source: trunk/GSASII.py @ 1779

Last change on this file since 1779 was 1779, checked in by vondreele, 7 years ago

Add FWHM to exported peak lists
change default F2 refinement to False
Add histogram name to axial dist plots from DData

  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Date Author Revision URL Id
File size: 174.7 KB
Line 
1#!/usr/bin/env python
2# -*- coding: utf-8 -*-
3#GSASII
4########### SVN repository information ###################
5# $Date: 2015-04-06 20:45:25 +0000 (Mon, 06 Apr 2015) $
6# $Author: vondreele $
7# $Revision: 1779 $
8# $URL: trunk/GSASII.py $
9# $Id: GSASII.py 1779 2015-04-06 20:45:25Z vondreele $
10########### SVN repository information ###################
11'''
12*GSAS-II Main Module*
13=====================
14
15Main routines for the GSAS-II program
16'''
17
18import os
19import sys
20import math
21import copy
22import random as ran
23import time
24import copy
25import glob
26import imp
27import inspect
28import numpy as np
29import scipy as sp
30import wx
31import matplotlib as mpl
32try:
33    import OpenGL as ogl
34except ImportError:
35    print('*******************************************************')
36    print('PyOpenGL is missing from your python installation')
37    print('     - we will try to install it')
38    print('*******************************************************')
39    def install_with_easyinstall(package):
40        try: 
41            print "trying a system-wide PyOpenGl install"
42            easy_install.main(['-f',os.path.split(__file__)[0],package])
43            return
44        except:
45            pass
46        try: 
47            print "trying a user level PyOpenGl install"
48            easy_install.main(['-f',os.path.split(__file__)[0],'--user',package])
49            return
50        except:
51            print "Install of '+package+' failed. Please report this information:"
52            import traceback
53            print traceback.format_exc()
54            sys.exit()
55    from setuptools.command import easy_install
56    install_with_easyinstall('PyOpenGl')
57    print('*******************************************************')         
58    print('OpenGL has been installed. Restarting GSAS-II')
59    print('*******************************************************')         
60    loc = os.path.dirname(__file__)
61    import subprocess
62    subprocess.Popen([sys.executable,os.path.join(loc,'GSASII.py')])
63    sys.exit()
64   
65# load the GSAS routines
66import GSASIIpath
67GSASIIpath.SetVersionNumber("$Revision: 1779 $")
68import GSASIIIO as G2IO
69import GSASIIgrid as G2gd
70import GSASIIctrls as G2G
71import GSASIIplot as G2plt
72import GSASIIpwd as G2pwd
73import GSASIIpwdGUI as G2pdG
74import GSASIIspc as G2spc
75import GSASIIstrMain as G2stMn
76import GSASIIstrIO as G2stIO
77import GSASIImapvars as G2mv
78import GSASIIobj as G2obj
79import GSASIIlattice as G2lat
80import GSASIIlog as log
81
82#wx inspector - use as needed
83wxInspector = False
84
85__version__ = '0.2.0'
86
87# PATCH: for Mavericks (OS X 10.9.x), wx produces an annoying warning about LucidaGrandeUI.
88# In case stderr has been suppressed there, redirect python error output to stdout. Nobody
89# else should care much about this.
90sys.stderr = sys.stdout
91
92def create(parent):
93    return GSASII(parent)
94
95def SetDefaultDData(dType,histoName,NShkl=0,NDij=0):
96    if dType in ['SXC','SNC']:
97        return {'Histogram':histoName,'Show':False,'Scale':[1.0,True],
98            'Babinet':{'BabA':[0.0,False],'BabU':[0.0,False]},
99            'Extinction':['Lorentzian','None', {'Tbar':0.1,'Cos2TM':0.955,
100            'Eg':[1.e-10,False],'Es':[1.e-10,False],'Ep':[1.e-10,False]}]}
101    elif dType == 'SNT':
102        return {'Histogram':histoName,'Show':False,'Scale':[1.0,True],
103            'Babinet':{'BabA':[0.0,False],'BabU':[0.0,False]},
104            'Extinction':['Lorentzian','None', {
105            'Eg':[1.e-10,False],'Es':[1.e-10,False],'Ep':[1.e-10,False]}]}
106    elif 'P' in dType:
107        return {'Histogram':histoName,'Show':False,'Scale':[1.0,False],
108            'Pref.Ori.':['MD',1.0,False,[0,0,1],0,{},[],0.1],
109            'Size':['isotropic',[1.,1.,1.],[False,False,False],[0,0,1],
110                [1.,1.,1.,0.,0.,0.],6*[False,]],
111            'Mustrain':['isotropic',[1000.0,1000.0,1.0],[False,False,False],[0,0,1],
112                NShkl*[0.01,],NShkl*[False,]],
113            'HStrain':[NDij*[0.0,],NDij*[False,]],                         
114            'Extinction':[0.0,False],'Babinet':{'BabA':[0.0,False],'BabU':[0.0,False]}}
115
116class GSASII(wx.Frame):
117    '''Define the main GSAS-II frame and its associated menu items
118    '''
119    def MenuBinding(self,event):
120        '''Called when a menu is clicked upon; looks up the binding in table
121        '''
122        log.InvokeMenuCommand(event.GetId(),self,event)
123           
124    def Bind(self,eventtype,handler,*args,**kwargs):
125        '''Override the Bind function so that we can wrap calls that will be logged.
126       
127        N.B. This is a bit kludgy. Menu bindings with an id are wrapped and
128        menu bindings with an object and no id are not.
129        '''
130        if eventtype == wx.EVT_MENU and 'id' in kwargs:
131            menulabels = log.SaveMenuCommand(kwargs['id'],self,handler)
132            if menulabels:
133                wx.Frame.Bind(self,eventtype,self.MenuBinding,*args,**kwargs)
134                return
135        wx.Frame.Bind(self,eventtype,handler,*args,**kwargs)     
136   
137    def _Add_FileMenuItems(self, parent):
138        item = parent.Append(
139            help='Open a GSAS-II project file (*.gpx)', id=wx.ID_ANY,
140            kind=wx.ITEM_NORMAL,text='&Open project...')
141        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnFileOpen, id=item.GetId())
142        item = parent.Append(
143            help='Save project under current name', id=wx.ID_ANY,
144            kind=wx.ITEM_NORMAL,text='&Save project')
145        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnFileSave, id=item.GetId())
146        item = parent.Append(
147            help='Save current project to new file', id=wx.ID_ANY,
148            kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Save project as...')
149        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnFileSaveas, id=item.GetId())
150        item = parent.Append(
151            help='Create empty new project, saving current is optional', id=wx.ID_ANY,
152            kind=wx.ITEM_NORMAL,text='&New project')
153        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnFileClose, id=item.GetId())
154        item = parent.Append(
155            help='Exit from GSAS-II', id=wx.ID_ANY,
156            kind=wx.ITEM_NORMAL,text='&Exit')
157        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnFileExit, id=item.GetId())
158       
159    def _Add_DataMenuItems(self,parent):
160        item = parent.Append(
161            help='',id=wx.ID_ANY,
162            kind=wx.ITEM_NORMAL,
163            text='Read image data...')
164        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnImageRead, id=item.GetId())
165        item = parent.Append(
166            help='',id=wx.ID_ANY,
167            kind=wx.ITEM_NORMAL,
168            text='Read Powder Pattern Peaks...')
169        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnReadPowderPeaks, id=item.GetId())
170        item = parent.Append(
171            help='',id=wx.ID_ANY,
172            kind=wx.ITEM_NORMAL,
173            text='Sum powder data')
174        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnPwdrSum, id=item.GetId())
175        item = parent.Append(
176            help='',id=wx.ID_ANY,
177            kind=wx.ITEM_NORMAL,
178            text='Sum image data')
179        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnImageSum, id=item.GetId())
180        item = parent.Append(
181            help='',id=wx.ID_ANY,
182            kind=wx.ITEM_NORMAL,
183            text='Add phase')
184        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnAddPhase, id=item.GetId())
185        item = parent.Append(
186            help='',id=wx.ID_ANY,
187            kind=wx.ITEM_NORMAL,
188            text='Delete phase')
189        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnDeletePhase, id=item.GetId())
190        item = parent.Append(
191            help='',id=wx.ID_ANY,
192            kind=wx.ITEM_NORMAL,
193            text='Rename data') 
194        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnRenameData, id=item.GetId())
195        item = parent.Append(
196            help='',id=wx.ID_ANY,
197            kind=wx.ITEM_NORMAL,
198            text='Delete data')
199        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnDataDelete, id=item.GetId())
200               
201    def _Add_CalculateMenuItems(self,parent):
202        item = parent.Append(help='Make new PDFs from selected powder patterns', 
203            id=wx.ID_ANY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Make new PDFs')
204        self.MakePDF.append(item)
205#        item.Enable(False)
206        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnMakePDFs, id=item.GetId())
207       
208        item = parent.Append(help='View least squares parameters', 
209            id=wx.ID_ANY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='&View LS parms')
210        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.ShowLSParms, id=item.GetId())
211       
212        item = parent.Append(help='', id=wx.ID_ANY, kind=wx.ITEM_NORMAL,
213            text='&Refine')
214        if len(self.Refine): # extend state for new menus to match main (on mac)
215            state = self.Refine[0].IsEnabled()
216        else:
217            state = False
218        item.Enable(state)
219        self.Refine.append(item)
220        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnRefine, id=item.GetId())
221       
222        item = parent.Append(help='', id=wx.ID_ANY, kind=wx.ITEM_NORMAL,
223            text='Sequential refine')
224        if len(self.SeqRefine): # extend state for new menus to match main (on mac)
225            state = self.SeqRefine[0].IsEnabled()
226        else:
227            state = False
228        item.Enable(state)
229        self.SeqRefine.append(item) # save menu obj for use in self.EnableSeqRefineMenu
230        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnSeqRefine, id=item.GetId())
231       
232    def _init_Imports(self):
233        '''import all the G2phase*.py & G2sfact*.py & G2pwd*.py files that
234        are found in the path
235        '''
236
237        self.ImportPhaseReaderlist = []
238        self._init_Import_routines('phase',self.ImportPhaseReaderlist,'Phase')
239        self.ImportSfactReaderlist = []
240        self._init_Import_routines('sfact',self.ImportSfactReaderlist,'Struct_Factor')
241        self.ImportPowderReaderlist = []
242        self._init_Import_routines('pwd',self.ImportPowderReaderlist,'Powder_Data')
243        self.ImportSmallAngleReaderlist = []
244        self._init_Import_routines('sad',self.ImportSmallAngleReaderlist,'SmallAngle_Data')
245        self.ImportMenuId = {}
246
247    def _init_Import_routines(self,prefix,readerlist,errprefix):
248        '''import all the import readers matching the prefix
249        '''
250        #path2GSAS2 = os.path.dirname(os.path.realpath(__file__)) # location of this file
251        #pathlist = sys.path[:]
252        #if path2GSAS2 not in pathlist: pathlist.append(path2GSAS2)
253        #path2GSAS2 = os.path.join(
254        #    os.path.dirname(os.path.realpath(__file__)), # location of this file
255        #    'imports')
256        pathlist = sys.path[:]
257        #if path2GSAS2 not in pathlist: pathlist.append(path2GSAS2)
258        if '.' not in pathlist: pathlist.append('.') # insert the directory where G2 is started
259
260        filelist = []
261        for path in pathlist:
262            for filename in glob.iglob(os.path.join(
263                path,
264                "G2"+prefix+"*.py")):
265                filelist.append(filename)   
266                #print 'debug: found',filename
267        filelist = sorted(list(set(filelist))) # remove duplicates
268        for filename in filelist:
269            path,rootname = os.path.split(filename)
270            pkg = os.path.splitext(rootname)[0]
271            try:
272                fp = None
273                fp, fppath,desc = imp.find_module(pkg,[path,])
274                pkg = imp.load_module(pkg,fp,fppath,desc)
275                for clss in inspect.getmembers(pkg): # find classes defined in package
276                    if clss[0].startswith('_'): continue
277                    if inspect.isclass(clss[1]):
278                        # check if we have the required methods
279                        for m in 'Reader','ExtensionValidator','ContentsValidator':
280                            if not hasattr(clss[1],m): break
281                            if not callable(getattr(clss[1],m)): break
282                        else:
283                            reader = clss[1]() # create an import instance
284                            readerlist.append(reader)
285            except AttributeError:
286                print 'Import_'+errprefix+': Attribute Error '+str(filename)
287                pass
288            except ImportError:
289                print 'Import_'+errprefix+': Error importing file '+str(filename)
290                pass
291            if fp: fp.close()
292
293    def EnableSeqRefineMenu(self):
294        '''Enable or disable the sequential refinement menu items based on the
295        contents of the Controls 'Seq Data' item (if present)
296        '''
297        controls = self.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root, 'Controls'))
298        if controls.get('Seq Data'):
299            for i in self.SeqRefine: i.Enable(True)
300        else:
301            for i in self.SeqRefine: i.Enable(False)
302
303    def OnImportGeneric(self,reader,readerlist,label,multiple=False,usedRanIdList=[]):
304        '''Used to import Phases, powder dataset or single
305        crystal datasets (structure factor tables) using reader objects
306        subclassed from :class:`GSASIIIO.ImportPhase`, :class:`GSASIIIO.ImportStructFactor`
307        or :class:`GSASIIIO.ImportPowderData`. If a reader is specified, only
308        that will be attempted, but if no reader is specified, every one
309        that is potentially compatible (by file extension) will
310        be tried on the selected file(s).
311
312        :param readerobject reader: This will be a reference to
313          a particular object to be used to read a file or None,
314          if every appropriate reader should be used.
315
316        :param list readerlist: a list of reader objects appropriate for
317          the current read attempt. At present, this will be either
318          self.ImportPhaseReaderlist, self.ImportSfactReaderlist or
319          self.ImportPowderReaderlist (defined in _init_Imports from
320          the files found in the path), but in theory this list could
321          be tailored. Used only when reader is None.
322
323        :param str label: string to place on the open file dialog:
324          Open `label` input file
325
326        :param bool multiple: True if multiple files can be selected
327          in the file dialog. False is default. At present True is used
328          only for reading of powder data.
329
330        :param list usedRanIdList: an optional list of random Ids that
331          have been used and should not be reused
332
333        :returns: a list of reader objects (rd_list) that were able
334          to read the specified file(s). This list may be empty.
335        '''
336        self.lastimport = ''
337        self.zipfile = None
338        singlereader = True
339        if reader is None:
340            singlereader = False
341            multiple = False
342            #print "use all formats"
343            choices = "any file (*.*)|*.*"
344            choices += "|zip archive (.zip)|*.zip"
345            extdict = {}
346            # compile a list of allowed extensions
347            for rd in readerlist:
348                fmt = rd.formatName
349                for extn in rd.extensionlist:
350                    if not extdict.get(extn): extdict[extn] = []
351                    extdict[extn] += [fmt,]
352            for extn in sorted(extdict.keys(),cmp=lambda x,y: cmp(x.lower(), y.lower())):
353                fmt = ''
354                for f in extdict[extn]:
355                    if fmt != "": fmt += ', '
356                    fmt += f
357                choices += "|" + fmt + " file (*" + extn + ")|*" + extn
358        else:
359            readerlist = [reader,]
360            # compile a list of allowed extensions
361            choices = reader.formatName + " file ("
362            w = ""
363            for extn in reader.extensionlist:
364                if w != "": w += ";"
365                w += "*" + extn
366            choices += w + ")|" + w
367            choices += "|zip archive (.zip)|*.zip"
368            if not reader.strictExtension:
369                choices += "|any file (*.*)|*.*"
370        # get the file(s) (probably should remove wx.CHANGE_DIR here)
371        if multiple:
372            mode = style=wx.OPEN | wx.CHANGE_DIR | wx.MULTIPLE
373        else:
374            mode = style=wx.OPEN | wx.CHANGE_DIR
375        filelist = self.GetImportFile(message="Choose "+label+" input file",
376                    defaultFile="",wildcard=choices, style=mode)
377        rd_list = []
378        filelist1 = []
379        for filename in filelist:
380            # is this a zip file?
381            if os.path.splitext(filename)[1].lower() == '.zip':
382                extractedfiles = G2IO.ExtractFileFromZip(
383                    filename,parent=self,
384                    multipleselect=True)
385                if extractedfiles is None: continue # error or Cancel
386                if extractedfiles != filename:
387                    self.zipfile = filename # save zip name
388                    filelist1 += extractedfiles
389                    continue
390            filelist1.append(filename)
391        filelist = filelist1
392        for filename in filelist:
393            # is this a zip file?
394            if os.path.splitext(filename)[1].lower() == '.zip':
395                extractedfile = G2IO.ExtractFileFromZip(filename,parent=self)
396                if extractedfile is None: continue # error or Cancel
397                if extractedfile != filename:
398                    filename,self.zipfile = extractedfile,filename # now use the file that was created
399            # set what formats are compatible with this file
400            primaryReaders = []
401            secondaryReaders = []
402            for rd in readerlist:
403                flag = rd.ExtensionValidator(filename)
404                if flag is None: 
405                    secondaryReaders.append(rd)
406                elif flag:
407                    primaryReaders.append(rd)
408            if len(secondaryReaders) + len(primaryReaders) == 0:
409                self.ErrorDialog('No Format','No matching format for file '+filename)
410                return []
411
412            fp = None
413            msg = ''
414            try:
415                fp = open(filename,'Ur')
416                if len(filelist) == 1:
417                    # confirm we have the right file
418                    rdmsg = 'File '+str(filename)+' begins:\n\n'
419                    for i in range(3):
420                        rdmsg += fp.readline()
421                    rdmsg += '\n\nDo you want to read this file?'
422                    if not all([ord(c) < 128 and ord(c) != 0 for c in rdmsg]): # show only if ASCII
423                        rdmsg = 'File '+str(
424                            filename)+' is a binary file. Do you want to read this file?'
425                    result = wx.ID_NO
426                    # it would be better to use something that
427                    # would resize better, but this will do for now
428                    dlg = wx.MessageDialog(
429                        self, rdmsg,
430                        'Is this the file you want?', 
431                        wx.YES_NO | wx.ICON_QUESTION,
432                        )
433                    dlg.SetSize((700,300)) # does not resize on Mac
434                    try:
435                        result = dlg.ShowModal()
436                    finally:
437                        dlg.Destroy()
438                    if result == wx.ID_NO: return []
439                           
440                self.lastimport = filename # this is probably not what I want to do -- it saves only the
441                # last name in a series. See rd.readfilename for a better name.
442               
443                # try the file first with Readers that specify the
444                # file's extension and later with ones that merely allow it
445                errorReport = ''
446                for rd in primaryReaders+secondaryReaders:
447                    rd.ReInitialize() # purge anything from a previous read
448                    fp.seek(0)  # rewind
449                    rd.errors = "" # clear out any old errors
450                    if not rd.ContentsValidator(fp): # rejected on cursory check
451                        errorReport += "\n  "+rd.formatName + ' validator error'
452                        if rd.errors: 
453                            errorReport += ': '+rd.errors
454                        continue 
455                    repeat = True
456                    rdbuffer = {} # create temporary storage for file reader
457                    block = 0
458                    while repeat: # loop if the reader asks for another pass on the file
459                        block += 1
460                        repeat = False
461                        fp.seek(0)  # rewind
462                        rd.objname = os.path.basename(filename)
463                        flag = False
464                        try:
465                            flag = rd.Reader(filename,fp,self,
466                                             buffer=rdbuffer,
467                                             blocknum=block,
468                                             usedRanIdList=usedRanIdList,
469                                             )
470                        except rd.ImportException as detail:
471                            rd.errors += "\n  Read exception: "+str(detail)
472                        except Exception as detail:
473                            import traceback
474                            rd.errors += "\n  Unhandled read exception: "+str(detail)
475                            rd.errors += "\n  Traceback info:\n"+str(traceback.format_exc())
476                        if flag: # this read succeeded
477                            rd.readfilename = filename
478                            rd_list.append(copy.deepcopy(rd)) # save the result before it is written over
479                            if rd.repeat:
480                                repeat = True
481                            continue
482                        errorReport += '\n'+rd.formatName + ' read error'
483                        if rd.errors:
484                            errorReport += ': '+rd.errors
485                    if rd_list: # read succeeded, was there a warning or any errors?
486                        if rd.warnings:
487                            self.ErrorDialog('Read Warning','The '+ rd.formatName+
488                                             ' reader reported a warning message:\n\n'+
489                                             rd.warnings)
490                        break # success in reading, try no further
491                else:
492                    if singlereader:
493                        self.ErrorDialog('Read Error','The '+ rd.formatName+
494                                         ' reader was not able to read file '+filename+msg+
495                                         '\n\nError message(s):\n'+errorReport
496                                         )
497                    else:
498                        self.ErrorDialog('Read Error','No reader was able to read file '+filename+msg+
499                                         '\n\nError messages:\n'+errorReport
500                                         )
501            except:
502                import traceback
503                print traceback.format_exc()
504                self.ErrorDialog('Open Error','Unexpected error trying to open or read file '+filename)
505            if fp: fp.close()
506        return rd_list
507
508    def _Add_ImportMenu_Phase(self,parent):
509        '''configure the Import Phase menus accord to the readers found in _init_Imports
510        '''
511        submenu = wx.Menu()
512        item = parent.AppendMenu(wx.ID_ANY, 'Phase',
513            submenu, help='Import phase data')
514        for reader in self.ImportPhaseReaderlist:
515            item = submenu.Append(wx.ID_ANY,help=reader.longFormatName,
516                kind=wx.ITEM_NORMAL,text='from '+reader.formatName+' file')
517            self.ImportMenuId[item.GetId()] = reader
518            self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnImportPhase, id=item.GetId())
519        item = submenu.Append(wx.ID_ANY,
520                              help='Import phase data, use file to try to determine format',
521                              kind=wx.ITEM_NORMAL,
522                              text='guess format from file')
523        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnImportPhase, id=item.GetId())
524
525    def GetImportFile(self, message, defaultDir="", defaultFile="", style=wx.OPEN,
526                      *args, **kwargs):
527        '''Defines a customized dialog that gets gets files from the appropriate
528        Import directory (unless overridden with defaultDir). The default
529        import directory is found in self.ImportDir, which will be set to
530        the location of the (first) file entered in this dialog.
531           
532        :returns: a list of files or an empty list
533        '''
534        dlg = wx.FileDialog(self, message, defaultDir, defaultFile, *args,
535                            style=style, **kwargs)
536        if not defaultDir and self.ImportDir:
537            dlg.SetDirectory(self.ImportDir)
538        try:
539            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
540                if style & wx.MULTIPLE:
541                    filelist = dlg.GetPaths()
542                    if len(filelist) == 0: return []
543                else:
544                    filelist = [dlg.GetPath(),]
545                # not sure if we want to do this (why use wx.CHANGE_DIR?)
546                if style & wx.CHANGE_DIR: # to get Mac/Linux to change directory like windows!
547                    os.chdir(dlg.GetDirectory())
548                if not defaultDir and self.ImportDir: # if we are using a default and
549                    # user moved, save the new location
550                    self.ImportDir = os.path.split(filelist[0])[0]
551                    #print 'default moved to',self.ImportDir               
552            else: # cancel was pressed
553                return []
554        finally:
555            dlg.Destroy()
556        return filelist
557           
558    def OnImportPhase(self,event):
559        '''Called in response to an Import/Phase/... menu item
560        to read phase information.
561        dict self.ImportMenuId is used to look up the specific
562        reader item associated with the menu item, which will be
563        None for the last menu item, which is the "guess" option
564        where all appropriate formats will be tried.
565        '''
566        # look up which format was requested
567        reqrdr = self.ImportMenuId.get(event.GetId())
568       
569        # make a list of phase names, ranId's and the histograms used in those phases
570        phaseRIdList,usedHistograms = self.GetPhaseInfofromTree()
571        phaseNameList = usedHistograms.keys() # phase names in use
572        usedHKLFhists = [] # used single-crystal histograms
573        for p in usedHistograms:
574            for h in usedHistograms[p]:
575                if h.startswith('HKLF ') and h not in usedHKLFhists:
576                    usedHKLFhists.append(h)
577        rdlist = self.OnImportGeneric(reqrdr,
578                                  self.ImportPhaseReaderlist,
579                                  'phase',usedRanIdList=phaseRIdList)
580        if len(rdlist) == 0: return
581        # for now rdlist is only expected to have one element
582        # but below will allow multiple phases to be imported
583        # if ever the import routines ever implement multiple phase reads.
584        self.CheckNotebook()
585        newPhaseList = []
586        for rd in rdlist:
587            PhaseName = ''
588            dlg = wx.TextEntryDialog( # allow editing of phase name
589                                    self, 'Enter the name for the new phase',
590                                    'Edit phase name', rd.Phase['General']['Name'],
591                                    style=wx.OK)
592            while PhaseName == '':
593                dlg.CenterOnParent()
594                if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
595                    PhaseName = dlg.GetValue().strip()
596                else:
597                    dlg.Destroy()
598                    return
599            dlg.Destroy()
600            # make new phase names unique
601            rd.Phase['General']['Name'] = G2obj.MakeUniqueLabel(PhaseName,phaseNameList)
602            PhaseName = rd.Phase['General']['Name'][:]
603            newPhaseList.append(PhaseName)
604            print 'Read phase '+str(PhaseName)+' from file '+str(self.lastimport)
605            if not G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases'):
606                sub = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text='Phases')
607            else:
608                sub = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases')
609            psub = self.PatternTree.AppendItem(parent=sub,text=PhaseName)
610            self.PatternTree.SetItemPyData(psub,rd.Phase)
611            self.PatternTree.Expand(self.root) # make sure phases are seen
612            self.PatternTree.Expand(sub) 
613            self.PatternTree.Expand(psub)
614            self.PatternTree.SelectItem(psub) # show the page to complete the initialization (yuk!)
615            wx.Yield() # make sure call of GSASII.OnPatternTreeSelChanged happens before we go on
616
617            if rd.Constraints:
618                sub = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Constraints') # was created in CheckNotebook if needed
619                Constraints = self.PatternTree.GetItemPyData(sub)               
620                # TODO: make sure that NEWVAR names are unique here?
621                for i in rd.Constraints:
622                    if type(i) is dict:
623                        #for j in i: print j,' --> ',i[j]
624                        if '_Explain' not in Constraints: Constraints['_Explain'] = {}
625                        Constraints['_Explain'].update(i)
626                        continue
627                    Constraints['Phase'].append(i)
628        if not newPhaseList: return # somehow, no new phases
629        # get a list of existing histograms
630        PWDRlist = []
631        HKLFlist = []
632        if self.PatternTree.GetCount():
633            item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
634            while item:
635                name = self.PatternTree.GetItemText(item)
636                if name.startswith('PWDR ') and name not in PWDRlist:
637                    PWDRlist.append(name)
638                if name.startswith('HKLF ') and name not in HKLFlist:
639                    HKLFlist.append(name)
640                item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)
641        TextList = PWDRlist + HKLFlist
642        if not len(TextList): return # no data loaded yet
643        header = 'Select histogram(s) to add to new phase(s):'
644        for phaseName in newPhaseList:
645            header += '\n  '+str(phaseName)
646
647        notOK = True
648        while notOK:
649            result = G2gd.ItemSelector(TextList,self,header,header='Add histogram(s)',multiple=True)
650            if not result: return
651            # check that selected single crystal histograms are not already in use!
652            used = [TextList[i] for i in result if TextList[i] in usedHKLFhists]
653            #for i in result:
654            #    if TextList[i] in usedHKLFhists: used.append(TextList[i])
655            if used:
656                msg = 'The following single crystal histogram(s) are already in use'
657                for i in used:
658                    msg += '\n  '+str(i)
659                msg += '\nAre you sure you want to add them to this phase? '
660                msg += 'Associating a single crystal dataset to >1 histogram is usually an error, '
661                msg += 'so No is suggested here.'
662                if self.ErrorDialog('Likely error',msg,self,wtype=wx.YES_NO) == wx.ID_YES: notOK = False
663            else:
664                notOK = False
665        # connect new phases to histograms
666        sub = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases')
667        if not sub:
668            raise Exception('ERROR -- why are there no phases here?')
669        wx.BeginBusyCursor()
670        item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(sub)
671        while item: # loop over (new) phases
672            phaseName = self.PatternTree.GetItemText(item)
673            data = self.PatternTree.GetItemPyData(item)
674            item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(sub, cookie)
675            if phaseName not in newPhaseList: continue
676            generalData = data['General']
677            SGData = generalData['SGData']
678            Super = generalData.get('Super',0)
679            SuperVec = []
680            if Super:
681                SuperVec = np.array(generalData['SuperVec'][0])
682            UseList = data['Histograms']
683            NShkl = len(G2spc.MustrainNames(SGData))
684            NDij = len(G2spc.HStrainNames(SGData))
685            for i in result:
686                histoName = TextList[i]
687                if histoName in HKLFlist:
688                    #redo UpdateHKLFdata(histoName) here:
689                    Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,histoName)
690                    refDict,reflData = self.PatternTree.GetItemPyData(Id)
691                    G,g = G2lat.cell2Gmat(generalData['Cell'][1:7])
692                    Super = reflData.get('Super',0)
693                    for iref,ref in enumerate(reflData['RefList']):
694                        hkl = ref[:3]
695                        if Super:
696                            H = list(hkl+SuperVec*ref[3])
697                        else:
698                            H = hkl
699                        ref[4+Super] = np.sqrt(1./G2lat.calc_rDsq2(H,G))
700                        iabsnt,ref[3+Super],Uniq,phi = G2spc.GenHKLf(H,SGData)
701                    UseList[histoName] = SetDefaultDData(reflData['Type'],histoName)
702                elif histoName in PWDRlist:
703                    Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,histoName)
704                    refList = self.PatternTree.GetItemPyData(
705                        G2gd.GetPatternTreeItemId(self,Id,'Reflection Lists'))
706                    refList[generalData['Name']] = []
707                    UseList[histoName] = SetDefaultDData('PWDR',histoName,NShkl=NShkl,NDij=NDij)
708                else:
709                    raise Exception('Unexpected histogram '+str(histoName))
710        wx.EndBusyCursor()
711        return # success
712       
713    def _Add_ImportMenu_Sfact(self,parent):
714        '''configure the Import Structure Factor menus accord to the readers found in _init_Imports
715        '''
716        submenu = wx.Menu()
717        item = parent.AppendMenu(wx.ID_ANY, 'Structure Factor',
718            submenu, help='Import Structure Factor data')
719        for reader in self.ImportSfactReaderlist:
720            item = submenu.Append(wx.ID_ANY,help=reader.longFormatName,               
721                kind=wx.ITEM_NORMAL,text='from '+reader.formatName+' file')
722            self.ImportMenuId[item.GetId()] = reader
723            self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnImportSfact, id=item.GetId())
724        item = submenu.Append(wx.ID_ANY,
725            help='Import Structure Factor, use file to try to determine format',
726            kind=wx.ITEM_NORMAL,
727            text='guess format from file')
728        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnImportSfact, id=item.GetId())
729
730    def OnImportSfact(self,event):
731        '''Called in response to an Import/Structure Factor/... menu item
732        to read single crystal datasets.
733        dict self.ImportMenuId is used to look up the specific
734        reader item associated with the menu item, which will be
735        None for the last menu item, which is the "guess" option
736        where all appropriate formats will be tried.
737        '''
738        # get a list of existing histograms
739        HKLFlist = []
740        if self.PatternTree.GetCount():
741            item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
742            while item:
743                name = self.PatternTree.GetItemText(item)
744                if name.startswith('HKLF ') and name not in HKLFlist:
745                    HKLFlist.append(name)
746                item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)
747        # look up which format was requested
748        reqrdr = self.ImportMenuId.get(event.GetId())
749        rdlist = self.OnImportGeneric(reqrdr,self.ImportSfactReaderlist,
750            'Structure Factor',multiple=True)
751        if len(rdlist) == 0: return
752        self.CheckNotebook()
753        newHistList = []
754        for rd in rdlist:
755            HistName = rd.objname
756            if len(rdlist) <= 2: 
757                dlg = wx.TextEntryDialog( # allow editing of Structure Factor name
758                    self, 'Enter the name for the new Structure Factor',
759                    'Edit Structure Factor name', HistName,
760                    style=wx.OK)
761                dlg.CenterOnParent()
762                if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
763                    HistName = dlg.GetValue()
764                dlg.Destroy()
765            HistName = 'HKLF '+HistName
766            # make new histogram names unique
767            if len(rd.Banks):
768                for Bank in rd.Banks:
769                    valuesdict = {'wtFactor':1.0,'Dummy':False,'ranId':ran.randint(0,sys.maxint),}
770                    HistName = G2obj.MakeUniqueLabel(HistName,HKLFlist)
771                    print 'Read structure factor table '+str(HistName)+' from file '+str(self.lastimport)
772                    Id = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text=HistName)
773                    if not Bank['RefDict'].get('FF'):
774                        Bank['RefDict']['FF'] = {}
775                    self.PatternTree.SetItemPyData(Id,[valuesdict,Bank['RefDict']])
776                    Sub = self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Instrument Parameters')
777                    self.PatternTree.SetItemPyData(Sub,copy.copy(rd.Parameters))
778                    self.PatternTree.SetItemPyData(
779                        self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Reflection List'),[])  #dummy entry for GUI use
780                    newHistList.append(HistName)
781            else:
782                valuesdict = {'wtFactor':1.0,'Dummy':False,'ranId':ran.randint(0,sys.maxint),}
783                HistName = G2obj.MakeUniqueLabel(HistName,HKLFlist)
784                print 'Read structure factor table '+str(HistName)+' from file '+str(self.lastimport)
785                if not rd.RefDict.get('FF'):
786                    rd.RefDict['FF'] = {}
787                Id = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text=HistName)
788                self.PatternTree.SetItemPyData(Id,[valuesdict,rd.RefDict])
789                Sub = self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Instrument Parameters')
790                self.PatternTree.SetItemPyData(Sub,rd.Parameters)
791                self.PatternTree.SetItemPyData(
792                    self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Reflection List'),[])  #dummy entry for GUI use
793                newHistList.append(HistName)
794               
795            self.PatternTree.SelectItem(Id)
796            self.PatternTree.Expand(Id)
797            self.Sngl = True
798
799        if not newHistList: return # somehow, no new histograms
800        # make a list of phase names
801        phaseRIdList,usedHistograms = self.GetPhaseInfofromTree()
802        phaseNameList = usedHistograms.keys() # phase names in use
803        if not phaseNameList: return # no phases yet, nothing to do
804        header = 'Select phase(s) to add the new\nsingle crystal dataset(s) to:'
805        for Name in newHistList:
806            header += '\n  '+str(Name)
807        result = G2gd.ItemSelector(phaseNameList,self,header,header='Add to phase(s)',multiple=True)
808        if not result: return
809        # connect new phases to histograms
810        sub = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases')
811        if not sub:
812            raise Exception('ERROR -- why are there no phases here?')
813        wx.BeginBusyCursor()
814        item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(sub)
815        iph = -1
816        while item: # loop over (new) phases
817            iph += 1
818            phaseName = self.PatternTree.GetItemText(item)
819            data = self.PatternTree.GetItemPyData(item)
820            item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(sub, cookie)
821            if iph not in result: continue
822            generalData = data['General']
823            SGData = generalData['SGData']
824            Super = generalData.get('Super',0)
825            SuperVec = []
826            if Super:
827                SuperVec = np.array(generalData['SuperVec'][0])
828            UseList = data['Histograms']
829            for histoName in newHistList:
830                #redo UpdateHKLFdata(histoName) here:
831                Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,histoName)
832                refDict,reflData = self.PatternTree.GetItemPyData(Id)
833                UseList[histoName] = SetDefaultDData(reflData['Type'],histoName)
834                G,g = G2lat.cell2Gmat(generalData['Cell'][1:7])
835                for iref,ref in enumerate(reflData['RefList']):
836                    hkl = ref[:3]
837                    if Super:
838                        H = list(hkl+SuperVec*ref[3])
839                    else:
840                        H = hkl
841                    ref[4+Super] = np.sqrt(1./G2lat.calc_rDsq2(H,G))
842                    iabsnt,ref[3+Super],Uniq,phi = G2spc.GenHKLf(H,SGData)
843        wx.EndBusyCursor()
844       
845        return # success
846
847    def _Add_ImportMenu_powder(self,parent):
848        '''configure the Powder Data menus accord to the readers found in _init_Imports
849        '''
850        submenu = wx.Menu()
851        item = parent.AppendMenu(wx.ID_ANY, 'Powder Data',
852            submenu, help='Import Powder data')
853        for reader in self.ImportPowderReaderlist:
854            item = submenu.Append(wx.ID_ANY,help=reader.longFormatName,
855                kind=wx.ITEM_NORMAL,text='from '+reader.formatName+' file')
856            self.ImportMenuId[item.GetId()] = reader
857            self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnImportPowder, id=item.GetId())
858        item = submenu.Append(wx.ID_ANY,
859            help='Import powder data, use file to try to determine format',
860            kind=wx.ITEM_NORMAL,text='guess format from file')
861        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnImportPowder, id=item.GetId())
862        submenu.AppendSeparator()
863        item = submenu.Append(wx.ID_ANY,
864            help='Create a powder data set entry that will be simulated',
865            kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Simulate a dataset')
866        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnDummyPowder, id=item.GetId())
867       
868    def OpenPowderInstprm(self,instfile):
869        '''Read a GSAS-II (new) instrument parameter file
870
871        :param str instfile: name of instrument parameter file
872
873        '''
874        if os.path.splitext(instfile)[1].lower() != '.instprm': # invalid file
875            return None           
876        if not os.path.exists(instfile): # no such file
877            return None
878        File = open(instfile,'r')
879        lines = File.readlines()
880        File.close()
881        return lines       
882           
883    def ReadPowderInstprm(self,instLines):
884        '''Read lines from a GSAS-II (new) instrument parameter file
885
886        :param list instLines: strings from GSAS-II parameter file; can be concatenated with ';'
887
888        '''
889        if not instLines[0].startswith('#GSAS-II'): # not a valid file
890            return None
891        newItems = []
892        newVals = []
893        for S in instLines:
894            if S[0] == '#':
895                continue
896            S = S.replace(' ','')
897            SS = S[:-1].split(';')
898            for s in SS:
899                [item,val] = s.split(':')
900                newItems.append(item)
901                try:
902                    newVals.append(float(val))
903                except ValueError:
904                    newVals.append(val)                       
905        return G2IO.makeInstDict(newItems,newVals,len(newVals)*[False,]),{}
906       
907    def ReadPowderIparm(self,instfile,bank,databanks,rd):
908        '''Read a GSAS (old) instrument parameter file
909
910        :param str instfile: name of instrument parameter file
911
912        :param int bank: the bank number read in the raw data file
913
914        :param int databanks: the number of banks in the raw data file.
915          If the number of banks in the data and instrument parameter files
916          agree, then the sets of banks are assumed to match up and bank
917          is used to select the instrument parameter file. If not, the user
918          is asked to make a selection.
919
920        :param obj rd: the raw data (histogram) data object. This
921          sets rd.instbank.
922
923        '''
924        if not os.path.exists(instfile): # no such file
925            return {}
926        fp = 0
927        try:
928            fp = open(instfile,'Ur')
929            Iparm = {}
930            for S in fp:
931                if '#' in S[0]:
932                    continue
933                Iparm[S[:12]] = S[12:-1]
934        except IOError:
935            print('Error reading file:'+str(instfile))
936        if fp:       
937            fp.close()
938
939        ibanks = int(Iparm.get('INS   BANK  ','1').strip())
940        hType = Iparm['INS   HTYPE '].strip()
941        if ibanks == 1: # there is only one bank here, return it
942            rd.instbank = 1
943            return Iparm
944        if 'PNT' in hType:
945            rd.instbank = bank
946        elif ibanks != databanks:
947            # number of banks in data and prm file not not agree, need a
948            # choice from a human here
949            choices = []
950            for i in range(1,1+ibanks):
951                choices.append('Bank '+str(i))
952            bank = rd.BlockSelector(
953                choices, self,
954                title='Select an instrument parameter bank for '+
955                os.path.split(rd.powderentry[0])[1]+' BANK '+str(bank)+
956                '\nOr use Cancel to select from the default parameter sets',
957                header='Block Selector')
958        if bank is None: return {}
959        # pull out requested bank # bank from the data, and change the bank to 1
960        IparmS = {}
961        for key in Iparm:
962            if 'INS' in key[:3]:    #skip around rubbish lines in some old iparm files
963                if key[4:6] == "  ":
964                    IparmS[key] = Iparm[key]
965                elif int(key[4:6].strip()) == bank:
966                    IparmS[key[:4]+' 1'+key[6:]] = Iparm[key]
967        rd.instbank = bank
968        return IparmS
969                       
970    def GetPowderIparm(self,rd, prevIparm, lastIparmfile, lastdatafile):
971        '''Open and read an instrument parameter file for a data file
972        Returns the list of parameters used in the data tree
973
974        :param obj rd: the raw data (histogram) data object.
975
976        :param str prevIparm: not used
977
978        :param str lastIparmfile: Name of last instrument parameter
979          file that was read, or a empty string.
980
981        :param str lastdatafile: Name of last data file that was read.
982
983        :returns: a list of two dicts, the first containing instrument parameters
984          and the second used for TOf lookup tables for profile coeff.
985
986        '''
987        def SetPowderInstParms(Iparm, rd):
988            '''extracts values from instrument parameters in rd.instdict
989            or in array Iparm.
990            Create and return the contents of the instrument parameter tree entry.
991            '''
992            Irads = {0:' ',1:'CrKa',2:'FeKa',3:'CuKa',4:'MoKa',5:'AgKa',6:'TiKa',7:'CoKa'}
993            DataType = Iparm['INS   HTYPE '].strip()[:3]  # take 1st 3 chars
994            # override inst values with values read from data file
995            if rd.instdict.get('type'):
996                DataType = rd.instdict.get('type')
997            data = [DataType,]
998            instname = Iparm.get('INS  1INAME ')
999            irad = int(Iparm.get('INS  1 IRAD ','0'))
1000            if instname:
1001                rd.Sample['InstrName'] = instname.strip()
1002            if 'C' in DataType:
1003                wave1 = None
1004                wave2 = 0.0
1005                if rd.instdict.get('wave'):
1006                    wl = rd.instdict.get('wave')
1007                    wave1 = wl[0]
1008                    if len(wl) > 1: wave2 = wl[1]
1009                s = Iparm['INS  1 ICONS']
1010                if not wave1:
1011                    wave1 = G2IO.sfloat(s[:10])
1012                    wave2 = G2IO.sfloat(s[10:20])
1013                v = (wave1,wave2,
1014                     G2IO.sfloat(s[20:30]),G2IO.sfloat(s[55:65]),G2IO.sfloat(s[40:50])) #get lam1, lam2, zero, pola & ratio
1015                if not v[1]:
1016                    names = ['Type','Lam','Zero','Polariz.','U','V','W','X','Y','SH/L','Azimuth'] 
1017                    v = (v[0],v[2],v[4])
1018                    codes = [0,0,0,0]
1019                else:
1020                    names = ['Type','Lam1','Lam2','Zero','I(L2)/I(L1)','Polariz.','U','V','W','X','Y','SH/L','Azimuth']
1021                    codes = [0,0,0,0,0,0]
1022                data.extend(v)
1023                if 'INS  1PRCF  ' in Iparm:
1024                    v1 = Iparm['INS  1PRCF  '].split()                                                 
1025                    v = Iparm['INS  1PRCF 1'].split()
1026                    data.extend([float(v[0]),float(v[1]),float(v[2])])                  #get GU, GV & GW - always here
1027                    azm = float(Iparm.get('INS  1DETAZM','0.0'))
1028                    v = Iparm['INS  1PRCF 2'].split()
1029                    if v1[0] == 3:
1030                        data.extend([float(v[0]),float(v[1]),float(v[2])+float(v[3],azm)])  #get LX, LY, S+H/L & azimuth
1031                    else:
1032                        data.extend([0.0,0.0,0.002,azm])                                      #OK defaults if fxn #3 not 1st in iprm file                   
1033                else:
1034                    v1 = Iparm['INS  1PRCF1 '].split()                                                 
1035                    v = Iparm['INS  1PRCF11'].split()
1036                    data.extend([float(v[0]),float(v[1]),float(v[2])])                  #get GU, GV & GW - always here
1037                    azm = float(Iparm.get('INS  1DETAZM','0.0'))
1038                    v = Iparm['INS  1PRCF12'].split()
1039                    if v1[0] == 3:
1040                        data.extend([float(v[0]),float(v[1]),float(v[2])+float(v[3],azm)])  #get LX, LY, S+H/L & azimuth
1041                    else:
1042                        data.extend([0.0,0.0,0.002,azm])                                      #OK defaults if fxn #3 not 1st in iprm file
1043                codes.extend([0,0,0,0,0,0,0])
1044                Iparm1 = G2IO.makeInstDict(names,data,codes)
1045                Iparm1['Source'] = [Irads[irad],Irads[irad]]
1046                return [Iparm1,{}]
1047            elif 'T' in DataType:
1048                names = ['Type','fltPath','2-theta','difC','difA', 'difB','Zero','alpha','beta-0','beta-1',
1049                    'beta-q','sig-0','sig-1','sig-2','sig-q', 'X','Y','Azimuth',]
1050                codes = [0,0,0,0,0, 0,0,0,0,0, 0,0,0,0,0, 0,0,0,]
1051                azm = 0.
1052                if 'INS  1DETAZM' in Iparm:
1053                    azm = float(Iparm['INS  1DETAZM'])
1054                s = Iparm['INS   FPATH1'].split()
1055                fltPath0 = G2IO.sfloat(s[0])
1056                s = Iparm['INS  1BNKPAR'].split()
1057                fltPath1 = G2IO.sfloat(s[0])
1058                data.extend([fltPath0+fltPath1,])               #Flight path source-sample-detector
1059                data.extend([G2IO.sfloat(s[1]),])               #2-theta for bank
1060                s = Iparm['INS  1 ICONS'].split()
1061                data.extend([G2IO.sfloat(s[0]),G2IO.sfloat(s[1]),0.0,G2IO.sfloat(s[2])])    #difC,difA,difB,Zero
1062                if 'INS  1PRCF  ' in Iparm:
1063                    s = Iparm['INS  1PRCF  '].split()
1064                    pfType = int(s[0])
1065                    s = Iparm['INS  1PRCF 1'].split()
1066                    if abs(pfType) == 1:
1067                        data.extend([G2IO.sfloat(s[1]),G2IO.sfloat(s[2]),G2IO.sfloat(s[3])]) #alpha, beta-0, beta-1
1068                        s = Iparm['INS  1PRCF 2'].split()
1069                        data.extend([0.0,0.0,G2IO.sfloat(s[1]),G2IO.sfloat(s[2]),0.0,0.0,0.0,azm])    #beta-q, sig-0, sig-1, sig-2, sig-q, X, Y
1070                    elif abs(pfType) in [3,4,5]:
1071                        data.extend([G2IO.sfloat(s[0]),G2IO.sfloat(s[1]),G2IO.sfloat(s[2])]) #alpha, beta-0, beta-1
1072                        if abs(pfType) == 4:
1073                            data.extend([0.0,0.0,G2IO.sfloat(s[3]),0.0,0.0,0.0,0.0,azm])    #beta-q, sig-0, sig-1, sig-2, sig-q, X, Y
1074                        else:
1075                            s = Iparm['INS  1PRCF 2'].split()
1076                            data.extend([0.0,0.0,G2IO.sfloat(s[0]),G2IO.sfloat(s[1]),0.0,0.0,0.0,azm])    #beta-q, sig-0, sig-1, sig-2, sig-q, X, Y                       
1077                else:
1078                    s = Iparm['INS  1PRCF1 '].split()
1079                    pfType = int(s[0])
1080                    s = Iparm['INS  1PRCF11'].split()
1081                    if abs(pfType) == 1:
1082                        data.extend([G2IO.sfloat(s[1]),G2IO.sfloat(s[2]),G2IO.sfloat(s[3])]) #alpha, beta-0, beta-1
1083                        s = Iparm['INS  1PRCF12'].split()
1084                        data.extend([0.0,0.0,G2IO.sfloat(s[1]),G2IO.sfloat(s[2]),0.0,0.0,0.0,azm])    #beta-q, sig-0, sig-1, sig-2, sig-q, X, Y
1085                    elif abs(pfType) in [3,4,5]:
1086                        data.extend([G2IO.sfloat(s[0]),G2IO.sfloat(s[1]),G2IO.sfloat(s[2])]) #alpha, beta-0, beta-1
1087                        if abs(pfType) == 4:
1088                            data.extend([0.0,0.0,G2IO.sfloat(s[3]),0.0,0.0,0.0,0.0,azm])    #beta-q, sig-0, sig-1, sig-2, sig-q, X, Y
1089                        else:
1090                            s = Iparm['INS  1PRCF12'].split()
1091                            data.extend([0.0,0.0,G2IO.sfloat(s[0]),G2IO.sfloat(s[1]),0.0,0.0,0.0,azm])    #beta-q, sig-0, sig-1, sig-2, sig-q, X, Y                       
1092                Inst1 = G2IO.makeInstDict(names,data,codes)
1093                Inst2 = {}
1094                if pfType < 0:
1095                    Ipab = 'INS  1PAB'+str(-pfType)
1096                    Npab = int(Iparm[Ipab+'  '].strip())
1097                    Inst2['Pdabc'] = []
1098                    for i in range(Npab):
1099                        k = Ipab+str(i+1).rjust(2)
1100                        s = Iparm[k].split()
1101                        Inst2['Pdabc'].append([float(t) for t in s])
1102                    Inst2['Pdabc'] = np.array(Inst2['Pdabc'])
1103                    Inst2['Pdabc'].T[3] += Inst2['Pdabc'].T[0]*Inst1['difC'][0] #turn 3rd col into TOF
1104                if 'INS  1I ITYP' in Iparm:
1105                    s = Iparm['INS  1I ITYP'].split()
1106                    Ityp = int(s[0])
1107                    Tminmax = [float(s[1])*1000.,float(s[2])*1000.]
1108                    Itypes = ['Exponential','Maxwell/Exponential','','Maxwell/Chebyschev','']
1109                    if Ityp in [1,2,4]:
1110                        Inst2['Itype'] = Itypes[Ityp-1]
1111                        Inst2['Tminmax'] = Tminmax
1112                        Icoeff = []
1113                        Iesd = []
1114                        Icovar = []                   
1115                        for i in range(3):
1116                            s = Iparm['INS  1ICOFF'+str(i+1)].split()
1117                            Icoeff += [float(S) for S in s]
1118                            s = Iparm['INS  1IECOF'+str(i+1)].split()
1119                            Iesd += [float(S) for S in s]
1120                        NT = 10
1121                        for i in range(8):
1122                            s = Iparm['INS  1IECOR'+str(i+1)]
1123                            if i == 7:
1124                                NT = 8
1125                            Icovar += [float(s[6*j:6*j+6]) for j in range(NT)]
1126                        Inst2['Icoeff'] = Icoeff
1127                        Inst2['Iesd'] = Iesd
1128                        Inst2['Icovar'] = Icovar
1129                return [Inst1,Inst2]
1130
1131        # stuff we might need from the reader
1132        filename = rd.powderentry[0]
1133        bank = rd.powderentry[2]
1134        numbanks = rd.numbanks
1135        # is there an instrument parameter file defined for the current data set?
1136        # or if this is a read on a set of set of files, use the last one again
1137        #if rd.instparm or (lastdatafile == filename and lastIparmfile):
1138        if rd.instparm or lastIparmfile:
1139            if rd.instparm:
1140                instfile = os.path.join(os.path.split(filename)[0],
1141                                    rd.instparm)
1142            else:
1143                # for multiple reads of one data file, reuse the inst parm file
1144                instfile = lastIparmfile
1145            if os.path.exists(instfile):
1146                #print 'debug: try read',instfile
1147                Lines = self.OpenPowderInstprm(instfile)
1148                instParmList = None
1149                if Lines is not None:
1150                    instParmList = self.ReadPowderInstprm(Lines)
1151                if instParmList is not None:
1152                    rd.instfile = instfile
1153                    rd.instmsg = 'GSAS-II file '+instfile
1154                    return instParmList
1155                Iparm = self.ReadPowderIparm(instfile,bank,numbanks,rd)
1156                if Iparm:
1157                    #print 'debug: success'
1158                    rd.instfile = instfile
1159                    rd.instmsg = instfile + ' bank ' + str(rd.instbank)
1160                    return SetPowderInstParms(Iparm,rd)
1161            else:
1162                self.ErrorDialog('Open Error','Error opening instrument parameter file '
1163                    +str(instfile)+' requested by file '+ filename)
1164        # is there an instrument parameter file matching the current file
1165        # with extension .inst or .prm? If so read it
1166        basename = os.path.splitext(filename)[0]
1167        for ext in '.instprm','.prm','.inst','.ins':
1168            instfile = basename + ext
1169            Lines = self.OpenPowderInstprm(instfile)
1170            instParmList = None
1171            if Lines is not None:
1172                instParmList = self.ReadPowderInstprm(Lines)
1173            if instParmList is not None:
1174                rd.instfile = instfile
1175                rd.instmsg = 'GSAS-II file '+instfile
1176                return instParmList
1177            Iparm = self.ReadPowderIparm(instfile,bank,numbanks,rd)
1178            if Iparm:
1179                #print 'debug: success'
1180                rd.instfile = instfile
1181                rd.instmsg = instfile + ' bank ' + str(rd.instbank)
1182                return SetPowderInstParms(Iparm,rd)
1183            else:
1184                #print 'debug: open/read failed',instfile
1185                pass # fail silently
1186
1187        # did we read the data file from a zip? If so, look there for a
1188        # instrument parameter file
1189        if self.zipfile:
1190            for ext in '.instprm','.prm','.inst','.ins':
1191                instfile = G2IO.ExtractFileFromZip(
1192                    self.zipfile,
1193                    selection=os.path.split(basename + ext)[1],
1194                    parent=self)
1195                if instfile is not None and instfile != self.zipfile:
1196                    print 'debug:',instfile,'created from ',self.zipfile
1197                    Lines = self.OpenPowderInstprm(instfile)
1198                    instParmList = None
1199                    if Lines is not None:
1200                        instParmList = self.ReadPowderInstprm(Lines)
1201                    if instParmList is not None:
1202                        rd.instfile = instfile
1203                        rd.instmsg = 'GSAS-II file '+instfile
1204                        return instParmList
1205                    Iparm = self.ReadPowderIparm(instfile,bank,numbanks,rd)
1206                    if Iparm:
1207                        rd.instfile = instfile
1208                        rd.instmsg = instfile + ' bank ' + str(rd.instbank)
1209                        return SetPowderInstParms(Iparm,rd)
1210                    else:
1211                        #print 'debug: open/read for',instfile,'from',self.zipfile,'failed'
1212                        pass # fail silently
1213
1214        while True: # loop until we get a file that works or we get a cancel
1215            instfile = ''
1216            dlg = wx.FileDialog(
1217                self,
1218                'Choose inst. param file for "'
1219                +rd.idstring
1220                +'" (or Cancel for default)',
1221                '.', '',
1222                'GSAS iparm file (*.prm,*.inst,*.ins)|*.prm;*.inst;*.ins|'
1223                'GSAS-II iparm file (*.instprm)|*.instprm|'
1224                'All files (*.*)|*.*', 
1225                wx.OPEN|wx.CHANGE_DIR)
1226            if os.path.exists(lastIparmfile):
1227                dlg.SetFilename(lastIparmfile)
1228            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
1229                instfile = dlg.GetPath()
1230            dlg.Destroy()
1231            if not instfile: break
1232            Lines = self.OpenPowderInstprm(instfile)
1233            instParmList = None
1234            if Lines is not None:
1235                instParmList = self.ReadPowderInstprm(Lines)
1236            if instParmList is not None:
1237                rd.instfile = instfile
1238                rd.instmsg = 'GSAS-II file '+instfile
1239                return instParmList
1240            Iparm = self.ReadPowderIparm(instfile,bank,numbanks,rd)
1241            if Iparm:
1242                #print 'debug: success with',instfile
1243                rd.instfile = instfile
1244                rd.instmsg = instfile + ' bank ' + str(rd.instbank)
1245                return SetPowderInstParms(Iparm,rd)
1246            else:
1247                self.ErrorDialog('Read Error',
1248                                 'Error opening/reading file '+str(instfile))
1249       
1250        # still no success: offer user choice of defaults
1251        import defaultIparms as dI
1252        while True: # loop until we get a choice
1253            choices = []
1254            head = 'Select from default instrument parameters for '+rd.idstring
1255
1256            for l in dI.defaultIparm_lbl:
1257                choices.append('Defaults for '+l)
1258            res = rd.BlockSelector(
1259                choices,
1260                ParentFrame=self,
1261                title=head,
1262                header='Select default inst parms',
1263                useCancel=False)
1264            if res is None: continue
1265            rd.instfile = ''
1266            rd.instmsg = 'default: '+dI.defaultIparm_lbl[res]
1267            return self.ReadPowderInstprm(dI.defaultIparms[res])
1268
1269    def OnImportPowder(self,event):
1270        '''Called in response to an Import/Powder Data/... menu item
1271        to read a powder diffraction data set.
1272        dict self.ImportMenuId is used to look up the specific
1273        reader item associated with the menu item, which will be
1274        None for the last menu item, which is the "guess" option
1275        where all appropriate formats will be tried.
1276
1277        Also reads an instrument parameter file for each dataset.
1278        '''
1279        # get a list of existing histograms
1280        PWDRlist = []
1281        if self.PatternTree.GetCount():
1282            item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
1283            while item:
1284                name = self.PatternTree.GetItemText(item)
1285                if name.startswith('PWDR ') and name not in PWDRlist:
1286                    PWDRlist.append(name)
1287                item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)
1288        # look up which format was requested
1289        reqrdr = self.ImportMenuId.get(event.GetId()) 
1290        rdlist = self.OnImportGeneric(
1291            reqrdr,self.ImportPowderReaderlist,'Powder Data',multiple=True)
1292        if len(rdlist) == 0: return
1293        self.CheckNotebook()
1294        Iparm = None
1295        lastIparmfile = ''
1296        lastdatafile = ''
1297        newHistList = []
1298        self.EnablePlot = False
1299        for rd in rdlist:
1300            if 'Instrument Parameters' not in rd.pwdparms:
1301                # get instrument parameters for each dataset, unless already set
1302                Iparm1,Iparm2 = self.GetPowderIparm(rd, Iparm, lastIparmfile, lastdatafile)
1303                if rd.repeat_instparm: 
1304                    lastIparmfile = rd.instfile
1305                # override any keys in read instrument parameters with ones set in import
1306                for key in Iparm1: 
1307                    if key in rd.instdict:
1308                        Iparm1[key] = rd.instdict[key]
1309            else:
1310                Iparm1,Iparm2 = rd.pwdparms['Instrument Parameters']
1311            lastdatafile = rd.powderentry[0]
1312            HistName = rd.idstring
1313            HistName = 'PWDR '+HistName
1314            # make new histogram names unique
1315            HistName = G2obj.MakeUniqueLabel(HistName,PWDRlist)
1316            print 'Read powder data '+str(HistName)+ \
1317                ' from file '+str(rd.readfilename) + \
1318                ' with parameters from '+str(rd.instmsg)
1319            # data are read, now store them in the tree
1320            Id = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text=HistName)
1321            if 'T' in Iparm1['Type'][0]:
1322                if not rd.clockWd and rd.GSAS:
1323                    rd.powderdata[0] *= 100.        #put back the CW centideg correction
1324                cw = np.diff(rd.powderdata[0])
1325                rd.powderdata[0] = rd.powderdata[0][:-1]+cw/2.
1326                if rd.GSAS:     #NB: old GSAS wanted intensities*CW even if normalized!
1327                    rd.powderdata[1] = rd.powderdata[1][:-1]/cw
1328                    rd.powderdata[2] = rd.powderdata[2][:-1]*cw**2  #1/var=w at this point
1329                else:       #NB: from topas/fullprof type files
1330                    rd.powderdata[1] = rd.powderdata[1][:-1]
1331                    rd.powderdata[2] = rd.powderdata[2][:-1]
1332                if 'Itype' in Iparm2:
1333                    Ibeg = np.searchsorted(rd.powderdata[0],Iparm2['Tminmax'][0])
1334                    Ifin = np.searchsorted(rd.powderdata[0],Iparm2['Tminmax'][1])
1335                    rd.powderdata[0] = rd.powderdata[0][Ibeg:Ifin]
1336                    YI,WYI = G2pwd.calcIncident(Iparm2,rd.powderdata[0])
1337                    rd.powderdata[1] = rd.powderdata[1][Ibeg:Ifin]/YI
1338                    var = 1./rd.powderdata[2][Ibeg:Ifin]
1339                    var += WYI*rd.powderdata[1]**2
1340                    var /= YI**2
1341                    rd.powderdata[2] = 1./var
1342                rd.powderdata[3] = np.zeros_like(rd.powderdata[0])                                       
1343                rd.powderdata[4] = np.zeros_like(rd.powderdata[0])                                       
1344                rd.powderdata[5] = np.zeros_like(rd.powderdata[0])                                       
1345            valuesdict = {
1346                'wtFactor':1.0,
1347                'Dummy':False,
1348                'ranId':ran.randint(0,sys.maxint),
1349                'Offset':[0.0,0.0],'delOffset':0.02,'refOffset':-1.0,'refDelt':0.01,
1350                'qPlot':False,'dPlot':False,'sqrtPlot':False
1351                }
1352            rd.Sample['ranId'] = valuesdict['ranId'] # this should be removed someday
1353            self.PatternTree.SetItemPyData(Id,[valuesdict,rd.powderdata])
1354            self.PatternTree.SetItemPyData(
1355                self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Comments'),
1356                rd.comments)
1357            Tmin = min(rd.powderdata[0])
1358            Tmax = max(rd.powderdata[0])
1359            self.PatternTree.SetItemPyData(
1360                self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Limits'),
1361                rd.pwdparms.get('Limits',[(Tmin,Tmax),[Tmin,Tmax]])
1362                )
1363            self.PatternId = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,Id,'Limits')
1364            self.PatternTree.SetItemPyData(
1365                self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Background'),
1366                rd.pwdparms.get('Background',
1367                    [['chebyschev',True,3,1.0,0.0,0.0],{'nDebye':0,'debyeTerms':[],'nPeaks':0,'peaksList':[]}])
1368                    )
1369            self.PatternTree.SetItemPyData(
1370                self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Instrument Parameters'),
1371                [Iparm1,Iparm2])
1372            self.PatternTree.SetItemPyData(
1373                self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Sample Parameters'),
1374                rd.Sample)
1375            self.PatternTree.SetItemPyData(
1376                self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Peak List')
1377                ,{'peaks':[],'sigDict':{}})
1378            self.PatternTree.SetItemPyData(
1379                self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Index Peak List'),
1380                [[],[]])
1381            self.PatternTree.SetItemPyData(
1382                self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Unit Cells List'),
1383                [])
1384            self.PatternTree.SetItemPyData(
1385                self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Reflection Lists'),
1386                {})
1387            # if any Control values have been set, move them into tree
1388            Controls = self.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root, 'Controls'))
1389            Controls.update(rd.Controls)
1390            newHistList.append(HistName)
1391        else:
1392            self.EnablePlot = True
1393            self.PatternTree.Expand(Id)
1394            self.PatternTree.SelectItem(Id)
1395           
1396        if not newHistList: return # somehow, no new histograms
1397        # make a list of phase names
1398        phaseRIdList,usedHistograms = self.GetPhaseInfofromTree()
1399        phaseNameList = usedHistograms.keys() # phase names in use
1400        if not phaseNameList: return # no phases yet, nothing to do
1401        header = 'Select phase(s) to add the new\npowder dataset(s) to:'
1402        for Name in newHistList:
1403            header += '\n  '+str(Name)
1404
1405        result = G2gd.ItemSelector(phaseNameList,self,header,header='Add to phase(s)',multiple=True)
1406        if not result: return
1407        # connect new phases to histograms
1408        sub = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases')
1409        if not sub:
1410            raise Exception('ERROR -- why are there no phases here?')
1411        item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(sub)
1412        iph = -1
1413        while item: # loop over (new) phases
1414            iph += 1
1415            phaseName = self.PatternTree.GetItemText(item)
1416            data = self.PatternTree.GetItemPyData(item)
1417            item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(sub, cookie)
1418            if iph not in result: continue
1419            generalData = data['General']
1420            SGData = generalData['SGData']
1421            UseList = data['Histograms']
1422            NShkl = len(G2spc.MustrainNames(SGData))
1423            NDij = len(G2spc.HStrainNames(SGData))
1424            for histoName in newHistList:
1425                UseList[histoName] = SetDefaultDData('PWDR',histoName,NShkl=NShkl,NDij=NDij)
1426                Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,histoName)
1427                refList = self.PatternTree.GetItemPyData(
1428                    G2gd.GetPatternTreeItemId(self,Id,'Reflection Lists'))
1429                refList[generalData['Name']] = []
1430        return # success
1431
1432    def OnDummyPowder(self,event):
1433        '''Called in response to Import/Powder Data/Simulate menu item
1434        to create a Dummy powder diffraction data set.
1435
1436        Reads an instrument parameter file and then gets input from the user
1437        '''
1438        # get a list of existing histograms
1439        PWDRlist = []
1440        if self.PatternTree.GetCount():
1441            item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
1442            while item:
1443                name = self.PatternTree.GetItemText(item)
1444                if name.startswith('PWDR ') and name not in PWDRlist:
1445                    PWDRlist.append(name)
1446                item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)
1447        # Initialize a base class reader
1448        rd = G2IO.ImportPowderData(
1449            extensionlist=tuple(),
1450            strictExtension=False,
1451            formatName = 'Simulate dataset',
1452            longFormatName = 'Compute a simulated pattern')
1453        rd.powderentry[0] = '' # no filename
1454        # #self.powderentry[1] = pos # bank offset (N/A here)
1455        rd.powderentry[2] = 1 # only one bank
1456        rd.comments.append('This is a dummy dataset for powder pattern simulation')
1457        self.CheckNotebook()
1458        Iparm = None
1459        lastIparmfile = ''
1460        lastdatafile = ''
1461        self.zipfile = None
1462        # get instrument parameters for it
1463        Iparm1,Iparm2 = self.GetPowderIparm(rd, Iparm, lastIparmfile, lastdatafile)
1464        if 'T' in Iparm1['Type'][0]:
1465            print('TOF simulation not supported yet')
1466            return False
1467        else:
1468            # need to get name, 2theta start, end, step
1469            rd.idstring = ' CW'
1470            if 'X' in Iparm1['Type'][0]:
1471                rd.idstring = 'CW x-ray simulation'
1472            else:
1473                rd.idstring = 'CW neutron simulation'
1474            # base initial range on wavelength
1475            wave = Iparm1.get('Lam')
1476            if wave:
1477                wave = wave[0]
1478            else:
1479                wave = Iparm1.get('Lam1')
1480                if wave:
1481                    wave = wave[0]
1482        N = 0
1483        while (N < 3): # insist on a dataset with a few points
1484            names = ('dataset name', 'start angle', 'end angle', 'step size')
1485            if not wave or wave < 1.0:
1486                inp = [rd.idstring, 10.,40.,0.005] # see names for what's what
1487            else:
1488                inp = [rd.idstring, 10.,80.,0.01] # see names for what's what
1489            dlg = G2G.ScrolledMultiEditor(
1490                self,[inp] * len(inp),range(len(inp)),names,
1491                header='Enter simulation name and range',
1492                minvals=(None,0.001,0.001,0.0001),
1493                maxvals=(None,180.,180.,.1),
1494                sizevals=((225,-1),)
1495                )
1496            dlg.CenterOnParent()
1497            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
1498                if inp[1] > inp[2]:
1499                    end,start,step = inp[1:]
1500                else:               
1501                    start,end,step = inp[1:]
1502                step = abs(step)
1503            else:
1504                return False
1505            N = int((end-start)/step)+1
1506            x = np.linspace(start,end,N,True)
1507            N = len(x)
1508        rd.powderdata = [
1509            np.array(x), # x-axis values
1510            np.zeros_like(x), # powder pattern intensities
1511            np.ones_like(x), # 1/sig(intensity)^2 values (weights)
1512            np.zeros_like(x), # calc. intensities (zero)
1513            np.zeros_like(x), # calc. background (zero)
1514            np.zeros_like(x), # obs-calc profiles
1515            ]
1516        Tmin = rd.powderdata[0][0]
1517        Tmax = rd.powderdata[0][-1]
1518        # data are read, now store them in the tree
1519        HistName = inp[0]
1520        HistName = 'PWDR '+HistName
1521        HistName = G2obj.MakeUniqueLabel(HistName,PWDRlist)  # make new histogram names unique
1522        Id = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text=HistName)
1523        valuesdict = {
1524            'wtFactor':1.0,
1525            'Dummy':True,
1526            'ranId':ran.randint(0,sys.maxint),
1527            'Offset':[0.0,0.0],'delOffset':0.02,'refOffset':-1.0,'refDelt':0.01,
1528            'qPlot':False,'dPlot':False,'sqrtPlot':False
1529            }
1530        self.PatternTree.SetItemPyData(Id,[valuesdict,rd.powderdata])
1531        self.PatternTree.SetItemPyData(
1532            self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Comments'),
1533            rd.comments)
1534        self.PatternTree.SetItemPyData(
1535            self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Limits'),
1536            [(Tmin,Tmax),[Tmin,Tmax]])
1537        self.PatternId = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,Id,'Limits')
1538        self.PatternTree.SetItemPyData(
1539            self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Background'),
1540            [['chebyschev',True,3,1.0,0.0,0.0],
1541             {'nDebye':0,'debyeTerms':[],'nPeaks':0,'peaksList':[]}])
1542        self.PatternTree.SetItemPyData(
1543            self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Instrument Parameters'),
1544            [Iparm1,Iparm2])
1545        self.PatternTree.SetItemPyData(
1546            self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Sample Parameters'),
1547            rd.Sample)
1548        self.PatternTree.SetItemPyData(
1549            self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Peak List')
1550            ,{'peaks':[],'sigDict':{}})
1551        self.PatternTree.SetItemPyData(
1552            self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Index Peak List'),
1553            [[],[]])
1554        self.PatternTree.SetItemPyData(
1555            self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Unit Cells List'),
1556            [])
1557        self.PatternTree.SetItemPyData(
1558            self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Reflection Lists'),
1559            {})
1560        self.PatternTree.Expand(Id)
1561        self.PatternTree.SelectItem(Id)
1562        print('Added simulation powder data '+str(HistName)+ 
1563              ' with parameters from '+str(rd.instmsg))
1564
1565        # make a list of phase names
1566        phaseRIdList,usedHistograms = self.GetPhaseInfofromTree()
1567        phaseNameList = usedHistograms.keys() # phase names in use
1568        if not phaseNameList: return # no phases yet, nothing to do
1569        header = 'Select phase(s) to add the new\npowder simulation (dummy) dataset to:'
1570        result = G2gd.ItemSelector(phaseNameList,self,header,header='Add to phase(s)',multiple=True)
1571        if not result: return
1572        # connect new phases to histograms
1573        sub = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases')
1574        if not sub:
1575            raise Exception('ERROR -- why are there no phases here?')
1576        item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(sub)
1577        iph = -1
1578        while item: # loop over (new) phases
1579            iph += 1
1580            phaseName = self.PatternTree.GetItemText(item)
1581            data = self.PatternTree.GetItemPyData(item)
1582            item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(sub, cookie)
1583            if iph not in result: continue
1584            generalData = data['General']
1585            SGData = generalData['SGData']
1586            UseList = data['Histograms']
1587            NShkl = len(G2spc.MustrainNames(SGData))
1588            NDij = len(G2spc.HStrainNames(SGData))
1589            UseList[HistName] = SetDefaultDData('PWDR',HistName,NShkl=NShkl,NDij=NDij)
1590            Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,HistName)
1591            refList = self.PatternTree.GetItemPyData(
1592                G2gd.GetPatternTreeItemId(self,Id,'Reflection Lists'))
1593            refList[generalData['Name']] = []
1594        return # success
1595
1596    def _Add_ImportMenu_smallangle(self,parent):
1597        '''configure the Small Angle Data menus accord to the readers found in _init_Imports
1598        '''
1599        submenu = wx.Menu()
1600        item = parent.AppendMenu(wx.ID_ANY, 'Small Angle Data',
1601            submenu, help='Import small angle data')
1602        for reader in self.ImportSmallAngleReaderlist:
1603            item = submenu.Append(wx.ID_ANY,help=reader.longFormatName,
1604                kind=wx.ITEM_NORMAL,text='from '+reader.formatName+' file')
1605            self.ImportMenuId[item.GetId()] = reader
1606            self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnImportSmallAngle, id=item.GetId())
1607        # item = submenu.Append(wx.ID_ANY,
1608        #     help='Import small angle data, use file to try to determine format',
1609        #     kind=wx.ITEM_NORMAL,text='guess format from file')
1610        # self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnImportSmallAngle, id=item.GetId())
1611
1612    def OnImportSmallAngle(self,event):
1613        '''Called in response to an Import/Small Angle Data/... menu item
1614        to read a small angle diffraction data set.
1615        dict self.ImportMenuId is used to look up the specific
1616        reader item associated with the menu item, which will be
1617        None for the last menu item, which is the "guess" option
1618        where all appropriate formats will be tried.
1619
1620        '''
1621       
1622        def GetSASDIparm(reader):
1623            parm = reader.instdict
1624            Iparm = {'Type':[parm['type'],parm['type'],0],'Lam':[parm['wave'],
1625                parm['wave'],0],'Azimuth':[0.,0.,0]}           
1626            return Iparm,{}
1627           
1628        # get a list of existing histograms
1629        SASDlist = []
1630        if self.PatternTree.GetCount():
1631            item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
1632            while item:
1633                name = self.PatternTree.GetItemText(item)
1634                if name.startswith('SASD ') and name not in SASDlist:
1635                    SASDlist.append(name)
1636                item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)
1637        # look up which format was requested
1638        reqrdr = self.ImportMenuId.get(event.GetId()) 
1639        rdlist = self.OnImportGeneric(
1640            reqrdr,self.ImportSmallAngleReaderlist,'Small Angle Data',multiple=True)
1641        if len(rdlist) == 0: return
1642        self.CheckNotebook()
1643        Iparm = None
1644        lastdatafile = ''
1645        newHistList = []
1646        self.EnablePlot = False
1647        for rd in rdlist:
1648            lastdatafile = rd.smallangleentry[0]
1649            HistName = rd.idstring
1650            HistName = 'SASD '+HistName
1651            # make new histogram names unique
1652            HistName = G2obj.MakeUniqueLabel(HistName,SASDlist)
1653            print 'Read small angle data '+str(HistName)+ \
1654                ' from file '+str(self.lastimport)
1655            # data are read, now store them in the tree
1656            Id = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text=HistName)
1657            Iparm1,Iparm2 = GetSASDIparm(rd)
1658#            if 'T' in Iparm1['Type'][0]:
1659#                if not rd.clockWd and rd.GSAS:
1660#                    rd.powderdata[0] *= 100.        #put back the CW centideg correction
1661#                cw = np.diff(rd.powderdata[0])
1662#                rd.powderdata[0] = rd.powderdata[0][:-1]+cw/2.
1663#                rd.powderdata[1] = rd.powderdata[1][:-1]/cw
1664#                rd.powderdata[2] = rd.powderdata[2][:-1]*cw**2  #1/var=w at this point
1665#                if 'Itype' in Iparm2:
1666#                    Ibeg = np.searchsorted(rd.powderdata[0],Iparm2['Tminmax'][0])
1667#                    Ifin = np.searchsorted(rd.powderdata[0],Iparm2['Tminmax'][1])
1668#                    rd.powderdata[0] = rd.powderdata[0][Ibeg:Ifin]
1669#                    YI,WYI = G2pwd.calcIncident(Iparm2,rd.powderdata[0])
1670#                    rd.powderdata[1] = rd.powderdata[1][Ibeg:Ifin]/YI
1671#                    var = 1./rd.powderdata[2][Ibeg:Ifin]
1672#                    var += WYI*rd.powderdata[1]**2
1673#                    var /= YI**2
1674#                    rd.powderdata[2] = 1./var
1675#                rd.powderdata[3] = np.zeros_like(rd.powderdata[0])                                       
1676#                rd.powderdata[4] = np.zeros_like(rd.powderdata[0])                                       
1677#                rd.powderdata[5] = np.zeros_like(rd.powderdata[0])                                       
1678            Tmin = min(rd.smallangledata[0])
1679            Tmax = max(rd.smallangledata[0])
1680            valuesdict = {
1681                'wtFactor':1.0,
1682                'Dummy':False,
1683                'ranId':ran.randint(0,sys.maxint),
1684                }
1685            rd.Sample['ranId'] = valuesdict['ranId'] # this should be removed someday
1686            self.PatternTree.SetItemPyData(Id,[valuesdict,rd.smallangledata])
1687            self.PatternTree.SetItemPyData(
1688                self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Comments'),
1689                rd.comments)
1690            self.PatternTree.SetItemPyData(
1691                self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Limits'),
1692                [(Tmin,Tmax),[Tmin,Tmax]])
1693            self.PatternId = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,Id,'Limits')
1694            self.PatternTree.SetItemPyData(
1695                self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Instrument Parameters'),
1696                [Iparm1,Iparm2])
1697            self.PatternTree.SetItemPyData(
1698                self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Substances'),G2pdG.SetDefaultSubstances())
1699            self.PatternTree.SetItemPyData(
1700                self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Sample Parameters'),
1701                rd.Sample)
1702            self.PatternTree.SetItemPyData(
1703                self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Models'),G2pdG.SetDefaultSASDModel())
1704            newHistList.append(HistName)
1705        else:
1706            self.EnablePlot = True
1707            self.PatternTree.Expand(Id)
1708            self.PatternTree.SelectItem(Id)
1709           
1710        if not newHistList: return # somehow, no new histograms
1711        return # success
1712
1713    def OnMacroRecordStatus(self,event,setvalue=None):
1714        '''Called when the record macro menu item is used which toggles the
1715        value. Alternately a value to be set can be provided. Note that this
1716        routine is made more complex because on the Mac there are lots of menu
1717        items (listed in self.MacroStatusList) and this loops over all of them.
1718        '''
1719        nextvalue = log.ShowLogStatus() != True
1720        if setvalue is not None:
1721            nextvalue = setvalue
1722        if nextvalue:
1723            log.LogOn()
1724            set2 = True
1725        else:
1726            log.LogOff()
1727            set2 = False
1728        for menuitem in self.MacroStatusList:
1729            menuitem.Check(set2)
1730
1731    def _init_Macro(self):
1732        '''Define the items in the macro menu.
1733        '''
1734        menu = self.MacroMenu
1735        item = menu.Append(
1736                help='Start or stop recording of menu actions, etc.', id=wx.ID_ANY,
1737                kind=wx.ITEM_CHECK,text='Record actions')
1738        self.MacroStatusList.append(item)
1739        item.Check(log.ShowLogStatus())
1740        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnMacroRecordStatus, item)
1741
1742        # this may only be of value for development work
1743        item = menu.Append(
1744            help='Show logged commands', id=wx.ID_ANY,
1745            kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Show log')
1746        def OnShowLog(event):
1747            print 70*'='
1748            print 'List of logged actions'
1749            for i,line in enumerate(log.G2logList):
1750                if line: print i,line
1751            print 70*'='
1752        self.Bind(wx.EVT_MENU, OnShowLog, item)
1753
1754        item = menu.Append(
1755            help='Clear logged commands', id=wx.ID_ANY,
1756            kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Clear log')
1757        def OnClearLog(event): log.G2logList=[None]
1758        self.Bind(wx.EVT_MENU, OnClearLog, item)
1759       
1760        item = menu.Append(
1761            help='Save logged commands to file', id=wx.ID_ANY,
1762            kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Save log')
1763        def OnSaveLog(event):
1764            import cPickle
1765            defnam = os.path.splitext(
1766                os.path.split(self.GSASprojectfile)[1]
1767                )[0]+'.gcmd'
1768            dlg = wx.FileDialog(self,
1769                'Choose an file to save past actions', '.', defnam, 
1770                'GSAS-II cmd output (*.gcmd)|*.gcmd',
1771                wx.FD_SAVE|wx.FD_OVERWRITE_PROMPT|wx.CHANGE_DIR)
1772            dlg.CenterOnParent()
1773            try:
1774                if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
1775                    filename = dlg.GetPath()
1776                    # make sure extension is correct
1777                    filename = os.path.splitext(filename)[0]+'.gcmd'
1778                else:
1779                    filename = None
1780            finally:
1781                dlg.Destroy()
1782            if filename:
1783                fp = open(filename,'wb')
1784                fp.write(str(len(log.G2logList)-1)+'\n')
1785                for item in log.G2logList:
1786                    if item: cPickle.dump(item,fp)
1787                fp.close()
1788        self.Bind(wx.EVT_MENU, OnSaveLog, item)
1789
1790        item = menu.Append(
1791            help='Load logged commands from file', id=wx.ID_ANY,
1792            kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Load log')
1793        def OnLoadLog(event):
1794            # this appends. Perhaps we should ask to clear?
1795            import cPickle
1796            defnam = os.path.splitext(
1797                os.path.split(self.GSASprojectfile)[1]
1798                )[0]+'.gcmd'
1799            dlg = wx.FileDialog(self,
1800                'Choose an file to read saved actions', '.', defnam, 
1801                'GSAS-II cmd output (*.gcmd)|*.gcmd',
1802                wx.OPEN|wx.CHANGE_DIR)
1803            dlg.CenterOnParent()
1804            try:
1805                if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
1806                    filename = dlg.GetPath()
1807                    # make sure extension is correct
1808                    filename = os.path.splitext(filename)[0]+'.gcmd'
1809                else:
1810                    filename = None
1811            finally:
1812                dlg.Destroy()
1813            if filename and os.path.exists(filename):
1814                fp = open(filename,'rb')
1815                lines = fp.readline()
1816                for i in range(int(lines)):
1817                    log.G2logList.append(cPickle.load(fp))
1818                fp.close()
1819        self.Bind(wx.EVT_MENU, OnLoadLog, item)
1820
1821        item = menu.Append(
1822            help='Replay saved commands', id=wx.ID_ANY,
1823            kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Replay log')
1824        self.Bind(wx.EVT_MENU, log.ReplayLog, item)
1825
1826    def _init_Exports(self,menu):
1827        '''Find exporter routines and add them into menus
1828        '''
1829        # set up the top-level menus
1830        projectmenu = wx.Menu()
1831        item = menu.AppendMenu(
1832            wx.ID_ANY, 'Entire project as',
1833            projectmenu, help='Export entire project')
1834
1835        phasemenu = wx.Menu()
1836        item = menu.AppendMenu(
1837            wx.ID_ANY, 'Phase as',
1838            phasemenu, help='Export phase or sometimes phases')
1839
1840        powdermenu = wx.Menu()
1841        item = menu.AppendMenu(
1842            wx.ID_ANY, 'Powder data as',
1843            powdermenu, help='Export powder diffraction histogram(s)')
1844
1845        singlemenu = wx.Menu()
1846        item = menu.AppendMenu(
1847            wx.ID_ANY, 'Single crystal data as',
1848            singlemenu, help='Export single crystal histogram(s)')
1849
1850        imagemenu = wx.Menu()
1851        item = menu.AppendMenu(
1852            wx.ID_ANY, 'Image data as',
1853            imagemenu, help='Export powder image(s) data')
1854
1855        mapmenu = wx.Menu()
1856        item = menu.AppendMenu(
1857            wx.ID_ANY, 'Maps as',
1858            mapmenu, help='Export density map(s)')
1859
1860        # pdfmenu = wx.Menu()
1861        # item = menu.AppendMenu(
1862        #     wx.ID_ANY, 'PDFs as',
1863        #     pdfmenu, help='Export pair distribution function(s)')
1864
1865        # find all the exporter files
1866        pathlist = sys.path
1867        filelist = []
1868        for path in pathlist:
1869            for filename in glob.iglob(os.path.join(path,"G2export*.py")):
1870                filelist.append(filename)   
1871        filelist = sorted(list(set(filelist))) # remove duplicates
1872        exporterlist = []
1873        # go through the routines and import them, saving objects that
1874        # have export routines (method Exporter)
1875        for filename in filelist:
1876            path,rootname = os.path.split(filename)
1877            pkg = os.path.splitext(rootname)[0]
1878            try:
1879                fp = None
1880                fp, fppath,desc = imp.find_module(pkg,[path,])
1881                pkg = imp.load_module(pkg,fp,fppath,desc)
1882                for clss in inspect.getmembers(pkg): # find classes defined in package
1883                    if clss[0].startswith('_'): continue
1884                    if inspect.isclass(clss[1]):
1885                        # check if we have the required methods
1886                        for m in 'Exporter','loadParmDict':
1887                            if not hasattr(clss[1],m): break
1888                            if not callable(getattr(clss[1],m)): break
1889                        else:
1890                            exporter = clss[1](self) # create an export instance
1891                            exporterlist.append(exporter)
1892            except AttributeError:
1893                print 'Import_'+errprefix+': Attribute Error'+str(filename)
1894                pass
1895            except ImportError:
1896                print 'Import_'+errprefix+': Error importing file'+str(filename)
1897                pass
1898            if fp: fp.close()
1899        # Add submenu item(s) for each Exporter by its self-declared type (can be more than one)
1900        for obj in exporterlist:
1901            #print 'exporter',obj
1902            for typ in obj.exporttype:
1903                if typ == "project":
1904                    submenu = projectmenu
1905                elif typ == "phase":
1906                    submenu = phasemenu
1907                elif typ == "powder":
1908                    submenu = powdermenu
1909                elif typ == "single":
1910                    submenu = singlemenu
1911                elif typ == "image":
1912                    submenu = imagemenu
1913                elif typ == "map":
1914                    submenu = mapmenu
1915                # elif typ == "pdf":
1916                #     submenu = pdfmenu
1917                else:
1918                    print("Error, unknown type in "+str(obj))
1919                    break
1920                item = submenu.Append(
1921                    wx.ID_ANY,
1922                    help=obj.longFormatName,
1923                    kind=wx.ITEM_NORMAL,
1924                    text=obj.formatName)
1925                self.Bind(wx.EVT_MENU, obj.Exporter, id=item.GetId())
1926                self.ExportLookup[item.GetId()] = typ # lookup table for submenu item
1927               
1928        #code to debug an Exporter. hard-coded the routine below, to allow a reload before use
1929        # def DebugExport(event):
1930        #      print 'start reload'
1931        #      reload(G2IO)
1932        #      import G2export_pwdr as dev
1933        #      reload(dev)
1934        #      dev.ExportPowderFXYE(self).Exporter(event)
1935        # item = menu.Append(
1936        #     wx.ID_ANY,kind=wx.ITEM_NORMAL,
1937        #     help="debug exporter",text="test Export FXYE")
1938        # self.Bind(wx.EVT_MENU, DebugExport, id=item.GetId())
1939        # # #self.ExportLookup[item.GetId()] = 'image'
1940        # self.ExportLookup[item.GetId()] = 'powder'
1941
1942    def _Add_ExportMenuItems(self,parent):
1943        # item = parent.Append(
1944        #     help='Select PWDR item to enable',id=wx.ID_ANY,
1945        #     kind=wx.ITEM_NORMAL,
1946        #     text='Export Powder Patterns...')
1947        # self.ExportPattern.append(item)
1948        # item.Enable(False)
1949        # self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnExportPatterns, id=item.GetId())
1950
1951        item = parent.Append(
1952            help='',id=wx.ID_ANY,
1953            kind=wx.ITEM_NORMAL,
1954            text='Export All Peak Lists...')
1955        self.ExportPeakList.append(item)
1956        item.Enable(True)
1957        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnExportPeakList, id=item.GetId())
1958
1959        item = parent.Append(
1960            help='',id=wx.ID_ANY,
1961            kind=wx.ITEM_NORMAL,
1962            text='Export HKLs...')
1963        self.ExportHKL.append(item)
1964        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnExportHKL, id=item.GetId())
1965
1966        item = parent.Append(
1967            help='Select PDF item to enable',
1968            id=wx.ID_ANY,
1969            kind=wx.ITEM_NORMAL,
1970            text='Export PDF...')
1971        self.ExportPDF.append(item)
1972        item.Enable(False)
1973        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnExportPDF, id=item.GetId())
1974
1975    def FillMainMenu(self,menubar):
1976        '''Define contents of the main GSAS-II menu for the (main) data tree window.
1977        For the mac, this is also called for the data item windows as well so that
1978        the main menu items are data menu as well.
1979        '''
1980        File = wx.Menu(title='')
1981        menubar.Append(menu=File, title='&File')
1982        self._Add_FileMenuItems(File)
1983        Data = wx.Menu(title='')
1984        menubar.Append(menu=Data, title='Data')
1985        self._Add_DataMenuItems(Data)
1986        Calculate = wx.Menu(title='')       
1987        menubar.Append(menu=Calculate, title='&Calculate')
1988        self._Add_CalculateMenuItems(Calculate)
1989        Import = wx.Menu(title='')       
1990        menubar.Append(menu=Import, title='Import')
1991        self._Add_ImportMenu_Phase(Import)
1992        self._Add_ImportMenu_powder(Import)
1993        self._Add_ImportMenu_Sfact(Import)
1994        self._Add_ImportMenu_smallangle(Import)
1995        #======================================================================
1996        # Code to help develop/debug an importer, much is hard-coded below
1997        # but module is reloaded before each use, allowing faster testing
1998        # def DebugImport(event):
1999        #     print 'start reload'
2000        #     import G2phase_ISO as dev
2001        #     reload(dev)
2002        #     rd = dev.ISODISTORTPhaseReader()
2003        #     self.ImportMenuId[event.GetId()] = rd
2004        #     self.OnImportPhase(event)
2005            # or ----------------------------------------------------------------------
2006            #self.OnImportGeneric(rd,[],'test of ISODISTORTPhaseReader')
2007            # special debug code
2008            # or ----------------------------------------------------------------------
2009            # filename = '/Users/toby/projects/branton/subgroup_cif.txt'
2010            # fp = open(filename,'Ur')
2011            # if not rd.ContentsValidator(fp):
2012            #     print 'not validated'
2013            #     # make a list of used phase ranId's
2014            # phaseRIdList = []
2015            # sub = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases')
2016            # if sub:
2017            #     item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(sub)
2018            #     while item:
2019            #         phaseName = self.PatternTree.GetItemText(item)
2020            #         ranId = self.PatternTree.GetItemPyData(item).get('ranId')
2021            #         if ranId: phaseRIdList.append(ranId)
2022            #         item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(sub, cookie)
2023            # if rd.Reader(filename,fp,usedRanIdList=phaseRIdList):
2024            #     print 'read OK'
2025        # item = Import.Append(
2026        #     wx.ID_ANY,kind=wx.ITEM_NORMAL,
2027        #     help="debug importer",text="test importer")
2028        # self.Bind(wx.EVT_MENU, DebugImport, id=item.GetId())
2029        #======================================================================
2030        self.ExportMenu = wx.Menu(title='')
2031        menubar.Append(menu=self.ExportMenu, title='Export')
2032        self._init_Exports(self.ExportMenu)
2033        self._Add_ExportMenuItems(self.ExportMenu)
2034        if GSASIIpath.GetConfigValue('Enable_logging'):
2035            self.MacroMenu = wx.Menu(title='')
2036            menubar.Append(menu=self.MacroMenu, title='Macro')
2037            self._init_Macro()
2038        HelpMenu=G2G.MyHelp(self,helpType='Data tree',
2039            morehelpitems=[#('&Old Tutorials','OldTutorials'), # this will eventually go away
2040                           ('&Tutorials','Tutorials'), 
2041                           ])
2042        menubar.Append(menu=HelpMenu,title='&Help')
2043
2044    def _init_ctrls(self, parent):
2045        wx.Frame.__init__(self, name='GSASII', parent=parent,
2046            size=wx.Size(400, 250),style=wx.DEFAULT_FRAME_STYLE, title='GSAS-II data tree')
2047        clientSize = wx.ClientDisplayRect()
2048        Size = self.GetSize()
2049        xPos = clientSize[2]-Size[0]
2050        self.SetPosition(wx.Point(xPos,clientSize[1]))
2051        self._init_Imports()
2052        #initialize Menu item objects (these contain lists of menu items that are enabled or disabled)
2053        self.MakePDF = []
2054        self.Refine = []
2055        self.SeqRefine = [] # pointer(s) to Sequential Refinement menu objects
2056        #self.ExportPattern = []
2057        self.ExportPeakList = []
2058        self.ExportHKL = []
2059        self.ExportPDF = []
2060        self.ExportPhase = []
2061        self.ExportCIF = []
2062        #
2063        self.GSASIIMenu = wx.MenuBar()
2064        # create a list of all dataframe menus (appended in PrefillDataMenu)
2065        self.dataMenuBars = [self.GSASIIMenu]
2066        self.MacroStatusList = []
2067        self.FillMainMenu(self.GSASIIMenu)
2068        self.SetMenuBar(self.GSASIIMenu)
2069        self.Bind(wx.EVT_SIZE, self.OnSize)
2070        self.Status = self.CreateStatusBar()
2071        self.mainPanel = wx.Panel(self,-1)
2072       
2073        wxID_PATTERNTREE = wx.NewId()
2074        #self.PatternTree = wx.TreeCtrl(id=wxID_PATTERNTREE, # replaced for logging
2075        self.PatternTree = G2G.G2TreeCtrl(id=wxID_PATTERNTREE,
2076            parent=self.mainPanel, pos=wx.Point(0, 0),style=wx.TR_DEFAULT_STYLE )
2077        self.PatternTree.Bind(wx.EVT_TREE_SEL_CHANGED, self.OnPatternTreeSelChanged)
2078        self.PatternTree.Bind(wx.EVT_TREE_ITEM_COLLAPSED,
2079            self.OnPatternTreeItemCollapsed, id=wxID_PATTERNTREE)
2080        self.PatternTree.Bind(wx.EVT_TREE_ITEM_EXPANDED,
2081            self.OnPatternTreeItemExpanded, id=wxID_PATTERNTREE)
2082        self.PatternTree.Bind(wx.EVT_TREE_DELETE_ITEM,
2083            self.OnPatternTreeItemDelete, id=wxID_PATTERNTREE)
2084        self.PatternTree.Bind(wx.EVT_TREE_KEY_DOWN,
2085            self.OnPatternTreeKeyDown, id=wxID_PATTERNTREE)
2086        self.PatternTree.Bind(wx.EVT_TREE_BEGIN_RDRAG,
2087            self.OnPatternTreeBeginRDrag, id=wxID_PATTERNTREE)       
2088        self.PatternTree.Bind(wx.EVT_TREE_END_DRAG,
2089            self.OnPatternTreeEndDrag, id=wxID_PATTERNTREE)       
2090        #self.root = self.PatternTree.AddRoot('Loaded Data: ')
2091        self.root = self.PatternTree.root
2092        plotFrame = wx.Frame(None,-1,'GSASII Plots',size=wx.Size(700,600), \
2093            style=wx.DEFAULT_FRAME_STYLE ^ wx.CLOSE_BOX)
2094        self.G2plotNB = G2plt.G2PlotNoteBook(plotFrame)
2095        plotFrame.Show()
2096       
2097        self.dataDisplay = None
2098       
2099    def __init__(self, parent):
2100        self.ExportLookup = {}
2101        self._init_ctrls(parent)
2102        self.Image = wx.Image(
2103            os.path.join(GSASIIpath.path2GSAS2,'gsas2.ico'),
2104            wx.BITMAP_TYPE_ICO)
2105        if "wxMSW" in wx.PlatformInfo:
2106            img = self.Image.Scale(16, 16).ConvertToBitmap()
2107        elif "wxGTK" in wx.PlatformInfo:
2108            img = self.Image.Scale(22, 22).ConvertToBitmap()
2109        else:
2110            img = self.Image.ConvertToBitmap()
2111        self.SetIcon(wx.IconFromBitmap(img))
2112        self.Bind(wx.EVT_CLOSE, self.ExitMain)
2113        # various defaults
2114        self.oldFocus = None
2115        self.GSASprojectfile = ''
2116        self.dirname = os.path.expanduser('~')       #start in the users home directory by default; may be meaningless
2117        self.exportDir = None  # the last directory used for exports, if any.
2118        self.undofile = ''
2119        self.TreeItemDelete = False
2120        self.plotStyle = {'qPlot':False,'dPlot':False,'sqrtPlot':False}
2121        self.Weight = False
2122        self.IfPlot = False
2123        self.DDShowAll = False
2124        self.PatternId = 0
2125        self.PickId = 0
2126        self.PeakTable = []
2127        self.LimitsTable = []
2128        self.ifX20 = True   #use M20 /= (1+X20) in powder indexing, etc.
2129        self.HKL = []
2130        self.Lines = []
2131        self.itemPicked = None
2132        self.dataFrame = None
2133        self.Interpolate = 'nearest'
2134        self.ContourColor = 'Paired'
2135        self.VcovColor = 'RdYlGn'
2136        self.RamaColor = 'Blues'
2137        self.Projection = 'equal area'
2138        self.logPlot = False
2139        self.sqPlot = False
2140        self.ErrorBars = False
2141        self.Contour = False
2142        self.Legend = False
2143        self.SinglePlot = True
2144        self.SubBack = False
2145        self.seqReverse = False
2146        self.plotView = 0
2147        self.Image = 0
2148        self.oldImagefile = ''
2149        self.ImageZ = []
2150        self.Integrate = 0
2151        self.imageDefault = {}
2152        self.Sngl = False
2153        self.ifGetRing = False
2154        self.MaskKey = ''           #trigger for making image masks
2155        self.StrainKey = ''         #ditto for new strain d-zeros
2156        self.EnablePlot = True
2157        if GSASIIpath.GetConfigValue('Starting_directory'):
2158            try: 
2159                os.chdir(GSASIIpath.GetConfigValue('Starting_directory'))
2160            except:
2161                print('Ignoring Config Starting_directory value: '+
2162                      GSASIIpath.GetConfigValue('Starting_directory'))
2163        arg = sys.argv
2164        if len(arg) > 1 and arg[1]:
2165            self.GSASprojectfile = os.path.splitext(arg[1])[0]+'.gpx'
2166            self.dirname = os.path.dirname(arg[1])
2167            if self.dirname: os.chdir(self.dirname)
2168            try:
2169                G2IO.ProjFileOpen(self)
2170                self.PatternTree.Expand(self.root)
2171                for item in self.Refine: item.Enable(True)
2172                self.EnableSeqRefineMenu()
2173            except:
2174                print 'Error opening file',arg[1]
2175             
2176        self.ImportDir = os.path.normpath(os.getcwd()) # specifies a default path to be used for imports
2177        if GSASIIpath.GetConfigValue('Import_directory'):
2178            self.ImportDir = GSASIIpath.GetConfigValue('Import_directory')
2179
2180    def OnSize(self,event):
2181        'Called when the main window is resized. Not sure why'
2182        w,h = self.GetClientSizeTuple()
2183        self.mainPanel.SetSize(wx.Size(w,h))
2184        self.PatternTree.SetSize(wx.Size(w,h))
2185                       
2186    def OnPatternTreeSelChanged(self, event):
2187        '''Called when a data tree item is selected'''
2188        if self.TreeItemDelete:
2189            self.TreeItemDelete = False
2190        else:
2191            pltNum = self.G2plotNB.nb.GetSelection()
2192            if pltNum >= 0:                         #to avoid the startup with no plot!
2193                pltPage = self.G2plotNB.nb.GetPage(pltNum)
2194                pltPlot = pltPage.figure
2195            item = event.GetItem()
2196            G2gd.MovePatternTreeToGrid(self,item)
2197            if self.oldFocus:
2198                self.oldFocus.SetFocus()
2199       
2200    def OnPatternTreeItemCollapsed(self, event):
2201        'Called when a tree item is collapsed'
2202        event.Skip()
2203
2204    def OnPatternTreeItemExpanded(self, event):
2205        'Called when a tree item is expanded'
2206        self.OnPatternTreeSelChanged(event)
2207       
2208    def OnPatternTreeItemDelete(self, event):
2209        'Called when a tree item is deleted -- not sure what this does'
2210        self.TreeItemDelete = True
2211
2212    def OnPatternTreeItemActivated(self, event):
2213        'Called when a tree item is activated'
2214        event.Skip()
2215       
2216    def OnPatternTreeBeginRDrag(self,event):
2217        event.Allow()
2218        self.BeginDragId = event.GetItem()
2219        self.ParentId = self.PatternTree.GetItemParent(self.BeginDragId)
2220        DragText = self.PatternTree.GetItemText(self.BeginDragId)
2221        self.DragData = [[DragText,self.PatternTree.GetItemPyData(self.BeginDragId)],]
2222        item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.BeginDragId)
2223        while item:     #G2 data tree has no sub children under a child of a tree item
2224            name = self.PatternTree.GetItemText(item)
2225            self.DragData.append([name,self.PatternTree.GetItemPyData(item)])
2226            item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.BeginDragId, cookie)                           
2227       
2228    def OnPatternTreeEndDrag(self,event):
2229        event.Allow()
2230        self.EndDragId = event.GetItem()
2231        try:
2232            NewParent = self.PatternTree.GetItemParent(self.EndDragId)
2233        except:
2234            self.EndDragId = self.PatternTree.GetLastChild(self.root)
2235            NewParent = self.root
2236        if self.ParentId != NewParent:
2237            self.ErrorDialog('Drag not allowed','Wrong parent for item dragged')
2238        else:
2239            Name,Item = self.DragData[0]
2240            NewId = self.PatternTree.InsertItem(self.ParentId,self.EndDragId,Name,data=None)
2241            self.PatternTree.SetItemPyData(NewId,Item)
2242            for name,item in self.DragData[1:]:     #loop over children
2243                Id = self.PatternTree.AppendItem(parent=NewId,text=name)
2244                self.PatternTree.SetItemPyData(Id,item)
2245            self.PatternTree.Delete(self.BeginDragId)
2246            G2gd.MovePatternTreeToGrid(self,NewId)
2247       
2248    def OnPatternTreeKeyDown(self,event):
2249        'Allows stepping through the tree with the up/down arrow keys'
2250        key = event.GetKeyCode()
2251        item = self.PickId
2252        if type(item) is int: return # is this the toplevel in tree?
2253        if key == wx.WXK_UP:
2254            self.oldFocus = wx.Window.FindFocus()
2255            self.PatternTree.GetPrevSibling(item)
2256        elif key == wx.WXK_DOWN:
2257            self.oldFocus = wx.Window.FindFocus()
2258            self.PatternTree.GetNextSibling(item)
2259               
2260    def OnReadPowderPeaks(self,event):
2261        'Bound to menu Data/Read Powder Peaks -- still needed?'
2262        Cuka = 1.54052
2263        self.CheckNotebook()
2264        dlg = wx.FileDialog(self, 'Choose file with peak list', '.', '', 
2265            'peak files (*.txt)|*.txt|All files (*.*)|*.*',wx.OPEN|wx.CHANGE_DIR)
2266        try:
2267            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
2268                self.HKL = []
2269                self.powderfile = dlg.GetPath()
2270                comments,peaks = G2IO.GetPowderPeaks(self.powderfile)
2271                Id = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text='PKS '+os.path.basename(self.powderfile))
2272                data = ['PKS',Cuka,0.0]
2273                names = ['Type','Lam','Zero'] 
2274                codes = [0,0,0]
2275                inst = [G2IO.makeInstDict(names,data,codes),{}]
2276                self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Instrument Parameters'),inst)
2277                self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Comments'),comments)
2278                self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Index Peak List'),[peaks,[]])
2279                self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Unit Cells List'),[])             
2280                self.PatternTree.Expand(Id)
2281                self.PatternTree.SelectItem(Id)
2282                os.chdir(dlg.GetDirectory())           # to get Mac/Linux to change directory!
2283        finally:
2284            dlg.Destroy()
2285                       
2286    def OnImageRead(self,event):
2287        'Called to read in an image in any known format'
2288        self.CheckNotebook()
2289        dlg = wx.FileDialog(
2290            self, 'Choose image files', '.', '',
2291            'Any supported image file (*.edf;*.tif;*.tiff;*.mar*;*.ge*;*.avg;*.sum;*.img;*.G2img;*.png)|'
2292            '*.edf;*.tif;*.tiff;*.mar*;*.ge*;*.avg;*.sum;*.img;*.G2img;*.png;*.zip|'
2293            'European detector file (*.edf)|*.edf|'
2294            'Any detector tif (*.tif;*.tiff)|*.tif;*.tiff|'
2295            'MAR file (*.mar*)|*.mar*|'
2296            'GE Image (*.ge*;*.avg;*.sum)|*.ge*;*.avg;*.sum|'
2297            'ADSC Image (*.img)|*.img|'
2298            'GSAS-II Image (*.G2img)|*.G2img|'
2299            'Portable Network Graphics image (*.png)|*.png|'
2300            'Zip archive (*.zip)|*.zip|'
2301            'All files (*.*)|*.*',
2302            wx.OPEN | wx.MULTIPLE|wx.CHANGE_DIR)
2303        try:
2304            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
2305                imagefiles = dlg.GetPaths()
2306                imagefiles.sort()
2307                for imagefile in imagefiles:
2308                    # if a zip file, open and extract
2309                    if os.path.splitext(imagefile)[1].lower() == '.zip':
2310                        extractedfile = G2IO.ExtractFileFromZip(imagefile,parent=self)
2311                        if extractedfile is not None and extractedfile != imagefile:
2312                            imagefile = extractedfile
2313                    Comments,Data,Npix,Image = G2IO.GetImageData(self,imagefile)
2314                    if Comments:
2315                        Id = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text='IMG '+os.path.basename(imagefile))
2316                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Comments'),Comments)
2317                        Imax = np.amax(Image)
2318                        Imin = max(0.0,np.amin(Image))          #force positive
2319                        if self.imageDefault:
2320                            Data = copy.copy(self.imageDefault)
2321                            Data['showLines'] = True
2322                            Data['ring'] = []
2323                            Data['rings'] = []
2324                            Data['cutoff'] = 10
2325                            Data['pixLimit'] = 20
2326                            Data['edgemin'] = 100000000
2327                            Data['calibdmin'] = 0.5
2328                            Data['calibskip'] = 0
2329                            Data['ellipses'] = []
2330                            Data['calibrant'] = ''
2331                            Data['GonioAngles'] = [0.,0.,0.]
2332                            Data['DetDepthRef'] = False
2333                        else:
2334                            Data['type'] = 'PWDR'
2335                            Data['color'] = 'Paired'
2336                            Data['tilt'] = 0.0
2337                            Data['rotation'] = 0.0
2338                            Data['showLines'] = False
2339                            Data['ring'] = []
2340                            Data['rings'] = []
2341                            Data['cutoff'] = 10
2342                            Data['pixLimit'] = 20
2343                            Data['calibdmin'] = 0.5
2344                            Data['calibskip'] = 0
2345                            Data['edgemin'] = 100000000
2346                            Data['ellipses'] = []
2347                            Data['GonioAngles'] = [0.,0.,0.]
2348                            Data['DetDepth'] = 0.
2349                            Data['DetDepthRef'] = False
2350                            Data['calibrant'] = ''
2351                            Data['IOtth'] = [2.0,5.0]
2352                            Data['LRazimuth'] = [135,225]
2353                            Data['azmthOff'] = 0.0
2354                            Data['outChannels'] = 2500
2355                            Data['outAzimuths'] = 1
2356                            Data['centerAzm'] = False
2357                            Data['fullIntegrate'] = False
2358                            Data['setRings'] = False
2359                            Data['background image'] = ['',-1.0]                           
2360                            Data['dark image'] = ['',-1.0]
2361                            Data['Flat Bkg'] = 0.0
2362                        Data['setDefault'] = False
2363                        Data['range'] = [(Imin,Imax),[Imin,Imax]]
2364                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Image Controls'),Data)
2365                        Masks = {'Points':[],'Rings':[],'Arcs':[],'Polygons':[],'Frames':[],'Thresholds':[(Imin,Imax),[Imin,Imax]]}
2366                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Masks'),Masks)
2367                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Stress/Strain'),
2368                            {'Type':'True','d-zero':[],'Sample phi':0.0,'Sample z':0.0,'Sample load':0.0})
2369                        self.PatternTree.SetItemPyData(Id,[Npix,imagefile])
2370                        self.PickId = Id
2371                        self.Image = Id
2372                os.chdir(dlg.GetDirectory())           # to get Mac/Linux to change directory!               
2373                self.PatternTree.SelectItem(G2gd.GetPatternTreeItemId(self,Id,'Image Controls'))             #show last one
2374        finally:
2375            path = dlg.GetDirectory()           # to get Mac/Linux to change directory!
2376            os.chdir(path)
2377            dlg.Destroy()
2378
2379    def CheckNotebook(self):
2380        '''Make sure the data tree has the minimally expected controls.
2381        (BHT) correct?
2382        '''
2383        if not G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Notebook'):
2384            sub = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text='Notebook')
2385            self.PatternTree.SetItemPyData(sub,[''])
2386        if not G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Controls'):
2387            sub = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text='Controls')
2388            self.PatternTree.SetItemPyData(sub,copy.copy(G2obj.DefaultControls))
2389        if not G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Covariance'):
2390            sub = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text='Covariance')
2391            self.PatternTree.SetItemPyData(sub,{})
2392        if not G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Constraints'):
2393            sub = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text='Constraints')
2394            self.PatternTree.SetItemPyData(sub,{'Hist':[],'HAP':[],'Phase':[]})
2395        if not G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Restraints'):
2396            sub = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text='Restraints')
2397            self.PatternTree.SetItemPyData(sub,{})
2398        if not G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Rigid bodies'):
2399            sub = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text='Rigid bodies')
2400            self.PatternTree.SetItemPyData(sub,{'Vector':{'AtInfo':{}},
2401                'Residue':{'AtInfo':{}},'RBIds':{'Vector':[],'Residue':[]}})
2402               
2403    class CopyDialog(wx.Dialog):
2404        '''Creates a dialog for copying control settings between
2405        data tree items'''
2406        def __init__(self,parent,title,text,data):
2407            wx.Dialog.__init__(self,parent,-1,title, 
2408                pos=wx.DefaultPosition,style=wx.DEFAULT_DIALOG_STYLE)
2409            self.data = data
2410            panel = wx.Panel(self)
2411            mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
2412            topLabl = wx.StaticText(panel,-1,text)
2413            mainSizer.Add((10,10),1)
2414            mainSizer.Add(topLabl,0,wx.ALIGN_CENTER_VERTICAL|wx.LEFT,10)
2415            mainSizer.Add((10,10),1)
2416            ncols = len(data)/40+1
2417            dataGridSizer = wx.FlexGridSizer(cols=ncols,hgap=2,vgap=2)
2418            for id,item in enumerate(self.data):
2419                ckbox = wx.CheckBox(panel,id,item[1])
2420                ckbox.Bind(wx.EVT_CHECKBOX,self.OnCopyChange)                   
2421                dataGridSizer.Add(ckbox,0,wx.LEFT,10)
2422            mainSizer.Add(dataGridSizer,0,wx.EXPAND)
2423            OkBtn = wx.Button(panel,-1,"Ok")
2424            OkBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnOk)
2425            cancelBtn = wx.Button(panel,-1,"Cancel")
2426            cancelBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnCancel)
2427            btnSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
2428            btnSizer.Add((20,20),1)
2429            btnSizer.Add(OkBtn)
2430            btnSizer.Add((20,20),1)
2431            btnSizer.Add(cancelBtn)
2432            btnSizer.Add((20,20),1)
2433           
2434            mainSizer.Add(btnSizer,0,wx.EXPAND|wx.BOTTOM|wx.TOP, 10)
2435            panel.SetSizer(mainSizer)
2436            panel.Fit()
2437            self.Fit()
2438       
2439        def OnCopyChange(self,event):
2440            id = event.GetId()
2441            self.data[id][0] = self.FindWindowById(id).GetValue()       
2442           
2443        def OnOk(self,event):
2444            parent = self.GetParent()
2445            parent.Raise()
2446            self.EndModal(wx.ID_OK)             
2447           
2448        def OnCancel(self,event):
2449            parent = self.GetParent()
2450            parent.Raise()
2451            self.EndModal(wx.ID_CANCEL)             
2452           
2453        def GetData(self):
2454            return self.data
2455       
2456    class SumDialog(wx.Dialog):
2457        'Allows user to supply scale factor(s) when summing data'
2458        def __init__(self,parent,title,text,dataType,data):
2459            wx.Dialog.__init__(self,parent,-1,title, 
2460                pos=wx.DefaultPosition,style=wx.DEFAULT_DIALOG_STYLE)
2461            self.data = data
2462            panel = wx.Panel(self)
2463            mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
2464            topLabl = wx.StaticText(panel,-1,text)
2465            mainSizer.Add((10,10),1)
2466            mainSizer.Add(topLabl,0,wx.ALIGN_CENTER_VERTICAL|wx.LEFT,10)
2467            mainSizer.Add((10,10),1)
2468            dataGridSizer = wx.FlexGridSizer(cols=2,hgap=2,vgap=2)
2469            for id,item in enumerate(self.data[:-1]):
2470                name = wx.TextCtrl(panel,-1,item[1],size=wx.Size(200,20))
2471                name.SetEditable(False)
2472                scale = wx.TextCtrl(panel,id,'%.3f'%(item[0]),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
2473                scale.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,self.OnScaleChange)
2474                scale.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,self.OnScaleChange)
2475                dataGridSizer.Add(scale,0,wx.LEFT,10)
2476                dataGridSizer.Add(name,0,wx.RIGHT,10)
2477            if dataType:
2478                dataGridSizer.Add(wx.StaticText(panel,-1,'Sum result name: '+dataType),0, \
2479                    wx.LEFT|wx.TOP|wx.ALIGN_CENTER_VERTICAL,10)
2480                self.name = wx.TextCtrl(panel,-1,self.data[-1],size=wx.Size(200,20),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
2481                self.name.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,self.OnNameChange)
2482                self.name.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,self.OnNameChange)
2483                dataGridSizer.Add(self.name,0,wx.RIGHT|wx.TOP,10)
2484            mainSizer.Add(dataGridSizer,0,wx.EXPAND)
2485            OkBtn = wx.Button(panel,-1,"Ok")
2486            OkBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnOk)
2487            cancelBtn = wx.Button(panel,-1,"Cancel")
2488            cancelBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnCancel)
2489            btnSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
2490            btnSizer.Add((20,20),1)
2491            btnSizer.Add(OkBtn)
2492            btnSizer.Add((20,20),1)
2493            btnSizer.Add(cancelBtn)
2494            btnSizer.Add((20,20),1)
2495           
2496            mainSizer.Add(btnSizer,0,wx.EXPAND|wx.BOTTOM|wx.TOP, 10)
2497            panel.SetSizer(mainSizer)
2498            panel.Fit()
2499            self.Fit()
2500
2501        def OnScaleChange(self,event):
2502            id = event.GetId()
2503            value = self.FindWindowById(id).GetValue()
2504            try:
2505                self.data[id][0] = float(value)
2506                self.FindWindowById(id).SetValue('%.3f'%(self.data[id][0]))
2507            except ValueError:
2508                if value and '-' not in value[0]:
2509                    print 'bad input - numbers only'
2510                    self.FindWindowById(id).SetValue('0.000')
2511           
2512        def OnNameChange(self,event):
2513            self.data[-1] = self.name.GetValue() 
2514           
2515        def OnOk(self,event):
2516            parent = self.GetParent()
2517            parent.Raise()
2518            self.EndModal(wx.ID_OK)             
2519           
2520        def OnCancel(self,event):
2521            parent = self.GetParent()
2522            parent.Raise()
2523            self.EndModal(wx.ID_CANCEL)             
2524           
2525        def GetData(self):
2526            return self.data
2527                       
2528    def OnPwdrSum(self,event):
2529        'Sum together powder data(?)'
2530        TextList = []
2531        DataList = []
2532        SumList = []
2533        Names = []
2534        Inst = None
2535        SumItemList = []
2536        Comments = ['Sum equals: \n']
2537        if self.PatternTree.GetCount():
2538            item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
2539            while item:
2540                name = self.PatternTree.GetItemText(item)
2541                Names.append(name)
2542                if 'PWDR' in name:
2543                    TextList.append([0.0,name])
2544                    DataList.append(self.PatternTree.GetItemPyData(item)[1])    # (x,y,w,yc,yb,yd)
2545                    if not Inst:
2546                        Inst = self.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(self,item, 'Instrument Parameters'))
2547                item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)
2548            if len(TextList) < 2:
2549                self.ErrorDialog('Not enough data to sum','There must be more than one "PWDR" pattern')
2550                return
2551            TextList.append('default_sum_name')               
2552            dlg = self.SumDialog(self,'Sum data','Enter scale for each pattern in summation','PWDR',TextList)
2553            try:
2554                if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
2555                    lenX = 0
2556                    Xminmax = [0,0]
2557                    Xsum = []
2558                    Ysum = []
2559                    Vsum = []
2560                    result = dlg.GetData()
2561                    for i,item in enumerate(result[:-1]):
2562                        scale,name = item
2563                        data = DataList[i]
2564                        if scale:
2565                            Comments.append("%10.3f %s" % (scale,' * '+name))
2566                            x,y,w,yc,yb,yd = data   #numpy arrays!
2567                            v = 1./w
2568                            if lenX:
2569                                if lenX != len(x):
2570                                    self.ErrorDialog('Data length error','Data to be summed must have same number of points'+ \
2571                                        '\nExpected:'+str(lenX)+ \
2572                                        '\nFound:   '+str(len(x))+'\nfor '+name)
2573                                    return
2574                            else:
2575                                lenX = len(x)
2576                            if Xminmax[1]:
2577                                if Xminmax != [x[0],x[-1]]:
2578                                    self.ErrorDialog('Data range error','Data to be summed must span same range'+ \
2579                                        '\nExpected:'+str(Xminmax[0])+' '+str(Xminmax[1])+ \
2580                                        '\nFound:   '+str(x[0])+' '+str(x[-1])+'\nfor '+name)
2581                                    return
2582                                else:
2583                                    for j,yi in enumerate(y):
2584                                         Ysum[j] += scale*yi
2585                                         Vsum[j] += abs(scale)*v[j]
2586                            else:
2587                                Xminmax = [x[0],x[-1]]
2588                                YCsum = YBsum = YDsum = [0.0 for i in range(lenX)]
2589                                for j,yi in enumerate(y):
2590                                    Xsum.append(x[j])
2591                                    Ysum.append(scale*yi)
2592                                    Vsum.append(abs(scale*v[j]))
2593                    Wsum = 1./np.array(Vsum)
2594                    outname = 'PWDR '+result[-1]
2595                    Id = 0
2596                    if outname in Names:
2597                        dlg2 = wx.MessageDialog(self,'Overwrite data?','Duplicate data name',wx.OK|wx.CANCEL)
2598                        try:
2599                            if dlg2.ShowModal() == wx.ID_OK:
2600                                Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,name)
2601                                self.PatternTree.Delete(Id)
2602                        finally:
2603                            dlg2.Destroy()
2604                    Id = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text=outname)
2605                    if Id:
2606                        Sample = G2pdG.SetDefaultSample()
2607                        valuesdict = {
2608                            'wtFactor':1.0,
2609                            'Dummy':False,
2610                            'ranId':ran.randint(0,sys.maxint),
2611                            'Offset':[0.0,0.0],'delOffset':0.02,'refOffset':-1.0,'refDelt':0.01,
2612                            'qPlot':False,'dPlot':False,'sqrtPlot':False
2613                            }
2614                        self.PatternTree.SetItemPyData(Id,[valuesdict,[np.array(Xsum),np.array(Ysum),np.array(Wsum),
2615                            np.array(YCsum),np.array(YBsum),np.array(YDsum)]])
2616                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Comments'),Comments)                   
2617                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Limits'),[tuple(Xminmax),Xminmax])
2618                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Background'),[['chebyschev',True,3,1.0,0.0,0.0],
2619                            {'nDebye':0,'debyeTerms':[],'nPeaks':0,'peaksList':[]}])
2620                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Instrument Parameters'),Inst)
2621                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Sample Parameters'),Sample)
2622                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Peak List'),{'peaks':[],'sigDict':{}})
2623                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Index Peak List'),[[],[]])
2624                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Unit Cells List'),[])             
2625                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Reflection Lists'),{})             
2626                        self.PatternTree.SelectItem(Id)
2627                        self.PatternTree.Expand(Id)
2628            finally:
2629                dlg.Destroy()
2630
2631    def OnImageSum(self,event):
2632        'Sum together image data(?)'
2633        TextList = []
2634        DataList = []
2635        SumList = []
2636        Names = []
2637        Inst = []
2638        SumItemList = []
2639        Comments = ['Sum equals: \n']
2640        if self.PatternTree.GetCount():
2641            item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
2642            while item:
2643                name = self.PatternTree.GetItemText(item)
2644                Names.append(name)
2645                if 'IMG' in name:
2646                    TextList.append([0.0,name])
2647                    DataList.append(self.PatternTree.GetItemPyData(item))        #Size,Image
2648                    Data = self.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(self,item,'Image Controls'))
2649                item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)
2650            if len(TextList) < 2:
2651                self.ErrorDialog('Not enough data to sum','There must be more than one "IMG" pattern')
2652                return
2653            TextList.append('default_sum_name')               
2654            dlg = self.SumDialog(self,'Sum data','Enter scale for each image in summation','IMG',TextList)
2655            try:
2656                if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
2657                    imSize = 0
2658                    result = dlg.GetData()
2659                    First = True
2660                    Found = False
2661                    for i,item in enumerate(result[:-1]):
2662                        scale,name = item
2663                        data = DataList[i]
2664                        if scale:
2665                            Found = True                               
2666                            Comments.append("%10.3f %s" % (scale,' * '+name))
2667                            Npix,imagefile = data
2668                            image = G2IO.GetImageData(self,imagefile,imageOnly=True)
2669                            if First:
2670                                newImage = np.zeros_like(image)
2671                                First = False
2672                            if imSize:
2673                                if imSize != Npix:
2674                                    self.ErrorDialog('Image size error','Images to be summed must be same size'+ \
2675                                        '\nExpected:'+str(imSize)+ \
2676                                        '\nFound:   '+str(Npix)+'\nfor '+name)
2677                                    return
2678                                newImage = newImage+scale*image
2679                            else:
2680                                imSize = Npix
2681                                newImage = newImage+scale*image
2682                            del(image)
2683                    if not Found:
2684                        self.ErrorDialog('Image sum error','No nonzero image multipliers found')
2685                        return
2686                       
2687                    newImage = np.asfarray(newImage,dtype=np.float32)                       
2688                    outname = 'IMG '+result[-1]
2689                    Id = 0
2690                    if outname in Names:
2691                        dlg2 = wx.MessageDialog(self,'Overwrite data?','Duplicate data name',wx.OK|wx.CANCEL)
2692                        try:
2693                            if dlg2.ShowModal() == wx.ID_OK:
2694                                Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,name)
2695                        finally:
2696                            dlg2.Destroy()
2697                    else:
2698                        Id = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text=outname)
2699                    if Id:
2700                        dlg = wx.FileDialog(self, 'Choose sum image filename', '.', '', 
2701                            'G2img files (*.G2img)|*.G2img', 
2702                            wx.SAVE|wx.FD_OVERWRITE_PROMPT|wx.CHANGE_DIR)
2703                        if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
2704                            newimagefile = dlg.GetPath()
2705                            newimagefile = G2IO.FileDlgFixExt(dlg,newimagefile)
2706                            G2IO.PutG2Image(newimagefile,Comments,Data,Npix,newImage)
2707                            Imax = np.amax(newImage)
2708                            Imin = np.amin(newImage)
2709                            newImage = []
2710                            self.PatternTree.SetItemPyData(Id,[imSize,newimagefile])
2711                            self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Comments'),Comments)
2712                        del(newImage)
2713                        if self.imageDefault:
2714                            Data = copy.copy(self.imageDefault)
2715                        Data['showLines'] = True
2716                        Data['ring'] = []
2717                        Data['rings'] = []
2718                        Data['cutoff'] = 10
2719                        Data['pixLimit'] = 20
2720                        Data['ellipses'] = []
2721                        Data['calibrant'] = ''
2722                        Data['range'] = [(Imin,Imax),[Imin,Imax]]
2723                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Image Controls'),Data)                                           
2724                        Masks = {'Points':[],'Rings':[],'Arcs':[],'Polygons':[],'Frames':[],'Thresholds':[(Imin,Imax),[Imin,Imax]]}
2725                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Masks'),Masks)
2726                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Stress/Strain'),
2727                            {'Type':'True','d-zero':[],'Sample phi':0.0,'Sample z':0.0,'Sample load':0.0})
2728                        self.PatternTree.SelectItem(Id)
2729                        self.PatternTree.Expand(Id)
2730                        self.PickId = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,outname)
2731                        self.Image = self.PickId
2732            finally:
2733                dlg.Destroy()
2734                     
2735    def OnAddPhase(self,event):
2736        'Add a new, empty phase to the tree. Called by Data/Add Phase menu'
2737        if not G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases'):
2738            sub = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text='Phases')
2739        else:
2740            sub = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases')
2741        PhaseName = ''
2742        dlg = wx.TextEntryDialog(None,'Enter a name for this phase','Phase Name Entry','New phase',
2743            style=wx.OK)
2744        if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
2745            PhaseName = dlg.GetValue()
2746        dlg.Destroy()
2747        sub = self.PatternTree.AppendItem(parent=sub,text=PhaseName)
2748        E,SGData = G2spc.SpcGroup('P 1')
2749        self.PatternTree.SetItemPyData(sub,G2IO.SetNewPhase(Name=PhaseName,SGData=SGData))
2750       
2751    def OnDeletePhase(self,event):
2752        'Delete a phase from the tree. Called by Data/Delete Phase menu'
2753        #Hmm, also need to delete this phase from Reflection Lists for each PWDR histogram
2754        if self.dataFrame:
2755            self.dataFrame.Clear() 
2756        TextList = []
2757        DelList = []
2758        DelItemList = []
2759        if G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases'):
2760            sub = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases')
2761        else:
2762            return
2763        if sub:
2764            item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(sub)
2765            while item:
2766                TextList.append(self.PatternTree.GetItemText(item))
2767                item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(sub, cookie)               
2768            dlg = wx.MultiChoiceDialog(self, 'Which phase to delete?', 'Delete phase', TextList, wx.CHOICEDLG_STYLE)
2769            try:
2770                if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
2771                    result = dlg.GetSelections()
2772                    for i in result: DelList.append([i,TextList[i]])
2773                    item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(sub)
2774                    i = 0
2775                    while item:
2776                        if [i,self.PatternTree.GetItemText(item)] in DelList: DelItemList.append(item)
2777                        item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(sub, cookie)
2778                        i += 1
2779                    for item in DelItemList:
2780                        name = self.PatternTree.GetItemText(item)
2781                        self.PatternTree.Delete(item)
2782                        self.G2plotNB.Delete(name)
2783                    item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
2784                    while item:
2785                        name = self.PatternTree.GetItemText(item)
2786                        if 'PWDR' in name:
2787                            Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,item, 'Reflection Lists')
2788                            refList = self.PatternTree.GetItemPyData(Id)
2789                            if len(refList):
2790                                for i,item in DelList:
2791                                    if item in refList:
2792                                        del(refList[item])
2793                            self.PatternTree.SetItemPyData(Id,refList)
2794                        item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)
2795            finally:
2796                dlg.Destroy()
2797               
2798    def OnRenameData(self,event):
2799        'Renames an existing phase. Called by Data/Rename Phase menu'
2800        name = self.PatternTree.GetItemText(self.PickId)     
2801        if 'PWDR' in name or 'HKLF' in name or 'IMG' in name:
2802            dataType = name[:name.index(' ')+1]                 #includes the ' '
2803            dlg = wx.TextEntryDialog(self,'Data name: '+dataType,'Change data name',
2804                defaultValue=name[name.index(' ')+1:])
2805            try:
2806                if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
2807                    self.PatternTree.SetItemText(self.PickId,dataType+dlg.GetValue())
2808            finally:
2809                dlg.Destroy()
2810       
2811    def GetFileList(self,fileType,skip=None):        #potentially useful?
2812        'Appears unused. Note routine of same name in GSASIIpwdGUI'
2813        fileList = []
2814        Source = ''
2815        id, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
2816        while id:
2817            name = self.PatternTree.GetItemText(id)
2818            if fileType in name:
2819                if id == skip:
2820                    Source = name
2821                else:
2822                    fileList.append([False,name,id])
2823            id, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)
2824        if skip:
2825            return fileList,Source
2826        else:
2827            return fileList
2828           
2829    def OnDataDelete(self, event):
2830        '''Delete one or more histograms from data tree. Called by the
2831        Data/DeleteData menu
2832        '''
2833#        TextList = ['All Data']
2834        TextList = []
2835        DelList = []
2836        DelItemList = []
2837        nItems = {'PWDR':0,'SASD':0,'IMG':0,'HKLF':0,'PDF':0}
2838        ifPWDR = False
2839        ifSASD = False
2840        ifIMG = False
2841        ifHKLF = False
2842        ifPDF = False
2843        if self.PatternTree.GetCount():
2844            item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
2845            while item:
2846                name = self.PatternTree.GetItemText(item)
2847                if name not in ['Notebook','Controls','Covariance','Constraints',
2848                    'Restraints','Phases','Rigid bodies','Sequential results']:
2849                    if 'PWDR' in name: ifPWDR = True; nItems['PWDR'] += 1
2850                    if 'SASD' in name: ifSASD = True; nItems['SASD'] += 1
2851                    if 'IMG' in name: ifIMG = True; nItems['IMG'] += 1
2852                    if 'HKLF' in name: ifHKLF = True; nItems['HKLF'] += 1
2853                    if 'PDF' in name: ifPDF = True; nItems['PDF'] += 1
2854                    TextList.append(name)
2855                item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)
2856#            if ifPWDR: TextList.insert(1,'All PWDR')
2857#            if ifSASD: TextList.insert(1,'All SASD')
2858#            if ifIMG: TextList.insert(1,'All IMG')
2859#            if ifHKLF: TextList.insert(1,'All HKLF')
2860#            if ifPDF: TextList.insert(1,'All PDF')               
2861            dlg = G2G.G2MultiChoiceDialog(self, 'Which data to delete?', 'Delete data', TextList, wx.CHOICEDLG_STYLE)
2862            try:
2863                if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
2864                    result = dlg.GetSelections()
2865                    for i in result: DelList.append(TextList[i])
2866#                    if 'All Data' in DelList:
2867#                        DelList = [item for item in TextList if item[:3] != 'All']
2868#                    elif 'All PWDR' in DelList:
2869#                        DelList = [item for item in TextList if item[:4] == 'PWDR']
2870#                    elif 'All SASD' in DelList:
2871#                        DelList = [item for item in TextList if item[:4] == 'SASD']
2872#                    elif 'All IMG' in DelList:
2873#                        DelList = [item for item in TextList if item[:3] == 'IMG']
2874#                    elif 'All HKLF' in DelList:
2875#                        DelList = [item for item in TextList if item[:4] == 'HKLF']
2876#                    elif 'All PDF' in DelList:
2877#                        DelList = [item for item in TextList if item[:3] == 'PDF']
2878                    item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
2879                    while item:
2880                        itemName = self.PatternTree.GetItemText(item)
2881                        if itemName in DelList:
2882                            if 'PWDR' in itemName: nItems['PWDR'] -= 1
2883                            elif 'SASD' in itemName: nItems['SASD'] -= 1
2884                            elif 'IMG' in itemName: nItems['IMG'] -= 1
2885                            elif 'HKLF' in itemName: nItems['HKLF'] -= 1
2886                            elif 'PDF' in itemName: nItems['PDF'] -= 1
2887                            DelItemList.append(item)
2888                        item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)
2889                    for item in DelItemList:
2890                        self.PatternTree.Delete(item)
2891                    self.PickId = 0
2892                    self.PatternId = 0
2893                    if nItems['PWDR']:
2894                        wx.CallAfter(G2plt.PlotPatterns,self,True)
2895                    else:
2896                        self.G2plotNB.Delete('Powder Patterns')
2897                    if not nItems['IMG']:
2898                        self.G2plotNB.Delete('2D Powder Image')
2899                    if not nItems['HKLF']:
2900                        self.G2plotNB.Delete('Structure Factors')
2901                        if '3D Structure Factors' in self.G2plotNB.plotList:
2902                            self.G2plotNB.Delete('3D Structure Factors')
2903            finally:
2904                dlg.Destroy()
2905
2906    def OnFileOpen(self, event, filename=None):
2907        '''Reads in a GSAS-II .gpx project file in response to the
2908        File/Open Project menu button
2909        '''
2910        result = wx.ID_OK
2911        Id = 0
2912        self.EnablePlot = False
2913        if self.PatternTree.GetChildrenCount(self.root,False):
2914            if self.dataFrame:
2915                self.dataFrame.Clear() 
2916            dlg = wx.MessageDialog(
2917                self,
2918                'Do you want to overwrite the current project? '
2919                'Any unsaved changes will be lost. Press OK to continue.',
2920                'Overwrite?',  wx.OK | wx.CANCEL)
2921            try:
2922                result = dlg.ShowModal()
2923                if result == wx.ID_OK:
2924                    self.PatternTree.DeleteChildren(self.root)
2925                    self.GSASprojectfile = ''
2926                    if self.HKL: self.HKL = []
2927                    if self.G2plotNB.plotList:
2928                        self.G2plotNB.clear()
2929            finally:
2930                dlg.Destroy()
2931        if result != wx.ID_OK: return
2932
2933        if not filename:
2934            if self.dataDisplay: self.dataDisplay.Destroy()
2935            dlg = wx.FileDialog(self, 'Choose GSAS-II project file', '.', '', 
2936                'GSAS-II project file (*.gpx)|*.gpx',wx.OPEN|wx.CHANGE_DIR)
2937            try:
2938                if dlg.ShowModal() != wx.ID_OK: return
2939                self.GSASprojectfile = dlg.GetPath()
2940                self.GSASprojectfile = G2IO.FileDlgFixExt(dlg,self.GSASprojectfile)
2941                self.dirname = dlg.GetDirectory()
2942            finally:
2943                dlg.Destroy()
2944        else:
2945            self.GSASprojectfile = os.path.splitext(filename)[0]+'.gpx'
2946            self.dirname = os.path.split(filename)[0]
2947
2948        G2IO.ProjFileOpen(self)
2949        self.PatternTree.SetItemText(self.root,'Loaded Data: '+self.GSASprojectfile)
2950        self.PatternTree.Expand(self.root)
2951        self.HKL = []
2952        item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
2953        while item and not Id:
2954            name = self.PatternTree.GetItemText(item)
2955            if name[:4] in ['PWDR','HKLF','IMG ','PDF ','SASD',]:
2956                Id = item
2957            elif name == 'Controls':
2958                data = self.PatternTree.GetItemPyData(item)
2959                if data:
2960                    for item in self.Refine: item.Enable(True)
2961                    self.EnableSeqRefineMenu()
2962            item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)
2963        if Id:
2964            self.EnablePlot = True
2965            self.PatternTree.SelectItem(Id)
2966        self.CheckNotebook()
2967        os.chdir(self.dirname)           # to get Mac/Linux to change directory!
2968
2969    def OnFileClose(self, event):
2970        '''Clears the data tree in response to the
2971        File/New Project menu button. User is given option to save
2972        the project.
2973        '''
2974        if self.dataFrame:
2975            self.dataFrame.Clear()
2976            self.dataFrame.SetLabel('GSAS-II data display') 
2977        dlg = wx.MessageDialog(self, 'Save current project?', ' ', wx.YES | wx.NO | wx.CANCEL)
2978        try:
2979            result = dlg.ShowModal()
2980            if result == wx.ID_OK:
2981                self.OnFileSaveMenu(event)
2982            if result != wx.ID_CANCEL:
2983                self.GSASprojectfile = ''
2984                self.PatternTree.SetItemText(self.root,'Loaded Data: ')
2985                self.PatternTree.DeleteChildren(self.root)
2986                if self.HKL: self.HKL = []
2987                if self.G2plotNB.plotList:
2988                    self.G2plotNB.clear()
2989        finally:
2990            dlg.Destroy()
2991
2992    def OnFileSave(self, event):
2993        '''Save the current project in response to the
2994        File/Save Project menu button
2995        '''
2996       
2997        if self.GSASprojectfile: 
2998            self.PatternTree.SetItemText(self.root,'Loaded Data: '+self.GSASprojectfile)
2999            G2IO.ProjFileSave(self)
3000        else:
3001            self.OnFileSaveas(event)
3002
3003    def OnFileSaveas(self, event):
3004        '''Save the current project in response to the
3005        File/Save as menu button
3006        '''
3007        dlg = wx.FileDialog(self, 'Choose GSAS-II project file name', '.', '', 
3008            'GSAS-II project file (*.gpx)|*.gpx',wx.FD_SAVE|wx.FD_OVERWRITE_PROMPT|wx.CHANGE_DIR)
3009        try:
3010            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
3011                self.GSASprojectfile = dlg.GetPath()
3012                self.GSASprojectfile = G2IO.FileDlgFixExt(dlg,self.GSASprojectfile)
3013                self.PatternTree.SetItemText(self.root,'Saving project as'+self.GSASprojectfile)
3014                self.SetTitle("GSAS-II data tree: "+os.path.split(self.GSASprojectfile)[1])
3015                G2IO.ProjFileSave(self)
3016                os.chdir(dlg.GetDirectory())           # to get Mac/Linux to change directory!
3017        finally:
3018            dlg.Destroy()
3019
3020    def ExitMain(self, event):
3021        '''Called if the main window is closed'''
3022        if self.undofile:
3023            os.remove(self.undofile)
3024        sys.exit()
3025       
3026    def OnFileExit(self, event):
3027        '''Called in response to the File/Quit menu button'''
3028        if self.dataFrame:
3029            self.dataFrame.Clear() 
3030            self.dataFrame.Destroy()
3031        self.Close()
3032       
3033    # def OnExportPatterns(self,event):
3034    #     names = ['All']
3035    #     exports = []
3036    #     item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
3037    #     while item:
3038    #         name = self.PatternTree.GetItemText(item)
3039    #         if 'PWDR' in name:
3040    #             names.append(name)
3041    #         item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)
3042    #     if names:
3043    #         dlg = wx.MultiChoiceDialog(self,'Select','Powder patterns to export',names)
3044    #         if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
3045    #             sel = dlg.GetSelections()
3046    #             if sel[0] == 0:
3047    #                 exports = names[1:]
3048    #             else:
3049    #                 for x in sel:
3050    #                     exports.append(names[x])
3051    #         dlg.Destroy()
3052    #     if exports:
3053    #         dlg = wx.FileDialog(self, 'Choose output powder file name', '.', '',
3054    #             'GSAS fxye file (*.fxye)|*.fxye|xye file (*.xye)|*.xye',
3055    #             wx.FD_SAVE|wx.FD_OVERWRITE_PROMPT|wx.CHANGE_DIR)
3056    #         try:
3057    #             if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
3058    #                 powderfile = dlg.GetPath()
3059    #                 powderfile = G2IO.FileDlgFixExt(dlg,powderfile)
3060    #                 if 'fxye' in powderfile:
3061    #                     G2IO.powderFxyeSave(self,exports,powderfile)
3062    #                 else:       #just xye
3063    #                     G2IO.powderXyeSave(self,exports,powderfile)
3064    #         finally:
3065    #             dlg.Destroy()
3066       
3067    def OnExportPeakList(self,event):
3068        dlg = wx.FileDialog(self, 'Choose output peak list file name', '.', '', 
3069            '(*.*)|*.*',wx.FD_SAVE|wx.FD_OVERWRITE_PROMPT|wx.CHANGE_DIR)
3070        try:
3071            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
3072                self.peaklistfile = dlg.GetPath()
3073                self.peaklistfile = G2IO.FileDlgFixExt(dlg,self.peaklistfile)
3074                file = open(self.peaklistfile,'w')               
3075                item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
3076                while item:
3077                    name = self.PatternTree.GetItemText(item)
3078                    if 'PWDR' in name:
3079                        item2, cookie2 = self.PatternTree.GetFirstChild(item)
3080                        while item2:
3081                            name2 = self.PatternTree.GetItemText(item2)
3082                            if name2 == 'Peak List':
3083                                peaks = self.PatternTree.GetItemPyData(item2)['peaks']
3084                                file.write("%s \n" % (name+' Peak List'))
3085                                if len(peaks[0]) == 8:
3086                                    file.write('%10s %12s %10s %10s %10s\n'%('pos','int','sig','gam','FWHM'))
3087                                else:
3088                                    file.write('%10s %12s %10s %10s %10s %10s %10s\n'%('pos','int','alp','bet','sig','gam','FWHM'))                                   
3089                                for peak in peaks:
3090                                    if len(peak) == 8:  #CW
3091                                        FWHM = G2pwd.getgamFW(peak[6],peak[4])
3092                                        file.write("%10.5f %12.2f %10.3f %10.3f %10.3f \n" % \
3093                                            (peak[0],peak[2],peak[4],peak[6],FWHM))
3094                                    else:               #TOF - more cols
3095                                        FWHM = G2pwd.getgamFW(peak[10],peak[8])
3096                                        file.write("%10.5f %12.2f %10.3f %10.3f %10.3f %10.3f %10.3f\n" % \
3097                                            (peak[0],peak[2],peak[4],peak[6],peak[8],peak[10],FWHM))
3098                            item2, cookie2 = self.PatternTree.GetNextChild(item, cookie2)                           
3099                    item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)                           
3100                file.close()
3101        finally:
3102            dlg.Destroy()
3103       
3104    def OnExportHKL(self,event):
3105        dlg = wx.FileDialog(self, 'Choose output reflection list file name', '.', '', 
3106            '(*.*)|*.*',wx.FD_SAVE|wx.FD_OVERWRITE_PROMPT|wx.CHANGE_DIR)
3107        try:
3108            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
3109                self.peaklistfile = dlg.GetPath()
3110                self.peaklistfile = G2IO.FileDlgFixExt(dlg,self.peaklistfile)
3111                file = open(self.peaklistfile,'w')               
3112                item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
3113                while item:
3114                    name = self.PatternTree.GetItemText(item)
3115                    if 'PWDR' in name:
3116                        item2, cookie2 = self.PatternTree.GetFirstChild(item)
3117                        while item2:
3118                            name2 = self.PatternTree.GetItemText(item2)
3119                            if name2 == 'Reflection Lists':
3120                                data = self.PatternTree.GetItemPyData(item2)
3121                                phases = data.keys()
3122                                for phase in phases:
3123                                    peaks = data[phase]
3124                                    file.write("%s %s %s \n" % (name,phase,' Reflection List'))
3125                                    if 'T' in peaks.get('Type','PXC'):
3126                                        file.write('%s \n'%('   h   k   l   m    d-space     TOF         wid        F**2'))
3127                                    else:               
3128                                        file.write('%s \n'%('   h   k   l   m    d-space   2-theta       wid        F**2'))
3129                                    for peak in peaks['RefList']:
3130                                        FWHM = G2pwd.getgamFW(peak[7],peak[6])/50.      #to get delta-2-theta in deg.
3131                                        if 'T' in peaks.get('Type','PXC'):
3132                                            file.write(" %3d %3d %3d %3d %10.5f %10.2f %10.5f %10.3f \n" % \
3133                                                (int(peak[0]),int(peak[1]),int(peak[2]),int(peak[3]),peak[4],peak[5],FWHM,peak[8]))
3134                                        else:
3135                                            file.write(" %3d %3d %3d %3d %10.5f %10.5f %10.5f %10.3f \n" % \
3136                                                (int(peak[0]),int(peak[1]),int(peak[2]),int(peak[3]),peak[4],peak[5],FWHM,peak[8]))
3137                            item2, cookie2 = self.PatternTree.GetNextChild(item, cookie2)                           
3138                    item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)                           
3139                file.close()
3140        finally:
3141            dlg.Destroy()
3142       
3143    def OnExportPDF(self,event):
3144        #need S(Q) and G(R) to be saved here - probably best from selection?
3145        names = ['All']
3146        exports = []
3147        item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
3148        while item:
3149            name = self.PatternTree.GetItemText(item)
3150            if 'PDF' in name:
3151                names.append(name)
3152            item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)
3153        if names:
3154            dlg = wx.MultiChoiceDialog(self,'Select','PDF patterns to export',names)
3155            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
3156                sel = dlg.GetSelections()
3157                if sel[0] == 0:
3158                    exports = names[1:]
3159                else:
3160                    for x in sel:
3161                        exports.append(names[x])
3162            dlg.Destroy()
3163        if exports:
3164            G2IO.PDFSave(self,exports)
3165       
3166    def OnMakePDFs(self,event):
3167        '''Calculates PDFs
3168        '''
3169        sind = lambda x: math.sin(x*math.pi/180.)
3170        tth2q = lambda t,w:4.0*math.pi*sind(t/2.0)/w
3171        TextList = ['All PWDR']
3172        PDFlist = []
3173        Names = []
3174        if self.PatternTree.GetCount():
3175            id, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
3176            while id:
3177                name = self.PatternTree.GetItemText(id)
3178                Names.append(name)
3179                if 'PWDR' in name:
3180                    TextList.append(name)
3181                id, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)
3182            if len(TextList) == 1:
3183                self.ErrorDialog('Nothing to make PDFs for','There must be at least one "PWDR" pattern')
3184                return
3185            dlg = wx.MultiChoiceDialog(self,'Make PDF controls','Make PDF controls for:',TextList, wx.CHOICEDLG_STYLE)
3186            try:
3187                if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
3188                    result = dlg.GetSelections()
3189                    for i in result: PDFlist.append(TextList[i])
3190                    if 0 in result:
3191                        PDFlist = [item for item in TextList if item[:4] == 'PWDR']                       
3192                    for item in PDFlist:
3193                        PWDRname = item[4:]
3194                        Id = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text='PDF '+PWDRname)
3195                        Data = {
3196                            'Sample':{'Name':item,'Mult':1.0,'Add':0.0},
3197                            'Sample Bkg.':{'Name':'','Mult':-1.0,'Add':0.0},
3198                            'Container':{'Name':'','Mult':-1.0,'Add':0.0},
3199                            'Container Bkg.':{'Name':'','Mult':-1.0,'Add':0.0},'ElList':{},
3200                            'Geometry':'Cylinder','Diam':1.0,'Pack':0.50,'Form Vol':10.0,
3201                            'DetType':'Image plate','ObliqCoeff':0.2,'Ruland':0.025,'QScaleLim':[0,100],
3202                            'Lorch':True,}
3203                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='PDF Controls'),Data)
3204                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='I(Q)'+PWDRname),[])       
3205                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='S(Q)'+PWDRname),[])       
3206                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='F(Q)'+PWDRname),[])       
3207                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='G(R)'+PWDRname),[])       
3208                for item in self.ExportPDF: item.Enable(True)
3209            finally:
3210                dlg.Destroy()
3211               
3212    def GetPWDRdatafromTree(self,PWDRname):
3213        ''' Returns powder data from GSASII tree
3214
3215        :param str PWDRname: a powder histogram name as obtained from
3216          :meth:`GSASIIstruct.GetHistogramNames`
3217
3218        :returns: PWDRdata = powder data dictionary with
3219          Powder data arrays, Limits, Instrument Parameters,
3220          Sample Parameters           
3221        '''
3222        PWDRdata = {}
3223        try:
3224            PWDRdata.update(self.PatternTree.GetItemPyData(PWDRname)[0])            #wtFactor + ?
3225        except ValueError:
3226            PWDRdata['wtFactor'] = 1.0
3227        PWDRdata['Data'] = self.PatternTree.GetItemPyData(PWDRname)[1]          #powder data arrays
3228        PWDRdata['Limits'] = self.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(self,PWDRname,'Limits'))
3229        PWDRdata['Background'] = self.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(self,PWDRname,'Background'))
3230        PWDRdata['Instrument Parameters'] = self.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(self,PWDRname,'Instrument Parameters'))
3231        PWDRdata['Sample Parameters'] = self.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(self,PWDRname,'Sample Parameters'))
3232        PWDRdata['Reflection Lists'] = self.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(self,PWDRname,'Reflection Lists'))
3233        if 'ranId' not in PWDRdata:  # patch, add a random Id
3234            PWDRdata['ranId'] = ran.randint(0,sys.maxint)
3235        if 'ranId' not in PWDRdata['Sample Parameters']:  # I hope this becomes obsolete at some point
3236            PWDRdata['Sample Parameters']['ranId'] = PWDRdata['ranId']
3237        return PWDRdata
3238
3239    def GetHKLFdatafromTree(self,HKLFname):
3240        ''' Returns single crystal data from GSASII tree
3241
3242        :param str HKLFname: a single crystal histogram name as obtained
3243          from
3244          :meth:`GSASIIstruct.GetHistogramNames`
3245
3246        :returns: HKLFdata = single crystal data list of reflections
3247
3248        '''
3249        HKLFdata = {}
3250        HKLFdata.update(self.PatternTree.GetItemPyData(HKLFname)[0])            #wtFactor + ?
3251#        try:
3252#            HKLFdata.update(self.PatternTree.GetItemPyData(HKLFname)[0])            #wtFactor + ?
3253#        except ValueError:
3254#            HKLFdata['wtFactor'] = 1.0
3255        HKLFdata['Data'] = self.PatternTree.GetItemPyData(HKLFname)[1]
3256        HKLFdata['Instrument Parameters'] = self.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(self,HKLFname,'Instrument Parameters'))
3257        return HKLFdata
3258       
3259    def GetPhaseData(self):
3260        '''Returns a dict with defined phases.
3261        Note routine :func:`GSASIIstrIO.GetPhaseData` also exists to
3262        get same info from GPX file.
3263        '''
3264        phaseData = {}
3265        if G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases'):
3266            sub = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases')
3267        else:
3268            print 'no phases found in GetPhaseData'
3269            sub = None
3270        if sub:
3271            item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(sub)
3272            while item:
3273                phaseName = self.PatternTree.GetItemText(item)
3274                phaseData[phaseName] =  self.PatternTree.GetItemPyData(item)
3275                if 'ranId' not in phaseData[phaseName]:
3276                    phaseData[phaseName]['ranId'] = ran.randint(0,sys.maxint)         
3277                item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(sub, cookie)
3278        return phaseData
3279
3280    def GetPhaseInfofromTree(self):
3281        '''Get the phase names and their rId values,
3282        also the histograms used in each phase.
3283
3284        :returns: (phaseRIdList, usedHistograms) where
3285
3286          * phaseRIdList is a list of random Id values for each phase
3287          * usedHistograms is a dict where the keys are the phase names
3288            and the values for each key are a list of the histogram names
3289            used in each phase.
3290        '''
3291        phaseRIdList = []
3292        usedHistograms = {}
3293        sub = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases')
3294        if sub:
3295            item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(sub)
3296            while item:
3297                phaseName = self.PatternTree.GetItemText(item)
3298                ranId = self.PatternTree.GetItemPyData(item).get('ranId')
3299                if ranId: phaseRIdList.append(ranId)
3300                data = self.PatternTree.GetItemPyData(item)
3301                UseList = data['Histograms']
3302                usedHistograms[phaseName] = UseList.keys()
3303                item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(sub, cookie)
3304        return phaseRIdList,usedHistograms
3305
3306    def GetPhaseNames(self):
3307        '''Returns a list of defined phases.
3308        Note routine :func:`GSASIIstrIO.GetPhaseNames` also exists to
3309        get same info from GPX file.
3310        '''
3311        phaseNames = []
3312        if G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases'):
3313            sub = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases')
3314        else:
3315            print 'no phases found in GetPhaseNames'
3316            sub = None
3317        if sub:
3318            item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(sub)
3319            while item:
3320                phase = self.PatternTree.GetItemText(item)
3321                phaseNames.append(phase)
3322                item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(sub, cookie)
3323        return phaseNames
3324   
3325    def GetHistogramNames(self,hType):
3326        """ Returns a list of histogram names found in the GSASII data tree
3327        Note routine :func:`GSASIIstrIO.GetHistogramNames` also exists to
3328        get same info from GPX file.
3329       
3330        :param str hType: list of histogram types
3331        :return: list of histogram names
3332       
3333        """
3334        HistogramNames = []
3335        if self.PatternTree.GetCount():
3336            item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
3337            while item:
3338                name = self.PatternTree.GetItemText(item)
3339                if name[:4] in hType:
3340                    HistogramNames.append(name)       
3341                item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)               
3342
3343        return HistogramNames
3344                   
3345    def GetUsedHistogramsAndPhasesfromTree(self):
3346        ''' Returns all histograms that are found in any phase
3347        and any phase that uses a histogram.
3348        This also assigns numbers to used phases and histograms by the
3349        order they appear in the file.
3350        Note routine :func:`GSASIIstrIO.GetUsedHistogramsAndPhasesfromTree` also exists to
3351        get same info from GPX file.
3352
3353        :returns: (Histograms,Phases)
3354
3355            * Histograms = dictionary of histograms as {name:data,...}
3356            * Phases = dictionary of phases that use histograms
3357        '''
3358        Histograms = {}
3359        Phases = {}
3360        phaseNames = self.GetPhaseNames()
3361        phaseData = self.GetPhaseData()
3362        histoList = self.GetHistogramNames(['PWDR','HKLF'])
3363
3364        for phase in phaseData:
3365            Phase = phaseData[phase]
3366            pId = phaseNames.index(phase)
3367            Phase['pId'] = pId
3368            if Phase['Histograms']:
3369                if phase not in Phases:
3370                    Phases[phase] = Phase
3371                for hist in Phase['Histograms']:
3372                    if 'Use' not in Phase['Histograms'][hist]:      #patch: add Use flag as True
3373                        Phase['Histograms'][hist]['Use'] = True         
3374                    if hist not in Histograms and Phase['Histograms'][hist]['Use']:
3375                        item = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,hist)
3376                        if item:
3377                            if 'PWDR' in hist[:4]: 
3378                                Histograms[hist] = self.GetPWDRdatafromTree(item)
3379                            elif 'HKLF' in hist[:4]:
3380                                Histograms[hist] = self.GetHKLFdatafromTree(item)
3381                            hId = histoList.index(hist)
3382                            Histograms[hist]['hId'] = hId
3383                        else: # would happen if a referenced histogram were renamed or deleted
3384                            print('For phase "'+str(phase)+
3385                                  '" unresolved reference to histogram "'+str(hist)+'"')
3386        #G2obj.IndexAllIds(Histograms=Histograms,Phases=Phases)
3387        G2obj.IndexAllIds(Histograms=Histograms,Phases=phaseData)
3388        return Histograms,Phases
3389       
3390    def MakeLSParmDict(self):
3391        '''Load all parameters used for computation from the tree into a
3392        dict of paired values [value, refine flag]. Note that this is
3393        different than the parmDict used in the refinement, which only has
3394        values.
3395
3396        Note that similar things are done in
3397        :meth:`GSASIIIO.ExportBaseclass.loadParmDict` (from the tree) and
3398        :func:`GSASIIstrMain.Refine` and :func:`GSASIIstrMain.SeqRefine` (from
3399        a GPX file).
3400
3401        :returns: (parmDict,varyList) where:
3402
3403         * parmDict is a dict with values and refinement flags
3404           for each parameter and
3405         * varyList is a list of variables (refined parameters).
3406        '''
3407        parmDict = {}
3408        Histograms,Phases = self.GetUsedHistogramsAndPhasesfromTree()
3409        for phase in Phases:
3410            if 'pId' not in Phases[phase]:
3411                self.ErrorDialog('View parameter error','You must run least squares at least once')
3412                raise Exception,'No pId for phase '+str(phase)
3413        rigidbodyDict = self.PatternTree.GetItemPyData(   
3414            G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Rigid bodies'))
3415        rbVary,rbDict = G2stIO.GetRigidBodyModels(rigidbodyDict,Print=False)
3416        rbIds = rigidbodyDict.get('RBIds',{'Vector':[],'Residue':[]})
3417        Natoms,atomIndx,phaseVary,phaseDict,pawleyLookup,FFtable,BLtable,maxSSwave = G2stIO.GetPhaseData(Phases,RestraintDict=None,rbIds=rbIds,Print=False)       
3418        hapVary,hapDict,controlDict = G2stIO.GetHistogramPhaseData(Phases,Histograms,Print=False)
3419        histVary,histDict,controlDict = G2stIO.GetHistogramData(Histograms,Print=False)
3420        varyList = rbVary+phaseVary+hapVary+histVary
3421        parmDict.update(rbDict)
3422        parmDict.update(phaseDict)
3423        parmDict.update(hapDict)
3424        parmDict.update(histDict)
3425        for parm in parmDict:
3426            if parm.split(':')[-1] in ['Azimuth','Gonio. radius','Lam1','Lam2',
3427                'Omega','Chi','Phi','nDebye','nPeaks']:
3428                parmDict[parm] = [parmDict[parm],'-']
3429            elif parm.split(':')[-2] in ['Ax','Ay','Az','SHmodel','SHord']:
3430                parmDict[parm] = [parmDict[parm],'-']
3431            elif parm in varyList:
3432                parmDict[parm] = [parmDict[parm],'T']
3433            else:
3434                parmDict[parm] = [parmDict[parm],'F']
3435        # for i in parmDict: print i,'\t',parmDict[i]
3436        # fl = open('parmDict.dat','wb')
3437        # import cPickle
3438        # cPickle.dump(parmDict,fl,1)
3439        # fl.close()
3440        return parmDict,varyList
3441
3442    def ShowLSParms(self,event):
3443        '''Displays a window showing all parameters in the refinement.
3444        Called from the Calculate/View LS Parms menu.
3445        '''
3446        parmDict,varyList = self.MakeLSParmDict()
3447        parmValDict = {}
3448        for i in parmDict:
3449            parmValDict[i] = parmDict[i][0]
3450           
3451        reqVaryList = tuple(varyList) # save requested variables
3452        try:
3453            # process constraints
3454            sub = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Constraints') 
3455            Constraints = self.PatternTree.GetItemPyData(sub)
3456            constList = []
3457            for item in Constraints:
3458                if item.startswith('_'): continue
3459                constList += Constraints[item]
3460            G2mv.InitVars()
3461            constrDict,fixedList,ignored = G2stIO.ProcessConstraints(constList)
3462            groups,parmlist = G2mv.GroupConstraints(constrDict)
3463            G2mv.GenerateConstraints(groups,parmlist,varyList,constrDict,fixedList,parmValDict)
3464            G2mv.Map2Dict(parmValDict,varyList)
3465        except:
3466            pass
3467        dlg = G2gd.ShowLSParms(self,'Least Squares Parameters',parmValDict,varyList,reqVaryList)
3468        dlg.ShowModal()
3469        dlg.Destroy()
3470       
3471    def OnRefine(self,event):
3472        '''Perform a refinement.
3473        Called from the Calculate/Refine menu.
3474        '''       
3475        Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Sequential results')
3476        if Id:
3477            dlg = wx.MessageDialog(
3478                self,
3479                'Your last refinement was sequential. Continue with "Refine", removing previous sequential results?',
3480                'Remove sequential results?',wx.OK|wx.CANCEL)
3481            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
3482                self.PatternTree.Delete(Id)
3483                dlg.Destroy()
3484            else:
3485                dlg.Destroy()
3486                return
3487
3488        self.OnFileSave(event)
3489        # check that constraints are OK here
3490        errmsg, warnmsg = G2stIO.CheckConstraints(self.GSASprojectfile)
3491        if errmsg:
3492            print('Error in constraints:\n'+errmsg+
3493                  '\nRefinement not possible')
3494            self.ErrorDialog('Constraint Error',
3495                             'Error in constraints:\n'+errmsg+
3496                             '\nRefinement not possible')
3497            return
3498        if warnmsg:
3499            print('Conflict between refinment flag settings and constraints:\n'+
3500                  warnmsg+'\nRefinement not possible')
3501            self.ErrorDialog('Refinement Flag Error',
3502                             'Conflict between refinment flag settings and constraints:\n'+
3503                             warnmsg+
3504                             '\nRefinement not possible')
3505            return
3506        #works - but it'd be better if it could restore plots
3507        dlg = wx.ProgressDialog('Residual','All data Rw =',101.0, 
3508            style = wx.PD_ELAPSED_TIME|wx.PD_AUTO_HIDE|wx.PD_CAN_ABORT,
3509            parent=self)
3510        Size = dlg.GetSize()
3511        if 50 < Size[0] < 500: # sanity check on size, since this fails w/Win & wx3.0
3512            dlg.SetSize((int(Size[0]*1.2),Size[1])) # increase size a bit along x
3513        dlg.CenterOnParent()
3514        Rw = 100.00
3515        try:
3516            Rw = G2stMn.Refine(self.GSASprojectfile,dlg)
3517        finally:
3518            dlg.Update(101.) # forces the Auto_Hide; needed after move w/Win & wx3.0
3519            dlg.Destroy()
3520            wx.Yield()
3521        oldId =  self.PatternTree.GetSelection()        #retain current selection
3522        oldName = self.PatternTree.GetItemText(oldId)
3523        parentId = self.PatternTree.GetItemParent(oldId)
3524        parentName = ''
3525        if parentId:
3526            parentName = self.PatternTree.GetItemText(parentId)     #find the current data tree name
3527        dlg2 = wx.MessageDialog(self,'Load new result?','Refinement results, Rw =%.3f'%(Rw),wx.OK|wx.CANCEL)
3528        try:
3529            if dlg2.ShowModal() == wx.ID_OK:
3530                Id = 0
3531                self.PatternTree.DeleteChildren(self.root)
3532                if self.HKL: self.HKL = []
3533                if self.G2plotNB.plotList:
3534                    self.G2plotNB.clear()
3535                G2IO.ProjFileOpen(self)
3536                item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
3537                while item and not Id:
3538                    name = self.PatternTree.GetItemText(item)
3539                    if name[:4] in ['PWDR','HKLF']:
3540                        Id = item
3541                    item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)               
3542                if Id:
3543                    self.PatternTree.SelectItem(Id)
3544                if parentName:
3545                    parentId = G2gd.GetPatternTreeItemId(self, self.root, parentName)
3546                    if parentId:
3547                        itemId = G2gd.GetPatternTreeItemId(self, parentId, oldName)
3548                    else:
3549                        itemId = G2gd.GetPatternTreeItemId(self, self.root, oldName)
3550                    self.PatternTree.SelectItem(itemId)
3551        finally:
3552            dlg2.Destroy()
3553
3554    def OnSeqRefine(self,event):
3555        '''Perform a sequential refinement.
3556        Called from the Calculate/Sequential refine menu.
3557        '''       
3558        Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Sequential results')
3559        if not Id:
3560            Id = self.PatternTree.AppendItem(self.root,text='Sequential results')
3561            self.PatternTree.SetItemPyData(Id,{})           
3562        Controls = self.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root, 'Controls'))
3563        Controls['ShowCell'] = True
3564        self.OnFileSave(event)
3565        # check that constraints are OK here
3566        errmsg, warnmsg = G2stIO.CheckConstraints(self.GSASprojectfile)
3567        if errmsg:
3568            print('Error in constraints:\n'+errmsg+
3569                  '\nRefinement not possible')
3570            self.ErrorDialog('Constraint Error',
3571                             'Error in constraints:\n'+errmsg+
3572                             '\nRefinement not possible')
3573            return
3574        if warnmsg:
3575            print('Conflict between refinment flag settings and constraints:\n'+
3576                  warnmsg+'\nRefinement not possible')
3577            self.ErrorDialog('Refinement Flag Error',
3578                             'Conflict between refinment flag settings and constraints:\n'+
3579                             warnmsg+'\nRefinement not possible')
3580            return
3581        dlg = wx.ProgressDialog('Residual for histogram 0','Powder profile Rwp =',101.0, 
3582            style = wx.PD_ELAPSED_TIME|wx.PD_AUTO_HIDE|wx.PD_CAN_ABORT,
3583            parent=self)           
3584        Size = dlg.GetSize()
3585        if 50 < Size[0] < 500: # sanity check on size, since this fails w/Win & wx3.0
3586            dlg.SetSize((int(Size[0]*1.2),Size[1])) # increase size a bit along x
3587        dlg.CenterOnParent()
3588        try:
3589            G2stMn.SeqRefine(self.GSASprojectfile,dlg)
3590        finally:
3591            dlg.Update(101.) # forces the Auto_Hide; needed after move w/Win & wx3.0
3592            dlg.Destroy()
3593            wx.Yield()
3594        dlg = wx.MessageDialog(self,'Load new result?','Refinement results',wx.OK|wx.CANCEL)
3595        try:
3596            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
3597                Id = 0
3598                self.PatternTree.DeleteChildren(self.root)
3599                if self.HKL: self.HKL = []
3600                if self.G2plotNB.plotList:
3601                    self.G2plotNB.clear()
3602                G2IO.ProjFileOpen(self)
3603                Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Sequential results')
3604                self.PatternTree.SelectItem(Id)
3605
3606        finally:
3607            dlg.Destroy()
3608       
3609    def ErrorDialog(self,title,message,parent=None, wtype=wx.OK):
3610        'Display an error message'
3611        result = None
3612        if parent is None:
3613            dlg = wx.MessageDialog(self, message, title,  wtype)
3614        else:
3615            dlg = wx.MessageDialog(parent, message, title,  wtype)
3616            dlg.CenterOnParent() # not working on Mac
3617        try:
3618            result = dlg.ShowModal()
3619        finally:
3620            dlg.Destroy()
3621        return result
3622
3623class GSASIImain(wx.App):
3624    '''Defines a wxApp for GSAS-II
3625
3626    Creates a wx frame (self.main) which contains the display of the
3627    data tree.
3628    '''
3629    def OnInit(self):
3630        '''Called automatically when the app is created.'''
3631        if '2.7' not in sys.version[:5]:
3632            dlg = wx.MessageDialog(None, 
3633                'GSAS-II requires Python 2.7.x\n Yours is '+sys.version[:5],
3634                'Python version error',  wx.OK)
3635            try:
3636                result = dlg.ShowModal()
3637            finally:
3638                dlg.Destroy()
3639            sys.exit()
3640        self.main = GSASII(None)
3641        self.main.Show()
3642        self.SetTopWindow(self.main)
3643        # DEBUG: jump to sequential results
3644        #Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(self.main,self.main.root,'Sequential results')
3645        #self.main.PatternTree.SelectItem(Id)
3646        # end DEBUG
3647        return True
3648    # def MacOpenFile(self, filename):
3649    #     '''Called on Mac every time a file is dropped on the app when it is running,
3650    #     treat this like a File/Open project menu action.
3651    #     Should be ignored on other platforms
3652    #     '''
3653    #     # PATCH: Canopy 1.4 script main seems dropped on app; ignore .py files
3654    #     print 'MacOpen',filename
3655    #     if os.path.splitext(filename)[1] == '.py': return
3656    #     # end PATCH
3657    #     self.main.OnFileOpen(None,filename)
3658    # removed because this gets triggered when a file is on the command line in canopy 1.4 -- not likely used anyway
3659   
3660def main():
3661    '''Start up the GSAS-II application'''
3662    #application = GSASIImain() # don't redirect output, someday we
3663    # may want to do this if we can
3664    application = GSASIImain(0)
3665    if wxInspector:
3666        import wx.lib.inspection as wxeye
3667        wxeye.InspectionTool().Show()
3668
3669    #application.main.OnRefine(None)
3670    application.MainLoop()
3671   
3672if __name__ == '__main__':
3673    # print versions
3674    print "Python module versions loaded:"
3675    print "python:     ",sys.version[:5]
3676    print "wxpython:   ",wx.__version__
3677    print "matplotlib: ",mpl.__version__
3678    print "numpy:      ",np.__version__
3679    print "scipy:      ",sp.__version__
3680    print "OpenGL:     ",ogl.__version__
3681    try:
3682        from PIL import Image
3683        try:
3684            from PIL import PILLOW_VERSION
3685            version = PILLOW_VERSION
3686        except:
3687            version = Image.VERSION
3688        print "pillow:     ",version
3689    except ImportError:
3690        try:
3691            import Image
3692            print "Image (PIL):",Image.VERSION
3693        except ImportError:
3694            print "Image module not present; Note that PIL (Python Imaging Library) or pillow is needed for some image operations"
3695    try:
3696        import mkl
3697        print "Max threads ",mkl.get_max_threads()
3698    except:
3699        pass
3700    import platform
3701    print "Platform info:",sys.platform,platform.architecture()[0],platform.machine()
3702    #print "wxPython description",wx.PlatformInfo
3703    print "This is GSAS-II version:     ",__version__,' revision '+str(GSASIIpath.GetVersionNumber())
3704    GSASIIpath.InvokeDebugOpts()
3705    main() # start the GUI
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.