source: trunk/GSASII.py @ 51

Last change on this file since 51 was 51, checked in by vondreel, 12 years ago

integration working & plotted

File size: 50.0 KB
Line 
1#GSASII
2
3import os.path as ospath
4import sys
5import math
6import cPickle
7import time
8import copy
9import numpy as np
10import wx
11import matplotlib as mpl
12
13# load the GSAS routines
14import GSASIIIO as G2IO
15import GSASIIcomp as G2cmp
16import GSASIIgrid as G2gd
17import GSASIIplot as G2plt
18
19# print versions
20print "Available python module versions for pyGSASII:"
21print "python:     ",sys.version[:5]
22print "wxpython:   ",wx.__version__
23print "matplotlib: ",mpl.__version__
24print "numpy:      ",np.__version__
25
26__version__ = '0.1.3'
27
28# useful degree trig functions
29sind = lambda x: math.sin(x*math.pi/180.)
30cosd = lambda x: math.cos(x*math.pi/180.)
31tand = lambda x: math.tan(x*math.pi/180.)
32asind = lambda x: 180.*math.asin(x)/math.pi
33acosd = lambda x: 180.*math.acos(x)/math.pi
34atan2d = lambda x,y: 180.*math.atan2(y,x)/math.pi
35
36def create(parent):
37    return GSASII(parent)
38
39[wxID_GSASII, wxID_GSASIIPATTERNTREE, wxID_GSASIIDATA, wxID_GSASIIPICKGRID,
40] = [wx.NewId() for _init_ctrls in range(4)]
41
42[wxID_GSASIIFILECLOSE, wxID_GSASIIFILEEXIT, wxID_GSASIIFILEOPEN, 
43 wxID_GSASIIFILESAVE, wxID_GSASIIFILESAVEAS, wxID_GSASIIUNDO, 
44] = [wx.NewId() for _init_coll_File_Items in range(6)]
45
46[wxID_GSASIIPWDRREAD,wxID_GSASIISNGLREAD,wxID_GSASIIADDPHASE,wxID_GSASIIDELETEPHASE,
47 wxID_GSASIIDATADELETE,wxID_GSASIIREADPEAKS,wxID_GSASIIPWDSUM,wxID_GSASIIIMGREAD,
48 wxID_GSASIIIMSUM,
49] = [wx.NewId() for _init_coll_Data_Items in range(9)]
50
51[wxID_GSASIIIMPORT, wxID_GSASIIIMPORTPATTERN, wxID_GSASIIIMPORTHKL, wxID_GSASIIIMPORTPHASE,
52wxID_GSASIIIMPORTCIF, wxID_GSASIIIMPORTPDB, 
53] = [wx.NewId() for _init_coll_Import_Items in range(6)]
54
55[wxID_GSAIIEXPORT, wxID_GSASIIEXPORTPATTERN, wxID_GSASIIEXPORTHKL, wxID_GSASIIEXPORTPHASE,
56wxID_GSASIIEXPORTCIF, wxID_GSASIIEXPORTPEAKLIST
57] = [wx.NewId() for _init_coll_Export_Items in range(6)]
58
59[wxID_GSASIIHELPABOUT, wxID_GSASIIHELPHELP, 
60] = [wx.NewId() for _init_coll_Help_Items in range(2)]
61
62class GSASII(wx.Frame):
63   
64    def _init_coll_GSASIIMenu_Menus(self, parent):
65        parent.Append(menu=self.File, title='File')
66        parent.Append(menu=self.Data, title='Data')
67        parent.Append(menu=self.Calculate, title='Calculate')
68        parent.Append(menu=self.Import, title='Import')
69        parent.Append(menu=self.Export, title='Export')
70        parent.Append(menu=self.Help, title='Help')
71
72    def _init_coll_File_Items(self, parent):
73        parent.Append(help='', id=wxID_GSASIIFILEOPEN, kind=wx.ITEM_NORMAL,
74            text='Open project')
75        parent.Append(help='', id=wxID_GSASIIFILESAVE, kind=wx.ITEM_NORMAL,
76            text='Save project')
77        parent.Append(help='', id=wxID_GSASIIFILESAVEAS, kind=wx.ITEM_NORMAL,
78            text='SaveAs')
79        parent.Append(help='', id=wxID_GSASIIFILECLOSE, kind=wx.ITEM_NORMAL,
80            text='Close project')
81        parent.Append(help='', id=wxID_GSASIIFILEEXIT, kind=wx.ITEM_NORMAL,
82            text='Exit')
83        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnFileOpenMenu, id=wxID_GSASIIFILEOPEN)
84        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnFileSaveMenu, id=wxID_GSASIIFILESAVE)
85        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnFileSaveasMenu, id=wxID_GSASIIFILESAVEAS)
86        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnFileCloseMenu, id=wxID_GSASIIFILECLOSE)
87        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnFileExitMenu, id=wxID_GSASIIFILEEXIT)
88       
89    def _init_coll_Data_Items(self,parent):
90        parent.Append(help='', id=wxID_GSASIIPWDRREAD, kind=wx.ITEM_NORMAL,
91            text='Read powder data')
92        parent.Append(help='',id=wxID_GSASIIIMGREAD, kind=wx.ITEM_NORMAL,
93            text='Read image data')
94        parent.Append(help='',id=wxID_GSASIIREADPEAKS, kind=wx.ITEM_NORMAL,
95            text='Read Powder Pattern Peaks')
96        parent.Append(help='', id=wxID_GSASIISNGLREAD, kind=wx.ITEM_NORMAL,
97            text='Read single crystal data')
98        parent.Append(help='', id=wxID_GSASIIPWDSUM, kind=wx.ITEM_NORMAL,
99            text='Sum powder data')
100        parent.Append(help='',id=wxID_GSASIIIMSUM, kind=wx.ITEM_NORMAL,
101            text='Sum image data')
102        parent.Append(help='', id=wxID_GSASIIADDPHASE, kind=wx.ITEM_NORMAL,
103            text='Add phase')
104        parent.Append(help='', id=wxID_GSASIIDELETEPHASE, kind=wx.ITEM_NORMAL,
105            text='Delete phase')
106        parent.Append(help='', id=wxID_GSASIIDATADELETE, kind=wx.ITEM_NORMAL,
107            text='Delete data')
108        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnPwdrReadMenu, id=wxID_GSASIIPWDRREAD)
109        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnPwdrSumMenu, id=wxID_GSASIIPWDSUM)
110        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnReadPowderPeaks, id=wxID_GSASIIREADPEAKS)
111        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnImageRead, id=wxID_GSASIIIMGREAD)
112        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnImageSum, id=wxID_GSASIIIMSUM)
113        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnSnglReadMenu, id=wxID_GSASIISNGLREAD)
114        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnAddPhase, id=wxID_GSASIIADDPHASE)
115        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnDeletePhase, id=wxID_GSASIIDELETEPHASE)
116        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnDataDeleteMenu, id=wxID_GSASIIDATADELETE)
117               
118    def _init_coll_Calculate_Items(self,parent):
119        self.UnDo = parent.Append(help='', id=wxID_GSASIIUNDO, kind=wx.ITEM_NORMAL,
120            text='UnDo')
121        self.UnDo.Enable(False)
122        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnUnDo, id=wxID_GSASIIUNDO)
123       
124    def _init_coll_Import_Items(self,parent):
125        self.ImportPhase = parent.Append(help='Import phase data from GSAS EXP file',
126            id=wxID_GSASIIIMPORTPHASE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Import GSAS EXP Phase')
127        self.ImportPDB = parent.Append(help='Import phase data from PDB file',
128            id=wxID_GSASIIIMPORTPDB, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Import PDB Phase')
129        self.ImportPattern = parent.Append(help='',id=wxID_GSASIIIMPORTPATTERN, kind=wx.ITEM_NORMAL,
130            text='Import Powder Pattern')
131        self.ImportHKL = parent.Append(help='',id=wxID_GSASIIIMPORTHKL, kind=wx.ITEM_NORMAL,
132            text='Import HKLs')
133        self.ImportCIF = parent.Append(help='',id=wxID_GSASIIIMPORTCIF, kind=wx.ITEM_NORMAL,
134            text='Import CIF')
135        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnImportPhase, id=wxID_GSASIIIMPORTPHASE)
136        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnImportPDB, id=wxID_GSASIIIMPORTPDB)
137        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnImportPattern, id=wxID_GSASIIIMPORTPATTERN)
138        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnImportHKL, id=wxID_GSASIIIMPORTHKL)
139        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnImportCIF, id=wxID_GSASIIIMPORTCIF)
140
141    def _init_coll_Export_Items(self,parent):
142        self.ExportPattern = parent.Append(help='',id=wxID_GSASIIEXPORTPATTERN, kind=wx.ITEM_NORMAL,
143            text='Export Powder Pattern')
144        self.ExportPeakList = parent.Append(help='',id=wxID_GSASIIEXPORTPEAKLIST, kind=wx.ITEM_NORMAL,
145            text='Export All Peak Lists')
146        self.ExportHKL = parent.Append(help='',id=wxID_GSASIIEXPORTHKL, kind=wx.ITEM_NORMAL,
147            text='Export HKLs')
148        self.ExportPhase = parent.Append(help='',id=wxID_GSASIIEXPORTPHASE, kind=wx.ITEM_NORMAL,
149            text='Export Phase')
150        self.ExportCIF = parent.Append(help='',id=wxID_GSASIIEXPORTCIF, kind=wx.ITEM_NORMAL,
151            text='Export CIF')
152        self.ExportPattern.Enable(False)
153        self.ExportPeakList.Enable(True)
154        self.ExportHKL.Enable(False)
155        self.ExportPhase.Enable(False)
156        self.ExportCIF.Enable(False)
157        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnExportPattern, id=wxID_GSASIIEXPORTPATTERN)
158        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnExportPeakList, id=wxID_GSASIIEXPORTPEAKLIST)
159        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnExportHKL, id=wxID_GSASIIEXPORTHKL)
160        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnExportPhase, id=wxID_GSASIIEXPORTPHASE)
161        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnExportCIF, id=wxID_GSASIIEXPORTCIF)
162               
163    def _init_coll_Help_Items(self, parent):
164        parent.Append(help='', id=wxID_GSASIIHELPHELP, kind=wx.ITEM_NORMAL,
165            text='Help')
166        parent.Append(help='', id=wxID_GSASIIHELPABOUT, kind=wx.ITEM_NORMAL,
167            text='About')
168        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnHelpHelpMenu, id=wxID_GSASIIHELPHELP)
169        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnHelpAboutMenu, id=wxID_GSASIIHELPABOUT)
170
171    def _init_utils(self):
172        self.GSASIIMenu = wx.MenuBar()
173        self.File = wx.Menu(title='')
174        self.Data = wx.Menu(title='')       
175        self.Calculate = wx.Menu(title='')       
176        self.Import = wx.Menu(title='')       
177        self.Export = wx.Menu(title='')       
178        self.Help = wx.Menu(title='')
179
180        self._init_coll_GSASIIMenu_Menus(self.GSASIIMenu)
181        self._init_coll_File_Items(self.File)
182        self._init_coll_Data_Items(self.Data)
183        self._init_coll_Calculate_Items(self.Calculate)
184        self._init_coll_Import_Items(self.Import)
185        self._init_coll_Export_Items(self.Export)
186        self._init_coll_Help_Items(self.Help)
187       
188    def _init_ctrls(self, parent):
189        wx.Frame.__init__(self, id=wxID_GSASII, name='GSASII', parent=parent,
190            size=wx.Size(300, 250),style=wx.DEFAULT_FRAME_STYLE, title='GSAS-II')
191        screenSize = wx.DisplaySize()
192        Size = self.GetSize()
193        xPos = screenSize[0]-Size[0]
194        self.SetPosition(wx.Point(xPos,0))
195        self._init_utils()
196        self.SetMenuBar(self.GSASIIMenu)
197        self.Bind(wx.EVT_SIZE, self.OnSize)
198        self.mainPanel = wx.Panel(self,-1)
199       
200        self.PatternTree = wx.TreeCtrl(id=wxID_GSASIIPATTERNTREE,
201            parent=self.mainPanel, pos=wx.Point(0, 0),style=wx.TR_DEFAULT_STYLE )
202        self.PatternTree.Bind(wx.EVT_TREE_SEL_CHANGED,
203            self.OnPatternTreeSelChanged, id=wxID_GSASIIPATTERNTREE)
204        self.PatternTree.Bind(wx.EVT_TREE_ITEM_COLLAPSED,
205            self.OnPatternTreeItemCollapsed, id=wxID_GSASIIPATTERNTREE)
206        self.PatternTree.Bind(wx.EVT_TREE_ITEM_EXPANDED,
207            self.OnPatternTreeItemExpanded, id=wxID_GSASIIPATTERNTREE)
208        self.root = self.PatternTree.AddRoot("Loaded Data")
209       
210        plotFrame = wx.Frame(None,-1,'GSASII Plots',size=wx.Size(700,600), \
211            style=wx.DEFAULT_FRAME_STYLE ^ wx.CLOSE_BOX)
212        self.G2plotNB = G2plt.G2PlotNoteBook(plotFrame)
213        plotFrame.Show()
214       
215        self.dataDisplay = None
216       
217    def __init__(self, parent):
218        self._init_ctrls(parent)
219        self.Bind(wx.EVT_CLOSE, self.ExitMain)
220        self.dirname = ''
221        self.GSASprojectfile = ''
222        self.Offset = 0.0
223        self.Weight = False
224        self.IparmName = ''
225        self.IfPlot = False
226        self.PatternId = 0
227        self.PickId = 0
228        self.PeakTable = []
229        self.LimitsTable = []
230        self.HKL = []
231        self.Lines = []
232        self.itemPicked = None
233        self.dataFrame = None
234        self.Contour = False
235        self.plotView = 0
236        self.Image = 0
237        self.Img = 0
238        self.TA = 0
239        self.Integrate = 0
240        self.Pwdr = False
241        self.imageDefault = {}
242        self.Sngl = 0
243        self.ifGetRing = False
244
245    def OnSize(self,event):
246        w,h = self.GetClientSizeTuple()
247        self.mainPanel.SetSize(wx.Size(w,h))
248        self.PatternTree.SetSize(wx.Size(w,h))
249                       
250    def OnPatternTreeSelChanged(self, event):
251        pltNum = self.G2plotNB.nb.GetSelection()
252        if pltNum >= 0:                         #to avoid the startup with no plot!
253            pltPage = self.G2plotNB.nb.GetPage(pltNum)
254            pltPlot = pltPage.figure.gca()
255#            pltPage.xylim = [pltPlot.get_xlim(),pltPlot.get_ylim()]
256#            print pltPage.xylim
257#            pltPage.views = copy.deepcopy(pltPage.toolbar._views)
258        item = event.GetItem()
259        G2gd.MovePatternTreeToGrid(self,item)
260       
261    def OnPatternTreeItemCollapsed(self, event):
262        event.Skip()
263
264    def OnPatternTreeItemExpanded(self, event):
265        self.PatternTree.ScrollTo(self.PatternTree.GetLastChild(event.GetItem()))
266       
267    def OnPatternTreeDeleteItem(self, event):
268        event.Skip()
269
270    def OnPatternTreeItemActivated(self, event):
271        event.Skip()
272       
273    def OnPwdrReadMenu(self, event):
274        self.CheckNotebook()
275        dlg = wx.FileDialog(self, 'Choose files', '.', '', 
276            'GSAS fxye files (*.fxye)|*.fxye|GSAS fxy files (*.fxy)|*.fxy|All files (*.*)|*.*', 
277            wx.OPEN | wx.MULTIPLE)
278        if self.dirname: dlg.SetDirectory(self.dirname)
279        try:
280            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
281                filenames = dlg.GetPaths()
282                filenames.sort()
283                self.dirname = dlg.GetDirectory()
284                for filename in filenames:
285                    Data,Iparm,Comments = G2IO.SelectPowderData(self, filename)              #Data: list of tuples (filename,Pos,Bank)
286                    if not Data:                                                    #if Data rejected by user - go to next one
287                        continue
288                    DataType = Iparm['INS   HTYPE ']                                #expect only 4 char string
289                    DataType = DataType.strip()[0:3]                                #just 1st 3 chars
290                    wx.BeginBusyCursor()
291                    try:
292                        for Item in Data:
293                            vals = Item[2].split()          #split up the BANK record
294                            Id = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text='PWDR '+ospath.basename(Item[0])+': '+vals[0]+vals[1])
295                            data = G2IO.GetPowderData(filename,Item[1],Item[2],DataType)
296                            self.PatternTree.SetItemPyData(Id,[Item,data])
297                            '''
298                            Each tree item data is a list with:
299                            Item: the (filename,Pos,Bank) tuple
300                            data: (x,y,w,yc,yb,yd) list  of np.arrays from GetPowderData
301                            '''
302                           
303                            self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Comments'),Comments)                           
304                            Tmin = min(data[0])
305                            Tmax = max(data[0])
306                            self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Limits'),[(Tmin,Tmax),[Tmin,Tmax]])
307                            self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Background'),[['chebyschev',1,3,1.0,0.0,0.0]])
308       
309                            data = [DataType,]
310                            if 'C' in DataType:
311                                s = Iparm['INS  1 ICONS']
312                                v = (G2IO.sfloat(s[:10]),G2IO.sfloat(s[10:20]),G2IO.sfloat(s[20:30]),G2IO.sfloat(s[55:65]),G2IO.sfloat(s[40:50])) #get lam1, lam2, zero, pola & ratio
313                                if not v[1]:
314                                    names = ['Type','Lam','Zero','Polariz.','U','V','W','X','Y','SH/L'] 
315                                    v = (v[0],v[2],v[4])
316                                    codes = [0,0,0,0]
317                                else:
318                                    names = ['Type','Lam1','Lam2','Zero','I(L2)/I(L1)','Polariz.','U','V','W','X','Y','SH/L']
319                                    codes = [0,0,0,0,0,0]
320                                data.extend(v)
321                                v1 = Iparm['INS  1PRCF1 '].split()                                                 
322                                v = Iparm['INS  1PRCF11'].split()
323                                data.extend([float(v[0]),float(v[1]),float(v[2])])                  #get GU, GV & GW - always here
324                                v = Iparm['INS  1PRCF12'].split()
325                                if v1[0] == 3:
326                                    data.extend([float(v[0]),float(v[1]),float(v[2])+float(v[3])])  #get LX, LY & S+H/L
327                                else:
328                                    data.extend([0.0,0.0,0.002])                                      #OK defaults if fxn #3 not 1st in iprm file
329                                codes.extend([0,0,0,0,0,0])
330                            self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Instrument Parameters'),[tuple(data),data,codes,names])
331                            self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Peak List'),[])
332                            self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Index Peak List'),[])
333                            self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Unit Cells List'),[])             
334                            self.PatternId = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,Id,'Limits')
335                    finally:
336                        wx.EndBusyCursor()
337                self.PatternTree.Expand(Id)
338                self.PatternTree.SelectItem(Id)
339   
340        finally:
341            dlg.Destroy()
342       
343    def OnReadPowderPeaks(self,event):
344        Cuka = 1.54052
345        self.CheckNotebook()
346        dlg = wx.FileDialog(self, 'Choose file with peak list', '.', '', 
347            'peak files (*.txt)|*.txt|All files (*.*)|*.*',wx.OPEN)
348        if self.dirname:
349            dlg.SetDirectory(self.dirname)
350        try:
351            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
352                self.HKL = []
353                self.powderfile = dlg.GetPath()
354                self.dirname = dlg.GetDirectory()
355                comments,peaks = G2IO.GetPowderPeaks(self.powderfile)
356                Id = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text='PKS '+ospath.basename(self.powderfile))
357                data = ['PKS',Cuka,0.0]
358                names = ['Type','Lam','Zero'] 
359                codes = [0,0]
360                self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Instrument Parameters'),[tuple(data),data,codes,names])
361                self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Comments'),comments)
362                self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Index Peak List'),peaks)
363                self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Unit Cells List'),[])             
364                self.PatternTree.Expand(Id)
365                self.PatternTree.SelectItem(Id)
366        finally:
367            dlg.Destroy()
368           
369    def OnImageRead(self,event):
370        self.CheckNotebook()
371        dlg = wx.FileDialog(self, 'Choose image file', '.', '',\
372        'MAR345 (*.mar3450;*.mar2300)|*.mar3450;*.mar2300|ADSC Image (*.img)\
373        |*.img|Perkin-Elmer TIF (*.tif)|*.tif|GE Image sum (*.sum)\
374        |*.sum|GE Image avg (*.avg)|*.avg|All files (*.*)|*.*',wx.OPEN)
375        if self.dirname:
376            dlg.SetDirectory(self.dirname)
377        try:
378            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
379                self.imagefile = dlg.GetPath()
380                self.dirname = dlg.GetDirectory()
381                ext = ospath.splitext(self.imagefile)[1]
382                Comments = []
383                if ext == '.tif':
384                    Comments,Data,Size,Image = G2IO.GetTifData(self.imagefile)
385                elif ext == '.img':
386                    Comments,Data,Size,Image = G2IO.GetImgData(self.imagefile)
387                    Image[0][0] = 0
388                elif ext == '.mar3450' or ext == '.mar2300':
389                    Comments,Data,Size,Image = G2IO.GetMAR345Data(self.imagefile)
390                elif ext in ['.sum','.avg']:
391                    Comments,Data,Size,Image = G2IO.GetGEsumData(self.imagefile)
392                if Comments:
393                    Id = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text='IMG '+ospath.basename(self.imagefile))
394                    self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Comments'),Comments)
395                    Imax = np.amax(Image)
396                    Imin = np.amin(Image)
397                    if self.imageDefault:
398                        Data = copy.copy(self.imageDefault)
399                        Data['refine'] = [False,False,False,False,False]
400                        Data['showLines'] = True
401                    else:
402                        Data['color'] = 'binary'
403                        Data['tilt'] = 0.0
404                        Data['rotation'] = 0.0
405                        Data['showLines'] = False
406                        Data['ring'] = []
407                        Data['rings'] = []
408                        Data['cutoff'] = 10
409                        Data['pixLimit'] = 20
410                        Data['ellipses'] = []
411                        Data['masks'] = []
412                        Data['calibrant'] = ''
413                        Data['IOtth'] = [2.0,5.0]
414                        Data['LRazimuth'] = [-135,-45]
415                        Data['outChannels'] = 2500
416                        Data['outAzimuths'] = 1
417                        Data['fullIntegrate'] = False
418                        Data['setRings'] = False
419                    Data['setDefault'] = False
420                    Data['range'] = [(Imin,Imax),[Imin,Imax]]
421                    self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Image Controls'),Data)
422                    self.PatternTree.SetItemPyData(Id,[Size,Image])
423                    self.PickId = Id
424                    self.Image = Id
425                    self.PatternTree.SelectItem(Id)
426                    self.PatternTree.Expand(Id)
427        finally:
428            dlg.Destroy()
429       
430    def OnSnglReadMenu(self,event):
431        self.CheckNotebook()
432        dlg = wx.FileDialog(self, 'Choose file', '.', '', 
433            'hkl files (*.hkl)|*.hkl|All files (*.*)|*.*', 
434            wx.OPEN)
435        if self.dirname: dlg.SetDirectory(self.dirname)
436        try:
437            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
438                filename = dlg.GetPath()
439                self.dirname = dlg.GetDirectory()
440                wx.BeginBusyCursor()
441                try:
442                    Data = {}
443                    names = ['Type','Lam']
444                    HKLref,HKLmin,HKLmax,FoMax,ifFc = G2IO.GetHKLData(filename)
445                    Id = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text='SXTL '+ospath.basename(filename))
446                    self.PatternTree.SetItemPyData(Id,HKLref)
447                    Sub = self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Instrument Parameters')
448                    data = ['SXC',1.5428,]
449                    self.PatternTree.SetItemPyData(Sub,[tuple(data),data,names])
450                    Data['Type'] = 'Fosq'
451                    Data['ifFc'] = ifFc
452                    Data['HKLmax'] = HKLmax
453                    Data['HKLmin'] = HKLmin
454                    Data['FoMax'] = FoMax
455                    Data['Zone'] = '001'
456                    Data['Layer'] = 0
457                    Data['Scale'] = 1.0
458                    Data['log-lin'] = 'lin'                   
459                    self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='HKL Plot Controls'),Data)
460                    self.PatternTree.SelectItem(Id)
461                    self.PatternTree.Expand(Id)
462                    self.Sngl = Id
463                finally:
464                    wx.EndBusyCursor()   
465        finally:
466            dlg.Destroy()
467           
468    def CheckNotebook(self):
469        if not G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Notebook'):
470            sub = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text='Notebook')
471            self.PatternTree.SetItemPyData(sub,[''])
472            sub = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text='Controls')
473            self.PatternTree.SetItemPyData(sub,[0])
474       
475       
476    class SumDialog(wx.Dialog):
477        def __init__(self,parent,title,text,type,data):
478            wx.Dialog.__init__(self,parent,-1,title, 
479                pos=wx.DefaultPosition,style=wx.DEFAULT_DIALOG_STYLE)
480            self.data = data
481            panel = wx.Panel(self)
482            mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
483            topLabl = wx.StaticText(panel,-1,text)
484            mainSizer.Add((10,10),1)
485            mainSizer.Add(topLabl,0,wx.ALIGN_CENTER_VERTICAL|wx.LEFT,10)
486            mainSizer.Add((10,10),1)
487            dataGridSizer = wx.FlexGridSizer(rows=len(data),cols=2,hgap=2,vgap=2)
488            for id,item in enumerate(self.data[:-1]):
489                name = wx.TextCtrl(panel,-1,item[1],size=wx.Size(200,20))
490                name.SetEditable(False)
491                scale = wx.TextCtrl(panel,id,str(item[0]),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
492                scale.Bind(wx.EVT_TEXT,self.OnScaleChange)                   
493                dataGridSizer.Add(scale,0,wx.LEFT,10)
494                dataGridSizer.Add(name,0,wx.RIGHT,10)
495            dataGridSizer.Add(wx.StaticText(panel,-1,'Sum result name: '+type),0, \
496                wx.LEFT|wx.TOP|wx.ALIGN_CENTER_VERTICAL,10)
497            self.name = wx.TextCtrl(panel,-1,self.data[-1],size=wx.Size(200,20),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
498            self.name.Bind(wx.EVT_TEXT,self.OnNameChange)
499            dataGridSizer.Add(self.name,0,wx.RIGHT|wx.TOP,10)
500            mainSizer.Add(dataGridSizer,0,wx.EXPAND)
501            OkBtn = wx.Button(panel,-1,"Ok")
502            OkBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnOk)
503            cancelBtn = wx.Button(panel,-1,"Cancel")
504            cancelBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnCancel)
505            btnSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
506            btnSizer.Add((20,20),1)
507            btnSizer.Add(OkBtn)
508            btnSizer.Add((20,20),1)
509            btnSizer.Add(cancelBtn)
510            btnSizer.Add((20,20),1)
511           
512            mainSizer.Add(btnSizer,0,wx.EXPAND|wx.BOTTOM|wx.TOP, 10)
513            panel.SetSizer(mainSizer)
514            panel.Fit()
515            self.Fit()
516           
517        def OnNameChange(self,event):
518            self.data[-1] = self.name.GetValue() 
519           
520        def OnScaleChange(self,event):
521            id = event.GetId()
522            value = self.FindWindowById(id).GetValue()
523            try:
524                self.data[id][0] = float(value)
525            except ValueError:
526                if value and '-' not in value[0]:
527                    print 'bad input - numbers only'
528                    self.FindWindowById(id).SetValue('0.0')
529           
530        def OnOk(self,event):
531            parent = self.GetParent()
532            parent.Raise()
533            self.SetReturnCode(wx.ID_OK)
534            self.MakeModal(False)             
535            self.Destroy()
536           
537        def OnCancel(self,event):
538            parent = self.GetParent()
539            parent.Raise()
540            self.SetReturnCode(wx.ID_CANCEL)
541            self.MakeModal(False)             
542            self.Destroy()
543           
544        def GetData(self):
545                return self.data
546           
547    def OnPwdrSumMenu(self,event):
548        TextList = []
549        DataList = []
550        SumList = []
551        Names = []
552        Inst = []
553        SumItemList = []
554        Comments = ['Sum equals: \n']
555        if self.PatternTree.GetCount():
556            item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
557            while item:
558                name = self.PatternTree.GetItemText(item)
559                Names.append(name)
560                if 'PWDR' in name:
561                    TextList.append([0.0,name])
562                    DataList.append(self.PatternTree.GetItemPyData(item)[1])    # (x,y,w,yc,yb,yd)
563                    if not Inst:
564                        Inst = self.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(self,item, 'Instrument Parameters'))
565                item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)
566            if len(TextList) < 2:
567                self.ErrorDialog('Not enough data to sum','There must be more than one "PWDR" pattern')
568                return
569            TextList.append('default sum name')               
570            dlg = self.SumDialog(self,'Sum data','Enter scale for each pattern in summation','PWDR',TextList)
571            try:
572                if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
573                    lenX = 0
574                    Xminmax = [0,0]
575                    Xsum = []
576                    Ysum = []
577                    Wsum = []
578                    result = dlg.GetData()
579                    for i,item in enumerate(result[:-1]):
580                        scale,name = item
581                        data = DataList[i]
582                        if scale:
583                            Comments.append("%10.3f %s" % (scale,' * '+name))
584                            x,y,w,yc,yb,yd = data
585                            if lenX:
586                                if lenX != len(x):
587                                    self.ErrorDialog('Data length error','Data to be summed must have same number of points'+ \
588                                        '\nExpected:'+str(lenX)+ \
589                                        '\nFound:   '+str(len(x))+'\nfor '+name)
590                                    return
591                            else:
592                                lenX = len(x)
593                            if Xminmax[1]:
594                                if Xminmax != [x[0],x[-1]]:
595                                    self.ErrorDialog('Data range error','Data to be summed must span same range'+ \
596                                        '\nExpected:'+str(Xminmax[0])+' '+str(Xminmax[1])+ \
597                                        '\nFound:   '+str(x[0])+' '+str(x[-1])+'\nfor '+name)
598                                    return
599                                else:
600                                    for j,yi in enumerate(y):
601                                         Ysum[j] += scale*yi
602                            else:
603                                Xminmax = [x[0],x[-1]]
604                                YCsum = [0.0 for i in range(lenX)]
605                                YBsum = [0.0 for i in range(lenX)]
606                                YDsum = [0.0 for i in range(lenX)]
607                                for j,yi in enumerate(y):
608                                    Xsum.append(x[j])
609                                    Ysum.append(scale*yi)
610                                    Wsum.append(w[j])
611                    outname = 'PWDR '+result[-1]
612                    Id = 0
613                    if outname in Names:
614                        dlg2 = wx.MessageDialog(self,'Overwrite data?','Duplicate data name',wx.OK|wx.CANCEL)
615                        try:
616                            if dlg2.ShowModal() == wx.ID_OK:
617                                Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,name)
618                        finally:
619                            dlg2.Destroy()
620                    else:
621                        Id = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text=outname)
622                    if Id:
623                        self.PatternTree.SetItemPyData(Id,[[''],[Xsum,Ysum,Wsum,YCsum,YBsum,YDsum]])
624                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Comments'),Comments)                   
625                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Limits'),[tuple(Xminmax),Xminmax])
626                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Background'),[['chebyschev',1,3,1.0,0.0,0.0]])
627                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Instrument Parameters'),Inst)
628                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Peak List'),[])
629                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Index Peak List'),[])
630                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Unit Cells List'),[])             
631                        self.PatternTree.SelectItem(Id)
632                        self.PatternTree.Expand(Id)
633                   
634            finally:
635                dlg.Destroy()
636
637    def OnImageSum(self,event):
638        TextList = []
639        DataList = []
640        SumList = []
641        Names = []
642        Inst = []
643        SumItemList = []
644        Comments = ['Sum equals: \n']
645        if self.PatternTree.GetCount():
646            item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
647            while item:
648                name = self.PatternTree.GetItemText(item)
649                Names.append(name)
650                if 'IMG' in name:
651                    TextList.append([0.0,name])
652                    DataList.append(self.PatternTree.GetItemPyData(item))        #Size,Image
653                    Data = self.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(self,item,'Image Controls'))
654                item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)
655            if len(TextList) < 2:
656                self.ErrorDialog('Not enough data to sum','There must be more than one "IMG" pattern')
657                return
658            TextList.append('default sum name')               
659            dlg = self.SumDialog(self,'Sum data','Enter scale for each image in summation','IMG',TextList)
660            try:
661                if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
662                    imSize = 0
663                    newImage = []
664                    result = dlg.GetData()
665                    for i,item in enumerate(result[:-1]):
666                        scale,name = item
667                        data = DataList[i]
668                        if scale:
669                            Comments.append("%10.3f %s" % (scale,' * '+name))
670                            size,image = data
671                            if imSize:
672                                if imSize != size:
673                                    self.ErrorDialog('Image size error','Images to be summed must be same size'+ \
674                                        '\nExpected:'+str(imSize)+ \
675                                        '\nFound:   '+str(size)+'\nfor '+name)
676                                    return
677                                newImage += scale*image
678                            else:
679                                imSize = size
680                                newImage = scale*image
681                    outname = 'IMG '+result[-1]
682                    Id = 0
683                    if outname in Names:
684                        dlg2 = wx.MessageDialog(self,'Overwrite data?','Duplicate data name',wx.OK|wx.CANCEL)
685                        try:
686                            if dlg2.ShowModal() == wx.ID_OK:
687                                Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,name)
688                        finally:
689                            dlg2.Destroy()
690                    else:
691                        Id = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text=outname)
692                    if Id:
693                        self.PatternTree.SetItemPyData(Id,[imSize,newImage])
694                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Comments'),Comments)
695                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Image Controls'),Data)                                           
696                        self.PatternTree.SelectItem(Id)
697                        self.PatternTree.Expand(Id)
698                    self.PickId = Id
699                    self.Image = Id
700            finally:
701                dlg.Destroy()
702                     
703    def OnAddPhase(self,event):
704        if not G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases'):
705            sub = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text='Phases')
706        else:
707            sub = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases')
708        PhaseName = ''
709        dlg = wx.TextEntryDialog(None,'Enter a name for this phase','Phase Name Entry','New phase',
710            style=wx.OK)
711        if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
712            PhaseName = dlg.GetValue()
713        dlg.Destroy()
714        sub = self.PatternTree.AppendItem(parent=sub,text=PhaseName)
715        SGData = {'SpGrp':'P 1'}
716        self.PatternTree.SetItemPyData(sub, \
717            {'General':[PhaseName,'nuclear',SGData,[False,10.,10.,10.,90.,90.,90,1000.],
718            [False,1.0],[],{},[],[],[]],'Atoms':[]})
719       
720    def OnDeletePhase(self,event):
721        if self.dataFrame:
722            self.dataFrame.Clear() 
723        TextList = []
724        DelList = []
725        DelItemList = []
726        if G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases'):
727            sub = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases')
728        else:
729            return
730        if sub:
731            item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(sub)
732            while item:
733                TextList.append(self.PatternTree.GetItemText(item))
734                item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(sub, cookie)               
735            dlg = wx.MultiChoiceDialog(self, 'Which phase to delete?', 'Delete phase', TextList, wx.CHOICEDLG_STYLE)
736            try:
737                if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
738                    result = dlg.GetSelections()
739                    for i in result: DelList.append([i,TextList[i]])
740                    item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(sub)
741                    i = 0
742                    while item:
743                        if [i,self.PatternTree.GetItemText(item)] in DelList: DelItemList.append(item)
744                        item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(sub, cookie)
745                        i += 1
746                    for item in DelItemList:
747                        self.PatternTree.Delete(item)
748            finally:
749                dlg.Destroy()       
750       
751    def OnDataDeleteMenu(self, event):
752        TextList = []
753        DelList = []
754        DelItemList = []
755        if self.PatternTree.GetCount():
756            item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
757            while item:
758                name = self.PatternTree.GetItemText(item)
759                if 'PWDR' in name or 'SXTL' in name or 'IMG' in name:
760                    TextList.append(name)
761                item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)               
762            dlg = wx.MultiChoiceDialog(self, 'Which data to delete?', 'Delete data', TextList, wx.CHOICEDLG_STYLE)
763            try:
764                if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
765                    result = dlg.GetSelections()
766                    for i in result: DelList.append(TextList[i])
767                    item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
768                    while item:
769                        if self.PatternTree.GetItemText(item) in DelList: DelItemList.append(item)
770                        item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)
771                    for item in DelItemList:
772                        self.PatternTree.Delete(item)
773                    G2plt.PlotPatterns(self,True)                        #so plot gets updated
774            finally:
775                dlg.Destroy()
776
777    def OnFileOpenMenu(self, event):
778        result = ''
779        Id = 0
780        if self.PatternTree.GetChildrenCount(self.root,False):
781            if self.dataFrame:
782                self.dataFrame.Clear() 
783            dlg = wx.MessageDialog(self, 'Overwrite?','Project exists!',  wx.OK | wx.CANCEL)
784            try:
785                result = dlg.ShowModal()
786                if result == wx.ID_OK:
787                    self.PatternTree.DeleteChildren(self.root)
788                    print 'children deleted'
789            finally:
790                dlg.Destroy()
791        if result != wx.ID_CANCEL:   
792            if self.dataDisplay: self.dataDisplay.Destroy()
793            dlg = wx.FileDialog(self, 'Choose GSAS-II project file', '.', '', 
794                'GSAS-II project file (*.gpx)|*.gpx',wx.OPEN)
795            if self.dirname: dlg.SetDirectory(self.dirname)
796            try:
797                if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
798                    self.GSASprojectfile = dlg.GetPath()
799                    self.dirname = dlg.GetDirectory()
800                    G2IO.ProjFileOpen(self)
801                    self.PatternTree.Expand(self.root)
802                    self.HKL = []
803                    item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
804                    while item and not Id:
805                        name = self.PatternTree.GetItemText(item)
806                        if 'PWDR' in name or 'SXTL' in name or 'IMG' in name:
807                            Id = item
808                        item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)               
809                    if Id:
810                        self.PatternTree.SelectItem(Id)
811            finally:
812                dlg.Destroy()
813
814    def OnFileCloseMenu(self, event):
815        if self.dataFrame:
816            self.dataFrame.Clear()
817            self.dataFrame.SetLabel('GSAS-II data display') 
818        dlg = wx.MessageDialog(self, 'Save current project?', ' ', wx.YES | wx.NO | wx.CANCEL)
819        try:
820            result = dlg.ShowModal()
821            if result == wx.ID_OK:
822                self.OnFileSaveMenu(event)
823            if result != wx.ID_CANCEL:
824                self.GSASprojectfile = ''
825                self.PatternTree.DeleteChildren(self.root)
826                if self.HKL: self.HKL = []
827        finally:
828            dlg.Destroy()
829
830    def OnFileSaveMenu(self, event):
831        if self.GSASprojectfile: 
832            G2IO.ProjFileSave(self)
833        else:
834            self.OnFileSaveasMenu(event)
835
836    def OnFileSaveasMenu(self, event):
837        dlg = wx.FileDialog(self, 'Choose GSAS-II project file name', '.', '', 
838            'GSAS-II project file (*.gpx)|*.gpx',wx.FD_SAVE|wx.FD_OVERWRITE_PROMPT)
839        if self.dirname:
840            dlg.SetDirectory(self.dirname)
841        try:
842            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
843                self.GSASprojectfile = dlg.GetPath()
844                G2IO.ProjFileSave(self)
845                self.dirname = dlg.GetDirectory()
846        finally:
847            dlg.Destroy()
848
849    def ExitMain(self, event):
850        sys.exit()
851       
852    def OnFileExitMenu(self, event):
853        if self.dataFrame:
854            self.dataFrame.Clear() 
855            self.dataFrame.Destroy()
856        self.Close()
857       
858    def OnImportPattern(self,event):
859            dlg = wx.FileDialog(self, 'Choose nonGSAS powder file', '.', '', 
860                '(*.*)|*.*',wx.OPEN)
861            if self.dirname:
862                dlg.SetDirectory(self.dirname)
863            try:
864                if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
865                    self.powderfile = dlg.GetPath()
866                    self.dirname = dlg.GetDirectory()
867            finally:
868                dlg.Destroy()
869               
870    def OnImportHKL(self,event):
871            dlg = wx.FileDialog(self, 'Choose structure factor file', '.', '', 
872                '(*.*)|*.*',wx.OPEN)
873            if self.dirname:
874                dlg.SetDirectory(self.dirname)
875            try:
876                if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
877                    self.HKLfile = dlg.GetPath()
878                    self.dirname = dlg.GetDirectory()
879            finally:
880                dlg.Destroy()
881       
882    def OnImportPhase(self,event):
883            dlg = wx.FileDialog(self, 'Choose GSAS EXP file', '.', '', 
884                'EXP file (*.EXP)|*.EXP',wx.OPEN)
885            if self.dirname:
886                dlg.SetDirectory(self.dirname)
887            try:
888                Phase = {}
889                if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
890                    EXPfile = dlg.GetPath()
891                    self.dirname = dlg.GetDirectory()
892                    Phase = G2IO.ReadEXPPhase(EXPfile)
893            finally:
894                dlg.Destroy()
895            if Phase:
896                PhaseName = Phase['General'][0]
897                if not G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases'):
898                    sub = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text='Phases')
899                else:
900                    sub = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases')
901                sub = self.PatternTree.AppendItem(parent=sub,text=PhaseName)
902                self.PatternTree.SetItemPyData(sub,Phase)
903               
904    def OnImportPDB(self,event):
905            dlg = wx.FileDialog(self, 'Choose PDB file', '.', '', 
906                'PDB file (*.pdb,*.ent)|*.pdb;*.ent|All files (*.*)|*.*',wx.OPEN)
907            if self.dirname:
908                dlg.SetDirectory(self.dirname)
909            try:
910                if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
911                    PDBfile = dlg.GetPath()
912                    self.dirname = dlg.GetDirectory()
913                    Phase = G2IO.ReadPDBPhase(PDBfile)
914            finally:
915                dlg.Destroy()
916            if Phase:
917                PhaseName = Phase['General'][0]
918                if not G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases'):
919                    sub = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text='Phases')
920                else:
921                    sub = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases')
922                sub = self.PatternTree.AppendItem(parent=sub,text=PhaseName)
923                self.PatternTree.SetItemPyData(sub,Phase)       
924       
925    def OnImportCIF(self,event):
926            dlg = wx.FileDialog(self, 'Choose CIF file', '.', '', 
927                'CIF file (*.cif)|*.cif',wx.OPEN)
928            if self.dirname:
929                dlg.SetDirectory(self.dirname)
930            try:
931                if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
932                    self.CIFfile = dlg.GetPath()
933                    self.dirname = dlg.GetDirectory()
934            finally:
935                dlg.Destroy()
936       
937    def OnExportPattern(self,event):
938        dlg = wx.FileDialog(self, 'Choose output powder file name', '.', '', 
939            'xye file (*.xye)|*.xye',wx.FD_SAVE|wx.FD_OVERWRITE_PROMPT)
940        if self.dirname:
941            dlg.SetDirectory(self.dirname)
942        try:
943            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
944                self.powderfile = dlg.GetPath()
945                G2IO.PowderxyeSave(self)
946                self.dirname = dlg.GetDirectory()
947        finally:
948            dlg.Destroy()
949       
950    def OnExportPeakList(self,event):
951        dlg = wx.FileDialog(self, 'Choose output peak list file name', '.', '', 
952            '(*.*)|*.*',wx.FD_SAVE|wx.FD_OVERWRITE_PROMPT)
953        if self.dirname:
954            dlg.SetDirectory(self.dirname)
955        try:
956            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
957                self.peaklistfile = dlg.GetPath()
958                file = open(self.peaklistfile,'wa')               
959                item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
960                while item:
961                    name = self.PatternTree.GetItemText(item)
962                    if 'PWDR' in name:
963                        item2, cookie2 = self.PatternTree.GetFirstChild(item)
964                        while item2:
965                            name2 = self.PatternTree.GetItemText(item2)
966                            if name2 == 'Peak List':
967                                peaks = self.PatternTree.GetItemPyData(item2)
968                                file.write("%s \n" % (name+' Peak List'))               
969                                for peak in peaks:
970                                    file.write("%10.4f %12.2f %10.3f %10.3f \n" % \
971                                        (peak[0],peak[2],peak[4],peak[6]))
972                            item2, cookie2 = self.PatternTree.GetNextChild(item, cookie2)                           
973                    item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)                           
974                file.close()
975                self.dirname = dlg.GetDirectory()
976        finally:
977            dlg.Destroy()
978       
979    def OnExportHKL(self,event):
980        event.Skip()
981       
982    def OnExportPhase(self,event):
983        event.Skip()
984       
985    def OnExportCIF(self,event):
986        event.Skip()
987       
988    def OnUnDo(self,event):
989        self.DoUnDo()
990        self.UnDo.Enable(False)
991       
992    def DoUnDo(self):
993        print 'Undo last refinement'
994        file = open('GSASII.save','rb')
995        PatternId = self.PatternId
996        for item in ['Background','Instrument Parameters','Peak List']:
997            self.PatternTree.SetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(self,PatternId, item),cPickle.load(file))
998            if self.dataDisplay.GetName() == item:
999                if item == 'Background':
1000                    G2gd.UpdateBackgroundGrid(self,self.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(self,PatternId, item)))
1001                elif item == 'Instrument Parameters':
1002                    G2gd.UpdateInstrumentGrid(self,self.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(self,PatternId, item)))
1003                elif item == 'Peak List':
1004                    G2gd.UpdatePeakGrid(self,self.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(self,PatternId, item)))
1005            print item,' recovered'
1006        file.close()
1007       
1008    def SaveState(self):
1009        file = open('GSASII.save','wb')
1010        PatternId = self.PatternId
1011        for item in ['Background','Instrument Parameters','Peak List']:
1012            cPickle.dump(self.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(self,PatternId,item)),file,1)
1013        file.close()
1014        self.UnDo.Enable(True)
1015               
1016    def ErrorDialog(self,title,message):
1017        dlg = wx.MessageDialog(self, message, title,  wx.OK)
1018        try:
1019            result = dlg.ShowModal()
1020        finally:
1021            dlg.Destroy()
1022
1023    def OnHelpHelpMenu(self, event):
1024        event.Skip()
1025       
1026    def OnHelpAboutMenu(self, event):
1027        info = wx.AboutDialogInfo()
1028        info.Name = 'GSAS-II'
1029        info.Version = '0.0.1'
1030        info.Copyright = '''
1031Robert B. Von Dreele
1032Argonne National Laboratory(C)
1033This product includes software developed
1034by the UChicago Argonne, LLC, as
1035Operator of Argonne National Laboratory.         '''
1036        info.Description = '''
1037General Structure Analysis System - II
1038        '''
1039        wx.AboutBox(info)
1040       
1041class GSASIImain(wx.App):
1042    def OnInit(self):
1043        self.main = GSASII(None)
1044        self.main.Show()
1045        self.SetTopWindow(self.main)
1046        return True
1047
1048def main():
1049    application = GSASIImain(0)
1050    application.MainLoop()
1051
1052if __name__ == '__main__':
1053    main()
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.