source: trunk/GSASII.py @ 2611

Last change on this file since 2611 was 2611, checked in by toby, 5 years ago

Change PDF defaults; option for multiple element addition (added to PDF); replace old single-spot mask option with new; stop overwriting image limits on Copy Controls

  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Date Author Revision URL Id
File size: 193.6 KB
Line 
1#!/usr/bin/env python
2# -*- coding: utf-8 -*-
3#GSASII
4########### SVN repository information ###################
5# $Date: 2017-01-05 04:46:36 +0000 (Thu, 05 Jan 2017) $
6# $Author: toby $
7# $Revision: 2611 $
8# $URL: trunk/GSASII.py $
9# $Id: GSASII.py 2611 2017-01-05 04:46:36Z toby $
10########### SVN repository information ###################
11'''
12*GSAS-II Main Module*
13=====================
14
15Main routines for the GSAS-II program
16'''
17
18import os
19import sys
20import math
21import copy
22import random as ran
23import glob
24import imp
25import inspect
26import numpy as np
27import scipy as sp
28import wx
29import wx.lib.scrolledpanel as wxscroll
30try:  # patch for LANG environment var problem on occasional OSX machines
31    import locale
32    locale.getdefaultlocale()
33except ValueError:
34    print('Fixing location (see https://github.com/matplotlib/matplotlib/issues/5420.)')
35    os.environ['LC_ALL'] = 'en_US.UTF-8'
36    locale.getdefaultlocale()
37import matplotlib as mpl
38try:
39    import OpenGL as ogl
40except ImportError:
41    print('*******************************************************')
42    print('PyOpenGL is missing from your python installation')
43    print('     - we will try to install it')
44    print('*******************************************************')
45    def install_with_easyinstall(package):
46        try: 
47            print "trying a system-wide PyOpenGl install"
48            easy_install.main(['-f',os.path.split(__file__)[0],package])
49            return
50        except:
51            pass
52        try: 
53            print "trying a user level PyOpenGl install"
54            easy_install.main(['-f',os.path.split(__file__)[0],'--user',package])
55            return
56        except:
57            print "Install of '+package+' failed. Please report this information:"
58            import traceback
59            print traceback.format_exc()
60            sys.exit()
61    from setuptools.command import easy_install
62    install_with_easyinstall('PyOpenGl')
63    print('*******************************************************')         
64    print('OpenGL has been installed. Restarting GSAS-II')
65    print('*******************************************************')         
66    loc = os.path.dirname(__file__)
67    import subprocess
68    subprocess.Popen([sys.executable,os.path.join(loc,'GSASII.py')])
69    sys.exit()
70   
71# load the GSAS routines
72import GSASIIpath
73GSASIIpath.SetVersionNumber("$Revision: 2611 $")
74import GSASIIIO as G2IO
75import GSASIIElem as G2elem
76import GSASIIgrid as G2gd
77import GSASIIctrls as G2G
78import GSASIIplot as G2plt
79import GSASIIpwd as G2pwd
80import GSASIIpwdGUI as G2pdG
81import GSASIIspc as G2spc
82import GSASIIstrMain as G2stMn
83import GSASIIstrIO as G2stIO
84import GSASIImath as G2mth
85import GSASIImapvars as G2mv
86import GSASIIobj as G2obj
87import GSASIIlattice as G2lat
88import GSASIIlog as log
89WACV = wx.ALIGN_CENTER_VERTICAL
90#                GSASIIpath.IPyBreak()
91
92__version__ = '0.2.0'
93
94# PATCH: for Mavericks (OS X 10.9.x), wx produces an annoying warning about LucidaGrandeUI.
95# In case stderr has been suppressed there, redirect python error output to stdout. Nobody
96# else should care much about this.
97sys.stderr = sys.stdout
98
99def create(parent):
100    return GSASII(parent)
101
102def SetDefaultDData(dType,histoName,NShkl=0,NDij=0):
103    if dType in ['SXC','SNC']:
104        return {'Histogram':histoName,'Show':False,'Scale':[1.0,True],
105            'Babinet':{'BabA':[0.0,False],'BabU':[0.0,False]},
106            'Extinction':['Lorentzian','None', {'Tbar':0.1,'Cos2TM':0.955,
107            'Eg':[1.e-10,False],'Es':[1.e-10,False],'Ep':[1.e-10,False]}],
108            'Flack':[0.0,False]}
109    elif dType == 'SNT':
110        return {'Histogram':histoName,'Show':False,'Scale':[1.0,True],
111            'Babinet':{'BabA':[0.0,False],'BabU':[0.0,False]},
112            'Extinction':['Lorentzian','None', {
113            'Eg':[1.e-10,False],'Es':[1.e-10,False],'Ep':[1.e-10,False]}]}
114    elif 'P' in dType:
115        return {'Histogram':histoName,'Show':False,'Scale':[1.0,False],
116            'Pref.Ori.':['MD',1.0,False,[0,0,1],0,{},[],0.1],
117            'Size':['isotropic',[1.,1.,1.],[False,False,False],[0,0,1],
118                [1.,1.,1.,0.,0.,0.],6*[False,]],
119            'Mustrain':['isotropic',[1000.0,1000.0,1.0],[False,False,False],[0,0,1],
120                NShkl*[0.01,],NShkl*[False,]],
121            'HStrain':[NDij*[0.0,],NDij*[False,]],                         
122            'Extinction':[0.0,False],'Babinet':{'BabA':[0.0,False],'BabU':[0.0,False]}}
123
124class GSASII(wx.Frame):
125    '''Define the main GSAS-II frame and its associated menu items
126    '''
127    def MenuBinding(self,event):
128        '''Called when a menu is clicked upon; looks up the binding in table
129        '''
130        log.InvokeMenuCommand(event.GetId(),self,event)
131           
132    def Bind(self,eventtype,handler,*args,**kwargs):
133        '''Override the Bind function so that we can wrap calls that will be logged.
134       
135        N.B. This is a bit kludgy. Menu bindings with an id are wrapped and
136        menu bindings with an object and no id are not.
137        '''
138        if eventtype == wx.EVT_MENU and 'id' in kwargs:
139            menulabels = log.SaveMenuCommand(kwargs['id'],self,handler)
140            if menulabels:
141                wx.Frame.Bind(self,eventtype,self.MenuBinding,*args,**kwargs)
142                return
143        wx.Frame.Bind(self,eventtype,handler,*args,**kwargs)     
144   
145    def _Add_FileMenuItems(self, parent):
146        item = parent.Append(
147            help='Open a GSAS-II project file (*.gpx)', id=wx.ID_ANY,
148            kind=wx.ITEM_NORMAL,text='&Open project...')
149        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnFileOpen, id=item.GetId())
150        item = parent.Append(
151            help='Save project under current name', id=wx.ID_ANY,
152            kind=wx.ITEM_NORMAL,text='&Save project')
153        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnFileSave, id=item.GetId())
154        item = parent.Append(
155            help='Save current project to new file', id=wx.ID_ANY,
156            kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Save project as...')
157        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnFileSaveas, id=item.GetId())
158        item = parent.Append(
159            help='Create empty new project, saving current is optional', id=wx.ID_ANY,
160            kind=wx.ITEM_NORMAL,text='&New project')
161        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnFileClose, id=item.GetId())
162        item = parent.Append(wx.ID_PREFERENCES, text = "&Preferences")
163        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnPreferences, item)
164        if GSASIIpath.GetConfigValue('debug'):
165            def OnIPython(event):
166                GSASIIpath.IPyBreak()
167            item = parent.Append(wx.ID_ANY, text = "IPython Console")
168            self.Bind(wx.EVT_MENU, OnIPython, item)
169        item = parent.Append(
170            help='Exit from GSAS-II', id=wx.ID_ANY,
171            kind=wx.ITEM_NORMAL,text='&Exit')
172        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnFileExit, id=item.GetId())
173       
174    def _Add_DataMenuItems(self,parent):
175        item = parent.Append(
176            help='',id=wx.ID_ANY,
177            kind=wx.ITEM_NORMAL,
178            text='Read image data...')
179        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnImageRead, id=item.GetId())
180        item = parent.Append(
181            help='',id=wx.ID_ANY,
182            kind=wx.ITEM_NORMAL,
183            text='Read Powder Pattern Peaks...')
184        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnReadPowderPeaks, id=item.GetId())
185        item = parent.Append(
186            help='',id=wx.ID_ANY,
187            kind=wx.ITEM_NORMAL,
188            text='Sum powder data')
189        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnPwdrSum, id=item.GetId())
190        item = parent.Append(
191            help='',id=wx.ID_ANY,
192            kind=wx.ITEM_NORMAL,
193            text='Sum image data')
194        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnImageSum, id=item.GetId())
195        item = parent.Append(
196            help='',id=wx.ID_ANY,
197            kind=wx.ITEM_NORMAL,
198            text='Add new phase')
199        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnAddPhase, id=item.GetId())
200        item = parent.Append(
201            help='',id=wx.ID_ANY,
202            kind=wx.ITEM_NORMAL,
203            text='Delete phase')
204        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnDeletePhase, id=item.GetId())
205        item = parent.Append(
206            help='',id=wx.ID_ANY,
207            kind=wx.ITEM_NORMAL,
208            text='Rename data') 
209        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnRenameData, id=item.GetId())
210        item = parent.Append(
211            help='',id=wx.ID_ANY,
212            kind=wx.ITEM_NORMAL,
213            text='Delete data')
214        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnDataDelete, id=item.GetId())
215               
216    def _Add_CalculateMenuItems(self,parent):
217        item = parent.Append(help='Make new PDFs from selected powder patterns', 
218            id=wx.ID_ANY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Make new PDFs')
219        self.MakePDF.append(item)
220#        item.Enable(False)
221        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnMakePDFs, id=item.GetId())
222       
223        item = parent.Append(help='View least squares parameters', 
224            id=wx.ID_ANY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='&View LS parms')
225        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.ShowLSParms, id=item.GetId())
226       
227        item = parent.Append(help='', id=wx.ID_ANY, kind=wx.ITEM_NORMAL,
228            text='&Refine')
229        if len(self.Refine): # extend state for new menus to match main (on mac)
230            state = self.Refine[0].IsEnabled()
231        else:
232            state = False
233        item.Enable(state)
234        self.Refine.append(item)
235        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnRefine, id=item.GetId())
236       
237        item = parent.Append(help='', id=wx.ID_ANY, kind=wx.ITEM_NORMAL,
238            text='Sequential refine')
239        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnSeqRefine, id=item.GetId())
240        if len(self.SeqRefine): # extend state for new menus to match main (on mac)
241            state = self.SeqRefine[0].IsEnabled()
242        else:
243            state = False
244        item.Enable(state)
245        self.SeqRefine.append(item) # save menu obj for use in self.EnableSeqRefineMenu
246#        if GSASIIpath.GetConfigValue('debug'): # allow exceptions for debugging
247#            item = parent.Append(help='', id=wx.ID_ANY, kind=wx.ITEM_NORMAL,
248#                text='tree test')
249#            self.Bind(wx.EVT_MENU, self.TreeTest, id=item.GetId())
250
251    def _init_Imports(self):
252        '''import all the G2phase*.py & G2sfact*.py & G2pwd*.py files that
253        are found in the path
254        '''
255
256        self.ImportPhaseReaderlist = []
257        self._init_Import_routines('phase',self.ImportPhaseReaderlist,'Phase')
258        self.ImportSfactReaderlist = []
259        self._init_Import_routines('sfact',self.ImportSfactReaderlist,'Struct_Factor')
260        self.ImportPowderReaderlist = []
261        self._init_Import_routines('pwd',self.ImportPowderReaderlist,'Powder_Data')
262        self.ImportSmallAngleReaderlist = []
263        self._init_Import_routines('sad',self.ImportSmallAngleReaderlist,'SmallAngle_Data')
264        self.ImportImageReaderlist = []
265        self._init_Import_routines('img',self.ImportImageReaderlist,'Images')
266        self.ImportMenuId = {}
267
268    def _init_Import_routines(self,prefix,readerlist,errprefix):
269        '''import all the import readers matching the prefix
270        '''
271        #path2GSAS2 = os.path.dirname(os.path.realpath(__file__)) # location of this file
272        #pathlist = sys.path[:]
273        #if path2GSAS2 not in pathlist: pathlist.append(path2GSAS2)
274        #path2GSAS2 = os.path.join(
275        #    os.path.dirname(os.path.realpath(__file__)), # location of this file
276        #    'imports')
277        pathlist = sys.path[:]
278        #if path2GSAS2 not in pathlist: pathlist.append(path2GSAS2)
279        if '.' not in pathlist: pathlist.append('.') # insert the directory where G2 is started
280
281        filelist = []
282        for path in pathlist:
283            for filename in glob.iglob(os.path.join(
284                path,
285                "G2"+prefix+"*.py")):
286                filelist.append(filename)   
287                #print 'debug: found',filename
288        filelist = sorted(list(set(filelist))) # remove duplicates
289        for filename in filelist:
290            path,rootname = os.path.split(filename)
291            pkg = os.path.splitext(rootname)[0]
292            try:
293                fp = None
294                fp, fppath,desc = imp.find_module(pkg,[path,])
295                pkg = imp.load_module(pkg,fp,fppath,desc)
296                for clss in inspect.getmembers(pkg): # find classes defined in package
297                    if clss[0].startswith('_'): continue
298                    if inspect.isclass(clss[1]):
299                        # check if we have the required methods
300                        for m in 'Reader','ExtensionValidator','ContentsValidator':
301                            if not hasattr(clss[1],m): break
302                            if not callable(getattr(clss[1],m)): break
303                        else:
304                            reader = clss[1]() # create an import instance
305                            if reader.UseReader:
306                                readerlist.append(reader)
307            except AttributeError:
308                print 'Import_'+errprefix+': Attribute Error '+ filename
309            #except ImportError:
310            #    print 'Import_'+errprefix+': Error importing file '+ filename
311            except Exception,errmsg:
312                print('\nImport_'+errprefix+': Error importing file '+ filename)
313                print('Error message: '+str(errmsg)+'\n')
314            if fp: fp.close()
315
316    def EnableSeqRefineMenu(self):
317        '''Enable or disable the sequential refinement menu items based on the
318        contents of the Controls 'Seq Data' item (if present)
319        '''
320        controls = self.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root, 'Controls'))
321        if controls.get('Seq Data'):
322            for i in self.SeqRefine: i.Enable(True)
323        else:
324            for i in self.SeqRefine: i.Enable(False)
325
326    def PreviewFile(self,filename,fp):
327        'confirm we have the right file'
328        rdmsg = 'File '+ filename +' begins:\n\n'
329        try:
330            rdmsg += fp.read(80)
331            rdmsg += '\n\nDo you want to read this file?'
332        except UnicodeDecodeError:
333            rdmsg = None
334        if rdmsg is None or not all([ord(c) < 128 and ord(c) != 0 for c in rdmsg]): # show only if ASCII
335            rdmsg = 'File '+ filename +' is a binary file. Do you want to read this file?'
336        # it would be better to use something that
337        # would resize better, but this will do for now
338        dlg = wx.MessageDialog(
339            self, rdmsg,
340            'Is this the file you want?', 
341            wx.YES_NO | wx.ICON_QUESTION,
342            )
343        dlg.SetSize((700,300)) # does not resize on Mac
344        result = wx.ID_NO
345        try:
346            result = dlg.ShowModal()
347        finally:
348            dlg.Destroy()
349        if result == wx.ID_NO: return True
350        return False
351   
352    def OnImportGeneric(self,reader,readerlist,label,multiple=False,
353                        usedRanIdList=[],Preview=True,
354                        load2Tree=False):
355        '''Used for all imports, including Phases, datasets, images...
356
357        Called from :meth:`GSASII.OnImportPhase`, :meth:`GSASII.OnImportImage`,
358        :meth:`GSASII.OnImportSfact`, :meth:`GSASII.OnImportPowder` and
359        :meth:`GSASII.OnImportSmallAngle`
360
361        Uses reader_objects subclassed from :class:`GSASIIIO.ImportPhase`,
362        :class:`GSASIIIO.ImportStructFactor`,
363        :class:`GSASIIIO.ImportPowderData`,
364        :class:`GSASIIIO.ImportSmallAngleData` or
365        :class:`GSASIIIO.ImportImage`.
366        If a specific reader is specified, only that method will be called,
367        but if no reader is specified, every one that is potentially
368        compatible (by file extension) will be tried on the file(s)
369        selected in the Open File dialog.
370
371        :param reader_object reader: This will be a reference to
372          a particular object to be used to read a file or None,
373          if every appropriate reader should be used.
374
375        :param list readerlist: a list of reader objects appropriate for
376          the current read attempt. At present, this will be either
377          self.ImportPhaseReaderlist, self.ImportSfactReaderlist
378          self.ImportPowderReaderlist or self.ImportImageReaderlist
379          (defined in _init_Imports from the files found in the path),
380          but in theory this list could be tailored.
381          Used only when reader is None.
382
383        :param str label: string to place on the open file dialog:
384          Open `label` input file
385
386        :param bool multiple: True if multiple files can be selected
387          in the file dialog. False is default. At present True is used
388          only for reading of powder data.
389
390        :param list usedRanIdList: an optional list of random Ids that
391          have been used and should not be reused
392
393        :param bool Preview: indicates if a preview of the file should
394          be shown. Default is True, but set to False for image files
395          which are all binary.
396
397        :param bool load2Tree: indicates if the file should be loaded
398          into the data tree immediately (used for images only). True
399          only when called from :meth:`OnImportImage`; causes return
400          value to change to a list of True values rather than
401          reader objects.
402
403        :returns: a list of reader objects (rd_list) that were able
404          to read the specified file(s). This list may be empty.
405        '''
406        self.lastimport = ''
407        self.zipfile = None
408        singlereader = True
409        if reader is None:
410            singlereader = False
411            multiple = False
412            #print "use all formats"
413            choices = "any file (*.*)|*.*"
414            choices += "|zip archive (.zip)|*.zip"
415            extdict = {}
416            # compile a list of allowed extensions
417            for rd in readerlist:
418                fmt = rd.formatName
419                for extn in rd.extensionlist:
420                    if not extdict.get(extn): extdict[extn] = []
421                    extdict[extn] += [fmt,]
422            for extn in sorted(extdict.keys(),cmp=lambda x,y: cmp(x.lower(), y.lower())):
423                fmt = ''
424                for f in extdict[extn]:
425                    if fmt != "": fmt += ', '
426                    fmt += f
427                choices += "|" + fmt + " file (*" + extn + ")|*" + extn
428        else:
429            readerlist = [reader,]
430            # compile a list of allowed extensions
431            choices = reader.formatName + " file ("
432            w = ""
433            for extn in reader.extensionlist:
434                if w != "": w += ";"
435                w += "*" + extn
436            choices += w + ")|" + w
437            choices += "|zip archive (.zip)|*.zip"
438            if not reader.strictExtension:
439                choices += "|any file (*.*)|*.*"
440        # get the file(s)
441        if multiple:
442            mode = wx.OPEN|wx.MULTIPLE
443        else:
444            mode = wx.OPEN
445        filelist = G2G.GetImportFile(self,message="Choose "+label+" input file",
446                    defaultFile="",wildcard=choices,style=mode)
447        rd_list = []
448        filelist1 = []
449        for filename in filelist:
450            # is this a zip file?
451            if os.path.splitext(filename)[1].lower() == '.zip':
452                extractedfiles = G2IO.ExtractFileFromZip(
453                    filename,parent=self,
454                    multipleselect=True)
455                if extractedfiles is None: continue # error or Cancel
456                if extractedfiles != filename:
457                    self.zipfile = filename # save zip name
458                    filelist1 += extractedfiles
459                    continue
460            filelist1.append(filename)
461        filelist = filelist1
462        Start = True    #1st time read - clear selections below
463        for filename in filelist:
464            # is this a zip file?
465            if os.path.splitext(filename)[1].lower() == '.zip':
466                extractedfile = G2IO.ExtractFileFromZip(filename,parent=self)
467                if extractedfile is None: continue # error or Cancel
468                if extractedfile != filename:
469                    filename,self.zipfile = extractedfile,filename # now use the file that was created
470            # determine which formats are compatible with this file
471            primaryReaders = []
472            secondaryReaders = []
473            for rd in readerlist:
474                flag = rd.ExtensionValidator(filename)
475                if flag is None: 
476                    secondaryReaders.append(rd)
477                elif flag:
478                    primaryReaders.append(rd)
479            if len(secondaryReaders) + len(primaryReaders) == 0 and reader:
480                self.ErrorDialog('Not supported','The selected reader cannot read file '+filename)
481                return []
482            elif len(secondaryReaders) + len(primaryReaders) == 0:
483                self.ErrorDialog('No Format','No matching format for file '+filename)
484                return []
485
486            fp = None
487            msg = ''
488            fp = open(filename,'Ur')
489            if len(filelist) == 1 and Preview:
490                if self.PreviewFile(filename,fp): return []
491            self.lastimport = filename # this is probably not what I want to do -- it saves only the
492            # last name in a series. See rd.readfilename for a better name.
493
494            # try the file first with Readers that specify the
495            # file's extension and later with ones that merely allow it
496            errorReport = ''
497            for rd in primaryReaders+secondaryReaders:
498                if Start:   #clear old bank selections to allow new ones to be selected by user
499                    rd.selections = []
500                    Start = False
501                rd.ReInitialize() # purge anything from a previous read
502                fp.seek(0)  # rewind
503                rd.errors = "" # clear out any old errors
504                if not rd.ContentsValidator(fp): # rejected on cursory check
505                    errorReport += "\n  "+rd.formatName + ' validator error'
506                    if rd.errors: 
507                        errorReport += ': '+rd.errors
508                    continue 
509                repeat = True
510                rdbuffer = {} # create temporary storage for file reader
511                block = 0
512                while repeat: # loop if the reader asks for another pass on the file
513                    block += 1
514                    repeat = False
515                    fp.seek(0)  # rewind
516                    rd.objname = os.path.basename(filename)
517                    flag = False
518                    if GSASIIpath.GetConfigValue('debug'): # allow exceptions for debugging
519                        flag = rd.Reader(filename,fp,self,
520                                         buffer=rdbuffer,
521                                         blocknum=block,
522                                         usedRanIdList=usedRanIdList,
523                                         )
524                    else:
525                        try:
526                            flag = rd.Reader(filename,fp,self,
527                                             buffer=rdbuffer,
528                                             blocknum=block,
529                                             usedRanIdList=usedRanIdList,
530                                             )
531                        except rd.ImportException as detail:
532                            rd.errors += "\n  Read exception: "+str(detail)
533                        except Exception as detail:
534                            import traceback
535                            rd.errors += "\n  Unhandled read exception: "+str(detail)
536                            rd.errors += "\n  Traceback info:\n"+str(traceback.format_exc())
537                    if flag: # this read succeeded
538                        rd.readfilename = filename
539                        if load2Tree:   #images only
540                            if rd.repeatcount == 1 and not rd.repeat: # skip image number if only one in set
541                                rd.Data['ImageTag'] = None
542                            else:
543                                rd.Data['ImageTag'] = rd.repeatcount
544                            rd.Data['formatName'] = rd.formatName
545#                            print rd.readfilename
546#                            print rd.sumfile
547#                            print rd.Image.shape,rd.Image.dtype
548                            if rd.sumfile:
549                                rd.readfilename = rd.sumfile
550                            G2IO.LoadImage2Tree(rd.readfilename,self,rd.Comments,rd.Data,rd.Npix,rd.Image)
551                            rd_list.append(True) # save a stub the result before it is written over
552                            del rd.Image
553                        else:                                                   
554                            rd_list.append(copy.deepcopy(rd)) # save the result before it is written over
555                        if rd.repeat:
556                            repeat = True
557                        continue
558                    errorReport += '\n'+rd.formatName + ' read error'
559                    if rd.errors:
560                        errorReport += ': '+rd.errors
561                if rd_list: # read succeeded, was there a warning or any errors?
562                    if rd.warnings:
563                        self.ErrorDialog('Read Warning','The '+ rd.formatName+
564                                         ' reader reported a warning message:\n\n'+
565                                         rd.warnings)
566                    break # success in reading, try no further
567            else:
568                if singlereader:
569                    print('The '+ rd.formatName+
570                            ' reader was not able to read file '+filename+msg)
571                    try:
572                        print('\n\nError message(s):\n\t'+errorReport)
573                    except:
574                        pass
575                    self.ErrorDialog('Read Error','The '+ rd.formatName+
576                                     ' reader was not able to read file '+filename+msg)
577                else:
578                    print('No reader was able to read file '+filename+msg)
579                    try:
580                        print('\n\nError message(s):\n\t'+errorReport)
581                    except:
582                        pass
583                    self.ErrorDialog('Read Error','No reader was able to read file '+filename+msg)
584            if fp: fp.close()
585        return rd_list
586
587    def _Add_ImportMenu_Phase(self,parent):
588        '''configure the Import Phase menus accord to the readers found in _init_Imports
589        '''
590        submenu = wx.Menu()
591        item = parent.AppendMenu(wx.ID_ANY, 'Phase',
592            submenu, help='Import phase data')
593        for reader in self.ImportPhaseReaderlist:
594            item = submenu.Append(wx.ID_ANY,help=reader.longFormatName,
595                kind=wx.ITEM_NORMAL,text='from '+reader.formatName+' file')
596            self.ImportMenuId[item.GetId()] = reader
597            self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnImportPhase, id=item.GetId())
598        item = submenu.Append(wx.ID_ANY,
599                              help='Import phase data, use file to try to determine format',
600                              kind=wx.ITEM_NORMAL,
601                              text='guess format from file')
602        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnImportPhase, id=item.GetId())
603       
604    def OnImportPhase(self,event):
605        '''Called in response to an Import/Phase/... menu item
606        to read phase information.
607        dict self.ImportMenuId is used to look up the specific
608        reader item associated with the menu item, which will be
609        None for the last menu item, which is the "guess" option
610        where all appropriate formats will be tried.
611        '''
612        # look up which format was requested
613        reqrdr = self.ImportMenuId.get(event.GetId())
614       
615        # make a list of phase names, ranId's and the histograms used in those phases
616        phaseRIdList,usedHistograms = self.GetPhaseInfofromTree()
617        phaseNameList = usedHistograms.keys() # phase names in use
618        usedHKLFhists = [] # used single-crystal histograms
619        for p in usedHistograms:
620            for h in usedHistograms[p]:
621                if h.startswith('HKLF ') and h not in usedHKLFhists:
622                    usedHKLFhists.append(h)
623        rdlist = self.OnImportGeneric(reqrdr,
624                                  self.ImportPhaseReaderlist,
625                                  'phase',usedRanIdList=phaseRIdList)
626        if len(rdlist) == 0: return
627        # for now rdlist is only expected to have one element
628        # but below will allow multiple phases to be imported
629        # if ever the import routines ever implement multiple phase reads.
630        self.CheckNotebook()
631        newPhaseList = []
632        for rd in rdlist:
633            PhaseName = ''
634            dlg = wx.TextEntryDialog( # allow editing of phase name
635                                    self, 'Enter the name for the new phase',
636                                    'Edit phase name', rd.Phase['General']['Name'],
637                                    style=wx.OK)
638            while PhaseName == '':
639                dlg.CenterOnParent()
640                if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
641                    PhaseName = dlg.GetValue().strip()
642                else:
643                    dlg.Destroy()
644                    return
645            dlg.Destroy()
646            # make new phase names unique
647            rd.Phase['General']['Name'] = G2obj.MakeUniqueLabel(PhaseName,phaseNameList)
648            PhaseName = rd.Phase['General']['Name'][:]
649            newPhaseList.append(PhaseName)
650            print 'Read phase '+str(PhaseName)+' from file '+str(self.lastimport)
651            if not G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases'):
652                sub = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text='Phases')
653            else:
654                sub = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases')
655            psub = self.PatternTree.AppendItem(parent=sub,text=PhaseName)
656            self.PatternTree.SetItemPyData(psub,rd.Phase)
657            self.PatternTree.Expand(self.root) # make sure phases are seen
658            self.PatternTree.Expand(sub) 
659            self.PatternTree.Expand(psub)
660            self.PatternTree.SelectItem(psub) # show the page to complete the initialization (yuk!)
661            wx.Yield() # make sure call of GSASII.OnDataTreeSelChanged happens before we go on
662
663            if rd.Constraints:
664                sub = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Constraints') # was created in CheckNotebook if needed
665                Constraints = self.PatternTree.GetItemPyData(sub)               
666                # TODO: make sure that NEWVAR names are unique here?
667                for i in rd.Constraints:
668                    if type(i) is dict:
669                        #for j in i: print j,' --> ',i[j]
670                        if '_Explain' not in Constraints: Constraints['_Explain'] = {}
671                        Constraints['_Explain'].update(i)
672                        continue
673                    Constraints['Phase'].append(i)
674        if not newPhaseList: return # somehow, no new phases
675        # get a list of existing histograms
676        PWDRlist = []
677        HKLFlist = []
678        if self.PatternTree.GetCount():
679            item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
680            while item:
681                name = self.PatternTree.GetItemText(item)
682                if name.startswith('PWDR ') and name not in PWDRlist:
683                    PWDRlist.append(name)
684                if name.startswith('HKLF ') and name not in HKLFlist:
685                    HKLFlist.append(name)
686                item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)
687        TextList = PWDRlist + HKLFlist
688        if not len(TextList): return # no data loaded yet
689        header = 'Select histogram(s) to add to new phase(s):'
690        for phaseName in newPhaseList:
691            header += '\n  '+str(phaseName)
692
693        notOK = True
694        while notOK:
695            result = G2G.ItemSelector(TextList,self,header,header='Add histogram(s)',multiple=True)
696            if not result: return
697            # check that selected single crystal histograms are not already in use!
698            used = [TextList[i] for i in result if TextList[i] in usedHKLFhists]
699            #for i in result:
700            #    if TextList[i] in usedHKLFhists: used.append(TextList[i])
701            if used:
702                msg = 'The following single crystal histogram(s) are already in use'
703                for i in used:
704                    msg += '\n  '+str(i)
705                msg += '\nAre you sure you want to add them to this phase? '
706                msg += 'Associating a single crystal dataset to >1 histogram is usually an error, '
707                msg += 'so No is suggested here.'
708                if self.ErrorDialog('Likely error',msg,self,wtype=wx.YES_NO) == wx.ID_YES: notOK = False
709            else:
710                notOK = False
711        # connect new phases to histograms
712        sub = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases')
713        if not sub:
714            raise Exception('ERROR -- why are there no phases here?')
715        wx.BeginBusyCursor()
716        item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(sub)
717        while item: # loop over (new) phases
718            phaseName = self.PatternTree.GetItemText(item)
719            data = self.PatternTree.GetItemPyData(item)
720            item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(sub, cookie)
721            if phaseName not in newPhaseList: continue
722            generalData = data['General']
723            SGData = generalData['SGData']
724            Super = generalData.get('Super',0)
725            SuperVec = []
726            if Super:
727                SuperVec = np.array(generalData['SuperVec'][0])
728            UseList = data['Histograms']
729            NShkl = len(G2spc.MustrainNames(SGData))
730            NDij = len(G2spc.HStrainNames(SGData))
731            for i in result:
732                histoName = TextList[i]
733                if histoName in HKLFlist:
734                    #redo UpdateHKLFdata(histoName) here:
735                    Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,histoName)
736                    refDict,reflData = self.PatternTree.GetItemPyData(Id)
737                    G,g = G2lat.cell2Gmat(generalData['Cell'][1:7])
738                    Super = reflData.get('Super',0)
739                    for iref,ref in enumerate(reflData['RefList']):
740                        hkl = ref[:3]
741                        if Super:
742                            H = list(hkl+SuperVec*ref[3])
743                        else:
744                            H = hkl
745                        ref[4+Super] = np.sqrt(1./G2lat.calc_rDsq2(H,G))
746                        iabsnt = G2spc.GenHKLf(H,SGData)[0]
747                        if iabsnt:  #flag space gp. absences
748                            if Super: 
749                                if not ref[2+Super]:
750                                    ref[3+Super] = 0
751                                else:
752                                    ref[3+Super] = 1    #twin id
753                            else:
754                                ref[3] = 0
755                    UseList[histoName] = SetDefaultDData(reflData['Type'],histoName)
756                elif histoName in PWDRlist:
757                    Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,histoName)
758                    refList = self.PatternTree.GetItemPyData(
759                        G2gd.GetPatternTreeItemId(self,Id,'Reflection Lists'))
760                    refList[generalData['Name']] = {}
761                    UseList[histoName] = SetDefaultDData('PWDR',histoName,NShkl=NShkl,NDij=NDij)
762                else:
763                    raise Exception('Unexpected histogram '+str(histoName))
764        wx.EndBusyCursor()
765        self.EnableRefineCommand()
766        return # success
767       
768    def _Add_ImportMenu_Image(self,parent):
769        '''configure the Import Image menus accord to the readers found in _init_Imports
770        '''
771        submenu = wx.Menu()
772        item = parent.AppendMenu(wx.ID_ANY, 'Image',
773            submenu, help='Import image file')
774        for reader in self.ImportImageReaderlist:
775            item = submenu.Append(wx.ID_ANY,help=reader.longFormatName,
776                kind=wx.ITEM_NORMAL,text='from '+reader.formatName+' file')
777            self.ImportMenuId[item.GetId()] = reader
778            self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnImportImage, id=item.GetId())
779        item = submenu.Append(wx.ID_ANY,
780                              help='Import image data, use file to try to determine format',
781                              kind=wx.ITEM_NORMAL,
782                              text='guess format from file')
783        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnImportImage, id=item.GetId())
784       
785    def OnImportImage(self,event):
786        '''Called in response to an Import/Image/... menu item
787        to read an image from a file. Like all the other imports,
788        dict self.ImportMenuId is used to look up the specific
789        reader item associated with the menu item, which will be
790        None for the last menu item, which is the "guess" option
791        where all appropriate formats will be tried.
792
793        A reader object is filled each time an image is read.
794        '''
795        self.CheckNotebook()
796        # look up which format was requested
797        reqrdr = self.ImportMenuId.get(event.GetId())
798        rdlist = self.OnImportGeneric(reqrdr,
799                    self.ImportImageReaderlist,
800                    'image',multiple=True,Preview=False,
801                    load2Tree=True)
802        if rdlist: 
803            self.PatternTree.SelectItem(G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.Image,'Image Controls'))             #show last image to have beeen read
804                   
805    def _Add_ImportMenu_Sfact(self,parent):
806        '''configure the Import Structure Factor menus accord to the readers found in _init_Imports
807        '''
808        submenu = wx.Menu()
809        item = parent.AppendMenu(wx.ID_ANY, 'Structure Factor',
810            submenu, help='Import Structure Factor data')
811        for reader in self.ImportSfactReaderlist:
812            item = submenu.Append(wx.ID_ANY,help=reader.longFormatName,               
813                kind=wx.ITEM_NORMAL,text='from '+reader.formatName+' file')
814            self.ImportMenuId[item.GetId()] = reader
815            self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnImportSfact, id=item.GetId())
816        item = submenu.Append(wx.ID_ANY,
817            help='Import Structure Factor, use file to try to determine format',
818            kind=wx.ITEM_NORMAL,
819            text='guess format from file')
820        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnImportSfact, id=item.GetId())
821
822    def OnImportSfact(self,event):
823        '''Called in response to an Import/Structure Factor/... menu item
824        to read single crystal datasets.
825        dict self.ImportMenuId is used to look up the specific
826        reader item associated with the menu item, which will be
827        None for the last menu item, which is the "guess" option
828        where all appropriate formats will be tried.
829        '''
830        # get a list of existing histograms
831        HKLFlist = []
832        if self.PatternTree.GetCount():
833            item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
834            while item:
835                name = self.PatternTree.GetItemText(item)
836                if name.startswith('HKLF ') and name not in HKLFlist:
837                    HKLFlist.append(name)
838                item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)
839        # look up which format was requested
840        reqrdr = self.ImportMenuId.get(event.GetId())
841        rdlist = self.OnImportGeneric(reqrdr,self.ImportSfactReaderlist,
842            'Structure Factor',multiple=True)
843        if len(rdlist) == 0: return
844        self.CheckNotebook()
845        newHistList = []
846        for rd in rdlist:
847            HistName = rd.objname
848            if len(rdlist) <= 2: 
849                dlg = wx.TextEntryDialog( # allow editing of Structure Factor name
850                    self, 'Enter the name for the new Structure Factor',
851                    'Edit Structure Factor name', HistName,
852                    style=wx.OK)
853                dlg.CenterOnParent()
854                if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
855                    HistName = dlg.GetValue()
856                dlg.Destroy()
857            HistName = 'HKLF '+HistName
858            # make new histogram names unique
859            if len(rd.Banks):
860                for Bank in rd.Banks:
861                    valuesdict = {'wtFactor':1.0,'Dummy':False,'ranId':ran.randint(0,sys.maxint),}
862                    HistName = G2obj.MakeUniqueLabel(HistName,HKLFlist)
863                    print 'Read structure factor table '+str(HistName)+' from file '+str(self.lastimport)
864                    Id = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text=HistName)
865                    if not Bank['RefDict'].get('FF'):
866                        Bank['RefDict']['FF'] = {}
867                    self.PatternTree.SetItemPyData(Id,[valuesdict,Bank['RefDict']])
868                    Sub = self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Instrument Parameters')
869                    self.PatternTree.SetItemPyData(Sub,copy.copy(rd.Parameters))
870                    self.PatternTree.SetItemPyData(
871                        self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Reflection List'),{})  #dummy entry for GUI use
872                    newHistList.append(HistName)
873            else:
874                valuesdict = {'wtFactor':1.0,'Dummy':False,'ranId':ran.randint(0,sys.maxint),}
875                HistName = G2obj.MakeUniqueLabel(HistName,HKLFlist)
876                print 'Read structure factor table '+str(HistName)+' from file '+str(self.lastimport)
877                if not rd.RefDict.get('FF'):
878                    rd.RefDict['FF'] = {}
879                Id = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text=HistName)
880                self.PatternTree.SetItemPyData(Id,[valuesdict,rd.RefDict])
881                Sub = self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Instrument Parameters')
882                self.PatternTree.SetItemPyData(Sub,rd.Parameters)
883                self.PatternTree.SetItemPyData(
884                    self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Reflection List'),{})  #dummy entry for GUI use
885                newHistList.append(HistName)
886               
887            self.PatternTree.SelectItem(Id)
888            self.PatternTree.Expand(Id)
889            self.Sngl = True
890
891        if not newHistList: return # somehow, no new histograms
892        # make a list of phase names
893        phaseRIdList,usedHistograms = self.GetPhaseInfofromTree()
894        phaseNameList = usedHistograms.keys() # phase names in use
895        if not phaseNameList: return # no phases yet, nothing to do
896        header = 'Select phase(s) to add the new\nsingle crystal dataset(s) to:'
897        for Name in newHistList:
898            header += '\n  '+str(Name)
899        result = G2G.ItemSelector(phaseNameList,self,header,header='Add to phase(s)',multiple=True)
900        if not result: return
901        # connect new phases to histograms
902        sub = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases')
903        if not sub:
904            raise Exception('ERROR -- why are there no phases here?')
905        wx.BeginBusyCursor()
906        item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(sub)
907        iph = -1
908        while item: # loop over (new) phases
909            iph += 1
910            data = self.PatternTree.GetItemPyData(item)
911            item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(sub, cookie)
912            if iph not in result: continue
913            generalData = data['General']
914            SGData = generalData['SGData']
915            Super = generalData.get('Super',0)
916            SuperVec = []
917            if Super:
918                SuperVec = np.array(generalData['SuperVec'][0])
919            UseList = data['Histograms']
920            for histoName in newHistList:
921                #redo UpdateHKLFdata(histoName) here:
922                Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,histoName)
923                refDict,reflData = self.PatternTree.GetItemPyData(Id)
924                UseList[histoName] = SetDefaultDData(reflData['Type'],histoName)
925                G,g = G2lat.cell2Gmat(generalData['Cell'][1:7])
926                if 'TwMax' in reflData:     #nonmerohedral twins present
927                    UseList[histoName]['Twins'] = []
928                    for iT in range(reflData['TwMax'][0]+1):
929                        if iT in reflData['TwMax'][1]:
930                            UseList[histoName]['Twins'].append([False,0.0])
931                        else:
932                            UseList[histoName]['Twins'].append([np.array([[1,0,0],[0,1,0],[0,0,1]]),[1.0,False,reflData['TwMax'][0]]])
933                else:   #no nonmerohedral twins
934                    UseList[histoName]['Twins'] = [[np.array([[1,0,0],[0,1,0],[0,0,1]]),[1.0,False,0]],]
935                for iref,ref in enumerate(reflData['RefList']):
936                    hkl = ref[:3]
937                    if Super:
938                        H = list(hkl+SuperVec*ref[3])
939                    else:
940                        H = hkl
941                    ref[4+Super] = np.sqrt(1./G2lat.calc_rDsq2(H,G))
942                    iabsnt,mul,Uniq,phi = G2spc.GenHKLf(H,SGData)
943                    if iabsnt:  #flag space gp. absences
944                        if Super: 
945                            if not ref[2+Super]:
946                                ref[3+Super] = 0
947                            else:
948                                ref[3+Super] = 1    #twin id?
949                        else:
950                            ref[3] = 0
951        wx.EndBusyCursor()
952        self.EnableRefineCommand()       
953        return # success
954
955    def _Add_ImportMenu_powder(self,parent):
956        '''configure the Powder Data menus accord to the readers found in _init_Imports
957        '''
958        submenu = wx.Menu()
959        item = parent.AppendMenu(wx.ID_ANY, 'Powder Data',
960            submenu, help='Import Powder data')
961        for reader in self.ImportPowderReaderlist:
962            item = submenu.Append(wx.ID_ANY,help=reader.longFormatName,
963                kind=wx.ITEM_NORMAL,text='from '+reader.formatName+' file')
964            self.ImportMenuId[item.GetId()] = reader
965            self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnImportPowder, id=item.GetId())
966        item = submenu.Append(wx.ID_ANY,
967            help='Import powder data, use file to try to determine format',
968            kind=wx.ITEM_NORMAL,text='guess format from file')
969        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnImportPowder, id=item.GetId())
970        submenu.AppendSeparator()
971        item = submenu.Append(wx.ID_ANY,
972            help='Create a powder data set entry that will be simulated',
973            kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Simulate a dataset')
974        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnDummyPowder, id=item.GetId())
975       
976    def OpenPowderInstprm(self,instfile):
977        '''Read a GSAS-II (new) instrument parameter file
978
979        :param str instfile: name of instrument parameter file
980
981        '''
982        File = open(instfile,'r')
983        lines = File.readlines()
984        File.close()
985        return lines       
986           
987    def ReadPowderInstprm(self,instLines,bank,databanks,rd):
988        '''Read lines from a GSAS-II (new) instrument parameter file
989        similar to G2pwdGUI.OnLoad
990        If instprm file has multiple banks each with header #Bank n: ..., this
991        finds matching bank no. to load - problem with nonmatches?
992
993        :param list instLines: strings from GSAS-II parameter file; can be concatenated with ';'
994        :param int  bank: bank number to check when instprm file has '#BANK n:...' strings
995            when bank = n then use parameters; otherwise skip that set. Ignored if BANK n:
996            not present. NB: this kind of instprm file made by a Save all profile command in Instrument Parameters
997        :return dict: Inst  instrument parameter dict if OK, or
998                str: Error message if failed   
999        '''
1000        if 'GSAS-II' not in instLines[0]: # not a valid file
1001            return 'Not a valid GSAS-II instprm file'
1002        newItems = []
1003        newVals = []
1004        Found = False
1005        il = 0
1006        if bank is None: # no bank was specified in the input file, is more than one present in file?
1007            banklist = set([])
1008            for S in instLines:
1009                if S[0] == '#' and 'Bank' in S:
1010                    banklist.add(int(S.split(':')[0].split()[1]))
1011            if len(banklist) > 1: # yes, the user must make a selection
1012                choices = [str(i) for i in banklist]
1013                bank = int(G2G.ItemSelector(choices,self.G2frame,multiple=False))
1014            else:
1015                bank = 1
1016            rd.powderentry[2] = bank
1017        while il < len(instLines):
1018            S = instLines[il]
1019            if S[0] == '#':
1020                if Found:
1021                    break
1022                if 'Bank' in S:
1023                    if bank == int(S.split(':')[0].split()[1]):
1024                        il += 1
1025                        S = instLines[il]
1026                    else:
1027                        il += 1
1028                        S = instLines[il]
1029                        while il < len(instLines) and '#Bank' not in S:
1030                            il += 1
1031                            if il == len(instLines):
1032                                return 'Bank %d not found in instprm file'%(bank)
1033                            S = instLines[il]
1034                        continue
1035                else:   #a non #Bank file
1036                    il += 1
1037                    S = instLines[il]
1038            Found = True
1039            if '"""' in S:
1040                delim = '"""' 
1041            elif "'''" in S:
1042                delim = "'''"
1043            else:
1044                S = S.replace(' ','')
1045                SS = S.strip().split(';')
1046                for s in SS:
1047                    [item,val] = s.split(':',1)
1048                    newItems.append(item)
1049                    try:
1050                        newVals.append(float(val))
1051                    except ValueError:
1052                        newVals.append(val)
1053                il += 1
1054                continue
1055            # read multiline values, delimited by ''' or """
1056            item,val = S.strip().split(':',1)
1057            val = val.replace(delim,'').rstrip()
1058            val += '\n'
1059            while True:
1060                il += 1
1061                if il >= len(instLines): break
1062                S = instLines[il]
1063                if delim in S:
1064                    val += S.replace(delim,'').rstrip()
1065                    val += '\n'
1066                    break
1067                else:
1068                    val += S.rstrip()
1069                    val += '\n'
1070            newItems.append(item)
1071            newVals.append(val)
1072            il += 1
1073        return [G2IO.makeInstDict(newItems,newVals,len(newVals)*[False,]),{}]
1074       
1075    def ReadPowderIparm(self,instfile,bank,databanks,rd):
1076        '''Read a GSAS (old) instrument parameter file
1077
1078        :param str instfile: name of instrument parameter file
1079        :param int bank: the bank number read in the raw data file
1080        :param int databanks: the number of banks in the raw data file.
1081          If the number of banks in the data and instrument parameter files
1082          agree, then the sets of banks are assumed to match up and bank
1083          is used to select the instrument parameter file. If not, the user
1084          is asked to make a selection.
1085        :param obj rd: the raw data (histogram) data object. This
1086          sets rd.instbank.
1087
1088        '''
1089        if not os.path.exists(instfile): # no such file
1090            return {}
1091        fp = 0
1092        try:
1093            fp = open(instfile,'Ur')
1094            Iparm = {}
1095            for S in fp:
1096                if '#' in S[0]:
1097                    continue
1098                Iparm[S[:12]] = S[12:-1]
1099        except IOError:
1100            print('Error reading file:'+str(instfile))
1101        if fp:       
1102            fp.close()
1103
1104        ibanks = int(Iparm.get('INS   BANK  ','1').strip())
1105        if ibanks == 1: # there is only one bank here, return it
1106            rd.instbank = 1
1107            rd.powderentry[2] = 1
1108            return Iparm
1109#        if 'PNT' in hType:  # not sure what this is about
1110#            rd.instbank = bank
1111#        elif ibanks != databanks or bank is None:
1112        if (ibanks != databanks and databanks != 1) or bank is None:
1113            # number of banks in data and prm file not not agree, need a
1114            # choice from a human here
1115            choices = []
1116            for i in range(1,1+ibanks):
1117                choices.append('Bank '+str(i))
1118            bank = 1 + rd.BlockSelector(
1119                choices, self,
1120                title='Select an instrument parameter bank for '+
1121                os.path.split(rd.powderentry[0])[1]+' BANK '+str(bank)+
1122                '\nOr use Cancel to select from the default parameter sets',
1123                header='Block Selector')
1124        if bank is None: return {}
1125        # pull out requested bank # bank from the data, and change the bank to 1
1126        IparmS = {}
1127        for key in Iparm:
1128            if 'INS' in key[:3]:    #skip around rubbish lines in some old iparm files
1129                if key[4:6] == "  ":
1130                    IparmS[key] = Iparm[key]
1131                elif int(key[4:6].strip()) == bank:
1132                    IparmS[key[:4]+' 1'+key[6:]] = Iparm[key]
1133        rd.instbank = bank
1134        return IparmS
1135                       
1136    def GetPowderIparm(self,rd, prevIparm, lastIparmfile, lastdatafile):
1137        '''Open and read an instrument parameter file for a data file
1138        Returns the list of parameters used in the data tree
1139
1140        :param obj rd: the raw data (histogram) data object.
1141
1142        :param str prevIparm: not used
1143
1144        :param str lastIparmfile: Name of last instrument parameter
1145          file that was read, or a empty string.
1146
1147        :param str lastdatafile: Name of last data file that was read.
1148
1149        :returns: a list of two dicts, the first containing instrument parameters
1150          and the second used for TOF lookup tables for profile coeff.
1151
1152        '''
1153        def SetPowderInstParms(Iparm, rd):
1154            '''extracts values from instrument parameters in rd.instdict
1155            or in array Iparm.
1156            Create and return the contents of the instrument parameter tree entry.
1157            '''
1158            Irads = {0:' ',1:'CrKa',2:'FeKa',3:'CuKa',4:'MoKa',5:'AgKa',6:'TiKa',7:'CoKa'}
1159            DataType = Iparm['INS   HTYPE '].strip()[:3]  # take 1st 3 chars
1160            # override inst values with values read from data file
1161            Bank = rd.powderentry[2]    #should be used in multibank iparm files
1162            if rd.instdict.get('type'):
1163                DataType = rd.instdict.get('type')
1164            data = [DataType,]
1165            instname = Iparm.get('INS  1INAME ')
1166            irad = int(Iparm.get('INS  1 IRAD ','0'))
1167            if instname:
1168                rd.Sample['InstrName'] = instname.strip()
1169            if 'C' in DataType:
1170                wave1 = None
1171                wave2 = 0.0
1172                if rd.instdict.get('wave'):
1173                    wl = rd.instdict.get('wave')
1174                    wave1 = wl[0]
1175                    if len(wl) > 1: wave2 = wl[1]
1176                s = Iparm['INS  1 ICONS']
1177                if not wave1:
1178                    wave1 = G2IO.sfloat(s[:10])
1179                    wave2 = G2IO.sfloat(s[10:20])
1180                v = (wave1,wave2,
1181                     G2IO.sfloat(s[20:30]),G2IO.sfloat(s[55:65]),G2IO.sfloat(s[40:50])) #get lam1, lam2, zero, pola & ratio
1182                if not v[1]:
1183                    names = ['Type','Lam','Zero','Polariz.','U','V','W','X','Y','SH/L','Azimuth'] 
1184                    v = (v[0],v[2],v[4])
1185                    codes = [0,0,0,0]
1186                else:
1187                    names = ['Type','Lam1','Lam2','Zero','I(L2)/I(L1)','Polariz.','U','V','W','X','Y','SH/L','Azimuth']
1188                    codes = [0,0,0,0,0,0]
1189                data.extend(v)
1190                if 'INS  1PRCF  ' in Iparm:
1191                    v1 = Iparm['INS  1PRCF  '].split()                                                 
1192                    v = Iparm['INS  1PRCF 1'].split()
1193                    data.extend([float(v[0]),float(v[1]),float(v[2])])                  #get GU, GV & GW - always here
1194                    azm = float(Iparm.get('INS  1DETAZM','0.0'))
1195                    v = Iparm['INS  1PRCF 2'].split()
1196                    if v1[0] == 3:
1197                        data.extend([float(v[0]),float(v[1]),float(v[2])+float(v[3],azm)])  #get LX, LY, S+H/L & azimuth
1198                    else:
1199                        data.extend([0.0,0.0,0.002,azm])                                      #OK defaults if fxn #3 not 1st in iprm file                   
1200                else:
1201                    v1 = Iparm['INS  1PRCF1 '].split()                                                 
1202                    v = Iparm['INS  1PRCF11'].split()
1203                    data.extend([float(v[0]),float(v[1]),float(v[2])])                  #get GU, GV & GW - always here
1204                    azm = float(Iparm.get('INS  1DETAZM','0.0'))
1205                    v = Iparm['INS  1PRCF12'].split()
1206                    if v1[0] == 3:
1207                        data.extend([float(v[0]),float(v[1]),float(v[2])+float(v[3],azm)])  #get LX, LY, S+H/L & azimuth
1208                    else:
1209                        data.extend([0.0,0.0,0.002,azm])                                      #OK defaults if fxn #3 not 1st in iprm file
1210                codes.extend([0,0,0,0,0,0,0])
1211                Iparm1 = G2IO.makeInstDict(names,data,codes)
1212                Iparm1['Source'] = [Irads[irad],Irads[irad]]
1213                Iparm1['Bank'] = [Bank,Bank,0]
1214                return [Iparm1,{}]
1215            elif 'T' in DataType:
1216                names = ['Type','fltPath','2-theta','difC','difA', 'difB','Zero','alpha','beta-0','beta-1',
1217                    'beta-q','sig-0','sig-1','sig-2','sig-q', 'X','Y','Azimuth',]
1218                codes = [0,0,0,0,0, 0,0,0,0,0, 0,0,0,0,0, 0,0,0,]
1219                azm = 0.
1220                if 'INS  1DETAZM' in Iparm:
1221                    azm = float(Iparm['INS  1DETAZM'])
1222                s = Iparm['INS   FPATH1'].split()
1223                fltPath0 = G2IO.sfloat(s[0])
1224                if 'INS  1BNKPAR' not in Iparm:     #bank missing from Iparm file
1225                    return []
1226                s = Iparm['INS  1BNKPAR'].split()
1227                fltPath1 = G2IO.sfloat(s[0])
1228                data.extend([fltPath0+fltPath1,])               #Flight path source-sample-detector
1229                data.extend([G2IO.sfloat(s[1]),])               #2-theta for bank
1230                s = Iparm['INS  1 ICONS'].split()
1231                data.extend([G2IO.sfloat(s[0]),G2IO.sfloat(s[1]),0.0,G2IO.sfloat(s[2])])    #difC,difA,difB,Zero
1232                if 'INS  1PRCF  ' in Iparm:
1233                    s = Iparm['INS  1PRCF  '].split()
1234                    pfType = int(s[0])
1235                    s = Iparm['INS  1PRCF 1'].split()
1236                    if abs(pfType) == 1:
1237                        data.extend([G2IO.sfloat(s[1]),G2IO.sfloat(s[2]),G2IO.sfloat(s[3])]) #alpha, beta-0, beta-1
1238                        s = Iparm['INS  1PRCF 2'].split()
1239                        data.extend([0.0,0.0,G2IO.sfloat(s[1]),G2IO.sfloat(s[2]),0.0,0.0,0.0,azm])    #beta-q, sig-0, sig-1, sig-2, sig-q, X, Y
1240                    elif abs(pfType) in [3,4,5]:
1241                        data.extend([G2IO.sfloat(s[0]),G2IO.sfloat(s[1]),G2IO.sfloat(s[2])]) #alpha, beta-0, beta-1
1242                        if abs(pfType) == 4:
1243                            data.extend([0.0,0.0,G2IO.sfloat(s[3]),0.0,0.0,0.0,0.0,azm])    #beta-q, sig-0, sig-1, sig-2, sig-q, X, Y
1244                        else:
1245                            s = Iparm['INS  1PRCF 2'].split()
1246                            data.extend([0.0,0.0,G2IO.sfloat(s[0]),G2IO.sfloat(s[1]),0.0,0.0,0.0,azm])    #beta-q, sig-0, sig-1, sig-2, sig-q, X, Y                       
1247                    elif abs(pfType) == 2:
1248                        data.extend([G2IO.sfloat(s[1]),0.0,1./G2IO.sfloat(s[3])]) #alpha, beta-0, beta-1
1249                        data.extend([0.0,0.0,G2IO.sfloat(s[1]),0.0,0.0,0.0,0.0,azm])    #beta-q, sig-0, sig-1, sig-2, sig-q, X, Y                           
1250                else:
1251                    s = Iparm['INS  1PRCF1 '].split()
1252                    pfType = int(s[0])
1253                    s = Iparm['INS  1PRCF11'].split()
1254                    if abs(pfType) == 1:
1255                        data.extend([G2IO.sfloat(s[1]),G2IO.sfloat(s[2]),G2IO.sfloat(s[3])]) #alpha, beta-0, beta-1
1256                        s = Iparm['INS  1PRCF12'].split()
1257                        data.extend([0.0,0.0,G2IO.sfloat(s[1]),G2IO.sfloat(s[2]),0.0,0.0,0.0,azm])    #beta-q, sig-0, sig-1, sig-2, sig-q, X, Y
1258                    elif abs(pfType) in [3,4,5]:
1259                        data.extend([G2IO.sfloat(s[0]),G2IO.sfloat(s[1]),G2IO.sfloat(s[2])]) #alpha, beta-0, beta-1
1260                        if abs(pfType) == 4:
1261                            data.extend([0.0,0.0,G2IO.sfloat(s[3]),0.0,0.0,0.0,0.0,azm])    #beta-q, sig-0, sig-1, sig-2, sig-q, X, Y
1262                        else:
1263                            s = Iparm['INS  1PRCF12'].split()
1264                            data.extend([0.0,0.0,G2IO.sfloat(s[0]),G2IO.sfloat(s[1]),0.0,0.0,0.0,azm])    #beta-q, sig-0, sig-1, sig-2, sig-q, X, Y                       
1265                Inst1 = G2IO.makeInstDict(names,data,codes)
1266                Inst1['Bank'] = [Bank,Bank,0]
1267                Inst2 = {}
1268                if pfType < 0:
1269                    Ipab = 'INS  1PAB'+str(-pfType)
1270                    Npab = int(Iparm[Ipab+'  '].strip())
1271                    Inst2['Pdabc'] = []
1272                    for i in range(Npab):
1273                        k = Ipab+str(i+1).rjust(2)
1274                        s = Iparm[k].split()
1275                        Inst2['Pdabc'].append([float(t) for t in s])
1276                    Inst2['Pdabc'] = np.array(Inst2['Pdabc'])
1277                    Inst2['Pdabc'].T[3] += Inst2['Pdabc'].T[0]*Inst1['difC'][0] #turn 3rd col into TOF
1278                if 'INS  1I ITYP' in Iparm:
1279                    s = Iparm['INS  1I ITYP'].split()
1280                    Ityp = int(s[0])
1281                    Tminmax = [float(s[1])*1000.,float(s[2])*1000.]
1282                    Itypes = ['Exponential','Maxwell/Exponential','','Maxwell/Chebyschev','']
1283                    if Ityp in [1,2,4]:
1284                        Inst2['Itype'] = Itypes[Ityp-1]
1285                        Inst2['Tminmax'] = Tminmax
1286                        Icoeff = []
1287                        Iesd = []
1288                        Icovar = []                   
1289                        for i in range(3):
1290                            s = Iparm['INS  1ICOFF'+str(i+1)].split()
1291                            Icoeff += [float(S) for S in s]
1292                            s = Iparm['INS  1IECOF'+str(i+1)].split()
1293                            Iesd += [float(S) for S in s]
1294                        NT = 10
1295                        for i in range(8):
1296                            s = Iparm['INS  1IECOR'+str(i+1)]
1297                            if i == 7:
1298                                NT = 8
1299                            Icovar += [float(s[6*j:6*j+6]) for j in range(NT)]
1300                        Inst2['Icoeff'] = Icoeff
1301                        Inst2['Iesd'] = Iesd
1302                        Inst2['Icovar'] = Icovar
1303                return [Inst1,Inst2]
1304               
1305        def GetDefaultParms(self,rd):
1306            '''Solicits from user a default set of parameters & returns Inst parm dict
1307            param: self: refers to the GSASII main class
1308            param: rd: importer data structure
1309            returns: dict: Instrument parameter dictionary
1310            '''       
1311            sind = lambda x: math.sin(x*math.pi/180.)
1312            tand = lambda x: math.tan(x*math.pi/180.)
1313            import defaultIparms as dI
1314            while True: # loop until we get a choice
1315                choices = []
1316                head = 'Select from default instrument parameters for '+rd.idstring
1317   
1318                for l in dI.defaultIparm_lbl:
1319                    choices.append('Defaults for '+l)
1320                res = rd.BlockSelector(choices,ParentFrame=self,title=head,
1321                    header='Select default inst parms',useCancel=True)
1322                if res is None: return None
1323                rd.instfile = ''
1324                if 'Generic' in choices[res]:
1325                    dlg = G2G.MultiFloatDialog(self,title='Generic TOF detector bank',
1326                        prompts=['Total FP','2-theta',],values=[25.0,150.,],
1327                            limits=[[6.,200.],[5.,175.],],formats=['%6.2f','%6.1f',])
1328                    if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK: #strictly empirical approx.
1329                        FP,tth = dlg.GetValues()
1330                        difC = 505.632*FP*sind(tth/2.)
1331                        sig1 = 50.+2.5e-6*(difC/tand(tth/2.))**2
1332                        bet1 = .00226+7.76e+11/difC**4
1333                        rd.instmsg = 'default: '+dI.defaultIparm_lbl[res]
1334                        Inst = self.ReadPowderInstprm(dI.defaultIparms[res],bank,numbanks,rd)
1335                        Inst[0]['difC'] = [difC,difC,0]
1336                        Inst[0]['sig-1'] = [sig1,sig1,0]
1337                        Inst[0]['beta-1'] = [bet1,bet1,0]
1338                        return Inst    #this is [Inst1,Inst2] a pair of dicts
1339                    dlg.Destroy()
1340                else:
1341                    rd.instmsg = 'default: '+dI.defaultIparm_lbl[res]
1342                    return self.ReadPowderInstprm(dI.defaultIparms[res],bank,numbanks,rd)    #this is [Inst1,Inst2] a pair of dicts
1343
1344        # stuff we might need from the reader
1345        filename = rd.powderentry[0]
1346        bank = rd.powderentry[2]
1347        numbanks = rd.numbanks
1348        #1st priority: is there an instrument parameter file matching the current file
1349        # with extension .instprm, .prm, .inst, or .ins? If so read it
1350        basename = os.path.splitext(filename)[0]
1351        for ext in '.prm','.inst','.ins','.instprm':
1352            if self.zipfile:
1353                instfile = G2IO.ExtractFileFromZip(self.zipfile,
1354                    selection=os.path.split(basename + ext)[1],parent=self)
1355                if instfile == None:
1356                    continue
1357            else:
1358                instfile = basename + ext
1359            if not os.path.exists(instfile):
1360                continue
1361            if 'instprm' in instfile:
1362                Lines = self.OpenPowderInstprm(instfile)
1363                instParmList = self.ReadPowderInstprm(Lines,bank,numbanks,rd)    #this is [Inst1,Inst2] a pair of dicts
1364                if 'list' in str(type(instParmList)):
1365                    rd.instfile = instfile
1366                    rd.instmsg = 'GSAS-II file '+instfile
1367                    return instParmList
1368                else:
1369                    #print 'debug: open/read failed',instfile
1370                    pass # fail silently
1371            else:
1372                Iparm = self.ReadPowderIparm(instfile,bank,numbanks,rd)
1373                if Iparm:
1374                    #print 'debug: success'
1375                    rd.instfile = instfile
1376                    rd.instmsg = instfile + ' bank ' + str(rd.instbank)
1377                    return SetPowderInstParms(Iparm,rd)
1378                else:
1379                    #print 'debug: open/read failed',instfile
1380                    pass # fail silently
1381
1382        #2nd priority: is there an instrument parameter file defined for the current data set?
1383        # or if this is a read on a set of set of files, use the last one again
1384        #if rd.instparm as found in data file header or (lastdatafile == filename and lastIparmfile):
1385        if rd.instparm or lastIparmfile:
1386            if rd.instparm:
1387                instfile = os.path.join(os.path.split(filename)[0],rd.instparm)
1388            else:
1389                # for multiple reads of one data file, reuse the inst parm file
1390                instfile = lastIparmfile
1391#            if self.zipfile:
1392#                instfile = G2IO.ExtractFileFromZip(self.zipfile,
1393#                    selection=os.path.split(instfile)[1],parent=self)
1394            if instfile != None and os.path.exists(instfile):
1395                #print 'debug: try read',instfile
1396                if 'instprm' in instfile:   #GSAS-II file must have .instprm as extension
1397                    Lines = self.OpenPowderInstprm(instfile)
1398                    if Lines is not None:
1399                        instParmList = self.ReadPowderInstprm(Lines,bank,numbanks,rd)   #this is [Inst1,Inst2] a pair of dicts
1400                else:   #old GSAS style iparm file - could be named anything!
1401                    Iparm = self.ReadPowderIparm(instfile,bank,numbanks,rd)
1402                    if Iparm:
1403                        #print 'debug: success'
1404                        rd.instfile = instfile
1405                        rd.instmsg = instfile + ' bank ' + str(rd.instbank)
1406                        instParmList = SetPowderInstParms(Iparm,rd)     #this is [Inst1,Inst2] a pair of dicts
1407                if 'list' in str(type(instParmList)):   #record stuff & return stuff
1408                    rd.instfile = instfile
1409                    rd.instmsg = 'GSAS-II file '+instfile
1410                    return instParmList
1411                else:   #bad iparms - try default
1412                    rd.instmsg = instParmList   #an error message
1413                    return GetDefaultParms(self,rd)
1414            else:
1415                self.ErrorDialog('Open Error','Error opening instrument parameter file '
1416                    +str(instfile)+' requested by file '+ filename)
1417        #Finally - ask user for Instrument parametrs file - seems it can't be in a zip file
1418        while True: # loop until we get a file that works or we get a cancel
1419            instfile = ''
1420            pth = G2G.GetImportPath(self)
1421            if not pth: pth = '.'
1422            dlg = wx.FileDialog(self,
1423                'Choose inst. param file for "'+rd.idstring+'" (or Cancel for default)',
1424                pth, '',
1425                'GSAS iparm file (*.prm,*.inst,*.ins)|*.prm;*.inst;*.ins|'
1426                'GSAS-II iparm file (*.instprm)|*.instprm|'
1427                'All files (*.*)|*.*', wx.OPEN)
1428            if os.path.exists(lastIparmfile):
1429                dlg.SetFilename(lastIparmfile)
1430            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
1431                instfile = dlg.GetPath()
1432            dlg.Destroy()
1433            if not instfile: 
1434                return GetDefaultParms(self,rd) #on Cancel/break
1435            if 'instprm' in instfile:
1436                Lines = self.OpenPowderInstprm(instfile)
1437                if Lines is not None:
1438                    instParmList = self.ReadPowderInstprm(Lines,bank,numbanks,rd)    #this is [Inst1,Inst2] a pair of dicts
1439                if 'list' in str(type(instParmList)):
1440                    rd.instfile = instfile
1441                    rd.instmsg = 'GSAS-II file '+instfile
1442                    return instParmList
1443                else:
1444                    rd.instmsg = instParmList   #an error message
1445                    return GetDefaultParms(self,rd)
1446            else:
1447                Iparm = self.ReadPowderIparm(instfile,bank,numbanks,rd)
1448                if Iparm:
1449                    #print 'debug: success with',instfile
1450                    rd.instfile = instfile
1451                    rd.instmsg = instfile + ' bank ' + str(rd.instbank)
1452                    return SetPowderInstParms(Iparm,rd)
1453                else:
1454                    self.ErrorDialog('Read Error',
1455                                     'Error opening/reading file '+str(instfile))
1456    def EnableRefineCommand(self):
1457        haveData = False
1458        # check for phases connected to histograms
1459        sub = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases')
1460        if not sub: return
1461        item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(sub)
1462        while item: # loop over phases
1463            data = self.PatternTree.GetItemPyData(item)
1464            item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(sub, cookie)
1465            UseList = data['Histograms']
1466            if UseList: haveData = True
1467        if haveData:
1468            self.dataFrame.DataMenu.Enable(G2gd.wxID_DATADELETE,True)
1469            for item in self.Refine: item.Enable(True)
1470        else:
1471            self.dataFrame.DataMenu.Enable(G2gd.wxID_DATADELETE,False)
1472            for item in self.Refine: item.Enable(False)
1473
1474       
1475    def OnImportPowder(self,event):
1476        '''Called in response to an Import/Powder Data/... menu item
1477        to read a powder diffraction data set.
1478        dict self.ImportMenuId is used to look up the specific
1479        reader item associated with the menu item, which will be
1480        None for the last menu item, which is the "guess" option
1481        where all appropriate formats will be tried.
1482
1483        Also reads an instrument parameter file for each dataset.
1484        '''
1485        # get a list of existing histograms
1486        PWDRlist = []
1487        if self.PatternTree.GetCount():
1488            item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
1489            while item:
1490                name = self.PatternTree.GetItemText(item)
1491                if name.startswith('PWDR ') and name not in PWDRlist:
1492                    PWDRlist.append(name)
1493                item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)
1494        # look up which format was requested
1495        reqrdr = self.ImportMenuId.get(event.GetId()) 
1496        rdlist = self.OnImportGeneric(
1497            reqrdr,self.ImportPowderReaderlist,'Powder Data',multiple=True)
1498        if len(rdlist) == 0: return
1499        self.CheckNotebook()
1500        Iparm = None
1501        lastIparmfile = ''
1502        lastdatafile = ''
1503        newHistList = []
1504        self.EnablePlot = False
1505        for rd in rdlist:
1506            if 'Instrument Parameters' not in rd.pwdparms:
1507                # get instrument parameters for each dataset, unless already set
1508                Iparms = self.GetPowderIparm(rd, Iparm, lastIparmfile, lastdatafile)
1509                if not Iparms:  #may have bailed out
1510                    Id = 0
1511                    continue
1512                Iparm1,Iparm2 = Iparms
1513                if rd.repeat_instparm: 
1514                    lastIparmfile = rd.instfile
1515                # override any keys in read instrument parameters with ones set in import
1516                for key in Iparm1: 
1517                    if key in rd.instdict:
1518                        Iparm1[key] = rd.instdict[key]
1519            else:
1520                Iparm1,Iparm2 = rd.pwdparms['Instrument Parameters']
1521            lastdatafile = rd.powderentry[0]
1522            HistName = rd.idstring
1523            HistName = 'PWDR '+HistName
1524            # make new histogram names unique
1525            if HistName in PWDRlist:
1526                dlg = wx.MessageDialog(self,'Skip %s?'%(HistName),'Duplicate data name',wx.YES_NO)
1527                try:
1528                    if dlg.ShowModal() == wx.ID_YES:
1529                        Id = 0
1530                        continue
1531                finally:
1532                    dlg.Destroy()
1533            HistName = G2obj.MakeUniqueLabel(HistName,PWDRlist)
1534            print('Read powder data '+HistName+ 
1535                ' from file '+rd.readfilename +
1536                ' (format: '+ rd.formatName + 
1537                '). Inst parameters from '+rd.instmsg)
1538            # data are read, now store them in the tree
1539            Id = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text=HistName)
1540            if 'T' in Iparm1['Type'][0]:
1541                if not rd.clockWd and rd.GSAS:
1542                    rd.powderdata[0] *= 100.        #put back the CW centideg correction
1543                cw = np.diff(rd.powderdata[0])
1544                rd.powderdata[0] = rd.powderdata[0][:-1]+cw/2.
1545                if rd.GSAS:     #NB: old GSAS wanted intensities*CW even if normalized!
1546                    npts = min(len(rd.powderdata[0]),len(rd.powderdata[1]),len(cw))
1547                    rd.powderdata[1] = rd.powderdata[1][:npts]/cw[:npts]
1548                    rd.powderdata[2] = rd.powderdata[2][:npts]*cw[:npts]**2  #1/var=w at this point
1549                else:       #NB: from topas/fullprof type files
1550                    rd.powderdata[1] = rd.powderdata[1][:-1]
1551                    rd.powderdata[2] = rd.powderdata[2][:-1]
1552                if 'Itype' in Iparm2:
1553                    Ibeg = np.searchsorted(rd.powderdata[0],Iparm2['Tminmax'][0])
1554                    Ifin = np.searchsorted(rd.powderdata[0],Iparm2['Tminmax'][1])
1555                    rd.powderdata[0] = rd.powderdata[0][Ibeg:Ifin]
1556                    YI,WYI = G2pwd.calcIncident(Iparm2,rd.powderdata[0])
1557                    rd.powderdata[1] = rd.powderdata[1][Ibeg:Ifin]/YI
1558                    var = 1./rd.powderdata[2][Ibeg:Ifin]
1559                    var += WYI*rd.powderdata[1]**2
1560                    var /= YI**2
1561                    rd.powderdata[2] = 1./var
1562                rd.powderdata[3] = np.zeros_like(rd.powderdata[0])
1563                rd.powderdata[4] = np.zeros_like(rd.powderdata[0])
1564                rd.powderdata[5] = np.zeros_like(rd.powderdata[0])
1565            Ymax = np.max(rd.powderdata[1])                 
1566            valuesdict = {
1567                'wtFactor':1.0,
1568                'Dummy':False,
1569                'ranId':ran.randint(0,sys.maxint),
1570                'Offset':[0.0,0.0],'delOffset':0.02*Ymax,'refOffset':-.1*Ymax,'refDelt':0.1*Ymax,
1571                'qPlot':False,'dPlot':False,'sqrtPlot':False
1572                }
1573            # apply user-supplied corrections to powder data
1574            if 'CorrectionCode' in Iparm1:
1575                print('Applying corrections from instprm file')
1576                corr = Iparm1['CorrectionCode'][0]
1577                try:
1578                    exec(corr)
1579                    print('done')
1580                except Exception as err:
1581                    print('error: '+str(err))
1582                    print('with commands -------------------')
1583                    print(str(corr))
1584                    print('---------------------------------')
1585                finally:
1586                    del Iparm1['CorrectionCode']
1587            rd.Sample['ranId'] = valuesdict['ranId'] # this should be removed someday
1588            self.PatternTree.SetItemPyData(Id,[valuesdict,rd.powderdata])
1589            self.PatternTree.SetItemPyData(
1590                self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Comments'),
1591                rd.comments)
1592            Tmin = min(rd.powderdata[0])
1593            Tmax = max(rd.powderdata[0])
1594            self.PatternTree.SetItemPyData(
1595                self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Limits'),
1596                rd.pwdparms.get('Limits',[(Tmin,Tmax),[Tmin,Tmax]])
1597                )
1598            self.PatternId = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,Id,'Limits')
1599            self.PatternTree.SetItemPyData(
1600                self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Background'),
1601                rd.pwdparms.get('Background',
1602                    [['chebyschev',True,3,1.0,0.0,0.0],{'nDebye':0,'debyeTerms':[],'nPeaks':0,'peaksList':[]}])
1603                    )
1604            self.PatternTree.SetItemPyData(
1605                self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Instrument Parameters'),
1606                [Iparm1,Iparm2])
1607            self.PatternTree.SetItemPyData(
1608                self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Sample Parameters'),
1609                rd.Sample)
1610            self.PatternTree.SetItemPyData(
1611                self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Peak List')
1612                ,{'peaks':[],'sigDict':{}})
1613            self.PatternTree.SetItemPyData(
1614                self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Index Peak List'),
1615                [[],[]])
1616            self.PatternTree.SetItemPyData(
1617                self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Unit Cells List'),
1618                [])
1619            self.PatternTree.SetItemPyData(
1620                self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Reflection Lists'),
1621                {})
1622            # if any Control values have been set, move them into tree
1623            Controls = self.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root, 'Controls'))
1624            Controls.update(rd.Controls)
1625            newHistList.append(HistName)
1626            rd.repeat_instparm = False  #clear the iparm reuse flag
1627        else:
1628            self.EnablePlot = True
1629            if Id:
1630                self.PatternTree.Expand(Id)
1631                self.PatternTree.SelectItem(Id)
1632
1633        if not newHistList: return # somehow, no new histograms
1634        # make a list of phase names
1635        phaseRIdList,usedHistograms = self.GetPhaseInfofromTree()
1636        phaseNameList = usedHistograms.keys() # phase names in use
1637        if not phaseNameList: return # no phases yet, nothing to do
1638        header = 'Select phase(s) to link\nto the newly-read data:'
1639        for Name in newHistList:
1640            header += '\n  '+str(Name)
1641
1642        result = G2G.ItemSelector(phaseNameList,self,header,header='Add to phase(s)',multiple=True)
1643        if not result: return
1644        # connect new phases to histograms
1645        sub = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases')
1646        if not sub:
1647            raise Exception('ERROR -- why are there no phases here?')
1648        item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(sub)
1649        iph = -1
1650        while item: # loop over (new) phases
1651            iph += 1
1652            data = self.PatternTree.GetItemPyData(item)
1653            item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(sub, cookie)
1654            if iph not in result: continue
1655            generalData = data['General']
1656            SGData = generalData['SGData']
1657            UseList = data['Histograms']
1658            NShkl = len(G2spc.MustrainNames(SGData))
1659            NDij = len(G2spc.HStrainNames(SGData))
1660            for histoName in newHistList:
1661                UseList[histoName] = SetDefaultDData('PWDR',histoName,NShkl=NShkl,NDij=NDij)
1662                Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,histoName)
1663                refList = self.PatternTree.GetItemPyData(
1664                    G2gd.GetPatternTreeItemId(self,Id,'Reflection Lists'))
1665                refList[generalData['Name']] = []
1666        self.EnableRefineCommand()
1667        return # success
1668
1669    def OnDummyPowder(self,event):
1670        '''Called in response to Import/Powder Data/Simulate menu item
1671        to create a Dummy powder diffraction data set.
1672
1673        Reads an instrument parameter file and then gets input from the user
1674        '''
1675        # get a list of existing histograms
1676        PWDRlist = []
1677        if self.PatternTree.GetCount():
1678            item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
1679            while item:
1680                name = self.PatternTree.GetItemText(item)
1681                if name.startswith('PWDR ') and name not in PWDRlist:
1682                    PWDRlist.append(name)
1683                item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)
1684        # Initialize a base class reader
1685        rd = G2IO.ImportPowderData(
1686            extensionlist=tuple(),
1687            strictExtension=False,
1688            formatName = 'Simulate dataset',
1689            longFormatName = 'Compute a simulated pattern')
1690        rd.powderentry[0] = '' # no filename
1691        # #self.powderentry[1] = pos # bank offset (N/A here)
1692        rd.powderentry[2] = 1 # only one bank
1693        rd.comments.append('This is a dummy dataset for powder pattern simulation')
1694        self.CheckNotebook()
1695        Iparm = None
1696        lastIparmfile = ''
1697        lastdatafile = ''
1698        self.zipfile = None
1699        # get instrument parameters for it
1700        Iparm1,Iparm2 = self.GetPowderIparm(rd, Iparm, lastIparmfile, lastdatafile)
1701        if 'T' in Iparm1['Type'][0]:
1702            print('TOF simulation not supported yet')
1703            return False
1704        else:
1705            # need to get name, 2theta start, end, step
1706            rd.idstring = ' CW'
1707            if 'X' in Iparm1['Type'][0]:
1708                rd.idstring = 'CW x-ray simulation'
1709            else:
1710                rd.idstring = 'CW neutron simulation'
1711            # base initial range on wavelength
1712            wave = Iparm1.get('Lam')
1713            if wave:
1714                wave = wave[0]
1715            else:
1716                wave = Iparm1.get('Lam1')
1717                if wave:
1718                    wave = wave[0]
1719        N = 0
1720        while (N < 3): # insist on a dataset with a few points
1721            names = ('dataset name', 'start angle', 'end angle', 'step size')
1722            if not wave or wave < 1.0:
1723                inp = [rd.idstring, 10.,40.,0.005] # see names for what's what
1724            else:
1725                inp = [rd.idstring, 10.,80.,0.01] # see names for what's what
1726            dlg = G2G.ScrolledMultiEditor(
1727                self,[inp] * len(inp),range(len(inp)),names,
1728                header='Enter simulation name and range',
1729                minvals=(None,0.001,0.001,0.0001),
1730                maxvals=(None,180.,180.,.1),
1731                sizevals=((225,-1),)
1732                )
1733            dlg.CenterOnParent()
1734            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
1735                if inp[1] > inp[2]:
1736                    end,start,step = inp[1:]
1737                else:               
1738                    start,end,step = inp[1:]
1739                step = abs(step)
1740            else:
1741                return False
1742            N = int((end-start)/step)+1
1743            x = np.linspace(start,end,N,True)
1744            N = len(x)
1745        rd.powderdata = [
1746            np.array(x), # x-axis values
1747            np.zeros_like(x), # powder pattern intensities
1748            np.ones_like(x), # 1/sig(intensity)^2 values (weights)
1749            np.zeros_like(x), # calc. intensities (zero)
1750            np.zeros_like(x), # calc. background (zero)
1751            np.zeros_like(x), # obs-calc profiles
1752            ]
1753        Tmin = rd.powderdata[0][0]
1754        Tmax = rd.powderdata[0][-1]
1755        # data are read, now store them in the tree
1756        HistName = inp[0]
1757        HistName = 'PWDR '+HistName
1758        HistName = G2obj.MakeUniqueLabel(HistName,PWDRlist)  # make new histogram names unique
1759        Id = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text=HistName)
1760        Ymax = np.max(rd.powderdata[1])
1761        valuesdict = {
1762            'wtFactor':1.0,
1763            'Dummy':True,
1764            'ranId':ran.randint(0,sys.maxint),
1765            'Offset':[0.0,0.0],'delOffset':0.02*Ymax,'refOffset':-.1*Ymax,'refDelt':0.1*Ymax,
1766            'qPlot':False,'dPlot':False,'sqrtPlot':False
1767            }
1768        self.PatternTree.SetItemPyData(Id,[valuesdict,rd.powderdata])
1769        self.PatternTree.SetItemPyData(
1770            self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Comments'),
1771            rd.comments)
1772        self.PatternTree.SetItemPyData(
1773            self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Limits'),
1774            [(Tmin,Tmax),[Tmin,Tmax]])
1775        self.PatternId = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,Id,'Limits')
1776        self.PatternTree.SetItemPyData(
1777            self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Background'),
1778            [['chebyschev',True,3,1.0,0.0,0.0],
1779             {'nDebye':0,'debyeTerms':[],'nPeaks':0,'peaksList':[]}])
1780        self.PatternTree.SetItemPyData(
1781            self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Instrument Parameters'),
1782            [Iparm1,Iparm2])
1783        self.PatternTree.SetItemPyData(
1784            self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Sample Parameters'),
1785            rd.Sample)
1786        self.PatternTree.SetItemPyData(
1787            self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Peak List')
1788            ,{'peaks':[],'sigDict':{}})
1789        self.PatternTree.SetItemPyData(
1790            self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Index Peak List'),
1791            [[],[]])
1792        self.PatternTree.SetItemPyData(
1793            self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Unit Cells List'),
1794            [])
1795        self.PatternTree.SetItemPyData(
1796            self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Reflection Lists'),
1797            {})
1798        self.PatternTree.Expand(Id)
1799        self.PatternTree.SelectItem(Id)
1800        print('Added simulation powder data '+str(HistName)+ 
1801              ' with parameters from '+str(rd.instmsg))
1802
1803        # make a list of phase names
1804        phaseRIdList,usedHistograms = self.GetPhaseInfofromTree()
1805        phaseNameList = usedHistograms.keys() # phase names in use
1806        if not phaseNameList: return # no phases yet, nothing to do
1807        header = 'Select phase(s) to add the new\npowder simulation (dummy) dataset to:'
1808        result = G2G.ItemSelector(phaseNameList,self,header,header='Add to phase(s)',multiple=True)
1809        if not result: return
1810        # connect new phases to histograms
1811        sub = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases')
1812        if not sub:
1813            raise Exception('ERROR -- why are there no phases here?')
1814        item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(sub)
1815        iph = -1
1816        while item: # loop over (new) phases
1817            iph += 1
1818            data = self.PatternTree.GetItemPyData(item)
1819            item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(sub, cookie)
1820            if iph not in result: continue
1821            generalData = data['General']
1822            SGData = generalData['SGData']
1823            UseList = data['Histograms']
1824            NShkl = len(G2spc.MustrainNames(SGData))
1825            NDij = len(G2spc.HStrainNames(SGData))
1826            UseList[HistName] = SetDefaultDData('PWDR',HistName,NShkl=NShkl,NDij=NDij)
1827            Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,HistName)
1828            refList = self.PatternTree.GetItemPyData(
1829                G2gd.GetPatternTreeItemId(self,Id,'Reflection Lists'))
1830            refList[generalData['Name']] = []
1831        self.EnableRefineCommand()
1832        return # success
1833       
1834    def OnPreferences(self,event):
1835        'Edit the GSAS-II configuration variables'
1836        dlg = G2G.SelectConfigSetting(self)
1837        dlg.ShowModal() == wx.ID_OK
1838        dlg.Destroy()
1839
1840    def _Add_ImportMenu_smallangle(self,parent):
1841        '''configure the Small Angle Data menus accord to the readers found in _init_Imports
1842        '''
1843        submenu = wx.Menu()
1844        item = parent.AppendMenu(wx.ID_ANY, 'Small Angle Data',
1845            submenu, help='Import small angle data')
1846        for reader in self.ImportSmallAngleReaderlist:
1847            item = submenu.Append(wx.ID_ANY,help=reader.longFormatName,
1848                kind=wx.ITEM_NORMAL,text='from '+reader.formatName+' file')
1849            self.ImportMenuId[item.GetId()] = reader
1850            self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnImportSmallAngle, id=item.GetId())
1851        # item = submenu.Append(wx.ID_ANY,
1852        #     help='Import small angle data, use file to try to determine format',
1853        #     kind=wx.ITEM_NORMAL,text='guess format from file')
1854        # self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnImportSmallAngle, id=item.GetId())
1855
1856    def OnImportSmallAngle(self,event):
1857        '''Called in response to an Import/Small Angle Data/... menu item
1858        to read a small angle diffraction data set.
1859        dict self.ImportMenuId is used to look up the specific
1860        reader item associated with the menu item, which will be
1861        None for the last menu item, which is the "guess" option
1862        where all appropriate formats will be tried.
1863
1864        '''
1865       
1866        def GetSASDIparm(reader):
1867            parm = reader.instdict
1868            Iparm = {'Type':[parm['type'],parm['type'],0],'Lam':[parm['wave'],
1869                parm['wave'],0],'Azimuth':[0.,0.,0]}           
1870            return Iparm,{}
1871           
1872        # get a list of existing histograms
1873        SASDlist = []
1874        if self.PatternTree.GetCount():
1875            item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
1876            while item:
1877                name = self.PatternTree.GetItemText(item)
1878                if name.startswith('SASD ') and name not in SASDlist:
1879                    SASDlist.append(name)
1880                item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)
1881        # look up which format was requested
1882        reqrdr = self.ImportMenuId.get(event.GetId()) 
1883        rdlist = self.OnImportGeneric(
1884            reqrdr,self.ImportSmallAngleReaderlist,'Small Angle Data',multiple=True)
1885        if len(rdlist) == 0: return
1886        self.CheckNotebook()
1887        newHistList = []
1888        self.EnablePlot = False
1889        for rd in rdlist:
1890            HistName = rd.idstring
1891            HistName = 'SASD '+HistName
1892            # make new histogram names unique
1893            HistName = G2obj.MakeUniqueLabel(HistName,SASDlist)
1894            print 'Read small angle data '+str(HistName)+ \
1895                ' from file '+str(self.lastimport)
1896            # data are read, now store them in the tree
1897            Id = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text=HistName)
1898            Iparm1,Iparm2 = GetSASDIparm(rd)
1899#            if 'T' in Iparm1['Type'][0]:
1900#                if not rd.clockWd and rd.GSAS:
1901#                    rd.powderdata[0] *= 100.        #put back the CW centideg correction
1902#                cw = np.diff(rd.powderdata[0])
1903#                rd.powderdata[0] = rd.powderdata[0][:-1]+cw/2.
1904#                rd.powderdata[1] = rd.powderdata[1][:-1]/cw
1905#                rd.powderdata[2] = rd.powderdata[2][:-1]*cw**2  #1/var=w at this point
1906#                if 'Itype' in Iparm2:
1907#                    Ibeg = np.searchsorted(rd.powderdata[0],Iparm2['Tminmax'][0])
1908#                    Ifin = np.searchsorted(rd.powderdata[0],Iparm2['Tminmax'][1])
1909#                    rd.powderdata[0] = rd.powderdata[0][Ibeg:Ifin]
1910#                    YI,WYI = G2pwd.calcIncident(Iparm2,rd.powderdata[0])
1911#                    rd.powderdata[1] = rd.powderdata[1][Ibeg:Ifin]/YI
1912#                    var = 1./rd.powderdata[2][Ibeg:Ifin]
1913#                    var += WYI*rd.powderdata[1]**2
1914#                    var /= YI**2
1915#                    rd.powderdata[2] = 1./var
1916#                rd.powderdata[3] = np.zeros_like(rd.powderdata[0])                                       
1917#                rd.powderdata[4] = np.zeros_like(rd.powderdata[0])                                       
1918#                rd.powderdata[5] = np.zeros_like(rd.powderdata[0])                                       
1919            Tmin = min(rd.smallangledata[0])
1920            Tmax = max(rd.smallangledata[0])
1921            valuesdict = {
1922                'wtFactor':1.0,
1923                'Dummy':False,
1924                'ranId':ran.randint(0,sys.maxint),
1925                }
1926            rd.Sample['ranId'] = valuesdict['ranId'] # this should be removed someday
1927            self.PatternTree.SetItemPyData(Id,[valuesdict,rd.smallangledata])
1928            self.PatternTree.SetItemPyData(
1929                self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Comments'),
1930                rd.comments)
1931            self.PatternTree.SetItemPyData(
1932                self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Limits'),
1933                [(Tmin,Tmax),[Tmin,Tmax]])
1934            self.PatternId = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,Id,'Limits')
1935            self.PatternTree.SetItemPyData(
1936                self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Instrument Parameters'),
1937                [Iparm1,Iparm2])
1938            self.PatternTree.SetItemPyData(
1939                self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Substances'),G2pdG.SetDefaultSubstances())
1940            self.PatternTree.SetItemPyData(
1941                self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Sample Parameters'),
1942                rd.Sample)
1943            self.PatternTree.SetItemPyData(
1944                self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Models'),G2pdG.SetDefaultSASDModel())
1945            newHistList.append(HistName)
1946        else:
1947            self.EnablePlot = True
1948            self.PatternTree.Expand(Id)
1949            self.PatternTree.SelectItem(Id)
1950           
1951        if not newHistList: return # somehow, no new histograms
1952        return # success
1953
1954    def OnMacroRecordStatus(self,event,setvalue=None):
1955        '''Called when the record macro menu item is used which toggles the
1956        value. Alternately a value to be set can be provided. Note that this
1957        routine is made more complex because on the Mac there are lots of menu
1958        items (listed in self.MacroStatusList) and this loops over all of them.
1959        '''
1960        nextvalue = log.ShowLogStatus() != True
1961        if setvalue is not None:
1962            nextvalue = setvalue
1963        if nextvalue:
1964            log.LogOn()
1965            set2 = True
1966        else:
1967            log.LogOff()
1968            set2 = False
1969        for menuitem in self.MacroStatusList:
1970            menuitem.Check(set2)
1971
1972    def _init_Macro(self):
1973        '''Define the items in the macro menu.
1974        '''
1975        menu = self.MacroMenu
1976        item = menu.Append(
1977                help='Start or stop recording of menu actions, etc.', id=wx.ID_ANY,
1978                kind=wx.ITEM_CHECK,text='Record actions')
1979        self.MacroStatusList.append(item)
1980        item.Check(log.ShowLogStatus())
1981        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnMacroRecordStatus, item)
1982
1983        # this may only be of value for development work
1984        item = menu.Append(
1985            help='Show logged commands', id=wx.ID_ANY,
1986            kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Show log')
1987        def OnShowLog(event):
1988            print 70*'='
1989            print 'List of logged actions'
1990            for i,line in enumerate(log.G2logList):
1991                if line: print i,line
1992            print 70*'='
1993        self.Bind(wx.EVT_MENU, OnShowLog, item)
1994
1995        item = menu.Append(
1996            help='Clear logged commands', id=wx.ID_ANY,
1997            kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Clear log')
1998        def OnClearLog(event): log.G2logList=[None]
1999        self.Bind(wx.EVT_MENU, OnClearLog, item)
2000       
2001        item = menu.Append(
2002            help='Save logged commands to file', id=wx.ID_ANY,
2003            kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Save log')
2004        def OnSaveLog(event):
2005            import cPickle
2006            defnam = os.path.splitext(
2007                os.path.split(self.GSASprojectfile)[1]
2008                )[0]+'.gcmd'
2009            dlg = wx.FileDialog(self,
2010                'Choose an file to save past actions', '.', defnam, 
2011                'GSAS-II cmd output (*.gcmd)|*.gcmd',
2012                wx.FD_SAVE|wx.FD_OVERWRITE_PROMPT)
2013            dlg.CenterOnParent()
2014            try:
2015                if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
2016                    filename = dlg.GetPath()
2017                    # make sure extension is correct
2018                    filename = os.path.splitext(filename)[0]+'.gcmd'
2019                else:
2020                    filename = None
2021            finally:
2022                dlg.Destroy()
2023            if filename:
2024                fp = open(filename,'wb')
2025                fp.write(str(len(log.G2logList)-1)+'\n')
2026                for item in log.G2logList:
2027                    if item: cPickle.dump(item,fp)
2028                fp.close()
2029        self.Bind(wx.EVT_MENU, OnSaveLog, item)
2030
2031        item = menu.Append(
2032            help='Load logged commands from file', id=wx.ID_ANY,
2033            kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Load log')
2034        def OnLoadLog(event):
2035            # this appends. Perhaps we should ask to clear?
2036            import cPickle
2037            defnam = os.path.splitext(
2038                os.path.split(self.GSASprojectfile)[1]
2039                )[0]+'.gcmd'
2040            dlg = wx.FileDialog(self,
2041                'Choose an file to read saved actions', '.', defnam, 
2042                'GSAS-II cmd output (*.gcmd)|*.gcmd',
2043                wx.OPEN)
2044            dlg.CenterOnParent()
2045            try:
2046                if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
2047                    filename = dlg.GetPath()
2048                    # make sure extension is correct
2049                    filename = os.path.splitext(filename)[0]+'.gcmd'
2050                else:
2051                    filename = None
2052            finally:
2053                dlg.Destroy()
2054            if filename and os.path.exists(filename):
2055                fp = open(filename,'rb')
2056                lines = fp.readline()
2057                for i in range(int(lines)):
2058                    log.G2logList.append(cPickle.load(fp))
2059                fp.close()
2060        self.Bind(wx.EVT_MENU, OnLoadLog, item)
2061
2062        item = menu.Append(
2063            help='Replay saved commands', id=wx.ID_ANY,
2064            kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Replay log')
2065        self.Bind(wx.EVT_MENU, log.ReplayLog, item)
2066
2067    def _init_Exports(self,menu):
2068        '''Find exporter routines and add them into menus
2069        '''
2070        # set up the top-level menus
2071        projectmenu = wx.Menu()
2072        item = menu.AppendMenu(
2073            wx.ID_ANY, 'Entire project as',
2074            projectmenu, help='Export entire project')
2075
2076        phasemenu = wx.Menu()
2077        item = menu.AppendMenu(
2078            wx.ID_ANY, 'Phase as',
2079            phasemenu, help='Export phase or sometimes phases')
2080
2081        powdermenu = wx.Menu()
2082        item = menu.AppendMenu(
2083            wx.ID_ANY, 'Powder data as',
2084            powdermenu, help='Export powder diffraction histogram(s)')
2085
2086        singlemenu = wx.Menu()
2087        item = menu.AppendMenu(
2088            wx.ID_ANY, 'Single crystal data as',
2089            singlemenu, help='Export single crystal histogram(s)')
2090
2091        imagemenu = wx.Menu()
2092        item = menu.AppendMenu(
2093            wx.ID_ANY, 'Image data as',
2094            imagemenu, help='Export powder image(s) data')
2095
2096        mapmenu = wx.Menu()
2097        item = menu.AppendMenu(
2098            wx.ID_ANY, 'Maps as',
2099            mapmenu, help='Export density map(s)')
2100
2101        # pdfmenu = wx.Menu()
2102        # item = menu.AppendMenu(
2103        #     wx.ID_ANY, 'PDFs as',
2104        #     pdfmenu, help='Export pair distribution function(s)')
2105
2106        # find all the exporter files
2107        if not self.exporterlist: # this only needs to be done once
2108            pathlist = sys.path
2109            filelist = []
2110            for path in pathlist:
2111                for filename in glob.iglob(os.path.join(path,"G2export*.py")):
2112                    filelist.append(filename)   
2113            filelist = sorted(list(set(filelist))) # remove duplicates
2114            # go through the routines and import them, saving objects that
2115            # have export routines (method Exporter)
2116            for filename in filelist:
2117                path,rootname = os.path.split(filename)
2118                pkg = os.path.splitext(rootname)[0]
2119#                try:
2120                fp = None
2121                fp, fppath,desc = imp.find_module(pkg,[path,])
2122                pkg = imp.load_module(pkg,fp,fppath,desc)
2123                for clss in inspect.getmembers(pkg): # find classes defined in package
2124                    if clss[0].startswith('_'): continue
2125                    if inspect.isclass(clss[1]):
2126                        # check if we have the required methods
2127                        for m in 'Exporter','loadParmDict':
2128                            if not hasattr(clss[1],m): break
2129                            if not callable(getattr(clss[1],m)): break
2130                        else:
2131                            exporter = clss[1](self) # create an export instance
2132                            self.exporterlist.append(exporter)
2133#                except AttributeError:
2134#                    print 'Import_'+errprefix+': Attribute Error'+str(filename)
2135#                    pass
2136#                except ImportError:
2137#                    print 'Import_'+errprefix+': Error importing file'+str(filename)
2138#                    pass
2139                if fp: fp.close()
2140        # Add submenu item(s) for each Exporter by its self-declared type (can be more than one)
2141        for obj in self.exporterlist:
2142            #print 'exporter',obj
2143            for typ in obj.exporttype:
2144                if typ == "project":
2145                    submenu = projectmenu
2146                elif typ == "phase":
2147                    submenu = phasemenu
2148                elif typ == "powder":
2149                    submenu = powdermenu
2150                elif typ == "single":
2151                    submenu = singlemenu
2152                elif typ == "image":
2153                    submenu = imagemenu
2154                elif typ == "map":
2155                    submenu = mapmenu
2156                # elif typ == "pdf":
2157                #     submenu = pdfmenu
2158                else:
2159                    print("Error, unknown type in "+str(obj))
2160                    break
2161                item = submenu.Append(
2162                    wx.ID_ANY,
2163                    help=obj.longFormatName,
2164                    kind=wx.ITEM_NORMAL,
2165                    text=obj.formatName)
2166                self.Bind(wx.EVT_MENU, obj.Exporter, id=item.GetId())
2167                self.ExportLookup[item.GetId()] = typ # lookup table for submenu item
2168        item = imagemenu.Append(wx.ID_ANY,
2169                        help='Export image controls and masks for multiple images',
2170                        kind=wx.ITEM_NORMAL,
2171                        text='Multiple image controls and masks')
2172        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnSaveMultipleImg, id=item.GetId())
2173        #code to debug an Exporter. hard-code the routine below, to allow a reload before use
2174        # def DebugExport(event):
2175        #      print 'start reload'
2176        #      reload(G2IO)
2177        #      import G2export_pwdr as dev
2178        #      reload(dev)
2179        #      dev.ExportPowderFXYE(self).Exporter(event)
2180        # item = menu.Append(
2181        #     wx.ID_ANY,kind=wx.ITEM_NORMAL,
2182        #     help="debug exporter",text="test Export FXYE")
2183        # self.Bind(wx.EVT_MENU, DebugExport, id=item.GetId())
2184        # # #self.ExportLookup[item.GetId()] = 'image'
2185        # self.ExportLookup[item.GetId()] = 'powder'
2186
2187    def _Add_ExportMenuItems(self,parent):
2188        # item = parent.Append(
2189        #     help='Select PWDR item to enable',id=wx.ID_ANY,
2190        #     kind=wx.ITEM_NORMAL,
2191        #     text='Export Powder Patterns...')
2192        # self.ExportPattern.append(item)
2193        # item.Enable(False)
2194        # self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnExportPatterns, id=item.GetId())
2195
2196        item = parent.Append(
2197            help='',id=wx.ID_ANY,
2198            kind=wx.ITEM_NORMAL,
2199            text='Export All Peak Lists...')
2200        self.ExportPeakList.append(item)
2201        item.Enable(True)
2202        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnExportPeakList, id=item.GetId())
2203
2204        item = parent.Append(
2205            help='',id=wx.ID_ANY,
2206            kind=wx.ITEM_NORMAL,
2207            text='Export HKLs...')
2208        self.ExportHKL.append(item)
2209        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnExportHKL, id=item.GetId())
2210
2211        item = parent.Append(
2212            help='Select PDF item to enable',
2213            id=wx.ID_ANY,
2214            kind=wx.ITEM_NORMAL,
2215            text='Export PDF...')
2216        self.ExportPDF.append(item)
2217        item.Enable(False)
2218        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnExportPDF, id=item.GetId())
2219
2220    def FillMainMenu(self,menubar,addhelp=True):
2221        '''Define contents of the main GSAS-II menu for the (main) data tree window.
2222        For the mac, this is also called for the data item windows as well so that
2223        the main menu items are data menu as well.
2224        '''
2225        File = wx.Menu(title='')
2226        menubar.Append(menu=File, title='&File')
2227        self._Add_FileMenuItems(File)
2228        Data = wx.Menu(title='')
2229        menubar.Append(menu=Data, title='Data')
2230        self._Add_DataMenuItems(Data)
2231        Calculate = wx.Menu(title='')       
2232        menubar.Append(menu=Calculate, title='&Calculate')
2233        self._Add_CalculateMenuItems(Calculate)
2234        Import = wx.Menu(title='')       
2235        menubar.Append(menu=Import, title='Import')
2236        self._Add_ImportMenu_Image(Import)
2237        self._Add_ImportMenu_Phase(Import)
2238        self._Add_ImportMenu_powder(Import)
2239        self._Add_ImportMenu_Sfact(Import)
2240        self._Add_ImportMenu_smallangle(Import)
2241
2242        #======================================================================
2243        # Code to help develop/debug an importer, much is hard-coded below
2244        # but module is reloaded before each use, allowing faster testing
2245        # def DebugImport(event):
2246        #     print 'start reload'
2247        #     import G2phase_ISO as dev
2248        #     reload(dev)
2249        #     rd = dev.ISODISTORTPhaseReader()
2250        #     self.ImportMenuId[event.GetId()] = rd
2251        #     self.OnImportPhase(event)
2252            # or ----------------------------------------------------------------------
2253            #self.OnImportGeneric(rd,[],'test of ISODISTORTPhaseReader')
2254            # special debug code
2255            # or ----------------------------------------------------------------------
2256            # filename = '/Users/toby/projects/branton/subgroup_cif.txt'
2257            # fp = open(filename,'Ur')
2258            # if not rd.ContentsValidator(fp):
2259            #     print 'not validated'
2260            #     # make a list of used phase ranId's
2261            # phaseRIdList = []
2262            # sub = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases')
2263            # if sub:
2264            #     item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(sub)
2265            #     while item:
2266            #         phaseName = self.PatternTree.GetItemText(item)
2267            #         ranId = self.PatternTree.GetItemPyData(item).get('ranId')
2268            #         if ranId: phaseRIdList.append(ranId)
2269            #         item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(sub, cookie)
2270            # if rd.Reader(filename,fp,usedRanIdList=phaseRIdList):
2271            #     print 'read OK'
2272        # item = Import.Append(
2273        #     wx.ID_ANY,kind=wx.ITEM_NORMAL,
2274        #     help="debug importer",text="test importer")
2275        # self.Bind(wx.EVT_MENU, DebugImport, id=item.GetId())
2276        #======================================================================
2277        self.ExportMenu = wx.Menu(title='')
2278        menubar.Append(menu=self.ExportMenu, title='Export')
2279        self._init_Exports(self.ExportMenu)
2280        self._Add_ExportMenuItems(self.ExportMenu)
2281        if GSASIIpath.GetConfigValue('Enable_logging'):
2282            self.MacroMenu = wx.Menu(title='')
2283            menubar.Append(menu=self.MacroMenu, title='Macro')
2284            self._init_Macro()
2285        if addhelp:
2286            HelpMenu=G2G.MyHelp(self,includeTree=True,
2287                morehelpitems=[('&Tutorials','Tutorials'),])
2288            menubar.Append(menu=HelpMenu,title='&Help')
2289           
2290    def _init_ctrls(self, parent):
2291        wx.Frame.__init__(self, name='GSASII', parent=parent,
2292            size=wx.Size(400, 250),style=wx.DEFAULT_FRAME_STYLE, title='GSAS-II data tree')
2293        clientSize = wx.ClientDisplayRect()
2294        Size = self.GetSize()
2295        xPos = clientSize[2]-Size[0]
2296        self.SetPosition(wx.Point(xPos,clientSize[1]))
2297        self._init_Imports()
2298        #initialize Menu item objects (these contain lists of menu items that are enabled or disabled)
2299        self.MakePDF = []
2300        self.Refine = []
2301        self.SeqRefine = [] # pointer(s) to Sequential Refinement menu objects
2302        #self.ExportPattern = []
2303        self.ExportPeakList = []
2304        self.ExportHKL = []
2305        self.ExportPDF = []
2306        self.ExportPhase = []
2307        self.ExportCIF = []
2308        #
2309        self.GSASIIMenu = wx.MenuBar()
2310        # create a list of all dataframe menus (appended in PrefillDataMenu)
2311        self.dataMenuBars = [self.GSASIIMenu]
2312        self.MacroStatusList = []
2313        self.FillMainMenu(self.GSASIIMenu)
2314        self.SetMenuBar(self.GSASIIMenu)
2315        self.Bind(wx.EVT_SIZE, self.OnSize)
2316        self.Status = self.CreateStatusBar()
2317        self.mainPanel = wx.Panel(self,-1)
2318       
2319        wxID_PATTERNTREE = wx.NewId()
2320        #self.PatternTree = wx.TreeCtrl(id=wxID_PATTERNTREE, # replaced for logging
2321        self.PatternTree = G2G.G2TreeCtrl(id=wxID_PATTERNTREE,
2322            parent=self.mainPanel, pos=wx.Point(0, 0),style=wx.TR_DEFAULT_STYLE )
2323        self.PatternTree.Bind(wx.EVT_TREE_SEL_CHANGED,self.OnDataTreeSelChanged)
2324        self.PatternTree.Bind(wx.EVT_TREE_ITEM_RIGHT_CLICK,self.OnDataTreeSelChanged)
2325        self.PatternTree.Bind(wx.EVT_TREE_ITEM_COLLAPSED,
2326            self.OnPatternTreeItemCollapsed, id=wxID_PATTERNTREE)
2327        self.PatternTree.Bind(wx.EVT_TREE_ITEM_EXPANDED,
2328            self.OnPatternTreeItemExpanded, id=wxID_PATTERNTREE)
2329        self.PatternTree.Bind(wx.EVT_TREE_DELETE_ITEM,
2330            self.OnPatternTreeItemDelete, id=wxID_PATTERNTREE)
2331        self.PatternTree.Bind(wx.EVT_TREE_KEY_DOWN,
2332            self.OnPatternTreeKeyDown, id=wxID_PATTERNTREE)
2333        self.PatternTree.Bind(wx.EVT_TREE_BEGIN_RDRAG,
2334            self.OnPatternTreeBeginRDrag, id=wxID_PATTERNTREE)       
2335        self.PatternTree.Bind(wx.EVT_TREE_END_DRAG,
2336            self.OnPatternTreeEndDrag, id=wxID_PATTERNTREE)       
2337        #self.root = self.PatternTree.AddRoot('Loaded Data: ')
2338        self.root = self.PatternTree.root
2339        plotFrame = wx.Frame(None,-1,'GSASII Plots',size=wx.Size(700,600), \
2340            style=wx.DEFAULT_FRAME_STYLE ^ wx.CLOSE_BOX)
2341        self.G2plotNB = G2plt.G2PlotNoteBook(plotFrame,G2frame=self)
2342        plotFrame.Show()
2343       
2344        self.dataDisplay = None
2345       
2346    def __init__(self, parent):
2347        self.ExportLookup = {}
2348        self.exporterlist = []
2349        self._init_ctrls(parent)
2350        self.Image = wx.Image(
2351            os.path.join(GSASIIpath.path2GSAS2,'gsas2.ico'),
2352            wx.BITMAP_TYPE_ICO)
2353        if "wxMSW" in wx.PlatformInfo:
2354            img = self.Image.Scale(16, 16).ConvertToBitmap()
2355        elif "wxGTK" in wx.PlatformInfo:
2356            img = self.Image.Scale(22, 22).ConvertToBitmap()
2357        else:
2358            img = self.Image.ConvertToBitmap()
2359        self.SetIcon(wx.IconFromBitmap(img))
2360        self.Bind(wx.EVT_CLOSE, self.ExitMain)
2361        # various defaults
2362        self.oldFocus = None
2363        self.GSASprojectfile = ''
2364        self.undofile = ''
2365        self.TreeItemDelete = False
2366        self.plotStyle = {'qPlot':False,'dPlot':False,'sqrtPlot':False}
2367        self.Weight = False
2368        self.IfPlot = False
2369        self.DDShowAll = False
2370        self.atmSel = ''
2371        self.PatternId = 0
2372        self.PickId = 0
2373        self.PickIdText = None
2374        self.PeakTable = []
2375        self.LimitsTable = []
2376        self.ifX20 = True   #use M20 /= (1+X20) in powder indexing, etc.
2377        self.HKL = []
2378        self.Lines = []
2379        self.itemPicked = None
2380        self.dataFrame = None
2381        self.Interpolate = 'nearest'
2382        self.ContourColor = 'Paired'
2383        self.VcovColor = 'RdYlGn'
2384        self.RamaColor = 'Blues'
2385        self.Projection = 'equal area'
2386        self.logPlot = False
2387        self.plusPlot = True
2388        self.sqPlot = False
2389        self.ErrorBars = False
2390        self.Contour = False
2391        self.Legend = False
2392        self.SinglePlot = True
2393        self.selections= None
2394        self.PDFselections = None
2395        self.SubBack = False
2396        self.seqReverse = False
2397        self.seqLines = True #draw lines between points
2398        self.plotView = 0
2399        self.Image = 0
2400        self.oldImagefile = '' # the name of the last image file read
2401        self.oldImageTag = None # the name of the tag for multi-image files
2402        self.PauseIntegration = False
2403        self.ImageZ = []
2404        self.Integrate = 0
2405        self.imageDefault = {}
2406        self.IntgOutList = [] # list of integration tree item Ids created in G2IO.SaveIntegration
2407        self.AutointPWDRnames = [] # list of autoint created PWDR tree item names (to be deleted on a reset)
2408        self.autoIntFrame = None
2409        self.IntegratedList = [] # list of already integrated IMG tree items
2410        self.Sngl = False
2411        self.ifGetRing = False
2412        self.MaskKey = ''           #trigger for making image masks
2413        self.StrainKey = ''         #ditto for new strain d-zeros
2414        self.EnablePlot = True
2415        self.hist = ''              # selected histogram in Phase/Data tab
2416        self.dirname = os.path.expanduser('~')       #start in the users home directory by default; may be meaningless
2417        self.TutorialImportDir = None  # location to read tutorial files, set when a tutorial is viewed
2418        self.LastImportDir = None # last-used directory where an import was done
2419        self.LastGPXdir = None    # directory where a GPX file was last read
2420        self.LastExportDir = None  # the last directory used for exports, if any.
2421        self.dataDisplayPhaseText = ''
2422        self.lastTreeSetting = []
2423        self.lastSize = [0,0]
2424       
2425        arg = sys.argv
2426        if len(arg) > 1 and arg[1]:
2427            self.GSASprojectfile = os.path.splitext(arg[1])[0]+'.gpx'
2428            self.dirname = os.path.dirname(arg[1])
2429            if self.dirname: os.chdir(self.dirname)
2430            try:
2431                self.StartProject()         #open the file if possible
2432                return
2433            except Exception:
2434                print 'Error opening or reading file',arg[1]
2435                import traceback
2436                print traceback.format_exc()
2437               
2438        if GSASIIpath.GetConfigValue('Starting_directory'):
2439            try:
2440                pth = GSASIIpath.GetConfigValue('Starting_directory')
2441                pth = os.path.expanduser(pth) 
2442                os.chdir(pth)
2443                self.LastGPXdir = pth
2444            except:
2445                print('Ignoring Config Starting_directory value: '+
2446                      GSASIIpath.GetConfigValue('Starting_directory'))
2447
2448    def GetTreeItemsList(self,item):
2449        return self.PatternTree._getTreeItemsList(item)
2450
2451    def OnSize(self,event):
2452        'Called to make PatternTree fill mainPanel'
2453        w,h = self.GetClientSizeTuple()
2454        self.mainPanel.SetSize(wx.Size(w,h))
2455        self.PatternTree.SetSize(wx.Size(w,h))
2456                       
2457    def OnDataTreeSelChanged(self, event):
2458        '''Called when a data tree item is selected'''
2459        if self.TreeItemDelete:
2460            self.TreeItemDelete = False
2461        else:
2462            pltNum = self.G2plotNB.nb.GetSelection()
2463            if pltNum >= 0:                         #to avoid the startup with no plot!
2464                self.G2plotNB.nb.GetPage(pltNum)
2465            item = event.GetItem()
2466            G2gd.SelectDataTreeItem(self,item)
2467            if self.oldFocus:
2468                self.oldFocus.SetFocus()
2469       
2470    def OnPatternTreeItemCollapsed(self, event):
2471        'Called when a tree item is collapsed - all children will be collapsed'
2472        self.PatternTree.CollapseAllChildren(event.GetItem())
2473
2474    def OnPatternTreeItemExpanded(self, event):
2475        'Called when a tree item is expanded'
2476        self.OnDataTreeSelChanged(event)
2477        event.Skip()
2478       
2479    def OnPatternTreeItemDelete(self, event):
2480        'Called when a tree item is deleted -- not sure what this does'
2481        self.TreeItemDelete = True
2482
2483    def OnPatternTreeItemActivated(self, event):
2484        'Called when a tree item is activated'
2485        event.Skip()
2486       
2487    def OnPatternTreeBeginRDrag(self,event):
2488        event.Allow()
2489        self.BeginDragId = event.GetItem()
2490        self.ParentId = self.PatternTree.GetItemParent(self.BeginDragId)
2491        DragText = self.PatternTree.GetItemText(self.BeginDragId)
2492        self.DragData = [[DragText,self.PatternTree.GetItemPyData(self.BeginDragId)],]
2493        item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.BeginDragId)
2494        while item:     #G2 data tree has no sub children under a child of a tree item
2495            name = self.PatternTree.GetItemText(item)
2496            self.DragData.append([name,self.PatternTree.GetItemPyData(item)])
2497            item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.BeginDragId, cookie)                           
2498       
2499    def OnPatternTreeEndDrag(self,event):
2500        event.Allow()
2501        self.EndDragId = event.GetItem()
2502        try:
2503            NewParent = self.PatternTree.GetItemParent(self.EndDragId)
2504        except:
2505            self.EndDragId = self.PatternTree.GetLastChild(self.root)
2506            NewParent = self.root
2507        if self.ParentId != NewParent:
2508            self.ErrorDialog('Drag not allowed','Wrong parent for item dragged')
2509        else:
2510            Name,Item = self.DragData[0]
2511            NewId = self.PatternTree.InsertItem(self.ParentId,self.EndDragId,Name,data=None)
2512            self.PatternTree.SetItemPyData(NewId,Item)
2513            for name,item in self.DragData[1:]:     #loop over children
2514                Id = self.PatternTree.AppendItem(parent=NewId,text=name)
2515                self.PatternTree.SetItemPyData(Id,item)
2516            self.PatternTree.Delete(self.BeginDragId)
2517            G2gd.SelectDataTreeItem(self,NewId)
2518       
2519    def OnPatternTreeKeyDown(self,event): #doesn't exactly work right with Shift key down
2520        'Allows stepping through the tree with the up/down arrow keys'
2521        self.oldFocus = wx.Window.FindFocus()
2522        keyevt = event.GetKeyEvent()
2523        key = event.GetKeyCode()
2524        item = self.PatternTree.GetSelection()
2525        if type(item) is int: return # is this the toplevel in tree?
2526        name = self.PatternTree.GetItemText(item)
2527        parent = self.PatternTree.GetItemParent(item)
2528        if key == wx.WXK_UP:
2529            if keyevt.GetModifiers() == wx.MOD_SHIFT and parent != self.root:
2530                if type(parent) is int: return # is this the toplevel in tree?
2531                prev = self.PatternTree.GetPrevSibling(parent)
2532                NewId = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,prev,name)
2533                if NewId:
2534                    self.PatternTree.Collapse(parent)
2535                    self.PatternTree.Expand(prev)
2536                    self.oldFocus = wx.Window.FindFocus()
2537                    wx.CallAfter(self.PatternTree.SelectItem,NewId)
2538                else:
2539                    wx.CallAfter(self.PatternTree.SelectItem,item)
2540            else:   
2541                self.PatternTree.GetPrevSibling(item)
2542                self.PatternTree.SelectItem(item)
2543        elif key == wx.WXK_DOWN:
2544            if keyevt.GetModifiers() == wx.MOD_SHIFT and parent != self.root:
2545                next = self.PatternTree.GetNextSibling(parent)
2546                NewId = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,next,name)
2547                if NewId:
2548                    self.PatternTree.Collapse(parent)
2549                    self.PatternTree.Expand(next)
2550                    self.oldFocus = wx.Window.FindFocus()
2551                    wx.CallAfter(self.PatternTree.SelectItem,NewId)
2552                else:
2553                    wx.CallAfter(self.PatternTree.SelectItem,item)
2554            else:   
2555                self.PatternTree.GetNextSibling(item)
2556                self.PatternTree.SelectItem(item)
2557               
2558    def OnReadPowderPeaks(self,event):
2559        'Bound to menu Data/Read Powder Peaks'
2560        self.CheckNotebook()
2561        pth = G2G.GetImportPath(self)
2562        if not pth: pth = '.'
2563        dlg = wx.FileDialog(self, 'Choose file with peak list', pth, '', 
2564            'peak files (*.txt)|*.txt|All files (*.*)|*.*',wx.OPEN)
2565        try:
2566            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
2567                self.HKL = []
2568                self.powderfile = dlg.GetPath()
2569                comments,peaks,limits,wave = G2IO.GetPowderPeaks(self.powderfile)
2570                Id = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text='PKS '+os.path.basename(self.powderfile))
2571                data = ['PKS',wave,0.0]
2572                names = ['Type','Lam','Zero'] 
2573                codes = [0,0,0]
2574                inst = [G2IO.makeInstDict(names,data,codes),{}]
2575                self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Instrument Parameters'),inst)
2576                self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Comments'),comments)
2577                self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Limits'),[tuple(limits),limits])
2578                self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Index Peak List'),[peaks,[]])
2579                self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Unit Cells List'),[])             
2580                self.PatternTree.Expand(Id)
2581                self.PatternTree.SelectItem(Id)
2582                os.chdir(dlg.GetDirectory())           # to get Mac/Linux to change directory!
2583        finally:
2584            dlg.Destroy()
2585                       
2586    def OnImageRead(self,event):
2587        '''Called to read in an image in any known format. *** Depreciated. ***
2588        '''
2589        G2G.G2MessageBox(self,'Please use the Import/Image/... menu item rather than this','depreciating menu item')
2590
2591    def CheckNotebook(self):
2592        '''Make sure the data tree has the minimally expected controls.
2593        '''
2594        if not G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Notebook'):
2595            sub = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text='Notebook')
2596            self.PatternTree.SetItemPyData(sub,[''])
2597        if not G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Controls'):
2598            sub = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text='Controls')
2599            self.PatternTree.SetItemPyData(sub,copy.copy(G2obj.DefaultControls))
2600        if not G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Covariance'):
2601            sub = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text='Covariance')
2602            self.PatternTree.SetItemPyData(sub,{})
2603        if not G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Constraints'):
2604            sub = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text='Constraints')
2605            self.PatternTree.SetItemPyData(sub,{'Hist':[],'HAP':[],'Phase':[]})
2606        if not G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Restraints'):
2607            sub = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text='Restraints')
2608            self.PatternTree.SetItemPyData(sub,{})
2609        if not G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Rigid bodies'):
2610            sub = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text='Rigid bodies')
2611            self.PatternTree.SetItemPyData(sub,{'Vector':{'AtInfo':{}},
2612                'Residue':{'AtInfo':{}},'RBIds':{'Vector':[],'Residue':[]}})
2613               
2614    class CopyDialog(wx.Dialog):
2615        '''Creates a dialog for copying control settings between
2616        data tree items'''
2617        def __init__(self,parent,title,text,data):
2618            wx.Dialog.__init__(self,parent,-1,title, 
2619                pos=wx.DefaultPosition,style=wx.DEFAULT_DIALOG_STYLE)
2620            self.data = data
2621            panel = wx.Panel(self)
2622            mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
2623            topLabl = wx.StaticText(panel,-1,text)
2624            mainSizer.Add((10,10),1)
2625            mainSizer.Add(topLabl,0,wx.ALIGN_CENTER_VERTICAL|wx.LEFT,10)
2626            mainSizer.Add((10,10),1)
2627            ncols = len(data)/40+1
2628            dataGridSizer = wx.FlexGridSizer(cols=ncols,hgap=2,vgap=2)
2629            for id,item in enumerate(self.data):
2630                ckbox = wx.CheckBox(panel,id,item[1])
2631                ckbox.Bind(wx.EVT_CHECKBOX,self.OnCopyChange)                   
2632                dataGridSizer.Add(ckbox,0,wx.LEFT,10)
2633            mainSizer.Add(dataGridSizer,0,wx.EXPAND)
2634            OkBtn = wx.Button(panel,-1,"Ok")
2635            OkBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnOk)
2636            cancelBtn = wx.Button(panel,-1,"Cancel")
2637            cancelBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnCancel)
2638            btnSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
2639            btnSizer.Add((20,20),1)
2640            btnSizer.Add(OkBtn)
2641            btnSizer.Add((20,20),1)
2642            btnSizer.Add(cancelBtn)
2643            btnSizer.Add((20,20),1)
2644           
2645            mainSizer.Add(btnSizer,0,wx.EXPAND|wx.BOTTOM|wx.TOP, 10)
2646            panel.SetSizer(mainSizer)
2647            panel.Fit()
2648            self.Fit()
2649       
2650        def OnCopyChange(self,event):
2651            id = event.GetId()
2652            self.data[id][0] = self.FindWindowById(id).GetValue()       
2653           
2654        def OnOk(self,event):
2655            parent = self.GetParent()
2656            parent.Raise()
2657            self.EndModal(wx.ID_OK)             
2658           
2659        def OnCancel(self,event):
2660            parent = self.GetParent()
2661            parent.Raise()
2662            self.EndModal(wx.ID_CANCEL)             
2663           
2664        def GetData(self):
2665            return self.data
2666       
2667    class SumDialog(wx.Dialog):
2668        '''Allows user to supply scale factor(s) when summing data -
2669        TODO: CAN WE PREVIEW RESULT HERE?'''
2670        def __init__(self,parent,title,text,dataType,data,dataList):
2671            wx.Dialog.__init__(self,parent,-1,title,size=(400,250),
2672                pos=wx.DefaultPosition,style=wx.DEFAULT_DIALOG_STYLE|wx.RESIZE_BORDER)
2673            self.plotFrame = wx.Frame(self,-1,'Sum Plots',size=wx.Size(700,600), \
2674                style=wx.DEFAULT_FRAME_STYLE ^ wx.CLOSE_BOX)
2675            self.G2plotNB = G2plt.G2PlotNoteBook(self.plotFrame,G2frame=self)
2676            self.data = data
2677            self.dataList = dataList
2678            self.dataType = dataType
2679            size = (400,250)
2680            panel = wxscroll.ScrolledPanel(self, wx.ID_ANY,size=size,
2681                style = wx.TAB_TRAVERSAL|wx.SUNKEN_BORDER)
2682            mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
2683            topLabl = wx.StaticText(panel,-1,text)
2684            mainSizer.Add((10,10),1)
2685            mainSizer.Add(topLabl,0,wx.ALIGN_CENTER_VERTICAL|wx.LEFT,10)
2686            mainSizer.Add((10,10),1)
2687            self.dataGridSizer = wx.FlexGridSizer(cols=2,hgap=2,vgap=2)
2688            for id,item in enumerate(self.data[:-1]):
2689                name = wx.TextCtrl(panel,-1,item[1],size=wx.Size(300,20))
2690                name.SetEditable(False)
2691#        azmthOff = G2G.ValidatedTxtCtrl(G2frame.dataDisplay,data,'azmthOff',nDig=(10,2),typeHint=float,OnLeave=OnAzmthOff)
2692                scale = wx.TextCtrl(panel,id,'%.3f'%(item[0]),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
2693                scale.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,self.OnScaleChange)
2694                scale.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,self.OnScaleChange)
2695                self.dataGridSizer.Add(scale,0,wx.LEFT,10)
2696                self.dataGridSizer.Add(name,0,wx.RIGHT,10)
2697            if self.dataType:
2698                self.dataGridSizer.Add(wx.StaticText(panel,-1,'Sum result name: '+self.dataType),0, \
2699                    wx.LEFT|wx.TOP|wx.ALIGN_CENTER_VERTICAL,10)
2700                self.name = wx.TextCtrl(panel,-1,self.data[-1],size=wx.Size(300,20),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
2701                self.name.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,self.OnNameChange)
2702                self.name.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,self.OnNameChange)
2703                self.dataGridSizer.Add(self.name,0,wx.RIGHT|wx.TOP,10)
2704                self.dataGridSizer.Add(wx.StaticText(panel,label='All scales value: '),0,  \
2705                    wx.LEFT|wx.TOP|wx.ALIGN_CENTER_VERTICAL,10)
2706#        azmthOff = G2G.ValidatedTxtCtrl(G2frame.dataDisplay,data,'azmthOff',nDig=(10,2),typeHint=float,OnLeave=OnAzmthOff)
2707                allScale = wx.TextCtrl(panel,value='',style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
2708                allScale.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,self.OnAllScale)
2709                allScale.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,self.OnAllScale)
2710                self.dataGridSizer.Add(allScale,0,WACV)
2711            mainSizer.Add(self.dataGridSizer,0,wx.EXPAND)
2712            TestBtn = wx.Button(panel,-1,"Test")
2713            TestBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnTest)
2714            OkBtn = wx.Button(panel,-1,"Ok")
2715            OkBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnOk)
2716            cancelBtn = wx.Button(panel,-1,"Cancel")
2717            cancelBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnCancel)
2718            btnSizer = wx.FlexGridSizer(0,3,10,20)
2719            if self.dataType =='PWDR':  btnSizer.Add(TestBtn)
2720            btnSizer.Add(OkBtn)
2721            btnSizer.Add(cancelBtn)
2722           
2723            panel.SetSizer(mainSizer)
2724            panel.SetAutoLayout(1)
2725            panel.SetupScrolling()
2726            mainSizer.Add((10,10),1)
2727            mainSizer.Add(btnSizer,0,wx.CENTER)
2728            panel.SetSizer(mainSizer)
2729            panel.Fit()
2730            self.Fit()
2731
2732        def OnScaleChange(self,event):
2733            event.Skip()
2734            id = event.GetId()
2735            value = self.FindWindowById(id).GetValue()
2736            try:
2737                self.data[id][0] = float(value)
2738                self.FindWindowById(id).SetValue('%.3f'%(self.data[id][0]))
2739            except ValueError:
2740                if value and '-' not in value[0]:
2741                    print 'bad input - numbers only'
2742                    self.FindWindowById(id).SetValue('0.000')
2743                   
2744        def OnAllScale(self,event):
2745            event.Skip()
2746            id = event.GetId()
2747            try:
2748                scale = float(self.FindWindowById(id).GetValue())
2749                self.FindWindowById(id).SetValue('%.3f'%(scale))
2750                entries = self.dataGridSizer.GetChildren()
2751                for i,item in enumerate(self.data[:-1]):
2752                    item[0] = scale
2753                    entries[2*i].GetWindow().SetValue('%.3f'%(scale))
2754                 
2755            except ValueError:
2756                print 'bad input - numbers only'
2757                self.FindWindowById(id).SetValue('')
2758                   
2759           
2760        def OnNameChange(self,event):
2761            event.Skip()
2762            self.data[-1] = self.name.GetValue()
2763           
2764        def OnTest(self,event):
2765            lenX = 0
2766            Xminmax = [0,0]
2767            XY = []
2768            Xsum = []
2769            Ysum = []
2770            Vsum = []
2771            result = self.data
2772            for i,item in enumerate(result[:-1]):
2773                scale,name = item
2774                data = self.dataList[i]
2775                if scale:
2776                    x,y,w,yc,yb,yd = data   #numpy arrays!
2777                    XY.append([x,scale*y])
2778                    v = 1./w
2779                    if lenX:
2780                        if lenX != len(x):
2781                            self.ErrorDialog('Data length error','Data to be summed must have same number of points'+ \
2782                                '\nExpected:'+str(lenX)+ \
2783                                '\nFound:   '+str(len(x))+'\nfor '+name)
2784                            self.OnCancel(event)
2785                    else:
2786                        lenX = len(x)
2787                    if Xminmax[1]:
2788                        if Xminmax != [x[0],x[-1]]:
2789                            self.ErrorDialog('Data range error','Data to be summed must span same range'+ \
2790                                '\nExpected:'+str(Xminmax[0])+' '+str(Xminmax[1])+ \
2791                                '\nFound:   '+str(x[0])+' '+str(x[-1])+'\nfor '+name)
2792                            self.OnCancel(event)
2793                        else:
2794                            for j,yi in enumerate(y):
2795                                 Ysum[j] += scale*yi
2796                                 Vsum[j] += abs(scale)*v[j]
2797                    else:
2798                        Xminmax = [x[0],x[-1]]
2799                        Xsum = x
2800                        Ysum = scale*y
2801                        Vsum = abs(scale*v)
2802            Wsum = 1./np.array(Vsum)
2803            YCsum = np.zeros(lenX)
2804            YBsum = np.zeros(lenX)
2805            YDsum = np.zeros(lenX)
2806            XY.append([Xsum,Ysum])
2807            self.result = [Xsum,Ysum,Wsum,YCsum,YBsum,YDsum]
2808            G2plt.PlotXY(self,XY,lines=True,Title='Sum:'+self.data[-1],labelY='Intensity',)
2809            self.plotFrame.Show()
2810           
2811           
2812        def OnOk(self,event):
2813            if self.dataType == 'PWDR': self.OnTest(event)
2814            parent = self.GetParent()
2815            parent.Raise()
2816            self.EndModal(wx.ID_OK)             
2817           
2818        def OnCancel(self,event):
2819            parent = self.GetParent()
2820            parent.Raise()
2821            self.EndModal(wx.ID_CANCEL)             
2822           
2823        def GetData(self):
2824            if self.dataType == 'PWDR':
2825                return self.data,self.result
2826            else:
2827                return self.data
2828                       
2829    def OnPwdrSum(self,event):
2830        'Sum together powder data(?)'
2831        TextList = []
2832        DataList = []
2833        Names = []
2834        Inst = None
2835        Comments = ['Sum equals: \n']
2836        if self.PatternTree.GetCount():
2837            item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
2838            while item:
2839                name = self.PatternTree.GetItemText(item)
2840                Names.append(name)
2841                if 'PWDR' in name:
2842                    TextList.append([0.0,name])
2843                    DataList.append(self.PatternTree.GetItemPyData(item)[1])    # (x,y,w,yc,yb,yd)
2844                    if not Inst:
2845                        Inst = self.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(self,item, 'Instrument Parameters'))
2846                item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)
2847            if len(TextList) < 2:
2848                self.ErrorDialog('Not enough data to sum','There must be more than one "PWDR" pattern')
2849                return
2850            TextList.append('default_sum_name')               
2851            dlg = self.SumDialog(self,'Sum data','Enter scale for each pattern in summation','PWDR',TextList,DataList)
2852            try:
2853                if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
2854                    result,sumData = dlg.GetData()
2855                    Xsum,Ysum,Wsum,YCsum,YBsum,YDsum = sumData
2856                    Xminmax = [Xsum[0],Xsum[-1]]
2857                    outname = 'PWDR '+result[-1]
2858                    Id = 0
2859                    if outname in Names:
2860                        dlg2 = wx.MessageDialog(self,'Overwrite data?','Duplicate data name',wx.OK|wx.CANCEL)
2861                        try:
2862                            if dlg2.ShowModal() == wx.ID_OK:
2863                                Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,name)
2864                                self.PatternTree.Delete(Id)
2865                        finally:
2866                            dlg2.Destroy()
2867                    Id = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text=outname)
2868                    if Id:
2869                        Sample = G2pdG.SetDefaultSample()
2870                        Ymax = np.max(Ysum)
2871                        valuesdict = {
2872                            'wtFactor':1.0,
2873                            'Dummy':False,
2874                            'ranId':ran.randint(0,sys.maxint),
2875                            'Offset':[0.0,0.0],'delOffset':0.02*Ymax,'refOffset':-.1*Ymax,'refDelt':0.1*Ymax,
2876                            'qPlot':False,'dPlot':False,'sqrtPlot':False
2877                            }
2878                        self.PatternTree.SetItemPyData(Id,[valuesdict,[np.array(Xsum),np.array(Ysum),np.array(Wsum),
2879                            np.array(YCsum),np.array(YBsum),np.array(YDsum)]])
2880                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Comments'),Comments)                   
2881                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Limits'),[tuple(Xminmax),Xminmax])
2882                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Background'),[['chebyschev',True,3,1.0,0.0,0.0],
2883                            {'nDebye':0,'debyeTerms':[],'nPeaks':0,'peaksList':[]}])
2884                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Instrument Parameters'),Inst)
2885                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Sample Parameters'),Sample)
2886                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Peak List'),{'peaks':[],'sigDict':{}})
2887                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Index Peak List'),[[],[]])
2888                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Unit Cells List'),[])             
2889                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Reflection Lists'),{})             
2890                        self.PatternTree.SelectItem(Id)
2891                        self.PatternTree.Expand(Id)
2892            finally:
2893                dlg.Destroy()
2894
2895    def OnImageSum(self,event):
2896        'Sum together image data'
2897        TextList = []
2898        DataList = []
2899        Names = []
2900        Comments = ['Sum equals: \n']
2901        if self.PatternTree.GetCount():
2902            item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
2903            while item:
2904                name = self.PatternTree.GetItemText(item)
2905                Names.append(name)
2906                if 'IMG' in name:
2907                    TextList.append([0.0,name])
2908                    DataList.append(self.PatternTree.GetImageLoc(item))        #Size,Image,Tag
2909                    Data = self.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(self,item,'Image Controls'))
2910                item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)
2911            if len(TextList) < 2:
2912                self.ErrorDialog('Not enough data to sum','There must be more than one "IMG" pattern')
2913                return
2914            TextList.append('default_sum_name')               
2915            dlg = self.SumDialog(self,'Sum data','Enter scale for each image in summation','IMG',TextList,DataList)
2916            try:
2917                if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
2918                    imSize = 0
2919                    result = dlg.GetData()
2920                    First = True
2921                    Found = False
2922                    for i,item in enumerate(result[:-1]):
2923                        scale,name = item
2924                        if scale:
2925                            Found = True                               
2926                            Comments.append("%10.3f %s" % (scale,' * '+name))
2927                            Npix,imagefile,imagetag = DataList[i]
2928                            imagefile = G2IO.CheckImageFile(self,imagefile)
2929                            image = G2IO.GetImageData(self,imagefile,imageOnly=True,ImageTag=imagetag)
2930                            if First:
2931                                newImage = np.zeros_like(image)
2932                                First = False
2933                            if imSize:
2934                                if imSize != Npix:
2935                                    self.ErrorDialog('Image size error','Images to be summed must be same size'+ \
2936                                        '\nExpected:'+str(imSize)+ \
2937                                        '\nFound:   '+str(Npix)+'\nfor '+name)
2938                                    return
2939                                newImage = newImage+scale*image
2940                            else:
2941                                imSize = Npix
2942                                newImage = newImage+scale*image
2943                            del(image)
2944                    if not Found:
2945                        self.ErrorDialog('Image sum error','No nonzero image multipliers found')
2946                        return
2947                       
2948                       
2949                    newImage = np.array(newImage,dtype=np.int32)                       
2950                    outname = 'IMG '+result[-1]
2951                    Id = 0
2952                    if outname in Names:
2953                        dlg2 = wx.MessageDialog(self,'Overwrite data?','Duplicate data name',wx.OK|wx.CANCEL)
2954                        try:
2955                            if dlg2.ShowModal() == wx.ID_OK:
2956                                Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,name)
2957                        finally:
2958                            dlg2.Destroy()
2959                    else:
2960                        Id = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text=outname)
2961                    if Id:
2962                        pth = G2G.GetExportPath(self)
2963                        dlg = wx.FileDialog(self, 'Choose sum image filename', pth,outname.split('IMG ')[1], 
2964                            'G2img files (*.G2img)|*.G2img', 
2965                            wx.SAVE|wx.FD_OVERWRITE_PROMPT)
2966                        if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
2967                            newimagefile = dlg.GetPath()
2968                            newimagefile = G2IO.FileDlgFixExt(dlg,newimagefile)
2969                            G2IO.PutG2Image(newimagefile,Comments,Data,Npix,newImage)
2970                            Imax = np.amax(newImage)
2971                            Imin = np.amin(newImage)
2972                            newImage = []
2973                            self.PatternTree.SetItemPyData(Id,[imSize,newimagefile])
2974                            self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Comments'),Comments)
2975                        del(newImage)
2976                        if self.imageDefault:
2977                            Data = copy.copy(self.imageDefault)
2978                        Data['formatName'] = 'GSAS-II image'
2979                        Data['showLines'] = True
2980                        Data['ring'] = []
2981                        Data['rings'] = []
2982                        Data['cutoff'] = 10
2983                        Data['pixLimit'] = 20
2984                        Data['ellipses'] = []
2985                        Data['calibrant'] = ''
2986                        Data['range'] = [(Imin,Imax),[Imin,Imax]]
2987                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Image Controls'),Data)                                           
2988                        Masks = {'Points':[],'Rings':[],'Arcs':[],'Polygons':[],'Frames':[],'Thresholds':[(Imin,Imax),[Imin,Imax]]}
2989                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Masks'),Masks)
2990                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Stress/Strain'),
2991                            {'Type':'True','d-zero':[],'Sample phi':0.0,'Sample z':0.0,'Sample load':0.0})
2992                        self.PatternTree.SelectItem(Id)
2993                        self.PatternTree.Expand(Id)
2994                        self.PickId = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,outname)
2995                        self.Image = self.PickId
2996            finally:
2997                dlg.Destroy()
2998                     
2999    def OnAddPhase(self,event):
3000        'Add a new, empty phase to the tree. Called by Data/Add Phase menu'
3001        if not G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases'):
3002            sub = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text='Phases')
3003        else:
3004            sub = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases')
3005        PhaseName = ''
3006        dlg = wx.TextEntryDialog(None,'Enter a name for this phase','Phase Name Entry','New phase',
3007            style=wx.OK)
3008        if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
3009            PhaseName = dlg.GetValue()
3010        dlg.Destroy()
3011        sub = self.PatternTree.AppendItem(parent=sub,text=PhaseName)
3012        E,SGData = G2spc.SpcGroup('P 1')
3013        self.PatternTree.SetItemPyData(sub,G2IO.SetNewPhase(Name=PhaseName,SGData=SGData))
3014        G2gd.SelectDataTreeItem(self,sub) #bring up new phase General tab
3015       
3016    def OnDeletePhase(self,event):
3017        'Delete a phase from the tree. Called by Data/Delete Phase menu'
3018        #Hmm, also need to delete this phase from Reflection Lists for each PWDR histogram
3019        if self.dataFrame:
3020            self.dataFrame.Clear() 
3021        TextList = []
3022        DelList = []
3023        DelItemList = []
3024        if G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases'):
3025            sub = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases')
3026        else:
3027            return
3028        if sub:
3029            item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(sub)
3030            while item:
3031                TextList.append(self.PatternTree.GetItemText(item))
3032                item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(sub, cookie)               
3033            dlg = wx.MultiChoiceDialog(self, 'Which phase to delete?', 'Delete phase', TextList, wx.CHOICEDLG_STYLE)
3034            try:
3035                if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
3036                    result = dlg.GetSelections()
3037                    for i in result: DelList.append([i,TextList[i]])
3038                    item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(sub)
3039                    i = 0
3040                    while item:
3041                        if [i,self.PatternTree.GetItemText(item)] in DelList: DelItemList.append(item)
3042                        item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(sub, cookie)
3043                        i += 1
3044                    for item in DelItemList:
3045                        name = self.PatternTree.GetItemText(item)
3046                        self.PatternTree.Delete(item)
3047                        self.G2plotNB.Delete(name)
3048                    item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
3049                    while item:
3050                        name = self.PatternTree.GetItemText(item)
3051                        if 'PWDR' in name:
3052                            Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,item, 'Reflection Lists')
3053                            refList = self.PatternTree.GetItemPyData(Id)
3054                            if len(refList):
3055                                for i,item in DelList:
3056                                    if item in refList:
3057                                        del(refList[item])
3058#                            self.PatternTree.SetItemPyData(Id,refList)
3059                        elif 'HKLF' in name:
3060                            data = self.PatternTree.GetItemPyData(item)
3061                            data[0] = {}
3062#                            self.PatternTree.SetItemPyData(item,data)
3063                           
3064                        item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)
3065            finally:
3066                dlg.Destroy()
3067               
3068    def OnRenameData(self,event):
3069        'Renames an existing phase. Called by Data/Rename Phase menu'
3070        name = self.PatternTree.GetItemText(self.PickId)     
3071        if 'PWDR' in name or 'HKLF' in name or 'IMG' in name:
3072            if 'Bank' in name:
3073                names = name.split('Bank')
3074                names[1] = ' Bank'+names[1]
3075            elif 'Azm' in name:
3076                names = name.split('Azm')
3077                names[1] = ' Azm'+names[1]
3078            else:
3079                names = [name,'']
3080            dataType = names[0][:names[0].index(' ')+1]                 #includes the ' '
3081            dlg = wx.TextEntryDialog(self,'Data name: '+name,'Change data name',
3082                defaultValue=names[0][names[0].index(' ')+1:])
3083            try:
3084                if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
3085                    name = dataType+dlg.GetValue()+names[1]
3086                    self.PatternTree.SetItemText(self.PickId,name)
3087            finally:
3088                dlg.Destroy()
3089       
3090    def GetFileList(self,fileType,skip=None):        #potentially useful?
3091        'Appears unused. Note routine of same name in GSASIIpwdGUI'
3092        fileList = []
3093        Source = ''
3094        id, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
3095        while id:
3096            name = self.PatternTree.GetItemText(id)
3097            if fileType in name:
3098                if id == skip:
3099                    Source = name
3100                else:
3101                    fileList.append([False,name,id])
3102            id, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)
3103        if skip:
3104            return fileList,Source
3105        else:
3106            return fileList
3107           
3108    def OnDataDelete(self, event):
3109        '''Delete one or more histograms from data tree. Called by the
3110        Data/DeleteData menu
3111        '''
3112        TextList = []
3113        DelList = []
3114        DelItemList = []
3115        nItems = {'PWDR':0,'SASD':0,'IMG':0,'HKLF':0,'PDF':0}
3116        if self.PatternTree.GetCount():
3117            item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
3118            while item:
3119                name = self.PatternTree.GetItemText(item)
3120                if name not in ['Notebook','Controls','Covariance','Constraints',
3121                    'Restraints','Phases','Rigid bodies'] or 'Sequential' not in name:
3122                    if 'PWDR' in name: nItems['PWDR'] += 1
3123                    if 'SASD' in name: nItems['SASD'] += 1
3124                    if 'IMG' in name:  nItems['IMG'] += 1
3125                    if 'HKLF' in name: nItems['HKLF'] += 1
3126                    if 'PDF' in name:  nItems['PDF'] += 1
3127                    TextList.append(name)
3128                item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)
3129            dlg = G2G.G2MultiChoiceDialog(self, 'Which data to delete?', 'Delete data', TextList, wx.CHOICEDLG_STYLE)
3130            try:
3131                if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
3132                    result = dlg.GetSelections()
3133                    for i in result: DelList.append(TextList[i])
3134                    item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
3135                    while item:
3136                        itemName = self.PatternTree.GetItemText(item)
3137                        if itemName in DelList:
3138                            if 'PWDR' in itemName: nItems['PWDR'] -= 1
3139                            elif 'SASD' in itemName: nItems['SASD'] -= 1
3140                            elif 'IMG' in itemName: nItems['IMG'] -= 1
3141                            elif 'HKLF' in itemName: nItems['HKLF'] -= 1
3142                            elif 'PDF' in itemName: nItems['PDF'] -= 1
3143                            DelItemList.append(item)
3144                        item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)
3145                    for item in DelItemList:
3146                        self.PatternTree.Delete(item)
3147                    self.PickId = 0
3148                    self.PickIdText = None
3149                    self.PatternId = 0
3150                    if nItems['PWDR']:
3151                        wx.CallAfter(G2plt.PlotPatterns,self,True)
3152                    else:
3153                        self.G2plotNB.Delete('Powder Patterns')
3154                    if not nItems['IMG']:
3155                        self.G2plotNB.Delete('2D Powder Image')
3156                    if not nItems['HKLF']:
3157                        self.G2plotNB.Delete('Structure Factors')
3158                        if '3D Structure Factors' in self.G2plotNB.plotList:
3159                            self.G2plotNB.Delete('3D Structure Factors')
3160            finally:
3161                dlg.Destroy()
3162
3163    def OnFileOpen(self, event, filename=None):
3164        '''Gets a GSAS-II .gpx project file in response to the
3165        File/Open Project menu button
3166        '''
3167        result = wx.ID_OK
3168        self.EnablePlot = False
3169        if self.PatternTree.GetChildrenCount(self.root,False):
3170            if self.dataFrame:
3171                self.dataFrame.Clear() 
3172            dlg = wx.MessageDialog(
3173                self,
3174                'Do you want to overwrite the current project? '+
3175                'Any unsaved changes in current project will be lost. Press OK to continue.',
3176                'Overwrite?',  wx.OK | wx.CANCEL)
3177            try:
3178                result = dlg.ShowModal()
3179                if result == wx.ID_OK:
3180                    self.PatternTree.DeleteChildren(self.root)
3181                    self.GSASprojectfile = ''
3182                    self.HKL = []
3183                    if self.G2plotNB.plotList:
3184                        self.G2plotNB.clear()
3185            finally:
3186                dlg.Destroy()
3187        if result != wx.ID_OK: return
3188
3189        if not filename:
3190            if self.dataDisplay: self.dataDisplay.Destroy()
3191            if self.LastGPXdir:
3192                pth = self.LastGPXdir
3193            else:
3194                pth = '.'
3195            dlg = wx.FileDialog(self, 'Choose GSAS-II project file', pth, 
3196                wildcard='GSAS-II project file (*.gpx)|*.gpx',style=wx.OPEN)
3197            try:
3198                if dlg.ShowModal() != wx.ID_OK: return
3199                self.GSASprojectfile = dlg.GetPath()
3200                self.GSASprojectfile = G2IO.FileDlgFixExt(dlg,self.GSASprojectfile)
3201                self.dirname = dlg.GetDirectory()
3202            finally:
3203                dlg.Destroy()
3204        else:
3205            self.GSASprojectfile = os.path.splitext(filename)[0]+'.gpx'
3206            self.dirname = os.path.split(filename)[0]
3207
3208        try:
3209            self.StartProject()         #open the file if possible
3210        except:
3211            print '\nError opening file ',filename
3212            import traceback
3213            print traceback.format_exc()
3214       
3215    def StartProject(self):
3216        '''Opens a GSAS-II project file & selects the 1st available data set to
3217        display (PWDR, HKLF or SASD)
3218        '''
3219       
3220        Id = 0
3221        phaseId = None
3222        G2IO.ProjFileOpen(self)
3223        self.PatternTree.SetItemText(self.root,'Loaded Data: '+self.GSASprojectfile)
3224        self.PatternTree.Expand(self.root)
3225        self.HKL = []
3226        item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
3227        while item and not Id:
3228            name = self.PatternTree.GetItemText(item)
3229            if name[:4] in ['PWDR','HKLF','IMG ','PDF ','SASD',]:
3230                Id = item
3231            elif name == "Phases":
3232                phaseId = item
3233            elif name == 'Controls':
3234                data = self.PatternTree.GetItemPyData(item)
3235                if data:
3236                    for item in self.Refine: item.Enable(True)
3237                    self.EnableSeqRefineMenu()
3238            item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)
3239        if phaseId: # show all phases
3240            self.PatternTree.Expand(phaseId)
3241        if Id:
3242            self.EnablePlot = True
3243            self.PatternTree.SelectItem(Id)
3244            self.PatternTree.Expand(Id)
3245        elif phaseId:
3246            self.PatternTree.SelectItem(phaseId)
3247        self.CheckNotebook()
3248        if self.dirname: os.chdir(self.dirname)           # to get Mac/Linux to change directory!
3249        pth = os.path.split(os.path.abspath(self.GSASprojectfile))[0]
3250        if GSASIIpath.GetConfigValue('Save_paths'): G2G.SaveGPXdirectory(pth)
3251        self.LastGPXdir = pth
3252
3253    def OnFileClose(self, event):
3254        '''Clears the data tree in response to the
3255        File/New Project menu button. User is given option to save
3256        the project.
3257        '''
3258        if self.dataFrame:
3259            self.dataFrame.Clear()
3260            self.dataFrame.SetLabel('GSAS-II data display') 
3261        dlg = wx.MessageDialog(self, 'Save current project?', ' ', wx.YES | wx.NO | wx.CANCEL)
3262        try:
3263            result = dlg.ShowModal()
3264            if result == wx.ID_OK:
3265                self.OnFileSaveMenu(event)
3266            if result != wx.ID_CANCEL:
3267                self.GSASprojectfile = ''
3268                self.PatternTree.SetItemText(self.root,'Loaded Data: ')
3269                self.PatternTree.DeleteChildren(self.root)
3270                if self.HKL: self.HKL = []
3271                if self.G2plotNB.plotList:
3272                    self.G2plotNB.clear()
3273        finally:
3274            dlg.Destroy()
3275
3276    def OnFileSave(self, event):
3277        '''Save the current project in response to the
3278        File/Save Project menu button
3279        '''
3280       
3281        if self.GSASprojectfile: 
3282            self.PatternTree.SetItemText(self.root,'Loaded Data: '+self.GSASprojectfile)
3283            self.CheckNotebook()
3284            G2IO.ProjFileSave(self)
3285        else:
3286            self.OnFileSaveas(event)
3287
3288    def OnFileSaveas(self, event):
3289        '''Save the current project in response to the
3290        File/Save as menu button
3291        '''
3292        if GSASIIpath.GetConfigValue('Starting_directory'):
3293            pth = GSASIIpath.GetConfigValue('Starting_directory')
3294            pth = os.path.expanduser(pth) 
3295        elif self.LastGPXdir:
3296            pth = self.LastGPXdir
3297        else:
3298            pth = '.'
3299        dlg = wx.FileDialog(self, 'Choose GSAS-II project file name', pth, '', 
3300            'GSAS-II project file (*.gpx)|*.gpx',wx.FD_SAVE|wx.FD_OVERWRITE_PROMPT)
3301        try:
3302            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
3303                self.GSASprojectfile = dlg.GetPath()
3304                self.GSASprojectfile = G2IO.FileDlgFixExt(dlg,self.GSASprojectfile)
3305                self.PatternTree.SetItemText(self.root,'Saving project as'+self.GSASprojectfile)
3306                self.SetTitle("GSAS-II data tree: "+os.path.split(self.GSASprojectfile)[1])
3307                self.CheckNotebook()
3308                G2IO.ProjFileSave(self)
3309                os.chdir(dlg.GetDirectory())           # to get Mac/Linux to change directory!
3310        finally:
3311            dlg.Destroy()
3312
3313    def ExitMain(self, event):
3314        '''Called if the main window is closed'''
3315        if self.G2plotNB:
3316            self.G2plotNB.Destroy()
3317        if self.dataFrame:
3318            self.dataFrame.Clear() 
3319            self.dataFrame.Destroy()
3320        if self.undofile:
3321            os.remove(self.undofile)
3322        sys.exit()
3323       
3324    def OnFileExit(self, event):
3325        '''Called in response to the File/Quit menu button'''
3326        if self.G2plotNB:
3327            self.G2plotNB.Destroy()
3328        if self.dataFrame:
3329            self.dataFrame.Clear() 
3330            self.dataFrame.Destroy()
3331        self.Close()
3332       
3333    def OnExportPeakList(self,event):
3334        nptand = lambda x: np.tan(x*math.pi/180.)
3335        pth = G2G.GetExportPath(self)
3336        dlg = wx.FileDialog(self, 'Choose output peak list file name', pth, '', 
3337            '(*.*)|*.*',wx.FD_SAVE|wx.FD_OVERWRITE_PROMPT)
3338        try:
3339            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
3340                self.peaklistfile = dlg.GetPath()
3341                self.peaklistfile = G2IO.FileDlgFixExt(dlg,self.peaklistfile)
3342                file = open(self.peaklistfile,'w')               
3343                item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
3344                while item:
3345                    name = self.PatternTree.GetItemText(item)
3346                    if 'PWDR' in name:
3347                        item2, cookie2 = self.PatternTree.GetFirstChild(item)
3348                        wave = 0.0
3349                        while item2:
3350                            name2 = self.PatternTree.GetItemText(item2)
3351                            if name2 == 'Instrument Parameters':
3352                                Inst = self.PatternTree.GetItemPyData(item2)[0]
3353                                Type = Inst['Type'][0]
3354                                if 'T' not in Type:
3355                                    wave = G2mth.getWave(Inst)
3356                            elif name2 == 'Peak List':
3357                                pkdata = self.PatternTree.GetItemPyData(item2)
3358                                peaks = pkdata['peaks']
3359                                sigDict = pkdata['sigDict']
3360                            item2, cookie2 = self.PatternTree.GetNextChild(item, cookie2)                           
3361                        file.write("#%s \n" % (name+' Peak List'))
3362                        if wave:
3363                            file.write('#wavelength = %10.6f\n'%(wave))
3364                        if 'T' in Type:
3365                            file.write('#%9s %10s %10s %12s %10s %10s %10s %10s %10s\n'%('pos','dsp','esd','int','alp','bet','sig','gam','FWHM'))                                   
3366                        else:
3367                            file.write('#%9s %10s %10s %12s %10s %10s %10s\n'%('pos','dsp','esd','int','sig','gam','FWHM'))
3368                        for ip,peak in enumerate(peaks):
3369                            dsp = G2lat.Pos2dsp(Inst,peak[0])
3370                            if 'T' in Type:  #TOF - more cols
3371                                esds = {'pos':0.,'int':0.,'alp':0.,'bet':0.,'sig':0.,'gam':0.}
3372                                for name in esds.keys():
3373                                    esds[name] = sigDict.get('%s%d'%(name,ip),0.)
3374                                sig = np.sqrt(peak[8])
3375                                gam = peak[10]
3376                                esddsp = G2lat.Pos2dsp(Inst,esds['pos'])
3377                                FWHM = G2pwd.getgamFW(gam,sig)      #to get delta-TOF from Gam(peak)
3378                                file.write("%10.2f %10.5f %10.5f %12.2f %10.3f %10.3f %10.3f %10.3f %10.3f\n" % \
3379                                    (peak[0],dsp,esddsp,peak[2],np.sqrt(max(0.0001,peak[4])),peak[6],peak[8],peak[10],FWHM))
3380                            else:               #CW
3381                                #get esds from sigDict for each peak & put in output - esds for sig & gam from UVWXY?
3382                                esds = {'pos':0.,'int':0.,'sig':0.,'gam':0.}
3383                                for name in esds.keys():
3384                                    esds[name] = sigDict.get('%s%d'%(name,ip),0.)
3385                                sig = np.sqrt(peak[4]) #var -> sig
3386                                gam = peak[6]
3387                                esddsp = 0.5*esds['pos']*dsp/nptand(peak[0]/2.)
3388                                FWHM = G2pwd.getgamFW(gam,sig)      #to get delta-2-theta in deg. from Gam(peak)
3389                                file.write("%10.4f %10.5f %10.5f %12.2f %10.5f %10.5f %10.5f \n" % \
3390                                    (peak[0],dsp,esddsp,peak[2],np.sqrt(max(0.0001,peak[4]))/100.,peak[6]/100.,FWHM/100.)) #convert to deg
3391                    item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)                           
3392                file.close()
3393        finally:
3394            dlg.Destroy()
3395       
3396    def OnExportHKL(self,event):
3397        pth = G2G.GetExportPath(self)
3398        dlg = wx.FileDialog(self, 'Choose output reflection list file name', pth, '', 
3399            '(*.*)|*.*',wx.FD_SAVE|wx.FD_OVERWRITE_PROMPT)
3400        try:
3401            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
3402                self.peaklistfile = dlg.GetPath()
3403                self.peaklistfile = G2IO.FileDlgFixExt(dlg,self.peaklistfile)
3404                file = open(self.peaklistfile,'w')               
3405                item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
3406                while item:
3407                    name = self.PatternTree.GetItemText(item)
3408                    if 'PWDR' in name:
3409                        item2, cookie2 = self.PatternTree.GetFirstChild(item)
3410                        while item2:
3411                            name2 = self.PatternTree.GetItemText(item2)
3412                            if name2 == 'Reflection Lists':
3413                                data = self.PatternTree.GetItemPyData(item2)
3414                                phases = data.keys()
3415                                for phase in phases:
3416                                    peaks = data[phase]
3417                                    file.write("%s %s %s \n" % (name,phase,' Reflection List'))
3418                                    if 'T' in peaks.get('Type','PXC'):
3419                                        file.write('%s \n'%('   h   k   l   m    d-space     TOF         wid        F**2'))
3420                                    else:               
3421                                        file.write('%s \n'%('   h   k   l   m    d-space   2-theta       wid        F**2'))
3422                                    for peak in peaks['RefList']:
3423                                        if 'T' in peaks.get('Type','PXC'):
3424                                            sig = np.sqrt(peak[6])
3425                                            gam = peak[7]
3426                                            FWHM = G2pwd.getgamFW(gam,sig)
3427                                            file.write(" %3d %3d %3d %3d %10.5f %10.2f %10.5f %10.3f \n" % \
3428                                                (int(peak[0]),int(peak[1]),int(peak[2]),int(peak[3]),peak[4],peak[5],FWHM,peak[8]))
3429                                        else:
3430                                            sig = np.sqrt(peak[6])
3431                                            gam = peak[7]
3432                                            FWHM = G2pwd.getgamFW(gam,sig)
3433                                            file.write(" %3d %3d %3d %3d %10.5f %10.5f %10.5f %10.3f \n" % \
3434                                                (int(peak[0]),int(peak[1]),int(peak[2]),int(peak[3]),peak[4],peak[5],FWHM/100.,peak[8]))
3435                            item2, cookie2 = self.PatternTree.GetNextChild(item, cookie2)                           
3436                    item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)                           
3437                file.close()
3438        finally:
3439            dlg.Destroy()
3440       
3441    def OnExportPDF(self,event):
3442        #need S(Q) and G(R) to be saved here - probably best from selection?
3443        names = ['All']
3444        exports = []
3445        item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
3446        while item:
3447            name = self.PatternTree.GetItemText(item)
3448            if 'PDF' in name:
3449                names.append(name)
3450            item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)
3451        if names:
3452            dlg = wx.MultiChoiceDialog(self,'Select','PDF patterns to export',names)
3453            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
3454                sel = dlg.GetSelections()
3455                if sel[0] == 0:
3456                    exports = names[1:]
3457                else:
3458                    for x in sel:
3459                        exports.append(names[x])
3460            dlg.Destroy()
3461        if exports:
3462            G2IO.PDFSave(self,exports)
3463       
3464    def OnMakePDFs(self,event):
3465        '''Sets up PDF data structure filled with defaults; if found chemical formula is inserted
3466        so a default PDF can be made.
3467        '''
3468        sind = lambda x: math.sin(x*math.pi/180.)
3469        tth2q = lambda t,w:4.0*math.pi*sind(t/2.0)/w
3470        tof2q = lambda t,C:2.0*math.pi*C/t
3471        TextList = []
3472        ElLists = []
3473        Qlimits = []
3474        Names = []
3475        if self.PatternTree.GetCount():
3476            id, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
3477            while id:
3478                name = self.PatternTree.GetItemText(id)
3479                Names.append(name)
3480                if 'PWDR' in name:
3481                    TextList.append(name)
3482                    Comments = self.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(self,id,'Comments'))
3483                    Parms = self.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(self,id,'Instrument Parameters'))[0]
3484                    fullLimits = self.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(self,id,'Limits'))[0]
3485                    if 'C' in Parms['Type'][0]:
3486                        wave = G2mth.getWave(Parms)
3487                        qMax = tth2q(fullLimits[1],wave)
3488                    else:   #'T'of
3489                        qMax = tof2q(fullLimits[0],Parms['difC'][1])
3490                    Qlimits.append([0.9*qMax,qMax])
3491                    ElList = {}
3492                    for item in Comments:           #grab chemical formula from Comments
3493                        if 'formula' in item[:15].lower():
3494                            formula = item.split('=')[1].split()
3495                            elems = formula[::2]
3496                            nums = formula[1::2]
3497                            formula = zip(elems,nums)
3498                            for [elem,num] in formula:
3499                                ElData = G2elem.GetElInfo(elem,Parms)
3500                                ElData['FormulaNo'] = float(num)
3501                                ElList[elem] = ElData
3502                    ElLists.append(ElList)
3503                id, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)
3504            if len(TextList) < 1:
3505                self.ErrorDialog('Nothing to make PDFs for','There must be at least one "PWDR" pattern')
3506                return
3507            dlg = G2G.G2MultiChoiceDialog(self,'Make PDF controls','Make PDF controls for:',TextList, wx.CHOICEDLG_STYLE)
3508            try:
3509                if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
3510                    for i in dlg.GetSelections():
3511                        item = TextList[i]
3512                        ElList = ElLists[i]
3513                        PWDRname = item[4:]
3514                        Id = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text='PDF '+PWDRname)
3515                        Data = {
3516                            'Sample':{'Name':item,'Mult':1.0,'Add':0.0},
3517                            'Sample Bkg.':{'Name':'','Mult':-1.0,'Add':0.0},
3518                            'Container':{'Name':'','Mult':-1.0,'Add':0.0},
3519                            'Container Bkg.':{'Name':'','Mult':-1.0,'Add':0.0},'ElList':ElList,
3520                            'Geometry':'Cylinder','Diam':1.0,'Pack':0.50,'Form Vol':10.0,
3521                            'DetType':'Image plate','ObliqCoeff':0.2,'Ruland':0.025,'QScaleLim':Qlimits[i],
3522                            'Lorch':False,'BackRatio':0.0,'Rmax':100.,'noRing':False,'IofQmin':1.0}
3523                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='PDF Controls'),Data)
3524                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='I(Q)'+PWDRname),[])       
3525                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='S(Q)'+PWDRname),[])       
3526                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='F(Q)'+PWDRname),[])       
3527                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='G(R)'+PWDRname),[])       
3528                for item in self.ExportPDF: item.Enable(True)
3529            finally:
3530                dlg.Destroy()
3531               
3532    def GetPWDRdatafromTree(self,PWDRname):
3533        ''' Returns powder data from GSASII tree
3534
3535        :param str PWDRname: a powder histogram name as obtained from
3536          :meth:`GSASIIstruct.GetHistogramNames`
3537
3538        :returns: PWDRdata = powder data dictionary with
3539          Powder data arrays, Limits, Instrument Parameters,
3540          Sample Parameters           
3541        '''
3542        PWDRdata = {}
3543        try:
3544            PWDRdata.update(self.PatternTree.GetItemPyData(PWDRname)[0])            #wtFactor + ?
3545        except ValueError:
3546            PWDRdata['wtFactor'] = 1.0
3547        PWDRdata['Data'] = self.PatternTree.GetItemPyData(PWDRname)[1]          #powder data arrays
3548        PWDRdata['Limits'] = self.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(self,PWDRname,'Limits'))
3549        PWDRdata['Background'] = self.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(self,PWDRname,'Background'))
3550        PWDRdata['Instrument Parameters'] = self.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(self,PWDRname,'Instrument Parameters'))
3551        PWDRdata['Sample Parameters'] = self.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(self,PWDRname,'Sample Parameters'))
3552        PWDRdata['Reflection Lists'] = self.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(self,PWDRname,'Reflection Lists'))
3553        if 'ranId' not in PWDRdata:  # patch, add a random Id
3554            PWDRdata['ranId'] = ran.randint(0,sys.maxint)
3555        if 'ranId' not in PWDRdata['Sample Parameters']:  # I hope this becomes obsolete at some point
3556            PWDRdata['Sample Parameters']['ranId'] = PWDRdata['ranId']
3557        return PWDRdata
3558
3559    def GetHKLFdatafromTree(self,HKLFname):
3560        ''' Returns single crystal data from GSASII tree
3561
3562        :param str HKLFname: a single crystal histogram name as obtained
3563          from
3564          :meth:`GSASIIstruct.GetHistogramNames`
3565
3566        :returns: HKLFdata = single crystal data list of reflections
3567
3568        '''
3569        HKLFdata = {}
3570        HKLFdata.update(self.PatternTree.GetItemPyData(HKLFname)[0])            #wtFactor + ?
3571#        try:
3572#            HKLFdata.update(self.PatternTree.GetItemPyData(HKLFname)[0])            #wtFactor + ?
3573#        except ValueError:
3574#            HKLFdata['wtFactor'] = 1.0
3575        HKLFdata['Data'] = self.PatternTree.GetItemPyData(HKLFname)[1]
3576        HKLFdata['Instrument Parameters'] = self.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(self,HKLFname,'Instrument Parameters'))
3577        return HKLFdata
3578       
3579    def GetPhaseData(self):
3580        '''Returns a dict with defined phases.
3581        Note routine :func:`GSASIIstrIO.GetPhaseData` also exists to
3582        get same info from GPX file.
3583        '''
3584        phaseData = {}
3585        if G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases'):
3586            sub = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases')
3587        else:
3588            print 'no phases found in GetPhaseData'
3589            sub = None
3590        if sub:
3591            item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(sub)
3592            while item:
3593                phaseName = self.PatternTree.GetItemText(item)
3594                phaseData[phaseName] =  self.PatternTree.GetItemPyData(item)
3595                if 'ranId' not in phaseData[phaseName]:
3596                    phaseData[phaseName]['ranId'] = ran.randint(0,sys.maxint)         
3597                item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(sub, cookie)
3598        return phaseData
3599
3600    def GetPhaseInfofromTree(self):
3601        '''Get the phase names and their rId values,
3602        also the histograms used in each phase.
3603
3604        :returns: (phaseRIdList, usedHistograms) where
3605
3606          * phaseRIdList is a list of random Id values for each phase
3607          * usedHistograms is a dict where the keys are the phase names
3608            and the values for each key are a list of the histogram names
3609            used in each phase.
3610        '''
3611        phaseRIdList = []
3612        usedHistograms = {}
3613        sub = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases')
3614        if sub:
3615            item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(sub)
3616            while item:
3617                phaseName = self.PatternTree.GetItemText(item)
3618                ranId = self.PatternTree.GetItemPyData(item).get('ranId')
3619                if ranId: phaseRIdList.append(ranId)
3620                data = self.PatternTree.GetItemPyData(item)
3621                UseList = data['Histograms']
3622                usedHistograms[phaseName] = UseList.keys()
3623                item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(sub, cookie)
3624        return phaseRIdList,usedHistograms
3625
3626    def GetPhaseNames(self):
3627        '''Returns a list of defined phases.
3628        Note routine :func:`GSASIIstrIO.GetPhaseNames` also exists to
3629        get same info from GPX file.
3630        '''
3631        phaseNames = []
3632        if G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases'):
3633            sub = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases')
3634        else:
3635            print 'no phases found in GetPhaseNames'
3636            sub = None
3637        if sub:
3638            item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(sub)
3639            while item:
3640                phase = self.PatternTree.GetItemText(item)
3641                phaseNames.append(phase)
3642                item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(sub, cookie)
3643        return phaseNames
3644   
3645    def GetHistogramNames(self,hType):
3646        """ Returns a list of histogram names found in the GSASII data tree
3647        Note routine :func:`GSASIIstrIO.GetHistogramNames` also exists to
3648        get same info from GPX file.
3649       
3650        :param str hType: list of histogram types
3651        :return: list of histogram names
3652       
3653        """
3654        HistogramNames = []
3655        if self.PatternTree.GetCount():
3656            item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
3657            while item:
3658                name = self.PatternTree.GetItemText(item)
3659                if name[:4] in hType:
3660                    HistogramNames.append(name)       
3661                item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)               
3662
3663        return HistogramNames
3664                   
3665    def GetUsedHistogramsAndPhasesfromTree(self):
3666        ''' Returns all histograms that are found in any phase
3667        and any phase that uses a histogram.
3668        This also assigns numbers to used phases and histograms by the
3669        order they appear in the file.
3670        Note routine :func:`GSASIIstrIO.GetUsedHistogramsAndPhasesfromTree` also exists to
3671        get same info from GPX file.
3672
3673        :returns: (Histograms,Phases)
3674
3675            * Histograms = dictionary of histograms as {name:data,...}
3676            * Phases = dictionary of phases that use histograms
3677        '''
3678        Histograms = {}
3679        Phases = {}
3680        phaseNames = self.GetPhaseNames()
3681        phaseData = self.GetPhaseData()
3682        histoList = self.GetHistogramNames(['PWDR','HKLF'])
3683
3684        for phase in phaseData:
3685            Phase = phaseData[phase]
3686            pId = phaseNames.index(phase)
3687            Phase['pId'] = pId
3688            if Phase['Histograms']:
3689                if phase not in Phases:
3690                    Phases[phase] = Phase
3691                for hist in Phase['Histograms']:
3692                    if 'Use' not in Phase['Histograms'][hist]:      #patch: add Use flag as True
3693                        Phase['Histograms'][hist]['Use'] = True         
3694                    if hist not in Histograms and Phase['Histograms'][hist]['Use']:
3695                        item = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,hist)
3696                        if item:
3697                            if 'PWDR' in hist[:4]: 
3698                                Histograms[hist] = self.GetPWDRdatafromTree(item)
3699                            elif 'HKLF' in hist[:4]:
3700                                Histograms[hist] = self.GetHKLFdatafromTree(item)
3701                            hId = histoList.index(hist)
3702                            Histograms[hist]['hId'] = hId
3703                        else: # would happen if a referenced histogram were renamed or deleted
3704                            print('For phase "'+str(phase)+
3705                                  '" unresolved reference to histogram "'+str(hist)+'"')
3706        #G2obj.IndexAllIds(Histograms=Histograms,Phases=Phases)
3707        G2obj.IndexAllIds(Histograms=Histograms,Phases=phaseData)
3708        return Histograms,Phases
3709       
3710    def MakeLSParmDict(self):
3711        '''Load all parameters used for computation from the tree into a
3712        dict of paired values [value, refine flag]. Note that this is
3713        different than the parmDict used in the refinement, which only has
3714        values.
3715
3716        Note that similar things are done in
3717        :meth:`GSASIIIO.ExportBaseclass.loadParmDict` (from the tree) and
3718        :func:`GSASIIstrMain.Refine` and :func:`GSASIIstrMain.SeqRefine` (from
3719        a GPX file).
3720
3721        :returns: (parmDict,varyList) where:
3722
3723         * parmDict is a dict with values and refinement flags
3724           for each parameter and
3725         * varyList is a list of variables (refined parameters).
3726        '''
3727        parmDict = {}
3728        Histograms,Phases = self.GetUsedHistogramsAndPhasesfromTree()
3729        for phase in Phases:
3730            if 'pId' not in Phases[phase]:
3731                self.ErrorDialog('View parameter error','You must run least squares at least once')
3732                raise Exception,'No pId for phase '+str(phase)
3733        rigidbodyDict = self.PatternTree.GetItemPyData(   
3734            G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Rigid bodies'))
3735        rbVary,rbDict = G2stIO.GetRigidBodyModels(rigidbodyDict,Print=False)
3736        rbIds = rigidbodyDict.get('RBIds',{'Vector':[],'Residue':[]})
3737        Natoms,atomIndx,phaseVary,phaseDict,pawleyLookup,FFtable,BLtable,MFtable,maxSSwave = G2stIO.GetPhaseData(Phases,RestraintDict=None,rbIds=rbIds,Print=False)       
3738        hapVary,hapDict,controlDict = G2stIO.GetHistogramPhaseData(Phases,Histograms,Print=False)
3739        histVary,histDict,controlDict = G2stIO.GetHistogramData(Histograms,Print=False)
3740        varyList = rbVary+phaseVary+hapVary+histVary
3741        parmDict.update(rbDict)
3742        parmDict.update(phaseDict)
3743        parmDict.update(hapDict)
3744        parmDict.update(histDict)
3745        for parm in parmDict:
3746            if parm.split(':')[-1] in ['Azimuth','Gonio. radius','Lam1','Lam2',
3747                'Omega','Chi','Phi','nDebye','nPeaks']:
3748                parmDict[parm] = [parmDict[parm],'-']
3749            elif parm.split(':')[-2] in ['Ax','Ay','Az','SHmodel','SHord']:
3750                parmDict[parm] = [parmDict[parm],'-']
3751            elif parm in varyList:
3752                parmDict[parm] = [parmDict[parm],'T']
3753            else:
3754                parmDict[parm] = [parmDict[parm],'F']
3755        # for i in parmDict: print i,'\t',parmDict[i]
3756        # fl = open('parmDict.dat','wb')
3757        # import cPickle
3758        # cPickle.dump(parmDict,fl,1)
3759        # fl.close()
3760        return parmDict,varyList
3761
3762    def ShowLSParms(self,event):
3763        '''Displays a window showing all parameters in the refinement.
3764        Called from the Calculate/View LS Parms menu.
3765        '''
3766        parmDict,varyList = self.MakeLSParmDict()
3767        parmValDict = {}
3768        for i in parmDict:
3769            parmValDict[i] = parmDict[i][0]
3770           
3771        reqVaryList = tuple(varyList) # save requested variables
3772        try:
3773            # process constraints
3774            sub = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Constraints') 
3775            Constraints = self.PatternTree.GetItemPyData(sub)
3776            constList = []
3777            for item in Constraints:
3778                if item.startswith('_'): continue
3779                constList += Constraints[item]
3780            G2mv.InitVars()
3781            constrDict,fixedList,ignored = G2stIO.ProcessConstraints(constList)
3782            groups,parmlist = G2mv.GroupConstraints(constrDict)
3783            G2mv.GenerateConstraints(groups,parmlist,varyList,constrDict,fixedList,parmValDict)
3784            G2mv.Map2Dict(parmValDict,varyList)
3785        except:
3786            pass
3787        dlg = G2gd.ShowLSParms(self,'Least Squares Parameters',parmValDict,varyList,reqVaryList)
3788        dlg.ShowModal()
3789        dlg.Destroy()
3790
3791    def OnRefine(self,event):
3792        '''Perform a refinement.
3793        Called from the Calculate/Refine menu.
3794        '''
3795        Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Sequential results')
3796        if Id:
3797            dlg = wx.MessageDialog(
3798                self,
3799                'Your last refinement was sequential. Continue with "Refine", removing previous sequential results?',
3800                'Remove sequential results?',wx.OK|wx.CANCEL)
3801            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
3802                self.PatternTree.Delete(Id)
3803                dlg.Destroy()
3804            else:
3805                dlg.Destroy()
3806                return
3807        self.OnFileSave(event)
3808        # check that constraints are OK here
3809        errmsg, warnmsg = G2stIO.ReadCheckConstraints(self.GSASprojectfile)
3810        if errmsg:
3811            self.ErrorDialog('Refinement error',errmsg)
3812            return
3813        if warnmsg:
3814            print('Conflict between refinment flag settings and constraints:\n'+
3815                warnmsg+'\nRefinement not possible')
3816            self.ErrorDialog('Refinement Flag Error',
3817                'Conflict between refinement flag settings and constraints:\n'+
3818                warnmsg+'\nRefinement not possible')
3819            return
3820        dlg = wx.ProgressDialog('Residual','All data Rw =',101.0, 
3821            style = wx.PD_ELAPSED_TIME|wx.PD_AUTO_HIDE|wx.PD_CAN_ABORT,
3822            parent=self)
3823        Size = dlg.GetSize()
3824        if 50 < Size[0] < 500: # sanity check on size, since this fails w/Win & wx3.0
3825            dlg.SetSize((int(Size[0]*1.2),Size[1])) # increase size a bit along x
3826        dlg.CenterOnParent()
3827        Rw = 100.00
3828        self.SaveTreeSetting()
3829        self.PatternTree.SaveExposedItems()       
3830        try:
3831            OK,Msg = G2stMn.Refine(self.GSASprojectfile,dlg)    #Msg is Rvals dict if Ok=True
3832        finally:
3833            dlg.Update(101.) # forces the Auto_Hide; needed after move w/Win & wx3.0
3834            dlg.Destroy()
3835            wx.Yield()
3836        if OK:
3837            Rw = Msg['Rwp']
3838            lamMax = Msg.get('lamMax',0.001)
3839            text = 'Load new result?'
3840            if lamMax >= 10.:
3841                text += '\nWARNING: Steepest descents dominates;'+   \
3842                ' minimum may not have been reached\nor result may be false minimum.'+  \
3843                ' You should reconsider your parameter suite'
3844            dlg2 = wx.MessageDialog(self,text,'Refinement results, Rw =%.3f'%(Rw),wx.OK|wx.CANCEL)
3845            try:
3846                if dlg2.ShowModal() == wx.ID_OK:
3847                    self.PatternTree.DeleteChildren(self.root)
3848                    self.HKL = []
3849                    G2IO.ProjFileOpen(self,False)
3850                    self.PatternTree.RestoreExposedItems()       
3851                    self.ResetPlots()
3852            finally:
3853                dlg2.Destroy()
3854        else:
3855            self.ErrorDialog('Refinement error',Msg)
3856       
3857    def SaveTreeSetting(self):
3858        'Save the last tree setting'
3859        oldId =  self.PatternTree.GetSelection()        #retain current selection
3860        oldPath = self.GetTreeItemsList(oldId)
3861        self.lastTreeSetting = oldPath
3862        # note that for reasons unclear, it does not seem necessary to reload the Atoms tab
3863        #parentName = ''
3864        #tabId = None
3865        # parentId = self.PatternTree.GetItemParent(oldId)
3866        # if parentId:
3867        #     parentName = self.PatternTree.GetItemText(parentId)     #find the current data tree name
3868        #     if 'Phases' in parentName:
3869        #         tabId = self.dataDisplay.GetSelection()
3870        #self.lastTreeSetting = oldPath,tabId
3871        #GSASIIpath.IPyBreak()
3872       
3873    def TestResetPlot(self,event):
3874        '''Debug code to test cleaning up plots after a refinement'''
3875        #for i in range(self.G2plotNB.nb.GetPageCount()):
3876        #    [self.G2plotNB.nb.GetPageText(i)
3877        # save current tree item and (if needed) atoms tab
3878        self.SaveTreeSetting()
3879        self.ResetPlots()
3880       
3881    def ResetPlots(self):
3882        '''This reloads the current tree item, often drawing a plot. It refreshes any plots
3883        that have registered a refresh routine (see G2plotNB.RegisterRedrawRoutine)
3884        and deletes all plots that have not been refreshed and
3885        require one (see G2plotNB.SetNoDelete).
3886        '''
3887        lastRaisedPlotTab = self.G2plotNB.lastRaisedPlotTab # save the last page saved
3888        #print 'lastRaisedPlotTab=',lastRaisedPlotTab
3889        self.G2plotNB.lastRaisedPlotTab = None
3890        # mark displayed plots as invalid
3891        for lbl,frame in zip(self.G2plotNB.plotList,self.G2plotNB.panelList):
3892            frame.plotInvalid = True
3893        # reload current tree item, triggering the routine to redraw the data window and possibly a plot
3894        #oldPath,tabId = self.lastTreeSetting
3895        oldPath = self.lastTreeSetting
3896        Id = self.root
3897        for txt in oldPath:
3898            Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(self, Id, txt)
3899        self.PickIdText = None  #force reload of page
3900        if Id:
3901            self.PickId = Id
3902            self.PatternTree.SelectItem(Id)
3903        # update other self-updating plots
3904        for lbl,frame in zip(self.G2plotNB.plotList,self.G2plotNB.panelList):
3905            if frame.plotInvalid and frame.replotFunction:
3906                frame.replotFunction(*frame.replotArgs,**frame.replotKWargs)
3907        # delete any remaining plots that are still invalid and need a refresh
3908        for lbl,frame in zip(self.G2plotNB.plotList,self.G2plotNB.panelList):
3909            if frame.plotInvalid and frame.plotRequiresRedraw:
3910                self.G2plotNB.Delete(lbl)
3911        # put the previously last-raised tab on top, if present. If not, use the one corresponding to
3912        # the last tree item to be selected
3913        wx.CallAfter(self.G2plotNB.RaiseLastPage,lastRaisedPlotTab,self.G2plotNB.lastRaisedPlotTab)
3914       
3915    def OnSeqRefine(self,event):
3916        '''Perform a sequential refinement.
3917        Called from the Calculate/Sequential refine menu.
3918        '''
3919        Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Sequential results')
3920        if not Id:
3921            Id = self.PatternTree.AppendItem(self.root,text='Sequential results')
3922            self.PatternTree.SetItemPyData(Id,{})           
3923        Controls = self.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root, 'Controls'))
3924        if not Controls.get('Seq Data'):
3925            print('Error: a sequential refinement has not been set up')
3926            return
3927        Controls['ShowCell'] = True
3928        self.OnFileSave(event)
3929        # check that constraints are OK here
3930        errmsg, warnmsg = G2stIO.ReadCheckConstraints(self.GSASprojectfile)
3931        if errmsg:
3932            self.ErrorDialog('Refinement error',errmsg)
3933            return
3934        if warnmsg:
3935            print('Conflict between refinment flag settings and constraints:\n'+
3936                  warnmsg+'\nRefinement not possible')
3937            self.ErrorDialog('Refinement Flag Error',
3938                             'Conflict between refinment flag settings and constraints:\n'+
3939                             warnmsg+'\nRefinement not possible')
3940            return
3941        self.PatternTree.SaveExposedItems()       
3942        dlg = wx.ProgressDialog('Residual for histogram 0','Powder profile Rwp =',101.0, 
3943            style = wx.PD_ELAPSED_TIME|wx.PD_AUTO_HIDE|wx.PD_CAN_ABORT,
3944            parent=self)           
3945        Size = dlg.GetSize()
3946        if 50 < Size[0] < 500: # sanity check on size, since this fails w/Win & wx3.0
3947            dlg.SetSize((int(Size[0]*1.2),Size[1])) # increase size a bit along x
3948        dlg.CenterOnParent()
3949        try:
3950            OK,Msg = G2stMn.SeqRefine(self.GSASprojectfile,dlg)     #Msg is Rvals dict if Ok=True
3951        finally:
3952            dlg.Update(101.) # forces the Auto_Hide; needed after move w/Win & wx3.0
3953            dlg.Destroy()
3954            wx.Yield()
3955        if OK:
3956            dlg = wx.MessageDialog(self,'Load new result?','Refinement results',wx.OK|wx.CANCEL)
3957            try:
3958                if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
3959                    self.PickIdText = None  #force reload of PickId contents
3960                    self.PatternTree.DeleteChildren(self.root)
3961                    if len(self.HKL): self.HKL = []
3962                    if self.G2plotNB.plotList:
3963                        self.G2plotNB.clear()
3964                    G2IO.ProjFileOpen(self,False)
3965                    self.PatternTree.RestoreExposedItems()
3966                    self.ResetPlots()
3967                    Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Sequential results')
3968                    self.PatternTree.SelectItem(Id)
3969            finally:
3970                dlg.Destroy()
3971        else:
3972            self.ErrorDialog('Sequential refinement error',Msg)
3973       
3974    def ErrorDialog(self,title,message,parent=None, wtype=wx.OK):
3975        'Display an error message'
3976        result = None
3977        if parent is None:
3978            dlg = wx.MessageDialog(self, message, title,  wtype)
3979        else:
3980            dlg = wx.MessageDialog(parent, message, title,  wtype)
3981            dlg.CenterOnParent() # not working on Mac
3982        try:
3983            result = dlg.ShowModal()
3984        finally:
3985            dlg.Destroy()
3986        return result
3987   
3988    def OnSaveMultipleImg(self,event):
3989        '''Select and save multiple image parameter and mask files
3990        '''
3991        G2IO.SaveMultipleImg(self)
3992       
3993class GSASIImain(wx.App):
3994    '''Defines a wxApp for GSAS-II
3995
3996    Creates a wx frame (self.main) which contains the display of the
3997    data tree.
3998    '''
3999    def OnInit(self):
4000        '''Called automatically when the app is created.'''
4001        import platform
4002        if '2.7' not in sys.version[:5]:
4003            dlg = wx.MessageDialog(None, 
4004                'GSAS-II requires Python 2.7.x\n Yours is '+sys.version.split()[0],
4005                'Python version error',  wx.OK)
4006            try:
4007                dlg.ShowModal()
4008            finally:
4009                dlg.Destroy()
4010            sys.exit()
4011        self.main = GSASII(None)
4012        self.main.Show()
4013        self.SetTopWindow(self.main)
4014        # save the current package versions
4015        self.main.PackageVersions = []
4016        self.main.PackageVersions.append(['Python',sys.version.split()[0]])
4017        for p in (wx,mpl,np,sp,ogl):
4018            self.main.PackageVersions.append([p.__name__,p.__version__])
4019        try:
4020            self.main.PackageVersions.append([Image.__name__,Image.VERSION])
4021        except:
4022            try:
4023                from PIL import PILLOW_VERSION
4024                self.main.PackageVersions.append([Image.__name__,PILLOW_VERSION])
4025            except:
4026                pass
4027        self.main.PackageVersions.append(['Platform',sys.platform+' '+platform.architecture()[0]+' '+platform.machine()])
4028       
4029        return True
4030    # def MacOpenFile(self, filename):
4031    #     '''Called on Mac every time a file is dropped on the app when it is running,
4032    #     treat this like a File/Open project menu action.
4033    #     Should be ignored on other platforms
4034    #     '''
4035    #     # PATCH: Canopy 1.4 script main seems dropped on app; ignore .py files
4036    #     print 'MacOpen',filename
4037    #     if os.path.splitext(filename)[1] == '.py': return
4038    #     # end PATCH
4039    #     self.main.OnFileOpen(None,filename)
4040    # removed because this gets triggered when a file is on the command line in canopy 1.4 -- not likely used anyway
4041       
4042def main():
4043    '''Start up the GSAS-II application'''
4044    #application = GSASIImain() # don't redirect output, someday we
4045    # may want to do this if we can
4046    application = GSASIImain(0)
4047    if GSASIIpath.GetConfigValue('wxInspector'):
4048        import wx.lib.inspection as wxeye
4049        wxeye.InspectionTool().Show()
4050
4051    #application.main.OnRefine(None)
4052    application.MainLoop()
4053   
4054if __name__ == '__main__':
4055    # print versions
4056    print "Python module versions loaded:"
4057    print "  Python:     ",sys.version.split()[0]
4058    print "  wx:         ",wx.__version__
4059    print "  matplotlib: ",mpl.__version__
4060    print "  numpy:      ",np.__version__
4061    print "  scipy:      ",sp.__version__
4062    print "  OpenGL:     ",ogl.__version__
4063    try:
4064        from PIL import Image
4065        try:
4066            from PIL import PILLOW_VERSION
4067            version = PILLOW_VERSION
4068        except:
4069            version = Image.VERSION
4070        print "  PIL.Image:  ",version
4071    except ImportError:
4072        try:
4073            import Image
4074            print "Image (PIL):",Image.VERSION
4075        except ImportError:
4076            print "Image module not present; Note that PIL (Python Imaging Library) or pillow is needed for some image operations"
4077    import platform
4078    print "  Platform:   ",sys.platform,platform.architecture()[0],platform.machine()
4079    try:
4080        import mkl
4081        print "  Max threads:",mkl.get_max_threads()
4082    except:
4083        pass
4084    #print "wxPython description",wx.PlatformInfo
4085    print "This is GSAS-II revision "+str(GSASIIpath.GetVersionNumber())+'\n'
4086    GSASIIpath.InvokeDebugOpts()
4087    main() # start the GUI
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.