source: trunk/GSASII.py @ 1210

Last change on this file since 1210 was 1210, checked in by vondreele, 8 years ago

constrast changed to substance
add absorption results to substances
begin models stuff

  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Date Author Revision URL Id
File size: 153.1 KB
Line 
1#!/usr/bin/env python
2# -*- coding: utf-8 -*-
3#GSASII
4########### SVN repository information ###################
5# $Date: 2014-01-31 18:18:59 +0000 (Fri, 31 Jan 2014) $
6# $Author: vondreele $
7# $Revision: 1210 $
8# $URL: trunk/GSASII.py $
9# $Id: GSASII.py 1210 2014-01-31 18:18:59Z vondreele $
10########### SVN repository information ###################
11'''
12*GSAS-II Main Module*
13=====================
14
15Main routines for the GSAS-II program
16'''
17
18import os
19import sys
20import math
21import copy
22import random as ran
23import time
24import copy
25import glob
26import imp
27import inspect
28import numpy as np
29import scipy as sp
30import wx
31import matplotlib as mpl
32try:
33    import OpenGL as ogl
34except ImportError:
35    print('*******************************************************')
36    print('PyOpenGL is missing from your python installation')
37    print('     - we will try to install it')
38    print('*******************************************************')
39    def install_with_easyinstall(package):
40        try: 
41            print "trying a system-wide PyOpenGl install"
42            easy_install.main(['-f',os.path.split(__file__)[0],package])
43            return
44        except:
45            pass
46        try: 
47            print "trying a user level PyOpenGl install"
48            easy_install.main(['-f',os.path.split(__file__)[0],'--user',package])
49            return
50        except:
51            print "Install of '+package+' failed. Please report this information:"
52            import traceback
53            print traceback.format_exc()
54            sys.exit()
55    from setuptools.command import easy_install
56    install_with_easyinstall('PyOpenGl')
57    print('*******************************************************')         
58    print('OpenGL has been installed. Please restart GSAS-II')
59    print('*******************************************************')         
60    sys.exit()
61
62# load the GSAS routines
63import GSASIIpath
64GSASIIpath.SetVersionNumber("$Revision: 1210 $")
65import GSASIIIO as G2IO
66import GSASIIgrid as G2gd
67import GSASIIplot as G2plt
68import GSASIIpwd as G2pwd
69import GSASIIpwdGUI as G2pdG
70import GSASIIspc as G2spc
71import GSASIIstrMain as G2stMn
72import GSASIIstrIO as G2stIO
73import GSASIImapvars as G2mv
74import GSASIIobj as G2obj
75import GSASIIlattice as G2lat
76
77#wx inspector - use as needed
78wxInspector = False
79
80# print versions
81print "Python module versions loaded:"
82print "python:     ",sys.version[:5]
83print "wxpython:   ",wx.__version__
84print "matplotlib: ",mpl.__version__
85print "numpy:      ",np.__version__
86print "scipy:      ",sp.__version__
87print "OpenGL:     ",ogl.__version__
88try:
89    import mkl
90    print "Max threads ",mkl.get_max_threads()
91except:
92    pass
93#    print "MKL module not present"
94__version__ = '0.2.0'
95G2gd.__version__ = __version__
96print "This is GSAS-II version:     ",__version__,' revision '+str(GSASIIpath.GetVersionNumber())
97
98# useful degree trig functions
99sind = lambda x: math.sin(x*math.pi/180.)
100cosd = lambda x: math.cos(x*math.pi/180.)
101tand = lambda x: math.tan(x*math.pi/180.)
102asind = lambda x: 180.*math.asin(x)/math.pi
103acosd = lambda x: 180.*math.acos(x)/math.pi
104atan2d = lambda x,y: 180.*math.atan2(y,x)/math.pi
105
106def create(parent):
107    return GSASII(parent)
108
109class GSASII(wx.Frame):
110    '''Define the main GSAS-II frame and its associated menu items
111    '''
112    def _Add_FileMenuItems(self, parent):
113        item = parent.Append(
114            help='Open a GSAS-II project file (*.gpx)', id=wx.ID_ANY,
115            kind=wx.ITEM_NORMAL,text='&Open project...')
116        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnFileOpen, id=item.GetId())
117        item = parent.Append(
118            help='Save project under current name', id=wx.ID_ANY,
119            kind=wx.ITEM_NORMAL,text='&Save project')
120        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnFileSave, id=item.GetId())
121        item = parent.Append(
122            help='Save current project to new file', id=wx.ID_ANY,
123            kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Save project as...')
124        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnFileSaveas, id=item.GetId())
125        item = parent.Append(
126            help='Create empty new project, saving current is optional', id=wx.ID_ANY,
127            kind=wx.ITEM_NORMAL,text='&New project')
128        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnFileClose, id=item.GetId())
129        item = parent.Append(
130            help='Exit from GSAS-II', id=wx.ID_ANY,
131            kind=wx.ITEM_NORMAL,text='&Exit')
132        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnFileExit, id=item.GetId())
133       
134    def _Add_DataMenuItems(self,parent):
135        item = parent.Append(
136            help='',id=wx.ID_ANY,
137            kind=wx.ITEM_NORMAL,
138            text='Read image data...')
139        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnImageRead, id=item.GetId())
140        item = parent.Append(
141            help='',id=wx.ID_ANY,
142            kind=wx.ITEM_NORMAL,
143            text='Read Powder Pattern Peaks...')
144        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnReadPowderPeaks, id=item.GetId())
145        item = parent.Append(
146            help='',id=wx.ID_ANY,
147            kind=wx.ITEM_NORMAL,
148            text='Sum powder data')
149        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnPwdrSum, id=item.GetId())
150        item = parent.Append(
151            help='',id=wx.ID_ANY,
152            kind=wx.ITEM_NORMAL,
153            text='Sum image data')
154        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnImageSum, id=item.GetId())
155        item = parent.Append(
156            help='',id=wx.ID_ANY,
157            kind=wx.ITEM_NORMAL,
158            text='Add phase')
159        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnAddPhase, id=item.GetId())
160        item = parent.Append(
161            help='',id=wx.ID_ANY,
162            kind=wx.ITEM_NORMAL,
163            text='Delete phase')
164        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnDeletePhase, id=item.GetId())
165        item = parent.Append(
166            help='',id=wx.ID_ANY,
167            kind=wx.ITEM_NORMAL,
168            text='Rename data') 
169        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnRenameData, id=item.GetId())
170        item = parent.Append(
171            help='',id=wx.ID_ANY,
172            kind=wx.ITEM_NORMAL,
173            text='Delete data')
174        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnDataDelete, id=item.GetId())
175               
176    def _Add_CalculateMenuItems(self,parent):
177        item = parent.Append(help='Make new PDFs from selected powder patterns', 
178            id=wx.ID_ANY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Make new PDFs')
179        self.MakePDF.append(item)
180#        item.Enable(False)
181        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnMakePDFs, id=item.GetId())
182       
183        item = parent.Append(help='View least squares parameters', 
184            id=wx.ID_ANY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='&View LS parms')
185        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.ShowLSParms, id=item.GetId())
186       
187        item = parent.Append(help='', id=wx.ID_ANY, kind=wx.ITEM_NORMAL,
188            text='&Refine')
189        if len(self.Refine): # extend state for new menus to match main (on mac)
190            state = self.Refine[0].IsEnabled()
191        else:
192            state = False
193        item.Enable(state)
194        self.Refine.append(item)
195        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnRefine, id=item.GetId())
196       
197        item = parent.Append(help='', id=wx.ID_ANY, kind=wx.ITEM_NORMAL,
198            text='Sequential refine')
199        if len(self.SeqRefine): # extend state for new menus to match main (on mac)
200            state = self.SeqRefine[0].IsEnabled()
201        else:
202            state = False
203        item.Enable(state)
204        self.SeqRefine.append(item)
205        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnSeqRefine, id=item.GetId())
206       
207    def _init_Imports(self):
208        '''import all the G2phase*.py & G2sfact*.py & G2pwd*.py files that
209        are found in the path
210        '''
211
212        self.ImportPhaseReaderlist = []
213        self._init_Import_routines('phase',self.ImportPhaseReaderlist,'Phase')
214        self.ImportSfactReaderlist = []
215        self._init_Import_routines('sfact',self.ImportSfactReaderlist,'Struct_Factor')
216        self.ImportPowderReaderlist = []
217        self._init_Import_routines('pwd',self.ImportPowderReaderlist,'Powder_Data')
218        self.ImportSmallAngleReaderlist = []
219        self._init_Import_routines('sad',self.ImportSmallAngleReaderlist,'SmallAngle_Data')
220        self.ImportMenuId = {}
221
222    def _init_Import_routines(self,prefix,readerlist,errprefix):
223        '''import all the import readers matching the prefix
224        '''
225        #path2GSAS2 = os.path.dirname(os.path.realpath(__file__)) # location of this file
226        #pathlist = sys.path[:]
227        #if path2GSAS2 not in pathlist: pathlist.append(path2GSAS2)
228        #path2GSAS2 = os.path.join(
229        #    os.path.dirname(os.path.realpath(__file__)), # location of this file
230        #    'imports')
231        pathlist = sys.path[:]
232        #if path2GSAS2 not in pathlist: pathlist.append(path2GSAS2)
233
234        filelist = []
235        for path in pathlist:
236            for filename in glob.iglob(os.path.join(
237                path,
238                "G2"+prefix+"*.py")):
239                filelist.append(filename)   
240                #print 'debug: found',filename
241        filelist = sorted(list(set(filelist))) # remove duplicates
242        for filename in filelist:
243            path,rootname = os.path.split(filename)
244            pkg = os.path.splitext(rootname)[0]
245            try:
246                fp = None
247                fp, fppath,desc = imp.find_module(pkg,[path,])
248                pkg = imp.load_module(pkg,fp,fppath,desc)
249                for clss in inspect.getmembers(pkg): # find classes defined in package
250                    if clss[0].startswith('_'): continue
251                    if inspect.isclass(clss[1]):
252                        # check if we have the required methods
253                        for m in 'Reader','ExtensionValidator','ContentsValidator':
254                            if not hasattr(clss[1],m): break
255                            if not callable(getattr(clss[1],m)): break
256                        else:
257                            reader = clss[1]() # create an import instance
258                            readerlist.append(reader)
259            except AttributeError:
260                print 'Import_'+errprefix+': Attribute Error '+str(filename)
261                pass
262            except ImportError:
263                print 'Import_'+errprefix+': Error importing file '+str(filename)
264                pass
265            if fp: fp.close()
266
267    def OnImportGeneric(self,reader,readerlist,label,multiple=False,usedRanIdList=[]):
268        '''Used to import Phases, powder dataset or single
269        crystal datasets (structure factor tables) using reader objects
270        subclassed from :class:`GSASIIIO.ImportPhase`, :class:`GSASIIIO.ImportStructFactor`
271        or :class:`GSASIIIO.ImportPowderData`. If a reader is specified, only
272        that will be attempted, but if no reader is specified, every one
273        that is potentially compatible (by file extension) will
274        be tried on the selected file(s).
275
276        :param readerobject reader: This will be a reference to
277          a particular object to be used to read a file or None,
278          if every appropriate reader should be used.
279
280        :param list readerlist: a list of reader objects appropriate for
281          the current read attempt. At present, this will be either
282          self.ImportPhaseReaderlist, self.ImportSfactReaderlist or
283          self.ImportPowderReaderlist (defined in _init_Imports from
284          the files found in the path), but in theory this list could
285          be tailored. Used only when reader is None.
286
287        :param str label: string to place on the open file dialog:
288          Open `label` input file
289
290        :param bool multiple: True if multiple files can be selected
291          in the file dialog. False is default. At present True is used
292          only for reading of powder data.
293
294        :param list usedRanIdList: an optional list of random Ids that
295          have been used and should not be reused
296
297        :returns: a list of reader objects (rd_list) that were able
298          to read the specified file(s). This list may be empty.
299        '''
300        self.lastimport = ''
301        self.zipfile = None
302        singlereader = True
303        if reader is None:
304            singlereader = False
305            multiple = False
306            #print "use all formats"
307            choices = "any file (*.*)|*.*"
308            choices += "|zip archive (.zip)|*.zip"
309            extdict = {}
310            # compile a list of allowed extensions
311            for rd in readerlist:
312                fmt = rd.formatName
313                for extn in rd.extensionlist:
314                    if not extdict.get(extn): extdict[extn] = []
315                    extdict[extn] += [fmt,]
316            for extn in sorted(extdict.keys(),cmp=lambda x,y: cmp(x.lower(), y.lower())):
317                fmt = ''
318                for f in extdict[extn]:
319                    if fmt != "": fmt += ', '
320                    fmt += f
321                choices += "|" + fmt + " file (*" + extn + ")|*" + extn
322        else:
323            readerlist = [reader,]
324            # compile a list of allowed extensions
325            choices = reader.formatName + " file ("
326            w = ""
327            for extn in reader.extensionlist:
328                if w != "": w += ";"
329                w += "*" + extn
330            choices += w + ")|" + w
331            choices += "|zip archive (.zip)|*.zip"
332            if not reader.strictExtension:
333                choices += "|any file (*.*)|*.*"
334        # get the file(s)
335        if multiple:
336            mode = style=wx.OPEN | wx.CHANGE_DIR | wx.MULTIPLE
337        else:
338            mode = style=wx.OPEN | wx.CHANGE_DIR
339        dlg = wx.FileDialog(self, message="Choose "+label+" input file",
340            defaultFile="",wildcard=choices, style=mode)
341        try:
342            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
343                if multiple:
344                    filelist = dlg.GetPaths()
345                    if len(filelist) == 0: return []
346                else:
347                    filename = dlg.GetPath()
348                    filelist = [filename,]
349                os.chdir(dlg.GetDirectory())           # to get Mac/Linux to change directory!
350            else: # cancel was pressed
351                return []
352        finally:
353            dlg.Destroy()
354        rd_list = []
355        filelist1 = []
356        for filename in filelist:
357            # is this a zip file?
358            if os.path.splitext(filename)[1].lower() == '.zip':
359                extractedfiles = G2IO.ExtractFileFromZip(
360                    filename,parent=self,
361                    multipleselect=True)
362                if extractedfiles is None: continue # error or Cancel
363                if extractedfiles != filename:
364                    self.zipfile = filename # save zip name
365                    filelist1 += extractedfiles
366                    continue
367            filelist1.append(filename)
368        filelist = filelist1
369        for filename in filelist:
370            # is this a zip file?
371            if os.path.splitext(filename)[1].lower() == '.zip':
372                extractedfile = G2IO.ExtractFileFromZip(filename,parent=self)
373                if extractedfile is None: continue # error or Cancel
374                if extractedfile != filename:
375                    filename,self.zipfile = extractedfile,filename # now use the file that was created
376            # set what formats are compatible with this file
377            primaryReaders = []
378            secondaryReaders = []
379            for rd in readerlist:
380                flag = rd.ExtensionValidator(filename)
381                if flag is None: 
382                    secondaryReaders.append(rd)
383                elif flag:
384                    primaryReaders.append(rd)
385            if len(secondaryReaders) + len(primaryReaders) == 0:
386                self.ErrorDialog('No Format','No matching format for file '+filename)
387                return []
388
389            fp = None
390            msg = ''
391            try:
392                fp = open(filename,'Ur')
393                if len(filelist) == 1:
394                    # confirm we have the right file
395                    rdmsg = 'File '+str(filename)+' begins:\n\n'
396                    for i in range(3):
397                        rdmsg += fp.readline()
398                    rdmsg += '\n\nDo you want to read this file?'
399                    if not all([ord(c) < 128 and ord(c) != 0 for c in rdmsg]): # show only if ASCII
400                        rdmsg = 'File '+str(
401                            filename)+' is a binary file. Do you want to read this file?'
402                    result = wx.ID_NO
403                    # it would be better to use something that
404                    # would resize better, but this will do for now
405                    dlg = wx.MessageDialog(
406                        self, rdmsg,
407                        'Is this the file you want?', 
408                        wx.YES_NO | wx.ICON_QUESTION,
409                        )
410                    dlg.SetSize((700,300)) # does not resize on Mac
411                    try:
412                        result = dlg.ShowModal()
413                    finally:
414                        dlg.Destroy()
415                    if result == wx.ID_NO: return []
416                           
417                self.lastimport = filename
418                # try the file first with Readers that specify the
419                # file's extension and later with ones that merely allow it
420                errorReport = ''
421                for rd in primaryReaders+secondaryReaders:
422                    rd.ReInitialize() # purge anything from a previous read
423                    fp.seek(0)  # rewind
424                    rd.errors = "" # clear out any old errors
425                    if not rd.ContentsValidator(fp): # rejected on cursory check
426                        errorReport += "\n  "+rd.formatName + ' validator error'
427                        if rd.errors: 
428                            errorReport += ': '+rd.errors
429                        continue 
430                    repeat = True
431                    rdbuffer = {} # create temporary storage for file reader
432                    block = 0
433                    while repeat: # loop if the reader asks for another pass on the file
434                        block += 1
435                        repeat = False
436                        fp.seek(0)  # rewind
437                        rd.objname = os.path.basename(filename)
438                        flag = False
439                        try:
440                            flag = rd.Reader(filename,fp,self,
441                                             buffer=rdbuffer,
442                                             blocknum=block,
443                                             usedRanIdList=usedRanIdList,
444                                             )
445                        except rd.ImportException as detail:
446                            rd.errors += "\n  Read exception: "+str(detail)
447                        except Exception as detail:
448                            rd.errors += "\n  Unhandled read exception: "+str(detail)
449                            rd.errors += "\n  Traceback info:\n"+str(traceback.format_exc())
450                        if flag: # this read succeeded
451                            rd_list.append(copy.deepcopy(rd)) # save the result before it is written over
452                            if rd.repeat:
453                                repeat = True
454                            continue
455                        errorReport += '\n'+rd.formatName + ' read error'
456                        if rd.errors:
457                            errorReport += ': '+rd.errors
458                    if rd_list: # read succeeded, was there a warning or any errors?
459                        if rd.warnings:
460                            self.ErrorDialog('Read Warning','The '+ rd.formatName+
461                                             ' reader reported a warning message:\n\n'+
462                                             rd.warnings)
463                        break # success in reading, try no further
464                else:
465                    if singlereader:
466                        self.ErrorDialog('Read Error','The '+ rd.formatName+
467                                         ' reader was not able to read file '+filename+msg+
468                                         '\n\nError message(s):\n'+errorReport
469                                         )
470                    else:
471                        self.ErrorDialog('Read Error','No reader was able to read file '+filename+msg+
472                                         '\n\nError messages:\n'+errorReport
473                                         )
474            except:
475                import traceback
476                print traceback.format_exc()
477                self.ErrorDialog('Open Error','Unexpected error trying to open or read file '+filename)
478            if fp: fp.close()
479        return rd_list
480
481    def _Add_ImportMenu_Phase(self,parent):
482        '''configure the Import Phase menus accord to the readers found in _init_Imports
483        '''
484        submenu = wx.Menu()
485        item = parent.AppendMenu(wx.ID_ANY, 'Phase',
486            submenu, help='Import phase data')
487        for reader in self.ImportPhaseReaderlist:
488            item = submenu.Append(wx.ID_ANY,help=reader.longFormatName,
489                kind=wx.ITEM_NORMAL,text='from '+reader.formatName+' file')
490            self.ImportMenuId[item.GetId()] = reader
491            self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnImportPhase, id=item.GetId())
492        item = submenu.Append(wx.ID_ANY,
493                              help='Import phase data, use file to try to determine format',
494                              kind=wx.ITEM_NORMAL,
495                              text='guess format from file')
496        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnImportPhase, id=item.GetId())
497
498    def OnImportPhase(self,event):
499        '''Called in response to an Import/Phase/... menu item
500        to read phase information.
501        dict self.ImportMenuId is used to look up the specific
502        reader item associated with the menu item, which will be
503        None for the last menu item, which is the "guess" option
504        where all appropriate formats will be tried.
505        '''
506        # look up which format was requested
507        reqrdr = self.ImportMenuId.get(event.GetId())
508       
509        # make a list of phase names, ranId's and the histograms used in those phases
510        phaseRIdList,usedHistograms = self.GetPhaseInfofromTree()
511        phaseNameList = usedHistograms.keys() # phase names in use
512        usedHKLFhists = [] # used single-crystal histograms
513        for p in usedHistograms:
514            for h in usedHistograms[p]:
515                if h.startswith('HKLF ') and h not in usedHKLFhists:
516                    usedHKLFhists.append(h)
517        rdlist = self.OnImportGeneric(reqrdr,
518                                  self.ImportPhaseReaderlist,
519                                  'phase',usedRanIdList=phaseRIdList)
520        if len(rdlist) == 0: return
521        # for now rdlist is only expected to have one element
522        # but below will allow multiple phases to be imported
523        # if ever the import routines ever implement multiple phase reads.
524        self.CheckNotebook()
525        newPhaseList = []
526        for rd in rdlist:
527            dlg = wx.TextEntryDialog( # allow editing of phase name
528                self, 'Enter the name for the new phase',
529                'Edit phase name', rd.Phase['General']['Name'],
530                style=wx.OK)
531            dlg.CenterOnParent()
532            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
533                rd.Phase['General']['Name'] = dlg.GetValue()
534            dlg.Destroy()
535            # make new phase names unique
536            rd.Phase['General']['Name'] = G2obj.MakeUniqueLabel(rd.Phase['General']['Name'],phaseNameList)
537            PhaseName = rd.Phase['General']['Name']
538            newPhaseList.append(PhaseName)
539            print 'Read phase '+str(PhaseName)+' from file '+str(self.lastimport)
540            if not G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases'):
541                sub = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text='Phases')
542            else:
543                sub = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases')
544            psub = self.PatternTree.AppendItem(parent=sub,text=PhaseName)
545            self.PatternTree.SetItemPyData(psub,rd.Phase)
546            self.PatternTree.Expand(self.root) # make sure phases are seen
547            self.PatternTree.Expand(sub) 
548            self.PatternTree.Expand(psub)
549            self.PatternTree.SelectItem(psub) # show the page to complete the initialization (yuk!)
550            wx.Yield() # make sure call of GSASII.OnPatternTreeSelChanged happens before we go on
551
552            if rd.Constraints:
553                sub = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Constraints') # was created in CheckNotebook if needed
554                Constraints = self.PatternTree.GetItemPyData(sub)               
555                # TODO: make sure that NEWVAR names are unique here?
556                for i in rd.Constraints:
557                    if type(i) is dict:
558                        #for j in i: print j,' --> ',i[j]
559                        if '_Explain' not in Constraints: Constraints['_Explain'] = {}
560                        Constraints['_Explain'].update(i)
561                        continue
562                    Constraints['Phase'].append(i)
563        if not newPhaseList: return # somehow, no new phases
564        # get a list of existing histograms
565        PWDRlist = []
566        HKLFlist = []
567        if self.PatternTree.GetCount():
568            item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
569            while item:
570                name = self.PatternTree.GetItemText(item)
571                if name.startswith('PWDR ') and name not in PWDRlist:
572                    PWDRlist.append(name)
573                if name.startswith('HKLF ') and name not in HKLFlist:
574                    HKLFlist.append(name)
575                item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)
576        TextList = PWDRlist + HKLFlist
577        if not len(TextList): return # no data loaded yet
578        header = 'Select histogram(s) to add to new phase(s):'
579        for phaseName in newPhaseList:
580            header += '\n  '+str(phaseName)
581
582        notOK = True
583        while notOK:
584            result = G2gd.ItemSelector(TextList,self,header,header='Add histogram(s)',multiple=True)
585            if not result: return
586            # check that selected single crystal histograms are not already in use!
587            used = [TextList[i] for i in result if TextList[i] in usedHKLFhists]
588            #for i in result:
589            #    if TextList[i] in usedHKLFhists: used.append(TextList[i])
590            if used:
591                msg = 'The following single crystal histogram(s) are already in use'
592                for i in used:
593                    msg += '\n  '+str(i)
594                msg += '\nAre you sure you want to add them to this phase? '
595                msg += 'Associating a single crystal dataset to >1 histogram is usually an error, '
596                msg += 'so No is suggested here.'
597                if self.ErrorDialog('Likely error',msg,self,wtype=wx.YES_NO) == wx.ID_YES: notOK = False
598            else:
599                notOK = False
600        # connect new phases to histograms
601        sub = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases')
602        if not sub:
603            raise Exception('ERROR -- why are there no phases here?')
604        wx.BeginBusyCursor()
605        item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(sub)
606        while item: # loop over (new) phases
607            phaseName = self.PatternTree.GetItemText(item)
608            data = self.PatternTree.GetItemPyData(item)
609            item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(sub, cookie)
610            if phaseName not in newPhaseList: continue
611            generalData = data['General']
612            SGData = generalData['SGData']
613            UseList = data['Histograms']
614            NShkl = len(G2spc.MustrainNames(SGData))
615            NDij = len(G2spc.HStrainNames(SGData))
616            for i in result:
617                histoName = TextList[i]
618                if histoName in HKLFlist:
619                    UseList[histoName] = {
620                        'Histogram':histoName,'Show':False,'Scale':[1.0,True],
621                        'Babinet':{'BabA':[0.0,False],'BabU':[0.0,False]},
622                        'Extinction':['Lorentzian','None', {'Tbar':0.1,'Cos2TM':0.955,
623                                                            'Eg':[1.e-10,False],
624                                                            'Es':[1.e-10,False],
625                                                            'Ep':[1.e-10,False]},]
626                        }
627                    #redo UpdateHKLFdata(histoName) here:
628                    Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,histoName)
629                    refDict,reflData = self.PatternTree.GetItemPyData(Id)
630                    G,g = G2lat.cell2Gmat(generalData['Cell'][1:7])
631                    for iref,ref in enumerate(reflData['RefList']):
632                        H = list(ref[:3])
633                        ref[4] = np.sqrt(1./G2lat.calc_rDsq2(H,G))
634                        iabsnt,ref[3],Uniq,phi = G2spc.GenHKLf(H,SGData)
635                elif histoName in PWDRlist:
636                    UseList[histoName] = {
637                        'Histogram':histoName,'Show':False,
638                        'Scale':[1.0,False],'Pref.Ori.':['MD',1.0,False,[0,0,1],0,{}],
639                        'Size':['isotropic',[1.,1.,1.],[False,False,False],[0,0,1],
640                                [1.,1.,1.,0.,0.,0.],6*[False,]],
641                        'Mustrain':['isotropic',[1000.0,1000.0,1.0],[False,False,False],[0,0,1],
642                                    NShkl*[0.01,],NShkl*[False,]],
643                        'HStrain':[NDij*[0.0,],NDij*[False,]],                         
644                        'Extinction':[0.0,False],'Babinet':{'BabA':[0.0,False],'BabU':[0.0,False]}}
645                    Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,histoName)
646                    refList = self.PatternTree.GetItemPyData(
647                        G2gd.GetPatternTreeItemId(self,Id,'Reflection Lists'))
648                    refList[generalData['Name']] = []
649                else:
650                    raise Exception('Unexpected histogram '+str(histoName))
651        wx.EndBusyCursor()
652        return # success
653       
654    def _Add_ImportMenu_Sfact(self,parent):
655        '''configure the Import Structure Factor menus accord to the readers found in _init_Imports
656        '''
657        submenu = wx.Menu()
658        item = parent.AppendMenu(wx.ID_ANY, 'Structure Factor',
659            submenu, help='Import Structure Factor data')
660        for reader in self.ImportSfactReaderlist:
661            item = submenu.Append(wx.ID_ANY,help=reader.longFormatName,               
662                kind=wx.ITEM_NORMAL,text='from '+reader.formatName+' file')
663            self.ImportMenuId[item.GetId()] = reader
664            self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnImportSfact, id=item.GetId())
665        item = submenu.Append(wx.ID_ANY,
666            help='Import Structure Factor, use file to try to determine format',
667            kind=wx.ITEM_NORMAL,
668            text='guess format from file')
669        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnImportSfact, id=item.GetId())
670
671    def OnImportSfact(self,event):
672        '''Called in response to an Import/Structure Factor/... menu item
673        to read single crystal datasets.
674        dict self.ImportMenuId is used to look up the specific
675        reader item associated with the menu item, which will be
676        None for the last menu item, which is the "guess" option
677        where all appropriate formats will be tried.
678        '''
679        # get a list of existing histograms
680        HKLFlist = []
681        if self.PatternTree.GetCount():
682            item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
683            while item:
684                name = self.PatternTree.GetItemText(item)
685                if name.startswith('HKLF ') and name not in HKLFlist:
686                    HKLFlist.append(name)
687                item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)
688        # look up which format was requested
689        reqrdr = self.ImportMenuId.get(event.GetId())
690        rdlist = self.OnImportGeneric(reqrdr,self.ImportSfactReaderlist,
691            'Structure Factor')
692        if len(rdlist) == 0: return
693        self.CheckNotebook()
694        newHistList = []
695        for rd in rdlist:
696            HistName = rd.objname
697            if len(rdlist) <= 2: 
698                dlg = wx.TextEntryDialog( # allow editing of Structure Factor name
699                    self, 'Enter the name for the new Structure Factor',
700                    'Edit Structure Factor name', HistName,
701                    style=wx.OK)
702                dlg.CenterOnParent()
703                if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
704                    HistName = dlg.GetValue()
705                dlg.Destroy()
706            HistName = 'HKLF '+HistName
707            # make new histogram names unique
708            HistName = G2obj.MakeUniqueLabel(HistName,HKLFlist)
709            print 'Read structure factor table '+str(HistName)+' from file '+str(self.lastimport)
710            if not rd.RefDict.get('FF'):
711                rd.RefDict['FF'] = [{} for i in range(len(rd.RefDict['RefList']))]
712            Id = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text=HistName)
713            valuesdict = {
714                'wtFactor':1.0,
715                'Dummy':False,
716                'ranId':ran.randint(0,sys.maxint),
717                }
718            self.PatternTree.SetItemPyData(Id,[valuesdict,rd.RefDict])
719            Sub = self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Instrument Parameters')
720            self.PatternTree.SetItemPyData(Sub,rd.Parameters)
721            self.PatternTree.SetItemPyData(
722                self.PatternTree.AppendItem(Id,text='HKL Plot Controls'),
723                rd.Controls)
724            self.PatternTree.SetItemPyData(
725                self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Reflection List'),[])  #dummy entry for GUI use
726            self.PatternTree.SelectItem(Id)
727            self.PatternTree.Expand(Id)
728            self.Sngl = Id
729            newHistList.append(HistName)
730
731        if not newHistList: return # somehow, no new histograms
732        # make a list of phase names
733        phaseRIdList,usedHistograms = self.GetPhaseInfofromTree()
734        phaseNameList = usedHistograms.keys() # phase names in use
735        if not phaseNameList: return # no phases yet, nothing to do
736        header = 'Select phase(s) to add the new\nsingle crystal dataset(s) to:'
737        for Name in newHistList:
738            header += '\n  '+str(Name)
739        result = G2gd.ItemSelector(phaseNameList,self,header,header='Add to phase(s)',multiple=True)
740        if not result: return
741        # connect new phases to histograms
742        sub = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases')
743        if not sub:
744            raise Exception('ERROR -- why are there no phases here?')
745        wx.BeginBusyCursor()
746        item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(sub)
747        iph = -1
748        while item: # loop over (new) phases
749            iph += 1
750            phaseName = self.PatternTree.GetItemText(item)
751            data = self.PatternTree.GetItemPyData(item)
752            item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(sub, cookie)
753            if iph not in result: continue
754            generalData = data['General']
755            SGData = generalData['SGData']
756            UseList = data['Histograms']
757            NShkl = len(G2spc.MustrainNames(SGData))
758            NDij = len(G2spc.HStrainNames(SGData))
759            for histoName in newHistList:
760                UseList[histoName] = {
761                    'Histogram':histoName,'Show':False,'Scale':[1.0,True],
762                    'Babinet':{'BabA':[0.0,False],'BabU':[0.0,False]},
763                    'Extinction':['Lorentzian','None', {'Tbar':0.1,'Cos2TM':0.955,
764                                                        'Eg':[1.e-10,False],
765                                                        'Es':[1.e-10,False],
766                                                        'Ep':[1.e-10,False]},]
767                    }
768                #redo UpdateHKLFdata(histoName) here:
769                Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,histoName)
770                refDict,reflData = self.PatternTree.GetItemPyData(Id)
771                G,g = G2lat.cell2Gmat(generalData['Cell'][1:7])
772                for iref,ref in enumerate(reflData['RefList']):
773                    H = list(ref[:3])
774                    ref[4] = np.sqrt(1./G2lat.calc_rDsq2(H,G))
775                    iabsnt,ref[3],Uniq,phi = G2spc.GenHKLf(H,SGData)
776        wx.EndBusyCursor()
777       
778        return # success
779
780    def _Add_ImportMenu_powder(self,parent):
781        '''configure the Powder Data menus accord to the readers found in _init_Imports
782        '''
783        submenu = wx.Menu()
784        item = parent.AppendMenu(wx.ID_ANY, 'Powder Data',
785            submenu, help='Import Powder data')
786        for reader in self.ImportPowderReaderlist:
787            item = submenu.Append(wx.ID_ANY,help=reader.longFormatName,
788                kind=wx.ITEM_NORMAL,text='from '+reader.formatName+' file')
789            self.ImportMenuId[item.GetId()] = reader
790            self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnImportPowder, id=item.GetId())
791        item = submenu.Append(wx.ID_ANY,
792            help='Import powder data, use file to try to determine format',
793            kind=wx.ITEM_NORMAL,text='guess format from file')
794        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnImportPowder, id=item.GetId())
795        submenu.AppendSeparator()
796        item = submenu.Append(wx.ID_ANY,
797            help='Create a powder data set entry that will be simulated',
798            kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Simulate a dataset')
799        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnDummyPowder, id=item.GetId())
800           
801    def ReadPowderInstprm(self,instfile):       #fix the write routine for [inst1,inst2] style
802        '''Read a GSAS-II (new) instrument parameter file
803
804        :param str instfile: name of instrument parameter file
805
806        '''
807        if os.path.splitext(instfile)[1].lower() != '.instprm': # invalid file
808            return None           
809        if not os.path.exists(instfile): # no such file
810            return None
811        File = open(instfile,'r')
812        S = File.readline()
813        if not S.startswith('#GSAS-II'): # not a valid file
814            File.close()
815            return None
816        newItems = []
817        newVals = []
818        while S:
819            if S[0] == '#':
820                S = File.readline()
821                continue
822            [item,val] = S[:-1].split(':')
823            newItems.append(item)
824            try:
825                newVals.append(float(val))
826            except ValueError:
827                newVals.append(val)                       
828            S = File.readline()               
829        File.close()
830        # add a second MT dict here. TOF parms? (BHT)
831        return G2IO.makeInstDict(newItems,newVals,len(newVals)*[False,]),{}
832       
833    def ReadPowderIparm(self,instfile,bank,databanks,rd):
834        '''Read a GSAS (old) instrument parameter file
835
836        :param str instfile: name of instrument parameter file
837
838        :param int bank: the bank number read in the raw data file
839
840        :param int databanks: the number of banks in the raw data file.
841          If the number of banks in the data and instrument parameter files
842          agree, then the sets of banks are assumed to match up and bank
843          is used to select the instrument parameter file. If not, the user
844          is asked to make a selection.
845
846        :param obj rd: the raw data (histogram) data object. This
847          sets rd.instbank.
848
849        '''
850        if not os.path.exists(instfile): # no such file
851            return {}
852        fp = 0
853        try:
854            fp = open(instfile,'Ur')
855            Iparm = {}
856            for S in fp:
857                Iparm[S[:12]] = S[12:-1]
858        except IOError:
859            print('Error reading file:'+str(instfile))
860        if fp:       
861            fp.close()
862
863        ibanks = int(Iparm.get('INS   BANK  ','1').strip())
864        hType = Iparm['INS   HTYPE '].strip()
865        if ibanks == 1: # there is only one bank here, return it
866            rd.instbank = 1
867            return Iparm
868        if 'PNT' in hType:
869            rd.instbank = bank
870        elif ibanks != databanks:
871            # number of banks in data and prm file not not agree, need a
872            # choice from a human here
873            choices = []
874            for i in range(1,1+ibanks):
875                choices.append('Bank '+str(i))
876            bank = rd.BlockSelector(
877                choices, self,
878                title='Select an instrument parameter bank for '+
879                os.path.split(rd.powderentry[0])[1]+' BANK '+str(bank)+
880                '\nOr use Cancel to select from the default parameter sets',
881                header='Block Selector')
882        if bank is None: return {}
883        # pull out requested bank # bank from the data, and change the bank to 1
884        IparmS = {}
885        for key in Iparm:
886            if key[4:6] == "  ":
887                IparmS[key] = Iparm[key]
888            elif int(key[4:6].strip()) == bank:
889                IparmS[key[:4]+' 1'+key[6:]] = Iparm[key]
890        rd.instbank = bank
891        return IparmS
892                       
893    def GetPowderIparm(self,rd, prevIparm, lastIparmfile, lastdatafile):
894        '''Open and read an instrument parameter file for a data file
895        Returns the list of parameters used in the data tree
896
897        :param obj rd: the raw data (histogram) data object.
898
899        :param str prevIparm: not used
900
901        :param str lastIparmfile: Name of last instrument parameter
902          file that was read, or a empty string.
903
904        :param str lastdatafile: Name of last data file that was read.
905
906        :returns: a list of two dicts, the first containing instrument parameters
907          and the second used for future TOF datasets (timemaps?)
908
909        '''
910        def SetPowderInstParms(Iparm, rd):
911            '''extracts values from instrument parameters in rd.instdict
912            or in array Iparm.
913            Create and return the contents of the instrument parameter tree entry.
914            '''
915            DataType = Iparm['INS   HTYPE '].strip()[:3]  # take 1st 3 chars
916            # override inst values with values read from data file
917            if rd.instdict.get('type'):
918                DataType = rd.instdict.get('type')
919            data = [DataType,]
920            instname = Iparm.get('INS  1INAME ')
921            if instname:
922                rd.Sample['InstrName'] = instname.strip()
923            if 'C' in DataType:
924                wave1 = None
925                wave2 = 0.0
926                if rd.instdict.get('wave'):
927                    wl = rd.instdict.get('wave')
928                    wave1 = wl[0]
929                    if len(wl) > 1: wave2 = wl[1]
930                s = Iparm['INS  1 ICONS']
931                if not wave1:
932                    wave1 = G2IO.sfloat(s[:10])
933                    wave2 = G2IO.sfloat(s[10:20])
934                v = (wave1,wave2,
935                     G2IO.sfloat(s[20:30]),G2IO.sfloat(s[55:65]),G2IO.sfloat(s[40:50])) #get lam1, lam2, zero, pola & ratio
936                if not v[1]:
937                    names = ['Type','Lam','Zero','Polariz.','U','V','W','X','Y','SH/L','Azimuth'] 
938                    v = (v[0],v[2],v[4])
939                    codes = [0,0,0,0]
940                else:
941                    names = ['Type','Lam1','Lam2','Zero','I(L2)/I(L1)','Polariz.','U','V','W','X','Y','SH/L','Azimuth']
942                    codes = [0,0,0,0,0,0]
943                data.extend(v)
944                v1 = Iparm['INS  1PRCF1 '].split()                                                 
945                v = Iparm['INS  1PRCF11'].split()
946                data.extend([float(v[0]),float(v[1]),float(v[2])])                  #get GU, GV & GW - always here
947                azm = float(Iparm.get('INS  1DETAZM','0.0'))
948                v = Iparm['INS  1PRCF12'].split()
949                if v1[0] == 3:
950                    data.extend([float(v[0]),float(v[1]),float(v[2])+float(v[3],azm)])  #get LX, LY, S+H/L & azimuth
951                else:
952                    data.extend([0.0,0.0,0.002,azm])                                      #OK defaults if fxn #3 not 1st in iprm file
953                codes.extend([0,0,0,0,0,0,0])
954                return [G2IO.makeInstDict(names,data,codes),{}]
955            elif 'T' in DataType:
956                names = ['Type','2-theta','difC','difA','Zero','alpha','beta-0','beta-1',
957                    'beta-q','sig-0','sig-1','sig-q','X','Y','Azimuth']
958                codes = [0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0]
959                azm = 0.
960                if 'INS  1DETAZM' in Iparm:
961                    azm = float(Iparm['INS  1DETAZM'])
962                s = Iparm['INS  1BNKPAR'].split()
963                data.extend([G2IO.sfloat(s[1]),])               #2-theta for bank
964                s = Iparm['INS  1 ICONS'].split()
965                data.extend([G2IO.sfloat(s[0]),G2IO.sfloat(s[1]),G2IO.sfloat(s[2])])    #difC, difA, Zero
966                s = Iparm['INS  1PRCF1 '].split()
967                pfType = int(s[0])
968                s = Iparm['INS  1PRCF11'].split()
969                if abs(pfType) == 1:
970                    data.extend([G2IO.sfloat(s[1]),G2IO.sfloat(s[2]),G2IO.sfloat(s[3])])
971                    s = Iparm['INS  1PRCF12'].split()
972                    data.extend([0.0,0.0,G2IO.sfloat(s[1]),0.0,0.0,0.0,azm])
973                elif abs(pfType) in [3,4,5]:
974                    data.extend([G2IO.sfloat(s[0]),G2IO.sfloat(s[1]),G2IO.sfloat(s[2])])
975                    if abs(pfType) == 4:
976                        data.extend([0.0,0.0,G2IO.sfloat(s[3]),0.0,0.0,0.0,azm])
977                    else:
978                        s = Iparm['INS  1PRCF12'].split()
979                        data.extend([0.0,0.0,G2IO.sfloat(s[0]),0.0,0.0,0.0,azm])                       
980                Inst1 = G2IO.makeInstDict(names,data,codes)
981                Inst2 = {}
982                if pfType < 0:
983                    Ipab = 'INS  1PAB'+str(-pfType)
984                    Npab = int(Iparm[Ipab+'  '].strip())
985                    Inst2['Pdabc'] = []
986                    for i in range(Npab):
987                        k = Ipab+str(i+1).rjust(2)
988                        s = Iparm[k].split()
989                        Inst2['Pdabc'].append([float(t) for t in s])
990                    Inst2['Pdabc'] = np.array(Inst2['Pdabc'])
991                    Inst2['Pdabc'].T[3] += Inst2['Pdabc'].T[0]*Inst1['difC'][0] #turn 3rd col into TOF
992                if 'INS  1I ITYP' in Iparm:
993                    s = Iparm['INS  1I ITYP'].split()
994                    Ityp = int(s[0])
995                    Tminmax = [float(s[1])*1000.,float(s[2])*1000.]
996                    Itypes = ['Exponential','Maxwell/Exponential','','Maxwell/Chebyschev','']
997                    if Ityp in [1,2,4]:
998                        Inst2['Itype'] = Itypes[Ityp-1]
999                        Inst2['Tminmax'] = Tminmax
1000                        Icoeff = []
1001                        Iesd = []
1002                        Icovar = []                   
1003                        for i in range(3):
1004                            s = Iparm['INS  1ICOFF'+str(i+1)].split()
1005                            Icoeff += [float(S) for S in s]
1006                            s = Iparm['INS  1IECOF'+str(i+1)].split()
1007                            Iesd += [float(S) for S in s]
1008                        for i in range(8):
1009                            s = Iparm['INS  1IECOR'+str(i+1)].split()
1010                            Icovar += [float(S) for S in s]
1011                        Inst2['Icoeff'] = Icoeff
1012                        Inst2['Iesd'] = Iesd
1013                        Inst2['Icovar'] = Icovar
1014                return [Inst1,Inst2]
1015
1016        # stuff we might need from the reader
1017        filename = rd.powderentry[0]
1018        bank = rd.powderentry[2]
1019        numbanks = rd.numbanks
1020        # is there an instrument parameter file defined for the current data set?
1021        if rd.instparm or (lastdatafile == filename and lastIparmfile):
1022            if rd.instparm:
1023                instfile = os.path.join(os.path.split(filename)[0],
1024                                    rd.instparm)
1025            else:
1026                # for multiple reads of one data file, reuse the inst parm file
1027                instfile = lastIparmfile
1028            if os.path.exists(instfile):
1029                #print 'debug: try read',instfile
1030                instParmList = self.ReadPowderInstprm(instfile)
1031                if instParmList is not None:
1032                    rd.instfile = instfile
1033                    rd.instmsg = 'GSAS-II file '+instfile
1034                    return instParmList
1035                Iparm = self.ReadPowderIparm(instfile,bank,numbanks,rd)
1036                if Iparm:
1037                    #print 'debug: success'
1038                    rd.instfile = instfile
1039                    rd.instmsg = instfile + ' bank ' + str(rd.instbank)
1040                    return SetPowderInstParms(Iparm,rd)
1041            else:
1042                self.ErrorDialog('Open Error','Error opening instrument parameter file '
1043                    +str(instfile)+' requested by file '+ filename)
1044        # is there an instrument parameter file matching the current file
1045        # with extension .inst or .prm? If so read it
1046        basename = os.path.splitext(filename)[0]
1047        for ext in '.instprm','.prm','.inst','.ins':
1048            instfile = basename + ext
1049            instParmList = self.ReadPowderInstprm(instfile)
1050            if instParmList is not None:
1051                rd.instfile = instfile
1052                rd.instmsg = 'GSAS-II file '+instfile
1053                return instParmList
1054            Iparm = self.ReadPowderIparm(instfile,bank,numbanks,rd)
1055            if Iparm:
1056                #print 'debug: success'
1057                rd.instfile = instfile
1058                rd.instmsg = instfile + ' bank ' + str(rd.instbank)
1059                return SetPowderInstParms(Iparm,rd)
1060            else:
1061                #print 'debug: open/read failed',instfile
1062                pass # fail silently
1063
1064        # did we read the data file from a zip? If so, look there for a
1065        # instrument parameter file
1066        if self.zipfile:
1067            for ext in '.instprm','.prm','.inst','.ins':
1068                instfile = G2IO.ExtractFileFromZip(
1069                    self.zipfile,
1070                    selection=os.path.split(basename + ext)[1],
1071                    parent=self)
1072                if instfile is not None and instfile != self.zipfile:
1073                    print 'debug:',instfile,'created from ',self.zipfile
1074                    instParmList = self.ReadPowderInstprm(instfile)
1075                    if instParmList is not None:
1076                        rd.instfile = instfile
1077                        rd.instmsg = 'GSAS-II file '+instfile
1078                        return instParmList
1079                    Iparm = self.ReadPowderIparm(instfile,bank,numbanks,rd)
1080                    if Iparm:
1081                        rd.instfile = instfile
1082                        rd.instmsg = instfile + ' bank ' + str(rd.instbank)
1083                        return SetPowderInstParms(Iparm,rd)
1084                    else:
1085                        #print 'debug: open/read for',instfile,'from',self.zipfile,'failed'
1086                        pass # fail silently
1087
1088        while True: # loop until we get a file that works or we get a cancel
1089            instfile = ''
1090            dlg = wx.FileDialog(
1091                self,
1092                'Choose inst. param file for "'
1093                +rd.idstring
1094                +'" (or Cancel for default)',
1095                '.', '',
1096                'GSAS iparm file (*.prm,*.inst,*.ins)|*.prm;*.inst;*.ins|'
1097                'GSAS-II iparm file (*.instprm)|*.instprm|'
1098                'All files (*.*)|*.*', 
1099                wx.OPEN|wx.CHANGE_DIR)
1100            if os.path.exists(lastIparmfile):
1101                dlg.SetFilename(lastIparmfile)
1102            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
1103                instfile = dlg.GetPath()
1104            dlg.Destroy()
1105            if not instfile: break
1106            instParmList = self.ReadPowderInstprm(instfile)
1107            if instParmList is not None:
1108                rd.instfile = instfile
1109                rd.instmsg = 'GSAS-II file '+instfile
1110                return instParmList
1111            Iparm = self.ReadPowderIparm(instfile,bank,numbanks,rd)
1112            if Iparm:
1113                #print 'debug: success with',instfile
1114                rd.instfile = instfile
1115                rd.instmsg = instfile + ' bank ' + str(rd.instbank)
1116                return SetPowderInstParms(Iparm,rd)
1117            else:
1118                self.ErrorDialog('Read Error',
1119                                 'Error opening/reading file '+str(instfile))
1120       
1121        # still no success: offer user choice of defaults
1122        while True: # loop until we get a choice
1123            choices = []
1124            head = 'Select from default instrument parameters for '+rd.idstring
1125
1126            for l in rd.defaultIparm_lbl:
1127                choices.append('Defaults for '+l)
1128            res = rd.BlockSelector(
1129                choices,
1130                ParentFrame=self,
1131                title=head,
1132                header='Select default inst parms',
1133                useCancel=False)
1134            if res is None: continue
1135            rd.instfile = ''
1136            rd.instmsg = 'default: '+rd.defaultIparm_lbl[res]
1137            return SetPowderInstParms(rd.defaultIparms[res],rd)
1138
1139    def OnImportPowder(self,event):
1140        '''Called in response to an Import/Powder Data/... menu item
1141        to read a powder diffraction data set.
1142        dict self.ImportMenuId is used to look up the specific
1143        reader item associated with the menu item, which will be
1144        None for the last menu item, which is the "guess" option
1145        where all appropriate formats will be tried.
1146
1147        Also reads an instrument parameter file for each dataset.
1148        '''
1149        # get a list of existing histograms
1150        PWDRlist = []
1151        if self.PatternTree.GetCount():
1152            item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
1153            while item:
1154                name = self.PatternTree.GetItemText(item)
1155                if name.startswith('PWDR ') and name not in PWDRlist:
1156                    PWDRlist.append(name)
1157                item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)
1158        # look up which format was requested
1159        reqrdr = self.ImportMenuId.get(event.GetId()) 
1160        rdlist = self.OnImportGeneric(
1161            reqrdr,self.ImportPowderReaderlist,'Powder Data',multiple=True)
1162        if len(rdlist) == 0: return
1163        self.CheckNotebook()
1164        Iparm = None
1165        lastIparmfile = ''
1166        lastdatafile = ''
1167        newHistList = []
1168        for rd in rdlist:
1169            # get instrument parameters for each dataset
1170            Iparm1,Iparm2 = self.GetPowderIparm(rd, Iparm, lastIparmfile, lastdatafile)
1171            if rd.repeat_instparm: 
1172                lastIparmfile = rd.instfile
1173            lastdatafile = rd.powderentry[0]
1174            HistName = rd.idstring
1175            HistName = 'PWDR '+HistName
1176            # make new histogram names unique
1177            HistName = G2obj.MakeUniqueLabel(HistName,PWDRlist)
1178            print 'Read powder data '+str(HistName)+ \
1179                ' from file '+str(self.lastimport) + \
1180                ' with parameters from '+str(rd.instmsg)
1181            # data are read, now store them in the tree
1182            Id = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text=HistName)
1183            if 'T' in Iparm1['Type'][0]:
1184                if not rd.clockWd and rd.GSAS:
1185                    rd.powderdata[0] *= 100.        #put back the CW centideg correction
1186                cw = np.diff(rd.powderdata[0])
1187                rd.powderdata[0] = rd.powderdata[0][:-1]+cw/2.
1188                rd.powderdata[1] = rd.powderdata[1][:-1]/cw
1189                rd.powderdata[2] = rd.powderdata[2][:-1]*cw**2  #1/var=w at this point
1190                if 'Itype' in Iparm2:
1191                    Ibeg = np.searchsorted(rd.powderdata[0],Iparm2['Tminmax'][0])
1192                    Ifin = np.searchsorted(rd.powderdata[0],Iparm2['Tminmax'][1])
1193                    rd.powderdata[0] = rd.powderdata[0][Ibeg:Ifin]
1194                    YI,WYI = G2pwd.calcIncident(Iparm2,rd.powderdata[0])
1195                    rd.powderdata[1] = rd.powderdata[1][Ibeg:Ifin]/YI
1196                    var = 1./rd.powderdata[2][Ibeg:Ifin]
1197                    var += WYI*rd.powderdata[1]**2
1198                    var /= YI**2
1199                    rd.powderdata[2] = 1./var
1200                rd.powderdata[3] = np.zeros_like(rd.powderdata[0])                                       
1201                rd.powderdata[4] = np.zeros_like(rd.powderdata[0])                                       
1202                rd.powderdata[5] = np.zeros_like(rd.powderdata[0])                                       
1203            Tmin = min(rd.powderdata[0])
1204            Tmax = max(rd.powderdata[0])
1205            valuesdict = {
1206                'wtFactor':1.0,
1207                'Dummy':False,
1208                'ranId':ran.randint(0,sys.maxint),
1209                }
1210            rd.Sample['ranId'] = valuesdict['ranId'] # this should be removed someday
1211            self.PatternTree.SetItemPyData(Id,[valuesdict,rd.powderdata])
1212            self.PatternTree.SetItemPyData(
1213                self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Comments'),
1214                rd.comments)
1215            self.PatternTree.SetItemPyData(
1216                self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Limits'),
1217                [(Tmin,Tmax),[Tmin,Tmax]])
1218            self.PatternId = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,Id,'Limits')
1219            self.PatternTree.SetItemPyData(
1220                self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Background'),
1221                [['chebyschev',True,3,1.0,0.0,0.0],
1222                 {'nDebye':0,'debyeTerms':[],'nPeaks':0,'peaksList':[]}])
1223            self.PatternTree.SetItemPyData(
1224                self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Instrument Parameters'),
1225                [Iparm1,Iparm2])
1226            self.PatternTree.SetItemPyData(
1227                self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Sample Parameters'),
1228                rd.Sample)
1229            self.PatternTree.SetItemPyData(
1230                self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Peak List')
1231                ,[])
1232            self.PatternTree.SetItemPyData(
1233                self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Index Peak List'),
1234                [])
1235            self.PatternTree.SetItemPyData(
1236                self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Unit Cells List'),
1237                [])
1238            self.PatternTree.SetItemPyData(
1239                self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Reflection Lists'),
1240                {})
1241            self.PatternTree.Expand(Id)
1242            self.PatternTree.SelectItem(Id)
1243            newHistList.append(HistName)
1244           
1245        if not newHistList: return # somehow, no new histograms
1246        # make a list of phase names
1247        phaseRIdList,usedHistograms = self.GetPhaseInfofromTree()
1248        phaseNameList = usedHistograms.keys() # phase names in use
1249        if not phaseNameList: return # no phases yet, nothing to do
1250        header = 'Select phase(s) to add the new\npowder dataset(s) to:'
1251        for Name in newHistList:
1252            header += '\n  '+str(Name)
1253
1254        result = G2gd.ItemSelector(phaseNameList,self,header,header='Add to phase(s)',multiple=True)
1255        if not result: return
1256        # connect new phases to histograms
1257        sub = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases')
1258        if not sub:
1259            raise Exception('ERROR -- why are there no phases here?')
1260        item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(sub)
1261        iph = -1
1262        while item: # loop over (new) phases
1263            iph += 1
1264            phaseName = self.PatternTree.GetItemText(item)
1265            data = self.PatternTree.GetItemPyData(item)
1266            item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(sub, cookie)
1267            if iph not in result: continue
1268            generalData = data['General']
1269            SGData = generalData['SGData']
1270            UseList = data['Histograms']
1271            NShkl = len(G2spc.MustrainNames(SGData))
1272            NDij = len(G2spc.HStrainNames(SGData))
1273            for histoName in newHistList:
1274                UseList[histoName] = {
1275                    'Histogram':histoName,'Show':False,
1276                    'Scale':[1.0,False],'Pref.Ori.':['MD',1.0,False,[0,0,1],0,{}],
1277                    'Size':['isotropic',[1.,1.,1.],[False,False,False],[0,0,1],
1278                            [1.,1.,1.,0.,0.,0.],6*[False,]],
1279                    'Mustrain':['isotropic',[1000.0,1000.0,1.0],[False,False,False],[0,0,1],
1280                                NShkl*[0.01,],NShkl*[False,]],
1281                    'HStrain':[NDij*[0.0,],NDij*[False,]],                         
1282                    'Extinction':[0.0,False],'Babinet':{'BabA':[0.0,False],'BabU':[0.0,False]}}
1283                Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,histoName)
1284                refList = self.PatternTree.GetItemPyData(
1285                    G2gd.GetPatternTreeItemId(self,Id,'Reflection Lists'))
1286                refList[generalData['Name']] = []
1287        return # success
1288
1289    def OnDummyPowder(self,event):
1290        '''Called in response to Import/Powder Data/Simulate menu item
1291        to create a Dummy powder diffraction data set.
1292
1293        Reads an instrument parameter file and then gets input from the user
1294        '''
1295        # get a list of existing histograms
1296        PWDRlist = []
1297        if self.PatternTree.GetCount():
1298            item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
1299            while item:
1300                name = self.PatternTree.GetItemText(item)
1301                if name.startswith('PWDR ') and name not in PWDRlist:
1302                    PWDRlist.append(name)
1303                item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)
1304        # Initialize a base class reader
1305        rd = G2IO.ImportPowderData(
1306            extensionlist=tuple(),
1307            strictExtension=False,
1308            formatName = 'Simulate dataset',
1309            longFormatName = 'Compute a simulated pattern')
1310        rd.powderentry[0] = '' # no filename
1311        # #self.powderentry[1] = pos # bank offset (N/A here)
1312        rd.powderentry[2] = 1 # only one bank
1313        rd.comments.append('This is a dummy dataset for powder pattern simulation')
1314        self.CheckNotebook()
1315        Iparm = None
1316        lastIparmfile = ''
1317        lastdatafile = ''
1318        self.zipfile = None
1319        # get instrument parameters for it
1320        Iparm1,Iparm2 = self.GetPowderIparm(rd, Iparm, lastIparmfile, lastdatafile)
1321        if 'T' in Iparm1['Type'][0]:
1322            print('TOF simulation not supported yet')
1323            return False
1324        else:
1325            # need to get name, 2theta start, end, step
1326            rd.idstring = ' CW'
1327            if 'X' in Iparm1['Type'][0]:
1328                rd.idstring = 'CW x-ray simulation'
1329            else:
1330                rd.idstring = 'CW neutron simulation'
1331            # base initial range on wavelength
1332            wave = Iparm1.get('Lam')
1333            if wave:
1334                wave = wave[0]
1335            else:
1336                wave = Iparm1.get('Lam1')
1337                if wave:
1338                    wave = wave[0]
1339        N = 0
1340        while (N < 3): # insist on a dataset with a few points
1341            names = ('dataset name', 'start angle', 'end angle', 'step size')
1342            if not wave or wave < 1.0:
1343                inp = [rd.idstring, 10.,40.,0.005] # see names for what's what
1344            else:
1345                inp = [rd.idstring, 10.,80.,0.01] # see names for what's what
1346            dlg = G2gd.ScrolledMultiEditor(
1347                self,[inp] * len(inp),range(len(inp)),names,
1348                header='Enter simulation name and range',
1349                minvals=(None,0.001,0.001,0.0001),
1350                maxvals=(None,180.,180.,.1),
1351                sizevals=((225,-1),)
1352                )
1353            dlg.CenterOnParent()
1354            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
1355                if inp[1] > inp[2]:
1356                    end,start,step = inp[1:]
1357                else:               
1358                    start,end,step = inp[1:]
1359                step = abs(step)
1360            else:
1361                return False
1362            N = int((end-start)/step)+1
1363            x = np.linspace(start,end,N,True)
1364            N = len(x)
1365        rd.powderdata = [
1366            np.array(x), # x-axis values
1367            np.zeros_like(x), # powder pattern intensities
1368            np.ones_like(x), # 1/sig(intensity)^2 values (weights)
1369            np.zeros_like(x), # calc. intensities (zero)
1370            np.zeros_like(x), # calc. background (zero)
1371            np.zeros_like(x), # obs-calc profiles
1372            ]
1373        Tmin = rd.powderdata[0][0]
1374        Tmax = rd.powderdata[0][-1]
1375        # data are read, now store them in the tree
1376        HistName = inp[0]
1377        HistName = 'PWDR '+HistName
1378        HistName = G2obj.MakeUniqueLabel(HistName,PWDRlist)  # make new histogram names unique
1379        Id = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text=HistName)
1380        valuesdict = {
1381            'wtFactor':1.0,
1382            'Dummy':True,
1383            'ranId':ran.randint(0,sys.maxint),
1384            }
1385        self.PatternTree.SetItemPyData(Id,[valuesdict,rd.powderdata])
1386        self.PatternTree.SetItemPyData(
1387            self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Comments'),
1388            rd.comments)
1389        self.PatternTree.SetItemPyData(
1390            self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Limits'),
1391            [(Tmin,Tmax),[Tmin,Tmax]])
1392        self.PatternId = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,Id,'Limits')
1393        self.PatternTree.SetItemPyData(
1394            self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Background'),
1395            [['chebyschev',True,3,1.0,0.0,0.0],
1396             {'nDebye':0,'debyeTerms':[],'nPeaks':0,'peaksList':[]}])
1397        self.PatternTree.SetItemPyData(
1398            self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Instrument Parameters'),
1399            [Iparm1,Iparm2])
1400        self.PatternTree.SetItemPyData(
1401            self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Sample Parameters'),
1402            rd.Sample)
1403        self.PatternTree.SetItemPyData(
1404            self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Peak List')
1405            ,[])
1406        self.PatternTree.SetItemPyData(
1407            self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Index Peak List'),
1408            [])
1409        self.PatternTree.SetItemPyData(
1410            self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Unit Cells List'),
1411            [])
1412        self.PatternTree.SetItemPyData(
1413            self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Reflection Lists'),
1414            {})
1415        self.PatternTree.Expand(Id)
1416        self.PatternTree.SelectItem(Id)
1417        print('Added simulation powder data '+str(HistName)+ 
1418              ' with parameters from '+str(rd.instmsg))
1419
1420        # make a list of phase names
1421        phaseRIdList,usedHistograms = self.GetPhaseInfofromTree()
1422        phaseNameList = usedHistograms.keys() # phase names in use
1423        if not phaseNameList: return # no phases yet, nothing to do
1424        header = 'Select phase(s) to add the new\npowder simulation (dummy) dataset to:'
1425        result = G2gd.ItemSelector(phaseNameList,self,header,header='Add to phase(s)',multiple=True)
1426        if not result: return
1427        # connect new phases to histograms
1428        sub = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases')
1429        if not sub:
1430            raise Exception('ERROR -- why are there no phases here?')
1431        item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(sub)
1432        iph = -1
1433        while item: # loop over (new) phases
1434            iph += 1
1435            phaseName = self.PatternTree.GetItemText(item)
1436            data = self.PatternTree.GetItemPyData(item)
1437            item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(sub, cookie)
1438            if iph not in result: continue
1439            generalData = data['General']
1440            SGData = generalData['SGData']
1441            UseList = data['Histograms']
1442            NShkl = len(G2spc.MustrainNames(SGData))
1443            NDij = len(G2spc.HStrainNames(SGData))
1444            UseList[HistName] = {
1445                'Histogram':HistName,'Show':False,
1446                'Scale':[1.0,False],'Pref.Ori.':['MD',1.0,False,[0,0,1],0,{}],
1447                'Size':['isotropic',[1.,1.,1.],[False,False,False],[0,0,1],
1448                        [1.,1.,1.,0.,0.,0.],6*[False,]],
1449                'Mustrain':['isotropic',[1000.0,1000.0,1.0],[False,False,False],[0,0,1],
1450                            NShkl*[0.01,],NShkl*[False,]],
1451                'HStrain':[NDij*[0.0,],NDij*[False,]],                         
1452                'Extinction':[0.0,False],'Babinet':{'BabA':[0.0,False],'BabU':[0.0,False]}}
1453            Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,HistName)
1454            refList = self.PatternTree.GetItemPyData(
1455                G2gd.GetPatternTreeItemId(self,Id,'Reflection Lists'))
1456            refList[generalData['Name']] = []
1457        return # success
1458
1459    def _Add_ImportMenu_smallangle(self,parent):
1460        '''configure the Small Angle Data menus accord to the readers found in _init_Imports
1461        '''
1462        submenu = wx.Menu()
1463        item = parent.AppendMenu(wx.ID_ANY, 'Small Angle Data',
1464            submenu, help='Import small angle data')
1465        for reader in self.ImportSmallAngleReaderlist:
1466            item = submenu.Append(wx.ID_ANY,help=reader.longFormatName,
1467                kind=wx.ITEM_NORMAL,text='from '+reader.formatName+' file')
1468            self.ImportMenuId[item.GetId()] = reader
1469            self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnImportSmallAngle, id=item.GetId())
1470        item = submenu.Append(wx.ID_ANY,
1471            help='Import small angle data, use file to try to determine format',
1472            kind=wx.ITEM_NORMAL,text='guess format from file')
1473        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnImportSmallAngle, id=item.GetId())
1474           
1475
1476    def OnImportSmallAngle(self,event):
1477        '''Called in response to an Import/Small Angle Data/... menu item
1478        to read a small angle diffraction data set.
1479        dict self.ImportMenuId is used to look up the specific
1480        reader item associated with the menu item, which will be
1481        None for the last menu item, which is the "guess" option
1482        where all appropriate formats will be tried.
1483
1484        '''
1485       
1486        def GetSASDIparm(reader):
1487            parm = reader.instdict
1488            Iparm = {'Type':[parm['type'],parm['type'],0],'Lam':[parm['wave'],
1489                parm['wave'],0],'Azimuth':[0.,0.,0]}           
1490            return Iparm,{}
1491           
1492        # get a list of existing histograms
1493        SASDlist = []
1494        if self.PatternTree.GetCount():
1495            item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
1496            while item:
1497                name = self.PatternTree.GetItemText(item)
1498                if name.startswith('SASD ') and name not in SASDlist:
1499                    SASDlist.append(name)
1500                item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)
1501        # look up which format was requested
1502        reqrdr = self.ImportMenuId.get(event.GetId()) 
1503        rdlist = self.OnImportGeneric(
1504            reqrdr,self.ImportSmallAngleReaderlist,'Small Angle Data',multiple=True)
1505        if len(rdlist) == 0: return
1506        self.CheckNotebook()
1507        Iparm = None
1508        lastdatafile = ''
1509        newHistList = []
1510        for rd in rdlist:
1511            lastdatafile = rd.smallangleentry[0]
1512            HistName = rd.idstring
1513            HistName = 'SASD '+HistName
1514            # make new histogram names unique
1515            HistName = G2obj.MakeUniqueLabel(HistName,SASDlist)
1516            print 'Read small angle data '+str(HistName)+ \
1517                ' from file '+str(self.lastimport)
1518            # data are read, now store them in the tree
1519            Id = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text=HistName)
1520            Iparm1,Iparm2 = GetSASDIparm(rd)
1521#            if 'T' in Iparm1['Type'][0]:
1522#                if not rd.clockWd and rd.GSAS:
1523#                    rd.powderdata[0] *= 100.        #put back the CW centideg correction
1524#                cw = np.diff(rd.powderdata[0])
1525#                rd.powderdata[0] = rd.powderdata[0][:-1]+cw/2.
1526#                rd.powderdata[1] = rd.powderdata[1][:-1]/cw
1527#                rd.powderdata[2] = rd.powderdata[2][:-1]*cw**2  #1/var=w at this point
1528#                if 'Itype' in Iparm2:
1529#                    Ibeg = np.searchsorted(rd.powderdata[0],Iparm2['Tminmax'][0])
1530#                    Ifin = np.searchsorted(rd.powderdata[0],Iparm2['Tminmax'][1])
1531#                    rd.powderdata[0] = rd.powderdata[0][Ibeg:Ifin]
1532#                    YI,WYI = G2pwd.calcIncident(Iparm2,rd.powderdata[0])
1533#                    rd.powderdata[1] = rd.powderdata[1][Ibeg:Ifin]/YI
1534#                    var = 1./rd.powderdata[2][Ibeg:Ifin]
1535#                    var += WYI*rd.powderdata[1]**2
1536#                    var /= YI**2
1537#                    rd.powderdata[2] = 1./var
1538#                rd.powderdata[3] = np.zeros_like(rd.powderdata[0])                                       
1539#                rd.powderdata[4] = np.zeros_like(rd.powderdata[0])                                       
1540#                rd.powderdata[5] = np.zeros_like(rd.powderdata[0])                                       
1541            Tmin = min(rd.smallangledata[0])
1542            Tmax = max(rd.smallangledata[0])
1543            valuesdict = {
1544                'wtFactor':1.0,
1545                'Dummy':False,
1546                'ranId':ran.randint(0,sys.maxint),
1547                }
1548            rd.Sample['ranId'] = valuesdict['ranId'] # this should be removed someday
1549            self.PatternTree.SetItemPyData(Id,[valuesdict,rd.smallangledata])
1550            self.PatternTree.SetItemPyData(
1551                self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Comments'),
1552                rd.comments)
1553            self.PatternTree.SetItemPyData(
1554                self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Limits'),
1555                [(Tmin,Tmax),[Tmin,Tmax]])
1556            self.PatternId = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,Id,'Limits')
1557            self.PatternTree.SetItemPyData(
1558                self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Instrument Parameters'),
1559                [Iparm1,Iparm2])
1560            self.PatternTree.SetItemPyData(
1561                self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Sample Parameters'),
1562                rd.Sample)
1563            self.PatternTree.SetItemPyData(
1564                self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Substances'),G2pdG.SetDefaultSubstances())
1565            self.PatternTree.SetItemPyData(
1566                self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Models'),G2pdG.SetDefaultSASDModel())
1567            self.PatternTree.Expand(Id)
1568            self.PatternTree.SelectItem(Id)
1569            newHistList.append(HistName)
1570           
1571        if not newHistList: return # somehow, no new histograms
1572        return # success
1573
1574    def _init_Exports(self,menu):
1575        '''Find exporter routines and add them into menus
1576        '''
1577        # set up the top-level menus
1578        projectmenu = wx.Menu()
1579        item = menu.AppendMenu(
1580            wx.ID_ANY, 'Entire project as',
1581            projectmenu, help='Export entire project')
1582
1583        phasemenu = wx.Menu()
1584        item = menu.AppendMenu(
1585            wx.ID_ANY, 'Phase as',
1586            phasemenu, help='Export phase or sometimes phases')
1587
1588        powdermenu = wx.Menu()
1589        item = menu.AppendMenu(
1590            wx.ID_ANY, 'Powder data as',
1591            powdermenu, help='Export powder diffraction histogram(s)')
1592
1593        singlemenu = wx.Menu()
1594        item = menu.AppendMenu(
1595            wx.ID_ANY, 'Single crystal data as',
1596            singlemenu, help='Export single crystal histogram(s)')
1597
1598        imagemenu = wx.Menu()
1599        item = menu.AppendMenu(
1600            wx.ID_ANY, 'Image data as',
1601            imagemenu, help='Export powder image(s) data')
1602
1603        mapmenu = wx.Menu()
1604        item = menu.AppendMenu(
1605            wx.ID_ANY, 'Maps as',
1606            mapmenu, help='Export density map(s)')
1607
1608        # pdfmenu = wx.Menu()
1609        # item = menu.AppendMenu(
1610        #     wx.ID_ANY, 'PDFs as',
1611        #     pdfmenu, help='Export pair distribution function(s)')
1612
1613        # find all the exporter files
1614        pathlist = sys.path
1615        filelist = []
1616        for path in pathlist:
1617            for filename in glob.iglob(os.path.join(
1618                path,
1619                "G2export*.py")):
1620                filelist.append(filename)   
1621        filelist = sorted(list(set(filelist))) # remove duplicates
1622        exporterlist = []
1623        # go through the routines and import them, saving objects that
1624        # have export routines (method Exporter)
1625        for filename in filelist:
1626            path,rootname = os.path.split(filename)
1627            pkg = os.path.splitext(rootname)[0]
1628            try:
1629                fp = None
1630                fp, fppath,desc = imp.find_module(pkg,[path,])
1631                pkg = imp.load_module(pkg,fp,fppath,desc)
1632                for clss in inspect.getmembers(pkg): # find classes defined in package
1633                    if clss[0].startswith('_'): continue
1634                    if inspect.isclass(clss[1]):
1635                        # check if we have the required methods
1636                        for m in 'Exporter','loadParmDict':
1637                            if not hasattr(clss[1],m): break
1638                            if not callable(getattr(clss[1],m)): break
1639                        else:
1640                            exporter = clss[1](self) # create an export instance
1641                            exporterlist.append(exporter)
1642            except AttributeError:
1643                print 'Import_'+errprefix+': Attribute Error'+str(filename)
1644                pass
1645            except ImportError:
1646                print 'Import_'+errprefix+': Error importing file'+str(filename)
1647                pass
1648            if fp: fp.close()
1649        # Add submenu item(s) for each Exporter by its self-declared type (can be more than one)
1650        for obj in exporterlist:
1651            #print 'exporter',obj
1652            for typ in obj.exporttype:
1653                if typ == "project":
1654                    submenu = projectmenu
1655                elif typ == "phase":
1656                    submenu = phasemenu
1657                elif typ == "powder":
1658                    submenu = powdermenu
1659                elif typ == "single":
1660                    submenu = singlemenu
1661                elif typ == "image":
1662                    submenu = imagemenu
1663                elif typ == "map":
1664                    submenu = mapmenu
1665                # elif typ == "pdf":
1666                #     submenu = pdfmenu
1667                else:
1668                    print("Error, unknown type in "+str(obj))
1669                    break
1670                item = submenu.Append(
1671                    wx.ID_ANY,
1672                    help=obj.longFormatName,
1673                    kind=wx.ITEM_NORMAL,
1674                    text=obj.formatName)
1675                self.Bind(wx.EVT_MENU, obj.Exporter, id=item.GetId())
1676                self.ExportLookup[item.GetId()] = typ # lookup table for submenu item
1677        #code to debug an Exporter. much is hard-coded below, but code is reloaded before
1678        # each use allowing faster development
1679        # def DebugExport(event):
1680        #     print 'start reload'
1681        #     reload(G2IO)
1682        #     import G2export_ASCIImap as dev
1683        #     reload(dev)
1684        #     dev.ExportMapASCII(self).Exporter(event)
1685        # item = menu.Append(
1686        #     wx.ID_ANY,kind=wx.ITEM_NORMAL,
1687        #     help="debug exporter",text="test Export")
1688        # self.Bind(wx.EVT_MENU, DebugExport, id=item.GetId())
1689        # #self.ExportLookup[item.GetId()] = 'image'
1690        # self.ExportLookup[item.GetId()] = 'map'
1691
1692    def _Add_ExportMenuItems(self,parent):
1693        item = parent.Append(
1694            help='Select PWDR item to enable',id=wx.ID_ANY,
1695            kind=wx.ITEM_NORMAL,
1696            text='Export Powder Patterns...')
1697        self.ExportPattern.append(item)
1698        item.Enable(False)
1699        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnExportPatterns, id=item.GetId())
1700
1701        item = parent.Append(
1702            help='',id=wx.ID_ANY,
1703            kind=wx.ITEM_NORMAL,
1704            text='Export All Peak Lists...')
1705        self.ExportPeakList.append(item)
1706        item.Enable(True)
1707        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnExportPeakList, id=item.GetId())
1708
1709        item = parent.Append(
1710            help='',id=wx.ID_ANY,
1711            kind=wx.ITEM_NORMAL,
1712            text='Export HKLs...')
1713        self.ExportHKL.append(item)
1714        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnExportHKL, id=item.GetId())
1715
1716        item = parent.Append(
1717            help='Select PDF item to enable',
1718            id=wx.ID_ANY,
1719            kind=wx.ITEM_NORMAL,
1720            text='Export PDF...')
1721        self.ExportPDF.append(item)
1722        item.Enable(False)
1723        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnExportPDF, id=item.GetId())
1724
1725    def FillMainMenu(self,menubar):
1726        '''Define contents of the main GSAS-II menu for the (main) data tree window
1727        in the mac, used also for the data item windows as well.
1728        '''
1729        File = wx.Menu(title='')
1730        menubar.Append(menu=File, title='&File')
1731        self._Add_FileMenuItems(File)
1732        Data = wx.Menu(title='')
1733        menubar.Append(menu=Data, title='Data')
1734        self._Add_DataMenuItems(Data)
1735        Calculate = wx.Menu(title='')       
1736        menubar.Append(menu=Calculate, title='&Calculate')
1737        self._Add_CalculateMenuItems(Calculate)
1738        Import = wx.Menu(title='')       
1739        menubar.Append(menu=Import, title='Import')
1740        self._Add_ImportMenu_Phase(Import)
1741        self._Add_ImportMenu_powder(Import)
1742        self._Add_ImportMenu_Sfact(Import)
1743        self._Add_ImportMenu_smallangle(Import)
1744        #======================================================================
1745        # Code to help develop/debug an importer, much is hard-coded below
1746        # but module is reloaded before each use, allowing faster testing
1747        # def DebugImport(event):
1748        #     print 'start reload'
1749        #     import G2phase_ISO as dev
1750        #     reload(dev)
1751        #     rd = dev.ISODISTORTPhaseReader()
1752        #     self.ImportMenuId[event.GetId()] = rd
1753        #     self.OnImportPhase(event)
1754            # or ----------------------------------------------------------------------
1755            #self.OnImportGeneric(rd,[],'test of ISODISTORTPhaseReader')
1756            # special debug code
1757            # or ----------------------------------------------------------------------
1758            # filename = '/Users/toby/projects/branton/subgroup_cif.txt'
1759            # fp = open(filename,'Ur')
1760            # if not rd.ContentsValidator(fp):
1761            #     print 'not validated'
1762            #     # make a list of used phase ranId's
1763            # phaseRIdList = []
1764            # sub = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases')
1765            # if sub:
1766            #     item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(sub)
1767            #     while item:
1768            #         phaseName = self.PatternTree.GetItemText(item)
1769            #         ranId = self.PatternTree.GetItemPyData(item).get('ranId')
1770            #         if ranId: phaseRIdList.append(ranId)
1771            #         item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(sub, cookie)
1772            # if rd.Reader(filename,fp,usedRanIdList=phaseRIdList):
1773            #     print 'read OK'
1774        # item = Import.Append(
1775        #     wx.ID_ANY,kind=wx.ITEM_NORMAL,
1776        #     help="debug importer",text="test importer")
1777        # self.Bind(wx.EVT_MENU, DebugImport, id=item.GetId())
1778        #======================================================================
1779        self.ExportMenu = wx.Menu(title='')
1780        menubar.Append(menu=self.ExportMenu, title='Export')
1781        self._init_Exports(self.ExportMenu)
1782        self._Add_ExportMenuItems(self.ExportMenu)
1783        HelpMenu=G2gd.MyHelp(self,helpType='Data tree',
1784            morehelpitems=[('&Tutorials','Tutorials')])
1785        menubar.Append(menu=HelpMenu,title='&Help')
1786
1787    def _init_ctrls(self, parent):
1788        wx.Frame.__init__(self, name='GSASII', parent=parent,
1789            size=wx.Size(400, 250),style=wx.DEFAULT_FRAME_STYLE, title='GSAS-II data tree')
1790        clientSize = wx.ClientDisplayRect()
1791        Size = self.GetSize()
1792        xPos = clientSize[2]-Size[0]
1793        self.SetPosition(wx.Point(xPos,clientSize[1]))
1794        self._init_Imports()
1795        #initialize Menu item objects (these contain lists of menu items that are enabled or disabled)
1796        self.MakePDF = []
1797        self.Refine = []
1798        self.SeqRefine = []
1799        self.ExportPattern = []
1800        self.ExportPeakList = []
1801        self.ExportHKL = []
1802        self.ExportPDF = []
1803        self.ExportPhase = []
1804        self.ExportCIF = []
1805        #
1806        self.GSASIIMenu = wx.MenuBar()
1807        self.FillMainMenu(self.GSASIIMenu)
1808        self.SetMenuBar(self.GSASIIMenu)
1809        self.Bind(wx.EVT_SIZE, self.OnSize)
1810        self.CreateStatusBar()
1811        self.mainPanel = wx.Panel(self,-1)
1812       
1813        wxID_PATTERNTREE = wx.NewId()
1814        self.PatternTree = wx.TreeCtrl(id=wxID_PATTERNTREE,
1815            parent=self.mainPanel, pos=wx.Point(0, 0),style=wx.TR_DEFAULT_STYLE )
1816        self.PatternTree.Bind(wx.EVT_TREE_SEL_CHANGED,
1817            self.OnPatternTreeSelChanged, id=wxID_PATTERNTREE)
1818        self.PatternTree.Bind(wx.EVT_TREE_ITEM_COLLAPSED,
1819            self.OnPatternTreeItemCollapsed, id=wxID_PATTERNTREE)
1820        self.PatternTree.Bind(wx.EVT_TREE_ITEM_EXPANDED,
1821            self.OnPatternTreeItemExpanded, id=wxID_PATTERNTREE)
1822        self.PatternTree.Bind(wx.EVT_TREE_DELETE_ITEM,
1823            self.OnPatternTreeItemDelete, id=wxID_PATTERNTREE)
1824        self.PatternTree.Bind(wx.EVT_TREE_KEY_DOWN,
1825            self.OnPatternTreeKeyDown, id=wxID_PATTERNTREE)
1826        self.root = self.PatternTree.AddRoot('Loaded Data: ')
1827       
1828        plotFrame = wx.Frame(None,-1,'GSASII Plots',size=wx.Size(700,600), \
1829            style=wx.DEFAULT_FRAME_STYLE ^ wx.CLOSE_BOX)
1830        self.G2plotNB = G2plt.G2PlotNoteBook(plotFrame)
1831        plotFrame.Show()
1832       
1833        self.dataDisplay = None
1834       
1835    def __init__(self, parent):
1836        self.ExportLookup = {}
1837        self._init_ctrls(parent)
1838        self.Image = wx.Image(
1839            os.path.join(GSASIIpath.path2GSAS2,'gsas2.ico'),
1840            wx.BITMAP_TYPE_ICO)
1841        if "wxMSW" in wx.PlatformInfo:
1842            img = self.Image.Scale(16, 16).ConvertToBitmap()
1843        elif "wxGTK" in wx.PlatformInfo:
1844            img = self.Image.Scale(22, 22).ConvertToBitmap()
1845        else:
1846            img = self.Image.ConvertToBitmap()
1847        self.SetIcon(wx.IconFromBitmap(img))
1848        self.Bind(wx.EVT_CLOSE, self.ExitMain)
1849        # various defaults
1850        self.oldFocus = None
1851        self.GSASprojectfile = ''
1852        self.dirname = os.path.expanduser('~')       #start in the users home directory by default; may be meaningless
1853        self.undofile = ''
1854        self.TreeItemDelete = False
1855        self.Offset = [0.0,0.0]
1856        self.delOffset = .02
1857        self.refOffset = -100.0
1858        self.refDelt = .01
1859        self.Weight = False
1860        self.IparmName = ''  # to be removed when SelectPowderData & GetInstrumentFile is
1861        self.IfPlot = False
1862        self.PatternId = 0
1863        self.PickId = 0
1864        self.PeakTable = []
1865        self.LimitsTable = []
1866        self.HKL = []
1867        self.Lines = []
1868        self.itemPicked = None
1869        self.dataFrame = None
1870        self.Interpolate = 'nearest'
1871        self.ContourColor = 'Paired'
1872        self.VcovColor = 'RdYlGn'
1873        self.RamaColor = 'Blues'
1874        self.Projection = 'equal area'
1875        self.logPlot = False
1876        self.qPlot = False
1877        self.sqPlot = False
1878        self.ErrorBars = False
1879        self.Contour = False
1880        self.Legend = False
1881        self.SinglePlot = False
1882        self.SubBack = False
1883        self.plotView = 0
1884        self.Image = 0
1885        self.oldImagefile = ''
1886        self.ImageZ = []
1887        self.Integrate = 0
1888        self.imageDefault = {}
1889        self.Sngl = 0
1890        self.ifGetRing = False
1891        self.MaskKey = ''           #trigger for making image masks
1892        self.StrainKey = ''         #ditto for new strain d-zeros
1893        arg = sys.argv
1894        if len(arg) > 1:
1895            self.GSASprojectfile = os.path.splitext(arg[1])[0]+'.gpx'
1896            self.dirname = os.path.dirname(arg[1])
1897            if self.dirname: os.chdir(self.dirname)
1898            try:
1899                G2IO.ProjFileOpen(self)
1900                self.PatternTree.Expand(self.root)
1901                for item in self.Refine: item.Enable(True)
1902                for item in self.SeqRefine: item.Enable(True)
1903            except:
1904                print 'Error opening file',arg[1]
1905
1906    def OnSize(self,event):
1907        'Called when the main window is resized. Not sure why'
1908        w,h = self.GetClientSizeTuple()
1909        self.mainPanel.SetSize(wx.Size(w,h))
1910        self.PatternTree.SetSize(wx.Size(w,h))
1911                       
1912    def OnPatternTreeSelChanged(self, event):
1913        '''Called when a data tree item is selected'''
1914        if self.TreeItemDelete:
1915            self.TreeItemDelete = False
1916        else:
1917            pltNum = self.G2plotNB.nb.GetSelection()
1918            if pltNum >= 0:                         #to avoid the startup with no plot!
1919                pltPage = self.G2plotNB.nb.GetPage(pltNum)
1920                pltPlot = pltPage.figure
1921            item = event.GetItem()
1922            G2gd.MovePatternTreeToGrid(self,item)
1923            if self.oldFocus:
1924                self.oldFocus.SetFocus()
1925       
1926    def OnPatternTreeItemCollapsed(self, event):
1927        'Called when a tree item is collapsed'
1928        event.Skip()
1929
1930    def OnPatternTreeItemExpanded(self, event):
1931        'Called when a tree item is expanded'
1932        event.Skip()
1933       
1934    def OnPatternTreeItemDelete(self, event):
1935        'Called when a tree item is deleted -- not sure what this does'
1936        self.TreeItemDelete = True
1937
1938    def OnPatternTreeItemActivated(self, event):
1939        'Called when a tree item is activated'
1940        event.Skip()
1941       
1942    def OnPatternTreeKeyDown(self,event):
1943        'Not sure what this does'
1944        key = event.GetKeyCode()
1945        item = self.PickId
1946        if type(item) is int: return # is this the toplevel in tree?
1947        if key == wx.WXK_UP:
1948            self.oldFocus = wx.Window.FindFocus()
1949            self.PatternTree.GetPrevSibling(item)
1950        elif key == wx.WXK_DOWN:
1951            self.oldFocus = wx.Window.FindFocus()
1952            self.PatternTree.GetNextSibling(item)
1953               
1954    def OnReadPowderPeaks(self,event):
1955        'Bound to menu Data/Read Powder Peaks -- still needed?'
1956        Cuka = 1.54052
1957        self.CheckNotebook()
1958        dlg = wx.FileDialog(self, 'Choose file with peak list', '.', '', 
1959            'peak files (*.txt)|*.txt|All files (*.*)|*.*',wx.OPEN|wx.CHANGE_DIR)
1960        try:
1961            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
1962                self.HKL = []
1963                self.powderfile = dlg.GetPath()
1964                comments,peaks = G2IO.GetPowderPeaks(self.powderfile)
1965                Id = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text='PKS '+os.path.basename(self.powderfile))
1966                data = ['PKS',Cuka,0.0]
1967                names = ['Type','Lam','Zero'] 
1968                codes = [0,0,0]
1969                inst = [G2IO.makeInstDict(names,data,codes),{}]
1970                self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Instrument Parameters'),inst)
1971                self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Comments'),comments)
1972                self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Index Peak List'),peaks)
1973                self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Unit Cells List'),[])             
1974                self.PatternTree.Expand(Id)
1975                self.PatternTree.SelectItem(Id)
1976                os.chdir(dlg.GetDirectory())           # to get Mac/Linux to change directory!
1977        finally:
1978            dlg.Destroy()
1979                       
1980    def OnImageRead(self,event):
1981        'Called to read in an image in any known format'
1982        self.CheckNotebook()
1983        dlg = wx.FileDialog(
1984            self, 'Choose image files', '.', '',
1985            'Any image file (*.edf;*.tif;*.tiff;*.mar*;*.avg;*.sum;*.img;*.G2img)|'
1986            '*.edf;*.tif;*.tiff;*.mar*;*.avg;*.sum;*.img;*.G2img;*.zip|'
1987            'European detector file (*.edf)|*.edf|'
1988            'Any detector tif (*.tif;*.tiff)|*.tif;*.tiff|'
1989            'MAR file (*.mar*)|*.mar*|'
1990            'GE Image (*.avg;*.sum)|*.avg;*.sum|'
1991            'ADSC Image (*.img)|*.img|'
1992            'GSAS-II Image (*.G2img)|*.G2img|'
1993            'Zip archive (*.zip)|*.zip|'
1994            'All files (*.*)|*.*',
1995            wx.OPEN | wx.MULTIPLE|wx.CHANGE_DIR)
1996        try:
1997            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
1998                imagefiles = dlg.GetPaths()
1999                imagefiles.sort()
2000                for imagefile in imagefiles:
2001                    # if a zip file, open and extract
2002                    if os.path.splitext(imagefile)[1].lower() == '.zip':
2003                        extractedfile = G2IO.ExtractFileFromZip(imagefile,parent=self)
2004                        if extractedfile is not None and extractedfile != imagefile:
2005                            imagefile = extractedfile
2006                    Comments,Data,Npix,Image = G2IO.GetImageData(self,imagefile)
2007                    if Comments:
2008                        Id = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text='IMG '+os.path.basename(imagefile))
2009                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Comments'),Comments)
2010                        Imax = np.amax(Image)
2011                        Imin = max(0.0,np.amin(Image))          #force positive
2012                        if self.imageDefault:
2013                            Data = copy.copy(self.imageDefault)
2014                            Data['showLines'] = True
2015                            Data['ring'] = []
2016                            Data['rings'] = []
2017                            Data['cutoff'] = 10
2018                            Data['pixLimit'] = 20
2019                            Data['edgemin'] = 100000000
2020                            Data['calibdmin'] = 0.5
2021                            Data['calibskip'] = 0
2022                            Data['ellipses'] = []
2023                            Data['calibrant'] = ''
2024                            Data['GonioAngles'] = [0.,0.,0.]
2025                            Data['DetDepth'] = 0.
2026                            Data['DetDepthRef'] = False
2027                        else:
2028                            Data['type'] = 'PWDR'
2029                            Data['color'] = 'Paired'
2030                            Data['tilt'] = 0.0
2031                            Data['rotation'] = 0.0
2032                            Data['showLines'] = False
2033                            Data['ring'] = []
2034                            Data['rings'] = []
2035                            Data['cutoff'] = 10
2036                            Data['pixLimit'] = 20
2037                            Data['calibdmin'] = 0.5
2038                            Data['calibskip'] = 0
2039                            Data['edgemin'] = 100000000
2040                            Data['ellipses'] = []
2041                            Data['GonioAngles'] = [0.,0.,0.]
2042                            Data['DetDepth'] = 0.
2043                            Data['DetDepthRef'] = False
2044                            Data['calibrant'] = ''
2045                            Data['IOtth'] = [2.0,5.0]
2046                            Data['LRazimuth'] = [135,225]
2047                            Data['azmthOff'] = 0.0
2048                            Data['outChannels'] = 2500
2049                            Data['outAzimuths'] = 1
2050                            Data['centerAzm'] = False
2051                            Data['fullIntegrate'] = False
2052                            Data['setRings'] = False
2053                            Data['background image'] = ['',1.0]                           
2054                        Data['setDefault'] = False
2055                        Data['range'] = [(Imin,Imax),[Imin,Imax]]
2056                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Image Controls'),Data)
2057                        Masks = {'Points':[],'Rings':[],'Arcs':[],'Polygons':[],'Frames':[],'Thresholds':[(Imin,Imax),[Imin,Imax]]}
2058                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Masks'),Masks)
2059                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Stress/Strain'),
2060                            {'Type':'True','d-zero':[],'Sample phi':0.0,'Sample z':0.0,'strain':np.zeros((3,3))})
2061                        self.PatternTree.SetItemPyData(Id,[Npix,imagefile])
2062                        self.PickId = Id
2063                        self.Image = Id
2064                os.chdir(dlg.GetDirectory())           # to get Mac/Linux to change directory!
2065                self.PatternTree.SelectItem(G2gd.GetPatternTreeItemId(self,Id,'Image Controls'))             #show last one
2066        finally:
2067            path = dlg.GetDirectory()           # to get Mac/Linux to change directory!
2068            os.chdir(path)
2069            dlg.Destroy()
2070
2071    def CheckNotebook(self):
2072        '''Make sure the data tree has the minimally expected controls.
2073        (BHT) correct?
2074        '''
2075        if not G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Notebook'):
2076            sub = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text='Notebook')
2077            self.PatternTree.SetItemPyData(sub,[''])
2078        if not G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Controls'):
2079            sub = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text='Controls')
2080            self.PatternTree.SetItemPyData(sub,copy.copy(G2obj.DefaultControls))
2081        if not G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Covariance'):
2082            sub = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text='Covariance')
2083            self.PatternTree.SetItemPyData(sub,{})
2084        if not G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Constraints'):
2085            sub = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text='Constraints')
2086            self.PatternTree.SetItemPyData(sub,{'Hist':[],'HAP':[],'Phase':[]})
2087        if not G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Restraints'):
2088            sub = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text='Restraints')
2089            self.PatternTree.SetItemPyData(sub,{})
2090        if not G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Rigid bodies'):
2091            sub = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text='Rigid bodies')
2092            self.PatternTree.SetItemPyData(sub,{'Vector':{'AtInfo':{}},
2093                'Residue':{'AtInfo':{}},'RBIds':{'Vector':[],'Residue':[]}})
2094               
2095    class CopyDialog(wx.Dialog):
2096        '''Creates a dialog for copying control settings between
2097        data tree items'''
2098        def __init__(self,parent,title,text,data):
2099            wx.Dialog.__init__(self,parent,-1,title, 
2100                pos=wx.DefaultPosition,style=wx.DEFAULT_DIALOG_STYLE)
2101            self.data = data
2102            panel = wx.Panel(self)
2103            mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
2104            topLabl = wx.StaticText(panel,-1,text)
2105            mainSizer.Add((10,10),1)
2106            mainSizer.Add(topLabl,0,wx.ALIGN_CENTER_VERTICAL|wx.LEFT,10)
2107            mainSizer.Add((10,10),1)
2108            ncols = len(data)/40+1
2109            dataGridSizer = wx.FlexGridSizer(rows=len(data),cols=ncols,hgap=2,vgap=2)
2110            for id,item in enumerate(self.data):
2111                ckbox = wx.CheckBox(panel,id,item[1])
2112                ckbox.Bind(wx.EVT_CHECKBOX,self.OnCopyChange)                   
2113                dataGridSizer.Add(ckbox,0,wx.LEFT,10)
2114            mainSizer.Add(dataGridSizer,0,wx.EXPAND)
2115            OkBtn = wx.Button(panel,-1,"Ok")
2116            OkBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnOk)
2117            cancelBtn = wx.Button(panel,-1,"Cancel")
2118            cancelBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnCancel)
2119            btnSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
2120            btnSizer.Add((20,20),1)
2121            btnSizer.Add(OkBtn)
2122            btnSizer.Add((20,20),1)
2123            btnSizer.Add(cancelBtn)
2124            btnSizer.Add((20,20),1)
2125           
2126            mainSizer.Add(btnSizer,0,wx.EXPAND|wx.BOTTOM|wx.TOP, 10)
2127            panel.SetSizer(mainSizer)
2128            panel.Fit()
2129            self.Fit()
2130       
2131        def OnCopyChange(self,event):
2132            id = event.GetId()
2133            self.data[id][0] = self.FindWindowById(id).GetValue()       
2134           
2135        def OnOk(self,event):
2136            parent = self.GetParent()
2137            parent.Raise()
2138            self.EndModal(wx.ID_OK)             
2139           
2140        def OnCancel(self,event):
2141            parent = self.GetParent()
2142            parent.Raise()
2143            self.EndModal(wx.ID_CANCEL)             
2144           
2145        def GetData(self):
2146            return self.data
2147       
2148    class SumDialog(wx.Dialog):
2149        'Allows user to supply scale factor(s) when summing data'
2150        def __init__(self,parent,title,text,dataType,data):
2151            wx.Dialog.__init__(self,parent,-1,title, 
2152                pos=wx.DefaultPosition,style=wx.DEFAULT_DIALOG_STYLE)
2153            self.data = data
2154            panel = wx.Panel(self)
2155            mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
2156            topLabl = wx.StaticText(panel,-1,text)
2157            mainSizer.Add((10,10),1)
2158            mainSizer.Add(topLabl,0,wx.ALIGN_CENTER_VERTICAL|wx.LEFT,10)
2159            mainSizer.Add((10,10),1)
2160            dataGridSizer = wx.FlexGridSizer(rows=len(data),cols=2,hgap=2,vgap=2)
2161            for id,item in enumerate(self.data[:-1]):
2162                name = wx.TextCtrl(panel,-1,item[1],size=wx.Size(200,20))
2163                name.SetEditable(False)
2164                scale = wx.TextCtrl(panel,id,'%.3f'%(item[0]),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
2165                scale.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,self.OnScaleChange)
2166                scale.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,self.OnScaleChange)
2167                dataGridSizer.Add(scale,0,wx.LEFT,10)
2168                dataGridSizer.Add(name,0,wx.RIGHT,10)
2169            if dataType:
2170                dataGridSizer.Add(wx.StaticText(panel,-1,'Sum result name: '+dataType),0, \
2171                    wx.LEFT|wx.TOP|wx.ALIGN_CENTER_VERTICAL,10)
2172                self.name = wx.TextCtrl(panel,-1,self.data[-1],size=wx.Size(200,20),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
2173                self.name.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,self.OnNameChange)
2174                self.name.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,self.OnNameChange)
2175                dataGridSizer.Add(self.name,0,wx.RIGHT|wx.TOP,10)
2176            mainSizer.Add(dataGridSizer,0,wx.EXPAND)
2177            OkBtn = wx.Button(panel,-1,"Ok")
2178            OkBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnOk)
2179            cancelBtn = wx.Button(panel,-1,"Cancel")
2180            cancelBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnCancel)
2181            btnSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
2182            btnSizer.Add((20,20),1)
2183            btnSizer.Add(OkBtn)
2184            btnSizer.Add((20,20),1)
2185            btnSizer.Add(cancelBtn)
2186            btnSizer.Add((20,20),1)
2187           
2188            mainSizer.Add(btnSizer,0,wx.EXPAND|wx.BOTTOM|wx.TOP, 10)
2189            panel.SetSizer(mainSizer)
2190            panel.Fit()
2191            self.Fit()
2192
2193        def OnScaleChange(self,event):
2194            id = event.GetId()
2195            value = self.FindWindowById(id).GetValue()
2196            try:
2197                self.data[id][0] = float(value)
2198                self.FindWindowById(id).SetValue('%.3f'%(self.data[id][0]))
2199            except ValueError:
2200                if value and '-' not in value[0]:
2201                    print 'bad input - numbers only'
2202                    self.FindWindowById(id).SetValue('0.000')
2203           
2204        def OnNameChange(self,event):
2205            self.data[-1] = self.name.GetValue() 
2206           
2207        def OnOk(self,event):
2208            parent = self.GetParent()
2209            parent.Raise()
2210            self.EndModal(wx.ID_OK)             
2211           
2212        def OnCancel(self,event):
2213            parent = self.GetParent()
2214            parent.Raise()
2215            self.EndModal(wx.ID_CANCEL)             
2216           
2217        def GetData(self):
2218            return self.data
2219                       
2220    def OnPwdrSum(self,event):
2221        'Sum together powder data(?)'
2222        TextList = []
2223        DataList = []
2224        SumList = []
2225        Names = []
2226        Inst = None
2227        SumItemList = []
2228        Comments = ['Sum equals: \n']
2229        if self.PatternTree.GetCount():
2230            item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
2231            while item:
2232                name = self.PatternTree.GetItemText(item)
2233                Names.append(name)
2234                if 'PWDR' in name:
2235                    TextList.append([0.0,name])
2236                    DataList.append(self.PatternTree.GetItemPyData(item)[1])    # (x,y,w,yc,yb,yd)
2237                    if not Inst:
2238                        Inst = self.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(self,item, 'Instrument Parameters'))
2239                item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)
2240            if len(TextList) < 2:
2241                self.ErrorDialog('Not enough data to sum','There must be more than one "PWDR" pattern')
2242                return
2243            TextList.append('default_sum_name')               
2244            dlg = self.SumDialog(self,'Sum data','Enter scale for each pattern in summation','PWDR',TextList)
2245            try:
2246                if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
2247                    lenX = 0
2248                    Xminmax = [0,0]
2249                    Xsum = []
2250                    Ysum = []
2251                    Vsum = []
2252                    result = dlg.GetData()
2253                    for i,item in enumerate(result[:-1]):
2254                        scale,name = item
2255                        data = DataList[i]
2256                        if scale:
2257                            Comments.append("%10.3f %s" % (scale,' * '+name))
2258                            x,y,w,yc,yb,yd = data   #numpy arrays!
2259                            v = 1./w
2260                            if lenX:
2261                                if lenX != len(x):
2262                                    self.ErrorDialog('Data length error','Data to be summed must have same number of points'+ \
2263                                        '\nExpected:'+str(lenX)+ \
2264                                        '\nFound:   '+str(len(x))+'\nfor '+name)
2265                                    return
2266                            else:
2267                                lenX = len(x)
2268                            if Xminmax[1]:
2269                                if Xminmax != [x[0],x[-1]]:
2270                                    self.ErrorDialog('Data range error','Data to be summed must span same range'+ \
2271                                        '\nExpected:'+str(Xminmax[0])+' '+str(Xminmax[1])+ \
2272                                        '\nFound:   '+str(x[0])+' '+str(x[-1])+'\nfor '+name)
2273                                    return
2274                                else:
2275                                    for j,yi in enumerate(y):
2276                                         Ysum[j] += scale*yi
2277                                         Vsum[j] += abs(scale)*v[j]
2278                            else:
2279                                Xminmax = [x[0],x[-1]]
2280                                YCsum = YBsum = YDsum = [0.0 for i in range(lenX)]
2281                                for j,yi in enumerate(y):
2282                                    Xsum.append(x[j])
2283                                    Ysum.append(scale*yi)
2284                                    Vsum.append(abs(scale*v[j]))
2285                    Wsum = 1./np.array(Vsum)
2286                    outname = 'PWDR '+result[-1]
2287                    Id = 0
2288                    if outname in Names:
2289                        dlg2 = wx.MessageDialog(self,'Overwrite data?','Duplicate data name',wx.OK|wx.CANCEL)
2290                        try:
2291                            if dlg2.ShowModal() == wx.ID_OK:
2292                                Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,name)
2293                                self.PatternTree.Delete(Id)
2294                        finally:
2295                            dlg2.Destroy()
2296                    Id = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text=outname)
2297                    if Id:
2298                        Sample = G2pdG.SetDefaultSample()
2299                        valuesdict = {
2300                            'wtFactor':1.0,
2301                            'Dummy':False,
2302                            'ranId':ran.randint(0,sys.maxint),
2303                            }
2304                        self.PatternTree.SetItemPyData(Id,[valuesdict,[np.array(Xsum),np.array(Ysum),np.array(Wsum),
2305                            np.array(YCsum),np.array(YBsum),np.array(YDsum)]])
2306                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Comments'),Comments)                   
2307                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Limits'),[tuple(Xminmax),Xminmax])
2308                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Background'),[['chebyschev',True,3,1.0,0.0,0.0],
2309                            {'nDebye':0,'debyeTerms':[],'nPeaks':0,'peaksList':[]}])
2310                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Instrument Parameters'),Inst)
2311                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Sample Parameters'),Sample)
2312                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Peak List'),[])
2313                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Index Peak List'),[])
2314                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Unit Cells List'),[])             
2315                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Reflection Lists'),{})             
2316                        self.PatternTree.SelectItem(Id)
2317                        self.PatternTree.Expand(Id)
2318            finally:
2319                dlg.Destroy()
2320
2321    def OnImageSum(self,event):
2322        'Sum together image data(?)'
2323        TextList = []
2324        DataList = []
2325        SumList = []
2326        Names = []
2327        Inst = []
2328        SumItemList = []
2329        Comments = ['Sum equals: \n']
2330        if self.PatternTree.GetCount():
2331            item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
2332            while item:
2333                name = self.PatternTree.GetItemText(item)
2334                Names.append(name)
2335                if 'IMG' in name:
2336                    TextList.append([0.0,name])
2337                    DataList.append(self.PatternTree.GetItemPyData(item))        #Size,Image
2338                    Data = self.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(self,item,'Image Controls'))
2339                item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)
2340            if len(TextList) < 2:
2341                self.ErrorDialog('Not enough data to sum','There must be more than one "IMG" pattern')
2342                return
2343            TextList.append('default_sum_name')               
2344            dlg = self.SumDialog(self,'Sum data','Enter scale for each image in summation','IMG',TextList)
2345            try:
2346                if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
2347                    imSize = 0
2348                    result = dlg.GetData()
2349                    First = True
2350                    Found = False
2351                    for i,item in enumerate(result[:-1]):
2352                        scale,name = item
2353                        data = DataList[i]
2354                        if scale:
2355                            Found = True                               
2356                            Comments.append("%10.3f %s" % (scale,' * '+name))
2357                            Npix,imagefile = data
2358                            image = G2IO.GetImageData(self,imagefile,imageOnly=True)
2359                            if First:
2360                                newImage = np.zeros_like(image)
2361                                First = False
2362                            if imSize:
2363                                if imSize != Npix:
2364                                    self.ErrorDialog('Image size error','Images to be summed must be same size'+ \
2365                                        '\nExpected:'+str(imSize)+ \
2366                                        '\nFound:   '+str(Npix)+'\nfor '+name)
2367                                    return
2368                                newImage = newImage+scale*image
2369                            else:
2370                                imSize = Npix
2371                                newImage = newImage+scale*image
2372                            del(image)
2373                    if not Found:
2374                        self.ErrorDialog('Image sum error','No nonzero image multipliers found')
2375                        return
2376                       
2377                    newImage = np.asfarray(newImage,dtype=np.float32)                       
2378                    outname = 'IMG '+result[-1]
2379                    Id = 0
2380                    if outname in Names:
2381                        dlg2 = wx.MessageDialog(self,'Overwrite data?','Duplicate data name',wx.OK|wx.CANCEL)
2382                        try:
2383                            if dlg2.ShowModal() == wx.ID_OK:
2384                                Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,name)
2385                        finally:
2386                            dlg2.Destroy()
2387                    else:
2388                        Id = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text=outname)
2389                    if Id:
2390                        dlg = wx.FileDialog(self, 'Choose sum image filename', '.', '', 
2391                            'G2img files (*.G2img)|*.G2img', 
2392                            wx.SAVE|wx.FD_OVERWRITE_PROMPT|wx.CHANGE_DIR)
2393                        if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
2394                            newimagefile = dlg.GetPath()
2395                            newimagefile = G2IO.FileDlgFixExt(dlg,newimagefile)
2396                            G2IO.PutG2Image(newimagefile,Comments,Data,Npix,newImage)
2397                            Imax = np.amax(newImage)
2398                            Imin = np.amin(newImage)
2399                            newImage = []
2400                            self.PatternTree.SetItemPyData(Id,[imSize,newimagefile])
2401                            self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Comments'),Comments)
2402                        del(newImage)
2403                        if self.imageDefault:
2404                            Data = copy.copy(self.imageDefault)
2405                        Data['showLines'] = True
2406                        Data['ring'] = []
2407                        Data['rings'] = []
2408                        Data['cutoff'] = 10
2409                        Data['pixLimit'] = 20
2410                        Data['ellipses'] = []
2411                        Data['calibrant'] = ''
2412                        Data['range'] = [(Imin,Imax),[Imin,Imax]]
2413                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Image Controls'),Data)                                           
2414                        Masks = {'Points':[],'Rings':[],'Arcs':[],'Polygons':[],'Frames':[],'Thresholds':[(Imin,Imax),[Imin,Imax]]}
2415                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Masks'),Masks)
2416                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Stress/Strain'),{})
2417                        self.PatternTree.SelectItem(Id)
2418                        self.PatternTree.Expand(Id)
2419                        self.PickId = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,outname)
2420                        self.Image = self.PickId
2421            finally:
2422                dlg.Destroy()
2423                     
2424    def OnAddPhase(self,event):
2425        'Add a new, empty phase to the tree. Called by Data/Add Phase menu'
2426        if not G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases'):
2427            sub = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text='Phases')
2428        else:
2429            sub = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases')
2430        PhaseName = ''
2431        dlg = wx.TextEntryDialog(None,'Enter a name for this phase','Phase Name Entry','New phase',
2432            style=wx.OK)
2433        if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
2434            PhaseName = dlg.GetValue()
2435        dlg.Destroy()
2436        sub = self.PatternTree.AppendItem(parent=sub,text=PhaseName)
2437        E,SGData = G2spc.SpcGroup('P 1')
2438        self.PatternTree.SetItemPyData(sub,G2IO.SetNewPhase(Name=PhaseName,SGData=SGData))
2439       
2440    def OnDeletePhase(self,event):
2441        'Delete a phase from the tree. Called by Data/Delete Phase menu'
2442        #Hmm, also need to delete this phase from Reflection Lists for each PWDR histogram
2443        if self.dataFrame:
2444            self.dataFrame.Clear() 
2445        TextList = []
2446        DelList = []
2447        DelItemList = []
2448        if G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases'):
2449            sub = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases')
2450        else:
2451            return
2452        if sub:
2453            item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(sub)
2454            while item:
2455                TextList.append(self.PatternTree.GetItemText(item))
2456                item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(sub, cookie)               
2457            dlg = wx.MultiChoiceDialog(self, 'Which phase to delete?', 'Delete phase', TextList, wx.CHOICEDLG_STYLE)
2458            try:
2459                if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
2460                    result = dlg.GetSelections()
2461                    for i in result: DelList.append([i,TextList[i]])
2462                    item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(sub)
2463                    i = 0
2464                    while item:
2465                        if [i,self.PatternTree.GetItemText(item)] in DelList: DelItemList.append(item)
2466                        item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(sub, cookie)
2467                        i += 1
2468                    for item in DelItemList:
2469                        name = self.PatternTree.GetItemText(item)
2470                        self.PatternTree.Delete(item)
2471                        self.G2plotNB.Delete(name)
2472                    item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
2473                    while item:
2474                        name = self.PatternTree.GetItemText(item)
2475                        if 'PWDR' in name:
2476                            Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,item, 'Reflection Lists')
2477                            refList = self.PatternTree.GetItemPyData(Id)
2478                            for i,item in DelList:
2479                                del(refList[item])
2480                            self.PatternTree.SetItemPyData(Id,refList)
2481                        item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)
2482            finally:
2483                dlg.Destroy()
2484               
2485    def OnRenameData(self,event):
2486        'Renames an existing phase. Called by Data/Rename Phase menu'
2487        name = self.PatternTree.GetItemText(self.PickId)     
2488        if 'PWDR' in name or 'HKLF' in name or 'IMG' in name:
2489            dataType = name[:name.index(' ')+1]                 #includes the ' '
2490            dlg = wx.TextEntryDialog(self,'Data name: '+dataType,'Change data name',
2491                defaultValue=name[name.index(' ')+1:])
2492            try:
2493                if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
2494                    self.PatternTree.SetItemText(self.PickId,dataType+dlg.GetValue())
2495            finally:
2496                dlg.Destroy()
2497       
2498    def GetFileList(self,fileType,skip=None):        #potentially useful?
2499        'Appears unused. Note routine of same name in GSASIIpwdGUI'
2500        fileList = []
2501        Source = ''
2502        id, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
2503        while id:
2504            name = self.PatternTree.GetItemText(id)
2505            if fileType in name:
2506                if id == skip:
2507                    Source = name
2508                else:
2509                    fileList.append([False,name,id])
2510            id, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)
2511        if skip:
2512            return fileList,Source
2513        else:
2514            return fileList
2515           
2516    def OnDataDelete(self, event):
2517        '''Delete one or more histograms from data tree. Called by the
2518        Data/DeleteData menu
2519        '''
2520        TextList = ['All Data']
2521        DelList = []
2522        DelItemList = []
2523        ifPWDR = False
2524        ifSASD = False
2525        ifIMG = False
2526        ifHKLF = False
2527        ifPDF = False
2528        if self.PatternTree.GetCount():
2529            item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
2530            while item:
2531                name = self.PatternTree.GetItemText(item)
2532                if name not in ['Notebook','Controls','Covariance','Constraints',
2533                    'Restraints','Phases','Rigid bodies']:
2534                    if 'PWDR' in name: ifPWDR = True
2535                    if 'SASD' in name: ifSASD = True
2536                    if 'IMG' in name: ifIMG = True
2537                    if 'HKLF' in name: ifHKLF = True
2538                    if 'PDF' in name: ifPDF = True
2539                    TextList.append(name)
2540                item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)
2541            if ifPWDR: TextList.insert(1,'All PWDR')
2542            if ifSASD: TextList.insert(1,'All SASD')
2543            if ifIMG: TextList.insert(1,'All IMG')
2544            if ifHKLF: TextList.insert(1,'All HKLF')
2545            if ifPDF: TextList.insert(1,'All PDF')               
2546            dlg = wx.MultiChoiceDialog(self, 'Which data to delete?', 'Delete data', TextList, wx.CHOICEDLG_STYLE)
2547            try:
2548                if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
2549                    result = dlg.GetSelections()
2550                    for i in result: DelList.append(TextList[i])
2551                    if 'All Data' in DelList:
2552                        DelList = [item for item in TextList if item[:3] != 'All']
2553                    elif 'All PWDR' in DelList:
2554                        DelList = [item for item in TextList if item[:4] == 'PWDR']
2555                    elif 'All SASD' in DelList:
2556                        DelList = [item for item in TextList if item[:4] == 'SASD']
2557                    elif 'All IMG' in DelList:
2558                        DelList = [item for item in TextList if item[:3] == 'IMG']
2559                    elif 'All HKLF' in DelList:
2560                        DelList = [item for item in TextList if item[:4] == 'HKLF']
2561                    elif 'All PDF' in DelList:
2562                        DelList = [item for item in TextList if item[:3] == 'PDF']
2563                    item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
2564                    while item:
2565                        if self.PatternTree.GetItemText(item) in DelList: DelItemList.append(item)
2566                        item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)
2567                    for item in DelItemList:
2568                        self.PatternTree.Delete(item)
2569                    self.PickId = 0
2570                    wx.CallAfter(G2plt.PlotPatterns,self,True)                        #so plot gets updated
2571            finally:
2572                dlg.Destroy()
2573
2574    def OnFileOpen(self, event, filename=None):
2575        '''Reads in a GSAS-II .gpx project file in response to the
2576        File/Open Project menu button
2577        '''
2578        result = wx.ID_OK
2579        Id = 0
2580        if self.PatternTree.GetChildrenCount(self.root,False):
2581            if self.dataFrame:
2582                self.dataFrame.Clear() 
2583            dlg = wx.MessageDialog(
2584                self,
2585                'Do you want to overwrite the current project? '
2586                'Any unsaved changes will be lost. Press OK to continue.',
2587                'Overwrite?',  wx.OK | wx.CANCEL)
2588            try:
2589                result = dlg.ShowModal()
2590                if result == wx.ID_OK:
2591                    self.PatternTree.DeleteChildren(self.root)
2592                    self.GSASprojectfile = ''
2593                    if self.HKL: self.HKL = []
2594                    if self.G2plotNB.plotList:
2595                        self.G2plotNB.clear()
2596            finally:
2597                dlg.Destroy()
2598        if result != wx.ID_OK: return
2599
2600        if not filename:
2601            if self.dataDisplay: self.dataDisplay.Destroy()
2602            dlg = wx.FileDialog(self, 'Choose GSAS-II project file', '.', '', 
2603                'GSAS-II project file (*.gpx)|*.gpx',wx.OPEN|wx.CHANGE_DIR)
2604            try:
2605                if dlg.ShowModal() != wx.ID_OK: return
2606                self.GSASprojectfile = dlg.GetPath()
2607                self.GSASprojectfile = G2IO.FileDlgFixExt(dlg,self.GSASprojectfile)
2608                self.dirname = dlg.GetDirectory()
2609            finally:
2610                dlg.Destroy()
2611        else:
2612            self.GSASprojectfile = os.path.splitext(filename)[0]+'.gpx'
2613            self.dirname = os.path.split(filename)[0]
2614
2615        G2IO.ProjFileOpen(self)
2616        self.PatternTree.SetItemText(self.root,'Loaded Data: '+self.GSASprojectfile)
2617        self.PatternTree.Expand(self.root)
2618        self.HKL = []
2619        item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
2620        while item and not Id:
2621            name = self.PatternTree.GetItemText(item)
2622            if name[:4] in ['PWDR','HKLF','IMG ','PDF ']:
2623                Id = item
2624            elif name == 'Controls':
2625                data = self.PatternTree.GetItemPyData(item)
2626                if data:
2627                    for item in self.Refine: item.Enable(True)
2628                    for item in self.SeqRefine: item.Enable(True)
2629            item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)
2630        if Id:
2631            self.PatternTree.SelectItem(Id)
2632        self.CheckNotebook()
2633        os.chdir(self.dirname)           # to get Mac/Linux to change directory!
2634
2635    def OnFileClose(self, event):
2636        '''Clears the data tree in response to the
2637        File/New Project menu button. User is given option to save
2638        the project.
2639        '''
2640        if self.dataFrame:
2641            self.dataFrame.Clear()
2642            self.dataFrame.SetLabel('GSAS-II data display') 
2643        dlg = wx.MessageDialog(self, 'Save current project?', ' ', wx.YES | wx.NO | wx.CANCEL)
2644        try:
2645            result = dlg.ShowModal()
2646            if result == wx.ID_OK:
2647                self.OnFileSaveMenu(event)
2648            if result != wx.ID_CANCEL:
2649                self.GSASprojectfile = ''
2650                self.PatternTree.SetItemText(self.root,'Loaded Data: ')
2651                self.PatternTree.DeleteChildren(self.root)
2652                if self.HKL: self.HKL = []
2653                if self.G2plotNB.plotList:
2654                    self.G2plotNB.clear()
2655        finally:
2656            dlg.Destroy()
2657
2658    def OnFileSave(self, event):
2659        '''Save the current project in response to the
2660        File/Save Project menu button
2661        '''
2662       
2663        if self.GSASprojectfile: 
2664            self.PatternTree.SetItemText(self.root,'Loaded Data: '+self.GSASprojectfile)
2665            G2IO.ProjFileSave(self)
2666        else:
2667            self.OnFileSaveas(event)
2668
2669    def OnFileSaveas(self, event):
2670        '''Save the current project in response to the
2671        File/Save as menu button
2672        '''
2673        dlg = wx.FileDialog(self, 'Choose GSAS-II project file name', '.', '', 
2674            'GSAS-II project file (*.gpx)|*.gpx',wx.FD_SAVE|wx.FD_OVERWRITE_PROMPT|wx.CHANGE_DIR)
2675        try:
2676            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
2677                self.GSASprojectfile = dlg.GetPath()
2678                self.GSASprojectfile = G2IO.FileDlgFixExt(dlg,self.GSASprojectfile)
2679                self.PatternTree.SetItemText(self.root,'Saving project as'+self.GSASprojectfile)
2680                self.SetTitle("GSAS-II data tree: "+os.path.split(self.GSASprojectfile)[1])
2681                G2IO.ProjFileSave(self)
2682                os.chdir(dlg.GetDirectory())           # to get Mac/Linux to change directory!
2683        finally:
2684            dlg.Destroy()
2685
2686    def ExitMain(self, event):
2687        '''Called if the main window is closed'''
2688        if self.undofile:
2689            os.remove(self.undofile)
2690        sys.exit()
2691       
2692    def OnFileExit(self, event):
2693        '''Called in response to the File/Quit menu button'''
2694        if self.dataFrame:
2695            self.dataFrame.Clear() 
2696            self.dataFrame.Destroy()
2697        self.Close()
2698       
2699    def OnExportPatterns(self,event):
2700        names = ['All']
2701        exports = []
2702        item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
2703        while item:
2704            name = self.PatternTree.GetItemText(item)
2705            if 'PWDR' in name:
2706                names.append(name)
2707            item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)
2708        if names:
2709            dlg = wx.MultiChoiceDialog(self,'Select','Powder patterns to export',names)
2710            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
2711                sel = dlg.GetSelections()
2712                if sel[0] == 0:
2713                    exports = names[1:]
2714                else:
2715                    for x in sel:
2716                        exports.append(names[x])
2717            dlg.Destroy()
2718        if exports:
2719            dlg = wx.FileDialog(self, 'Choose output powder file name', '.', '', 
2720                'GSAS fxye file (*.fxye)|*.fxye|xye file (*.xye)|*.xye',
2721                wx.FD_SAVE|wx.FD_OVERWRITE_PROMPT|wx.CHANGE_DIR)
2722            try:
2723                if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
2724                    powderfile = dlg.GetPath()
2725                    powderfile = G2IO.FileDlgFixExt(dlg,powderfile)
2726                    if 'fxye' in powderfile:
2727                        G2IO.powderFxyeSave(self,exports,powderfile)
2728                    else:       #just xye
2729                        G2IO.powderXyeSave(self,exports,powderfile)
2730            finally:
2731                dlg.Destroy()
2732       
2733    def OnExportPeakList(self,event):
2734        dlg = wx.FileDialog(self, 'Choose output peak list file name', '.', '', 
2735            '(*.*)|*.*',wx.FD_SAVE|wx.FD_OVERWRITE_PROMPT|wx.CHANGE_DIR)
2736        try:
2737            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
2738                self.peaklistfile = dlg.GetPath()
2739                self.peaklistfile = G2IO.FileDlgFixExt(dlg,self.peaklistfile)
2740                file = open(self.peaklistfile,'w')               
2741                item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
2742                while item:
2743                    name = self.PatternTree.GetItemText(item)
2744                    if 'PWDR' in name:
2745                        item2, cookie2 = self.PatternTree.GetFirstChild(item)
2746                        while item2:
2747                            name2 = self.PatternTree.GetItemText(item2)
2748                            if name2 == 'Peak List':
2749                                peaks = self.PatternTree.GetItemPyData(item2)
2750                                file.write("%s \n" % (name+' Peak List'))               
2751                                for peak in peaks:
2752                                    file.write("%10.5f %12.2f %10.3f %10.3f \n" % \
2753                                        (peak[0],peak[2],peak[4],peak[6]))
2754                            item2, cookie2 = self.PatternTree.GetNextChild(item, cookie2)                           
2755                    item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)                           
2756                file.close()
2757        finally:
2758            dlg.Destroy()
2759       
2760    def OnExportHKL(self,event):
2761        dlg = wx.FileDialog(self, 'Choose output reflection list file name', '.', '', 
2762            '(*.*)|*.*',wx.FD_SAVE|wx.FD_OVERWRITE_PROMPT|wx.CHANGE_DIR)
2763        try:
2764            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
2765                self.peaklistfile = dlg.GetPath()
2766                self.peaklistfile = G2IO.FileDlgFixExt(dlg,self.peaklistfile)
2767                file = open(self.peaklistfile,'w')               
2768                item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
2769                while item:
2770                    name = self.PatternTree.GetItemText(item)
2771                    if 'PWDR' in name:
2772                        item2, cookie2 = self.PatternTree.GetFirstChild(item)
2773                        while item2:
2774                            name2 = self.PatternTree.GetItemText(item2)
2775                            if name2 == 'Reflection Lists':
2776                                data = self.PatternTree.GetItemPyData(item2)
2777                                phases = data.keys()
2778                                for phase in phases:
2779                                    peaks = data[phase]
2780                                    file.write("%s %s %s \n" % (name,phase,' Reflection List'))
2781                                    file.write('%s \n'%(' h  k  l  m  d-space 2-theta wid F**2'))               
2782                                    for peak in peaks:
2783                                        FWHM = G2pwd.getgamFW(peak[7],peak[6])/50.      #to get delta-2-theta in deg.
2784                                        file.write(" %3d %3d %3d %3d %10.5f %10.5f %10.5f %10.3f \n" % \
2785                                            (int(peak[0]),int(peak[1]),int(peak[2]),int(peak[3]),peak[4],peak[5],FWHM,peak[8]))
2786                            item2, cookie2 = self.PatternTree.GetNextChild(item, cookie2)                           
2787                    item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)                           
2788                file.close()
2789        finally:
2790            dlg.Destroy()
2791       
2792    def OnExportPDF(self,event):
2793        #need S(Q) and G(R) to be saved here - probably best from selection?
2794        names = ['All']
2795        exports = []
2796        item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
2797        while item:
2798            name = self.PatternTree.GetItemText(item)
2799            if 'PDF' in name:
2800                names.append(name)
2801            item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)
2802        if names:
2803            dlg = wx.MultiChoiceDialog(self,'Select','PDF patterns to export',names)
2804            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
2805                sel = dlg.GetSelections()
2806                if sel[0] == 0:
2807                    exports = names[1:]
2808                else:
2809                    for x in sel:
2810                        exports.append(names[x])
2811            dlg.Destroy()
2812        if exports:
2813            G2IO.PDFSave(self,exports)
2814       
2815    def OnMakePDFs(self,event):
2816        '''Calculates PDFs
2817        '''
2818        tth2q = lambda t,w:4.0*math.pi*sind(t/2.0)/w
2819        TextList = ['All PWDR']
2820        PDFlist = []
2821        Names = []
2822        if self.PatternTree.GetCount():
2823            id, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
2824            while id:
2825                name = self.PatternTree.GetItemText(id)
2826                Names.append(name)
2827                if 'PWDR' in name:
2828                    TextList.append(name)
2829                id, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)
2830            if len(TextList) == 1:
2831                self.ErrorDialog('Nothing to make PDFs for','There must be at least one "PWDR" pattern')
2832                return
2833            dlg = wx.MultiChoiceDialog(self,'Make PDF controls','Make PDF controls for:',TextList, wx.CHOICEDLG_STYLE)
2834            try:
2835                if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
2836                    result = dlg.GetSelections()
2837                    for i in result: PDFlist.append(TextList[i])
2838                    if 0 in result:
2839                        PDFlist = [item for item in TextList if item[:4] == 'PWDR']                       
2840                    for item in PDFlist:
2841                        PWDRname = item[4:]
2842                        Id = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text='PDF '+PWDRname)
2843                        Data = {
2844                            'Sample':{'Name':item,'Mult':1.0,'Add':0.0},
2845                            'Sample Bkg.':{'Name':'','Mult':-1.0,'Add':0.0},
2846                            'Container':{'Name':'','Mult':-1.0,'Add':0.0},
2847                            'Container Bkg.':{'Name':'','Mult':-1.0,'Add':0.0},'ElList':{},
2848                            'Geometry':'Cylinder','Diam':1.0,'Pack':0.50,'Form Vol':10.0,
2849                            'DetType':'Image plate','ObliqCoeff':0.2,'Ruland':0.025,'QScaleLim':[0,100],
2850                            'Lorch':True,}
2851                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='PDF Controls'),Data)
2852                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='I(Q)'+PWDRname),[])       
2853                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='S(Q)'+PWDRname),[])       
2854                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='F(Q)'+PWDRname),[])       
2855                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='G(R)'+PWDRname),[])       
2856                for item in self.ExportPDF: item.Enable(True)
2857            finally:
2858                dlg.Destroy()
2859               
2860    def GetPWDRdatafromTree(self,PWDRname):
2861        ''' Returns powder data from GSASII tree
2862
2863        :param str PWDRname: a powder histogram name as obtained from
2864          :meth:`GSASIIstruct.GetHistogramNames`
2865
2866        :returns: PWDRdata = powder data dictionary with
2867          Powder data arrays, Limits, Instrument Parameters,
2868          Sample Parameters           
2869        '''
2870        PWDRdata = {}
2871        try:
2872            PWDRdata.update(self.PatternTree.GetItemPyData(PWDRname)[0])            #wtFactor + ?
2873        except ValueError:
2874            PWDRdata['wtFactor'] = 1.0
2875        PWDRdata['Data'] = self.PatternTree.GetItemPyData(PWDRname)[1]          #powder data arrays
2876        PWDRdata['Limits'] = self.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(self,PWDRname,'Limits'))
2877        PWDRdata['Background'] = self.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(self,PWDRname,'Background'))
2878        PWDRdata['Instrument Parameters'] = self.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(self,PWDRname,'Instrument Parameters'))
2879        PWDRdata['Sample Parameters'] = self.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(self,PWDRname,'Sample Parameters'))
2880        PWDRdata['Reflection Lists'] = self.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(self,PWDRname,'Reflection Lists'))
2881        if 'ranId' not in PWDRdata:  # patch, add a random Id
2882            PWDRdata['ranId'] = ran.randint(0,sys.maxint)
2883        if 'ranId' not in PWDRdata['Sample Parameters']:  # I hope this becomes obsolete at some point
2884            PWDRdata['Sample Parameters']['ranId'] = PWDRdata['ranId']
2885        return PWDRdata
2886
2887    def GetHKLFdatafromTree(self,HKLFname):
2888        ''' Returns single crystal data from GSASII tree
2889
2890        :param str HKLFname: a single crystal histogram name as obtained
2891          from
2892          :meth:`GSASIIstruct.GetHistogramNames`
2893
2894        :returns: HKLFdata = single crystal data list of reflections
2895
2896        '''
2897        HKLFdata = {}
2898        HKLFdata.update(self.PatternTree.GetItemPyData(HKLFname)[0])            #wtFactor + ?
2899#        try:
2900#            HKLFdata.update(self.PatternTree.GetItemPyData(HKLFname)[0])            #wtFactor + ?
2901#        except ValueError:
2902#            HKLFdata['wtFactor'] = 1.0
2903        HKLFdata['Data'] = self.PatternTree.GetItemPyData(HKLFname)[1]
2904        HKLFdata['Instrument Parameters'] = self.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(self,HKLFname,'Instrument Parameters'))
2905        return HKLFdata
2906       
2907    def GetPhaseData(self):
2908        '''Returns a dict with defined phases.
2909        Note routine :func:`GSASIIstrIO.GetPhaseData` also exists to
2910        get same info from GPX file.
2911        '''
2912        phaseData = {}
2913        if G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases'):
2914            sub = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases')
2915        else:
2916            print 'no phases found in GetPhaseData'
2917            sub = None
2918        if sub:
2919            item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(sub)
2920            while item:
2921                phaseName = self.PatternTree.GetItemText(item)
2922                phaseData[phaseName] =  self.PatternTree.GetItemPyData(item)
2923                if 'ranId' not in phaseData[phaseName]:
2924                    phaseData[phaseName]['ranId'] = ran.randint(0,sys.maxint)         
2925                item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(sub, cookie)
2926        return phaseData
2927
2928    def GetPhaseInfofromTree(self):
2929        '''Get the phase names and their rId values,
2930        also the histograms used in each phase.
2931
2932        :returns: (phaseRIdList, usedHistograms) where
2933
2934          * phaseRIdList is a list of random Id values for each phase
2935          * usedHistograms is a dict where the keys are the phase names
2936            and the values for each key are a list of the histogram names
2937            used in each phase.
2938        '''
2939        phaseRIdList = []
2940        usedHistograms = {}
2941        sub = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases')
2942        if sub:
2943            item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(sub)
2944            while item:
2945                phaseName = self.PatternTree.GetItemText(item)
2946                ranId = self.PatternTree.GetItemPyData(item).get('ranId')
2947                if ranId: phaseRIdList.append(ranId)
2948                data = self.PatternTree.GetItemPyData(item)
2949                UseList = data['Histograms']
2950                usedHistograms[phaseName] = UseList.keys()
2951                item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(sub, cookie)
2952        return phaseRIdList,usedHistograms
2953
2954    def GetPhaseNames(self):
2955        '''Returns a list of defined phases.
2956        Note routine :func:`GSASIIstrIO.GetPhaseNames` also exists to
2957        get same info from GPX file.
2958        '''
2959        phaseNames = []
2960        if G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases'):
2961            sub = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases')
2962        else:
2963            print 'no phases found in GetPhaseNames'
2964            sub = None
2965        if sub:
2966            item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(sub)
2967            while item:
2968                phase = self.PatternTree.GetItemText(item)
2969                phaseNames.append(phase)
2970                item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(sub, cookie)
2971        return phaseNames
2972   
2973    def GetHistogramNames(self,hType):
2974        """ Returns a list of histogram names found in the GSASII data tree
2975        Note routine :func:`GSASIIstrIO.GetHistogramNames` also exists to
2976        get same info from GPX file.
2977       
2978        :param str hType: list of histogram types
2979        :return: list of histogram names
2980       
2981        """
2982        HistogramNames = []
2983        if self.PatternTree.GetCount():
2984            item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
2985            while item:
2986                name = self.PatternTree.GetItemText(item)
2987                if name[:4] in hType:
2988                    HistogramNames.append(name)       
2989                item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)               
2990
2991        return HistogramNames
2992
2993                   
2994    def GetUsedHistogramsAndPhasesfromTree(self):
2995        ''' Returns all histograms that are found in any phase
2996        and any phase that uses a histogram.
2997        This also assigns numbers to used phases and histograms by the
2998        order they appear in the file.
2999        Note routine :func:`GSASIIstrIO.GetUsedHistogramsAndPhasesfromTree` also exists to
3000        get same info from GPX file.
3001
3002        :returns: (Histograms,Phases)
3003
3004            * Histograms = dictionary of histograms as {name:data,...}
3005            * Phases = dictionary of phases that use histograms
3006        '''
3007        Histograms = {}
3008        Phases = {}
3009        phaseNames = self.GetPhaseNames()
3010        phaseData = self.GetPhaseData()
3011        histoList = self.GetHistogramNames(['PWDR','HKLF'])
3012
3013        for phase in phaseData:
3014            Phase = phaseData[phase]
3015            pId = phaseNames.index(phase)
3016            Phase['pId'] = pId
3017            if Phase['Histograms']:
3018                if phase not in Phases:
3019                    Phases[phase] = Phase
3020                for hist in Phase['Histograms']:
3021                    if 'Use' not in Phase['Histograms'][hist]:      #patch: add Use flag as True
3022                        Phase['Histograms'][hist]['Use'] = True         
3023                    if hist not in Histograms and Phase['Histograms'][hist]['Use']:
3024                        item = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,hist)
3025                        if item:
3026                            if 'PWDR' in hist[:4]: 
3027                                Histograms[hist] = self.GetPWDRdatafromTree(item)
3028                            elif 'HKLF' in hist[:4]:
3029                                Histograms[hist] = self.GetHKLFdatafromTree(item)
3030                            hId = histoList.index(hist)
3031                            Histograms[hist]['hId'] = hId
3032                        else: # would happen if a referenced histogram were renamed or deleted
3033                            print('For phase "'+str(phase)+
3034                                  '" unresolved reference to histogram "'+str(hist)+'"')
3035        #G2obj.IndexAllIds(Histograms=Histograms,Phases=Phases)
3036        G2obj.IndexAllIds(Histograms=Histograms,Phases=phaseData)
3037        return Histograms,Phases
3038       
3039    def MakeLSParmDict(self):
3040        '''Load all parameters used for computation from the tree into a
3041        dict of paired values [value, refine flag]. Note that this is
3042        different than the parmDict used in the refinement, which only has
3043        values.
3044
3045        Note that similar things are done in
3046        :meth:`GSASIIIO.ExportBaseclass.loadParmDict` (from the tree) and
3047        :func:`GSASIIstrMain.Refine` and :func:`GSASIIstrMain.SeqRefine` (from
3048        a GPX file).
3049
3050        :returns: (parmDict,varyList) where:
3051
3052         * parmDict is a dict with values and refinement flags
3053           for each parameter and
3054         * varyList is a list of variables (refined parameters).
3055        '''
3056        parmDict = {}
3057        Histograms,Phases = self.GetUsedHistogramsAndPhasesfromTree()
3058        for phase in Phases:
3059            if 'pId' not in Phases[phase]:
3060                self.ErrorDialog('View parameter error','You must run least squares at least once')
3061                raise Exception,'No pId for phase '+str(phase)
3062        rigidbodyDict = self.PatternTree.GetItemPyData(   
3063            G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Rigid bodies'))
3064        rbVary,rbDict = G2stIO.GetRigidBodyModels(rigidbodyDict,Print=False)
3065        rbIds = rigidbodyDict.get('RBIds',{'Vector':[],'Residue':[]})
3066        Natoms,atomIndx,phaseVary,phaseDict,pawleyLookup,FFtable,BLtable = G2stIO.GetPhaseData(Phases,RestraintDict=None,rbIds=rbIds,Print=False)       
3067        hapVary,hapDict,controlDict = G2stIO.GetHistogramPhaseData(Phases,Histograms,Print=False)
3068        histVary,histDict,controlDict = G2stIO.GetHistogramData(Histograms,Print=False)
3069        varyList = rbVary+phaseVary+hapVary+histVary
3070        parmDict.update(rbDict)
3071        parmDict.update(phaseDict)
3072        parmDict.update(hapDict)
3073        parmDict.update(histDict)
3074        for parm in parmDict:
3075            if parm.split(':')[-1] in ['Azimuth','Gonio. radius','Lam1','Lam2',
3076                'Omega','Chi','Phi','nDebye','nPeaks']:
3077                parmDict[parm] = [parmDict[parm],'-']
3078            elif parm.split(':')[-2] in ['Ax','Ay','Az','SHmodel','SHord']:
3079                parmDict[parm] = [parmDict[parm],'-']
3080            elif parm in varyList:
3081                parmDict[parm] = [parmDict[parm],'T']
3082            else:
3083                parmDict[parm] = [parmDict[parm],'F']
3084        # for i in parmDict: print i,'\t',parmDict[i]
3085        # fl = open('parmDict.dat','wb')
3086        # import cPickle
3087        # cPickle.dump(parmDict,fl,1)
3088        # fl.close()
3089        return parmDict,varyList
3090
3091    def ShowLSParms(self,event):
3092        '''Displays a window showing all parameters in the refinement.
3093        Called from the Calculate/View LS Parms menu.
3094        '''
3095        parmDict,varyList = self.MakeLSParmDict()
3096        parmValDict = {}
3097        for i in parmDict:
3098            parmValDict[i] = parmDict[i][0]
3099           
3100        reqVaryList = tuple(varyList) # save requested variables
3101        try:
3102            # process constraints
3103            sub = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Constraints') 
3104            Constraints = self.PatternTree.GetItemPyData(sub)
3105            constList = []
3106            for item in Constraints:
3107                if item.startswith('_'): continue
3108                constList += Constraints[item]
3109            G2mv.InitVars()
3110            constrDict,fixedList,ignored = G2stIO.ProcessConstraints(constList)
3111            groups,parmlist = G2mv.GroupConstraints(constrDict)
3112            G2mv.GenerateConstraints(groups,parmlist,varyList,constrDict,fixedList)
3113            G2mv.Map2Dict(parmValDict,varyList)
3114        except:
3115            pass
3116        dlg = G2gd.ShowLSParms(self,'Least Squares Parameters',parmValDict,varyList,reqVaryList)
3117        dlg.ShowModal()
3118        dlg.Destroy()
3119       
3120    def OnRefine(self,event):
3121        '''Perform a refinement.
3122        Called from the Calculate/Refine menu.
3123        '''       
3124        self.OnFileSave(event)
3125        # check that constraints are OK here
3126        errmsg, warnmsg = G2stIO.CheckConstraints(self.GSASprojectfile)
3127        if errmsg:
3128            print('Error in constraints:\n'+errmsg+
3129                  '\nRefinement not possible')
3130            self.ErrorDialog('Constraint Error',
3131                             'Error in constraints:\n'+errmsg+
3132                             '\nRefinement not possible')
3133            return
3134        if warnmsg:
3135            print('Conflict between refinment flag settings and constraints:\n'+
3136                  warnmsg+'\nRefinement not possible')
3137            self.ErrorDialog('Refinement Flag Error',
3138                             'Conflict between refinment flag settings and constraints:\n'+
3139                             warnmsg+
3140                             '\nRefinement not possible')
3141            return
3142        #works - but it'd be better if it could restore plots
3143        dlg = wx.ProgressDialog('Residual','All data Rw =',101.0, 
3144            style = wx.PD_ELAPSED_TIME|wx.PD_AUTO_HIDE|wx.PD_CAN_ABORT)
3145        screenSize = wx.ClientDisplayRect()
3146        Size = dlg.GetSize()
3147        Size = (int(Size[0]*1.2),Size[1]) # increase size a bit along x
3148        dlg.SetPosition(wx.Point(screenSize[2]-Size[0]-305,screenSize[1]+5))
3149        dlg.SetSize(Size)
3150        Rw = 100.00
3151        try:
3152            Rw = G2stMn.Refine(self.GSASprojectfile,dlg)
3153        finally:
3154            dlg.Destroy()
3155        oldId =  self.PatternTree.GetSelection()
3156        oldName = self.PatternTree.GetItemText(oldId)
3157        parentId = self.PatternTree.GetItemParent(oldId)
3158        parentName = ''
3159        if parentId:
3160            parentName = self.PatternTree.GetItemText(parentId)
3161        dlg = wx.MessageDialog(self,'Load new result?','Refinement results, Rw =%.3f'%(Rw),wx.OK|wx.CANCEL)
3162        try:
3163            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
3164                Id = 0
3165                self.PatternTree.DeleteChildren(self.root)
3166                if self.HKL: self.HKL = []
3167                if self.G2plotNB.plotList:
3168                    self.G2plotNB.clear()
3169                G2IO.ProjFileOpen(self)
3170                item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
3171                while item and not Id:
3172                    name = self.PatternTree.GetItemText(item)
3173                    if name[:4] in ['PWDR','HKLF']:
3174                        Id = item
3175                    item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)               
3176                if parentName:
3177                    parentId = G2gd.GetPatternTreeItemId(self, self.root, parentName)
3178                    if parentId:
3179                        itemId = G2gd.GetPatternTreeItemId(self, parentId, oldName)
3180                    else:
3181                        itemId = G2gd.GetPatternTreeItemId(self, self.root, oldName)
3182                    self.PatternTree.SelectItem(itemId)
3183                elif Id:
3184                    self.PatternTree.SelectItem(Id)
3185        finally:
3186            dlg.Destroy()
3187
3188    def OnSeqRefine(self,event):
3189        '''Perform a sequential refinement.
3190        Called from the Calculate/Sequential refine menu.
3191        '''       
3192        Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Sequential results')
3193        if not Id:
3194            Id = self.PatternTree.AppendItem(self.root,text='Sequential results')
3195            self.PatternTree.SetItemPyData(Id,{})           
3196        self.OnFileSave(event)
3197        # check that constraints are OK here
3198        errmsg, warnmsg = G2stIO.CheckConstraints(self.GSASprojectfile)
3199        if errmsg:
3200            print('Error in constraints:\n'+errmsg+
3201                  '\nRefinement not possible')
3202            self.ErrorDialog('Constraint Error',
3203                             'Error in constraints:\n'+errmsg+
3204                             '\nRefinement not possible')
3205            return
3206        if warnmsg:
3207            print('Conflict between refinment flag settings and constraints:\n'+
3208                  warnmsg+'\nRefinement not possible')
3209            self.ErrorDialog('Refinement Flag Error',
3210                             'Conflict between refinment flag settings and constraints:\n'+
3211                             warnmsg+'\nRefinement not possible')
3212            return
3213        dlg = wx.ProgressDialog('Residual for histogram 0','Powder profile Rwp =',101.0, 
3214            style = wx.PD_ELAPSED_TIME|wx.PD_AUTO_HIDE|wx.PD_CAN_ABORT)
3215        screenSize = wx.ClientDisplayRect()
3216        Size = dlg.GetSize()
3217        Size = (int(Size[0]*1.2),Size[1]) # increase size a bit along x
3218        dlg.SetPosition(wx.Point(screenSize[2]-Size[0]-305,screenSize[1]+5))
3219        dlg.SetSize(Size)
3220        try:
3221            G2stMn.SeqRefine(self.GSASprojectfile,dlg)
3222        finally:
3223            dlg.Destroy()       
3224        dlg = wx.MessageDialog(self,'Load new result?','Refinement results',wx.OK|wx.CANCEL)
3225        try:
3226            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
3227                Id = 0
3228                self.PatternTree.DeleteChildren(self.root)
3229                if self.HKL: self.HKL = []
3230                if self.G2plotNB.plotList:
3231                    self.G2plotNB.clear()
3232                G2IO.ProjFileOpen(self)
3233                item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
3234                while item and not Id:
3235                    name = self.PatternTree.GetItemText(item)
3236                    if name[:4] in ['PWDR','HKLF']:
3237                        Id = item
3238                    item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)               
3239                if Id:
3240                    self.PatternTree.SelectItem(Id)
3241        finally:
3242            dlg.Destroy()
3243       
3244    def ErrorDialog(self,title,message,parent=None, wtype=wx.OK):
3245        'Display an error message'
3246        result = None
3247        if parent is None:
3248            dlg = wx.MessageDialog(self, message, title,  wtype)
3249        else:
3250            dlg = wx.MessageDialog(parent, message, title,  wtype)
3251            dlg.CenterOnParent() # not working on Mac
3252        try:
3253            result = dlg.ShowModal()
3254        finally:
3255            dlg.Destroy()
3256        return result
3257
3258class GSASIImain(wx.App):
3259    '''Defines a wxApp for GSAS-II
3260
3261    Creates a wx frame (self.main) which contains the display of the
3262    data tree.
3263    '''
3264    def OnInit(self):
3265        '''Called automatically when the app is created.'''
3266        self.main = GSASII(None)
3267        self.main.Show()
3268        self.SetTopWindow(self.main)
3269        return True
3270    def MacOpenFile(self, filename):
3271        '''Called on Mac every time a file is dropped on the app when it is running,
3272        treat this like a File/Open project menu action.
3273        Should be ignored on other platforms
3274        '''
3275        self.main.OnFileOpen(None,filename)
3276
3277def main():
3278    '''Start up the GSAS-II application'''
3279    #application = GSASIImain() # don't redirect output, someday we
3280    # may want to do this if we can
3281    application = GSASIImain(0)
3282    if wxInspector:
3283        import wx.lib.inspection as wxeye
3284        wxeye.InspectionTool().Show()
3285
3286    #application.main.OnRefine(None)
3287    application.MainLoop()
3288   
3289if __name__ == '__main__':
3290    main() # start the GUI
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.