result = dlg.GetData()
666                    for i,item in enumerate(result[:-1]):
667                        scale,name = item
668                        data = DataList[i]
669                        if scale:
670                            Comments.append("%10.3f %s" % (scale,' * '+name))
671                            size,image = data
672                            if imSize:
673                                if imSize != size:
674                                    self.ErrorDialog('Image size error','Images to be summed must be same size'+ \
675                                        '\nExpected:'+str(imSize)+ \
676                                        '\nFound:   '+str(size)+'\nfor '+name)
677                                    return
678                                newImage += scale*image
679                            else:
680                                imSize = size
681                                newImage = scale*image
682                    outname = 'IMG '+result[-1]
683                    Id = 0
684                    if outname in Names:
685                        dlg2 = wx.MessageDialog(self,'Overwrite data?','Duplicate data name',wx.OK|wx.CANCEL)
686                        try:
687                            if dlg2.ShowModal() == wx.ID_OK:
688                                Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,name)
689                        finally:
690                            dlg2.Destroy()
691                    else:
692                        Id = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text=outname)
693                    if Id:
694                        self.PatternTree.SetItemPyData(Id,[imSize,newImage])
695                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Comments'),Comments)
696                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Image Controls'),Data)                                           
697                        self.PatternTree.SelectItem(Id)
698                        self.PatternTree.Expand(Id)
699                    self.PickId = Id
700                    self.Image = Id
701            finally:
702                dlg.Destroy()
703                     
704    def OnAddPhase(self,event):
705        if not G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases'):
706            sub = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text='Phases')
707        else:
708            sub = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases')
709        PhaseName = ''
710        dlg = wx.TextEntryDialog(None,'Enter a name for this phase','Phase Name Entry','New phase',
711            style=wx.OK)
712        if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
713            PhaseName = dlg.GetValue()
714        dlg.Destroy()
715        sub = self.PatternTree.AppendItem(parent=sub,text=PhaseName)
716        SGData = {'SpGrp':'P 1'}
717        self.PatternTree.SetItemPyData(sub, \
718            {'General':[PhaseName,'nuclear',SGData,[False,10.,10.,10.,90.,90.,90,1000.],
719            [False,1.0],[],{},[],[],[]],'Atoms':[]})
720       
721    def OnDeletePhase(self,event):
722        if self.dataFrame:
723            self.dataFrame.Clear() 
724        TextList = []
725        DelList = []
726        DelItemList = []
727        if G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases'):
728            sub = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases')
729        else:
730            return
731        if sub:
732            item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(sub)
733            while item:
734                TextList.append(self.PatternTree.GetItemText(item))
735                item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(sub, cookie)               
736            dlg = wx.MultiChoiceDialog(self, 'Which phase to delete?', 'Delete phase', TextList, wx.CHOICEDLG_STYLE)
737            try:
738                if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
739                    result = dlg.GetSelections()
740                    for i in result: DelList.append([i,TextList[i]])
741                    item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(sub)
742                    i = 0
743                    while item:
744                        if [i,self.PatternTree.GetItemText(item)] in DelList: DelItemList.append(item)
745                        item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(sub, cookie)
746                        i += 1
747                    for item in DelItemList:
748                        self.PatternTree.Delete(item)
749            finally:
750                dlg.Destroy()       
751       
752    def OnDataDeleteMenu(self, event):
753        TextList = []
754        DelList = []
755        DelItemList = []
756        if self.PatternTree.GetCount():
757            item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
758            while item:
759                name = self.PatternTree.GetItemText(item)
760                if 'PWDR' in name or 'SXTL' in name or 'IMG' in name:
761                    TextList.append(name)
762                item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)               
763            dlg = wx.MultiChoiceDialog(self, 'Which data to delete?', 'Delete data', TextList, wx.CHOICEDLG_STYLE)
764            try:
765                if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
766                    result = dlg.GetSelections()
767                    for i in result: DelList.append(TextList[i])
768                    item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
769                    while item:
770                        if self.PatternTree.GetItemText(item) in DelList: DelItemList.append(item)
771                        item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)
772                    for item in DelItemList:
773                        self.PatternTree.Delete(item)
774                    G2plt.PlotPatterns(self,True)                        #so plot gets updated
775            finally:
776                dlg.Destroy()
777
778    def OnFileOpenMenu(self, event):
779        result = ''
780        Id = 0
781        if self.PatternTree.GetChildrenCount(self.root,False):
782            if self.dataFrame:
783                self.dataFrame.Clear() 
784            dlg = wx.MessageDialog(self, 'Overwrite?','Project exists!',  wx.OK | wx.CANCEL)
785            try:
786                result = dlg.ShowModal()
787                if result == wx.ID_OK:
788                    self.PatternTree.DeleteChildren(self.root)
789                    print 'children deleted'
790            finally:
791                dlg.Destroy()
792        if result != wx.ID_CANCEL:   
793            if self.dataDisplay: self.dataDisplay.Destroy()
794            dlg = wx.FileDialog(self, 'Choose GSAS-II project file', '.', '', 
795                'GSAS-II project file (*.gpx)|*.gpx',wx.OPEN)
796            if self.dirname: dlg.SetDirectory(self.dirname)
797            try:
798                if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
799                    self.GSASprojectfile = dlg.GetPath()
800                    self.dirname = dlg.GetDirectory()
801                    G2IO.ProjFileOpen(self)
802                    self.PatternTree.Expand(self.root)
803                    self.HKL = []
804                    item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
805                    while item and not Id:
806                        name = self.PatternTree.GetItemText(item)
807                        if 'PWDR' in name or 'SXTL' in name or 'IMG' in name:
808                            Id = item
809                        item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)               
810                    if Id:
811                        self.PatternTree.SelectItem(Id)
812            finally:
813                dlg.Destroy()
814
815    def OnFileCloseMenu(self, event):
816        if self.dataFrame:
817            self.dataFrame.Clear()
818            self.dataFrame.SetLabel('GSAS-II data display') 
819        dlg = wx.MessageDialog(self, 'Save current project?', ' ', wx.YES | wx.NO | wx.CANCEL)
820        try:
821            result = dlg.ShowModal()
822            if result == wx.ID_OK:
823                self.OnFileSaveMenu(event)
824            if result != wx.ID_CANCEL:
825                self.GSASprojectfile = ''
826                self.PatternTree.DeleteChildren(self.root)
827                if self.HKL: self.HKL = []
828        finally:
829            dlg.Destroy()
830
831    def OnFileSaveMenu(self, event):
832        if self.GSASprojectfile: 
833            G2IO.ProjFileSave(self)
834        else:
835            self.OnFileSaveasMenu(event)
836
837    def OnFileSaveasMenu(self, event):
838        dlg = wx.FileDialog(self, 'Choose GSAS-II project file name', '.', '', 
839            'GSAS-II project file (*.gpx)|*.gpx',wx.FD_SAVE|wx.FD_OVERWRITE_PROMPT)
840        if self.dirname:
841            dlg.SetDirectory(self.dirname)
842        try:
843            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
844                self.GSASprojectfile = dlg.GetPath()
845                G2IO.ProjFileSave(self)
846                self.dirname = dlg.GetDirectory()
847        finally:
848            dlg.Destroy()
849
850    def ExitMain(self, event):
851        sys.exit()
852       
853    def OnFileExitMenu(self, event):
854        if self.dataFrame:
855            self.dataFrame.Clear() 
856            self.dataFrame.Destroy()
857        self.Close()
858       
859    def OnImportPattern(self,event):
860            dlg = wx.FileDialog(self, 'Choose nonGSAS powder file', '.', '', 
861                '(*.*)|*.*',wx.OPEN)
862            if self.dirname:
863                dlg.SetDirectory(self.dirname)
864            try:
865                if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
866                    self.powderfile = dlg.GetPath()
867                    self.dirname = dlg.GetDirectory()
868            finally:
869                dlg.Destroy()
870               
871    def OnImportHKL(self,event):
872            dlg = wx.FileDialog(self, 'Choose structure factor file', '.', '', 
873                '(*.*)|*.*',wx.OPEN)
874            if self.dirname:
875                dlg.SetDirectory(self.dirname)
876            try:
877                if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
878                    self.HKLfile = dlg.GetPath()
879                    self.dirname = dlg.GetDirectory()
880            finally:
881                dlg.Destroy()
882       
883    def OnImportPhase(self,event):
884            dlg = wx.FileDialog(self, 'Choose GSAS EXP file', '.', '', 
885                'EXP file (*.EXP)|*.EXP',wx.OPEN)
886            if self.dirname:
887                dlg.SetDirectory(self.dirname)
888            try:
889                Phase = {}
890                if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
891                    EXPfile = dlg.GetPath()
892                    self.dirname = dlg.GetDirectory()
893                    Phase = G2IO.ReadEXPPhase(EXPfile)
894            finally:
895                dlg.Destroy()
896            if Phase:
897                PhaseName = Phase['General'][0]
898                if not G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases'):
899                    sub = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text='Phases')
900                else:
901                    sub = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases')
902                sub = self.PatternTree.AppendItem(parent=sub,text=PhaseName)
903                self.PatternTree.SetItemPyData(sub,Phase)
904               
905    def OnImportPDB(self,event):
906            dlg = wx.FileDialog(self, 'Choose PDB file', '.', '', 
907                'PDB file (*.pdb,*.ent)|*.pdb;*.ent|All files (*.*)|*.*',wx.OPEN)
908            if self.dirname:
909                dlg.SetDirectory(self.dirname)
910            try:
911                if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
912                    PDBfile = dlg.GetPath()
913                    self.dirname = dlg.GetDirectory()
914                    Phase = G2IO.ReadPDBPhase(PDBfile)
915            finally:
916                dlg.Destroy()
917            if Phase:
918                PhaseName = Phase['General'][0]
919                if not G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases'):
920                    sub = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text='Phases')
921                else:
922                    sub = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases')
923                sub = self.PatternTree.AppendItem(parent=sub,text=PhaseName)
924                self.PatternTree.SetItemPyData(sub,Phase)       
925       
926    def OnImportCIF(self,event):
927            dlg = wx.FileDialog(self, 'Choose CIF file', '.', '', 
928                'CIF file (*.cif)|*.cif',wx.OPEN)
929            if self.dirname:
930                dlg.SetDirectory(self.dirname)
931            try:
932                if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
933                    self.CIFfile = dlg.GetPath()
934                    self.dirname = dlg.GetDirectory()
935            finally:
936                dlg.Destroy()
937       
938    def OnExportPattern(self,event):
939        dlg = wx.FileDialog(self, 'Choose output powder file name', '.', '', 
940            'xye file (*.xye)|*.xye',wx.FD_SAVE|wx.FD_OVERWRITE_PROMPT)
941        if self.dirname:
942            dlg.SetDirectory(self.dirname)
943        try:
944            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
945                self.powderfile = dlg.GetPath()
946                G2IO.PowderxyeSave(self)
947                self.dirname = dlg.GetDirectory()
948        finally:
949            dlg.Destroy()
950       
951    def OnExportPeakList(self,event):
952        dlg = wx.FileDialog(self, 'Choose output peak list file name', '.', '', 
953            '(*.*)|*.*',wx.FD_SAVE|wx.FD_OVERWRITE_PROMPT)
954        if self.dirname:
955            dlg.SetDirectory(self.dirname)
956        try:
957            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
958                self.peaklistfile = dlg.GetPath()
959                file = open(self.peaklistfile,'wa')               
960                item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
961                while item:
962                    name = self.PatternTree.GetItemText(item)
963                    if 'PWDR' in name:
964                        item2, cookie2 = self.PatternTree.GetFirstChild(item)
965                        while item2:
966                            name2 = self.PatternTree.GetItemText(item2)
967                            if name2 == 'Peak List':
968                                peaks = self.PatternTree.GetItemPyData(item2)
969                                file.write("%s \n" % (name+' Peak List'))               
970                                for peak in peaks:
971                                    file.write("%10.4f %12.2f %10.3f %10.3f \n" % \
972                                        (peak[0],peak[2],peak[4],peak[6]))
973                            item2, cookie2 = self.PatternTree.GetNextChild(item, cookie2)                           
974                    item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)                           
975                file.close()
976                self.dirname = dlg.GetDirectory()
977        finally:
978            dlg.Destroy()
979       
980    def OnExportHKL(self,event):
981        event.Skip()
982       
983    def OnExportPhase(self,event):
984        event.Skip()
985       
986    def OnExportCIF(self,event):
987        event.Skip()
988       
989    def OnUnDo(self,event):
990        self.DoUnDo()
991        self.UnDo.Enable(False)
992       
993    def DoUnDo(self):
994        print 'Undo last refinement'
995        file = open('GSASII.save','rb')
996        PatternId = self.PatternId
997        for item in ['Background','Instrument Parameters','Peak List']:
998            self.PatternTree.SetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(self,PatternId, item),cPickle.load(file))
999            if self.dataDisplay.GetName() == item:
1000                if item == 'Background':
1001                    G2gd.UpdateBackgroundGrid(self,self.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(self,PatternId, item)))
1002                elif item == 'Instrument Parameters':
1003                    G2gd.UpdateInstrumentGrid(self,self.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(self,PatternId, item)))
1004                elif item == 'Peak List':
1005                    G2gd.UpdatePeakGrid(self,self.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(self,PatternId, item)))
1006            print item,' recovered'
1007        file.close()
1008       
1009    def SaveState(self):
1010        file = open('GSASII.save','wb')
1011        PatternId = self.PatternId
1012        for item in ['Background','Instrument Parameters','Peak List']:
1013            cPickle.dump(self.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(self,PatternId,item)),file,1)
1014        file.close()
1015        self.UnDo.Enable(True)
1016               
1017    def ErrorDialog(self,title,message):
1018        dlg = wx.MessageDialog(self, message, title,  wx.OK)
1019        try:
1020            result = dlg.ShowModal()
1021        finally:
1022            dlg.Destroy()
1023
1024    def OnHelpHelpMenu(self, event):
1025        event.Skip()
1026       
1027    def OnHelpAboutMenu(self, event):
1028        info = wx.AboutDialogInfo()
1029        info.Name = 'GSAS-II'
1030        info.Version = '0.0.1'
1031        info.Copyright = '''
1032Robert B. Von Dreele
1033Argonne National Laboratory(C)
1034This product includes software developed
1035by the UChicago Argonne, LLC, as
1036Operator of Argonne National Laboratory.         '''
1037        info.Description = '''
1038General Structure Analysis System - II
1039        '''
1040        wx.AboutBox(info)
1041       
1042class GSASIImain(wx.App):
1043    def OnInit(self):
1044        self.main = GSASII(None)
1045        self.main.Show()
1046        self.SetTopWindow(self.main)
1047        return True
1048
1049def main():
1050    application = GSASIImain(0)
1051    application.MainLoop()
1052
1053if __name__ == '__main__':
1054    main()
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.