source: trunk/GSASII.py @ 1823

Last change on this file since 1823 was 1823, checked in by toby, 7 years ago

revise paint of data tab

  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Date Author Revision URL Id
File size: 175.0 KB
Line 
1#!/usr/bin/env python
2# -*- coding: utf-8 -*-
3#GSASII
4########### SVN repository information ###################
5# $Date: 2015-04-30 16:28:12 +0000 (Thu, 30 Apr 2015) $
6# $Author: toby $
7# $Revision: 1823 $
8# $URL: trunk/GSASII.py $
9# $Id: GSASII.py 1823 2015-04-30 16:28:12Z toby $
10########### SVN repository information ###################
11'''
12*GSAS-II Main Module*
13=====================
14
15Main routines for the GSAS-II program
16'''
17
18import os
19import sys
20import math
21import copy
22import random as ran
23import time
24import copy
25import glob
26import imp
27import inspect
28import numpy as np
29import scipy as sp
30import wx
31import matplotlib as mpl
32try:
33    import OpenGL as ogl
34except ImportError:
35    print('*******************************************************')
36    print('PyOpenGL is missing from your python installation')
37    print('     - we will try to install it')
38    print('*******************************************************')
39    def install_with_easyinstall(package):
40        try: 
41            print "trying a system-wide PyOpenGl install"
42            easy_install.main(['-f',os.path.split(__file__)[0],package])
43            return
44        except:
45            pass
46        try: 
47            print "trying a user level PyOpenGl install"
48            easy_install.main(['-f',os.path.split(__file__)[0],'--user',package])
49            return
50        except:
51            print "Install of '+package+' failed. Please report this information:"
52            import traceback
53            print traceback.format_exc()
54            sys.exit()
55    from setuptools.command import easy_install
56    install_with_easyinstall('PyOpenGl')
57    print('*******************************************************')         
58    print('OpenGL has been installed. Restarting GSAS-II')
59    print('*******************************************************')         
60    loc = os.path.dirname(__file__)
61    import subprocess
62    subprocess.Popen([sys.executable,os.path.join(loc,'GSASII.py')])
63    sys.exit()
64   
65# load the GSAS routines
66import GSASIIpath
67GSASIIpath.SetVersionNumber("$Revision: 1823 $")
68import GSASIIIO as G2IO
69import GSASIIgrid as G2gd
70import GSASIIctrls as G2G
71import GSASIIplot as G2plt
72import GSASIIpwd as G2pwd
73import GSASIIpwdGUI as G2pdG
74import GSASIIspc as G2spc
75import GSASIIstrMain as G2stMn
76import GSASIIstrIO as G2stIO
77import GSASIImapvars as G2mv
78import GSASIIobj as G2obj
79import GSASIIlattice as G2lat
80import GSASIIlog as log
81
82__version__ = '0.2.0'
83
84# PATCH: for Mavericks (OS X 10.9.x), wx produces an annoying warning about LucidaGrandeUI.
85# In case stderr has been suppressed there, redirect python error output to stdout. Nobody
86# else should care much about this.
87sys.stderr = sys.stdout
88
89def create(parent):
90    return GSASII(parent)
91
92def SetDefaultDData(dType,histoName,NShkl=0,NDij=0):
93    if dType in ['SXC','SNC']:
94        return {'Histogram':histoName,'Show':False,'Scale':[1.0,True],
95            'Babinet':{'BabA':[0.0,False],'BabU':[0.0,False]},
96            'Extinction':['Lorentzian','None', {'Tbar':0.1,'Cos2TM':0.955,
97            'Eg':[1.e-10,False],'Es':[1.e-10,False],'Ep':[1.e-10,False]}]}
98    elif dType == 'SNT':
99        return {'Histogram':histoName,'Show':False,'Scale':[1.0,True],
100            'Babinet':{'BabA':[0.0,False],'BabU':[0.0,False]},
101            'Extinction':['Lorentzian','None', {
102            'Eg':[1.e-10,False],'Es':[1.e-10,False],'Ep':[1.e-10,False]}]}
103    elif 'P' in dType:
104        return {'Histogram':histoName,'Show':False,'Scale':[1.0,False],
105            'Pref.Ori.':['MD',1.0,False,[0,0,1],0,{},[],0.1],
106            'Size':['isotropic',[1.,1.,1.],[False,False,False],[0,0,1],
107                [1.,1.,1.,0.,0.,0.],6*[False,]],
108            'Mustrain':['isotropic',[1000.0,1000.0,1.0],[False,False,False],[0,0,1],
109                NShkl*[0.01,],NShkl*[False,]],
110            'HStrain':[NDij*[0.0,],NDij*[False,]],                         
111            'Extinction':[0.0,False],'Babinet':{'BabA':[0.0,False],'BabU':[0.0,False]}}
112
113class GSASII(wx.Frame):
114    '''Define the main GSAS-II frame and its associated menu items
115    '''
116    def MenuBinding(self,event):
117        '''Called when a menu is clicked upon; looks up the binding in table
118        '''
119        log.InvokeMenuCommand(event.GetId(),self,event)
120           
121    def Bind(self,eventtype,handler,*args,**kwargs):
122        '''Override the Bind function so that we can wrap calls that will be logged.
123       
124        N.B. This is a bit kludgy. Menu bindings with an id are wrapped and
125        menu bindings with an object and no id are not.
126        '''
127        if eventtype == wx.EVT_MENU and 'id' in kwargs:
128            menulabels = log.SaveMenuCommand(kwargs['id'],self,handler)
129            if menulabels:
130                wx.Frame.Bind(self,eventtype,self.MenuBinding,*args,**kwargs)
131                return
132        wx.Frame.Bind(self,eventtype,handler,*args,**kwargs)     
133   
134    def _Add_FileMenuItems(self, parent):
135        item = parent.Append(
136            help='Open a GSAS-II project file (*.gpx)', id=wx.ID_ANY,
137            kind=wx.ITEM_NORMAL,text='&Open project...')
138        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnFileOpen, id=item.GetId())
139        item = parent.Append(
140            help='Save project under current name', id=wx.ID_ANY,
141            kind=wx.ITEM_NORMAL,text='&Save project')
142        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnFileSave, id=item.GetId())
143        item = parent.Append(
144            help='Save current project to new file', id=wx.ID_ANY,
145            kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Save project as...')
146        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnFileSaveas, id=item.GetId())
147        item = parent.Append(
148            help='Create empty new project, saving current is optional', id=wx.ID_ANY,
149            kind=wx.ITEM_NORMAL,text='&New project')
150        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnFileClose, id=item.GetId())
151        item = parent.Append(
152            help='Exit from GSAS-II', id=wx.ID_ANY,
153            kind=wx.ITEM_NORMAL,text='&Exit')
154        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnFileExit, id=item.GetId())
155       
156    def _Add_DataMenuItems(self,parent):
157        item = parent.Append(
158            help='',id=wx.ID_ANY,
159            kind=wx.ITEM_NORMAL,
160            text='Read image data...')
161        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnImageRead, id=item.GetId())
162        item = parent.Append(
163            help='',id=wx.ID_ANY,
164            kind=wx.ITEM_NORMAL,
165            text='Read Powder Pattern Peaks...')
166        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnReadPowderPeaks, id=item.GetId())
167        item = parent.Append(
168            help='',id=wx.ID_ANY,
169            kind=wx.ITEM_NORMAL,
170            text='Sum powder data')
171        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnPwdrSum, id=item.GetId())
172        item = parent.Append(
173            help='',id=wx.ID_ANY,
174            kind=wx.ITEM_NORMAL,
175            text='Sum image data')
176        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnImageSum, id=item.GetId())
177        item = parent.Append(
178            help='',id=wx.ID_ANY,
179            kind=wx.ITEM_NORMAL,
180            text='Add phase')
181        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnAddPhase, id=item.GetId())
182        item = parent.Append(
183            help='',id=wx.ID_ANY,
184            kind=wx.ITEM_NORMAL,
185            text='Delete phase')
186        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnDeletePhase, id=item.GetId())
187        item = parent.Append(
188            help='',id=wx.ID_ANY,
189            kind=wx.ITEM_NORMAL,
190            text='Rename data') 
191        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnRenameData, id=item.GetId())
192        item = parent.Append(
193            help='',id=wx.ID_ANY,
194            kind=wx.ITEM_NORMAL,
195            text='Delete data')
196        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnDataDelete, id=item.GetId())
197               
198    def _Add_CalculateMenuItems(self,parent):
199        item = parent.Append(help='Make new PDFs from selected powder patterns', 
200            id=wx.ID_ANY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Make new PDFs')
201        self.MakePDF.append(item)
202#        item.Enable(False)
203        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnMakePDFs, id=item.GetId())
204       
205        item = parent.Append(help='View least squares parameters', 
206            id=wx.ID_ANY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='&View LS parms')
207        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.ShowLSParms, id=item.GetId())
208       
209        item = parent.Append(help='', id=wx.ID_ANY, kind=wx.ITEM_NORMAL,
210            text='&Refine')
211        if len(self.Refine): # extend state for new menus to match main (on mac)
212            state = self.Refine[0].IsEnabled()
213        else:
214            state = False
215        item.Enable(state)
216        self.Refine.append(item)
217        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnRefine, id=item.GetId())
218       
219        item = parent.Append(help='', id=wx.ID_ANY, kind=wx.ITEM_NORMAL,
220            text='Sequential refine')
221        if len(self.SeqRefine): # extend state for new menus to match main (on mac)
222            state = self.SeqRefine[0].IsEnabled()
223        else:
224            state = False
225        item.Enable(state)
226        self.SeqRefine.append(item) # save menu obj for use in self.EnableSeqRefineMenu
227        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnSeqRefine, id=item.GetId())
228       
229    def _init_Imports(self):
230        '''import all the G2phase*.py & G2sfact*.py & G2pwd*.py files that
231        are found in the path
232        '''
233
234        self.ImportPhaseReaderlist = []
235        self._init_Import_routines('phase',self.ImportPhaseReaderlist,'Phase')
236        self.ImportSfactReaderlist = []
237        self._init_Import_routines('sfact',self.ImportSfactReaderlist,'Struct_Factor')
238        self.ImportPowderReaderlist = []
239        self._init_Import_routines('pwd',self.ImportPowderReaderlist,'Powder_Data')
240        self.ImportSmallAngleReaderlist = []
241        self._init_Import_routines('sad',self.ImportSmallAngleReaderlist,'SmallAngle_Data')
242        self.ImportMenuId = {}
243
244    def _init_Import_routines(self,prefix,readerlist,errprefix):
245        '''import all the import readers matching the prefix
246        '''
247        #path2GSAS2 = os.path.dirname(os.path.realpath(__file__)) # location of this file
248        #pathlist = sys.path[:]
249        #if path2GSAS2 not in pathlist: pathlist.append(path2GSAS2)
250        #path2GSAS2 = os.path.join(
251        #    os.path.dirname(os.path.realpath(__file__)), # location of this file
252        #    'imports')
253        pathlist = sys.path[:]
254        #if path2GSAS2 not in pathlist: pathlist.append(path2GSAS2)
255        if '.' not in pathlist: pathlist.append('.') # insert the directory where G2 is started
256
257        filelist = []
258        for path in pathlist:
259            for filename in glob.iglob(os.path.join(
260                path,
261                "G2"+prefix+"*.py")):
262                filelist.append(filename)   
263                #print 'debug: found',filename
264        filelist = sorted(list(set(filelist))) # remove duplicates
265        for filename in filelist:
266            path,rootname = os.path.split(filename)
267            pkg = os.path.splitext(rootname)[0]
268            try:
269                fp = None
270                fp, fppath,desc = imp.find_module(pkg,[path,])
271                pkg = imp.load_module(pkg,fp,fppath,desc)
272                for clss in inspect.getmembers(pkg): # find classes defined in package
273                    if clss[0].startswith('_'): continue
274                    if inspect.isclass(clss[1]):
275                        # check if we have the required methods
276                        for m in 'Reader','ExtensionValidator','ContentsValidator':
277                            if not hasattr(clss[1],m): break
278                            if not callable(getattr(clss[1],m)): break
279                        else:
280                            reader = clss[1]() # create an import instance
281                            readerlist.append(reader)
282            except AttributeError:
283                print 'Import_'+errprefix+': Attribute Error '+str(filename)
284                pass
285            except ImportError:
286                print 'Import_'+errprefix+': Error importing file '+str(filename)
287                pass
288            if fp: fp.close()
289
290    def EnableSeqRefineMenu(self):
291        '''Enable or disable the sequential refinement menu items based on the
292        contents of the Controls 'Seq Data' item (if present)
293        '''
294        controls = self.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root, 'Controls'))
295        if controls.get('Seq Data'):
296            for i in self.SeqRefine: i.Enable(True)
297        else:
298            for i in self.SeqRefine: i.Enable(False)
299
300    def OnImportGeneric(self,reader,readerlist,label,multiple=False,usedRanIdList=[]):
301        '''Used to import Phases, powder dataset or single
302        crystal datasets (structure factor tables) using reader objects
303        subclassed from :class:`GSASIIIO.ImportPhase`, :class:`GSASIIIO.ImportStructFactor`
304        or :class:`GSASIIIO.ImportPowderData`. If a reader is specified, only
305        that will be attempted, but if no reader is specified, every one
306        that is potentially compatible (by file extension) will
307        be tried on the selected file(s).
308
309        :param readerobject reader: This will be a reference to
310          a particular object to be used to read a file or None,
311          if every appropriate reader should be used.
312
313        :param list readerlist: a list of reader objects appropriate for
314          the current read attempt. At present, this will be either
315          self.ImportPhaseReaderlist, self.ImportSfactReaderlist or
316          self.ImportPowderReaderlist (defined in _init_Imports from
317          the files found in the path), but in theory this list could
318          be tailored. Used only when reader is None.
319
320        :param str label: string to place on the open file dialog:
321          Open `label` input file
322
323        :param bool multiple: True if multiple files can be selected
324          in the file dialog. False is default. At present True is used
325          only for reading of powder data.
326
327        :param list usedRanIdList: an optional list of random Ids that
328          have been used and should not be reused
329
330        :returns: a list of reader objects (rd_list) that were able
331          to read the specified file(s). This list may be empty.
332        '''
333        self.lastimport = ''
334        self.zipfile = None
335        singlereader = True
336        if reader is None:
337            singlereader = False
338            multiple = False
339            #print "use all formats"
340            choices = "any file (*.*)|*.*"
341            choices += "|zip archive (.zip)|*.zip"
342            extdict = {}
343            # compile a list of allowed extensions
344            for rd in readerlist:
345                fmt = rd.formatName
346                for extn in rd.extensionlist:
347                    if not extdict.get(extn): extdict[extn] = []
348                    extdict[extn] += [fmt,]
349            for extn in sorted(extdict.keys(),cmp=lambda x,y: cmp(x.lower(), y.lower())):
350                fmt = ''
351                for f in extdict[extn]:
352                    if fmt != "": fmt += ', '
353                    fmt += f
354                choices += "|" + fmt + " file (*" + extn + ")|*" + extn
355        else:
356            readerlist = [reader,]
357            # compile a list of allowed extensions
358            choices = reader.formatName + " file ("
359            w = ""
360            for extn in reader.extensionlist:
361                if w != "": w += ";"
362                w += "*" + extn
363            choices += w + ")|" + w
364            choices += "|zip archive (.zip)|*.zip"
365            if not reader.strictExtension:
366                choices += "|any file (*.*)|*.*"
367        # get the file(s) (probably should remove wx.CHANGE_DIR here)
368        if multiple:
369            mode = style=wx.OPEN | wx.CHANGE_DIR | wx.MULTIPLE
370        else:
371            mode = style=wx.OPEN | wx.CHANGE_DIR
372        filelist = self.GetImportFile(message="Choose "+label+" input file",
373                    defaultFile="",wildcard=choices, style=mode)
374        rd_list = []
375        filelist1 = []
376        for filename in filelist:
377            # is this a zip file?
378            if os.path.splitext(filename)[1].lower() == '.zip':
379                extractedfiles = G2IO.ExtractFileFromZip(
380                    filename,parent=self,
381                    multipleselect=True)
382                if extractedfiles is None: continue # error or Cancel
383                if extractedfiles != filename:
384                    self.zipfile = filename # save zip name
385                    filelist1 += extractedfiles
386                    continue
387            filelist1.append(filename)
388        filelist = filelist1
389        for filename in filelist:
390            # is this a zip file?
391            if os.path.splitext(filename)[1].lower() == '.zip':
392                extractedfile = G2IO.ExtractFileFromZip(filename,parent=self)
393                if extractedfile is None: continue # error or Cancel
394                if extractedfile != filename:
395                    filename,self.zipfile = extractedfile,filename # now use the file that was created
396            # set what formats are compatible with this file
397            primaryReaders = []
398            secondaryReaders = []
399            for rd in readerlist:
400                flag = rd.ExtensionValidator(filename)
401                if flag is None: 
402                    secondaryReaders.append(rd)
403                elif flag:
404                    primaryReaders.append(rd)
405            if len(secondaryReaders) + len(primaryReaders) == 0:
406                self.ErrorDialog('No Format','No matching format for file '+filename)
407                return []
408
409            fp = None
410            msg = ''
411            try:
412                fp = open(filename,'Ur')
413                if len(filelist) == 1:
414                    # confirm we have the right file
415                    rdmsg = 'File '+str(filename)+' begins:\n\n'
416                    for i in range(3):
417                        rdmsg += fp.readline()
418                    rdmsg += '\n\nDo you want to read this file?'
419                    if not all([ord(c) < 128 and ord(c) != 0 for c in rdmsg]): # show only if ASCII
420                        rdmsg = 'File '+str(
421                            filename)+' is a binary file. Do you want to read this file?'
422                    result = wx.ID_NO
423                    # it would be better to use something that
424                    # would resize better, but this will do for now
425                    dlg = wx.MessageDialog(
426                        self, rdmsg,
427                        'Is this the file you want?', 
428                        wx.YES_NO | wx.ICON_QUESTION,
429                        )
430                    dlg.SetSize((700,300)) # does not resize on Mac
431                    try:
432                        result = dlg.ShowModal()
433                    finally:
434                        dlg.Destroy()
435                    if result == wx.ID_NO: return []
436                           
437                self.lastimport = filename # this is probably not what I want to do -- it saves only the
438                # last name in a series. See rd.readfilename for a better name.
439               
440                # try the file first with Readers that specify the
441                # file's extension and later with ones that merely allow it
442                errorReport = ''
443                for rd in primaryReaders+secondaryReaders:
444                    rd.ReInitialize() # purge anything from a previous read
445                    fp.seek(0)  # rewind
446                    rd.errors = "" # clear out any old errors
447                    if not rd.ContentsValidator(fp): # rejected on cursory check
448                        errorReport += "\n  "+rd.formatName + ' validator error'
449                        if rd.errors: 
450                            errorReport += ': '+rd.errors
451                        continue 
452                    repeat = True
453                    rdbuffer = {} # create temporary storage for file reader
454                    block = 0
455                    while repeat: # loop if the reader asks for another pass on the file
456                        block += 1
457                        repeat = False
458                        fp.seek(0)  # rewind
459                        rd.objname = os.path.basename(filename)
460                        flag = False
461                        try:
462                            flag = rd.Reader(filename,fp,self,
463                                             buffer=rdbuffer,
464                                             blocknum=block,
465                                             usedRanIdList=usedRanIdList,
466                                             )
467                        except rd.ImportException as detail:
468                            rd.errors += "\n  Read exception: "+str(detail)
469                        except Exception as detail:
470                            import traceback
471                            rd.errors += "\n  Unhandled read exception: "+str(detail)
472                            rd.errors += "\n  Traceback info:\n"+str(traceback.format_exc())
473                        if flag: # this read succeeded
474                            rd.readfilename = filename
475                            rd_list.append(copy.deepcopy(rd)) # save the result before it is written over
476                            if rd.repeat:
477                                repeat = True
478                            continue
479                        errorReport += '\n'+rd.formatName + ' read error'
480                        if rd.errors:
481                            errorReport += ': '+rd.errors
482                    if rd_list: # read succeeded, was there a warning or any errors?
483                        if rd.warnings:
484                            self.ErrorDialog('Read Warning','The '+ rd.formatName+
485                                             ' reader reported a warning message:\n\n'+
486                                             rd.warnings)
487                        break # success in reading, try no further
488                else:
489                    if singlereader:
490                        self.ErrorDialog('Read Error','The '+ rd.formatName+
491                                         ' reader was not able to read file '+filename+msg+
492                                         '\n\nError message(s):\n'+errorReport
493                                         )
494                    else:
495                        self.ErrorDialog('Read Error','No reader was able to read file '+filename+msg+
496                                         '\n\nError messages:\n'+errorReport
497                                         )
498            except:
499                import traceback
500                print traceback.format_exc()
501                self.ErrorDialog('Open Error','Unexpected error trying to open or read file '+filename)
502            if fp: fp.close()
503        return rd_list
504
505    def _Add_ImportMenu_Phase(self,parent):
506        '''configure the Import Phase menus accord to the readers found in _init_Imports
507        '''
508        submenu = wx.Menu()
509        item = parent.AppendMenu(wx.ID_ANY, 'Phase',
510            submenu, help='Import phase data')
511        for reader in self.ImportPhaseReaderlist:
512            item = submenu.Append(wx.ID_ANY,help=reader.longFormatName,
513                kind=wx.ITEM_NORMAL,text='from '+reader.formatName+' file')
514            self.ImportMenuId[item.GetId()] = reader
515            self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnImportPhase, id=item.GetId())
516        item = submenu.Append(wx.ID_ANY,
517                              help='Import phase data, use file to try to determine format',
518                              kind=wx.ITEM_NORMAL,
519                              text='guess format from file')
520        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnImportPhase, id=item.GetId())
521
522    def GetImportFile(self, message, defaultDir="", defaultFile="", style=wx.OPEN,
523                      *args, **kwargs):
524        '''Defines a customized dialog that gets gets files from the appropriate
525        Import directory (unless overridden with defaultDir). The default
526        import directory is found in self.ImportDir, which will be set to
527        the location of the (first) file entered in this dialog.
528           
529        :returns: a list of files or an empty list
530        '''
531        dlg = wx.FileDialog(self, message, defaultDir, defaultFile, *args,
532                            style=style, **kwargs)
533        if not defaultDir and self.ImportDir:
534            dlg.SetDirectory(self.ImportDir)
535        try:
536            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
537                if style & wx.MULTIPLE:
538                    filelist = dlg.GetPaths()
539                    if len(filelist) == 0: return []
540                else:
541                    filelist = [dlg.GetPath(),]
542                # not sure if we want to do this (why use wx.CHANGE_DIR?)
543                if style & wx.CHANGE_DIR: # to get Mac/Linux to change directory like windows!
544                    os.chdir(dlg.GetDirectory())
545                if not defaultDir and self.ImportDir: # if we are using a default and
546                    # user moved, save the new location
547                    self.ImportDir = os.path.split(filelist[0])[0]
548                    #print 'default moved to',self.ImportDir               
549            else: # cancel was pressed
550                return []
551        finally:
552            dlg.Destroy()
553        return filelist
554           
555    def OnImportPhase(self,event):
556        '''Called in response to an Import/Phase/... menu item
557        to read phase information.
558        dict self.ImportMenuId is used to look up the specific
559        reader item associated with the menu item, which will be
560        None for the last menu item, which is the "guess" option
561        where all appropriate formats will be tried.
562        '''
563        # look up which format was requested
564        reqrdr = self.ImportMenuId.get(event.GetId())
565       
566        # make a list of phase names, ranId's and the histograms used in those phases
567        phaseRIdList,usedHistograms = self.GetPhaseInfofromTree()
568        phaseNameList = usedHistograms.keys() # phase names in use
569        usedHKLFhists = [] # used single-crystal histograms
570        for p in usedHistograms:
571            for h in usedHistograms[p]:
572                if h.startswith('HKLF ') and h not in usedHKLFhists:
573                    usedHKLFhists.append(h)
574        rdlist = self.OnImportGeneric(reqrdr,
575                                  self.ImportPhaseReaderlist,
576                                  'phase',usedRanIdList=phaseRIdList)
577        if len(rdlist) == 0: return
578        # for now rdlist is only expected to have one element
579        # but below will allow multiple phases to be imported
580        # if ever the import routines ever implement multiple phase reads.
581        self.CheckNotebook()
582        newPhaseList = []
583        for rd in rdlist:
584            PhaseName = ''
585            dlg = wx.TextEntryDialog( # allow editing of phase name
586                                    self, 'Enter the name for the new phase',
587                                    'Edit phase name', rd.Phase['General']['Name'],
588                                    style=wx.OK)
589            while PhaseName == '':
590                dlg.CenterOnParent()
591                if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
592                    PhaseName = dlg.GetValue().strip()
593                else:
594                    dlg.Destroy()
595                    return
596            dlg.Destroy()
597            # make new phase names unique
598            rd.Phase['General']['Name'] = G2obj.MakeUniqueLabel(PhaseName,phaseNameList)
599            PhaseName = rd.Phase['General']['Name'][:]
600            newPhaseList.append(PhaseName)
601            print 'Read phase '+str(PhaseName)+' from file '+str(self.lastimport)
602            if not G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases'):
603                sub = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text='Phases')
604            else:
605                sub = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases')
606            psub = self.PatternTree.AppendItem(parent=sub,text=PhaseName)
607            self.PatternTree.SetItemPyData(psub,rd.Phase)
608            self.PatternTree.Expand(self.root) # make sure phases are seen
609            self.PatternTree.Expand(sub) 
610            self.PatternTree.Expand(psub)
611            self.PatternTree.SelectItem(psub) # show the page to complete the initialization (yuk!)
612            wx.Yield() # make sure call of GSASII.OnPatternTreeSelChanged happens before we go on
613
614            if rd.Constraints:
615                sub = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Constraints') # was created in CheckNotebook if needed
616                Constraints = self.PatternTree.GetItemPyData(sub)               
617                # TODO: make sure that NEWVAR names are unique here?
618                for i in rd.Constraints:
619                    if type(i) is dict:
620                        #for j in i: print j,' --> ',i[j]
621                        if '_Explain' not in Constraints: Constraints['_Explain'] = {}
622                        Constraints['_Explain'].update(i)
623                        continue
624                    Constraints['Phase'].append(i)
625        if not newPhaseList: return # somehow, no new phases
626        # get a list of existing histograms
627        PWDRlist = []
628        HKLFlist = []
629        if self.PatternTree.GetCount():
630            item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
631            while item:
632                name = self.PatternTree.GetItemText(item)
633                if name.startswith('PWDR ') and name not in PWDRlist:
634                    PWDRlist.append(name)
635                if name.startswith('HKLF ') and name not in HKLFlist:
636                    HKLFlist.append(name)
637                item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)
638        TextList = PWDRlist + HKLFlist
639        if not len(TextList): return # no data loaded yet
640        header = 'Select histogram(s) to add to new phase(s):'
641        for phaseName in newPhaseList:
642            header += '\n  '+str(phaseName)
643
644        notOK = True
645        while notOK:
646            result = G2gd.ItemSelector(TextList,self,header,header='Add histogram(s)',multiple=True)
647            if not result: return
648            # check that selected single crystal histograms are not already in use!
649            used = [TextList[i] for i in result if TextList[i] in usedHKLFhists]
650            #for i in result:
651            #    if TextList[i] in usedHKLFhists: used.append(TextList[i])
652            if used:
653                msg = 'The following single crystal histogram(s) are already in use'
654                for i in used:
655                    msg += '\n  '+str(i)
656                msg += '\nAre you sure you want to add them to this phase? '
657                msg += 'Associating a single crystal dataset to >1 histogram is usually an error, '
658                msg += 'so No is suggested here.'
659                if self.ErrorDialog('Likely error',msg,self,wtype=wx.YES_NO) == wx.ID_YES: notOK = False
660            else:
661                notOK = False
662        # connect new phases to histograms
663        sub = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases')
664        if not sub:
665            raise Exception('ERROR -- why are there no phases here?')
666        wx.BeginBusyCursor()
667        item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(sub)
668        while item: # loop over (new) phases
669            phaseName = self.PatternTree.GetItemText(item)
670            data = self.PatternTree.GetItemPyData(item)
671            item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(sub, cookie)
672            if phaseName not in newPhaseList: continue
673            generalData = data['General']
674            SGData = generalData['SGData']
675            Super = generalData.get('Super',0)
676            SuperVec = []
677            if Super:
678                SuperVec = np.array(generalData['SuperVec'][0])
679            UseList = data['Histograms']
680            NShkl = len(G2spc.MustrainNames(SGData))
681            NDij = len(G2spc.HStrainNames(SGData))
682            for i in result:
683                histoName = TextList[i]
684                if histoName in HKLFlist:
685                    #redo UpdateHKLFdata(histoName) here:
686                    Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,histoName)
687                    refDict,reflData = self.PatternTree.GetItemPyData(Id)
688                    G,g = G2lat.cell2Gmat(generalData['Cell'][1:7])
689                    Super = reflData.get('Super',0)
690                    for iref,ref in enumerate(reflData['RefList']):
691                        hkl = ref[:3]
692                        if Super:
693                            H = list(hkl+SuperVec*ref[3])
694                        else:
695                            H = hkl
696                        ref[4+Super] = np.sqrt(1./G2lat.calc_rDsq2(H,G))
697                        iabsnt,ref[3+Super],Uniq,phi = G2spc.GenHKLf(H,SGData)
698                        if iabsnt:  #flag space gp. absences
699                            ref[3+Super] = 0
700                    UseList[histoName] = SetDefaultDData(reflData['Type'],histoName)
701                elif histoName in PWDRlist:
702                    Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,histoName)
703                    refList = self.PatternTree.GetItemPyData(
704                        G2gd.GetPatternTreeItemId(self,Id,'Reflection Lists'))
705                    refList[generalData['Name']] = []
706                    UseList[histoName] = SetDefaultDData('PWDR',histoName,NShkl=NShkl,NDij=NDij)
707                else:
708                    raise Exception('Unexpected histogram '+str(histoName))
709        wx.EndBusyCursor()
710        return # success
711       
712    def _Add_ImportMenu_Sfact(self,parent):
713        '''configure the Import Structure Factor menus accord to the readers found in _init_Imports
714        '''
715        submenu = wx.Menu()
716        item = parent.AppendMenu(wx.ID_ANY, 'Structure Factor',
717            submenu, help='Import Structure Factor data')
718        for reader in self.ImportSfactReaderlist:
719            item = submenu.Append(wx.ID_ANY,help=reader.longFormatName,               
720                kind=wx.ITEM_NORMAL,text='from '+reader.formatName+' file')
721            self.ImportMenuId[item.GetId()] = reader
722            self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnImportSfact, id=item.GetId())
723        item = submenu.Append(wx.ID_ANY,
724            help='Import Structure Factor, use file to try to determine format',
725            kind=wx.ITEM_NORMAL,
726            text='guess format from file')
727        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnImportSfact, id=item.GetId())
728
729    def OnImportSfact(self,event):
730        '''Called in response to an Import/Structure Factor/... menu item
731        to read single crystal datasets.
732        dict self.ImportMenuId is used to look up the specific
733        reader item associated with the menu item, which will be
734        None for the last menu item, which is the "guess" option
735        where all appropriate formats will be tried.
736        '''
737        # get a list of existing histograms
738        HKLFlist = []
739        if self.PatternTree.GetCount():
740            item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
741            while item:
742                name = self.PatternTree.GetItemText(item)
743                if name.startswith('HKLF ') and name not in HKLFlist:
744                    HKLFlist.append(name)
745                item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)
746        # look up which format was requested
747        reqrdr = self.ImportMenuId.get(event.GetId())
748        rdlist = self.OnImportGeneric(reqrdr,self.ImportSfactReaderlist,
749            'Structure Factor',multiple=True)
750        if len(rdlist) == 0: return
751        self.CheckNotebook()
752        newHistList = []
753        for rd in rdlist:
754            HistName = rd.objname
755            if len(rdlist) <= 2: 
756                dlg = wx.TextEntryDialog( # allow editing of Structure Factor name
757                    self, 'Enter the name for the new Structure Factor',
758                    'Edit Structure Factor name', HistName,
759                    style=wx.OK)
760                dlg.CenterOnParent()
761                if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
762                    HistName = dlg.GetValue()
763                dlg.Destroy()
764            HistName = 'HKLF '+HistName
765            # make new histogram names unique
766            if len(rd.Banks):
767                for Bank in rd.Banks:
768                    valuesdict = {'wtFactor':1.0,'Dummy':False,'ranId':ran.randint(0,sys.maxint),}
769                    HistName = G2obj.MakeUniqueLabel(HistName,HKLFlist)
770                    print 'Read structure factor table '+str(HistName)+' from file '+str(self.lastimport)
771                    Id = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text=HistName)
772                    if not Bank['RefDict'].get('FF'):
773                        Bank['RefDict']['FF'] = {}
774                    self.PatternTree.SetItemPyData(Id,[valuesdict,Bank['RefDict']])
775                    Sub = self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Instrument Parameters')
776                    self.PatternTree.SetItemPyData(Sub,copy.copy(rd.Parameters))
777                    self.PatternTree.SetItemPyData(
778                        self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Reflection List'),[])  #dummy entry for GUI use
779                    newHistList.append(HistName)
780            else:
781                valuesdict = {'wtFactor':1.0,'Dummy':False,'ranId':ran.randint(0,sys.maxint),}
782                HistName = G2obj.MakeUniqueLabel(HistName,HKLFlist)
783                print 'Read structure factor table '+str(HistName)+' from file '+str(self.lastimport)
784                if not rd.RefDict.get('FF'):
785                    rd.RefDict['FF'] = {}
786                Id = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text=HistName)
787                self.PatternTree.SetItemPyData(Id,[valuesdict,rd.RefDict])
788                Sub = self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Instrument Parameters')
789                self.PatternTree.SetItemPyData(Sub,rd.Parameters)
790                self.PatternTree.SetItemPyData(
791                    self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Reflection List'),[])  #dummy entry for GUI use
792                newHistList.append(HistName)
793               
794            self.PatternTree.SelectItem(Id)
795            self.PatternTree.Expand(Id)
796            self.Sngl = True
797
798        if not newHistList: return # somehow, no new histograms
799        # make a list of phase names
800        phaseRIdList,usedHistograms = self.GetPhaseInfofromTree()
801        phaseNameList = usedHistograms.keys() # phase names in use
802        if not phaseNameList: return # no phases yet, nothing to do
803        header = 'Select phase(s) to add the new\nsingle crystal dataset(s) to:'
804        for Name in newHistList:
805            header += '\n  '+str(Name)
806        result = G2gd.ItemSelector(phaseNameList,self,header,header='Add to phase(s)',multiple=True)
807        if not result: return
808        # connect new phases to histograms
809        sub = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases')
810        if not sub:
811            raise Exception('ERROR -- why are there no phases here?')
812        wx.BeginBusyCursor()
813        item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(sub)
814        iph = -1
815        while item: # loop over (new) phases
816            iph += 1
817            phaseName = self.PatternTree.GetItemText(item)
818            data = self.PatternTree.GetItemPyData(item)
819            item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(sub, cookie)
820            if iph not in result: continue
821            generalData = data['General']
822            SGData = generalData['SGData']
823            Super = generalData.get('Super',0)
824            SuperVec = []
825            if Super:
826                SuperVec = np.array(generalData['SuperVec'][0])
827            UseList = data['Histograms']
828            for histoName in newHistList:
829                #redo UpdateHKLFdata(histoName) here:
830                Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,histoName)
831                refDict,reflData = self.PatternTree.GetItemPyData(Id)
832                UseList[histoName] = SetDefaultDData(reflData['Type'],histoName)
833                G,g = G2lat.cell2Gmat(generalData['Cell'][1:7])
834                for iref,ref in enumerate(reflData['RefList']):
835                    hkl = ref[:3]
836                    if Super:
837                        H = list(hkl+SuperVec*ref[3])
838                    else:
839                        H = hkl
840                    ref[4+Super] = np.sqrt(1./G2lat.calc_rDsq2(H,G))
841                    iabsnt,ref[3+Super],Uniq,phi = G2spc.GenHKLf(H,SGData)
842                    if iabsnt:  #flag space gp. absences
843                        ref[3+Super] = 0
844        wx.EndBusyCursor()
845       
846        return # success
847
848    def _Add_ImportMenu_powder(self,parent):
849        '''configure the Powder Data menus accord to the readers found in _init_Imports
850        '''
851        submenu = wx.Menu()
852        item = parent.AppendMenu(wx.ID_ANY, 'Powder Data',
853            submenu, help='Import Powder data')
854        for reader in self.ImportPowderReaderlist:
855            item = submenu.Append(wx.ID_ANY,help=reader.longFormatName,
856                kind=wx.ITEM_NORMAL,text='from '+reader.formatName+' file')
857            self.ImportMenuId[item.GetId()] = reader
858            self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnImportPowder, id=item.GetId())
859        item = submenu.Append(wx.ID_ANY,
860            help='Import powder data, use file to try to determine format',
861            kind=wx.ITEM_NORMAL,text='guess format from file')
862        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnImportPowder, id=item.GetId())
863        submenu.AppendSeparator()
864        item = submenu.Append(wx.ID_ANY,
865            help='Create a powder data set entry that will be simulated',
866            kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Simulate a dataset')
867        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnDummyPowder, id=item.GetId())
868       
869    def OpenPowderInstprm(self,instfile):
870        '''Read a GSAS-II (new) instrument parameter file
871
872        :param str instfile: name of instrument parameter file
873
874        '''
875        if os.path.splitext(instfile)[1].lower() != '.instprm': # invalid file
876            return None           
877        if not os.path.exists(instfile): # no such file
878            return None
879        File = open(instfile,'r')
880        lines = File.readlines()
881        File.close()
882        return lines       
883           
884    def ReadPowderInstprm(self,instLines):
885        '''Read lines from a GSAS-II (new) instrument parameter file
886
887        :param list instLines: strings from GSAS-II parameter file; can be concatenated with ';'
888
889        '''
890        if not instLines[0].startswith('#GSAS-II'): # not a valid file
891            return None
892        newItems = []
893        newVals = []
894        for S in instLines:
895            if S[0] == '#':
896                continue
897            S = S.replace(' ','')
898            SS = S[:-1].split(';')
899            for s in SS:
900                [item,val] = s.split(':')
901                newItems.append(item)
902                try:
903                    newVals.append(float(val))
904                except ValueError:
905                    newVals.append(val)                       
906        return G2IO.makeInstDict(newItems,newVals,len(newVals)*[False,]),{}
907       
908    def ReadPowderIparm(self,instfile,bank,databanks,rd):
909        '''Read a GSAS (old) instrument parameter file
910
911        :param str instfile: name of instrument parameter file
912
913        :param int bank: the bank number read in the raw data file
914
915        :param int databanks: the number of banks in the raw data file.
916          If the number of banks in the data and instrument parameter files
917          agree, then the sets of banks are assumed to match up and bank
918          is used to select the instrument parameter file. If not, the user
919          is asked to make a selection.
920
921        :param obj rd: the raw data (histogram) data object. This
922          sets rd.instbank.
923
924        '''
925        if not os.path.exists(instfile): # no such file
926            return {}
927        fp = 0
928        try:
929            fp = open(instfile,'Ur')
930            Iparm = {}
931            for S in fp:
932                if '#' in S[0]:
933                    continue
934                Iparm[S[:12]] = S[12:-1]
935        except IOError:
936            print('Error reading file:'+str(instfile))
937        if fp:       
938            fp.close()
939
940        ibanks = int(Iparm.get('INS   BANK  ','1').strip())
941        hType = Iparm['INS   HTYPE '].strip()
942        if ibanks == 1: # there is only one bank here, return it
943            rd.instbank = 1
944            return Iparm
945        if 'PNT' in hType:
946            rd.instbank = bank
947        elif ibanks != databanks:
948            # number of banks in data and prm file not not agree, need a
949            # choice from a human here
950            choices = []
951            for i in range(1,1+ibanks):
952                choices.append('Bank '+str(i))
953            bank = rd.BlockSelector(
954                choices, self,
955                title='Select an instrument parameter bank for '+
956                os.path.split(rd.powderentry[0])[1]+' BANK '+str(bank)+
957                '\nOr use Cancel to select from the default parameter sets',
958                header='Block Selector')
959        if bank is None: return {}
960        # pull out requested bank # bank from the data, and change the bank to 1
961        IparmS = {}
962        for key in Iparm:
963            if 'INS' in key[:3]:    #skip around rubbish lines in some old iparm files
964                if key[4:6] == "  ":
965                    IparmS[key] = Iparm[key]
966                elif int(key[4:6].strip()) == bank:
967                    IparmS[key[:4]+' 1'+key[6:]] = Iparm[key]
968        rd.instbank = bank
969        return IparmS
970                       
971    def GetPowderIparm(self,rd, prevIparm, lastIparmfile, lastdatafile):
972        '''Open and read an instrument parameter file for a data file
973        Returns the list of parameters used in the data tree
974
975        :param obj rd: the raw data (histogram) data object.
976
977        :param str prevIparm: not used
978
979        :param str lastIparmfile: Name of last instrument parameter
980          file that was read, or a empty string.
981
982        :param str lastdatafile: Name of last data file that was read.
983
984        :returns: a list of two dicts, the first containing instrument parameters
985          and the second used for TOf lookup tables for profile coeff.
986
987        '''
988        def SetPowderInstParms(Iparm, rd):
989            '''extracts values from instrument parameters in rd.instdict
990            or in array Iparm.
991            Create and return the contents of the instrument parameter tree entry.
992            '''
993            Irads = {0:' ',1:'CrKa',2:'FeKa',3:'CuKa',4:'MoKa',5:'AgKa',6:'TiKa',7:'CoKa'}
994            DataType = Iparm['INS   HTYPE '].strip()[:3]  # take 1st 3 chars
995            # override inst values with values read from data file
996            if rd.instdict.get('type'):
997                DataType = rd.instdict.get('type')
998            data = [DataType,]
999            instname = Iparm.get('INS  1INAME ')
1000            irad = int(Iparm.get('INS  1 IRAD ','0'))
1001            if instname:
1002                rd.Sample['InstrName'] = instname.strip()
1003            if 'C' in DataType:
1004                wave1 = None
1005                wave2 = 0.0
1006                if rd.instdict.get('wave'):
1007                    wl = rd.instdict.get('wave')
1008                    wave1 = wl[0]
1009                    if len(wl) > 1: wave2 = wl[1]
1010                s = Iparm['INS  1 ICONS']
1011                if not wave1:
1012                    wave1 = G2IO.sfloat(s[:10])
1013                    wave2 = G2IO.sfloat(s[10:20])
1014                v = (wave1,wave2,
1015                     G2IO.sfloat(s[20:30]),G2IO.sfloat(s[55:65]),G2IO.sfloat(s[40:50])) #get lam1, lam2, zero, pola & ratio
1016                if not v[1]:
1017                    names = ['Type','Lam','Zero','Polariz.','U','V','W','X','Y','SH/L','Azimuth'] 
1018                    v = (v[0],v[2],v[4])
1019                    codes = [0,0,0,0]
1020                else:
1021                    names = ['Type','Lam1','Lam2','Zero','I(L2)/I(L1)','Polariz.','U','V','W','X','Y','SH/L','Azimuth']
1022                    codes = [0,0,0,0,0,0]
1023                data.extend(v)
1024                if 'INS  1PRCF  ' in Iparm:
1025                    v1 = Iparm['INS  1PRCF  '].split()                                                 
1026                    v = Iparm['INS  1PRCF 1'].split()
1027                    data.extend([float(v[0]),float(v[1]),float(v[2])])                  #get GU, GV & GW - always here
1028                    azm = float(Iparm.get('INS  1DETAZM','0.0'))
1029                    v = Iparm['INS  1PRCF 2'].split()
1030                    if v1[0] == 3:
1031                        data.extend([float(v[0]),float(v[1]),float(v[2])+float(v[3],azm)])  #get LX, LY, S+H/L & azimuth
1032                    else:
1033                        data.extend([0.0,0.0,0.002,azm])                                      #OK defaults if fxn #3 not 1st in iprm file                   
1034                else:
1035                    v1 = Iparm['INS  1PRCF1 '].split()                                                 
1036                    v = Iparm['INS  1PRCF11'].split()
1037                    data.extend([float(v[0]),float(v[1]),float(v[2])])                  #get GU, GV & GW - always here
1038                    azm = float(Iparm.get('INS  1DETAZM','0.0'))
1039                    v = Iparm['INS  1PRCF12'].split()
1040                    if v1[0] == 3:
1041                        data.extend([float(v[0]),float(v[1]),float(v[2])+float(v[3],azm)])  #get LX, LY, S+H/L & azimuth
1042                    else:
1043                        data.extend([0.0,0.0,0.002,azm])                                      #OK defaults if fxn #3 not 1st in iprm file
1044                codes.extend([0,0,0,0,0,0,0])
1045                Iparm1 = G2IO.makeInstDict(names,data,codes)
1046                Iparm1['Source'] = [Irads[irad],Irads[irad]]
1047                return [Iparm1,{}]
1048            elif 'T' in DataType:
1049                names = ['Type','fltPath','2-theta','difC','difA', 'difB','Zero','alpha','beta-0','beta-1',
1050                    'beta-q','sig-0','sig-1','sig-2','sig-q', 'X','Y','Azimuth',]
1051                codes = [0,0,0,0,0, 0,0,0,0,0, 0,0,0,0,0, 0,0,0,]
1052                azm = 0.
1053                if 'INS  1DETAZM' in Iparm:
1054                    azm = float(Iparm['INS  1DETAZM'])
1055                s = Iparm['INS   FPATH1'].split()
1056                fltPath0 = G2IO.sfloat(s[0])
1057                s = Iparm['INS  1BNKPAR'].split()
1058                fltPath1 = G2IO.sfloat(s[0])
1059                data.extend([fltPath0+fltPath1,])               #Flight path source-sample-detector
1060                data.extend([G2IO.sfloat(s[1]),])               #2-theta for bank
1061                s = Iparm['INS  1 ICONS'].split()
1062                data.extend([G2IO.sfloat(s[0]),G2IO.sfloat(s[1]),0.0,G2IO.sfloat(s[2])])    #difC,difA,difB,Zero
1063                if 'INS  1PRCF  ' in Iparm:
1064                    s = Iparm['INS  1PRCF  '].split()
1065                    pfType = int(s[0])
1066                    s = Iparm['INS  1PRCF 1'].split()
1067                    if abs(pfType) == 1:
1068                        data.extend([G2IO.sfloat(s[1]),G2IO.sfloat(s[2]),G2IO.sfloat(s[3])]) #alpha, beta-0, beta-1
1069                        s = Iparm['INS  1PRCF 2'].split()
1070                        data.extend([0.0,0.0,G2IO.sfloat(s[1]),G2IO.sfloat(s[2]),0.0,0.0,0.0,azm])    #beta-q, sig-0, sig-1, sig-2, sig-q, X, Y
1071                    elif abs(pfType) in [3,4,5]:
1072                        data.extend([G2IO.sfloat(s[0]),G2IO.sfloat(s[1]),G2IO.sfloat(s[2])]) #alpha, beta-0, beta-1
1073                        if abs(pfType) == 4:
1074                            data.extend([0.0,0.0,G2IO.sfloat(s[3]),0.0,0.0,0.0,0.0,azm])    #beta-q, sig-0, sig-1, sig-2, sig-q, X, Y
1075                        else:
1076                            s = Iparm['INS  1PRCF 2'].split()
1077                            data.extend([0.0,0.0,G2IO.sfloat(s[0]),G2IO.sfloat(s[1]),0.0,0.0,0.0,azm])    #beta-q, sig-0, sig-1, sig-2, sig-q, X, Y                       
1078                else:
1079                    s = Iparm['INS  1PRCF1 '].split()
1080                    pfType = int(s[0])
1081                    s = Iparm['INS  1PRCF11'].split()
1082                    if abs(pfType) == 1:
1083                        data.extend([G2IO.sfloat(s[1]),G2IO.sfloat(s[2]),G2IO.sfloat(s[3])]) #alpha, beta-0, beta-1
1084                        s = Iparm['INS  1PRCF12'].split()
1085                        data.extend([0.0,0.0,G2IO.sfloat(s[1]),G2IO.sfloat(s[2]),0.0,0.0,0.0,azm])    #beta-q, sig-0, sig-1, sig-2, sig-q, X, Y
1086                    elif abs(pfType) in [3,4,5]:
1087                        data.extend([G2IO.sfloat(s[0]),G2IO.sfloat(s[1]),G2IO.sfloat(s[2])]) #alpha, beta-0, beta-1
1088                        if abs(pfType) == 4:
1089                            data.extend([0.0,0.0,G2IO.sfloat(s[3]),0.0,0.0,0.0,0.0,azm])    #beta-q, sig-0, sig-1, sig-2, sig-q, X, Y
1090                        else:
1091                            s = Iparm['INS  1PRCF12'].split()
1092                            data.extend([0.0,0.0,G2IO.sfloat(s[0]),G2IO.sfloat(s[1]),0.0,0.0,0.0,azm])    #beta-q, sig-0, sig-1, sig-2, sig-q, X, Y                       
1093                Inst1 = G2IO.makeInstDict(names,data,codes)
1094                Inst2 = {}
1095                if pfType < 0:
1096                    Ipab = 'INS  1PAB'+str(-pfType)
1097                    Npab = int(Iparm[Ipab+'  '].strip())
1098                    Inst2['Pdabc'] = []
1099                    for i in range(Npab):
1100                        k = Ipab+str(i+1).rjust(2)
1101                        s = Iparm[k].split()
1102                        Inst2['Pdabc'].append([float(t) for t in s])
1103                    Inst2['Pdabc'] = np.array(Inst2['Pdabc'])
1104                    Inst2['Pdabc'].T[3] += Inst2['Pdabc'].T[0]*Inst1['difC'][0] #turn 3rd col into TOF
1105                if 'INS  1I ITYP' in Iparm:
1106                    s = Iparm['INS  1I ITYP'].split()
1107                    Ityp = int(s[0])
1108                    Tminmax = [float(s[1])*1000.,float(s[2])*1000.]
1109                    Itypes = ['Exponential','Maxwell/Exponential','','Maxwell/Chebyschev','']
1110                    if Ityp in [1,2,4]:
1111                        Inst2['Itype'] = Itypes[Ityp-1]
1112                        Inst2['Tminmax'] = Tminmax
1113                        Icoeff = []
1114                        Iesd = []
1115                        Icovar = []                   
1116                        for i in range(3):
1117                            s = Iparm['INS  1ICOFF'+str(i+1)].split()
1118                            Icoeff += [float(S) for S in s]
1119                            s = Iparm['INS  1IECOF'+str(i+1)].split()
1120                            Iesd += [float(S) for S in s]
1121                        NT = 10
1122                        for i in range(8):
1123                            s = Iparm['INS  1IECOR'+str(i+1)]
1124                            if i == 7:
1125                                NT = 8
1126                            Icovar += [float(s[6*j:6*j+6]) for j in range(NT)]
1127                        Inst2['Icoeff'] = Icoeff
1128                        Inst2['Iesd'] = Iesd
1129                        Inst2['Icovar'] = Icovar
1130                return [Inst1,Inst2]
1131
1132        # stuff we might need from the reader
1133        filename = rd.powderentry[0]
1134        bank = rd.powderentry[2]
1135        numbanks = rd.numbanks
1136        # is there an instrument parameter file defined for the current data set?
1137        # or if this is a read on a set of set of files, use the last one again
1138        #if rd.instparm or (lastdatafile == filename and lastIparmfile):
1139        if rd.instparm or lastIparmfile:
1140            if rd.instparm:
1141                instfile = os.path.join(os.path.split(filename)[0],
1142                                    rd.instparm)
1143            else:
1144                # for multiple reads of one data file, reuse the inst parm file
1145                instfile = lastIparmfile
1146            if os.path.exists(instfile):
1147                #print 'debug: try read',instfile
1148                Lines = self.OpenPowderInstprm(instfile)
1149                instParmList = None
1150                if Lines is not None:
1151                    instParmList = self.ReadPowderInstprm(Lines)
1152                if instParmList is not None:
1153                    rd.instfile = instfile
1154                    rd.instmsg = 'GSAS-II file '+instfile
1155                    return instParmList
1156                Iparm = self.ReadPowderIparm(instfile,bank,numbanks,rd)
1157                if Iparm:
1158                    #print 'debug: success'
1159                    rd.instfile = instfile
1160                    rd.instmsg = instfile + ' bank ' + str(rd.instbank)
1161                    return SetPowderInstParms(Iparm,rd)
1162            else:
1163                self.ErrorDialog('Open Error','Error opening instrument parameter file '
1164                    +str(instfile)+' requested by file '+ filename)
1165        # is there an instrument parameter file matching the current file
1166        # with extension .inst or .prm? If so read it
1167        basename = os.path.splitext(filename)[0]
1168        for ext in '.instprm','.prm','.inst','.ins':
1169            instfile = basename + ext
1170            Lines = self.OpenPowderInstprm(instfile)
1171            instParmList = None
1172            if Lines is not None:
1173                instParmList = self.ReadPowderInstprm(Lines)
1174            if instParmList is not None:
1175                rd.instfile = instfile
1176                rd.instmsg = 'GSAS-II file '+instfile
1177                return instParmList
1178            Iparm = self.ReadPowderIparm(instfile,bank,numbanks,rd)
1179            if Iparm:
1180                #print 'debug: success'
1181                rd.instfile = instfile
1182                rd.instmsg = instfile + ' bank ' + str(rd.instbank)
1183                return SetPowderInstParms(Iparm,rd)
1184            else:
1185                #print 'debug: open/read failed',instfile
1186                pass # fail silently
1187
1188        # did we read the data file from a zip? If so, look there for a
1189        # instrument parameter file
1190        if self.zipfile:
1191            for ext in '.instprm','.prm','.inst','.ins':
1192                instfile = G2IO.ExtractFileFromZip(
1193                    self.zipfile,
1194                    selection=os.path.split(basename + ext)[1],
1195                    parent=self)
1196                if instfile is not None and instfile != self.zipfile:
1197                    print 'debug:',instfile,'created from ',self.zipfile
1198                    Lines = self.OpenPowderInstprm(instfile)
1199                    instParmList = None
1200                    if Lines is not None:
1201                        instParmList = self.ReadPowderInstprm(Lines)
1202                    if instParmList is not None:
1203                        rd.instfile = instfile
1204                        rd.instmsg = 'GSAS-II file '+instfile
1205                        return instParmList
1206                    Iparm = self.ReadPowderIparm(instfile,bank,numbanks,rd)
1207                    if Iparm:
1208                        rd.instfile = instfile
1209                        rd.instmsg = instfile + ' bank ' + str(rd.instbank)
1210                        return SetPowderInstParms(Iparm,rd)
1211                    else:
1212                        #print 'debug: open/read for',instfile,'from',self.zipfile,'failed'
1213                        pass # fail silently
1214
1215        while True: # loop until we get a file that works or we get a cancel
1216            instfile = ''
1217            dlg = wx.FileDialog(
1218                self,
1219                'Choose inst. param file for "'
1220                +rd.idstring
1221                +'" (or Cancel for default)',
1222                '.', '',
1223                'GSAS iparm file (*.prm,*.inst,*.ins)|*.prm;*.inst;*.ins|'
1224                'GSAS-II iparm file (*.instprm)|*.instprm|'
1225                'All files (*.*)|*.*', 
1226                wx.OPEN|wx.CHANGE_DIR)
1227            if os.path.exists(lastIparmfile):
1228                dlg.SetFilename(lastIparmfile)
1229            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
1230                instfile = dlg.GetPath()
1231            dlg.Destroy()
1232            if not instfile: break
1233            Lines = self.OpenPowderInstprm(instfile)
1234            instParmList = None
1235            if Lines is not None:
1236                instParmList = self.ReadPowderInstprm(Lines)
1237            if instParmList is not None:
1238                rd.instfile = instfile
1239                rd.instmsg = 'GSAS-II file '+instfile
1240                return instParmList
1241            Iparm = self.ReadPowderIparm(instfile,bank,numbanks,rd)
1242            if Iparm:
1243                #print 'debug: success with',instfile
1244                rd.instfile = instfile
1245                rd.instmsg = instfile + ' bank ' + str(rd.instbank)
1246                return SetPowderInstParms(Iparm,rd)
1247            else:
1248                self.ErrorDialog('Read Error',
1249                                 'Error opening/reading file '+str(instfile))
1250       
1251        # still no success: offer user choice of defaults
1252        import defaultIparms as dI
1253        while True: # loop until we get a choice
1254            choices = []
1255            head = 'Select from default instrument parameters for '+rd.idstring
1256
1257            for l in dI.defaultIparm_lbl:
1258                choices.append('Defaults for '+l)
1259            res = rd.BlockSelector(
1260                choices,
1261                ParentFrame=self,
1262                title=head,
1263                header='Select default inst parms',
1264                useCancel=False)
1265            if res is None: continue
1266            rd.instfile = ''
1267            rd.instmsg = 'default: '+dI.defaultIparm_lbl[res]
1268            return self.ReadPowderInstprm(dI.defaultIparms[res])
1269
1270    def OnImportPowder(self,event):
1271        '''Called in response to an Import/Powder Data/... menu item
1272        to read a powder diffraction data set.
1273        dict self.ImportMenuId is used to look up the specific
1274        reader item associated with the menu item, which will be
1275        None for the last menu item, which is the "guess" option
1276        where all appropriate formats will be tried.
1277
1278        Also reads an instrument parameter file for each dataset.
1279        '''
1280        # get a list of existing histograms
1281        PWDRlist = []
1282        if self.PatternTree.GetCount():
1283            item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
1284            while item:
1285                name = self.PatternTree.GetItemText(item)
1286                if name.startswith('PWDR ') and name not in PWDRlist:
1287                    PWDRlist.append(name)
1288                item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)
1289        # look up which format was requested
1290        reqrdr = self.ImportMenuId.get(event.GetId()) 
1291        rdlist = self.OnImportGeneric(
1292            reqrdr,self.ImportPowderReaderlist,'Powder Data',multiple=True)
1293        if len(rdlist) == 0: return
1294        self.CheckNotebook()
1295        Iparm = None
1296        lastIparmfile = ''
1297        lastdatafile = ''
1298        newHistList = []
1299        self.EnablePlot = False
1300        for rd in rdlist:
1301            if 'Instrument Parameters' not in rd.pwdparms:
1302                # get instrument parameters for each dataset, unless already set
1303                Iparm1,Iparm2 = self.GetPowderIparm(rd, Iparm, lastIparmfile, lastdatafile)
1304                if rd.repeat_instparm: 
1305                    lastIparmfile = rd.instfile
1306                # override any keys in read instrument parameters with ones set in import
1307                for key in Iparm1: 
1308                    if key in rd.instdict:
1309                        Iparm1[key] = rd.instdict[key]
1310            else:
1311                Iparm1,Iparm2 = rd.pwdparms['Instrument Parameters']
1312            lastdatafile = rd.powderentry[0]
1313            HistName = rd.idstring
1314            HistName = 'PWDR '+HistName
1315            # make new histogram names unique
1316            HistName = G2obj.MakeUniqueLabel(HistName,PWDRlist)
1317            print 'Read powder data '+str(HistName)+ \
1318                ' from file '+str(rd.readfilename) + \
1319                ' with parameters from '+str(rd.instmsg)
1320            # data are read, now store them in the tree
1321            Id = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text=HistName)
1322            if 'T' in Iparm1['Type'][0]:
1323                if not rd.clockWd and rd.GSAS:
1324                    rd.powderdata[0] *= 100.        #put back the CW centideg correction
1325                cw = np.diff(rd.powderdata[0])
1326                rd.powderdata[0] = rd.powderdata[0][:-1]+cw/2.
1327                if rd.GSAS:     #NB: old GSAS wanted intensities*CW even if normalized!
1328                    rd.powderdata[1] = rd.powderdata[1][:-1]/cw
1329                    rd.powderdata[2] = rd.powderdata[2][:-1]*cw**2  #1/var=w at this point
1330                else:       #NB: from topas/fullprof type files
1331                    rd.powderdata[1] = rd.powderdata[1][:-1]
1332                    rd.powderdata[2] = rd.powderdata[2][:-1]
1333                if 'Itype' in Iparm2:
1334                    Ibeg = np.searchsorted(rd.powderdata[0],Iparm2['Tminmax'][0])
1335                    Ifin = np.searchsorted(rd.powderdata[0],Iparm2['Tminmax'][1])
1336                    rd.powderdata[0] = rd.powderdata[0][Ibeg:Ifin]
1337                    YI,WYI = G2pwd.calcIncident(Iparm2,rd.powderdata[0])
1338                    rd.powderdata[1] = rd.powderdata[1][Ibeg:Ifin]/YI
1339                    var = 1./rd.powderdata[2][Ibeg:Ifin]
1340                    var += WYI*rd.powderdata[1]**2
1341                    var /= YI**2
1342                    rd.powderdata[2] = 1./var
1343                rd.powderdata[3] = np.zeros_like(rd.powderdata[0])                                       
1344                rd.powderdata[4] = np.zeros_like(rd.powderdata[0])                                       
1345                rd.powderdata[5] = np.zeros_like(rd.powderdata[0])                                       
1346            valuesdict = {
1347                'wtFactor':1.0,
1348                'Dummy':False,
1349                'ranId':ran.randint(0,sys.maxint),
1350                'Offset':[0.0,0.0],'delOffset':0.02,'refOffset':-1.0,'refDelt':0.01,
1351                'qPlot':False,'dPlot':False,'sqrtPlot':False
1352                }
1353            rd.Sample['ranId'] = valuesdict['ranId'] # this should be removed someday
1354            self.PatternTree.SetItemPyData(Id,[valuesdict,rd.powderdata])
1355            self.PatternTree.SetItemPyData(
1356                self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Comments'),
1357                rd.comments)
1358            Tmin = min(rd.powderdata[0])
1359            Tmax = max(rd.powderdata[0])
1360            self.PatternTree.SetItemPyData(
1361                self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Limits'),
1362                rd.pwdparms.get('Limits',[(Tmin,Tmax),[Tmin,Tmax]])
1363                )
1364            self.PatternId = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,Id,'Limits')
1365            self.PatternTree.SetItemPyData(
1366                self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Background'),
1367                rd.pwdparms.get('Background',
1368                    [['chebyschev',True,3,1.0,0.0,0.0],{'nDebye':0,'debyeTerms':[],'nPeaks':0,'peaksList':[]}])
1369                    )
1370            self.PatternTree.SetItemPyData(
1371                self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Instrument Parameters'),
1372                [Iparm1,Iparm2])
1373            self.PatternTree.SetItemPyData(
1374                self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Sample Parameters'),
1375                rd.Sample)
1376            self.PatternTree.SetItemPyData(
1377                self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Peak List')
1378                ,{'peaks':[],'sigDict':{}})
1379            self.PatternTree.SetItemPyData(
1380                self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Index Peak List'),
1381                [[],[]])
1382            self.PatternTree.SetItemPyData(
1383                self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Unit Cells List'),
1384                [])
1385            self.PatternTree.SetItemPyData(
1386                self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Reflection Lists'),
1387                {})
1388            # if any Control values have been set, move them into tree
1389            Controls = self.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root, 'Controls'))
1390            Controls.update(rd.Controls)
1391            newHistList.append(HistName)
1392        else:
1393            self.EnablePlot = True
1394            self.PatternTree.Expand(Id)
1395            self.PatternTree.SelectItem(Id)
1396           
1397        if not newHistList: return # somehow, no new histograms
1398        # make a list of phase names
1399        phaseRIdList,usedHistograms = self.GetPhaseInfofromTree()
1400        phaseNameList = usedHistograms.keys() # phase names in use
1401        if not phaseNameList: return # no phases yet, nothing to do
1402        header = 'Select phase(s) to add the new\npowder dataset(s) to:'
1403        for Name in newHistList:
1404            header += '\n  '+str(Name)
1405
1406        result = G2gd.ItemSelector(phaseNameList,self,header,header='Add to phase(s)',multiple=True)
1407        if not result: return
1408        # connect new phases to histograms
1409        sub = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases')
1410        if not sub:
1411            raise Exception('ERROR -- why are there no phases here?')
1412        item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(sub)
1413        iph = -1
1414        while item: # loop over (new) phases
1415            iph += 1
1416            phaseName = self.PatternTree.GetItemText(item)
1417            data = self.PatternTree.GetItemPyData(item)
1418            item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(sub, cookie)
1419            if iph not in result: continue
1420            generalData = data['General']
1421            SGData = generalData['SGData']
1422            UseList = data['Histograms']
1423            NShkl = len(G2spc.MustrainNames(SGData))
1424            NDij = len(G2spc.HStrainNames(SGData))
1425            for histoName in newHistList:
1426                UseList[histoName] = SetDefaultDData('PWDR',histoName,NShkl=NShkl,NDij=NDij)
1427                Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,histoName)
1428                refList = self.PatternTree.GetItemPyData(
1429                    G2gd.GetPatternTreeItemId(self,Id,'Reflection Lists'))
1430                refList[generalData['Name']] = []
1431        return # success
1432
1433    def OnDummyPowder(self,event):
1434        '''Called in response to Import/Powder Data/Simulate menu item
1435        to create a Dummy powder diffraction data set.
1436
1437        Reads an instrument parameter file and then gets input from the user
1438        '''
1439        # get a list of existing histograms
1440        PWDRlist = []
1441        if self.PatternTree.GetCount():
1442            item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
1443            while item:
1444                name = self.PatternTree.GetItemText(item)
1445                if name.startswith('PWDR ') and name not in PWDRlist:
1446                    PWDRlist.append(name)
1447                item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)
1448        # Initialize a base class reader
1449        rd = G2IO.ImportPowderData(
1450            extensionlist=tuple(),
1451            strictExtension=False,
1452            formatName = 'Simulate dataset',
1453            longFormatName = 'Compute a simulated pattern')
1454        rd.powderentry[0] = '' # no filename
1455        # #self.powderentry[1] = pos # bank offset (N/A here)
1456        rd.powderentry[2] = 1 # only one bank
1457        rd.comments.append('This is a dummy dataset for powder pattern simulation')
1458        self.CheckNotebook()
1459        Iparm = None
1460        lastIparmfile = ''
1461        lastdatafile = ''
1462        self.zipfile = None
1463        # get instrument parameters for it
1464        Iparm1,Iparm2 = self.GetPowderIparm(rd, Iparm, lastIparmfile, lastdatafile)
1465        if 'T' in Iparm1['Type'][0]:
1466            print('TOF simulation not supported yet')
1467            return False
1468        else:
1469            # need to get name, 2theta start, end, step
1470            rd.idstring = ' CW'
1471            if 'X' in Iparm1['Type'][0]:
1472                rd.idstring = 'CW x-ray simulation'
1473            else:
1474                rd.idstring = 'CW neutron simulation'
1475            # base initial range on wavelength
1476            wave = Iparm1.get('Lam')
1477            if wave:
1478                wave = wave[0]
1479            else:
1480                wave = Iparm1.get('Lam1')
1481                if wave:
1482                    wave = wave[0]
1483        N = 0
1484        while (N < 3): # insist on a dataset with a few points
1485            names = ('dataset name', 'start angle', 'end angle', 'step size')
1486            if not wave or wave < 1.0:
1487                inp = [rd.idstring, 10.,40.,0.005] # see names for what's what
1488            else:
1489                inp = [rd.idstring, 10.,80.,0.01] # see names for what's what
1490            dlg = G2G.ScrolledMultiEditor(
1491                self,[inp] * len(inp),range(len(inp)),names,
1492                header='Enter simulation name and range',
1493                minvals=(None,0.001,0.001,0.0001),
1494                maxvals=(None,180.,180.,.1),
1495                sizevals=((225,-1),)
1496                )
1497            dlg.CenterOnParent()
1498            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
1499                if inp[1] > inp[2]:
1500                    end,start,step = inp[1:]
1501                else:               
1502                    start,end,step = inp[1:]
1503                step = abs(step)
1504            else:
1505                return False
1506            N = int((end-start)/step)+1
1507            x = np.linspace(start,end,N,True)
1508            N = len(x)
1509        rd.powderdata = [
1510            np.array(x), # x-axis values
1511            np.zeros_like(x), # powder pattern intensities
1512            np.ones_like(x), # 1/sig(intensity)^2 values (weights)
1513            np.zeros_like(x), # calc. intensities (zero)
1514            np.zeros_like(x), # calc. background (zero)
1515            np.zeros_like(x), # obs-calc profiles
1516            ]
1517        Tmin = rd.powderdata[0][0]
1518        Tmax = rd.powderdata[0][-1]
1519        # data are read, now store them in the tree
1520        HistName = inp[0]
1521        HistName = 'PWDR '+HistName
1522        HistName = G2obj.MakeUniqueLabel(HistName,PWDRlist)  # make new histogram names unique
1523        Id = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text=HistName)
1524        valuesdict = {
1525            'wtFactor':1.0,
1526            'Dummy':True,
1527            'ranId':ran.randint(0,sys.maxint),
1528            'Offset':[0.0,0.0],'delOffset':0.02,'refOffset':-1.0,'refDelt':0.01,
1529            'qPlot':False,'dPlot':False,'sqrtPlot':False
1530            }
1531        self.PatternTree.SetItemPyData(Id,[valuesdict,rd.powderdata])
1532        self.PatternTree.SetItemPyData(
1533            self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Comments'),
1534            rd.comments)
1535        self.PatternTree.SetItemPyData(
1536            self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Limits'),
1537            [(Tmin,Tmax),[Tmin,Tmax]])
1538        self.PatternId = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,Id,'Limits')
1539        self.PatternTree.SetItemPyData(
1540            self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Background'),
1541            [['chebyschev',True,3,1.0,0.0,0.0],
1542             {'nDebye':0,'debyeTerms':[],'nPeaks':0,'peaksList':[]}])
1543        self.PatternTree.SetItemPyData(
1544            self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Instrument Parameters'),
1545            [Iparm1,Iparm2])
1546        self.PatternTree.SetItemPyData(
1547            self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Sample Parameters'),
1548            rd.Sample)
1549        self.PatternTree.SetItemPyData(
1550            self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Peak List')
1551            ,{'peaks':[],'sigDict':{}})
1552        self.PatternTree.SetItemPyData(
1553            self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Index Peak List'),
1554            [[],[]])
1555        self.PatternTree.SetItemPyData(
1556            self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Unit Cells List'),
1557            [])
1558        self.PatternTree.SetItemPyData(
1559            self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Reflection Lists'),
1560            {})
1561        self.PatternTree.Expand(Id)
1562        self.PatternTree.SelectItem(Id)
1563        print('Added simulation powder data '+str(HistName)+ 
1564              ' with parameters from '+str(rd.instmsg))
1565
1566        # make a list of phase names
1567        phaseRIdList,usedHistograms = self.GetPhaseInfofromTree()
1568        phaseNameList = usedHistograms.keys() # phase names in use
1569        if not phaseNameList: return # no phases yet, nothing to do
1570        header = 'Select phase(s) to add the new\npowder simulation (dummy) dataset to:'
1571        result = G2gd.ItemSelector(phaseNameList,self,header,header='Add to phase(s)',multiple=True)
1572        if not result: return
1573        # connect new phases to histograms
1574        sub = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases')
1575        if not sub:
1576            raise Exception('ERROR -- why are there no phases here?')
1577        item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(sub)
1578        iph = -1
1579        while item: # loop over (new) phases
1580            iph += 1
1581            phaseName = self.PatternTree.GetItemText(item)
1582            data = self.PatternTree.GetItemPyData(item)
1583            item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(sub, cookie)
1584            if iph not in result: continue
1585            generalData = data['General']
1586            SGData = generalData['SGData']
1587            UseList = data['Histograms']
1588            NShkl = len(G2spc.MustrainNames(SGData))
1589            NDij = len(G2spc.HStrainNames(SGData))
1590            UseList[HistName] = SetDefaultDData('PWDR',HistName,NShkl=NShkl,NDij=NDij)
1591            Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,HistName)
1592            refList = self.PatternTree.GetItemPyData(
1593                G2gd.GetPatternTreeItemId(self,Id,'Reflection Lists'))
1594            refList[generalData['Name']] = []
1595        return # success
1596
1597    def _Add_ImportMenu_smallangle(self,parent):
1598        '''configure the Small Angle Data menus accord to the readers found in _init_Imports
1599        '''
1600        submenu = wx.Menu()
1601        item = parent.AppendMenu(wx.ID_ANY, 'Small Angle Data',
1602            submenu, help='Import small angle data')
1603        for reader in self.ImportSmallAngleReaderlist:
1604            item = submenu.Append(wx.ID_ANY,help=reader.longFormatName,
1605                kind=wx.ITEM_NORMAL,text='from '+reader.formatName+' file')
1606            self.ImportMenuId[item.GetId()] = reader
1607            self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnImportSmallAngle, id=item.GetId())
1608        # item = submenu.Append(wx.ID_ANY,
1609        #     help='Import small angle data, use file to try to determine format',
1610        #     kind=wx.ITEM_NORMAL,text='guess format from file')
1611        # self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnImportSmallAngle, id=item.GetId())
1612
1613    def OnImportSmallAngle(self,event):
1614        '''Called in response to an Import/Small Angle Data/... menu item
1615        to read a small angle diffraction data set.
1616        dict self.ImportMenuId is used to look up the specific
1617        reader item associated with the menu item, which will be
1618        None for the last menu item, which is the "guess" option
1619        where all appropriate formats will be tried.
1620
1621        '''
1622       
1623        def GetSASDIparm(reader):
1624            parm = reader.instdict
1625            Iparm = {'Type':[parm['type'],parm['type'],0],'Lam':[parm['wave'],
1626                parm['wave'],0],'Azimuth':[0.,0.,0]}           
1627            return Iparm,{}
1628           
1629        # get a list of existing histograms
1630        SASDlist = []
1631        if self.PatternTree.GetCount():
1632            item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
1633            while item:
1634                name = self.PatternTree.GetItemText(item)
1635                if name.startswith('SASD ') and name not in SASDlist:
1636                    SASDlist.append(name)
1637                item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)
1638        # look up which format was requested
1639        reqrdr = self.ImportMenuId.get(event.GetId()) 
1640        rdlist = self.OnImportGeneric(
1641            reqrdr,self.ImportSmallAngleReaderlist,'Small Angle Data',multiple=True)
1642        if len(rdlist) == 0: return
1643        self.CheckNotebook()
1644        Iparm = None
1645        lastdatafile = ''
1646        newHistList = []
1647        self.EnablePlot = False
1648        for rd in rdlist:
1649            lastdatafile = rd.smallangleentry[0]
1650            HistName = rd.idstring
1651            HistName = 'SASD '+HistName
1652            # make new histogram names unique
1653            HistName = G2obj.MakeUniqueLabel(HistName,SASDlist)
1654            print 'Read small angle data '+str(HistName)+ \
1655                ' from file '+str(self.lastimport)
1656            # data are read, now store them in the tree
1657            Id = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text=HistName)
1658            Iparm1,Iparm2 = GetSASDIparm(rd)
1659#            if 'T' in Iparm1['Type'][0]:
1660#                if not rd.clockWd and rd.GSAS:
1661#                    rd.powderdata[0] *= 100.        #put back the CW centideg correction
1662#                cw = np.diff(rd.powderdata[0])
1663#                rd.powderdata[0] = rd.powderdata[0][:-1]+cw/2.
1664#                rd.powderdata[1] = rd.powderdata[1][:-1]/cw
1665#                rd.powderdata[2] = rd.powderdata[2][:-1]*cw**2  #1/var=w at this point
1666#                if 'Itype' in Iparm2:
1667#                    Ibeg = np.searchsorted(rd.powderdata[0],Iparm2['Tminmax'][0])
1668#                    Ifin = np.searchsorted(rd.powderdata[0],Iparm2['Tminmax'][1])
1669#                    rd.powderdata[0] = rd.powderdata[0][Ibeg:Ifin]
1670#                    YI,WYI = G2pwd.calcIncident(Iparm2,rd.powderdata[0])
1671#                    rd.powderdata[1] = rd.powderdata[1][Ibeg:Ifin]/YI
1672#                    var = 1./rd.powderdata[2][Ibeg:Ifin]
1673#                    var += WYI*rd.powderdata[1]**2
1674#                    var /= YI**2
1675#                    rd.powderdata[2] = 1./var
1676#                rd.powderdata[3] = np.zeros_like(rd.powderdata[0])                                       
1677#                rd.powderdata[4] = np.zeros_like(rd.powderdata[0])                                       
1678#                rd.powderdata[5] = np.zeros_like(rd.powderdata[0])                                       
1679            Tmin = min(rd.smallangledata[0])
1680            Tmax = max(rd.smallangledata[0])
1681            valuesdict = {
1682                'wtFactor':1.0,
1683                'Dummy':False,
1684                'ranId':ran.randint(0,sys.maxint),
1685                }
1686            rd.Sample['ranId'] = valuesdict['ranId'] # this should be removed someday
1687            self.PatternTree.SetItemPyData(Id,[valuesdict,rd.smallangledata])
1688            self.PatternTree.SetItemPyData(
1689                self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Comments'),
1690                rd.comments)
1691            self.PatternTree.SetItemPyData(
1692                self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Limits'),
1693                [(Tmin,Tmax),[Tmin,Tmax]])
1694            self.PatternId = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,Id,'Limits')
1695            self.PatternTree.SetItemPyData(
1696                self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Instrument Parameters'),
1697                [Iparm1,Iparm2])
1698            self.PatternTree.SetItemPyData(
1699                self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Substances'),G2pdG.SetDefaultSubstances())
1700            self.PatternTree.SetItemPyData(
1701                self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Sample Parameters'),
1702                rd.Sample)
1703            self.PatternTree.SetItemPyData(
1704                self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Models'),G2pdG.SetDefaultSASDModel())
1705            newHistList.append(HistName)
1706        else:
1707            self.EnablePlot = True
1708            self.PatternTree.Expand(Id)
1709            self.PatternTree.SelectItem(Id)
1710           
1711        if not newHistList: return # somehow, no new histograms
1712        return # success
1713
1714    def OnMacroRecordStatus(self,event,setvalue=None):
1715        '''Called when the record macro menu item is used which toggles the
1716        value. Alternately a value to be set can be provided. Note that this
1717        routine is made more complex because on the Mac there are lots of menu
1718        items (listed in self.MacroStatusList) and this loops over all of them.
1719        '''
1720        nextvalue = log.ShowLogStatus() != True
1721        if setvalue is not None:
1722            nextvalue = setvalue
1723        if nextvalue:
1724            log.LogOn()
1725            set2 = True
1726        else:
1727            log.LogOff()
1728            set2 = False
1729        for menuitem in self.MacroStatusList:
1730            menuitem.Check(set2)
1731
1732    def _init_Macro(self):
1733        '''Define the items in the macro menu.
1734        '''
1735        menu = self.MacroMenu
1736        item = menu.Append(
1737                help='Start or stop recording of menu actions, etc.', id=wx.ID_ANY,
1738                kind=wx.ITEM_CHECK,text='Record actions')
1739        self.MacroStatusList.append(item)
1740        item.Check(log.ShowLogStatus())
1741        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnMacroRecordStatus, item)
1742
1743        # this may only be of value for development work
1744        item = menu.Append(
1745            help='Show logged commands', id=wx.ID_ANY,
1746            kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Show log')
1747        def OnShowLog(event):
1748            print 70*'='
1749            print 'List of logged actions'
1750            for i,line in enumerate(log.G2logList):
1751                if line: print i,line
1752            print 70*'='
1753        self.Bind(wx.EVT_MENU, OnShowLog, item)
1754
1755        item = menu.Append(
1756            help='Clear logged commands', id=wx.ID_ANY,
1757            kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Clear log')
1758        def OnClearLog(event): log.G2logList=[None]
1759        self.Bind(wx.EVT_MENU, OnClearLog, item)
1760       
1761        item = menu.Append(
1762            help='Save logged commands to file', id=wx.ID_ANY,
1763            kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Save log')
1764        def OnSaveLog(event):
1765            import cPickle
1766            defnam = os.path.splitext(
1767                os.path.split(self.GSASprojectfile)[1]
1768                )[0]+'.gcmd'
1769            dlg = wx.FileDialog(self,
1770                'Choose an file to save past actions', '.', defnam, 
1771                'GSAS-II cmd output (*.gcmd)|*.gcmd',
1772                wx.FD_SAVE|wx.FD_OVERWRITE_PROMPT|wx.CHANGE_DIR)
1773            dlg.CenterOnParent()
1774            try:
1775                if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
1776                    filename = dlg.GetPath()
1777                    # make sure extension is correct
1778                    filename = os.path.splitext(filename)[0]+'.gcmd'
1779                else:
1780                    filename = None
1781            finally:
1782                dlg.Destroy()
1783            if filename:
1784                fp = open(filename,'wb')
1785                fp.write(str(len(log.G2logList)-1)+'\n')
1786                for item in log.G2logList:
1787                    if item: cPickle.dump(item,fp)
1788                fp.close()
1789        self.Bind(wx.EVT_MENU, OnSaveLog, item)
1790
1791        item = menu.Append(
1792            help='Load logged commands from file', id=wx.ID_ANY,
1793            kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Load log')
1794        def OnLoadLog(event):
1795            # this appends. Perhaps we should ask to clear?
1796            import cPickle
1797            defnam = os.path.splitext(
1798                os.path.split(self.GSASprojectfile)[1]
1799                )[0]+'.gcmd'
1800            dlg = wx.FileDialog(self,
1801                'Choose an file to read saved actions', '.', defnam, 
1802                'GSAS-II cmd output (*.gcmd)|*.gcmd',
1803                wx.OPEN|wx.CHANGE_DIR)
1804            dlg.CenterOnParent()
1805            try:
1806                if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
1807                    filename = dlg.GetPath()
1808                    # make sure extension is correct
1809                    filename = os.path.splitext(filename)[0]+'.gcmd'
1810                else:
1811                    filename = None
1812            finally:
1813                dlg.Destroy()
1814            if filename and os.path.exists(filename):
1815                fp = open(filename,'rb')
1816                lines = fp.readline()
1817                for i in range(int(lines)):
1818                    log.G2logList.append(cPickle.load(fp))
1819                fp.close()
1820        self.Bind(wx.EVT_MENU, OnLoadLog, item)
1821
1822        item = menu.Append(
1823            help='Replay saved commands', id=wx.ID_ANY,
1824            kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Replay log')
1825        self.Bind(wx.EVT_MENU, log.ReplayLog, item)
1826
1827    def _init_Exports(self,menu):
1828        '''Find exporter routines and add them into menus
1829        '''
1830        # set up the top-level menus
1831        projectmenu = wx.Menu()
1832        item = menu.AppendMenu(
1833            wx.ID_ANY, 'Entire project as',
1834            projectmenu, help='Export entire project')
1835
1836        phasemenu = wx.Menu()
1837        item = menu.AppendMenu(
1838            wx.ID_ANY, 'Phase as',
1839            phasemenu, help='Export phase or sometimes phases')
1840
1841        powdermenu = wx.Menu()
1842        item = menu.AppendMenu(
1843            wx.ID_ANY, 'Powder data as',
1844            powdermenu, help='Export powder diffraction histogram(s)')
1845
1846        singlemenu = wx.Menu()
1847        item = menu.AppendMenu(
1848            wx.ID_ANY, 'Single crystal data as',
1849            singlemenu, help='Export single crystal histogram(s)')
1850
1851        imagemenu = wx.Menu()
1852        item = menu.AppendMenu(
1853            wx.ID_ANY, 'Image data as',
1854            imagemenu, help='Export powder image(s) data')
1855
1856        mapmenu = wx.Menu()
1857        item = menu.AppendMenu(
1858            wx.ID_ANY, 'Maps as',
1859            mapmenu, help='Export density map(s)')
1860
1861        # pdfmenu = wx.Menu()
1862        # item = menu.AppendMenu(
1863        #     wx.ID_ANY, 'PDFs as',
1864        #     pdfmenu, help='Export pair distribution function(s)')
1865
1866        # find all the exporter files
1867        pathlist = sys.path
1868        filelist = []
1869        for path in pathlist:
1870            for filename in glob.iglob(os.path.join(path,"G2export*.py")):
1871                filelist.append(filename)   
1872        filelist = sorted(list(set(filelist))) # remove duplicates
1873        exporterlist = []
1874        # go through the routines and import them, saving objects that
1875        # have export routines (method Exporter)
1876        for filename in filelist:
1877            path,rootname = os.path.split(filename)
1878            pkg = os.path.splitext(rootname)[0]
1879            try:
1880                fp = None
1881                fp, fppath,desc = imp.find_module(pkg,[path,])
1882                pkg = imp.load_module(pkg,fp,fppath,desc)
1883                for clss in inspect.getmembers(pkg): # find classes defined in package
1884                    if clss[0].startswith('_'): continue
1885                    if inspect.isclass(clss[1]):
1886                        # check if we have the required methods
1887                        for m in 'Exporter','loadParmDict':
1888                            if not hasattr(clss[1],m): break
1889                            if not callable(getattr(clss[1],m)): break
1890                        else:
1891                            exporter = clss[1](self) # create an export instance
1892                            exporterlist.append(exporter)
1893            except AttributeError:
1894                print 'Import_'+errprefix+': Attribute Error'+str(filename)
1895                pass
1896            except ImportError:
1897                print 'Import_'+errprefix+': Error importing file'+str(filename)
1898                pass
1899            if fp: fp.close()
1900        # Add submenu item(s) for each Exporter by its self-declared type (can be more than one)
1901        for obj in exporterlist:
1902            #print 'exporter',obj
1903            for typ in obj.exporttype:
1904                if typ == "project":
1905                    submenu = projectmenu
1906                elif typ == "phase":
1907                    submenu = phasemenu
1908                elif typ == "powder":
1909                    submenu = powdermenu
1910                elif typ == "single":
1911                    submenu = singlemenu
1912                elif typ == "image":
1913                    submenu = imagemenu
1914                elif typ == "map":
1915                    submenu = mapmenu
1916                # elif typ == "pdf":
1917                #     submenu = pdfmenu
1918                else:
1919                    print("Error, unknown type in "+str(obj))
1920                    break
1921                item = submenu.Append(
1922                    wx.ID_ANY,
1923                    help=obj.longFormatName,
1924                    kind=wx.ITEM_NORMAL,
1925                    text=obj.formatName)
1926                self.Bind(wx.EVT_MENU, obj.Exporter, id=item.GetId())
1927                self.ExportLookup[item.GetId()] = typ # lookup table for submenu item
1928               
1929        #code to debug an Exporter. hard-coded the routine below, to allow a reload before use
1930        # def DebugExport(event):
1931        #      print 'start reload'
1932        #      reload(G2IO)
1933        #      import G2export_pwdr as dev
1934        #      reload(dev)
1935        #      dev.ExportPowderFXYE(self).Exporter(event)
1936        # item = menu.Append(
1937        #     wx.ID_ANY,kind=wx.ITEM_NORMAL,
1938        #     help="debug exporter",text="test Export FXYE")
1939        # self.Bind(wx.EVT_MENU, DebugExport, id=item.GetId())
1940        # # #self.ExportLookup[item.GetId()] = 'image'
1941        # self.ExportLookup[item.GetId()] = 'powder'
1942
1943    def _Add_ExportMenuItems(self,parent):
1944        # item = parent.Append(
1945        #     help='Select PWDR item to enable',id=wx.ID_ANY,
1946        #     kind=wx.ITEM_NORMAL,
1947        #     text='Export Powder Patterns...')
1948        # self.ExportPattern.append(item)
1949        # item.Enable(False)
1950        # self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnExportPatterns, id=item.GetId())
1951
1952        item = parent.Append(
1953            help='',id=wx.ID_ANY,
1954            kind=wx.ITEM_NORMAL,
1955            text='Export All Peak Lists...')
1956        self.ExportPeakList.append(item)
1957        item.Enable(True)
1958        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnExportPeakList, id=item.GetId())
1959
1960        item = parent.Append(
1961            help='',id=wx.ID_ANY,
1962            kind=wx.ITEM_NORMAL,
1963            text='Export HKLs...')
1964        self.ExportHKL.append(item)
1965        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnExportHKL, id=item.GetId())
1966
1967        item = parent.Append(
1968            help='Select PDF item to enable',
1969            id=wx.ID_ANY,
1970            kind=wx.ITEM_NORMAL,
1971            text='Export PDF...')
1972        self.ExportPDF.append(item)
1973        item.Enable(False)
1974        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnExportPDF, id=item.GetId())
1975
1976    def FillMainMenu(self,menubar):
1977        '''Define contents of the main GSAS-II menu for the (main) data tree window.
1978        For the mac, this is also called for the data item windows as well so that
1979        the main menu items are data menu as well.
1980        '''
1981        File = wx.Menu(title='')
1982        menubar.Append(menu=File, title='&File')
1983        self._Add_FileMenuItems(File)
1984        Data = wx.Menu(title='')
1985        menubar.Append(menu=Data, title='Data')
1986        self._Add_DataMenuItems(Data)
1987        Calculate = wx.Menu(title='')       
1988        menubar.Append(menu=Calculate, title='&Calculate')
1989        self._Add_CalculateMenuItems(Calculate)
1990        Import = wx.Menu(title='')       
1991        menubar.Append(menu=Import, title='Import')
1992        self._Add_ImportMenu_Phase(Import)
1993        self._Add_ImportMenu_powder(Import)
1994        self._Add_ImportMenu_Sfact(Import)
1995        self._Add_ImportMenu_smallangle(Import)
1996        #======================================================================
1997        # Code to help develop/debug an importer, much is hard-coded below
1998        # but module is reloaded before each use, allowing faster testing
1999        # def DebugImport(event):
2000        #     print 'start reload'
2001        #     import G2phase_ISO as dev
2002        #     reload(dev)
2003        #     rd = dev.ISODISTORTPhaseReader()
2004        #     self.ImportMenuId[event.GetId()] = rd
2005        #     self.OnImportPhase(event)
2006            # or ----------------------------------------------------------------------
2007            #self.OnImportGeneric(rd,[],'test of ISODISTORTPhaseReader')
2008            # special debug code
2009            # or ----------------------------------------------------------------------
2010            # filename = '/Users/toby/projects/branton/subgroup_cif.txt'
2011            # fp = open(filename,'Ur')
2012            # if not rd.ContentsValidator(fp):
2013            #     print 'not validated'
2014            #     # make a list of used phase ranId's
2015            # phaseRIdList = []
2016            # sub = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases')
2017            # if sub:
2018            #     item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(sub)
2019            #     while item:
2020            #         phaseName = self.PatternTree.GetItemText(item)
2021            #         ranId = self.PatternTree.GetItemPyData(item).get('ranId')
2022            #         if ranId: phaseRIdList.append(ranId)
2023            #         item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(sub, cookie)
2024            # if rd.Reader(filename,fp,usedRanIdList=phaseRIdList):
2025            #     print 'read OK'
2026        # item = Import.Append(
2027        #     wx.ID_ANY,kind=wx.ITEM_NORMAL,
2028        #     help="debug importer",text="test importer")
2029        # self.Bind(wx.EVT_MENU, DebugImport, id=item.GetId())
2030        #======================================================================
2031        self.ExportMenu = wx.Menu(title='')
2032        menubar.Append(menu=self.ExportMenu, title='Export')
2033        self._init_Exports(self.ExportMenu)
2034        self._Add_ExportMenuItems(self.ExportMenu)
2035        if GSASIIpath.GetConfigValue('Enable_logging'):
2036            self.MacroMenu = wx.Menu(title='')
2037            menubar.Append(menu=self.MacroMenu, title='Macro')
2038            self._init_Macro()
2039        HelpMenu=G2G.MyHelp(self,helpType='Data tree',
2040            morehelpitems=[
2041                           ('&Tutorials','Tutorials'), 
2042                           ])
2043        menubar.Append(menu=HelpMenu,title='&Help')
2044
2045    def _init_ctrls(self, parent):
2046        wx.Frame.__init__(self, name='GSASII', parent=parent,
2047            size=wx.Size(400, 250),style=wx.DEFAULT_FRAME_STYLE, title='GSAS-II data tree')
2048        clientSize = wx.ClientDisplayRect()
2049        Size = self.GetSize()
2050        xPos = clientSize[2]-Size[0]
2051        self.SetPosition(wx.Point(xPos,clientSize[1]))
2052        self._init_Imports()
2053        #initialize Menu item objects (these contain lists of menu items that are enabled or disabled)
2054        self.MakePDF = []
2055        self.Refine = []
2056        self.SeqRefine = [] # pointer(s) to Sequential Refinement menu objects
2057        #self.ExportPattern = []
2058        self.ExportPeakList = []
2059        self.ExportHKL = []
2060        self.ExportPDF = []
2061        self.ExportPhase = []
2062        self.ExportCIF = []
2063        #
2064        self.GSASIIMenu = wx.MenuBar()
2065        # create a list of all dataframe menus (appended in PrefillDataMenu)
2066        self.dataMenuBars = [self.GSASIIMenu]
2067        self.MacroStatusList = []
2068        self.FillMainMenu(self.GSASIIMenu)
2069        self.SetMenuBar(self.GSASIIMenu)
2070        self.Bind(wx.EVT_SIZE, self.OnSize)
2071        self.Status = self.CreateStatusBar()
2072        self.mainPanel = wx.Panel(self,-1)
2073       
2074        wxID_PATTERNTREE = wx.NewId()
2075        #self.PatternTree = wx.TreeCtrl(id=wxID_PATTERNTREE, # replaced for logging
2076        self.PatternTree = G2G.G2TreeCtrl(id=wxID_PATTERNTREE,
2077            parent=self.mainPanel, pos=wx.Point(0, 0),style=wx.TR_DEFAULT_STYLE )
2078        self.PatternTree.Bind(wx.EVT_TREE_SEL_CHANGED, self.OnPatternTreeSelChanged)
2079        self.PatternTree.Bind(wx.EVT_TREE_ITEM_COLLAPSED,
2080            self.OnPatternTreeItemCollapsed, id=wxID_PATTERNTREE)
2081        self.PatternTree.Bind(wx.EVT_TREE_ITEM_EXPANDED,
2082            self.OnPatternTreeItemExpanded, id=wxID_PATTERNTREE)
2083        self.PatternTree.Bind(wx.EVT_TREE_DELETE_ITEM,
2084            self.OnPatternTreeItemDelete, id=wxID_PATTERNTREE)
2085        self.PatternTree.Bind(wx.EVT_TREE_KEY_DOWN,
2086            self.OnPatternTreeKeyDown, id=wxID_PATTERNTREE)
2087        self.PatternTree.Bind(wx.EVT_TREE_BEGIN_RDRAG,
2088            self.OnPatternTreeBeginRDrag, id=wxID_PATTERNTREE)       
2089        self.PatternTree.Bind(wx.EVT_TREE_END_DRAG,
2090            self.OnPatternTreeEndDrag, id=wxID_PATTERNTREE)       
2091        #self.root = self.PatternTree.AddRoot('Loaded Data: ')
2092        self.root = self.PatternTree.root
2093        plotFrame = wx.Frame(None,-1,'GSASII Plots',size=wx.Size(700,600), \
2094            style=wx.DEFAULT_FRAME_STYLE ^ wx.CLOSE_BOX)
2095        self.G2plotNB = G2plt.G2PlotNoteBook(plotFrame)
2096        plotFrame.Show()
2097       
2098        self.dataDisplay = None
2099       
2100    def __init__(self, parent):
2101        self.ExportLookup = {}
2102        self._init_ctrls(parent)
2103        self.Image = wx.Image(
2104            os.path.join(GSASIIpath.path2GSAS2,'gsas2.ico'),
2105            wx.BITMAP_TYPE_ICO)
2106        if "wxMSW" in wx.PlatformInfo:
2107            img = self.Image.Scale(16, 16).ConvertToBitmap()
2108        elif "wxGTK" in wx.PlatformInfo:
2109            img = self.Image.Scale(22, 22).ConvertToBitmap()
2110        else:
2111            img = self.Image.ConvertToBitmap()
2112        self.SetIcon(wx.IconFromBitmap(img))
2113        self.Bind(wx.EVT_CLOSE, self.ExitMain)
2114        # various defaults
2115        self.oldFocus = None
2116        self.GSASprojectfile = ''
2117        self.dirname = os.path.expanduser('~')       #start in the users home directory by default; may be meaningless
2118        self.exportDir = None  # the last directory used for exports, if any.
2119        self.undofile = ''
2120        self.TreeItemDelete = False
2121        self.plotStyle = {'qPlot':False,'dPlot':False,'sqrtPlot':False}
2122        self.Weight = False
2123        self.IfPlot = False
2124        self.DDShowAll = False
2125        self.PatternId = 0
2126        self.PickId = 0
2127        self.PickIdText = None
2128        self.PeakTable = []
2129        self.LimitsTable = []
2130        self.ifX20 = True   #use M20 /= (1+X20) in powder indexing, etc.
2131        self.HKL = []
2132        self.Lines = []
2133        self.itemPicked = None
2134        self.dataFrame = None
2135        self.Interpolate = 'nearest'
2136        self.ContourColor = 'Paired'
2137        self.VcovColor = 'RdYlGn'
2138        self.RamaColor = 'Blues'
2139        self.Projection = 'equal area'
2140        self.logPlot = False
2141        self.sqPlot = False
2142        self.ErrorBars = False
2143        self.Contour = False
2144        self.Legend = False
2145        self.SinglePlot = True
2146        self.SubBack = False
2147        self.seqReverse = False
2148        self.seqLines = True #draw lines between points
2149        self.plotView = 0
2150        self.Image = 0
2151        self.oldImagefile = ''
2152        self.ImageZ = []
2153        self.Integrate = 0
2154        self.imageDefault = {}
2155        self.Sngl = False
2156        self.ifGetRing = False
2157        self.MaskKey = ''           #trigger for making image masks
2158        self.StrainKey = ''         #ditto for new strain d-zeros
2159        self.EnablePlot = True
2160        if GSASIIpath.GetConfigValue('Starting_directory'):
2161            try: 
2162                os.chdir(GSASIIpath.GetConfigValue('Starting_directory'))
2163            except:
2164                print('Ignoring Config Starting_directory value: '+
2165                      GSASIIpath.GetConfigValue('Starting_directory'))
2166        arg = sys.argv
2167        if len(arg) > 1 and arg[1]:
2168            self.GSASprojectfile = os.path.splitext(arg[1])[0]+'.gpx'
2169            self.dirname = os.path.dirname(arg[1])
2170            if self.dirname: os.chdir(self.dirname)
2171            try:
2172                self.StartProject()         #open the file if possible
2173            except Exception:
2174                print 'Error opening or reading file',arg[1]
2175                import traceback
2176                print traceback.format_exc()
2177             
2178        self.ImportDir = os.path.normpath(os.getcwd()) # specifies a default path to be used for imports
2179        if GSASIIpath.GetConfigValue('Import_directory'):
2180            self.ImportDir = GSASIIpath.GetConfigValue('Import_directory')
2181           
2182    def GetTreeItemsList(self,item):
2183        return self.PatternTree._getTreeItemsList(item)
2184
2185    def OnSize(self,event):
2186        'Called when the main window is resized. Not sure why'
2187        w,h = self.GetClientSizeTuple()
2188        self.mainPanel.SetSize(wx.Size(w,h))
2189        self.PatternTree.SetSize(wx.Size(w,h))
2190                       
2191    def OnPatternTreeSelChanged(self, event):
2192        '''Called when a data tree item is selected'''
2193        if self.TreeItemDelete:
2194            self.TreeItemDelete = False
2195        else:
2196            pltNum = self.G2plotNB.nb.GetSelection()
2197            if pltNum >= 0:                         #to avoid the startup with no plot!
2198                pltPage = self.G2plotNB.nb.GetPage(pltNum)
2199                pltPlot = pltPage.figure
2200            item = event.GetItem()
2201            G2gd.MovePatternTreeToGrid(self,item)
2202            if self.oldFocus:
2203                self.oldFocus.SetFocus()
2204       
2205    def OnPatternTreeItemCollapsed(self, event):
2206        'Called when a tree item is collapsed - all children will be collapsed'
2207        self.PatternTree.CollapseAllChildren(event.GetItem())
2208
2209    def OnPatternTreeItemExpanded(self, event):
2210        'Called when a tree item is expanded'
2211        self.OnPatternTreeSelChanged(event)
2212        event.Skip()
2213       
2214    def OnPatternTreeItemDelete(self, event):
2215        'Called when a tree item is deleted -- not sure what this does'
2216        self.TreeItemDelete = True
2217
2218    def OnPatternTreeItemActivated(self, event):
2219        'Called when a tree item is activated'
2220        event.Skip()
2221       
2222    def OnPatternTreeBeginRDrag(self,event):
2223        event.Allow()
2224        self.BeginDragId = event.GetItem()
2225        self.ParentId = self.PatternTree.GetItemParent(self.BeginDragId)
2226        DragText = self.PatternTree.GetItemText(self.BeginDragId)
2227        self.DragData = [[DragText,self.PatternTree.GetItemPyData(self.BeginDragId)],]
2228        item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.BeginDragId)
2229        while item:     #G2 data tree has no sub children under a child of a tree item
2230            name = self.PatternTree.GetItemText(item)
2231            self.DragData.append([name,self.PatternTree.GetItemPyData(item)])
2232            item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.BeginDragId, cookie)                           
2233       
2234    def OnPatternTreeEndDrag(self,event):
2235        event.Allow()
2236        self.EndDragId = event.GetItem()
2237        try:
2238            NewParent = self.PatternTree.GetItemParent(self.EndDragId)
2239        except:
2240            self.EndDragId = self.PatternTree.GetLastChild(self.root)
2241            NewParent = self.root
2242        if self.ParentId != NewParent:
2243            self.ErrorDialog('Drag not allowed','Wrong parent for item dragged')
2244        else:
2245            Name,Item = self.DragData[0]
2246            NewId = self.PatternTree.InsertItem(self.ParentId,self.EndDragId,Name,data=None)
2247            self.PatternTree.SetItemPyData(NewId,Item)
2248            for name,item in self.DragData[1:]:     #loop over children
2249                Id = self.PatternTree.AppendItem(parent=NewId,text=name)
2250                self.PatternTree.SetItemPyData(Id,item)
2251            self.PatternTree.Delete(self.BeginDragId)
2252            G2gd.MovePatternTreeToGrid(self,NewId)
2253       
2254    def OnPatternTreeKeyDown(self,event): #doesn't exactly work right with Shift key down
2255        'Allows stepping through the tree with the up/down arrow keys'
2256        self.oldFocus = wx.Window.FindFocus()
2257        keyevt = event.GetKeyEvent()
2258        key = event.GetKeyCode()
2259        item = self.PatternTree.GetSelection()
2260        if type(item) is int: return # is this the toplevel in tree?
2261        name = self.PatternTree.GetItemText(item)
2262        parent = self.PatternTree.GetItemParent(item)
2263        if key == wx.WXK_UP:
2264            if keyevt.GetModifiers() == wx.MOD_SHIFT and parent != self.root:
2265                if type(parent) is int: return # is this the toplevel in tree?
2266                prev = self.PatternTree.GetPrevSibling(parent)
2267                NewId = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,prev,name)
2268                if NewId:
2269                    self.PatternTree.Collapse(parent)
2270                    self.PatternTree.Expand(prev)
2271                    self.oldFocus = wx.Window.FindFocus()
2272                    wx.CallAfter(self.PatternTree.SelectItem,NewId)
2273                else:
2274                    wx.CallAfter(self.PatternTree.SelectItem,item)
2275            else:   
2276                self.PatternTree.GetPrevSibling(item)
2277                self.PatternTree.SelectItem(item)
2278        elif key == wx.WXK_DOWN:
2279            if keyevt.GetModifiers() == wx.MOD_SHIFT and parent != self.root:
2280                next = self.PatternTree.GetNextSibling(parent)
2281                NewId = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,next,name)
2282                if NewId:
2283                    self.PatternTree.Collapse(parent)
2284                    self.PatternTree.Expand(next)
2285                    self.oldFocus = wx.Window.FindFocus()
2286                    wx.CallAfter(self.PatternTree.SelectItem,NewId)
2287                else:
2288                    wx.CallAfter(self.PatternTree.SelectItem,item)
2289            else:   
2290                self.PatternTree.GetNextSibling(item)
2291                self.PatternTree.SelectItem(item)
2292               
2293    def OnReadPowderPeaks(self,event):
2294        'Bound to menu Data/Read Powder Peaks'
2295        Cuka = 1.54052
2296        self.CheckNotebook()
2297        dlg = wx.FileDialog(self, 'Choose file with peak list', '.', '', 
2298            'peak files (*.txt)|*.txt|All files (*.*)|*.*',wx.OPEN|wx.CHANGE_DIR)
2299        try:
2300            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
2301                self.HKL = []
2302                self.powderfile = dlg.GetPath()
2303                comments,peaks = G2IO.GetPowderPeaks(self.powderfile)
2304                Id = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text='PKS '+os.path.basename(self.powderfile))
2305                data = ['PKS',Cuka,0.0]
2306                names = ['Type','Lam','Zero'] 
2307                codes = [0,0,0]
2308                inst = [G2IO.makeInstDict(names,data,codes),{}]
2309                self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Instrument Parameters'),inst)
2310                self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Comments'),comments)
2311                self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Index Peak List'),[peaks,[]])
2312                self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Unit Cells List'),[])             
2313                self.PatternTree.Expand(Id)
2314                self.PatternTree.SelectItem(Id)
2315                os.chdir(dlg.GetDirectory())           # to get Mac/Linux to change directory!
2316        finally:
2317            dlg.Destroy()
2318                       
2319    def OnImageRead(self,event):
2320        'Called to read in an image in any known format'
2321        self.CheckNotebook()
2322        dlg = wx.FileDialog(
2323            self, 'Choose image files', '.', '',
2324            'Any supported image file (*.edf;*.tif;*.tiff;*.mar*;*.ge*;*.avg;*.sum;*.img;*.G2img;*.png)|'
2325            '*.edf;*.tif;*.tiff;*.mar*;*.ge*;*.avg;*.sum;*.img;*.G2img;*.png;*.zip|'
2326            'European detector file (*.edf)|*.edf|'
2327            'Any detector tif (*.tif;*.tiff)|*.tif;*.tiff|'
2328            'MAR file (*.mar*)|*.mar*|'
2329            'GE Image (*.ge*;*.avg;*.sum)|*.ge*;*.avg;*.sum|'
2330            'ADSC Image (*.img)|*.img|'
2331            'GSAS-II Image (*.G2img)|*.G2img|'
2332            'Portable Network Graphics image (*.png)|*.png|'
2333            'Zip archive (*.zip)|*.zip|'
2334            'All files (*.*)|*.*',
2335            wx.OPEN | wx.MULTIPLE|wx.CHANGE_DIR)
2336        try:
2337            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
2338                imagefiles = dlg.GetPaths()
2339                imagefiles.sort()
2340                for imagefile in imagefiles:
2341                    # if a zip file, open and extract
2342                    if os.path.splitext(imagefile)[1].lower() == '.zip':
2343                        extractedfile = G2IO.ExtractFileFromZip(imagefile,parent=self)
2344                        if extractedfile is not None and extractedfile != imagefile:
2345                            imagefile = extractedfile
2346                    Comments,Data,Npix,Image = G2IO.GetImageData(self,imagefile)
2347                    if Comments:
2348                        Id = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text='IMG '+os.path.basename(imagefile))
2349                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Comments'),Comments)
2350                        Imax = np.amax(Image)
2351                        Imin = max(0.0,np.amin(Image))          #force positive
2352                        if self.imageDefault:
2353                            Data = copy.copy(self.imageDefault)
2354                            Data['showLines'] = True
2355                            Data['ring'] = []
2356                            Data['rings'] = []
2357                            Data['cutoff'] = 10
2358                            Data['pixLimit'] = 20
2359                            Data['edgemin'] = 100000000
2360                            Data['calibdmin'] = 0.5
2361                            Data['calibskip'] = 0
2362                            Data['ellipses'] = []
2363                            Data['calibrant'] = ''
2364                            Data['GonioAngles'] = [0.,0.,0.]
2365                            Data['DetDepthRef'] = False
2366                        else:
2367                            Data['type'] = 'PWDR'
2368                            Data['color'] = 'Paired'
2369                            Data['tilt'] = 0.0
2370                            Data['rotation'] = 0.0
2371                            Data['showLines'] = False
2372                            Data['ring'] = []
2373                            Data['rings'] = []
2374                            Data['cutoff'] = 10
2375                            Data['pixLimit'] = 20
2376                            Data['calibdmin'] = 0.5
2377                            Data['calibskip'] = 0
2378                            Data['edgemin'] = 100000000
2379                            Data['ellipses'] = []
2380                            Data['GonioAngles'] = [0.,0.,0.]
2381                            Data['DetDepth'] = 0.
2382                            Data['DetDepthRef'] = False
2383                            Data['calibrant'] = ''
2384                            Data['IOtth'] = [2.0,5.0]
2385                            Data['LRazimuth'] = [135,225]
2386                            Data['azmthOff'] = 0.0
2387                            Data['outChannels'] = 2500
2388                            Data['outAzimuths'] = 1
2389                            Data['centerAzm'] = False
2390                            Data['fullIntegrate'] = False
2391                            Data['setRings'] = False
2392                            Data['background image'] = ['',-1.0]                           
2393                            Data['dark image'] = ['',-1.0]
2394                            Data['Flat Bkg'] = 0.0
2395                        Data['setDefault'] = False
2396                        Data['range'] = [(Imin,Imax),[Imin,Imax]]
2397                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Image Controls'),Data)
2398                        Masks = {'Points':[],'Rings':[],'Arcs':[],'Polygons':[],'Frames':[],'Thresholds':[(Imin,Imax),[Imin,Imax]]}
2399                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Masks'),Masks)
2400                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Stress/Strain'),
2401                            {'Type':'True','d-zero':[],'Sample phi':0.0,'Sample z':0.0,'Sample load':0.0})
2402                        self.PatternTree.SetItemPyData(Id,[Npix,imagefile])
2403                        self.PickId = Id
2404                        self.PickIdText = self.GetTreeItemsList(self.PickId)
2405                        self.Image = Id
2406                os.chdir(dlg.GetDirectory())           # to get Mac/Linux to change directory!               
2407                self.PatternTree.SelectItem(G2gd.GetPatternTreeItemId(self,Id,'Image Controls'))             #show last one
2408        finally:
2409            path = dlg.GetDirectory()           # to get Mac/Linux to change directory!
2410            os.chdir(path)
2411            dlg.Destroy()
2412
2413    def CheckNotebook(self):
2414        '''Make sure the data tree has the minimally expected controls.
2415        (BHT) correct?
2416        '''
2417        if not G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Notebook'):
2418            sub = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text='Notebook')
2419            self.PatternTree.SetItemPyData(sub,[''])
2420        if not G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Controls'):
2421            sub = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text='Controls')
2422            self.PatternTree.SetItemPyData(sub,copy.copy(G2obj.DefaultControls))
2423        if not G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Covariance'):
2424            sub = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text='Covariance')
2425            self.PatternTree.SetItemPyData(sub,{})
2426        if not G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Constraints'):
2427            sub = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text='Constraints')
2428            self.PatternTree.SetItemPyData(sub,{'Hist':[],'HAP':[],'Phase':[]})
2429        if not G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Restraints'):
2430            sub = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text='Restraints')
2431            self.PatternTree.SetItemPyData(sub,{})
2432        if not G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Rigid bodies'):
2433            sub = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text='Rigid bodies')
2434            self.PatternTree.SetItemPyData(sub,{'Vector':{'AtInfo':{}},
2435                'Residue':{'AtInfo':{}},'RBIds':{'Vector':[],'Residue':[]}})
2436               
2437    class CopyDialog(wx.Dialog):
2438        '''Creates a dialog for copying control settings between
2439        data tree items'''
2440        def __init__(self,parent,title,text,data):
2441            wx.Dialog.__init__(self,parent,-1,title, 
2442                pos=wx.DefaultPosition,style=wx.DEFAULT_DIALOG_STYLE)
2443            self.data = data
2444            panel = wx.Panel(self)
2445            mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
2446            topLabl = wx.StaticText(panel,-1,text)
2447            mainSizer.Add((10,10),1)
2448            mainSizer.Add(topLabl,0,wx.ALIGN_CENTER_VERTICAL|wx.LEFT,10)
2449            mainSizer.Add((10,10),1)
2450            ncols = len(data)/40+1
2451            dataGridSizer = wx.FlexGridSizer(cols=ncols,hgap=2,vgap=2)
2452            for id,item in enumerate(self.data):
2453                ckbox = wx.CheckBox(panel,id,item[1])
2454                ckbox.Bind(wx.EVT_CHECKBOX,self.OnCopyChange)                   
2455                dataGridSizer.Add(ckbox,0,wx.LEFT,10)
2456            mainSizer.Add(dataGridSizer,0,wx.EXPAND)
2457            OkBtn = wx.Button(panel,-1,"Ok")
2458            OkBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnOk)
2459            cancelBtn = wx.Button(panel,-1,"Cancel")
2460            cancelBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnCancel)
2461            btnSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
2462            btnSizer.Add((20,20),1)
2463            btnSizer.Add(OkBtn)
2464            btnSizer.Add((20,20),1)
2465            btnSizer.Add(cancelBtn)
2466            btnSizer.Add((20,20),1)
2467           
2468            mainSizer.Add(btnSizer,0,wx.EXPAND|wx.BOTTOM|wx.TOP, 10)
2469            panel.SetSizer(mainSizer)
2470            panel.Fit()
2471            self.Fit()
2472       
2473        def OnCopyChange(self,event):
2474            id = event.GetId()
2475            self.data[id][0] = self.FindWindowById(id).GetValue()       
2476           
2477        def OnOk(self,event):
2478            parent = self.GetParent()
2479            parent.Raise()
2480            self.EndModal(wx.ID_OK)             
2481           
2482        def OnCancel(self,event):
2483            parent = self.GetParent()
2484            parent.Raise()
2485            self.EndModal(wx.ID_CANCEL)             
2486           
2487        def GetData(self):
2488            return self.data
2489       
2490    class SumDialog(wx.Dialog):
2491        'Allows user to supply scale factor(s) when summing data'
2492        def __init__(self,parent,title,text,dataType,data):
2493            wx.Dialog.__init__(self,parent,-1,title, 
2494                pos=wx.DefaultPosition,style=wx.DEFAULT_DIALOG_STYLE)
2495            self.data = data
2496            panel = wx.Panel(self)
2497            mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
2498            topLabl = wx.StaticText(panel,-1,text)
2499            mainSizer.Add((10,10),1)
2500            mainSizer.Add(topLabl,0,wx.ALIGN_CENTER_VERTICAL|wx.LEFT,10)
2501            mainSizer.Add((10,10),1)
2502            dataGridSizer = wx.FlexGridSizer(cols=2,hgap=2,vgap=2)
2503            for id,item in enumerate(self.data[:-1]):
2504                name = wx.TextCtrl(panel,-1,item[1],size=wx.Size(200,20))
2505                name.SetEditable(False)
2506                scale = wx.TextCtrl(panel,id,'%.3f'%(item[0]),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
2507                scale.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,self.OnScaleChange)
2508                scale.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,self.OnScaleChange)
2509                dataGridSizer.Add(scale,0,wx.LEFT,10)
2510                dataGridSizer.Add(name,0,wx.RIGHT,10)
2511            if dataType:
2512                dataGridSizer.Add(wx.StaticText(panel,-1,'Sum result name: '+dataType),0, \
2513                    wx.LEFT|wx.TOP|wx.ALIGN_CENTER_VERTICAL,10)
2514                self.name = wx.TextCtrl(panel,-1,self.data[-1],size=wx.Size(200,20),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
2515                self.name.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,self.OnNameChange)
2516                self.name.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,self.OnNameChange)
2517                dataGridSizer.Add(self.name,0,wx.RIGHT|wx.TOP,10)
2518            mainSizer.Add(dataGridSizer,0,wx.EXPAND)
2519            OkBtn = wx.Button(panel,-1,"Ok")
2520            OkBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnOk)
2521            cancelBtn = wx.Button(panel,-1,"Cancel")
2522            cancelBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnCancel)
2523            btnSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
2524            btnSizer.Add((20,20),1)
2525            btnSizer.Add(OkBtn)
2526            btnSizer.Add((20,20),1)
2527            btnSizer.Add(cancelBtn)
2528            btnSizer.Add((20,20),1)
2529           
2530            mainSizer.Add(btnSizer,0,wx.EXPAND|wx.BOTTOM|wx.TOP, 10)
2531            panel.SetSizer(mainSizer)
2532            panel.Fit()
2533            self.Fit()
2534
2535        def OnScaleChange(self,event):
2536            id = event.GetId()
2537            value = self.FindWindowById(id).GetValue()
2538            try:
2539                self.data[id][0] = float(value)
2540                self.FindWindowById(id).SetValue('%.3f'%(self.data[id][0]))
2541            except ValueError:
2542                if value and '-' not in value[0]:
2543                    print 'bad input - numbers only'
2544                    self.FindWindowById(id).SetValue('0.000')
2545           
2546        def OnNameChange(self,event):
2547            self.data[-1] = self.name.GetValue() 
2548           
2549        def OnOk(self,event):
2550            parent = self.GetParent()
2551            parent.Raise()
2552            self.EndModal(wx.ID_OK)             
2553           
2554        def OnCancel(self,event):
2555            parent = self.GetParent()
2556            parent.Raise()
2557            self.EndModal(wx.ID_CANCEL)             
2558           
2559        def GetData(self):
2560            return self.data
2561                       
2562    def OnPwdrSum(self,event):
2563        'Sum together powder data(?)'
2564        TextList = []
2565        DataList = []
2566        SumList = []
2567        Names = []
2568        Inst = None
2569        SumItemList = []
2570        Comments = ['Sum equals: \n']
2571        if self.PatternTree.GetCount():
2572            item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
2573            while item:
2574                name = self.PatternTree.GetItemText(item)
2575                Names.append(name)
2576                if 'PWDR' in name:
2577                    TextList.append([0.0,name])
2578                    DataList.append(self.PatternTree.GetItemPyData(item)[1])    # (x,y,w,yc,yb,yd)
2579                    if not Inst:
2580                        Inst = self.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(self,item, 'Instrument Parameters'))
2581                item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)
2582            if len(TextList) < 2:
2583                self.ErrorDialog('Not enough data to sum','There must be more than one "PWDR" pattern')
2584                return
2585            TextList.append('default_sum_name')               
2586            dlg = self.SumDialog(self,'Sum data','Enter scale for each pattern in summation','PWDR',TextList)
2587            try:
2588                if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
2589                    lenX = 0
2590                    Xminmax = [0,0]
2591                    Xsum = []
2592                    Ysum = []
2593                    Vsum = []
2594                    result = dlg.GetData()
2595                    for i,item in enumerate(result[:-1]):
2596                        scale,name = item
2597                        data = DataList[i]
2598                        if scale:
2599                            Comments.append("%10.3f %s" % (scale,' * '+name))
2600                            x,y,w,yc,yb,yd = data   #numpy arrays!
2601                            v = 1./w
2602                            if lenX:
2603                                if lenX != len(x):
2604                                    self.ErrorDialog('Data length error','Data to be summed must have same number of points'+ \
2605                                        '\nExpected:'+str(lenX)+ \
2606                                        '\nFound:   '+str(len(x))+'\nfor '+name)
2607                                    return
2608                            else:
2609                                lenX = len(x)
2610                            if Xminmax[1]:
2611                                if Xminmax != [x[0],x[-1]]:
2612                                    self.ErrorDialog('Data range error','Data to be summed must span same range'+ \
2613                                        '\nExpected:'+str(Xminmax[0])+' '+str(Xminmax[1])+ \
2614                                        '\nFound:   '+str(x[0])+' '+str(x[-1])+'\nfor '+name)
2615                                    return
2616                                else:
2617                                    for j,yi in enumerate(y):
2618                                         Ysum[j] += scale*yi
2619                                         Vsum[j] += abs(scale)*v[j]
2620                            else:
2621                                Xminmax = [x[0],x[-1]]
2622                                YCsum = YBsum = YDsum = [0.0 for i in range(lenX)]
2623                                for j,yi in enumerate(y):
2624                                    Xsum.append(x[j])
2625                                    Ysum.append(scale*yi)
2626                                    Vsum.append(abs(scale*v[j]))
2627                    Wsum = 1./np.array(Vsum)
2628                    outname = 'PWDR '+result[-1]
2629                    Id = 0
2630                    if outname in Names:
2631                        dlg2 = wx.MessageDialog(self,'Overwrite data?','Duplicate data name',wx.OK|wx.CANCEL)
2632                        try:
2633                            if dlg2.ShowModal() == wx.ID_OK:
2634                                Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,name)
2635                                self.PatternTree.Delete(Id)
2636                        finally:
2637                            dlg2.Destroy()
2638                    Id = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text=outname)
2639                    if Id:
2640                        Sample = G2pdG.SetDefaultSample()
2641                        valuesdict = {
2642                            'wtFactor':1.0,
2643                            'Dummy':False,
2644                            'ranId':ran.randint(0,sys.maxint),
2645                            'Offset':[0.0,0.0],'delOffset':0.02,'refOffset':-1.0,'refDelt':0.01,
2646                            'qPlot':False,'dPlot':False,'sqrtPlot':False
2647                            }
2648                        self.PatternTree.SetItemPyData(Id,[valuesdict,[np.array(Xsum),np.array(Ysum),np.array(Wsum),
2649                            np.array(YCsum),np.array(YBsum),np.array(YDsum)]])
2650                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Comments'),Comments)                   
2651                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Limits'),[tuple(Xminmax),Xminmax])
2652                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Background'),[['chebyschev',True,3,1.0,0.0,0.0],
2653                            {'nDebye':0,'debyeTerms':[],'nPeaks':0,'peaksList':[]}])
2654                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Instrument Parameters'),Inst)
2655                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Sample Parameters'),Sample)
2656                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Peak List'),{'peaks':[],'sigDict':{}})
2657                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Index Peak List'),[[],[]])
2658                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Unit Cells List'),[])             
2659                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Reflection Lists'),{})             
2660                        self.PatternTree.SelectItem(Id)
2661                        self.PatternTree.Expand(Id)
2662            finally:
2663                dlg.Destroy()
2664
2665    def OnImageSum(self,event):
2666        'Sum together image data(?)'
2667        TextList = []
2668        DataList = []
2669        SumList = []
2670        Names = []
2671        Inst = []
2672        SumItemList = []
2673        Comments = ['Sum equals: \n']
2674        if self.PatternTree.GetCount():
2675            item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
2676            while item:
2677                name = self.PatternTree.GetItemText(item)
2678                Names.append(name)
2679                if 'IMG' in name:
2680                    TextList.append([0.0,name])
2681                    DataList.append(self.PatternTree.GetItemPyData(item))        #Size,Image
2682                    Data = self.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(self,item,'Image Controls'))
2683                item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)
2684            if len(TextList) < 2:
2685                self.ErrorDialog('Not enough data to sum','There must be more than one "IMG" pattern')
2686                return
2687            TextList.append('default_sum_name')               
2688            dlg = self.SumDialog(self,'Sum data','Enter scale for each image in summation','IMG',TextList)
2689            try:
2690                if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
2691                    imSize = 0
2692                    result = dlg.GetData()
2693                    First = True
2694                    Found = False
2695                    for i,item in enumerate(result[:-1]):
2696                        scale,name = item
2697                        data = DataList[i]
2698                        if scale:
2699                            Found = True                               
2700                            Comments.append("%10.3f %s" % (scale,' * '+name))
2701                            Npix,imagefile = data
2702                            image = G2IO.GetImageData(self,imagefile,imageOnly=True)
2703                            if First:
2704                                newImage = np.zeros_like(image)
2705                                First = False
2706                            if imSize:
2707                                if imSize != Npix:
2708                                    self.ErrorDialog('Image size error','Images to be summed must be same size'+ \
2709                                        '\nExpected:'+str(imSize)+ \
2710                                        '\nFound:   '+str(Npix)+'\nfor '+name)
2711                                    return
2712                                newImage = newImage+scale*image
2713                            else:
2714                                imSize = Npix
2715                                newImage = newImage+scale*image
2716                            del(image)
2717                    if not Found:
2718                        self.ErrorDialog('Image sum error','No nonzero image multipliers found')
2719                        return
2720                       
2721                    newImage = np.asfarray(newImage,dtype=np.float32)                       
2722                    outname = 'IMG '+result[-1]
2723                    Id = 0
2724                    if outname in Names:
2725                        dlg2 = wx.MessageDialog(self,'Overwrite data?','Duplicate data name',wx.OK|wx.CANCEL)
2726                        try:
2727                            if dlg2.ShowModal() == wx.ID_OK:
2728                                Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,name)
2729                        finally:
2730                            dlg2.Destroy()
2731                    else:
2732                        Id = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text=outname)
2733                    if Id:
2734                        dlg = wx.FileDialog(self, 'Choose sum image filename', '.', '', 
2735                            'G2img files (*.G2img)|*.G2img', 
2736                            wx.SAVE|wx.FD_OVERWRITE_PROMPT|wx.CHANGE_DIR)
2737                        if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
2738                            newimagefile = dlg.GetPath()
2739                            newimagefile = G2IO.FileDlgFixExt(dlg,newimagefile)
2740                            G2IO.PutG2Image(newimagefile,Comments,Data,Npix,newImage)
2741                            Imax = np.amax(newImage)
2742                            Imin = np.amin(newImage)
2743                            newImage = []
2744                            self.PatternTree.SetItemPyData(Id,[imSize,newimagefile])
2745                            self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Comments'),Comments)
2746                        del(newImage)
2747                        if self.imageDefault:
2748                            Data = copy.copy(self.imageDefault)
2749                        Data['showLines'] = True
2750                        Data['ring'] = []
2751                        Data['rings'] = []
2752                        Data['cutoff'] = 10
2753                        Data['pixLimit'] = 20
2754                        Data['ellipses'] = []
2755                        Data['calibrant'] = ''
2756                        Data['range'] = [(Imin,Imax),[Imin,Imax]]
2757                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Image Controls'),Data)                                           
2758                        Masks = {'Points':[],'Rings':[],'Arcs':[],'Polygons':[],'Frames':[],'Thresholds':[(Imin,Imax),[Imin,Imax]]}
2759                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Masks'),Masks)
2760                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Stress/Strain'),
2761                            {'Type':'True','d-zero':[],'Sample phi':0.0,'Sample z':0.0,'Sample load':0.0})
2762                        self.PatternTree.SelectItem(Id)
2763                        self.PatternTree.Expand(Id)
2764                        self.PickId = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,outname)
2765                        self.Image = self.PickId
2766            finally:
2767                dlg.Destroy()
2768                     
2769    def OnAddPhase(self,event):
2770        'Add a new, empty phase to the tree. Called by Data/Add Phase menu'
2771        if not G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases'):
2772            sub = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text='Phases')
2773        else:
2774            sub = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases')
2775        PhaseName = ''
2776        dlg = wx.TextEntryDialog(None,'Enter a name for this phase','Phase Name Entry','New phase',
2777            style=wx.OK)
2778        if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
2779            PhaseName = dlg.GetValue()
2780        dlg.Destroy()
2781        sub = self.PatternTree.AppendItem(parent=sub,text=PhaseName)
2782        E,SGData = G2spc.SpcGroup('P 1')
2783        self.PatternTree.SetItemPyData(sub,G2IO.SetNewPhase(Name=PhaseName,SGData=SGData))
2784       
2785    def OnDeletePhase(self,event):
2786        'Delete a phase from the tree. Called by Data/Delete Phase menu'
2787        #Hmm, also need to delete this phase from Reflection Lists for each PWDR histogram
2788        if self.dataFrame:
2789            self.dataFrame.Clear() 
2790        TextList = []
2791        DelList = []
2792        DelItemList = []
2793        if G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases'):
2794            sub = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases')
2795        else:
2796            return
2797        if sub:
2798            item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(sub)
2799            while item:
2800                TextList.append(self.PatternTree.GetItemText(item))
2801                item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(sub, cookie)               
2802            dlg = wx.MultiChoiceDialog(self, 'Which phase to delete?', 'Delete phase', TextList, wx.CHOICEDLG_STYLE)
2803            try:
2804                if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
2805                    result = dlg.GetSelections()
2806                    for i in result: DelList.append([i,TextList[i]])
2807                    item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(sub)
2808                    i = 0
2809                    while item:
2810                        if [i,self.PatternTree.GetItemText(item)] in DelList: DelItemList.append(item)
2811                        item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(sub, cookie)
2812                        i += 1
2813                    for item in DelItemList:
2814                        name = self.PatternTree.GetItemText(item)
2815                        self.PatternTree.Delete(item)
2816                        self.G2plotNB.Delete(name)
2817                    item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
2818                    while item:
2819                        name = self.PatternTree.GetItemText(item)
2820                        if 'PWDR' in name:
2821                            Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,item, 'Reflection Lists')
2822                            refList = self.PatternTree.GetItemPyData(Id)
2823                            if len(refList):
2824                                for i,item in DelList:
2825                                    if item in refList:
2826                                        del(refList[item])
2827                            self.PatternTree.SetItemPyData(Id,refList)
2828                        item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)
2829            finally:
2830                dlg.Destroy()
2831               
2832    def OnRenameData(self,event):
2833        'Renames an existing phase. Called by Data/Rename Phase menu'
2834        name = self.PatternTree.GetItemText(self.PickId)     
2835        if 'PWDR' in name or 'HKLF' in name or 'IMG' in name:
2836            dataType = name[:name.index(' ')+1]                 #includes the ' '
2837            dlg = wx.TextEntryDialog(self,'Data name: '+dataType,'Change data name',
2838                defaultValue=name[name.index(' ')+1:])
2839            try:
2840                if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
2841                    self.PatternTree.SetItemText(self.PickId,dataType+dlg.GetValue())
2842            finally:
2843                dlg.Destroy()
2844       
2845    def GetFileList(self,fileType,skip=None):        #potentially useful?
2846        'Appears unused. Note routine of same name in GSASIIpwdGUI'
2847        fileList = []
2848        Source = ''
2849        id, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
2850        while id:
2851            name = self.PatternTree.GetItemText(id)
2852            if fileType in name:
2853                if id == skip:
2854                    Source = name
2855                else:
2856                    fileList.append([False,name,id])
2857            id, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)
2858        if skip:
2859            return fileList,Source
2860        else:
2861            return fileList
2862           
2863    def OnDataDelete(self, event):
2864        '''Delete one or more histograms from data tree. Called by the
2865        Data/DeleteData menu
2866        '''
2867        TextList = []
2868        DelList = []
2869        DelItemList = []
2870        nItems = {'PWDR':0,'SASD':0,'IMG':0,'HKLF':0,'PDF':0}
2871        ifPWDR = False
2872        ifSASD = False
2873        ifIMG = False
2874        ifHKLF = False
2875        ifPDF = False
2876        if self.PatternTree.GetCount():
2877            item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
2878            while item:
2879                name = self.PatternTree.GetItemText(item)
2880                if name not in ['Notebook','Controls','Covariance','Constraints',
2881                    'Restraints','Phases','Rigid bodies','Sequential results']:
2882                    if 'PWDR' in name: ifPWDR = True; nItems['PWDR'] += 1
2883                    if 'SASD' in name: ifSASD = True; nItems['SASD'] += 1
2884                    if 'IMG' in name: ifIMG = True; nItems['IMG'] += 1
2885                    if 'HKLF' in name: ifHKLF = True; nItems['HKLF'] += 1
2886                    if 'PDF' in name: ifPDF = True; nItems['PDF'] += 1
2887                    TextList.append(name)
2888                item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)
2889            dlg = G2G.G2MultiChoiceDialog(self, 'Which data to delete?', 'Delete data', TextList, wx.CHOICEDLG_STYLE)
2890            try:
2891                if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
2892                    result = dlg.GetSelections()
2893                    for i in result: DelList.append(TextList[i])
2894                    item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
2895                    while item:
2896                        itemName = self.PatternTree.GetItemText(item)
2897                        if itemName in DelList:
2898                            if 'PWDR' in itemName: nItems['PWDR'] -= 1
2899                            elif 'SASD' in itemName: nItems['SASD'] -= 1
2900                            elif 'IMG' in itemName: nItems['IMG'] -= 1
2901                            elif 'HKLF' in itemName: nItems['HKLF'] -= 1
2902                            elif 'PDF' in itemName: nItems['PDF'] -= 1
2903                            DelItemList.append(item)
2904                        item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)
2905                    for item in DelItemList:
2906                        self.PatternTree.Delete(item)
2907                    self.PickId = 0
2908                    self.PickIdText = None
2909                    self.PatternId = 0
2910                    if nItems['PWDR']:
2911                        wx.CallAfter(G2plt.PlotPatterns,self,True)
2912                    else:
2913                        self.G2plotNB.Delete('Powder Patterns')
2914                    if not nItems['IMG']:
2915                        self.G2plotNB.Delete('2D Powder Image')
2916                    if not nItems['HKLF']:
2917                        self.G2plotNB.Delete('Structure Factors')
2918                        if '3D Structure Factors' in self.G2plotNB.plotList:
2919                            self.G2plotNB.Delete('3D Structure Factors')
2920            finally:
2921                dlg.Destroy()
2922
2923    def OnFileOpen(self, event, filename=None):
2924        '''Gets a GSAS-II .gpx project file in response to the
2925        File/Open Project menu button
2926        '''
2927        result = wx.ID_OK
2928        self.EnablePlot = False
2929        if self.PatternTree.GetChildrenCount(self.root,False):
2930            if self.dataFrame:
2931                self.dataFrame.Clear() 
2932            dlg = wx.MessageDialog(
2933                self,
2934                'Do you want to overwrite the current project? '
2935                'Any unsaved changes will be lost. Press OK to continue.',
2936                'Overwrite?',  wx.OK | wx.CANCEL)
2937            try:
2938                result = dlg.ShowModal()
2939                if result == wx.ID_OK:
2940                    self.PatternTree.DeleteChildren(self.root)
2941                    self.GSASprojectfile = ''
2942                    if self.HKL: self.HKL = []
2943                    if self.G2plotNB.plotList:
2944                        self.G2plotNB.clear()
2945            finally:
2946                dlg.Destroy()
2947        if result != wx.ID_OK: return
2948
2949        if not filename:
2950            if self.dataDisplay: self.dataDisplay.Destroy()
2951            dlg = wx.FileDialog(self, 'Choose GSAS-II project file', '.', '', 
2952                'GSAS-II project file (*.gpx)|*.gpx',wx.OPEN|wx.CHANGE_DIR)
2953            try:
2954                if dlg.ShowModal() != wx.ID_OK: return
2955                self.GSASprojectfile = dlg.GetPath()
2956                self.GSASprojectfile = G2IO.FileDlgFixExt(dlg,self.GSASprojectfile)
2957                self.dirname = dlg.GetDirectory()
2958            finally:
2959                dlg.Destroy()
2960        else:
2961            self.GSASprojectfile = os.path.splitext(filename)[0]+'.gpx'
2962            self.dirname = os.path.split(filename)[0]
2963
2964        try:
2965            self.StartProject()         #open the file if possible
2966        except:
2967            print '\nError opening file ',filename
2968            import traceback
2969            print traceback.format_exc()
2970       
2971    def StartProject(self):
2972        '''Opens a GSAS-II project file & selects the 1st available data set to
2973        display (PWDR, HKLF or SASD)
2974        '''
2975       
2976        Id = 0
2977        G2IO.ProjFileOpen(self)
2978        self.PatternTree.SetItemText(self.root,'Loaded Data: '+self.GSASprojectfile)
2979        self.PatternTree.Expand(self.root)
2980        self.HKL = []
2981        item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
2982        while item and not Id:
2983            name = self.PatternTree.GetItemText(item)
2984            if name[:4] in ['PWDR','HKLF','IMG ','PDF ','SASD',]:
2985                Id = item
2986            elif name == 'Controls':
2987                data = self.PatternTree.GetItemPyData(item)
2988                if data:
2989                    for item in self.Refine: item.Enable(True)
2990                    self.EnableSeqRefineMenu()
2991            item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)
2992        if Id:
2993            self.EnablePlot = True
2994            self.PatternTree.SelectItem(Id)
2995        self.CheckNotebook()
2996        if self.dirname: os.chdir(self.dirname)           # to get Mac/Linux to change directory!
2997
2998    def OnFileClose(self, event):
2999        '''Clears the data tree in response to the
3000        File/New Project menu button. User is given option to save
3001        the project.
3002        '''
3003        if self.dataFrame:
3004            self.dataFrame.Clear()
3005            self.dataFrame.SetLabel('GSAS-II data display') 
3006        dlg = wx.MessageDialog(self, 'Save current project?', ' ', wx.YES | wx.NO | wx.CANCEL)
3007        try:
3008            result = dlg.ShowModal()
3009            if result == wx.ID_OK:
3010                self.OnFileSaveMenu(event)
3011            if result != wx.ID_CANCEL:
3012                self.GSASprojectfile = ''
3013                self.PatternTree.SetItemText(self.root,'Loaded Data: ')
3014                self.PatternTree.DeleteChildren(self.root)
3015                if self.HKL: self.HKL = []
3016                if self.G2plotNB.plotList:
3017                    self.G2plotNB.clear()
3018        finally:
3019            dlg.Destroy()
3020
3021    def OnFileSave(self, event):
3022        '''Save the current project in response to the
3023        File/Save Project menu button
3024        '''
3025       
3026        if self.GSASprojectfile: 
3027            self.PatternTree.SetItemText(self.root,'Loaded Data: '+self.GSASprojectfile)
3028            G2IO.ProjFileSave(self)
3029        else:
3030            self.OnFileSaveas(event)
3031
3032    def OnFileSaveas(self, event):
3033        '''Save the current project in response to the
3034        File/Save as menu button
3035        '''
3036        dlg = wx.FileDialog(self, 'Choose GSAS-II project file name', '.', '', 
3037            'GSAS-II project file (*.gpx)|*.gpx',wx.FD_SAVE|wx.FD_OVERWRITE_PROMPT|wx.CHANGE_DIR)
3038        try:
3039            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
3040                self.GSASprojectfile = dlg.GetPath()
3041                self.GSASprojectfile = G2IO.FileDlgFixExt(dlg,self.GSASprojectfile)
3042                self.PatternTree.SetItemText(self.root,'Saving project as'+self.GSASprojectfile)
3043                self.SetTitle("GSAS-II data tree: "+os.path.split(self.GSASprojectfile)[1])
3044                G2IO.ProjFileSave(self)
3045                os.chdir(dlg.GetDirectory())           # to get Mac/Linux to change directory!
3046        finally:
3047            dlg.Destroy()
3048
3049    def ExitMain(self, event):
3050        '''Called if the main window is closed'''
3051        if self.undofile:
3052            os.remove(self.undofile)
3053        sys.exit()
3054       
3055    def OnFileExit(self, event):
3056        '''Called in response to the File/Quit menu button'''
3057        if self.dataFrame:
3058            self.dataFrame.Clear() 
3059            self.dataFrame.Destroy()
3060        self.Close()
3061       
3062    def OnExportPeakList(self,event):
3063        dlg = wx.FileDialog(self, 'Choose output peak list file name', '.', '', 
3064            '(*.*)|*.*',wx.FD_SAVE|wx.FD_OVERWRITE_PROMPT|wx.CHANGE_DIR)
3065        try:
3066            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
3067                self.peaklistfile = dlg.GetPath()
3068                self.peaklistfile = G2IO.FileDlgFixExt(dlg,self.peaklistfile)
3069                file = open(self.peaklistfile,'w')               
3070                item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
3071                while item:
3072                    name = self.PatternTree.GetItemText(item)
3073                    if 'PWDR' in name:
3074                        item2, cookie2 = self.PatternTree.GetFirstChild(item)
3075                        while item2:
3076                            name2 = self.PatternTree.GetItemText(item2)
3077                            if name2 == 'Peak List':
3078                                peaks = self.PatternTree.GetItemPyData(item2)['peaks']
3079                                file.write("%s \n" % (name+' Peak List'))
3080                                if len(peaks[0]) == 8:
3081                                    file.write('%10s %12s %10s %10s %10s\n'%('pos','int','sig','gam','FWHM'))
3082                                else:
3083                                    file.write('%10s %12s %10s %10s %10s %10s %10s\n'%('pos','int','alp','bet','sig','gam','FWHM'))                                   
3084                                for peak in peaks:
3085                                    if len(peak) == 8:  #CW
3086                                        FWHM = G2pwd.getgamFW(peak[6],peak[4])
3087                                        file.write("%10.5f %12.2f %10.5f %10.5f %10.5f \n" % \
3088                                            (peak[0],peak[2],np.sqrt(max(0.0001,peak[4]))/100.,peak[6]/100.,FWHM/100.)) #convert to deg
3089                                    else:               #TOF - more cols
3090                                        FWHM = G2pwd.getgamFW(peak[10],peak[8])
3091                                        file.write("%10.5f %12.2f %10.3f %10.3f %10.3f %10.3f %10.3f\n" % \
3092                                            (peak[0],peak[2],peak[4],peak[6],peak[8],peak[10],FWHM))
3093                            item2, cookie2 = self.PatternTree.GetNextChild(item, cookie2)                           
3094                    item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)                           
3095                file.close()
3096        finally:
3097            dlg.Destroy()
3098       
3099    def OnExportHKL(self,event):
3100        dlg = wx.FileDialog(self, 'Choose output reflection list file name', '.', '', 
3101            '(*.*)|*.*',wx.FD_SAVE|wx.FD_OVERWRITE_PROMPT|wx.CHANGE_DIR)
3102        try:
3103            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
3104                self.peaklistfile = dlg.GetPath()
3105                self.peaklistfile = G2IO.FileDlgFixExt(dlg,self.peaklistfile)
3106                file = open(self.peaklistfile,'w')               
3107                item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
3108                while item:
3109                    name = self.PatternTree.GetItemText(item)
3110                    if 'PWDR' in name:
3111                        item2, cookie2 = self.PatternTree.GetFirstChild(item)
3112                        while item2:
3113                            name2 = self.PatternTree.GetItemText(item2)
3114                            if name2 == 'Reflection Lists':
3115                                data = self.PatternTree.GetItemPyData(item2)
3116                                phases = data.keys()
3117                                for phase in phases:
3118                                    peaks = data[phase]
3119                                    file.write("%s %s %s \n" % (name,phase,' Reflection List'))
3120                                    if 'T' in peaks.get('Type','PXC'):
3121                                        file.write('%s \n'%('   h   k   l   m    d-space     TOF         wid        F**2'))
3122                                    else:               
3123                                        file.write('%s \n'%('   h   k   l   m    d-space   2-theta       wid        F**2'))
3124                                    for peak in peaks['RefList']:
3125                                        FWHM = G2pwd.getgamFW(peak[7],peak[6])/50.      #to get delta-2-theta in deg.
3126                                        if 'T' in peaks.get('Type','PXC'):
3127                                            file.write(" %3d %3d %3d %3d %10.5f %10.2f %10.5f %10.3f \n" % \
3128                                                (int(peak[0]),int(peak[1]),int(peak[2]),int(peak[3]),peak[4],peak[5],FWHM,peak[8]))
3129                                        else:
3130                                            file.write(" %3d %3d %3d %3d %10.5f %10.5f %10.5f %10.3f \n" % \
3131                                                (int(peak[0]),int(peak[1]),int(peak[2]),int(peak[3]),peak[4],peak[5],FWHM,peak[8]))
3132                            item2, cookie2 = self.PatternTree.GetNextChild(item, cookie2)                           
3133                    item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)                           
3134                file.close()
3135        finally:
3136            dlg.Destroy()
3137       
3138    def OnExportPDF(self,event):
3139        #need S(Q) and G(R) to be saved here - probably best from selection?
3140        names = ['All']
3141        exports = []
3142        item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
3143        while item:
3144            name = self.PatternTree.GetItemText(item)
3145            if 'PDF' in name:
3146                names.append(name)
3147            item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)
3148        if names:
3149            dlg = wx.MultiChoiceDialog(self,'Select','PDF patterns to export',names)
3150            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
3151                sel = dlg.GetSelections()
3152                if sel[0] == 0:
3153                    exports = names[1:]
3154                else:
3155                    for x in sel:
3156                        exports.append(names[x])
3157            dlg.Destroy()
3158        if exports:
3159            G2IO.PDFSave(self,exports)
3160       
3161    def OnMakePDFs(self,event):
3162        '''Calculates PDFs
3163        '''
3164        sind = lambda x: math.sin(x*math.pi/180.)
3165        tth2q = lambda t,w:4.0*math.pi*sind(t/2.0)/w
3166        TextList = ['All PWDR']
3167        PDFlist = []
3168        Names = []
3169        if self.PatternTree.GetCount():
3170            id, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
3171            while id:
3172                name = self.PatternTree.GetItemText(id)
3173                Names.append(name)
3174                if 'PWDR' in name:
3175                    TextList.append(name)
3176                id, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)
3177            if len(TextList) == 1:
3178                self.ErrorDialog('Nothing to make PDFs for','There must be at least one "PWDR" pattern')
3179                return
3180            dlg = wx.MultiChoiceDialog(self,'Make PDF controls','Make PDF controls for:',TextList, wx.CHOICEDLG_STYLE)
3181            try:
3182                if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
3183                    result = dlg.GetSelections()
3184                    for i in result: PDFlist.append(TextList[i])
3185                    if 0 in result:
3186                        PDFlist = [item for item in TextList if item[:4] == 'PWDR']                       
3187                    for item in PDFlist:
3188                        PWDRname = item[4:]
3189                        Id = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text='PDF '+PWDRname)
3190                        Data = {
3191                            'Sample':{'Name':item,'Mult':1.0,'Add':0.0},
3192                            'Sample Bkg.':{'Name':'','Mult':-1.0,'Add':0.0},
3193                            'Container':{'Name':'','Mult':-1.0,'Add':0.0},
3194                            'Container Bkg.':{'Name':'','Mult':-1.0,'Add':0.0},'ElList':{},
3195                            'Geometry':'Cylinder','Diam':1.0,'Pack':0.50,'Form Vol':10.0,
3196                            'DetType':'Image plate','ObliqCoeff':0.2,'Ruland':0.025,'QScaleLim':[0,100],
3197                            'Lorch':True,}
3198                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='PDF Controls'),Data)
3199                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='I(Q)'+PWDRname),[])       
3200                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='S(Q)'+PWDRname),[])       
3201                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='F(Q)'+PWDRname),[])       
3202                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='G(R)'+PWDRname),[])       
3203                for item in self.ExportPDF: item.Enable(True)
3204            finally:
3205                dlg.Destroy()
3206               
3207    def GetPWDRdatafromTree(self,PWDRname):
3208        ''' Returns powder data from GSASII tree
3209
3210        :param str PWDRname: a powder histogram name as obtained from
3211          :meth:`GSASIIstruct.GetHistogramNames`
3212
3213        :returns: PWDRdata = powder data dictionary with
3214          Powder data arrays, Limits, Instrument Parameters,
3215          Sample Parameters           
3216        '''
3217        PWDRdata = {}
3218        try:
3219            PWDRdata.update(self.PatternTree.GetItemPyData(PWDRname)[0])            #wtFactor + ?
3220        except ValueError:
3221            PWDRdata['wtFactor'] = 1.0
3222        PWDRdata['Data'] = self.PatternTree.GetItemPyData(PWDRname)[1]          #powder data arrays
3223        PWDRdata['Limits'] = self.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(self,PWDRname,'Limits'))
3224        PWDRdata['Background'] = self.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(self,PWDRname,'Background'))
3225        PWDRdata['Instrument Parameters'] = self.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(self,PWDRname,'Instrument Parameters'))
3226        PWDRdata['Sample Parameters'] = self.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(self,PWDRname,'Sample Parameters'))
3227        PWDRdata['Reflection Lists'] = self.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(self,PWDRname,'Reflection Lists'))
3228        if 'ranId' not in PWDRdata:  # patch, add a random Id
3229            PWDRdata['ranId'] = ran.randint(0,sys.maxint)
3230        if 'ranId' not in PWDRdata['Sample Parameters']:  # I hope this becomes obsolete at some point
3231            PWDRdata['Sample Parameters']['ranId'] = PWDRdata['ranId']
3232        return PWDRdata
3233
3234    def GetHKLFdatafromTree(self,HKLFname):
3235        ''' Returns single crystal data from GSASII tree
3236
3237        :param str HKLFname: a single crystal histogram name as obtained
3238          from
3239          :meth:`GSASIIstruct.GetHistogramNames`
3240
3241        :returns: HKLFdata = single crystal data list of reflections
3242
3243        '''
3244        HKLFdata = {}
3245        HKLFdata.update(self.PatternTree.GetItemPyData(HKLFname)[0])            #wtFactor + ?
3246#        try:
3247#            HKLFdata.update(self.PatternTree.GetItemPyData(HKLFname)[0])            #wtFactor + ?
3248#        except ValueError:
3249#            HKLFdata['wtFactor'] = 1.0
3250        HKLFdata['Data'] = self.PatternTree.GetItemPyData(HKLFname)[1]
3251        HKLFdata['Instrument Parameters'] = self.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(self,HKLFname,'Instrument Parameters'))
3252        return HKLFdata
3253       
3254    def GetPhaseData(self):
3255        '''Returns a dict with defined phases.
3256        Note routine :func:`GSASIIstrIO.GetPhaseData` also exists to
3257        get same info from GPX file.
3258        '''
3259        phaseData = {}
3260        if G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases'):
3261            sub = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases')
3262        else:
3263            print 'no phases found in GetPhaseData'
3264            sub = None
3265        if sub:
3266            item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(sub)
3267            while item:
3268                phaseName = self.PatternTree.GetItemText(item)
3269                phaseData[phaseName] =  self.PatternTree.GetItemPyData(item)
3270                if 'ranId' not in phaseData[phaseName]:
3271                    phaseData[phaseName]['ranId'] = ran.randint(0,sys.maxint)         
3272                item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(sub, cookie)
3273        return phaseData
3274
3275    def GetPhaseInfofromTree(self):
3276        '''Get the phase names and their rId values,
3277        also the histograms used in each phase.
3278
3279        :returns: (phaseRIdList, usedHistograms) where
3280
3281          * phaseRIdList is a list of random Id values for each phase
3282          * usedHistograms is a dict where the keys are the phase names
3283            and the values for each key are a list of the histogram names
3284            used in each phase.
3285        '''
3286        phaseRIdList = []
3287        usedHistograms = {}
3288        sub = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases')
3289        if sub:
3290            item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(sub)
3291            while item:
3292                phaseName = self.PatternTree.GetItemText(item)
3293                ranId = self.PatternTree.GetItemPyData(item).get('ranId')
3294                if ranId: phaseRIdList.append(ranId)
3295                data = self.PatternTree.GetItemPyData(item)
3296                UseList = data['Histograms']
3297                usedHistograms[phaseName] = UseList.keys()
3298                item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(sub, cookie)
3299        return phaseRIdList,usedHistograms
3300
3301    def GetPhaseNames(self):
3302        '''Returns a list of defined phases.
3303        Note routine :func:`GSASIIstrIO.GetPhaseNames` also exists to
3304        get same info from GPX file.
3305        '''
3306        phaseNames = []
3307        if G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases'):
3308            sub = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases')
3309        else:
3310            print 'no phases found in GetPhaseNames'
3311            sub = None
3312        if sub:
3313            item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(sub)
3314            while item:
3315                phase = self.PatternTree.GetItemText(item)
3316                phaseNames.append(phase)
3317                item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(sub, cookie)
3318        return phaseNames
3319   
3320    def GetHistogramNames(self,hType):
3321        """ Returns a list of histogram names found in the GSASII data tree
3322        Note routine :func:`GSASIIstrIO.GetHistogramNames` also exists to
3323        get same info from GPX file.
3324       
3325        :param str hType: list of histogram types
3326        :return: list of histogram names
3327       
3328        """
3329        HistogramNames = []
3330        if self.PatternTree.GetCount():
3331            item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
3332            while item:
3333                name = self.PatternTree.GetItemText(item)
3334                if name[:4] in hType:
3335                    HistogramNames.append(name)       
3336                item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)               
3337
3338        return HistogramNames
3339                   
3340    def GetUsedHistogramsAndPhasesfromTree(self):
3341        ''' Returns all histograms that are found in any phase
3342        and any phase that uses a histogram.
3343        This also assigns numbers to used phases and histograms by the
3344        order they appear in the file.
3345        Note routine :func:`GSASIIstrIO.GetUsedHistogramsAndPhasesfromTree` also exists to
3346        get same info from GPX file.
3347
3348        :returns: (Histograms,Phases)
3349
3350            * Histograms = dictionary of histograms as {name:data,...}
3351            * Phases = dictionary of phases that use histograms
3352        '''
3353        Histograms = {}
3354        Phases = {}
3355        phaseNames = self.GetPhaseNames()
3356        phaseData = self.GetPhaseData()
3357        histoList = self.GetHistogramNames(['PWDR','HKLF'])
3358
3359        for phase in phaseData:
3360            Phase = phaseData[phase]
3361            pId = phaseNames.index(phase)
3362            Phase['pId'] = pId
3363            if Phase['Histograms']:
3364                if phase not in Phases:
3365                    Phases[phase] = Phase
3366                for hist in Phase['Histograms']:
3367                    if 'Use' not in Phase['Histograms'][hist]:      #patch: add Use flag as True
3368                        Phase['Histograms'][hist]['Use'] = True         
3369                    if hist not in Histograms and Phase['Histograms'][hist]['Use']:
3370                        item = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,hist)
3371                        if item:
3372                            if 'PWDR' in hist[:4]: 
3373                                Histograms[hist] = self.GetPWDRdatafromTree(item)
3374                            elif 'HKLF' in hist[:4]:
3375                                Histograms[hist] = self.GetHKLFdatafromTree(item)
3376                            hId = histoList.index(hist)
3377                            Histograms[hist]['hId'] = hId
3378                        else: # would happen if a referenced histogram were renamed or deleted
3379                            print('For phase "'+str(phase)+
3380                                  '" unresolved reference to histogram "'+str(hist)+'"')
3381        #G2obj.IndexAllIds(Histograms=Histograms,Phases=Phases)
3382        G2obj.IndexAllIds(Histograms=Histograms,Phases=phaseData)
3383        return Histograms,Phases
3384       
3385    def MakeLSParmDict(self):
3386        '''Load all parameters used for computation from the tree into a
3387        dict of paired values [value, refine flag]. Note that this is
3388        different than the parmDict used in the refinement, which only has
3389        values.
3390
3391        Note that similar things are done in
3392        :meth:`GSASIIIO.ExportBaseclass.loadParmDict` (from the tree) and
3393        :func:`GSASIIstrMain.Refine` and :func:`GSASIIstrMain.SeqRefine` (from
3394        a GPX file).
3395
3396        :returns: (parmDict,varyList) where:
3397
3398         * parmDict is a dict with values and refinement flags
3399           for each parameter and
3400         * varyList is a list of variables (refined parameters).
3401        '''
3402        parmDict = {}
3403        Histograms,Phases = self.GetUsedHistogramsAndPhasesfromTree()
3404        for phase in Phases:
3405            if 'pId' not in Phases[phase]:
3406                self.ErrorDialog('View parameter error','You must run least squares at least once')
3407                raise Exception,'No pId for phase '+str(phase)
3408        rigidbodyDict = self.PatternTree.GetItemPyData(   
3409            G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Rigid bodies'))
3410        rbVary,rbDict = G2stIO.GetRigidBodyModels(rigidbodyDict,Print=False)
3411        rbIds = rigidbodyDict.get('RBIds',{'Vector':[],'Residue':[]})
3412        Natoms,atomIndx,phaseVary,phaseDict,pawleyLookup,FFtable,BLtable,maxSSwave = G2stIO.GetPhaseData(Phases,RestraintDict=None,rbIds=rbIds,Print=False)       
3413        hapVary,hapDict,controlDict = G2stIO.GetHistogramPhaseData(Phases,Histograms,Print=False)
3414        histVary,histDict,controlDict = G2stIO.GetHistogramData(Histograms,Print=False)
3415        varyList = rbVary+phaseVary+hapVary+histVary
3416        parmDict.update(rbDict)
3417        parmDict.update(phaseDict)
3418        parmDict.update(hapDict)
3419        parmDict.update(histDict)
3420        for parm in parmDict:
3421            if parm.split(':')[-1] in ['Azimuth','Gonio. radius','Lam1','Lam2',
3422                'Omega','Chi','Phi','nDebye','nPeaks']:
3423                parmDict[parm] = [parmDict[parm],'-']
3424            elif parm.split(':')[-2] in ['Ax','Ay','Az','SHmodel','SHord']:
3425                parmDict[parm] = [parmDict[parm],'-']
3426            elif parm in varyList:
3427                parmDict[parm] = [parmDict[parm],'T']
3428            else:
3429                parmDict[parm] = [parmDict[parm],'F']
3430        # for i in parmDict: print i,'\t',parmDict[i]
3431        # fl = open('parmDict.dat','wb')
3432        # import cPickle
3433        # cPickle.dump(parmDict,fl,1)
3434        # fl.close()
3435        return parmDict,varyList
3436
3437    def ShowLSParms(self,event):
3438        '''Displays a window showing all parameters in the refinement.
3439        Called from the Calculate/View LS Parms menu.
3440        '''
3441        parmDict,varyList = self.MakeLSParmDict()
3442        parmValDict = {}
3443        for i in parmDict:
3444            parmValDict[i] = parmDict[i][0]
3445           
3446        reqVaryList = tuple(varyList) # save requested variables
3447        try:
3448            # process constraints
3449            sub = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Constraints') 
3450            Constraints = self.PatternTree.GetItemPyData(sub)
3451            constList = []
3452            for item in Constraints:
3453                if item.startswith('_'): continue
3454                constList += Constraints[item]
3455            G2mv.InitVars()
3456            constrDict,fixedList,ignored = G2stIO.ProcessConstraints(constList)
3457            groups,parmlist = G2mv.GroupConstraints(constrDict)
3458            G2mv.GenerateConstraints(groups,parmlist,varyList,constrDict,fixedList,parmValDict)
3459            G2mv.Map2Dict(parmValDict,varyList)
3460        except:
3461            pass
3462        dlg = G2gd.ShowLSParms(self,'Least Squares Parameters',parmValDict,varyList,reqVaryList)
3463        dlg.ShowModal()
3464        dlg.Destroy()
3465       
3466    def OnRefine(self,event):
3467        '''Perform a refinement.
3468        Called from the Calculate/Refine menu.
3469        '''       
3470        Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Sequential results')
3471        if Id:
3472            dlg = wx.MessageDialog(
3473                self,
3474                'Your last refinement was sequential. Continue with "Refine", removing previous sequential results?',
3475                'Remove sequential results?',wx.OK|wx.CANCEL)
3476            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
3477                self.PatternTree.Delete(Id)
3478                dlg.Destroy()
3479            else:
3480                dlg.Destroy()
3481                return
3482
3483        self.OnFileSave(event)
3484        # check that constraints are OK here
3485        errmsg, warnmsg = G2stIO.ReadCheckConstraints(self.GSASprojectfile)
3486        if errmsg:
3487            self.ErrorDialog('Constraint Error',
3488                             'Error in constraints. Refinement not possible.'+
3489                             '\nSee console error message for details.')
3490            return
3491        if warnmsg:
3492            print('Conflict between refinment flag settings and constraints:\n'+
3493                  warnmsg+'\nRefinement not possible')
3494            self.ErrorDialog('Refinement Flag Error',
3495                             'Conflict between refinement flag settings and constraints:\n'+
3496                             warnmsg+
3497                             '\nRefinement not possible')
3498            return
3499        dlg = wx.ProgressDialog('Residual','All data Rw =',101.0, 
3500            style = wx.PD_ELAPSED_TIME|wx.PD_AUTO_HIDE|wx.PD_CAN_ABORT,
3501            parent=self)
3502        Size = dlg.GetSize()
3503        if 50 < Size[0] < 500: # sanity check on size, since this fails w/Win & wx3.0
3504            dlg.SetSize((int(Size[0]*1.2),Size[1])) # increase size a bit along x
3505        dlg.CenterOnParent()
3506        Rw = 100.00
3507        oldId =  self.PatternTree.GetSelection()        #retain current selection
3508        oldPath = self.GetTreeItemsList(oldId)
3509        parentName = ''
3510        oldName = self.PatternTree.GetItemText(oldId)
3511        parentId = self.PatternTree.GetItemParent(oldId)
3512        if parentId:
3513            parentName = self.PatternTree.GetItemText(parentId)     #find the current data tree name
3514            if 'Phases' in parentName:
3515                tabId = self.dataDisplay.GetSelection()
3516        try:
3517            OK,Msg = G2stMn.Refine(self.GSASprojectfile,dlg)
3518        finally:
3519            dlg.Update(101.) # forces the Auto_Hide; needed after move w/Win & wx3.0
3520            dlg.Destroy()
3521            wx.Yield()
3522        if OK:
3523            Rw = Msg
3524            dlg2 = wx.MessageDialog(self,'Load new result?','Refinement results, Rw =%.3f'%(Rw),wx.OK|wx.CANCEL)
3525            try:
3526                if dlg2.ShowModal() == wx.ID_OK:
3527                    Id = 0
3528                    self.PatternTree.DeleteChildren(self.root)
3529                    if self.HKL: self.HKL = []
3530                    if self.G2plotNB.plotList:
3531                        self.G2plotNB.clear()
3532                    G2IO.ProjFileOpen(self)
3533                    item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
3534                    while item and not Id:
3535                        name = self.PatternTree.GetItemText(item)
3536                        if name[:4] in ['PWDR','HKLF']:
3537                            Id = item
3538                        item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)               
3539                    if Id:
3540                        self.PickIdText = None  #force reload of PickId contents
3541                        self.PatternTree.SelectItem(Id)
3542                    if parentName:
3543                        parentId = G2gd.GetPatternTreeItemId(self, self.root, parentName)
3544                        if parentId:
3545                            itemId = G2gd.GetPatternTreeItemId(self, parentId, oldName)
3546                        else:
3547                            itemId = G2gd.GetPatternTreeItemId(self, self.root, oldName)
3548                        self.PatternTree.SelectItem(itemId)
3549                    if 'Phases' in parentName:
3550                        self.dataDisplay.SetSelection(tabId)
3551            finally:
3552                dlg2.Destroy()
3553        else:
3554            self.ErrorDialog('Refinement error',Msg)
3555
3556    def OnSeqRefine(self,event):
3557        '''Perform a sequential refinement.
3558        Called from the Calculate/Sequential refine menu.
3559        '''       
3560        Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Sequential results')
3561        if not Id:
3562            Id = self.PatternTree.AppendItem(self.root,text='Sequential results')
3563            self.PatternTree.SetItemPyData(Id,{})           
3564        Controls = self.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root, 'Controls'))
3565        Controls['ShowCell'] = True
3566        self.OnFileSave(event)
3567        # check that constraints are OK here
3568        errmsg, warnmsg = G2stIO.ReadCheckConstraints(self.GSASprojectfile)
3569        if errmsg:
3570            self.ErrorDialog('Constraint Error',
3571                             'Error in constraints:\n'+errmsg+
3572                             '\nRefinement not possible')
3573            return
3574        if warnmsg:
3575            print('Conflict between refinment flag settings and constraints:\n'+
3576                  warnmsg+'\nRefinement not possible')
3577            self.ErrorDialog('Refinement Flag Error',
3578                             'Conflict between refinment flag settings and constraints:\n'+
3579                             warnmsg+'\nRefinement not possible')
3580            return
3581        dlg = wx.ProgressDialog('Residual for histogram 0','Powder profile Rwp =',101.0, 
3582            style = wx.PD_ELAPSED_TIME|wx.PD_AUTO_HIDE|wx.PD_CAN_ABORT,
3583            parent=self)           
3584        Size = dlg.GetSize()
3585        if 50 < Size[0] < 500: # sanity check on size, since this fails w/Win & wx3.0
3586            dlg.SetSize((int(Size[0]*1.2),Size[1])) # increase size a bit along x
3587        dlg.CenterOnParent()
3588        try:
3589            OK,Msg = G2stMn.SeqRefine(self.GSASprojectfile,dlg)
3590        finally:
3591            dlg.Update(101.) # forces the Auto_Hide; needed after move w/Win & wx3.0
3592            dlg.Destroy()
3593            wx.Yield()
3594        if OK:
3595            dlg = wx.MessageDialog(self,'Load new result?','Refinement results',wx.OK|wx.CANCEL)
3596            try:
3597                if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
3598                    Id = 0
3599                    self.PickIdText = None  #force reload of PickId contents
3600                    self.PatternTree.DeleteChildren(self.root)
3601                    if self.HKL: self.HKL = []
3602                    if self.G2plotNB.plotList:
3603                        self.G2plotNB.clear()
3604                    G2IO.ProjFileOpen(self)
3605                    Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Sequential results')
3606                    self.PatternTree.SelectItem(Id)
3607   
3608            finally:
3609                dlg.Destroy()
3610        else:
3611            self.ErrorDialog('Sequential refinement error',Msg)
3612       
3613    def ErrorDialog(self,title,message,parent=None, wtype=wx.OK):
3614        'Display an error message'
3615        result = None
3616        if parent is None:
3617            dlg = wx.MessageDialog(self, message, title,  wtype)
3618        else:
3619            dlg = wx.MessageDialog(parent, message, title,  wtype)
3620            dlg.CenterOnParent() # not working on Mac
3621        try:
3622            result = dlg.ShowModal()
3623        finally:
3624            dlg.Destroy()
3625        return result
3626
3627class GSASIImain(wx.App):
3628    '''Defines a wxApp for GSAS-II
3629
3630    Creates a wx frame (self.main) which contains the display of the
3631    data tree.
3632    '''
3633    def OnInit(self):
3634        '''Called automatically when the app is created.'''
3635        if '2.7' not in sys.version[:5]:
3636            dlg = wx.MessageDialog(None, 
3637                'GSAS-II requires Python 2.7.x\n Yours is '+sys.version[:5],
3638                'Python version error',  wx.OK)
3639            try:
3640                result = dlg.ShowModal()
3641            finally:
3642                dlg.Destroy()
3643            sys.exit()
3644        self.main = GSASII(None)
3645        self.main.Show()
3646        self.SetTopWindow(self.main)
3647        # DEBUG: jump to sequential results
3648        #Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(self.main,self.main.root,'Sequential results')
3649        #self.main.PatternTree.SelectItem(Id)
3650        # end DEBUG
3651        return True
3652    # def MacOpenFile(self, filename):
3653    #     '''Called on Mac every time a file is dropped on the app when it is running,
3654    #     treat this like a File/Open project menu action.
3655    #     Should be ignored on other platforms
3656    #     '''
3657    #     # PATCH: Canopy 1.4 script main seems dropped on app; ignore .py files
3658    #     print 'MacOpen',filename
3659    #     if os.path.splitext(filename)[1] == '.py': return
3660    #     # end PATCH
3661    #     self.main.OnFileOpen(None,filename)
3662    # removed because this gets triggered when a file is on the command line in canopy 1.4 -- not likely used anyway
3663   
3664def main():
3665    '''Start up the GSAS-II application'''
3666    #application = GSASIImain() # don't redirect output, someday we
3667    # may want to do this if we can
3668    application = GSASIImain(0)
3669    if GSASIIpath.GetConfigValue('wxInspector'):
3670        import wx.lib.inspection as wxeye
3671        wxeye.InspectionTool().Show()
3672
3673    #application.main.OnRefine(None)
3674    application.MainLoop()
3675   
3676if __name__ == '__main__':
3677    # print versions
3678    print "Python module versions loaded:"
3679    print "python:     ",sys.version[:5]
3680    print "wxpython:   ",wx.__version__
3681    print "matplotlib: ",mpl.__version__
3682    print "numpy:      ",np.__version__
3683    print "scipy:      ",sp.__version__
3684    print "OpenGL:     ",ogl.__version__
3685    try:
3686        from PIL import Image
3687        try:
3688            from PIL import PILLOW_VERSION
3689            version = PILLOW_VERSION
3690        except:
3691            version = Image.VERSION
3692        print "pillow:     ",version
3693    except ImportError:
3694        try:
3695            import Image
3696            print "Image (PIL):",Image.VERSION
3697        except ImportError:
3698            print "Image module not present; Note that PIL (Python Imaging Library) or pillow is needed for some image operations"
3699    try:
3700        import mkl
3701        print "Max threads ",mkl.get_max_threads()
3702    except:
3703        pass
3704    import platform
3705    print "Platform info:",sys.platform,platform.architecture()[0],platform.machine()
3706    #print "wxPython description",wx.PlatformInfo
3707    print "This is GSAS-II version:     ",__version__,' revision '+str(GSASIIpath.GetVersionNumber())
3708    GSASIIpath.InvokeDebugOpts()
3709    main() # start the GUI
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.