source: trunk/GSASII.py @ 1207

Last change on this file since 1207 was 1207, checked in by vondreele, 8 years ago

add contrast calculator GUI (does nothing yet) to SASD
fix notebook editor - OK in Win & linux
small mod to MC/SA calcs & GUI

  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Date Author Revision URL Id
File size: 153.1 KB
Line 
1#!/usr/bin/env python
2# -*- coding: utf-8 -*-
3#GSASII
4########### SVN repository information ###################
5# $Date: 2014-01-29 15:48:43 +0000 (Wed, 29 Jan 2014) $
6# $Author: vondreele $
7# $Revision: 1207 $
8# $URL: trunk/GSASII.py $
9# $Id: GSASII.py 1207 2014-01-29 15:48:43Z vondreele $
10########### SVN repository information ###################
11'''
12*GSAS-II Main Module*
13=====================
14
15Main routines for the GSAS-II program
16'''
17
18import os
19import sys
20import math
21import copy
22import random as ran
23import time
24import copy
25import glob
26import imp
27import inspect
28import numpy as np
29import scipy as sp
30import wx
31import matplotlib as mpl
32try:
33    import OpenGL as ogl
34except ImportError:
35    print('*******************************************************')
36    print('PyOpenGL is missing from your python installation')
37    print('     - we will try to install it')
38    print('*******************************************************')
39    def install_with_easyinstall(package):
40        try: 
41            print "trying a system-wide PyOpenGl install"
42            easy_install.main(['-f',os.path.split(__file__)[0],package])
43            return
44        except:
45            pass
46        try: 
47            print "trying a user level PyOpenGl install"
48            easy_install.main(['-f',os.path.split(__file__)[0],'--user',package])
49            return
50        except:
51            print "Install of '+package+' failed. Please report this information:"
52            import traceback
53            print traceback.format_exc()
54            sys.exit()
55    from setuptools.command import easy_install
56    install_with_easyinstall('PyOpenGl')
57    print('*******************************************************')         
58    print('OpenGL has been installed. Please restart GSAS-II')
59    print('*******************************************************')         
60    sys.exit()
61
62# load the GSAS routines
63import GSASIIpath
64GSASIIpath.SetVersionNumber("$Revision: 1207 $")
65import GSASIIIO as G2IO
66import GSASIIgrid as G2gd
67import GSASIIplot as G2plt
68import GSASIIpwd as G2pwd
69import GSASIIpwdGUI as G2pdG
70import GSASIIspc as G2spc
71import GSASIIstrMain as G2stMn
72import GSASIIstrIO as G2stIO
73import GSASIImapvars as G2mv
74import GSASIIobj as G2obj
75import GSASIIlattice as G2lat
76
77#wx inspector - use as needed
78wxInspector = False
79
80# print versions
81print "Python module versions loaded:"
82print "python:     ",sys.version[:5]
83print "wxpython:   ",wx.__version__
84print "matplotlib: ",mpl.__version__
85print "numpy:      ",np.__version__
86print "scipy:      ",sp.__version__
87print "OpenGL:     ",ogl.__version__
88try:
89    import mkl
90    print "Max threads ",mkl.get_max_threads()
91except:
92    pass
93#    print "MKL module not present"
94__version__ = '0.2.0'
95G2gd.__version__ = __version__
96print "This is GSAS-II version:     ",__version__,' revision '+str(GSASIIpath.GetVersionNumber())
97
98# useful degree trig functions
99sind = lambda x: math.sin(x*math.pi/180.)
100cosd = lambda x: math.cos(x*math.pi/180.)
101tand = lambda x: math.tan(x*math.pi/180.)
102asind = lambda x: 180.*math.asin(x)/math.pi
103acosd = lambda x: 180.*math.acos(x)/math.pi
104atan2d = lambda x,y: 180.*math.atan2(y,x)/math.pi
105
106def create(parent):
107    return GSASII(parent)
108
109class GSASII(wx.Frame):
110    '''Define the main GSAS-II frame and its associated menu items
111    '''
112    def _Add_FileMenuItems(self, parent):
113        item = parent.Append(
114            help='Open a GSAS-II project file (*.gpx)', id=wx.ID_ANY,
115            kind=wx.ITEM_NORMAL,text='&Open project...')
116        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnFileOpen, id=item.GetId())
117        item = parent.Append(
118            help='Save project under current name', id=wx.ID_ANY,
119            kind=wx.ITEM_NORMAL,text='&Save project')
120        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnFileSave, id=item.GetId())
121        item = parent.Append(
122            help='Save current project to new file', id=wx.ID_ANY,
123            kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Save project as...')
124        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnFileSaveas, id=item.GetId())
125        item = parent.Append(
126            help='Create empty new project, saving current is optional', id=wx.ID_ANY,
127            kind=wx.ITEM_NORMAL,text='&New project')
128        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnFileClose, id=item.GetId())
129        item = parent.Append(
130            help='Exit from GSAS-II', id=wx.ID_ANY,
131            kind=wx.ITEM_NORMAL,text='&Exit')
132        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnFileExit, id=item.GetId())
133       
134    def _Add_DataMenuItems(self,parent):
135        item = parent.Append(
136            help='',id=wx.ID_ANY,
137            kind=wx.ITEM_NORMAL,
138            text='Read image data...')
139        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnImageRead, id=item.GetId())
140        item = parent.Append(
141            help='',id=wx.ID_ANY,
142            kind=wx.ITEM_NORMAL,
143            text='Read Powder Pattern Peaks...')
144        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnReadPowderPeaks, id=item.GetId())
145        item = parent.Append(
146            help='',id=wx.ID_ANY,
147            kind=wx.ITEM_NORMAL,
148            text='Sum powder data')
149        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnPwdrSum, id=item.GetId())
150        item = parent.Append(
151            help='',id=wx.ID_ANY,
152            kind=wx.ITEM_NORMAL,
153            text='Sum image data')
154        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnImageSum, id=item.GetId())
155        item = parent.Append(
156            help='',id=wx.ID_ANY,
157            kind=wx.ITEM_NORMAL,
158            text='Add phase')
159        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnAddPhase, id=item.GetId())
160        item = parent.Append(
161            help='',id=wx.ID_ANY,
162            kind=wx.ITEM_NORMAL,
163            text='Delete phase')
164        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnDeletePhase, id=item.GetId())
165        item = parent.Append(
166            help='',id=wx.ID_ANY,
167            kind=wx.ITEM_NORMAL,
168            text='Rename data') 
169        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnRenameData, id=item.GetId())
170        item = parent.Append(
171            help='',id=wx.ID_ANY,
172            kind=wx.ITEM_NORMAL,
173            text='Delete data')
174        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnDataDelete, id=item.GetId())
175               
176    def _Add_CalculateMenuItems(self,parent):
177        item = parent.Append(help='Make new PDFs from selected powder patterns', 
178            id=wx.ID_ANY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Make new PDFs')
179        self.MakePDF.append(item)
180#        item.Enable(False)
181        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnMakePDFs, id=item.GetId())
182       
183        item = parent.Append(help='View least squares parameters', 
184            id=wx.ID_ANY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='&View LS parms')
185        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.ShowLSParms, id=item.GetId())
186       
187        item = parent.Append(help='', id=wx.ID_ANY, kind=wx.ITEM_NORMAL,
188            text='&Refine')
189        if len(self.Refine): # extend state for new menus to match main (on mac)
190            state = self.Refine[0].IsEnabled()
191        else:
192            state = False
193        item.Enable(state)
194        self.Refine.append(item)
195        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnRefine, id=item.GetId())
196       
197        item = parent.Append(help='', id=wx.ID_ANY, kind=wx.ITEM_NORMAL,
198            text='Sequential refine')
199        if len(self.SeqRefine): # extend state for new menus to match main (on mac)
200            state = self.SeqRefine[0].IsEnabled()
201        else:
202            state = False
203        item.Enable(state)
204        self.SeqRefine.append(item)
205        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnSeqRefine, id=item.GetId())
206       
207    def _init_Imports(self):
208        '''import all the G2phase*.py & G2sfact*.py & G2pwd*.py files that
209        are found in the path
210        '''
211
212        self.ImportPhaseReaderlist = []
213        self._init_Import_routines('phase',self.ImportPhaseReaderlist,'Phase')
214        self.ImportSfactReaderlist = []
215        self._init_Import_routines('sfact',self.ImportSfactReaderlist,'Struct_Factor')
216        self.ImportPowderReaderlist = []
217        self._init_Import_routines('pwd',self.ImportPowderReaderlist,'Powder_Data')
218        self.ImportSmallAngleReaderlist = []
219        self._init_Import_routines('sad',self.ImportSmallAngleReaderlist,'SmallAngle_Data')
220        self.ImportMenuId = {}
221
222    def _init_Import_routines(self,prefix,readerlist,errprefix):
223        '''import all the import readers matching the prefix
224        '''
225        #path2GSAS2 = os.path.dirname(os.path.realpath(__file__)) # location of this file
226        #pathlist = sys.path[:]
227        #if path2GSAS2 not in pathlist: pathlist.append(path2GSAS2)
228        #path2GSAS2 = os.path.join(
229        #    os.path.dirname(os.path.realpath(__file__)), # location of this file
230        #    'imports')
231        pathlist = sys.path[:]
232        #if path2GSAS2 not in pathlist: pathlist.append(path2GSAS2)
233
234        filelist = []
235        for path in pathlist:
236            for filename in glob.iglob(os.path.join(
237                path,
238                "G2"+prefix+"*.py")):
239                filelist.append(filename)   
240                #print 'debug: found',filename
241        filelist = sorted(list(set(filelist))) # remove duplicates
242        for filename in filelist:
243            path,rootname = os.path.split(filename)
244            pkg = os.path.splitext(rootname)[0]
245            try:
246                fp = None
247                fp, fppath,desc = imp.find_module(pkg,[path,])
248                pkg = imp.load_module(pkg,fp,fppath,desc)
249                for clss in inspect.getmembers(pkg): # find classes defined in package
250                    if clss[0].startswith('_'): continue
251                    if inspect.isclass(clss[1]):
252                        # check if we have the required methods
253                        for m in 'Reader','ExtensionValidator','ContentsValidator':
254                            if not hasattr(clss[1],m): break
255                            if not callable(getattr(clss[1],m)): break
256                        else:
257                            reader = clss[1]() # create an import instance
258                            readerlist.append(reader)
259            except AttributeError:
260                print 'Import_'+errprefix+': Attribute Error '+str(filename)
261                pass
262            except ImportError:
263                print 'Import_'+errprefix+': Error importing file '+str(filename)
264                pass
265            if fp: fp.close()
266
267    def OnImportGeneric(self,reader,readerlist,label,multiple=False,usedRanIdList=[]):
268        '''Used to import Phases, powder dataset or single
269        crystal datasets (structure factor tables) using reader objects
270        subclassed from :class:`GSASIIIO.ImportPhase`, :class:`GSASIIIO.ImportStructFactor`
271        or :class:`GSASIIIO.ImportPowderData`. If a reader is specified, only
272        that will be attempted, but if no reader is specified, every one
273        that is potentially compatible (by file extension) will
274        be tried on the selected file(s).
275
276        :param readerobject reader: This will be a reference to
277          a particular object to be used to read a file or None,
278          if every appropriate reader should be used.
279
280        :param list readerlist: a list of reader objects appropriate for
281          the current read attempt. At present, this will be either
282          self.ImportPhaseReaderlist, self.ImportSfactReaderlist or
283          self.ImportPowderReaderlist (defined in _init_Imports from
284          the files found in the path), but in theory this list could
285          be tailored. Used only when reader is None.
286
287        :param str label: string to place on the open file dialog:
288          Open `label` input file
289
290        :param bool multiple: True if multiple files can be selected
291          in the file dialog. False is default. At present True is used
292          only for reading of powder data.
293
294        :param list usedRanIdList: an optional list of random Ids that
295          have been used and should not be reused
296
297        :returns: a list of reader objects (rd_list) that were able
298          to read the specified file(s). This list may be empty.
299        '''
300        self.lastimport = ''
301        self.zipfile = None
302        singlereader = True
303        if reader is None:
304            singlereader = False
305            multiple = False
306            #print "use all formats"
307            choices = "any file (*.*)|*.*"
308            choices += "|zip archive (.zip)|*.zip"
309            extdict = {}
310            # compile a list of allowed extensions
311            for rd in readerlist:
312                fmt = rd.formatName
313                for extn in rd.extensionlist:
314                    if not extdict.get(extn): extdict[extn] = []
315                    extdict[extn] += [fmt,]
316            for extn in sorted(extdict.keys(),cmp=lambda x,y: cmp(x.lower(), y.lower())):
317                fmt = ''
318                for f in extdict[extn]:
319                    if fmt != "": fmt += ', '
320                    fmt += f
321                choices += "|" + fmt + " file (*" + extn + ")|*" + extn
322        else:
323            readerlist = [reader,]
324            # compile a list of allowed extensions
325            choices = reader.formatName + " file ("
326            w = ""
327            for extn in reader.extensionlist:
328                if w != "": w += ";"
329                w += "*" + extn
330            choices += w + ")|" + w
331            choices += "|zip archive (.zip)|*.zip"
332            if not reader.strictExtension:
333                choices += "|any file (*.*)|*.*"
334        # get the file(s)
335        if multiple:
336            mode = style=wx.OPEN | wx.CHANGE_DIR | wx.MULTIPLE
337        else:
338            mode = style=wx.OPEN | wx.CHANGE_DIR
339        dlg = wx.FileDialog(self, message="Choose "+label+" input file",
340            defaultFile="",wildcard=choices, style=mode)
341        try:
342            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
343                if multiple:
344                    filelist = dlg.GetPaths()
345                    if len(filelist) == 0: return []
346                else:
347                    filename = dlg.GetPath()
348                    filelist = [filename,]
349                os.chdir(dlg.GetDirectory())           # to get Mac/Linux to change directory!
350            else: # cancel was pressed
351                return []
352        finally:
353            dlg.Destroy()
354        rd_list = []
355        filelist1 = []
356        for filename in filelist:
357            # is this a zip file?
358            if os.path.splitext(filename)[1].lower() == '.zip':
359                extractedfiles = G2IO.ExtractFileFromZip(
360                    filename,parent=self,
361                    multipleselect=True)
362                if extractedfiles is None: continue # error or Cancel
363                if extractedfiles != filename:
364                    self.zipfile = filename # save zip name
365                    filelist1 += extractedfiles
366                    continue
367            filelist1.append(filename)
368        filelist = filelist1
369        for filename in filelist:
370            # is this a zip file?
371            if os.path.splitext(filename)[1].lower() == '.zip':
372                extractedfile = G2IO.ExtractFileFromZip(filename,parent=self)
373                if extractedfile is None: continue # error or Cancel
374                if extractedfile != filename:
375                    filename,self.zipfile = extractedfile,filename # now use the file that was created
376            # set what formats are compatible with this file
377            primaryReaders = []
378            secondaryReaders = []
379            for rd in readerlist:
380                flag = rd.ExtensionValidator(filename)
381                if flag is None: 
382                    secondaryReaders.append(rd)
383                elif flag:
384                    primaryReaders.append(rd)
385            if len(secondaryReaders) + len(primaryReaders) == 0:
386                self.ErrorDialog('No Format','No matching format for file '+filename)
387                return []
388
389            fp = None
390            msg = ''
391            try:
392                fp = open(filename,'Ur')
393                if len(filelist) == 1:
394                    # confirm we have the right file
395                    rdmsg = 'File '+str(filename)+' begins:\n\n'
396                    for i in range(3):
397                        rdmsg += fp.readline()
398                    rdmsg += '\n\nDo you want to read this file?'
399                    if not all([ord(c) < 128 and ord(c) != 0 for c in rdmsg]): # show only if ASCII
400                        rdmsg = 'File '+str(
401                            filename)+' is a binary file. Do you want to read this file?'
402                    result = wx.ID_NO
403                    # it would be better to use something that
404                    # would resize better, but this will do for now
405                    dlg = wx.MessageDialog(
406                        self, rdmsg,
407                        'Is this the file you want?', 
408                        wx.YES_NO | wx.ICON_QUESTION,
409                        )
410                    dlg.SetSize((700,300)) # does not resize on Mac
411                    try:
412                        result = dlg.ShowModal()
413                    finally:
414                        dlg.Destroy()
415                    if result == wx.ID_NO: return []
416                           
417                self.lastimport = filename
418                # try the file first with Readers that specify the
419                # file's extension and later with ones that merely allow it
420                errorReport = ''
421                for rd in primaryReaders+secondaryReaders:
422                    rd.ReInitialize() # purge anything from a previous read
423                    fp.seek(0)  # rewind
424                    rd.errors = "" # clear out any old errors
425                    if not rd.ContentsValidator(fp): # rejected on cursory check
426                        errorReport += "\n  "+rd.formatName + ' validator error'
427                        if rd.errors: 
428                            errorReport += ': '+rd.errors
429                        continue 
430                    repeat = True
431                    rdbuffer = {} # create temporary storage for file reader
432                    block = 0
433                    while repeat: # loop if the reader asks for another pass on the file
434                        block += 1
435                        repeat = False
436                        fp.seek(0)  # rewind
437                        rd.objname = os.path.basename(filename)
438                        flag = False
439                        try:
440                            flag = rd.Reader(filename,fp,self,
441                                             buffer=rdbuffer,
442                                             blocknum=block,
443                                             usedRanIdList=usedRanIdList,
444                                             )
445                        except rd.ImportException as detail:
446                            rd.errors += "\n  Read exception: "+str(detail)
447                        except Exception as detail:
448                            rd.errors += "\n  Unhandled read exception: "+str(detail)
449                            rd.errors += "\n  Traceback info:\n"+str(traceback.format_exc())
450                        if flag: # this read succeeded
451                            rd_list.append(copy.deepcopy(rd)) # save the result before it is written over
452                            if rd.repeat:
453                                repeat = True
454                            continue
455                        errorReport += '\n'+rd.formatName + ' read error'
456                        if rd.errors:
457                            errorReport += ': '+rd.errors
458                    if rd_list: # read succeeded, was there a warning or any errors?
459                        if rd.warnings:
460                            self.ErrorDialog('Read Warning','The '+ rd.formatName+
461                                             ' reader reported a warning message:\n\n'+
462                                             rd.warnings)
463                        break # success in reading, try no further
464                else:
465                    if singlereader:
466                        self.ErrorDialog('Read Error','The '+ rd.formatName+
467                                         ' reader was not able to read file '+filename+msg+
468                                         '\n\nError message(s):\n'+errorReport
469                                         )
470                    else:
471                        self.ErrorDialog('Read Error','No reader was able to read file '+filename+msg+
472                                         '\n\nError messages:\n'+errorReport
473                                         )
474            except:
475                import traceback
476                print traceback.format_exc()
477                self.ErrorDialog('Open Error','Unexpected error trying to open or read file '+filename)
478            if fp: fp.close()
479        return rd_list
480
481    def _Add_ImportMenu_Phase(self,parent):
482        '''configure the Import Phase menus accord to the readers found in _init_Imports
483        '''
484        submenu = wx.Menu()
485        item = parent.AppendMenu(wx.ID_ANY, 'Phase',
486            submenu, help='Import phase data')
487        for reader in self.ImportPhaseReaderlist:
488            item = submenu.Append(wx.ID_ANY,help=reader.longFormatName,
489                kind=wx.ITEM_NORMAL,text='from '+reader.formatName+' file')
490            self.ImportMenuId[item.GetId()] = reader
491            self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnImportPhase, id=item.GetId())
492        item = submenu.Append(wx.ID_ANY,
493                              help='Import phase data, use file to try to determine format',
494                              kind=wx.ITEM_NORMAL,
495                              text='guess format from file')
496        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnImportPhase, id=item.GetId())
497
498    def OnImportPhase(self,event):
499        '''Called in response to an Import/Phase/... menu item
500        to read phase information.
501        dict self.ImportMenuId is used to look up the specific
502        reader item associated with the menu item, which will be
503        None for the last menu item, which is the "guess" option
504        where all appropriate formats will be tried.
505        '''
506        # look up which format was requested
507        reqrdr = self.ImportMenuId.get(event.GetId())
508       
509        # make a list of phase names, ranId's and the histograms used in those phases
510        phaseRIdList,usedHistograms = self.GetPhaseInfofromTree()
511        phaseNameList = usedHistograms.keys() # phase names in use
512        usedHKLFhists = [] # used single-crystal histograms
513        for p in usedHistograms:
514            for h in usedHistograms[p]:
515                if h.startswith('HKLF ') and h not in usedHKLFhists:
516                    usedHKLFhists.append(h)
517        rdlist = self.OnImportGeneric(reqrdr,
518                                  self.ImportPhaseReaderlist,
519                                  'phase',usedRanIdList=phaseRIdList)
520        if len(rdlist) == 0: return
521        # for now rdlist is only expected to have one element
522        # but below will allow multiple phases to be imported
523        # if ever the import routines ever implement multiple phase reads.
524        self.CheckNotebook()
525        newPhaseList = []
526        for rd in rdlist:
527            dlg = wx.TextEntryDialog( # allow editing of phase name
528                self, 'Enter the name for the new phase',
529                'Edit phase name', rd.Phase['General']['Name'],
530                style=wx.OK)
531            dlg.CenterOnParent()
532            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
533                rd.Phase['General']['Name'] = dlg.GetValue()
534            dlg.Destroy()
535            # make new phase names unique
536            rd.Phase['General']['Name'] = G2obj.MakeUniqueLabel(rd.Phase['General']['Name'],phaseNameList)
537            PhaseName = rd.Phase['General']['Name']
538            newPhaseList.append(PhaseName)
539            print 'Read phase '+str(PhaseName)+' from file '+str(self.lastimport)
540            if not G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases'):
541                sub = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text='Phases')
542            else:
543                sub = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases')
544            psub = self.PatternTree.AppendItem(parent=sub,text=PhaseName)
545            self.PatternTree.SetItemPyData(psub,rd.Phase)
546            self.PatternTree.Expand(self.root) # make sure phases are seen
547            self.PatternTree.Expand(sub) 
548            self.PatternTree.Expand(psub)
549            self.PatternTree.SelectItem(psub) # show the page to complete the initialization (yuk!)
550            wx.Yield() # make sure call of GSASII.OnPatternTreeSelChanged happens before we go on
551
552            if rd.Constraints:
553                sub = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Constraints') # was created in CheckNotebook if needed
554                Constraints = self.PatternTree.GetItemPyData(sub)               
555                # TODO: make sure that NEWVAR names are unique here?
556                for i in rd.Constraints:
557                    if type(i) is dict:
558                        #for j in i: print j,' --> ',i[j]
559                        if '_Explain' not in Constraints: Constraints['_Explain'] = {}
560                        Constraints['_Explain'].update(i)
561                        continue
562                    Constraints['Phase'].append(i)
563        if not newPhaseList: return # somehow, no new phases
564        # get a list of existing histograms
565        PWDRlist = []
566        HKLFlist = []
567        if self.PatternTree.GetCount():
568            item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
569            while item:
570                name = self.PatternTree.GetItemText(item)
571                if name.startswith('PWDR ') and name not in PWDRlist:
572                    PWDRlist.append(name)
573                if name.startswith('HKLF ') and name not in HKLFlist:
574                    HKLFlist.append(name)
575                item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)
576        TextList = PWDRlist + HKLFlist
577        if not len(TextList): return # no data loaded yet
578        header = 'Select histogram(s) to add to new phase(s):'
579        for phaseName in newPhaseList:
580            header += '\n  '+str(phaseName)
581
582        notOK = True
583        while notOK:
584            result = G2gd.ItemSelector(TextList,self,header,header='Add histogram(s)',multiple=True)
585            if not result: return
586            # check that selected single crystal histograms are not already in use!
587            used = [TextList[i] for i in result if TextList[i] in usedHKLFhists]
588            #for i in result:
589            #    if TextList[i] in usedHKLFhists: used.append(TextList[i])
590            if used:
591                msg = 'The following single crystal histogram(s) are already in use'
592                for i in used:
593                    msg += '\n  '+str(i)
594                msg += '\nAre you sure you want to add them to this phase? '
595                msg += 'Associating a single crystal dataset to >1 histogram is usually an error, '
596                msg += 'so No is suggested here.'
597                if self.ErrorDialog('Likely error',msg,self,wtype=wx.YES_NO) == wx.ID_YES: notOK = False
598            else:
599                notOK = False
600        # connect new phases to histograms
601        sub = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases')
602        if not sub:
603            raise Exception('ERROR -- why are there no phases here?')
604        wx.BeginBusyCursor()
605        item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(sub)
606        while item: # loop over (new) phases
607            phaseName = self.PatternTree.GetItemText(item)
608            data = self.PatternTree.GetItemPyData(item)
609            item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(sub, cookie)
610            if phaseName not in newPhaseList: continue
611            generalData = data['General']
612            SGData = generalData['SGData']
613            UseList = data['Histograms']
614            NShkl = len(G2spc.MustrainNames(SGData))
615            NDij = len(G2spc.HStrainNames(SGData))
616            for i in result:
617                histoName = TextList[i]
618                if histoName in HKLFlist:
619                    UseList[histoName] = {
620                        'Histogram':histoName,'Show':False,'Scale':[1.0,True],
621                        'Babinet':{'BabA':[0.0,False],'BabU':[0.0,False]},
622                        'Extinction':['Lorentzian','None', {'Tbar':0.1,'Cos2TM':0.955,
623                                                            'Eg':[1.e-10,False],
624                                                            'Es':[1.e-10,False],
625                                                            'Ep':[1.e-10,False]},]
626                        }
627                    #redo UpdateHKLFdata(histoName) here:
628                    Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,histoName)
629                    refDict,reflData = self.PatternTree.GetItemPyData(Id)
630                    G,g = G2lat.cell2Gmat(generalData['Cell'][1:7])
631                    for iref,ref in enumerate(reflData['RefList']):
632                        H = list(ref[:3])
633                        ref[4] = np.sqrt(1./G2lat.calc_rDsq2(H,G))
634                        iabsnt,ref[3],Uniq,phi = G2spc.GenHKLf(H,SGData)
635                elif histoName in PWDRlist:
636                    UseList[histoName] = {
637                        'Histogram':histoName,'Show':False,
638                        'Scale':[1.0,False],'Pref.Ori.':['MD',1.0,False,[0,0,1],0,{}],
639                        'Size':['isotropic',[1.,1.,1.],[False,False,False],[0,0,1],
640                                [1.,1.,1.,0.,0.,0.],6*[False,]],
641                        'Mustrain':['isotropic',[1000.0,1000.0,1.0],[False,False,False],[0,0,1],
642                                    NShkl*[0.01,],NShkl*[False,]],
643                        'HStrain':[NDij*[0.0,],NDij*[False,]],                         
644                        'Extinction':[0.0,False],'Babinet':{'BabA':[0.0,False],'BabU':[0.0,False]}}
645                    Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,histoName)
646                    refList = self.PatternTree.GetItemPyData(
647                        G2gd.GetPatternTreeItemId(self,Id,'Reflection Lists'))
648                    refList[generalData['Name']] = []
649                else:
650                    raise Exception('Unexpected histogram '+str(histoName))
651        wx.EndBusyCursor()
652        return # success
653       
654    def _Add_ImportMenu_Sfact(self,parent):
655        '''configure the Import Structure Factor menus accord to the readers found in _init_Imports
656        '''
657        submenu = wx.Menu()
658        item = parent.AppendMenu(wx.ID_ANY, 'Structure Factor',
659            submenu, help='Import Structure Factor data')
660        for reader in self.ImportSfactReaderlist:
661            item = submenu.Append(wx.ID_ANY,help=reader.longFormatName,               
662                kind=wx.ITEM_NORMAL,text='from '+reader.formatName+' file')
663            self.ImportMenuId[item.GetId()] = reader
664            self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnImportSfact, id=item.GetId())
665        item = submenu.Append(wx.ID_ANY,
666            help='Import Structure Factor, use file to try to determine format',
667            kind=wx.ITEM_NORMAL,
668            text='guess format from file')
669        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnImportSfact, id=item.GetId())
670
671    def OnImportSfact(self,event):
672        '''Called in response to an Import/Structure Factor/... menu item
673        to read single crystal datasets.
674        dict self.ImportMenuId is used to look up the specific
675        reader item associated with the menu item, which will be
676        None for the last menu item, which is the "guess" option
677        where all appropriate formats will be tried.
678        '''
679        # get a list of existing histograms
680        HKLFlist = []
681        if self.PatternTree.GetCount():
682            item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
683            while item:
684                name = self.PatternTree.GetItemText(item)
685                if name.startswith('HKLF ') and name not in HKLFlist:
686                    HKLFlist.append(name)
687                item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)
688        # look up which format was requested
689        reqrdr = self.ImportMenuId.get(event.GetId())
690        rdlist = self.OnImportGeneric(reqrdr,self.ImportSfactReaderlist,
691            'Structure Factor')
692        if len(rdlist) == 0: return
693        self.CheckNotebook()
694        newHistList = []
695        for rd in rdlist:
696            HistName = rd.objname
697            if len(rdlist) <= 2: 
698                dlg = wx.TextEntryDialog( # allow editing of Structure Factor name
699                    self, 'Enter the name for the new Structure Factor',
700                    'Edit Structure Factor name', HistName,
701                    style=wx.OK)
702                dlg.CenterOnParent()
703                if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
704                    HistName = dlg.GetValue()
705                dlg.Destroy()
706            HistName = 'HKLF '+HistName
707            # make new histogram names unique
708            HistName = G2obj.MakeUniqueLabel(HistName,HKLFlist)
709            print 'Read structure factor table '+str(HistName)+' from file '+str(self.lastimport)
710            if not rd.RefDict.get('FF'):
711                rd.RefDict['FF'] = [{} for i in range(len(rd.RefDict['RefList']))]
712            Id = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text=HistName)
713            valuesdict = {
714                'wtFactor':1.0,
715                'Dummy':False,
716                'ranId':ran.randint(0,sys.maxint),
717                }
718            self.PatternTree.SetItemPyData(Id,[valuesdict,rd.RefDict])
719            Sub = self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Instrument Parameters')
720            self.PatternTree.SetItemPyData(Sub,rd.Parameters)
721            self.PatternTree.SetItemPyData(
722                self.PatternTree.AppendItem(Id,text='HKL Plot Controls'),
723                rd.Controls)
724            self.PatternTree.SetItemPyData(
725                self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Reflection List'),[])  #dummy entry for GUI use
726            self.PatternTree.SelectItem(Id)
727            self.PatternTree.Expand(Id)
728            self.Sngl = Id
729            newHistList.append(HistName)
730
731        if not newHistList: return # somehow, no new histograms
732        # make a list of phase names
733        phaseRIdList,usedHistograms = self.GetPhaseInfofromTree()
734        phaseNameList = usedHistograms.keys() # phase names in use
735        if not phaseNameList: return # no phases yet, nothing to do
736        header = 'Select phase(s) to add the new\nsingle crystal dataset(s) to:'
737        for Name in newHistList:
738            header += '\n  '+str(Name)
739        result = G2gd.ItemSelector(phaseNameList,self,header,header='Add to phase(s)',multiple=True)
740        if not result: return
741        # connect new phases to histograms
742        sub = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases')
743        if not sub:
744            raise Exception('ERROR -- why are there no phases here?')
745        wx.BeginBusyCursor()
746        item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(sub)
747        iph = -1
748        while item: # loop over (new) phases
749            iph += 1
750            phaseName = self.PatternTree.GetItemText(item)
751            data = self.PatternTree.GetItemPyData(item)
752            item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(sub, cookie)
753            if iph not in result: continue
754            generalData = data['General']
755            SGData = generalData['SGData']
756            UseList = data['Histograms']
757            NShkl = len(G2spc.MustrainNames(SGData))
758            NDij = len(G2spc.HStrainNames(SGData))
759            for histoName in newHistList:
760                UseList[histoName] = {
761                    'Histogram':histoName,'Show':False,'Scale':[1.0,True],
762                    'Babinet':{'BabA':[0.0,False],'BabU':[0.0,False]},
763                    'Extinction':['Lorentzian','None', {'Tbar':0.1,'Cos2TM':0.955,
764                                                        'Eg':[1.e-10,False],
765                                                        'Es':[1.e-10,False],
766                                                        'Ep':[1.e-10,False]},]
767                    }
768                #redo UpdateHKLFdata(histoName) here:
769                Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,histoName)
770                refDict,reflData = self.PatternTree.GetItemPyData(Id)
771                G,g = G2lat.cell2Gmat(generalData['Cell'][1:7])
772                for iref,ref in enumerate(reflData['RefList']):
773                    H = list(ref[:3])
774                    ref[4] = np.sqrt(1./G2lat.calc_rDsq2(H,G))
775                    iabsnt,ref[3],Uniq,phi = G2spc.GenHKLf(H,SGData)
776        wx.EndBusyCursor()
777       
778        return # success
779
780    def _Add_ImportMenu_powder(self,parent):
781        '''configure the Powder Data menus accord to the readers found in _init_Imports
782        '''
783        submenu = wx.Menu()
784        item = parent.AppendMenu(wx.ID_ANY, 'Powder Data',
785            submenu, help='Import Powder data')
786        for reader in self.ImportPowderReaderlist:
787            item = submenu.Append(wx.ID_ANY,help=reader.longFormatName,
788                kind=wx.ITEM_NORMAL,text='from '+reader.formatName+' file')
789            self.ImportMenuId[item.GetId()] = reader
790            self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnImportPowder, id=item.GetId())
791        item = submenu.Append(wx.ID_ANY,
792            help='Import powder data, use file to try to determine format',
793            kind=wx.ITEM_NORMAL,text='guess format from file')
794        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnImportPowder, id=item.GetId())
795        submenu.AppendSeparator()
796        item = submenu.Append(wx.ID_ANY,
797            help='Create a powder data set entry that will be simulated',
798            kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Simulate a dataset')
799        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnDummyPowder, id=item.GetId())
800           
801    def ReadPowderInstprm(self,instfile):       #fix the write routine for [inst1,inst2] style
802        '''Read a GSAS-II (new) instrument parameter file
803
804        :param str instfile: name of instrument parameter file
805
806        '''
807        if os.path.splitext(instfile)[1].lower() != '.instprm': # invalid file
808            return None           
809        if not os.path.exists(instfile): # no such file
810            return None
811        File = open(instfile,'r')
812        S = File.readline()
813        if not S.startswith('#GSAS-II'): # not a valid file
814            File.close()
815            return None
816        newItems = []
817        newVals = []
818        while S:
819            if S[0] == '#':
820                S = File.readline()
821                continue
822            [item,val] = S[:-1].split(':')
823            newItems.append(item)
824            try:
825                newVals.append(float(val))
826            except ValueError:
827                newVals.append(val)                       
828            S = File.readline()               
829        File.close()
830        # add a second MT dict here. TOF parms? (BHT)
831        return G2IO.makeInstDict(newItems,newVals,len(newVals)*[False,]),{}
832       
833    def ReadPowderIparm(self,instfile,bank,databanks,rd):
834        '''Read a GSAS (old) instrument parameter file
835
836        :param str instfile: name of instrument parameter file
837
838        :param int bank: the bank number read in the raw data file
839
840        :param int databanks: the number of banks in the raw data file.
841          If the number of banks in the data and instrument parameter files
842          agree, then the sets of banks are assumed to match up and bank
843          is used to select the instrument parameter file. If not, the user
844          is asked to make a selection.
845
846        :param obj rd: the raw data (histogram) data object. This
847          sets rd.instbank.
848
849        '''
850        if not os.path.exists(instfile): # no such file
851            return {}
852        fp = 0
853        try:
854            fp = open(instfile,'Ur')
855            Iparm = {}
856            for S in fp:
857                Iparm[S[:12]] = S[12:-1]
858        except IOError:
859            print('Error reading file:'+str(instfile))
860        if fp:       
861            fp.close()
862
863        ibanks = int(Iparm.get('INS   BANK  ','1').strip())
864        hType = Iparm['INS   HTYPE '].strip()
865        if ibanks == 1: # there is only one bank here, return it
866            rd.instbank = 1
867            return Iparm
868        if 'PNT' in hType:
869            rd.instbank = bank
870        elif ibanks != databanks:
871            # number of banks in data and prm file not not agree, need a
872            # choice from a human here
873            choices = []
874            for i in range(1,1+ibanks):
875                choices.append('Bank '+str(i))
876            bank = rd.BlockSelector(
877                choices, self,
878                title='Select an instrument parameter bank for '+
879                os.path.split(rd.powderentry[0])[1]+' BANK '+str(bank)+
880                '\nOr use Cancel to select from the default parameter sets',
881                header='Block Selector')
882        if bank is None: return {}
883        # pull out requested bank # bank from the data, and change the bank to 1
884        IparmS = {}
885        for key in Iparm:
886            if key[4:6] == "  ":
887                IparmS[key] = Iparm[key]
888            elif int(key[4:6].strip()) == bank:
889                IparmS[key[:4]+' 1'+key[6:]] = Iparm[key]
890        rd.instbank = bank
891        return IparmS
892                       
893    def GetPowderIparm(self,rd, prevIparm, lastIparmfile, lastdatafile):
894        '''Open and read an instrument parameter file for a data file
895        Returns the list of parameters used in the data tree
896
897        :param obj rd: the raw data (histogram) data object.
898
899        :param str prevIparm: not used
900
901        :param str lastIparmfile: Name of last instrument parameter
902          file that was read, or a empty string.
903
904        :param str lastdatafile: Name of last data file that was read.
905
906        :returns: a list of two dicts, the first containing instrument parameters
907          and the second used for future TOF datasets (timemaps?)
908
909        '''
910        def SetPowderInstParms(Iparm, rd):
911            '''extracts values from instrument parameters in rd.instdict
912            or in array Iparm.
913            Create and return the contents of the instrument parameter tree entry.
914            '''
915            DataType = Iparm['INS   HTYPE '].strip()[:3]  # take 1st 3 chars
916            # override inst values with values read from data file
917            if rd.instdict.get('type'):
918                DataType = rd.instdict.get('type')
919            data = [DataType,]
920            instname = Iparm.get('INS  1INAME ')
921            if instname:
922                rd.Sample['InstrName'] = instname.strip()
923            if 'C' in DataType:
924                wave1 = None
925                wave2 = 0.0
926                if rd.instdict.get('wave'):
927                    wl = rd.instdict.get('wave')
928                    wave1 = wl[0]
929                    if len(wl) > 1: wave2 = wl[1]
930                s = Iparm['INS  1 ICONS']
931                if not wave1:
932                    wave1 = G2IO.sfloat(s[:10])
933                    wave2 = G2IO.sfloat(s[10:20])
934                v = (wave1,wave2,
935                     G2IO.sfloat(s[20:30]),G2IO.sfloat(s[55:65]),G2IO.sfloat(s[40:50])) #get lam1, lam2, zero, pola & ratio
936                if not v[1]:
937                    names = ['Type','Lam','Zero','Polariz.','U','V','W','X','Y','SH/L','Azimuth'] 
938                    v = (v[0],v[2],v[4])
939                    codes = [0,0,0,0]
940                else:
941                    names = ['Type','Lam1','Lam2','Zero','I(L2)/I(L1)','Polariz.','U','V','W','X','Y','SH/L','Azimuth']
942                    codes = [0,0,0,0,0,0]
943                data.extend(v)
944                v1 = Iparm['INS  1PRCF1 '].split()                                                 
945                v = Iparm['INS  1PRCF11'].split()
946                data.extend([float(v[0]),float(v[1]),float(v[2])])                  #get GU, GV & GW - always here
947                azm = float(Iparm.get('INS  1DETAZM','0.0'))
948                v = Iparm['INS  1PRCF12'].split()
949                if v1[0] == 3:
950                    data.extend([float(v[0]),float(v[1]),float(v[2])+float(v[3],azm)])  #get LX, LY, S+H/L & azimuth
951                else:
952                    data.extend([0.0,0.0,0.002,azm])                                      #OK defaults if fxn #3 not 1st in iprm file
953                codes.extend([0,0,0,0,0,0,0])
954                return [G2IO.makeInstDict(names,data,codes),{}]
955            elif 'T' in DataType:
956                names = ['Type','2-theta','difC','difA','Zero','alpha','beta-0','beta-1',
957                    'beta-q','sig-0','sig-1','sig-q','X','Y','Azimuth']
958                codes = [0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0]
959                azm = 0.
960                if 'INS  1DETAZM' in Iparm:
961                    azm = float(Iparm['INS  1DETAZM'])
962                s = Iparm['INS  1BNKPAR'].split()
963                data.extend([G2IO.sfloat(s[1]),])               #2-theta for bank
964                s = Iparm['INS  1 ICONS'].split()
965                data.extend([G2IO.sfloat(s[0]),G2IO.sfloat(s[1]),G2IO.sfloat(s[2])])    #difC, difA, Zero
966                s = Iparm['INS  1PRCF1 '].split()
967                pfType = int(s[0])
968                s = Iparm['INS  1PRCF11'].split()
969                if abs(pfType) == 1:
970                    data.extend([G2IO.sfloat(s[1]),G2IO.sfloat(s[2]),G2IO.sfloat(s[3])])
971                    s = Iparm['INS  1PRCF12'].split()
972                    data.extend([0.0,0.0,G2IO.sfloat(s[1]),0.0,0.0,0.0,azm])
973                elif abs(pfType) in [3,4,5]:
974                    data.extend([G2IO.sfloat(s[0]),G2IO.sfloat(s[1]),G2IO.sfloat(s[2])])
975                    if abs(pfType) == 4:
976                        data.extend([0.0,0.0,G2IO.sfloat(s[3]),0.0,0.0,0.0,azm])
977                    else:
978                        s = Iparm['INS  1PRCF12'].split()
979                        data.extend([0.0,0.0,G2IO.sfloat(s[0]),0.0,0.0,0.0,azm])                       
980                Inst1 = G2IO.makeInstDict(names,data,codes)
981                Inst2 = {}
982                if pfType < 0:
983                    Ipab = 'INS  1PAB'+str(-pfType)
984                    Npab = int(Iparm[Ipab+'  '].strip())
985                    Inst2['Pdabc'] = []
986                    for i in range(Npab):
987                        k = Ipab+str(i+1).rjust(2)
988                        s = Iparm[k].split()
989                        Inst2['Pdabc'].append([float(t) for t in s])
990                    Inst2['Pdabc'] = np.array(Inst2['Pdabc'])
991                    Inst2['Pdabc'].T[3] += Inst2['Pdabc'].T[0]*Inst1['difC'][0] #turn 3rd col into TOF
992                if 'INS  1I ITYP' in Iparm:
993                    s = Iparm['INS  1I ITYP'].split()
994                    Ityp = int(s[0])
995                    Tminmax = [float(s[1])*1000.,float(s[2])*1000.]
996                    Itypes = ['Exponential','Maxwell/Exponential','','Maxwell/Chebyschev','']
997                    if Ityp in [1,2,4]:
998                        Inst2['Itype'] = Itypes[Ityp-1]
999                        Inst2['Tminmax'] = Tminmax
1000                        Icoeff = []
1001                        Iesd = []
1002                        Icovar = []                   
1003                        for i in range(3):
1004                            s = Iparm['INS  1ICOFF'+str(i+1)].split()
1005                            Icoeff += [float(S) for S in s]
1006                            s = Iparm['INS  1IECOF'+str(i+1)].split()
1007                            Iesd += [float(S) for S in s]
1008                        for i in range(8):
1009                            s = Iparm['INS  1IECOR'+str(i+1)].split()
1010                            Icovar += [float(S) for S in s]
1011                        Inst2['Icoeff'] = Icoeff
1012                        Inst2['Iesd'] = Iesd
1013                        Inst2['Icovar'] = Icovar
1014                return [Inst1,Inst2]
1015
1016        # stuff we might need from the reader
1017        filename = rd.powderentry[0]
1018        bank = rd.powderentry[2]
1019        numbanks = rd.numbanks
1020        # is there an instrument parameter file defined for the current data set?
1021        if rd.instparm or (lastdatafile == filename and lastIparmfile):
1022            if rd.instparm:
1023                instfile = os.path.join(os.path.split(filename)[0],
1024                                    rd.instparm)
1025            else:
1026                # for multiple reads of one data file, reuse the inst parm file
1027                instfile = lastIparmfile
1028            if os.path.exists(instfile):
1029                #print 'debug: try read',instfile
1030                instParmList = self.ReadPowderInstprm(instfile)
1031                if instParmList is not None:
1032                    rd.instfile = instfile
1033                    rd.instmsg = 'GSAS-II file '+instfile
1034                    return instParmList
1035                Iparm = self.ReadPowderIparm(instfile,bank,numbanks,rd)
1036                if Iparm:
1037                    #print 'debug: success'
1038                    rd.instfile = instfile
1039                    rd.instmsg = instfile + ' bank ' + str(rd.instbank)
1040                    return SetPowderInstParms(Iparm,rd)
1041            else:
1042                self.ErrorDialog('Open Error','Error opening instrument parameter file '
1043                    +str(instfile)+' requested by file '+ filename)
1044        # is there an instrument parameter file matching the current file
1045        # with extension .inst or .prm? If so read it
1046        basename = os.path.splitext(filename)[0]
1047        for ext in '.instprm','.prm','.inst','.ins':
1048            instfile = basename + ext
1049            instParmList = self.ReadPowderInstprm(instfile)
1050            if instParmList is not None:
1051                rd.instfile = instfile
1052                rd.instmsg = 'GSAS-II file '+instfile
1053                return instParmList
1054            Iparm = self.ReadPowderIparm(instfile,bank,numbanks,rd)
1055            if Iparm:
1056                #print 'debug: success'
1057                rd.instfile = instfile
1058                rd.instmsg = instfile + ' bank ' + str(rd.instbank)
1059                return SetPowderInstParms(Iparm,rd)
1060            else:
1061                #print 'debug: open/read failed',instfile
1062                pass # fail silently
1063
1064        # did we read the data file from a zip? If so, look there for a
1065        # instrument parameter file
1066        if self.zipfile:
1067            for ext in '.instprm','.prm','.inst','.ins':
1068                instfile = G2IO.ExtractFileFromZip(
1069                    self.zipfile,
1070                    selection=os.path.split(basename + ext)[1],
1071                    parent=self)
1072                if instfile is not None and instfile != self.zipfile:
1073                    print 'debug:',instfile,'created from ',self.zipfile
1074                    instParmList = self.ReadPowderInstprm(instfile)
1075                    if instParmList is not None:
1076                        rd.instfile = instfile
1077                        rd.instmsg = 'GSAS-II file '+instfile
1078                        return instParmList
1079                    Iparm = self.ReadPowderIparm(instfile,bank,numbanks,rd)
1080                    if Iparm:
1081                        rd.instfile = instfile
1082                        rd.instmsg = instfile + ' bank ' + str(rd.instbank)
1083                        return SetPowderInstParms(Iparm,rd)
1084                    else:
1085                        #print 'debug: open/read for',instfile,'from',self.zipfile,'failed'
1086                        pass # fail silently
1087
1088        while True: # loop until we get a file that works or we get a cancel
1089            instfile = ''
1090            dlg = wx.FileDialog(
1091                self,
1092                'Choose inst. param file for "'
1093                +rd.idstring
1094                +'" (or Cancel for default)',
1095                '.', '',
1096                'GSAS iparm file (*.prm,*.inst,*.ins)|*.prm;*.inst;*.ins|'
1097                'GSAS-II iparm file (*.instprm)|*.instprm|'
1098                'All files (*.*)|*.*', 
1099                wx.OPEN|wx.CHANGE_DIR)
1100            if os.path.exists(lastIparmfile):
1101                dlg.SetFilename(lastIparmfile)
1102            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
1103                instfile = dlg.GetPath()
1104            dlg.Destroy()
1105            if not instfile: break
1106            instParmList = self.ReadPowderInstprm(instfile)
1107            if instParmList is not None:
1108                rd.instfile = instfile
1109                rd.instmsg = 'GSAS-II file '+instfile
1110                return instParmList
1111            Iparm = self.ReadPowderIparm(instfile,bank,numbanks,rd)
1112            if Iparm:
1113                #print 'debug: success with',instfile
1114                rd.instfile = instfile
1115                rd.instmsg = instfile + ' bank ' + str(rd.instbank)
1116                return SetPowderInstParms(Iparm,rd)
1117            else:
1118                self.ErrorDialog('Read Error',
1119                                 'Error opening/reading file '+str(instfile))
1120       
1121        # still no success: offer user choice of defaults
1122        while True: # loop until we get a choice
1123            choices = []
1124            head = 'Select from default instrument parameters for '+rd.idstring
1125
1126            for l in rd.defaultIparm_lbl:
1127                choices.append('Defaults for '+l)
1128            res = rd.BlockSelector(
1129                choices,
1130                ParentFrame=self,
1131                title=head,
1132                header='Select default inst parms',
1133                useCancel=False)
1134            if res is None: continue
1135            rd.instfile = ''
1136            rd.instmsg = 'default: '+rd.defaultIparm_lbl[res]
1137            return SetPowderInstParms(rd.defaultIparms[res],rd)
1138
1139    def OnImportPowder(self,event):
1140        '''Called in response to an Import/Powder Data/... menu item
1141        to read a powder diffraction data set.
1142        dict self.ImportMenuId is used to look up the specific
1143        reader item associated with the menu item, which will be
1144        None for the last menu item, which is the "guess" option
1145        where all appropriate formats will be tried.
1146
1147        Also reads an instrument parameter file for each dataset.
1148        '''
1149        # get a list of existing histograms
1150        PWDRlist = []
1151        if self.PatternTree.GetCount():
1152            item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
1153            while item:
1154                name = self.PatternTree.GetItemText(item)
1155                if name.startswith('PWDR ') and name not in PWDRlist:
1156                    PWDRlist.append(name)
1157                item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)
1158        # look up which format was requested
1159        reqrdr = self.ImportMenuId.get(event.GetId()) 
1160        rdlist = self.OnImportGeneric(
1161            reqrdr,self.ImportPowderReaderlist,'Powder Data',multiple=True)
1162        if len(rdlist) == 0: return
1163        self.CheckNotebook()
1164        Iparm = None
1165        lastIparmfile = ''
1166        lastdatafile = ''
1167        newHistList = []
1168        for rd in rdlist:
1169            # get instrument parameters for each dataset
1170            Iparm1,Iparm2 = self.GetPowderIparm(rd, Iparm, lastIparmfile, lastdatafile)
1171            if rd.repeat_instparm: 
1172                lastIparmfile = rd.instfile
1173            lastdatafile = rd.powderentry[0]
1174            HistName = rd.idstring
1175            HistName = 'PWDR '+HistName
1176            # make new histogram names unique
1177            HistName = G2obj.MakeUniqueLabel(HistName,PWDRlist)
1178            print 'Read powder data '+str(HistName)+ \
1179                ' from file '+str(self.lastimport) + \
1180                ' with parameters from '+str(rd.instmsg)
1181            # data are read, now store them in the tree
1182            Id = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text=HistName)
1183            if 'T' in Iparm1['Type'][0]:
1184                if not rd.clockWd and rd.GSAS:
1185                    rd.powderdata[0] *= 100.        #put back the CW centideg correction
1186                cw = np.diff(rd.powderdata[0])
1187                rd.powderdata[0] = rd.powderdata[0][:-1]+cw/2.
1188                rd.powderdata[1] = rd.powderdata[1][:-1]/cw
1189                rd.powderdata[2] = rd.powderdata[2][:-1]*cw**2  #1/var=w at this point
1190                if 'Itype' in Iparm2:
1191                    Ibeg = np.searchsorted(rd.powderdata[0],Iparm2['Tminmax'][0])
1192                    Ifin = np.searchsorted(rd.powderdata[0],Iparm2['Tminmax'][1])
1193                    rd.powderdata[0] = rd.powderdata[0][Ibeg:Ifin]
1194                    YI,WYI = G2pwd.calcIncident(Iparm2,rd.powderdata[0])
1195                    rd.powderdata[1] = rd.powderdata[1][Ibeg:Ifin]/YI
1196                    var = 1./rd.powderdata[2][Ibeg:Ifin]
1197                    var += WYI*rd.powderdata[1]**2
1198                    var /= YI**2
1199                    rd.powderdata[2] = 1./var
1200                rd.powderdata[3] = np.zeros_like(rd.powderdata[0])                                       
1201                rd.powderdata[4] = np.zeros_like(rd.powderdata[0])                                       
1202                rd.powderdata[5] = np.zeros_like(rd.powderdata[0])                                       
1203            Tmin = min(rd.powderdata[0])
1204            Tmax = max(rd.powderdata[0])
1205            valuesdict = {
1206                'wtFactor':1.0,
1207                'Dummy':False,
1208                'ranId':ran.randint(0,sys.maxint),
1209                }
1210            rd.Sample['ranId'] = valuesdict['ranId'] # this should be removed someday
1211            self.PatternTree.SetItemPyData(Id,[valuesdict,rd.powderdata])
1212            self.PatternTree.SetItemPyData(
1213                self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Comments'),
1214                rd.comments)
1215            self.PatternTree.SetItemPyData(
1216                self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Limits'),
1217                [(Tmin,Tmax),[Tmin,Tmax]])
1218            self.PatternId = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,Id,'Limits')
1219            self.PatternTree.SetItemPyData(
1220                self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Background'),
1221                [['chebyschev',True,3,1.0,0.0,0.0],
1222                 {'nDebye':0,'debyeTerms':[],'nPeaks':0,'peaksList':[]}])
1223            self.PatternTree.SetItemPyData(
1224                self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Instrument Parameters'),
1225                [Iparm1,Iparm2])
1226            self.PatternTree.SetItemPyData(
1227                self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Sample Parameters'),
1228                rd.Sample)
1229            self.PatternTree.SetItemPyData(
1230                self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Peak List')
1231                ,[])
1232            self.PatternTree.SetItemPyData(
1233                self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Index Peak List'),
1234                [])
1235            self.PatternTree.SetItemPyData(
1236                self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Unit Cells List'),
1237                [])
1238            self.PatternTree.SetItemPyData(
1239                self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Reflection Lists'),
1240                {})
1241            self.PatternTree.Expand(Id)
1242            self.PatternTree.SelectItem(Id)
1243            newHistList.append(HistName)
1244           
1245        if not newHistList: return # somehow, no new histograms
1246        # make a list of phase names
1247        phaseRIdList,usedHistograms = self.GetPhaseInfofromTree()
1248        phaseNameList = usedHistograms.keys() # phase names in use
1249        if not phaseNameList: return # no phases yet, nothing to do
1250        header = 'Select phase(s) to add the new\npowder dataset(s) to:'
1251        for Name in newHistList:
1252            header += '\n  '+str(Name)
1253
1254        result = G2gd.ItemSelector(phaseNameList,self,header,header='Add to phase(s)',multiple=True)
1255        if not result: return
1256        # connect new phases to histograms
1257        sub = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases')
1258        if not sub:
1259            raise Exception('ERROR -- why are there no phases here?')
1260        item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(sub)
1261        iph = -1
1262        while item: # loop over (new) phases
1263            iph += 1
1264            phaseName = self.PatternTree.GetItemText(item)
1265            data = self.PatternTree.GetItemPyData(item)
1266            item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(sub, cookie)
1267            if iph not in result: continue
1268            generalData = data['General']
1269            SGData = generalData['SGData']
1270            UseList = data['Histograms']
1271            NShkl = len(G2spc.MustrainNames(SGData))
1272            NDij = len(G2spc.HStrainNames(SGData))
1273            for histoName in newHistList:
1274                UseList[histoName] = {
1275                    'Histogram':histoName,'Show':False,
1276                    'Scale':[1.0,False],'Pref.Ori.':['MD',1.0,False,[0,0,1],0,{}],
1277                    'Size':['isotropic',[1.,1.,1.],[False,False,False],[0,0,1],
1278                            [1.,1.,1.,0.,0.,0.],6*[False,]],
1279                    'Mustrain':['isotropic',[1000.0,1000.0,1.0],[False,False,False],[0,0,1],
1280                                NShkl*[0.01,],NShkl*[False,]],
1281                    'HStrain':[NDij*[0.0,],NDij*[False,]],                         
1282                    'Extinction':[0.0,False],'Babinet':{'BabA':[0.0,False],'BabU':[0.0,False]}}
1283                Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,histoName)
1284                refList = self.PatternTree.GetItemPyData(
1285                    G2gd.GetPatternTreeItemId(self,Id,'Reflection Lists'))
1286                refList[generalData['Name']] = []
1287        return # success
1288
1289    def OnDummyPowder(self,event):
1290        '''Called in response to Import/Powder Data/Simulate menu item
1291        to create a Dummy powder diffraction data set.
1292
1293        Reads an instrument parameter file and then gets input from the user
1294        '''
1295        # get a list of existing histograms
1296        PWDRlist = []
1297        if self.PatternTree.GetCount():
1298            item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
1299            while item:
1300                name = self.PatternTree.GetItemText(item)
1301                if name.startswith('PWDR ') and name not in PWDRlist:
1302                    PWDRlist.append(name)
1303                item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)
1304        # Initialize a base class reader
1305        rd = G2IO.ImportPowderData(
1306            extensionlist=tuple(),
1307            strictExtension=False,
1308            formatName = 'Simulate dataset',
1309            longFormatName = 'Compute a simulated pattern')
1310        rd.powderentry[0] = '' # no filename
1311        # #self.powderentry[1] = pos # bank offset (N/A here)
1312        rd.powderentry[2] = 1 # only one bank
1313        rd.comments.append('This is a dummy dataset for powder pattern simulation')
1314        self.CheckNotebook()
1315        Iparm = None
1316        lastIparmfile = ''
1317        lastdatafile = ''
1318        self.zipfile = None
1319        # get instrument parameters for it
1320        Iparm1,Iparm2 = self.GetPowderIparm(rd, Iparm, lastIparmfile, lastdatafile)
1321        if 'T' in Iparm1['Type'][0]:
1322            print('TOF simulation not supported yet')
1323            return False
1324        else:
1325            # need to get name, 2theta start, end, step
1326            rd.idstring = ' CW'
1327            if 'X' in Iparm1['Type'][0]:
1328                rd.idstring = 'CW x-ray simulation'
1329            else:
1330                rd.idstring = 'CW neutron simulation'
1331            # base initial range on wavelength
1332            wave = Iparm1.get('Lam')
1333            if wave:
1334                wave = wave[0]
1335            else:
1336                wave = Iparm1.get('Lam1')
1337                if wave:
1338                    wave = wave[0]
1339        N = 0
1340        while (N < 3): # insist on a dataset with a few points
1341            names = ('dataset name', 'start angle', 'end angle', 'step size')
1342            if not wave or wave < 1.0:
1343                inp = [rd.idstring, 10.,40.,0.005] # see names for what's what
1344            else:
1345                inp = [rd.idstring, 10.,80.,0.01] # see names for what's what
1346            dlg = G2gd.ScrolledMultiEditor(
1347                self,[inp] * len(inp),range(len(inp)),names,
1348                header='Enter simulation name and range',
1349                minvals=(None,0.001,0.001,0.0001),
1350                maxvals=(None,180.,180.,.1),
1351                sizevals=((225,-1),)
1352                )
1353            dlg.CenterOnParent()
1354            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
1355                if inp[1] > inp[2]:
1356                    end,start,step = inp[1:]
1357                else:               
1358                    start,end,step = inp[1:]
1359                step = abs(step)
1360            else:
1361                return False
1362            N = int((end-start)/step)+1
1363            x = np.linspace(start,end,N,True)
1364            N = len(x)
1365        rd.powderdata = [
1366            np.array(x), # x-axis values
1367            np.zeros_like(x), # powder pattern intensities
1368            np.ones_like(x), # 1/sig(intensity)^2 values (weights)
1369            np.zeros_like(x), # calc. intensities (zero)
1370            np.zeros_like(x), # calc. background (zero)
1371            np.zeros_like(x), # obs-calc profiles
1372            ]
1373        Tmin = rd.powderdata[0][0]
1374        Tmax = rd.powderdata[0][-1]
1375        # data are read, now store them in the tree
1376        HistName = inp[0]
1377        HistName = 'PWDR '+HistName
1378        HistName = G2obj.MakeUniqueLabel(HistName,PWDRlist)  # make new histogram names unique
1379        Id = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text=HistName)
1380        valuesdict = {
1381            'wtFactor':1.0,
1382            'Dummy':True,
1383            'ranId':ran.randint(0,sys.maxint),
1384            }
1385        self.PatternTree.SetItemPyData(Id,[valuesdict,rd.powderdata])
1386        self.PatternTree.SetItemPyData(
1387            self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Comments'),
1388            rd.comments)
1389        self.PatternTree.SetItemPyData(
1390            self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Limits'),
1391            [(Tmin,Tmax),[Tmin,Tmax]])
1392        self.PatternId = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,Id,'Limits')
1393        self.PatternTree.SetItemPyData(
1394            self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Background'),
1395            [['chebyschev',True,3,1.0,0.0,0.0],
1396             {'nDebye':0,'debyeTerms':[],'nPeaks':0,'peaksList':[]}])
1397        self.PatternTree.SetItemPyData(
1398            self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Instrument Parameters'),
1399            [Iparm1,Iparm2])
1400        self.PatternTree.SetItemPyData(
1401            self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Sample Parameters'),
1402            rd.Sample)
1403        self.PatternTree.SetItemPyData(
1404            self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Peak List')
1405            ,[])
1406        self.PatternTree.SetItemPyData(
1407            self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Index Peak List'),
1408            [])
1409        self.PatternTree.SetItemPyData(
1410            self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Unit Cells List'),
1411            [])
1412        self.PatternTree.SetItemPyData(
1413            self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Reflection Lists'),
1414            {})
1415        self.PatternTree.Expand(Id)
1416        self.PatternTree.SelectItem(Id)
1417        print('Added simulation powder data '+str(HistName)+ 
1418              ' with parameters from '+str(rd.instmsg))
1419
1420        # make a list of phase names
1421        phaseRIdList,usedHistograms = self.GetPhaseInfofromTree()
1422        phaseNameList = usedHistograms.keys() # phase names in use
1423        if not phaseNameList: return # no phases yet, nothing to do
1424        header = 'Select phase(s) to add the new\npowder simulation (dummy) dataset to:'
1425        result = G2gd.ItemSelector(phaseNameList,self,header,header='Add to phase(s)',multiple=True)
1426        if not result: return
1427        # connect new phases to histograms
1428        sub = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases')
1429        if not sub:
1430            raise Exception('ERROR -- why are there no phases here?')
1431        item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(sub)
1432        iph = -1
1433        while item: # loop over (new) phases
1434            iph += 1
1435            phaseName = self.PatternTree.GetItemText(item)
1436            data = self.PatternTree.GetItemPyData(item)
1437            item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(sub, cookie)
1438            if iph not in result: continue
1439            generalData = data['General']
1440            SGData = generalData['SGData']
1441            UseList = data['Histograms']
1442            NShkl = len(G2spc.MustrainNames(SGData))
1443            NDij = len(G2spc.HStrainNames(SGData))
1444            UseList[HistName] = {
1445                'Histogram':HistName,'Show':False,
1446                'Scale':[1.0,False],'Pref.Ori.':['MD',1.0,False,[0,0,1],0,{}],
1447                'Size':['isotropic',[1.,1.,1.],[False,False,False],[0,0,1],
1448                        [1.,1.,1.,0.,0.,0.],6*[False,]],
1449                'Mustrain':['isotropic',[1000.0,1000.0,1.0],[False,False,False],[0,0,1],
1450                            NShkl*[0.01,],NShkl*[False,]],
1451                'HStrain':[NDij*[0.0,],NDij*[False,]],                         
1452                'Extinction':[0.0,False],'Babinet':{'BabA':[0.0,False],'BabU':[0.0,False]}}
1453            Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,HistName)
1454            refList = self.PatternTree.GetItemPyData(
1455                G2gd.GetPatternTreeItemId(self,Id,'Reflection Lists'))
1456            refList[generalData['Name']] = []
1457        return # success
1458
1459    def _Add_ImportMenu_smallangle(self,parent):
1460        '''configure the Small Angle Data menus accord to the readers found in _init_Imports
1461        '''
1462        submenu = wx.Menu()
1463        item = parent.AppendMenu(wx.ID_ANY, 'Small Angle Data',
1464            submenu, help='Import small angle data')
1465        for reader in self.ImportSmallAngleReaderlist:
1466            item = submenu.Append(wx.ID_ANY,help=reader.longFormatName,
1467                kind=wx.ITEM_NORMAL,text='from '+reader.formatName+' file')
1468            self.ImportMenuId[item.GetId()] = reader
1469            self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnImportSmallAngle, id=item.GetId())
1470        item = submenu.Append(wx.ID_ANY,
1471            help='Import small angle data, use file to try to determine format',
1472            kind=wx.ITEM_NORMAL,text='guess format from file')
1473        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnImportSmallAngle, id=item.GetId())
1474           
1475
1476    def OnImportSmallAngle(self,event):
1477        '''Called in response to an Import/Small Angle Data/... menu item
1478        to read a small angle diffraction data set.
1479        dict self.ImportMenuId is used to look up the specific
1480        reader item associated with the menu item, which will be
1481        None for the last menu item, which is the "guess" option
1482        where all appropriate formats will be tried.
1483
1484        '''
1485       
1486        def GetSASDIparm(reader):
1487            parm = reader.instdict
1488            Iparm = {'Type':[parm['type'],parm['type'],0],'Lam':[parm['wave'],
1489                parm['wave'],0],'Azimuth':[0.,0.,0]}           
1490            return Iparm,{}
1491           
1492        # get a list of existing histograms
1493        SASDlist = []
1494        if self.PatternTree.GetCount():
1495            item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
1496            while item:
1497                name = self.PatternTree.GetItemText(item)
1498                if name.startswith('SASD ') and name not in SASDlist:
1499                    SASDlist.append(name)
1500                item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)
1501        # look up which format was requested
1502        reqrdr = self.ImportMenuId.get(event.GetId()) 
1503        rdlist = self.OnImportGeneric(
1504            reqrdr,self.ImportSmallAngleReaderlist,'Small Angle Data',multiple=True)
1505        if len(rdlist) == 0: return
1506        self.CheckNotebook()
1507        Iparm = None
1508        lastdatafile = ''
1509        newHistList = []
1510        for rd in rdlist:
1511            lastdatafile = rd.smallangleentry[0]
1512            HistName = rd.idstring
1513            HistName = 'SASD '+HistName
1514            # make new histogram names unique
1515            HistName = G2obj.MakeUniqueLabel(HistName,SASDlist)
1516            print 'Read small angle data '+str(HistName)+ \
1517                ' from file '+str(self.lastimport)
1518            # data are read, now store them in the tree
1519            Id = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text=HistName)
1520            Iparm1,Iparm2 = GetSASDIparm(rd)
1521#            if 'T' in Iparm1['Type'][0]:
1522#                if not rd.clockWd and rd.GSAS:
1523#                    rd.powderdata[0] *= 100.        #put back the CW centideg correction
1524#                cw = np.diff(rd.powderdata[0])
1525#                rd.powderdata[0] = rd.powderdata[0][:-1]+cw/2.
1526#                rd.powderdata[1] = rd.powderdata[1][:-1]/cw
1527#                rd.powderdata[2] = rd.powderdata[2][:-1]*cw**2  #1/var=w at this point
1528#                if 'Itype' in Iparm2:
1529#                    Ibeg = np.searchsorted(rd.powderdata[0],Iparm2['Tminmax'][0])
1530#                    Ifin = np.searchsorted(rd.powderdata[0],Iparm2['Tminmax'][1])
1531#                    rd.powderdata[0] = rd.powderdata[0][Ibeg:Ifin]
1532#                    YI,WYI = G2pwd.calcIncident(Iparm2,rd.powderdata[0])
1533#                    rd.powderdata[1] = rd.powderdata[1][Ibeg:Ifin]/YI
1534#                    var = 1./rd.powderdata[2][Ibeg:Ifin]
1535#                    var += WYI*rd.powderdata[1]**2
1536#                    var /= YI**2
1537#                    rd.powderdata[2] = 1./var
1538#                rd.powderdata[3] = np.zeros_like(rd.powderdata[0])                                       
1539#                rd.powderdata[4] = np.zeros_like(rd.powderdata[0])                                       
1540#                rd.powderdata[5] = np.zeros_like(rd.powderdata[0])                                       
1541            Tmin = min(rd.smallangledata[0])
1542            Tmax = max(rd.smallangledata[0])
1543            valuesdict = {
1544                'wtFactor':1.0,
1545                'Dummy':False,
1546                'ranId':ran.randint(0,sys.maxint),
1547                }
1548            rd.Sample['ranId'] = valuesdict['ranId'] # this should be removed someday
1549            self.PatternTree.SetItemPyData(Id,[valuesdict,rd.smallangledata])
1550            self.PatternTree.SetItemPyData(
1551                self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Comments'),
1552                rd.comments)
1553            self.PatternTree.SetItemPyData(
1554                self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Limits'),
1555                [(Tmin,Tmax),[Tmin,Tmax]])
1556            self.PatternId = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,Id,'Limits')
1557            self.PatternTree.SetItemPyData(
1558                self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Instrument Parameters'),
1559                [Iparm1,Iparm2])
1560            self.PatternTree.SetItemPyData(
1561                self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Sample Parameters'),
1562                rd.Sample)
1563            self.PatternTree.SetItemPyData(
1564                self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Contrast'),
1565                {})     #Fill in defaults here
1566            self.PatternTree.SetItemPyData(
1567                self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Models'),
1568                {})     #Fill in defaults here
1569            self.PatternTree.Expand(Id)
1570            self.PatternTree.SelectItem(Id)
1571            newHistList.append(HistName)
1572           
1573        if not newHistList: return # somehow, no new histograms
1574        return # success
1575
1576    def _init_Exports(self,menu):
1577        '''Find exporter routines and add them into menus
1578        '''
1579        # set up the top-level menus
1580        projectmenu = wx.Menu()
1581        item = menu.AppendMenu(
1582            wx.ID_ANY, 'Entire project as',
1583            projectmenu, help='Export entire project')
1584
1585        phasemenu = wx.Menu()
1586        item = menu.AppendMenu(
1587            wx.ID_ANY, 'Phase as',
1588            phasemenu, help='Export phase or sometimes phases')
1589
1590        powdermenu = wx.Menu()
1591        item = menu.AppendMenu(
1592            wx.ID_ANY, 'Powder data as',
1593            powdermenu, help='Export powder diffraction histogram(s)')
1594
1595        singlemenu = wx.Menu()
1596        item = menu.AppendMenu(
1597            wx.ID_ANY, 'Single crystal data as',
1598            singlemenu, help='Export single crystal histogram(s)')
1599
1600        imagemenu = wx.Menu()
1601        item = menu.AppendMenu(
1602            wx.ID_ANY, 'Image data as',
1603            imagemenu, help='Export powder image(s) data')
1604
1605        mapmenu = wx.Menu()
1606        item = menu.AppendMenu(
1607            wx.ID_ANY, 'Maps as',
1608            mapmenu, help='Export density map(s)')
1609
1610        # pdfmenu = wx.Menu()
1611        # item = menu.AppendMenu(
1612        #     wx.ID_ANY, 'PDFs as',
1613        #     pdfmenu, help='Export pair distribution function(s)')
1614
1615        # find all the exporter files
1616        pathlist = sys.path
1617        filelist = []
1618        for path in pathlist:
1619            for filename in glob.iglob(os.path.join(
1620                path,
1621                "G2export*.py")):
1622                filelist.append(filename)   
1623        filelist = sorted(list(set(filelist))) # remove duplicates
1624        exporterlist = []
1625        # go through the routines and import them, saving objects that
1626        # have export routines (method Exporter)
1627        for filename in filelist:
1628            path,rootname = os.path.split(filename)
1629            pkg = os.path.splitext(rootname)[0]
1630            try:
1631                fp = None
1632                fp, fppath,desc = imp.find_module(pkg,[path,])
1633                pkg = imp.load_module(pkg,fp,fppath,desc)
1634                for clss in inspect.getmembers(pkg): # find classes defined in package
1635                    if clss[0].startswith('_'): continue
1636                    if inspect.isclass(clss[1]):
1637                        # check if we have the required methods
1638                        for m in 'Exporter','loadParmDict':
1639                            if not hasattr(clss[1],m): break
1640                            if not callable(getattr(clss[1],m)): break
1641                        else:
1642                            exporter = clss[1](self) # create an export instance
1643                            exporterlist.append(exporter)
1644            except AttributeError:
1645                print 'Import_'+errprefix+': Attribute Error'+str(filename)
1646                pass
1647            except ImportError:
1648                print 'Import_'+errprefix+': Error importing file'+str(filename)
1649                pass
1650            if fp: fp.close()
1651        # Add submenu item(s) for each Exporter by its self-declared type (can be more than one)
1652        for obj in exporterlist:
1653            #print 'exporter',obj
1654            for typ in obj.exporttype:
1655                if typ == "project":
1656                    submenu = projectmenu
1657                elif typ == "phase":
1658                    submenu = phasemenu
1659                elif typ == "powder":
1660                    submenu = powdermenu
1661                elif typ == "single":
1662                    submenu = singlemenu
1663                elif typ == "image":
1664                    submenu = imagemenu
1665                elif typ == "map":
1666                    submenu = mapmenu
1667                # elif typ == "pdf":
1668                #     submenu = pdfmenu
1669                else:
1670                    print("Error, unknown type in "+str(obj))
1671                    break
1672                item = submenu.Append(
1673                    wx.ID_ANY,
1674                    help=obj.longFormatName,
1675                    kind=wx.ITEM_NORMAL,
1676                    text=obj.formatName)
1677                self.Bind(wx.EVT_MENU, obj.Exporter, id=item.GetId())
1678                self.ExportLookup[item.GetId()] = typ # lookup table for submenu item
1679        #code to debug an Exporter. much is hard-coded below, but code is reloaded before
1680        # each use allowing faster development
1681        # def DebugExport(event):
1682        #     print 'start reload'
1683        #     reload(G2IO)
1684        #     import G2export_ASCIImap as dev
1685        #     reload(dev)
1686        #     dev.ExportMapASCII(self).Exporter(event)
1687        # item = menu.Append(
1688        #     wx.ID_ANY,kind=wx.ITEM_NORMAL,
1689        #     help="debug exporter",text="test Export")
1690        # self.Bind(wx.EVT_MENU, DebugExport, id=item.GetId())
1691        # #self.ExportLookup[item.GetId()] = 'image'
1692        # self.ExportLookup[item.GetId()] = 'map'
1693
1694    def _Add_ExportMenuItems(self,parent):
1695        item = parent.Append(
1696            help='Select PWDR item to enable',id=wx.ID_ANY,
1697            kind=wx.ITEM_NORMAL,
1698            text='Export Powder Patterns...')
1699        self.ExportPattern.append(item)
1700        item.Enable(False)
1701        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnExportPatterns, id=item.GetId())
1702
1703        item = parent.Append(
1704            help='',id=wx.ID_ANY,
1705            kind=wx.ITEM_NORMAL,
1706            text='Export All Peak Lists...')
1707        self.ExportPeakList.append(item)
1708        item.Enable(True)
1709        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnExportPeakList, id=item.GetId())
1710
1711        item = parent.Append(
1712            help='',id=wx.ID_ANY,
1713            kind=wx.ITEM_NORMAL,
1714            text='Export HKLs...')
1715        self.ExportHKL.append(item)
1716        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnExportHKL, id=item.GetId())
1717
1718        item = parent.Append(
1719            help='Select PDF item to enable',
1720            id=wx.ID_ANY,
1721            kind=wx.ITEM_NORMAL,
1722            text='Export PDF...')
1723        self.ExportPDF.append(item)
1724        item.Enable(False)
1725        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnExportPDF, id=item.GetId())
1726
1727    def FillMainMenu(self,menubar):
1728        '''Define contents of the main GSAS-II menu for the (main) data tree window
1729        in the mac, used also for the data item windows as well.
1730        '''
1731        File = wx.Menu(title='')
1732        menubar.Append(menu=File, title='&File')
1733        self._Add_FileMenuItems(File)
1734        Data = wx.Menu(title='')
1735        menubar.Append(menu=Data, title='Data')
1736        self._Add_DataMenuItems(Data)
1737        Calculate = wx.Menu(title='')       
1738        menubar.Append(menu=Calculate, title='&Calculate')
1739        self._Add_CalculateMenuItems(Calculate)
1740        Import = wx.Menu(title='')       
1741        menubar.Append(menu=Import, title='Import')
1742        self._Add_ImportMenu_Phase(Import)
1743        self._Add_ImportMenu_powder(Import)
1744        self._Add_ImportMenu_Sfact(Import)
1745        self._Add_ImportMenu_smallangle(Import)
1746        #======================================================================
1747        # Code to help develop/debug an importer, much is hard-coded below
1748        # but module is reloaded before each use, allowing faster testing
1749        # def DebugImport(event):
1750        #     print 'start reload'
1751        #     import G2phase_ISO as dev
1752        #     reload(dev)
1753        #     rd = dev.ISODISTORTPhaseReader()
1754        #     self.ImportMenuId[event.GetId()] = rd
1755        #     self.OnImportPhase(event)
1756            # or ----------------------------------------------------------------------
1757            #self.OnImportGeneric(rd,[],'test of ISODISTORTPhaseReader')
1758            # special debug code
1759            # or ----------------------------------------------------------------------
1760            # filename = '/Users/toby/projects/branton/subgroup_cif.txt'
1761            # fp = open(filename,'Ur')
1762            # if not rd.ContentsValidator(fp):
1763            #     print 'not validated'
1764            #     # make a list of used phase ranId's
1765            # phaseRIdList = []
1766            # sub = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases')
1767            # if sub:
1768            #     item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(sub)
1769            #     while item:
1770            #         phaseName = self.PatternTree.GetItemText(item)
1771            #         ranId = self.PatternTree.GetItemPyData(item).get('ranId')
1772            #         if ranId: phaseRIdList.append(ranId)
1773            #         item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(sub, cookie)
1774            # if rd.Reader(filename,fp,usedRanIdList=phaseRIdList):
1775            #     print 'read OK'
1776        # item = Import.Append(
1777        #     wx.ID_ANY,kind=wx.ITEM_NORMAL,
1778        #     help="debug importer",text="test importer")
1779        # self.Bind(wx.EVT_MENU, DebugImport, id=item.GetId())
1780        #======================================================================
1781        self.ExportMenu = wx.Menu(title='')
1782        menubar.Append(menu=self.ExportMenu, title='Export')
1783        self._init_Exports(self.ExportMenu)
1784        self._Add_ExportMenuItems(self.ExportMenu)
1785        HelpMenu=G2gd.MyHelp(self,helpType='Data tree',
1786            morehelpitems=[('&Tutorials','Tutorials')])
1787        menubar.Append(menu=HelpMenu,title='&Help')
1788
1789    def _init_ctrls(self, parent):
1790        wx.Frame.__init__(self, name='GSASII', parent=parent,
1791            size=wx.Size(400, 250),style=wx.DEFAULT_FRAME_STYLE, title='GSAS-II data tree')
1792        clientSize = wx.ClientDisplayRect()
1793        Size = self.GetSize()
1794        xPos = clientSize[2]-Size[0]
1795        self.SetPosition(wx.Point(xPos,clientSize[1]))
1796        self._init_Imports()
1797        #initialize Menu item objects (these contain lists of menu items that are enabled or disabled)
1798        self.MakePDF = []
1799        self.Refine = []
1800        self.SeqRefine = []
1801        self.ExportPattern = []
1802        self.ExportPeakList = []
1803        self.ExportHKL = []
1804        self.ExportPDF = []
1805        self.ExportPhase = []
1806        self.ExportCIF = []
1807        #
1808        self.GSASIIMenu = wx.MenuBar()
1809        self.FillMainMenu(self.GSASIIMenu)
1810        self.SetMenuBar(self.GSASIIMenu)
1811        self.Bind(wx.EVT_SIZE, self.OnSize)
1812        self.CreateStatusBar()
1813        self.mainPanel = wx.Panel(self,-1)
1814       
1815        wxID_PATTERNTREE = wx.NewId()
1816        self.PatternTree = wx.TreeCtrl(id=wxID_PATTERNTREE,
1817            parent=self.mainPanel, pos=wx.Point(0, 0),style=wx.TR_DEFAULT_STYLE )
1818        self.PatternTree.Bind(wx.EVT_TREE_SEL_CHANGED,
1819            self.OnPatternTreeSelChanged, id=wxID_PATTERNTREE)
1820        self.PatternTree.Bind(wx.EVT_TREE_ITEM_COLLAPSED,
1821            self.OnPatternTreeItemCollapsed, id=wxID_PATTERNTREE)
1822        self.PatternTree.Bind(wx.EVT_TREE_ITEM_EXPANDED,
1823            self.OnPatternTreeItemExpanded, id=wxID_PATTERNTREE)
1824        self.PatternTree.Bind(wx.EVT_TREE_DELETE_ITEM,
1825            self.OnPatternTreeItemDelete, id=wxID_PATTERNTREE)
1826        self.PatternTree.Bind(wx.EVT_TREE_KEY_DOWN,
1827            self.OnPatternTreeKeyDown, id=wxID_PATTERNTREE)
1828        self.root = self.PatternTree.AddRoot('Loaded Data: ')
1829       
1830        plotFrame = wx.Frame(None,-1,'GSASII Plots',size=wx.Size(700,600), \
1831            style=wx.DEFAULT_FRAME_STYLE ^ wx.CLOSE_BOX)
1832        self.G2plotNB = G2plt.G2PlotNoteBook(plotFrame)
1833        plotFrame.Show()
1834       
1835        self.dataDisplay = None
1836       
1837    def __init__(self, parent):
1838        self.ExportLookup = {}
1839        self._init_ctrls(parent)
1840        self.Image = wx.Image(
1841            os.path.join(GSASIIpath.path2GSAS2,'gsas2.ico'),
1842            wx.BITMAP_TYPE_ICO)
1843        if "wxMSW" in wx.PlatformInfo:
1844            img = self.Image.Scale(16, 16).ConvertToBitmap()
1845        elif "wxGTK" in wx.PlatformInfo:
1846            img = self.Image.Scale(22, 22).ConvertToBitmap()
1847        else:
1848            img = self.Image.ConvertToBitmap()
1849        self.SetIcon(wx.IconFromBitmap(img))
1850        self.Bind(wx.EVT_CLOSE, self.ExitMain)
1851        # various defaults
1852        self.oldFocus = None
1853        self.GSASprojectfile = ''
1854        self.dirname = os.path.expanduser('~')       #start in the users home directory by default; may be meaningless
1855        self.undofile = ''
1856        self.TreeItemDelete = False
1857        self.Offset = [0.0,0.0]
1858        self.delOffset = .02
1859        self.refOffset = -100.0
1860        self.refDelt = .01
1861        self.Weight = False
1862        self.IparmName = ''  # to be removed when SelectPowderData & GetInstrumentFile is
1863        self.IfPlot = False
1864        self.PatternId = 0
1865        self.PickId = 0
1866        self.PeakTable = []
1867        self.LimitsTable = []
1868        self.HKL = []
1869        self.Lines = []
1870        self.itemPicked = None
1871        self.dataFrame = None
1872        self.Interpolate = 'nearest'
1873        self.ContourColor = 'Paired'
1874        self.VcovColor = 'RdYlGn'
1875        self.RamaColor = 'Blues'
1876        self.Projection = 'equal area'
1877        self.logPlot = False
1878        self.qPlot = False
1879        self.sqPlot = False
1880        self.ErrorBars = False
1881        self.Contour = False
1882        self.Legend = False
1883        self.SinglePlot = False
1884        self.SubBack = False
1885        self.plotView = 0
1886        self.Image = 0
1887        self.oldImagefile = ''
1888        self.ImageZ = []
1889        self.Integrate = 0
1890        self.imageDefault = {}
1891        self.Sngl = 0
1892        self.ifGetRing = False
1893        self.MaskKey = ''           #trigger for making image masks
1894        self.StrainKey = ''         #ditto for new strain d-zeros
1895        arg = sys.argv
1896        if len(arg) > 1:
1897            self.GSASprojectfile = os.path.splitext(arg[1])[0]+'.gpx'
1898            self.dirname = os.path.dirname(arg[1])
1899            if self.dirname: os.chdir(self.dirname)
1900            try:
1901                G2IO.ProjFileOpen(self)
1902                self.PatternTree.Expand(self.root)
1903                for item in self.Refine: item.Enable(True)
1904                for item in self.SeqRefine: item.Enable(True)
1905            except:
1906                print 'Error opening file',arg[1]
1907
1908    def OnSize(self,event):
1909        'Called when the main window is resized. Not sure why'
1910        w,h = self.GetClientSizeTuple()
1911        self.mainPanel.SetSize(wx.Size(w,h))
1912        self.PatternTree.SetSize(wx.Size(w,h))
1913                       
1914    def OnPatternTreeSelChanged(self, event):
1915        '''Called when a data tree item is selected'''
1916        if self.TreeItemDelete:
1917            self.TreeItemDelete = False
1918        else:
1919            pltNum = self.G2plotNB.nb.GetSelection()
1920            if pltNum >= 0:                         #to avoid the startup with no plot!
1921                pltPage = self.G2plotNB.nb.GetPage(pltNum)
1922                pltPlot = pltPage.figure
1923            item = event.GetItem()
1924            G2gd.MovePatternTreeToGrid(self,item)
1925            if self.oldFocus:
1926                self.oldFocus.SetFocus()
1927       
1928    def OnPatternTreeItemCollapsed(self, event):
1929        'Called when a tree item is collapsed'
1930        event.Skip()
1931
1932    def OnPatternTreeItemExpanded(self, event):
1933        'Called when a tree item is expanded'
1934        event.Skip()
1935       
1936    def OnPatternTreeItemDelete(self, event):
1937        'Called when a tree item is deleted -- not sure what this does'
1938        self.TreeItemDelete = True
1939
1940    def OnPatternTreeItemActivated(self, event):
1941        'Called when a tree item is activated'
1942        event.Skip()
1943       
1944    def OnPatternTreeKeyDown(self,event):
1945        'Not sure what this does'
1946        key = event.GetKeyCode()
1947        item = self.PickId
1948        if type(item) is int: return # is this the toplevel in tree?
1949        if key == wx.WXK_UP:
1950            self.oldFocus = wx.Window.FindFocus()
1951            self.PatternTree.GetPrevSibling(item)
1952        elif key == wx.WXK_DOWN:
1953            self.oldFocus = wx.Window.FindFocus()
1954            self.PatternTree.GetNextSibling(item)
1955               
1956    def OnReadPowderPeaks(self,event):
1957        'Bound to menu Data/Read Powder Peaks -- still needed?'
1958        Cuka = 1.54052
1959        self.CheckNotebook()
1960        dlg = wx.FileDialog(self, 'Choose file with peak list', '.', '', 
1961            'peak files (*.txt)|*.txt|All files (*.*)|*.*',wx.OPEN|wx.CHANGE_DIR)
1962        try:
1963            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
1964                self.HKL = []
1965                self.powderfile = dlg.GetPath()
1966                comments,peaks = G2IO.GetPowderPeaks(self.powderfile)
1967                Id = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text='PKS '+os.path.basename(self.powderfile))
1968                data = ['PKS',Cuka,0.0]
1969                names = ['Type','Lam','Zero'] 
1970                codes = [0,0,0]
1971                inst = [G2IO.makeInstDict(names,data,codes),{}]
1972                self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Instrument Parameters'),inst)
1973                self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Comments'),comments)
1974                self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Index Peak List'),peaks)
1975                self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Unit Cells List'),[])             
1976                self.PatternTree.Expand(Id)
1977                self.PatternTree.SelectItem(Id)
1978                os.chdir(dlg.GetDirectory())           # to get Mac/Linux to change directory!
1979        finally:
1980            dlg.Destroy()
1981                       
1982    def OnImageRead(self,event):
1983        'Called to read in an image in any known format'
1984        self.CheckNotebook()
1985        dlg = wx.FileDialog(
1986            self, 'Choose image files', '.', '',
1987            'Any image file (*.edf;*.tif;*.tiff;*.mar*;*.avg;*.sum;*.img;*.G2img)|'
1988            '*.edf;*.tif;*.tiff;*.mar*;*.avg;*.sum;*.img;*.G2img;*.zip|'
1989            'European detector file (*.edf)|*.edf|'
1990            'Any detector tif (*.tif;*.tiff)|*.tif;*.tiff|'
1991            'MAR file (*.mar*)|*.mar*|'
1992            'GE Image (*.avg;*.sum)|*.avg;*.sum|'
1993            'ADSC Image (*.img)|*.img|'
1994            'GSAS-II Image (*.G2img)|*.G2img|'
1995            'Zip archive (*.zip)|*.zip|'
1996            'All files (*.*)|*.*',
1997            wx.OPEN | wx.MULTIPLE|wx.CHANGE_DIR)
1998        try:
1999            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
2000                imagefiles = dlg.GetPaths()
2001                imagefiles.sort()
2002                for imagefile in imagefiles:
2003                    # if a zip file, open and extract
2004                    if os.path.splitext(imagefile)[1].lower() == '.zip':
2005                        extractedfile = G2IO.ExtractFileFromZip(imagefile,parent=self)
2006                        if extractedfile is not None and extractedfile != imagefile:
2007                            imagefile = extractedfile
2008                    Comments,Data,Npix,Image = G2IO.GetImageData(self,imagefile)
2009                    if Comments:
2010                        Id = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text='IMG '+os.path.basename(imagefile))
2011                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Comments'),Comments)
2012                        Imax = np.amax(Image)
2013                        Imin = max(0.0,np.amin(Image))          #force positive
2014                        if self.imageDefault:
2015                            Data = copy.copy(self.imageDefault)
2016                            Data['showLines'] = True
2017                            Data['ring'] = []
2018                            Data['rings'] = []
2019                            Data['cutoff'] = 10
2020                            Data['pixLimit'] = 20
2021                            Data['edgemin'] = 100000000
2022                            Data['calibdmin'] = 0.5
2023                            Data['calibskip'] = 0
2024                            Data['ellipses'] = []
2025                            Data['calibrant'] = ''
2026                            Data['GonioAngles'] = [0.,0.,0.]
2027                            Data['DetDepth'] = 0.
2028                            Data['DetDepthRef'] = False
2029                        else:
2030                            Data['type'] = 'PWDR'
2031                            Data['color'] = 'Paired'
2032                            Data['tilt'] = 0.0
2033                            Data['rotation'] = 0.0
2034                            Data['showLines'] = False
2035                            Data['ring'] = []
2036                            Data['rings'] = []
2037                            Data['cutoff'] = 10
2038                            Data['pixLimit'] = 20
2039                            Data['calibdmin'] = 0.5
2040                            Data['calibskip'] = 0
2041                            Data['edgemin'] = 100000000
2042                            Data['ellipses'] = []
2043                            Data['GonioAngles'] = [0.,0.,0.]
2044                            Data['DetDepth'] = 0.
2045                            Data['DetDepthRef'] = False
2046                            Data['calibrant'] = ''
2047                            Data['IOtth'] = [2.0,5.0]
2048                            Data['LRazimuth'] = [135,225]
2049                            Data['azmthOff'] = 0.0
2050                            Data['outChannels'] = 2500
2051                            Data['outAzimuths'] = 1
2052                            Data['centerAzm'] = False
2053                            Data['fullIntegrate'] = False
2054                            Data['setRings'] = False
2055                            Data['background image'] = ['',1.0]                           
2056                        Data['setDefault'] = False
2057                        Data['range'] = [(Imin,Imax),[Imin,Imax]]
2058                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Image Controls'),Data)
2059                        Masks = {'Points':[],'Rings':[],'Arcs':[],'Polygons':[],'Frames':[],'Thresholds':[(Imin,Imax),[Imin,Imax]]}
2060                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Masks'),Masks)
2061                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Stress/Strain'),
2062                            {'Type':'True','d-zero':[],'Sample phi':0.0,'Sample z':0.0,'strain':np.zeros((3,3))})
2063                        self.PatternTree.SetItemPyData(Id,[Npix,imagefile])
2064                        self.PickId = Id
2065                        self.Image = Id
2066                os.chdir(dlg.GetDirectory())           # to get Mac/Linux to change directory!
2067                self.PatternTree.SelectItem(G2gd.GetPatternTreeItemId(self,Id,'Image Controls'))             #show last one
2068        finally:
2069            path = dlg.GetDirectory()           # to get Mac/Linux to change directory!
2070            os.chdir(path)
2071            dlg.Destroy()
2072
2073    def CheckNotebook(self):
2074        '''Make sure the data tree has the minimally expected controls.
2075        (BHT) correct?
2076        '''
2077        if not G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Notebook'):
2078            sub = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text='Notebook')
2079            self.PatternTree.SetItemPyData(sub,[''])
2080        if not G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Controls'):
2081            sub = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text='Controls')
2082            self.PatternTree.SetItemPyData(sub,copy.copy(G2obj.DefaultControls))
2083        if not G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Covariance'):
2084            sub = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text='Covariance')
2085            self.PatternTree.SetItemPyData(sub,{})
2086        if not G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Constraints'):
2087            sub = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text='Constraints')
2088            self.PatternTree.SetItemPyData(sub,{'Hist':[],'HAP':[],'Phase':[]})
2089        if not G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Restraints'):
2090            sub = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text='Restraints')
2091            self.PatternTree.SetItemPyData(sub,{})
2092        if not G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Rigid bodies'):
2093            sub = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text='Rigid bodies')
2094            self.PatternTree.SetItemPyData(sub,{'Vector':{'AtInfo':{}},
2095                'Residue':{'AtInfo':{}},'RBIds':{'Vector':[],'Residue':[]}})
2096               
2097    class CopyDialog(wx.Dialog):
2098        '''Creates a dialog for copying control settings between
2099        data tree items'''
2100        def __init__(self,parent,title,text,data):
2101            wx.Dialog.__init__(self,parent,-1,title, 
2102                pos=wx.DefaultPosition,style=wx.DEFAULT_DIALOG_STYLE)
2103            self.data = data
2104            panel = wx.Panel(self)
2105            mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
2106            topLabl = wx.StaticText(panel,-1,text)
2107            mainSizer.Add((10,10),1)
2108            mainSizer.Add(topLabl,0,wx.ALIGN_CENTER_VERTICAL|wx.LEFT,10)
2109            mainSizer.Add((10,10),1)
2110            ncols = len(data)/40+1
2111            dataGridSizer = wx.FlexGridSizer(rows=len(data),cols=ncols,hgap=2,vgap=2)
2112            for id,item in enumerate(self.data):
2113                ckbox = wx.CheckBox(panel,id,item[1])
2114                ckbox.Bind(wx.EVT_CHECKBOX,self.OnCopyChange)                   
2115                dataGridSizer.Add(ckbox,0,wx.LEFT,10)
2116            mainSizer.Add(dataGridSizer,0,wx.EXPAND)
2117            OkBtn = wx.Button(panel,-1,"Ok")
2118            OkBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnOk)
2119            cancelBtn = wx.Button(panel,-1,"Cancel")
2120            cancelBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnCancel)
2121            btnSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
2122            btnSizer.Add((20,20),1)
2123            btnSizer.Add(OkBtn)
2124            btnSizer.Add((20,20),1)
2125            btnSizer.Add(cancelBtn)
2126            btnSizer.Add((20,20),1)
2127           
2128            mainSizer.Add(btnSizer,0,wx.EXPAND|wx.BOTTOM|wx.TOP, 10)
2129            panel.SetSizer(mainSizer)
2130            panel.Fit()
2131            self.Fit()
2132       
2133        def OnCopyChange(self,event):
2134            id = event.GetId()
2135            self.data[id][0] = self.FindWindowById(id).GetValue()       
2136           
2137        def OnOk(self,event):
2138            parent = self.GetParent()
2139            parent.Raise()
2140            self.EndModal(wx.ID_OK)             
2141           
2142        def OnCancel(self,event):
2143            parent = self.GetParent()
2144            parent.Raise()
2145            self.EndModal(wx.ID_CANCEL)             
2146           
2147        def GetData(self):
2148            return self.data
2149       
2150    class SumDialog(wx.Dialog):
2151        'Allows user to supply scale factor(s) when summing data'
2152        def __init__(self,parent,title,text,dataType,data):
2153            wx.Dialog.__init__(self,parent,-1,title, 
2154                pos=wx.DefaultPosition,style=wx.DEFAULT_DIALOG_STYLE)
2155            self.data = data
2156            panel = wx.Panel(self)
2157            mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
2158            topLabl = wx.StaticText(panel,-1,text)
2159            mainSizer.Add((10,10),1)
2160            mainSizer.Add(topLabl,0,wx.ALIGN_CENTER_VERTICAL|wx.LEFT,10)
2161            mainSizer.Add((10,10),1)
2162            dataGridSizer = wx.FlexGridSizer(rows=len(data),cols=2,hgap=2,vgap=2)
2163            for id,item in enumerate(self.data[:-1]):
2164                name = wx.TextCtrl(panel,-1,item[1],size=wx.Size(200,20))
2165                name.SetEditable(False)
2166                scale = wx.TextCtrl(panel,id,'%.3f'%(item[0]),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
2167                scale.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,self.OnScaleChange)
2168                scale.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,self.OnScaleChange)
2169                dataGridSizer.Add(scale,0,wx.LEFT,10)
2170                dataGridSizer.Add(name,0,wx.RIGHT,10)
2171            if dataType:
2172                dataGridSizer.Add(wx.StaticText(panel,-1,'Sum result name: '+dataType),0, \
2173                    wx.LEFT|wx.TOP|wx.ALIGN_CENTER_VERTICAL,10)
2174                self.name = wx.TextCtrl(panel,-1,self.data[-1],size=wx.Size(200,20),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
2175                self.name.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,self.OnNameChange)
2176                self.name.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,self.OnNameChange)
2177                dataGridSizer.Add(self.name,0,wx.RIGHT|wx.TOP,10)
2178            mainSizer.Add(dataGridSizer,0,wx.EXPAND)
2179            OkBtn = wx.Button(panel,-1,"Ok")
2180            OkBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnOk)
2181            cancelBtn = wx.Button(panel,-1,"Cancel")
2182            cancelBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnCancel)
2183            btnSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
2184            btnSizer.Add((20,20),1)
2185            btnSizer.Add(OkBtn)
2186            btnSizer.Add((20,20),1)
2187            btnSizer.Add(cancelBtn)
2188            btnSizer.Add((20,20),1)
2189           
2190            mainSizer.Add(btnSizer,0,wx.EXPAND|wx.BOTTOM|wx.TOP, 10)
2191            panel.SetSizer(mainSizer)
2192            panel.Fit()
2193            self.Fit()
2194
2195        def OnScaleChange(self,event):
2196            id = event.GetId()
2197            value = self.FindWindowById(id).GetValue()
2198            try:
2199                self.data[id][0] = float(value)
2200                self.FindWindowById(id).SetValue('%.3f'%(self.data[id][0]))
2201            except ValueError:
2202                if value and '-' not in value[0]:
2203                    print 'bad input - numbers only'
2204                    self.FindWindowById(id).SetValue('0.000')
2205           
2206        def OnNameChange(self,event):
2207            self.data[-1] = self.name.GetValue() 
2208           
2209        def OnOk(self,event):
2210            parent = self.GetParent()
2211            parent.Raise()
2212            self.EndModal(wx.ID_OK)             
2213           
2214        def OnCancel(self,event):
2215            parent = self.GetParent()
2216            parent.Raise()
2217            self.EndModal(wx.ID_CANCEL)             
2218           
2219        def GetData(self):
2220            return self.data
2221                       
2222    def OnPwdrSum(self,event):
2223        'Sum together powder data(?)'
2224        TextList = []
2225        DataList = []
2226        SumList = []
2227        Names = []
2228        Inst = None
2229        SumItemList = []
2230        Comments = ['Sum equals: \n']
2231        if self.PatternTree.GetCount():
2232            item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
2233            while item:
2234                name = self.PatternTree.GetItemText(item)
2235                Names.append(name)
2236                if 'PWDR' in name:
2237                    TextList.append([0.0,name])
2238                    DataList.append(self.PatternTree.GetItemPyData(item)[1])    # (x,y,w,yc,yb,yd)
2239                    if not Inst:
2240                        Inst = self.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(self,item, 'Instrument Parameters'))
2241                item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)
2242            if len(TextList) < 2:
2243                self.ErrorDialog('Not enough data to sum','There must be more than one "PWDR" pattern')
2244                return
2245            TextList.append('default_sum_name')               
2246            dlg = self.SumDialog(self,'Sum data','Enter scale for each pattern in summation','PWDR',TextList)
2247            try:
2248                if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
2249                    lenX = 0
2250                    Xminmax = [0,0]
2251                    Xsum = []
2252                    Ysum = []
2253                    Vsum = []
2254                    result = dlg.GetData()
2255                    for i,item in enumerate(result[:-1]):
2256                        scale,name = item
2257                        data = DataList[i]
2258                        if scale:
2259                            Comments.append("%10.3f %s" % (scale,' * '+name))
2260                            x,y,w,yc,yb,yd = data   #numpy arrays!
2261                            v = 1./w
2262                            if lenX:
2263                                if lenX != len(x):
2264                                    self.ErrorDialog('Data length error','Data to be summed must have same number of points'+ \
2265                                        '\nExpected:'+str(lenX)+ \
2266                                        '\nFound:   '+str(len(x))+'\nfor '+name)
2267                                    return
2268                            else:
2269                                lenX = len(x)
2270                            if Xminmax[1]:
2271                                if Xminmax != [x[0],x[-1]]:
2272                                    self.ErrorDialog('Data range error','Data to be summed must span same range'+ \
2273                                        '\nExpected:'+str(Xminmax[0])+' '+str(Xminmax[1])+ \
2274                                        '\nFound:   '+str(x[0])+' '+str(x[-1])+'\nfor '+name)
2275                                    return
2276                                else:
2277                                    for j,yi in enumerate(y):
2278                                         Ysum[j] += scale*yi
2279                                         Vsum[j] += abs(scale)*v[j]
2280                            else:
2281                                Xminmax = [x[0],x[-1]]
2282                                YCsum = YBsum = YDsum = [0.0 for i in range(lenX)]
2283                                for j,yi in enumerate(y):
2284                                    Xsum.append(x[j])
2285                                    Ysum.append(scale*yi)
2286                                    Vsum.append(abs(scale*v[j]))
2287                    Wsum = 1./np.array(Vsum)
2288                    outname = 'PWDR '+result[-1]
2289                    Id = 0
2290                    if outname in Names:
2291                        dlg2 = wx.MessageDialog(self,'Overwrite data?','Duplicate data name',wx.OK|wx.CANCEL)
2292                        try:
2293                            if dlg2.ShowModal() == wx.ID_OK:
2294                                Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,name)
2295                                self.PatternTree.Delete(Id)
2296                        finally:
2297                            dlg2.Destroy()
2298                    Id = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text=outname)
2299                    if Id:
2300                        Sample = G2pdG.SetDefaultSample()
2301                        valuesdict = {
2302                            'wtFactor':1.0,
2303                            'Dummy':False,
2304                            'ranId':ran.randint(0,sys.maxint),
2305                            }
2306                        self.PatternTree.SetItemPyData(Id,[valuesdict,[np.array(Xsum),np.array(Ysum),np.array(Wsum),
2307                            np.array(YCsum),np.array(YBsum),np.array(YDsum)]])
2308                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Comments'),Comments)                   
2309                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Limits'),[tuple(Xminmax),Xminmax])
2310                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Background'),[['chebyschev',True,3,1.0,0.0,0.0],
2311                            {'nDebye':0,'debyeTerms':[],'nPeaks':0,'peaksList':[]}])
2312                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Instrument Parameters'),Inst)
2313                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Sample Parameters'),Sample)
2314                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Peak List'),[])
2315                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Index Peak List'),[])
2316                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Unit Cells List'),[])             
2317                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Reflection Lists'),{})             
2318                        self.PatternTree.SelectItem(Id)
2319                        self.PatternTree.Expand(Id)
2320            finally:
2321                dlg.Destroy()
2322
2323    def OnImageSum(self,event):
2324        'Sum together image data(?)'
2325        TextList = []
2326        DataList = []
2327        SumList = []
2328        Names = []
2329        Inst = []
2330        SumItemList = []
2331        Comments = ['Sum equals: \n']
2332        if self.PatternTree.GetCount():
2333            item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
2334            while item:
2335                name = self.PatternTree.GetItemText(item)
2336                Names.append(name)
2337                if 'IMG' in name:
2338                    TextList.append([0.0,name])
2339                    DataList.append(self.PatternTree.GetItemPyData(item))        #Size,Image
2340                    Data = self.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(self,item,'Image Controls'))
2341                item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)
2342            if len(TextList) < 2:
2343                self.ErrorDialog('Not enough data to sum','There must be more than one "IMG" pattern')
2344                return
2345            TextList.append('default_sum_name')               
2346            dlg = self.SumDialog(self,'Sum data','Enter scale for each image in summation','IMG',TextList)
2347            try:
2348                if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
2349                    imSize = 0
2350                    result = dlg.GetData()
2351                    First = True
2352                    Found = False
2353                    for i,item in enumerate(result[:-1]):
2354                        scale,name = item
2355                        data = DataList[i]
2356                        if scale:
2357                            Found = True                               
2358                            Comments.append("%10.3f %s" % (scale,' * '+name))
2359                            Npix,imagefile = data
2360                            image = G2IO.GetImageData(self,imagefile,imageOnly=True)
2361                            if First:
2362                                newImage = np.zeros_like(image)
2363                                First = False
2364                            if imSize:
2365                                if imSize != Npix:
2366                                    self.ErrorDialog('Image size error','Images to be summed must be same size'+ \
2367                                        '\nExpected:'+str(imSize)+ \
2368                                        '\nFound:   '+str(Npix)+'\nfor '+name)
2369                                    return
2370                                newImage = newImage+scale*image
2371                            else:
2372                                imSize = Npix
2373                                newImage = newImage+scale*image
2374                            del(image)
2375                    if not Found:
2376                        self.ErrorDialog('Image sum error','No nonzero image multipliers found')
2377                        return
2378                       
2379                    newImage = np.asfarray(newImage,dtype=np.float32)                       
2380                    outname = 'IMG '+result[-1]
2381                    Id = 0
2382                    if outname in Names:
2383                        dlg2 = wx.MessageDialog(self,'Overwrite data?','Duplicate data name',wx.OK|wx.CANCEL)
2384                        try:
2385                            if dlg2.ShowModal() == wx.ID_OK:
2386                                Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,name)
2387                        finally:
2388                            dlg2.Destroy()
2389                    else:
2390                        Id = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text=outname)
2391                    if Id:
2392                        dlg = wx.FileDialog(self, 'Choose sum image filename', '.', '', 
2393                            'G2img files (*.G2img)|*.G2img', 
2394                            wx.SAVE|wx.FD_OVERWRITE_PROMPT|wx.CHANGE_DIR)
2395                        if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
2396                            newimagefile = dlg.GetPath()
2397                            newimagefile = G2IO.FileDlgFixExt(dlg,newimagefile)
2398                            G2IO.PutG2Image(newimagefile,Comments,Data,Npix,newImage)
2399                            Imax = np.amax(newImage)
2400                            Imin = np.amin(newImage)
2401                            newImage = []
2402                            self.PatternTree.SetItemPyData(Id,[imSize,newimagefile])
2403                            self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Comments'),Comments)
2404                        del(newImage)
2405                        if self.imageDefault:
2406                            Data = copy.copy(self.imageDefault)
2407                        Data['showLines'] = True
2408                        Data['ring'] = []
2409                        Data['rings'] = []
2410                        Data['cutoff'] = 10
2411                        Data['pixLimit'] = 20
2412                        Data['ellipses'] = []
2413                        Data['calibrant'] = ''
2414                        Data['range'] = [(Imin,Imax),[Imin,Imax]]
2415                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Image Controls'),Data)                                           
2416                        Masks = {'Points':[],'Rings':[],'Arcs':[],'Polygons':[],'Frames':[],'Thresholds':[(Imin,Imax),[Imin,Imax]]}
2417                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Masks'),Masks)
2418                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Stress/Strain'),{})
2419                        self.PatternTree.SelectItem(Id)
2420                        self.PatternTree.Expand(Id)
2421                        self.PickId = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,outname)
2422                        self.Image = self.PickId
2423            finally:
2424                dlg.Destroy()
2425                     
2426    def OnAddPhase(self,event):
2427        'Add a new, empty phase to the tree. Called by Data/Add Phase menu'
2428        if not G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases'):
2429            sub = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text='Phases')
2430        else:
2431            sub = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases')
2432        PhaseName = ''
2433        dlg = wx.TextEntryDialog(None,'Enter a name for this phase','Phase Name Entry','New phase',
2434            style=wx.OK)
2435        if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
2436            PhaseName = dlg.GetValue()
2437        dlg.Destroy()
2438        sub = self.PatternTree.AppendItem(parent=sub,text=PhaseName)
2439        E,SGData = G2spc.SpcGroup('P 1')
2440        self.PatternTree.SetItemPyData(sub,G2IO.SetNewPhase(Name=PhaseName,SGData=SGData))
2441       
2442    def OnDeletePhase(self,event):
2443        'Delete a phase from the tree. Called by Data/Delete Phase menu'
2444        #Hmm, also need to delete this phase from Reflection Lists for each PWDR histogram
2445        if self.dataFrame:
2446            self.dataFrame.Clear() 
2447        TextList = []
2448        DelList = []
2449        DelItemList = []
2450        if G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases'):
2451            sub = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases')
2452        else:
2453            return
2454        if sub:
2455            item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(sub)
2456            while item:
2457                TextList.append(self.PatternTree.GetItemText(item))
2458                item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(sub, cookie)               
2459            dlg = wx.MultiChoiceDialog(self, 'Which phase to delete?', 'Delete phase', TextList, wx.CHOICEDLG_STYLE)
2460            try:
2461                if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
2462                    result = dlg.GetSelections()
2463                    for i in result: DelList.append([i,TextList[i]])
2464                    item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(sub)
2465                    i = 0
2466                    while item:
2467                        if [i,self.PatternTree.GetItemText(item)] in DelList: DelItemList.append(item)
2468                        item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(sub, cookie)
2469                        i += 1
2470                    for item in DelItemList:
2471                        name = self.PatternTree.GetItemText(item)
2472                        self.PatternTree.Delete(item)
2473                        self.G2plotNB.Delete(name)
2474                    item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
2475                    while item:
2476                        name = self.PatternTree.GetItemText(item)
2477                        if 'PWDR' in name:
2478                            Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,item, 'Reflection Lists')
2479                            refList = self.PatternTree.GetItemPyData(Id)
2480                            for i,item in DelList:
2481                                del(refList[item])
2482                            self.PatternTree.SetItemPyData(Id,refList)
2483                        item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)
2484            finally:
2485                dlg.Destroy()
2486               
2487    def OnRenameData(self,event):
2488        'Renames an existing phase. Called by Data/Rename Phase menu'
2489        name = self.PatternTree.GetItemText(self.PickId)     
2490        if 'PWDR' in name or 'HKLF' in name or 'IMG' in name:
2491            dataType = name[:name.index(' ')+1]                 #includes the ' '
2492            dlg = wx.TextEntryDialog(self,'Data name: '+dataType,'Change data name',
2493                defaultValue=name[name.index(' ')+1:])
2494            try:
2495                if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
2496                    self.PatternTree.SetItemText(self.PickId,dataType+dlg.GetValue())
2497            finally:
2498                dlg.Destroy()
2499       
2500    def GetFileList(self,fileType,skip=None):        #potentially useful?
2501        'Appears unused. Note routine of same name in GSASIIpwdGUI'
2502        fileList = []
2503        Source = ''
2504        id, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
2505        while id:
2506            name = self.PatternTree.GetItemText(id)
2507            if fileType in name:
2508                if id == skip:
2509                    Source = name
2510                else:
2511                    fileList.append([False,name,id])
2512            id, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)
2513        if skip:
2514            return fileList,Source
2515        else:
2516            return fileList
2517           
2518    def OnDataDelete(self, event):
2519        '''Delete one or more histograms from data tree. Called by the
2520        Data/DeleteData menu
2521        '''
2522        TextList = ['All Data']
2523        DelList = []
2524        DelItemList = []
2525        ifPWDR = False
2526        ifSASD = False
2527        ifIMG = False
2528        ifHKLF = False
2529        ifPDF = False
2530        if self.PatternTree.GetCount():
2531            item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
2532            while item:
2533                name = self.PatternTree.GetItemText(item)
2534                if name not in ['Notebook','Controls','Covariance','Constraints',
2535                    'Restraints','Phases','Rigid bodies']:
2536                    if 'PWDR' in name: ifPWDR = True
2537                    if 'SASD' in name: ifSASD = True
2538                    if 'IMG' in name: ifIMG = True
2539                    if 'HKLF' in name: ifHKLF = True
2540                    if 'PDF' in name: ifPDF = True
2541                    TextList.append(name)
2542                item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)
2543            if ifPWDR: TextList.insert(1,'All PWDR')
2544            if ifSASD: TextList.insert(1,'All SASD')
2545            if ifIMG: TextList.insert(1,'All IMG')
2546            if ifHKLF: TextList.insert(1,'All HKLF')
2547            if ifPDF: TextList.insert(1,'All PDF')               
2548            dlg = wx.MultiChoiceDialog(self, 'Which data to delete?', 'Delete data', TextList, wx.CHOICEDLG_STYLE)
2549            try:
2550                if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
2551                    result = dlg.GetSelections()
2552                    for i in result: DelList.append(TextList[i])
2553                    if 'All Data' in DelList:
2554                        DelList = [item for item in TextList if item[:3] != 'All']
2555                    elif 'All PWDR' in DelList:
2556                        DelList = [item for item in TextList if item[:4] == 'PWDR']
2557                    elif 'All SASD' in DelList:
2558                        DelList = [item for item in TextList if item[:4] == 'SASD']
2559                    elif 'All IMG' in DelList:
2560                        DelList = [item for item in TextList if item[:3] == 'IMG']
2561                    elif 'All HKLF' in DelList:
2562                        DelList = [item for item in TextList if item[:4] == 'HKLF']
2563                    elif 'All PDF' in DelList:
2564                        DelList = [item for item in TextList if item[:3] == 'PDF']
2565                    item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
2566                    while item:
2567                        if self.PatternTree.GetItemText(item) in DelList: DelItemList.append(item)
2568                        item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)
2569                    for item in DelItemList:
2570                        self.PatternTree.Delete(item)
2571                    self.PickId = 0
2572                    wx.CallAfter(G2plt.PlotPatterns,self,True)                        #so plot gets updated
2573            finally:
2574                dlg.Destroy()
2575
2576    def OnFileOpen(self, event, filename=None):
2577        '''Reads in a GSAS-II .gpx project file in response to the
2578        File/Open Project menu button
2579        '''
2580        result = wx.ID_OK
2581        Id = 0
2582        if self.PatternTree.GetChildrenCount(self.root,False):
2583            if self.dataFrame:
2584                self.dataFrame.Clear() 
2585            dlg = wx.MessageDialog(
2586                self,
2587                'Do you want to overwrite the current project? '
2588                'Any unsaved changes will be lost. Press OK to continue.',
2589                'Overwrite?',  wx.OK | wx.CANCEL)
2590            try:
2591                result = dlg.ShowModal()
2592                if result == wx.ID_OK:
2593                    self.PatternTree.DeleteChildren(self.root)
2594                    self.GSASprojectfile = ''
2595                    if self.HKL: self.HKL = []
2596                    if self.G2plotNB.plotList:
2597                        self.G2plotNB.clear()
2598            finally:
2599                dlg.Destroy()
2600        if result != wx.ID_OK: return
2601
2602        if not filename:
2603            if self.dataDisplay: self.dataDisplay.Destroy()
2604            dlg = wx.FileDialog(self, 'Choose GSAS-II project file', '.', '', 
2605                'GSAS-II project file (*.gpx)|*.gpx',wx.OPEN|wx.CHANGE_DIR)
2606            try:
2607                if dlg.ShowModal() != wx.ID_OK: return
2608                self.GSASprojectfile = dlg.GetPath()
2609                self.GSASprojectfile = G2IO.FileDlgFixExt(dlg,self.GSASprojectfile)
2610                self.dirname = dlg.GetDirectory()
2611            finally:
2612                dlg.Destroy()
2613        else:
2614            self.GSASprojectfile = os.path.splitext(filename)[0]+'.gpx'
2615            self.dirname = os.path.split(filename)[0]
2616
2617        G2IO.ProjFileOpen(self)
2618        self.PatternTree.SetItemText(self.root,'Loaded Data: '+self.GSASprojectfile)
2619        self.PatternTree.Expand(self.root)
2620        self.HKL = []
2621        item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
2622        while item and not Id:
2623            name = self.PatternTree.GetItemText(item)
2624            if name[:4] in ['PWDR','HKLF','IMG ','PDF ']:
2625                Id = item
2626            elif name == 'Controls':
2627                data = self.PatternTree.GetItemPyData(item)
2628                if data:
2629                    for item in self.Refine: item.Enable(True)
2630                    for item in self.SeqRefine: item.Enable(True)
2631            item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)
2632        if Id:
2633            self.PatternTree.SelectItem(Id)
2634        self.CheckNotebook()
2635        os.chdir(self.dirname)           # to get Mac/Linux to change directory!
2636
2637    def OnFileClose(self, event):
2638        '''Clears the data tree in response to the
2639        File/New Project menu button. User is given option to save
2640        the project.
2641        '''
2642        if self.dataFrame:
2643            self.dataFrame.Clear()
2644            self.dataFrame.SetLabel('GSAS-II data display') 
2645        dlg = wx.MessageDialog(self, 'Save current project?', ' ', wx.YES | wx.NO | wx.CANCEL)
2646        try:
2647            result = dlg.ShowModal()
2648            if result == wx.ID_OK:
2649                self.OnFileSaveMenu(event)
2650            if result != wx.ID_CANCEL:
2651                self.GSASprojectfile = ''
2652                self.PatternTree.SetItemText(self.root,'Loaded Data: ')
2653                self.PatternTree.DeleteChildren(self.root)
2654                if self.HKL: self.HKL = []
2655                if self.G2plotNB.plotList:
2656                    self.G2plotNB.clear()
2657        finally:
2658            dlg.Destroy()
2659
2660    def OnFileSave(self, event):
2661        '''Save the current project in response to the
2662        File/Save Project menu button
2663        '''
2664       
2665        if self.GSASprojectfile: 
2666            self.PatternTree.SetItemText(self.root,'Loaded Data: '+self.GSASprojectfile)
2667            G2IO.ProjFileSave(self)
2668        else:
2669            self.OnFileSaveas(event)
2670
2671    def OnFileSaveas(self, event):
2672        '''Save the current project in response to the
2673        File/Save as menu button
2674        '''
2675        dlg = wx.FileDialog(self, 'Choose GSAS-II project file name', '.', '', 
2676            'GSAS-II project file (*.gpx)|*.gpx',wx.FD_SAVE|wx.FD_OVERWRITE_PROMPT|wx.CHANGE_DIR)
2677        try:
2678            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
2679                self.GSASprojectfile = dlg.GetPath()
2680                self.GSASprojectfile = G2IO.FileDlgFixExt(dlg,self.GSASprojectfile)
2681                self.PatternTree.SetItemText(self.root,'Saving project as'+self.GSASprojectfile)
2682                self.SetTitle("GSAS-II data tree: "+os.path.split(self.GSASprojectfile)[1])
2683                G2IO.ProjFileSave(self)
2684                os.chdir(dlg.GetDirectory())           # to get Mac/Linux to change directory!
2685        finally:
2686            dlg.Destroy()
2687
2688    def ExitMain(self, event):
2689        '''Called if the main window is closed'''
2690        if self.undofile:
2691            os.remove(self.undofile)
2692        sys.exit()
2693       
2694    def OnFileExit(self, event):
2695        '''Called in response to the File/Quit menu button'''
2696        if self.dataFrame:
2697            self.dataFrame.Clear() 
2698            self.dataFrame.Destroy()
2699        self.Close()
2700       
2701    def OnExportPatterns(self,event):
2702        names = ['All']
2703        exports = []
2704        item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
2705        while item:
2706            name = self.PatternTree.GetItemText(item)
2707            if 'PWDR' in name:
2708                names.append(name)
2709            item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)
2710        if names:
2711            dlg = wx.MultiChoiceDialog(self,'Select','Powder patterns to export',names)
2712            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
2713                sel = dlg.GetSelections()
2714                if sel[0] == 0:
2715                    exports = names[1:]
2716                else:
2717                    for x in sel:
2718                        exports.append(names[x])
2719            dlg.Destroy()
2720        if exports:
2721            dlg = wx.FileDialog(self, 'Choose output powder file name', '.', '', 
2722                'GSAS fxye file (*.fxye)|*.fxye|xye file (*.xye)|*.xye',
2723                wx.FD_SAVE|wx.FD_OVERWRITE_PROMPT|wx.CHANGE_DIR)
2724            try:
2725                if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
2726                    powderfile = dlg.GetPath()
2727                    powderfile = G2IO.FileDlgFixExt(dlg,powderfile)
2728                    if 'fxye' in powderfile:
2729                        G2IO.powderFxyeSave(self,exports,powderfile)
2730                    else:       #just xye
2731                        G2IO.powderXyeSave(self,exports,powderfile)
2732            finally:
2733                dlg.Destroy()
2734       
2735    def OnExportPeakList(self,event):
2736        dlg = wx.FileDialog(self, 'Choose output peak list file name', '.', '', 
2737            '(*.*)|*.*',wx.FD_SAVE|wx.FD_OVERWRITE_PROMPT|wx.CHANGE_DIR)
2738        try:
2739            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
2740                self.peaklistfile = dlg.GetPath()
2741                self.peaklistfile = G2IO.FileDlgFixExt(dlg,self.peaklistfile)
2742                file = open(self.peaklistfile,'w')               
2743                item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
2744                while item:
2745                    name = self.PatternTree.GetItemText(item)
2746                    if 'PWDR' in name:
2747                        item2, cookie2 = self.PatternTree.GetFirstChild(item)
2748                        while item2:
2749                            name2 = self.PatternTree.GetItemText(item2)
2750                            if name2 == 'Peak List':
2751                                peaks = self.PatternTree.GetItemPyData(item2)
2752                                file.write("%s \n" % (name+' Peak List'))               
2753                                for peak in peaks:
2754                                    file.write("%10.5f %12.2f %10.3f %10.3f \n" % \
2755                                        (peak[0],peak[2],peak[4],peak[6]))
2756                            item2, cookie2 = self.PatternTree.GetNextChild(item, cookie2)                           
2757                    item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)                           
2758                file.close()
2759        finally:
2760            dlg.Destroy()
2761       
2762    def OnExportHKL(self,event):
2763        dlg = wx.FileDialog(self, 'Choose output reflection list file name', '.', '', 
2764            '(*.*)|*.*',wx.FD_SAVE|wx.FD_OVERWRITE_PROMPT|wx.CHANGE_DIR)
2765        try:
2766            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
2767                self.peaklistfile = dlg.GetPath()
2768                self.peaklistfile = G2IO.FileDlgFixExt(dlg,self.peaklistfile)
2769                file = open(self.peaklistfile,'w')               
2770                item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
2771                while item:
2772                    name = self.PatternTree.GetItemText(item)
2773                    if 'PWDR' in name:
2774                        item2, cookie2 = self.PatternTree.GetFirstChild(item)
2775                        while item2:
2776                            name2 = self.PatternTree.GetItemText(item2)
2777                            if name2 == 'Reflection Lists':
2778                                data = self.PatternTree.GetItemPyData(item2)
2779                                phases = data.keys()
2780                                for phase in phases:
2781                                    peaks = data[phase]
2782                                    file.write("%s %s %s \n" % (name,phase,' Reflection List'))
2783                                    file.write('%s \n'%(' h  k  l  m  d-space 2-theta wid F**2'))               
2784                                    for peak in peaks:
2785                                        FWHM = G2pwd.getgamFW(peak[7],peak[6])/50.      #to get delta-2-theta in deg.
2786                                        file.write(" %3d %3d %3d %3d %10.5f %10.5f %10.5f %10.3f \n" % \
2787                                            (int(peak[0]),int(peak[1]),int(peak[2]),int(peak[3]),peak[4],peak[5],FWHM,peak[8]))
2788                            item2, cookie2 = self.PatternTree.GetNextChild(item, cookie2)                           
2789                    item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)                           
2790                file.close()
2791        finally:
2792            dlg.Destroy()
2793       
2794    def OnExportPDF(self,event):
2795        #need S(Q) and G(R) to be saved here - probably best from selection?
2796        names = ['All']
2797        exports = []
2798        item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
2799        while item:
2800            name = self.PatternTree.GetItemText(item)
2801            if 'PDF' in name:
2802                names.append(name)
2803            item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)
2804        if names:
2805            dlg = wx.MultiChoiceDialog(self,'Select','PDF patterns to export',names)
2806            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
2807                sel = dlg.GetSelections()
2808                if sel[0] == 0:
2809                    exports = names[1:]
2810                else:
2811                    for x in sel:
2812                        exports.append(names[x])
2813            dlg.Destroy()
2814        if exports:
2815            G2IO.PDFSave(self,exports)
2816       
2817    def OnMakePDFs(self,event):
2818        '''Calculates PDFs
2819        '''
2820        tth2q = lambda t,w:4.0*math.pi*sind(t/2.0)/w
2821        TextList = ['All PWDR']
2822        PDFlist = []
2823        Names = []
2824        if self.PatternTree.GetCount():
2825            id, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
2826            while id:
2827                name = self.PatternTree.GetItemText(id)
2828                Names.append(name)
2829                if 'PWDR' in name:
2830                    TextList.append(name)
2831                id, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)
2832            if len(TextList) == 1:
2833                self.ErrorDialog('Nothing to make PDFs for','There must be at least one "PWDR" pattern')
2834                return
2835            dlg = wx.MultiChoiceDialog(self,'Make PDF controls','Make PDF controls for:',TextList, wx.CHOICEDLG_STYLE)
2836            try:
2837                if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
2838                    result = dlg.GetSelections()
2839                    for i in result: PDFlist.append(TextList[i])
2840                    if 0 in result:
2841                        PDFlist = [item for item in TextList if item[:4] == 'PWDR']                       
2842                    for item in PDFlist:
2843                        PWDRname = item[4:]
2844                        Id = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text='PDF '+PWDRname)
2845                        Data = {
2846                            'Sample':{'Name':item,'Mult':1.0,'Add':0.0},
2847                            'Sample Bkg.':{'Name':'','Mult':-1.0,'Add':0.0},
2848                            'Container':{'Name':'','Mult':-1.0,'Add':0.0},
2849                            'Container Bkg.':{'Name':'','Mult':-1.0,'Add':0.0},'ElList':{},
2850                            'Geometry':'Cylinder','Diam':1.0,'Pack':0.50,'Form Vol':10.0,
2851                            'DetType':'Image plate','ObliqCoeff':0.2,'Ruland':0.025,'QScaleLim':[0,100],
2852                            'Lorch':True,}
2853                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='PDF Controls'),Data)
2854                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='I(Q)'+PWDRname),[])       
2855                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='S(Q)'+PWDRname),[])       
2856                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='F(Q)'+PWDRname),[])       
2857                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='G(R)'+PWDRname),[])       
2858                for item in self.ExportPDF: item.Enable(True)
2859            finally:
2860                dlg.Destroy()
2861               
2862    def GetPWDRdatafromTree(self,PWDRname):
2863        ''' Returns powder data from GSASII tree
2864
2865        :param str PWDRname: a powder histogram name as obtained from
2866          :meth:`GSASIIstruct.GetHistogramNames`
2867
2868        :returns: PWDRdata = powder data dictionary with
2869          Powder data arrays, Limits, Instrument Parameters,
2870          Sample Parameters           
2871        '''
2872        PWDRdata = {}
2873        try:
2874            PWDRdata.update(self.PatternTree.GetItemPyData(PWDRname)[0])            #wtFactor + ?
2875        except ValueError:
2876            PWDRdata['wtFactor'] = 1.0
2877        PWDRdata['Data'] = self.PatternTree.GetItemPyData(PWDRname)[1]          #powder data arrays
2878        PWDRdata['Limits'] = self.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(self,PWDRname,'Limits'))
2879        PWDRdata['Background'] = self.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(self,PWDRname,'Background'))
2880        PWDRdata['Instrument Parameters'] = self.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(self,PWDRname,'Instrument Parameters'))
2881        PWDRdata['Sample Parameters'] = self.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(self,PWDRname,'Sample Parameters'))
2882        PWDRdata['Reflection Lists'] = self.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(self,PWDRname,'Reflection Lists'))
2883        if 'ranId' not in PWDRdata:  # patch, add a random Id
2884            PWDRdata['ranId'] = ran.randint(0,sys.maxint)
2885        if 'ranId' not in PWDRdata['Sample Parameters']:  # I hope this becomes obsolete at some point
2886            PWDRdata['Sample Parameters']['ranId'] = PWDRdata['ranId']
2887        return PWDRdata
2888
2889    def GetHKLFdatafromTree(self,HKLFname):
2890        ''' Returns single crystal data from GSASII tree
2891
2892        :param str HKLFname: a single crystal histogram name as obtained
2893          from
2894          :meth:`GSASIIstruct.GetHistogramNames`
2895
2896        :returns: HKLFdata = single crystal data list of reflections
2897
2898        '''
2899        HKLFdata = {}
2900        HKLFdata.update(self.PatternTree.GetItemPyData(HKLFname)[0])            #wtFactor + ?
2901#        try:
2902#            HKLFdata.update(self.PatternTree.GetItemPyData(HKLFname)[0])            #wtFactor + ?
2903#        except ValueError:
2904#            HKLFdata['wtFactor'] = 1.0
2905        HKLFdata['Data'] = self.PatternTree.GetItemPyData(HKLFname)[1]
2906        HKLFdata['Instrument Parameters'] = self.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(self,HKLFname,'Instrument Parameters'))
2907        return HKLFdata
2908       
2909    def GetPhaseData(self):
2910        '''Returns a dict with defined phases.
2911        Note routine :func:`GSASIIstrIO.GetPhaseData` also exists to
2912        get same info from GPX file.
2913        '''
2914        phaseData = {}
2915        if G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases'):
2916            sub = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases')
2917        else:
2918            print 'no phases found in GetPhaseData'
2919            sub = None
2920        if sub:
2921            item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(sub)
2922            while item:
2923                phaseName = self.PatternTree.GetItemText(item)
2924                phaseData[phaseName] =  self.PatternTree.GetItemPyData(item)
2925                if 'ranId' not in phaseData[phaseName]:
2926                    phaseData[phaseName]['ranId'] = ran.randint(0,sys.maxint)         
2927                item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(sub, cookie)
2928        return phaseData
2929
2930    def GetPhaseInfofromTree(self):
2931        '''Get the phase names and their rId values,
2932        also the histograms used in each phase.
2933
2934        :returns: (phaseRIdList, usedHistograms) where
2935
2936          * phaseRIdList is a list of random Id values for each phase
2937          * usedHistograms is a dict where the keys are the phase names
2938            and the values for each key are a list of the histogram names
2939            used in each phase.
2940        '''
2941        phaseRIdList = []
2942        usedHistograms = {}
2943        sub = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases')
2944        if sub:
2945            item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(sub)
2946            while item:
2947                phaseName = self.PatternTree.GetItemText(item)
2948                ranId = self.PatternTree.GetItemPyData(item).get('ranId')
2949                if ranId: phaseRIdList.append(ranId)
2950                data = self.PatternTree.GetItemPyData(item)
2951                UseList = data['Histograms']
2952                usedHistograms[phaseName] = UseList.keys()
2953                item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(sub, cookie)
2954        return phaseRIdList,usedHistograms
2955
2956    def GetPhaseNames(self):
2957        '''Returns a list of defined phases.
2958        Note routine :func:`GSASIIstrIO.GetPhaseNames` also exists to
2959        get same info from GPX file.
2960        '''
2961        phaseNames = []
2962        if G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases'):
2963            sub = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases')
2964        else:
2965            print 'no phases found in GetPhaseNames'
2966            sub = None
2967        if sub:
2968            item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(sub)
2969            while item:
2970                phase = self.PatternTree.GetItemText(item)
2971                phaseNames.append(phase)
2972                item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(sub, cookie)
2973        return phaseNames
2974   
2975    def GetHistogramNames(self,hType):
2976        """ Returns a list of histogram names found in the GSASII data tree
2977        Note routine :func:`GSASIIstrIO.GetHistogramNames` also exists to
2978        get same info from GPX file.
2979       
2980        :param str hType: list of histogram types
2981        :return: list of histogram names
2982       
2983        """
2984        HistogramNames = []
2985        if self.PatternTree.GetCount():
2986            item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
2987            while item:
2988                name = self.PatternTree.GetItemText(item)
2989                if name[:4] in hType:
2990                    HistogramNames.append(name)       
2991                item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)               
2992
2993        return HistogramNames
2994
2995                   
2996    def GetUsedHistogramsAndPhasesfromTree(self):
2997        ''' Returns all histograms that are found in any phase
2998        and any phase that uses a histogram.
2999        This also assigns numbers to used phases and histograms by the
3000        order they appear in the file.
3001        Note routine :func:`GSASIIstrIO.GetUsedHistogramsAndPhasesfromTree` also exists to
3002        get same info from GPX file.
3003
3004        :returns: (Histograms,Phases)
3005
3006            * Histograms = dictionary of histograms as {name:data,...}
3007            * Phases = dictionary of phases that use histograms
3008        '''
3009        Histograms = {}
3010        Phases = {}
3011        phaseNames = self.GetPhaseNames()
3012        phaseData = self.GetPhaseData()
3013        histoList = self.GetHistogramNames(['PWDR','HKLF'])
3014
3015        for phase in phaseData:
3016            Phase = phaseData[phase]
3017            pId = phaseNames.index(phase)
3018            Phase['pId'] = pId
3019            if Phase['Histograms']:
3020                if phase not in Phases:
3021                    Phases[phase] = Phase
3022                for hist in Phase['Histograms']:
3023                    if 'Use' not in Phase['Histograms'][hist]:      #patch: add Use flag as True
3024                        Phase['Histograms'][hist]['Use'] = True         
3025                    if hist not in Histograms and Phase['Histograms'][hist]['Use']:
3026                        item = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,hist)
3027                        if item:
3028                            if 'PWDR' in hist[:4]: 
3029                                Histograms[hist] = self.GetPWDRdatafromTree(item)
3030                            elif 'HKLF' in hist[:4]:
3031                                Histograms[hist] = self.GetHKLFdatafromTree(item)
3032                            hId = histoList.index(hist)
3033                            Histograms[hist]['hId'] = hId
3034                        else: # would happen if a referenced histogram were renamed or deleted
3035                            print('For phase "'+str(phase)+
3036                                  '" unresolved reference to histogram "'+str(hist)+'"')
3037        #G2obj.IndexAllIds(Histograms=Histograms,Phases=Phases)
3038        G2obj.IndexAllIds(Histograms=Histograms,Phases=phaseData)
3039        return Histograms,Phases
3040       
3041    def MakeLSParmDict(self):
3042        '''Load all parameters used for computation from the tree into a
3043        dict of paired values [value, refine flag]. Note that this is
3044        different than the parmDict used in the refinement, which only has
3045        values.
3046
3047        Note that similar things are done in
3048        :meth:`GSASIIIO.ExportBaseclass.loadParmDict` (from the tree) and
3049        :func:`GSASIIstrMain.Refine` and :func:`GSASIIstrMain.SeqRefine` (from
3050        a GPX file).
3051
3052        :returns: (parmDict,varyList) where:
3053
3054         * parmDict is a dict with values and refinement flags
3055           for each parameter and
3056         * varyList is a list of variables (refined parameters).
3057        '''
3058        parmDict = {}
3059        Histograms,Phases = self.GetUsedHistogramsAndPhasesfromTree()
3060        for phase in Phases:
3061            if 'pId' not in Phases[phase]:
3062                self.ErrorDialog('View parameter error','You must run least squares at least once')
3063                raise Exception,'No pId for phase '+str(phase)
3064        rigidbodyDict = self.PatternTree.GetItemPyData(   
3065            G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Rigid bodies'))
3066        rbVary,rbDict = G2stIO.GetRigidBodyModels(rigidbodyDict,Print=False)
3067        rbIds = rigidbodyDict.get('RBIds',{'Vector':[],'Residue':[]})
3068        Natoms,atomIndx,phaseVary,phaseDict,pawleyLookup,FFtable,BLtable = G2stIO.GetPhaseData(Phases,RestraintDict=None,rbIds=rbIds,Print=False)       
3069        hapVary,hapDict,controlDict = G2stIO.GetHistogramPhaseData(Phases,Histograms,Print=False)
3070        histVary,histDict,controlDict = G2stIO.GetHistogramData(Histograms,Print=False)
3071        varyList = rbVary+phaseVary+hapVary+histVary
3072        parmDict.update(rbDict)
3073        parmDict.update(phaseDict)
3074        parmDict.update(hapDict)
3075        parmDict.update(histDict)
3076        for parm in parmDict:
3077            if parm.split(':')[-1] in ['Azimuth','Gonio. radius','Lam1','Lam2',
3078                'Omega','Chi','Phi','nDebye','nPeaks']:
3079                parmDict[parm] = [parmDict[parm],'-']
3080            elif parm.split(':')[-2] in ['Ax','Ay','Az','SHmodel','SHord']:
3081                parmDict[parm] = [parmDict[parm],'-']
3082            elif parm in varyList:
3083                parmDict[parm] = [parmDict[parm],'T']
3084            else:
3085                parmDict[parm] = [parmDict[parm],'F']
3086        # for i in parmDict: print i,'\t',parmDict[i]
3087        # fl = open('parmDict.dat','wb')
3088        # import cPickle
3089        # cPickle.dump(parmDict,fl,1)
3090        # fl.close()
3091        return parmDict,varyList
3092
3093    def ShowLSParms(self,event):
3094        '''Displays a window showing all parameters in the refinement.
3095        Called from the Calculate/View LS Parms menu.
3096        '''
3097        parmDict,varyList = self.MakeLSParmDict()
3098        parmValDict = {}
3099        for i in parmDict:
3100            parmValDict[i] = parmDict[i][0]
3101           
3102        reqVaryList = tuple(varyList) # save requested variables
3103        try:
3104            # process constraints
3105            sub = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Constraints') 
3106            Constraints = self.PatternTree.GetItemPyData(sub)
3107            constList = []
3108            for item in Constraints:
3109                if item.startswith('_'): continue
3110                constList += Constraints[item]
3111            G2mv.InitVars()
3112            constrDict,fixedList,ignored = G2stIO.ProcessConstraints(constList)
3113            groups,parmlist = G2mv.GroupConstraints(constrDict)
3114            G2mv.GenerateConstraints(groups,parmlist,varyList,constrDict,fixedList)
3115            G2mv.Map2Dict(parmValDict,varyList)
3116        except:
3117            pass
3118        dlg = G2gd.ShowLSParms(self,'Least Squares Parameters',parmValDict,varyList,reqVaryList)
3119        dlg.ShowModal()
3120        dlg.Destroy()
3121       
3122    def OnRefine(self,event):
3123        '''Perform a refinement.
3124        Called from the Calculate/Refine menu.
3125        '''       
3126        self.OnFileSave(event)
3127        # check that constraints are OK here
3128        errmsg, warnmsg = G2stIO.CheckConstraints(self.GSASprojectfile)
3129        if errmsg:
3130            print('Error in constraints:\n'+errmsg+
3131                  '\nRefinement not possible')
3132            self.ErrorDialog('Constraint Error',
3133                             'Error in constraints:\n'+errmsg+
3134                             '\nRefinement not possible')
3135            return
3136        if warnmsg:
3137            print('Conflict between refinment flag settings and constraints:\n'+
3138                  warnmsg+'\nRefinement not possible')
3139            self.ErrorDialog('Refinement Flag Error',
3140                             'Conflict between refinment flag settings and constraints:\n'+
3141                             warnmsg+
3142                             '\nRefinement not possible')
3143            return
3144        #works - but it'd be better if it could restore plots
3145        dlg = wx.ProgressDialog('Residual','All data Rw =',101.0, 
3146            style = wx.PD_ELAPSED_TIME|wx.PD_AUTO_HIDE|wx.PD_CAN_ABORT)
3147        screenSize = wx.ClientDisplayRect()
3148        Size = dlg.GetSize()
3149        Size = (int(Size[0]*1.2),Size[1]) # increase size a bit along x
3150        dlg.SetPosition(wx.Point(screenSize[2]-Size[0]-305,screenSize[1]+5))
3151        dlg.SetSize(Size)
3152        Rw = 100.00
3153        try:
3154            Rw = G2stMn.Refine(self.GSASprojectfile,dlg)
3155        finally:
3156            dlg.Destroy()
3157        oldId =  self.PatternTree.GetSelection()
3158        oldName = self.PatternTree.GetItemText(oldId)
3159        parentId = self.PatternTree.GetItemParent(oldId)
3160        parentName = ''
3161        if parentId:
3162            parentName = self.PatternTree.GetItemText(parentId)
3163        dlg = wx.MessageDialog(self,'Load new result?','Refinement results, Rw =%.3f'%(Rw),wx.OK|wx.CANCEL)
3164        try:
3165            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
3166                Id = 0
3167                self.PatternTree.DeleteChildren(self.root)
3168                if self.HKL: self.HKL = []
3169                if self.G2plotNB.plotList:
3170                    self.G2plotNB.clear()
3171                G2IO.ProjFileOpen(self)
3172                item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
3173                while item and not Id:
3174                    name = self.PatternTree.GetItemText(item)
3175                    if name[:4] in ['PWDR','HKLF']:
3176                        Id = item
3177                    item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)               
3178                if parentName:
3179                    parentId = G2gd.GetPatternTreeItemId(self, self.root, parentName)
3180                    if parentId:
3181                        itemId = G2gd.GetPatternTreeItemId(self, parentId, oldName)
3182                    else:
3183                        itemId = G2gd.GetPatternTreeItemId(self, self.root, oldName)
3184                    self.PatternTree.SelectItem(itemId)
3185                elif Id:
3186                    self.PatternTree.SelectItem(Id)
3187        finally:
3188            dlg.Destroy()
3189
3190    def OnSeqRefine(self,event):
3191        '''Perform a sequential refinement.
3192        Called from the Calculate/Sequential refine menu.
3193        '''       
3194        Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Sequential results')
3195        if not Id:
3196            Id = self.PatternTree.AppendItem(self.root,text='Sequential results')
3197            self.PatternTree.SetItemPyData(Id,{})           
3198        self.OnFileSave(event)
3199        # check that constraints are OK here
3200        errmsg, warnmsg = G2stIO.CheckConstraints(self.GSASprojectfile)
3201        if errmsg:
3202            print('Error in constraints:\n'+errmsg+
3203                  '\nRefinement not possible')
3204            self.ErrorDialog('Constraint Error',
3205                             'Error in constraints:\n'+errmsg+
3206                             '\nRefinement not possible')
3207            return
3208        if warnmsg:
3209            print('Conflict between refinment flag settings and constraints:\n'+
3210                  warnmsg+'\nRefinement not possible')
3211            self.ErrorDialog('Refinement Flag Error',
3212                             'Conflict between refinment flag settings and constraints:\n'+
3213                             warnmsg+'\nRefinement not possible')
3214            return
3215        dlg = wx.ProgressDialog('Residual for histogram 0','Powder profile Rwp =',101.0, 
3216            style = wx.PD_ELAPSED_TIME|wx.PD_AUTO_HIDE|wx.PD_CAN_ABORT)
3217        screenSize = wx.ClientDisplayRect()
3218        Size = dlg.GetSize()
3219        Size = (int(Size[0]*1.2),Size[1]) # increase size a bit along x
3220        dlg.SetPosition(wx.Point(screenSize[2]-Size[0]-305,screenSize[1]+5))
3221        dlg.SetSize(Size)
3222        try:
3223            G2stMn.SeqRefine(self.GSASprojectfile,dlg)
3224        finally:
3225            dlg.Destroy()       
3226        dlg = wx.MessageDialog(self,'Load new result?','Refinement results',wx.OK|wx.CANCEL)
3227        try:
3228            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
3229                Id = 0
3230                self.PatternTree.DeleteChildren(self.root)
3231                if self.HKL: self.HKL = []
3232                if self.G2plotNB.plotList:
3233                    self.G2plotNB.clear()
3234                G2IO.ProjFileOpen(self)
3235                item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
3236                while item and not Id:
3237                    name = self.PatternTree.GetItemText(item)
3238                    if name[:4] in ['PWDR','HKLF']:
3239                        Id = item
3240                    item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)               
3241                if Id:
3242                    self.PatternTree.SelectItem(Id)
3243        finally:
3244            dlg.Destroy()
3245       
3246    def ErrorDialog(self,title,message,parent=None, wtype=wx.OK):
3247        'Display an error message'
3248        result = None
3249        if parent is None:
3250            dlg = wx.MessageDialog(self, message, title,  wtype)
3251        else:
3252            dlg = wx.MessageDialog(parent, message, title,  wtype)
3253            dlg.CenterOnParent() # not working on Mac
3254        try:
3255            result = dlg.ShowModal()
3256        finally:
3257            dlg.Destroy()
3258        return result
3259
3260class GSASIImain(wx.App):
3261    '''Defines a wxApp for GSAS-II
3262
3263    Creates a wx frame (self.main) which contains the display of the
3264    data tree.
3265    '''
3266    def OnInit(self):
3267        '''Called automatically when the app is created.'''
3268        self.main = GSASII(None)
3269        self.main.Show()
3270        self.SetTopWindow(self.main)
3271        return True
3272    def MacOpenFile(self, filename):
3273        '''Called on Mac every time a file is dropped on the app when it is running,
3274        treat this like a File/Open project menu action.
3275        Should be ignored on other platforms
3276        '''
3277        self.main.OnFileOpen(None,filename)
3278
3279def main():
3280    '''Start up the GSAS-II application'''
3281    #application = GSASIImain() # don't redirect output, someday we
3282    # may want to do this if we can
3283    application = GSASIImain(0)
3284    if wxInspector:
3285        import wx.lib.inspection as wxeye
3286        wxeye.InspectionTool().Show()
3287
3288    #application.main.OnRefine(None)
3289    application.MainLoop()
3290   
3291if __name__ == '__main__':
3292    main() # start the GUI
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.