source: trunk/GSASII.py @ 1797

Last change on this file since 1797 was 1797, checked in by vondreele, 7 years ago

flag HKLF space group extinct reflections (mul=0) & not count them

  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Date Author Revision URL Id
File size: 174.0 KB
Line 
1#!/usr/bin/env python
2# -*- coding: utf-8 -*-
3#GSASII
4########### SVN repository information ###################
5# $Date: 2015-04-18 14:18:31 +0000 (Sat, 18 Apr 2015) $
6# $Author: vondreele $
7# $Revision: 1797 $
8# $URL: trunk/GSASII.py $
9# $Id: GSASII.py 1797 2015-04-18 14:18:31Z vondreele $
10########### SVN repository information ###################
11'''
12*GSAS-II Main Module*
13=====================
14
15Main routines for the GSAS-II program
16'''
17
18import os
19import sys
20import math
21import copy
22import random as ran
23import time
24import copy
25import glob
26import imp
27import inspect
28import numpy as np
29import scipy as sp
30import wx
31import matplotlib as mpl
32try:
33    import OpenGL as ogl
34except ImportError:
35    print('*******************************************************')
36    print('PyOpenGL is missing from your python installation')
37    print('     - we will try to install it')
38    print('*******************************************************')
39    def install_with_easyinstall(package):
40        try: 
41            print "trying a system-wide PyOpenGl install"
42            easy_install.main(['-f',os.path.split(__file__)[0],package])
43            return
44        except:
45            pass
46        try: 
47            print "trying a user level PyOpenGl install"
48            easy_install.main(['-f',os.path.split(__file__)[0],'--user',package])
49            return
50        except:
51            print "Install of '+package+' failed. Please report this information:"
52            import traceback
53            print traceback.format_exc()
54            sys.exit()
55    from setuptools.command import easy_install
56    install_with_easyinstall('PyOpenGl')
57    print('*******************************************************')         
58    print('OpenGL has been installed. Restarting GSAS-II')
59    print('*******************************************************')         
60    loc = os.path.dirname(__file__)
61    import subprocess
62    subprocess.Popen([sys.executable,os.path.join(loc,'GSASII.py')])
63    sys.exit()
64   
65# load the GSAS routines
66import GSASIIpath
67GSASIIpath.SetVersionNumber("$Revision: 1797 $")
68import GSASIIIO as G2IO
69import GSASIIgrid as G2gd
70import GSASIIctrls as G2G
71import GSASIIplot as G2plt
72import GSASIIpwd as G2pwd
73import GSASIIpwdGUI as G2pdG
74import GSASIIspc as G2spc
75import GSASIIstrMain as G2stMn
76import GSASIIstrIO as G2stIO
77import GSASIImapvars as G2mv
78import GSASIIobj as G2obj
79import GSASIIlattice as G2lat
80import GSASIIlog as log
81
82#wx inspector - use as needed
83wxInspector = False
84
85__version__ = '0.2.0'
86
87# PATCH: for Mavericks (OS X 10.9.x), wx produces an annoying warning about LucidaGrandeUI.
88# In case stderr has been suppressed there, redirect python error output to stdout. Nobody
89# else should care much about this.
90sys.stderr = sys.stdout
91
92def create(parent):
93    return GSASII(parent)
94
95def SetDefaultDData(dType,histoName,NShkl=0,NDij=0):
96    if dType in ['SXC','SNC']:
97        return {'Histogram':histoName,'Show':False,'Scale':[1.0,True],
98            'Babinet':{'BabA':[0.0,False],'BabU':[0.0,False]},
99            'Extinction':['Lorentzian','None', {'Tbar':0.1,'Cos2TM':0.955,
100            'Eg':[1.e-10,False],'Es':[1.e-10,False],'Ep':[1.e-10,False]}]}
101    elif dType == 'SNT':
102        return {'Histogram':histoName,'Show':False,'Scale':[1.0,True],
103            'Babinet':{'BabA':[0.0,False],'BabU':[0.0,False]},
104            'Extinction':['Lorentzian','None', {
105            'Eg':[1.e-10,False],'Es':[1.e-10,False],'Ep':[1.e-10,False]}]}
106    elif 'P' in dType:
107        return {'Histogram':histoName,'Show':False,'Scale':[1.0,False],
108            'Pref.Ori.':['MD',1.0,False,[0,0,1],0,{},[],0.1],
109            'Size':['isotropic',[1.,1.,1.],[False,False,False],[0,0,1],
110                [1.,1.,1.,0.,0.,0.],6*[False,]],
111            'Mustrain':['isotropic',[1000.0,1000.0,1.0],[False,False,False],[0,0,1],
112                NShkl*[0.01,],NShkl*[False,]],
113            'HStrain':[NDij*[0.0,],NDij*[False,]],                         
114            'Extinction':[0.0,False],'Babinet':{'BabA':[0.0,False],'BabU':[0.0,False]}}
115
116class GSASII(wx.Frame):
117    '''Define the main GSAS-II frame and its associated menu items
118    '''
119    def MenuBinding(self,event):
120        '''Called when a menu is clicked upon; looks up the binding in table
121        '''
122        log.InvokeMenuCommand(event.GetId(),self,event)
123           
124    def Bind(self,eventtype,handler,*args,**kwargs):
125        '''Override the Bind function so that we can wrap calls that will be logged.
126       
127        N.B. This is a bit kludgy. Menu bindings with an id are wrapped and
128        menu bindings with an object and no id are not.
129        '''
130        if eventtype == wx.EVT_MENU and 'id' in kwargs:
131            menulabels = log.SaveMenuCommand(kwargs['id'],self,handler)
132            if menulabels:
133                wx.Frame.Bind(self,eventtype,self.MenuBinding,*args,**kwargs)
134                return
135        wx.Frame.Bind(self,eventtype,handler,*args,**kwargs)     
136   
137    def _Add_FileMenuItems(self, parent):
138        item = parent.Append(
139            help='Open a GSAS-II project file (*.gpx)', id=wx.ID_ANY,
140            kind=wx.ITEM_NORMAL,text='&Open project...')
141        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnFileOpen, id=item.GetId())
142        item = parent.Append(
143            help='Save project under current name', id=wx.ID_ANY,
144            kind=wx.ITEM_NORMAL,text='&Save project')
145        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnFileSave, id=item.GetId())
146        item = parent.Append(
147            help='Save current project to new file', id=wx.ID_ANY,
148            kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Save project as...')
149        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnFileSaveas, id=item.GetId())
150        item = parent.Append(
151            help='Create empty new project, saving current is optional', id=wx.ID_ANY,
152            kind=wx.ITEM_NORMAL,text='&New project')
153        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnFileClose, id=item.GetId())
154        item = parent.Append(
155            help='Exit from GSAS-II', id=wx.ID_ANY,
156            kind=wx.ITEM_NORMAL,text='&Exit')
157        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnFileExit, id=item.GetId())
158       
159    def _Add_DataMenuItems(self,parent):
160        item = parent.Append(
161            help='',id=wx.ID_ANY,
162            kind=wx.ITEM_NORMAL,
163            text='Read image data...')
164        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnImageRead, id=item.GetId())
165        item = parent.Append(
166            help='',id=wx.ID_ANY,
167            kind=wx.ITEM_NORMAL,
168            text='Read Powder Pattern Peaks...')
169        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnReadPowderPeaks, id=item.GetId())
170        item = parent.Append(
171            help='',id=wx.ID_ANY,
172            kind=wx.ITEM_NORMAL,
173            text='Sum powder data')
174        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnPwdrSum, id=item.GetId())
175        item = parent.Append(
176            help='',id=wx.ID_ANY,
177            kind=wx.ITEM_NORMAL,
178            text='Sum image data')
179        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnImageSum, id=item.GetId())
180        item = parent.Append(
181            help='',id=wx.ID_ANY,
182            kind=wx.ITEM_NORMAL,
183            text='Add phase')
184        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnAddPhase, id=item.GetId())
185        item = parent.Append(
186            help='',id=wx.ID_ANY,
187            kind=wx.ITEM_NORMAL,
188            text='Delete phase')
189        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnDeletePhase, id=item.GetId())
190        item = parent.Append(
191            help='',id=wx.ID_ANY,
192            kind=wx.ITEM_NORMAL,
193            text='Rename data') 
194        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnRenameData, id=item.GetId())
195        item = parent.Append(
196            help='',id=wx.ID_ANY,
197            kind=wx.ITEM_NORMAL,
198            text='Delete data')
199        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnDataDelete, id=item.GetId())
200               
201    def _Add_CalculateMenuItems(self,parent):
202        item = parent.Append(help='Make new PDFs from selected powder patterns', 
203            id=wx.ID_ANY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Make new PDFs')
204        self.MakePDF.append(item)
205#        item.Enable(False)
206        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnMakePDFs, id=item.GetId())
207       
208        item = parent.Append(help='View least squares parameters', 
209            id=wx.ID_ANY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='&View LS parms')
210        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.ShowLSParms, id=item.GetId())
211       
212        item = parent.Append(help='', id=wx.ID_ANY, kind=wx.ITEM_NORMAL,
213            text='&Refine')
214        if len(self.Refine): # extend state for new menus to match main (on mac)
215            state = self.Refine[0].IsEnabled()
216        else:
217            state = False
218        item.Enable(state)
219        self.Refine.append(item)
220        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnRefine, id=item.GetId())
221       
222        item = parent.Append(help='', id=wx.ID_ANY, kind=wx.ITEM_NORMAL,
223            text='Sequential refine')
224        if len(self.SeqRefine): # extend state for new menus to match main (on mac)
225            state = self.SeqRefine[0].IsEnabled()
226        else:
227            state = False
228        item.Enable(state)
229        self.SeqRefine.append(item) # save menu obj for use in self.EnableSeqRefineMenu
230        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnSeqRefine, id=item.GetId())
231       
232    def _init_Imports(self):
233        '''import all the G2phase*.py & G2sfact*.py & G2pwd*.py files that
234        are found in the path
235        '''
236
237        self.ImportPhaseReaderlist = []
238        self._init_Import_routines('phase',self.ImportPhaseReaderlist,'Phase')
239        self.ImportSfactReaderlist = []
240        self._init_Import_routines('sfact',self.ImportSfactReaderlist,'Struct_Factor')
241        self.ImportPowderReaderlist = []
242        self._init_Import_routines('pwd',self.ImportPowderReaderlist,'Powder_Data')
243        self.ImportSmallAngleReaderlist = []
244        self._init_Import_routines('sad',self.ImportSmallAngleReaderlist,'SmallAngle_Data')
245        self.ImportMenuId = {}
246
247    def _init_Import_routines(self,prefix,readerlist,errprefix):
248        '''import all the import readers matching the prefix
249        '''
250        #path2GSAS2 = os.path.dirname(os.path.realpath(__file__)) # location of this file
251        #pathlist = sys.path[:]
252        #if path2GSAS2 not in pathlist: pathlist.append(path2GSAS2)
253        #path2GSAS2 = os.path.join(
254        #    os.path.dirname(os.path.realpath(__file__)), # location of this file
255        #    'imports')
256        pathlist = sys.path[:]
257        #if path2GSAS2 not in pathlist: pathlist.append(path2GSAS2)
258        if '.' not in pathlist: pathlist.append('.') # insert the directory where G2 is started
259
260        filelist = []
261        for path in pathlist:
262            for filename in glob.iglob(os.path.join(
263                path,
264                "G2"+prefix+"*.py")):
265                filelist.append(filename)   
266                #print 'debug: found',filename
267        filelist = sorted(list(set(filelist))) # remove duplicates
268        for filename in filelist:
269            path,rootname = os.path.split(filename)
270            pkg = os.path.splitext(rootname)[0]
271            try:
272                fp = None
273                fp, fppath,desc = imp.find_module(pkg,[path,])
274                pkg = imp.load_module(pkg,fp,fppath,desc)
275                for clss in inspect.getmembers(pkg): # find classes defined in package
276                    if clss[0].startswith('_'): continue
277                    if inspect.isclass(clss[1]):
278                        # check if we have the required methods
279                        for m in 'Reader','ExtensionValidator','ContentsValidator':
280                            if not hasattr(clss[1],m): break
281                            if not callable(getattr(clss[1],m)): break
282                        else:
283                            reader = clss[1]() # create an import instance
284                            readerlist.append(reader)
285            except AttributeError:
286                print 'Import_'+errprefix+': Attribute Error '+str(filename)
287                pass
288            except ImportError:
289                print 'Import_'+errprefix+': Error importing file '+str(filename)
290                pass
291            if fp: fp.close()
292
293    def EnableSeqRefineMenu(self):
294        '''Enable or disable the sequential refinement menu items based on the
295        contents of the Controls 'Seq Data' item (if present)
296        '''
297        controls = self.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root, 'Controls'))
298        if controls.get('Seq Data'):
299            for i in self.SeqRefine: i.Enable(True)
300        else:
301            for i in self.SeqRefine: i.Enable(False)
302
303    def OnImportGeneric(self,reader,readerlist,label,multiple=False,usedRanIdList=[]):
304        '''Used to import Phases, powder dataset or single
305        crystal datasets (structure factor tables) using reader objects
306        subclassed from :class:`GSASIIIO.ImportPhase`, :class:`GSASIIIO.ImportStructFactor`
307        or :class:`GSASIIIO.ImportPowderData`. If a reader is specified, only
308        that will be attempted, but if no reader is specified, every one
309        that is potentially compatible (by file extension) will
310        be tried on the selected file(s).
311
312        :param readerobject reader: This will be a reference to
313          a particular object to be used to read a file or None,
314          if every appropriate reader should be used.
315
316        :param list readerlist: a list of reader objects appropriate for
317          the current read attempt. At present, this will be either
318          self.ImportPhaseReaderlist, self.ImportSfactReaderlist or
319          self.ImportPowderReaderlist (defined in _init_Imports from
320          the files found in the path), but in theory this list could
321          be tailored. Used only when reader is None.
322
323        :param str label: string to place on the open file dialog:
324          Open `label` input file
325
326        :param bool multiple: True if multiple files can be selected
327          in the file dialog. False is default. At present True is used
328          only for reading of powder data.
329
330        :param list usedRanIdList: an optional list of random Ids that
331          have been used and should not be reused
332
333        :returns: a list of reader objects (rd_list) that were able
334          to read the specified file(s). This list may be empty.
335        '''
336        self.lastimport = ''
337        self.zipfile = None
338        singlereader = True
339        if reader is None:
340            singlereader = False
341            multiple = False
342            #print "use all formats"
343            choices = "any file (*.*)|*.*"
344            choices += "|zip archive (.zip)|*.zip"
345            extdict = {}
346            # compile a list of allowed extensions
347            for rd in readerlist:
348                fmt = rd.formatName
349                for extn in rd.extensionlist:
350                    if not extdict.get(extn): extdict[extn] = []
351                    extdict[extn] += [fmt,]
352            for extn in sorted(extdict.keys(),cmp=lambda x,y: cmp(x.lower(), y.lower())):
353                fmt = ''
354                for f in extdict[extn]:
355                    if fmt != "": fmt += ', '
356                    fmt += f
357                choices += "|" + fmt + " file (*" + extn + ")|*" + extn
358        else:
359            readerlist = [reader,]
360            # compile a list of allowed extensions
361            choices = reader.formatName + " file ("
362            w = ""
363            for extn in reader.extensionlist:
364                if w != "": w += ";"
365                w += "*" + extn
366            choices += w + ")|" + w
367            choices += "|zip archive (.zip)|*.zip"
368            if not reader.strictExtension:
369                choices += "|any file (*.*)|*.*"
370        # get the file(s) (probably should remove wx.CHANGE_DIR here)
371        if multiple:
372            mode = style=wx.OPEN | wx.CHANGE_DIR | wx.MULTIPLE
373        else:
374            mode = style=wx.OPEN | wx.CHANGE_DIR
375        filelist = self.GetImportFile(message="Choose "+label+" input file",
376                    defaultFile="",wildcard=choices, style=mode)
377        rd_list = []
378        filelist1 = []
379        for filename in filelist:
380            # is this a zip file?
381            if os.path.splitext(filename)[1].lower() == '.zip':
382                extractedfiles = G2IO.ExtractFileFromZip(
383                    filename,parent=self,
384                    multipleselect=True)
385                if extractedfiles is None: continue # error or Cancel
386                if extractedfiles != filename:
387                    self.zipfile = filename # save zip name
388                    filelist1 += extractedfiles
389                    continue
390            filelist1.append(filename)
391        filelist = filelist1
392        for filename in filelist:
393            # is this a zip file?
394            if os.path.splitext(filename)[1].lower() == '.zip':
395                extractedfile = G2IO.ExtractFileFromZip(filename,parent=self)
396                if extractedfile is None: continue # error or Cancel
397                if extractedfile != filename:
398                    filename,self.zipfile = extractedfile,filename # now use the file that was created
399            # set what formats are compatible with this file
400            primaryReaders = []
401            secondaryReaders = []
402            for rd in readerlist:
403                flag = rd.ExtensionValidator(filename)
404                if flag is None: 
405                    secondaryReaders.append(rd)
406                elif flag:
407                    primaryReaders.append(rd)
408            if len(secondaryReaders) + len(primaryReaders) == 0:
409                self.ErrorDialog('No Format','No matching format for file '+filename)
410                return []
411
412            fp = None
413            msg = ''
414            try:
415                fp = open(filename,'Ur')
416                if len(filelist) == 1:
417                    # confirm we have the right file
418                    rdmsg = 'File '+str(filename)+' begins:\n\n'
419                    for i in range(3):
420                        rdmsg += fp.readline()
421                    rdmsg += '\n\nDo you want to read this file?'
422                    if not all([ord(c) < 128 and ord(c) != 0 for c in rdmsg]): # show only if ASCII
423                        rdmsg = 'File '+str(
424                            filename)+' is a binary file. Do you want to read this file?'
425                    result = wx.ID_NO
426                    # it would be better to use something that
427                    # would resize better, but this will do for now
428                    dlg = wx.MessageDialog(
429                        self, rdmsg,
430                        'Is this the file you want?', 
431                        wx.YES_NO | wx.ICON_QUESTION,
432                        )
433                    dlg.SetSize((700,300)) # does not resize on Mac
434                    try:
435                        result = dlg.ShowModal()
436                    finally:
437                        dlg.Destroy()
438                    if result == wx.ID_NO: return []
439                           
440                self.lastimport = filename # this is probably not what I want to do -- it saves only the
441                # last name in a series. See rd.readfilename for a better name.
442               
443                # try the file first with Readers that specify the
444                # file's extension and later with ones that merely allow it
445                errorReport = ''
446                for rd in primaryReaders+secondaryReaders:
447                    rd.ReInitialize() # purge anything from a previous read
448                    fp.seek(0)  # rewind
449                    rd.errors = "" # clear out any old errors
450                    if not rd.ContentsValidator(fp): # rejected on cursory check
451                        errorReport += "\n  "+rd.formatName + ' validator error'
452                        if rd.errors: 
453                            errorReport += ': '+rd.errors
454                        continue 
455                    repeat = True
456                    rdbuffer = {} # create temporary storage for file reader
457                    block = 0
458                    while repeat: # loop if the reader asks for another pass on the file
459                        block += 1
460                        repeat = False
461                        fp.seek(0)  # rewind
462                        rd.objname = os.path.basename(filename)
463                        flag = False
464                        try:
465                            flag = rd.Reader(filename,fp,self,
466                                             buffer=rdbuffer,
467                                             blocknum=block,
468                                             usedRanIdList=usedRanIdList,
469                                             )
470                        except rd.ImportException as detail:
471                            rd.errors += "\n  Read exception: "+str(detail)
472                        except Exception as detail:
473                            import traceback
474                            rd.errors += "\n  Unhandled read exception: "+str(detail)
475                            rd.errors += "\n  Traceback info:\n"+str(traceback.format_exc())
476                        if flag: # this read succeeded
477                            rd.readfilename = filename
478                            rd_list.append(copy.deepcopy(rd)) # save the result before it is written over
479                            if rd.repeat:
480                                repeat = True
481                            continue
482                        errorReport += '\n'+rd.formatName + ' read error'
483                        if rd.errors:
484                            errorReport += ': '+rd.errors
485                    if rd_list: # read succeeded, was there a warning or any errors?
486                        if rd.warnings:
487                            self.ErrorDialog('Read Warning','The '+ rd.formatName+
488                                             ' reader reported a warning message:\n\n'+
489                                             rd.warnings)
490                        break # success in reading, try no further
491                else:
492                    if singlereader:
493                        self.ErrorDialog('Read Error','The '+ rd.formatName+
494                                         ' reader was not able to read file '+filename+msg+
495                                         '\n\nError message(s):\n'+errorReport
496                                         )
497                    else:
498                        self.ErrorDialog('Read Error','No reader was able to read file '+filename+msg+
499                                         '\n\nError messages:\n'+errorReport
500                                         )
501            except:
502                import traceback
503                print traceback.format_exc()
504                self.ErrorDialog('Open Error','Unexpected error trying to open or read file '+filename)
505            if fp: fp.close()
506        return rd_list
507
508    def _Add_ImportMenu_Phase(self,parent):
509        '''configure the Import Phase menus accord to the readers found in _init_Imports
510        '''
511        submenu = wx.Menu()
512        item = parent.AppendMenu(wx.ID_ANY, 'Phase',
513            submenu, help='Import phase data')
514        for reader in self.ImportPhaseReaderlist:
515            item = submenu.Append(wx.ID_ANY,help=reader.longFormatName,
516                kind=wx.ITEM_NORMAL,text='from '+reader.formatName+' file')
517            self.ImportMenuId[item.GetId()] = reader
518            self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnImportPhase, id=item.GetId())
519        item = submenu.Append(wx.ID_ANY,
520                              help='Import phase data, use file to try to determine format',
521                              kind=wx.ITEM_NORMAL,
522                              text='guess format from file')
523        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnImportPhase, id=item.GetId())
524
525    def GetImportFile(self, message, defaultDir="", defaultFile="", style=wx.OPEN,
526                      *args, **kwargs):
527        '''Defines a customized dialog that gets gets files from the appropriate
528        Import directory (unless overridden with defaultDir). The default
529        import directory is found in self.ImportDir, which will be set to
530        the location of the (first) file entered in this dialog.
531           
532        :returns: a list of files or an empty list
533        '''
534        dlg = wx.FileDialog(self, message, defaultDir, defaultFile, *args,
535                            style=style, **kwargs)
536        if not defaultDir and self.ImportDir:
537            dlg.SetDirectory(self.ImportDir)
538        try:
539            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
540                if style & wx.MULTIPLE:
541                    filelist = dlg.GetPaths()
542                    if len(filelist) == 0: return []
543                else:
544                    filelist = [dlg.GetPath(),]
545                # not sure if we want to do this (why use wx.CHANGE_DIR?)
546                if style & wx.CHANGE_DIR: # to get Mac/Linux to change directory like windows!
547                    os.chdir(dlg.GetDirectory())
548                if not defaultDir and self.ImportDir: # if we are using a default and
549                    # user moved, save the new location
550                    self.ImportDir = os.path.split(filelist[0])[0]
551                    #print 'default moved to',self.ImportDir               
552            else: # cancel was pressed
553                return []
554        finally:
555            dlg.Destroy()
556        return filelist
557           
558    def OnImportPhase(self,event):
559        '''Called in response to an Import/Phase/... menu item
560        to read phase information.
561        dict self.ImportMenuId is used to look up the specific
562        reader item associated with the menu item, which will be
563        None for the last menu item, which is the "guess" option
564        where all appropriate formats will be tried.
565        '''
566        # look up which format was requested
567        reqrdr = self.ImportMenuId.get(event.GetId())
568       
569        # make a list of phase names, ranId's and the histograms used in those phases
570        phaseRIdList,usedHistograms = self.GetPhaseInfofromTree()
571        phaseNameList = usedHistograms.keys() # phase names in use
572        usedHKLFhists = [] # used single-crystal histograms
573        for p in usedHistograms:
574            for h in usedHistograms[p]:
575                if h.startswith('HKLF ') and h not in usedHKLFhists:
576                    usedHKLFhists.append(h)
577        rdlist = self.OnImportGeneric(reqrdr,
578                                  self.ImportPhaseReaderlist,
579                                  'phase',usedRanIdList=phaseRIdList)
580        if len(rdlist) == 0: return
581        # for now rdlist is only expected to have one element
582        # but below will allow multiple phases to be imported
583        # if ever the import routines ever implement multiple phase reads.
584        self.CheckNotebook()
585        newPhaseList = []
586        for rd in rdlist:
587            PhaseName = ''
588            dlg = wx.TextEntryDialog( # allow editing of phase name
589                                    self, 'Enter the name for the new phase',
590                                    'Edit phase name', rd.Phase['General']['Name'],
591                                    style=wx.OK)
592            while PhaseName == '':
593                dlg.CenterOnParent()
594                if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
595                    PhaseName = dlg.GetValue().strip()
596                else:
597                    dlg.Destroy()
598                    return
599            dlg.Destroy()
600            # make new phase names unique
601            rd.Phase['General']['Name'] = G2obj.MakeUniqueLabel(PhaseName,phaseNameList)
602            PhaseName = rd.Phase['General']['Name'][:]
603            newPhaseList.append(PhaseName)
604            print 'Read phase '+str(PhaseName)+' from file '+str(self.lastimport)
605            if not G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases'):
606                sub = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text='Phases')
607            else:
608                sub = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases')
609            psub = self.PatternTree.AppendItem(parent=sub,text=PhaseName)
610            self.PatternTree.SetItemPyData(psub,rd.Phase)
611            self.PatternTree.Expand(self.root) # make sure phases are seen
612            self.PatternTree.Expand(sub) 
613            self.PatternTree.Expand(psub)
614            self.PatternTree.SelectItem(psub) # show the page to complete the initialization (yuk!)
615            wx.Yield() # make sure call of GSASII.OnPatternTreeSelChanged happens before we go on
616
617            if rd.Constraints:
618                sub = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Constraints') # was created in CheckNotebook if needed
619                Constraints = self.PatternTree.GetItemPyData(sub)               
620                # TODO: make sure that NEWVAR names are unique here?
621                for i in rd.Constraints:
622                    if type(i) is dict:
623                        #for j in i: print j,' --> ',i[j]
624                        if '_Explain' not in Constraints: Constraints['_Explain'] = {}
625                        Constraints['_Explain'].update(i)
626                        continue
627                    Constraints['Phase'].append(i)
628        if not newPhaseList: return # somehow, no new phases
629        # get a list of existing histograms
630        PWDRlist = []
631        HKLFlist = []
632        if self.PatternTree.GetCount():
633            item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
634            while item:
635                name = self.PatternTree.GetItemText(item)
636                if name.startswith('PWDR ') and name not in PWDRlist:
637                    PWDRlist.append(name)
638                if name.startswith('HKLF ') and name not in HKLFlist:
639                    HKLFlist.append(name)
640                item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)
641        TextList = PWDRlist + HKLFlist
642        if not len(TextList): return # no data loaded yet
643        header = 'Select histogram(s) to add to new phase(s):'
644        for phaseName in newPhaseList:
645            header += '\n  '+str(phaseName)
646
647        notOK = True
648        while notOK:
649            result = G2gd.ItemSelector(TextList,self,header,header='Add histogram(s)',multiple=True)
650            if not result: return
651            # check that selected single crystal histograms are not already in use!
652            used = [TextList[i] for i in result if TextList[i] in usedHKLFhists]
653            #for i in result:
654            #    if TextList[i] in usedHKLFhists: used.append(TextList[i])
655            if used:
656                msg = 'The following single crystal histogram(s) are already in use'
657                for i in used:
658                    msg += '\n  '+str(i)
659                msg += '\nAre you sure you want to add them to this phase? '
660                msg += 'Associating a single crystal dataset to >1 histogram is usually an error, '
661                msg += 'so No is suggested here.'
662                if self.ErrorDialog('Likely error',msg,self,wtype=wx.YES_NO) == wx.ID_YES: notOK = False
663            else:
664                notOK = False
665        # connect new phases to histograms
666        sub = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases')
667        if not sub:
668            raise Exception('ERROR -- why are there no phases here?')
669        wx.BeginBusyCursor()
670        item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(sub)
671        while item: # loop over (new) phases
672            phaseName = self.PatternTree.GetItemText(item)
673            data = self.PatternTree.GetItemPyData(item)
674            item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(sub, cookie)
675            if phaseName not in newPhaseList: continue
676            generalData = data['General']
677            SGData = generalData['SGData']
678            Super = generalData.get('Super',0)
679            SuperVec = []
680            if Super:
681                SuperVec = np.array(generalData['SuperVec'][0])
682            UseList = data['Histograms']
683            NShkl = len(G2spc.MustrainNames(SGData))
684            NDij = len(G2spc.HStrainNames(SGData))
685            for i in result:
686                histoName = TextList[i]
687                if histoName in HKLFlist:
688                    #redo UpdateHKLFdata(histoName) here:
689                    Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,histoName)
690                    refDict,reflData = self.PatternTree.GetItemPyData(Id)
691                    G,g = G2lat.cell2Gmat(generalData['Cell'][1:7])
692                    Super = reflData.get('Super',0)
693                    for iref,ref in enumerate(reflData['RefList']):
694                        hkl = ref[:3]
695                        if Super:
696                            H = list(hkl+SuperVec*ref[3])
697                        else:
698                            H = hkl
699                        ref[4+Super] = np.sqrt(1./G2lat.calc_rDsq2(H,G))
700                        iabsnt,ref[3+Super],Uniq,phi = G2spc.GenHKLf(H,SGData)
701                        if iabsnt:  #flag space gp. absences
702                            ref[3+Super] = 0
703                    UseList[histoName] = SetDefaultDData(reflData['Type'],histoName)
704                elif histoName in PWDRlist:
705                    Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,histoName)
706                    refList = self.PatternTree.GetItemPyData(
707                        G2gd.GetPatternTreeItemId(self,Id,'Reflection Lists'))
708                    refList[generalData['Name']] = []
709                    UseList[histoName] = SetDefaultDData('PWDR',histoName,NShkl=NShkl,NDij=NDij)
710                else:
711                    raise Exception('Unexpected histogram '+str(histoName))
712        wx.EndBusyCursor()
713        return # success
714       
715    def _Add_ImportMenu_Sfact(self,parent):
716        '''configure the Import Structure Factor menus accord to the readers found in _init_Imports
717        '''
718        submenu = wx.Menu()
719        item = parent.AppendMenu(wx.ID_ANY, 'Structure Factor',
720            submenu, help='Import Structure Factor data')
721        for reader in self.ImportSfactReaderlist:
722            item = submenu.Append(wx.ID_ANY,help=reader.longFormatName,               
723                kind=wx.ITEM_NORMAL,text='from '+reader.formatName+' file')
724            self.ImportMenuId[item.GetId()] = reader
725            self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnImportSfact, id=item.GetId())
726        item = submenu.Append(wx.ID_ANY,
727            help='Import Structure Factor, use file to try to determine format',
728            kind=wx.ITEM_NORMAL,
729            text='guess format from file')
730        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnImportSfact, id=item.GetId())
731
732    def OnImportSfact(self,event):
733        '''Called in response to an Import/Structure Factor/... menu item
734        to read single crystal datasets.
735        dict self.ImportMenuId is used to look up the specific
736        reader item associated with the menu item, which will be
737        None for the last menu item, which is the "guess" option
738        where all appropriate formats will be tried.
739        '''
740        # get a list of existing histograms
741        HKLFlist = []
742        if self.PatternTree.GetCount():
743            item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
744            while item:
745                name = self.PatternTree.GetItemText(item)
746                if name.startswith('HKLF ') and name not in HKLFlist:
747                    HKLFlist.append(name)
748                item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)
749        # look up which format was requested
750        reqrdr = self.ImportMenuId.get(event.GetId())
751        rdlist = self.OnImportGeneric(reqrdr,self.ImportSfactReaderlist,
752            'Structure Factor',multiple=True)
753        if len(rdlist) == 0: return
754        self.CheckNotebook()
755        newHistList = []
756        for rd in rdlist:
757            HistName = rd.objname
758            if len(rdlist) <= 2: 
759                dlg = wx.TextEntryDialog( # allow editing of Structure Factor name
760                    self, 'Enter the name for the new Structure Factor',
761                    'Edit Structure Factor name', HistName,
762                    style=wx.OK)
763                dlg.CenterOnParent()
764                if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
765                    HistName = dlg.GetValue()
766                dlg.Destroy()
767            HistName = 'HKLF '+HistName
768            # make new histogram names unique
769            if len(rd.Banks):
770                for Bank in rd.Banks:
771                    valuesdict = {'wtFactor':1.0,'Dummy':False,'ranId':ran.randint(0,sys.maxint),}
772                    HistName = G2obj.MakeUniqueLabel(HistName,HKLFlist)
773                    print 'Read structure factor table '+str(HistName)+' from file '+str(self.lastimport)
774                    Id = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text=HistName)
775                    if not Bank['RefDict'].get('FF'):
776                        Bank['RefDict']['FF'] = {}
777                    self.PatternTree.SetItemPyData(Id,[valuesdict,Bank['RefDict']])
778                    Sub = self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Instrument Parameters')
779                    self.PatternTree.SetItemPyData(Sub,copy.copy(rd.Parameters))
780                    self.PatternTree.SetItemPyData(
781                        self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Reflection List'),[])  #dummy entry for GUI use
782                    newHistList.append(HistName)
783            else:
784                valuesdict = {'wtFactor':1.0,'Dummy':False,'ranId':ran.randint(0,sys.maxint),}
785                HistName = G2obj.MakeUniqueLabel(HistName,HKLFlist)
786                print 'Read structure factor table '+str(HistName)+' from file '+str(self.lastimport)
787                if not rd.RefDict.get('FF'):
788                    rd.RefDict['FF'] = {}
789                Id = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text=HistName)
790                self.PatternTree.SetItemPyData(Id,[valuesdict,rd.RefDict])
791                Sub = self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Instrument Parameters')
792                self.PatternTree.SetItemPyData(Sub,rd.Parameters)
793                self.PatternTree.SetItemPyData(
794                    self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Reflection List'),[])  #dummy entry for GUI use
795                newHistList.append(HistName)
796               
797            self.PatternTree.SelectItem(Id)
798            self.PatternTree.Expand(Id)
799            self.Sngl = True
800
801        if not newHistList: return # somehow, no new histograms
802        # make a list of phase names
803        phaseRIdList,usedHistograms = self.GetPhaseInfofromTree()
804        phaseNameList = usedHistograms.keys() # phase names in use
805        if not phaseNameList: return # no phases yet, nothing to do
806        header = 'Select phase(s) to add the new\nsingle crystal dataset(s) to:'
807        for Name in newHistList:
808            header += '\n  '+str(Name)
809        result = G2gd.ItemSelector(phaseNameList,self,header,header='Add to phase(s)',multiple=True)
810        if not result: return
811        # connect new phases to histograms
812        sub = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases')
813        if not sub:
814            raise Exception('ERROR -- why are there no phases here?')
815        wx.BeginBusyCursor()
816        item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(sub)
817        iph = -1
818        while item: # loop over (new) phases
819            iph += 1
820            phaseName = self.PatternTree.GetItemText(item)
821            data = self.PatternTree.GetItemPyData(item)
822            item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(sub, cookie)
823            if iph not in result: continue
824            generalData = data['General']
825            SGData = generalData['SGData']
826            Super = generalData.get('Super',0)
827            SuperVec = []
828            if Super:
829                SuperVec = np.array(generalData['SuperVec'][0])
830            UseList = data['Histograms']
831            for histoName in newHistList:
832                #redo UpdateHKLFdata(histoName) here:
833                Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,histoName)
834                refDict,reflData = self.PatternTree.GetItemPyData(Id)
835                UseList[histoName] = SetDefaultDData(reflData['Type'],histoName)
836                G,g = G2lat.cell2Gmat(generalData['Cell'][1:7])
837                for iref,ref in enumerate(reflData['RefList']):
838                    hkl = ref[:3]
839                    if Super:
840                        H = list(hkl+SuperVec*ref[3])
841                    else:
842                        H = hkl
843                    ref[4+Super] = np.sqrt(1./G2lat.calc_rDsq2(H,G))
844                    iabsnt,ref[3+Super],Uniq,phi = G2spc.GenHKLf(H,SGData)
845                    if iabsnt:  #flag space gp. absences
846                        ref[3+Super] = 0
847        wx.EndBusyCursor()
848       
849        return # success
850
851    def _Add_ImportMenu_powder(self,parent):
852        '''configure the Powder Data menus accord to the readers found in _init_Imports
853        '''
854        submenu = wx.Menu()
855        item = parent.AppendMenu(wx.ID_ANY, 'Powder Data',
856            submenu, help='Import Powder data')
857        for reader in self.ImportPowderReaderlist:
858            item = submenu.Append(wx.ID_ANY,help=reader.longFormatName,
859                kind=wx.ITEM_NORMAL,text='from '+reader.formatName+' file')
860            self.ImportMenuId[item.GetId()] = reader
861            self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnImportPowder, id=item.GetId())
862        item = submenu.Append(wx.ID_ANY,
863            help='Import powder data, use file to try to determine format',
864            kind=wx.ITEM_NORMAL,text='guess format from file')
865        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnImportPowder, id=item.GetId())
866        submenu.AppendSeparator()
867        item = submenu.Append(wx.ID_ANY,
868            help='Create a powder data set entry that will be simulated',
869            kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Simulate a dataset')
870        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnDummyPowder, id=item.GetId())
871       
872    def OpenPowderInstprm(self,instfile):
873        '''Read a GSAS-II (new) instrument parameter file
874
875        :param str instfile: name of instrument parameter file
876
877        '''
878        if os.path.splitext(instfile)[1].lower() != '.instprm': # invalid file
879            return None           
880        if not os.path.exists(instfile): # no such file
881            return None
882        File = open(instfile,'r')
883        lines = File.readlines()
884        File.close()
885        return lines       
886           
887    def ReadPowderInstprm(self,instLines):
888        '''Read lines from a GSAS-II (new) instrument parameter file
889
890        :param list instLines: strings from GSAS-II parameter file; can be concatenated with ';'
891
892        '''
893        if not instLines[0].startswith('#GSAS-II'): # not a valid file
894            return None
895        newItems = []
896        newVals = []
897        for S in instLines:
898            if S[0] == '#':
899                continue
900            S = S.replace(' ','')
901            SS = S[:-1].split(';')
902            for s in SS:
903                [item,val] = s.split(':')
904                newItems.append(item)
905                try:
906                    newVals.append(float(val))
907                except ValueError:
908                    newVals.append(val)                       
909        return G2IO.makeInstDict(newItems,newVals,len(newVals)*[False,]),{}
910       
911    def ReadPowderIparm(self,instfile,bank,databanks,rd):
912        '''Read a GSAS (old) instrument parameter file
913
914        :param str instfile: name of instrument parameter file
915
916        :param int bank: the bank number read in the raw data file
917
918        :param int databanks: the number of banks in the raw data file.
919          If the number of banks in the data and instrument parameter files
920          agree, then the sets of banks are assumed to match up and bank
921          is used to select the instrument parameter file. If not, the user
922          is asked to make a selection.
923
924        :param obj rd: the raw data (histogram) data object. This
925          sets rd.instbank.
926
927        '''
928        if not os.path.exists(instfile): # no such file
929            return {}
930        fp = 0
931        try:
932            fp = open(instfile,'Ur')
933            Iparm = {}
934            for S in fp:
935                if '#' in S[0]:
936                    continue
937                Iparm[S[:12]] = S[12:-1]
938        except IOError:
939            print('Error reading file:'+str(instfile))
940        if fp:       
941            fp.close()
942
943        ibanks = int(Iparm.get('INS   BANK  ','1').strip())
944        hType = Iparm['INS   HTYPE '].strip()
945        if ibanks == 1: # there is only one bank here, return it
946            rd.instbank = 1
947            return Iparm
948        if 'PNT' in hType:
949            rd.instbank = bank
950        elif ibanks != databanks:
951            # number of banks in data and prm file not not agree, need a
952            # choice from a human here
953            choices = []
954            for i in range(1,1+ibanks):
955                choices.append('Bank '+str(i))
956            bank = rd.BlockSelector(
957                choices, self,
958                title='Select an instrument parameter bank for '+
959                os.path.split(rd.powderentry[0])[1]+' BANK '+str(bank)+
960                '\nOr use Cancel to select from the default parameter sets',
961                header='Block Selector')
962        if bank is None: return {}
963        # pull out requested bank # bank from the data, and change the bank to 1
964        IparmS = {}
965        for key in Iparm:
966            if 'INS' in key[:3]:    #skip around rubbish lines in some old iparm files
967                if key[4:6] == "  ":
968                    IparmS[key] = Iparm[key]
969                elif int(key[4:6].strip()) == bank:
970                    IparmS[key[:4]+' 1'+key[6:]] = Iparm[key]
971        rd.instbank = bank
972        return IparmS
973                       
974    def GetPowderIparm(self,rd, prevIparm, lastIparmfile, lastdatafile):
975        '''Open and read an instrument parameter file for a data file
976        Returns the list of parameters used in the data tree
977
978        :param obj rd: the raw data (histogram) data object.
979
980        :param str prevIparm: not used
981
982        :param str lastIparmfile: Name of last instrument parameter
983          file that was read, or a empty string.
984
985        :param str lastdatafile: Name of last data file that was read.
986
987        :returns: a list of two dicts, the first containing instrument parameters
988          and the second used for TOf lookup tables for profile coeff.
989
990        '''
991        def SetPowderInstParms(Iparm, rd):
992            '''extracts values from instrument parameters in rd.instdict
993            or in array Iparm.
994            Create and return the contents of the instrument parameter tree entry.
995            '''
996            Irads = {0:' ',1:'CrKa',2:'FeKa',3:'CuKa',4:'MoKa',5:'AgKa',6:'TiKa',7:'CoKa'}
997            DataType = Iparm['INS   HTYPE '].strip()[:3]  # take 1st 3 chars
998            # override inst values with values read from data file
999            if rd.instdict.get('type'):
1000                DataType = rd.instdict.get('type')
1001            data = [DataType,]
1002            instname = Iparm.get('INS  1INAME ')
1003            irad = int(Iparm.get('INS  1 IRAD ','0'))
1004            if instname:
1005                rd.Sample['InstrName'] = instname.strip()
1006            if 'C' in DataType:
1007                wave1 = None
1008                wave2 = 0.0
1009                if rd.instdict.get('wave'):
1010                    wl = rd.instdict.get('wave')
1011                    wave1 = wl[0]
1012                    if len(wl) > 1: wave2 = wl[1]
1013                s = Iparm['INS  1 ICONS']
1014                if not wave1:
1015                    wave1 = G2IO.sfloat(s[:10])
1016                    wave2 = G2IO.sfloat(s[10:20])
1017                v = (wave1,wave2,
1018                     G2IO.sfloat(s[20:30]),G2IO.sfloat(s[55:65]),G2IO.sfloat(s[40:50])) #get lam1, lam2, zero, pola & ratio
1019                if not v[1]:
1020                    names = ['Type','Lam','Zero','Polariz.','U','V','W','X','Y','SH/L','Azimuth'] 
1021                    v = (v[0],v[2],v[4])
1022                    codes = [0,0,0,0]
1023                else:
1024                    names = ['Type','Lam1','Lam2','Zero','I(L2)/I(L1)','Polariz.','U','V','W','X','Y','SH/L','Azimuth']
1025                    codes = [0,0,0,0,0,0]
1026                data.extend(v)
1027                if 'INS  1PRCF  ' in Iparm:
1028                    v1 = Iparm['INS  1PRCF  '].split()                                                 
1029                    v = Iparm['INS  1PRCF 1'].split()
1030                    data.extend([float(v[0]),float(v[1]),float(v[2])])                  #get GU, GV & GW - always here
1031                    azm = float(Iparm.get('INS  1DETAZM','0.0'))
1032                    v = Iparm['INS  1PRCF 2'].split()
1033                    if v1[0] == 3:
1034                        data.extend([float(v[0]),float(v[1]),float(v[2])+float(v[3],azm)])  #get LX, LY, S+H/L & azimuth
1035                    else:
1036                        data.extend([0.0,0.0,0.002,azm])                                      #OK defaults if fxn #3 not 1st in iprm file                   
1037                else:
1038                    v1 = Iparm['INS  1PRCF1 '].split()                                                 
1039                    v = Iparm['INS  1PRCF11'].split()
1040                    data.extend([float(v[0]),float(v[1]),float(v[2])])                  #get GU, GV & GW - always here
1041                    azm = float(Iparm.get('INS  1DETAZM','0.0'))
1042                    v = Iparm['INS  1PRCF12'].split()
1043                    if v1[0] == 3:
1044                        data.extend([float(v[0]),float(v[1]),float(v[2])+float(v[3],azm)])  #get LX, LY, S+H/L & azimuth
1045                    else:
1046                        data.extend([0.0,0.0,0.002,azm])                                      #OK defaults if fxn #3 not 1st in iprm file
1047                codes.extend([0,0,0,0,0,0,0])
1048                Iparm1 = G2IO.makeInstDict(names,data,codes)
1049                Iparm1['Source'] = [Irads[irad],Irads[irad]]
1050                return [Iparm1,{}]
1051            elif 'T' in DataType:
1052                names = ['Type','fltPath','2-theta','difC','difA', 'difB','Zero','alpha','beta-0','beta-1',
1053                    'beta-q','sig-0','sig-1','sig-2','sig-q', 'X','Y','Azimuth',]
1054                codes = [0,0,0,0,0, 0,0,0,0,0, 0,0,0,0,0, 0,0,0,]
1055                azm = 0.
1056                if 'INS  1DETAZM' in Iparm:
1057                    azm = float(Iparm['INS  1DETAZM'])
1058                s = Iparm['INS   FPATH1'].split()
1059                fltPath0 = G2IO.sfloat(s[0])
1060                s = Iparm['INS  1BNKPAR'].split()
1061                fltPath1 = G2IO.sfloat(s[0])
1062                data.extend([fltPath0+fltPath1,])               #Flight path source-sample-detector
1063                data.extend([G2IO.sfloat(s[1]),])               #2-theta for bank
1064                s = Iparm['INS  1 ICONS'].split()
1065                data.extend([G2IO.sfloat(s[0]),G2IO.sfloat(s[1]),0.0,G2IO.sfloat(s[2])])    #difC,difA,difB,Zero
1066                if 'INS  1PRCF  ' in Iparm:
1067                    s = Iparm['INS  1PRCF  '].split()
1068                    pfType = int(s[0])
1069                    s = Iparm['INS  1PRCF 1'].split()
1070                    if abs(pfType) == 1:
1071                        data.extend([G2IO.sfloat(s[1]),G2IO.sfloat(s[2]),G2IO.sfloat(s[3])]) #alpha, beta-0, beta-1
1072                        s = Iparm['INS  1PRCF 2'].split()
1073                        data.extend([0.0,0.0,G2IO.sfloat(s[1]),G2IO.sfloat(s[2]),0.0,0.0,0.0,azm])    #beta-q, sig-0, sig-1, sig-2, sig-q, X, Y
1074                    elif abs(pfType) in [3,4,5]:
1075                        data.extend([G2IO.sfloat(s[0]),G2IO.sfloat(s[1]),G2IO.sfloat(s[2])]) #alpha, beta-0, beta-1
1076                        if abs(pfType) == 4:
1077                            data.extend([0.0,0.0,G2IO.sfloat(s[3]),0.0,0.0,0.0,0.0,azm])    #beta-q, sig-0, sig-1, sig-2, sig-q, X, Y
1078                        else:
1079                            s = Iparm['INS  1PRCF 2'].split()
1080                            data.extend([0.0,0.0,G2IO.sfloat(s[0]),G2IO.sfloat(s[1]),0.0,0.0,0.0,azm])    #beta-q, sig-0, sig-1, sig-2, sig-q, X, Y                       
1081                else:
1082                    s = Iparm['INS  1PRCF1 '].split()
1083                    pfType = int(s[0])
1084                    s = Iparm['INS  1PRCF11'].split()
1085                    if abs(pfType) == 1:
1086                        data.extend([G2IO.sfloat(s[1]),G2IO.sfloat(s[2]),G2IO.sfloat(s[3])]) #alpha, beta-0, beta-1
1087                        s = Iparm['INS  1PRCF12'].split()
1088                        data.extend([0.0,0.0,G2IO.sfloat(s[1]),G2IO.sfloat(s[2]),0.0,0.0,0.0,azm])    #beta-q, sig-0, sig-1, sig-2, sig-q, X, Y
1089                    elif abs(pfType) in [3,4,5]:
1090                        data.extend([G2IO.sfloat(s[0]),G2IO.sfloat(s[1]),G2IO.sfloat(s[2])]) #alpha, beta-0, beta-1
1091                        if abs(pfType) == 4:
1092                            data.extend([0.0,0.0,G2IO.sfloat(s[3]),0.0,0.0,0.0,0.0,azm])    #beta-q, sig-0, sig-1, sig-2, sig-q, X, Y
1093                        else:
1094                            s = Iparm['INS  1PRCF12'].split()
1095                            data.extend([0.0,0.0,G2IO.sfloat(s[0]),G2IO.sfloat(s[1]),0.0,0.0,0.0,azm])    #beta-q, sig-0, sig-1, sig-2, sig-q, X, Y                       
1096                Inst1 = G2IO.makeInstDict(names,data,codes)
1097                Inst2 = {}
1098                if pfType < 0:
1099                    Ipab = 'INS  1PAB'+str(-pfType)
1100                    Npab = int(Iparm[Ipab+'  '].strip())
1101                    Inst2['Pdabc'] = []
1102                    for i in range(Npab):
1103                        k = Ipab+str(i+1).rjust(2)
1104                        s = Iparm[k].split()
1105                        Inst2['Pdabc'].append([float(t) for t in s])
1106                    Inst2['Pdabc'] = np.array(Inst2['Pdabc'])
1107                    Inst2['Pdabc'].T[3] += Inst2['Pdabc'].T[0]*Inst1['difC'][0] #turn 3rd col into TOF
1108                if 'INS  1I ITYP' in Iparm:
1109                    s = Iparm['INS  1I ITYP'].split()
1110                    Ityp = int(s[0])
1111                    Tminmax = [float(s[1])*1000.,float(s[2])*1000.]
1112                    Itypes = ['Exponential','Maxwell/Exponential','','Maxwell/Chebyschev','']
1113                    if Ityp in [1,2,4]:
1114                        Inst2['Itype'] = Itypes[Ityp-1]
1115                        Inst2['Tminmax'] = Tminmax
1116                        Icoeff = []
1117                        Iesd = []
1118                        Icovar = []                   
1119                        for i in range(3):
1120                            s = Iparm['INS  1ICOFF'+str(i+1)].split()
1121                            Icoeff += [float(S) for S in s]
1122                            s = Iparm['INS  1IECOF'+str(i+1)].split()
1123                            Iesd += [float(S) for S in s]
1124                        NT = 10
1125                        for i in range(8):
1126                            s = Iparm['INS  1IECOR'+str(i+1)]
1127                            if i == 7:
1128                                NT = 8
1129                            Icovar += [float(s[6*j:6*j+6]) for j in range(NT)]
1130                        Inst2['Icoeff'] = Icoeff
1131                        Inst2['Iesd'] = Iesd
1132                        Inst2['Icovar'] = Icovar
1133                return [Inst1,Inst2]
1134
1135        # stuff we might need from the reader
1136        filename = rd.powderentry[0]
1137        bank = rd.powderentry[2]
1138        numbanks = rd.numbanks
1139        # is there an instrument parameter file defined for the current data set?
1140        # or if this is a read on a set of set of files, use the last one again
1141        #if rd.instparm or (lastdatafile == filename and lastIparmfile):
1142        if rd.instparm or lastIparmfile:
1143            if rd.instparm:
1144                instfile = os.path.join(os.path.split(filename)[0],
1145                                    rd.instparm)
1146            else:
1147                # for multiple reads of one data file, reuse the inst parm file
1148                instfile = lastIparmfile
1149            if os.path.exists(instfile):
1150                #print 'debug: try read',instfile
1151                Lines = self.OpenPowderInstprm(instfile)
1152                instParmList = None
1153                if Lines is not None:
1154                    instParmList = self.ReadPowderInstprm(Lines)
1155                if instParmList is not None:
1156                    rd.instfile = instfile
1157                    rd.instmsg = 'GSAS-II file '+instfile
1158                    return instParmList
1159                Iparm = self.ReadPowderIparm(instfile,bank,numbanks,rd)
1160                if Iparm:
1161                    #print 'debug: success'
1162                    rd.instfile = instfile
1163                    rd.instmsg = instfile + ' bank ' + str(rd.instbank)
1164                    return SetPowderInstParms(Iparm,rd)
1165            else:
1166                self.ErrorDialog('Open Error','Error opening instrument parameter file '
1167                    +str(instfile)+' requested by file '+ filename)
1168        # is there an instrument parameter file matching the current file
1169        # with extension .inst or .prm? If so read it
1170        basename = os.path.splitext(filename)[0]
1171        for ext in '.instprm','.prm','.inst','.ins':
1172            instfile = basename + ext
1173            Lines = self.OpenPowderInstprm(instfile)
1174            instParmList = None
1175            if Lines is not None:
1176                instParmList = self.ReadPowderInstprm(Lines)
1177            if instParmList is not None:
1178                rd.instfile = instfile
1179                rd.instmsg = 'GSAS-II file '+instfile
1180                return instParmList
1181            Iparm = self.ReadPowderIparm(instfile,bank,numbanks,rd)
1182            if Iparm:
1183                #print 'debug: success'
1184                rd.instfile = instfile
1185                rd.instmsg = instfile + ' bank ' + str(rd.instbank)
1186                return SetPowderInstParms(Iparm,rd)
1187            else:
1188                #print 'debug: open/read failed',instfile
1189                pass # fail silently
1190
1191        # did we read the data file from a zip? If so, look there for a
1192        # instrument parameter file
1193        if self.zipfile:
1194            for ext in '.instprm','.prm','.inst','.ins':
1195                instfile = G2IO.ExtractFileFromZip(
1196                    self.zipfile,
1197                    selection=os.path.split(basename + ext)[1],
1198                    parent=self)
1199                if instfile is not None and instfile != self.zipfile:
1200                    print 'debug:',instfile,'created from ',self.zipfile
1201                    Lines = self.OpenPowderInstprm(instfile)
1202                    instParmList = None
1203                    if Lines is not None:
1204                        instParmList = self.ReadPowderInstprm(Lines)
1205                    if instParmList is not None:
1206                        rd.instfile = instfile
1207                        rd.instmsg = 'GSAS-II file '+instfile
1208                        return instParmList
1209                    Iparm = self.ReadPowderIparm(instfile,bank,numbanks,rd)
1210                    if Iparm:
1211                        rd.instfile = instfile
1212                        rd.instmsg = instfile + ' bank ' + str(rd.instbank)
1213                        return SetPowderInstParms(Iparm,rd)
1214                    else:
1215                        #print 'debug: open/read for',instfile,'from',self.zipfile,'failed'
1216                        pass # fail silently
1217
1218        while True: # loop until we get a file that works or we get a cancel
1219            instfile = ''
1220            dlg = wx.FileDialog(
1221                self,
1222                'Choose inst. param file for "'
1223                +rd.idstring
1224                +'" (or Cancel for default)',
1225                '.', '',
1226                'GSAS iparm file (*.prm,*.inst,*.ins)|*.prm;*.inst;*.ins|'
1227                'GSAS-II iparm file (*.instprm)|*.instprm|'
1228                'All files (*.*)|*.*', 
1229                wx.OPEN|wx.CHANGE_DIR)
1230            if os.path.exists(lastIparmfile):
1231                dlg.SetFilename(lastIparmfile)
1232            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
1233                instfile = dlg.GetPath()
1234            dlg.Destroy()
1235            if not instfile: break
1236            Lines = self.OpenPowderInstprm(instfile)
1237            instParmList = None
1238            if Lines is not None:
1239                instParmList = self.ReadPowderInstprm(Lines)
1240            if instParmList is not None:
1241                rd.instfile = instfile
1242                rd.instmsg = 'GSAS-II file '+instfile
1243                return instParmList
1244            Iparm = self.ReadPowderIparm(instfile,bank,numbanks,rd)
1245            if Iparm:
1246                #print 'debug: success with',instfile
1247                rd.instfile = instfile
1248                rd.instmsg = instfile + ' bank ' + str(rd.instbank)
1249                return SetPowderInstParms(Iparm,rd)
1250            else:
1251                self.ErrorDialog('Read Error',
1252                                 'Error opening/reading file '+str(instfile))
1253       
1254        # still no success: offer user choice of defaults
1255        import defaultIparms as dI
1256        while True: # loop until we get a choice
1257            choices = []
1258            head = 'Select from default instrument parameters for '+rd.idstring
1259
1260            for l in dI.defaultIparm_lbl:
1261                choices.append('Defaults for '+l)
1262            res = rd.BlockSelector(
1263                choices,
1264                ParentFrame=self,
1265                title=head,
1266                header='Select default inst parms',
1267                useCancel=False)
1268            if res is None: continue
1269            rd.instfile = ''
1270            rd.instmsg = 'default: '+dI.defaultIparm_lbl[res]
1271            return self.ReadPowderInstprm(dI.defaultIparms[res])
1272
1273    def OnImportPowder(self,event):
1274        '''Called in response to an Import/Powder Data/... menu item
1275        to read a powder diffraction data set.
1276        dict self.ImportMenuId is used to look up the specific
1277        reader item associated with the menu item, which will be
1278        None for the last menu item, which is the "guess" option
1279        where all appropriate formats will be tried.
1280
1281        Also reads an instrument parameter file for each dataset.
1282        '''
1283        # get a list of existing histograms
1284        PWDRlist = []
1285        if self.PatternTree.GetCount():
1286            item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
1287            while item:
1288                name = self.PatternTree.GetItemText(item)
1289                if name.startswith('PWDR ') and name not in PWDRlist:
1290                    PWDRlist.append(name)
1291                item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)
1292        # look up which format was requested
1293        reqrdr = self.ImportMenuId.get(event.GetId()) 
1294        rdlist = self.OnImportGeneric(
1295            reqrdr,self.ImportPowderReaderlist,'Powder Data',multiple=True)
1296        if len(rdlist) == 0: return
1297        self.CheckNotebook()
1298        Iparm = None
1299        lastIparmfile = ''
1300        lastdatafile = ''
1301        newHistList = []
1302        self.EnablePlot = False
1303        for rd in rdlist:
1304            if 'Instrument Parameters' not in rd.pwdparms:
1305                # get instrument parameters for each dataset, unless already set
1306                Iparm1,Iparm2 = self.GetPowderIparm(rd, Iparm, lastIparmfile, lastdatafile)
1307                if rd.repeat_instparm: 
1308                    lastIparmfile = rd.instfile
1309                # override any keys in read instrument parameters with ones set in import
1310                for key in Iparm1: 
1311                    if key in rd.instdict:
1312                        Iparm1[key] = rd.instdict[key]
1313            else:
1314                Iparm1,Iparm2 = rd.pwdparms['Instrument Parameters']
1315            lastdatafile = rd.powderentry[0]
1316            HistName = rd.idstring
1317            HistName = 'PWDR '+HistName
1318            # make new histogram names unique
1319            HistName = G2obj.MakeUniqueLabel(HistName,PWDRlist)
1320            print 'Read powder data '+str(HistName)+ \
1321                ' from file '+str(rd.readfilename) + \
1322                ' with parameters from '+str(rd.instmsg)
1323            # data are read, now store them in the tree
1324            Id = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text=HistName)
1325            if 'T' in Iparm1['Type'][0]:
1326                if not rd.clockWd and rd.GSAS:
1327                    rd.powderdata[0] *= 100.        #put back the CW centideg correction
1328                cw = np.diff(rd.powderdata[0])
1329                rd.powderdata[0] = rd.powderdata[0][:-1]+cw/2.
1330                if rd.GSAS:     #NB: old GSAS wanted intensities*CW even if normalized!
1331                    rd.powderdata[1] = rd.powderdata[1][:-1]/cw
1332                    rd.powderdata[2] = rd.powderdata[2][:-1]*cw**2  #1/var=w at this point
1333                else:       #NB: from topas/fullprof type files
1334                    rd.powderdata[1] = rd.powderdata[1][:-1]
1335                    rd.powderdata[2] = rd.powderdata[2][:-1]
1336                if 'Itype' in Iparm2:
1337                    Ibeg = np.searchsorted(rd.powderdata[0],Iparm2['Tminmax'][0])
1338                    Ifin = np.searchsorted(rd.powderdata[0],Iparm2['Tminmax'][1])
1339                    rd.powderdata[0] = rd.powderdata[0][Ibeg:Ifin]
1340                    YI,WYI = G2pwd.calcIncident(Iparm2,rd.powderdata[0])
1341                    rd.powderdata[1] = rd.powderdata[1][Ibeg:Ifin]/YI
1342                    var = 1./rd.powderdata[2][Ibeg:Ifin]
1343                    var += WYI*rd.powderdata[1]**2
1344                    var /= YI**2
1345                    rd.powderdata[2] = 1./var
1346                rd.powderdata[3] = np.zeros_like(rd.powderdata[0])                                       
1347                rd.powderdata[4] = np.zeros_like(rd.powderdata[0])                                       
1348                rd.powderdata[5] = np.zeros_like(rd.powderdata[0])                                       
1349            valuesdict = {
1350                'wtFactor':1.0,
1351                'Dummy':False,
1352                'ranId':ran.randint(0,sys.maxint),
1353                'Offset':[0.0,0.0],'delOffset':0.02,'refOffset':-1.0,'refDelt':0.01,
1354                'qPlot':False,'dPlot':False,'sqrtPlot':False
1355                }
1356            rd.Sample['ranId'] = valuesdict['ranId'] # this should be removed someday
1357            self.PatternTree.SetItemPyData(Id,[valuesdict,rd.powderdata])
1358            self.PatternTree.SetItemPyData(
1359                self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Comments'),
1360                rd.comments)
1361            Tmin = min(rd.powderdata[0])
1362            Tmax = max(rd.powderdata[0])
1363            self.PatternTree.SetItemPyData(
1364                self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Limits'),
1365                rd.pwdparms.get('Limits',[(Tmin,Tmax),[Tmin,Tmax]])
1366                )
1367            self.PatternId = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,Id,'Limits')
1368            self.PatternTree.SetItemPyData(
1369                self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Background'),
1370                rd.pwdparms.get('Background',
1371                    [['chebyschev',True,3,1.0,0.0,0.0],{'nDebye':0,'debyeTerms':[],'nPeaks':0,'peaksList':[]}])
1372                    )
1373            self.PatternTree.SetItemPyData(
1374                self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Instrument Parameters'),
1375                [Iparm1,Iparm2])
1376            self.PatternTree.SetItemPyData(
1377                self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Sample Parameters'),
1378                rd.Sample)
1379            self.PatternTree.SetItemPyData(
1380                self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Peak List')
1381                ,{'peaks':[],'sigDict':{}})
1382            self.PatternTree.SetItemPyData(
1383                self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Index Peak List'),
1384                [[],[]])
1385            self.PatternTree.SetItemPyData(
1386                self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Unit Cells List'),
1387                [])
1388            self.PatternTree.SetItemPyData(
1389                self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Reflection Lists'),
1390                {})
1391            # if any Control values have been set, move them into tree
1392            Controls = self.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root, 'Controls'))
1393            Controls.update(rd.Controls)
1394            newHistList.append(HistName)
1395        else:
1396            self.EnablePlot = True
1397            self.PatternTree.Expand(Id)
1398            self.PatternTree.SelectItem(Id)
1399           
1400        if not newHistList: return # somehow, no new histograms
1401        # make a list of phase names
1402        phaseRIdList,usedHistograms = self.GetPhaseInfofromTree()
1403        phaseNameList = usedHistograms.keys() # phase names in use
1404        if not phaseNameList: return # no phases yet, nothing to do
1405        header = 'Select phase(s) to add the new\npowder dataset(s) to:'
1406        for Name in newHistList:
1407            header += '\n  '+str(Name)
1408
1409        result = G2gd.ItemSelector(phaseNameList,self,header,header='Add to phase(s)',multiple=True)
1410        if not result: return
1411        # connect new phases to histograms
1412        sub = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases')
1413        if not sub:
1414            raise Exception('ERROR -- why are there no phases here?')
1415        item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(sub)
1416        iph = -1
1417        while item: # loop over (new) phases
1418            iph += 1
1419            phaseName = self.PatternTree.GetItemText(item)
1420            data = self.PatternTree.GetItemPyData(item)
1421            item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(sub, cookie)
1422            if iph not in result: continue
1423            generalData = data['General']
1424            SGData = generalData['SGData']
1425            UseList = data['Histograms']
1426            NShkl = len(G2spc.MustrainNames(SGData))
1427            NDij = len(G2spc.HStrainNames(SGData))
1428            for histoName in newHistList:
1429                UseList[histoName] = SetDefaultDData('PWDR',histoName,NShkl=NShkl,NDij=NDij)
1430                Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,histoName)
1431                refList = self.PatternTree.GetItemPyData(
1432                    G2gd.GetPatternTreeItemId(self,Id,'Reflection Lists'))
1433                refList[generalData['Name']] = []
1434        return # success
1435
1436    def OnDummyPowder(self,event):
1437        '''Called in response to Import/Powder Data/Simulate menu item
1438        to create a Dummy powder diffraction data set.
1439
1440        Reads an instrument parameter file and then gets input from the user
1441        '''
1442        # get a list of existing histograms
1443        PWDRlist = []
1444        if self.PatternTree.GetCount():
1445            item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
1446            while item:
1447                name = self.PatternTree.GetItemText(item)
1448                if name.startswith('PWDR ') and name not in PWDRlist:
1449                    PWDRlist.append(name)
1450                item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)
1451        # Initialize a base class reader
1452        rd = G2IO.ImportPowderData(
1453            extensionlist=tuple(),
1454            strictExtension=False,
1455            formatName = 'Simulate dataset',
1456            longFormatName = 'Compute a simulated pattern')
1457        rd.powderentry[0] = '' # no filename
1458        # #self.powderentry[1] = pos # bank offset (N/A here)
1459        rd.powderentry[2] = 1 # only one bank
1460        rd.comments.append('This is a dummy dataset for powder pattern simulation')
1461        self.CheckNotebook()
1462        Iparm = None
1463        lastIparmfile = ''
1464        lastdatafile = ''
1465        self.zipfile = None
1466        # get instrument parameters for it
1467        Iparm1,Iparm2 = self.GetPowderIparm(rd, Iparm, lastIparmfile, lastdatafile)
1468        if 'T' in Iparm1['Type'][0]:
1469            print('TOF simulation not supported yet')
1470            return False
1471        else:
1472            # need to get name, 2theta start, end, step
1473            rd.idstring = ' CW'
1474            if 'X' in Iparm1['Type'][0]:
1475                rd.idstring = 'CW x-ray simulation'
1476            else:
1477                rd.idstring = 'CW neutron simulation'
1478            # base initial range on wavelength
1479            wave = Iparm1.get('Lam')
1480            if wave:
1481                wave = wave[0]
1482            else:
1483                wave = Iparm1.get('Lam1')
1484                if wave:
1485                    wave = wave[0]
1486        N = 0
1487        while (N < 3): # insist on a dataset with a few points
1488            names = ('dataset name', 'start angle', 'end angle', 'step size')
1489            if not wave or wave < 1.0:
1490                inp = [rd.idstring, 10.,40.,0.005] # see names for what's what
1491            else:
1492                inp = [rd.idstring, 10.,80.,0.01] # see names for what's what
1493            dlg = G2G.ScrolledMultiEditor(
1494                self,[inp] * len(inp),range(len(inp)),names,
1495                header='Enter simulation name and range',
1496                minvals=(None,0.001,0.001,0.0001),
1497                maxvals=(None,180.,180.,.1),
1498                sizevals=((225,-1),)
1499                )
1500            dlg.CenterOnParent()
1501            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
1502                if inp[1] > inp[2]:
1503                    end,start,step = inp[1:]
1504                else:               
1505                    start,end,step = inp[1:]
1506                step = abs(step)
1507            else:
1508                return False
1509            N = int((end-start)/step)+1
1510            x = np.linspace(start,end,N,True)
1511            N = len(x)
1512        rd.powderdata = [
1513            np.array(x), # x-axis values
1514            np.zeros_like(x), # powder pattern intensities
1515            np.ones_like(x), # 1/sig(intensity)^2 values (weights)
1516            np.zeros_like(x), # calc. intensities (zero)
1517            np.zeros_like(x), # calc. background (zero)
1518            np.zeros_like(x), # obs-calc profiles
1519            ]
1520        Tmin = rd.powderdata[0][0]
1521        Tmax = rd.powderdata[0][-1]
1522        # data are read, now store them in the tree
1523        HistName = inp[0]
1524        HistName = 'PWDR '+HistName
1525        HistName = G2obj.MakeUniqueLabel(HistName,PWDRlist)  # make new histogram names unique
1526        Id = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text=HistName)
1527        valuesdict = {
1528            'wtFactor':1.0,
1529            'Dummy':True,
1530            'ranId':ran.randint(0,sys.maxint),
1531            'Offset':[0.0,0.0],'delOffset':0.02,'refOffset':-1.0,'refDelt':0.01,
1532            'qPlot':False,'dPlot':False,'sqrtPlot':False
1533            }
1534        self.PatternTree.SetItemPyData(Id,[valuesdict,rd.powderdata])
1535        self.PatternTree.SetItemPyData(
1536            self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Comments'),
1537            rd.comments)
1538        self.PatternTree.SetItemPyData(
1539            self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Limits'),
1540            [(Tmin,Tmax),[Tmin,Tmax]])
1541        self.PatternId = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,Id,'Limits')
1542        self.PatternTree.SetItemPyData(
1543            self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Background'),
1544            [['chebyschev',True,3,1.0,0.0,0.0],
1545             {'nDebye':0,'debyeTerms':[],'nPeaks':0,'peaksList':[]}])
1546        self.PatternTree.SetItemPyData(
1547            self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Instrument Parameters'),
1548            [Iparm1,Iparm2])
1549        self.PatternTree.SetItemPyData(
1550            self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Sample Parameters'),
1551            rd.Sample)
1552        self.PatternTree.SetItemPyData(
1553            self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Peak List')
1554            ,{'peaks':[],'sigDict':{}})
1555        self.PatternTree.SetItemPyData(
1556            self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Index Peak List'),
1557            [[],[]])
1558        self.PatternTree.SetItemPyData(
1559            self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Unit Cells List'),
1560            [])
1561        self.PatternTree.SetItemPyData(
1562            self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Reflection Lists'),
1563            {})
1564        self.PatternTree.Expand(Id)
1565        self.PatternTree.SelectItem(Id)
1566        print('Added simulation powder data '+str(HistName)+ 
1567              ' with parameters from '+str(rd.instmsg))
1568
1569        # make a list of phase names
1570        phaseRIdList,usedHistograms = self.GetPhaseInfofromTree()
1571        phaseNameList = usedHistograms.keys() # phase names in use
1572        if not phaseNameList: return # no phases yet, nothing to do
1573        header = 'Select phase(s) to add the new\npowder simulation (dummy) dataset to:'
1574        result = G2gd.ItemSelector(phaseNameList,self,header,header='Add to phase(s)',multiple=True)
1575        if not result: return
1576        # connect new phases to histograms
1577        sub = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases')
1578        if not sub:
1579            raise Exception('ERROR -- why are there no phases here?')
1580        item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(sub)
1581        iph = -1
1582        while item: # loop over (new) phases
1583            iph += 1
1584            phaseName = self.PatternTree.GetItemText(item)
1585            data = self.PatternTree.GetItemPyData(item)
1586            item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(sub, cookie)
1587            if iph not in result: continue
1588            generalData = data['General']
1589            SGData = generalData['SGData']
1590            UseList = data['Histograms']
1591            NShkl = len(G2spc.MustrainNames(SGData))
1592            NDij = len(G2spc.HStrainNames(SGData))
1593            UseList[HistName] = SetDefaultDData('PWDR',HistName,NShkl=NShkl,NDij=NDij)
1594            Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,HistName)
1595            refList = self.PatternTree.GetItemPyData(
1596                G2gd.GetPatternTreeItemId(self,Id,'Reflection Lists'))
1597            refList[generalData['Name']] = []
1598        return # success
1599
1600    def _Add_ImportMenu_smallangle(self,parent):
1601        '''configure the Small Angle Data menus accord to the readers found in _init_Imports
1602        '''
1603        submenu = wx.Menu()
1604        item = parent.AppendMenu(wx.ID_ANY, 'Small Angle Data',
1605            submenu, help='Import small angle data')
1606        for reader in self.ImportSmallAngleReaderlist:
1607            item = submenu.Append(wx.ID_ANY,help=reader.longFormatName,
1608                kind=wx.ITEM_NORMAL,text='from '+reader.formatName+' file')
1609            self.ImportMenuId[item.GetId()] = reader
1610            self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnImportSmallAngle, id=item.GetId())
1611        # item = submenu.Append(wx.ID_ANY,
1612        #     help='Import small angle data, use file to try to determine format',
1613        #     kind=wx.ITEM_NORMAL,text='guess format from file')
1614        # self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnImportSmallAngle, id=item.GetId())
1615
1616    def OnImportSmallAngle(self,event):
1617        '''Called in response to an Import/Small Angle Data/... menu item
1618        to read a small angle diffraction data set.
1619        dict self.ImportMenuId is used to look up the specific
1620        reader item associated with the menu item, which will be
1621        None for the last menu item, which is the "guess" option
1622        where all appropriate formats will be tried.
1623
1624        '''
1625       
1626        def GetSASDIparm(reader):
1627            parm = reader.instdict
1628            Iparm = {'Type':[parm['type'],parm['type'],0],'Lam':[parm['wave'],
1629                parm['wave'],0],'Azimuth':[0.,0.,0]}           
1630            return Iparm,{}
1631           
1632        # get a list of existing histograms
1633        SASDlist = []
1634        if self.PatternTree.GetCount():
1635            item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
1636            while item:
1637                name = self.PatternTree.GetItemText(item)
1638                if name.startswith('SASD ') and name not in SASDlist:
1639                    SASDlist.append(name)
1640                item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)
1641        # look up which format was requested
1642        reqrdr = self.ImportMenuId.get(event.GetId()) 
1643        rdlist = self.OnImportGeneric(
1644            reqrdr,self.ImportSmallAngleReaderlist,'Small Angle Data',multiple=True)
1645        if len(rdlist) == 0: return
1646        self.CheckNotebook()
1647        Iparm = None
1648        lastdatafile = ''
1649        newHistList = []
1650        self.EnablePlot = False
1651        for rd in rdlist:
1652            lastdatafile = rd.smallangleentry[0]
1653            HistName = rd.idstring
1654            HistName = 'SASD '+HistName
1655            # make new histogram names unique
1656            HistName = G2obj.MakeUniqueLabel(HistName,SASDlist)
1657            print 'Read small angle data '+str(HistName)+ \
1658                ' from file '+str(self.lastimport)
1659            # data are read, now store them in the tree
1660            Id = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text=HistName)
1661            Iparm1,Iparm2 = GetSASDIparm(rd)
1662#            if 'T' in Iparm1['Type'][0]:
1663#                if not rd.clockWd and rd.GSAS:
1664#                    rd.powderdata[0] *= 100.        #put back the CW centideg correction
1665#                cw = np.diff(rd.powderdata[0])
1666#                rd.powderdata[0] = rd.powderdata[0][:-1]+cw/2.
1667#                rd.powderdata[1] = rd.powderdata[1][:-1]/cw
1668#                rd.powderdata[2] = rd.powderdata[2][:-1]*cw**2  #1/var=w at this point
1669#                if 'Itype' in Iparm2:
1670#                    Ibeg = np.searchsorted(rd.powderdata[0],Iparm2['Tminmax'][0])
1671#                    Ifin = np.searchsorted(rd.powderdata[0],Iparm2['Tminmax'][1])
1672#                    rd.powderdata[0] = rd.powderdata[0][Ibeg:Ifin]
1673#                    YI,WYI = G2pwd.calcIncident(Iparm2,rd.powderdata[0])
1674#                    rd.powderdata[1] = rd.powderdata[1][Ibeg:Ifin]/YI
1675#                    var = 1./rd.powderdata[2][Ibeg:Ifin]
1676#                    var += WYI*rd.powderdata[1]**2
1677#                    var /= YI**2
1678#                    rd.powderdata[2] = 1./var
1679#                rd.powderdata[3] = np.zeros_like(rd.powderdata[0])                                       
1680#                rd.powderdata[4] = np.zeros_like(rd.powderdata[0])                                       
1681#                rd.powderdata[5] = np.zeros_like(rd.powderdata[0])                                       
1682            Tmin = min(rd.smallangledata[0])
1683            Tmax = max(rd.smallangledata[0])
1684            valuesdict = {
1685                'wtFactor':1.0,
1686                'Dummy':False,
1687                'ranId':ran.randint(0,sys.maxint),
1688                }
1689            rd.Sample['ranId'] = valuesdict['ranId'] # this should be removed someday
1690            self.PatternTree.SetItemPyData(Id,[valuesdict,rd.smallangledata])
1691            self.PatternTree.SetItemPyData(
1692                self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Comments'),
1693                rd.comments)
1694            self.PatternTree.SetItemPyData(
1695                self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Limits'),
1696                [(Tmin,Tmax),[Tmin,Tmax]])
1697            self.PatternId = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,Id,'Limits')
1698            self.PatternTree.SetItemPyData(
1699                self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Instrument Parameters'),
1700                [Iparm1,Iparm2])
1701            self.PatternTree.SetItemPyData(
1702                self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Substances'),G2pdG.SetDefaultSubstances())
1703            self.PatternTree.SetItemPyData(
1704                self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Sample Parameters'),
1705                rd.Sample)
1706            self.PatternTree.SetItemPyData(
1707                self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Models'),G2pdG.SetDefaultSASDModel())
1708            newHistList.append(HistName)
1709        else:
1710            self.EnablePlot = True
1711            self.PatternTree.Expand(Id)
1712            self.PatternTree.SelectItem(Id)
1713           
1714        if not newHistList: return # somehow, no new histograms
1715        return # success
1716
1717    def OnMacroRecordStatus(self,event,setvalue=None):
1718        '''Called when the record macro menu item is used which toggles the
1719        value. Alternately a value to be set can be provided. Note that this
1720        routine is made more complex because on the Mac there are lots of menu
1721        items (listed in self.MacroStatusList) and this loops over all of them.
1722        '''
1723        nextvalue = log.ShowLogStatus() != True
1724        if setvalue is not None:
1725            nextvalue = setvalue
1726        if nextvalue:
1727            log.LogOn()
1728            set2 = True
1729        else:
1730            log.LogOff()
1731            set2 = False
1732        for menuitem in self.MacroStatusList:
1733            menuitem.Check(set2)
1734
1735    def _init_Macro(self):
1736        '''Define the items in the macro menu.
1737        '''
1738        menu = self.MacroMenu
1739        item = menu.Append(
1740                help='Start or stop recording of menu actions, etc.', id=wx.ID_ANY,
1741                kind=wx.ITEM_CHECK,text='Record actions')
1742        self.MacroStatusList.append(item)
1743        item.Check(log.ShowLogStatus())
1744        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnMacroRecordStatus, item)
1745
1746        # this may only be of value for development work
1747        item = menu.Append(
1748            help='Show logged commands', id=wx.ID_ANY,
1749            kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Show log')
1750        def OnShowLog(event):
1751            print 70*'='
1752            print 'List of logged actions'
1753            for i,line in enumerate(log.G2logList):
1754                if line: print i,line
1755            print 70*'='
1756        self.Bind(wx.EVT_MENU, OnShowLog, item)
1757
1758        item = menu.Append(
1759            help='Clear logged commands', id=wx.ID_ANY,
1760            kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Clear log')
1761        def OnClearLog(event): log.G2logList=[None]
1762        self.Bind(wx.EVT_MENU, OnClearLog, item)
1763       
1764        item = menu.Append(
1765            help='Save logged commands to file', id=wx.ID_ANY,
1766            kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Save log')
1767        def OnSaveLog(event):
1768            import cPickle
1769            defnam = os.path.splitext(
1770                os.path.split(self.GSASprojectfile)[1]
1771                )[0]+'.gcmd'
1772            dlg = wx.FileDialog(self,
1773                'Choose an file to save past actions', '.', defnam, 
1774                'GSAS-II cmd output (*.gcmd)|*.gcmd',
1775                wx.FD_SAVE|wx.FD_OVERWRITE_PROMPT|wx.CHANGE_DIR)
1776            dlg.CenterOnParent()
1777            try:
1778                if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
1779                    filename = dlg.GetPath()
1780                    # make sure extension is correct
1781                    filename = os.path.splitext(filename)[0]+'.gcmd'
1782                else:
1783                    filename = None
1784            finally:
1785                dlg.Destroy()
1786            if filename:
1787                fp = open(filename,'wb')
1788                fp.write(str(len(log.G2logList)-1)+'\n')
1789                for item in log.G2logList:
1790                    if item: cPickle.dump(item,fp)
1791                fp.close()
1792        self.Bind(wx.EVT_MENU, OnSaveLog, item)
1793
1794        item = menu.Append(
1795            help='Load logged commands from file', id=wx.ID_ANY,
1796            kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Load log')
1797        def OnLoadLog(event):
1798            # this appends. Perhaps we should ask to clear?
1799            import cPickle
1800            defnam = os.path.splitext(
1801                os.path.split(self.GSASprojectfile)[1]
1802                )[0]+'.gcmd'
1803            dlg = wx.FileDialog(self,
1804                'Choose an file to read saved actions', '.', defnam, 
1805                'GSAS-II cmd output (*.gcmd)|*.gcmd',
1806                wx.OPEN|wx.CHANGE_DIR)
1807            dlg.CenterOnParent()
1808            try:
1809                if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
1810                    filename = dlg.GetPath()
1811                    # make sure extension is correct
1812                    filename = os.path.splitext(filename)[0]+'.gcmd'
1813                else:
1814                    filename = None
1815            finally:
1816                dlg.Destroy()
1817            if filename and os.path.exists(filename):
1818                fp = open(filename,'rb')
1819                lines = fp.readline()
1820                for i in range(int(lines)):
1821                    log.G2logList.append(cPickle.load(fp))
1822                fp.close()
1823        self.Bind(wx.EVT_MENU, OnLoadLog, item)
1824
1825        item = menu.Append(
1826            help='Replay saved commands', id=wx.ID_ANY,
1827            kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Replay log')
1828        self.Bind(wx.EVT_MENU, log.ReplayLog, item)
1829
1830    def _init_Exports(self,menu):
1831        '''Find exporter routines and add them into menus
1832        '''
1833        # set up the top-level menus
1834        projectmenu = wx.Menu()
1835        item = menu.AppendMenu(
1836            wx.ID_ANY, 'Entire project as',
1837            projectmenu, help='Export entire project')
1838
1839        phasemenu = wx.Menu()
1840        item = menu.AppendMenu(
1841            wx.ID_ANY, 'Phase as',
1842            phasemenu, help='Export phase or sometimes phases')
1843
1844        powdermenu = wx.Menu()
1845        item = menu.AppendMenu(
1846            wx.ID_ANY, 'Powder data as',
1847            powdermenu, help='Export powder diffraction histogram(s)')
1848
1849        singlemenu = wx.Menu()
1850        item = menu.AppendMenu(
1851            wx.ID_ANY, 'Single crystal data as',
1852            singlemenu, help='Export single crystal histogram(s)')
1853
1854        imagemenu = wx.Menu()
1855        item = menu.AppendMenu(
1856            wx.ID_ANY, 'Image data as',
1857            imagemenu, help='Export powder image(s) data')
1858
1859        mapmenu = wx.Menu()
1860        item = menu.AppendMenu(
1861            wx.ID_ANY, 'Maps as',
1862            mapmenu, help='Export density map(s)')
1863
1864        # pdfmenu = wx.Menu()
1865        # item = menu.AppendMenu(
1866        #     wx.ID_ANY, 'PDFs as',
1867        #     pdfmenu, help='Export pair distribution function(s)')
1868
1869        # find all the exporter files
1870        pathlist = sys.path
1871        filelist = []
1872        for path in pathlist:
1873            for filename in glob.iglob(os.path.join(path,"G2export*.py")):
1874                filelist.append(filename)   
1875        filelist = sorted(list(set(filelist))) # remove duplicates
1876        exporterlist = []
1877        # go through the routines and import them, saving objects that
1878        # have export routines (method Exporter)
1879        for filename in filelist:
1880            path,rootname = os.path.split(filename)
1881            pkg = os.path.splitext(rootname)[0]
1882            try:
1883                fp = None
1884                fp, fppath,desc = imp.find_module(pkg,[path,])
1885                pkg = imp.load_module(pkg,fp,fppath,desc)
1886                for clss in inspect.getmembers(pkg): # find classes defined in package
1887                    if clss[0].startswith('_'): continue
1888                    if inspect.isclass(clss[1]):
1889                        # check if we have the required methods
1890                        for m in 'Exporter','loadParmDict':
1891                            if not hasattr(clss[1],m): break
1892                            if not callable(getattr(clss[1],m)): break
1893                        else:
1894                            exporter = clss[1](self) # create an export instance
1895                            exporterlist.append(exporter)
1896            except AttributeError:
1897                print 'Import_'+errprefix+': Attribute Error'+str(filename)
1898                pass
1899            except ImportError:
1900                print 'Import_'+errprefix+': Error importing file'+str(filename)
1901                pass
1902            if fp: fp.close()
1903        # Add submenu item(s) for each Exporter by its self-declared type (can be more than one)
1904        for obj in exporterlist:
1905            #print 'exporter',obj
1906            for typ in obj.exporttype:
1907                if typ == "project":
1908                    submenu = projectmenu
1909                elif typ == "phase":
1910                    submenu = phasemenu
1911                elif typ == "powder":
1912                    submenu = powdermenu
1913                elif typ == "single":
1914                    submenu = singlemenu
1915                elif typ == "image":
1916                    submenu = imagemenu
1917                elif typ == "map":
1918                    submenu = mapmenu
1919                # elif typ == "pdf":
1920                #     submenu = pdfmenu
1921                else:
1922                    print("Error, unknown type in "+str(obj))
1923                    break
1924                item = submenu.Append(
1925                    wx.ID_ANY,
1926                    help=obj.longFormatName,
1927                    kind=wx.ITEM_NORMAL,
1928                    text=obj.formatName)
1929                self.Bind(wx.EVT_MENU, obj.Exporter, id=item.GetId())
1930                self.ExportLookup[item.GetId()] = typ # lookup table for submenu item
1931               
1932        #code to debug an Exporter. hard-coded the routine below, to allow a reload before use
1933        # def DebugExport(event):
1934        #      print 'start reload'
1935        #      reload(G2IO)
1936        #      import G2export_pwdr as dev
1937        #      reload(dev)
1938        #      dev.ExportPowderFXYE(self).Exporter(event)
1939        # item = menu.Append(
1940        #     wx.ID_ANY,kind=wx.ITEM_NORMAL,
1941        #     help="debug exporter",text="test Export FXYE")
1942        # self.Bind(wx.EVT_MENU, DebugExport, id=item.GetId())
1943        # # #self.ExportLookup[item.GetId()] = 'image'
1944        # self.ExportLookup[item.GetId()] = 'powder'
1945
1946    def _Add_ExportMenuItems(self,parent):
1947        # item = parent.Append(
1948        #     help='Select PWDR item to enable',id=wx.ID_ANY,
1949        #     kind=wx.ITEM_NORMAL,
1950        #     text='Export Powder Patterns...')
1951        # self.ExportPattern.append(item)
1952        # item.Enable(False)
1953        # self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnExportPatterns, id=item.GetId())
1954
1955        item = parent.Append(
1956            help='',id=wx.ID_ANY,
1957            kind=wx.ITEM_NORMAL,
1958            text='Export All Peak Lists...')
1959        self.ExportPeakList.append(item)
1960        item.Enable(True)
1961        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnExportPeakList, id=item.GetId())
1962
1963        item = parent.Append(
1964            help='',id=wx.ID_ANY,
1965            kind=wx.ITEM_NORMAL,
1966            text='Export HKLs...')
1967        self.ExportHKL.append(item)
1968        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnExportHKL, id=item.GetId())
1969
1970        item = parent.Append(
1971            help='Select PDF item to enable',
1972            id=wx.ID_ANY,
1973            kind=wx.ITEM_NORMAL,
1974            text='Export PDF...')
1975        self.ExportPDF.append(item)
1976        item.Enable(False)
1977        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnExportPDF, id=item.GetId())
1978
1979    def FillMainMenu(self,menubar):
1980        '''Define contents of the main GSAS-II menu for the (main) data tree window.
1981        For the mac, this is also called for the data item windows as well so that
1982        the main menu items are data menu as well.
1983        '''
1984        File = wx.Menu(title='')
1985        menubar.Append(menu=File, title='&File')
1986        self._Add_FileMenuItems(File)
1987        Data = wx.Menu(title='')
1988        menubar.Append(menu=Data, title='Data')
1989        self._Add_DataMenuItems(Data)
1990        Calculate = wx.Menu(title='')       
1991        menubar.Append(menu=Calculate, title='&Calculate')
1992        self._Add_CalculateMenuItems(Calculate)
1993        Import = wx.Menu(title='')       
1994        menubar.Append(menu=Import, title='Import')
1995        self._Add_ImportMenu_Phase(Import)
1996        self._Add_ImportMenu_powder(Import)
1997        self._Add_ImportMenu_Sfact(Import)
1998        self._Add_ImportMenu_smallangle(Import)
1999        #======================================================================
2000        # Code to help develop/debug an importer, much is hard-coded below
2001        # but module is reloaded before each use, allowing faster testing
2002        # def DebugImport(event):
2003        #     print 'start reload'
2004        #     import G2phase_ISO as dev
2005        #     reload(dev)
2006        #     rd = dev.ISODISTORTPhaseReader()
2007        #     self.ImportMenuId[event.GetId()] = rd
2008        #     self.OnImportPhase(event)
2009            # or ----------------------------------------------------------------------
2010            #self.OnImportGeneric(rd,[],'test of ISODISTORTPhaseReader')
2011            # special debug code
2012            # or ----------------------------------------------------------------------
2013            # filename = '/Users/toby/projects/branton/subgroup_cif.txt'
2014            # fp = open(filename,'Ur')
2015            # if not rd.ContentsValidator(fp):
2016            #     print 'not validated'
2017            #     # make a list of used phase ranId's
2018            # phaseRIdList = []
2019            # sub = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases')
2020            # if sub:
2021            #     item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(sub)
2022            #     while item:
2023            #         phaseName = self.PatternTree.GetItemText(item)
2024            #         ranId = self.PatternTree.GetItemPyData(item).get('ranId')
2025            #         if ranId: phaseRIdList.append(ranId)
2026            #         item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(sub, cookie)
2027            # if rd.Reader(filename,fp,usedRanIdList=phaseRIdList):
2028            #     print 'read OK'
2029        # item = Import.Append(
2030        #     wx.ID_ANY,kind=wx.ITEM_NORMAL,
2031        #     help="debug importer",text="test importer")
2032        # self.Bind(wx.EVT_MENU, DebugImport, id=item.GetId())
2033        #======================================================================
2034        self.ExportMenu = wx.Menu(title='')
2035        menubar.Append(menu=self.ExportMenu, title='Export')
2036        self._init_Exports(self.ExportMenu)
2037        self._Add_ExportMenuItems(self.ExportMenu)
2038        if GSASIIpath.GetConfigValue('Enable_logging'):
2039            self.MacroMenu = wx.Menu(title='')
2040            menubar.Append(menu=self.MacroMenu, title='Macro')
2041            self._init_Macro()
2042        HelpMenu=G2G.MyHelp(self,helpType='Data tree',
2043            morehelpitems=[#('&Old Tutorials','OldTutorials'), # this will eventually go away
2044                           ('&Tutorials','Tutorials'), 
2045                           ])
2046        menubar.Append(menu=HelpMenu,title='&Help')
2047
2048    def _init_ctrls(self, parent):
2049        wx.Frame.__init__(self, name='GSASII', parent=parent,
2050            size=wx.Size(400, 250),style=wx.DEFAULT_FRAME_STYLE, title='GSAS-II data tree')
2051        clientSize = wx.ClientDisplayRect()
2052        Size = self.GetSize()
2053        xPos = clientSize[2]-Size[0]
2054        self.SetPosition(wx.Point(xPos,clientSize[1]))
2055        self._init_Imports()
2056        #initialize Menu item objects (these contain lists of menu items that are enabled or disabled)
2057        self.MakePDF = []
2058        self.Refine = []
2059        self.SeqRefine = [] # pointer(s) to Sequential Refinement menu objects
2060        #self.ExportPattern = []
2061        self.ExportPeakList = []
2062        self.ExportHKL = []
2063        self.ExportPDF = []
2064        self.ExportPhase = []
2065        self.ExportCIF = []
2066        #
2067        self.GSASIIMenu = wx.MenuBar()
2068        # create a list of all dataframe menus (appended in PrefillDataMenu)
2069        self.dataMenuBars = [self.GSASIIMenu]
2070        self.MacroStatusList = []
2071        self.FillMainMenu(self.GSASIIMenu)
2072        self.SetMenuBar(self.GSASIIMenu)
2073        self.Bind(wx.EVT_SIZE, self.OnSize)
2074        self.Status = self.CreateStatusBar()
2075        self.mainPanel = wx.Panel(self,-1)
2076       
2077        wxID_PATTERNTREE = wx.NewId()
2078        #self.PatternTree = wx.TreeCtrl(id=wxID_PATTERNTREE, # replaced for logging
2079        self.PatternTree = G2G.G2TreeCtrl(id=wxID_PATTERNTREE,
2080            parent=self.mainPanel, pos=wx.Point(0, 0),style=wx.TR_DEFAULT_STYLE )
2081        self.PatternTree.Bind(wx.EVT_TREE_SEL_CHANGED, self.OnPatternTreeSelChanged)
2082        self.PatternTree.Bind(wx.EVT_TREE_ITEM_COLLAPSED,
2083            self.OnPatternTreeItemCollapsed, id=wxID_PATTERNTREE)
2084        self.PatternTree.Bind(wx.EVT_TREE_ITEM_EXPANDED,
2085            self.OnPatternTreeItemExpanded, id=wxID_PATTERNTREE)
2086        self.PatternTree.Bind(wx.EVT_TREE_DELETE_ITEM,
2087            self.OnPatternTreeItemDelete, id=wxID_PATTERNTREE)
2088        self.PatternTree.Bind(wx.EVT_TREE_KEY_DOWN,
2089            self.OnPatternTreeKeyDown, id=wxID_PATTERNTREE)
2090        self.PatternTree.Bind(wx.EVT_TREE_BEGIN_RDRAG,
2091            self.OnPatternTreeBeginRDrag, id=wxID_PATTERNTREE)       
2092        self.PatternTree.Bind(wx.EVT_TREE_END_DRAG,
2093            self.OnPatternTreeEndDrag, id=wxID_PATTERNTREE)       
2094        #self.root = self.PatternTree.AddRoot('Loaded Data: ')
2095        self.root = self.PatternTree.root
2096        plotFrame = wx.Frame(None,-1,'GSASII Plots',size=wx.Size(700,600), \
2097            style=wx.DEFAULT_FRAME_STYLE ^ wx.CLOSE_BOX)
2098        self.G2plotNB = G2plt.G2PlotNoteBook(plotFrame)
2099        plotFrame.Show()
2100       
2101        self.dataDisplay = None
2102       
2103    def __init__(self, parent):
2104        self.ExportLookup = {}
2105        self._init_ctrls(parent)
2106        self.Image = wx.Image(
2107            os.path.join(GSASIIpath.path2GSAS2,'gsas2.ico'),
2108            wx.BITMAP_TYPE_ICO)
2109        if "wxMSW" in wx.PlatformInfo:
2110            img = self.Image.Scale(16, 16).ConvertToBitmap()
2111        elif "wxGTK" in wx.PlatformInfo:
2112            img = self.Image.Scale(22, 22).ConvertToBitmap()
2113        else:
2114            img = self.Image.ConvertToBitmap()
2115        self.SetIcon(wx.IconFromBitmap(img))
2116        self.Bind(wx.EVT_CLOSE, self.ExitMain)
2117        # various defaults
2118        self.oldFocus = None
2119        self.GSASprojectfile = ''
2120        self.dirname = os.path.expanduser('~')       #start in the users home directory by default; may be meaningless
2121        self.exportDir = None  # the last directory used for exports, if any.
2122        self.undofile = ''
2123        self.TreeItemDelete = False
2124        self.plotStyle = {'qPlot':False,'dPlot':False,'sqrtPlot':False}
2125        self.Weight = False
2126        self.IfPlot = False
2127        self.DDShowAll = False
2128        self.PatternId = 0
2129        self.PickId = 0
2130        self.PeakTable = []
2131        self.LimitsTable = []
2132        self.ifX20 = True   #use M20 /= (1+X20) in powder indexing, etc.
2133        self.HKL = []
2134        self.Lines = []
2135        self.itemPicked = None
2136        self.dataFrame = None
2137        self.Interpolate = 'nearest'
2138        self.ContourColor = 'Paired'
2139        self.VcovColor = 'RdYlGn'
2140        self.RamaColor = 'Blues'
2141        self.Projection = 'equal area'
2142        self.logPlot = False
2143        self.sqPlot = False
2144        self.ErrorBars = False
2145        self.Contour = False
2146        self.Legend = False
2147        self.SinglePlot = True
2148        self.SubBack = False
2149        self.seqReverse = False
2150        self.plotView = 0
2151        self.Image = 0
2152        self.oldImagefile = ''
2153        self.ImageZ = []
2154        self.Integrate = 0
2155        self.imageDefault = {}
2156        self.Sngl = False
2157        self.ifGetRing = False
2158        self.MaskKey = ''           #trigger for making image masks
2159        self.StrainKey = ''         #ditto for new strain d-zeros
2160        self.EnablePlot = True
2161        if GSASIIpath.GetConfigValue('Starting_directory'):
2162            try: 
2163                os.chdir(GSASIIpath.GetConfigValue('Starting_directory'))
2164            except:
2165                print('Ignoring Config Starting_directory value: '+
2166                      GSASIIpath.GetConfigValue('Starting_directory'))
2167        arg = sys.argv
2168        if len(arg) > 1 and arg[1]:
2169            self.GSASprojectfile = os.path.splitext(arg[1])[0]+'.gpx'
2170            self.dirname = os.path.dirname(arg[1])
2171            if self.dirname: os.chdir(self.dirname)
2172            try:
2173                self.StartProject()         #open the file if possible
2174            except:
2175                print 'Error opening file',arg[1]
2176             
2177        self.ImportDir = os.path.normpath(os.getcwd()) # specifies a default path to be used for imports
2178        if GSASIIpath.GetConfigValue('Import_directory'):
2179            self.ImportDir = GSASIIpath.GetConfigValue('Import_directory')
2180
2181    def OnSize(self,event):
2182        'Called when the main window is resized. Not sure why'
2183        w,h = self.GetClientSizeTuple()
2184        self.mainPanel.SetSize(wx.Size(w,h))
2185        self.PatternTree.SetSize(wx.Size(w,h))
2186                       
2187    def OnPatternTreeSelChanged(self, event):
2188        '''Called when a data tree item is selected'''
2189        if self.TreeItemDelete:
2190            self.TreeItemDelete = False
2191        else:
2192            pltNum = self.G2plotNB.nb.GetSelection()
2193            if pltNum >= 0:                         #to avoid the startup with no plot!
2194                pltPage = self.G2plotNB.nb.GetPage(pltNum)
2195                pltPlot = pltPage.figure
2196            item = event.GetItem()
2197            G2gd.MovePatternTreeToGrid(self,item)
2198            if self.oldFocus:
2199                self.oldFocus.SetFocus()
2200       
2201    def OnPatternTreeItemCollapsed(self, event):
2202        'Called when a tree item is collapsed - all children will be collapsed'
2203        self.PatternTree.CollapseAllChildren(event.GetItem())
2204
2205    def OnPatternTreeItemExpanded(self, event):
2206        'Called when a tree item is expanded'
2207        self.OnPatternTreeSelChanged(event)
2208       
2209    def OnPatternTreeItemDelete(self, event):
2210        'Called when a tree item is deleted -- not sure what this does'
2211        self.TreeItemDelete = True
2212
2213    def OnPatternTreeItemActivated(self, event):
2214        'Called when a tree item is activated'
2215        event.Skip()
2216       
2217    def OnPatternTreeBeginRDrag(self,event):
2218        event.Allow()
2219        self.BeginDragId = event.GetItem()
2220        self.ParentId = self.PatternTree.GetItemParent(self.BeginDragId)
2221        DragText = self.PatternTree.GetItemText(self.BeginDragId)
2222        self.DragData = [[DragText,self.PatternTree.GetItemPyData(self.BeginDragId)],]
2223        item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.BeginDragId)
2224        while item:     #G2 data tree has no sub children under a child of a tree item
2225            name = self.PatternTree.GetItemText(item)
2226            self.DragData.append([name,self.PatternTree.GetItemPyData(item)])
2227            item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.BeginDragId, cookie)                           
2228       
2229    def OnPatternTreeEndDrag(self,event):
2230        event.Allow()
2231        self.EndDragId = event.GetItem()
2232        try:
2233            NewParent = self.PatternTree.GetItemParent(self.EndDragId)
2234        except:
2235            self.EndDragId = self.PatternTree.GetLastChild(self.root)
2236            NewParent = self.root
2237        if self.ParentId != NewParent:
2238            self.ErrorDialog('Drag not allowed','Wrong parent for item dragged')
2239        else:
2240            Name,Item = self.DragData[0]
2241            NewId = self.PatternTree.InsertItem(self.ParentId,self.EndDragId,Name,data=None)
2242            self.PatternTree.SetItemPyData(NewId,Item)
2243            for name,item in self.DragData[1:]:     #loop over children
2244                Id = self.PatternTree.AppendItem(parent=NewId,text=name)
2245                self.PatternTree.SetItemPyData(Id,item)
2246            self.PatternTree.Delete(self.BeginDragId)
2247            G2gd.MovePatternTreeToGrid(self,NewId)
2248       
2249    def OnPatternTreeKeyDown(self,event): #doesn't exactly work right with Shift key down
2250        'Allows stepping through the tree with the up/down arrow keys'
2251        self.oldFocus = wx.Window.FindFocus()
2252        keyevt = event.GetKeyEvent()
2253        key = event.GetKeyCode()
2254        item = self.PatternTree.GetSelection()
2255        if type(item) is int: return # is this the toplevel in tree?
2256        name = self.PatternTree.GetItemText(item)
2257        parent = self.PatternTree.GetItemParent(item)
2258        if key == wx.WXK_UP:
2259            if keyevt.GetModifiers() == wx.MOD_SHIFT:
2260                if type(parent) is int: return # is this the toplevel in tree?
2261                prev = self.PatternTree.GetPrevSibling(parent)
2262                self.PatternTree.Collapse(parent)
2263                self.PatternTree.Expand(prev)
2264                id = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,prev,name)
2265                self.PatternTree.SelectItem(id)
2266                self.oldFocus = wx.Window.FindFocus()
2267            else:   
2268                self.PatternTree.GetPrevSibling(item)
2269                self.PatternTree.SelectItem(item)
2270        elif key == wx.WXK_DOWN:
2271            if keyevt.GetModifiers() == wx.MOD_SHIFT:
2272                if type(parent) is int: return # is this the toplevel in tree?
2273                next = self.PatternTree.GetNextSibling(parent)
2274                self.PatternTree.Collapse(parent)
2275                self.PatternTree.Expand(next)
2276                id = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,next,name)
2277                self.PatternTree.SelectItem(id)
2278                self.oldFocus = wx.Window.FindFocus()
2279            else:   
2280                self.PatternTree.GetNextSibling(item)
2281                self.PatternTree.SelectItem(item)
2282               
2283    def OnReadPowderPeaks(self,event):
2284        'Bound to menu Data/Read Powder Peaks -- still needed?'
2285        Cuka = 1.54052
2286        self.CheckNotebook()
2287        dlg = wx.FileDialog(self, 'Choose file with peak list', '.', '', 
2288            'peak files (*.txt)|*.txt|All files (*.*)|*.*',wx.OPEN|wx.CHANGE_DIR)
2289        try:
2290            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
2291                self.HKL = []
2292                self.powderfile = dlg.GetPath()
2293                comments,peaks = G2IO.GetPowderPeaks(self.powderfile)
2294                Id = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text='PKS '+os.path.basename(self.powderfile))
2295                data = ['PKS',Cuka,0.0]
2296                names = ['Type','Lam','Zero'] 
2297                codes = [0,0,0]
2298                inst = [G2IO.makeInstDict(names,data,codes),{}]
2299                self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Instrument Parameters'),inst)
2300                self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Comments'),comments)
2301                self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Index Peak List'),[peaks,[]])
2302                self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Unit Cells List'),[])             
2303                self.PatternTree.Expand(Id)
2304                self.PatternTree.SelectItem(Id)
2305                os.chdir(dlg.GetDirectory())           # to get Mac/Linux to change directory!
2306        finally:
2307            dlg.Destroy()
2308                       
2309    def OnImageRead(self,event):
2310        'Called to read in an image in any known format'
2311        self.CheckNotebook()
2312        dlg = wx.FileDialog(
2313            self, 'Choose image files', '.', '',
2314            'Any supported image file (*.edf;*.tif;*.tiff;*.mar*;*.ge*;*.avg;*.sum;*.img;*.G2img;*.png)|'
2315            '*.edf;*.tif;*.tiff;*.mar*;*.ge*;*.avg;*.sum;*.img;*.G2img;*.png;*.zip|'
2316            'European detector file (*.edf)|*.edf|'
2317            'Any detector tif (*.tif;*.tiff)|*.tif;*.tiff|'
2318            'MAR file (*.mar*)|*.mar*|'
2319            'GE Image (*.ge*;*.avg;*.sum)|*.ge*;*.avg;*.sum|'
2320            'ADSC Image (*.img)|*.img|'
2321            'GSAS-II Image (*.G2img)|*.G2img|'
2322            'Portable Network Graphics image (*.png)|*.png|'
2323            'Zip archive (*.zip)|*.zip|'
2324            'All files (*.*)|*.*',
2325            wx.OPEN | wx.MULTIPLE|wx.CHANGE_DIR)
2326        try:
2327            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
2328                imagefiles = dlg.GetPaths()
2329                imagefiles.sort()
2330                for imagefile in imagefiles:
2331                    # if a zip file, open and extract
2332                    if os.path.splitext(imagefile)[1].lower() == '.zip':
2333                        extractedfile = G2IO.ExtractFileFromZip(imagefile,parent=self)
2334                        if extractedfile is not None and extractedfile != imagefile:
2335                            imagefile = extractedfile
2336                    Comments,Data,Npix,Image = G2IO.GetImageData(self,imagefile)
2337                    if Comments:
2338                        Id = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text='IMG '+os.path.basename(imagefile))
2339                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Comments'),Comments)
2340                        Imax = np.amax(Image)
2341                        Imin = max(0.0,np.amin(Image))          #force positive
2342                        if self.imageDefault:
2343                            Data = copy.copy(self.imageDefault)
2344                            Data['showLines'] = True
2345                            Data['ring'] = []
2346                            Data['rings'] = []
2347                            Data['cutoff'] = 10
2348                            Data['pixLimit'] = 20
2349                            Data['edgemin'] = 100000000
2350                            Data['calibdmin'] = 0.5
2351                            Data['calibskip'] = 0
2352                            Data['ellipses'] = []
2353                            Data['calibrant'] = ''
2354                            Data['GonioAngles'] = [0.,0.,0.]
2355                            Data['DetDepthRef'] = False
2356                        else:
2357                            Data['type'] = 'PWDR'
2358                            Data['color'] = 'Paired'
2359                            Data['tilt'] = 0.0
2360                            Data['rotation'] = 0.0
2361                            Data['showLines'] = False
2362                            Data['ring'] = []
2363                            Data['rings'] = []
2364                            Data['cutoff'] = 10
2365                            Data['pixLimit'] = 20
2366                            Data['calibdmin'] = 0.5
2367                            Data['calibskip'] = 0
2368                            Data['edgemin'] = 100000000
2369                            Data['ellipses'] = []
2370                            Data['GonioAngles'] = [0.,0.,0.]
2371                            Data['DetDepth'] = 0.
2372                            Data['DetDepthRef'] = False
2373                            Data['calibrant'] = ''
2374                            Data['IOtth'] = [2.0,5.0]
2375                            Data['LRazimuth'] = [135,225]
2376                            Data['azmthOff'] = 0.0
2377                            Data['outChannels'] = 2500
2378                            Data['outAzimuths'] = 1
2379                            Data['centerAzm'] = False
2380                            Data['fullIntegrate'] = False
2381                            Data['setRings'] = False
2382                            Data['background image'] = ['',-1.0]                           
2383                            Data['dark image'] = ['',-1.0]
2384                            Data['Flat Bkg'] = 0.0
2385                        Data['setDefault'] = False
2386                        Data['range'] = [(Imin,Imax),[Imin,Imax]]
2387                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Image Controls'),Data)
2388                        Masks = {'Points':[],'Rings':[],'Arcs':[],'Polygons':[],'Frames':[],'Thresholds':[(Imin,Imax),[Imin,Imax]]}
2389                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Masks'),Masks)
2390                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Stress/Strain'),
2391                            {'Type':'True','d-zero':[],'Sample phi':0.0,'Sample z':0.0,'Sample load':0.0})
2392                        self.PatternTree.SetItemPyData(Id,[Npix,imagefile])
2393                        self.PickId = Id
2394                        self.Image = Id
2395                os.chdir(dlg.GetDirectory())           # to get Mac/Linux to change directory!               
2396                self.PatternTree.SelectItem(G2gd.GetPatternTreeItemId(self,Id,'Image Controls'))             #show last one
2397        finally:
2398            path = dlg.GetDirectory()           # to get Mac/Linux to change directory!
2399            os.chdir(path)
2400            dlg.Destroy()
2401
2402    def CheckNotebook(self):
2403        '''Make sure the data tree has the minimally expected controls.
2404        (BHT) correct?
2405        '''
2406        if not G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Notebook'):
2407            sub = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text='Notebook')
2408            self.PatternTree.SetItemPyData(sub,[''])
2409        if not G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Controls'):
2410            sub = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text='Controls')
2411            self.PatternTree.SetItemPyData(sub,copy.copy(G2obj.DefaultControls))
2412        if not G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Covariance'):
2413            sub = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text='Covariance')
2414            self.PatternTree.SetItemPyData(sub,{})
2415        if not G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Constraints'):
2416            sub = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text='Constraints')
2417            self.PatternTree.SetItemPyData(sub,{'Hist':[],'HAP':[],'Phase':[]})
2418        if not G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Restraints'):
2419            sub = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text='Restraints')
2420            self.PatternTree.SetItemPyData(sub,{})
2421        if not G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Rigid bodies'):
2422            sub = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text='Rigid bodies')
2423            self.PatternTree.SetItemPyData(sub,{'Vector':{'AtInfo':{}},
2424                'Residue':{'AtInfo':{}},'RBIds':{'Vector':[],'Residue':[]}})
2425               
2426    class CopyDialog(wx.Dialog):
2427        '''Creates a dialog for copying control settings between
2428        data tree items'''
2429        def __init__(self,parent,title,text,data):
2430            wx.Dialog.__init__(self,parent,-1,title, 
2431                pos=wx.DefaultPosition,style=wx.DEFAULT_DIALOG_STYLE)
2432            self.data = data
2433            panel = wx.Panel(self)
2434            mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
2435            topLabl = wx.StaticText(panel,-1,text)
2436            mainSizer.Add((10,10),1)
2437            mainSizer.Add(topLabl,0,wx.ALIGN_CENTER_VERTICAL|wx.LEFT,10)
2438            mainSizer.Add((10,10),1)
2439            ncols = len(data)/40+1
2440            dataGridSizer = wx.FlexGridSizer(cols=ncols,hgap=2,vgap=2)
2441            for id,item in enumerate(self.data):
2442                ckbox = wx.CheckBox(panel,id,item[1])
2443                ckbox.Bind(wx.EVT_CHECKBOX,self.OnCopyChange)                   
2444                dataGridSizer.Add(ckbox,0,wx.LEFT,10)
2445            mainSizer.Add(dataGridSizer,0,wx.EXPAND)
2446            OkBtn = wx.Button(panel,-1,"Ok")
2447            OkBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnOk)
2448            cancelBtn = wx.Button(panel,-1,"Cancel")
2449            cancelBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnCancel)
2450            btnSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
2451            btnSizer.Add((20,20),1)
2452            btnSizer.Add(OkBtn)
2453            btnSizer.Add((20,20),1)
2454            btnSizer.Add(cancelBtn)
2455            btnSizer.Add((20,20),1)
2456           
2457            mainSizer.Add(btnSizer,0,wx.EXPAND|wx.BOTTOM|wx.TOP, 10)
2458            panel.SetSizer(mainSizer)
2459            panel.Fit()
2460            self.Fit()
2461       
2462        def OnCopyChange(self,event):
2463            id = event.GetId()
2464            self.data[id][0] = self.FindWindowById(id).GetValue()       
2465           
2466        def OnOk(self,event):
2467            parent = self.GetParent()
2468            parent.Raise()
2469            self.EndModal(wx.ID_OK)             
2470           
2471        def OnCancel(self,event):
2472            parent = self.GetParent()
2473            parent.Raise()
2474            self.EndModal(wx.ID_CANCEL)             
2475           
2476        def GetData(self):
2477            return self.data
2478       
2479    class SumDialog(wx.Dialog):
2480        'Allows user to supply scale factor(s) when summing data'
2481        def __init__(self,parent,title,text,dataType,data):
2482            wx.Dialog.__init__(self,parent,-1,title, 
2483                pos=wx.DefaultPosition,style=wx.DEFAULT_DIALOG_STYLE)
2484            self.data = data
2485            panel = wx.Panel(self)
2486            mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
2487            topLabl = wx.StaticText(panel,-1,text)
2488            mainSizer.Add((10,10),1)
2489            mainSizer.Add(topLabl,0,wx.ALIGN_CENTER_VERTICAL|wx.LEFT,10)
2490            mainSizer.Add((10,10),1)
2491            dataGridSizer = wx.FlexGridSizer(cols=2,hgap=2,vgap=2)
2492            for id,item in enumerate(self.data[:-1]):
2493                name = wx.TextCtrl(panel,-1,item[1],size=wx.Size(200,20))
2494                name.SetEditable(False)
2495                scale = wx.TextCtrl(panel,id,'%.3f'%(item[0]),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
2496                scale.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,self.OnScaleChange)
2497                scale.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,self.OnScaleChange)
2498                dataGridSizer.Add(scale,0,wx.LEFT,10)
2499                dataGridSizer.Add(name,0,wx.RIGHT,10)
2500            if dataType:
2501                dataGridSizer.Add(wx.StaticText(panel,-1,'Sum result name: '+dataType),0, \
2502                    wx.LEFT|wx.TOP|wx.ALIGN_CENTER_VERTICAL,10)
2503                self.name = wx.TextCtrl(panel,-1,self.data[-1],size=wx.Size(200,20),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
2504                self.name.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,self.OnNameChange)
2505                self.name.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,self.OnNameChange)
2506                dataGridSizer.Add(self.name,0,wx.RIGHT|wx.TOP,10)
2507            mainSizer.Add(dataGridSizer,0,wx.EXPAND)
2508            OkBtn = wx.Button(panel,-1,"Ok")
2509            OkBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnOk)
2510            cancelBtn = wx.Button(panel,-1,"Cancel")
2511            cancelBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnCancel)
2512            btnSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
2513            btnSizer.Add((20,20),1)
2514            btnSizer.Add(OkBtn)
2515            btnSizer.Add((20,20),1)
2516            btnSizer.Add(cancelBtn)
2517            btnSizer.Add((20,20),1)
2518           
2519            mainSizer.Add(btnSizer,0,wx.EXPAND|wx.BOTTOM|wx.TOP, 10)
2520            panel.SetSizer(mainSizer)
2521            panel.Fit()
2522            self.Fit()
2523
2524        def OnScaleChange(self,event):
2525            id = event.GetId()
2526            value = self.FindWindowById(id).GetValue()
2527            try:
2528                self.data[id][0] = float(value)
2529                self.FindWindowById(id).SetValue('%.3f'%(self.data[id][0]))
2530            except ValueError:
2531                if value and '-' not in value[0]:
2532                    print 'bad input - numbers only'
2533                    self.FindWindowById(id).SetValue('0.000')
2534           
2535        def OnNameChange(self,event):
2536            self.data[-1] = self.name.GetValue() 
2537           
2538        def OnOk(self,event):
2539            parent = self.GetParent()
2540            parent.Raise()
2541            self.EndModal(wx.ID_OK)             
2542           
2543        def OnCancel(self,event):
2544            parent = self.GetParent()
2545            parent.Raise()
2546            self.EndModal(wx.ID_CANCEL)             
2547           
2548        def GetData(self):
2549            return self.data
2550                       
2551    def OnPwdrSum(self,event):
2552        'Sum together powder data(?)'
2553        TextList = []
2554        DataList = []
2555        SumList = []
2556        Names = []
2557        Inst = None
2558        SumItemList = []
2559        Comments = ['Sum equals: \n']
2560        if self.PatternTree.GetCount():
2561            item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
2562            while item:
2563                name = self.PatternTree.GetItemText(item)
2564                Names.append(name)
2565                if 'PWDR' in name:
2566                    TextList.append([0.0,name])
2567                    DataList.append(self.PatternTree.GetItemPyData(item)[1])    # (x,y,w,yc,yb,yd)
2568                    if not Inst:
2569                        Inst = self.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(self,item, 'Instrument Parameters'))
2570                item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)
2571            if len(TextList) < 2:
2572                self.ErrorDialog('Not enough data to sum','There must be more than one "PWDR" pattern')
2573                return
2574            TextList.append('default_sum_name')               
2575            dlg = self.SumDialog(self,'Sum data','Enter scale for each pattern in summation','PWDR',TextList)
2576            try:
2577                if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
2578                    lenX = 0
2579                    Xminmax = [0,0]
2580                    Xsum = []
2581                    Ysum = []
2582                    Vsum = []
2583                    result = dlg.GetData()
2584                    for i,item in enumerate(result[:-1]):
2585                        scale,name = item
2586                        data = DataList[i]
2587                        if scale:
2588                            Comments.append("%10.3f %s" % (scale,' * '+name))
2589                            x,y,w,yc,yb,yd = data   #numpy arrays!
2590                            v = 1./w
2591                            if lenX:
2592                                if lenX != len(x):
2593                                    self.ErrorDialog('Data length error','Data to be summed must have same number of points'+ \
2594                                        '\nExpected:'+str(lenX)+ \
2595                                        '\nFound:   '+str(len(x))+'\nfor '+name)
2596                                    return
2597                            else:
2598                                lenX = len(x)
2599                            if Xminmax[1]:
2600                                if Xminmax != [x[0],x[-1]]:
2601                                    self.ErrorDialog('Data range error','Data to be summed must span same range'+ \
2602                                        '\nExpected:'+str(Xminmax[0])+' '+str(Xminmax[1])+ \
2603                                        '\nFound:   '+str(x[0])+' '+str(x[-1])+'\nfor '+name)
2604                                    return
2605                                else:
2606                                    for j,yi in enumerate(y):
2607                                         Ysum[j] += scale*yi
2608                                         Vsum[j] += abs(scale)*v[j]
2609                            else:
2610                                Xminmax = [x[0],x[-1]]
2611                                YCsum = YBsum = YDsum = [0.0 for i in range(lenX)]
2612                                for j,yi in enumerate(y):
2613                                    Xsum.append(x[j])
2614                                    Ysum.append(scale*yi)
2615                                    Vsum.append(abs(scale*v[j]))
2616                    Wsum = 1./np.array(Vsum)
2617                    outname = 'PWDR '+result[-1]
2618                    Id = 0
2619                    if outname in Names:
2620                        dlg2 = wx.MessageDialog(self,'Overwrite data?','Duplicate data name',wx.OK|wx.CANCEL)
2621                        try:
2622                            if dlg2.ShowModal() == wx.ID_OK:
2623                                Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,name)
2624                                self.PatternTree.Delete(Id)
2625                        finally:
2626                            dlg2.Destroy()
2627                    Id = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text=outname)
2628                    if Id:
2629                        Sample = G2pdG.SetDefaultSample()
2630                        valuesdict = {
2631                            'wtFactor':1.0,
2632                            'Dummy':False,
2633                            'ranId':ran.randint(0,sys.maxint),
2634                            'Offset':[0.0,0.0],'delOffset':0.02,'refOffset':-1.0,'refDelt':0.01,
2635                            'qPlot':False,'dPlot':False,'sqrtPlot':False
2636                            }
2637                        self.PatternTree.SetItemPyData(Id,[valuesdict,[np.array(Xsum),np.array(Ysum),np.array(Wsum),
2638                            np.array(YCsum),np.array(YBsum),np.array(YDsum)]])
2639                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Comments'),Comments)                   
2640                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Limits'),[tuple(Xminmax),Xminmax])
2641                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Background'),[['chebyschev',True,3,1.0,0.0,0.0],
2642                            {'nDebye':0,'debyeTerms':[],'nPeaks':0,'peaksList':[]}])
2643                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Instrument Parameters'),Inst)
2644                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Sample Parameters'),Sample)
2645                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Peak List'),{'peaks':[],'sigDict':{}})
2646                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Index Peak List'),[[],[]])
2647                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Unit Cells List'),[])             
2648                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Reflection Lists'),{})             
2649                        self.PatternTree.SelectItem(Id)
2650                        self.PatternTree.Expand(Id)
2651            finally:
2652                dlg.Destroy()
2653
2654    def OnImageSum(self,event):
2655        'Sum together image data(?)'
2656        TextList = []
2657        DataList = []
2658        SumList = []
2659        Names = []
2660        Inst = []
2661        SumItemList = []
2662        Comments = ['Sum equals: \n']
2663        if self.PatternTree.GetCount():
2664            item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
2665            while item:
2666                name = self.PatternTree.GetItemText(item)
2667                Names.append(name)
2668                if 'IMG' in name:
2669                    TextList.append([0.0,name])
2670                    DataList.append(self.PatternTree.GetItemPyData(item))        #Size,Image
2671                    Data = self.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(self,item,'Image Controls'))
2672                item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)
2673            if len(TextList) < 2:
2674                self.ErrorDialog('Not enough data to sum','There must be more than one "IMG" pattern')
2675                return
2676            TextList.append('default_sum_name')               
2677            dlg = self.SumDialog(self,'Sum data','Enter scale for each image in summation','IMG',TextList)
2678            try:
2679                if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
2680                    imSize = 0
2681                    result = dlg.GetData()
2682                    First = True
2683                    Found = False
2684                    for i,item in enumerate(result[:-1]):
2685                        scale,name = item
2686                        data = DataList[i]
2687                        if scale:
2688                            Found = True                               
2689                            Comments.append("%10.3f %s" % (scale,' * '+name))
2690                            Npix,imagefile = data
2691                            image = G2IO.GetImageData(self,imagefile,imageOnly=True)
2692                            if First:
2693                                newImage = np.zeros_like(image)
2694                                First = False
2695                            if imSize:
2696                                if imSize != Npix:
2697                                    self.ErrorDialog('Image size error','Images to be summed must be same size'+ \
2698                                        '\nExpected:'+str(imSize)+ \
2699                                        '\nFound:   '+str(Npix)+'\nfor '+name)
2700                                    return
2701                                newImage = newImage+scale*image
2702                            else:
2703                                imSize = Npix
2704                                newImage = newImage+scale*image
2705                            del(image)
2706                    if not Found:
2707                        self.ErrorDialog('Image sum error','No nonzero image multipliers found')
2708                        return
2709                       
2710                    newImage = np.asfarray(newImage,dtype=np.float32)                       
2711                    outname = 'IMG '+result[-1]
2712                    Id = 0
2713                    if outname in Names:
2714                        dlg2 = wx.MessageDialog(self,'Overwrite data?','Duplicate data name',wx.OK|wx.CANCEL)
2715                        try:
2716                            if dlg2.ShowModal() == wx.ID_OK:
2717                                Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,name)
2718                        finally:
2719                            dlg2.Destroy()
2720                    else:
2721                        Id = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text=outname)
2722                    if Id:
2723                        dlg = wx.FileDialog(self, 'Choose sum image filename', '.', '', 
2724                            'G2img files (*.G2img)|*.G2img', 
2725                            wx.SAVE|wx.FD_OVERWRITE_PROMPT|wx.CHANGE_DIR)
2726                        if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
2727                            newimagefile = dlg.GetPath()
2728                            newimagefile = G2IO.FileDlgFixExt(dlg,newimagefile)
2729                            G2IO.PutG2Image(newimagefile,Comments,Data,Npix,newImage)
2730                            Imax = np.amax(newImage)
2731                            Imin = np.amin(newImage)
2732                            newImage = []
2733                            self.PatternTree.SetItemPyData(Id,[imSize,newimagefile])
2734                            self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Comments'),Comments)
2735                        del(newImage)
2736                        if self.imageDefault:
2737                            Data = copy.copy(self.imageDefault)
2738                        Data['showLines'] = True
2739                        Data['ring'] = []
2740                        Data['rings'] = []
2741                        Data['cutoff'] = 10
2742                        Data['pixLimit'] = 20
2743                        Data['ellipses'] = []
2744                        Data['calibrant'] = ''
2745                        Data['range'] = [(Imin,Imax),[Imin,Imax]]
2746                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Image Controls'),Data)                                           
2747                        Masks = {'Points':[],'Rings':[],'Arcs':[],'Polygons':[],'Frames':[],'Thresholds':[(Imin,Imax),[Imin,Imax]]}
2748                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Masks'),Masks)
2749                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Stress/Strain'),
2750                            {'Type':'True','d-zero':[],'Sample phi':0.0,'Sample z':0.0,'Sample load':0.0})
2751                        self.PatternTree.SelectItem(Id)
2752                        self.PatternTree.Expand(Id)
2753                        self.PickId = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,outname)
2754                        self.Image = self.PickId
2755            finally:
2756                dlg.Destroy()
2757                     
2758    def OnAddPhase(self,event):
2759        'Add a new, empty phase to the tree. Called by Data/Add Phase menu'
2760        if not G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases'):
2761            sub = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text='Phases')
2762        else:
2763            sub = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases')
2764        PhaseName = ''
2765        dlg = wx.TextEntryDialog(None,'Enter a name for this phase','Phase Name Entry','New phase',
2766            style=wx.OK)
2767        if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
2768            PhaseName = dlg.GetValue()
2769        dlg.Destroy()
2770        sub = self.PatternTree.AppendItem(parent=sub,text=PhaseName)
2771        E,SGData = G2spc.SpcGroup('P 1')
2772        self.PatternTree.SetItemPyData(sub,G2IO.SetNewPhase(Name=PhaseName,SGData=SGData))
2773       
2774    def OnDeletePhase(self,event):
2775        'Delete a phase from the tree. Called by Data/Delete Phase menu'
2776        #Hmm, also need to delete this phase from Reflection Lists for each PWDR histogram
2777        if self.dataFrame:
2778            self.dataFrame.Clear() 
2779        TextList = []
2780        DelList = []
2781        DelItemList = []
2782        if G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases'):
2783            sub = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases')
2784        else:
2785            return
2786        if sub:
2787            item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(sub)
2788            while item:
2789                TextList.append(self.PatternTree.GetItemText(item))
2790                item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(sub, cookie)               
2791            dlg = wx.MultiChoiceDialog(self, 'Which phase to delete?', 'Delete phase', TextList, wx.CHOICEDLG_STYLE)
2792            try:
2793                if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
2794                    result = dlg.GetSelections()
2795                    for i in result: DelList.append([i,TextList[i]])
2796                    item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(sub)
2797                    i = 0
2798                    while item:
2799                        if [i,self.PatternTree.GetItemText(item)] in DelList: DelItemList.append(item)
2800                        item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(sub, cookie)
2801                        i += 1
2802                    for item in DelItemList:
2803                        name = self.PatternTree.GetItemText(item)
2804                        self.PatternTree.Delete(item)
2805                        self.G2plotNB.Delete(name)
2806                    item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
2807                    while item:
2808                        name = self.PatternTree.GetItemText(item)
2809                        if 'PWDR' in name:
2810                            Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,item, 'Reflection Lists')
2811                            refList = self.PatternTree.GetItemPyData(Id)
2812                            if len(refList):
2813                                for i,item in DelList:
2814                                    if item in refList:
2815                                        del(refList[item])
2816                            self.PatternTree.SetItemPyData(Id,refList)
2817                        item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)
2818            finally:
2819                dlg.Destroy()
2820               
2821    def OnRenameData(self,event):
2822        'Renames an existing phase. Called by Data/Rename Phase menu'
2823        name = self.PatternTree.GetItemText(self.PickId)     
2824        if 'PWDR' in name or 'HKLF' in name or 'IMG' in name:
2825            dataType = name[:name.index(' ')+1]                 #includes the ' '
2826            dlg = wx.TextEntryDialog(self,'Data name: '+dataType,'Change data name',
2827                defaultValue=name[name.index(' ')+1:])
2828            try:
2829                if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
2830                    self.PatternTree.SetItemText(self.PickId,dataType+dlg.GetValue())
2831            finally:
2832                dlg.Destroy()
2833       
2834    def GetFileList(self,fileType,skip=None):        #potentially useful?
2835        'Appears unused. Note routine of same name in GSASIIpwdGUI'
2836        fileList = []
2837        Source = ''
2838        id, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
2839        while id:
2840            name = self.PatternTree.GetItemText(id)
2841            if fileType in name:
2842                if id == skip:
2843                    Source = name
2844                else:
2845                    fileList.append([False,name,id])
2846            id, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)
2847        if skip:
2848            return fileList,Source
2849        else:
2850            return fileList
2851           
2852    def OnDataDelete(self, event):
2853        '''Delete one or more histograms from data tree. Called by the
2854        Data/DeleteData menu
2855        '''
2856        TextList = []
2857        DelList = []
2858        DelItemList = []
2859        nItems = {'PWDR':0,'SASD':0,'IMG':0,'HKLF':0,'PDF':0}
2860        ifPWDR = False
2861        ifSASD = False
2862        ifIMG = False
2863        ifHKLF = False
2864        ifPDF = False
2865        if self.PatternTree.GetCount():
2866            item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
2867            while item:
2868                name = self.PatternTree.GetItemText(item)
2869                if name not in ['Notebook','Controls','Covariance','Constraints',
2870                    'Restraints','Phases','Rigid bodies','Sequential results']:
2871                    if 'PWDR' in name: ifPWDR = True; nItems['PWDR'] += 1
2872                    if 'SASD' in name: ifSASD = True; nItems['SASD'] += 1
2873                    if 'IMG' in name: ifIMG = True; nItems['IMG'] += 1
2874                    if 'HKLF' in name: ifHKLF = True; nItems['HKLF'] += 1
2875                    if 'PDF' in name: ifPDF = True; nItems['PDF'] += 1
2876                    TextList.append(name)
2877                item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)
2878            dlg = G2G.G2MultiChoiceDialog(self, 'Which data to delete?', 'Delete data', TextList, wx.CHOICEDLG_STYLE)
2879            try:
2880                if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
2881                    result = dlg.GetSelections()
2882                    for i in result: DelList.append(TextList[i])
2883                    item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
2884                    while item:
2885                        itemName = self.PatternTree.GetItemText(item)
2886                        if itemName in DelList:
2887                            if 'PWDR' in itemName: nItems['PWDR'] -= 1
2888                            elif 'SASD' in itemName: nItems['SASD'] -= 1
2889                            elif 'IMG' in itemName: nItems['IMG'] -= 1
2890                            elif 'HKLF' in itemName: nItems['HKLF'] -= 1
2891                            elif 'PDF' in itemName: nItems['PDF'] -= 1
2892                            DelItemList.append(item)
2893                        item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)
2894                    for item in DelItemList:
2895                        self.PatternTree.Delete(item)
2896                    self.PickId = 0
2897                    self.PatternId = 0
2898                    if nItems['PWDR']:
2899                        wx.CallAfter(G2plt.PlotPatterns,self,True)
2900                    else:
2901                        self.G2plotNB.Delete('Powder Patterns')
2902                    if not nItems['IMG']:
2903                        self.G2plotNB.Delete('2D Powder Image')
2904                    if not nItems['HKLF']:
2905                        self.G2plotNB.Delete('Structure Factors')
2906                        if '3D Structure Factors' in self.G2plotNB.plotList:
2907                            self.G2plotNB.Delete('3D Structure Factors')
2908            finally:
2909                dlg.Destroy()
2910
2911    def OnFileOpen(self, event, filename=None):
2912        '''Gets a GSAS-II .gpx project file in response to the
2913        File/Open Project menu button
2914        '''
2915        result = wx.ID_OK
2916        self.EnablePlot = False
2917        if self.PatternTree.GetChildrenCount(self.root,False):
2918            if self.dataFrame:
2919                self.dataFrame.Clear() 
2920            dlg = wx.MessageDialog(
2921                self,
2922                'Do you want to overwrite the current project? '
2923                'Any unsaved changes will be lost. Press OK to continue.',
2924                'Overwrite?',  wx.OK | wx.CANCEL)
2925            try:
2926                result = dlg.ShowModal()
2927                if result == wx.ID_OK:
2928                    self.PatternTree.DeleteChildren(self.root)
2929                    self.GSASprojectfile = ''
2930                    if self.HKL: self.HKL = []
2931                    if self.G2plotNB.plotList:
2932                        self.G2plotNB.clear()
2933            finally:
2934                dlg.Destroy()
2935        if result != wx.ID_OK: return
2936
2937        if not filename:
2938            if self.dataDisplay: self.dataDisplay.Destroy()
2939            dlg = wx.FileDialog(self, 'Choose GSAS-II project file', '.', '', 
2940                'GSAS-II project file (*.gpx)|*.gpx',wx.OPEN|wx.CHANGE_DIR)
2941            try:
2942                if dlg.ShowModal() != wx.ID_OK: return
2943                self.GSASprojectfile = dlg.GetPath()
2944                self.GSASprojectfile = G2IO.FileDlgFixExt(dlg,self.GSASprojectfile)
2945                self.dirname = dlg.GetDirectory()
2946            finally:
2947                dlg.Destroy()
2948        else:
2949            self.GSASprojectfile = os.path.splitext(filename)[0]+'.gpx'
2950            self.dirname = os.path.split(filename)[0]
2951
2952        try:
2953            self.StartProject()         #open the file if possible
2954        except:
2955            print 'Error opening file ',filename
2956       
2957    def StartProject(self):
2958        '''Opens a GSAS-II project file & selects the 1st available data set to
2959        display (PWDR, HKLF or SASD)
2960        '''
2961       
2962        Id = 0
2963        G2IO.ProjFileOpen(self)
2964        self.PatternTree.SetItemText(self.root,'Loaded Data: '+self.GSASprojectfile)
2965        self.PatternTree.Expand(self.root)
2966        self.HKL = []
2967        item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
2968        while item and not Id:
2969            name = self.PatternTree.GetItemText(item)
2970            if name[:4] in ['PWDR','HKLF','IMG ','PDF ','SASD',]:
2971                Id = item
2972            elif name == 'Controls':
2973                data = self.PatternTree.GetItemPyData(item)
2974                if data:
2975                    for item in self.Refine: item.Enable(True)
2976                    self.EnableSeqRefineMenu()
2977            item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)
2978        if Id:
2979            self.EnablePlot = True
2980            self.PatternTree.SelectItem(Id)
2981        self.CheckNotebook()
2982        os.chdir(self.dirname)           # to get Mac/Linux to change directory!
2983
2984    def OnFileClose(self, event):
2985        '''Clears the data tree in response to the
2986        File/New Project menu button. User is given option to save
2987        the project.
2988        '''
2989        if self.dataFrame:
2990            self.dataFrame.Clear()
2991            self.dataFrame.SetLabel('GSAS-II data display') 
2992        dlg = wx.MessageDialog(self, 'Save current project?', ' ', wx.YES | wx.NO | wx.CANCEL)
2993        try:
2994            result = dlg.ShowModal()
2995            if result == wx.ID_OK:
2996                self.OnFileSaveMenu(event)
2997            if result != wx.ID_CANCEL:
2998                self.GSASprojectfile = ''
2999                self.PatternTree.SetItemText(self.root,'Loaded Data: ')
3000                self.PatternTree.DeleteChildren(self.root)
3001                if self.HKL: self.HKL = []
3002                if self.G2plotNB.plotList:
3003                    self.G2plotNB.clear()
3004        finally:
3005            dlg.Destroy()
3006
3007    def OnFileSave(self, event):
3008        '''Save the current project in response to the
3009        File/Save Project menu button
3010        '''
3011       
3012        if self.GSASprojectfile: 
3013            self.PatternTree.SetItemText(self.root,'Loaded Data: '+self.GSASprojectfile)
3014            G2IO.ProjFileSave(self)
3015        else:
3016            self.OnFileSaveas(event)
3017
3018    def OnFileSaveas(self, event):
3019        '''Save the current project in response to the
3020        File/Save as menu button
3021        '''
3022        dlg = wx.FileDialog(self, 'Choose GSAS-II project file name', '.', '', 
3023            'GSAS-II project file (*.gpx)|*.gpx',wx.FD_SAVE|wx.FD_OVERWRITE_PROMPT|wx.CHANGE_DIR)
3024        try:
3025            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
3026                self.GSASprojectfile = dlg.GetPath()
3027                self.GSASprojectfile = G2IO.FileDlgFixExt(dlg,self.GSASprojectfile)
3028                self.PatternTree.SetItemText(self.root,'Saving project as'+self.GSASprojectfile)
3029                self.SetTitle("GSAS-II data tree: "+os.path.split(self.GSASprojectfile)[1])
3030                G2IO.ProjFileSave(self)
3031                os.chdir(dlg.GetDirectory())           # to get Mac/Linux to change directory!
3032        finally:
3033            dlg.Destroy()
3034
3035    def ExitMain(self, event):
3036        '''Called if the main window is closed'''
3037        if self.undofile:
3038            os.remove(self.undofile)
3039        sys.exit()
3040       
3041    def OnFileExit(self, event):
3042        '''Called in response to the File/Quit menu button'''
3043        if self.dataFrame:
3044            self.dataFrame.Clear() 
3045            self.dataFrame.Destroy()
3046        self.Close()
3047       
3048    def OnExportPeakList(self,event):
3049        dlg = wx.FileDialog(self, 'Choose output peak list file name', '.', '', 
3050            '(*.*)|*.*',wx.FD_SAVE|wx.FD_OVERWRITE_PROMPT|wx.CHANGE_DIR)
3051        try:
3052            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
3053                self.peaklistfile = dlg.GetPath()
3054                self.peaklistfile = G2IO.FileDlgFixExt(dlg,self.peaklistfile)
3055                file = open(self.peaklistfile,'w')               
3056                item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
3057                while item:
3058                    name = self.PatternTree.GetItemText(item)
3059                    if 'PWDR' in name:
3060                        item2, cookie2 = self.PatternTree.GetFirstChild(item)
3061                        while item2:
3062                            name2 = self.PatternTree.GetItemText(item2)
3063                            if name2 == 'Peak List':
3064                                peaks = self.PatternTree.GetItemPyData(item2)['peaks']
3065                                file.write("%s \n" % (name+' Peak List'))
3066                                if len(peaks[0]) == 8:
3067                                    file.write('%10s %12s %10s %10s %10s\n'%('pos','int','sig','gam','FWHM'))
3068                                else:
3069                                    file.write('%10s %12s %10s %10s %10s %10s %10s\n'%('pos','int','alp','bet','sig','gam','FWHM'))                                   
3070                                for peak in peaks:
3071                                    if len(peak) == 8:  #CW
3072                                        FWHM = G2pwd.getgamFW(peak[6],peak[4])
3073                                        file.write("%10.5f %12.2f %10.5f %10.5f %10.5f \n" % \
3074                                            (peak[0],peak[2],np.sqrt(max(0.0001,peak[4]))/100.,peak[6]/100.,FWHM/100.)) #convert to deg
3075                                    else:               #TOF - more cols
3076                                        FWHM = G2pwd.getgamFW(peak[10],peak[8])
3077                                        file.write("%10.5f %12.2f %10.3f %10.3f %10.3f %10.3f %10.3f\n" % \
3078                                            (peak[0],peak[2],peak[4],peak[6],peak[8],peak[10],FWHM))
3079                            item2, cookie2 = self.PatternTree.GetNextChild(item, cookie2)                           
3080                    item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)                           
3081                file.close()
3082        finally:
3083            dlg.Destroy()
3084       
3085    def OnExportHKL(self,event):
3086        dlg = wx.FileDialog(self, 'Choose output reflection list file name', '.', '', 
3087            '(*.*)|*.*',wx.FD_SAVE|wx.FD_OVERWRITE_PROMPT|wx.CHANGE_DIR)
3088        try:
3089            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
3090                self.peaklistfile = dlg.GetPath()
3091                self.peaklistfile = G2IO.FileDlgFixExt(dlg,self.peaklistfile)
3092                file = open(self.peaklistfile,'w')               
3093                item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
3094                while item:
3095                    name = self.PatternTree.GetItemText(item)
3096                    if 'PWDR' in name:
3097                        item2, cookie2 = self.PatternTree.GetFirstChild(item)
3098                        while item2:
3099                            name2 = self.PatternTree.GetItemText(item2)
3100                            if name2 == 'Reflection Lists':
3101                                data = self.PatternTree.GetItemPyData(item2)
3102                                phases = data.keys()
3103                                for phase in phases:
3104                                    peaks = data[phase]
3105                                    file.write("%s %s %s \n" % (name,phase,' Reflection List'))
3106                                    if 'T' in peaks.get('Type','PXC'):
3107                                        file.write('%s \n'%('   h   k   l   m    d-space     TOF         wid        F**2'))
3108                                    else:               
3109                                        file.write('%s \n'%('   h   k   l   m    d-space   2-theta       wid        F**2'))
3110                                    for peak in peaks['RefList']:
3111                                        FWHM = G2pwd.getgamFW(peak[7],peak[6])/50.      #to get delta-2-theta in deg.
3112                                        if 'T' in peaks.get('Type','PXC'):
3113                                            file.write(" %3d %3d %3d %3d %10.5f %10.2f %10.5f %10.3f \n" % \
3114                                                (int(peak[0]),int(peak[1]),int(peak[2]),int(peak[3]),peak[4],peak[5],FWHM,peak[8]))
3115                                        else:
3116                                            file.write(" %3d %3d %3d %3d %10.5f %10.5f %10.5f %10.3f \n" % \
3117                                                (int(peak[0]),int(peak[1]),int(peak[2]),int(peak[3]),peak[4],peak[5],FWHM,peak[8]))
3118                            item2, cookie2 = self.PatternTree.GetNextChild(item, cookie2)                           
3119                    item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)                           
3120                file.close()
3121        finally:
3122            dlg.Destroy()
3123       
3124    def OnExportPDF(self,event):
3125        #need S(Q) and G(R) to be saved here - probably best from selection?
3126        names = ['All']
3127        exports = []
3128        item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
3129        while item:
3130            name = self.PatternTree.GetItemText(item)
3131            if 'PDF' in name:
3132                names.append(name)
3133            item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)
3134        if names:
3135            dlg = wx.MultiChoiceDialog(self,'Select','PDF patterns to export',names)
3136            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
3137                sel = dlg.GetSelections()
3138                if sel[0] == 0:
3139                    exports = names[1:]
3140                else:
3141                    for x in sel:
3142                        exports.append(names[x])
3143            dlg.Destroy()
3144        if exports:
3145            G2IO.PDFSave(self,exports)
3146       
3147    def OnMakePDFs(self,event):
3148        '''Calculates PDFs
3149        '''
3150        sind = lambda x: math.sin(x*math.pi/180.)
3151        tth2q = lambda t,w:4.0*math.pi*sind(t/2.0)/w
3152        TextList = ['All PWDR']
3153        PDFlist = []
3154        Names = []
3155        if self.PatternTree.GetCount():
3156            id, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
3157            while id:
3158                name = self.PatternTree.GetItemText(id)
3159                Names.append(name)
3160                if 'PWDR' in name:
3161                    TextList.append(name)
3162                id, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)
3163            if len(TextList) == 1:
3164                self.ErrorDialog('Nothing to make PDFs for','There must be at least one "PWDR" pattern')
3165                return
3166            dlg = wx.MultiChoiceDialog(self,'Make PDF controls','Make PDF controls for:',TextList, wx.CHOICEDLG_STYLE)
3167            try:
3168                if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
3169                    result = dlg.GetSelections()
3170                    for i in result: PDFlist.append(TextList[i])
3171                    if 0 in result:
3172                        PDFlist = [item for item in TextList if item[:4] == 'PWDR']                       
3173                    for item in PDFlist:
3174                        PWDRname = item[4:]
3175                        Id = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text='PDF '+PWDRname)
3176                        Data = {
3177                            'Sample':{'Name':item,'Mult':1.0,'Add':0.0},
3178                            'Sample Bkg.':{'Name':'','Mult':-1.0,'Add':0.0},
3179                            'Container':{'Name':'','Mult':-1.0,'Add':0.0},
3180                            'Container Bkg.':{'Name':'','Mult':-1.0,'Add':0.0},'ElList':{},
3181                            'Geometry':'Cylinder','Diam':1.0,'Pack':0.50,'Form Vol':10.0,
3182                            'DetType':'Image plate','ObliqCoeff':0.2,'Ruland':0.025,'QScaleLim':[0,100],
3183                            'Lorch':True,}
3184                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='PDF Controls'),Data)
3185                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='I(Q)'+PWDRname),[])       
3186                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='S(Q)'+PWDRname),[])       
3187                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='F(Q)'+PWDRname),[])       
3188                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='G(R)'+PWDRname),[])       
3189                for item in self.ExportPDF: item.Enable(True)
3190            finally:
3191                dlg.Destroy()
3192               
3193    def GetPWDRdatafromTree(self,PWDRname):
3194        ''' Returns powder data from GSASII tree
3195
3196        :param str PWDRname: a powder histogram name as obtained from
3197          :meth:`GSASIIstruct.GetHistogramNames`
3198
3199        :returns: PWDRdata = powder data dictionary with
3200          Powder data arrays, Limits, Instrument Parameters,
3201          Sample Parameters           
3202        '''
3203        PWDRdata = {}
3204        try:
3205            PWDRdata.update(self.PatternTree.GetItemPyData(PWDRname)[0])            #wtFactor + ?
3206        except ValueError:
3207            PWDRdata['wtFactor'] = 1.0
3208        PWDRdata['Data'] = self.PatternTree.GetItemPyData(PWDRname)[1]          #powder data arrays
3209        PWDRdata['Limits'] = self.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(self,PWDRname,'Limits'))
3210        PWDRdata['Background'] = self.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(self,PWDRname,'Background'))
3211        PWDRdata['Instrument Parameters'] = self.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(self,PWDRname,'Instrument Parameters'))
3212        PWDRdata['Sample Parameters'] = self.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(self,PWDRname,'Sample Parameters'))
3213        PWDRdata['Reflection Lists'] = self.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(self,PWDRname,'Reflection Lists'))
3214        if 'ranId' not in PWDRdata:  # patch, add a random Id
3215            PWDRdata['ranId'] = ran.randint(0,sys.maxint)
3216        if 'ranId' not in PWDRdata['Sample Parameters']:  # I hope this becomes obsolete at some point
3217            PWDRdata['Sample Parameters']['ranId'] = PWDRdata['ranId']
3218        return PWDRdata
3219
3220    def GetHKLFdatafromTree(self,HKLFname):
3221        ''' Returns single crystal data from GSASII tree
3222
3223        :param str HKLFname: a single crystal histogram name as obtained
3224          from
3225          :meth:`GSASIIstruct.GetHistogramNames`
3226
3227        :returns: HKLFdata = single crystal data list of reflections
3228
3229        '''
3230        HKLFdata = {}
3231        HKLFdata.update(self.PatternTree.GetItemPyData(HKLFname)[0])            #wtFactor + ?
3232#        try:
3233#            HKLFdata.update(self.PatternTree.GetItemPyData(HKLFname)[0])            #wtFactor + ?
3234#        except ValueError:
3235#            HKLFdata['wtFactor'] = 1.0
3236        HKLFdata['Data'] = self.PatternTree.GetItemPyData(HKLFname)[1]
3237        HKLFdata['Instrument Parameters'] = self.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(self,HKLFname,'Instrument Parameters'))
3238        return HKLFdata
3239       
3240    def GetPhaseData(self):
3241        '''Returns a dict with defined phases.
3242        Note routine :func:`GSASIIstrIO.GetPhaseData` also exists to
3243        get same info from GPX file.
3244        '''
3245        phaseData = {}
3246        if G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases'):
3247            sub = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases')
3248        else:
3249            print 'no phases found in GetPhaseData'
3250            sub = None
3251        if sub:
3252            item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(sub)
3253            while item:
3254                phaseName = self.PatternTree.GetItemText(item)
3255                phaseData[phaseName] =  self.PatternTree.GetItemPyData(item)
3256                if 'ranId' not in phaseData[phaseName]:
3257                    phaseData[phaseName]['ranId'] = ran.randint(0,sys.maxint)         
3258                item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(sub, cookie)
3259        return phaseData
3260
3261    def GetPhaseInfofromTree(self):
3262        '''Get the phase names and their rId values,
3263        also the histograms used in each phase.
3264
3265        :returns: (phaseRIdList, usedHistograms) where
3266
3267          * phaseRIdList is a list of random Id values for each phase
3268          * usedHistograms is a dict where the keys are the phase names
3269            and the values for each key are a list of the histogram names
3270            used in each phase.
3271        '''
3272        phaseRIdList = []
3273        usedHistograms = {}
3274        sub = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases')
3275        if sub:
3276            item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(sub)
3277            while item:
3278                phaseName = self.PatternTree.GetItemText(item)
3279                ranId = self.PatternTree.GetItemPyData(item).get('ranId')
3280                if ranId: phaseRIdList.append(ranId)
3281                data = self.PatternTree.GetItemPyData(item)
3282                UseList = data['Histograms']
3283                usedHistograms[phaseName] = UseList.keys()
3284                item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(sub, cookie)
3285        return phaseRIdList,usedHistograms
3286
3287    def GetPhaseNames(self):
3288        '''Returns a list of defined phases.
3289        Note routine :func:`GSASIIstrIO.GetPhaseNames` also exists to
3290        get same info from GPX file.
3291        '''
3292        phaseNames = []
3293        if G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases'):
3294            sub = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases')
3295        else:
3296            print 'no phases found in GetPhaseNames'
3297            sub = None
3298        if sub:
3299            item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(sub)
3300            while item:
3301                phase = self.PatternTree.GetItemText(item)
3302                phaseNames.append(phase)
3303                item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(sub, cookie)
3304        return phaseNames
3305   
3306    def GetHistogramNames(self,hType):
3307        """ Returns a list of histogram names found in the GSASII data tree
3308        Note routine :func:`GSASIIstrIO.GetHistogramNames` also exists to
3309        get same info from GPX file.
3310       
3311        :param str hType: list of histogram types
3312        :return: list of histogram names
3313       
3314        """
3315        HistogramNames = []
3316        if self.PatternTree.GetCount():
3317            item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
3318            while item:
3319                name = self.PatternTree.GetItemText(item)
3320                if name[:4] in hType:
3321                    HistogramNames.append(name)       
3322                item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)               
3323
3324        return HistogramNames
3325                   
3326    def GetUsedHistogramsAndPhasesfromTree(self):
3327        ''' Returns all histograms that are found in any phase
3328        and any phase that uses a histogram.
3329        This also assigns numbers to used phases and histograms by the
3330        order they appear in the file.
3331        Note routine :func:`GSASIIstrIO.GetUsedHistogramsAndPhasesfromTree` also exists to
3332        get same info from GPX file.
3333
3334        :returns: (Histograms,Phases)
3335
3336            * Histograms = dictionary of histograms as {name:data,...}
3337            * Phases = dictionary of phases that use histograms
3338        '''
3339        Histograms = {}
3340        Phases = {}
3341        phaseNames = self.GetPhaseNames()
3342        phaseData = self.GetPhaseData()
3343        histoList = self.GetHistogramNames(['PWDR','HKLF'])
3344
3345        for phase in phaseData:
3346            Phase = phaseData[phase]
3347            pId = phaseNames.index(phase)
3348            Phase['pId'] = pId
3349            if Phase['Histograms']:
3350                if phase not in Phases:
3351                    Phases[phase] = Phase
3352                for hist in Phase['Histograms']:
3353                    if 'Use' not in Phase['Histograms'][hist]:      #patch: add Use flag as True
3354                        Phase['Histograms'][hist]['Use'] = True         
3355                    if hist not in Histograms and Phase['Histograms'][hist]['Use']:
3356                        item = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,hist)
3357                        if item:
3358                            if 'PWDR' in hist[:4]: 
3359                                Histograms[hist] = self.GetPWDRdatafromTree(item)
3360                            elif 'HKLF' in hist[:4]:
3361                                Histograms[hist] = self.GetHKLFdatafromTree(item)
3362                            hId = histoList.index(hist)
3363                            Histograms[hist]['hId'] = hId
3364                        else: # would happen if a referenced histogram were renamed or deleted
3365                            print('For phase "'+str(phase)+
3366                                  '" unresolved reference to histogram "'+str(hist)+'"')
3367        #G2obj.IndexAllIds(Histograms=Histograms,Phases=Phases)
3368        G2obj.IndexAllIds(Histograms=Histograms,Phases=phaseData)
3369        return Histograms,Phases
3370       
3371    def MakeLSParmDict(self):
3372        '''Load all parameters used for computation from the tree into a
3373        dict of paired values [value, refine flag]. Note that this is
3374        different than the parmDict used in the refinement, which only has
3375        values.
3376
3377        Note that similar things are done in
3378        :meth:`GSASIIIO.ExportBaseclass.loadParmDict` (from the tree) and
3379        :func:`GSASIIstrMain.Refine` and :func:`GSASIIstrMain.SeqRefine` (from
3380        a GPX file).
3381
3382        :returns: (parmDict,varyList) where:
3383
3384         * parmDict is a dict with values and refinement flags
3385           for each parameter and
3386         * varyList is a list of variables (refined parameters).
3387        '''
3388        parmDict = {}
3389        Histograms,Phases = self.GetUsedHistogramsAndPhasesfromTree()
3390        for phase in Phases:
3391            if 'pId' not in Phases[phase]:
3392                self.ErrorDialog('View parameter error','You must run least squares at least once')
3393                raise Exception,'No pId for phase '+str(phase)
3394        rigidbodyDict = self.PatternTree.GetItemPyData(   
3395            G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Rigid bodies'))
3396        rbVary,rbDict = G2stIO.GetRigidBodyModels(rigidbodyDict,Print=False)
3397        rbIds = rigidbodyDict.get('RBIds',{'Vector':[],'Residue':[]})
3398        Natoms,atomIndx,phaseVary,phaseDict,pawleyLookup,FFtable,BLtable,maxSSwave = G2stIO.GetPhaseData(Phases,RestraintDict=None,rbIds=rbIds,Print=False)       
3399        hapVary,hapDict,controlDict = G2stIO.GetHistogramPhaseData(Phases,Histograms,Print=False)
3400        histVary,histDict,controlDict = G2stIO.GetHistogramData(Histograms,Print=False)
3401        varyList = rbVary+phaseVary+hapVary+histVary
3402        parmDict.update(rbDict)
3403        parmDict.update(phaseDict)
3404        parmDict.update(hapDict)
3405        parmDict.update(histDict)
3406        for parm in parmDict:
3407            if parm.split(':')[-1] in ['Azimuth','Gonio. radius','Lam1','Lam2',
3408                'Omega','Chi','Phi','nDebye','nPeaks']:
3409                parmDict[parm] = [parmDict[parm],'-']
3410            elif parm.split(':')[-2] in ['Ax','Ay','Az','SHmodel','SHord']:
3411                parmDict[parm] = [parmDict[parm],'-']
3412            elif parm in varyList:
3413                parmDict[parm] = [parmDict[parm],'T']
3414            else:
3415                parmDict[parm] = [parmDict[parm],'F']
3416        # for i in parmDict: print i,'\t',parmDict[i]
3417        # fl = open('parmDict.dat','wb')
3418        # import cPickle
3419        # cPickle.dump(parmDict,fl,1)
3420        # fl.close()
3421        return parmDict,varyList
3422
3423    def ShowLSParms(self,event):
3424        '''Displays a window showing all parameters in the refinement.
3425        Called from the Calculate/View LS Parms menu.
3426        '''
3427        parmDict,varyList = self.MakeLSParmDict()
3428        parmValDict = {}
3429        for i in parmDict:
3430            parmValDict[i] = parmDict[i][0]
3431           
3432        reqVaryList = tuple(varyList) # save requested variables
3433        try:
3434            # process constraints
3435            sub = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Constraints') 
3436            Constraints = self.PatternTree.GetItemPyData(sub)
3437            constList = []
3438            for item in Constraints:
3439                if item.startswith('_'): continue
3440                constList += Constraints[item]
3441            G2mv.InitVars()
3442            constrDict,fixedList,ignored = G2stIO.ProcessConstraints(constList)
3443            groups,parmlist = G2mv.GroupConstraints(constrDict)
3444            G2mv.GenerateConstraints(groups,parmlist,varyList,constrDict,fixedList,parmValDict)
3445            G2mv.Map2Dict(parmValDict,varyList)
3446        except:
3447            pass
3448        dlg = G2gd.ShowLSParms(self,'Least Squares Parameters',parmValDict,varyList,reqVaryList)
3449        dlg.ShowModal()
3450        dlg.Destroy()
3451       
3452    def OnRefine(self,event):
3453        '''Perform a refinement.
3454        Called from the Calculate/Refine menu.
3455        '''       
3456        Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Sequential results')
3457        if Id:
3458            dlg = wx.MessageDialog(
3459                self,
3460                'Your last refinement was sequential. Continue with "Refine", removing previous sequential results?',
3461                'Remove sequential results?',wx.OK|wx.CANCEL)
3462            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
3463                self.PatternTree.Delete(Id)
3464                dlg.Destroy()
3465            else:
3466                dlg.Destroy()
3467                return
3468
3469        self.OnFileSave(event)
3470        # check that constraints are OK here
3471        errmsg, warnmsg = G2stIO.CheckConstraints(self.GSASprojectfile)
3472        if errmsg:
3473            print('Error in constraints:\n'+errmsg+
3474                  '\nRefinement not possible')
3475            self.ErrorDialog('Constraint Error',
3476                             'Error in constraints:\n'+errmsg+
3477                             '\nRefinement not possible')
3478            return
3479        if warnmsg:
3480            print('Conflict between refinment flag settings and constraints:\n'+
3481                  warnmsg+'\nRefinement not possible')
3482            self.ErrorDialog('Refinement Flag Error',
3483                             'Conflict between refinment flag settings and constraints:\n'+
3484                             warnmsg+
3485                             '\nRefinement not possible')
3486            return
3487        #works - but it'd be better if it could restore plots
3488        dlg = wx.ProgressDialog('Residual','All data Rw =',101.0, 
3489            style = wx.PD_ELAPSED_TIME|wx.PD_AUTO_HIDE|wx.PD_CAN_ABORT,
3490            parent=self)
3491        Size = dlg.GetSize()
3492        if 50 < Size[0] < 500: # sanity check on size, since this fails w/Win & wx3.0
3493            dlg.SetSize((int(Size[0]*1.2),Size[1])) # increase size a bit along x
3494        dlg.CenterOnParent()
3495        Rw = 100.00
3496        try:
3497            Rw = G2stMn.Refine(self.GSASprojectfile,dlg)
3498        finally:
3499            dlg.Update(101.) # forces the Auto_Hide; needed after move w/Win & wx3.0
3500            dlg.Destroy()
3501            wx.Yield()
3502        oldId =  self.PatternTree.GetSelection()        #retain current selection
3503        parentName = ''
3504        if type(oldId) is int:  #nothing had been selected!
3505            oldName = self.PatternTree.GetItemText(oldId)
3506            parentId = self.PatternTree.GetItemParent(oldId)
3507            if parentId:
3508                parentName = self.PatternTree.GetItemText(parentId)     #find the current data tree name
3509        dlg2 = wx.MessageDialog(self,'Load new result?','Refinement results, Rw =%.3f'%(Rw),wx.OK|wx.CANCEL)
3510        try:
3511            if dlg2.ShowModal() == wx.ID_OK:
3512                Id = 0
3513                self.PatternTree.DeleteChildren(self.root)
3514                if self.HKL: self.HKL = []
3515                if self.G2plotNB.plotList:
3516                    self.G2plotNB.clear()
3517                G2IO.ProjFileOpen(self)
3518                item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
3519                while item and not Id:
3520                    name = self.PatternTree.GetItemText(item)
3521                    if name[:4] in ['PWDR','HKLF']:
3522                        Id = item
3523                    item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)               
3524                if Id:
3525                    self.PatternTree.SelectItem(Id)
3526                if parentName:
3527                    parentId = G2gd.GetPatternTreeItemId(self, self.root, parentName)
3528                    if parentId:
3529                        itemId = G2gd.GetPatternTreeItemId(self, parentId, oldName)
3530                    else:
3531                        itemId = G2gd.GetPatternTreeItemId(self, self.root, oldName)
3532                    self.PatternTree.SelectItem(itemId)
3533        finally:
3534            dlg2.Destroy()
3535
3536    def OnSeqRefine(self,event):
3537        '''Perform a sequential refinement.
3538        Called from the Calculate/Sequential refine menu.
3539        '''       
3540        Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Sequential results')
3541        if not Id:
3542            Id = self.PatternTree.AppendItem(self.root,text='Sequential results')
3543            self.PatternTree.SetItemPyData(Id,{})           
3544        Controls = self.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root, 'Controls'))
3545        Controls['ShowCell'] = True
3546        self.OnFileSave(event)
3547        # check that constraints are OK here
3548        errmsg, warnmsg = G2stIO.CheckConstraints(self.GSASprojectfile)
3549        if errmsg:
3550            print('Error in constraints:\n'+errmsg+
3551                  '\nRefinement not possible')
3552            self.ErrorDialog('Constraint Error',
3553                             'Error in constraints:\n'+errmsg+
3554                             '\nRefinement not possible')
3555            return
3556        if warnmsg:
3557            print('Conflict between refinment flag settings and constraints:\n'+
3558                  warnmsg+'\nRefinement not possible')
3559            self.ErrorDialog('Refinement Flag Error',
3560                             'Conflict between refinment flag settings and constraints:\n'+
3561                             warnmsg+'\nRefinement not possible')
3562            return
3563        dlg = wx.ProgressDialog('Residual for histogram 0','Powder profile Rwp =',101.0, 
3564            style = wx.PD_ELAPSED_TIME|wx.PD_AUTO_HIDE|wx.PD_CAN_ABORT,
3565            parent=self)           
3566        Size = dlg.GetSize()
3567        if 50 < Size[0] < 500: # sanity check on size, since this fails w/Win & wx3.0
3568            dlg.SetSize((int(Size[0]*1.2),Size[1])) # increase size a bit along x
3569        dlg.CenterOnParent()
3570        try:
3571            OK,Msg = G2stMn.SeqRefine(self.GSASprojectfile,dlg)
3572        finally:
3573            dlg.Update(101.) # forces the Auto_Hide; needed after move w/Win & wx3.0
3574            dlg.Destroy()
3575            wx.Yield()
3576        if OK:
3577            dlg = wx.MessageDialog(self,'Load new result?','Refinement results',wx.OK|wx.CANCEL)
3578            try:
3579                if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
3580                    Id = 0
3581                    self.PatternTree.DeleteChildren(self.root)
3582                    if self.HKL: self.HKL = []
3583                    if self.G2plotNB.plotList:
3584                        self.G2plotNB.clear()
3585                    G2IO.ProjFileOpen(self)
3586                    Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Sequential results')
3587                    self.PatternTree.SelectItem(Id)
3588   
3589            finally:
3590                dlg.Destroy()
3591        else:
3592            self.ErrorDialog('Sequential refinement error',Msg)
3593       
3594    def ErrorDialog(self,title,message,parent=None, wtype=wx.OK):
3595        'Display an error message'
3596        result = None
3597        if parent is None:
3598            dlg = wx.MessageDialog(self, message, title,  wtype)
3599        else:
3600            dlg = wx.MessageDialog(parent, message, title,  wtype)
3601            dlg.CenterOnParent() # not working on Mac
3602        try:
3603            result = dlg.ShowModal()
3604        finally:
3605            dlg.Destroy()
3606        return result
3607
3608class GSASIImain(wx.App):
3609    '''Defines a wxApp for GSAS-II
3610
3611    Creates a wx frame (self.main) which contains the display of the
3612    data tree.
3613    '''
3614    def OnInit(self):
3615        '''Called automatically when the app is created.'''
3616        if '2.7' not in sys.version[:5]:
3617            dlg = wx.MessageDialog(None, 
3618                'GSAS-II requires Python 2.7.x\n Yours is '+sys.version[:5],
3619                'Python version error',  wx.OK)
3620            try:
3621                result = dlg.ShowModal()
3622            finally:
3623                dlg.Destroy()
3624            sys.exit()
3625        self.main = GSASII(None)
3626        self.main.Show()
3627        self.SetTopWindow(self.main)
3628        # DEBUG: jump to sequential results
3629        #Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(self.main,self.main.root,'Sequential results')
3630        #self.main.PatternTree.SelectItem(Id)
3631        # end DEBUG
3632        return True
3633    # def MacOpenFile(self, filename):
3634    #     '''Called on Mac every time a file is dropped on the app when it is running,
3635    #     treat this like a File/Open project menu action.
3636    #     Should be ignored on other platforms
3637    #     '''
3638    #     # PATCH: Canopy 1.4 script main seems dropped on app; ignore .py files
3639    #     print 'MacOpen',filename
3640    #     if os.path.splitext(filename)[1] == '.py': return
3641    #     # end PATCH
3642    #     self.main.OnFileOpen(None,filename)
3643    # removed because this gets triggered when a file is on the command line in canopy 1.4 -- not likely used anyway
3644   
3645def main():
3646    '''Start up the GSAS-II application'''
3647    #application = GSASIImain() # don't redirect output, someday we
3648    # may want to do this if we can
3649    application = GSASIImain(0)
3650    if wxInspector:
3651        import wx.lib.inspection as wxeye
3652        wxeye.InspectionTool().Show()
3653
3654    #application.main.OnRefine(None)
3655    application.MainLoop()
3656   
3657if __name__ == '__main__':
3658    # print versions
3659    print "Python module versions loaded:"
3660    print "python:     ",sys.version[:5]
3661    print "wxpython:   ",wx.__version__
3662    print "matplotlib: ",mpl.__version__
3663    print "numpy:      ",np.__version__
3664    print "scipy:      ",sp.__version__
3665    print "OpenGL:     ",ogl.__version__
3666    try:
3667        from PIL import Image
3668        try:
3669            from PIL import PILLOW_VERSION
3670            version = PILLOW_VERSION
3671        except:
3672            version = Image.VERSION
3673        print "pillow:     ",version
3674    except ImportError:
3675        try:
3676            import Image
3677            print "Image (PIL):",Image.VERSION
3678        except ImportError:
3679            print "Image module not present; Note that PIL (Python Imaging Library) or pillow is needed for some image operations"
3680    try:
3681        import mkl
3682        print "Max threads ",mkl.get_max_threads()
3683    except:
3684        pass
3685    import platform
3686    print "Platform info:",sys.platform,platform.architecture()[0],platform.machine()
3687    #print "wxPython description",wx.PlatformInfo
3688    print "This is GSAS-II version:     ",__version__,' revision '+str(GSASIIpath.GetVersionNumber())
3689    GSASIIpath.InvokeDebugOpts()
3690    main() # start the GUI
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.