source: trunk/GSASII.py @ 1820

Last change on this file since 1820 was 1820, checked in by vondreele, 7 years ago

fix issues in reading powder peak lists (since TOF added)
force reload of data after Refine
add Move Peaks to Background menu - moves fitted background peaks to Peak List for possible indexing
increase number of possible peaks in background to 30!
fix bug in LS output for Pawley refinements
reformat background peak output from Refine

  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Date Author Revision URL Id
File size: 174.8 KB
Line 
1#!/usr/bin/env python
2# -*- coding: utf-8 -*-
3#GSASII
4########### SVN repository information ###################
5# $Date: 2015-04-29 19:04:05 +0000 (Wed, 29 Apr 2015) $
6# $Author: vondreele $
7# $Revision: 1820 $
8# $URL: trunk/GSASII.py $
9# $Id: GSASII.py 1820 2015-04-29 19:04:05Z vondreele $
10########### SVN repository information ###################
11'''
12*GSAS-II Main Module*
13=====================
14
15Main routines for the GSAS-II program
16'''
17
18import os
19import sys
20import math
21import copy
22import random as ran
23import time
24import copy
25import glob
26import imp
27import inspect
28import numpy as np
29import scipy as sp
30import wx
31import matplotlib as mpl
32try:
33    import OpenGL as ogl
34except ImportError:
35    print('*******************************************************')
36    print('PyOpenGL is missing from your python installation')
37    print('     - we will try to install it')
38    print('*******************************************************')
39    def install_with_easyinstall(package):
40        try: 
41            print "trying a system-wide PyOpenGl install"
42            easy_install.main(['-f',os.path.split(__file__)[0],package])
43            return
44        except:
45            pass
46        try: 
47            print "trying a user level PyOpenGl install"
48            easy_install.main(['-f',os.path.split(__file__)[0],'--user',package])
49            return
50        except:
51            print "Install of '+package+' failed. Please report this information:"
52            import traceback
53            print traceback.format_exc()
54            sys.exit()
55    from setuptools.command import easy_install
56    install_with_easyinstall('PyOpenGl')
57    print('*******************************************************')         
58    print('OpenGL has been installed. Restarting GSAS-II')
59    print('*******************************************************')         
60    loc = os.path.dirname(__file__)
61    import subprocess
62    subprocess.Popen([sys.executable,os.path.join(loc,'GSASII.py')])
63    sys.exit()
64   
65# load the GSAS routines
66import GSASIIpath
67GSASIIpath.SetVersionNumber("$Revision: 1820 $")
68import GSASIIIO as G2IO
69import GSASIIgrid as G2gd
70import GSASIIctrls as G2G
71import GSASIIplot as G2plt
72import GSASIIpwd as G2pwd
73import GSASIIpwdGUI as G2pdG
74import GSASIIspc as G2spc
75import GSASIIstrMain as G2stMn
76import GSASIIstrIO as G2stIO
77import GSASIImapvars as G2mv
78import GSASIIobj as G2obj
79import GSASIIlattice as G2lat
80import GSASIIlog as log
81
82#wx inspector - use as needed
83wxInspector = False
84
85__version__ = '0.2.0'
86
87# PATCH: for Mavericks (OS X 10.9.x), wx produces an annoying warning about LucidaGrandeUI.
88# In case stderr has been suppressed there, redirect python error output to stdout. Nobody
89# else should care much about this.
90sys.stderr = sys.stdout
91
92def create(parent):
93    return GSASII(parent)
94
95def SetDefaultDData(dType,histoName,NShkl=0,NDij=0):
96    if dType in ['SXC','SNC']:
97        return {'Histogram':histoName,'Show':False,'Scale':[1.0,True],
98            'Babinet':{'BabA':[0.0,False],'BabU':[0.0,False]},
99            'Extinction':['Lorentzian','None', {'Tbar':0.1,'Cos2TM':0.955,
100            'Eg':[1.e-10,False],'Es':[1.e-10,False],'Ep':[1.e-10,False]}]}
101    elif dType == 'SNT':
102        return {'Histogram':histoName,'Show':False,'Scale':[1.0,True],
103            'Babinet':{'BabA':[0.0,False],'BabU':[0.0,False]},
104            'Extinction':['Lorentzian','None', {
105            'Eg':[1.e-10,False],'Es':[1.e-10,False],'Ep':[1.e-10,False]}]}
106    elif 'P' in dType:
107        return {'Histogram':histoName,'Show':False,'Scale':[1.0,False],
108            'Pref.Ori.':['MD',1.0,False,[0,0,1],0,{},[],0.1],
109            'Size':['isotropic',[1.,1.,1.],[False,False,False],[0,0,1],
110                [1.,1.,1.,0.,0.,0.],6*[False,]],
111            'Mustrain':['isotropic',[1000.0,1000.0,1.0],[False,False,False],[0,0,1],
112                NShkl*[0.01,],NShkl*[False,]],
113            'HStrain':[NDij*[0.0,],NDij*[False,]],                         
114            'Extinction':[0.0,False],'Babinet':{'BabA':[0.0,False],'BabU':[0.0,False]}}
115
116class GSASII(wx.Frame):
117    '''Define the main GSAS-II frame and its associated menu items
118    '''
119    def MenuBinding(self,event):
120        '''Called when a menu is clicked upon; looks up the binding in table
121        '''
122        log.InvokeMenuCommand(event.GetId(),self,event)
123           
124    def Bind(self,eventtype,handler,*args,**kwargs):
125        '''Override the Bind function so that we can wrap calls that will be logged.
126       
127        N.B. This is a bit kludgy. Menu bindings with an id are wrapped and
128        menu bindings with an object and no id are not.
129        '''
130        if eventtype == wx.EVT_MENU and 'id' in kwargs:
131            menulabels = log.SaveMenuCommand(kwargs['id'],self,handler)
132            if menulabels:
133                wx.Frame.Bind(self,eventtype,self.MenuBinding,*args,**kwargs)
134                return
135        wx.Frame.Bind(self,eventtype,handler,*args,**kwargs)     
136   
137    def _Add_FileMenuItems(self, parent):
138        item = parent.Append(
139            help='Open a GSAS-II project file (*.gpx)', id=wx.ID_ANY,
140            kind=wx.ITEM_NORMAL,text='&Open project...')
141        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnFileOpen, id=item.GetId())
142        item = parent.Append(
143            help='Save project under current name', id=wx.ID_ANY,
144            kind=wx.ITEM_NORMAL,text='&Save project')
145        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnFileSave, id=item.GetId())
146        item = parent.Append(
147            help='Save current project to new file', id=wx.ID_ANY,
148            kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Save project as...')
149        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnFileSaveas, id=item.GetId())
150        item = parent.Append(
151            help='Create empty new project, saving current is optional', id=wx.ID_ANY,
152            kind=wx.ITEM_NORMAL,text='&New project')
153        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnFileClose, id=item.GetId())
154        item = parent.Append(
155            help='Exit from GSAS-II', id=wx.ID_ANY,
156            kind=wx.ITEM_NORMAL,text='&Exit')
157        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnFileExit, id=item.GetId())
158       
159    def _Add_DataMenuItems(self,parent):
160        item = parent.Append(
161            help='',id=wx.ID_ANY,
162            kind=wx.ITEM_NORMAL,
163            text='Read image data...')
164        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnImageRead, id=item.GetId())
165        item = parent.Append(
166            help='',id=wx.ID_ANY,
167            kind=wx.ITEM_NORMAL,
168            text='Read Powder Pattern Peaks...')
169        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnReadPowderPeaks, id=item.GetId())
170        item = parent.Append(
171            help='',id=wx.ID_ANY,
172            kind=wx.ITEM_NORMAL,
173            text='Sum powder data')
174        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnPwdrSum, id=item.GetId())
175        item = parent.Append(
176            help='',id=wx.ID_ANY,
177            kind=wx.ITEM_NORMAL,
178            text='Sum image data')
179        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnImageSum, id=item.GetId())
180        item = parent.Append(
181            help='',id=wx.ID_ANY,
182            kind=wx.ITEM_NORMAL,
183            text='Add phase')
184        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnAddPhase, id=item.GetId())
185        item = parent.Append(
186            help='',id=wx.ID_ANY,
187            kind=wx.ITEM_NORMAL,
188            text='Delete phase')
189        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnDeletePhase, id=item.GetId())
190        item = parent.Append(
191            help='',id=wx.ID_ANY,
192            kind=wx.ITEM_NORMAL,
193            text='Rename data') 
194        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnRenameData, id=item.GetId())
195        item = parent.Append(
196            help='',id=wx.ID_ANY,
197            kind=wx.ITEM_NORMAL,
198            text='Delete data')
199        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnDataDelete, id=item.GetId())
200               
201    def _Add_CalculateMenuItems(self,parent):
202        item = parent.Append(help='Make new PDFs from selected powder patterns', 
203            id=wx.ID_ANY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Make new PDFs')
204        self.MakePDF.append(item)
205#        item.Enable(False)
206        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnMakePDFs, id=item.GetId())
207       
208        item = parent.Append(help='View least squares parameters', 
209            id=wx.ID_ANY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='&View LS parms')
210        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.ShowLSParms, id=item.GetId())
211       
212        item = parent.Append(help='', id=wx.ID_ANY, kind=wx.ITEM_NORMAL,
213            text='&Refine')
214        if len(self.Refine): # extend state for new menus to match main (on mac)
215            state = self.Refine[0].IsEnabled()
216        else:
217            state = False
218        item.Enable(state)
219        self.Refine.append(item)
220        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnRefine, id=item.GetId())
221       
222        item = parent.Append(help='', id=wx.ID_ANY, kind=wx.ITEM_NORMAL,
223            text='Sequential refine')
224        if len(self.SeqRefine): # extend state for new menus to match main (on mac)
225            state = self.SeqRefine[0].IsEnabled()
226        else:
227            state = False
228        item.Enable(state)
229        self.SeqRefine.append(item) # save menu obj for use in self.EnableSeqRefineMenu
230        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnSeqRefine, id=item.GetId())
231       
232    def _init_Imports(self):
233        '''import all the G2phase*.py & G2sfact*.py & G2pwd*.py files that
234        are found in the path
235        '''
236
237        self.ImportPhaseReaderlist = []
238        self._init_Import_routines('phase',self.ImportPhaseReaderlist,'Phase')
239        self.ImportSfactReaderlist = []
240        self._init_Import_routines('sfact',self.ImportSfactReaderlist,'Struct_Factor')
241        self.ImportPowderReaderlist = []
242        self._init_Import_routines('pwd',self.ImportPowderReaderlist,'Powder_Data')
243        self.ImportSmallAngleReaderlist = []
244        self._init_Import_routines('sad',self.ImportSmallAngleReaderlist,'SmallAngle_Data')
245        self.ImportMenuId = {}
246
247    def _init_Import_routines(self,prefix,readerlist,errprefix):
248        '''import all the import readers matching the prefix
249        '''
250        #path2GSAS2 = os.path.dirname(os.path.realpath(__file__)) # location of this file
251        #pathlist = sys.path[:]
252        #if path2GSAS2 not in pathlist: pathlist.append(path2GSAS2)
253        #path2GSAS2 = os.path.join(
254        #    os.path.dirname(os.path.realpath(__file__)), # location of this file
255        #    'imports')
256        pathlist = sys.path[:]
257        #if path2GSAS2 not in pathlist: pathlist.append(path2GSAS2)
258        if '.' not in pathlist: pathlist.append('.') # insert the directory where G2 is started
259
260        filelist = []
261        for path in pathlist:
262            for filename in glob.iglob(os.path.join(
263                path,
264                "G2"+prefix+"*.py")):
265                filelist.append(filename)   
266                #print 'debug: found',filename
267        filelist = sorted(list(set(filelist))) # remove duplicates
268        for filename in filelist:
269            path,rootname = os.path.split(filename)
270            pkg = os.path.splitext(rootname)[0]
271            try:
272                fp = None
273                fp, fppath,desc = imp.find_module(pkg,[path,])
274                pkg = imp.load_module(pkg,fp,fppath,desc)
275                for clss in inspect.getmembers(pkg): # find classes defined in package
276                    if clss[0].startswith('_'): continue
277                    if inspect.isclass(clss[1]):
278                        # check if we have the required methods
279                        for m in 'Reader','ExtensionValidator','ContentsValidator':
280                            if not hasattr(clss[1],m): break
281                            if not callable(getattr(clss[1],m)): break
282                        else:
283                            reader = clss[1]() # create an import instance
284                            readerlist.append(reader)
285            except AttributeError:
286                print 'Import_'+errprefix+': Attribute Error '+str(filename)
287                pass
288            except ImportError:
289                print 'Import_'+errprefix+': Error importing file '+str(filename)
290                pass
291            if fp: fp.close()
292
293    def EnableSeqRefineMenu(self):
294        '''Enable or disable the sequential refinement menu items based on the
295        contents of the Controls 'Seq Data' item (if present)
296        '''
297        controls = self.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root, 'Controls'))
298        if controls.get('Seq Data'):
299            for i in self.SeqRefine: i.Enable(True)
300        else:
301            for i in self.SeqRefine: i.Enable(False)
302
303    def OnImportGeneric(self,reader,readerlist,label,multiple=False,usedRanIdList=[]):
304        '''Used to import Phases, powder dataset or single
305        crystal datasets (structure factor tables) using reader objects
306        subclassed from :class:`GSASIIIO.ImportPhase`, :class:`GSASIIIO.ImportStructFactor`
307        or :class:`GSASIIIO.ImportPowderData`. If a reader is specified, only
308        that will be attempted, but if no reader is specified, every one
309        that is potentially compatible (by file extension) will
310        be tried on the selected file(s).
311
312        :param readerobject reader: This will be a reference to
313          a particular object to be used to read a file or None,
314          if every appropriate reader should be used.
315
316        :param list readerlist: a list of reader objects appropriate for
317          the current read attempt. At present, this will be either
318          self.ImportPhaseReaderlist, self.ImportSfactReaderlist or
319          self.ImportPowderReaderlist (defined in _init_Imports from
320          the files found in the path), but in theory this list could
321          be tailored. Used only when reader is None.
322
323        :param str label: string to place on the open file dialog:
324          Open `label` input file
325
326        :param bool multiple: True if multiple files can be selected
327          in the file dialog. False is default. At present True is used
328          only for reading of powder data.
329
330        :param list usedRanIdList: an optional list of random Ids that
331          have been used and should not be reused
332
333        :returns: a list of reader objects (rd_list) that were able
334          to read the specified file(s). This list may be empty.
335        '''
336        self.lastimport = ''
337        self.zipfile = None
338        singlereader = True
339        if reader is None:
340            singlereader = False
341            multiple = False
342            #print "use all formats"
343            choices = "any file (*.*)|*.*"
344            choices += "|zip archive (.zip)|*.zip"
345            extdict = {}
346            # compile a list of allowed extensions
347            for rd in readerlist:
348                fmt = rd.formatName
349                for extn in rd.extensionlist:
350                    if not extdict.get(extn): extdict[extn] = []
351                    extdict[extn] += [fmt,]
352            for extn in sorted(extdict.keys(),cmp=lambda x,y: cmp(x.lower(), y.lower())):
353                fmt = ''
354                for f in extdict[extn]:
355                    if fmt != "": fmt += ', '
356                    fmt += f
357                choices += "|" + fmt + " file (*" + extn + ")|*" + extn
358        else:
359            readerlist = [reader,]
360            # compile a list of allowed extensions
361            choices = reader.formatName + " file ("
362            w = ""
363            for extn in reader.extensionlist:
364                if w != "": w += ";"
365                w += "*" + extn
366            choices += w + ")|" + w
367            choices += "|zip archive (.zip)|*.zip"
368            if not reader.strictExtension:
369                choices += "|any file (*.*)|*.*"
370        # get the file(s) (probably should remove wx.CHANGE_DIR here)
371        if multiple:
372            mode = style=wx.OPEN | wx.CHANGE_DIR | wx.MULTIPLE
373        else:
374            mode = style=wx.OPEN | wx.CHANGE_DIR
375        filelist = self.GetImportFile(message="Choose "+label+" input file",
376                    defaultFile="",wildcard=choices, style=mode)
377        rd_list = []
378        filelist1 = []
379        for filename in filelist:
380            # is this a zip file?
381            if os.path.splitext(filename)[1].lower() == '.zip':
382                extractedfiles = G2IO.ExtractFileFromZip(
383                    filename,parent=self,
384                    multipleselect=True)
385                if extractedfiles is None: continue # error or Cancel
386                if extractedfiles != filename:
387                    self.zipfile = filename # save zip name
388                    filelist1 += extractedfiles
389                    continue
390            filelist1.append(filename)
391        filelist = filelist1
392        for filename in filelist:
393            # is this a zip file?
394            if os.path.splitext(filename)[1].lower() == '.zip':
395                extractedfile = G2IO.ExtractFileFromZip(filename,parent=self)
396                if extractedfile is None: continue # error or Cancel
397                if extractedfile != filename:
398                    filename,self.zipfile = extractedfile,filename # now use the file that was created
399            # set what formats are compatible with this file
400            primaryReaders = []
401            secondaryReaders = []
402            for rd in readerlist:
403                flag = rd.ExtensionValidator(filename)
404                if flag is None: 
405                    secondaryReaders.append(rd)
406                elif flag:
407                    primaryReaders.append(rd)
408            if len(secondaryReaders) + len(primaryReaders) == 0:
409                self.ErrorDialog('No Format','No matching format for file '+filename)
410                return []
411
412            fp = None
413            msg = ''
414            try:
415                fp = open(filename,'Ur')
416                if len(filelist) == 1:
417                    # confirm we have the right file
418                    rdmsg = 'File '+str(filename)+' begins:\n\n'
419                    for i in range(3):
420                        rdmsg += fp.readline()
421                    rdmsg += '\n\nDo you want to read this file?'
422                    if not all([ord(c) < 128 and ord(c) != 0 for c in rdmsg]): # show only if ASCII
423                        rdmsg = 'File '+str(
424                            filename)+' is a binary file. Do you want to read this file?'
425                    result = wx.ID_NO
426                    # it would be better to use something that
427                    # would resize better, but this will do for now
428                    dlg = wx.MessageDialog(
429                        self, rdmsg,
430                        'Is this the file you want?', 
431                        wx.YES_NO | wx.ICON_QUESTION,
432                        )
433                    dlg.SetSize((700,300)) # does not resize on Mac
434                    try:
435                        result = dlg.ShowModal()
436                    finally:
437                        dlg.Destroy()
438                    if result == wx.ID_NO: return []
439                           
440                self.lastimport = filename # this is probably not what I want to do -- it saves only the
441                # last name in a series. See rd.readfilename for a better name.
442               
443                # try the file first with Readers that specify the
444                # file's extension and later with ones that merely allow it
445                errorReport = ''
446                for rd in primaryReaders+secondaryReaders:
447                    rd.ReInitialize() # purge anything from a previous read
448                    fp.seek(0)  # rewind
449                    rd.errors = "" # clear out any old errors
450                    if not rd.ContentsValidator(fp): # rejected on cursory check
451                        errorReport += "\n  "+rd.formatName + ' validator error'
452                        if rd.errors: 
453                            errorReport += ': '+rd.errors
454                        continue 
455                    repeat = True
456                    rdbuffer = {} # create temporary storage for file reader
457                    block = 0
458                    while repeat: # loop if the reader asks for another pass on the file
459                        block += 1
460                        repeat = False
461                        fp.seek(0)  # rewind
462                        rd.objname = os.path.basename(filename)
463                        flag = False
464                        try:
465                            flag = rd.Reader(filename,fp,self,
466                                             buffer=rdbuffer,
467                                             blocknum=block,
468                                             usedRanIdList=usedRanIdList,
469                                             )
470                        except rd.ImportException as detail:
471                            rd.errors += "\n  Read exception: "+str(detail)
472                        except Exception as detail:
473                            import traceback
474                            rd.errors += "\n  Unhandled read exception: "+str(detail)
475                            rd.errors += "\n  Traceback info:\n"+str(traceback.format_exc())
476                        if flag: # this read succeeded
477                            rd.readfilename = filename
478                            rd_list.append(copy.deepcopy(rd)) # save the result before it is written over
479                            if rd.repeat:
480                                repeat = True
481                            continue
482                        errorReport += '\n'+rd.formatName + ' read error'
483                        if rd.errors:
484                            errorReport += ': '+rd.errors
485                    if rd_list: # read succeeded, was there a warning or any errors?
486                        if rd.warnings:
487                            self.ErrorDialog('Read Warning','The '+ rd.formatName+
488                                             ' reader reported a warning message:\n\n'+
489                                             rd.warnings)
490                        break # success in reading, try no further
491                else:
492                    if singlereader:
493                        self.ErrorDialog('Read Error','The '+ rd.formatName+
494                                         ' reader was not able to read file '+filename+msg+
495                                         '\n\nError message(s):\n'+errorReport
496                                         )
497                    else:
498                        self.ErrorDialog('Read Error','No reader was able to read file '+filename+msg+
499                                         '\n\nError messages:\n'+errorReport
500                                         )
501            except:
502                import traceback
503                print traceback.format_exc()
504                self.ErrorDialog('Open Error','Unexpected error trying to open or read file '+filename)
505            if fp: fp.close()
506        return rd_list
507
508    def _Add_ImportMenu_Phase(self,parent):
509        '''configure the Import Phase menus accord to the readers found in _init_Imports
510        '''
511        submenu = wx.Menu()
512        item = parent.AppendMenu(wx.ID_ANY, 'Phase',
513            submenu, help='Import phase data')
514        for reader in self.ImportPhaseReaderlist:
515            item = submenu.Append(wx.ID_ANY,help=reader.longFormatName,
516                kind=wx.ITEM_NORMAL,text='from '+reader.formatName+' file')
517            self.ImportMenuId[item.GetId()] = reader
518            self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnImportPhase, id=item.GetId())
519        item = submenu.Append(wx.ID_ANY,
520                              help='Import phase data, use file to try to determine format',
521                              kind=wx.ITEM_NORMAL,
522                              text='guess format from file')
523        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnImportPhase, id=item.GetId())
524
525    def GetImportFile(self, message, defaultDir="", defaultFile="", style=wx.OPEN,
526                      *args, **kwargs):
527        '''Defines a customized dialog that gets gets files from the appropriate
528        Import directory (unless overridden with defaultDir). The default
529        import directory is found in self.ImportDir, which will be set to
530        the location of the (first) file entered in this dialog.
531           
532        :returns: a list of files or an empty list
533        '''
534        dlg = wx.FileDialog(self, message, defaultDir, defaultFile, *args,
535                            style=style, **kwargs)
536        if not defaultDir and self.ImportDir:
537            dlg.SetDirectory(self.ImportDir)
538        try:
539            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
540                if style & wx.MULTIPLE:
541                    filelist = dlg.GetPaths()
542                    if len(filelist) == 0: return []
543                else:
544                    filelist = [dlg.GetPath(),]
545                # not sure if we want to do this (why use wx.CHANGE_DIR?)
546                if style & wx.CHANGE_DIR: # to get Mac/Linux to change directory like windows!
547                    os.chdir(dlg.GetDirectory())
548                if not defaultDir and self.ImportDir: # if we are using a default and
549                    # user moved, save the new location
550                    self.ImportDir = os.path.split(filelist[0])[0]
551                    #print 'default moved to',self.ImportDir               
552            else: # cancel was pressed
553                return []
554        finally:
555            dlg.Destroy()
556        return filelist
557           
558    def OnImportPhase(self,event):
559        '''Called in response to an Import/Phase/... menu item
560        to read phase information.
561        dict self.ImportMenuId is used to look up the specific
562        reader item associated with the menu item, which will be
563        None for the last menu item, which is the "guess" option
564        where all appropriate formats will be tried.
565        '''
566        # look up which format was requested
567        reqrdr = self.ImportMenuId.get(event.GetId())
568       
569        # make a list of phase names, ranId's and the histograms used in those phases
570        phaseRIdList,usedHistograms = self.GetPhaseInfofromTree()
571        phaseNameList = usedHistograms.keys() # phase names in use
572        usedHKLFhists = [] # used single-crystal histograms
573        for p in usedHistograms:
574            for h in usedHistograms[p]:
575                if h.startswith('HKLF ') and h not in usedHKLFhists:
576                    usedHKLFhists.append(h)
577        rdlist = self.OnImportGeneric(reqrdr,
578                                  self.ImportPhaseReaderlist,
579                                  'phase',usedRanIdList=phaseRIdList)
580        if len(rdlist) == 0: return
581        # for now rdlist is only expected to have one element
582        # but below will allow multiple phases to be imported
583        # if ever the import routines ever implement multiple phase reads.
584        self.CheckNotebook()
585        newPhaseList = []
586        for rd in rdlist:
587            PhaseName = ''
588            dlg = wx.TextEntryDialog( # allow editing of phase name
589                                    self, 'Enter the name for the new phase',
590                                    'Edit phase name', rd.Phase['General']['Name'],
591                                    style=wx.OK)
592            while PhaseName == '':
593                dlg.CenterOnParent()
594                if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
595                    PhaseName = dlg.GetValue().strip()
596                else:
597                    dlg.Destroy()
598                    return
599            dlg.Destroy()
600            # make new phase names unique
601            rd.Phase['General']['Name'] = G2obj.MakeUniqueLabel(PhaseName,phaseNameList)
602            PhaseName = rd.Phase['General']['Name'][:]
603            newPhaseList.append(PhaseName)
604            print 'Read phase '+str(PhaseName)+' from file '+str(self.lastimport)
605            if not G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases'):
606                sub = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text='Phases')
607            else:
608                sub = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases')
609            psub = self.PatternTree.AppendItem(parent=sub,text=PhaseName)
610            self.PatternTree.SetItemPyData(psub,rd.Phase)
611            self.PatternTree.Expand(self.root) # make sure phases are seen
612            self.PatternTree.Expand(sub) 
613            self.PatternTree.Expand(psub)
614            self.PatternTree.SelectItem(psub) # show the page to complete the initialization (yuk!)
615            wx.Yield() # make sure call of GSASII.OnPatternTreeSelChanged happens before we go on
616
617            if rd.Constraints:
618                sub = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Constraints') # was created in CheckNotebook if needed
619                Constraints = self.PatternTree.GetItemPyData(sub)               
620                # TODO: make sure that NEWVAR names are unique here?
621                for i in rd.Constraints:
622                    if type(i) is dict:
623                        #for j in i: print j,' --> ',i[j]
624                        if '_Explain' not in Constraints: Constraints['_Explain'] = {}
625                        Constraints['_Explain'].update(i)
626                        continue
627                    Constraints['Phase'].append(i)
628        if not newPhaseList: return # somehow, no new phases
629        # get a list of existing histograms
630        PWDRlist = []
631        HKLFlist = []
632        if self.PatternTree.GetCount():
633            item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
634            while item:
635                name = self.PatternTree.GetItemText(item)
636                if name.startswith('PWDR ') and name not in PWDRlist:
637                    PWDRlist.append(name)
638                if name.startswith('HKLF ') and name not in HKLFlist:
639                    HKLFlist.append(name)
640                item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)
641        TextList = PWDRlist + HKLFlist
642        if not len(TextList): return # no data loaded yet
643        header = 'Select histogram(s) to add to new phase(s):'
644        for phaseName in newPhaseList:
645            header += '\n  '+str(phaseName)
646
647        notOK = True
648        while notOK:
649            result = G2gd.ItemSelector(TextList,self,header,header='Add histogram(s)',multiple=True)
650            if not result: return
651            # check that selected single crystal histograms are not already in use!
652            used = [TextList[i] for i in result if TextList[i] in usedHKLFhists]
653            #for i in result:
654            #    if TextList[i] in usedHKLFhists: used.append(TextList[i])
655            if used:
656                msg = 'The following single crystal histogram(s) are already in use'
657                for i in used:
658                    msg += '\n  '+str(i)
659                msg += '\nAre you sure you want to add them to this phase? '
660                msg += 'Associating a single crystal dataset to >1 histogram is usually an error, '
661                msg += 'so No is suggested here.'
662                if self.ErrorDialog('Likely error',msg,self,wtype=wx.YES_NO) == wx.ID_YES: notOK = False
663            else:
664                notOK = False
665        # connect new phases to histograms
666        sub = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases')
667        if not sub:
668            raise Exception('ERROR -- why are there no phases here?')
669        wx.BeginBusyCursor()
670        item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(sub)
671        while item: # loop over (new) phases
672            phaseName = self.PatternTree.GetItemText(item)
673            data = self.PatternTree.GetItemPyData(item)
674            item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(sub, cookie)
675            if phaseName not in newPhaseList: continue
676            generalData = data['General']
677            SGData = generalData['SGData']
678            Super = generalData.get('Super',0)
679            SuperVec = []
680            if Super:
681                SuperVec = np.array(generalData['SuperVec'][0])
682            UseList = data['Histograms']
683            NShkl = len(G2spc.MustrainNames(SGData))
684            NDij = len(G2spc.HStrainNames(SGData))
685            for i in result:
686                histoName = TextList[i]
687                if histoName in HKLFlist:
688                    #redo UpdateHKLFdata(histoName) here:
689                    Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,histoName)
690                    refDict,reflData = self.PatternTree.GetItemPyData(Id)
691                    G,g = G2lat.cell2Gmat(generalData['Cell'][1:7])
692                    Super = reflData.get('Super',0)
693                    for iref,ref in enumerate(reflData['RefList']):
694                        hkl = ref[:3]
695                        if Super:
696                            H = list(hkl+SuperVec*ref[3])
697                        else:
698                            H = hkl
699                        ref[4+Super] = np.sqrt(1./G2lat.calc_rDsq2(H,G))
700                        iabsnt,ref[3+Super],Uniq,phi = G2spc.GenHKLf(H,SGData)
701                        if iabsnt:  #flag space gp. absences
702                            ref[3+Super] = 0
703                    UseList[histoName] = SetDefaultDData(reflData['Type'],histoName)
704                elif histoName in PWDRlist:
705                    Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,histoName)
706                    refList = self.PatternTree.GetItemPyData(
707                        G2gd.GetPatternTreeItemId(self,Id,'Reflection Lists'))
708                    refList[generalData['Name']] = []
709                    UseList[histoName] = SetDefaultDData('PWDR',histoName,NShkl=NShkl,NDij=NDij)
710                else:
711                    raise Exception('Unexpected histogram '+str(histoName))
712        wx.EndBusyCursor()
713        return # success
714       
715    def _Add_ImportMenu_Sfact(self,parent):
716        '''configure the Import Structure Factor menus accord to the readers found in _init_Imports
717        '''
718        submenu = wx.Menu()
719        item = parent.AppendMenu(wx.ID_ANY, 'Structure Factor',
720            submenu, help='Import Structure Factor data')
721        for reader in self.ImportSfactReaderlist:
722            item = submenu.Append(wx.ID_ANY,help=reader.longFormatName,               
723                kind=wx.ITEM_NORMAL,text='from '+reader.formatName+' file')
724            self.ImportMenuId[item.GetId()] = reader
725            self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnImportSfact, id=item.GetId())
726        item = submenu.Append(wx.ID_ANY,
727            help='Import Structure Factor, use file to try to determine format',
728            kind=wx.ITEM_NORMAL,
729            text='guess format from file')
730        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnImportSfact, id=item.GetId())
731
732    def OnImportSfact(self,event):
733        '''Called in response to an Import/Structure Factor/... menu item
734        to read single crystal datasets.
735        dict self.ImportMenuId is used to look up the specific
736        reader item associated with the menu item, which will be
737        None for the last menu item, which is the "guess" option
738        where all appropriate formats will be tried.
739        '''
740        # get a list of existing histograms
741        HKLFlist = []
742        if self.PatternTree.GetCount():
743            item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
744            while item:
745                name = self.PatternTree.GetItemText(item)
746                if name.startswith('HKLF ') and name not in HKLFlist:
747                    HKLFlist.append(name)
748                item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)
749        # look up which format was requested
750        reqrdr = self.ImportMenuId.get(event.GetId())
751        rdlist = self.OnImportGeneric(reqrdr,self.ImportSfactReaderlist,
752            'Structure Factor',multiple=True)
753        if len(rdlist) == 0: return
754        self.CheckNotebook()
755        newHistList = []
756        for rd in rdlist:
757            HistName = rd.objname
758            if len(rdlist) <= 2: 
759                dlg = wx.TextEntryDialog( # allow editing of Structure Factor name
760                    self, 'Enter the name for the new Structure Factor',
761                    'Edit Structure Factor name', HistName,
762                    style=wx.OK)
763                dlg.CenterOnParent()
764                if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
765                    HistName = dlg.GetValue()
766                dlg.Destroy()
767            HistName = 'HKLF '+HistName
768            # make new histogram names unique
769            if len(rd.Banks):
770                for Bank in rd.Banks:
771                    valuesdict = {'wtFactor':1.0,'Dummy':False,'ranId':ran.randint(0,sys.maxint),}
772                    HistName = G2obj.MakeUniqueLabel(HistName,HKLFlist)
773                    print 'Read structure factor table '+str(HistName)+' from file '+str(self.lastimport)
774                    Id = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text=HistName)
775                    if not Bank['RefDict'].get('FF'):
776                        Bank['RefDict']['FF'] = {}
777                    self.PatternTree.SetItemPyData(Id,[valuesdict,Bank['RefDict']])
778                    Sub = self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Instrument Parameters')
779                    self.PatternTree.SetItemPyData(Sub,copy.copy(rd.Parameters))
780                    self.PatternTree.SetItemPyData(
781                        self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Reflection List'),[])  #dummy entry for GUI use
782                    newHistList.append(HistName)
783            else:
784                valuesdict = {'wtFactor':1.0,'Dummy':False,'ranId':ran.randint(0,sys.maxint),}
785                HistName = G2obj.MakeUniqueLabel(HistName,HKLFlist)
786                print 'Read structure factor table '+str(HistName)+' from file '+str(self.lastimport)
787                if not rd.RefDict.get('FF'):
788                    rd.RefDict['FF'] = {}
789                Id = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text=HistName)
790                self.PatternTree.SetItemPyData(Id,[valuesdict,rd.RefDict])
791                Sub = self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Instrument Parameters')
792                self.PatternTree.SetItemPyData(Sub,rd.Parameters)
793                self.PatternTree.SetItemPyData(
794                    self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Reflection List'),[])  #dummy entry for GUI use
795                newHistList.append(HistName)
796               
797            self.PatternTree.SelectItem(Id)
798            self.PatternTree.Expand(Id)
799            self.Sngl = True
800
801        if not newHistList: return # somehow, no new histograms
802        # make a list of phase names
803        phaseRIdList,usedHistograms = self.GetPhaseInfofromTree()
804        phaseNameList = usedHistograms.keys() # phase names in use
805        if not phaseNameList: return # no phases yet, nothing to do
806        header = 'Select phase(s) to add the new\nsingle crystal dataset(s) to:'
807        for Name in newHistList:
808            header += '\n  '+str(Name)
809        result = G2gd.ItemSelector(phaseNameList,self,header,header='Add to phase(s)',multiple=True)
810        if not result: return
811        # connect new phases to histograms
812        sub = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases')
813        if not sub:
814            raise Exception('ERROR -- why are there no phases here?')
815        wx.BeginBusyCursor()
816        item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(sub)
817        iph = -1
818        while item: # loop over (new) phases
819            iph += 1
820            phaseName = self.PatternTree.GetItemText(item)
821            data = self.PatternTree.GetItemPyData(item)
822            item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(sub, cookie)
823            if iph not in result: continue
824            generalData = data['General']
825            SGData = generalData['SGData']
826            Super = generalData.get('Super',0)
827            SuperVec = []
828            if Super:
829                SuperVec = np.array(generalData['SuperVec'][0])
830            UseList = data['Histograms']
831            for histoName in newHistList:
832                #redo UpdateHKLFdata(histoName) here:
833                Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,histoName)
834                refDict,reflData = self.PatternTree.GetItemPyData(Id)
835                UseList[histoName] = SetDefaultDData(reflData['Type'],histoName)
836                G,g = G2lat.cell2Gmat(generalData['Cell'][1:7])
837                for iref,ref in enumerate(reflData['RefList']):
838                    hkl = ref[:3]
839                    if Super:
840                        H = list(hkl+SuperVec*ref[3])
841                    else:
842                        H = hkl
843                    ref[4+Super] = np.sqrt(1./G2lat.calc_rDsq2(H,G))
844                    iabsnt,ref[3+Super],Uniq,phi = G2spc.GenHKLf(H,SGData)
845                    if iabsnt:  #flag space gp. absences
846                        ref[3+Super] = 0
847        wx.EndBusyCursor()
848       
849        return # success
850
851    def _Add_ImportMenu_powder(self,parent):
852        '''configure the Powder Data menus accord to the readers found in _init_Imports
853        '''
854        submenu = wx.Menu()
855        item = parent.AppendMenu(wx.ID_ANY, 'Powder Data',
856            submenu, help='Import Powder data')
857        for reader in self.ImportPowderReaderlist:
858            item = submenu.Append(wx.ID_ANY,help=reader.longFormatName,
859                kind=wx.ITEM_NORMAL,text='from '+reader.formatName+' file')
860            self.ImportMenuId[item.GetId()] = reader
861            self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnImportPowder, id=item.GetId())
862        item = submenu.Append(wx.ID_ANY,
863            help='Import powder data, use file to try to determine format',
864            kind=wx.ITEM_NORMAL,text='guess format from file')
865        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnImportPowder, id=item.GetId())
866        submenu.AppendSeparator()
867        item = submenu.Append(wx.ID_ANY,
868            help='Create a powder data set entry that will be simulated',
869            kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Simulate a dataset')
870        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnDummyPowder, id=item.GetId())
871       
872    def OpenPowderInstprm(self,instfile):
873        '''Read a GSAS-II (new) instrument parameter file
874
875        :param str instfile: name of instrument parameter file
876
877        '''
878        if os.path.splitext(instfile)[1].lower() != '.instprm': # invalid file
879            return None           
880        if not os.path.exists(instfile): # no such file
881            return None
882        File = open(instfile,'r')
883        lines = File.readlines()
884        File.close()
885        return lines       
886           
887    def ReadPowderInstprm(self,instLines):
888        '''Read lines from a GSAS-II (new) instrument parameter file
889
890        :param list instLines: strings from GSAS-II parameter file; can be concatenated with ';'
891
892        '''
893        if not instLines[0].startswith('#GSAS-II'): # not a valid file
894            return None
895        newItems = []
896        newVals = []
897        for S in instLines:
898            if S[0] == '#':
899                continue
900            S = S.replace(' ','')
901            SS = S[:-1].split(';')
902            for s in SS:
903                [item,val] = s.split(':')
904                newItems.append(item)
905                try:
906                    newVals.append(float(val))
907                except ValueError:
908                    newVals.append(val)                       
909        return G2IO.makeInstDict(newItems,newVals,len(newVals)*[False,]),{}
910       
911    def ReadPowderIparm(self,instfile,bank,databanks,rd):
912        '''Read a GSAS (old) instrument parameter file
913
914        :param str instfile: name of instrument parameter file
915
916        :param int bank: the bank number read in the raw data file
917
918        :param int databanks: the number of banks in the raw data file.
919          If the number of banks in the data and instrument parameter files
920          agree, then the sets of banks are assumed to match up and bank
921          is used to select the instrument parameter file. If not, the user
922          is asked to make a selection.
923
924        :param obj rd: the raw data (histogram) data object. This
925          sets rd.instbank.
926
927        '''
928        if not os.path.exists(instfile): # no such file
929            return {}
930        fp = 0
931        try:
932            fp = open(instfile,'Ur')
933            Iparm = {}
934            for S in fp:
935                if '#' in S[0]:
936                    continue
937                Iparm[S[:12]] = S[12:-1]
938        except IOError:
939            print('Error reading file:'+str(instfile))
940        if fp:       
941            fp.close()
942
943        ibanks = int(Iparm.get('INS   BANK  ','1').strip())
944        hType = Iparm['INS   HTYPE '].strip()
945        if ibanks == 1: # there is only one bank here, return it
946            rd.instbank = 1
947            return Iparm
948        if 'PNT' in hType:
949            rd.instbank = bank
950        elif ibanks != databanks:
951            # number of banks in data and prm file not not agree, need a
952            # choice from a human here
953            choices = []
954            for i in range(1,1+ibanks):
955                choices.append('Bank '+str(i))
956            bank = rd.BlockSelector(
957                choices, self,
958                title='Select an instrument parameter bank for '+
959                os.path.split(rd.powderentry[0])[1]+' BANK '+str(bank)+
960                '\nOr use Cancel to select from the default parameter sets',
961                header='Block Selector')
962        if bank is None: return {}
963        # pull out requested bank # bank from the data, and change the bank to 1
964        IparmS = {}
965        for key in Iparm:
966            if 'INS' in key[:3]:    #skip around rubbish lines in some old iparm files
967                if key[4:6] == "  ":
968                    IparmS[key] = Iparm[key]
969                elif int(key[4:6].strip()) == bank:
970                    IparmS[key[:4]+' 1'+key[6:]] = Iparm[key]
971        rd.instbank = bank
972        return IparmS
973                       
974    def GetPowderIparm(self,rd, prevIparm, lastIparmfile, lastdatafile):
975        '''Open and read an instrument parameter file for a data file
976        Returns the list of parameters used in the data tree
977
978        :param obj rd: the raw data (histogram) data object.
979
980        :param str prevIparm: not used
981
982        :param str lastIparmfile: Name of last instrument parameter
983          file that was read, or a empty string.
984
985        :param str lastdatafile: Name of last data file that was read.
986
987        :returns: a list of two dicts, the first containing instrument parameters
988          and the second used for TOf lookup tables for profile coeff.
989
990        '''
991        def SetPowderInstParms(Iparm, rd):
992            '''extracts values from instrument parameters in rd.instdict
993            or in array Iparm.
994            Create and return the contents of the instrument parameter tree entry.
995            '''
996            Irads = {0:' ',1:'CrKa',2:'FeKa',3:'CuKa',4:'MoKa',5:'AgKa',6:'TiKa',7:'CoKa'}
997            DataType = Iparm['INS   HTYPE '].strip()[:3]  # take 1st 3 chars
998            # override inst values with values read from data file
999            if rd.instdict.get('type'):
1000                DataType = rd.instdict.get('type')
1001            data = [DataType,]
1002            instname = Iparm.get('INS  1INAME ')
1003            irad = int(Iparm.get('INS  1 IRAD ','0'))
1004            if instname:
1005                rd.Sample['InstrName'] = instname.strip()
1006            if 'C' in DataType:
1007                wave1 = None
1008                wave2 = 0.0
1009                if rd.instdict.get('wave'):
1010                    wl = rd.instdict.get('wave')
1011                    wave1 = wl[0]
1012                    if len(wl) > 1: wave2 = wl[1]
1013                s = Iparm['INS  1 ICONS']
1014                if not wave1:
1015                    wave1 = G2IO.sfloat(s[:10])
1016                    wave2 = G2IO.sfloat(s[10:20])
1017                v = (wave1,wave2,
1018                     G2IO.sfloat(s[20:30]),G2IO.sfloat(s[55:65]),G2IO.sfloat(s[40:50])) #get lam1, lam2, zero, pola & ratio
1019                if not v[1]:
1020                    names = ['Type','Lam','Zero','Polariz.','U','V','W','X','Y','SH/L','Azimuth'] 
1021                    v = (v[0],v[2],v[4])
1022                    codes = [0,0,0,0]
1023                else:
1024                    names = ['Type','Lam1','Lam2','Zero','I(L2)/I(L1)','Polariz.','U','V','W','X','Y','SH/L','Azimuth']
1025                    codes = [0,0,0,0,0,0]
1026                data.extend(v)
1027                if 'INS  1PRCF  ' in Iparm:
1028                    v1 = Iparm['INS  1PRCF  '].split()                                                 
1029                    v = Iparm['INS  1PRCF 1'].split()
1030                    data.extend([float(v[0]),float(v[1]),float(v[2])])                  #get GU, GV & GW - always here
1031                    azm = float(Iparm.get('INS  1DETAZM','0.0'))
1032                    v = Iparm['INS  1PRCF 2'].split()
1033                    if v1[0] == 3:
1034                        data.extend([float(v[0]),float(v[1]),float(v[2])+float(v[3],azm)])  #get LX, LY, S+H/L & azimuth
1035                    else:
1036                        data.extend([0.0,0.0,0.002,azm])                                      #OK defaults if fxn #3 not 1st in iprm file                   
1037                else:
1038                    v1 = Iparm['INS  1PRCF1 '].split()                                                 
1039                    v = Iparm['INS  1PRCF11'].split()
1040                    data.extend([float(v[0]),float(v[1]),float(v[2])])                  #get GU, GV & GW - always here
1041                    azm = float(Iparm.get('INS  1DETAZM','0.0'))
1042                    v = Iparm['INS  1PRCF12'].split()
1043                    if v1[0] == 3:
1044                        data.extend([float(v[0]),float(v[1]),float(v[2])+float(v[3],azm)])  #get LX, LY, S+H/L & azimuth
1045                    else:
1046                        data.extend([0.0,0.0,0.002,azm])                                      #OK defaults if fxn #3 not 1st in iprm file
1047                codes.extend([0,0,0,0,0,0,0])
1048                Iparm1 = G2IO.makeInstDict(names,data,codes)
1049                Iparm1['Source'] = [Irads[irad],Irads[irad]]
1050                return [Iparm1,{}]
1051            elif 'T' in DataType:
1052                names = ['Type','fltPath','2-theta','difC','difA', 'difB','Zero','alpha','beta-0','beta-1',
1053                    'beta-q','sig-0','sig-1','sig-2','sig-q', 'X','Y','Azimuth',]
1054                codes = [0,0,0,0,0, 0,0,0,0,0, 0,0,0,0,0, 0,0,0,]
1055                azm = 0.
1056                if 'INS  1DETAZM' in Iparm:
1057                    azm = float(Iparm['INS  1DETAZM'])
1058                s = Iparm['INS   FPATH1'].split()
1059                fltPath0 = G2IO.sfloat(s[0])
1060                s = Iparm['INS  1BNKPAR'].split()
1061                fltPath1 = G2IO.sfloat(s[0])
1062                data.extend([fltPath0+fltPath1,])               #Flight path source-sample-detector
1063                data.extend([G2IO.sfloat(s[1]),])               #2-theta for bank
1064                s = Iparm['INS  1 ICONS'].split()
1065                data.extend([G2IO.sfloat(s[0]),G2IO.sfloat(s[1]),0.0,G2IO.sfloat(s[2])])    #difC,difA,difB,Zero
1066                if 'INS  1PRCF  ' in Iparm:
1067                    s = Iparm['INS  1PRCF  '].split()
1068                    pfType = int(s[0])
1069                    s = Iparm['INS  1PRCF 1'].split()
1070                    if abs(pfType) == 1:
1071                        data.extend([G2IO.sfloat(s[1]),G2IO.sfloat(s[2]),G2IO.sfloat(s[3])]) #alpha, beta-0, beta-1
1072                        s = Iparm['INS  1PRCF 2'].split()
1073                        data.extend([0.0,0.0,G2IO.sfloat(s[1]),G2IO.sfloat(s[2]),0.0,0.0,0.0,azm])    #beta-q, sig-0, sig-1, sig-2, sig-q, X, Y
1074                    elif abs(pfType) in [3,4,5]:
1075                        data.extend([G2IO.sfloat(s[0]),G2IO.sfloat(s[1]),G2IO.sfloat(s[2])]) #alpha, beta-0, beta-1
1076                        if abs(pfType) == 4:
1077                            data.extend([0.0,0.0,G2IO.sfloat(s[3]),0.0,0.0,0.0,0.0,azm])    #beta-q, sig-0, sig-1, sig-2, sig-q, X, Y
1078                        else:
1079                            s = Iparm['INS  1PRCF 2'].split()
1080                            data.extend([0.0,0.0,G2IO.sfloat(s[0]),G2IO.sfloat(s[1]),0.0,0.0,0.0,azm])    #beta-q, sig-0, sig-1, sig-2, sig-q, X, Y                       
1081                else:
1082                    s = Iparm['INS  1PRCF1 '].split()
1083                    pfType = int(s[0])
1084                    s = Iparm['INS  1PRCF11'].split()
1085                    if abs(pfType) == 1:
1086                        data.extend([G2IO.sfloat(s[1]),G2IO.sfloat(s[2]),G2IO.sfloat(s[3])]) #alpha, beta-0, beta-1
1087                        s = Iparm['INS  1PRCF12'].split()
1088                        data.extend([0.0,0.0,G2IO.sfloat(s[1]),G2IO.sfloat(s[2]),0.0,0.0,0.0,azm])    #beta-q, sig-0, sig-1, sig-2, sig-q, X, Y
1089                    elif abs(pfType) in [3,4,5]:
1090                        data.extend([G2IO.sfloat(s[0]),G2IO.sfloat(s[1]),G2IO.sfloat(s[2])]) #alpha, beta-0, beta-1
1091                        if abs(pfType) == 4:
1092                            data.extend([0.0,0.0,G2IO.sfloat(s[3]),0.0,0.0,0.0,0.0,azm])    #beta-q, sig-0, sig-1, sig-2, sig-q, X, Y
1093                        else:
1094                            s = Iparm['INS  1PRCF12'].split()
1095                            data.extend([0.0,0.0,G2IO.sfloat(s[0]),G2IO.sfloat(s[1]),0.0,0.0,0.0,azm])    #beta-q, sig-0, sig-1, sig-2, sig-q, X, Y                       
1096                Inst1 = G2IO.makeInstDict(names,data,codes)
1097                Inst2 = {}
1098                if pfType < 0:
1099                    Ipab = 'INS  1PAB'+str(-pfType)
1100                    Npab = int(Iparm[Ipab+'  '].strip())
1101                    Inst2['Pdabc'] = []
1102                    for i in range(Npab):
1103                        k = Ipab+str(i+1).rjust(2)
1104                        s = Iparm[k].split()
1105                        Inst2['Pdabc'].append([float(t) for t in s])
1106                    Inst2['Pdabc'] = np.array(Inst2['Pdabc'])
1107                    Inst2['Pdabc'].T[3] += Inst2['Pdabc'].T[0]*Inst1['difC'][0] #turn 3rd col into TOF
1108                if 'INS  1I ITYP' in Iparm:
1109                    s = Iparm['INS  1I ITYP'].split()
1110                    Ityp = int(s[0])
1111                    Tminmax = [float(s[1])*1000.,float(s[2])*1000.]
1112                    Itypes = ['Exponential','Maxwell/Exponential','','Maxwell/Chebyschev','']
1113                    if Ityp in [1,2,4]:
1114                        Inst2['Itype'] = Itypes[Ityp-1]
1115                        Inst2['Tminmax'] = Tminmax
1116                        Icoeff = []
1117                        Iesd = []
1118                        Icovar = []                   
1119                        for i in range(3):
1120                            s = Iparm['INS  1ICOFF'+str(i+1)].split()
1121                            Icoeff += [float(S) for S in s]
1122                            s = Iparm['INS  1IECOF'+str(i+1)].split()
1123                            Iesd += [float(S) for S in s]
1124                        NT = 10
1125                        for i in range(8):
1126                            s = Iparm['INS  1IECOR'+str(i+1)]
1127                            if i == 7:
1128                                NT = 8
1129                            Icovar += [float(s[6*j:6*j+6]) for j in range(NT)]
1130                        Inst2['Icoeff'] = Icoeff
1131                        Inst2['Iesd'] = Iesd
1132                        Inst2['Icovar'] = Icovar
1133                return [Inst1,Inst2]
1134
1135        # stuff we might need from the reader
1136        filename = rd.powderentry[0]
1137        bank = rd.powderentry[2]
1138        numbanks = rd.numbanks
1139        # is there an instrument parameter file defined for the current data set?
1140        # or if this is a read on a set of set of files, use the last one again
1141        #if rd.instparm or (lastdatafile == filename and lastIparmfile):
1142        if rd.instparm or lastIparmfile:
1143            if rd.instparm:
1144                instfile = os.path.join(os.path.split(filename)[0],
1145                                    rd.instparm)
1146            else:
1147                # for multiple reads of one data file, reuse the inst parm file
1148                instfile = lastIparmfile
1149            if os.path.exists(instfile):
1150                #print 'debug: try read',instfile
1151                Lines = self.OpenPowderInstprm(instfile)
1152                instParmList = None
1153                if Lines is not None:
1154                    instParmList = self.ReadPowderInstprm(Lines)
1155                if instParmList is not None:
1156                    rd.instfile = instfile
1157                    rd.instmsg = 'GSAS-II file '+instfile
1158                    return instParmList
1159                Iparm = self.ReadPowderIparm(instfile,bank,numbanks,rd)
1160                if Iparm:
1161                    #print 'debug: success'
1162                    rd.instfile = instfile
1163                    rd.instmsg = instfile + ' bank ' + str(rd.instbank)
1164                    return SetPowderInstParms(Iparm,rd)
1165            else:
1166                self.ErrorDialog('Open Error','Error opening instrument parameter file '
1167                    +str(instfile)+' requested by file '+ filename)
1168        # is there an instrument parameter file matching the current file
1169        # with extension .inst or .prm? If so read it
1170        basename = os.path.splitext(filename)[0]
1171        for ext in '.instprm','.prm','.inst','.ins':
1172            instfile = basename + ext
1173            Lines = self.OpenPowderInstprm(instfile)
1174            instParmList = None
1175            if Lines is not None:
1176                instParmList = self.ReadPowderInstprm(Lines)
1177            if instParmList is not None:
1178                rd.instfile = instfile
1179                rd.instmsg = 'GSAS-II file '+instfile
1180                return instParmList
1181            Iparm = self.ReadPowderIparm(instfile,bank,numbanks,rd)
1182            if Iparm:
1183                #print 'debug: success'
1184                rd.instfile = instfile
1185                rd.instmsg = instfile + ' bank ' + str(rd.instbank)
1186                return SetPowderInstParms(Iparm,rd)
1187            else:
1188                #print 'debug: open/read failed',instfile
1189                pass # fail silently
1190
1191        # did we read the data file from a zip? If so, look there for a
1192        # instrument parameter file
1193        if self.zipfile:
1194            for ext in '.instprm','.prm','.inst','.ins':
1195                instfile = G2IO.ExtractFileFromZip(
1196                    self.zipfile,
1197                    selection=os.path.split(basename + ext)[1],
1198                    parent=self)
1199                if instfile is not None and instfile != self.zipfile:
1200                    print 'debug:',instfile,'created from ',self.zipfile
1201                    Lines = self.OpenPowderInstprm(instfile)
1202                    instParmList = None
1203                    if Lines is not None:
1204                        instParmList = self.ReadPowderInstprm(Lines)
1205                    if instParmList is not None:
1206                        rd.instfile = instfile
1207                        rd.instmsg = 'GSAS-II file '+instfile
1208                        return instParmList
1209                    Iparm = self.ReadPowderIparm(instfile,bank,numbanks,rd)
1210                    if Iparm:
1211                        rd.instfile = instfile
1212                        rd.instmsg = instfile + ' bank ' + str(rd.instbank)
1213                        return SetPowderInstParms(Iparm,rd)
1214                    else:
1215                        #print 'debug: open/read for',instfile,'from',self.zipfile,'failed'
1216                        pass # fail silently
1217
1218        while True: # loop until we get a file that works or we get a cancel
1219            instfile = ''
1220            dlg = wx.FileDialog(
1221                self,
1222                'Choose inst. param file for "'
1223                +rd.idstring
1224                +'" (or Cancel for default)',
1225                '.', '',
1226                'GSAS iparm file (*.prm,*.inst,*.ins)|*.prm;*.inst;*.ins|'
1227                'GSAS-II iparm file (*.instprm)|*.instprm|'
1228                'All files (*.*)|*.*', 
1229                wx.OPEN|wx.CHANGE_DIR)
1230            if os.path.exists(lastIparmfile):
1231                dlg.SetFilename(lastIparmfile)
1232            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
1233                instfile = dlg.GetPath()
1234            dlg.Destroy()
1235            if not instfile: break
1236            Lines = self.OpenPowderInstprm(instfile)
1237            instParmList = None
1238            if Lines is not None:
1239                instParmList = self.ReadPowderInstprm(Lines)
1240            if instParmList is not None:
1241                rd.instfile = instfile
1242                rd.instmsg = 'GSAS-II file '+instfile
1243                return instParmList
1244            Iparm = self.ReadPowderIparm(instfile,bank,numbanks,rd)
1245            if Iparm:
1246                #print 'debug: success with',instfile
1247                rd.instfile = instfile
1248                rd.instmsg = instfile + ' bank ' + str(rd.instbank)
1249                return SetPowderInstParms(Iparm,rd)
1250            else:
1251                self.ErrorDialog('Read Error',
1252                                 'Error opening/reading file '+str(instfile))
1253       
1254        # still no success: offer user choice of defaults
1255        import defaultIparms as dI
1256        while True: # loop until we get a choice
1257            choices = []
1258            head = 'Select from default instrument parameters for '+rd.idstring
1259
1260            for l in dI.defaultIparm_lbl:
1261                choices.append('Defaults for '+l)
1262            res = rd.BlockSelector(
1263                choices,
1264                ParentFrame=self,
1265                title=head,
1266                header='Select default inst parms',
1267                useCancel=False)
1268            if res is None: continue
1269            rd.instfile = ''
1270            rd.instmsg = 'default: '+dI.defaultIparm_lbl[res]
1271            return self.ReadPowderInstprm(dI.defaultIparms[res])
1272
1273    def OnImportPowder(self,event):
1274        '''Called in response to an Import/Powder Data/... menu item
1275        to read a powder diffraction data set.
1276        dict self.ImportMenuId is used to look up the specific
1277        reader item associated with the menu item, which will be
1278        None for the last menu item, which is the "guess" option
1279        where all appropriate formats will be tried.
1280
1281        Also reads an instrument parameter file for each dataset.
1282        '''
1283        # get a list of existing histograms
1284        PWDRlist = []
1285        if self.PatternTree.GetCount():
1286            item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
1287            while item:
1288                name = self.PatternTree.GetItemText(item)
1289                if name.startswith('PWDR ') and name not in PWDRlist:
1290                    PWDRlist.append(name)
1291                item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)
1292        # look up which format was requested
1293        reqrdr = self.ImportMenuId.get(event.GetId()) 
1294        rdlist = self.OnImportGeneric(
1295            reqrdr,self.ImportPowderReaderlist,'Powder Data',multiple=True)
1296        if len(rdlist) == 0: return
1297        self.CheckNotebook()
1298        Iparm = None
1299        lastIparmfile = ''
1300        lastdatafile = ''
1301        newHistList = []
1302        self.EnablePlot = False
1303        for rd in rdlist:
1304            if 'Instrument Parameters' not in rd.pwdparms:
1305                # get instrument parameters for each dataset, unless already set
1306                Iparm1,Iparm2 = self.GetPowderIparm(rd, Iparm, lastIparmfile, lastdatafile)
1307                if rd.repeat_instparm: 
1308                    lastIparmfile = rd.instfile
1309                # override any keys in read instrument parameters with ones set in import
1310                for key in Iparm1: 
1311                    if key in rd.instdict:
1312                        Iparm1[key] = rd.instdict[key]
1313            else:
1314                Iparm1,Iparm2 = rd.pwdparms['Instrument Parameters']
1315            lastdatafile = rd.powderentry[0]
1316            HistName = rd.idstring
1317            HistName = 'PWDR '+HistName
1318            # make new histogram names unique
1319            HistName = G2obj.MakeUniqueLabel(HistName,PWDRlist)
1320            print 'Read powder data '+str(HistName)+ \
1321                ' from file '+str(rd.readfilename) + \
1322                ' with parameters from '+str(rd.instmsg)
1323            # data are read, now store them in the tree
1324            Id = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text=HistName)
1325            if 'T' in Iparm1['Type'][0]:
1326                if not rd.clockWd and rd.GSAS:
1327                    rd.powderdata[0] *= 100.        #put back the CW centideg correction
1328                cw = np.diff(rd.powderdata[0])
1329                rd.powderdata[0] = rd.powderdata[0][:-1]+cw/2.
1330                if rd.GSAS:     #NB: old GSAS wanted intensities*CW even if normalized!
1331                    rd.powderdata[1] = rd.powderdata[1][:-1]/cw
1332                    rd.powderdata[2] = rd.powderdata[2][:-1]*cw**2  #1/var=w at this point
1333                else:       #NB: from topas/fullprof type files
1334                    rd.powderdata[1] = rd.powderdata[1][:-1]
1335                    rd.powderdata[2] = rd.powderdata[2][:-1]
1336                if 'Itype' in Iparm2:
1337                    Ibeg = np.searchsorted(rd.powderdata[0],Iparm2['Tminmax'][0])
1338                    Ifin = np.searchsorted(rd.powderdata[0],Iparm2['Tminmax'][1])
1339                    rd.powderdata[0] = rd.powderdata[0][Ibeg:Ifin]
1340                    YI,WYI = G2pwd.calcIncident(Iparm2,rd.powderdata[0])
1341                    rd.powderdata[1] = rd.powderdata[1][Ibeg:Ifin]/YI
1342                    var = 1./rd.powderdata[2][Ibeg:Ifin]
1343                    var += WYI*rd.powderdata[1]**2
1344                    var /= YI**2
1345                    rd.powderdata[2] = 1./var
1346                rd.powderdata[3] = np.zeros_like(rd.powderdata[0])                                       
1347                rd.powderdata[4] = np.zeros_like(rd.powderdata[0])                                       
1348                rd.powderdata[5] = np.zeros_like(rd.powderdata[0])                                       
1349            valuesdict = {
1350                'wtFactor':1.0,
1351                'Dummy':False,
1352                'ranId':ran.randint(0,sys.maxint),
1353                'Offset':[0.0,0.0],'delOffset':0.02,'refOffset':-1.0,'refDelt':0.01,
1354                'qPlot':False,'dPlot':False,'sqrtPlot':False
1355                }
1356            rd.Sample['ranId'] = valuesdict['ranId'] # this should be removed someday
1357            self.PatternTree.SetItemPyData(Id,[valuesdict,rd.powderdata])
1358            self.PatternTree.SetItemPyData(
1359                self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Comments'),
1360                rd.comments)
1361            Tmin = min(rd.powderdata[0])
1362            Tmax = max(rd.powderdata[0])
1363            self.PatternTree.SetItemPyData(
1364                self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Limits'),
1365                rd.pwdparms.get('Limits',[(Tmin,Tmax),[Tmin,Tmax]])
1366                )
1367            self.PatternId = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,Id,'Limits')
1368            self.PatternTree.SetItemPyData(
1369                self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Background'),
1370                rd.pwdparms.get('Background',
1371                    [['chebyschev',True,3,1.0,0.0,0.0],{'nDebye':0,'debyeTerms':[],'nPeaks':0,'peaksList':[]}])
1372                    )
1373            self.PatternTree.SetItemPyData(
1374                self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Instrument Parameters'),
1375                [Iparm1,Iparm2])
1376            self.PatternTree.SetItemPyData(
1377                self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Sample Parameters'),
1378                rd.Sample)
1379            self.PatternTree.SetItemPyData(
1380                self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Peak List')
1381                ,{'peaks':[],'sigDict':{}})
1382            self.PatternTree.SetItemPyData(
1383                self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Index Peak List'),
1384                [[],[]])
1385            self.PatternTree.SetItemPyData(
1386                self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Unit Cells List'),
1387                [])
1388            self.PatternTree.SetItemPyData(
1389                self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Reflection Lists'),
1390                {})
1391            # if any Control values have been set, move them into tree
1392            Controls = self.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root, 'Controls'))
1393            Controls.update(rd.Controls)
1394            newHistList.append(HistName)
1395        else:
1396            self.EnablePlot = True
1397            self.PatternTree.Expand(Id)
1398            self.PatternTree.SelectItem(Id)
1399           
1400        if not newHistList: return # somehow, no new histograms
1401        # make a list of phase names
1402        phaseRIdList,usedHistograms = self.GetPhaseInfofromTree()
1403        phaseNameList = usedHistograms.keys() # phase names in use
1404        if not phaseNameList: return # no phases yet, nothing to do
1405        header = 'Select phase(s) to add the new\npowder dataset(s) to:'
1406        for Name in newHistList:
1407            header += '\n  '+str(Name)
1408
1409        result = G2gd.ItemSelector(phaseNameList,self,header,header='Add to phase(s)',multiple=True)
1410        if not result: return
1411        # connect new phases to histograms
1412        sub = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases')
1413        if not sub:
1414            raise Exception('ERROR -- why are there no phases here?')
1415        item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(sub)
1416        iph = -1
1417        while item: # loop over (new) phases
1418            iph += 1
1419            phaseName = self.PatternTree.GetItemText(item)
1420            data = self.PatternTree.GetItemPyData(item)
1421            item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(sub, cookie)
1422            if iph not in result: continue
1423            generalData = data['General']
1424            SGData = generalData['SGData']
1425            UseList = data['Histograms']
1426            NShkl = len(G2spc.MustrainNames(SGData))
1427            NDij = len(G2spc.HStrainNames(SGData))
1428            for histoName in newHistList:
1429                UseList[histoName] = SetDefaultDData('PWDR',histoName,NShkl=NShkl,NDij=NDij)
1430                Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,histoName)
1431                refList = self.PatternTree.GetItemPyData(
1432                    G2gd.GetPatternTreeItemId(self,Id,'Reflection Lists'))
1433                refList[generalData['Name']] = []
1434        return # success
1435
1436    def OnDummyPowder(self,event):
1437        '''Called in response to Import/Powder Data/Simulate menu item
1438        to create a Dummy powder diffraction data set.
1439
1440        Reads an instrument parameter file and then gets input from the user
1441        '''
1442        # get a list of existing histograms
1443        PWDRlist = []
1444        if self.PatternTree.GetCount():
1445            item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
1446            while item:
1447                name = self.PatternTree.GetItemText(item)
1448                if name.startswith('PWDR ') and name not in PWDRlist:
1449                    PWDRlist.append(name)
1450                item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)
1451        # Initialize a base class reader
1452        rd = G2IO.ImportPowderData(
1453            extensionlist=tuple(),
1454            strictExtension=False,
1455            formatName = 'Simulate dataset',
1456            longFormatName = 'Compute a simulated pattern')
1457        rd.powderentry[0] = '' # no filename
1458        # #self.powderentry[1] = pos # bank offset (N/A here)
1459        rd.powderentry[2] = 1 # only one bank
1460        rd.comments.append('This is a dummy dataset for powder pattern simulation')
1461        self.CheckNotebook()
1462        Iparm = None
1463        lastIparmfile = ''
1464        lastdatafile = ''
1465        self.zipfile = None
1466        # get instrument parameters for it
1467        Iparm1,Iparm2 = self.GetPowderIparm(rd, Iparm, lastIparmfile, lastdatafile)
1468        if 'T' in Iparm1['Type'][0]:
1469            print('TOF simulation not supported yet')
1470            return False
1471        else:
1472            # need to get name, 2theta start, end, step
1473            rd.idstring = ' CW'
1474            if 'X' in Iparm1['Type'][0]:
1475                rd.idstring = 'CW x-ray simulation'
1476            else:
1477                rd.idstring = 'CW neutron simulation'
1478            # base initial range on wavelength
1479            wave = Iparm1.get('Lam')
1480            if wave:
1481                wave = wave[0]
1482            else:
1483                wave = Iparm1.get('Lam1')
1484                if wave:
1485                    wave = wave[0]
1486        N = 0
1487        while (N < 3): # insist on a dataset with a few points
1488            names = ('dataset name', 'start angle', 'end angle', 'step size')
1489            if not wave or wave < 1.0:
1490                inp = [rd.idstring, 10.,40.,0.005] # see names for what's what
1491            else:
1492                inp = [rd.idstring, 10.,80.,0.01] # see names for what's what
1493            dlg = G2G.ScrolledMultiEditor(
1494                self,[inp] * len(inp),range(len(inp)),names,
1495                header='Enter simulation name and range',
1496                minvals=(None,0.001,0.001,0.0001),
1497                maxvals=(None,180.,180.,.1),
1498                sizevals=((225,-1),)
1499                )
1500            dlg.CenterOnParent()
1501            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
1502                if inp[1] > inp[2]:
1503                    end,start,step = inp[1:]
1504                else:               
1505                    start,end,step = inp[1:]
1506                step = abs(step)
1507            else:
1508                return False
1509            N = int((end-start)/step)+1
1510            x = np.linspace(start,end,N,True)
1511            N = len(x)
1512        rd.powderdata = [
1513            np.array(x), # x-axis values
1514            np.zeros_like(x), # powder pattern intensities
1515            np.ones_like(x), # 1/sig(intensity)^2 values (weights)
1516            np.zeros_like(x), # calc. intensities (zero)
1517            np.zeros_like(x), # calc. background (zero)
1518            np.zeros_like(x), # obs-calc profiles
1519            ]
1520        Tmin = rd.powderdata[0][0]
1521        Tmax = rd.powderdata[0][-1]
1522        # data are read, now store them in the tree
1523        HistName = inp[0]
1524        HistName = 'PWDR '+HistName
1525        HistName = G2obj.MakeUniqueLabel(HistName,PWDRlist)  # make new histogram names unique
1526        Id = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text=HistName)
1527        valuesdict = {
1528            'wtFactor':1.0,
1529            'Dummy':True,
1530            'ranId':ran.randint(0,sys.maxint),
1531            'Offset':[0.0,0.0],'delOffset':0.02,'refOffset':-1.0,'refDelt':0.01,
1532            'qPlot':False,'dPlot':False,'sqrtPlot':False
1533            }
1534        self.PatternTree.SetItemPyData(Id,[valuesdict,rd.powderdata])
1535        self.PatternTree.SetItemPyData(
1536            self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Comments'),
1537            rd.comments)
1538        self.PatternTree.SetItemPyData(
1539            self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Limits'),
1540            [(Tmin,Tmax),[Tmin,Tmax]])
1541        self.PatternId = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,Id,'Limits')
1542        self.PatternTree.SetItemPyData(
1543            self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Background'),
1544            [['chebyschev',True,3,1.0,0.0,0.0],
1545             {'nDebye':0,'debyeTerms':[],'nPeaks':0,'peaksList':[]}])
1546        self.PatternTree.SetItemPyData(
1547            self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Instrument Parameters'),
1548            [Iparm1,Iparm2])
1549        self.PatternTree.SetItemPyData(
1550            self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Sample Parameters'),
1551            rd.Sample)
1552        self.PatternTree.SetItemPyData(
1553            self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Peak List')
1554            ,{'peaks':[],'sigDict':{}})
1555        self.PatternTree.SetItemPyData(
1556            self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Index Peak List'),
1557            [[],[]])
1558        self.PatternTree.SetItemPyData(
1559            self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Unit Cells List'),
1560            [])
1561        self.PatternTree.SetItemPyData(
1562            self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Reflection Lists'),
1563            {})
1564        self.PatternTree.Expand(Id)
1565        self.PatternTree.SelectItem(Id)
1566        print('Added simulation powder data '+str(HistName)+ 
1567              ' with parameters from '+str(rd.instmsg))
1568
1569        # make a list of phase names
1570        phaseRIdList,usedHistograms = self.GetPhaseInfofromTree()
1571        phaseNameList = usedHistograms.keys() # phase names in use
1572        if not phaseNameList: return # no phases yet, nothing to do
1573        header = 'Select phase(s) to add the new\npowder simulation (dummy) dataset to:'
1574        result = G2gd.ItemSelector(phaseNameList,self,header,header='Add to phase(s)',multiple=True)
1575        if not result: return
1576        # connect new phases to histograms
1577        sub = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases')
1578        if not sub:
1579            raise Exception('ERROR -- why are there no phases here?')
1580        item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(sub)
1581        iph = -1
1582        while item: # loop over (new) phases
1583            iph += 1
1584            phaseName = self.PatternTree.GetItemText(item)
1585            data = self.PatternTree.GetItemPyData(item)
1586            item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(sub, cookie)
1587            if iph not in result: continue
1588            generalData = data['General']
1589            SGData = generalData['SGData']
1590            UseList = data['Histograms']
1591            NShkl = len(G2spc.MustrainNames(SGData))
1592            NDij = len(G2spc.HStrainNames(SGData))
1593            UseList[HistName] = SetDefaultDData('PWDR',HistName,NShkl=NShkl,NDij=NDij)
1594            Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,HistName)
1595            refList = self.PatternTree.GetItemPyData(
1596                G2gd.GetPatternTreeItemId(self,Id,'Reflection Lists'))
1597            refList[generalData['Name']] = []
1598        return # success
1599
1600    def _Add_ImportMenu_smallangle(self,parent):
1601        '''configure the Small Angle Data menus accord to the readers found in _init_Imports
1602        '''
1603        submenu = wx.Menu()
1604        item = parent.AppendMenu(wx.ID_ANY, 'Small Angle Data',
1605            submenu, help='Import small angle data')
1606        for reader in self.ImportSmallAngleReaderlist:
1607            item = submenu.Append(wx.ID_ANY,help=reader.longFormatName,
1608                kind=wx.ITEM_NORMAL,text='from '+reader.formatName+' file')
1609            self.ImportMenuId[item.GetId()] = reader
1610            self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnImportSmallAngle, id=item.GetId())
1611        # item = submenu.Append(wx.ID_ANY,
1612        #     help='Import small angle data, use file to try to determine format',
1613        #     kind=wx.ITEM_NORMAL,text='guess format from file')
1614        # self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnImportSmallAngle, id=item.GetId())
1615
1616    def OnImportSmallAngle(self,event):
1617        '''Called in response to an Import/Small Angle Data/... menu item
1618        to read a small angle diffraction data set.
1619        dict self.ImportMenuId is used to look up the specific
1620        reader item associated with the menu item, which will be
1621        None for the last menu item, which is the "guess" option
1622        where all appropriate formats will be tried.
1623
1624        '''
1625       
1626        def GetSASDIparm(reader):
1627            parm = reader.instdict
1628            Iparm = {'Type':[parm['type'],parm['type'],0],'Lam':[parm['wave'],
1629                parm['wave'],0],'Azimuth':[0.,0.,0]}           
1630            return Iparm,{}
1631           
1632        # get a list of existing histograms
1633        SASDlist = []
1634        if self.PatternTree.GetCount():
1635            item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
1636            while item:
1637                name = self.PatternTree.GetItemText(item)
1638                if name.startswith('SASD ') and name not in SASDlist:
1639                    SASDlist.append(name)
1640                item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)
1641        # look up which format was requested
1642        reqrdr = self.ImportMenuId.get(event.GetId()) 
1643        rdlist = self.OnImportGeneric(
1644            reqrdr,self.ImportSmallAngleReaderlist,'Small Angle Data',multiple=True)
1645        if len(rdlist) == 0: return
1646        self.CheckNotebook()
1647        Iparm = None
1648        lastdatafile = ''
1649        newHistList = []
1650        self.EnablePlot = False
1651        for rd in rdlist:
1652            lastdatafile = rd.smallangleentry[0]
1653            HistName = rd.idstring
1654            HistName = 'SASD '+HistName
1655            # make new histogram names unique
1656            HistName = G2obj.MakeUniqueLabel(HistName,SASDlist)
1657            print 'Read small angle data '+str(HistName)+ \
1658                ' from file '+str(self.lastimport)
1659            # data are read, now store them in the tree
1660            Id = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text=HistName)
1661            Iparm1,Iparm2 = GetSASDIparm(rd)
1662#            if 'T' in Iparm1['Type'][0]:
1663#                if not rd.clockWd and rd.GSAS:
1664#                    rd.powderdata[0] *= 100.        #put back the CW centideg correction
1665#                cw = np.diff(rd.powderdata[0])
1666#                rd.powderdata[0] = rd.powderdata[0][:-1]+cw/2.
1667#                rd.powderdata[1] = rd.powderdata[1][:-1]/cw
1668#                rd.powderdata[2] = rd.powderdata[2][:-1]*cw**2  #1/var=w at this point
1669#                if 'Itype' in Iparm2:
1670#                    Ibeg = np.searchsorted(rd.powderdata[0],Iparm2['Tminmax'][0])
1671#                    Ifin = np.searchsorted(rd.powderdata[0],Iparm2['Tminmax'][1])
1672#                    rd.powderdata[0] = rd.powderdata[0][Ibeg:Ifin]
1673#                    YI,WYI = G2pwd.calcIncident(Iparm2,rd.powderdata[0])
1674#                    rd.powderdata[1] = rd.powderdata[1][Ibeg:Ifin]/YI
1675#                    var = 1./rd.powderdata[2][Ibeg:Ifin]
1676#                    var += WYI*rd.powderdata[1]**2
1677#                    var /= YI**2
1678#                    rd.powderdata[2] = 1./var
1679#                rd.powderdata[3] = np.zeros_like(rd.powderdata[0])                                       
1680#                rd.powderdata[4] = np.zeros_like(rd.powderdata[0])                                       
1681#                rd.powderdata[5] = np.zeros_like(rd.powderdata[0])                                       
1682            Tmin = min(rd.smallangledata[0])
1683            Tmax = max(rd.smallangledata[0])
1684            valuesdict = {
1685                'wtFactor':1.0,
1686                'Dummy':False,
1687                'ranId':ran.randint(0,sys.maxint),
1688                }
1689            rd.Sample['ranId'] = valuesdict['ranId'] # this should be removed someday
1690            self.PatternTree.SetItemPyData(Id,[valuesdict,rd.smallangledata])
1691            self.PatternTree.SetItemPyData(
1692                self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Comments'),
1693                rd.comments)
1694            self.PatternTree.SetItemPyData(
1695                self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Limits'),
1696                [(Tmin,Tmax),[Tmin,Tmax]])
1697            self.PatternId = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,Id,'Limits')
1698            self.PatternTree.SetItemPyData(
1699                self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Instrument Parameters'),
1700                [Iparm1,Iparm2])
1701            self.PatternTree.SetItemPyData(
1702                self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Substances'),G2pdG.SetDefaultSubstances())
1703            self.PatternTree.SetItemPyData(
1704                self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Sample Parameters'),
1705                rd.Sample)
1706            self.PatternTree.SetItemPyData(
1707                self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Models'),G2pdG.SetDefaultSASDModel())
1708            newHistList.append(HistName)
1709        else:
1710            self.EnablePlot = True
1711            self.PatternTree.Expand(Id)
1712            self.PatternTree.SelectItem(Id)
1713           
1714        if not newHistList: return # somehow, no new histograms
1715        return # success
1716
1717    def OnMacroRecordStatus(self,event,setvalue=None):
1718        '''Called when the record macro menu item is used which toggles the
1719        value. Alternately a value to be set can be provided. Note that this
1720        routine is made more complex because on the Mac there are lots of menu
1721        items (listed in self.MacroStatusList) and this loops over all of them.
1722        '''
1723        nextvalue = log.ShowLogStatus() != True
1724        if setvalue is not None:
1725            nextvalue = setvalue
1726        if nextvalue:
1727            log.LogOn()
1728            set2 = True
1729        else:
1730            log.LogOff()
1731            set2 = False
1732        for menuitem in self.MacroStatusList:
1733            menuitem.Check(set2)
1734
1735    def _init_Macro(self):
1736        '''Define the items in the macro menu.
1737        '''
1738        menu = self.MacroMenu
1739        item = menu.Append(
1740                help='Start or stop recording of menu actions, etc.', id=wx.ID_ANY,
1741                kind=wx.ITEM_CHECK,text='Record actions')
1742        self.MacroStatusList.append(item)
1743        item.Check(log.ShowLogStatus())
1744        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnMacroRecordStatus, item)
1745
1746        # this may only be of value for development work
1747        item = menu.Append(
1748            help='Show logged commands', id=wx.ID_ANY,
1749            kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Show log')
1750        def OnShowLog(event):
1751            print 70*'='
1752            print 'List of logged actions'
1753            for i,line in enumerate(log.G2logList):
1754                if line: print i,line
1755            print 70*'='
1756        self.Bind(wx.EVT_MENU, OnShowLog, item)
1757
1758        item = menu.Append(
1759            help='Clear logged commands', id=wx.ID_ANY,
1760            kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Clear log')
1761        def OnClearLog(event): log.G2logList=[None]
1762        self.Bind(wx.EVT_MENU, OnClearLog, item)
1763       
1764        item = menu.Append(
1765            help='Save logged commands to file', id=wx.ID_ANY,
1766            kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Save log')
1767        def OnSaveLog(event):
1768            import cPickle
1769            defnam = os.path.splitext(
1770                os.path.split(self.GSASprojectfile)[1]
1771                )[0]+'.gcmd'
1772            dlg = wx.FileDialog(self,
1773                'Choose an file to save past actions', '.', defnam, 
1774                'GSAS-II cmd output (*.gcmd)|*.gcmd',
1775                wx.FD_SAVE|wx.FD_OVERWRITE_PROMPT|wx.CHANGE_DIR)
1776            dlg.CenterOnParent()
1777            try:
1778                if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
1779                    filename = dlg.GetPath()
1780                    # make sure extension is correct
1781                    filename = os.path.splitext(filename)[0]+'.gcmd'
1782                else:
1783                    filename = None
1784            finally:
1785                dlg.Destroy()
1786            if filename:
1787                fp = open(filename,'wb')
1788                fp.write(str(len(log.G2logList)-1)+'\n')
1789                for item in log.G2logList:
1790                    if item: cPickle.dump(item,fp)
1791                fp.close()
1792        self.Bind(wx.EVT_MENU, OnSaveLog, item)
1793
1794        item = menu.Append(
1795            help='Load logged commands from file', id=wx.ID_ANY,
1796            kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Load log')
1797        def OnLoadLog(event):
1798            # this appends. Perhaps we should ask to clear?
1799            import cPickle
1800            defnam = os.path.splitext(
1801                os.path.split(self.GSASprojectfile)[1]
1802                )[0]+'.gcmd'
1803            dlg = wx.FileDialog(self,
1804                'Choose an file to read saved actions', '.', defnam, 
1805                'GSAS-II cmd output (*.gcmd)|*.gcmd',
1806                wx.OPEN|wx.CHANGE_DIR)
1807            dlg.CenterOnParent()
1808            try:
1809                if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
1810                    filename = dlg.GetPath()
1811                    # make sure extension is correct
1812                    filename = os.path.splitext(filename)[0]+'.gcmd'
1813                else:
1814                    filename = None
1815            finally:
1816                dlg.Destroy()
1817            if filename and os.path.exists(filename):
1818                fp = open(filename,'rb')
1819                lines = fp.readline()
1820                for i in range(int(lines)):
1821                    log.G2logList.append(cPickle.load(fp))
1822                fp.close()
1823        self.Bind(wx.EVT_MENU, OnLoadLog, item)
1824
1825        item = menu.Append(
1826            help='Replay saved commands', id=wx.ID_ANY,
1827            kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Replay log')
1828        self.Bind(wx.EVT_MENU, log.ReplayLog, item)
1829
1830    def _init_Exports(self,menu):
1831        '''Find exporter routines and add them into menus
1832        '''
1833        # set up the top-level menus
1834        projectmenu = wx.Menu()
1835        item = menu.AppendMenu(
1836            wx.ID_ANY, 'Entire project as',
1837            projectmenu, help='Export entire project')
1838
1839        phasemenu = wx.Menu()
1840        item = menu.AppendMenu(
1841            wx.ID_ANY, 'Phase as',
1842            phasemenu, help='Export phase or sometimes phases')
1843
1844        powdermenu = wx.Menu()
1845        item = menu.AppendMenu(
1846            wx.ID_ANY, 'Powder data as',
1847            powdermenu, help='Export powder diffraction histogram(s)')
1848
1849        singlemenu = wx.Menu()
1850        item = menu.AppendMenu(
1851            wx.ID_ANY, 'Single crystal data as',
1852            singlemenu, help='Export single crystal histogram(s)')
1853
1854        imagemenu = wx.Menu()
1855        item = menu.AppendMenu(
1856            wx.ID_ANY, 'Image data as',
1857            imagemenu, help='Export powder image(s) data')
1858
1859        mapmenu = wx.Menu()
1860        item = menu.AppendMenu(
1861            wx.ID_ANY, 'Maps as',
1862            mapmenu, help='Export density map(s)')
1863
1864        # pdfmenu = wx.Menu()
1865        # item = menu.AppendMenu(
1866        #     wx.ID_ANY, 'PDFs as',
1867        #     pdfmenu, help='Export pair distribution function(s)')
1868
1869        # find all the exporter files
1870        pathlist = sys.path
1871        filelist = []
1872        for path in pathlist:
1873            for filename in glob.iglob(os.path.join(path,"G2export*.py")):
1874                filelist.append(filename)   
1875        filelist = sorted(list(set(filelist))) # remove duplicates
1876        exporterlist = []
1877        # go through the routines and import them, saving objects that
1878        # have export routines (method Exporter)
1879        for filename in filelist:
1880            path,rootname = os.path.split(filename)
1881            pkg = os.path.splitext(rootname)[0]
1882            try:
1883                fp = None
1884                fp, fppath,desc = imp.find_module(pkg,[path,])
1885                pkg = imp.load_module(pkg,fp,fppath,desc)
1886                for clss in inspect.getmembers(pkg): # find classes defined in package
1887                    if clss[0].startswith('_'): continue
1888                    if inspect.isclass(clss[1]):
1889                        # check if we have the required methods
1890                        for m in 'Exporter','loadParmDict':
1891                            if not hasattr(clss[1],m): break
1892                            if not callable(getattr(clss[1],m)): break
1893                        else:
1894                            exporter = clss[1](self) # create an export instance
1895                            exporterlist.append(exporter)
1896            except AttributeError:
1897                print 'Import_'+errprefix+': Attribute Error'+str(filename)
1898                pass
1899            except ImportError:
1900                print 'Import_'+errprefix+': Error importing file'+str(filename)
1901                pass
1902            if fp: fp.close()
1903        # Add submenu item(s) for each Exporter by its self-declared type (can be more than one)
1904        for obj in exporterlist:
1905            #print 'exporter',obj
1906            for typ in obj.exporttype:
1907                if typ == "project":
1908                    submenu = projectmenu
1909                elif typ == "phase":
1910                    submenu = phasemenu
1911                elif typ == "powder":
1912                    submenu = powdermenu
1913                elif typ == "single":
1914                    submenu = singlemenu
1915                elif typ == "image":
1916                    submenu = imagemenu
1917                elif typ == "map":
1918                    submenu = mapmenu
1919                # elif typ == "pdf":
1920                #     submenu = pdfmenu
1921                else:
1922                    print("Error, unknown type in "+str(obj))
1923                    break
1924                item = submenu.Append(
1925                    wx.ID_ANY,
1926                    help=obj.longFormatName,
1927                    kind=wx.ITEM_NORMAL,
1928                    text=obj.formatName)
1929                self.Bind(wx.EVT_MENU, obj.Exporter, id=item.GetId())
1930                self.ExportLookup[item.GetId()] = typ # lookup table for submenu item
1931               
1932        #code to debug an Exporter. hard-coded the routine below, to allow a reload before use
1933        # def DebugExport(event):
1934        #      print 'start reload'
1935        #      reload(G2IO)
1936        #      import G2export_pwdr as dev
1937        #      reload(dev)
1938        #      dev.ExportPowderFXYE(self).Exporter(event)
1939        # item = menu.Append(
1940        #     wx.ID_ANY,kind=wx.ITEM_NORMAL,
1941        #     help="debug exporter",text="test Export FXYE")
1942        # self.Bind(wx.EVT_MENU, DebugExport, id=item.GetId())
1943        # # #self.ExportLookup[item.GetId()] = 'image'
1944        # self.ExportLookup[item.GetId()] = 'powder'
1945
1946    def _Add_ExportMenuItems(self,parent):
1947        # item = parent.Append(
1948        #     help='Select PWDR item to enable',id=wx.ID_ANY,
1949        #     kind=wx.ITEM_NORMAL,
1950        #     text='Export Powder Patterns...')
1951        # self.ExportPattern.append(item)
1952        # item.Enable(False)
1953        # self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnExportPatterns, id=item.GetId())
1954
1955        item = parent.Append(
1956            help='',id=wx.ID_ANY,
1957            kind=wx.ITEM_NORMAL,
1958            text='Export All Peak Lists...')
1959        self.ExportPeakList.append(item)
1960        item.Enable(True)
1961        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnExportPeakList, id=item.GetId())
1962
1963        item = parent.Append(
1964            help='',id=wx.ID_ANY,
1965            kind=wx.ITEM_NORMAL,
1966            text='Export HKLs...')
1967        self.ExportHKL.append(item)
1968        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnExportHKL, id=item.GetId())
1969
1970        item = parent.Append(
1971            help='Select PDF item to enable',
1972            id=wx.ID_ANY,
1973            kind=wx.ITEM_NORMAL,
1974            text='Export PDF...')
1975        self.ExportPDF.append(item)
1976        item.Enable(False)
1977        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnExportPDF, id=item.GetId())
1978
1979    def FillMainMenu(self,menubar):
1980        '''Define contents of the main GSAS-II menu for the (main) data tree window.
1981        For the mac, this is also called for the data item windows as well so that
1982        the main menu items are data menu as well.
1983        '''
1984        File = wx.Menu(title='')
1985        menubar.Append(menu=File, title='&File')
1986        self._Add_FileMenuItems(File)
1987        Data = wx.Menu(title='')
1988        menubar.Append(menu=Data, title='Data')
1989        self._Add_DataMenuItems(Data)
1990        Calculate = wx.Menu(title='')       
1991        menubar.Append(menu=Calculate, title='&Calculate')
1992        self._Add_CalculateMenuItems(Calculate)
1993        Import = wx.Menu(title='')       
1994        menubar.Append(menu=Import, title='Import')
1995        self._Add_ImportMenu_Phase(Import)
1996        self._Add_ImportMenu_powder(Import)
1997        self._Add_ImportMenu_Sfact(Import)
1998        self._Add_ImportMenu_smallangle(Import)
1999        #======================================================================
2000        # Code to help develop/debug an importer, much is hard-coded below
2001        # but module is reloaded before each use, allowing faster testing
2002        # def DebugImport(event):
2003        #     print 'start reload'
2004        #     import G2phase_ISO as dev
2005        #     reload(dev)
2006        #     rd = dev.ISODISTORTPhaseReader()
2007        #     self.ImportMenuId[event.GetId()] = rd
2008        #     self.OnImportPhase(event)
2009            # or ----------------------------------------------------------------------
2010            #self.OnImportGeneric(rd,[],'test of ISODISTORTPhaseReader')
2011            # special debug code
2012            # or ----------------------------------------------------------------------
2013            # filename = '/Users/toby/projects/branton/subgroup_cif.txt'
2014            # fp = open(filename,'Ur')
2015            # if not rd.ContentsValidator(fp):
2016            #     print 'not validated'
2017            #     # make a list of used phase ranId's
2018            # phaseRIdList = []
2019            # sub = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases')
2020            # if sub:
2021            #     item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(sub)
2022            #     while item:
2023            #         phaseName = self.PatternTree.GetItemText(item)
2024            #         ranId = self.PatternTree.GetItemPyData(item).get('ranId')
2025            #         if ranId: phaseRIdList.append(ranId)
2026            #         item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(sub, cookie)
2027            # if rd.Reader(filename,fp,usedRanIdList=phaseRIdList):
2028            #     print 'read OK'
2029        # item = Import.Append(
2030        #     wx.ID_ANY,kind=wx.ITEM_NORMAL,
2031        #     help="debug importer",text="test importer")
2032        # self.Bind(wx.EVT_MENU, DebugImport, id=item.GetId())
2033        #======================================================================
2034        self.ExportMenu = wx.Menu(title='')
2035        menubar.Append(menu=self.ExportMenu, title='Export')
2036        self._init_Exports(self.ExportMenu)
2037        self._Add_ExportMenuItems(self.ExportMenu)
2038        if GSASIIpath.GetConfigValue('Enable_logging'):
2039            self.MacroMenu = wx.Menu(title='')
2040            menubar.Append(menu=self.MacroMenu, title='Macro')
2041            self._init_Macro()
2042        HelpMenu=G2G.MyHelp(self,helpType='Data tree',
2043            morehelpitems=[
2044                           ('&Tutorials','Tutorials'), 
2045                           ])
2046        menubar.Append(menu=HelpMenu,title='&Help')
2047
2048    def _init_ctrls(self, parent):
2049        wx.Frame.__init__(self, name='GSASII', parent=parent,
2050            size=wx.Size(400, 250),style=wx.DEFAULT_FRAME_STYLE, title='GSAS-II data tree')
2051        clientSize = wx.ClientDisplayRect()
2052        Size = self.GetSize()
2053        xPos = clientSize[2]-Size[0]
2054        self.SetPosition(wx.Point(xPos,clientSize[1]))
2055        self._init_Imports()
2056        #initialize Menu item objects (these contain lists of menu items that are enabled or disabled)
2057        self.MakePDF = []
2058        self.Refine = []
2059        self.SeqRefine = [] # pointer(s) to Sequential Refinement menu objects
2060        #self.ExportPattern = []
2061        self.ExportPeakList = []
2062        self.ExportHKL = []
2063        self.ExportPDF = []
2064        self.ExportPhase = []
2065        self.ExportCIF = []
2066        #
2067        self.GSASIIMenu = wx.MenuBar()
2068        # create a list of all dataframe menus (appended in PrefillDataMenu)
2069        self.dataMenuBars = [self.GSASIIMenu]
2070        self.MacroStatusList = []
2071        self.FillMainMenu(self.GSASIIMenu)
2072        self.SetMenuBar(self.GSASIIMenu)
2073        self.Bind(wx.EVT_SIZE, self.OnSize)
2074        self.Status = self.CreateStatusBar()
2075        self.mainPanel = wx.Panel(self,-1)
2076       
2077        wxID_PATTERNTREE = wx.NewId()
2078        #self.PatternTree = wx.TreeCtrl(id=wxID_PATTERNTREE, # replaced for logging
2079        self.PatternTree = G2G.G2TreeCtrl(id=wxID_PATTERNTREE,
2080            parent=self.mainPanel, pos=wx.Point(0, 0),style=wx.TR_DEFAULT_STYLE )
2081        self.PatternTree.Bind(wx.EVT_TREE_SEL_CHANGED, self.OnPatternTreeSelChanged)
2082        self.PatternTree.Bind(wx.EVT_TREE_ITEM_COLLAPSED,
2083            self.OnPatternTreeItemCollapsed, id=wxID_PATTERNTREE)
2084        self.PatternTree.Bind(wx.EVT_TREE_ITEM_EXPANDED,
2085            self.OnPatternTreeItemExpanded, id=wxID_PATTERNTREE)
2086        self.PatternTree.Bind(wx.EVT_TREE_DELETE_ITEM,
2087            self.OnPatternTreeItemDelete, id=wxID_PATTERNTREE)
2088        self.PatternTree.Bind(wx.EVT_TREE_KEY_DOWN,
2089            self.OnPatternTreeKeyDown, id=wxID_PATTERNTREE)
2090        self.PatternTree.Bind(wx.EVT_TREE_BEGIN_RDRAG,
2091            self.OnPatternTreeBeginRDrag, id=wxID_PATTERNTREE)       
2092        self.PatternTree.Bind(wx.EVT_TREE_END_DRAG,
2093            self.OnPatternTreeEndDrag, id=wxID_PATTERNTREE)       
2094        #self.root = self.PatternTree.AddRoot('Loaded Data: ')
2095        self.root = self.PatternTree.root
2096        plotFrame = wx.Frame(None,-1,'GSASII Plots',size=wx.Size(700,600), \
2097            style=wx.DEFAULT_FRAME_STYLE ^ wx.CLOSE_BOX)
2098        self.G2plotNB = G2plt.G2PlotNoteBook(plotFrame)
2099        plotFrame.Show()
2100       
2101        self.dataDisplay = None
2102       
2103    def __init__(self, parent):
2104        self.ExportLookup = {}
2105        self._init_ctrls(parent)
2106        self.Image = wx.Image(
2107            os.path.join(GSASIIpath.path2GSAS2,'gsas2.ico'),
2108            wx.BITMAP_TYPE_ICO)
2109        if "wxMSW" in wx.PlatformInfo:
2110            img = self.Image.Scale(16, 16).ConvertToBitmap()
2111        elif "wxGTK" in wx.PlatformInfo:
2112            img = self.Image.Scale(22, 22).ConvertToBitmap()
2113        else:
2114            img = self.Image.ConvertToBitmap()
2115        self.SetIcon(wx.IconFromBitmap(img))
2116        self.Bind(wx.EVT_CLOSE, self.ExitMain)
2117        # various defaults
2118        self.oldFocus = None
2119        self.GSASprojectfile = ''
2120        self.dirname = os.path.expanduser('~')       #start in the users home directory by default; may be meaningless
2121        self.exportDir = None  # the last directory used for exports, if any.
2122        self.undofile = ''
2123        self.TreeItemDelete = False
2124        self.plotStyle = {'qPlot':False,'dPlot':False,'sqrtPlot':False}
2125        self.Weight = False
2126        self.IfPlot = False
2127        self.DDShowAll = False
2128        self.PatternId = 0
2129        self.PickId = 0
2130        self.PickIdText = None
2131        self.PeakTable = []
2132        self.LimitsTable = []
2133        self.ifX20 = True   #use M20 /= (1+X20) in powder indexing, etc.
2134        self.HKL = []
2135        self.Lines = []
2136        self.itemPicked = None
2137        self.dataFrame = None
2138        self.Interpolate = 'nearest'
2139        self.ContourColor = 'Paired'
2140        self.VcovColor = 'RdYlGn'
2141        self.RamaColor = 'Blues'
2142        self.Projection = 'equal area'
2143        self.logPlot = False
2144        self.sqPlot = False
2145        self.ErrorBars = False
2146        self.Contour = False
2147        self.Legend = False
2148        self.SinglePlot = True
2149        self.SubBack = False
2150        self.seqReverse = False
2151        self.seqLines = True #draw lines between points
2152        self.plotView = 0
2153        self.Image = 0
2154        self.oldImagefile = ''
2155        self.ImageZ = []
2156        self.Integrate = 0
2157        self.imageDefault = {}
2158        self.Sngl = False
2159        self.ifGetRing = False
2160        self.MaskKey = ''           #trigger for making image masks
2161        self.StrainKey = ''         #ditto for new strain d-zeros
2162        self.EnablePlot = True
2163        if GSASIIpath.GetConfigValue('Starting_directory'):
2164            try: 
2165                os.chdir(GSASIIpath.GetConfigValue('Starting_directory'))
2166            except:
2167                print('Ignoring Config Starting_directory value: '+
2168                      GSASIIpath.GetConfigValue('Starting_directory'))
2169        arg = sys.argv
2170        if len(arg) > 1 and arg[1]:
2171            self.GSASprojectfile = os.path.splitext(arg[1])[0]+'.gpx'
2172            self.dirname = os.path.dirname(arg[1])
2173            if self.dirname: os.chdir(self.dirname)
2174            try:
2175                self.StartProject()         #open the file if possible
2176            except Exception:
2177                print 'Error opening or reading file',arg[1]
2178                import traceback
2179                print traceback.format_exc()
2180             
2181        self.ImportDir = os.path.normpath(os.getcwd()) # specifies a default path to be used for imports
2182        if GSASIIpath.GetConfigValue('Import_directory'):
2183            self.ImportDir = GSASIIpath.GetConfigValue('Import_directory')
2184
2185    def OnSize(self,event):
2186        'Called when the main window is resized. Not sure why'
2187        w,h = self.GetClientSizeTuple()
2188        self.mainPanel.SetSize(wx.Size(w,h))
2189        self.PatternTree.SetSize(wx.Size(w,h))
2190                       
2191    def OnPatternTreeSelChanged(self, event):
2192        '''Called when a data tree item is selected'''
2193        if self.TreeItemDelete:
2194            self.TreeItemDelete = False
2195        else:
2196            pltNum = self.G2plotNB.nb.GetSelection()
2197            if pltNum >= 0:                         #to avoid the startup with no plot!
2198                pltPage = self.G2plotNB.nb.GetPage(pltNum)
2199                pltPlot = pltPage.figure
2200            item = event.GetItem()
2201            G2gd.MovePatternTreeToGrid(self,item)
2202            if self.oldFocus:
2203                self.oldFocus.SetFocus()
2204       
2205    def OnPatternTreeItemCollapsed(self, event):
2206        'Called when a tree item is collapsed - all children will be collapsed'
2207        self.PatternTree.CollapseAllChildren(event.GetItem())
2208
2209    def OnPatternTreeItemExpanded(self, event):
2210        'Called when a tree item is expanded'
2211        self.OnPatternTreeSelChanged(event)
2212        event.Skip()
2213       
2214    def OnPatternTreeItemDelete(self, event):
2215        'Called when a tree item is deleted -- not sure what this does'
2216        self.TreeItemDelete = True
2217
2218    def OnPatternTreeItemActivated(self, event):
2219        'Called when a tree item is activated'
2220        event.Skip()
2221       
2222    def OnPatternTreeBeginRDrag(self,event):
2223        event.Allow()
2224        self.BeginDragId = event.GetItem()
2225        self.ParentId = self.PatternTree.GetItemParent(self.BeginDragId)
2226        DragText = self.PatternTree.GetItemText(self.BeginDragId)
2227        self.DragData = [[DragText,self.PatternTree.GetItemPyData(self.BeginDragId)],]
2228        item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.BeginDragId)
2229        while item:     #G2 data tree has no sub children under a child of a tree item
2230            name = self.PatternTree.GetItemText(item)
2231            self.DragData.append([name,self.PatternTree.GetItemPyData(item)])
2232            item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.BeginDragId, cookie)                           
2233       
2234    def OnPatternTreeEndDrag(self,event):
2235        event.Allow()
2236        self.EndDragId = event.GetItem()
2237        try:
2238            NewParent = self.PatternTree.GetItemParent(self.EndDragId)
2239        except:
2240            self.EndDragId = self.PatternTree.GetLastChild(self.root)
2241            NewParent = self.root
2242        if self.ParentId != NewParent:
2243            self.ErrorDialog('Drag not allowed','Wrong parent for item dragged')
2244        else:
2245            Name,Item = self.DragData[0]
2246            NewId = self.PatternTree.InsertItem(self.ParentId,self.EndDragId,Name,data=None)
2247            self.PatternTree.SetItemPyData(NewId,Item)
2248            for name,item in self.DragData[1:]:     #loop over children
2249                Id = self.PatternTree.AppendItem(parent=NewId,text=name)
2250                self.PatternTree.SetItemPyData(Id,item)
2251            self.PatternTree.Delete(self.BeginDragId)
2252            G2gd.MovePatternTreeToGrid(self,NewId)
2253       
2254    def OnPatternTreeKeyDown(self,event): #doesn't exactly work right with Shift key down
2255        'Allows stepping through the tree with the up/down arrow keys'
2256        self.oldFocus = wx.Window.FindFocus()
2257        keyevt = event.GetKeyEvent()
2258        key = event.GetKeyCode()
2259        item = self.PatternTree.GetSelection()
2260        if type(item) is int: return # is this the toplevel in tree?
2261        name = self.PatternTree.GetItemText(item)
2262        parent = self.PatternTree.GetItemParent(item)
2263        if key == wx.WXK_UP:
2264            if keyevt.GetModifiers() == wx.MOD_SHIFT and parent != self.root:
2265                if type(parent) is int: return # is this the toplevel in tree?
2266                prev = self.PatternTree.GetPrevSibling(parent)
2267                NewId = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,prev,name)
2268                if NewId:
2269                    self.PatternTree.Collapse(parent)
2270                    self.PatternTree.Expand(prev)
2271                    self.oldFocus = wx.Window.FindFocus()
2272                    wx.CallAfter(self.PatternTree.SelectItem,NewId)
2273                else:
2274                    wx.CallAfter(self.PatternTree.SelectItem,item)
2275            else:   
2276                self.PatternTree.GetPrevSibling(item)
2277                self.PatternTree.SelectItem(item)
2278        elif key == wx.WXK_DOWN:
2279            if keyevt.GetModifiers() == wx.MOD_SHIFT and parent != self.root:
2280                next = self.PatternTree.GetNextSibling(parent)
2281                NewId = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,next,name)
2282                if NewId:
2283                    self.PatternTree.Collapse(parent)
2284                    self.PatternTree.Expand(next)
2285                    self.oldFocus = wx.Window.FindFocus()
2286                    wx.CallAfter(self.PatternTree.SelectItem,NewId)
2287                else:
2288                    wx.CallAfter(self.PatternTree.SelectItem,item)
2289            else:   
2290                self.PatternTree.GetNextSibling(item)
2291                self.PatternTree.SelectItem(item)
2292               
2293    def OnReadPowderPeaks(self,event):
2294        'Bound to menu Data/Read Powder Peaks'
2295        Cuka = 1.54052
2296        self.CheckNotebook()
2297        dlg = wx.FileDialog(self, 'Choose file with peak list', '.', '', 
2298            'peak files (*.txt)|*.txt|All files (*.*)|*.*',wx.OPEN|wx.CHANGE_DIR)
2299        try:
2300            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
2301                self.HKL = []
2302                self.powderfile = dlg.GetPath()
2303                comments,peaks = G2IO.GetPowderPeaks(self.powderfile)
2304                Id = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text='PKS '+os.path.basename(self.powderfile))
2305                data = ['PKS',Cuka,0.0]
2306                names = ['Type','Lam','Zero'] 
2307                codes = [0,0,0]
2308                inst = [G2IO.makeInstDict(names,data,codes),{}]
2309                self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Instrument Parameters'),inst)
2310                self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Comments'),comments)
2311                self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Index Peak List'),[peaks,[]])
2312                self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Unit Cells List'),[])             
2313                self.PatternTree.Expand(Id)
2314                self.PatternTree.SelectItem(Id)
2315                os.chdir(dlg.GetDirectory())           # to get Mac/Linux to change directory!
2316        finally:
2317            dlg.Destroy()
2318                       
2319    def OnImageRead(self,event):
2320        'Called to read in an image in any known format'
2321        self.CheckNotebook()
2322        dlg = wx.FileDialog(
2323            self, 'Choose image files', '.', '',
2324            'Any supported image file (*.edf;*.tif;*.tiff;*.mar*;*.ge*;*.avg;*.sum;*.img;*.G2img;*.png)|'
2325            '*.edf;*.tif;*.tiff;*.mar*;*.ge*;*.avg;*.sum;*.img;*.G2img;*.png;*.zip|'
2326            'European detector file (*.edf)|*.edf|'
2327            'Any detector tif (*.tif;*.tiff)|*.tif;*.tiff|'
2328            'MAR file (*.mar*)|*.mar*|'
2329            'GE Image (*.ge*;*.avg;*.sum)|*.ge*;*.avg;*.sum|'
2330            'ADSC Image (*.img)|*.img|'
2331            'GSAS-II Image (*.G2img)|*.G2img|'
2332            'Portable Network Graphics image (*.png)|*.png|'
2333            'Zip archive (*.zip)|*.zip|'
2334            'All files (*.*)|*.*',
2335            wx.OPEN | wx.MULTIPLE|wx.CHANGE_DIR)
2336        try:
2337            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
2338                imagefiles = dlg.GetPaths()
2339                imagefiles.sort()
2340                for imagefile in imagefiles:
2341                    # if a zip file, open and extract
2342                    if os.path.splitext(imagefile)[1].lower() == '.zip':
2343                        extractedfile = G2IO.ExtractFileFromZip(imagefile,parent=self)
2344                        if extractedfile is not None and extractedfile != imagefile:
2345                            imagefile = extractedfile
2346                    Comments,Data,Npix,Image = G2IO.GetImageData(self,imagefile)
2347                    if Comments:
2348                        Id = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text='IMG '+os.path.basename(imagefile))
2349                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Comments'),Comments)
2350                        Imax = np.amax(Image)
2351                        Imin = max(0.0,np.amin(Image))          #force positive
2352                        if self.imageDefault:
2353                            Data = copy.copy(self.imageDefault)
2354                            Data['showLines'] = True
2355                            Data['ring'] = []
2356                            Data['rings'] = []
2357                            Data['cutoff'] = 10
2358                            Data['pixLimit'] = 20
2359                            Data['edgemin'] = 100000000
2360                            Data['calibdmin'] = 0.5
2361                            Data['calibskip'] = 0
2362                            Data['ellipses'] = []
2363                            Data['calibrant'] = ''
2364                            Data['GonioAngles'] = [0.,0.,0.]
2365                            Data['DetDepthRef'] = False
2366                        else:
2367                            Data['type'] = 'PWDR'
2368                            Data['color'] = 'Paired'
2369                            Data['tilt'] = 0.0
2370                            Data['rotation'] = 0.0
2371                            Data['showLines'] = False
2372                            Data['ring'] = []
2373                            Data['rings'] = []
2374                            Data['cutoff'] = 10
2375                            Data['pixLimit'] = 20
2376                            Data['calibdmin'] = 0.5
2377                            Data['calibskip'] = 0
2378                            Data['edgemin'] = 100000000
2379                            Data['ellipses'] = []
2380                            Data['GonioAngles'] = [0.,0.,0.]
2381                            Data['DetDepth'] = 0.
2382                            Data['DetDepthRef'] = False
2383                            Data['calibrant'] = ''
2384                            Data['IOtth'] = [2.0,5.0]
2385                            Data['LRazimuth'] = [135,225]
2386                            Data['azmthOff'] = 0.0
2387                            Data['outChannels'] = 2500
2388                            Data['outAzimuths'] = 1
2389                            Data['centerAzm'] = False
2390                            Data['fullIntegrate'] = False
2391                            Data['setRings'] = False
2392                            Data['background image'] = ['',-1.0]                           
2393                            Data['dark image'] = ['',-1.0]
2394                            Data['Flat Bkg'] = 0.0
2395                        Data['setDefault'] = False
2396                        Data['range'] = [(Imin,Imax),[Imin,Imax]]
2397                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Image Controls'),Data)
2398                        Masks = {'Points':[],'Rings':[],'Arcs':[],'Polygons':[],'Frames':[],'Thresholds':[(Imin,Imax),[Imin,Imax]]}
2399                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Masks'),Masks)
2400                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Stress/Strain'),
2401                            {'Type':'True','d-zero':[],'Sample phi':0.0,'Sample z':0.0,'Sample load':0.0})
2402                        self.PatternTree.SetItemPyData(Id,[Npix,imagefile])
2403                        self.PickId = Id
2404                        self.PickIdText = self.PatternTree.GetItemText(self.PickId)
2405                        self.Image = Id
2406                os.chdir(dlg.GetDirectory())           # to get Mac/Linux to change directory!               
2407                self.PatternTree.SelectItem(G2gd.GetPatternTreeItemId(self,Id,'Image Controls'))             #show last one
2408        finally:
2409            path = dlg.GetDirectory()           # to get Mac/Linux to change directory!
2410            os.chdir(path)
2411            dlg.Destroy()
2412
2413    def CheckNotebook(self):
2414        '''Make sure the data tree has the minimally expected controls.
2415        (BHT) correct?
2416        '''
2417        if not G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Notebook'):
2418            sub = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text='Notebook')
2419            self.PatternTree.SetItemPyData(sub,[''])
2420        if not G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Controls'):
2421            sub = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text='Controls')
2422            self.PatternTree.SetItemPyData(sub,copy.copy(G2obj.DefaultControls))
2423        if not G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Covariance'):
2424            sub = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text='Covariance')
2425            self.PatternTree.SetItemPyData(sub,{})
2426        if not G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Constraints'):
2427            sub = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text='Constraints')
2428            self.PatternTree.SetItemPyData(sub,{'Hist':[],'HAP':[],'Phase':[]})
2429        if not G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Restraints'):
2430            sub = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text='Restraints')
2431            self.PatternTree.SetItemPyData(sub,{})
2432        if not G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Rigid bodies'):
2433            sub = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text='Rigid bodies')
2434            self.PatternTree.SetItemPyData(sub,{'Vector':{'AtInfo':{}},
2435                'Residue':{'AtInfo':{}},'RBIds':{'Vector':[],'Residue':[]}})
2436               
2437    class CopyDialog(wx.Dialog):
2438        '''Creates a dialog for copying control settings between
2439        data tree items'''
2440        def __init__(self,parent,title,text,data):
2441            wx.Dialog.__init__(self,parent,-1,title, 
2442                pos=wx.DefaultPosition,style=wx.DEFAULT_DIALOG_STYLE)
2443            self.data = data
2444            panel = wx.Panel(self)
2445            mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
2446            topLabl = wx.StaticText(panel,-1,text)
2447            mainSizer.Add((10,10),1)
2448            mainSizer.Add(topLabl,0,wx.ALIGN_CENTER_VERTICAL|wx.LEFT,10)
2449            mainSizer.Add((10,10),1)
2450            ncols = len(data)/40+1
2451            dataGridSizer = wx.FlexGridSizer(cols=ncols,hgap=2,vgap=2)
2452            for id,item in enumerate(self.data):
2453                ckbox = wx.CheckBox(panel,id,item[1])
2454                ckbox.Bind(wx.EVT_CHECKBOX,self.OnCopyChange)                   
2455                dataGridSizer.Add(ckbox,0,wx.LEFT,10)
2456            mainSizer.Add(dataGridSizer,0,wx.EXPAND)
2457            OkBtn = wx.Button(panel,-1,"Ok")
2458            OkBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnOk)
2459            cancelBtn = wx.Button(panel,-1,"Cancel")
2460            cancelBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnCancel)
2461            btnSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
2462            btnSizer.Add((20,20),1)
2463            btnSizer.Add(OkBtn)
2464            btnSizer.Add((20,20),1)
2465            btnSizer.Add(cancelBtn)
2466            btnSizer.Add((20,20),1)
2467           
2468            mainSizer.Add(btnSizer,0,wx.EXPAND|wx.BOTTOM|wx.TOP, 10)
2469            panel.SetSizer(mainSizer)
2470            panel.Fit()
2471            self.Fit()
2472       
2473        def OnCopyChange(self,event):
2474            id = event.GetId()
2475            self.data[id][0] = self.FindWindowById(id).GetValue()       
2476           
2477        def OnOk(self,event):
2478            parent = self.GetParent()
2479            parent.Raise()
2480            self.EndModal(wx.ID_OK)             
2481           
2482        def OnCancel(self,event):
2483            parent = self.GetParent()
2484            parent.Raise()
2485            self.EndModal(wx.ID_CANCEL)             
2486           
2487        def GetData(self):
2488            return self.data
2489       
2490    class SumDialog(wx.Dialog):
2491        'Allows user to supply scale factor(s) when summing data'
2492        def __init__(self,parent,title,text,dataType,data):
2493            wx.Dialog.__init__(self,parent,-1,title, 
2494                pos=wx.DefaultPosition,style=wx.DEFAULT_DIALOG_STYLE)
2495            self.data = data
2496            panel = wx.Panel(self)
2497            mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
2498            topLabl = wx.StaticText(panel,-1,text)
2499            mainSizer.Add((10,10),1)
2500            mainSizer.Add(topLabl,0,wx.ALIGN_CENTER_VERTICAL|wx.LEFT,10)
2501            mainSizer.Add((10,10),1)
2502            dataGridSizer = wx.FlexGridSizer(cols=2,hgap=2,vgap=2)
2503            for id,item in enumerate(self.data[:-1]):
2504                name = wx.TextCtrl(panel,-1,item[1],size=wx.Size(200,20))
2505                name.SetEditable(False)
2506                scale = wx.TextCtrl(panel,id,'%.3f'%(item[0]),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
2507                scale.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,self.OnScaleChange)
2508                scale.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,self.OnScaleChange)
2509                dataGridSizer.Add(scale,0,wx.LEFT,10)
2510                dataGridSizer.Add(name,0,wx.RIGHT,10)
2511            if dataType:
2512                dataGridSizer.Add(wx.StaticText(panel,-1,'Sum result name: '+dataType),0, \
2513                    wx.LEFT|wx.TOP|wx.ALIGN_CENTER_VERTICAL,10)
2514                self.name = wx.TextCtrl(panel,-1,self.data[-1],size=wx.Size(200,20),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
2515                self.name.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,self.OnNameChange)
2516                self.name.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,self.OnNameChange)
2517                dataGridSizer.Add(self.name,0,wx.RIGHT|wx.TOP,10)
2518            mainSizer.Add(dataGridSizer,0,wx.EXPAND)
2519            OkBtn = wx.Button(panel,-1,"Ok")
2520            OkBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnOk)
2521            cancelBtn = wx.Button(panel,-1,"Cancel")
2522            cancelBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnCancel)
2523            btnSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
2524            btnSizer.Add((20,20),1)
2525            btnSizer.Add(OkBtn)
2526            btnSizer.Add((20,20),1)
2527            btnSizer.Add(cancelBtn)
2528            btnSizer.Add((20,20),1)
2529           
2530            mainSizer.Add(btnSizer,0,wx.EXPAND|wx.BOTTOM|wx.TOP, 10)
2531            panel.SetSizer(mainSizer)
2532            panel.Fit()
2533            self.Fit()
2534
2535        def OnScaleChange(self,event):
2536            id = event.GetId()
2537            value = self.FindWindowById(id).GetValue()
2538            try:
2539                self.data[id][0] = float(value)
2540                self.FindWindowById(id).SetValue('%.3f'%(self.data[id][0]))
2541            except ValueError:
2542                if value and '-' not in value[0]:
2543                    print 'bad input - numbers only'
2544                    self.FindWindowById(id).SetValue('0.000')
2545           
2546        def OnNameChange(self,event):
2547            self.data[-1] = self.name.GetValue() 
2548           
2549        def OnOk(self,event):
2550            parent = self.GetParent()
2551            parent.Raise()
2552            self.EndModal(wx.ID_OK)             
2553           
2554        def OnCancel(self,event):
2555            parent = self.GetParent()
2556            parent.Raise()
2557            self.EndModal(wx.ID_CANCEL)             
2558           
2559        def GetData(self):
2560            return self.data
2561                       
2562    def OnPwdrSum(self,event):
2563        'Sum together powder data(?)'
2564        TextList = []
2565        DataList = []
2566        SumList = []
2567        Names = []
2568        Inst = None
2569        SumItemList = []
2570        Comments = ['Sum equals: \n']
2571        if self.PatternTree.GetCount():
2572            item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
2573            while item:
2574                name = self.PatternTree.GetItemText(item)
2575                Names.append(name)
2576                if 'PWDR' in name:
2577                    TextList.append([0.0,name])
2578                    DataList.append(self.PatternTree.GetItemPyData(item)[1])    # (x,y,w,yc,yb,yd)
2579                    if not Inst:
2580                        Inst = self.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(self,item, 'Instrument Parameters'))
2581                item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)
2582            if len(TextList) < 2:
2583                self.ErrorDialog('Not enough data to sum','There must be more than one "PWDR" pattern')
2584                return
2585            TextList.append('default_sum_name')               
2586            dlg = self.SumDialog(self,'Sum data','Enter scale for each pattern in summation','PWDR',TextList)
2587            try:
2588                if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
2589                    lenX = 0
2590                    Xminmax = [0,0]
2591                    Xsum = []
2592                    Ysum = []
2593                    Vsum = []
2594                    result = dlg.GetData()
2595                    for i,item in enumerate(result[:-1]):
2596                        scale,name = item
2597                        data = DataList[i]
2598                        if scale:
2599                            Comments.append("%10.3f %s" % (scale,' * '+name))
2600                            x,y,w,yc,yb,yd = data   #numpy arrays!
2601                            v = 1./w
2602                            if lenX:
2603                                if lenX != len(x):
2604                                    self.ErrorDialog('Data length error','Data to be summed must have same number of points'+ \
2605                                        '\nExpected:'+str(lenX)+ \
2606                                        '\nFound:   '+str(len(x))+'\nfor '+name)
2607                                    return
2608                            else:
2609                                lenX = len(x)
2610                            if Xminmax[1]:
2611                                if Xminmax != [x[0],x[-1]]:
2612                                    self.ErrorDialog('Data range error','Data to be summed must span same range'+ \
2613                                        '\nExpected:'+str(Xminmax[0])+' '+str(Xminmax[1])+ \
2614                                        '\nFound:   '+str(x[0])+' '+str(x[-1])+'\nfor '+name)
2615                                    return
2616                                else:
2617                                    for j,yi in enumerate(y):
2618                                         Ysum[j] += scale*yi
2619                                         Vsum[j] += abs(scale)*v[j]
2620                            else:
2621                                Xminmax = [x[0],x[-1]]
2622                                YCsum = YBsum = YDsum = [0.0 for i in range(lenX)]
2623                                for j,yi in enumerate(y):
2624                                    Xsum.append(x[j])
2625                                    Ysum.append(scale*yi)
2626                                    Vsum.append(abs(scale*v[j]))
2627                    Wsum = 1./np.array(Vsum)
2628                    outname = 'PWDR '+result[-1]
2629                    Id = 0
2630                    if outname in Names:
2631                        dlg2 = wx.MessageDialog(self,'Overwrite data?','Duplicate data name',wx.OK|wx.CANCEL)
2632                        try:
2633                            if dlg2.ShowModal() == wx.ID_OK:
2634                                Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,name)
2635                                self.PatternTree.Delete(Id)
2636                        finally:
2637                            dlg2.Destroy()
2638                    Id = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text=outname)
2639                    if Id:
2640                        Sample = G2pdG.SetDefaultSample()
2641                        valuesdict = {
2642                            'wtFactor':1.0,
2643                            'Dummy':False,
2644                            'ranId':ran.randint(0,sys.maxint),
2645                            'Offset':[0.0,0.0],'delOffset':0.02,'refOffset':-1.0,'refDelt':0.01,
2646                            'qPlot':False,'dPlot':False,'sqrtPlot':False
2647                            }
2648                        self.PatternTree.SetItemPyData(Id,[valuesdict,[np.array(Xsum),np.array(Ysum),np.array(Wsum),
2649                            np.array(YCsum),np.array(YBsum),np.array(YDsum)]])
2650                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Comments'),Comments)                   
2651                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Limits'),[tuple(Xminmax),Xminmax])
2652                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Background'),[['chebyschev',True,3,1.0,0.0,0.0],
2653                            {'nDebye':0,'debyeTerms':[],'nPeaks':0,'peaksList':[]}])
2654                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Instrument Parameters'),Inst)
2655                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Sample Parameters'),Sample)
2656                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Peak List'),{'peaks':[],'sigDict':{}})
2657                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Index Peak List'),[[],[]])
2658                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Unit Cells List'),[])             
2659                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Reflection Lists'),{})             
2660                        self.PatternTree.SelectItem(Id)
2661                        self.PatternTree.Expand(Id)
2662            finally:
2663                dlg.Destroy()
2664
2665    def OnImageSum(self,event):
2666        'Sum together image data(?)'
2667        TextList = []
2668        DataList = []
2669        SumList = []
2670        Names = []
2671        Inst = []
2672        SumItemList = []
2673        Comments = ['Sum equals: \n']
2674        if self.PatternTree.GetCount():
2675            item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
2676            while item:
2677                name = self.PatternTree.GetItemText(item)
2678                Names.append(name)
2679                if 'IMG' in name:
2680                    TextList.append([0.0,name])
2681                    DataList.append(self.PatternTree.GetItemPyData(item))        #Size,Image
2682                    Data = self.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(self,item,'Image Controls'))
2683                item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)
2684            if len(TextList) < 2:
2685                self.ErrorDialog('Not enough data to sum','There must be more than one "IMG" pattern')
2686                return
2687            TextList.append('default_sum_name')               
2688            dlg = self.SumDialog(self,'Sum data','Enter scale for each image in summation','IMG',TextList)
2689            try:
2690                if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
2691                    imSize = 0
2692                    result = dlg.GetData()
2693                    First = True
2694                    Found = False
2695                    for i,item in enumerate(result[:-1]):
2696                        scale,name = item
2697                        data = DataList[i]
2698                        if scale:
2699                            Found = True                               
2700                            Comments.append("%10.3f %s" % (scale,' * '+name))
2701                            Npix,imagefile = data
2702                            image = G2IO.GetImageData(self,imagefile,imageOnly=True)
2703                            if First:
2704                                newImage = np.zeros_like(image)
2705                                First = False
2706                            if imSize:
2707                                if imSize != Npix:
2708                                    self.ErrorDialog('Image size error','Images to be summed must be same size'+ \
2709                                        '\nExpected:'+str(imSize)+ \
2710                                        '\nFound:   '+str(Npix)+'\nfor '+name)
2711                                    return
2712                                newImage = newImage+scale*image
2713                            else:
2714                                imSize = Npix
2715                                newImage = newImage+scale*image
2716                            del(image)
2717                    if not Found:
2718                        self.ErrorDialog('Image sum error','No nonzero image multipliers found')
2719                        return
2720                       
2721                    newImage = np.asfarray(newImage,dtype=np.float32)                       
2722                    outname = 'IMG '+result[-1]
2723                    Id = 0
2724                    if outname in Names:
2725                        dlg2 = wx.MessageDialog(self,'Overwrite data?','Duplicate data name',wx.OK|wx.CANCEL)
2726                        try:
2727                            if dlg2.ShowModal() == wx.ID_OK:
2728                                Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,name)
2729                        finally:
2730                            dlg2.Destroy()
2731                    else:
2732                        Id = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text=outname)
2733                    if Id:
2734                        dlg = wx.FileDialog(self, 'Choose sum image filename', '.', '', 
2735                            'G2img files (*.G2img)|*.G2img', 
2736                            wx.SAVE|wx.FD_OVERWRITE_PROMPT|wx.CHANGE_DIR)
2737                        if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
2738                            newimagefile = dlg.GetPath()
2739                            newimagefile = G2IO.FileDlgFixExt(dlg,newimagefile)
2740                            G2IO.PutG2Image(newimagefile,Comments,Data,Npix,newImage)
2741                            Imax = np.amax(newImage)
2742                            Imin = np.amin(newImage)
2743                            newImage = []
2744                            self.PatternTree.SetItemPyData(Id,[imSize,newimagefile])
2745                            self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Comments'),Comments)
2746                        del(newImage)
2747                        if self.imageDefault:
2748                            Data = copy.copy(self.imageDefault)
2749                        Data['showLines'] = True
2750                        Data['ring'] = []
2751                        Data['rings'] = []
2752                        Data['cutoff'] = 10
2753                        Data['pixLimit'] = 20
2754                        Data['ellipses'] = []
2755                        Data['calibrant'] = ''
2756                        Data['range'] = [(Imin,Imax),[Imin,Imax]]
2757                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Image Controls'),Data)                                           
2758                        Masks = {'Points':[],'Rings':[],'Arcs':[],'Polygons':[],'Frames':[],'Thresholds':[(Imin,Imax),[Imin,Imax]]}
2759                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Masks'),Masks)
2760                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Stress/Strain'),
2761                            {'Type':'True','d-zero':[],'Sample phi':0.0,'Sample z':0.0,'Sample load':0.0})
2762                        self.PatternTree.SelectItem(Id)
2763                        self.PatternTree.Expand(Id)
2764                        self.PickId = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,outname)
2765                        self.Image = self.PickId
2766            finally:
2767                dlg.Destroy()
2768                     
2769    def OnAddPhase(self,event):
2770        'Add a new, empty phase to the tree. Called by Data/Add Phase menu'
2771        if not G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases'):
2772            sub = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text='Phases')
2773        else:
2774            sub = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases')
2775        PhaseName = ''
2776        dlg = wx.TextEntryDialog(None,'Enter a name for this phase','Phase Name Entry','New phase',
2777            style=wx.OK)
2778        if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
2779            PhaseName = dlg.GetValue()
2780        dlg.Destroy()
2781        sub = self.PatternTree.AppendItem(parent=sub,text=PhaseName)
2782        E,SGData = G2spc.SpcGroup('P 1')
2783        self.PatternTree.SetItemPyData(sub,G2IO.SetNewPhase(Name=PhaseName,SGData=SGData))
2784       
2785    def OnDeletePhase(self,event):
2786        'Delete a phase from the tree. Called by Data/Delete Phase menu'
2787        #Hmm, also need to delete this phase from Reflection Lists for each PWDR histogram
2788        if self.dataFrame:
2789            self.dataFrame.Clear() 
2790        TextList = []
2791        DelList = []
2792        DelItemList = []
2793        if G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases'):
2794            sub = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases')
2795        else:
2796            return
2797        if sub:
2798            item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(sub)
2799            while item:
2800                TextList.append(self.PatternTree.GetItemText(item))
2801                item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(sub, cookie)               
2802            dlg = wx.MultiChoiceDialog(self, 'Which phase to delete?', 'Delete phase', TextList, wx.CHOICEDLG_STYLE)
2803            try:
2804                if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
2805                    result = dlg.GetSelections()
2806                    for i in result: DelList.append([i,TextList[i]])
2807                    item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(sub)
2808                    i = 0
2809                    while item:
2810                        if [i,self.PatternTree.GetItemText(item)] in DelList: DelItemList.append(item)
2811                        item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(sub, cookie)
2812                        i += 1
2813                    for item in DelItemList:
2814                        name = self.PatternTree.GetItemText(item)
2815                        self.PatternTree.Delete(item)
2816                        self.G2plotNB.Delete(name)
2817                    item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
2818                    while item:
2819                        name = self.PatternTree.GetItemText(item)
2820                        if 'PWDR' in name:
2821                            Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,item, 'Reflection Lists')
2822                            refList = self.PatternTree.GetItemPyData(Id)
2823                            if len(refList):
2824                                for i,item in DelList:
2825                                    if item in refList:
2826                                        del(refList[item])
2827                            self.PatternTree.SetItemPyData(Id,refList)
2828                        item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)
2829            finally:
2830                dlg.Destroy()
2831               
2832    def OnRenameData(self,event):
2833        'Renames an existing phase. Called by Data/Rename Phase menu'
2834        name = self.PatternTree.GetItemText(self.PickId)     
2835        if 'PWDR' in name or 'HKLF' in name or 'IMG' in name:
2836            dataType = name[:name.index(' ')+1]                 #includes the ' '
2837            dlg = wx.TextEntryDialog(self,'Data name: '+dataType,'Change data name',
2838                defaultValue=name[name.index(' ')+1:])
2839            try:
2840                if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
2841                    self.PatternTree.SetItemText(self.PickId,dataType+dlg.GetValue())
2842            finally:
2843                dlg.Destroy()
2844       
2845    def GetFileList(self,fileType,skip=None):        #potentially useful?
2846        'Appears unused. Note routine of same name in GSASIIpwdGUI'
2847        fileList = []
2848        Source = ''
2849        id, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
2850        while id:
2851            name = self.PatternTree.GetItemText(id)
2852            if fileType in name:
2853                if id == skip:
2854                    Source = name
2855                else:
2856                    fileList.append([False,name,id])
2857            id, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)
2858        if skip:
2859            return fileList,Source
2860        else:
2861            return fileList
2862           
2863    def OnDataDelete(self, event):
2864        '''Delete one or more histograms from data tree. Called by the
2865        Data/DeleteData menu
2866        '''
2867        TextList = []
2868        DelList = []
2869        DelItemList = []
2870        nItems = {'PWDR':0,'SASD':0,'IMG':0,'HKLF':0,'PDF':0}
2871        ifPWDR = False
2872        ifSASD = False
2873        ifIMG = False
2874        ifHKLF = False
2875        ifPDF = False
2876        if self.PatternTree.GetCount():
2877            item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
2878            while item:
2879                name = self.PatternTree.GetItemText(item)
2880                if name not in ['Notebook','Controls','Covariance','Constraints',
2881                    'Restraints','Phases','Rigid bodies','Sequential results']:
2882                    if 'PWDR' in name: ifPWDR = True; nItems['PWDR'] += 1
2883                    if 'SASD' in name: ifSASD = True; nItems['SASD'] += 1
2884                    if 'IMG' in name: ifIMG = True; nItems['IMG'] += 1
2885                    if 'HKLF' in name: ifHKLF = True; nItems['HKLF'] += 1
2886                    if 'PDF' in name: ifPDF = True; nItems['PDF'] += 1
2887                    TextList.append(name)
2888                item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)
2889            dlg = G2G.G2MultiChoiceDialog(self, 'Which data to delete?', 'Delete data', TextList, wx.CHOICEDLG_STYLE)
2890            try:
2891                if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
2892                    result = dlg.GetSelections()
2893                    for i in result: DelList.append(TextList[i])
2894                    item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
2895                    while item:
2896                        itemName = self.PatternTree.GetItemText(item)
2897                        if itemName in DelList:
2898                            if 'PWDR' in itemName: nItems['PWDR'] -= 1
2899                            elif 'SASD' in itemName: nItems['SASD'] -= 1
2900                            elif 'IMG' in itemName: nItems['IMG'] -= 1
2901                            elif 'HKLF' in itemName: nItems['HKLF'] -= 1
2902                            elif 'PDF' in itemName: nItems['PDF'] -= 1
2903                            DelItemList.append(item)
2904                        item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)
2905                    for item in DelItemList:
2906                        self.PatternTree.Delete(item)
2907                    self.PickId = 0
2908                    self.PickIdText = None
2909                    self.PatternId = 0
2910                    if nItems['PWDR']:
2911                        wx.CallAfter(G2plt.PlotPatterns,self,True)
2912                    else:
2913                        self.G2plotNB.Delete('Powder Patterns')
2914                    if not nItems['IMG']:
2915                        self.G2plotNB.Delete('2D Powder Image')
2916                    if not nItems['HKLF']:
2917                        self.G2plotNB.Delete('Structure Factors')
2918                        if '3D Structure Factors' in self.G2plotNB.plotList:
2919                            self.G2plotNB.Delete('3D Structure Factors')
2920            finally:
2921                dlg.Destroy()
2922
2923    def OnFileOpen(self, event, filename=None):
2924        '''Gets a GSAS-II .gpx project file in response to the
2925        File/Open Project menu button
2926        '''
2927        result = wx.ID_OK
2928        self.EnablePlot = False
2929        if self.PatternTree.GetChildrenCount(self.root,False):
2930            if self.dataFrame:
2931                self.dataFrame.Clear() 
2932            dlg = wx.MessageDialog(
2933                self,
2934                'Do you want to overwrite the current project? '
2935                'Any unsaved changes will be lost. Press OK to continue.',
2936                'Overwrite?',  wx.OK | wx.CANCEL)
2937            try:
2938                result = dlg.ShowModal()
2939                if result == wx.ID_OK:
2940                    self.PatternTree.DeleteChildren(self.root)
2941                    self.GSASprojectfile = ''
2942                    if self.HKL: self.HKL = []
2943                    if self.G2plotNB.plotList:
2944                        self.G2plotNB.clear()
2945            finally:
2946                dlg.Destroy()
2947        if result != wx.ID_OK: return
2948
2949        if not filename:
2950            if self.dataDisplay: self.dataDisplay.Destroy()
2951            dlg = wx.FileDialog(self, 'Choose GSAS-II project file', '.', '', 
2952                'GSAS-II project file (*.gpx)|*.gpx',wx.OPEN|wx.CHANGE_DIR)
2953            try:
2954                if dlg.ShowModal() != wx.ID_OK: return
2955                self.GSASprojectfile = dlg.GetPath()
2956                self.GSASprojectfile = G2IO.FileDlgFixExt(dlg,self.GSASprojectfile)
2957                self.dirname = dlg.GetDirectory()
2958            finally:
2959                dlg.Destroy()
2960        else:
2961            self.GSASprojectfile = os.path.splitext(filename)[0]+'.gpx'
2962            self.dirname = os.path.split(filename)[0]
2963
2964        try:
2965            self.StartProject()         #open the file if possible
2966        except:
2967            print '\nError opening file ',filename
2968            import traceback
2969            print traceback.format_exc()
2970       
2971    def StartProject(self):
2972        '''Opens a GSAS-II project file & selects the 1st available data set to
2973        display (PWDR, HKLF or SASD)
2974        '''
2975       
2976        Id = 0
2977        G2IO.ProjFileOpen(self)
2978        self.PatternTree.SetItemText(self.root,'Loaded Data: '+self.GSASprojectfile)
2979        self.PatternTree.Expand(self.root)
2980        self.HKL = []
2981        item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
2982        while item and not Id:
2983            name = self.PatternTree.GetItemText(item)
2984            if name[:4] in ['PWDR','HKLF','IMG ','PDF ','SASD',]:
2985                Id = item
2986            elif name == 'Controls':
2987                data = self.PatternTree.GetItemPyData(item)
2988                if data:
2989                    for item in self.Refine: item.Enable(True)
2990                    self.EnableSeqRefineMenu()
2991            item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)
2992        if Id:
2993            self.EnablePlot = True
2994            self.PatternTree.SelectItem(Id)
2995        self.CheckNotebook()
2996        if self.dirname: os.chdir(self.dirname)           # to get Mac/Linux to change directory!
2997
2998    def OnFileClose(self, event):
2999        '''Clears the data tree in response to the
3000        File/New Project menu button. User is given option to save
3001        the project.
3002        '''
3003        if self.dataFrame:
3004            self.dataFrame.Clear()
3005            self.dataFrame.SetLabel('GSAS-II data display') 
3006        dlg = wx.MessageDialog(self, 'Save current project?', ' ', wx.YES | wx.NO | wx.CANCEL)
3007        try:
3008            result = dlg.ShowModal()
3009            if result == wx.ID_OK:
3010                self.OnFileSaveMenu(event)
3011            if result != wx.ID_CANCEL:
3012                self.GSASprojectfile = ''
3013                self.PatternTree.SetItemText(self.root,'Loaded Data: ')
3014                self.PatternTree.DeleteChildren(self.root)
3015                if self.HKL: self.HKL = []
3016                if self.G2plotNB.plotList:
3017                    self.G2plotNB.clear()
3018        finally:
3019            dlg.Destroy()
3020
3021    def OnFileSave(self, event):
3022        '''Save the current project in response to the
3023        File/Save Project menu button
3024        '''
3025       
3026        if self.GSASprojectfile: 
3027            self.PatternTree.SetItemText(self.root,'Loaded Data: '+self.GSASprojectfile)
3028            G2IO.ProjFileSave(self)
3029        else:
3030            self.OnFileSaveas(event)
3031
3032    def OnFileSaveas(self, event):
3033        '''Save the current project in response to the
3034        File/Save as menu button
3035        '''
3036        dlg = wx.FileDialog(self, 'Choose GSAS-II project file name', '.', '', 
3037            'GSAS-II project file (*.gpx)|*.gpx',wx.FD_SAVE|wx.FD_OVERWRITE_PROMPT|wx.CHANGE_DIR)
3038        try:
3039            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
3040                self.GSASprojectfile = dlg.GetPath()
3041                self.GSASprojectfile = G2IO.FileDlgFixExt(dlg,self.GSASprojectfile)
3042                self.PatternTree.SetItemText(self.root,'Saving project as'+self.GSASprojectfile)
3043                self.SetTitle("GSAS-II data tree: "+os.path.split(self.GSASprojectfile)[1])
3044                G2IO.ProjFileSave(self)
3045                os.chdir(dlg.GetDirectory())           # to get Mac/Linux to change directory!
3046        finally:
3047            dlg.Destroy()
3048
3049    def ExitMain(self, event):
3050        '''Called if the main window is closed'''
3051        if self.undofile:
3052            os.remove(self.undofile)
3053        sys.exit()
3054       
3055    def OnFileExit(self, event):
3056        '''Called in response to the File/Quit menu button'''
3057        if self.dataFrame:
3058            self.dataFrame.Clear() 
3059            self.dataFrame.Destroy()
3060        self.Close()
3061       
3062    def OnExportPeakList(self,event):
3063        dlg = wx.FileDialog(self, 'Choose output peak list file name', '.', '', 
3064            '(*.*)|*.*',wx.FD_SAVE|wx.FD_OVERWRITE_PROMPT|wx.CHANGE_DIR)
3065        try:
3066            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
3067                self.peaklistfile = dlg.GetPath()
3068                self.peaklistfile = G2IO.FileDlgFixExt(dlg,self.peaklistfile)
3069                file = open(self.peaklistfile,'w')               
3070                item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
3071                while item:
3072                    name = self.PatternTree.GetItemText(item)
3073                    if 'PWDR' in name:
3074                        item2, cookie2 = self.PatternTree.GetFirstChild(item)
3075                        while item2:
3076                            name2 = self.PatternTree.GetItemText(item2)
3077                            if name2 == 'Peak List':
3078                                peaks = self.PatternTree.GetItemPyData(item2)['peaks']
3079                                file.write("%s \n" % (name+' Peak List'))
3080                                if len(peaks[0]) == 8:
3081                                    file.write('%10s %12s %10s %10s %10s\n'%('pos','int','sig','gam','FWHM'))
3082                                else:
3083                                    file.write('%10s %12s %10s %10s %10s %10s %10s\n'%('pos','int','alp','bet','sig','gam','FWHM'))                                   
3084                                for peak in peaks:
3085                                    if len(peak) == 8:  #CW
3086                                        FWHM = G2pwd.getgamFW(peak[6],peak[4])
3087                                        file.write("%10.5f %12.2f %10.5f %10.5f %10.5f \n" % \
3088                                            (peak[0],peak[2],np.sqrt(max(0.0001,peak[4]))/100.,peak[6]/100.,FWHM/100.)) #convert to deg
3089                                    else:               #TOF - more cols
3090                                        FWHM = G2pwd.getgamFW(peak[10],peak[8])
3091                                        file.write("%10.5f %12.2f %10.3f %10.3f %10.3f %10.3f %10.3f\n" % \
3092                                            (peak[0],peak[2],peak[4],peak[6],peak[8],peak[10],FWHM))
3093                            item2, cookie2 = self.PatternTree.GetNextChild(item, cookie2)                           
3094                    item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)                           
3095                file.close()
3096        finally:
3097            dlg.Destroy()
3098       
3099    def OnExportHKL(self,event):
3100        dlg = wx.FileDialog(self, 'Choose output reflection list file name', '.', '', 
3101            '(*.*)|*.*',wx.FD_SAVE|wx.FD_OVERWRITE_PROMPT|wx.CHANGE_DIR)
3102        try:
3103            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
3104                self.peaklistfile = dlg.GetPath()
3105                self.peaklistfile = G2IO.FileDlgFixExt(dlg,self.peaklistfile)
3106                file = open(self.peaklistfile,'w')               
3107                item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
3108                while item:
3109                    name = self.PatternTree.GetItemText(item)
3110                    if 'PWDR' in name:
3111                        item2, cookie2 = self.PatternTree.GetFirstChild(item)
3112                        while item2:
3113                            name2 = self.PatternTree.GetItemText(item2)
3114                            if name2 == 'Reflection Lists':
3115                                data = self.PatternTree.GetItemPyData(item2)
3116                                phases = data.keys()
3117                                for phase in phases:
3118                                    peaks = data[phase]
3119                                    file.write("%s %s %s \n" % (name,phase,' Reflection List'))
3120                                    if 'T' in peaks.get('Type','PXC'):
3121                                        file.write('%s \n'%('   h   k   l   m    d-space     TOF         wid        F**2'))
3122                                    else:               
3123                                        file.write('%s \n'%('   h   k   l   m    d-space   2-theta       wid        F**2'))
3124                                    for peak in peaks['RefList']:
3125                                        FWHM = G2pwd.getgamFW(peak[7],peak[6])/50.      #to get delta-2-theta in deg.
3126                                        if 'T' in peaks.get('Type','PXC'):
3127                                            file.write(" %3d %3d %3d %3d %10.5f %10.2f %10.5f %10.3f \n" % \
3128                                                (int(peak[0]),int(peak[1]),int(peak[2]),int(peak[3]),peak[4],peak[5],FWHM,peak[8]))
3129                                        else:
3130                                            file.write(" %3d %3d %3d %3d %10.5f %10.5f %10.5f %10.3f \n" % \
3131                                                (int(peak[0]),int(peak[1]),int(peak[2]),int(peak[3]),peak[4],peak[5],FWHM,peak[8]))
3132                            item2, cookie2 = self.PatternTree.GetNextChild(item, cookie2)                           
3133                    item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)                           
3134                file.close()
3135        finally:
3136            dlg.Destroy()
3137       
3138    def OnExportPDF(self,event):
3139        #need S(Q) and G(R) to be saved here - probably best from selection?
3140        names = ['All']
3141        exports = []
3142        item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
3143        while item:
3144            name = self.PatternTree.GetItemText(item)
3145            if 'PDF' in name:
3146                names.append(name)
3147            item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)
3148        if names:
3149            dlg = wx.MultiChoiceDialog(self,'Select','PDF patterns to export',names)
3150            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
3151                sel = dlg.GetSelections()
3152                if sel[0] == 0:
3153                    exports = names[1:]
3154                else:
3155                    for x in sel:
3156                        exports.append(names[x])
3157            dlg.Destroy()
3158        if exports:
3159            G2IO.PDFSave(self,exports)
3160       
3161    def OnMakePDFs(self,event):
3162        '''Calculates PDFs
3163        '''
3164        sind = lambda x: math.sin(x*math.pi/180.)
3165        tth2q = lambda t,w:4.0*math.pi*sind(t/2.0)/w
3166        TextList = ['All PWDR']
3167        PDFlist = []
3168        Names = []
3169        if self.PatternTree.GetCount():
3170            id, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
3171            while id:
3172                name = self.PatternTree.GetItemText(id)
3173                Names.append(name)
3174                if 'PWDR' in name:
3175                    TextList.append(name)
3176                id, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)
3177            if len(TextList) == 1:
3178                self.ErrorDialog('Nothing to make PDFs for','There must be at least one "PWDR" pattern')
3179                return
3180            dlg = wx.MultiChoiceDialog(self,'Make PDF controls','Make PDF controls for:',TextList, wx.CHOICEDLG_STYLE)
3181            try:
3182                if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
3183                    result = dlg.GetSelections()
3184                    for i in result: PDFlist.append(TextList[i])
3185                    if 0 in result:
3186                        PDFlist = [item for item in TextList if item[:4] == 'PWDR']                       
3187                    for item in PDFlist:
3188                        PWDRname = item[4:]
3189                        Id = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text='PDF '+PWDRname)
3190                        Data = {
3191                            'Sample':{'Name':item,'Mult':1.0,'Add':0.0},
3192                            'Sample Bkg.':{'Name':'','Mult':-1.0,'Add':0.0},
3193                            'Container':{'Name':'','Mult':-1.0,'Add':0.0},
3194                            'Container Bkg.':{'Name':'','Mult':-1.0,'Add':0.0},'ElList':{},
3195                            'Geometry':'Cylinder','Diam':1.0,'Pack':0.50,'Form Vol':10.0,
3196                            'DetType':'Image plate','ObliqCoeff':0.2,'Ruland':0.025,'QScaleLim':[0,100],
3197                            'Lorch':True,}
3198                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='PDF Controls'),Data)
3199                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='I(Q)'+PWDRname),[])       
3200                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='S(Q)'+PWDRname),[])       
3201                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='F(Q)'+PWDRname),[])       
3202                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='G(R)'+PWDRname),[])       
3203                for item in self.ExportPDF: item.Enable(True)
3204            finally:
3205                dlg.Destroy()
3206               
3207    def GetPWDRdatafromTree(self,PWDRname):
3208        ''' Returns powder data from GSASII tree
3209
3210        :param str PWDRname: a powder histogram name as obtained from
3211          :meth:`GSASIIstruct.GetHistogramNames`
3212
3213        :returns: PWDRdata = powder data dictionary with
3214          Powder data arrays, Limits, Instrument Parameters,
3215          Sample Parameters           
3216        '''
3217        PWDRdata = {}
3218        try:
3219            PWDRdata.update(self.PatternTree.GetItemPyData(PWDRname)[0])            #wtFactor + ?
3220        except ValueError:
3221            PWDRdata['wtFactor'] = 1.0
3222        PWDRdata['Data'] = self.PatternTree.GetItemPyData(PWDRname)[1]          #powder data arrays
3223        PWDRdata['Limits'] = self.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(self,PWDRname,'Limits'))
3224        PWDRdata['Background'] = self.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(self,PWDRname,'Background'))
3225        PWDRdata['Instrument Parameters'] = self.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(self,PWDRname,'Instrument Parameters'))
3226        PWDRdata['Sample Parameters'] = self.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(self,PWDRname,'Sample Parameters'))
3227        PWDRdata['Reflection Lists'] = self.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(self,PWDRname,'Reflection Lists'))
3228        if 'ranId' not in PWDRdata:  # patch, add a random Id
3229            PWDRdata['ranId'] = ran.randint(0,sys.maxint)
3230        if 'ranId' not in PWDRdata['Sample Parameters']:  # I hope this becomes obsolete at some point
3231            PWDRdata['Sample Parameters']['ranId'] = PWDRdata['ranId']
3232        return PWDRdata
3233
3234    def GetHKLFdatafromTree(self,HKLFname):
3235        ''' Returns single crystal data from GSASII tree
3236
3237        :param str HKLFname: a single crystal histogram name as obtained
3238          from
3239          :meth:`GSASIIstruct.GetHistogramNames`
3240
3241        :returns: HKLFdata = single crystal data list of reflections
3242
3243        '''
3244        HKLFdata = {}
3245        HKLFdata.update(self.PatternTree.GetItemPyData(HKLFname)[0])            #wtFactor + ?
3246#        try:
3247#            HKLFdata.update(self.PatternTree.GetItemPyData(HKLFname)[0])            #wtFactor + ?
3248#        except ValueError:
3249#            HKLFdata['wtFactor'] = 1.0
3250        HKLFdata['Data'] = self.PatternTree.GetItemPyData(HKLFname)[1]
3251        HKLFdata['Instrument Parameters'] = self.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(self,HKLFname,'Instrument Parameters'))
3252        return HKLFdata
3253       
3254    def GetPhaseData(self):
3255        '''Returns a dict with defined phases.
3256        Note routine :func:`GSASIIstrIO.GetPhaseData` also exists to
3257        get same info from GPX file.
3258        '''
3259        phaseData = {}
3260        if G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases'):
3261            sub = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases')
3262        else:
3263            print 'no phases found in GetPhaseData'
3264            sub = None
3265        if sub:
3266            item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(sub)
3267            while item:
3268                phaseName = self.PatternTree.GetItemText(item)
3269                phaseData[phaseName] =  self.PatternTree.GetItemPyData(item)
3270                if 'ranId' not in phaseData[phaseName]:
3271                    phaseData[phaseName]['ranId'] = ran.randint(0,sys.maxint)         
3272                item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(sub, cookie)
3273        return phaseData
3274
3275    def GetPhaseInfofromTree(self):
3276        '''Get the phase names and their rId values,
3277        also the histograms used in each phase.
3278
3279        :returns: (phaseRIdList, usedHistograms) where
3280
3281          * phaseRIdList is a list of random Id values for each phase
3282          * usedHistograms is a dict where the keys are the phase names
3283            and the values for each key are a list of the histogram names
3284            used in each phase.
3285        '''
3286        phaseRIdList = []
3287        usedHistograms = {}
3288        sub = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases')
3289        if sub:
3290            item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(sub)
3291            while item:
3292                phaseName = self.PatternTree.GetItemText(item)
3293                ranId = self.PatternTree.GetItemPyData(item).get('ranId')
3294                if ranId: phaseRIdList.append(ranId)
3295                data = self.PatternTree.GetItemPyData(item)
3296                UseList = data['Histograms']
3297                usedHistograms[phaseName] = UseList.keys()
3298                item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(sub, cookie)
3299        return phaseRIdList,usedHistograms
3300
3301    def GetPhaseNames(self):
3302        '''Returns a list of defined phases.
3303        Note routine :func:`GSASIIstrIO.GetPhaseNames` also exists to
3304        get same info from GPX file.
3305        '''
3306        phaseNames = []
3307        if G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases'):
3308            sub = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases')
3309        else:
3310            print 'no phases found in GetPhaseNames'
3311            sub = None
3312        if sub:
3313            item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(sub)
3314            while item:
3315                phase = self.PatternTree.GetItemText(item)
3316                phaseNames.append(phase)
3317                item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(sub, cookie)
3318        return phaseNames
3319   
3320    def GetHistogramNames(self,hType):
3321        """ Returns a list of histogram names found in the GSASII data tree
3322        Note routine :func:`GSASIIstrIO.GetHistogramNames` also exists to
3323        get same info from GPX file.
3324       
3325        :param str hType: list of histogram types
3326        :return: list of histogram names
3327       
3328        """
3329        HistogramNames = []
3330        if self.PatternTree.GetCount():
3331            item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
3332            while item:
3333                name = self.PatternTree.GetItemText(item)
3334                if name[:4] in hType:
3335                    HistogramNames.append(name)       
3336                item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)               
3337
3338        return HistogramNames
3339                   
3340    def GetUsedHistogramsAndPhasesfromTree(self):
3341        ''' Returns all histograms that are found in any phase
3342        and any phase that uses a histogram.
3343        This also assigns numbers to used phases and histograms by the
3344        order they appear in the file.
3345        Note routine :func:`GSASIIstrIO.GetUsedHistogramsAndPhasesfromTree` also exists to
3346        get same info from GPX file.
3347
3348        :returns: (Histograms,Phases)
3349
3350            * Histograms = dictionary of histograms as {name:data,...}
3351            * Phases = dictionary of phases that use histograms
3352        '''
3353        Histograms = {}
3354        Phases = {}
3355        phaseNames = self.GetPhaseNames()
3356        phaseData = self.GetPhaseData()
3357        histoList = self.GetHistogramNames(['PWDR','HKLF'])
3358
3359        for phase in phaseData:
3360            Phase = phaseData[phase]
3361            pId = phaseNames.index(phase)
3362            Phase['pId'] = pId
3363            if Phase['Histograms']:
3364                if phase not in Phases:
3365                    Phases[phase] = Phase
3366                for hist in Phase['Histograms']:
3367                    if 'Use' not in Phase['Histograms'][hist]:      #patch: add Use flag as True
3368                        Phase['Histograms'][hist]['Use'] = True         
3369                    if hist not in Histograms and Phase['Histograms'][hist]['Use']:
3370                        item = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,hist)
3371                        if item:
3372                            if 'PWDR' in hist[:4]: 
3373                                Histograms[hist] = self.GetPWDRdatafromTree(item)
3374                            elif 'HKLF' in hist[:4]:
3375                                Histograms[hist] = self.GetHKLFdatafromTree(item)
3376                            hId = histoList.index(hist)
3377                            Histograms[hist]['hId'] = hId
3378                        else: # would happen if a referenced histogram were renamed or deleted
3379                            print('For phase "'+str(phase)+
3380                                  '" unresolved reference to histogram "'+str(hist)+'"')
3381        #G2obj.IndexAllIds(Histograms=Histograms,Phases=Phases)
3382        G2obj.IndexAllIds(Histograms=Histograms,Phases=phaseData)
3383        return Histograms,Phases
3384       
3385    def MakeLSParmDict(self):
3386        '''Load all parameters used for computation from the tree into a
3387        dict of paired values [value, refine flag]. Note that this is
3388        different than the parmDict used in the refinement, which only has
3389        values.
3390
3391        Note that similar things are done in
3392        :meth:`GSASIIIO.ExportBaseclass.loadParmDict` (from the tree) and
3393        :func:`GSASIIstrMain.Refine` and :func:`GSASIIstrMain.SeqRefine` (from
3394        a GPX file).
3395
3396        :returns: (parmDict,varyList) where:
3397
3398         * parmDict is a dict with values and refinement flags
3399           for each parameter and
3400         * varyList is a list of variables (refined parameters).
3401        '''
3402        parmDict = {}
3403        Histograms,Phases = self.GetUsedHistogramsAndPhasesfromTree()
3404        for phase in Phases:
3405            if 'pId' not in Phases[phase]:
3406                self.ErrorDialog('View parameter error','You must run least squares at least once')
3407                raise Exception,'No pId for phase '+str(phase)
3408        rigidbodyDict = self.PatternTree.GetItemPyData(   
3409            G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Rigid bodies'))
3410        rbVary,rbDict = G2stIO.GetRigidBodyModels(rigidbodyDict,Print=False)
3411        rbIds = rigidbodyDict.get('RBIds',{'Vector':[],'Residue':[]})
3412        Natoms,atomIndx,phaseVary,phaseDict,pawleyLookup,FFtable,BLtable,maxSSwave = G2stIO.GetPhaseData(Phases,RestraintDict=None,rbIds=rbIds,Print=False)       
3413        hapVary,hapDict,controlDict = G2stIO.GetHistogramPhaseData(Phases,Histograms,Print=False)
3414        histVary,histDict,controlDict = G2stIO.GetHistogramData(Histograms,Print=False)
3415        varyList = rbVary+phaseVary+hapVary+histVary
3416        parmDict.update(rbDict)
3417        parmDict.update(phaseDict)
3418        parmDict.update(hapDict)
3419        parmDict.update(histDict)
3420        for parm in parmDict:
3421            if parm.split(':')[-1] in ['Azimuth','Gonio. radius','Lam1','Lam2',
3422                'Omega','Chi','Phi','nDebye','nPeaks']:
3423                parmDict[parm] = [parmDict[parm],'-']
3424            elif parm.split(':')[-2] in ['Ax','Ay','Az','SHmodel','SHord']:
3425                parmDict[parm] = [parmDict[parm],'-']
3426            elif parm in varyList:
3427                parmDict[parm] = [parmDict[parm],'T']
3428            else:
3429                parmDict[parm] = [parmDict[parm],'F']
3430        # for i in parmDict: print i,'\t',parmDict[i]
3431        # fl = open('parmDict.dat','wb')
3432        # import cPickle
3433        # cPickle.dump(parmDict,fl,1)
3434        # fl.close()
3435        return parmDict,varyList
3436
3437    def ShowLSParms(self,event):
3438        '''Displays a window showing all parameters in the refinement.
3439        Called from the Calculate/View LS Parms menu.
3440        '''
3441        parmDict,varyList = self.MakeLSParmDict()
3442        parmValDict = {}
3443        for i in parmDict:
3444            parmValDict[i] = parmDict[i][0]
3445           
3446        reqVaryList = tuple(varyList) # save requested variables
3447        try:
3448            # process constraints
3449            sub = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Constraints') 
3450            Constraints = self.PatternTree.GetItemPyData(sub)
3451            constList = []
3452            for item in Constraints:
3453                if item.startswith('_'): continue
3454                constList += Constraints[item]
3455            G2mv.InitVars()
3456            constrDict,fixedList,ignored = G2stIO.ProcessConstraints(constList)
3457            groups,parmlist = G2mv.GroupConstraints(constrDict)
3458            G2mv.GenerateConstraints(groups,parmlist,varyList,constrDict,fixedList,parmValDict)
3459            G2mv.Map2Dict(parmValDict,varyList)
3460        except:
3461            pass
3462        dlg = G2gd.ShowLSParms(self,'Least Squares Parameters',parmValDict,varyList,reqVaryList)
3463        dlg.ShowModal()
3464        dlg.Destroy()
3465       
3466    def OnRefine(self,event):
3467        '''Perform a refinement.
3468        Called from the Calculate/Refine menu.
3469        '''       
3470        Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Sequential results')
3471        if Id:
3472            dlg = wx.MessageDialog(
3473                self,
3474                'Your last refinement was sequential. Continue with "Refine", removing previous sequential results?',
3475                'Remove sequential results?',wx.OK|wx.CANCEL)
3476            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
3477                self.PatternTree.Delete(Id)
3478                dlg.Destroy()
3479            else:
3480                dlg.Destroy()
3481                return
3482
3483        self.OnFileSave(event)
3484        # check that constraints are OK here
3485        errmsg, warnmsg = G2stIO.ReadCheckConstraints(self.GSASprojectfile)
3486        if errmsg:
3487            self.ErrorDialog('Constraint Error',
3488                             'Error in constraints. Refinement not possible.'+
3489                             '\nSee console error message for details.')
3490            return
3491        if warnmsg:
3492            print('Conflict between refinment flag settings and constraints:\n'+
3493                  warnmsg+'\nRefinement not possible')
3494            self.ErrorDialog('Refinement Flag Error',
3495                             'Conflict between refinement flag settings and constraints:\n'+
3496                             warnmsg+
3497                             '\nRefinement not possible')
3498            return
3499        #works - but it'd be better if it could restore plots
3500        dlg = wx.ProgressDialog('Residual','All data Rw =',101.0, 
3501            style = wx.PD_ELAPSED_TIME|wx.PD_AUTO_HIDE|wx.PD_CAN_ABORT,
3502            parent=self)
3503        Size = dlg.GetSize()
3504        if 50 < Size[0] < 500: # sanity check on size, since this fails w/Win & wx3.0
3505            dlg.SetSize((int(Size[0]*1.2),Size[1])) # increase size a bit along x
3506        dlg.CenterOnParent()
3507        Rw = 100.00
3508        try:
3509            OK,Msg = G2stMn.Refine(self.GSASprojectfile,dlg)
3510        finally:
3511            dlg.Update(101.) # forces the Auto_Hide; needed after move w/Win & wx3.0
3512            dlg.Destroy()
3513            wx.Yield()
3514        oldId =  self.PatternTree.GetSelection()        #retain current selection
3515        parentName = ''
3516        if type(oldId) is int:  #nothing had been selected!
3517            oldName = self.PatternTree.GetItemText(oldId)
3518            parentId = self.PatternTree.GetItemParent(oldId)
3519            if parentId:
3520                parentName = self.PatternTree.GetItemText(parentId)     #find the current data tree name
3521        if OK:
3522            Rw = Msg
3523            dlg2 = wx.MessageDialog(self,'Load new result?','Refinement results, Rw =%.3f'%(Rw),wx.OK|wx.CANCEL)
3524            try:
3525                if dlg2.ShowModal() == wx.ID_OK:
3526                    Id = 0
3527                    self.PatternTree.DeleteChildren(self.root)
3528                    if self.HKL: self.HKL = []
3529                    if self.G2plotNB.plotList:
3530                        self.G2plotNB.clear()
3531                    G2IO.ProjFileOpen(self)
3532                    item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
3533                    while item and not Id:
3534                        name = self.PatternTree.GetItemText(item)
3535                        if name[:4] in ['PWDR','HKLF']:
3536                            Id = item
3537                        item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)               
3538                    if Id:
3539                        self.PickIdText = None  #force reload of PickId contents
3540                        self.PatternTree.SelectItem(Id)
3541                    if parentName:
3542                        parentId = G2gd.GetPatternTreeItemId(self, self.root, parentName)
3543                        if parentId:
3544                            itemId = G2gd.GetPatternTreeItemId(self, parentId, oldName)
3545                        else:
3546                            itemId = G2gd.GetPatternTreeItemId(self, self.root, oldName)
3547                        self.PatternTree.SelectItem(itemId)
3548            finally:
3549                dlg2.Destroy()
3550        else:
3551            self.ErrorDialog('Refinement error',Msg)
3552
3553    def OnSeqRefine(self,event):
3554        '''Perform a sequential refinement.
3555        Called from the Calculate/Sequential refine menu.
3556        '''       
3557        Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Sequential results')
3558        if not Id:
3559            Id = self.PatternTree.AppendItem(self.root,text='Sequential results')
3560            self.PatternTree.SetItemPyData(Id,{})           
3561        Controls = self.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root, 'Controls'))
3562        Controls['ShowCell'] = True
3563        self.OnFileSave(event)
3564        # check that constraints are OK here
3565        errmsg, warnmsg = G2stIO.ReadCheckConstraints(self.GSASprojectfile)
3566        if errmsg:
3567            self.ErrorDialog('Constraint Error',
3568                             'Error in constraints:\n'+errmsg+
3569                             '\nRefinement not possible')
3570            return
3571        if warnmsg:
3572            print('Conflict between refinment flag settings and constraints:\n'+
3573                  warnmsg+'\nRefinement not possible')
3574            self.ErrorDialog('Refinement Flag Error',
3575                             'Conflict between refinment flag settings and constraints:\n'+
3576                             warnmsg+'\nRefinement not possible')
3577            return
3578        dlg = wx.ProgressDialog('Residual for histogram 0','Powder profile Rwp =',101.0, 
3579            style = wx.PD_ELAPSED_TIME|wx.PD_AUTO_HIDE|wx.PD_CAN_ABORT,
3580            parent=self)           
3581        Size = dlg.GetSize()
3582        if 50 < Size[0] < 500: # sanity check on size, since this fails w/Win & wx3.0
3583            dlg.SetSize((int(Size[0]*1.2),Size[1])) # increase size a bit along x
3584        dlg.CenterOnParent()
3585        try:
3586            OK,Msg = G2stMn.SeqRefine(self.GSASprojectfile,dlg)
3587        finally:
3588            dlg.Update(101.) # forces the Auto_Hide; needed after move w/Win & wx3.0
3589            dlg.Destroy()
3590            wx.Yield()
3591        if OK:
3592            dlg = wx.MessageDialog(self,'Load new result?','Refinement results',wx.OK|wx.CANCEL)
3593            try:
3594                if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
3595                    Id = 0
3596                    self.PickIdText = None  #force reload of PickId contents
3597                    self.PatternTree.DeleteChildren(self.root)
3598                    if self.HKL: self.HKL = []
3599                    if self.G2plotNB.plotList:
3600                        self.G2plotNB.clear()
3601                    G2IO.ProjFileOpen(self)
3602                    Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Sequential results')
3603                    self.PatternTree.SelectItem(Id)
3604   
3605            finally:
3606                dlg.Destroy()
3607        else:
3608            self.ErrorDialog('Sequential refinement error',Msg)
3609       
3610    def ErrorDialog(self,title,message,parent=None, wtype=wx.OK):
3611        'Display an error message'
3612        result = None
3613        if parent is None:
3614            dlg = wx.MessageDialog(self, message, title,  wtype)
3615        else:
3616            dlg = wx.MessageDialog(parent, message, title,  wtype)
3617            dlg.CenterOnParent() # not working on Mac
3618        try:
3619            result = dlg.ShowModal()
3620        finally:
3621            dlg.Destroy()
3622        return result
3623
3624class GSASIImain(wx.App):
3625    '''Defines a wxApp for GSAS-II
3626
3627    Creates a wx frame (self.main) which contains the display of the
3628    data tree.
3629    '''
3630    def OnInit(self):
3631        '''Called automatically when the app is created.'''
3632        if '2.7' not in sys.version[:5]:
3633            dlg = wx.MessageDialog(None, 
3634                'GSAS-II requires Python 2.7.x\n Yours is '+sys.version[:5],
3635                'Python version error',  wx.OK)
3636            try:
3637                result = dlg.ShowModal()
3638            finally:
3639                dlg.Destroy()
3640            sys.exit()
3641        self.main = GSASII(None)
3642        self.main.Show()
3643        self.SetTopWindow(self.main)
3644        # DEBUG: jump to sequential results
3645        #Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(self.main,self.main.root,'Sequential results')
3646        #self.main.PatternTree.SelectItem(Id)
3647        # end DEBUG
3648        return True
3649    # def MacOpenFile(self, filename):
3650    #     '''Called on Mac every time a file is dropped on the app when it is running,
3651    #     treat this like a File/Open project menu action.
3652    #     Should be ignored on other platforms
3653    #     '''
3654    #     # PATCH: Canopy 1.4 script main seems dropped on app; ignore .py files
3655    #     print 'MacOpen',filename
3656    #     if os.path.splitext(filename)[1] == '.py': return
3657    #     # end PATCH
3658    #     self.main.OnFileOpen(None,filename)
3659    # removed because this gets triggered when a file is on the command line in canopy 1.4 -- not likely used anyway
3660   
3661def main():
3662    '''Start up the GSAS-II application'''
3663    #application = GSASIImain() # don't redirect output, someday we
3664    # may want to do this if we can
3665    application = GSASIImain(0)
3666    if wxInspector:
3667        import wx.lib.inspection as wxeye
3668        wxeye.InspectionTool().Show()
3669
3670    #application.main.OnRefine(None)
3671    application.MainLoop()
3672   
3673if __name__ == '__main__':
3674    # print versions
3675    print "Python module versions loaded:"
3676    print "python:     ",sys.version[:5]
3677    print "wxpython:   ",wx.__version__
3678    print "matplotlib: ",mpl.__version__
3679    print "numpy:      ",np.__version__
3680    print "scipy:      ",sp.__version__
3681    print "OpenGL:     ",ogl.__version__
3682    try:
3683        from PIL import Image
3684        try:
3685            from PIL import PILLOW_VERSION
3686            version = PILLOW_VERSION
3687        except:
3688            version = Image.VERSION
3689        print "pillow:     ",version
3690    except ImportError:
3691        try:
3692            import Image
3693            print "Image (PIL):",Image.VERSION
3694        except ImportError:
3695            print "Image module not present; Note that PIL (Python Imaging Library) or pillow is needed for some image operations"
3696    try:
3697        import mkl
3698        print "Max threads ",mkl.get_max_threads()
3699    except:
3700        pass
3701    import platform
3702    print "Platform info:",sys.platform,platform.architecture()[0],platform.machine()
3703    #print "wxPython description",wx.PlatformInfo
3704    print "This is GSAS-II version:     ",__version__,' revision '+str(GSASIIpath.GetVersionNumber())
3705    GSASIIpath.InvokeDebugOpts()
3706    main() # start the GUI
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.