source: trunk/GSASII.py @ 36

Last change on this file since 36 was 36, checked in by vondreel, 13 years ago

and again

File size: 78.6 KB
Line 
1#GSASII
2
3import os.path as ospath
4import sys
5import math
6import cPickle
7import time
8import numpy as np
9import wx
10import matplotlib as mpl
11# use the newer wxmpl when needed
12(main,sub) = mpl.__version__.split('.')[0:2]
13if int(main) > 0 or int(sub) > 91: 
14    import wxmpl131 as wxmpl
15else:
16    import wxmpl as wxmpl
17import pylab
18
19# load the GSAS routines
20import GSASIIIO as G2IO
21import GSASIIcomp as G2cmp
22import GSASIIgrid as G2gd
23
24# print versions
25print "Available python module versions for pyGSASII:"
26print "python:     ",sys.version[:5]
27print "wxpython:   ",wx.__version__
28print "matplotlib: ",mpl.__version__
29print "numpy:      ",np.__version__
30print "wxmpl:      ",wxmpl.__version__
31
32__version__ = '0.1.2'
33
34# useful degree trig functions
35sind = lambda x: math.sin(x*math.pi/180.)
36cosd = lambda x: math.cos(x*math.pi/180.)
37tand = lambda x: math.tan(x*math.pi/180.)
38asind = lambda x: 180.*math.asin(x)/math.pi
39acosd = lambda x: 180.*math.acos(x)/math.pi
40atan2d = lambda x,y: 180.*math.atan2(y,x)/math.pi
41
42def create(parent):
43    return GSASII(parent)
44
45[wxID_GSASII, wxID_GSASIIPATTERNTREE, wxID_GSASIIDATA, wxID_GSASIIPICKGRID,
46] = [wx.NewId() for _init_ctrls in range(4)]
47
48[wxID_GSASIIFILECLOSE, wxID_GSASIIFILEEXIT, wxID_GSASIIFILEOPEN, 
49 wxID_GSASIIFILESAVE, wxID_GSASIIFILESAVEAS, wxID_GSASIIUNDO, 
50] = [wx.NewId() for _init_coll_File_Items in range(6)]
51
52[wxID_GSASIIPWDRREAD,wxID_GSASIISNGLREAD,wxID_GSASIIADDPHASE,wxID_GSASIIDELETEPHASE,
53 wxID_GSASIIDATADELETE,wxID_GSASIIREADPEAKS,wxID_GSASIIPWDSUM,wxID_GSASIIIMGREAD,
54 wxID_GSASIIIMSUM,
55] = [wx.NewId() for _init_coll_Data_Items in range(9)]
56
57[wxID_GSASIIIMPORT, wxID_GSASIIIMPORTPATTERN, wxID_GSASIIIMPORTHKL, wxID_GSASIIIMPORTPHASE,
58wxID_GSASIIIMPORTCIF, wxID_GSASIIIMPORTPDB, 
59] = [wx.NewId() for _init_coll_Import_Items in range(6)]
60
61[wxID_GSAIIEXPORT, wxID_GSASIIEXPORTPATTERN, wxID_GSASIIEXPORTHKL, wxID_GSASIIEXPORTPHASE,
62wxID_GSASIIEXPORTCIF, wxID_GSASIIEXPORTPEAKLIST
63] = [wx.NewId() for _init_coll_Export_Items in range(6)]
64
65[wxID_GSASIIHELPABOUT, wxID_GSASIIHELPHELP, 
66] = [wx.NewId() for _init_coll_Help_Items in range(2)]
67
68class GSASII(wx.Frame):
69   
70    def _init_coll_GSASIIMenu_Menus(self, parent):
71        parent.Append(menu=self.File, title='File')
72        parent.Append(menu=self.Data, title='Data')
73        parent.Append(menu=self.Calculate, title='Calculate')
74        parent.Append(menu=self.Import, title='Import')
75        parent.Append(menu=self.Export, title='Export')
76        parent.Append(menu=self.Help, title='Help')
77
78    def _init_coll_File_Items(self, parent):
79        parent.Append(help='', id=wxID_GSASIIFILEOPEN, kind=wx.ITEM_NORMAL,
80            text='Open project')
81        parent.Append(help='', id=wxID_GSASIIFILESAVE, kind=wx.ITEM_NORMAL,
82            text='Save project')
83        parent.Append(help='', id=wxID_GSASIIFILESAVEAS, kind=wx.ITEM_NORMAL,
84            text='SaveAs')
85        parent.Append(help='', id=wxID_GSASIIFILECLOSE, kind=wx.ITEM_NORMAL,
86            text='Close project')
87        parent.Append(help='', id=wxID_GSASIIFILEEXIT, kind=wx.ITEM_NORMAL,
88            text='Exit')
89        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnFileOpenMenu, id=wxID_GSASIIFILEOPEN)
90        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnFileSaveMenu, id=wxID_GSASIIFILESAVE)
91        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnFileSaveasMenu, id=wxID_GSASIIFILESAVEAS)
92        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnFileCloseMenu, id=wxID_GSASIIFILECLOSE)
93        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnFileExitMenu, id=wxID_GSASIIFILEEXIT)
94       
95    def _init_coll_Data_Items(self,parent):
96        parent.Append(help='', id=wxID_GSASIIPWDRREAD, kind=wx.ITEM_NORMAL,
97            text='Read powder data')
98        parent.Append(help='',id=wxID_GSASIIIMGREAD, kind=wx.ITEM_NORMAL,
99            text='Read image data')
100        parent.Append(help='',id=wxID_GSASIIREADPEAKS, kind=wx.ITEM_NORMAL,
101            text='Read Powder Pattern Peaks')
102        parent.Append(help='', id=wxID_GSASIISNGLREAD, kind=wx.ITEM_NORMAL,
103            text='Read single crystal data')
104        parent.Append(help='', id=wxID_GSASIIPWDSUM, kind=wx.ITEM_NORMAL,
105            text='Sum powder data')
106        parent.Append(help='',id=wxID_GSASIIIMSUM, kind=wx.ITEM_NORMAL,
107            text='Sum image data')
108        parent.Append(help='', id=wxID_GSASIIADDPHASE, kind=wx.ITEM_NORMAL,
109            text='Add phase')
110        parent.Append(help='', id=wxID_GSASIIDELETEPHASE, kind=wx.ITEM_NORMAL,
111            text='Delete phase')
112        parent.Append(help='', id=wxID_GSASIIDATADELETE, kind=wx.ITEM_NORMAL,
113            text='Delete data')
114        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnPwdrReadMenu, id=wxID_GSASIIPWDRREAD)
115        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnPwdrSumMenu, id=wxID_GSASIIPWDSUM)
116        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnReadPowderPeaks, id=wxID_GSASIIREADPEAKS)
117        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnImageRead, id=wxID_GSASIIIMGREAD)
118        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnImageSum, id=wxID_GSASIIIMSUM)
119        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnSnglReadMenu, id=wxID_GSASIISNGLREAD)
120        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnAddPhase, id=wxID_GSASIIADDPHASE)
121        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnDeletePhase, id=wxID_GSASIIDELETEPHASE)
122        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnDataDeleteMenu, id=wxID_GSASIIDATADELETE)
123               
124    def _init_coll_Calculate_Items(self,parent):
125        self.UnDo = parent.Append(help='', id=wxID_GSASIIUNDO, kind=wx.ITEM_NORMAL,
126            text='UnDo')
127        self.UnDo.Enable(False)
128        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnUnDo, id=wxID_GSASIIUNDO)
129       
130    def _init_coll_Import_Items(self,parent):
131        self.ImportPhase = parent.Append(help='Import phase data from GSAS EXP file',
132            id=wxID_GSASIIIMPORTPHASE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Import GSAS EXP Phase')
133        self.ImportPDB = parent.Append(help='Import phase data from PDB file',
134            id=wxID_GSASIIIMPORTPDB, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Import PDB Phase')
135        self.ImportPattern = parent.Append(help='',id=wxID_GSASIIIMPORTPATTERN, kind=wx.ITEM_NORMAL,
136            text='Import Powder Pattern')
137        self.ImportHKL = parent.Append(help='',id=wxID_GSASIIIMPORTHKL, kind=wx.ITEM_NORMAL,
138            text='Import HKLs')
139        self.ImportCIF = parent.Append(help='',id=wxID_GSASIIIMPORTCIF, kind=wx.ITEM_NORMAL,
140            text='Import CIF')
141        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnImportPhase, id=wxID_GSASIIIMPORTPHASE)
142        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnImportPDB, id=wxID_GSASIIIMPORTPDB)
143        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnImportPattern, id=wxID_GSASIIIMPORTPATTERN)
144        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnImportHKL, id=wxID_GSASIIIMPORTHKL)
145        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnImportCIF, id=wxID_GSASIIIMPORTCIF)
146
147    def _init_coll_Export_Items(self,parent):
148        self.ExportPattern = parent.Append(help='',id=wxID_GSASIIEXPORTPATTERN, kind=wx.ITEM_NORMAL,
149            text='Export Powder Pattern')
150        self.ExportPeakList = parent.Append(help='',id=wxID_GSASIIEXPORTPEAKLIST, kind=wx.ITEM_NORMAL,
151            text='Export All Peak Lists')
152        self.ExportHKL = parent.Append(help='',id=wxID_GSASIIEXPORTHKL, kind=wx.ITEM_NORMAL,
153            text='Export HKLs')
154        self.ExportPhase = parent.Append(help='',id=wxID_GSASIIEXPORTPHASE, kind=wx.ITEM_NORMAL,
155            text='Export Phase')
156        self.ExportCIF = parent.Append(help='',id=wxID_GSASIIEXPORTCIF, kind=wx.ITEM_NORMAL,
157            text='Export CIF')
158        self.ExportPattern.Enable(False)
159        self.ExportPeakList.Enable(True)
160        self.ExportHKL.Enable(False)
161        self.ExportPhase.Enable(False)
162        self.ExportCIF.Enable(False)
163        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnExportPattern, id=wxID_GSASIIEXPORTPATTERN)
164        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnExportPeakList, id=wxID_GSASIIEXPORTPEAKLIST)
165        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnExportHKL, id=wxID_GSASIIEXPORTHKL)
166        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnExportPhase, id=wxID_GSASIIEXPORTPHASE)
167        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnExportCIF, id=wxID_GSASIIEXPORTCIF)
168               
169    def _init_coll_Help_Items(self, parent):
170        parent.Append(help='', id=wxID_GSASIIHELPHELP, kind=wx.ITEM_NORMAL,
171            text='Help')
172        parent.Append(help='', id=wxID_GSASIIHELPABOUT, kind=wx.ITEM_NORMAL,
173            text='About')
174        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnHelpHelpMenu, id=wxID_GSASIIHELPHELP)
175        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnHelpAboutMenu, id=wxID_GSASIIHELPABOUT)
176
177    def _init_utils(self):
178        self.GSASIIMenu = wx.MenuBar()
179        self.File = wx.Menu(title='')
180        self.Data = wx.Menu(title='')       
181        self.Calculate = wx.Menu(title='')       
182        self.Import = wx.Menu(title='')       
183        self.Export = wx.Menu(title='')       
184        self.Help = wx.Menu(title='')
185
186        self._init_coll_GSASIIMenu_Menus(self.GSASIIMenu)
187        self._init_coll_File_Items(self.File)
188        self._init_coll_Data_Items(self.Data)
189        self._init_coll_Calculate_Items(self.Calculate)
190        self._init_coll_Import_Items(self.Import)
191        self._init_coll_Export_Items(self.Export)
192        self._init_coll_Help_Items(self.Help)
193       
194    def _init_ctrls(self, parent):
195        wx.Frame.__init__(self, id=wxID_GSASII, name='GSASII', parent=parent,
196            size=wx.Size(300, 250),style=wx.DEFAULT_FRAME_STYLE, title='GSAS-II')
197        screenSize = wx.DisplaySize()
198        Size = self.GetSize()
199        xPos = screenSize[0]-Size[0]
200        self.SetPosition(wx.Point(xPos,0))
201        self._init_utils()
202        self.SetMenuBar(self.GSASIIMenu)
203        self.Bind(wx.EVT_SIZE, self.OnSize)
204        self.mainPanel = wx.Panel(self,-1)
205       
206        self.PatternTree = wx.TreeCtrl(id=wxID_GSASIIPATTERNTREE,
207            parent=self.mainPanel, pos=wx.Point(0, 0),style=wx.TR_DEFAULT_STYLE )
208        self.PatternTree.Bind(wx.EVT_TREE_SEL_CHANGED,
209            self.OnPatternTreeSelChanged, id=wxID_GSASIIPATTERNTREE)
210        self.PatternTree.Bind(wx.EVT_TREE_ITEM_COLLAPSED,
211            self.OnPatternTreeItemCollapsed, id=wxID_GSASIIPATTERNTREE)
212        self.PatternTree.Bind(wx.EVT_TREE_ITEM_EXPANDED,
213            self.OnPatternTreeItemExpanded, id=wxID_GSASIIPATTERNTREE)
214        self.root = self.PatternTree.AddRoot("Loaded Data")
215       
216        self.dataDisplay = None
217       
218    def __init__(self, parent):
219        self._init_ctrls(parent)
220        self.Bind(wx.EVT_CLOSE, self.ExitMain)
221        self.dirname = ''
222        self.GSASprojectfile = ''
223        self.Offset = 0.0
224        self.Weight = False
225        self.IparmName = ''
226        self.NewPlot = True
227        self.IfPlot = False
228        self.PatternId = 0
229        self.PickId = 0
230        self.PeakTable = []
231        self.LimitsTable = []
232        self.HKL = []
233        self.Lines = []
234        self.itemPicked = None
235        self.dataFrame = None
236        self.Contour = False
237        self.plotView = 0
238        self.Image = 0
239        self.Img = 0
240        self.imageDefault = {}
241        self.PDevent = []
242        self.IMevent = []
243        self.SCevent = []
244        self.Sngl = 0
245        self.ifGetRing = False
246
247    def OnSize(self,event):
248        w,h = self.GetClientSizeTuple()
249        self.mainPanel.SetSize(wx.Size(w,h))
250        self.PatternTree.SetSize(wx.Size(w,h))
251                       
252    def OnPatternTreeSelChanged(self, event):
253        if self.PickId:
254            if self.PatternTree.GetItemText(self.PickId) in ['Peak List','Limits','Peak Index List','Unit Cell List','Background']:
255                ax = self.pdplot.gca()
256                self.plotView = [ax.get_xlim(),ax.get_ylim()]
257        item = event.GetItem()
258        G2gd.MovePatternTreeToGrid(self,item)
259       
260    def OnPatternTreeItemCollapsed(self, event):
261        event.Skip()
262
263    def OnPatternTreeItemExpanded(self, event):
264        self.PatternTree.ScrollTo(self.PatternTree.GetLastChild(event.GetItem()))
265       
266    def OnPatternTreeDeleteItem(self, event):
267        event.Skip()
268
269    def OnPatternTreeItemActivated(self, event):
270        event.Skip()
271       
272    def OnPwdrReadMenu(self, event):
273        self.CheckNotebook()
274        dlg = wx.FileDialog(self, 'Choose files', '.', '', 
275            'GSAS fxye files (*.fxye)|*.fxye|GSAS fxy files (*.fxy)|*.fxy|All files (*.*)|*.*', 
276            wx.OPEN | wx.MULTIPLE)
277        if self.dirname: dlg.SetDirectory(self.dirname)
278        try:
279            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
280                filenames = dlg.GetPaths()
281                filenames.sort()
282                self.dirname = dlg.GetDirectory()
283                for filename in filenames:
284                    Data,Iparm,Comments = G2IO.SelectPowderData(self, filename)              #Data: list of tuples (filename,Pos,Bank)
285                    if not Data:                                                    #if Data rejected by user - go to next one
286                        continue
287                    DataType = Iparm['INS   HTYPE ']                                #expect only 4 char string
288                    DataType = DataType.strip()[0:3]                                #just 1st 3 chars
289                    wx.BeginBusyCursor()
290                    try:
291                        for Item in Data:
292                            vals = Item[2].split()          #split up the BANK record
293                            Id = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text='PWDR '+ospath.basename(Item[0])+': '+vals[0]+vals[1])
294                            data = G2IO.GetPowderData(filename,Item[1],Item[2],DataType)
295                            self.PatternTree.SetItemPyData(Id,[Item,data])
296                            '''
297                            Each tree item data is a list with:
298                            Item: the (filename,Pos,Bank) tuple
299                            data: (x,y,w,yc,yb,yd) list from GetPowderData
300                            '''
301                           
302                            self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Comments'),Comments)                           
303                            Tmin = min(data[0])
304                            Tmax = max(data[0])
305                            self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Limits'),[(Tmin,Tmax),[Tmin,Tmax]])
306                            self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Background'),[['chebyschev',1,3,1.0,0.0,0.0]])
307       
308                            data = [DataType,]
309                            if 'C' in DataType:
310                                s = Iparm['INS  1 ICONS']
311                                v = (G2IO.sfloat(s[:10]),G2IO.sfloat(s[10:20]),G2IO.sfloat(s[20:30]),G2IO.sfloat(s[55:65]),G2IO.sfloat(s[40:50])) #get lam1, lam2, zero, pola & ratio
312                                if not v[1]:
313                                    names = ['Type','Lam','Zero','Polariz.','U','V','W','X','Y','SH/L'] 
314                                    v = (v[0],v[2],v[4])
315                                    codes = [0,0,0,0]
316                                else:
317                                    names = ['Type','Lam1','Lam2','Zero','I(L2)/I(L1)','Polariz.','U','V','W','X','Y','SH/L']
318                                    codes = [0,0,0,0,0,0]
319                                data.extend(v)
320                                v1 = Iparm['INS  1PRCF1 '].split()                                                 
321                                v = Iparm['INS  1PRCF11'].split()
322                                data.extend([float(v[0]),float(v[1]),float(v[2])])                  #get GU, GV & GW - always here
323                                v = Iparm['INS  1PRCF12'].split()
324                                if v1[0] == 3:
325                                    data.extend([float(v[0]),float(v[1]),float(v[2])+float(v[3])])  #get LX, LY & S+H/L
326                                else:
327                                    data.extend([0.0,0.0,0.002])                                      #OK defaults if fxn #3 not 1st in iprm file
328                                codes.extend([0,0,0,0,0,0])
329                            self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Instrument Parameters'),[tuple(data),data,codes,names])
330                            self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Peak List'),[])
331                            self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Index Peak List'),[])
332                            self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Unit Cells List'),[])             
333                            self.PatternId = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,Id,'Limits')
334                    finally:
335                        wx.EndBusyCursor()
336                self.PatternTree.Expand(Id)
337                self.PatternTree.SelectItem(Id)
338                self.NewPlot = True
339                self.PlotPatterns()
340   
341        finally:
342            dlg.Destroy()
343       
344    def OnReadPowderPeaks(self,event):
345        Cuka = 1.54052
346        self.CheckNotebook()
347        dlg = wx.FileDialog(self, 'Choose file with peak list', '.', '', 
348            'peak files (*.txt)|*.txt|All files (*.*)|*.*',wx.OPEN)
349        if self.dirname:
350            dlg.SetDirectory(self.dirname)
351        try:
352            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
353                self.HKL = []
354                self.powderfile = dlg.GetPath()
355                self.dirname = dlg.GetDirectory()
356                comments,peaks = G2IO.GetPowderPeaks(self.powderfile)
357                Id = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text='PKS '+ospath.basename(self.powderfile))
358                data = ['PKS',Cuka,0.0]
359                names = ['Type','Lam','Zero'] 
360                codes = [0,0]
361                self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Instrument Parameters'),[tuple(data),data,codes,names])
362                self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Comments'),comments)
363                self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Index Peak List'),peaks)
364                self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Unit Cells List'),[])             
365                self.NewPlot = True
366                self.PatternTree.Expand(Id)
367        finally:
368            dlg.Destroy()
369           
370    def OnImageRead(self,event):
371        import copy
372        self.CheckNotebook()
373        dlg = wx.FileDialog(self, 'Choose image file', '.', '',\
374        'MAR345 (*.mar3450;*.mar2300)|*.mar3450;*.mar2300|ADSC Image (*.img)\
375        |*.img|Perkin-Elmer TIF (*.tif)|*.tif|GE Image sum (*.sum)\
376        |*.sum|GE Image avg (*.avg)|*.avg|All files (*.*)|*.*',wx.OPEN)
377        if self.dirname:
378            dlg.SetDirectory(self.dirname)
379        try:
380            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
381                self.imagefile = dlg.GetPath()
382                self.dirname = dlg.GetDirectory()
383                ext = ospath.splitext(self.imagefile)[1]
384                Comments = []
385                if ext == '.tif':
386                    Comments,Data,Size,Image = G2IO.GetTifData(self.imagefile)
387                elif ext == '.img':
388                    Comments,Data,Size,Image = G2IO.GetImgData(self.imagefile)
389                    Image[0][0] = 0
390                elif ext == '.mar3450' or ext == '.mar2300':
391                    Comments,Data,Size,Image = G2IO.GetMAR345Data(self.imagefile)
392                elif ext in ['.sum','.avg']:
393                    Comments,Data,Size,Image = G2IO.GetGEsumData(self.imagefile)
394                if Comments:
395                    Id = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text='IMG '+ospath.basename(self.imagefile))
396                    self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Comments'),Comments)
397                    Imax = np.amax(Image)
398                    Imin = np.amin(Image)
399                    if self.imageDefault:
400                        Data = copy.copy(self.imageDefault)
401                        Data['refine'] = [False,False,False,False,False]
402                        Data['showLines'] = True
403                    else:
404                        Data['color'] = 'binary'
405                        Data['tilt'] = 0.0
406                        Data['rotation'] = 0.0
407                        Data['showLines'] = False
408                        Data['ring'] = []
409                        Data['rings'] = []
410                        Data['cutoff'] = 10
411                        Data['pixLimit'] = 20
412                        Data['ellipses'] = []
413                        Data['masks'] = []
414                        Data['calibrant'] = ''
415                        Data['IOradii'] = [10.,100.]
416                        Data['LRazimuth'] = [-45,45]
417                        Data['outChannels'] = 2500
418                        Data['fullIntegrate'] = False
419                        Data['setRings'] = False
420                    Data['setDefault'] = False
421                    Data['range'] = [(Imin,Imax),[Imin,Imax]]
422                    self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Image Controls'),Data)
423                    self.PatternTree.SetItemPyData(Id,[Size,Image])
424                    self.PickId = Id
425                    self.Image = Id
426                    self.PlotImage()
427                    self.PatternTree.SelectItem(Id)
428                    self.PatternTree.Expand(Id)
429        finally:
430            dlg.Destroy()
431       
432    def OnSnglReadMenu(self,event):
433        self.CheckNotebook()
434        dlg = wx.FileDialog(self, 'Choose file', '.', '', 
435            'hkl files (*.hkl)|*.hkl|All files (*.*)|*.*', 
436            wx.OPEN)
437        if self.dirname: dlg.SetDirectory(self.dirname)
438        try:
439            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
440                filename = dlg.GetPath()
441                self.dirname = dlg.GetDirectory()
442                wx.BeginBusyCursor()
443                try:
444                    Data = {}
445                    names = ['Type','Lam']
446                    HKLref,HKLmin,HKLmax,FoMax,ifFc = G2IO.GetHKLData(filename)
447                    Id = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text='SXTL '+ospath.basename(filename))
448                    self.PatternTree.SetItemPyData(Id,HKLref)
449                    Sub = self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Instrument Parameters')
450                    data = ['SXC',1.5428,]
451                    self.PatternTree.SetItemPyData(Sub,[tuple(data),data,names])
452                    Data['Type'] = 'Fosq'
453                    Data['ifFc'] = ifFc
454                    Data['HKLmax'] = HKLmax
455                    Data['HKLmin'] = HKLmin
456                    Data['FoMax'] = FoMax
457                    Data['Zone'] = '001'
458                    Data['Layer'] = 0
459                    Data['Scale'] = 1.0
460                    Data['log-lin'] = 'lin'                   
461                    self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='HKL Plot Controls'),Data)
462                    self.PatternTree.SelectItem(Id)
463                    self.PatternTree.Expand(Id)
464                    self.Sngl = Id
465                finally:
466                    wx.EndBusyCursor()   
467        finally:
468            dlg.Destroy()
469           
470    def CheckNotebook(self):
471        if not G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Notebook'):
472            sub = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text='Notebook')
473            self.PatternTree.SetItemPyData(sub,[''])
474            sub = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text='Controls')
475            self.PatternTree.SetItemPyData(sub,[0])
476       
477       
478    class SumDialog(wx.Dialog):
479        def __init__(self,parent,title,text,type,data):
480            wx.Dialog.__init__(self,parent,-1,title, 
481                pos=wx.DefaultPosition,style=wx.DEFAULT_DIALOG_STYLE)
482            self.data = data
483            panel = wx.Panel(self)
484            mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
485            topLabl = wx.StaticText(panel,-1,text)
486            mainSizer.Add((10,10),1)
487            mainSizer.Add(topLabl,0,wx.ALIGN_CENTER_VERTICAL|wx.LEFT,10)
488            mainSizer.Add((10,10),1)
489            dataGridSizer = wx.FlexGridSizer(rows=len(data),cols=2,hgap=2,vgap=2)
490            for id,item in enumerate(self.data[:-1]):
491                name = wx.TextCtrl(panel,-1,item[1],size=wx.Size(200,20))
492                name.SetEditable(False)
493                scale = wx.TextCtrl(panel,id,str(item[0]),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
494                scale.Bind(wx.EVT_TEXT,self.OnScaleChange)                   
495                dataGridSizer.Add(scale,0,wx.LEFT,10)
496                dataGridSizer.Add(name,0,wx.RIGHT,10)
497            dataGridSizer.Add(wx.StaticText(panel,-1,'Sum result name: '+type),0, \
498                wx.LEFT|wx.TOP|wx.ALIGN_CENTER_VERTICAL,10)
499            self.name = wx.TextCtrl(panel,-1,self.data[-1],size=wx.Size(200,20),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
500            self.name.Bind(wx.EVT_TEXT,self.OnNameChange)
501            dataGridSizer.Add(self.name,0,wx.RIGHT|wx.TOP,10)
502            mainSizer.Add(dataGridSizer,0,wx.EXPAND)
503            OkBtn = wx.Button(panel,-1,"Ok")
504            OkBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnOk)
505            cancelBtn = wx.Button(panel,-1,"Cancel")
506            cancelBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnCancel)
507            btnSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
508            btnSizer.Add((20,20),1)
509            btnSizer.Add(OkBtn)
510            btnSizer.Add((20,20),1)
511            btnSizer.Add(cancelBtn)
512            btnSizer.Add((20,20),1)
513           
514            mainSizer.Add(btnSizer,0,wx.EXPAND|wx.BOTTOM|wx.TOP, 10)
515            panel.SetSizer(mainSizer)
516            panel.Fit()
517            self.Fit()
518           
519        def OnNameChange(self,event):
520            self.data[-1] = self.name.GetValue() 
521           
522        def OnScaleChange(self,event):
523            id = event.GetId()
524            value = self.FindWindowById(id).GetValue()
525            try:
526                self.data[id][0] = float(value)
527            except ValueError:
528                if value and '-' not in value[0]:
529                    print 'bad input - numbers only'
530                    self.FindWindowById(id).SetValue('0.0')
531           
532        def OnOk(self,event):
533            parent = self.GetParent()
534            parent.Raise()
535            self.SetReturnCode(wx.ID_OK)
536            self.MakeModal(False)             
537            self.Destroy()
538           
539        def OnCancel(self,event):
540            parent = self.GetParent()
541            parent.Raise()
542            self.SetReturnCode(wx.ID_CANCEL)
543            self.MakeModal(False)             
544            self.Destroy()
545           
546        def GetData(self):
547                return self.data
548           
549    def OnPwdrSumMenu(self,event):
550        TextList = []
551        DataList = []
552        SumList = []
553        Names = []
554        Inst = []
555        SumItemList = []
556        Comments = ['Sum equals: \n']
557        if self.PatternTree.GetCount():
558            item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
559            while item:
560                name = self.PatternTree.GetItemText(item)
561                Names.append(name)
562                if 'PWDR' in name:
563                    TextList.append([0.0,name])
564                    DataList.append(self.PatternTree.GetItemPyData(item)[1])    # (x,y,w,yc,yb,yd)
565                    if not Inst:
566                        Inst = self.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(self,item, 'Instrument Parameters'))
567                item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)
568            if len(TextList) < 2:
569                self.ErrorDialog('Not enough data to sum','There must be more than one "PWDR" pattern')
570                return
571            TextList.append('default sum name')               
572            dlg = self.SumDialog(self,'Sum data','Enter scale for each pattern in summation','PWDR',TextList)
573            try:
574                if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
575                    lenX = 0
576                    Xminmax = [0,0]
577                    Xsum = []
578                    Ysum = []
579                    Wsum = []
580                    result = dlg.GetData()
581                    for i,item in enumerate(result[:-1]):
582                        scale,name = item
583                        data = DataList[i]
584                        if scale:
585                            Comments.append("%10.3f %s" % (scale,' * '+name))
586                            x,y,w,yc,yb,yd = data
587                            if lenX:
588                                if lenX != len(x):
589                                    self.ErrorDialog('Data length error','Data to be summed must have same number of points'+ \
590                                        '\nExpected:'+str(lenX)+ \
591                                        '\nFound:   '+str(len(x))+'\nfor '+name)
592                                    return
593                            else:
594                                lenX = len(x)
595                            if Xminmax[1]:
596                                if Xminmax != [x[0],x[-1]]:
597                                    self.ErrorDialog('Data range error','Data to be summed must span same range'+ \
598                                        '\nExpected:'+str(Xminmax[0])+' '+str(Xminmax[1])+ \
599                                        '\nFound:   '+str(x[0])+' '+str(x[-1])+'\nfor '+name)
600                                    return
601                                else:
602                                    for j,yi in enumerate(y):
603                                         Ysum[j] += scale*yi
604                            else:
605                                Xminmax = [x[0],x[-1]]
606                                YCsum = [0.0 for i in range(lenX)]
607                                YBsum = [0.0 for i in range(lenX)]
608                                YDsum = [0.0 for i in range(lenX)]
609                                for j,yi in enumerate(y):
610                                    Xsum.append(x[j])
611                                    Ysum.append(scale*yi)
612                                    Wsum.append(w[j])
613                    outname = 'PWDR '+result[-1]
614                    Id = 0
615                    if outname in Names:
616                        dlg2 = wx.MessageDialog(self,'Overwrite data?','Duplicate data name',wx.OK|wx.CANCEL)
617                        try:
618                            if dlg2.ShowModal() == wx.ID_OK:
619                                Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,name)
620                        finally:
621                            dlg2.Destroy()
622                    else:
623                        Id = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text=outname)
624                    if Id:
625                        self.PatternTree.SetItemPyData(Id,[[''],[Xsum,Ysum,Wsum,YCsum,YBsum,YDsum]])
626                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Comments'),Comments)                   
627                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Limits'),[tuple(Xminmax),Xminmax])
628                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Background'),[['chebyschev',1,3,1.0,0.0,0.0]])
629                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Instrument Parameters'),Inst)
630                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Peak List'),[])
631                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Index Peak List'),[])
632                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Unit Cells List'),[])             
633                        self.PatternTree.SelectItem(Id)
634                   
635                    self.PlotPatterns()
636                    self.NewPlot = True
637            finally:
638                dlg.Destroy()
639
640    def OnImageSum(self,event):
641        TextList = []
642        DataList = []
643        SumList = []
644        Names = []
645        Inst = []
646        SumItemList = []
647        Comments = ['Sum equals: \n']
648        if self.PatternTree.GetCount():
649            item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
650            while item:
651                name = self.PatternTree.GetItemText(item)
652                Names.append(name)
653                if 'IMG' in name:
654                    TextList.append([0.0,name])
655                    DataList.append(self.PatternTree.GetItemPyData(item))        #Size,Image
656                    Data = self.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(self,item,'Image Controls'))
657                item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)
658            if len(TextList) < 2:
659                self.ErrorDialog('Not enough data to sum','There must be more than one "IMG" pattern')
660                return
661            TextList.append('default sum name')               
662            dlg = self.SumDialog(self,'Sum data','Enter scale for each image in summation','IMG',TextList)
663            try:
664                if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
665                    imSize = 0
666                    newImage = []
667                    result = dlg.GetData()
668                    for i,item in enumerate(result[:-1]):
669                        scale,name = item
670                        data = DataList[i]
671                        if scale:
672                            Comments.append("%10.3f %s" % (scale,' * '+name))
673                            size,image = data
674                            if imSize:
675                                if imSize != size:
676                                    self.ErrorDialog('Image size error','Images to be summed must be same size'+ \
677                                        '\nExpected:'+str(imSize)+ \
678                                        '\nFound:   '+str(size)+'\nfor '+name)
679                                    return
680                                newImage += scale*image
681                            else:
682                                imSize = size
683                                newImage = scale*image
684                    outname = 'IMG '+result[-1]
685                    Id = 0
686                    if outname in Names:
687                        dlg2 = wx.MessageDialog(self,'Overwrite data?','Duplicate data name',wx.OK|wx.CANCEL)
688                        try:
689                            if dlg2.ShowModal() == wx.ID_OK:
690                                Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,name)
691                        finally:
692                            dlg2.Destroy()
693                    else:
694                        Id = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text=outname)
695                    if Id:
696                        self.PatternTree.SetItemPyData(Id,[imSize,newImage])
697                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Comments'),Comments)
698                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Image Controls'),Data)                                           
699                        self.PatternTree.SelectItem(Id)
700                    self.PickId = Id
701                    self.Image = Id
702                    self.PlotImage()
703                    self.NewPlot = True
704            finally:
705                dlg.Destroy()
706                     
707    def OnAddPhase(self,event):
708        if not G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases'):
709            sub = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text='Phases')
710        else:
711            sub = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases')
712        PhaseName = ''
713        dlg = wx.TextEntryDialog(None,'Enter a name for this phase','Phase Name Entry','New phase',
714            style=wx.OK)
715        if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
716            PhaseName = dlg.GetValue()
717        dlg.Destroy()
718        sub = self.PatternTree.AppendItem(parent=sub,text=PhaseName)
719        SGData = {'SpGrp':'P 1'}
720        self.PatternTree.SetItemPyData(sub, \
721            {'General':[PhaseName,'nuclear',SGData,[False,10.,10.,10.,90.,90.,90,1000.],
722            [False,1.0],[],{},[],[],[]],'Atoms':[]})
723       
724    def OnDeletePhase(self,event):
725        if self.dataFrame:
726            self.dataFrame.Clear() 
727        TextList = []
728        DelList = []
729        DelItemList = []
730        if G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases'):
731            sub = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases')
732        else:
733            return
734        if sub:
735            item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(sub)
736            while item:
737                TextList.append(self.PatternTree.GetItemText(item))
738                item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(sub, cookie)               
739            dlg = wx.MultiChoiceDialog(self, 'Which phase to delete?', 'Delete phase', TextList, wx.CHOICEDLG_STYLE)
740            try:
741                if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
742                    result = dlg.GetSelections()
743                    for i in result: DelList.append([i,TextList[i]])
744                    item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(sub)
745                    i = 0
746                    while item:
747                        if [i,self.PatternTree.GetItemText(item)] in DelList: DelItemList.append(item)
748                        item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(sub, cookie)
749                        i += 1
750                    for item in DelItemList:
751                        self.PatternTree.Delete(item)
752            finally:
753                dlg.Destroy()       
754       
755    def OnDataDeleteMenu(self, event):
756        TextList = []
757        DelList = []
758        DelItemList = []
759        if self.PatternTree.GetCount():
760            item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
761            while item:
762                name = self.PatternTree.GetItemText(item)
763                if 'PWDR' in name or 'SXTL' in name or 'IMG' in name:
764                    TextList.append(name)
765                item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)               
766            dlg = wx.MultiChoiceDialog(self, 'Which data to delete?', 'Delete data', TextList, wx.CHOICEDLG_STYLE)
767            try:
768                if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
769                    result = dlg.GetSelections()
770                    for i in result: DelList.append(TextList[i])
771                    item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
772                    while item:
773                        if self.PatternTree.GetItemText(item) in DelList: DelItemList.append(item)
774                        item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)
775                    for item in DelItemList:
776                        self.PatternTree.Delete(item)
777                    self.PlotPatterns()
778                    self.NewPlot = True
779            finally:
780                dlg.Destroy()
781
782    def OnFileOpenMenu(self, event):
783        result = ''
784        if self.PatternTree.GetChildrenCount(self.root,False):
785            if self.dataFrame:
786                self.dataFrame.Clear() 
787            dlg = wx.MessageDialog(self, 'Overwrite?','Project exists!',  wx.OK | wx.CANCEL)
788            try:
789                result = dlg.ShowModal()
790                if result == wx.ID_OK:
791                    self.PatternTree.DeleteChildren(self.root)
792            finally:
793                dlg.Destroy()
794        if result != wx.ID_CANCEL:   
795            if self.dataDisplay: self.dataDisplay.Destroy()
796            dlg = wx.FileDialog(self, 'Choose GSAS-II project file', '.', '', 
797                'GSAS-II project file (*.gpx)|*.gpx',wx.OPEN)
798            if self.dirname: dlg.SetDirectory(self.dirname)
799            try:
800                if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
801                    self.GSASprojectfile = dlg.GetPath()
802                    self.dirname = dlg.GetDirectory()
803                    G2IO.ProjFileOpen(self)
804                    self.HKL = []
805                    self.NewPlot = True
806#                    self.PlotPatterns()
807            finally:
808                dlg.Destroy()
809
810    def OnFileCloseMenu(self, event):
811        if self.dataFrame:
812            self.dataFrame.Clear()
813            self.dataFrame.SetLabel('GSAS-II data display') 
814        dlg = wx.MessageDialog(self, 'Save current project?', ' ', wx.YES | wx.NO | wx.CANCEL)
815        try:
816            result = dlg.ShowModal()
817            if result == wx.ID_OK:
818                self.OnFileSaveMenu(event)
819            if result != wx.ID_CANCEL:
820                self.GSASprojectfile = ''
821                self.PatternTree.DeleteChildren(self.root)
822                if self.HKL: self.HKL = []
823                self.NewPlot = True
824                self.PlotPatterns()
825        finally:
826            dlg.Destroy()
827
828    def OnFileSaveMenu(self, event):
829        if self.GSASprojectfile: 
830            G2IO.ProjFileSave(self)
831        else:
832            self.OnFileSaveasMenu(event)
833
834    def OnFileSaveasMenu(self, event):
835        dlg = wx.FileDialog(self, 'Choose GSAS-II project file name', '.', '', 
836            'GSAS-II project file (*.gpx)|*.gpx',wx.FD_SAVE|wx.FD_OVERWRITE_PROMPT)
837        if self.dirname:
838            dlg.SetDirectory(self.dirname)
839        try:
840            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
841                self.GSASprojectfile = dlg.GetPath()
842                G2IO.ProjFileSave(self)
843                self.dirname = dlg.GetDirectory()
844        finally:
845            dlg.Destroy()
846
847    def ExitMain(self, event):
848        sys.exit()
849       
850    def OnFileExitMenu(self, event):
851        if self.dataFrame:
852            self.dataFrame.Clear() 
853            self.dataFrame.Destroy()
854        pylab.close('all')
855        self.Close()
856       
857    def OnImportPattern(self,event):
858            dlg = wx.FileDialog(self, 'Choose nonGSAS powder file', '.', '', 
859                '(*.*)|*.*',wx.OPEN)
860            if self.dirname:
861                dlg.SetDirectory(self.dirname)
862            try:
863                if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
864                    self.powderfile = dlg.GetPath()
865                    self.dirname = dlg.GetDirectory()
866            finally:
867                dlg.Destroy()
868               
869    def OnImportHKL(self,event):
870            dlg = wx.FileDialog(self, 'Choose structure factor file', '.', '', 
871                '(*.*)|*.*',wx.OPEN)
872            if self.dirname:
873                dlg.SetDirectory(self.dirname)
874            try:
875                if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
876                    self.HKLfile = dlg.GetPath()
877                    self.dirname = dlg.GetDirectory()
878            finally:
879                dlg.Destroy()
880       
881    def OnImportPhase(self,event):
882            dlg = wx.FileDialog(self, 'Choose GSAS EXP file', '.', '', 
883                'EXP file (*.EXP)|*.EXP',wx.OPEN)
884            if self.dirname:
885                dlg.SetDirectory(self.dirname)
886            try:
887                Phase = {}
888                if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
889                    EXPfile = dlg.GetPath()
890                    self.dirname = dlg.GetDirectory()
891                    Phase = G2IO.ReadEXPPhase(EXPfile)
892            finally:
893                dlg.Destroy()
894            if Phase:
895                PhaseName = Phase['General'][0]
896                if not G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases'):
897                    sub = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text='Phases')
898                else:
899                    sub = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases')
900                sub = self.PatternTree.AppendItem(parent=sub,text=PhaseName)
901                self.PatternTree.SetItemPyData(sub,Phase)
902               
903    def OnImportPDB(self,event):
904            dlg = wx.FileDialog(self, 'Choose PDB file', '.', '', 
905                'PDB file (*.pdb,*.ent)|*.pdb;*.ent|All files (*.*)|*.*',wx.OPEN)
906            if self.dirname:
907                dlg.SetDirectory(self.dirname)
908            try:
909                if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
910                    PDBfile = dlg.GetPath()
911                    self.dirname = dlg.GetDirectory()
912                    Phase = G2IO.ReadPDBPhase(PDBfile)
913            finally:
914                dlg.Destroy()
915            if Phase:
916                PhaseName = Phase['General'][0]
917                if not G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases'):
918                    sub = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text='Phases')
919                else:
920                    sub = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases')
921                sub = self.PatternTree.AppendItem(parent=sub,text=PhaseName)
922                self.PatternTree.SetItemPyData(sub,Phase)       
923       
924    def OnImportCIF(self,event):
925            dlg = wx.FileDialog(self, 'Choose CIF file', '.', '', 
926                'CIF file (*.cif)|*.cif',wx.OPEN)
927            if self.dirname:
928                dlg.SetDirectory(self.dirname)
929            try:
930                if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
931                    self.CIFfile = dlg.GetPath()
932                    self.dirname = dlg.GetDirectory()
933            finally:
934                dlg.Destroy()
935       
936    def OnExportPattern(self,event):
937        dlg = wx.FileDialog(self, 'Choose output powder file name', '.', '', 
938            'xye file (*.xye)|*.xye',wx.FD_SAVE|wx.FD_OVERWRITE_PROMPT)
939        if self.dirname:
940            dlg.SetDirectory(self.dirname)
941        try:
942            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
943                self.powderfile = dlg.GetPath()
944                G2IO.PowderxyeSave(self)
945                self.dirname = dlg.GetDirectory()
946        finally:
947            dlg.Destroy()
948       
949    def OnExportPeakList(self,event):
950        dlg = wx.FileDialog(self, 'Choose output peak list file name', '.', '', 
951            '(*.*)|*.*',wx.FD_SAVE|wx.FD_OVERWRITE_PROMPT)
952        if self.dirname:
953            dlg.SetDirectory(self.dirname)
954        try:
955            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
956                self.peaklistfile = dlg.GetPath()
957                file = open(self.peaklistfile,'wa')               
958                item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
959                while item:
960                    name = self.PatternTree.GetItemText(item)
961                    if 'PWDR' in name:
962                        item2, cookie2 = self.PatternTree.GetFirstChild(item)
963                        while item2:
964                            name2 = self.PatternTree.GetItemText(item2)
965                            if name2 == 'Peak List':
966                                peaks = self.PatternTree.GetItemPyData(item2)
967                                file.write("%s \n" % (name+' Peak List'))               
968                                for peak in peaks:
969                                    file.write("%10.4f %12.2f %10.3f %10.3f \n" % \
970                                        (peak[0],peak[2],peak[4],peak[6]))
971                            item2, cookie2 = self.PatternTree.GetNextChild(item, cookie2)                           
972                    item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)                           
973                file.close()
974                self.dirname = dlg.GetDirectory()
975        finally:
976            dlg.Destroy()
977       
978    def OnExportHKL(self,event):
979        event.Skip()
980       
981    def OnExportPhase(self,event):
982        event.Skip()
983       
984    def OnExportCIF(self,event):
985        event.Skip()
986       
987    def OnUnDo(self,event):
988        self.DoUnDo()
989        self.UnDo.Enable(False)
990       
991    def DoUnDo(self):
992        print 'Undo last refinement'
993        file = open('GSASII.save','rb')
994        PatternId = self.PatternId
995        for item in ['Background','Instrument Parameters','Peak List']:
996            self.PatternTree.SetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(self,PatternId, item),cPickle.load(file))
997            if self.dataDisplay.GetName() == item:
998                if item == 'Background':
999                    G2gd.UpdateBackgroundGrid(self,self.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(self,PatternId, item)))
1000                elif item == 'Instrument Parameters':
1001                    G2gd.UpdateInstrumentGrid(self,self.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(self,PatternId, item)))
1002                elif item == 'Peak List':
1003                    G2gd.UpdatePeakGrid(self,self.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(self,PatternId, item)))
1004            print item,' recovered'
1005        file.close()
1006       
1007    def SaveState(self):
1008        file = open('GSASII.save','wb')
1009        PatternId = self.PatternId
1010        for item in ['Background','Instrument Parameters','Peak List']:
1011            cPickle.dump(self.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(self,PatternId,item)),file,1)
1012        file.close()
1013        self.UnDo.Enable(True)
1014         
1015    def ClearEventList(self,eventList):
1016        if eventList:
1017            for i in range(len(eventList)):
1018                self.pdplot.canvas.mpl_disconnect(eventList[i])
1019        return []
1020
1021    def PlotPeakWidths(self):
1022        newPlot = False 
1023        PatternId = self.PatternId
1024        limitID = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,PatternId, 'Limits')
1025        if limitID:
1026            limits = self.PatternTree.GetItemPyData(limitID)
1027        else:
1028            return
1029        instParms = self.PatternTree.GetItemPyData( \
1030            G2gd.GetPatternTreeItemId(self,PatternId, 'Instrument Parameters'))
1031        if instParms[0][0] == 'PXC':
1032            lam = instParms[1][1]
1033            if len(instParms[1]) == 12:
1034                GU,GV,GW,LX,LY = instParms[0][6:11]
1035            else:
1036                GU,GV,GW,LX,LY = instParms[0][4:9]
1037        peakID = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,PatternId, 'Peak List')
1038        if peakID:
1039            peaks = self.PatternTree.GetItemPyData(peakID)
1040        else:
1041            peaks = []
1042        try:
1043            self.pdplot.clear()
1044            self.IMevent = self.ClearEventList(self.IMevent)
1045            self.PDevent = self.ClearEventList(self.PDevent)
1046            self.SCevent = self.ClearEventList(self.SCevent)
1047            self.pdplot.canvas.set_window_title('Peak Widths')
1048        except:
1049            self.pdplot.clear()
1050            self.pdplot = pylab.figure(facecolor='white')
1051            self.pdplot.canvas.set_window_title('Peak Widths')
1052            self.NewPlot = True
1053            newPlot = True
1054        self.pdplot.canvas.SetToolTipString('')
1055        colors=['b','g','r','c','m','k']
1056        Xmin,Xmax = limits[1]
1057        Xmin = min(0.5,max(Xmin,1))
1058        Xmin /= 2
1059        Xmax /= 2
1060        nPts = 100
1061        delt = (Xmax-Xmin)/nPts
1062        thetas = []
1063        for i in range(nPts):
1064            thetas.append(Xmin+i*delt)
1065        X = []
1066        Y = []
1067        Z = []
1068        W = []
1069        sig = lambda Th,U,V,W: 1.17741*math.sqrt(U*tand(Th)**2+V*tand(Th)+W)*math.pi/18000.
1070        gam = lambda Th,X,Y: (X/cosd(Th)+Y*tand(Th))*math.pi/18000.
1071        gamFW = lambda s,g: math.exp(math.log(g**5+2.69269*g**4*s+2.42843*g**3*s**2+4.47163*g**2*s**3+0.07842*g*s**4+s**5)/5.)
1072        for theta in thetas:
1073            X.append(4.0*math.pi*sind(theta)/lam)              #q
1074            s = sig(theta,GU,GV,GW)
1075            g = gam(theta,LX,LY)
1076            G = gamFW(g,s)
1077            Y.append(s/tand(theta))
1078            Z.append(g/tand(theta))
1079            W.append(G/tand(theta))
1080        ax = self.pdplot.add_subplot(111)
1081        ax.clear()
1082        ax.set_title('Instrument and sample peak widths')
1083        ax.set_ylabel(r'$\Delta q/q, \Delta d/d$',fontsize=14)
1084        ax.set_xlabel(r'$q, \AA^{-1}$',fontsize=14)
1085        ax.plot(X,Y,color='r',label='Gaussian')
1086        ax.plot(X,Z,color='g',label='Lorentzian')
1087        ax.plot(X,W,color='b',label='G+L')
1088        X = []
1089        Y = []
1090        Z = []
1091        W = []
1092        for peak in peaks:
1093            X.append(4.0*math.pi*sind(peak[0]/2.0)/lam)
1094            s = 1.17741*math.sqrt(peak[4])*math.pi/18000.
1095            g = peak[6]*math.pi/18000.
1096            G = gamFW(g,s)
1097            Y.append(s/tand(peak[0]/2.))
1098            Z.append(g/tand(peak[0]/2.))
1099            W.append(G/tand(peak[0]/2.))
1100        ax.plot(X,Y,'+',color='r',label='G peak')
1101        ax.plot(X,Z,'+',color='g',label='L peak')
1102        ax.plot(X,W,'+',color='b',label='G+L peak')
1103        ax.legend(loc='best')
1104        self.NewPlot = True
1105           
1106        if newPlot:
1107            pylab.show()
1108        else:                       #1st plot
1109            pylab.draw()
1110           
1111    def PlotImage(self):
1112        from matplotlib.patches import Ellipse
1113
1114        def OnImMotion(event):
1115            self.pdplot.canvas.SetToolTipString('')
1116            size = len(self.ImageZ)
1117            if (xlim[0] < event.xdata < xlim[1]) & (ylim[0] > event.ydata > ylim[1]):
1118                item = self.itemPicked
1119                if item and self.PatternTree.GetItemText(self.PickId) == 'Image Controls':
1120                    if 'Text' in str(item):
1121                        self.pdplot.canvas.SetToolTipString('%8.3f %8.3fmm'%(event.xdata,event.ydata))
1122                    else:
1123                        xcent,ycent = Data['center']
1124                        xpos = event.xdata-xcent
1125                        ypos = event.ydata-ycent
1126                        if 'line2' in  str(item) or 'line3' in str(item) and not Data['fullIntegrate']:
1127                            ang = int(atan2d(-ypos,xpos))
1128                            self.pdplot.canvas.SetToolTipString('%6d deg'%(ang))
1129                        elif 'line0' in  str(item) or 'line1' in str(item):
1130                            radius = math.sqrt(xpos**2+ypos**2)
1131                            self.pdplot.canvas.SetToolTipString('%8.3fmm'%(radius))                           
1132                else:
1133                    xpix = event.xdata*scalex
1134                    ypix = event.ydata*scaley
1135                    if (0 <= xpix <= size) and (0 <= ypix <= size):
1136                        self.pdplot.canvas.SetToolTipString('%6d'%(self.ImageZ[ypix][xpix]))
1137
1138        def OnImPlotKeyPress(event):
1139            if self.PatternTree.GetItemText(self.PickId) == 'Image Controls':
1140                Data = self.PatternTree.GetItemPyData(self.PickId)
1141                pixelSize = Data['pixelSize']
1142                size = len(self.ImageZ)
1143                Xpos = event.xdata
1144                if not Xpos:            #got point out of frame
1145                    return
1146                Ypos = event.ydata
1147                if event.key == 'm':
1148                    print 'mask = ',Xpos,Ypos
1149                self.PlotImage()
1150               
1151        def OnImPick(event):
1152            if self.PatternTree.GetItemText(self.PickId) != 'Image Controls':
1153                return
1154            if self.itemPicked is not None: return
1155            pick = event.artist
1156            self.itemPicked = pick
1157           
1158        def OnImRelease(event):
1159            if self.PatternTree.GetItemText(self.PickId) != 'Image Controls':
1160                return
1161            Data = self.PatternTree.GetItemPyData(self.PickId)
1162            pixelSize = Data['pixelSize']
1163            scalex = 1000./pixelSize[0]
1164            scaley = 1000./pixelSize[1]
1165            if self.itemPicked is None:
1166                size = len(self.ImageZ)
1167                Xpos = event.xdata
1168                if not (Xpos and self.ifGetRing):                   #got point out of frame
1169                    return
1170                Ypos = event.ydata
1171                if Ypos and not self.pdplot.canvas.toolbar._active:         #make sure zoom/pan not selected
1172                    if event.button == 1:
1173                        Xpix = Xpos*scalex
1174                        Ypix = Ypos*scaley
1175                        xpos,ypos,I,J = G2cmp.ImageLocalMax(self.ImageZ,20,Xpix,Ypix)
1176                        if I and J:
1177                            xpos /= scalex
1178                            ypos /= scaley
1179                            Data['ring'].append([xpos,ypos])
1180                    self.PlotImage()
1181                return
1182            else:
1183                xpos = event.xdata
1184                if xpos:                                        #avoid out of frame mouse position
1185                    ypos = event.ydata
1186                    if self.ifGetRing:
1187                        xypos = [xpos,ypos]
1188                        rings = Data['ring']
1189                        for ring in rings:
1190                            if np.allclose(ring,xypos,.01,0):
1191                                rings.remove(ring)                                                                       
1192                    else:
1193                        xcent,ycent = Data['center']
1194                        xpos -= xcent
1195                        ypos -= ycent
1196                        radius = math.sqrt(xpos**2+ypos**2)
1197                        xpos /= radius
1198                        ypos /= radius
1199                        ang = int(atan2d(-ypos,xpos))
1200                        if 'Line2D' in str(self.itemPicked):
1201                            if 'line2' in str(self.itemPicked) and not Data['fullIntegrate']:
1202                                Data['LRazimuth'][0] = ang
1203                            elif 'line3' in str(self.itemPicked) and not Data['fullIntegrate']:
1204                                Data['LRazimuth'][1] = ang
1205                            elif 'line0' in str(self.itemPicked):
1206                                Data['IOradii'][0] = radius
1207                            elif 'line1' in str(self.itemPicked):
1208                                Data['IOradii'][1] = radius
1209                            if Data['LRazimuth'][1] < Data['LRazimuth'][0]:
1210                                Data['LRazimuth'][1] += 360
1211                            if  Data['IOradii'][0] > Data['IOradii'][1]:
1212                                Data['IOradii'] = G2cmp.SwapXY(Data['IOradii'][0],Data['IOradii'][1])
1213                            self.IOradText.SetValue("%8.3f,%8.3f" % (Data['IOradii'][0],Data['IOradii'][1]))
1214                            self.LRazim.SetValue("%6d,%6d" % (Data['LRazimuth'][0],Data['LRazimuth'][1]))
1215                        else:
1216                            print event.xdata,event.ydata,event.button
1217                    self.PlotImage()
1218                self.itemPicked = None
1219           
1220        newPlot = False
1221        self.NewPlot = True
1222        self.itemPicked = None 
1223        try:
1224            self.pdplot.clear()
1225            self.pdplot.canvas.toolbar.set_history_buttons()
1226            self.pdplot.canvas.set_window_title('2D Powder Image')
1227            self.PDevent = self.ClearEventList(self.PDevent)
1228            self.SCevent = self.ClearEventList(self.SCevent)
1229        except:
1230            self.pdplot = pylab.figure(facecolor='white')
1231            self.pdplot.clear()
1232            self.pdplot.canvas.set_window_title('2D Powder Image')
1233            self.NewPlot = True                     #to make sure subsequent 1-D plot will be OK
1234            newPlot = True
1235        if not self.IMevent:
1236            self.IMevent.append(self.pdplot.canvas.mpl_connect('key_press_event', OnImPlotKeyPress))
1237            self.IMevent.append(self.pdplot.canvas.mpl_connect('motion_notify_event', OnImMotion))
1238            self.IMevent.append(self.pdplot.canvas.mpl_connect('pick_event', OnImPick))
1239            self.IMevent.append(self.pdplot.canvas.mpl_connect('button_release_event', OnImRelease))           
1240        PickId = self.PickId
1241        ax = self.pdplot.add_subplot(111)
1242        self.PlotAX = ax
1243        ax.set_title(self.PatternTree.GetItemText(self.Image)[4:])
1244        size,self.ImageZ = self.PatternTree.GetItemPyData(self.Image)
1245        Data = self.PatternTree.GetItemPyData( \
1246            G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.Image, 'Image Controls'))
1247        imScale = 1
1248        if len(self.ImageZ) > 1024:
1249            imScale = len(self.ImageZ)/1024
1250        pixelSize = Data['pixelSize']
1251        scalex = 1000./pixelSize[0]
1252        scaley = 1000./pixelSize[1]
1253        xmax = len(self.ImageZ)
1254        Xmax = len(self.ImageZ)*pixelSize[0]/1000.
1255        xlim = (-0.5,Xmax-.5)
1256        ylim = (Xmax-.5,-0.5,)
1257        if self.Img:
1258            xlim = self.Img.axes.get_xlim()
1259            ylim = self.Img.axes.get_ylim()
1260        Imin,Imax = Data['range'][1]
1261        acolor = mpl.cm.get_cmap(Data['color'])
1262        xcent,ycent = Data['center']
1263        ax.set_xlabel('Image x-axis, mm',fontsize=12)
1264        ax.set_ylabel('Image y-axis, mm',fontsize=12)
1265        self.Img = ax.imshow(self.ImageZ[::imScale,::imScale], \
1266            aspect='equal',cmap=acolor, \
1267            interpolation='nearest',vmin=Imin,vmax=Imax,picker=1, \
1268            extent=[0,Xmax,Xmax,0])
1269        ax.text(xcent,ycent,'+',ha='center',va='center',picker=3)
1270        if Data['showLines']:
1271            LRAzim = Data['LRazimuth']
1272            IOradii = Data['IOradii']
1273            arcxI = arcyI = np.array(range(LRAzim[0],LRAzim[1]+1))
1274            arcxI = np.sin(arcxI*math.pi/180.)*Data['IOradii'][0]+xcent
1275            arcyI = -np.cos(arcyI*math.pi/180.)*Data['IOradii'][0]+ycent
1276            ax.plot(arcxI,arcyI,picker=3)
1277            arcxO = arcyO = np.array(range(LRAzim[0],LRAzim[1]+1))
1278            arcxO = np.sin(arcxO*math.pi/180.)*Data['IOradii'][1]+xcent
1279            arcyO = -np.cos(arcyO*math.pi/180.)*Data['IOradii'][1]+ycent
1280            ax.plot(arcxO,arcyO,picker=3)
1281            if not Data['fullIntegrate']:
1282                xbeg = arcxI[0]
1283                ybeg = arcyI[0]
1284                ax.plot([xbeg,sind(LRAzim[0])*IOradii[1]+xcent],
1285                    [ybeg,-cosd(LRAzim[0])*IOradii[1]+ycent],picker=3)
1286                xbeg = arcxI[-1]
1287                ybeg = arcyI[-1]
1288                ax.plot([xbeg,sind(LRAzim[1])*IOradii[1]+xcent],
1289                    [ybeg,-cosd(LRAzim[1])*IOradii[1]+ycent],picker=3)
1290        for xring,yring in Data['ring']:
1291            ax.text(xring,yring,'+',color='b',ha='center',va='center',picker=3)
1292        if Data['setRings']:
1293            for ring in Data['rings']:
1294                for xring,yring in ring:
1295                    ax.text(xring,yring,'+',ha='center',va='center')           
1296        for ellipse in Data['ellipses']:
1297            cent,phi,[width,height] = ellipse
1298            ax.add_artist(Ellipse([cent[0],cent[1]],2*width,2*height,phi,ec='r',fc=None))
1299            ax.text(cent[0],cent[1],'+',color='b',ha='center',va='center',picker=3)
1300        self.Img.axes.set_xlim(xlim)
1301        self.Img.axes.set_ylim(ylim)
1302        self.pdplot.colorbar(self.Img)
1303        if newPlot:
1304            pylab.show()
1305        else:                       #1st plot
1306            pylab.draw()       
1307               
1308    def PlotPatterns(self):
1309       
1310        def OnPick(event):
1311            if self.itemPicked is not None: return
1312            PatternId = self.PatternId
1313            PickId = self.PickId
1314            pick = event.artist
1315            mouse = event.mouseevent
1316            xpos = pick.get_xdata()
1317            ypos = pick.get_ydata()
1318            ind = event.ind
1319            xy = zip(xpos[ind],ypos[ind])
1320            if self.PatternTree.GetItemText(PickId) == 'Peak List':
1321                if ind.all() != [0]:                                    #picked a data point
1322                    inst = self.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(self,PatternId, 'Instrument Parameters'))
1323                    if len(inst[1]) == 10:
1324                        ins = inst[1][4:10]
1325                    else:
1326                        ins = inst[1][6:12]   
1327                    sig = ins[0]*tand(xy[0][0]/2.0)**2+ins[1]*tand(xy[0][0]/2.0)+ins[2]
1328                    gam = ins[3]/cosd(xy[0][0]/2.0)+ins[4]*tand(xy[0][0]/2.0)           
1329                    data = self.PatternTree.GetItemPyData(self.PickId)
1330                    XY = [xy[0][0],0, xy[0][1],1, sig,0, gam,0, ins[5],0]       #default refine intensity 1st   
1331                    data.append(XY)
1332                    G2gd.UpdatePeakGrid(self,data)
1333                else:                                                   #picked a peak list line
1334                    self.itemPicked = pick
1335            elif self.PatternTree.GetItemText(PickId) == 'Limits':
1336                if ind.all() != [0]:                                    #picked a data point
1337                    LimitId = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,PatternId, 'Limits')
1338                    data = self.PatternTree.GetItemPyData(LimitId)
1339                    if mouse.button==1:
1340                        data[1][0] = min(xy[0][0],data[1][1])
1341                    if mouse.button==3:
1342                        data[1][1] = max(xy[0][0],data[1][0])
1343                    self.PatternTree.SetItemPyData(LimitId,data)
1344                    G2gd.UpdateLimitsGrid(self,data)
1345                else:                                                   #picked a limit line
1346                    self.itemPicked = pick               
1347            self.PlotPatterns()
1348           
1349        def OnPlotKeyPress(event):
1350            if event.key == 'w':
1351                if self.Weight:
1352                    self.Weight = False
1353                else:
1354                    self.Weight = True
1355                self.PlotPatterns()
1356                print 'plot weighting:',self.Weight
1357            if self.PatternTree.GetChildrenCount(self.root,False) > 1:
1358                if event.key == 'u' and self.Offset < 100.:
1359                    self.Offset += 1.
1360                    self.PlotPatterns()
1361                elif event.key == 'd' and self.Offset > 0.:
1362                    self.Offset -= 1.
1363                    self.PlotPatterns()
1364                elif event.key == 'c':
1365                    print 'contouring'
1366                    if self.Contour:
1367                        self.Contour = False
1368                    else:
1369                        self.Contour = True
1370                    self.PlotPatterns()
1371    #            elif self.Contour and event.key == 'l':
1372    #                event.StopPropagation()
1373            else:
1374                event.Skip()
1375                           
1376        def OnMotion(event):
1377            if self.itemPicked:
1378                xpos = event.xdata
1379                if xpos:                                        #avoid out of frame mouse position
1380                    self.pdplot.canvas.SetToolTipString('%9.3f'%(xpos))
1381                       
1382        def OnRelease(event):
1383            if self.itemPicked is None: return
1384            xpos = event.xdata
1385            if xpos:                                        #avoid out of frame mouse position
1386                lines = []
1387                for line in self.Lines: lines.append(line.get_xdata()[0])
1388                lineNo = lines.index(self.itemPicked.get_xdata()[0])
1389                if  lineNo in [0,1]:
1390                    LimitId = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.PatternId, 'Limits')
1391                    data = self.PatternTree.GetItemPyData(LimitId)
1392                    data[1][lineNo] = xpos
1393                    self.PatternTree.SetItemPyData(LimitId,data)
1394                    if self.PatternTree.GetItemText(self.PickId) == 'Limits':
1395                        G2gd.UpdateLimitsGrid(self,data)
1396                else:
1397                    PeakId = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.PatternId, 'Peak List')
1398                    data = self.PatternTree.GetItemPyData(PeakId)
1399                    data[lineNo-2][0] = xpos
1400                    self.PatternTree.SetItemPyData(PeakId,data)
1401                    G2gd.UpdatePeakGrid(self,data)
1402            self.PlotPatterns()
1403            self.itemPicked = None   
1404           
1405        try:
1406            if self.NewPlot:
1407                self.pdplot.clear()
1408            self.pdplot.canvas.toolbar.set_history_buttons()
1409            self.pdplot.canvas.set_window_title('Powder Patterns')
1410            self.IMevent = self.ClearEventList(self.IMevent)
1411            self.SCevent = self.ClearEventList(self.SCevent)
1412        except:
1413            self.pdplot = pylab.figure(facecolor='white')
1414            self.pdplot.clear()
1415            self.pdplot.canvas.set_window_title('Powder Patterns')
1416            self.NewPlot = True
1417        if not self.PDevent:
1418            self.PDevent.append(self.pdplot.canvas.mpl_connect('key_press_event', OnPlotKeyPress))
1419            self.PDevent.append(self.pdplot.canvas.mpl_connect('pick_event', OnPick))
1420            self.PDevent.append(self.pdplot.canvas.mpl_connect('button_release_event', OnRelease))
1421            self.PDevent.append(self.pdplot.canvas.mpl_connect('motion_notify_event', OnMotion))
1422        PickId = self.PickId
1423        PatternId = self.PatternId
1424        colors=['b','g','r','c','m','k']
1425        Ymax = 1.0
1426        PlotList = []
1427        Lines = []
1428        item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
1429        while item:
1430            if 'PWDR' in self.PatternTree.GetItemText(item):
1431                Pattern = self.PatternTree.GetItemPyData(item)
1432                Pattern.append(self.PatternTree.GetItemText(item))
1433                PlotList.append(Pattern)
1434            item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)               
1435        for Pattern in PlotList:
1436            xye = Pattern[1]
1437            Ymax = max(Ymax,max(xye[1]))
1438        offset = self.Offset*Ymax/100.0
1439        ax = self.pdplot.add_subplot(111)
1440        ax.cla()
1441        if not self.NewPlot:
1442            xlim = ax.get_xlim()
1443            ylim = ax.get_ylim()
1444        ax.clear()
1445        ax.set_title('Powder Patterns')
1446        ax.set_xlabel(r'$\mathsf{2\theta}$',fontsize=14)
1447        ax.set_ylabel('Intensity',fontsize=12)
1448        if self.Contour:
1449            ContourZ = []
1450            ContourY = []
1451            Nseq = 0
1452        for Pattern in PlotList:
1453            ifpicked = False
1454            LimitId = 0
1455            if PickId:
1456                ifpicked = Pattern[2] in self.PatternTree.GetItemText(PatternId)
1457                LimitId = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,PatternId, 'Limits')
1458            xye = Pattern[1]
1459            N = PlotList.index(Pattern)
1460            X = np.array(xye[0])
1461            Y = np.array(xye[1])
1462            Y += offset*N
1463            if LimitId:
1464                limits = self.PatternTree.GetItemPyData(LimitId)
1465                Lines.append(ax.axvline(limits[1][0],color='g',dashes=(5,5),picker=3))   
1466                Lines.append(ax.axvline(limits[1][1],color='r',dashes=(5,5),picker=3))                   
1467            if self.Contour:
1468                ContourY.append(N)
1469                ContourZ.append(Y)
1470                ContourX = X
1471                Nseq += 1
1472                ax.set_ylabel('Data sequence',fontsize=12)
1473            else:
1474                if ifpicked:
1475                    Z = np.array(xye[3])+offset*N
1476                    W = np.array(xye[4])+offset*N
1477                    D = np.array(xye[5])+offset*N
1478                    if self.Weight:
1479                        W2 = np.sqrt(np.array(xye[2]))
1480                        D *= W2
1481                    ax.plot(X,Y,colors[N%6]+'+',picker=3)
1482                    ax.plot(X,Z,colors[(N+1)%6],picker=False)
1483                    ax.plot(X,W,colors[(N+2)%6],picker=False)
1484                    ax.plot(X,D,colors[(N+3)%6],picker=False)
1485                    ax.axhline(0.,color=wx.BLACK)
1486                    self.pdplot.canvas.SetToolTipString('')
1487                    if self.PatternTree.GetItemText(PickId) == 'Peak List':
1488                        tip = 'On data point: Pick peak - L or R MB.On line: MB down to move'
1489                        self.pdplot.canvas.SetToolTipString(tip)
1490                        data = self.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(self,PatternId, 'Peak List'))
1491                        for item in data:
1492                            Lines.append(ax.axvline(item[0],color=colors[N%6],picker=2))
1493                    if self.PatternTree.GetItemText(PickId) == 'Limits':
1494                        tip = 'On data point: Lower limit - L MB; Upper limit - R MB. On limit: MB down to move'
1495                        self.pdplot.canvas.SetToolTipString(tip)
1496                        data = self.LimitsTable.GetData()
1497                else:
1498                    ax.plot(xye[0],Y,colors[N%6],picker=False)
1499        if PickId and self.PatternTree.GetItemText(PickId) in ['Index Peak List','Unit Cells List']:
1500            peaks = self.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(self,PatternId, 'Index Peak List'))
1501            for peak in peaks:
1502                ax.axvline(peak[0],color='b')
1503            for hkl in self.HKL:
1504                ax.axvline(hkl[5],color='r',dashes=(5,5))
1505            if self.NewPlot and peaks:
1506                xmin = peaks[0][0]
1507                xmax = peaks[-1][0]
1508                delt = xmax-xmin
1509                xlim = [max(0,xmin-delt/20.),min(180.,xmax+delt/20.)]
1510                ax.set_xlim(xlim)               
1511        if self.Contour:
1512            ax.contourf(ContourX,ContourY,ContourZ)
1513        self.Lines = Lines
1514        if self.NewPlot:
1515            if self.plotView:
1516                ax.set_xlim(self.plotView[0])
1517                ax.set_ylim(self.plotView[1])
1518        else:
1519            ax.set_xlim(xlim)
1520            ax.set_ylim(ylim)
1521            if self.Contour:
1522                ax.set_ylim(0,Nseq-1)
1523        if self.NewPlot:
1524            pylab.show()
1525            self.NewPlot = False
1526        else:                       #1st plot
1527            pylab.draw()
1528       
1529    def PlotSngl(self):
1530        from matplotlib.patches import Circle
1531
1532        def OnSCMotion(event):
1533            xpos = event.xdata
1534            if xpos:
1535                xpos = round(xpos)                                        #avoid out of frame mouse position
1536                ypos = round(event.ydata)
1537                zpos = Data['Layer']
1538                if '100' in Data['Zone']:
1539                    self.pdplot.canvas.SetToolTipString('(%3d,%3d,%3d)'%(zpos,xpos,ypos))
1540                elif '010' in Data['Zone']:
1541                    self.pdplot.canvas.SetToolTipString('(%3d,%3d,%3d)'%(xpos,zpos,ypos))
1542                elif '001' in Data['Zone']:
1543                    self.pdplot.canvas.SetToolTipString('(%3d,%3d,%3d)'%(xpos,ypos,zpos))
1544                   
1545        def OnSCPick(event):
1546            zpos = Data['Layer']
1547            pos = event.artist.center
1548            if '100' in Data['Zone']:
1549                self.pdplot.canvas.SetToolTipString('(picked:(%3d,%3d,%3d))'%(zpos,pos[0],pos[1]))
1550            elif '010' in Data['Zone']:
1551                self.pdplot.canvas.SetToolTipString('(picked:(%3d,%3d,%3d))'%(pos[0],zpos,pos[1]))
1552            elif '001' in Data['Zone']:
1553                self.pdplot.canvas.SetToolTipString('(picked:(%3d,%3d,%3d))'%(pos[0],pos[1],zpos))                 
1554           
1555        def OnSCKeyPress(event):
1556            print event.key
1557                   
1558        try:
1559            if self.NewPlot:
1560                self.pdplot.clear()
1561            self.pdplot.canvas.toolbar.set_history_buttons()
1562            self.pdplot.canvas.set_window_title('Structure Factors')
1563            self.IMevent = self.ClearEventList(self.IMevent)
1564            self.PDevent = self.ClearEventList(self.PDevent)
1565        except:
1566            self.pdplot = pylab.figure(facecolor='white')
1567            self.pdplot.clear()
1568            self.pdplot.canvas.set_window_title('Structure Factors')
1569            self.NewPlot = True
1570        if not self.SCevent:
1571            self.SCevent.append(self.pdplot.canvas.mpl_connect('key_press_event', OnSCKeyPress))
1572            self.SCevent.append(self.pdplot.canvas.mpl_connect('pick_event', OnSCPick))
1573            self.SCevent.append(self.pdplot.canvas.mpl_connect('motion_notify_event', OnSCMotion))
1574        PickId = self.PickId
1575        ax = self.pdplot.add_subplot(111)
1576        ax.set_aspect(aspect='equal')
1577        HKLref = self.PatternTree.GetItemPyData(self.Sngl)
1578        Data = self.PatternTree.GetItemPyData( \
1579            G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.Sngl, 'HKL Plot Controls'))
1580
1581        Type = Data['Type']           
1582        scale = Data['Scale']
1583        HKLmax = Data['HKLmax']
1584        HKLmin = Data['HKLmin']
1585        FosqMax = Data['FoMax']
1586        FoMax = math.sqrt(FosqMax)
1587        ifFc = Data['ifFc']
1588        xlabel = ['k, h=','h, k=','h, l=']
1589        ylabel = ['l','l','k']
1590        zones = ['100','010','001']
1591        pzone = [[1,2],[0,2],[0,1]]
1592        izone = zones.index(Data['Zone'])
1593        ax.set_title(self.PatternTree.GetItemText(self.Sngl)[5:])
1594        for h,k,l,Fosq,sig,Fcsq,x,x,x in HKLref:
1595            H = [h,k,l]
1596            if H[izone] == Data['Layer']:
1597                B = 0
1598                if Type == 'Fosq':
1599                    A = scale*Fosq/FosqMax
1600                    B = scale*Fcsq/FosqMax
1601                    C = abs(A-B)
1602                elif Type == 'Fo':
1603                    A = scale*math.sqrt(max(0,Fosq))/FoMax
1604                    B = scale*math.sqrt(max(0,Fcsq))/FoMax
1605                    C = abs(A-B)
1606                elif Type == '|DFsq|/sig':
1607                    A = abs(Fosq-Fcsq)/(scale*sig)
1608                elif Type == '|DFsq|>sig':
1609                    A = abs(Fosq-Fcsq)/(scale*sig)
1610                    if A < 1.0: A = 0                   
1611                elif Type == '|DFsq|>3sig':
1612                    A = abs(Fosq-Fcsq)/(scale*sig)
1613                    if A < 3.0: A = 0                   
1614                xy = (H[pzone[izone][0]],H[pzone[izone][1]])
1615                if A > 0.0:
1616                    ax.add_artist(Circle(xy,radius=A,ec='g',fc='w',picker=3))
1617                if B:
1618                    ax.add_artist(Circle(xy,radius=B,ec='b',fc='w'))
1619                    radius = C
1620                    if radius > 0:
1621                        if A > B:
1622                            ax.add_artist(Circle(xy,radius=radius,ec='r',fc='r'))
1623                        else:                   
1624                            ax.add_artist(Circle(xy,radius=radius,ec='g',fc='g'))
1625                   
1626        ax.set_xlabel(xlabel[izone]+str(Data['Layer']),fontsize=12)
1627        ax.set_ylabel(ylabel[izone],fontsize=12)
1628        ax.set_xlim((HKLmin[pzone[izone][0]],HKLmax[pzone[izone][0]]))
1629        ax.set_ylim((HKLmin[pzone[izone][1]],HKLmax[pzone[izone][1]]))
1630
1631        if self.NewPlot:
1632            pylab.show()
1633            self.NewPlot = False
1634        else:                       #1st plot
1635            pylab.draw()
1636       
1637    def ErrorDialog(self,title,message):
1638        dlg = wx.MessageDialog(self, message, title,  wx.OK)
1639        try:
1640            result = dlg.ShowModal()
1641        finally:
1642            dlg.Destroy()
1643
1644    def OnHelpHelpMenu(self, event):
1645        event.Skip()
1646       
1647    def OnHelpAboutMenu(self, event):
1648        info = wx.AboutDialogInfo()
1649        info.Name = 'GSAS-II'
1650        info.Version = '0.0.1'
1651        info.Copyright = '''
1652Robert B. Von Dreele
1653Argonne National Laboratory(C)
1654This product includes software developed
1655by the UChicago Argonne, LLC, as
1656Operator of Argonne National Laboratory.         '''
1657        info.Description = '''
1658General Structure Analysis System - II
1659        '''
1660        wx.AboutBox(info)
1661       
1662class GSASIImain(wx.App):
1663    def OnInit(self):
1664        self.main = GSASII(None)
1665        self.main.Show()
1666        self.SetTopWindow(self.main)
1667        return True
1668
1669def main():
1670    application = GSASIImain(0)
1671    application.MainLoop()
1672
1673if __name__ == '__main__':
1674    main()
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.