source: trunk/GSASII.py @ 1809

Last change on this file since 1809 was 1809, checked in by vondreele, 7 years ago

fix crash in texture GUI
fix shift arrow problem at end of sequence

  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Date Author Revision URL Id
File size: 174.3 KB
Line 
1#!/usr/bin/env python
2# -*- coding: utf-8 -*-
3#GSASII
4########### SVN repository information ###################
5# $Date: 2015-04-25 14:46:08 +0000 (Sat, 25 Apr 2015) $
6# $Author: vondreele $
7# $Revision: 1809 $
8# $URL: trunk/GSASII.py $
9# $Id: GSASII.py 1809 2015-04-25 14:46:08Z vondreele $
10########### SVN repository information ###################
11'''
12*GSAS-II Main Module*
13=====================
14
15Main routines for the GSAS-II program
16'''
17
18import os
19import sys
20import math
21import copy
22import random as ran
23import time
24import copy
25import glob
26import imp
27import inspect
28import numpy as np
29import scipy as sp
30import wx
31import matplotlib as mpl
32try:
33    import OpenGL as ogl
34except ImportError:
35    print('*******************************************************')
36    print('PyOpenGL is missing from your python installation')
37    print('     - we will try to install it')
38    print('*******************************************************')
39    def install_with_easyinstall(package):
40        try: 
41            print "trying a system-wide PyOpenGl install"
42            easy_install.main(['-f',os.path.split(__file__)[0],package])
43            return
44        except:
45            pass
46        try: 
47            print "trying a user level PyOpenGl install"
48            easy_install.main(['-f',os.path.split(__file__)[0],'--user',package])
49            return
50        except:
51            print "Install of '+package+' failed. Please report this information:"
52            import traceback
53            print traceback.format_exc()
54            sys.exit()
55    from setuptools.command import easy_install
56    install_with_easyinstall('PyOpenGl')
57    print('*******************************************************')         
58    print('OpenGL has been installed. Restarting GSAS-II')
59    print('*******************************************************')         
60    loc = os.path.dirname(__file__)
61    import subprocess
62    subprocess.Popen([sys.executable,os.path.join(loc,'GSASII.py')])
63    sys.exit()
64   
65# load the GSAS routines
66import GSASIIpath
67GSASIIpath.SetVersionNumber("$Revision: 1809 $")
68import GSASIIIO as G2IO
69import GSASIIgrid as G2gd
70import GSASIIctrls as G2G
71import GSASIIplot as G2plt
72import GSASIIpwd as G2pwd
73import GSASIIpwdGUI as G2pdG
74import GSASIIspc as G2spc
75import GSASIIstrMain as G2stMn
76import GSASIIstrIO as G2stIO
77import GSASIImapvars as G2mv
78import GSASIIobj as G2obj
79import GSASIIlattice as G2lat
80import GSASIIlog as log
81
82#wx inspector - use as needed
83wxInspector = False
84
85__version__ = '0.2.0'
86
87# PATCH: for Mavericks (OS X 10.9.x), wx produces an annoying warning about LucidaGrandeUI.
88# In case stderr has been suppressed there, redirect python error output to stdout. Nobody
89# else should care much about this.
90sys.stderr = sys.stdout
91
92def create(parent):
93    return GSASII(parent)
94
95def SetDefaultDData(dType,histoName,NShkl=0,NDij=0):
96    if dType in ['SXC','SNC']:
97        return {'Histogram':histoName,'Show':False,'Scale':[1.0,True],
98            'Babinet':{'BabA':[0.0,False],'BabU':[0.0,False]},
99            'Extinction':['Lorentzian','None', {'Tbar':0.1,'Cos2TM':0.955,
100            'Eg':[1.e-10,False],'Es':[1.e-10,False],'Ep':[1.e-10,False]}]}
101    elif dType == 'SNT':
102        return {'Histogram':histoName,'Show':False,'Scale':[1.0,True],
103            'Babinet':{'BabA':[0.0,False],'BabU':[0.0,False]},
104            'Extinction':['Lorentzian','None', {
105            'Eg':[1.e-10,False],'Es':[1.e-10,False],'Ep':[1.e-10,False]}]}
106    elif 'P' in dType:
107        return {'Histogram':histoName,'Show':False,'Scale':[1.0,False],
108            'Pref.Ori.':['MD',1.0,False,[0,0,1],0,{},[],0.1],
109            'Size':['isotropic',[1.,1.,1.],[False,False,False],[0,0,1],
110                [1.,1.,1.,0.,0.,0.],6*[False,]],
111            'Mustrain':['isotropic',[1000.0,1000.0,1.0],[False,False,False],[0,0,1],
112                NShkl*[0.01,],NShkl*[False,]],
113            'HStrain':[NDij*[0.0,],NDij*[False,]],                         
114            'Extinction':[0.0,False],'Babinet':{'BabA':[0.0,False],'BabU':[0.0,False]}}
115
116class GSASII(wx.Frame):
117    '''Define the main GSAS-II frame and its associated menu items
118    '''
119    def MenuBinding(self,event):
120        '''Called when a menu is clicked upon; looks up the binding in table
121        '''
122        log.InvokeMenuCommand(event.GetId(),self,event)
123           
124    def Bind(self,eventtype,handler,*args,**kwargs):
125        '''Override the Bind function so that we can wrap calls that will be logged.
126       
127        N.B. This is a bit kludgy. Menu bindings with an id are wrapped and
128        menu bindings with an object and no id are not.
129        '''
130        if eventtype == wx.EVT_MENU and 'id' in kwargs:
131            menulabels = log.SaveMenuCommand(kwargs['id'],self,handler)
132            if menulabels:
133                wx.Frame.Bind(self,eventtype,self.MenuBinding,*args,**kwargs)
134                return
135        wx.Frame.Bind(self,eventtype,handler,*args,**kwargs)     
136   
137    def _Add_FileMenuItems(self, parent):
138        item = parent.Append(
139            help='Open a GSAS-II project file (*.gpx)', id=wx.ID_ANY,
140            kind=wx.ITEM_NORMAL,text='&Open project...')
141        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnFileOpen, id=item.GetId())
142        item = parent.Append(
143            help='Save project under current name', id=wx.ID_ANY,
144            kind=wx.ITEM_NORMAL,text='&Save project')
145        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnFileSave, id=item.GetId())
146        item = parent.Append(
147            help='Save current project to new file', id=wx.ID_ANY,
148            kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Save project as...')
149        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnFileSaveas, id=item.GetId())
150        item = parent.Append(
151            help='Create empty new project, saving current is optional', id=wx.ID_ANY,
152            kind=wx.ITEM_NORMAL,text='&New project')
153        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnFileClose, id=item.GetId())
154        item = parent.Append(
155            help='Exit from GSAS-II', id=wx.ID_ANY,
156            kind=wx.ITEM_NORMAL,text='&Exit')
157        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnFileExit, id=item.GetId())
158       
159    def _Add_DataMenuItems(self,parent):
160        item = parent.Append(
161            help='',id=wx.ID_ANY,
162            kind=wx.ITEM_NORMAL,
163            text='Read image data...')
164        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnImageRead, id=item.GetId())
165        item = parent.Append(
166            help='',id=wx.ID_ANY,
167            kind=wx.ITEM_NORMAL,
168            text='Read Powder Pattern Peaks...')
169        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnReadPowderPeaks, id=item.GetId())
170        item = parent.Append(
171            help='',id=wx.ID_ANY,
172            kind=wx.ITEM_NORMAL,
173            text='Sum powder data')
174        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnPwdrSum, id=item.GetId())
175        item = parent.Append(
176            help='',id=wx.ID_ANY,
177            kind=wx.ITEM_NORMAL,
178            text='Sum image data')
179        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnImageSum, id=item.GetId())
180        item = parent.Append(
181            help='',id=wx.ID_ANY,
182            kind=wx.ITEM_NORMAL,
183            text='Add phase')
184        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnAddPhase, id=item.GetId())
185        item = parent.Append(
186            help='',id=wx.ID_ANY,
187            kind=wx.ITEM_NORMAL,
188            text='Delete phase')
189        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnDeletePhase, id=item.GetId())
190        item = parent.Append(
191            help='',id=wx.ID_ANY,
192            kind=wx.ITEM_NORMAL,
193            text='Rename data') 
194        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnRenameData, id=item.GetId())
195        item = parent.Append(
196            help='',id=wx.ID_ANY,
197            kind=wx.ITEM_NORMAL,
198            text='Delete data')
199        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnDataDelete, id=item.GetId())
200               
201    def _Add_CalculateMenuItems(self,parent):
202        item = parent.Append(help='Make new PDFs from selected powder patterns', 
203            id=wx.ID_ANY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Make new PDFs')
204        self.MakePDF.append(item)
205#        item.Enable(False)
206        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnMakePDFs, id=item.GetId())
207       
208        item = parent.Append(help='View least squares parameters', 
209            id=wx.ID_ANY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='&View LS parms')
210        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.ShowLSParms, id=item.GetId())
211       
212        item = parent.Append(help='', id=wx.ID_ANY, kind=wx.ITEM_NORMAL,
213            text='&Refine')
214        if len(self.Refine): # extend state for new menus to match main (on mac)
215            state = self.Refine[0].IsEnabled()
216        else:
217            state = False
218        item.Enable(state)
219        self.Refine.append(item)
220        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnRefine, id=item.GetId())
221       
222        item = parent.Append(help='', id=wx.ID_ANY, kind=wx.ITEM_NORMAL,
223            text='Sequential refine')
224        if len(self.SeqRefine): # extend state for new menus to match main (on mac)
225            state = self.SeqRefine[0].IsEnabled()
226        else:
227            state = False
228        item.Enable(state)
229        self.SeqRefine.append(item) # save menu obj for use in self.EnableSeqRefineMenu
230        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnSeqRefine, id=item.GetId())
231       
232    def _init_Imports(self):
233        '''import all the G2phase*.py & G2sfact*.py & G2pwd*.py files that
234        are found in the path
235        '''
236
237        self.ImportPhaseReaderlist = []
238        self._init_Import_routines('phase',self.ImportPhaseReaderlist,'Phase')
239        self.ImportSfactReaderlist = []
240        self._init_Import_routines('sfact',self.ImportSfactReaderlist,'Struct_Factor')
241        self.ImportPowderReaderlist = []
242        self._init_Import_routines('pwd',self.ImportPowderReaderlist,'Powder_Data')
243        self.ImportSmallAngleReaderlist = []
244        self._init_Import_routines('sad',self.ImportSmallAngleReaderlist,'SmallAngle_Data')
245        self.ImportMenuId = {}
246
247    def _init_Import_routines(self,prefix,readerlist,errprefix):
248        '''import all the import readers matching the prefix
249        '''
250        #path2GSAS2 = os.path.dirname(os.path.realpath(__file__)) # location of this file
251        #pathlist = sys.path[:]
252        #if path2GSAS2 not in pathlist: pathlist.append(path2GSAS2)
253        #path2GSAS2 = os.path.join(
254        #    os.path.dirname(os.path.realpath(__file__)), # location of this file
255        #    'imports')
256        pathlist = sys.path[:]
257        #if path2GSAS2 not in pathlist: pathlist.append(path2GSAS2)
258        if '.' not in pathlist: pathlist.append('.') # insert the directory where G2 is started
259
260        filelist = []
261        for path in pathlist:
262            for filename in glob.iglob(os.path.join(
263                path,
264                "G2"+prefix+"*.py")):
265                filelist.append(filename)   
266                #print 'debug: found',filename
267        filelist = sorted(list(set(filelist))) # remove duplicates
268        for filename in filelist:
269            path,rootname = os.path.split(filename)
270            pkg = os.path.splitext(rootname)[0]
271            try:
272                fp = None
273                fp, fppath,desc = imp.find_module(pkg,[path,])
274                pkg = imp.load_module(pkg,fp,fppath,desc)
275                for clss in inspect.getmembers(pkg): # find classes defined in package
276                    if clss[0].startswith('_'): continue
277                    if inspect.isclass(clss[1]):
278                        # check if we have the required methods
279                        for m in 'Reader','ExtensionValidator','ContentsValidator':
280                            if not hasattr(clss[1],m): break
281                            if not callable(getattr(clss[1],m)): break
282                        else:
283                            reader = clss[1]() # create an import instance
284                            readerlist.append(reader)
285            except AttributeError:
286                print 'Import_'+errprefix+': Attribute Error '+str(filename)
287                pass
288            except ImportError:
289                print 'Import_'+errprefix+': Error importing file '+str(filename)
290                pass
291            if fp: fp.close()
292
293    def EnableSeqRefineMenu(self):
294        '''Enable or disable the sequential refinement menu items based on the
295        contents of the Controls 'Seq Data' item (if present)
296        '''
297        controls = self.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root, 'Controls'))
298        if controls.get('Seq Data'):
299            for i in self.SeqRefine: i.Enable(True)
300        else:
301            for i in self.SeqRefine: i.Enable(False)
302
303    def OnImportGeneric(self,reader,readerlist,label,multiple=False,usedRanIdList=[]):
304        '''Used to import Phases, powder dataset or single
305        crystal datasets (structure factor tables) using reader objects
306        subclassed from :class:`GSASIIIO.ImportPhase`, :class:`GSASIIIO.ImportStructFactor`
307        or :class:`GSASIIIO.ImportPowderData`. If a reader is specified, only
308        that will be attempted, but if no reader is specified, every one
309        that is potentially compatible (by file extension) will
310        be tried on the selected file(s).
311
312        :param readerobject reader: This will be a reference to
313          a particular object to be used to read a file or None,
314          if every appropriate reader should be used.
315
316        :param list readerlist: a list of reader objects appropriate for
317          the current read attempt. At present, this will be either
318          self.ImportPhaseReaderlist, self.ImportSfactReaderlist or
319          self.ImportPowderReaderlist (defined in _init_Imports from
320          the files found in the path), but in theory this list could
321          be tailored. Used only when reader is None.
322
323        :param str label: string to place on the open file dialog:
324          Open `label` input file
325
326        :param bool multiple: True if multiple files can be selected
327          in the file dialog. False is default. At present True is used
328          only for reading of powder data.
329
330        :param list usedRanIdList: an optional list of random Ids that
331          have been used and should not be reused
332
333        :returns: a list of reader objects (rd_list) that were able
334          to read the specified file(s). This list may be empty.
335        '''
336        self.lastimport = ''
337        self.zipfile = None
338        singlereader = True
339        if reader is None:
340            singlereader = False
341            multiple = False
342            #print "use all formats"
343            choices = "any file (*.*)|*.*"
344            choices += "|zip archive (.zip)|*.zip"
345            extdict = {}
346            # compile a list of allowed extensions
347            for rd in readerlist:
348                fmt = rd.formatName
349                for extn in rd.extensionlist:
350                    if not extdict.get(extn): extdict[extn] = []
351                    extdict[extn] += [fmt,]
352            for extn in sorted(extdict.keys(),cmp=lambda x,y: cmp(x.lower(), y.lower())):
353                fmt = ''
354                for f in extdict[extn]:
355                    if fmt != "": fmt += ', '
356                    fmt += f
357                choices += "|" + fmt + " file (*" + extn + ")|*" + extn
358        else:
359            readerlist = [reader,]
360            # compile a list of allowed extensions
361            choices = reader.formatName + " file ("
362            w = ""
363            for extn in reader.extensionlist:
364                if w != "": w += ";"
365                w += "*" + extn
366            choices += w + ")|" + w
367            choices += "|zip archive (.zip)|*.zip"
368            if not reader.strictExtension:
369                choices += "|any file (*.*)|*.*"
370        # get the file(s) (probably should remove wx.CHANGE_DIR here)
371        if multiple:
372            mode = style=wx.OPEN | wx.CHANGE_DIR | wx.MULTIPLE
373        else:
374            mode = style=wx.OPEN | wx.CHANGE_DIR
375        filelist = self.GetImportFile(message="Choose "+label+" input file",
376                    defaultFile="",wildcard=choices, style=mode)
377        rd_list = []
378        filelist1 = []
379        for filename in filelist:
380            # is this a zip file?
381            if os.path.splitext(filename)[1].lower() == '.zip':
382                extractedfiles = G2IO.ExtractFileFromZip(
383                    filename,parent=self,
384                    multipleselect=True)
385                if extractedfiles is None: continue # error or Cancel
386                if extractedfiles != filename:
387                    self.zipfile = filename # save zip name
388                    filelist1 += extractedfiles
389                    continue
390            filelist1.append(filename)
391        filelist = filelist1
392        for filename in filelist:
393            # is this a zip file?
394            if os.path.splitext(filename)[1].lower() == '.zip':
395                extractedfile = G2IO.ExtractFileFromZip(filename,parent=self)
396                if extractedfile is None: continue # error or Cancel
397                if extractedfile != filename:
398                    filename,self.zipfile = extractedfile,filename # now use the file that was created
399            # set what formats are compatible with this file
400            primaryReaders = []
401            secondaryReaders = []
402            for rd in readerlist:
403                flag = rd.ExtensionValidator(filename)
404                if flag is None: 
405                    secondaryReaders.append(rd)
406                elif flag:
407                    primaryReaders.append(rd)
408            if len(secondaryReaders) + len(primaryReaders) == 0:
409                self.ErrorDialog('No Format','No matching format for file '+filename)
410                return []
411
412            fp = None
413            msg = ''
414            try:
415                fp = open(filename,'Ur')
416                if len(filelist) == 1:
417                    # confirm we have the right file
418                    rdmsg = 'File '+str(filename)+' begins:\n\n'
419                    for i in range(3):
420                        rdmsg += fp.readline()
421                    rdmsg += '\n\nDo you want to read this file?'
422                    if not all([ord(c) < 128 and ord(c) != 0 for c in rdmsg]): # show only if ASCII
423                        rdmsg = 'File '+str(
424                            filename)+' is a binary file. Do you want to read this file?'
425                    result = wx.ID_NO
426                    # it would be better to use something that
427                    # would resize better, but this will do for now
428                    dlg = wx.MessageDialog(
429                        self, rdmsg,
430                        'Is this the file you want?', 
431                        wx.YES_NO | wx.ICON_QUESTION,
432                        )
433                    dlg.SetSize((700,300)) # does not resize on Mac
434                    try:
435                        result = dlg.ShowModal()
436                    finally:
437                        dlg.Destroy()
438                    if result == wx.ID_NO: return []
439                           
440                self.lastimport = filename # this is probably not what I want to do -- it saves only the
441                # last name in a series. See rd.readfilename for a better name.
442               
443                # try the file first with Readers that specify the
444                # file's extension and later with ones that merely allow it
445                errorReport = ''
446                for rd in primaryReaders+secondaryReaders:
447                    rd.ReInitialize() # purge anything from a previous read
448                    fp.seek(0)  # rewind
449                    rd.errors = "" # clear out any old errors
450                    if not rd.ContentsValidator(fp): # rejected on cursory check
451                        errorReport += "\n  "+rd.formatName + ' validator error'
452                        if rd.errors: 
453                            errorReport += ': '+rd.errors
454                        continue 
455                    repeat = True
456                    rdbuffer = {} # create temporary storage for file reader
457                    block = 0
458                    while repeat: # loop if the reader asks for another pass on the file
459                        block += 1
460                        repeat = False
461                        fp.seek(0)  # rewind
462                        rd.objname = os.path.basename(filename)
463                        flag = False
464                        try:
465                            flag = rd.Reader(filename,fp,self,
466                                             buffer=rdbuffer,
467                                             blocknum=block,
468                                             usedRanIdList=usedRanIdList,
469                                             )
470                        except rd.ImportException as detail:
471                            rd.errors += "\n  Read exception: "+str(detail)
472                        except Exception as detail:
473                            import traceback
474                            rd.errors += "\n  Unhandled read exception: "+str(detail)
475                            rd.errors += "\n  Traceback info:\n"+str(traceback.format_exc())
476                        if flag: # this read succeeded
477                            rd.readfilename = filename
478                            rd_list.append(copy.deepcopy(rd)) # save the result before it is written over
479                            if rd.repeat:
480                                repeat = True
481                            continue
482                        errorReport += '\n'+rd.formatName + ' read error'
483                        if rd.errors:
484                            errorReport += ': '+rd.errors
485                    if rd_list: # read succeeded, was there a warning or any errors?
486                        if rd.warnings:
487                            self.ErrorDialog('Read Warning','The '+ rd.formatName+
488                                             ' reader reported a warning message:\n\n'+
489                                             rd.warnings)
490                        break # success in reading, try no further
491                else:
492                    if singlereader:
493                        self.ErrorDialog('Read Error','The '+ rd.formatName+
494                                         ' reader was not able to read file '+filename+msg+
495                                         '\n\nError message(s):\n'+errorReport
496                                         )
497                    else:
498                        self.ErrorDialog('Read Error','No reader was able to read file '+filename+msg+
499                                         '\n\nError messages:\n'+errorReport
500                                         )
501            except:
502                import traceback
503                print traceback.format_exc()
504                self.ErrorDialog('Open Error','Unexpected error trying to open or read file '+filename)
505            if fp: fp.close()
506        return rd_list
507
508    def _Add_ImportMenu_Phase(self,parent):
509        '''configure the Import Phase menus accord to the readers found in _init_Imports
510        '''
511        submenu = wx.Menu()
512        item = parent.AppendMenu(wx.ID_ANY, 'Phase',
513            submenu, help='Import phase data')
514        for reader in self.ImportPhaseReaderlist:
515            item = submenu.Append(wx.ID_ANY,help=reader.longFormatName,
516                kind=wx.ITEM_NORMAL,text='from '+reader.formatName+' file')
517            self.ImportMenuId[item.GetId()] = reader
518            self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnImportPhase, id=item.GetId())
519        item = submenu.Append(wx.ID_ANY,
520                              help='Import phase data, use file to try to determine format',
521                              kind=wx.ITEM_NORMAL,
522                              text='guess format from file')
523        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnImportPhase, id=item.GetId())
524
525    def GetImportFile(self, message, defaultDir="", defaultFile="", style=wx.OPEN,
526                      *args, **kwargs):
527        '''Defines a customized dialog that gets gets files from the appropriate
528        Import directory (unless overridden with defaultDir). The default
529        import directory is found in self.ImportDir, which will be set to
530        the location of the (first) file entered in this dialog.
531           
532        :returns: a list of files or an empty list
533        '''
534        dlg = wx.FileDialog(self, message, defaultDir, defaultFile, *args,
535                            style=style, **kwargs)
536        if not defaultDir and self.ImportDir:
537            dlg.SetDirectory(self.ImportDir)
538        try:
539            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
540                if style & wx.MULTIPLE:
541                    filelist = dlg.GetPaths()
542                    if len(filelist) == 0: return []
543                else:
544                    filelist = [dlg.GetPath(),]
545                # not sure if we want to do this (why use wx.CHANGE_DIR?)
546                if style & wx.CHANGE_DIR: # to get Mac/Linux to change directory like windows!
547                    os.chdir(dlg.GetDirectory())
548                if not defaultDir and self.ImportDir: # if we are using a default and
549                    # user moved, save the new location
550                    self.ImportDir = os.path.split(filelist[0])[0]
551                    #print 'default moved to',self.ImportDir               
552            else: # cancel was pressed
553                return []
554        finally:
555            dlg.Destroy()
556        return filelist
557           
558    def OnImportPhase(self,event):
559        '''Called in response to an Import/Phase/... menu item
560        to read phase information.
561        dict self.ImportMenuId is used to look up the specific
562        reader item associated with the menu item, which will be
563        None for the last menu item, which is the "guess" option
564        where all appropriate formats will be tried.
565        '''
566        # look up which format was requested
567        reqrdr = self.ImportMenuId.get(event.GetId())
568       
569        # make a list of phase names, ranId's and the histograms used in those phases
570        phaseRIdList,usedHistograms = self.GetPhaseInfofromTree()
571        phaseNameList = usedHistograms.keys() # phase names in use
572        usedHKLFhists = [] # used single-crystal histograms
573        for p in usedHistograms:
574            for h in usedHistograms[p]:
575                if h.startswith('HKLF ') and h not in usedHKLFhists:
576                    usedHKLFhists.append(h)
577        rdlist = self.OnImportGeneric(reqrdr,
578                                  self.ImportPhaseReaderlist,
579                                  'phase',usedRanIdList=phaseRIdList)
580        if len(rdlist) == 0: return
581        # for now rdlist is only expected to have one element
582        # but below will allow multiple phases to be imported
583        # if ever the import routines ever implement multiple phase reads.
584        self.CheckNotebook()
585        newPhaseList = []
586        for rd in rdlist:
587            PhaseName = ''
588            dlg = wx.TextEntryDialog( # allow editing of phase name
589                                    self, 'Enter the name for the new phase',
590                                    'Edit phase name', rd.Phase['General']['Name'],
591                                    style=wx.OK)
592            while PhaseName == '':
593                dlg.CenterOnParent()
594                if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
595                    PhaseName = dlg.GetValue().strip()
596                else:
597                    dlg.Destroy()
598                    return
599            dlg.Destroy()
600            # make new phase names unique
601            rd.Phase['General']['Name'] = G2obj.MakeUniqueLabel(PhaseName,phaseNameList)
602            PhaseName = rd.Phase['General']['Name'][:]
603            newPhaseList.append(PhaseName)
604            print 'Read phase '+str(PhaseName)+' from file '+str(self.lastimport)
605            if not G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases'):
606                sub = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text='Phases')
607            else:
608                sub = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases')
609            psub = self.PatternTree.AppendItem(parent=sub,text=PhaseName)
610            self.PatternTree.SetItemPyData(psub,rd.Phase)
611            self.PatternTree.Expand(self.root) # make sure phases are seen
612            self.PatternTree.Expand(sub) 
613            self.PatternTree.Expand(psub)
614            self.PatternTree.SelectItem(psub) # show the page to complete the initialization (yuk!)
615            wx.Yield() # make sure call of GSASII.OnPatternTreeSelChanged happens before we go on
616
617            if rd.Constraints:
618                sub = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Constraints') # was created in CheckNotebook if needed
619                Constraints = self.PatternTree.GetItemPyData(sub)               
620                # TODO: make sure that NEWVAR names are unique here?
621                for i in rd.Constraints:
622                    if type(i) is dict:
623                        #for j in i: print j,' --> ',i[j]
624                        if '_Explain' not in Constraints: Constraints['_Explain'] = {}
625                        Constraints['_Explain'].update(i)
626                        continue
627                    Constraints['Phase'].append(i)
628        if not newPhaseList: return # somehow, no new phases
629        # get a list of existing histograms
630        PWDRlist = []
631        HKLFlist = []
632        if self.PatternTree.GetCount():
633            item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
634            while item:
635                name = self.PatternTree.GetItemText(item)
636                if name.startswith('PWDR ') and name not in PWDRlist:
637                    PWDRlist.append(name)
638                if name.startswith('HKLF ') and name not in HKLFlist:
639                    HKLFlist.append(name)
640                item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)
641        TextList = PWDRlist + HKLFlist
642        if not len(TextList): return # no data loaded yet
643        header = 'Select histogram(s) to add to new phase(s):'
644        for phaseName in newPhaseList:
645            header += '\n  '+str(phaseName)
646
647        notOK = True
648        while notOK:
649            result = G2gd.ItemSelector(TextList,self,header,header='Add histogram(s)',multiple=True)
650            if not result: return
651            # check that selected single crystal histograms are not already in use!
652            used = [TextList[i] for i in result if TextList[i] in usedHKLFhists]
653            #for i in result:
654            #    if TextList[i] in usedHKLFhists: used.append(TextList[i])
655            if used:
656                msg = 'The following single crystal histogram(s) are already in use'
657                for i in used:
658                    msg += '\n  '+str(i)
659                msg += '\nAre you sure you want to add them to this phase? '
660                msg += 'Associating a single crystal dataset to >1 histogram is usually an error, '
661                msg += 'so No is suggested here.'
662                if self.ErrorDialog('Likely error',msg,self,wtype=wx.YES_NO) == wx.ID_YES: notOK = False
663            else:
664                notOK = False
665        # connect new phases to histograms
666        sub = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases')
667        if not sub:
668            raise Exception('ERROR -- why are there no phases here?')
669        wx.BeginBusyCursor()
670        item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(sub)
671        while item: # loop over (new) phases
672            phaseName = self.PatternTree.GetItemText(item)
673            data = self.PatternTree.GetItemPyData(item)
674            item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(sub, cookie)
675            if phaseName not in newPhaseList: continue
676            generalData = data['General']
677            SGData = generalData['SGData']
678            Super = generalData.get('Super',0)
679            SuperVec = []
680            if Super:
681                SuperVec = np.array(generalData['SuperVec'][0])
682            UseList = data['Histograms']
683            NShkl = len(G2spc.MustrainNames(SGData))
684            NDij = len(G2spc.HStrainNames(SGData))
685            for i in result:
686                histoName = TextList[i]
687                if histoName in HKLFlist:
688                    #redo UpdateHKLFdata(histoName) here:
689                    Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,histoName)
690                    refDict,reflData = self.PatternTree.GetItemPyData(Id)
691                    G,g = G2lat.cell2Gmat(generalData['Cell'][1:7])
692                    Super = reflData.get('Super',0)
693                    for iref,ref in enumerate(reflData['RefList']):
694                        hkl = ref[:3]
695                        if Super:
696                            H = list(hkl+SuperVec*ref[3])
697                        else:
698                            H = hkl
699                        ref[4+Super] = np.sqrt(1./G2lat.calc_rDsq2(H,G))
700                        iabsnt,ref[3+Super],Uniq,phi = G2spc.GenHKLf(H,SGData)
701                        if iabsnt:  #flag space gp. absences
702                            ref[3+Super] = 0
703                    UseList[histoName] = SetDefaultDData(reflData['Type'],histoName)
704                elif histoName in PWDRlist:
705                    Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,histoName)
706                    refList = self.PatternTree.GetItemPyData(
707                        G2gd.GetPatternTreeItemId(self,Id,'Reflection Lists'))
708                    refList[generalData['Name']] = []
709                    UseList[histoName] = SetDefaultDData('PWDR',histoName,NShkl=NShkl,NDij=NDij)
710                else:
711                    raise Exception('Unexpected histogram '+str(histoName))
712        wx.EndBusyCursor()
713        return # success
714       
715    def _Add_ImportMenu_Sfact(self,parent):
716        '''configure the Import Structure Factor menus accord to the readers found in _init_Imports
717        '''
718        submenu = wx.Menu()
719        item = parent.AppendMenu(wx.ID_ANY, 'Structure Factor',
720            submenu, help='Import Structure Factor data')
721        for reader in self.ImportSfactReaderlist:
722            item = submenu.Append(wx.ID_ANY,help=reader.longFormatName,               
723                kind=wx.ITEM_NORMAL,text='from '+reader.formatName+' file')
724            self.ImportMenuId[item.GetId()] = reader
725            self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnImportSfact, id=item.GetId())
726        item = submenu.Append(wx.ID_ANY,
727            help='Import Structure Factor, use file to try to determine format',
728            kind=wx.ITEM_NORMAL,
729            text='guess format from file')
730        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnImportSfact, id=item.GetId())
731
732    def OnImportSfact(self,event):
733        '''Called in response to an Import/Structure Factor/... menu item
734        to read single crystal datasets.
735        dict self.ImportMenuId is used to look up the specific
736        reader item associated with the menu item, which will be
737        None for the last menu item, which is the "guess" option
738        where all appropriate formats will be tried.
739        '''
740        # get a list of existing histograms
741        HKLFlist = []
742        if self.PatternTree.GetCount():
743            item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
744            while item:
745                name = self.PatternTree.GetItemText(item)
746                if name.startswith('HKLF ') and name not in HKLFlist:
747                    HKLFlist.append(name)
748                item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)
749        # look up which format was requested
750        reqrdr = self.ImportMenuId.get(event.GetId())
751        rdlist = self.OnImportGeneric(reqrdr,self.ImportSfactReaderlist,
752            'Structure Factor',multiple=True)
753        if len(rdlist) == 0: return
754        self.CheckNotebook()
755        newHistList = []
756        for rd in rdlist:
757            HistName = rd.objname
758            if len(rdlist) <= 2: 
759                dlg = wx.TextEntryDialog( # allow editing of Structure Factor name
760                    self, 'Enter the name for the new Structure Factor',
761                    'Edit Structure Factor name', HistName,
762                    style=wx.OK)
763                dlg.CenterOnParent()
764                if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
765                    HistName = dlg.GetValue()
766                dlg.Destroy()
767            HistName = 'HKLF '+HistName
768            # make new histogram names unique
769            if len(rd.Banks):
770                for Bank in rd.Banks:
771                    valuesdict = {'wtFactor':1.0,'Dummy':False,'ranId':ran.randint(0,sys.maxint),}
772                    HistName = G2obj.MakeUniqueLabel(HistName,HKLFlist)
773                    print 'Read structure factor table '+str(HistName)+' from file '+str(self.lastimport)
774                    Id = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text=HistName)
775                    if not Bank['RefDict'].get('FF'):
776                        Bank['RefDict']['FF'] = {}
777                    self.PatternTree.SetItemPyData(Id,[valuesdict,Bank['RefDict']])
778                    Sub = self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Instrument Parameters')
779                    self.PatternTree.SetItemPyData(Sub,copy.copy(rd.Parameters))
780                    self.PatternTree.SetItemPyData(
781                        self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Reflection List'),[])  #dummy entry for GUI use
782                    newHistList.append(HistName)
783            else:
784                valuesdict = {'wtFactor':1.0,'Dummy':False,'ranId':ran.randint(0,sys.maxint),}
785                HistName = G2obj.MakeUniqueLabel(HistName,HKLFlist)
786                print 'Read structure factor table '+str(HistName)+' from file '+str(self.lastimport)
787                if not rd.RefDict.get('FF'):
788                    rd.RefDict['FF'] = {}
789                Id = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text=HistName)
790                self.PatternTree.SetItemPyData(Id,[valuesdict,rd.RefDict])
791                Sub = self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Instrument Parameters')
792                self.PatternTree.SetItemPyData(Sub,rd.Parameters)
793                self.PatternTree.SetItemPyData(
794                    self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Reflection List'),[])  #dummy entry for GUI use
795                newHistList.append(HistName)
796               
797            self.PatternTree.SelectItem(Id)
798            self.PatternTree.Expand(Id)
799            self.Sngl = True
800
801        if not newHistList: return # somehow, no new histograms
802        # make a list of phase names
803        phaseRIdList,usedHistograms = self.GetPhaseInfofromTree()
804        phaseNameList = usedHistograms.keys() # phase names in use
805        if not phaseNameList: return # no phases yet, nothing to do
806        header = 'Select phase(s) to add the new\nsingle crystal dataset(s) to:'
807        for Name in newHistList:
808            header += '\n  '+str(Name)
809        result = G2gd.ItemSelector(phaseNameList,self,header,header='Add to phase(s)',multiple=True)
810        if not result: return
811        # connect new phases to histograms
812        sub = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases')
813        if not sub:
814            raise Exception('ERROR -- why are there no phases here?')
815        wx.BeginBusyCursor()
816        item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(sub)
817        iph = -1
818        while item: # loop over (new) phases
819            iph += 1
820            phaseName = self.PatternTree.GetItemText(item)
821            data = self.PatternTree.GetItemPyData(item)
822            item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(sub, cookie)
823            if iph not in result: continue
824            generalData = data['General']
825            SGData = generalData['SGData']
826            Super = generalData.get('Super',0)
827            SuperVec = []
828            if Super:
829                SuperVec = np.array(generalData['SuperVec'][0])
830            UseList = data['Histograms']
831            for histoName in newHistList:
832                #redo UpdateHKLFdata(histoName) here:
833                Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,histoName)
834                refDict,reflData = self.PatternTree.GetItemPyData(Id)
835                UseList[histoName] = SetDefaultDData(reflData['Type'],histoName)
836                G,g = G2lat.cell2Gmat(generalData['Cell'][1:7])
837                for iref,ref in enumerate(reflData['RefList']):
838                    hkl = ref[:3]
839                    if Super:
840                        H = list(hkl+SuperVec*ref[3])
841                    else:
842                        H = hkl
843                    ref[4+Super] = np.sqrt(1./G2lat.calc_rDsq2(H,G))
844                    iabsnt,ref[3+Super],Uniq,phi = G2spc.GenHKLf(H,SGData)
845                    if iabsnt:  #flag space gp. absences
846                        ref[3+Super] = 0
847        wx.EndBusyCursor()
848       
849        return # success
850
851    def _Add_ImportMenu_powder(self,parent):
852        '''configure the Powder Data menus accord to the readers found in _init_Imports
853        '''
854        submenu = wx.Menu()
855        item = parent.AppendMenu(wx.ID_ANY, 'Powder Data',
856            submenu, help='Import Powder data')
857        for reader in self.ImportPowderReaderlist:
858            item = submenu.Append(wx.ID_ANY,help=reader.longFormatName,
859                kind=wx.ITEM_NORMAL,text='from '+reader.formatName+' file')
860            self.ImportMenuId[item.GetId()] = reader
861            self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnImportPowder, id=item.GetId())
862        item = submenu.Append(wx.ID_ANY,
863            help='Import powder data, use file to try to determine format',
864            kind=wx.ITEM_NORMAL,text='guess format from file')
865        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnImportPowder, id=item.GetId())
866        submenu.AppendSeparator()
867        item = submenu.Append(wx.ID_ANY,
868            help='Create a powder data set entry that will be simulated',
869            kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Simulate a dataset')
870        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnDummyPowder, id=item.GetId())
871       
872    def OpenPowderInstprm(self,instfile):
873        '''Read a GSAS-II (new) instrument parameter file
874
875        :param str instfile: name of instrument parameter file
876
877        '''
878        if os.path.splitext(instfile)[1].lower() != '.instprm': # invalid file
879            return None           
880        if not os.path.exists(instfile): # no such file
881            return None
882        File = open(instfile,'r')
883        lines = File.readlines()
884        File.close()
885        return lines       
886           
887    def ReadPowderInstprm(self,instLines):
888        '''Read lines from a GSAS-II (new) instrument parameter file
889
890        :param list instLines: strings from GSAS-II parameter file; can be concatenated with ';'
891
892        '''
893        if not instLines[0].startswith('#GSAS-II'): # not a valid file
894            return None
895        newItems = []
896        newVals = []
897        for S in instLines:
898            if S[0] == '#':
899                continue
900            S = S.replace(' ','')
901            SS = S[:-1].split(';')
902            for s in SS:
903                [item,val] = s.split(':')
904                newItems.append(item)
905                try:
906                    newVals.append(float(val))
907                except ValueError:
908                    newVals.append(val)                       
909        return G2IO.makeInstDict(newItems,newVals,len(newVals)*[False,]),{}
910       
911    def ReadPowderIparm(self,instfile,bank,databanks,rd):
912        '''Read a GSAS (old) instrument parameter file
913
914        :param str instfile: name of instrument parameter file
915
916        :param int bank: the bank number read in the raw data file
917
918        :param int databanks: the number of banks in the raw data file.
919          If the number of banks in the data and instrument parameter files
920          agree, then the sets of banks are assumed to match up and bank
921          is used to select the instrument parameter file. If not, the user
922          is asked to make a selection.
923
924        :param obj rd: the raw data (histogram) data object. This
925          sets rd.instbank.
926
927        '''
928        if not os.path.exists(instfile): # no such file
929            return {}
930        fp = 0
931        try:
932            fp = open(instfile,'Ur')
933            Iparm = {}
934            for S in fp:
935                if '#' in S[0]:
936                    continue
937                Iparm[S[:12]] = S[12:-1]
938        except IOError:
939            print('Error reading file:'+str(instfile))
940        if fp:       
941            fp.close()
942
943        ibanks = int(Iparm.get('INS   BANK  ','1').strip())
944        hType = Iparm['INS   HTYPE '].strip()
945        if ibanks == 1: # there is only one bank here, return it
946            rd.instbank = 1
947            return Iparm
948        if 'PNT' in hType:
949            rd.instbank = bank
950        elif ibanks != databanks:
951            # number of banks in data and prm file not not agree, need a
952            # choice from a human here
953            choices = []
954            for i in range(1,1+ibanks):
955                choices.append('Bank '+str(i))
956            bank = rd.BlockSelector(
957                choices, self,
958                title='Select an instrument parameter bank for '+
959                os.path.split(rd.powderentry[0])[1]+' BANK '+str(bank)+
960                '\nOr use Cancel to select from the default parameter sets',
961                header='Block Selector')
962        if bank is None: return {}
963        # pull out requested bank # bank from the data, and change the bank to 1
964        IparmS = {}
965        for key in Iparm:
966            if 'INS' in key[:3]:    #skip around rubbish lines in some old iparm files
967                if key[4:6] == "  ":
968                    IparmS[key] = Iparm[key]
969                elif int(key[4:6].strip()) == bank:
970                    IparmS[key[:4]+' 1'+key[6:]] = Iparm[key]
971        rd.instbank = bank
972        return IparmS
973                       
974    def GetPowderIparm(self,rd, prevIparm, lastIparmfile, lastdatafile):
975        '''Open and read an instrument parameter file for a data file
976        Returns the list of parameters used in the data tree
977
978        :param obj rd: the raw data (histogram) data object.
979
980        :param str prevIparm: not used
981
982        :param str lastIparmfile: Name of last instrument parameter
983          file that was read, or a empty string.
984
985        :param str lastdatafile: Name of last data file that was read.
986
987        :returns: a list of two dicts, the first containing instrument parameters
988          and the second used for TOf lookup tables for profile coeff.
989
990        '''
991        def SetPowderInstParms(Iparm, rd):
992            '''extracts values from instrument parameters in rd.instdict
993            or in array Iparm.
994            Create and return the contents of the instrument parameter tree entry.
995            '''
996            Irads = {0:' ',1:'CrKa',2:'FeKa',3:'CuKa',4:'MoKa',5:'AgKa',6:'TiKa',7:'CoKa'}
997            DataType = Iparm['INS   HTYPE '].strip()[:3]  # take 1st 3 chars
998            # override inst values with values read from data file
999            if rd.instdict.get('type'):
1000                DataType = rd.instdict.get('type')
1001            data = [DataType,]
1002            instname = Iparm.get('INS  1INAME ')
1003            irad = int(Iparm.get('INS  1 IRAD ','0'))
1004            if instname:
1005                rd.Sample['InstrName'] = instname.strip()
1006            if 'C' in DataType:
1007                wave1 = None
1008                wave2 = 0.0
1009                if rd.instdict.get('wave'):
1010                    wl = rd.instdict.get('wave')
1011                    wave1 = wl[0]
1012                    if len(wl) > 1: wave2 = wl[1]
1013                s = Iparm['INS  1 ICONS']
1014                if not wave1:
1015                    wave1 = G2IO.sfloat(s[:10])
1016                    wave2 = G2IO.sfloat(s[10:20])
1017                v = (wave1,wave2,
1018                     G2IO.sfloat(s[20:30]),G2IO.sfloat(s[55:65]),G2IO.sfloat(s[40:50])) #get lam1, lam2, zero, pola & ratio
1019                if not v[1]:
1020                    names = ['Type','Lam','Zero','Polariz.','U','V','W','X','Y','SH/L','Azimuth'] 
1021                    v = (v[0],v[2],v[4])
1022                    codes = [0,0,0,0]
1023                else:
1024                    names = ['Type','Lam1','Lam2','Zero','I(L2)/I(L1)','Polariz.','U','V','W','X','Y','SH/L','Azimuth']
1025                    codes = [0,0,0,0,0,0]
1026                data.extend(v)
1027                if 'INS  1PRCF  ' in Iparm:
1028                    v1 = Iparm['INS  1PRCF  '].split()                                                 
1029                    v = Iparm['INS  1PRCF 1'].split()
1030                    data.extend([float(v[0]),float(v[1]),float(v[2])])                  #get GU, GV & GW - always here
1031                    azm = float(Iparm.get('INS  1DETAZM','0.0'))
1032                    v = Iparm['INS  1PRCF 2'].split()
1033                    if v1[0] == 3:
1034                        data.extend([float(v[0]),float(v[1]),float(v[2])+float(v[3],azm)])  #get LX, LY, S+H/L & azimuth
1035                    else:
1036                        data.extend([0.0,0.0,0.002,azm])                                      #OK defaults if fxn #3 not 1st in iprm file                   
1037                else:
1038                    v1 = Iparm['INS  1PRCF1 '].split()                                                 
1039                    v = Iparm['INS  1PRCF11'].split()
1040                    data.extend([float(v[0]),float(v[1]),float(v[2])])                  #get GU, GV & GW - always here
1041                    azm = float(Iparm.get('INS  1DETAZM','0.0'))
1042                    v = Iparm['INS  1PRCF12'].split()
1043                    if v1[0] == 3:
1044                        data.extend([float(v[0]),float(v[1]),float(v[2])+float(v[3],azm)])  #get LX, LY, S+H/L & azimuth
1045                    else:
1046                        data.extend([0.0,0.0,0.002,azm])                                      #OK defaults if fxn #3 not 1st in iprm file
1047                codes.extend([0,0,0,0,0,0,0])
1048                Iparm1 = G2IO.makeInstDict(names,data,codes)
1049                Iparm1['Source'] = [Irads[irad],Irads[irad]]
1050                return [Iparm1,{}]
1051            elif 'T' in DataType:
1052                names = ['Type','fltPath','2-theta','difC','difA', 'difB','Zero','alpha','beta-0','beta-1',
1053                    'beta-q','sig-0','sig-1','sig-2','sig-q', 'X','Y','Azimuth',]
1054                codes = [0,0,0,0,0, 0,0,0,0,0, 0,0,0,0,0, 0,0,0,]
1055                azm = 0.
1056                if 'INS  1DETAZM' in Iparm:
1057                    azm = float(Iparm['INS  1DETAZM'])
1058                s = Iparm['INS   FPATH1'].split()
1059                fltPath0 = G2IO.sfloat(s[0])
1060                s = Iparm['INS  1BNKPAR'].split()
1061                fltPath1 = G2IO.sfloat(s[0])
1062                data.extend([fltPath0+fltPath1,])               #Flight path source-sample-detector
1063                data.extend([G2IO.sfloat(s[1]),])               #2-theta for bank
1064                s = Iparm['INS  1 ICONS'].split()
1065                data.extend([G2IO.sfloat(s[0]),G2IO.sfloat(s[1]),0.0,G2IO.sfloat(s[2])])    #difC,difA,difB,Zero
1066                if 'INS  1PRCF  ' in Iparm:
1067                    s = Iparm['INS  1PRCF  '].split()
1068                    pfType = int(s[0])
1069                    s = Iparm['INS  1PRCF 1'].split()
1070                    if abs(pfType) == 1:
1071                        data.extend([G2IO.sfloat(s[1]),G2IO.sfloat(s[2]),G2IO.sfloat(s[3])]) #alpha, beta-0, beta-1
1072                        s = Iparm['INS  1PRCF 2'].split()
1073                        data.extend([0.0,0.0,G2IO.sfloat(s[1]),G2IO.sfloat(s[2]),0.0,0.0,0.0,azm])    #beta-q, sig-0, sig-1, sig-2, sig-q, X, Y
1074                    elif abs(pfType) in [3,4,5]:
1075                        data.extend([G2IO.sfloat(s[0]),G2IO.sfloat(s[1]),G2IO.sfloat(s[2])]) #alpha, beta-0, beta-1
1076                        if abs(pfType) == 4:
1077                            data.extend([0.0,0.0,G2IO.sfloat(s[3]),0.0,0.0,0.0,0.0,azm])    #beta-q, sig-0, sig-1, sig-2, sig-q, X, Y
1078                        else:
1079                            s = Iparm['INS  1PRCF 2'].split()
1080                            data.extend([0.0,0.0,G2IO.sfloat(s[0]),G2IO.sfloat(s[1]),0.0,0.0,0.0,azm])    #beta-q, sig-0, sig-1, sig-2, sig-q, X, Y                       
1081                else:
1082                    s = Iparm['INS  1PRCF1 '].split()
1083                    pfType = int(s[0])
1084                    s = Iparm['INS  1PRCF11'].split()
1085                    if abs(pfType) == 1:
1086                        data.extend([G2IO.sfloat(s[1]),G2IO.sfloat(s[2]),G2IO.sfloat(s[3])]) #alpha, beta-0, beta-1
1087                        s = Iparm['INS  1PRCF12'].split()
1088                        data.extend([0.0,0.0,G2IO.sfloat(s[1]),G2IO.sfloat(s[2]),0.0,0.0,0.0,azm])    #beta-q, sig-0, sig-1, sig-2, sig-q, X, Y
1089                    elif abs(pfType) in [3,4,5]:
1090                        data.extend([G2IO.sfloat(s[0]),G2IO.sfloat(s[1]),G2IO.sfloat(s[2])]) #alpha, beta-0, beta-1
1091                        if abs(pfType) == 4:
1092                            data.extend([0.0,0.0,G2IO.sfloat(s[3]),0.0,0.0,0.0,0.0,azm])    #beta-q, sig-0, sig-1, sig-2, sig-q, X, Y
1093                        else:
1094                            s = Iparm['INS  1PRCF12'].split()
1095                            data.extend([0.0,0.0,G2IO.sfloat(s[0]),G2IO.sfloat(s[1]),0.0,0.0,0.0,azm])    #beta-q, sig-0, sig-1, sig-2, sig-q, X, Y                       
1096                Inst1 = G2IO.makeInstDict(names,data,codes)
1097                Inst2 = {}
1098                if pfType < 0:
1099                    Ipab = 'INS  1PAB'+str(-pfType)
1100                    Npab = int(Iparm[Ipab+'  '].strip())
1101                    Inst2['Pdabc'] = []
1102                    for i in range(Npab):
1103                        k = Ipab+str(i+1).rjust(2)
1104                        s = Iparm[k].split()
1105                        Inst2['Pdabc'].append([float(t) for t in s])
1106                    Inst2['Pdabc'] = np.array(Inst2['Pdabc'])
1107                    Inst2['Pdabc'].T[3] += Inst2['Pdabc'].T[0]*Inst1['difC'][0] #turn 3rd col into TOF
1108                if 'INS  1I ITYP' in Iparm:
1109                    s = Iparm['INS  1I ITYP'].split()
1110                    Ityp = int(s[0])
1111                    Tminmax = [float(s[1])*1000.,float(s[2])*1000.]
1112                    Itypes = ['Exponential','Maxwell/Exponential','','Maxwell/Chebyschev','']
1113                    if Ityp in [1,2,4]:
1114                        Inst2['Itype'] = Itypes[Ityp-1]
1115                        Inst2['Tminmax'] = Tminmax
1116                        Icoeff = []
1117                        Iesd = []
1118                        Icovar = []                   
1119                        for i in range(3):
1120                            s = Iparm['INS  1ICOFF'+str(i+1)].split()
1121                            Icoeff += [float(S) for S in s]
1122                            s = Iparm['INS  1IECOF'+str(i+1)].split()
1123                            Iesd += [float(S) for S in s]
1124                        NT = 10
1125                        for i in range(8):
1126                            s = Iparm['INS  1IECOR'+str(i+1)]
1127                            if i == 7:
1128                                NT = 8
1129                            Icovar += [float(s[6*j:6*j+6]) for j in range(NT)]
1130                        Inst2['Icoeff'] = Icoeff
1131                        Inst2['Iesd'] = Iesd
1132                        Inst2['Icovar'] = Icovar
1133                return [Inst1,Inst2]
1134
1135        # stuff we might need from the reader
1136        filename = rd.powderentry[0]
1137        bank = rd.powderentry[2]
1138        numbanks = rd.numbanks
1139        # is there an instrument parameter file defined for the current data set?
1140        # or if this is a read on a set of set of files, use the last one again
1141        #if rd.instparm or (lastdatafile == filename and lastIparmfile):
1142        if rd.instparm or lastIparmfile:
1143            if rd.instparm:
1144                instfile = os.path.join(os.path.split(filename)[0],
1145                                    rd.instparm)
1146            else:
1147                # for multiple reads of one data file, reuse the inst parm file
1148                instfile = lastIparmfile
1149            if os.path.exists(instfile):
1150                #print 'debug: try read',instfile
1151                Lines = self.OpenPowderInstprm(instfile)
1152                instParmList = None
1153                if Lines is not None:
1154                    instParmList = self.ReadPowderInstprm(Lines)
1155                if instParmList is not None:
1156                    rd.instfile = instfile
1157                    rd.instmsg = 'GSAS-II file '+instfile
1158                    return instParmList
1159                Iparm = self.ReadPowderIparm(instfile,bank,numbanks,rd)
1160                if Iparm:
1161                    #print 'debug: success'
1162                    rd.instfile = instfile
1163                    rd.instmsg = instfile + ' bank ' + str(rd.instbank)
1164                    return SetPowderInstParms(Iparm,rd)
1165            else:
1166                self.ErrorDialog('Open Error','Error opening instrument parameter file '
1167                    +str(instfile)+' requested by file '+ filename)
1168        # is there an instrument parameter file matching the current file
1169        # with extension .inst or .prm? If so read it
1170        basename = os.path.splitext(filename)[0]
1171        for ext in '.instprm','.prm','.inst','.ins':
1172            instfile = basename + ext
1173            Lines = self.OpenPowderInstprm(instfile)
1174            instParmList = None
1175            if Lines is not None:
1176                instParmList = self.ReadPowderInstprm(Lines)
1177            if instParmList is not None:
1178                rd.instfile = instfile
1179                rd.instmsg = 'GSAS-II file '+instfile
1180                return instParmList
1181            Iparm = self.ReadPowderIparm(instfile,bank,numbanks,rd)
1182            if Iparm:
1183                #print 'debug: success'
1184                rd.instfile = instfile
1185                rd.instmsg = instfile + ' bank ' + str(rd.instbank)
1186                return SetPowderInstParms(Iparm,rd)
1187            else:
1188                #print 'debug: open/read failed',instfile
1189                pass # fail silently
1190
1191        # did we read the data file from a zip? If so, look there for a
1192        # instrument parameter file
1193        if self.zipfile:
1194            for ext in '.instprm','.prm','.inst','.ins':
1195                instfile = G2IO.ExtractFileFromZip(
1196                    self.zipfile,
1197                    selection=os.path.split(basename + ext)[1],
1198                    parent=self)
1199                if instfile is not None and instfile != self.zipfile:
1200                    print 'debug:',instfile,'created from ',self.zipfile
1201                    Lines = self.OpenPowderInstprm(instfile)
1202                    instParmList = None
1203                    if Lines is not None:
1204                        instParmList = self.ReadPowderInstprm(Lines)
1205                    if instParmList is not None:
1206                        rd.instfile = instfile
1207                        rd.instmsg = 'GSAS-II file '+instfile
1208                        return instParmList
1209                    Iparm = self.ReadPowderIparm(instfile,bank,numbanks,rd)
1210                    if Iparm:
1211                        rd.instfile = instfile
1212                        rd.instmsg = instfile + ' bank ' + str(rd.instbank)
1213                        return SetPowderInstParms(Iparm,rd)
1214                    else:
1215                        #print 'debug: open/read for',instfile,'from',self.zipfile,'failed'
1216                        pass # fail silently
1217
1218        while True: # loop until we get a file that works or we get a cancel
1219            instfile = ''
1220            dlg = wx.FileDialog(
1221                self,
1222                'Choose inst. param file for "'
1223                +rd.idstring
1224                +'" (or Cancel for default)',
1225                '.', '',
1226                'GSAS iparm file (*.prm,*.inst,*.ins)|*.prm;*.inst;*.ins|'
1227                'GSAS-II iparm file (*.instprm)|*.instprm|'
1228                'All files (*.*)|*.*', 
1229                wx.OPEN|wx.CHANGE_DIR)
1230            if os.path.exists(lastIparmfile):
1231                dlg.SetFilename(lastIparmfile)
1232            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
1233                instfile = dlg.GetPath()
1234            dlg.Destroy()
1235            if not instfile: break
1236            Lines = self.OpenPowderInstprm(instfile)
1237            instParmList = None
1238            if Lines is not None:
1239                instParmList = self.ReadPowderInstprm(Lines)
1240            if instParmList is not None:
1241                rd.instfile = instfile
1242                rd.instmsg = 'GSAS-II file '+instfile
1243                return instParmList
1244            Iparm = self.ReadPowderIparm(instfile,bank,numbanks,rd)
1245            if Iparm:
1246                #print 'debug: success with',instfile
1247                rd.instfile = instfile
1248                rd.instmsg = instfile + ' bank ' + str(rd.instbank)
1249                return SetPowderInstParms(Iparm,rd)
1250            else:
1251                self.ErrorDialog('Read Error',
1252                                 'Error opening/reading file '+str(instfile))
1253       
1254        # still no success: offer user choice of defaults
1255        import defaultIparms as dI
1256        while True: # loop until we get a choice
1257            choices = []
1258            head = 'Select from default instrument parameters for '+rd.idstring
1259
1260            for l in dI.defaultIparm_lbl:
1261                choices.append('Defaults for '+l)
1262            res = rd.BlockSelector(
1263                choices,
1264                ParentFrame=self,
1265                title=head,
1266                header='Select default inst parms',
1267                useCancel=False)
1268            if res is None: continue
1269            rd.instfile = ''
1270            rd.instmsg = 'default: '+dI.defaultIparm_lbl[res]
1271            return self.ReadPowderInstprm(dI.defaultIparms[res])
1272
1273    def OnImportPowder(self,event):
1274        '''Called in response to an Import/Powder Data/... menu item
1275        to read a powder diffraction data set.
1276        dict self.ImportMenuId is used to look up the specific
1277        reader item associated with the menu item, which will be
1278        None for the last menu item, which is the "guess" option
1279        where all appropriate formats will be tried.
1280
1281        Also reads an instrument parameter file for each dataset.
1282        '''
1283        # get a list of existing histograms
1284        PWDRlist = []
1285        if self.PatternTree.GetCount():
1286            item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
1287            while item:
1288                name = self.PatternTree.GetItemText(item)
1289                if name.startswith('PWDR ') and name not in PWDRlist:
1290                    PWDRlist.append(name)
1291                item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)
1292        # look up which format was requested
1293        reqrdr = self.ImportMenuId.get(event.GetId()) 
1294        rdlist = self.OnImportGeneric(
1295            reqrdr,self.ImportPowderReaderlist,'Powder Data',multiple=True)
1296        if len(rdlist) == 0: return
1297        self.CheckNotebook()
1298        Iparm = None
1299        lastIparmfile = ''
1300        lastdatafile = ''
1301        newHistList = []
1302        self.EnablePlot = False
1303        for rd in rdlist:
1304            if 'Instrument Parameters' not in rd.pwdparms:
1305                # get instrument parameters for each dataset, unless already set
1306                Iparm1,Iparm2 = self.GetPowderIparm(rd, Iparm, lastIparmfile, lastdatafile)
1307                if rd.repeat_instparm: 
1308                    lastIparmfile = rd.instfile
1309                # override any keys in read instrument parameters with ones set in import
1310                for key in Iparm1: 
1311                    if key in rd.instdict:
1312                        Iparm1[key] = rd.instdict[key]
1313            else:
1314                Iparm1,Iparm2 = rd.pwdparms['Instrument Parameters']
1315            lastdatafile = rd.powderentry[0]
1316            HistName = rd.idstring
1317            HistName = 'PWDR '+HistName
1318            # make new histogram names unique
1319            HistName = G2obj.MakeUniqueLabel(HistName,PWDRlist)
1320            print 'Read powder data '+str(HistName)+ \
1321                ' from file '+str(rd.readfilename) + \
1322                ' with parameters from '+str(rd.instmsg)
1323            # data are read, now store them in the tree
1324            Id = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text=HistName)
1325            if 'T' in Iparm1['Type'][0]:
1326                if not rd.clockWd and rd.GSAS:
1327                    rd.powderdata[0] *= 100.        #put back the CW centideg correction
1328                cw = np.diff(rd.powderdata[0])
1329                rd.powderdata[0] = rd.powderdata[0][:-1]+cw/2.
1330                if rd.GSAS:     #NB: old GSAS wanted intensities*CW even if normalized!
1331                    rd.powderdata[1] = rd.powderdata[1][:-1]/cw
1332                    rd.powderdata[2] = rd.powderdata[2][:-1]*cw**2  #1/var=w at this point
1333                else:       #NB: from topas/fullprof type files
1334                    rd.powderdata[1] = rd.powderdata[1][:-1]
1335                    rd.powderdata[2] = rd.powderdata[2][:-1]
1336                if 'Itype' in Iparm2:
1337                    Ibeg = np.searchsorted(rd.powderdata[0],Iparm2['Tminmax'][0])
1338                    Ifin = np.searchsorted(rd.powderdata[0],Iparm2['Tminmax'][1])
1339                    rd.powderdata[0] = rd.powderdata[0][Ibeg:Ifin]
1340                    YI,WYI = G2pwd.calcIncident(Iparm2,rd.powderdata[0])
1341                    rd.powderdata[1] = rd.powderdata[1][Ibeg:Ifin]/YI
1342                    var = 1./rd.powderdata[2][Ibeg:Ifin]
1343                    var += WYI*rd.powderdata[1]**2
1344                    var /= YI**2
1345                    rd.powderdata[2] = 1./var
1346                rd.powderdata[3] = np.zeros_like(rd.powderdata[0])                                       
1347                rd.powderdata[4] = np.zeros_like(rd.powderdata[0])                                       
1348                rd.powderdata[5] = np.zeros_like(rd.powderdata[0])                                       
1349            valuesdict = {
1350                'wtFactor':1.0,
1351                'Dummy':False,
1352                'ranId':ran.randint(0,sys.maxint),
1353                'Offset':[0.0,0.0],'delOffset':0.02,'refOffset':-1.0,'refDelt':0.01,
1354                'qPlot':False,'dPlot':False,'sqrtPlot':False
1355                }
1356            rd.Sample['ranId'] = valuesdict['ranId'] # this should be removed someday
1357            self.PatternTree.SetItemPyData(Id,[valuesdict,rd.powderdata])
1358            self.PatternTree.SetItemPyData(
1359                self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Comments'),
1360                rd.comments)
1361            Tmin = min(rd.powderdata[0])
1362            Tmax = max(rd.powderdata[0])
1363            self.PatternTree.SetItemPyData(
1364                self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Limits'),
1365                rd.pwdparms.get('Limits',[(Tmin,Tmax),[Tmin,Tmax]])
1366                )
1367            self.PatternId = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,Id,'Limits')
1368            self.PatternTree.SetItemPyData(
1369                self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Background'),
1370                rd.pwdparms.get('Background',
1371                    [['chebyschev',True,3,1.0,0.0,0.0],{'nDebye':0,'debyeTerms':[],'nPeaks':0,'peaksList':[]}])
1372                    )
1373            self.PatternTree.SetItemPyData(
1374                self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Instrument Parameters'),
1375                [Iparm1,Iparm2])
1376            self.PatternTree.SetItemPyData(
1377                self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Sample Parameters'),
1378                rd.Sample)
1379            self.PatternTree.SetItemPyData(
1380                self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Peak List')
1381                ,{'peaks':[],'sigDict':{}})
1382            self.PatternTree.SetItemPyData(
1383                self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Index Peak List'),
1384                [[],[]])
1385            self.PatternTree.SetItemPyData(
1386                self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Unit Cells List'),
1387                [])
1388            self.PatternTree.SetItemPyData(
1389                self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Reflection Lists'),
1390                {})
1391            # if any Control values have been set, move them into tree
1392            Controls = self.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root, 'Controls'))
1393            Controls.update(rd.Controls)
1394            newHistList.append(HistName)
1395        else:
1396            self.EnablePlot = True
1397            self.PatternTree.Expand(Id)
1398            self.PatternTree.SelectItem(Id)
1399           
1400        if not newHistList: return # somehow, no new histograms
1401        # make a list of phase names
1402        phaseRIdList,usedHistograms = self.GetPhaseInfofromTree()
1403        phaseNameList = usedHistograms.keys() # phase names in use
1404        if not phaseNameList: return # no phases yet, nothing to do
1405        header = 'Select phase(s) to add the new\npowder dataset(s) to:'
1406        for Name in newHistList:
1407            header += '\n  '+str(Name)
1408
1409        result = G2gd.ItemSelector(phaseNameList,self,header,header='Add to phase(s)',multiple=True)
1410        if not result: return
1411        # connect new phases to histograms
1412        sub = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases')
1413        if not sub:
1414            raise Exception('ERROR -- why are there no phases here?')
1415        item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(sub)
1416        iph = -1
1417        while item: # loop over (new) phases
1418            iph += 1
1419            phaseName = self.PatternTree.GetItemText(item)
1420            data = self.PatternTree.GetItemPyData(item)
1421            item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(sub, cookie)
1422            if iph not in result: continue
1423            generalData = data['General']
1424            SGData = generalData['SGData']
1425            UseList = data['Histograms']
1426            NShkl = len(G2spc.MustrainNames(SGData))
1427            NDij = len(G2spc.HStrainNames(SGData))
1428            for histoName in newHistList:
1429                UseList[histoName] = SetDefaultDData('PWDR',histoName,NShkl=NShkl,NDij=NDij)
1430                Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,histoName)
1431                refList = self.PatternTree.GetItemPyData(
1432                    G2gd.GetPatternTreeItemId(self,Id,'Reflection Lists'))
1433                refList[generalData['Name']] = []
1434        return # success
1435
1436    def OnDummyPowder(self,event):
1437        '''Called in response to Import/Powder Data/Simulate menu item
1438        to create a Dummy powder diffraction data set.
1439
1440        Reads an instrument parameter file and then gets input from the user
1441        '''
1442        # get a list of existing histograms
1443        PWDRlist = []
1444        if self.PatternTree.GetCount():
1445            item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
1446            while item:
1447                name = self.PatternTree.GetItemText(item)
1448                if name.startswith('PWDR ') and name not in PWDRlist:
1449                    PWDRlist.append(name)
1450                item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)
1451        # Initialize a base class reader
1452        rd = G2IO.ImportPowderData(
1453            extensionlist=tuple(),
1454            strictExtension=False,
1455            formatName = 'Simulate dataset',
1456            longFormatName = 'Compute a simulated pattern')
1457        rd.powderentry[0] = '' # no filename
1458        # #self.powderentry[1] = pos # bank offset (N/A here)
1459        rd.powderentry[2] = 1 # only one bank
1460        rd.comments.append('This is a dummy dataset for powder pattern simulation')
1461        self.CheckNotebook()
1462        Iparm = None
1463        lastIparmfile = ''
1464        lastdatafile = ''
1465        self.zipfile = None
1466        # get instrument parameters for it
1467        Iparm1,Iparm2 = self.GetPowderIparm(rd, Iparm, lastIparmfile, lastdatafile)
1468        if 'T' in Iparm1['Type'][0]:
1469            print('TOF simulation not supported yet')
1470            return False
1471        else:
1472            # need to get name, 2theta start, end, step
1473            rd.idstring = ' CW'
1474            if 'X' in Iparm1['Type'][0]:
1475                rd.idstring = 'CW x-ray simulation'
1476            else:
1477                rd.idstring = 'CW neutron simulation'
1478            # base initial range on wavelength
1479            wave = Iparm1.get('Lam')
1480            if wave:
1481                wave = wave[0]
1482            else:
1483                wave = Iparm1.get('Lam1')
1484                if wave:
1485                    wave = wave[0]
1486        N = 0
1487        while (N < 3): # insist on a dataset with a few points
1488            names = ('dataset name', 'start angle', 'end angle', 'step size')
1489            if not wave or wave < 1.0:
1490                inp = [rd.idstring, 10.,40.,0.005] # see names for what's what
1491            else:
1492                inp = [rd.idstring, 10.,80.,0.01] # see names for what's what
1493            dlg = G2G.ScrolledMultiEditor(
1494                self,[inp] * len(inp),range(len(inp)),names,
1495                header='Enter simulation name and range',
1496                minvals=(None,0.001,0.001,0.0001),
1497                maxvals=(None,180.,180.,.1),
1498                sizevals=((225,-1),)
1499                )
1500            dlg.CenterOnParent()
1501            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
1502                if inp[1] > inp[2]:
1503                    end,start,step = inp[1:]
1504                else:               
1505                    start,end,step = inp[1:]
1506                step = abs(step)
1507            else:
1508                return False
1509            N = int((end-start)/step)+1
1510            x = np.linspace(start,end,N,True)
1511            N = len(x)
1512        rd.powderdata = [
1513            np.array(x), # x-axis values
1514            np.zeros_like(x), # powder pattern intensities
1515            np.ones_like(x), # 1/sig(intensity)^2 values (weights)
1516            np.zeros_like(x), # calc. intensities (zero)
1517            np.zeros_like(x), # calc. background (zero)
1518            np.zeros_like(x), # obs-calc profiles
1519            ]
1520        Tmin = rd.powderdata[0][0]
1521        Tmax = rd.powderdata[0][-1]
1522        # data are read, now store them in the tree
1523        HistName = inp[0]
1524        HistName = 'PWDR '+HistName
1525        HistName = G2obj.MakeUniqueLabel(HistName,PWDRlist)  # make new histogram names unique
1526        Id = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text=HistName)
1527        valuesdict = {
1528            'wtFactor':1.0,
1529            'Dummy':True,
1530            'ranId':ran.randint(0,sys.maxint),
1531            'Offset':[0.0,0.0],'delOffset':0.02,'refOffset':-1.0,'refDelt':0.01,
1532            'qPlot':False,'dPlot':False,'sqrtPlot':False
1533            }
1534        self.PatternTree.SetItemPyData(Id,[valuesdict,rd.powderdata])
1535        self.PatternTree.SetItemPyData(
1536            self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Comments'),
1537            rd.comments)
1538        self.PatternTree.SetItemPyData(
1539            self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Limits'),
1540            [(Tmin,Tmax),[Tmin,Tmax]])
1541        self.PatternId = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,Id,'Limits')
1542        self.PatternTree.SetItemPyData(
1543            self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Background'),
1544            [['chebyschev',True,3,1.0,0.0,0.0],
1545             {'nDebye':0,'debyeTerms':[],'nPeaks':0,'peaksList':[]}])
1546        self.PatternTree.SetItemPyData(
1547            self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Instrument Parameters'),
1548            [Iparm1,Iparm2])
1549        self.PatternTree.SetItemPyData(
1550            self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Sample Parameters'),
1551            rd.Sample)
1552        self.PatternTree.SetItemPyData(
1553            self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Peak List')
1554            ,{'peaks':[],'sigDict':{}})
1555        self.PatternTree.SetItemPyData(
1556            self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Index Peak List'),
1557            [[],[]])
1558        self.PatternTree.SetItemPyData(
1559            self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Unit Cells List'),
1560            [])
1561        self.PatternTree.SetItemPyData(
1562            self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Reflection Lists'),
1563            {})
1564        self.PatternTree.Expand(Id)
1565        self.PatternTree.SelectItem(Id)
1566        print('Added simulation powder data '+str(HistName)+ 
1567              ' with parameters from '+str(rd.instmsg))
1568
1569        # make a list of phase names
1570        phaseRIdList,usedHistograms = self.GetPhaseInfofromTree()
1571        phaseNameList = usedHistograms.keys() # phase names in use
1572        if not phaseNameList: return # no phases yet, nothing to do
1573        header = 'Select phase(s) to add the new\npowder simulation (dummy) dataset to:'
1574        result = G2gd.ItemSelector(phaseNameList,self,header,header='Add to phase(s)',multiple=True)
1575        if not result: return
1576        # connect new phases to histograms
1577        sub = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases')
1578        if not sub:
1579            raise Exception('ERROR -- why are there no phases here?')
1580        item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(sub)
1581        iph = -1
1582        while item: # loop over (new) phases
1583            iph += 1
1584            phaseName = self.PatternTree.GetItemText(item)
1585            data = self.PatternTree.GetItemPyData(item)
1586            item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(sub, cookie)
1587            if iph not in result: continue
1588            generalData = data['General']
1589            SGData = generalData['SGData']
1590            UseList = data['Histograms']
1591            NShkl = len(G2spc.MustrainNames(SGData))
1592            NDij = len(G2spc.HStrainNames(SGData))
1593            UseList[HistName] = SetDefaultDData('PWDR',HistName,NShkl=NShkl,NDij=NDij)
1594            Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,HistName)
1595            refList = self.PatternTree.GetItemPyData(
1596                G2gd.GetPatternTreeItemId(self,Id,'Reflection Lists'))
1597            refList[generalData['Name']] = []
1598        return # success
1599
1600    def _Add_ImportMenu_smallangle(self,parent):
1601        '''configure the Small Angle Data menus accord to the readers found in _init_Imports
1602        '''
1603        submenu = wx.Menu()
1604        item = parent.AppendMenu(wx.ID_ANY, 'Small Angle Data',
1605            submenu, help='Import small angle data')
1606        for reader in self.ImportSmallAngleReaderlist:
1607            item = submenu.Append(wx.ID_ANY,help=reader.longFormatName,
1608                kind=wx.ITEM_NORMAL,text='from '+reader.formatName+' file')
1609            self.ImportMenuId[item.GetId()] = reader
1610            self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnImportSmallAngle, id=item.GetId())
1611        # item = submenu.Append(wx.ID_ANY,
1612        #     help='Import small angle data, use file to try to determine format',
1613        #     kind=wx.ITEM_NORMAL,text='guess format from file')
1614        # self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnImportSmallAngle, id=item.GetId())
1615
1616    def OnImportSmallAngle(self,event):
1617        '''Called in response to an Import/Small Angle Data/... menu item
1618        to read a small angle diffraction data set.
1619        dict self.ImportMenuId is used to look up the specific
1620        reader item associated with the menu item, which will be
1621        None for the last menu item, which is the "guess" option
1622        where all appropriate formats will be tried.
1623
1624        '''
1625       
1626        def GetSASDIparm(reader):
1627            parm = reader.instdict
1628            Iparm = {'Type':[parm['type'],parm['type'],0],'Lam':[parm['wave'],
1629                parm['wave'],0],'Azimuth':[0.,0.,0]}           
1630            return Iparm,{}
1631           
1632        # get a list of existing histograms
1633        SASDlist = []
1634        if self.PatternTree.GetCount():
1635            item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
1636            while item:
1637                name = self.PatternTree.GetItemText(item)
1638                if name.startswith('SASD ') and name not in SASDlist:
1639                    SASDlist.append(name)
1640                item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)
1641        # look up which format was requested
1642        reqrdr = self.ImportMenuId.get(event.GetId()) 
1643        rdlist = self.OnImportGeneric(
1644            reqrdr,self.ImportSmallAngleReaderlist,'Small Angle Data',multiple=True)
1645        if len(rdlist) == 0: return
1646        self.CheckNotebook()
1647        Iparm = None
1648        lastdatafile = ''
1649        newHistList = []
1650        self.EnablePlot = False
1651        for rd in rdlist:
1652            lastdatafile = rd.smallangleentry[0]
1653            HistName = rd.idstring
1654            HistName = 'SASD '+HistName
1655            # make new histogram names unique
1656            HistName = G2obj.MakeUniqueLabel(HistName,SASDlist)
1657            print 'Read small angle data '+str(HistName)+ \
1658                ' from file '+str(self.lastimport)
1659            # data are read, now store them in the tree
1660            Id = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text=HistName)
1661            Iparm1,Iparm2 = GetSASDIparm(rd)
1662#            if 'T' in Iparm1['Type'][0]:
1663#                if not rd.clockWd and rd.GSAS:
1664#                    rd.powderdata[0] *= 100.        #put back the CW centideg correction
1665#                cw = np.diff(rd.powderdata[0])
1666#                rd.powderdata[0] = rd.powderdata[0][:-1]+cw/2.
1667#                rd.powderdata[1] = rd.powderdata[1][:-1]/cw
1668#                rd.powderdata[2] = rd.powderdata[2][:-1]*cw**2  #1/var=w at this point
1669#                if 'Itype' in Iparm2:
1670#                    Ibeg = np.searchsorted(rd.powderdata[0],Iparm2['Tminmax'][0])
1671#                    Ifin = np.searchsorted(rd.powderdata[0],Iparm2['Tminmax'][1])
1672#                    rd.powderdata[0] = rd.powderdata[0][Ibeg:Ifin]
1673#                    YI,WYI = G2pwd.calcIncident(Iparm2,rd.powderdata[0])
1674#                    rd.powderdata[1] = rd.powderdata[1][Ibeg:Ifin]/YI
1675#                    var = 1./rd.powderdata[2][Ibeg:Ifin]
1676#                    var += WYI*rd.powderdata[1]**2
1677#                    var /= YI**2
1678#                    rd.powderdata[2] = 1./var
1679#                rd.powderdata[3] = np.zeros_like(rd.powderdata[0])                                       
1680#                rd.powderdata[4] = np.zeros_like(rd.powderdata[0])                                       
1681#                rd.powderdata[5] = np.zeros_like(rd.powderdata[0])                                       
1682            Tmin = min(rd.smallangledata[0])
1683            Tmax = max(rd.smallangledata[0])
1684            valuesdict = {
1685                'wtFactor':1.0,
1686                'Dummy':False,
1687                'ranId':ran.randint(0,sys.maxint),
1688                }
1689            rd.Sample['ranId'] = valuesdict['ranId'] # this should be removed someday
1690            self.PatternTree.SetItemPyData(Id,[valuesdict,rd.smallangledata])
1691            self.PatternTree.SetItemPyData(
1692                self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Comments'),
1693                rd.comments)
1694            self.PatternTree.SetItemPyData(
1695                self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Limits'),
1696                [(Tmin,Tmax),[Tmin,Tmax]])
1697            self.PatternId = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,Id,'Limits')
1698            self.PatternTree.SetItemPyData(
1699                self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Instrument Parameters'),
1700                [Iparm1,Iparm2])
1701            self.PatternTree.SetItemPyData(
1702                self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Substances'),G2pdG.SetDefaultSubstances())
1703            self.PatternTree.SetItemPyData(
1704                self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Sample Parameters'),
1705                rd.Sample)
1706            self.PatternTree.SetItemPyData(
1707                self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Models'),G2pdG.SetDefaultSASDModel())
1708            newHistList.append(HistName)
1709        else:
1710            self.EnablePlot = True
1711            self.PatternTree.Expand(Id)
1712            self.PatternTree.SelectItem(Id)
1713           
1714        if not newHistList: return # somehow, no new histograms
1715        return # success
1716
1717    def OnMacroRecordStatus(self,event,setvalue=None):
1718        '''Called when the record macro menu item is used which toggles the
1719        value. Alternately a value to be set can be provided. Note that this
1720        routine is made more complex because on the Mac there are lots of menu
1721        items (listed in self.MacroStatusList) and this loops over all of them.
1722        '''
1723        nextvalue = log.ShowLogStatus() != True
1724        if setvalue is not None:
1725            nextvalue = setvalue
1726        if nextvalue:
1727            log.LogOn()
1728            set2 = True
1729        else:
1730            log.LogOff()
1731            set2 = False
1732        for menuitem in self.MacroStatusList:
1733            menuitem.Check(set2)
1734
1735    def _init_Macro(self):
1736        '''Define the items in the macro menu.
1737        '''
1738        menu = self.MacroMenu
1739        item = menu.Append(
1740                help='Start or stop recording of menu actions, etc.', id=wx.ID_ANY,
1741                kind=wx.ITEM_CHECK,text='Record actions')
1742        self.MacroStatusList.append(item)
1743        item.Check(log.ShowLogStatus())
1744        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnMacroRecordStatus, item)
1745
1746        # this may only be of value for development work
1747        item = menu.Append(
1748            help='Show logged commands', id=wx.ID_ANY,
1749            kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Show log')
1750        def OnShowLog(event):
1751            print 70*'='
1752            print 'List of logged actions'
1753            for i,line in enumerate(log.G2logList):
1754                if line: print i,line
1755            print 70*'='
1756        self.Bind(wx.EVT_MENU, OnShowLog, item)
1757
1758        item = menu.Append(
1759            help='Clear logged commands', id=wx.ID_ANY,
1760            kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Clear log')
1761        def OnClearLog(event): log.G2logList=[None]
1762        self.Bind(wx.EVT_MENU, OnClearLog, item)
1763       
1764        item = menu.Append(
1765            help='Save logged commands to file', id=wx.ID_ANY,
1766            kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Save log')
1767        def OnSaveLog(event):
1768            import cPickle
1769            defnam = os.path.splitext(
1770                os.path.split(self.GSASprojectfile)[1]
1771                )[0]+'.gcmd'
1772            dlg = wx.FileDialog(self,
1773                'Choose an file to save past actions', '.', defnam, 
1774                'GSAS-II cmd output (*.gcmd)|*.gcmd',
1775                wx.FD_SAVE|wx.FD_OVERWRITE_PROMPT|wx.CHANGE_DIR)
1776            dlg.CenterOnParent()
1777            try:
1778                if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
1779                    filename = dlg.GetPath()
1780                    # make sure extension is correct
1781                    filename = os.path.splitext(filename)[0]+'.gcmd'
1782                else:
1783                    filename = None
1784            finally:
1785                dlg.Destroy()
1786            if filename:
1787                fp = open(filename,'wb')
1788                fp.write(str(len(log.G2logList)-1)+'\n')
1789                for item in log.G2logList:
1790                    if item: cPickle.dump(item,fp)
1791                fp.close()
1792        self.Bind(wx.EVT_MENU, OnSaveLog, item)
1793
1794        item = menu.Append(
1795            help='Load logged commands from file', id=wx.ID_ANY,
1796            kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Load log')
1797        def OnLoadLog(event):
1798            # this appends. Perhaps we should ask to clear?
1799            import cPickle
1800            defnam = os.path.splitext(
1801                os.path.split(self.GSASprojectfile)[1]
1802                )[0]+'.gcmd'
1803            dlg = wx.FileDialog(self,
1804                'Choose an file to read saved actions', '.', defnam, 
1805                'GSAS-II cmd output (*.gcmd)|*.gcmd',
1806                wx.OPEN|wx.CHANGE_DIR)
1807            dlg.CenterOnParent()
1808            try:
1809                if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
1810                    filename = dlg.GetPath()
1811                    # make sure extension is correct
1812                    filename = os.path.splitext(filename)[0]+'.gcmd'
1813                else:
1814                    filename = None
1815            finally:
1816                dlg.Destroy()
1817            if filename and os.path.exists(filename):
1818                fp = open(filename,'rb')
1819                lines = fp.readline()
1820                for i in range(int(lines)):
1821                    log.G2logList.append(cPickle.load(fp))
1822                fp.close()
1823        self.Bind(wx.EVT_MENU, OnLoadLog, item)
1824
1825        item = menu.Append(
1826            help='Replay saved commands', id=wx.ID_ANY,
1827            kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Replay log')
1828        self.Bind(wx.EVT_MENU, log.ReplayLog, item)
1829
1830    def _init_Exports(self,menu):
1831        '''Find exporter routines and add them into menus
1832        '''
1833        # set up the top-level menus
1834        projectmenu = wx.Menu()
1835        item = menu.AppendMenu(
1836            wx.ID_ANY, 'Entire project as',
1837            projectmenu, help='Export entire project')
1838
1839        phasemenu = wx.Menu()
1840        item = menu.AppendMenu(
1841            wx.ID_ANY, 'Phase as',
1842            phasemenu, help='Export phase or sometimes phases')
1843
1844        powdermenu = wx.Menu()
1845        item = menu.AppendMenu(
1846            wx.ID_ANY, 'Powder data as',
1847            powdermenu, help='Export powder diffraction histogram(s)')
1848
1849        singlemenu = wx.Menu()
1850        item = menu.AppendMenu(
1851            wx.ID_ANY, 'Single crystal data as',
1852            singlemenu, help='Export single crystal histogram(s)')
1853
1854        imagemenu = wx.Menu()
1855        item = menu.AppendMenu(
1856            wx.ID_ANY, 'Image data as',
1857            imagemenu, help='Export powder image(s) data')
1858
1859        mapmenu = wx.Menu()
1860        item = menu.AppendMenu(
1861            wx.ID_ANY, 'Maps as',
1862            mapmenu, help='Export density map(s)')
1863
1864        # pdfmenu = wx.Menu()
1865        # item = menu.AppendMenu(
1866        #     wx.ID_ANY, 'PDFs as',
1867        #     pdfmenu, help='Export pair distribution function(s)')
1868
1869        # find all the exporter files
1870        pathlist = sys.path
1871        filelist = []
1872        for path in pathlist:
1873            for filename in glob.iglob(os.path.join(path,"G2export*.py")):
1874                filelist.append(filename)   
1875        filelist = sorted(list(set(filelist))) # remove duplicates
1876        exporterlist = []
1877        # go through the routines and import them, saving objects that
1878        # have export routines (method Exporter)
1879        for filename in filelist:
1880            path,rootname = os.path.split(filename)
1881            pkg = os.path.splitext(rootname)[0]
1882            try:
1883                fp = None
1884                fp, fppath,desc = imp.find_module(pkg,[path,])
1885                pkg = imp.load_module(pkg,fp,fppath,desc)
1886                for clss in inspect.getmembers(pkg): # find classes defined in package
1887                    if clss[0].startswith('_'): continue
1888                    if inspect.isclass(clss[1]):
1889                        # check if we have the required methods
1890                        for m in 'Exporter','loadParmDict':
1891                            if not hasattr(clss[1],m): break
1892                            if not callable(getattr(clss[1],m)): break
1893                        else:
1894                            exporter = clss[1](self) # create an export instance
1895                            exporterlist.append(exporter)
1896            except AttributeError:
1897                print 'Import_'+errprefix+': Attribute Error'+str(filename)
1898                pass
1899            except ImportError:
1900                print 'Import_'+errprefix+': Error importing file'+str(filename)
1901                pass
1902            if fp: fp.close()
1903        # Add submenu item(s) for each Exporter by its self-declared type (can be more than one)
1904        for obj in exporterlist:
1905            #print 'exporter',obj
1906            for typ in obj.exporttype:
1907                if typ == "project":
1908                    submenu = projectmenu
1909                elif typ == "phase":
1910                    submenu = phasemenu
1911                elif typ == "powder":
1912                    submenu = powdermenu
1913                elif typ == "single":
1914                    submenu = singlemenu
1915                elif typ == "image":
1916                    submenu = imagemenu
1917                elif typ == "map":
1918                    submenu = mapmenu
1919                # elif typ == "pdf":
1920                #     submenu = pdfmenu
1921                else:
1922                    print("Error, unknown type in "+str(obj))
1923                    break
1924                item = submenu.Append(
1925                    wx.ID_ANY,
1926                    help=obj.longFormatName,
1927                    kind=wx.ITEM_NORMAL,
1928                    text=obj.formatName)
1929                self.Bind(wx.EVT_MENU, obj.Exporter, id=item.GetId())
1930                self.ExportLookup[item.GetId()] = typ # lookup table for submenu item
1931               
1932        #code to debug an Exporter. hard-coded the routine below, to allow a reload before use
1933        # def DebugExport(event):
1934        #      print 'start reload'
1935        #      reload(G2IO)
1936        #      import G2export_pwdr as dev
1937        #      reload(dev)
1938        #      dev.ExportPowderFXYE(self).Exporter(event)
1939        # item = menu.Append(
1940        #     wx.ID_ANY,kind=wx.ITEM_NORMAL,
1941        #     help="debug exporter",text="test Export FXYE")
1942        # self.Bind(wx.EVT_MENU, DebugExport, id=item.GetId())
1943        # # #self.ExportLookup[item.GetId()] = 'image'
1944        # self.ExportLookup[item.GetId()] = 'powder'
1945
1946    def _Add_ExportMenuItems(self,parent):
1947        # item = parent.Append(
1948        #     help='Select PWDR item to enable',id=wx.ID_ANY,
1949        #     kind=wx.ITEM_NORMAL,
1950        #     text='Export Powder Patterns...')
1951        # self.ExportPattern.append(item)
1952        # item.Enable(False)
1953        # self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnExportPatterns, id=item.GetId())
1954
1955        item = parent.Append(
1956            help='',id=wx.ID_ANY,
1957            kind=wx.ITEM_NORMAL,
1958            text='Export All Peak Lists...')
1959        self.ExportPeakList.append(item)
1960        item.Enable(True)
1961        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnExportPeakList, id=item.GetId())
1962
1963        item = parent.Append(
1964            help='',id=wx.ID_ANY,
1965            kind=wx.ITEM_NORMAL,
1966            text='Export HKLs...')
1967        self.ExportHKL.append(item)
1968        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnExportHKL, id=item.GetId())
1969
1970        item = parent.Append(
1971            help='Select PDF item to enable',
1972            id=wx.ID_ANY,
1973            kind=wx.ITEM_NORMAL,
1974            text='Export PDF...')
1975        self.ExportPDF.append(item)
1976        item.Enable(False)
1977        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnExportPDF, id=item.GetId())
1978
1979    def FillMainMenu(self,menubar):
1980        '''Define contents of the main GSAS-II menu for the (main) data tree window.
1981        For the mac, this is also called for the data item windows as well so that
1982        the main menu items are data menu as well.
1983        '''
1984        File = wx.Menu(title='')
1985        menubar.Append(menu=File, title='&File')
1986        self._Add_FileMenuItems(File)
1987        Data = wx.Menu(title='')
1988        menubar.Append(menu=Data, title='Data')
1989        self._Add_DataMenuItems(Data)
1990        Calculate = wx.Menu(title='')       
1991        menubar.Append(menu=Calculate, title='&Calculate')
1992        self._Add_CalculateMenuItems(Calculate)
1993        Import = wx.Menu(title='')       
1994        menubar.Append(menu=Import, title='Import')
1995        self._Add_ImportMenu_Phase(Import)
1996        self._Add_ImportMenu_powder(Import)
1997        self._Add_ImportMenu_Sfact(Import)
1998        self._Add_ImportMenu_smallangle(Import)
1999        #======================================================================
2000        # Code to help develop/debug an importer, much is hard-coded below
2001        # but module is reloaded before each use, allowing faster testing
2002        # def DebugImport(event):
2003        #     print 'start reload'
2004        #     import G2phase_ISO as dev
2005        #     reload(dev)
2006        #     rd = dev.ISODISTORTPhaseReader()
2007        #     self.ImportMenuId[event.GetId()] = rd
2008        #     self.OnImportPhase(event)
2009            # or ----------------------------------------------------------------------
2010            #self.OnImportGeneric(rd,[],'test of ISODISTORTPhaseReader')
2011            # special debug code
2012            # or ----------------------------------------------------------------------
2013            # filename = '/Users/toby/projects/branton/subgroup_cif.txt'
2014            # fp = open(filename,'Ur')
2015            # if not rd.ContentsValidator(fp):
2016            #     print 'not validated'
2017            #     # make a list of used phase ranId's
2018            # phaseRIdList = []
2019            # sub = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases')
2020            # if sub:
2021            #     item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(sub)
2022            #     while item:
2023            #         phaseName = self.PatternTree.GetItemText(item)
2024            #         ranId = self.PatternTree.GetItemPyData(item).get('ranId')
2025            #         if ranId: phaseRIdList.append(ranId)
2026            #         item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(sub, cookie)
2027            # if rd.Reader(filename,fp,usedRanIdList=phaseRIdList):
2028            #     print 'read OK'
2029        # item = Import.Append(
2030        #     wx.ID_ANY,kind=wx.ITEM_NORMAL,
2031        #     help="debug importer",text="test importer")
2032        # self.Bind(wx.EVT_MENU, DebugImport, id=item.GetId())
2033        #======================================================================
2034        self.ExportMenu = wx.Menu(title='')
2035        menubar.Append(menu=self.ExportMenu, title='Export')
2036        self._init_Exports(self.ExportMenu)
2037        self._Add_ExportMenuItems(self.ExportMenu)
2038        if GSASIIpath.GetConfigValue('Enable_logging'):
2039            self.MacroMenu = wx.Menu(title='')
2040            menubar.Append(menu=self.MacroMenu, title='Macro')
2041            self._init_Macro()
2042        HelpMenu=G2G.MyHelp(self,helpType='Data tree',
2043            morehelpitems=[
2044                           ('&Tutorials','Tutorials'), 
2045                           ])
2046        menubar.Append(menu=HelpMenu,title='&Help')
2047
2048    def _init_ctrls(self, parent):
2049        wx.Frame.__init__(self, name='GSASII', parent=parent,
2050            size=wx.Size(400, 250),style=wx.DEFAULT_FRAME_STYLE, title='GSAS-II data tree')
2051        clientSize = wx.ClientDisplayRect()
2052        Size = self.GetSize()
2053        xPos = clientSize[2]-Size[0]
2054        self.SetPosition(wx.Point(xPos,clientSize[1]))
2055        self._init_Imports()
2056        #initialize Menu item objects (these contain lists of menu items that are enabled or disabled)
2057        self.MakePDF = []
2058        self.Refine = []
2059        self.SeqRefine = [] # pointer(s) to Sequential Refinement menu objects
2060        #self.ExportPattern = []
2061        self.ExportPeakList = []
2062        self.ExportHKL = []
2063        self.ExportPDF = []
2064        self.ExportPhase = []
2065        self.ExportCIF = []
2066        #
2067        self.GSASIIMenu = wx.MenuBar()
2068        # create a list of all dataframe menus (appended in PrefillDataMenu)
2069        self.dataMenuBars = [self.GSASIIMenu]
2070        self.MacroStatusList = []
2071        self.FillMainMenu(self.GSASIIMenu)
2072        self.SetMenuBar(self.GSASIIMenu)
2073        self.Bind(wx.EVT_SIZE, self.OnSize)
2074        self.Status = self.CreateStatusBar()
2075        self.mainPanel = wx.Panel(self,-1)
2076       
2077        wxID_PATTERNTREE = wx.NewId()
2078        #self.PatternTree = wx.TreeCtrl(id=wxID_PATTERNTREE, # replaced for logging
2079        self.PatternTree = G2G.G2TreeCtrl(id=wxID_PATTERNTREE,
2080            parent=self.mainPanel, pos=wx.Point(0, 0),style=wx.TR_DEFAULT_STYLE )
2081        self.PatternTree.Bind(wx.EVT_TREE_SEL_CHANGED, self.OnPatternTreeSelChanged)
2082        self.PatternTree.Bind(wx.EVT_TREE_ITEM_COLLAPSED,
2083            self.OnPatternTreeItemCollapsed, id=wxID_PATTERNTREE)
2084        self.PatternTree.Bind(wx.EVT_TREE_ITEM_EXPANDED,
2085            self.OnPatternTreeItemExpanded, id=wxID_PATTERNTREE)
2086        self.PatternTree.Bind(wx.EVT_TREE_DELETE_ITEM,
2087            self.OnPatternTreeItemDelete, id=wxID_PATTERNTREE)
2088        self.PatternTree.Bind(wx.EVT_TREE_KEY_DOWN,
2089            self.OnPatternTreeKeyDown, id=wxID_PATTERNTREE)
2090        self.PatternTree.Bind(wx.EVT_TREE_BEGIN_RDRAG,
2091            self.OnPatternTreeBeginRDrag, id=wxID_PATTERNTREE)       
2092        self.PatternTree.Bind(wx.EVT_TREE_END_DRAG,
2093            self.OnPatternTreeEndDrag, id=wxID_PATTERNTREE)       
2094        #self.root = self.PatternTree.AddRoot('Loaded Data: ')
2095        self.root = self.PatternTree.root
2096        plotFrame = wx.Frame(None,-1,'GSASII Plots',size=wx.Size(700,600), \
2097            style=wx.DEFAULT_FRAME_STYLE ^ wx.CLOSE_BOX)
2098        self.G2plotNB = G2plt.G2PlotNoteBook(plotFrame)
2099        plotFrame.Show()
2100       
2101        self.dataDisplay = None
2102       
2103    def __init__(self, parent):
2104        self.ExportLookup = {}
2105        self._init_ctrls(parent)
2106        self.Image = wx.Image(
2107            os.path.join(GSASIIpath.path2GSAS2,'gsas2.ico'),
2108            wx.BITMAP_TYPE_ICO)
2109        if "wxMSW" in wx.PlatformInfo:
2110            img = self.Image.Scale(16, 16).ConvertToBitmap()
2111        elif "wxGTK" in wx.PlatformInfo:
2112            img = self.Image.Scale(22, 22).ConvertToBitmap()
2113        else:
2114            img = self.Image.ConvertToBitmap()
2115        self.SetIcon(wx.IconFromBitmap(img))
2116        self.Bind(wx.EVT_CLOSE, self.ExitMain)
2117        # various defaults
2118        self.oldFocus = None
2119        self.GSASprojectfile = ''
2120        self.dirname = os.path.expanduser('~')       #start in the users home directory by default; may be meaningless
2121        self.exportDir = None  # the last directory used for exports, if any.
2122        self.undofile = ''
2123        self.TreeItemDelete = False
2124        self.plotStyle = {'qPlot':False,'dPlot':False,'sqrtPlot':False}
2125        self.Weight = False
2126        self.IfPlot = False
2127        self.DDShowAll = False
2128        self.PatternId = 0
2129        self.PickId = 0
2130        self.PeakTable = []
2131        self.LimitsTable = []
2132        self.ifX20 = True   #use M20 /= (1+X20) in powder indexing, etc.
2133        self.HKL = []
2134        self.Lines = []
2135        self.itemPicked = None
2136        self.dataFrame = None
2137        self.Interpolate = 'nearest'
2138        self.ContourColor = 'Paired'
2139        self.VcovColor = 'RdYlGn'
2140        self.RamaColor = 'Blues'
2141        self.Projection = 'equal area'
2142        self.logPlot = False
2143        self.sqPlot = False
2144        self.ErrorBars = False
2145        self.Contour = False
2146        self.Legend = False
2147        self.SinglePlot = True
2148        self.SubBack = False
2149        self.seqReverse = False
2150        self.seqLines = True #draw lines between points
2151        self.plotView = 0
2152        self.Image = 0
2153        self.oldImagefile = ''
2154        self.ImageZ = []
2155        self.Integrate = 0
2156        self.imageDefault = {}
2157        self.Sngl = False
2158        self.ifGetRing = False
2159        self.MaskKey = ''           #trigger for making image masks
2160        self.StrainKey = ''         #ditto for new strain d-zeros
2161        self.EnablePlot = True
2162        if GSASIIpath.GetConfigValue('Starting_directory'):
2163            try: 
2164                os.chdir(GSASIIpath.GetConfigValue('Starting_directory'))
2165            except:
2166                print('Ignoring Config Starting_directory value: '+
2167                      GSASIIpath.GetConfigValue('Starting_directory'))
2168        arg = sys.argv
2169        if len(arg) > 1 and arg[1]:
2170            self.GSASprojectfile = os.path.splitext(arg[1])[0]+'.gpx'
2171            self.dirname = os.path.dirname(arg[1])
2172            if self.dirname: os.chdir(self.dirname)
2173            try:
2174                self.StartProject()         #open the file if possible
2175            except Exception:
2176                print 'Error opening or reading file',arg[1]
2177                import traceback
2178                print traceback.format_exc()
2179             
2180        self.ImportDir = os.path.normpath(os.getcwd()) # specifies a default path to be used for imports
2181        if GSASIIpath.GetConfigValue('Import_directory'):
2182            self.ImportDir = GSASIIpath.GetConfigValue('Import_directory')
2183
2184    def OnSize(self,event):
2185        'Called when the main window is resized. Not sure why'
2186        w,h = self.GetClientSizeTuple()
2187        self.mainPanel.SetSize(wx.Size(w,h))
2188        self.PatternTree.SetSize(wx.Size(w,h))
2189                       
2190    def OnPatternTreeSelChanged(self, event):
2191        '''Called when a data tree item is selected'''
2192        if self.TreeItemDelete:
2193            self.TreeItemDelete = False
2194        else:
2195            pltNum = self.G2plotNB.nb.GetSelection()
2196            if pltNum >= 0:                         #to avoid the startup with no plot!
2197                pltPage = self.G2plotNB.nb.GetPage(pltNum)
2198                pltPlot = pltPage.figure
2199            item = event.GetItem()
2200            G2gd.MovePatternTreeToGrid(self,item)
2201            if self.oldFocus:
2202                self.oldFocus.SetFocus()
2203       
2204    def OnPatternTreeItemCollapsed(self, event):
2205        'Called when a tree item is collapsed - all children will be collapsed'
2206        self.PatternTree.CollapseAllChildren(event.GetItem())
2207
2208    def OnPatternTreeItemExpanded(self, event):
2209        'Called when a tree item is expanded'
2210        self.OnPatternTreeSelChanged(event)
2211        event.Skip()
2212       
2213    def OnPatternTreeItemDelete(self, event):
2214        'Called when a tree item is deleted -- not sure what this does'
2215        self.TreeItemDelete = True
2216
2217    def OnPatternTreeItemActivated(self, event):
2218        'Called when a tree item is activated'
2219        event.Skip()
2220       
2221    def OnPatternTreeBeginRDrag(self,event):
2222        event.Allow()
2223        self.BeginDragId = event.GetItem()
2224        self.ParentId = self.PatternTree.GetItemParent(self.BeginDragId)
2225        DragText = self.PatternTree.GetItemText(self.BeginDragId)
2226        self.DragData = [[DragText,self.PatternTree.GetItemPyData(self.BeginDragId)],]
2227        item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.BeginDragId)
2228        while item:     #G2 data tree has no sub children under a child of a tree item
2229            name = self.PatternTree.GetItemText(item)
2230            self.DragData.append([name,self.PatternTree.GetItemPyData(item)])
2231            item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.BeginDragId, cookie)                           
2232       
2233    def OnPatternTreeEndDrag(self,event):
2234        event.Allow()
2235        self.EndDragId = event.GetItem()
2236        try:
2237            NewParent = self.PatternTree.GetItemParent(self.EndDragId)
2238        except:
2239            self.EndDragId = self.PatternTree.GetLastChild(self.root)
2240            NewParent = self.root
2241        if self.ParentId != NewParent:
2242            self.ErrorDialog('Drag not allowed','Wrong parent for item dragged')
2243        else:
2244            Name,Item = self.DragData[0]
2245            NewId = self.PatternTree.InsertItem(self.ParentId,self.EndDragId,Name,data=None)
2246            self.PatternTree.SetItemPyData(NewId,Item)
2247            for name,item in self.DragData[1:]:     #loop over children
2248                Id = self.PatternTree.AppendItem(parent=NewId,text=name)
2249                self.PatternTree.SetItemPyData(Id,item)
2250            self.PatternTree.Delete(self.BeginDragId)
2251            G2gd.MovePatternTreeToGrid(self,NewId)
2252       
2253    def OnPatternTreeKeyDown(self,event): #doesn't exactly work right with Shift key down
2254        'Allows stepping through the tree with the up/down arrow keys'
2255        self.oldFocus = wx.Window.FindFocus()
2256        keyevt = event.GetKeyEvent()
2257        key = event.GetKeyCode()
2258        item = self.PatternTree.GetSelection()
2259        if type(item) is int: return # is this the toplevel in tree?
2260        name = self.PatternTree.GetItemText(item)
2261        parent = self.PatternTree.GetItemParent(item)
2262        if key == wx.WXK_UP:
2263            if keyevt.GetModifiers() == wx.MOD_SHIFT and parent != self.root:
2264                if type(parent) is int: return # is this the toplevel in tree?
2265                prev = self.PatternTree.GetPrevSibling(parent)
2266                NewId = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,prev,name)
2267                if NewId:
2268                    self.PatternTree.Collapse(parent)
2269                    self.PatternTree.Expand(prev)
2270                    self.oldFocus = wx.Window.FindFocus()
2271                    wx.CallAfter(self.PatternTree.SelectItem,NewId)
2272                else:
2273                    wx.CallAfter(self.PatternTree.SelectItem,item)
2274            else:   
2275                self.PatternTree.GetPrevSibling(item)
2276                self.PatternTree.SelectItem(item)
2277        elif key == wx.WXK_DOWN:
2278            if keyevt.GetModifiers() == wx.MOD_SHIFT and parent != self.root:
2279                next = self.PatternTree.GetNextSibling(parent)
2280                NewId = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,next,name)
2281                if NewId:
2282                    self.PatternTree.Collapse(parent)
2283                    self.PatternTree.Expand(next)
2284                    self.oldFocus = wx.Window.FindFocus()
2285                    wx.CallAfter(self.PatternTree.SelectItem,NewId)
2286                else:
2287                    wx.CallAfter(self.PatternTree.SelectItem,item)
2288            else:   
2289                self.PatternTree.GetNextSibling(item)
2290                self.PatternTree.SelectItem(item)
2291               
2292    def OnReadPowderPeaks(self,event):
2293        'Bound to menu Data/Read Powder Peaks -- still needed?'
2294        Cuka = 1.54052
2295        self.CheckNotebook()
2296        dlg = wx.FileDialog(self, 'Choose file with peak list', '.', '', 
2297            'peak files (*.txt)|*.txt|All files (*.*)|*.*',wx.OPEN|wx.CHANGE_DIR)
2298        try:
2299            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
2300                self.HKL = []
2301                self.powderfile = dlg.GetPath()
2302                comments,peaks = G2IO.GetPowderPeaks(self.powderfile)
2303                Id = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text='PKS '+os.path.basename(self.powderfile))
2304                data = ['PKS',Cuka,0.0]
2305                names = ['Type','Lam','Zero'] 
2306                codes = [0,0,0]
2307                inst = [G2IO.makeInstDict(names,data,codes),{}]
2308                self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Instrument Parameters'),inst)
2309                self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Comments'),comments)
2310                self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Index Peak List'),[peaks,[]])
2311                self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Unit Cells List'),[])             
2312                self.PatternTree.Expand(Id)
2313                self.PatternTree.SelectItem(Id)
2314                os.chdir(dlg.GetDirectory())           # to get Mac/Linux to change directory!
2315        finally:
2316            dlg.Destroy()
2317                       
2318    def OnImageRead(self,event):
2319        'Called to read in an image in any known format'
2320        self.CheckNotebook()
2321        dlg = wx.FileDialog(
2322            self, 'Choose image files', '.', '',
2323            'Any supported image file (*.edf;*.tif;*.tiff;*.mar*;*.ge*;*.avg;*.sum;*.img;*.G2img;*.png)|'
2324            '*.edf;*.tif;*.tiff;*.mar*;*.ge*;*.avg;*.sum;*.img;*.G2img;*.png;*.zip|'
2325            'European detector file (*.edf)|*.edf|'
2326            'Any detector tif (*.tif;*.tiff)|*.tif;*.tiff|'
2327            'MAR file (*.mar*)|*.mar*|'
2328            'GE Image (*.ge*;*.avg;*.sum)|*.ge*;*.avg;*.sum|'
2329            'ADSC Image (*.img)|*.img|'
2330            'GSAS-II Image (*.G2img)|*.G2img|'
2331            'Portable Network Graphics image (*.png)|*.png|'
2332            'Zip archive (*.zip)|*.zip|'
2333            'All files (*.*)|*.*',
2334            wx.OPEN | wx.MULTIPLE|wx.CHANGE_DIR)
2335        try:
2336            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
2337                imagefiles = dlg.GetPaths()
2338                imagefiles.sort()
2339                for imagefile in imagefiles:
2340                    # if a zip file, open and extract
2341                    if os.path.splitext(imagefile)[1].lower() == '.zip':
2342                        extractedfile = G2IO.ExtractFileFromZip(imagefile,parent=self)
2343                        if extractedfile is not None and extractedfile != imagefile:
2344                            imagefile = extractedfile
2345                    Comments,Data,Npix,Image = G2IO.GetImageData(self,imagefile)
2346                    if Comments:
2347                        Id = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text='IMG '+os.path.basename(imagefile))
2348                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Comments'),Comments)
2349                        Imax = np.amax(Image)
2350                        Imin = max(0.0,np.amin(Image))          #force positive
2351                        if self.imageDefault:
2352                            Data = copy.copy(self.imageDefault)
2353                            Data['showLines'] = True
2354                            Data['ring'] = []
2355                            Data['rings'] = []
2356                            Data['cutoff'] = 10
2357                            Data['pixLimit'] = 20
2358                            Data['edgemin'] = 100000000
2359                            Data['calibdmin'] = 0.5
2360                            Data['calibskip'] = 0
2361                            Data['ellipses'] = []
2362                            Data['calibrant'] = ''
2363                            Data['GonioAngles'] = [0.,0.,0.]
2364                            Data['DetDepthRef'] = False
2365                        else:
2366                            Data['type'] = 'PWDR'
2367                            Data['color'] = 'Paired'
2368                            Data['tilt'] = 0.0
2369                            Data['rotation'] = 0.0
2370                            Data['showLines'] = False
2371                            Data['ring'] = []
2372                            Data['rings'] = []
2373                            Data['cutoff'] = 10
2374                            Data['pixLimit'] = 20
2375                            Data['calibdmin'] = 0.5
2376                            Data['calibskip'] = 0
2377                            Data['edgemin'] = 100000000
2378                            Data['ellipses'] = []
2379                            Data['GonioAngles'] = [0.,0.,0.]
2380                            Data['DetDepth'] = 0.
2381                            Data['DetDepthRef'] = False
2382                            Data['calibrant'] = ''
2383                            Data['IOtth'] = [2.0,5.0]
2384                            Data['LRazimuth'] = [135,225]
2385                            Data['azmthOff'] = 0.0
2386                            Data['outChannels'] = 2500
2387                            Data['outAzimuths'] = 1
2388                            Data['centerAzm'] = False
2389                            Data['fullIntegrate'] = False
2390                            Data['setRings'] = False
2391                            Data['background image'] = ['',-1.0]                           
2392                            Data['dark image'] = ['',-1.0]
2393                            Data['Flat Bkg'] = 0.0
2394                        Data['setDefault'] = False
2395                        Data['range'] = [(Imin,Imax),[Imin,Imax]]
2396                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Image Controls'),Data)
2397                        Masks = {'Points':[],'Rings':[],'Arcs':[],'Polygons':[],'Frames':[],'Thresholds':[(Imin,Imax),[Imin,Imax]]}
2398                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Masks'),Masks)
2399                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Stress/Strain'),
2400                            {'Type':'True','d-zero':[],'Sample phi':0.0,'Sample z':0.0,'Sample load':0.0})
2401                        self.PatternTree.SetItemPyData(Id,[Npix,imagefile])
2402                        self.PickId = Id
2403                        self.Image = Id
2404                os.chdir(dlg.GetDirectory())           # to get Mac/Linux to change directory!               
2405                self.PatternTree.SelectItem(G2gd.GetPatternTreeItemId(self,Id,'Image Controls'))             #show last one
2406        finally:
2407            path = dlg.GetDirectory()           # to get Mac/Linux to change directory!
2408            os.chdir(path)
2409            dlg.Destroy()
2410
2411    def CheckNotebook(self):
2412        '''Make sure the data tree has the minimally expected controls.
2413        (BHT) correct?
2414        '''
2415        if not G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Notebook'):
2416            sub = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text='Notebook')
2417            self.PatternTree.SetItemPyData(sub,[''])
2418        if not G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Controls'):
2419            sub = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text='Controls')
2420            self.PatternTree.SetItemPyData(sub,copy.copy(G2obj.DefaultControls))
2421        if not G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Covariance'):
2422            sub = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text='Covariance')
2423            self.PatternTree.SetItemPyData(sub,{})
2424        if not G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Constraints'):
2425            sub = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text='Constraints')
2426            self.PatternTree.SetItemPyData(sub,{'Hist':[],'HAP':[],'Phase':[]})
2427        if not G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Restraints'):
2428            sub = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text='Restraints')
2429            self.PatternTree.SetItemPyData(sub,{})
2430        if not G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Rigid bodies'):
2431            sub = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text='Rigid bodies')
2432            self.PatternTree.SetItemPyData(sub,{'Vector':{'AtInfo':{}},
2433                'Residue':{'AtInfo':{}},'RBIds':{'Vector':[],'Residue':[]}})
2434               
2435    class CopyDialog(wx.Dialog):
2436        '''Creates a dialog for copying control settings between
2437        data tree items'''
2438        def __init__(self,parent,title,text,data):
2439            wx.Dialog.__init__(self,parent,-1,title, 
2440                pos=wx.DefaultPosition,style=wx.DEFAULT_DIALOG_STYLE)
2441            self.data = data
2442            panel = wx.Panel(self)
2443            mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
2444            topLabl = wx.StaticText(panel,-1,text)
2445            mainSizer.Add((10,10),1)
2446            mainSizer.Add(topLabl,0,wx.ALIGN_CENTER_VERTICAL|wx.LEFT,10)
2447            mainSizer.Add((10,10),1)
2448            ncols = len(data)/40+1
2449            dataGridSizer = wx.FlexGridSizer(cols=ncols,hgap=2,vgap=2)
2450            for id,item in enumerate(self.data):
2451                ckbox = wx.CheckBox(panel,id,item[1])
2452                ckbox.Bind(wx.EVT_CHECKBOX,self.OnCopyChange)                   
2453                dataGridSizer.Add(ckbox,0,wx.LEFT,10)
2454            mainSizer.Add(dataGridSizer,0,wx.EXPAND)
2455            OkBtn = wx.Button(panel,-1,"Ok")
2456            OkBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnOk)
2457            cancelBtn = wx.Button(panel,-1,"Cancel")
2458            cancelBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnCancel)
2459            btnSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
2460            btnSizer.Add((20,20),1)
2461            btnSizer.Add(OkBtn)
2462            btnSizer.Add((20,20),1)
2463            btnSizer.Add(cancelBtn)
2464            btnSizer.Add((20,20),1)
2465           
2466            mainSizer.Add(btnSizer,0,wx.EXPAND|wx.BOTTOM|wx.TOP, 10)
2467            panel.SetSizer(mainSizer)
2468            panel.Fit()
2469            self.Fit()
2470       
2471        def OnCopyChange(self,event):
2472            id = event.GetId()
2473            self.data[id][0] = self.FindWindowById(id).GetValue()       
2474           
2475        def OnOk(self,event):
2476            parent = self.GetParent()
2477            parent.Raise()
2478            self.EndModal(wx.ID_OK)             
2479           
2480        def OnCancel(self,event):
2481            parent = self.GetParent()
2482            parent.Raise()
2483            self.EndModal(wx.ID_CANCEL)             
2484           
2485        def GetData(self):
2486            return self.data
2487       
2488    class SumDialog(wx.Dialog):
2489        'Allows user to supply scale factor(s) when summing data'
2490        def __init__(self,parent,title,text,dataType,data):
2491            wx.Dialog.__init__(self,parent,-1,title, 
2492                pos=wx.DefaultPosition,style=wx.DEFAULT_DIALOG_STYLE)
2493            self.data = data
2494            panel = wx.Panel(self)
2495            mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
2496            topLabl = wx.StaticText(panel,-1,text)
2497            mainSizer.Add((10,10),1)
2498            mainSizer.Add(topLabl,0,wx.ALIGN_CENTER_VERTICAL|wx.LEFT,10)
2499            mainSizer.Add((10,10),1)
2500            dataGridSizer = wx.FlexGridSizer(cols=2,hgap=2,vgap=2)
2501            for id,item in enumerate(self.data[:-1]):
2502                name = wx.TextCtrl(panel,-1,item[1],size=wx.Size(200,20))
2503                name.SetEditable(False)
2504                scale = wx.TextCtrl(panel,id,'%.3f'%(item[0]),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
2505                scale.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,self.OnScaleChange)
2506                scale.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,self.OnScaleChange)
2507                dataGridSizer.Add(scale,0,wx.LEFT,10)
2508                dataGridSizer.Add(name,0,wx.RIGHT,10)
2509            if dataType:
2510                dataGridSizer.Add(wx.StaticText(panel,-1,'Sum result name: '+dataType),0, \
2511                    wx.LEFT|wx.TOP|wx.ALIGN_CENTER_VERTICAL,10)
2512                self.name = wx.TextCtrl(panel,-1,self.data[-1],size=wx.Size(200,20),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
2513                self.name.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,self.OnNameChange)
2514                self.name.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,self.OnNameChange)
2515                dataGridSizer.Add(self.name,0,wx.RIGHT|wx.TOP,10)
2516            mainSizer.Add(dataGridSizer,0,wx.EXPAND)
2517            OkBtn = wx.Button(panel,-1,"Ok")
2518            OkBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnOk)
2519            cancelBtn = wx.Button(panel,-1,"Cancel")
2520            cancelBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnCancel)
2521            btnSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
2522            btnSizer.Add((20,20),1)
2523            btnSizer.Add(OkBtn)
2524            btnSizer.Add((20,20),1)
2525            btnSizer.Add(cancelBtn)
2526            btnSizer.Add((20,20),1)
2527           
2528            mainSizer.Add(btnSizer,0,wx.EXPAND|wx.BOTTOM|wx.TOP, 10)
2529            panel.SetSizer(mainSizer)
2530            panel.Fit()
2531            self.Fit()
2532
2533        def OnScaleChange(self,event):
2534            id = event.GetId()
2535            value = self.FindWindowById(id).GetValue()
2536            try:
2537                self.data[id][0] = float(value)
2538                self.FindWindowById(id).SetValue('%.3f'%(self.data[id][0]))
2539            except ValueError:
2540                if value and '-' not in value[0]:
2541                    print 'bad input - numbers only'
2542                    self.FindWindowById(id).SetValue('0.000')
2543           
2544        def OnNameChange(self,event):
2545            self.data[-1] = self.name.GetValue() 
2546           
2547        def OnOk(self,event):
2548            parent = self.GetParent()
2549            parent.Raise()
2550            self.EndModal(wx.ID_OK)             
2551           
2552        def OnCancel(self,event):
2553            parent = self.GetParent()
2554            parent.Raise()
2555            self.EndModal(wx.ID_CANCEL)             
2556           
2557        def GetData(self):
2558            return self.data
2559                       
2560    def OnPwdrSum(self,event):
2561        'Sum together powder data(?)'
2562        TextList = []
2563        DataList = []
2564        SumList = []
2565        Names = []
2566        Inst = None
2567        SumItemList = []
2568        Comments = ['Sum equals: \n']
2569        if self.PatternTree.GetCount():
2570            item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
2571            while item:
2572                name = self.PatternTree.GetItemText(item)
2573                Names.append(name)
2574                if 'PWDR' in name:
2575                    TextList.append([0.0,name])
2576                    DataList.append(self.PatternTree.GetItemPyData(item)[1])    # (x,y,w,yc,yb,yd)
2577                    if not Inst:
2578                        Inst = self.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(self,item, 'Instrument Parameters'))
2579                item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)
2580            if len(TextList) < 2:
2581                self.ErrorDialog('Not enough data to sum','There must be more than one "PWDR" pattern')
2582                return
2583            TextList.append('default_sum_name')               
2584            dlg = self.SumDialog(self,'Sum data','Enter scale for each pattern in summation','PWDR',TextList)
2585            try:
2586                if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
2587                    lenX = 0
2588                    Xminmax = [0,0]
2589                    Xsum = []
2590                    Ysum = []
2591                    Vsum = []
2592                    result = dlg.GetData()
2593                    for i,item in enumerate(result[:-1]):
2594                        scale,name = item
2595                        data = DataList[i]
2596                        if scale:
2597                            Comments.append("%10.3f %s" % (scale,' * '+name))
2598                            x,y,w,yc,yb,yd = data   #numpy arrays!
2599                            v = 1./w
2600                            if lenX:
2601                                if lenX != len(x):
2602                                    self.ErrorDialog('Data length error','Data to be summed must have same number of points'+ \
2603                                        '\nExpected:'+str(lenX)+ \
2604                                        '\nFound:   '+str(len(x))+'\nfor '+name)
2605                                    return
2606                            else:
2607                                lenX = len(x)
2608                            if Xminmax[1]:
2609                                if Xminmax != [x[0],x[-1]]:
2610                                    self.ErrorDialog('Data range error','Data to be summed must span same range'+ \
2611                                        '\nExpected:'+str(Xminmax[0])+' '+str(Xminmax[1])+ \
2612                                        '\nFound:   '+str(x[0])+' '+str(x[-1])+'\nfor '+name)
2613                                    return
2614                                else:
2615                                    for j,yi in enumerate(y):
2616                                         Ysum[j] += scale*yi
2617                                         Vsum[j] += abs(scale)*v[j]
2618                            else:
2619                                Xminmax = [x[0],x[-1]]
2620                                YCsum = YBsum = YDsum = [0.0 for i in range(lenX)]
2621                                for j,yi in enumerate(y):
2622                                    Xsum.append(x[j])
2623                                    Ysum.append(scale*yi)
2624                                    Vsum.append(abs(scale*v[j]))
2625                    Wsum = 1./np.array(Vsum)
2626                    outname = 'PWDR '+result[-1]
2627                    Id = 0
2628                    if outname in Names:
2629                        dlg2 = wx.MessageDialog(self,'Overwrite data?','Duplicate data name',wx.OK|wx.CANCEL)
2630                        try:
2631                            if dlg2.ShowModal() == wx.ID_OK:
2632                                Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,name)
2633                                self.PatternTree.Delete(Id)
2634                        finally:
2635                            dlg2.Destroy()
2636                    Id = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text=outname)
2637                    if Id:
2638                        Sample = G2pdG.SetDefaultSample()
2639                        valuesdict = {
2640                            'wtFactor':1.0,
2641                            'Dummy':False,
2642                            'ranId':ran.randint(0,sys.maxint),
2643                            'Offset':[0.0,0.0],'delOffset':0.02,'refOffset':-1.0,'refDelt':0.01,
2644                            'qPlot':False,'dPlot':False,'sqrtPlot':False
2645                            }
2646                        self.PatternTree.SetItemPyData(Id,[valuesdict,[np.array(Xsum),np.array(Ysum),np.array(Wsum),
2647                            np.array(YCsum),np.array(YBsum),np.array(YDsum)]])
2648                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Comments'),Comments)                   
2649                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Limits'),[tuple(Xminmax),Xminmax])
2650                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Background'),[['chebyschev',True,3,1.0,0.0,0.0],
2651                            {'nDebye':0,'debyeTerms':[],'nPeaks':0,'peaksList':[]}])
2652                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Instrument Parameters'),Inst)
2653                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Sample Parameters'),Sample)
2654                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Peak List'),{'peaks':[],'sigDict':{}})
2655                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Index Peak List'),[[],[]])
2656                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Unit Cells List'),[])             
2657                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Reflection Lists'),{})             
2658                        self.PatternTree.SelectItem(Id)
2659                        self.PatternTree.Expand(Id)
2660            finally:
2661                dlg.Destroy()
2662
2663    def OnImageSum(self,event):
2664        'Sum together image data(?)'
2665        TextList = []
2666        DataList = []
2667        SumList = []
2668        Names = []
2669        Inst = []
2670        SumItemList = []
2671        Comments = ['Sum equals: \n']
2672        if self.PatternTree.GetCount():
2673            item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
2674            while item:
2675                name = self.PatternTree.GetItemText(item)
2676                Names.append(name)
2677                if 'IMG' in name:
2678                    TextList.append([0.0,name])
2679                    DataList.append(self.PatternTree.GetItemPyData(item))        #Size,Image
2680                    Data = self.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(self,item,'Image Controls'))
2681                item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)
2682            if len(TextList) < 2:
2683                self.ErrorDialog('Not enough data to sum','There must be more than one "IMG" pattern')
2684                return
2685            TextList.append('default_sum_name')               
2686            dlg = self.SumDialog(self,'Sum data','Enter scale for each image in summation','IMG',TextList)
2687            try:
2688                if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
2689                    imSize = 0
2690                    result = dlg.GetData()
2691                    First = True
2692                    Found = False
2693                    for i,item in enumerate(result[:-1]):
2694                        scale,name = item
2695                        data = DataList[i]
2696                        if scale:
2697                            Found = True                               
2698                            Comments.append("%10.3f %s" % (scale,' * '+name))
2699                            Npix,imagefile = data
2700                            image = G2IO.GetImageData(self,imagefile,imageOnly=True)
2701                            if First:
2702                                newImage = np.zeros_like(image)
2703                                First = False
2704                            if imSize:
2705                                if imSize != Npix:
2706                                    self.ErrorDialog('Image size error','Images to be summed must be same size'+ \
2707                                        '\nExpected:'+str(imSize)+ \
2708                                        '\nFound:   '+str(Npix)+'\nfor '+name)
2709                                    return
2710                                newImage = newImage+scale*image
2711                            else:
2712                                imSize = Npix
2713                                newImage = newImage+scale*image
2714                            del(image)
2715                    if not Found:
2716                        self.ErrorDialog('Image sum error','No nonzero image multipliers found')
2717                        return
2718                       
2719                    newImage = np.asfarray(newImage,dtype=np.float32)                       
2720                    outname = 'IMG '+result[-1]
2721                    Id = 0
2722                    if outname in Names:
2723                        dlg2 = wx.MessageDialog(self,'Overwrite data?','Duplicate data name',wx.OK|wx.CANCEL)
2724                        try:
2725                            if dlg2.ShowModal() == wx.ID_OK:
2726                                Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,name)
2727                        finally:
2728                            dlg2.Destroy()
2729                    else:
2730                        Id = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text=outname)
2731                    if Id:
2732                        dlg = wx.FileDialog(self, 'Choose sum image filename', '.', '', 
2733                            'G2img files (*.G2img)|*.G2img', 
2734                            wx.SAVE|wx.FD_OVERWRITE_PROMPT|wx.CHANGE_DIR)
2735                        if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
2736                            newimagefile = dlg.GetPath()
2737                            newimagefile = G2IO.FileDlgFixExt(dlg,newimagefile)
2738                            G2IO.PutG2Image(newimagefile,Comments,Data,Npix,newImage)
2739                            Imax = np.amax(newImage)
2740                            Imin = np.amin(newImage)
2741                            newImage = []
2742                            self.PatternTree.SetItemPyData(Id,[imSize,newimagefile])
2743                            self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Comments'),Comments)
2744                        del(newImage)
2745                        if self.imageDefault:
2746                            Data = copy.copy(self.imageDefault)
2747                        Data['showLines'] = True
2748                        Data['ring'] = []
2749                        Data['rings'] = []
2750                        Data['cutoff'] = 10
2751                        Data['pixLimit'] = 20
2752                        Data['ellipses'] = []
2753                        Data['calibrant'] = ''
2754                        Data['range'] = [(Imin,Imax),[Imin,Imax]]
2755                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Image Controls'),Data)                                           
2756                        Masks = {'Points':[],'Rings':[],'Arcs':[],'Polygons':[],'Frames':[],'Thresholds':[(Imin,Imax),[Imin,Imax]]}
2757                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Masks'),Masks)
2758                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Stress/Strain'),
2759                            {'Type':'True','d-zero':[],'Sample phi':0.0,'Sample z':0.0,'Sample load':0.0})
2760                        self.PatternTree.SelectItem(Id)
2761                        self.PatternTree.Expand(Id)
2762                        self.PickId = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,outname)
2763                        self.Image = self.PickId
2764            finally:
2765                dlg.Destroy()
2766                     
2767    def OnAddPhase(self,event):
2768        'Add a new, empty phase to the tree. Called by Data/Add Phase menu'
2769        if not G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases'):
2770            sub = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text='Phases')
2771        else:
2772            sub = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases')
2773        PhaseName = ''
2774        dlg = wx.TextEntryDialog(None,'Enter a name for this phase','Phase Name Entry','New phase',
2775            style=wx.OK)
2776        if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
2777            PhaseName = dlg.GetValue()
2778        dlg.Destroy()
2779        sub = self.PatternTree.AppendItem(parent=sub,text=PhaseName)
2780        E,SGData = G2spc.SpcGroup('P 1')
2781        self.PatternTree.SetItemPyData(sub,G2IO.SetNewPhase(Name=PhaseName,SGData=SGData))
2782       
2783    def OnDeletePhase(self,event):
2784        'Delete a phase from the tree. Called by Data/Delete Phase menu'
2785        #Hmm, also need to delete this phase from Reflection Lists for each PWDR histogram
2786        if self.dataFrame:
2787            self.dataFrame.Clear() 
2788        TextList = []
2789        DelList = []
2790        DelItemList = []
2791        if G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases'):
2792            sub = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases')
2793        else:
2794            return
2795        if sub:
2796            item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(sub)
2797            while item:
2798                TextList.append(self.PatternTree.GetItemText(item))
2799                item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(sub, cookie)               
2800            dlg = wx.MultiChoiceDialog(self, 'Which phase to delete?', 'Delete phase', TextList, wx.CHOICEDLG_STYLE)
2801            try:
2802                if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
2803                    result = dlg.GetSelections()
2804                    for i in result: DelList.append([i,TextList[i]])
2805                    item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(sub)
2806                    i = 0
2807                    while item:
2808                        if [i,self.PatternTree.GetItemText(item)] in DelList: DelItemList.append(item)
2809                        item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(sub, cookie)
2810                        i += 1
2811                    for item in DelItemList:
2812                        name = self.PatternTree.GetItemText(item)
2813                        self.PatternTree.Delete(item)
2814                        self.G2plotNB.Delete(name)
2815                    item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
2816                    while item:
2817                        name = self.PatternTree.GetItemText(item)
2818                        if 'PWDR' in name:
2819                            Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,item, 'Reflection Lists')
2820                            refList = self.PatternTree.GetItemPyData(Id)
2821                            if len(refList):
2822                                for i,item in DelList:
2823                                    if item in refList:
2824                                        del(refList[item])
2825                            self.PatternTree.SetItemPyData(Id,refList)
2826                        item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)
2827            finally:
2828                dlg.Destroy()
2829               
2830    def OnRenameData(self,event):
2831        'Renames an existing phase. Called by Data/Rename Phase menu'
2832        name = self.PatternTree.GetItemText(self.PickId)     
2833        if 'PWDR' in name or 'HKLF' in name or 'IMG' in name:
2834            dataType = name[:name.index(' ')+1]                 #includes the ' '
2835            dlg = wx.TextEntryDialog(self,'Data name: '+dataType,'Change data name',
2836                defaultValue=name[name.index(' ')+1:])
2837            try:
2838                if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
2839                    self.PatternTree.SetItemText(self.PickId,dataType+dlg.GetValue())
2840            finally:
2841                dlg.Destroy()
2842       
2843    def GetFileList(self,fileType,skip=None):        #potentially useful?
2844        'Appears unused. Note routine of same name in GSASIIpwdGUI'
2845        fileList = []
2846        Source = ''
2847        id, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
2848        while id:
2849            name = self.PatternTree.GetItemText(id)
2850            if fileType in name:
2851                if id == skip:
2852                    Source = name
2853                else:
2854                    fileList.append([False,name,id])
2855            id, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)
2856        if skip:
2857            return fileList,Source
2858        else:
2859            return fileList
2860           
2861    def OnDataDelete(self, event):
2862        '''Delete one or more histograms from data tree. Called by the
2863        Data/DeleteData menu
2864        '''
2865        TextList = []
2866        DelList = []
2867        DelItemList = []
2868        nItems = {'PWDR':0,'SASD':0,'IMG':0,'HKLF':0,'PDF':0}
2869        ifPWDR = False
2870        ifSASD = False
2871        ifIMG = False
2872        ifHKLF = False
2873        ifPDF = False
2874        if self.PatternTree.GetCount():
2875            item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
2876            while item:
2877                name = self.PatternTree.GetItemText(item)
2878                if name not in ['Notebook','Controls','Covariance','Constraints',
2879                    'Restraints','Phases','Rigid bodies','Sequential results']:
2880                    if 'PWDR' in name: ifPWDR = True; nItems['PWDR'] += 1
2881                    if 'SASD' in name: ifSASD = True; nItems['SASD'] += 1
2882                    if 'IMG' in name: ifIMG = True; nItems['IMG'] += 1
2883                    if 'HKLF' in name: ifHKLF = True; nItems['HKLF'] += 1
2884                    if 'PDF' in name: ifPDF = True; nItems['PDF'] += 1
2885                    TextList.append(name)
2886                item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)
2887            dlg = G2G.G2MultiChoiceDialog(self, 'Which data to delete?', 'Delete data', TextList, wx.CHOICEDLG_STYLE)
2888            try:
2889                if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
2890                    result = dlg.GetSelections()
2891                    for i in result: DelList.append(TextList[i])
2892                    item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
2893                    while item:
2894                        itemName = self.PatternTree.GetItemText(item)
2895                        if itemName in DelList:
2896                            if 'PWDR' in itemName: nItems['PWDR'] -= 1
2897                            elif 'SASD' in itemName: nItems['SASD'] -= 1
2898                            elif 'IMG' in itemName: nItems['IMG'] -= 1
2899                            elif 'HKLF' in itemName: nItems['HKLF'] -= 1
2900                            elif 'PDF' in itemName: nItems['PDF'] -= 1
2901                            DelItemList.append(item)
2902                        item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)
2903                    for item in DelItemList:
2904                        self.PatternTree.Delete(item)
2905                    self.PickId = 0
2906                    self.PatternId = 0
2907                    if nItems['PWDR']:
2908                        wx.CallAfter(G2plt.PlotPatterns,self,True)
2909                    else:
2910                        self.G2plotNB.Delete('Powder Patterns')
2911                    if not nItems['IMG']:
2912                        self.G2plotNB.Delete('2D Powder Image')
2913                    if not nItems['HKLF']:
2914                        self.G2plotNB.Delete('Structure Factors')
2915                        if '3D Structure Factors' in self.G2plotNB.plotList:
2916                            self.G2plotNB.Delete('3D Structure Factors')
2917            finally:
2918                dlg.Destroy()
2919
2920    def OnFileOpen(self, event, filename=None):
2921        '''Gets a GSAS-II .gpx project file in response to the
2922        File/Open Project menu button
2923        '''
2924        result = wx.ID_OK
2925        self.EnablePlot = False
2926        if self.PatternTree.GetChildrenCount(self.root,False):
2927            if self.dataFrame:
2928                self.dataFrame.Clear() 
2929            dlg = wx.MessageDialog(
2930                self,
2931                'Do you want to overwrite the current project? '
2932                'Any unsaved changes will be lost. Press OK to continue.',
2933                'Overwrite?',  wx.OK | wx.CANCEL)
2934            try:
2935                result = dlg.ShowModal()
2936                if result == wx.ID_OK:
2937                    self.PatternTree.DeleteChildren(self.root)
2938                    self.GSASprojectfile = ''
2939                    if self.HKL: self.HKL = []
2940                    if self.G2plotNB.plotList:
2941                        self.G2plotNB.clear()
2942            finally:
2943                dlg.Destroy()
2944        if result != wx.ID_OK: return
2945
2946        if not filename:
2947            if self.dataDisplay: self.dataDisplay.Destroy()
2948            dlg = wx.FileDialog(self, 'Choose GSAS-II project file', '.', '', 
2949                'GSAS-II project file (*.gpx)|*.gpx',wx.OPEN|wx.CHANGE_DIR)
2950            try:
2951                if dlg.ShowModal() != wx.ID_OK: return
2952                self.GSASprojectfile = dlg.GetPath()
2953                self.GSASprojectfile = G2IO.FileDlgFixExt(dlg,self.GSASprojectfile)
2954                self.dirname = dlg.GetDirectory()
2955            finally:
2956                dlg.Destroy()
2957        else:
2958            self.GSASprojectfile = os.path.splitext(filename)[0]+'.gpx'
2959            self.dirname = os.path.split(filename)[0]
2960
2961        try:
2962            self.StartProject()         #open the file if possible
2963        except:
2964            print '\nError opening file ',filename
2965            import traceback
2966            print traceback.format_exc()
2967       
2968    def StartProject(self):
2969        '''Opens a GSAS-II project file & selects the 1st available data set to
2970        display (PWDR, HKLF or SASD)
2971        '''
2972       
2973        Id = 0
2974        G2IO.ProjFileOpen(self)
2975        self.PatternTree.SetItemText(self.root,'Loaded Data: '+self.GSASprojectfile)
2976        self.PatternTree.Expand(self.root)
2977        self.HKL = []
2978        item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
2979        while item and not Id:
2980            name = self.PatternTree.GetItemText(item)
2981            if name[:4] in ['PWDR','HKLF','IMG ','PDF ','SASD',]:
2982                Id = item
2983            elif name == 'Controls':
2984                data = self.PatternTree.GetItemPyData(item)
2985                if data:
2986                    for item in self.Refine: item.Enable(True)
2987                    self.EnableSeqRefineMenu()
2988            item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)
2989        if Id:
2990            self.EnablePlot = True
2991            self.PatternTree.SelectItem(Id)
2992        self.CheckNotebook()
2993        if self.dirname: os.chdir(self.dirname)           # to get Mac/Linux to change directory!
2994
2995    def OnFileClose(self, event):
2996        '''Clears the data tree in response to the
2997        File/New Project menu button. User is given option to save
2998        the project.
2999        '''
3000        if self.dataFrame:
3001            self.dataFrame.Clear()
3002            self.dataFrame.SetLabel('GSAS-II data display') 
3003        dlg = wx.MessageDialog(self, 'Save current project?', ' ', wx.YES | wx.NO | wx.CANCEL)
3004        try:
3005            result = dlg.ShowModal()
3006            if result == wx.ID_OK:
3007                self.OnFileSaveMenu(event)
3008            if result != wx.ID_CANCEL:
3009                self.GSASprojectfile = ''
3010                self.PatternTree.SetItemText(self.root,'Loaded Data: ')
3011                self.PatternTree.DeleteChildren(self.root)
3012                if self.HKL: self.HKL = []
3013                if self.G2plotNB.plotList:
3014                    self.G2plotNB.clear()
3015        finally:
3016            dlg.Destroy()
3017
3018    def OnFileSave(self, event):
3019        '''Save the current project in response to the
3020        File/Save Project menu button
3021        '''
3022       
3023        if self.GSASprojectfile: 
3024            self.PatternTree.SetItemText(self.root,'Loaded Data: '+self.GSASprojectfile)
3025            G2IO.ProjFileSave(self)
3026        else:
3027            self.OnFileSaveas(event)
3028
3029    def OnFileSaveas(self, event):
3030        '''Save the current project in response to the
3031        File/Save as menu button
3032        '''
3033        dlg = wx.FileDialog(self, 'Choose GSAS-II project file name', '.', '', 
3034            'GSAS-II project file (*.gpx)|*.gpx',wx.FD_SAVE|wx.FD_OVERWRITE_PROMPT|wx.CHANGE_DIR)
3035        try:
3036            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
3037                self.GSASprojectfile = dlg.GetPath()
3038                self.GSASprojectfile = G2IO.FileDlgFixExt(dlg,self.GSASprojectfile)
3039                self.PatternTree.SetItemText(self.root,'Saving project as'+self.GSASprojectfile)
3040                self.SetTitle("GSAS-II data tree: "+os.path.split(self.GSASprojectfile)[1])
3041                G2IO.ProjFileSave(self)
3042                os.chdir(dlg.GetDirectory())           # to get Mac/Linux to change directory!
3043        finally:
3044            dlg.Destroy()
3045
3046    def ExitMain(self, event):
3047        '''Called if the main window is closed'''
3048        if self.undofile:
3049            os.remove(self.undofile)
3050        sys.exit()
3051       
3052    def OnFileExit(self, event):
3053        '''Called in response to the File/Quit menu button'''
3054        if self.dataFrame:
3055            self.dataFrame.Clear() 
3056            self.dataFrame.Destroy()
3057        self.Close()
3058       
3059    def OnExportPeakList(self,event):
3060        dlg = wx.FileDialog(self, 'Choose output peak list file name', '.', '', 
3061            '(*.*)|*.*',wx.FD_SAVE|wx.FD_OVERWRITE_PROMPT|wx.CHANGE_DIR)
3062        try:
3063            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
3064                self.peaklistfile = dlg.GetPath()
3065                self.peaklistfile = G2IO.FileDlgFixExt(dlg,self.peaklistfile)
3066                file = open(self.peaklistfile,'w')               
3067                item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
3068                while item:
3069                    name = self.PatternTree.GetItemText(item)
3070                    if 'PWDR' in name:
3071                        item2, cookie2 = self.PatternTree.GetFirstChild(item)
3072                        while item2:
3073                            name2 = self.PatternTree.GetItemText(item2)
3074                            if name2 == 'Peak List':
3075                                peaks = self.PatternTree.GetItemPyData(item2)['peaks']
3076                                file.write("%s \n" % (name+' Peak List'))
3077                                if len(peaks[0]) == 8:
3078                                    file.write('%10s %12s %10s %10s %10s\n'%('pos','int','sig','gam','FWHM'))
3079                                else:
3080                                    file.write('%10s %12s %10s %10s %10s %10s %10s\n'%('pos','int','alp','bet','sig','gam','FWHM'))                                   
3081                                for peak in peaks:
3082                                    if len(peak) == 8:  #CW
3083                                        FWHM = G2pwd.getgamFW(peak[6],peak[4])
3084                                        file.write("%10.5f %12.2f %10.5f %10.5f %10.5f \n" % \
3085                                            (peak[0],peak[2],np.sqrt(max(0.0001,peak[4]))/100.,peak[6]/100.,FWHM/100.)) #convert to deg
3086                                    else:               #TOF - more cols
3087                                        FWHM = G2pwd.getgamFW(peak[10],peak[8])
3088                                        file.write("%10.5f %12.2f %10.3f %10.3f %10.3f %10.3f %10.3f\n" % \
3089                                            (peak[0],peak[2],peak[4],peak[6],peak[8],peak[10],FWHM))
3090                            item2, cookie2 = self.PatternTree.GetNextChild(item, cookie2)                           
3091                    item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)                           
3092                file.close()
3093        finally:
3094            dlg.Destroy()
3095       
3096    def OnExportHKL(self,event):
3097        dlg = wx.FileDialog(self, 'Choose output reflection list file name', '.', '', 
3098            '(*.*)|*.*',wx.FD_SAVE|wx.FD_OVERWRITE_PROMPT|wx.CHANGE_DIR)
3099        try:
3100            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
3101                self.peaklistfile = dlg.GetPath()
3102                self.peaklistfile = G2IO.FileDlgFixExt(dlg,self.peaklistfile)
3103                file = open(self.peaklistfile,'w')               
3104                item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
3105                while item:
3106                    name = self.PatternTree.GetItemText(item)
3107                    if 'PWDR' in name:
3108                        item2, cookie2 = self.PatternTree.GetFirstChild(item)
3109                        while item2:
3110                            name2 = self.PatternTree.GetItemText(item2)
3111                            if name2 == 'Reflection Lists':
3112                                data = self.PatternTree.GetItemPyData(item2)
3113                                phases = data.keys()
3114                                for phase in phases:
3115                                    peaks = data[phase]
3116                                    file.write("%s %s %s \n" % (name,phase,' Reflection List'))
3117                                    if 'T' in peaks.get('Type','PXC'):
3118                                        file.write('%s \n'%('   h   k   l   m    d-space     TOF         wid        F**2'))
3119                                    else:               
3120                                        file.write('%s \n'%('   h   k   l   m    d-space   2-theta       wid        F**2'))
3121                                    for peak in peaks['RefList']:
3122                                        FWHM = G2pwd.getgamFW(peak[7],peak[6])/50.      #to get delta-2-theta in deg.
3123                                        if 'T' in peaks.get('Type','PXC'):
3124                                            file.write(" %3d %3d %3d %3d %10.5f %10.2f %10.5f %10.3f \n" % \
3125                                                (int(peak[0]),int(peak[1]),int(peak[2]),int(peak[3]),peak[4],peak[5],FWHM,peak[8]))
3126                                        else:
3127                                            file.write(" %3d %3d %3d %3d %10.5f %10.5f %10.5f %10.3f \n" % \
3128                                                (int(peak[0]),int(peak[1]),int(peak[2]),int(peak[3]),peak[4],peak[5],FWHM,peak[8]))
3129                            item2, cookie2 = self.PatternTree.GetNextChild(item, cookie2)                           
3130                    item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)                           
3131                file.close()
3132        finally:
3133            dlg.Destroy()
3134       
3135    def OnExportPDF(self,event):
3136        #need S(Q) and G(R) to be saved here - probably best from selection?
3137        names = ['All']
3138        exports = []
3139        item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
3140        while item:
3141            name = self.PatternTree.GetItemText(item)
3142            if 'PDF' in name:
3143                names.append(name)
3144            item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)
3145        if names:
3146            dlg = wx.MultiChoiceDialog(self,'Select','PDF patterns to export',names)
3147            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
3148                sel = dlg.GetSelections()
3149                if sel[0] == 0:
3150                    exports = names[1:]
3151                else:
3152                    for x in sel:
3153                        exports.append(names[x])
3154            dlg.Destroy()
3155        if exports:
3156            G2IO.PDFSave(self,exports)
3157       
3158    def OnMakePDFs(self,event):
3159        '''Calculates PDFs
3160        '''
3161        sind = lambda x: math.sin(x*math.pi/180.)
3162        tth2q = lambda t,w:4.0*math.pi*sind(t/2.0)/w
3163        TextList = ['All PWDR']
3164        PDFlist = []
3165        Names = []
3166        if self.PatternTree.GetCount():
3167            id, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
3168            while id:
3169                name = self.PatternTree.GetItemText(id)
3170                Names.append(name)
3171                if 'PWDR' in name:
3172                    TextList.append(name)
3173                id, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)
3174            if len(TextList) == 1:
3175                self.ErrorDialog('Nothing to make PDFs for','There must be at least one "PWDR" pattern')
3176                return
3177            dlg = wx.MultiChoiceDialog(self,'Make PDF controls','Make PDF controls for:',TextList, wx.CHOICEDLG_STYLE)
3178            try:
3179                if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
3180                    result = dlg.GetSelections()
3181                    for i in result: PDFlist.append(TextList[i])
3182                    if 0 in result:
3183                        PDFlist = [item for item in TextList if item[:4] == 'PWDR']                       
3184                    for item in PDFlist:
3185                        PWDRname = item[4:]
3186                        Id = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text='PDF '+PWDRname)
3187                        Data = {
3188                            'Sample':{'Name':item,'Mult':1.0,'Add':0.0},
3189                            'Sample Bkg.':{'Name':'','Mult':-1.0,'Add':0.0},
3190                            'Container':{'Name':'','Mult':-1.0,'Add':0.0},
3191                            'Container Bkg.':{'Name':'','Mult':-1.0,'Add':0.0},'ElList':{},
3192                            'Geometry':'Cylinder','Diam':1.0,'Pack':0.50,'Form Vol':10.0,
3193                            'DetType':'Image plate','ObliqCoeff':0.2,'Ruland':0.025,'QScaleLim':[0,100],
3194                            'Lorch':True,}
3195                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='PDF Controls'),Data)
3196                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='I(Q)'+PWDRname),[])       
3197                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='S(Q)'+PWDRname),[])       
3198                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='F(Q)'+PWDRname),[])       
3199                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='G(R)'+PWDRname),[])       
3200                for item in self.ExportPDF: item.Enable(True)
3201            finally:
3202                dlg.Destroy()
3203               
3204    def GetPWDRdatafromTree(self,PWDRname):
3205        ''' Returns powder data from GSASII tree
3206
3207        :param str PWDRname: a powder histogram name as obtained from
3208          :meth:`GSASIIstruct.GetHistogramNames`
3209
3210        :returns: PWDRdata = powder data dictionary with
3211          Powder data arrays, Limits, Instrument Parameters,
3212          Sample Parameters           
3213        '''
3214        PWDRdata = {}
3215        try:
3216            PWDRdata.update(self.PatternTree.GetItemPyData(PWDRname)[0])            #wtFactor + ?
3217        except ValueError:
3218            PWDRdata['wtFactor'] = 1.0
3219        PWDRdata['Data'] = self.PatternTree.GetItemPyData(PWDRname)[1]          #powder data arrays
3220        PWDRdata['Limits'] = self.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(self,PWDRname,'Limits'))
3221        PWDRdata['Background'] = self.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(self,PWDRname,'Background'))
3222        PWDRdata['Instrument Parameters'] = self.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(self,PWDRname,'Instrument Parameters'))
3223        PWDRdata['Sample Parameters'] = self.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(self,PWDRname,'Sample Parameters'))
3224        PWDRdata['Reflection Lists'] = self.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(self,PWDRname,'Reflection Lists'))
3225        if 'ranId' not in PWDRdata:  # patch, add a random Id
3226            PWDRdata['ranId'] = ran.randint(0,sys.maxint)
3227        if 'ranId' not in PWDRdata['Sample Parameters']:  # I hope this becomes obsolete at some point
3228            PWDRdata['Sample Parameters']['ranId'] = PWDRdata['ranId']
3229        return PWDRdata
3230
3231    def GetHKLFdatafromTree(self,HKLFname):
3232        ''' Returns single crystal data from GSASII tree
3233
3234        :param str HKLFname: a single crystal histogram name as obtained
3235          from
3236          :meth:`GSASIIstruct.GetHistogramNames`
3237
3238        :returns: HKLFdata = single crystal data list of reflections
3239
3240        '''
3241        HKLFdata = {}
3242        HKLFdata.update(self.PatternTree.GetItemPyData(HKLFname)[0])            #wtFactor + ?
3243#        try:
3244#            HKLFdata.update(self.PatternTree.GetItemPyData(HKLFname)[0])            #wtFactor + ?
3245#        except ValueError:
3246#            HKLFdata['wtFactor'] = 1.0
3247        HKLFdata['Data'] = self.PatternTree.GetItemPyData(HKLFname)[1]
3248        HKLFdata['Instrument Parameters'] = self.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(self,HKLFname,'Instrument Parameters'))
3249        return HKLFdata
3250       
3251    def GetPhaseData(self):
3252        '''Returns a dict with defined phases.
3253        Note routine :func:`GSASIIstrIO.GetPhaseData` also exists to
3254        get same info from GPX file.
3255        '''
3256        phaseData = {}
3257        if G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases'):
3258            sub = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases')
3259        else:
3260            print 'no phases found in GetPhaseData'
3261            sub = None
3262        if sub:
3263            item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(sub)
3264            while item:
3265                phaseName = self.PatternTree.GetItemText(item)
3266                phaseData[phaseName] =  self.PatternTree.GetItemPyData(item)
3267                if 'ranId' not in phaseData[phaseName]:
3268                    phaseData[phaseName]['ranId'] = ran.randint(0,sys.maxint)         
3269                item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(sub, cookie)
3270        return phaseData
3271
3272    def GetPhaseInfofromTree(self):
3273        '''Get the phase names and their rId values,
3274        also the histograms used in each phase.
3275
3276        :returns: (phaseRIdList, usedHistograms) where
3277
3278          * phaseRIdList is a list of random Id values for each phase
3279          * usedHistograms is a dict where the keys are the phase names
3280            and the values for each key are a list of the histogram names
3281            used in each phase.
3282        '''
3283        phaseRIdList = []
3284        usedHistograms = {}
3285        sub = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases')
3286        if sub:
3287            item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(sub)
3288            while item:
3289                phaseName = self.PatternTree.GetItemText(item)
3290                ranId = self.PatternTree.GetItemPyData(item).get('ranId')
3291                if ranId: phaseRIdList.append(ranId)
3292                data = self.PatternTree.GetItemPyData(item)
3293                UseList = data['Histograms']
3294                usedHistograms[phaseName] = UseList.keys()
3295                item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(sub, cookie)
3296        return phaseRIdList,usedHistograms
3297
3298    def GetPhaseNames(self):
3299        '''Returns a list of defined phases.
3300        Note routine :func:`GSASIIstrIO.GetPhaseNames` also exists to
3301        get same info from GPX file.
3302        '''
3303        phaseNames = []
3304        if G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases'):
3305            sub = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases')
3306        else:
3307            print 'no phases found in GetPhaseNames'
3308            sub = None
3309        if sub:
3310            item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(sub)
3311            while item:
3312                phase = self.PatternTree.GetItemText(item)
3313                phaseNames.append(phase)
3314                item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(sub, cookie)
3315        return phaseNames
3316   
3317    def GetHistogramNames(self,hType):
3318        """ Returns a list of histogram names found in the GSASII data tree
3319        Note routine :func:`GSASIIstrIO.GetHistogramNames` also exists to
3320        get same info from GPX file.
3321       
3322        :param str hType: list of histogram types
3323        :return: list of histogram names
3324       
3325        """
3326        HistogramNames = []
3327        if self.PatternTree.GetCount():
3328            item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
3329            while item:
3330                name = self.PatternTree.GetItemText(item)
3331                if name[:4] in hType:
3332                    HistogramNames.append(name)       
3333                item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)               
3334
3335        return HistogramNames
3336                   
3337    def GetUsedHistogramsAndPhasesfromTree(self):
3338        ''' Returns all histograms that are found in any phase
3339        and any phase that uses a histogram.
3340        This also assigns numbers to used phases and histograms by the
3341        order they appear in the file.
3342        Note routine :func:`GSASIIstrIO.GetUsedHistogramsAndPhasesfromTree` also exists to
3343        get same info from GPX file.
3344
3345        :returns: (Histograms,Phases)
3346
3347            * Histograms = dictionary of histograms as {name:data,...}
3348            * Phases = dictionary of phases that use histograms
3349        '''
3350        Histograms = {}
3351        Phases = {}
3352        phaseNames = self.GetPhaseNames()
3353        phaseData = self.GetPhaseData()
3354        histoList = self.GetHistogramNames(['PWDR','HKLF'])
3355
3356        for phase in phaseData:
3357            Phase = phaseData[phase]
3358            pId = phaseNames.index(phase)
3359            Phase['pId'] = pId
3360            if Phase['Histograms']:
3361                if phase not in Phases:
3362                    Phases[phase] = Phase
3363                for hist in Phase['Histograms']:
3364                    if 'Use' not in Phase['Histograms'][hist]:      #patch: add Use flag as True
3365                        Phase['Histograms'][hist]['Use'] = True         
3366                    if hist not in Histograms and Phase['Histograms'][hist]['Use']:
3367                        item = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,hist)
3368                        if item:
3369                            if 'PWDR' in hist[:4]: 
3370                                Histograms[hist] = self.GetPWDRdatafromTree(item)
3371                            elif 'HKLF' in hist[:4]:
3372                                Histograms[hist] = self.GetHKLFdatafromTree(item)
3373                            hId = histoList.index(hist)
3374                            Histograms[hist]['hId'] = hId
3375                        else: # would happen if a referenced histogram were renamed or deleted
3376                            print('For phase "'+str(phase)+
3377                                  '" unresolved reference to histogram "'+str(hist)+'"')
3378        #G2obj.IndexAllIds(Histograms=Histograms,Phases=Phases)
3379        G2obj.IndexAllIds(Histograms=Histograms,Phases=phaseData)
3380        return Histograms,Phases
3381       
3382    def MakeLSParmDict(self):
3383        '''Load all parameters used for computation from the tree into a
3384        dict of paired values [value, refine flag]. Note that this is
3385        different than the parmDict used in the refinement, which only has
3386        values.
3387
3388        Note that similar things are done in
3389        :meth:`GSASIIIO.ExportBaseclass.loadParmDict` (from the tree) and
3390        :func:`GSASIIstrMain.Refine` and :func:`GSASIIstrMain.SeqRefine` (from
3391        a GPX file).
3392
3393        :returns: (parmDict,varyList) where:
3394
3395         * parmDict is a dict with values and refinement flags
3396           for each parameter and
3397         * varyList is a list of variables (refined parameters).
3398        '''
3399        parmDict = {}
3400        Histograms,Phases = self.GetUsedHistogramsAndPhasesfromTree()
3401        for phase in Phases:
3402            if 'pId' not in Phases[phase]:
3403                self.ErrorDialog('View parameter error','You must run least squares at least once')
3404                raise Exception,'No pId for phase '+str(phase)
3405        rigidbodyDict = self.PatternTree.GetItemPyData(   
3406            G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Rigid bodies'))
3407        rbVary,rbDict = G2stIO.GetRigidBodyModels(rigidbodyDict,Print=False)
3408        rbIds = rigidbodyDict.get('RBIds',{'Vector':[],'Residue':[]})
3409        Natoms,atomIndx,phaseVary,phaseDict,pawleyLookup,FFtable,BLtable,maxSSwave = G2stIO.GetPhaseData(Phases,RestraintDict=None,rbIds=rbIds,Print=False)       
3410        hapVary,hapDict,controlDict = G2stIO.GetHistogramPhaseData(Phases,Histograms,Print=False)
3411        histVary,histDict,controlDict = G2stIO.GetHistogramData(Histograms,Print=False)
3412        varyList = rbVary+phaseVary+hapVary+histVary
3413        parmDict.update(rbDict)
3414        parmDict.update(phaseDict)
3415        parmDict.update(hapDict)
3416        parmDict.update(histDict)
3417        for parm in parmDict:
3418            if parm.split(':')[-1] in ['Azimuth','Gonio. radius','Lam1','Lam2',
3419                'Omega','Chi','Phi','nDebye','nPeaks']:
3420                parmDict[parm] = [parmDict[parm],'-']
3421            elif parm.split(':')[-2] in ['Ax','Ay','Az','SHmodel','SHord']:
3422                parmDict[parm] = [parmDict[parm],'-']
3423            elif parm in varyList:
3424                parmDict[parm] = [parmDict[parm],'T']
3425            else:
3426                parmDict[parm] = [parmDict[parm],'F']
3427        # for i in parmDict: print i,'\t',parmDict[i]
3428        # fl = open('parmDict.dat','wb')
3429        # import cPickle
3430        # cPickle.dump(parmDict,fl,1)
3431        # fl.close()
3432        return parmDict,varyList
3433
3434    def ShowLSParms(self,event):
3435        '''Displays a window showing all parameters in the refinement.
3436        Called from the Calculate/View LS Parms menu.
3437        '''
3438        parmDict,varyList = self.MakeLSParmDict()
3439        parmValDict = {}
3440        for i in parmDict:
3441            parmValDict[i] = parmDict[i][0]
3442           
3443        reqVaryList = tuple(varyList) # save requested variables
3444        try:
3445            # process constraints
3446            sub = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Constraints') 
3447            Constraints = self.PatternTree.GetItemPyData(sub)
3448            constList = []
3449            for item in Constraints:
3450                if item.startswith('_'): continue
3451                constList += Constraints[item]
3452            G2mv.InitVars()
3453            constrDict,fixedList,ignored = G2stIO.ProcessConstraints(constList)
3454            groups,parmlist = G2mv.GroupConstraints(constrDict)
3455            G2mv.GenerateConstraints(groups,parmlist,varyList,constrDict,fixedList,parmValDict)
3456            G2mv.Map2Dict(parmValDict,varyList)
3457        except:
3458            pass
3459        dlg = G2gd.ShowLSParms(self,'Least Squares Parameters',parmValDict,varyList,reqVaryList)
3460        dlg.ShowModal()
3461        dlg.Destroy()
3462       
3463    def OnRefine(self,event):
3464        '''Perform a refinement.
3465        Called from the Calculate/Refine menu.
3466        '''       
3467        Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Sequential results')
3468        if Id:
3469            dlg = wx.MessageDialog(
3470                self,
3471                'Your last refinement was sequential. Continue with "Refine", removing previous sequential results?',
3472                'Remove sequential results?',wx.OK|wx.CANCEL)
3473            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
3474                self.PatternTree.Delete(Id)
3475                dlg.Destroy()
3476            else:
3477                dlg.Destroy()
3478                return
3479
3480        self.OnFileSave(event)
3481        # check that constraints are OK here
3482        errmsg, warnmsg = G2stIO.ReadCheckConstraints(self.GSASprojectfile)
3483        if errmsg:
3484            self.ErrorDialog('Constraint Error',
3485                             'Error in constraints. Refinement not possible.'+
3486                             '\nSee console error message for details.')
3487            return
3488        if warnmsg:
3489            print('Conflict between refinment flag settings and constraints:\n'+
3490                  warnmsg+'\nRefinement not possible')
3491            self.ErrorDialog('Refinement Flag Error',
3492                             'Conflict between refinement flag settings and constraints:\n'+
3493                             warnmsg+
3494                             '\nRefinement not possible')
3495            return
3496        #works - but it'd be better if it could restore plots
3497        dlg = wx.ProgressDialog('Residual','All data Rw =',101.0, 
3498            style = wx.PD_ELAPSED_TIME|wx.PD_AUTO_HIDE|wx.PD_CAN_ABORT,
3499            parent=self)
3500        Size = dlg.GetSize()
3501        if 50 < Size[0] < 500: # sanity check on size, since this fails w/Win & wx3.0
3502            dlg.SetSize((int(Size[0]*1.2),Size[1])) # increase size a bit along x
3503        dlg.CenterOnParent()
3504        Rw = 100.00
3505        try:
3506            Rw = G2stMn.Refine(self.GSASprojectfile,dlg)
3507        finally:
3508            dlg.Update(101.) # forces the Auto_Hide; needed after move w/Win & wx3.0
3509            dlg.Destroy()
3510            wx.Yield()
3511        oldId =  self.PatternTree.GetSelection()        #retain current selection
3512        parentName = ''
3513        if type(oldId) is int:  #nothing had been selected!
3514            oldName = self.PatternTree.GetItemText(oldId)
3515            parentId = self.PatternTree.GetItemParent(oldId)
3516            if parentId:
3517                parentName = self.PatternTree.GetItemText(parentId)     #find the current data tree name
3518        dlg2 = wx.MessageDialog(self,'Load new result?','Refinement results, Rw =%.3f'%(Rw),wx.OK|wx.CANCEL)
3519        try:
3520            if dlg2.ShowModal() == wx.ID_OK:
3521                Id = 0
3522                self.PatternTree.DeleteChildren(self.root)
3523                if self.HKL: self.HKL = []
3524                if self.G2plotNB.plotList:
3525                    self.G2plotNB.clear()
3526                G2IO.ProjFileOpen(self)
3527                item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
3528                while item and not Id:
3529                    name = self.PatternTree.GetItemText(item)
3530                    if name[:4] in ['PWDR','HKLF']:
3531                        Id = item
3532                    item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)               
3533                if Id:
3534                    self.PatternTree.SelectItem(Id)
3535                if parentName:
3536                    parentId = G2gd.GetPatternTreeItemId(self, self.root, parentName)
3537                    if parentId:
3538                        itemId = G2gd.GetPatternTreeItemId(self, parentId, oldName)
3539                    else:
3540                        itemId = G2gd.GetPatternTreeItemId(self, self.root, oldName)
3541                    self.PatternTree.SelectItem(itemId)
3542        finally:
3543            dlg2.Destroy()
3544
3545    def OnSeqRefine(self,event):
3546        '''Perform a sequential refinement.
3547        Called from the Calculate/Sequential refine menu.
3548        '''       
3549        Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Sequential results')
3550        if not Id:
3551            Id = self.PatternTree.AppendItem(self.root,text='Sequential results')
3552            self.PatternTree.SetItemPyData(Id,{})           
3553        Controls = self.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root, 'Controls'))
3554        Controls['ShowCell'] = True
3555        self.OnFileSave(event)
3556        # check that constraints are OK here
3557        errmsg, warnmsg = G2stIO.ReadCheckConstraints(self.GSASprojectfile)
3558        if errmsg:
3559            self.ErrorDialog('Constraint Error',
3560                             'Error in constraints:\n'+errmsg+
3561                             '\nRefinement not possible')
3562            return
3563        if warnmsg:
3564            print('Conflict between refinment flag settings and constraints:\n'+
3565                  warnmsg+'\nRefinement not possible')
3566            self.ErrorDialog('Refinement Flag Error',
3567                             'Conflict between refinment flag settings and constraints:\n'+
3568                             warnmsg+'\nRefinement not possible')
3569            return
3570        dlg = wx.ProgressDialog('Residual for histogram 0','Powder profile Rwp =',101.0, 
3571            style = wx.PD_ELAPSED_TIME|wx.PD_AUTO_HIDE|wx.PD_CAN_ABORT,
3572            parent=self)           
3573        Size = dlg.GetSize()
3574        if 50 < Size[0] < 500: # sanity check on size, since this fails w/Win & wx3.0
3575            dlg.SetSize((int(Size[0]*1.2),Size[1])) # increase size a bit along x
3576        dlg.CenterOnParent()
3577        try:
3578            OK,Msg = G2stMn.SeqRefine(self.GSASprojectfile,dlg)
3579        finally:
3580            dlg.Update(101.) # forces the Auto_Hide; needed after move w/Win & wx3.0
3581            dlg.Destroy()
3582            wx.Yield()
3583        if OK:
3584            dlg = wx.MessageDialog(self,'Load new result?','Refinement results',wx.OK|wx.CANCEL)
3585            try:
3586                if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
3587                    Id = 0
3588                    self.PatternTree.DeleteChildren(self.root)
3589                    if self.HKL: self.HKL = []
3590                    if self.G2plotNB.plotList:
3591                        self.G2plotNB.clear()
3592                    G2IO.ProjFileOpen(self)
3593                    Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Sequential results')
3594                    self.PatternTree.SelectItem(Id)
3595   
3596            finally:
3597                dlg.Destroy()
3598        else:
3599            self.ErrorDialog('Sequential refinement error',Msg)
3600       
3601    def ErrorDialog(self,title,message,parent=None, wtype=wx.OK):
3602        'Display an error message'
3603        result = None
3604        if parent is None:
3605            dlg = wx.MessageDialog(self, message, title,  wtype)
3606        else:
3607            dlg = wx.MessageDialog(parent, message, title,  wtype)
3608            dlg.CenterOnParent() # not working on Mac
3609        try:
3610            result = dlg.ShowModal()
3611        finally:
3612            dlg.Destroy()
3613        return result
3614
3615class GSASIImain(wx.App):
3616    '''Defines a wxApp for GSAS-II
3617
3618    Creates a wx frame (self.main) which contains the display of the
3619    data tree.
3620    '''
3621    def OnInit(self):
3622        '''Called automatically when the app is created.'''
3623        if '2.7' not in sys.version[:5]:
3624            dlg = wx.MessageDialog(None, 
3625                'GSAS-II requires Python 2.7.x\n Yours is '+sys.version[:5],
3626                'Python version error',  wx.OK)
3627            try:
3628                result = dlg.ShowModal()
3629            finally:
3630                dlg.Destroy()
3631            sys.exit()
3632        self.main = GSASII(None)
3633        self.main.Show()
3634        self.SetTopWindow(self.main)
3635        # DEBUG: jump to sequential results
3636        #Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(self.main,self.main.root,'Sequential results')
3637        #self.main.PatternTree.SelectItem(Id)
3638        # end DEBUG
3639        return True
3640    # def MacOpenFile(self, filename):
3641    #     '''Called on Mac every time a file is dropped on the app when it is running,
3642    #     treat this like a File/Open project menu action.
3643    #     Should be ignored on other platforms
3644    #     '''
3645    #     # PATCH: Canopy 1.4 script main seems dropped on app; ignore .py files
3646    #     print 'MacOpen',filename
3647    #     if os.path.splitext(filename)[1] == '.py': return
3648    #     # end PATCH
3649    #     self.main.OnFileOpen(None,filename)
3650    # removed because this gets triggered when a file is on the command line in canopy 1.4 -- not likely used anyway
3651   
3652def main():
3653    '''Start up the GSAS-II application'''
3654    #application = GSASIImain() # don't redirect output, someday we
3655    # may want to do this if we can
3656    application = GSASIImain(0)
3657    if wxInspector:
3658        import wx.lib.inspection as wxeye
3659        wxeye.InspectionTool().Show()
3660
3661    #application.main.OnRefine(None)
3662    application.MainLoop()
3663   
3664if __name__ == '__main__':
3665    # print versions
3666    print "Python module versions loaded:"
3667    print "python:     ",sys.version[:5]
3668    print "wxpython:   ",wx.__version__
3669    print "matplotlib: ",mpl.__version__
3670    print "numpy:      ",np.__version__
3671    print "scipy:      ",sp.__version__
3672    print "OpenGL:     ",ogl.__version__
3673    try:
3674        from PIL import Image
3675        try:
3676            from PIL import PILLOW_VERSION
3677            version = PILLOW_VERSION
3678        except:
3679            version = Image.VERSION
3680        print "pillow:     ",version
3681    except ImportError:
3682        try:
3683            import Image
3684            print "Image (PIL):",Image.VERSION
3685        except ImportError:
3686            print "Image module not present; Note that PIL (Python Imaging Library) or pillow is needed for some image operations"
3687    try:
3688        import mkl
3689        print "Max threads ",mkl.get_max_threads()
3690    except:
3691        pass
3692    import platform
3693    print "Platform info:",sys.platform,platform.architecture()[0],platform.machine()
3694    #print "wxPython description",wx.PlatformInfo
3695    print "This is GSAS-II version:     ",__version__,' revision '+str(GSASIIpath.GetVersionNumber())
3696    GSASIIpath.InvokeDebugOpts()
3697    main() # start the GUI
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.