source: trunk/GSASII.py @ 45

Last change on this file since 45 was 45, checked in by vondreel, 13 years ago

remove plotting routines

File size: 49.3 KB
Line 
1#GSASII
2
3import os.path as ospath
4import sys
5import math
6import cPickle
7import time
8import copy
9import numpy as np
10import wx
11import matplotlib as mpl
12
13# load the GSAS routines
14import GSASIIIO as G2IO
15import GSASIIcomp as G2cmp
16import GSASIIgrid as G2gd
17import GSASIIplot as G2plt
18
19# print versions
20print "Available python module versions for pyGSASII:"
21print "python:     ",sys.version[:5]
22print "wxpython:   ",wx.__version__
23print "matplotlib: ",mpl.__version__
24print "numpy:      ",np.__version__
25
26__version__ = '0.1.3'
27
28# useful degree trig functions
29sind = lambda x: math.sin(x*math.pi/180.)
30cosd = lambda x: math.cos(x*math.pi/180.)
31tand = lambda x: math.tan(x*math.pi/180.)
32asind = lambda x: 180.*math.asin(x)/math.pi
33acosd = lambda x: 180.*math.acos(x)/math.pi
34atan2d = lambda x,y: 180.*math.atan2(y,x)/math.pi
35
36def create(parent):
37    return GSASII(parent)
38
39[wxID_GSASII, wxID_GSASIIPATTERNTREE, wxID_GSASIIDATA, wxID_GSASIIPICKGRID,
40] = [wx.NewId() for _init_ctrls in range(4)]
41
42[wxID_GSASIIFILECLOSE, wxID_GSASIIFILEEXIT, wxID_GSASIIFILEOPEN, 
43 wxID_GSASIIFILESAVE, wxID_GSASIIFILESAVEAS, wxID_GSASIIUNDO, 
44] = [wx.NewId() for _init_coll_File_Items in range(6)]
45
46[wxID_GSASIIPWDRREAD,wxID_GSASIISNGLREAD,wxID_GSASIIADDPHASE,wxID_GSASIIDELETEPHASE,
47 wxID_GSASIIDATADELETE,wxID_GSASIIREADPEAKS,wxID_GSASIIPWDSUM,wxID_GSASIIIMGREAD,
48 wxID_GSASIIIMSUM,
49] = [wx.NewId() for _init_coll_Data_Items in range(9)]
50
51[wxID_GSASIIIMPORT, wxID_GSASIIIMPORTPATTERN, wxID_GSASIIIMPORTHKL, wxID_GSASIIIMPORTPHASE,
52wxID_GSASIIIMPORTCIF, wxID_GSASIIIMPORTPDB, 
53] = [wx.NewId() for _init_coll_Import_Items in range(6)]
54
55[wxID_GSAIIEXPORT, wxID_GSASIIEXPORTPATTERN, wxID_GSASIIEXPORTHKL, wxID_GSASIIEXPORTPHASE,
56wxID_GSASIIEXPORTCIF, wxID_GSASIIEXPORTPEAKLIST
57] = [wx.NewId() for _init_coll_Export_Items in range(6)]
58
59[wxID_GSASIIHELPABOUT, wxID_GSASIIHELPHELP, 
60] = [wx.NewId() for _init_coll_Help_Items in range(2)]
61
62class GSASII(wx.Frame):
63   
64    def _init_coll_GSASIIMenu_Menus(self, parent):
65        parent.Append(menu=self.File, title='File')
66        parent.Append(menu=self.Data, title='Data')
67        parent.Append(menu=self.Calculate, title='Calculate')
68        parent.Append(menu=self.Import, title='Import')
69        parent.Append(menu=self.Export, title='Export')
70        parent.Append(menu=self.Help, title='Help')
71
72    def _init_coll_File_Items(self, parent):
73        parent.Append(help='', id=wxID_GSASIIFILEOPEN, kind=wx.ITEM_NORMAL,
74            text='Open project')
75        parent.Append(help='', id=wxID_GSASIIFILESAVE, kind=wx.ITEM_NORMAL,
76            text='Save project')
77        parent.Append(help='', id=wxID_GSASIIFILESAVEAS, kind=wx.ITEM_NORMAL,
78            text='SaveAs')
79        parent.Append(help='', id=wxID_GSASIIFILECLOSE, kind=wx.ITEM_NORMAL,
80            text='Close project')
81        parent.Append(help='', id=wxID_GSASIIFILEEXIT, kind=wx.ITEM_NORMAL,
82            text='Exit')
83        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnFileOpenMenu, id=wxID_GSASIIFILEOPEN)
84        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnFileSaveMenu, id=wxID_GSASIIFILESAVE)
85        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnFileSaveasMenu, id=wxID_GSASIIFILESAVEAS)
86        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnFileCloseMenu, id=wxID_GSASIIFILECLOSE)
87        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnFileExitMenu, id=wxID_GSASIIFILEEXIT)
88       
89    def _init_coll_Data_Items(self,parent):
90        parent.Append(help='', id=wxID_GSASIIPWDRREAD, kind=wx.ITEM_NORMAL,
91            text='Read powder data')
92        parent.Append(help='',id=wxID_GSASIIIMGREAD, kind=wx.ITEM_NORMAL,
93            text='Read image data')
94        parent.Append(help='',id=wxID_GSASIIREADPEAKS, kind=wx.ITEM_NORMAL,
95            text='Read Powder Pattern Peaks')
96        parent.Append(help='', id=wxID_GSASIISNGLREAD, kind=wx.ITEM_NORMAL,
97            text='Read single crystal data')
98        parent.Append(help='', id=wxID_GSASIIPWDSUM, kind=wx.ITEM_NORMAL,
99            text='Sum powder data')
100        parent.Append(help='',id=wxID_GSASIIIMSUM, kind=wx.ITEM_NORMAL,
101            text='Sum image data')
102        parent.Append(help='', id=wxID_GSASIIADDPHASE, kind=wx.ITEM_NORMAL,
103            text='Add phase')
104        parent.Append(help='', id=wxID_GSASIIDELETEPHASE, kind=wx.ITEM_NORMAL,
105            text='Delete phase')
106        parent.Append(help='', id=wxID_GSASIIDATADELETE, kind=wx.ITEM_NORMAL,
107            text='Delete data')
108        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnPwdrReadMenu, id=wxID_GSASIIPWDRREAD)
109        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnPwdrSumMenu, id=wxID_GSASIIPWDSUM)
110        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnReadPowderPeaks, id=wxID_GSASIIREADPEAKS)
111        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnImageRead, id=wxID_GSASIIIMGREAD)
112        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnImageSum, id=wxID_GSASIIIMSUM)
113        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnSnglReadMenu, id=wxID_GSASIISNGLREAD)
114        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnAddPhase, id=wxID_GSASIIADDPHASE)
115        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnDeletePhase, id=wxID_GSASIIDELETEPHASE)
116        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnDataDeleteMenu, id=wxID_GSASIIDATADELETE)
117               
118    def _init_coll_Calculate_Items(self,parent):
119        self.UnDo = parent.Append(help='', id=wxID_GSASIIUNDO, kind=wx.ITEM_NORMAL,
120            text='UnDo')
121        self.UnDo.Enable(False)
122        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnUnDo, id=wxID_GSASIIUNDO)
123       
124    def _init_coll_Import_Items(self,parent):
125        self.ImportPhase = parent.Append(help='Import phase data from GSAS EXP file',
126            id=wxID_GSASIIIMPORTPHASE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Import GSAS EXP Phase')
127        self.ImportPDB = parent.Append(help='Import phase data from PDB file',
128            id=wxID_GSASIIIMPORTPDB, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Import PDB Phase')
129        self.ImportPattern = parent.Append(help='',id=wxID_GSASIIIMPORTPATTERN, kind=wx.ITEM_NORMAL,
130            text='Import Powder Pattern')
131        self.ImportHKL = parent.Append(help='',id=wxID_GSASIIIMPORTHKL, kind=wx.ITEM_NORMAL,
132            text='Import HKLs')
133        self.ImportCIF = parent.Append(help='',id=wxID_GSASIIIMPORTCIF, kind=wx.ITEM_NORMAL,
134            text='Import CIF')
135        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnImportPhase, id=wxID_GSASIIIMPORTPHASE)
136        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnImportPDB, id=wxID_GSASIIIMPORTPDB)
137        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnImportPattern, id=wxID_GSASIIIMPORTPATTERN)
138        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnImportHKL, id=wxID_GSASIIIMPORTHKL)
139        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnImportCIF, id=wxID_GSASIIIMPORTCIF)
140
141    def _init_coll_Export_Items(self,parent):
142        self.ExportPattern = parent.Append(help='',id=wxID_GSASIIEXPORTPATTERN, kind=wx.ITEM_NORMAL,
143            text='Export Powder Pattern')
144        self.ExportPeakList = parent.Append(help='',id=wxID_GSASIIEXPORTPEAKLIST, kind=wx.ITEM_NORMAL,
145            text='Export All Peak Lists')
146        self.ExportHKL = parent.Append(help='',id=wxID_GSASIIEXPORTHKL, kind=wx.ITEM_NORMAL,
147            text='Export HKLs')
148        self.ExportPhase = parent.Append(help='',id=wxID_GSASIIEXPORTPHASE, kind=wx.ITEM_NORMAL,
149            text='Export Phase')
150        self.ExportCIF = parent.Append(help='',id=wxID_GSASIIEXPORTCIF, kind=wx.ITEM_NORMAL,
151            text='Export CIF')
152        self.ExportPattern.Enable(False)
153        self.ExportPeakList.Enable(True)
154        self.ExportHKL.Enable(False)
155        self.ExportPhase.Enable(False)
156        self.ExportCIF.Enable(False)
157        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnExportPattern, id=wxID_GSASIIEXPORTPATTERN)
158        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnExportPeakList, id=wxID_GSASIIEXPORTPEAKLIST)
159        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnExportHKL, id=wxID_GSASIIEXPORTHKL)
160        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnExportPhase, id=wxID_GSASIIEXPORTPHASE)
161        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnExportCIF, id=wxID_GSASIIEXPORTCIF)
162               
163    def _init_coll_Help_Items(self, parent):
164        parent.Append(help='', id=wxID_GSASIIHELPHELP, kind=wx.ITEM_NORMAL,
165            text='Help')
166        parent.Append(help='', id=wxID_GSASIIHELPABOUT, kind=wx.ITEM_NORMAL,
167            text='About')
168        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnHelpHelpMenu, id=wxID_GSASIIHELPHELP)
169        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnHelpAboutMenu, id=wxID_GSASIIHELPABOUT)
170
171    def _init_utils(self):
172        self.GSASIIMenu = wx.MenuBar()
173        self.File = wx.Menu(title='')
174        self.Data = wx.Menu(title='')       
175        self.Calculate = wx.Menu(title='')       
176        self.Import = wx.Menu(title='')       
177        self.Export = wx.Menu(title='')       
178        self.Help = wx.Menu(title='')
179
180        self._init_coll_GSASIIMenu_Menus(self.GSASIIMenu)
181        self._init_coll_File_Items(self.File)
182        self._init_coll_Data_Items(self.Data)
183        self._init_coll_Calculate_Items(self.Calculate)
184        self._init_coll_Import_Items(self.Import)
185        self._init_coll_Export_Items(self.Export)
186        self._init_coll_Help_Items(self.Help)
187       
188    def _init_ctrls(self, parent):
189        wx.Frame.__init__(self, id=wxID_GSASII, name='GSASII', parent=parent,
190            size=wx.Size(300, 250),style=wx.DEFAULT_FRAME_STYLE, title='GSAS-II')
191        screenSize = wx.DisplaySize()
192        Size = self.GetSize()
193        xPos = screenSize[0]-Size[0]
194        self.SetPosition(wx.Point(xPos,0))
195        self._init_utils()
196        self.SetMenuBar(self.GSASIIMenu)
197        self.Bind(wx.EVT_SIZE, self.OnSize)
198        self.mainPanel = wx.Panel(self,-1)
199       
200        self.PatternTree = wx.TreeCtrl(id=wxID_GSASIIPATTERNTREE,
201            parent=self.mainPanel, pos=wx.Point(0, 0),style=wx.TR_DEFAULT_STYLE )
202        self.PatternTree.Bind(wx.EVT_TREE_SEL_CHANGED,
203            self.OnPatternTreeSelChanged, id=wxID_GSASIIPATTERNTREE)
204        self.PatternTree.Bind(wx.EVT_TREE_ITEM_COLLAPSED,
205            self.OnPatternTreeItemCollapsed, id=wxID_GSASIIPATTERNTREE)
206        self.PatternTree.Bind(wx.EVT_TREE_ITEM_EXPANDED,
207            self.OnPatternTreeItemExpanded, id=wxID_GSASIIPATTERNTREE)
208        self.root = self.PatternTree.AddRoot("Loaded Data")
209       
210        plotFrame = wx.Frame(None,-1,'GSASII Plots',size=wx.Size(700,600), \
211            style=wx.DEFAULT_FRAME_STYLE ^ wx.CLOSE_BOX)
212        self.G2plotNB = G2plt.G2PlotNoteBook(plotFrame)
213        plotFrame.Show()
214       
215        self.dataDisplay = None
216       
217    def __init__(self, parent):
218        self._init_ctrls(parent)
219        self.Bind(wx.EVT_CLOSE, self.ExitMain)
220        self.dirname = ''
221        self.GSASprojectfile = ''
222        self.Offset = 0.0
223        self.Weight = False
224        self.IparmName = ''
225        self.IfPlot = False
226        self.PatternId = 0
227        self.PickId = 0
228        self.PeakTable = []
229        self.LimitsTable = []
230        self.HKL = []
231        self.Lines = []
232        self.itemPicked = None
233        self.dataFrame = None
234        self.Contour = False
235        self.plotView = 0
236        self.Image = 0
237        self.Img = 0
238        self.Pwdr = False
239        self.imageDefault = {}
240        self.Sngl = 0
241        self.ifGetRing = False
242
243    def OnSize(self,event):
244        w,h = self.GetClientSizeTuple()
245        self.mainPanel.SetSize(wx.Size(w,h))
246        self.PatternTree.SetSize(wx.Size(w,h))
247                       
248    def OnPatternTreeSelChanged(self, event):
249        pltNum = self.G2plotNB.nb.GetSelection()
250        if pltNum >= 0:                         #to avoid the startup with no plot!
251            pltPage = self.G2plotNB.nb.GetPage(pltNum)
252            pltPlot = pltPage.figure.gca()
253            pltPage.xylim = [pltPlot.get_xlim(),pltPlot.get_ylim()]
254            pltPage.views = copy.deepcopy(pltPage.toolbar._views)
255        item = event.GetItem()
256        G2gd.MovePatternTreeToGrid(self,item)
257       
258    def OnPatternTreeItemCollapsed(self, event):
259        event.Skip()
260
261    def OnPatternTreeItemExpanded(self, event):
262        self.PatternTree.ScrollTo(self.PatternTree.GetLastChild(event.GetItem()))
263       
264    def OnPatternTreeDeleteItem(self, event):
265        event.Skip()
266
267    def OnPatternTreeItemActivated(self, event):
268        event.Skip()
269       
270    def OnPwdrReadMenu(self, event):
271        self.CheckNotebook()
272        dlg = wx.FileDialog(self, 'Choose files', '.', '', 
273            'GSAS fxye files (*.fxye)|*.fxye|GSAS fxy files (*.fxy)|*.fxy|All files (*.*)|*.*', 
274            wx.OPEN | wx.MULTIPLE)
275        if self.dirname: dlg.SetDirectory(self.dirname)
276        try:
277            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
278                filenames = dlg.GetPaths()
279                filenames.sort()
280                self.dirname = dlg.GetDirectory()
281                for filename in filenames:
282                    Data,Iparm,Comments = G2IO.SelectPowderData(self, filename)              #Data: list of tuples (filename,Pos,Bank)
283                    if not Data:                                                    #if Data rejected by user - go to next one
284                        continue
285                    DataType = Iparm['INS   HTYPE ']                                #expect only 4 char string
286                    DataType = DataType.strip()[0:3]                                #just 1st 3 chars
287                    wx.BeginBusyCursor()
288                    try:
289                        for Item in Data:
290                            vals = Item[2].split()          #split up the BANK record
291                            Id = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text='PWDR '+ospath.basename(Item[0])+': '+vals[0]+vals[1])
292                            data = G2IO.GetPowderData(filename,Item[1],Item[2],DataType)
293                            self.PatternTree.SetItemPyData(Id,[Item,data])
294                            '''
295                            Each tree item data is a list with:
296                            Item: the (filename,Pos,Bank) tuple
297                            data: (x,y,w,yc,yb,yd) list  of np.arrays from GetPowderData
298                            '''
299                           
300                            self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Comments'),Comments)                           
301                            Tmin = min(data[0])
302                            Tmax = max(data[0])
303                            self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Limits'),[(Tmin,Tmax),[Tmin,Tmax]])
304                            self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Background'),[['chebyschev',1,3,1.0,0.0,0.0]])
305       
306                            data = [DataType,]
307                            if 'C' in DataType:
308                                s = Iparm['INS  1 ICONS']
309                                v = (G2IO.sfloat(s[:10]),G2IO.sfloat(s[10:20]),G2IO.sfloat(s[20:30]),G2IO.sfloat(s[55:65]),G2IO.sfloat(s[40:50])) #get lam1, lam2, zero, pola & ratio
310                                if not v[1]:
311                                    names = ['Type','Lam','Zero','Polariz.','U','V','W','X','Y','SH/L'] 
312                                    v = (v[0],v[2],v[4])
313                                    codes = [0,0,0,0]
314                                else:
315                                    names = ['Type','Lam1','Lam2','Zero','I(L2)/I(L1)','Polariz.','U','V','W','X','Y','SH/L']
316                                    codes = [0,0,0,0,0,0]
317                                data.extend(v)
318                                v1 = Iparm['INS  1PRCF1 '].split()                                                 
319                                v = Iparm['INS  1PRCF11'].split()
320                                data.extend([float(v[0]),float(v[1]),float(v[2])])                  #get GU, GV & GW - always here
321                                v = Iparm['INS  1PRCF12'].split()
322                                if v1[0] == 3:
323                                    data.extend([float(v[0]),float(v[1]),float(v[2])+float(v[3])])  #get LX, LY & S+H/L
324                                else:
325                                    data.extend([0.0,0.0,0.002])                                      #OK defaults if fxn #3 not 1st in iprm file
326                                codes.extend([0,0,0,0,0,0])
327                            self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Instrument Parameters'),[tuple(data),data,codes,names])
328                            self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Peak List'),[])
329                            self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Index Peak List'),[])
330                            self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Unit Cells List'),[])             
331                            self.PatternId = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,Id,'Limits')
332                    finally:
333                        wx.EndBusyCursor()
334                self.PatternTree.Expand(Id)
335                self.PatternTree.SelectItem(Id)
336   
337        finally:
338            dlg.Destroy()
339       
340    def OnReadPowderPeaks(self,event):
341        Cuka = 1.54052
342        self.CheckNotebook()
343        dlg = wx.FileDialog(self, 'Choose file with peak list', '.', '', 
344            'peak files (*.txt)|*.txt|All files (*.*)|*.*',wx.OPEN)
345        if self.dirname:
346            dlg.SetDirectory(self.dirname)
347        try:
348            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
349                self.HKL = []
350                self.powderfile = dlg.GetPath()
351                self.dirname = dlg.GetDirectory()
352                comments,peaks = G2IO.GetPowderPeaks(self.powderfile)
353                Id = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text='PKS '+ospath.basename(self.powderfile))
354                data = ['PKS',Cuka,0.0]
355                names = ['Type','Lam','Zero'] 
356                codes = [0,0]
357                self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Instrument Parameters'),[tuple(data),data,codes,names])
358                self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Comments'),comments)
359                self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Index Peak List'),peaks)
360                self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Unit Cells List'),[])             
361                self.PatternTree.Expand(Id)
362                self.PatternTree.SelectItem(Id)
363        finally:
364            dlg.Destroy()
365           
366    def OnImageRead(self,event):
367        self.CheckNotebook()
368        dlg = wx.FileDialog(self, 'Choose image file', '.', '',\
369        'MAR345 (*.mar3450;*.mar2300)|*.mar3450;*.mar2300|ADSC Image (*.img)\
370        |*.img|Perkin-Elmer TIF (*.tif)|*.tif|GE Image sum (*.sum)\
371        |*.sum|GE Image avg (*.avg)|*.avg|All files (*.*)|*.*',wx.OPEN)
372        if self.dirname:
373            dlg.SetDirectory(self.dirname)
374        try:
375            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
376                self.imagefile = dlg.GetPath()
377                self.dirname = dlg.GetDirectory()
378                ext = ospath.splitext(self.imagefile)[1]
379                Comments = []
380                if ext == '.tif':
381                    Comments,Data,Size,Image = G2IO.GetTifData(self.imagefile)
382                elif ext == '.img':
383                    Comments,Data,Size,Image = G2IO.GetImgData(self.imagefile)
384                    Image[0][0] = 0
385                elif ext == '.mar3450' or ext == '.mar2300':
386                    Comments,Data,Size,Image = G2IO.GetMAR345Data(self.imagefile)
387                elif ext in ['.sum','.avg']:
388                    Comments,Data,Size,Image = G2IO.GetGEsumData(self.imagefile)
389                if Comments:
390                    Id = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text='IMG '+ospath.basename(self.imagefile))
391                    self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Comments'),Comments)
392                    Imax = np.amax(Image)
393                    Imin = np.amin(Image)
394                    if self.imageDefault:
395                        Data = copy.copy(self.imageDefault)
396                        Data['refine'] = [False,False,False,False,False]
397                        Data['showLines'] = True
398                    else:
399                        Data['color'] = 'binary'
400                        Data['tilt'] = 0.0
401                        Data['rotation'] = 0.0
402                        Data['showLines'] = False
403                        Data['ring'] = []
404                        Data['rings'] = []
405                        Data['cutoff'] = 10
406                        Data['pixLimit'] = 20
407                        Data['ellipses'] = []
408                        Data['masks'] = []
409                        Data['calibrant'] = ''
410                        Data['IOtth'] = [2.0,5.0]
411                        Data['LRazimuth'] = [-45,45]
412                        Data['outChannels'] = 2500
413                        Data['fullIntegrate'] = False
414                        Data['setRings'] = False
415                    Data['setDefault'] = False
416                    Data['range'] = [(Imin,Imax),[Imin,Imax]]
417                    self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Image Controls'),Data)
418                    self.PatternTree.SetItemPyData(Id,[Size,Image])
419                    self.PickId = Id
420                    self.Image = Id
421                    self.PatternTree.SelectItem(Id)
422                    self.PatternTree.Expand(Id)
423        finally:
424            dlg.Destroy()
425       
426    def OnSnglReadMenu(self,event):
427        self.CheckNotebook()
428        dlg = wx.FileDialog(self, 'Choose file', '.', '', 
429            'hkl files (*.hkl)|*.hkl|All files (*.*)|*.*', 
430            wx.OPEN)
431        if self.dirname: dlg.SetDirectory(self.dirname)
432        try:
433            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
434                filename = dlg.GetPath()
435                self.dirname = dlg.GetDirectory()
436                wx.BeginBusyCursor()
437                try:
438                    Data = {}
439                    names = ['Type','Lam']
440                    HKLref,HKLmin,HKLmax,FoMax,ifFc = G2IO.GetHKLData(filename)
441                    Id = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text='SXTL '+ospath.basename(filename))
442                    self.PatternTree.SetItemPyData(Id,HKLref)
443                    Sub = self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Instrument Parameters')
444                    data = ['SXC',1.5428,]
445                    self.PatternTree.SetItemPyData(Sub,[tuple(data),data,names])
446                    Data['Type'] = 'Fosq'
447                    Data['ifFc'] = ifFc
448                    Data['HKLmax'] = HKLmax
449                    Data['HKLmin'] = HKLmin
450                    Data['FoMax'] = FoMax
451                    Data['Zone'] = '001'
452                    Data['Layer'] = 0
453                    Data['Scale'] = 1.0
454                    Data['log-lin'] = 'lin'                   
455                    self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='HKL Plot Controls'),Data)
456                    self.PatternTree.SelectItem(Id)
457                    self.PatternTree.Expand(Id)
458                    self.Sngl = Id
459                finally:
460                    wx.EndBusyCursor()   
461        finally:
462            dlg.Destroy()
463           
464    def CheckNotebook(self):
465        if not G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Notebook'):
466            sub = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text='Notebook')
467            self.PatternTree.SetItemPyData(sub,[''])
468            sub = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text='Controls')
469            self.PatternTree.SetItemPyData(sub,[0])
470       
471       
472    class SumDialog(wx.Dialog):
473        def __init__(self,parent,title,text,type,data):
474            wx.Dialog.__init__(self,parent,-1,title, 
475                pos=wx.DefaultPosition,style=wx.DEFAULT_DIALOG_STYLE)
476            self.data = data
477            panel = wx.Panel(self)
478            mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
479            topLabl = wx.StaticText(panel,-1,text)
480            mainSizer.Add((10,10),1)
481            mainSizer.Add(topLabl,0,wx.ALIGN_CENTER_VERTICAL|wx.LEFT,10)
482            mainSizer.Add((10,10),1)
483            dataGridSizer = wx.FlexGridSizer(rows=len(data),cols=2,hgap=2,vgap=2)
484            for id,item in enumerate(self.data[:-1]):
485                name = wx.TextCtrl(panel,-1,item[1],size=wx.Size(200,20))
486                name.SetEditable(False)
487                scale = wx.TextCtrl(panel,id,str(item[0]),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
488                scale.Bind(wx.EVT_TEXT,self.OnScaleChange)                   
489                dataGridSizer.Add(scale,0,wx.LEFT,10)
490                dataGridSizer.Add(name,0,wx.RIGHT,10)
491            dataGridSizer.Add(wx.StaticText(panel,-1,'Sum result name: '+type),0, \
492                wx.LEFT|wx.TOP|wx.ALIGN_CENTER_VERTICAL,10)
493            self.name = wx.TextCtrl(panel,-1,self.data[-1],size=wx.Size(200,20),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
494            self.name.Bind(wx.EVT_TEXT,self.OnNameChange)
495            dataGridSizer.Add(self.name,0,wx.RIGHT|wx.TOP,10)
496            mainSizer.Add(dataGridSizer,0,wx.EXPAND)
497            OkBtn = wx.Button(panel,-1,"Ok")
498            OkBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnOk)
499            cancelBtn = wx.Button(panel,-1,"Cancel")
500            cancelBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnCancel)
501            btnSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
502            btnSizer.Add((20,20),1)
503            btnSizer.Add(OkBtn)
504            btnSizer.Add((20,20),1)
505            btnSizer.Add(cancelBtn)
506            btnSizer.Add((20,20),1)
507           
508            mainSizer.Add(btnSizer,0,wx.EXPAND|wx.BOTTOM|wx.TOP, 10)
509            panel.SetSizer(mainSizer)
510            panel.Fit()
511            self.Fit()
512           
513        def OnNameChange(self,event):
514            self.data[-1] = self.name.GetValue() 
515           
516        def OnScaleChange(self,event):
517            id = event.GetId()
518            value = self.FindWindowById(id).GetValue()
519            try:
520                self.data[id][0] = float(value)
521            except ValueError:
522                if value and '-' not in value[0]:
523                    print 'bad input - numbers only'
524                    self.FindWindowById(id).SetValue('0.0')
525           
526        def OnOk(self,event):
527            parent = self.GetParent()
528            parent.Raise()
529            self.SetReturnCode(wx.ID_OK)
530            self.MakeModal(False)             
531            self.Destroy()
532           
533        def OnCancel(self,event):
534            parent = self.GetParent()
535            parent.Raise()
536            self.SetReturnCode(wx.ID_CANCEL)
537            self.MakeModal(False)             
538            self.Destroy()
539           
540        def GetData(self):
541                return self.data
542           
543    def OnPwdrSumMenu(self,event):
544        TextList = []
545        DataList = []
546        SumList = []
547        Names = []
548        Inst = []
549        SumItemList = []
550        Comments = ['Sum equals: \n']
551        if self.PatternTree.GetCount():
552            item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
553            while item:
554                name = self.PatternTree.GetItemText(item)
555                Names.append(name)
556                if 'PWDR' in name:
557                    TextList.append([0.0,name])
558                    DataList.append(self.PatternTree.GetItemPyData(item)[1])    # (x,y,w,yc,yb,yd)
559                    if not Inst:
560                        Inst = self.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(self,item, 'Instrument Parameters'))
561                item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)
562            if len(TextList) < 2:
563                self.ErrorDialog('Not enough data to sum','There must be more than one "PWDR" pattern')
564                return
565            TextList.append('default sum name')               
566            dlg = self.SumDialog(self,'Sum data','Enter scale for each pattern in summation','PWDR',TextList)
567            try:
568                if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
569                    lenX = 0
570                    Xminmax = [0,0]
571                    Xsum = []
572                    Ysum = []
573                    Wsum = []
574                    result = dlg.GetData()
575                    for i,item in enumerate(result[:-1]):
576                        scale,name = item
577                        data = DataList[i]
578                        if scale:
579                            Comments.append("%10.3f %s" % (scale,' * '+name))
580                            x,y,w,yc,yb,yd = data
581                            if lenX:
582                                if lenX != len(x):
583                                    self.ErrorDialog('Data length error','Data to be summed must have same number of points'+ \
584                                        '\nExpected:'+str(lenX)+ \
585                                        '\nFound:   '+str(len(x))+'\nfor '+name)
586                                    return
587                            else:
588                                lenX = len(x)
589                            if Xminmax[1]:
590                                if Xminmax != [x[0],x[-1]]:
591                                    self.ErrorDialog('Data range error','Data to be summed must span same range'+ \
592                                        '\nExpected:'+str(Xminmax[0])+' '+str(Xminmax[1])+ \
593                                        '\nFound:   '+str(x[0])+' '+str(x[-1])+'\nfor '+name)
594                                    return
595                                else:
596                                    for j,yi in enumerate(y):
597                                         Ysum[j] += scale*yi
598                            else:
599                                Xminmax = [x[0],x[-1]]
600                                YCsum = [0.0 for i in range(lenX)]
601                                YBsum = [0.0 for i in range(lenX)]
602                                YDsum = [0.0 for i in range(lenX)]
603                                for j,yi in enumerate(y):
604                                    Xsum.append(x[j])
605                                    Ysum.append(scale*yi)
606                                    Wsum.append(w[j])
607                    outname = 'PWDR '+result[-1]
608                    Id = 0
609                    if outname in Names:
610                        dlg2 = wx.MessageDialog(self,'Overwrite data?','Duplicate data name',wx.OK|wx.CANCEL)
611                        try:
612                            if dlg2.ShowModal() == wx.ID_OK:
613                                Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,name)
614                        finally:
615                            dlg2.Destroy()
616                    else:
617                        Id = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text=outname)
618                    if Id:
619                        self.PatternTree.SetItemPyData(Id,[[''],[Xsum,Ysum,Wsum,YCsum,YBsum,YDsum]])
620                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Comments'),Comments)                   
621                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Limits'),[tuple(Xminmax),Xminmax])
622                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Background'),[['chebyschev',1,3,1.0,0.0,0.0]])
623                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Instrument Parameters'),Inst)
624                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Peak List'),[])
625                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Index Peak List'),[])
626                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Unit Cells List'),[])             
627                        self.PatternTree.SelectItem(Id)
628                        self.PatternTree.Expand(Id)
629                   
630            finally:
631                dlg.Destroy()
632
633    def OnImageSum(self,event):
634        TextList = []
635        DataList = []
636        SumList = []
637        Names = []
638        Inst = []
639        SumItemList = []
640        Comments = ['Sum equals: \n']
641        if self.PatternTree.GetCount():
642            item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
643            while item:
644                name = self.PatternTree.GetItemText(item)
645                Names.append(name)
646                if 'IMG' in name:
647                    TextList.append([0.0,name])
648                    DataList.append(self.PatternTree.GetItemPyData(item))        #Size,Image
649                    Data = self.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(self,item,'Image Controls'))
650                item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)
651            if len(TextList) < 2:
652                self.ErrorDialog('Not enough data to sum','There must be more than one "IMG" pattern')
653                return
654            TextList.append('default sum name')               
655            dlg = self.SumDialog(self,'Sum data','Enter scale for each image in summation','IMG',TextList)
656            try:
657                if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
658                    imSize = 0
659                    newImage = []
660                    result = dlg.GetData()
661                    for i,item in enumerate(result[:-1]):
662                        scale,name = item
663                        data = DataList[i]
664                        if scale:
665                            Comments.append("%10.3f %s" % (scale,' * '+name))
666                            size,image = data
667                            if imSize:
668                                if imSize != size:
669                                    self.ErrorDialog('Image size error','Images to be summed must be same size'+ \
670                                        '\nExpected:'+str(imSize)+ \
671                                        '\nFound:   '+str(size)+'\nfor '+name)
672                                    return
673                                newImage += scale*image
674                            else:
675                                imSize = size
676                                newImage = scale*image
677                    outname = 'IMG '+result[-1]
678                    Id = 0
679                    if outname in Names:
680                        dlg2 = wx.MessageDialog(self,'Overwrite data?','Duplicate data name',wx.OK|wx.CANCEL)
681                        try:
682                            if dlg2.ShowModal() == wx.ID_OK:
683                                Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,name)
684                        finally:
685                            dlg2.Destroy()
686                    else:
687                        Id = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text=outname)
688                    if Id:
689                        self.PatternTree.SetItemPyData(Id,[imSize,newImage])
690                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Comments'),Comments)
691                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Image Controls'),Data)                                           
692                        self.PatternTree.SelectItem(Id)
693                        self.PatternTree.Expand(Id)
694                    self.PickId = Id
695                    self.Image = Id
696            finally:
697                dlg.Destroy()
698                     
699    def OnAddPhase(self,event):
700        if not G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases'):
701            sub = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text='Phases')
702        else:
703            sub = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases')
704        PhaseName = ''
705        dlg = wx.TextEntryDialog(None,'Enter a name for this phase','Phase Name Entry','New phase',
706            style=wx.OK)
707        if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
708            PhaseName = dlg.GetValue()
709        dlg.Destroy()
710        sub = self.PatternTree.AppendItem(parent=sub,text=PhaseName)
711        SGData = {'SpGrp':'P 1'}
712        self.PatternTree.SetItemPyData(sub, \
713            {'General':[PhaseName,'nuclear',SGData,[False,10.,10.,10.,90.,90.,90,1000.],
714            [False,1.0],[],{},[],[],[]],'Atoms':[]})
715       
716    def OnDeletePhase(self,event):
717        if self.dataFrame:
718            self.dataFrame.Clear() 
719        TextList = []
720        DelList = []
721        DelItemList = []
722        if G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases'):
723            sub = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases')
724        else:
725            return
726        if sub:
727            item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(sub)
728            while item:
729                TextList.append(self.PatternTree.GetItemText(item))
730                item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(sub, cookie)               
731            dlg = wx.MultiChoiceDialog(self, 'Which phase to delete?', 'Delete phase', TextList, wx.CHOICEDLG_STYLE)
732            try:
733                if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
734                    result = dlg.GetSelections()
735                    for i in result: DelList.append([i,TextList[i]])
736                    item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(sub)
737                    i = 0
738                    while item:
739                        if [i,self.PatternTree.GetItemText(item)] in DelList: DelItemList.append(item)
740                        item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(sub, cookie)
741                        i += 1
742                    for item in DelItemList:
743                        self.PatternTree.Delete(item)
744            finally:
745                dlg.Destroy()       
746       
747    def OnDataDeleteMenu(self, event):
748        TextList = []
749        DelList = []
750        DelItemList = []
751        if self.PatternTree.GetCount():
752            item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
753            while item:
754                name = self.PatternTree.GetItemText(item)
755                if 'PWDR' in name or 'SXTL' in name or 'IMG' in name:
756                    TextList.append(name)
757                item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)               
758            dlg = wx.MultiChoiceDialog(self, 'Which data to delete?', 'Delete data', TextList, wx.CHOICEDLG_STYLE)
759            try:
760                if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
761                    result = dlg.GetSelections()
762                    for i in result: DelList.append(TextList[i])
763                    item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
764                    while item:
765                        if self.PatternTree.GetItemText(item) in DelList: DelItemList.append(item)
766                        item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)
767                    for item in DelItemList:
768                        self.PatternTree.Delete(item)
769                    G2plt.PlotPatterns(self)                        #so plot gets updated
770            finally:
771                dlg.Destroy()
772
773    def OnFileOpenMenu(self, event):
774        result = ''
775        if self.PatternTree.GetChildrenCount(self.root,False):
776            if self.dataFrame:
777                self.dataFrame.Clear() 
778            dlg = wx.MessageDialog(self, 'Overwrite?','Project exists!',  wx.OK | wx.CANCEL)
779            try:
780                result = dlg.ShowModal()
781                if result == wx.ID_OK:
782                    self.PatternTree.DeleteChildren(self.root)
783                    print 'children deleted'
784            finally:
785                dlg.Destroy()
786        if result != wx.ID_CANCEL:   
787            if self.dataDisplay: self.dataDisplay.Destroy()
788            dlg = wx.FileDialog(self, 'Choose GSAS-II project file', '.', '', 
789                'GSAS-II project file (*.gpx)|*.gpx',wx.OPEN)
790            if self.dirname: dlg.SetDirectory(self.dirname)
791            try:
792                if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
793                    self.GSASprojectfile = dlg.GetPath()
794                    self.dirname = dlg.GetDirectory()
795                    G2IO.ProjFileOpen(self)
796                    self.PatternTree.Expand(self.root)
797                    self.HKL = []
798            finally:
799                dlg.Destroy()
800
801    def OnFileCloseMenu(self, event):
802        if self.dataFrame:
803            self.dataFrame.Clear()
804            self.dataFrame.SetLabel('GSAS-II data display') 
805        dlg = wx.MessageDialog(self, 'Save current project?', ' ', wx.YES | wx.NO | wx.CANCEL)
806        try:
807            result = dlg.ShowModal()
808            if result == wx.ID_OK:
809                self.OnFileSaveMenu(event)
810            if result != wx.ID_CANCEL:
811                self.GSASprojectfile = ''
812                self.PatternTree.DeleteChildren(self.root)
813                if self.HKL: self.HKL = []
814        finally:
815            dlg.Destroy()
816
817    def OnFileSaveMenu(self, event):
818        if self.GSASprojectfile: 
819            G2IO.ProjFileSave(self)
820        else:
821            self.OnFileSaveasMenu(event)
822
823    def OnFileSaveasMenu(self, event):
824        dlg = wx.FileDialog(self, 'Choose GSAS-II project file name', '.', '', 
825            'GSAS-II project file (*.gpx)|*.gpx',wx.FD_SAVE|wx.FD_OVERWRITE_PROMPT)
826        if self.dirname:
827            dlg.SetDirectory(self.dirname)
828        try:
829            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
830                self.GSASprojectfile = dlg.GetPath()
831                G2IO.ProjFileSave(self)
832                self.dirname = dlg.GetDirectory()
833        finally:
834            dlg.Destroy()
835
836    def ExitMain(self, event):
837        sys.exit()
838       
839    def OnFileExitMenu(self, event):
840        if self.dataFrame:
841            self.dataFrame.Clear() 
842            self.dataFrame.Destroy()
843        self.Close()
844       
845    def OnImportPattern(self,event):
846            dlg = wx.FileDialog(self, 'Choose nonGSAS powder file', '.', '', 
847                '(*.*)|*.*',wx.OPEN)
848            if self.dirname:
849                dlg.SetDirectory(self.dirname)
850            try:
851                if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
852                    self.powderfile = dlg.GetPath()
853                    self.dirname = dlg.GetDirectory()
854            finally:
855                dlg.Destroy()
856               
857    def OnImportHKL(self,event):
858            dlg = wx.FileDialog(self, 'Choose structure factor file', '.', '', 
859                '(*.*)|*.*',wx.OPEN)
860            if self.dirname:
861                dlg.SetDirectory(self.dirname)
862            try:
863                if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
864                    self.HKLfile = dlg.GetPath()
865                    self.dirname = dlg.GetDirectory()
866            finally:
867                dlg.Destroy()
868       
869    def OnImportPhase(self,event):
870            dlg = wx.FileDialog(self, 'Choose GSAS EXP file', '.', '', 
871                'EXP file (*.EXP)|*.EXP',wx.OPEN)
872            if self.dirname:
873                dlg.SetDirectory(self.dirname)
874            try:
875                Phase = {}
876                if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
877                    EXPfile = dlg.GetPath()
878                    self.dirname = dlg.GetDirectory()
879                    Phase = G2IO.ReadEXPPhase(EXPfile)
880            finally:
881                dlg.Destroy()
882            if Phase:
883                PhaseName = Phase['General'][0]
884                if not G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases'):
885                    sub = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text='Phases')
886                else:
887                    sub = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases')
888                sub = self.PatternTree.AppendItem(parent=sub,text=PhaseName)
889                self.PatternTree.SetItemPyData(sub,Phase)
890               
891    def OnImportPDB(self,event):
892            dlg = wx.FileDialog(self, 'Choose PDB file', '.', '', 
893                'PDB file (*.pdb,*.ent)|*.pdb;*.ent|All files (*.*)|*.*',wx.OPEN)
894            if self.dirname:
895                dlg.SetDirectory(self.dirname)
896            try:
897                if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
898                    PDBfile = dlg.GetPath()
899                    self.dirname = dlg.GetDirectory()
900                    Phase = G2IO.ReadPDBPhase(PDBfile)
901            finally:
902                dlg.Destroy()
903            if Phase:
904                PhaseName = Phase['General'][0]
905                if not G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases'):
906                    sub = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text='Phases')
907                else:
908                    sub = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases')
909                sub = self.PatternTree.AppendItem(parent=sub,text=PhaseName)
910                self.PatternTree.SetItemPyData(sub,Phase)       
911       
912    def OnImportCIF(self,event):
913            dlg = wx.FileDialog(self, 'Choose CIF file', '.', '', 
914                'CIF file (*.cif)|*.cif',wx.OPEN)
915            if self.dirname:
916                dlg.SetDirectory(self.dirname)
917            try:
918                if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
919                    self.CIFfile = dlg.GetPath()
920                    self.dirname = dlg.GetDirectory()
921            finally:
922                dlg.Destroy()
923       
924    def OnExportPattern(self,event):
925        dlg = wx.FileDialog(self, 'Choose output powder file name', '.', '', 
926            'xye file (*.xye)|*.xye',wx.FD_SAVE|wx.FD_OVERWRITE_PROMPT)
927        if self.dirname:
928            dlg.SetDirectory(self.dirname)
929        try:
930            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
931                self.powderfile = dlg.GetPath()
932                G2IO.PowderxyeSave(self)
933                self.dirname = dlg.GetDirectory()
934        finally:
935            dlg.Destroy()
936       
937    def OnExportPeakList(self,event):
938        dlg = wx.FileDialog(self, 'Choose output peak list file name', '.', '', 
939            '(*.*)|*.*',wx.FD_SAVE|wx.FD_OVERWRITE_PROMPT)
940        if self.dirname:
941            dlg.SetDirectory(self.dirname)
942        try:
943            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
944                self.peaklistfile = dlg.GetPath()
945                file = open(self.peaklistfile,'wa')               
946                item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
947                while item:
948                    name = self.PatternTree.GetItemText(item)
949                    if 'PWDR' in name:
950                        item2, cookie2 = self.PatternTree.GetFirstChild(item)
951                        while item2:
952                            name2 = self.PatternTree.GetItemText(item2)
953                            if name2 == 'Peak List':
954                                peaks = self.PatternTree.GetItemPyData(item2)
955                                file.write("%s \n" % (name+' Peak List'))               
956                                for peak in peaks:
957                                    file.write("%10.4f %12.2f %10.3f %10.3f \n" % \
958                                        (peak[0],peak[2],peak[4],peak[6]))
959                            item2, cookie2 = self.PatternTree.GetNextChild(item, cookie2)                           
960                    item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)                           
961                file.close()
962                self.dirname = dlg.GetDirectory()
963        finally:
964            dlg.Destroy()
965       
966    def OnExportHKL(self,event):
967        event.Skip()
968       
969    def OnExportPhase(self,event):
970        event.Skip()
971       
972    def OnExportCIF(self,event):
973        event.Skip()
974       
975    def OnUnDo(self,event):
976        self.DoUnDo()
977        self.UnDo.Enable(False)
978       
979    def DoUnDo(self):
980        print 'Undo last refinement'
981        file = open('GSASII.save','rb')
982        PatternId = self.PatternId
983        for item in ['Background','Instrument Parameters','Peak List']:
984            self.PatternTree.SetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(self,PatternId, item),cPickle.load(file))
985            if self.dataDisplay.GetName() == item:
986                if item == 'Background':
987                    G2gd.UpdateBackgroundGrid(self,self.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(self,PatternId, item)))
988                elif item == 'Instrument Parameters':
989                    G2gd.UpdateInstrumentGrid(self,self.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(self,PatternId, item)))
990                elif item == 'Peak List':
991                    G2gd.UpdatePeakGrid(self,self.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(self,PatternId, item)))
992            print item,' recovered'
993        file.close()
994       
995    def SaveState(self):
996        file = open('GSASII.save','wb')
997        PatternId = self.PatternId
998        for item in ['Background','Instrument Parameters','Peak List']:
999            cPickle.dump(self.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(self,PatternId,item)),file,1)
1000        file.close()
1001        self.UnDo.Enable(True)
1002               
1003    def ErrorDialog(self,title,message):
1004        dlg = wx.MessageDialog(self, message, title,  wx.OK)
1005        try:
1006            result = dlg.ShowModal()
1007        finally:
1008            dlg.Destroy()
1009
1010    def OnHelpHelpMenu(self, event):
1011        event.Skip()
1012       
1013    def OnHelpAboutMenu(self, event):
1014        info = wx.AboutDialogInfo()
1015        info.Name = 'GSAS-II'
1016        info.Version = '0.0.1'
1017        info.Copyright = '''
1018Robert B. Von Dreele
1019Argonne National Laboratory(C)
1020This product includes software developed
1021by the UChicago Argonne, LLC, as
1022Operator of Argonne National Laboratory.         '''
1023        info.Description = '''
1024General Structure Analysis System - II
1025        '''
1026        wx.AboutBox(info)
1027       
1028class GSASIImain(wx.App):
1029    def OnInit(self):
1030        self.main = GSASII(None)
1031        self.main.Show()
1032        self.SetTopWindow(self.main)
1033        return True
1034
1035def main():
1036    application = GSASIImain(0)
1037    application.MainLoop()
1038
1039if __name__ == '__main__':
1040    main()
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.