source: trunk/GSASII.py @ 1199

Last change on this file since 1199 was 1199, checked in by vondreele, 8 years ago

1st import of small angle data, create SASD data from image.
Work on proper plotting of SASD data
work on image GUI stuff for small angle data

  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Date Author Revision URL Id
File size: 152.7 KB
Line 
1#!/usr/bin/env python
2# -*- coding: utf-8 -*-
3#GSASII
4########### SVN repository information ###################
5# $Date: 2014-01-16 21:55:36 +0000 (Thu, 16 Jan 2014) $
6# $Author: vondreele $
7# $Revision: 1199 $
8# $URL: trunk/GSASII.py $
9# $Id: GSASII.py 1199 2014-01-16 21:55:36Z vondreele $
10########### SVN repository information ###################
11'''
12*GSAS-II Main Module*
13=====================
14
15Main routines for the GSAS-II program
16'''
17
18import os
19import sys
20import math
21import copy
22import random as ran
23import time
24import copy
25import glob
26import imp
27import inspect
28import numpy as np
29import scipy as sp
30import wx
31import matplotlib as mpl
32try:
33    import OpenGL as ogl
34except ImportError:
35    print('*******************************************************')
36    print('PyOpenGL is missing from your python installation')
37    print('     - we will try to install it')
38    print('*******************************************************')
39    def install_with_easyinstall(package):
40        try: 
41            print "trying a system-wide PyOpenGl install"
42            easy_install.main(['-f',os.path.split(__file__)[0],package])
43            return
44        except:
45            pass
46        try: 
47            print "trying a user level PyOpenGl install"
48            easy_install.main(['-f',os.path.split(__file__)[0],'--user',package])
49            return
50        except:
51            print "Install of '+package+' failed. Please report this information:"
52            import traceback
53            print traceback.format_exc()
54            sys.exit()
55    from setuptools.command import easy_install
56    install_with_easyinstall('PyOpenGl')
57    print('*******************************************************')         
58    print('OpenGL has been installed. Please restart GSAS-II')
59    print('*******************************************************')         
60    sys.exit()
61
62# load the GSAS routines
63import GSASIIpath
64GSASIIpath.SetVersionNumber("$Revision: 1199 $")
65import GSASIIIO as G2IO
66import GSASIIgrid as G2gd
67import GSASIIplot as G2plt
68import GSASIIpwd as G2pwd
69import GSASIIpwdGUI as G2pdG
70import GSASIIspc as G2spc
71import GSASIIstrMain as G2stMn
72import GSASIIstrIO as G2stIO
73import GSASIImapvars as G2mv
74import GSASIIobj as G2obj
75import GSASIIlattice as G2lat
76
77#wx inspector - use as needed
78wxInspector = False
79
80# print versions
81print "Python module versions loaded:"
82print "python:     ",sys.version[:5]
83print "wxpython:   ",wx.__version__
84print "matplotlib: ",mpl.__version__
85print "numpy:      ",np.__version__
86print "scipy:      ",sp.__version__
87print "OpenGL:     ",ogl.__version__
88try:
89    import mkl
90    print "Max threads ",mkl.get_max_threads()
91except:
92    pass
93#    print "MKL module not present"
94__version__ = '0.2.0'
95G2gd.__version__ = __version__
96print "This is GSAS-II version:     ",__version__,' revision '+str(GSASIIpath.GetVersionNumber())
97
98# useful degree trig functions
99sind = lambda x: math.sin(x*math.pi/180.)
100cosd = lambda x: math.cos(x*math.pi/180.)
101tand = lambda x: math.tan(x*math.pi/180.)
102asind = lambda x: 180.*math.asin(x)/math.pi
103acosd = lambda x: 180.*math.acos(x)/math.pi
104atan2d = lambda x,y: 180.*math.atan2(y,x)/math.pi
105
106def create(parent):
107    return GSASII(parent)
108
109class GSASII(wx.Frame):
110    '''Define the main GSAS-II frame and its associated menu items
111    '''
112    def _Add_FileMenuItems(self, parent):
113        item = parent.Append(
114            help='Open a GSAS-II project file (*.gpx)', id=wx.ID_ANY,
115            kind=wx.ITEM_NORMAL,text='&Open project...')
116        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnFileOpen, id=item.GetId())
117        item = parent.Append(
118            help='Save project under current name', id=wx.ID_ANY,
119            kind=wx.ITEM_NORMAL,text='&Save project')
120        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnFileSave, id=item.GetId())
121        item = parent.Append(
122            help='Save current project to new file', id=wx.ID_ANY,
123            kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Save project as...')
124        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnFileSaveas, id=item.GetId())
125        item = parent.Append(
126            help='Create empty new project, saving current is optional', id=wx.ID_ANY,
127            kind=wx.ITEM_NORMAL,text='&New project')
128        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnFileClose, id=item.GetId())
129        item = parent.Append(
130            help='Exit from GSAS-II', id=wx.ID_ANY,
131            kind=wx.ITEM_NORMAL,text='&Exit')
132        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnFileExit, id=item.GetId())
133       
134    def _Add_DataMenuItems(self,parent):
135        item = parent.Append(
136            help='',id=wx.ID_ANY,
137            kind=wx.ITEM_NORMAL,
138            text='Read image data...')
139        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnImageRead, id=item.GetId())
140        item = parent.Append(
141            help='',id=wx.ID_ANY,
142            kind=wx.ITEM_NORMAL,
143            text='Read Powder Pattern Peaks...')
144        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnReadPowderPeaks, id=item.GetId())
145        item = parent.Append(
146            help='',id=wx.ID_ANY,
147            kind=wx.ITEM_NORMAL,
148            text='Sum powder data')
149        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnPwdrSum, id=item.GetId())
150        item = parent.Append(
151            help='',id=wx.ID_ANY,
152            kind=wx.ITEM_NORMAL,
153            text='Sum image data')
154        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnImageSum, id=item.GetId())
155        item = parent.Append(
156            help='',id=wx.ID_ANY,
157            kind=wx.ITEM_NORMAL,
158            text='Add phase')
159        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnAddPhase, id=item.GetId())
160        item = parent.Append(
161            help='',id=wx.ID_ANY,
162            kind=wx.ITEM_NORMAL,
163            text='Delete phase')
164        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnDeletePhase, id=item.GetId())
165        item = parent.Append(
166            help='',id=wx.ID_ANY,
167            kind=wx.ITEM_NORMAL,
168            text='Rename data') 
169        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnRenameData, id=item.GetId())
170        item = parent.Append(
171            help='',id=wx.ID_ANY,
172            kind=wx.ITEM_NORMAL,
173            text='Delete data')
174        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnDataDelete, id=item.GetId())
175               
176    def _Add_CalculateMenuItems(self,parent):
177        item = parent.Append(help='Make new PDFs from selected powder patterns', 
178            id=wx.ID_ANY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Make new PDFs')
179        self.MakePDF.append(item)
180#        item.Enable(False)
181        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnMakePDFs, id=item.GetId())
182       
183        item = parent.Append(help='View least squares parameters', 
184            id=wx.ID_ANY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='&View LS parms')
185        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.ShowLSParms, id=item.GetId())
186       
187        item = parent.Append(help='', id=wx.ID_ANY, kind=wx.ITEM_NORMAL,
188            text='&Refine')
189        if len(self.Refine): # extend state for new menus to match main (on mac)
190            state = self.Refine[0].IsEnabled()
191        else:
192            state = False
193        item.Enable(state)
194        self.Refine.append(item)
195        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnRefine, id=item.GetId())
196       
197        item = parent.Append(help='', id=wx.ID_ANY, kind=wx.ITEM_NORMAL,
198            text='Sequential refine')
199        if len(self.SeqRefine): # extend state for new menus to match main (on mac)
200            state = self.SeqRefine[0].IsEnabled()
201        else:
202            state = False
203        item.Enable(state)
204        self.SeqRefine.append(item)
205        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnSeqRefine, id=item.GetId())
206       
207    def _init_Imports(self):
208        '''import all the G2phase*.py & G2sfact*.py & G2pwd*.py files that
209        are found in the path
210        '''
211
212        self.ImportPhaseReaderlist = []
213        self._init_Import_routines('phase',self.ImportPhaseReaderlist,'Phase')
214        self.ImportSfactReaderlist = []
215        self._init_Import_routines('sfact',self.ImportSfactReaderlist,'Struct_Factor')
216        self.ImportPowderReaderlist = []
217        self._init_Import_routines('pwd',self.ImportPowderReaderlist,'Powder_Data')
218        self.ImportSmallAngleReaderlist = []
219        self._init_Import_routines('sad',self.ImportSmallAngleReaderlist,'SmallAngle_Data')
220        self.ImportMenuId = {}
221
222    def _init_Import_routines(self,prefix,readerlist,errprefix):
223        '''import all the import readers matching the prefix
224        '''
225        #path2GSAS2 = os.path.dirname(os.path.realpath(__file__)) # location of this file
226        #pathlist = sys.path[:]
227        #if path2GSAS2 not in pathlist: pathlist.append(path2GSAS2)
228        #path2GSAS2 = os.path.join(
229        #    os.path.dirname(os.path.realpath(__file__)), # location of this file
230        #    'imports')
231        pathlist = sys.path[:]
232        #if path2GSAS2 not in pathlist: pathlist.append(path2GSAS2)
233
234        filelist = []
235        for path in pathlist:
236            for filename in glob.iglob(os.path.join(
237                path,
238                "G2"+prefix+"*.py")):
239                filelist.append(filename)   
240                #print 'debug: found',filename
241        filelist = sorted(list(set(filelist))) # remove duplicates
242        for filename in filelist:
243            path,rootname = os.path.split(filename)
244            pkg = os.path.splitext(rootname)[0]
245            try:
246                fp = None
247                fp, fppath,desc = imp.find_module(pkg,[path,])
248                pkg = imp.load_module(pkg,fp,fppath,desc)
249                for clss in inspect.getmembers(pkg): # find classes defined in package
250                    if clss[0].startswith('_'): continue
251                    if inspect.isclass(clss[1]):
252                        # check if we have the required methods
253                        for m in 'Reader','ExtensionValidator','ContentsValidator':
254                            if not hasattr(clss[1],m): break
255                            if not callable(getattr(clss[1],m)): break
256                        else:
257                            reader = clss[1]() # create an import instance
258                            readerlist.append(reader)
259            except AttributeError:
260                print 'Import_'+errprefix+': Attribute Error '+str(filename)
261                pass
262            except ImportError:
263                print 'Import_'+errprefix+': Error importing file '+str(filename)
264                pass
265            if fp: fp.close()
266
267    def OnImportGeneric(self,reader,readerlist,label,multiple=False,usedRanIdList=[]):
268        '''Used to import Phases, powder dataset or single
269        crystal datasets (structure factor tables) using reader objects
270        subclassed from :class:`GSASIIIO.ImportPhase`, :class:`GSASIIIO.ImportStructFactor`
271        or :class:`GSASIIIO.ImportPowderData`. If a reader is specified, only
272        that will be attempted, but if no reader is specified, every one
273        that is potentially compatible (by file extension) will
274        be tried on the selected file(s).
275
276        :param readerobject reader: This will be a reference to
277          a particular object to be used to read a file or None,
278          if every appropriate reader should be used.
279
280        :param list readerlist: a list of reader objects appropriate for
281          the current read attempt. At present, this will be either
282          self.ImportPhaseReaderlist, self.ImportSfactReaderlist or
283          self.ImportPowderReaderlist (defined in _init_Imports from
284          the files found in the path), but in theory this list could
285          be tailored. Used only when reader is None.
286
287        :param str label: string to place on the open file dialog:
288          Open `label` input file
289
290        :param bool multiple: True if multiple files can be selected
291          in the file dialog. False is default. At present True is used
292          only for reading of powder data.
293
294        :param list usedRanIdList: an optional list of random Ids that
295          have been used and should not be reused
296
297        :returns: a list of reader objects (rd_list) that were able
298          to read the specified file(s). This list may be empty.
299        '''
300        self.lastimport = ''
301        self.zipfile = None
302        singlereader = True
303        if reader is None:
304            singlereader = False
305            multiple = False
306            #print "use all formats"
307            choices = "any file (*.*)|*.*"
308            choices += "|zip archive (.zip)|*.zip"
309            extdict = {}
310            # compile a list of allowed extensions
311            for rd in readerlist:
312                fmt = rd.formatName
313                for extn in rd.extensionlist:
314                    if not extdict.get(extn): extdict[extn] = []
315                    extdict[extn] += [fmt,]
316            for extn in sorted(extdict.keys(),cmp=lambda x,y: cmp(x.lower(), y.lower())):
317                fmt = ''
318                for f in extdict[extn]:
319                    if fmt != "": fmt += ', '
320                    fmt += f
321                choices += "|" + fmt + " file (*" + extn + ")|*" + extn
322        else:
323            readerlist = [reader,]
324            # compile a list of allowed extensions
325            choices = reader.formatName + " file ("
326            w = ""
327            for extn in reader.extensionlist:
328                if w != "": w += ";"
329                w += "*" + extn
330            choices += w + ")|" + w
331            choices += "|zip archive (.zip)|*.zip"
332            if not reader.strictExtension:
333                choices += "|any file (*.*)|*.*"
334        # get the file(s)
335        if multiple:
336            mode = style=wx.OPEN | wx.CHANGE_DIR | wx.MULTIPLE
337        else:
338            mode = style=wx.OPEN | wx.CHANGE_DIR
339        dlg = wx.FileDialog(self, message="Choose "+label+" input file",
340            defaultFile="",wildcard=choices, style=mode)
341        try:
342            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
343                if multiple:
344                    filelist = dlg.GetPaths()
345                    if len(filelist) == 0: return []
346                else:
347                    filename = dlg.GetPath()
348                    filelist = [filename,]
349                os.chdir(dlg.GetDirectory())           # to get Mac/Linux to change directory!
350            else: # cancel was pressed
351                return []
352        finally:
353            dlg.Destroy()
354        rd_list = []
355        filelist1 = []
356        for filename in filelist:
357            # is this a zip file?
358            if os.path.splitext(filename)[1].lower() == '.zip':
359                extractedfiles = G2IO.ExtractFileFromZip(
360                    filename,parent=self,
361                    multipleselect=True)
362                if extractedfiles is None: continue # error or Cancel
363                if extractedfiles != filename:
364                    self.zipfile = filename # save zip name
365                    filelist1 += extractedfiles
366                    continue
367            filelist1.append(filename)
368        filelist = filelist1
369        for filename in filelist:
370            # is this a zip file?
371            if os.path.splitext(filename)[1].lower() == '.zip':
372                extractedfile = G2IO.ExtractFileFromZip(filename,parent=self)
373                if extractedfile is None: continue # error or Cancel
374                if extractedfile != filename:
375                    filename,self.zipfile = extractedfile,filename # now use the file that was created
376            # set what formats are compatible with this file
377            primaryReaders = []
378            secondaryReaders = []
379            for rd in readerlist:
380                flag = rd.ExtensionValidator(filename)
381                if flag is None: 
382                    secondaryReaders.append(rd)
383                elif flag:
384                    primaryReaders.append(rd)
385            if len(secondaryReaders) + len(primaryReaders) == 0:
386                self.ErrorDialog('No Format','No matching format for file '+filename)
387                return []
388
389            fp = None
390            msg = ''
391            try:
392                fp = open(filename,'Ur')
393                if len(filelist) == 1:
394                    # confirm we have the right file
395                    rdmsg = 'File '+str(filename)+' begins:\n\n'
396                    for i in range(3):
397                        rdmsg += fp.readline()
398                    rdmsg += '\n\nDo you want to read this file?'
399                    if not all([ord(c) < 128 and ord(c) != 0 for c in rdmsg]): # show only if ASCII
400                        rdmsg = 'File '+str(
401                            filename)+' is a binary file. Do you want to read this file?'
402                    result = wx.ID_NO
403                    # it would be better to use something that
404                    # would resize better, but this will do for now
405                    dlg = wx.MessageDialog(
406                        self, rdmsg,
407                        'Is this the file you want?', 
408                        wx.YES_NO | wx.ICON_QUESTION,
409                        )
410                    dlg.SetSize((700,300)) # does not resize on Mac
411                    try:
412                        result = dlg.ShowModal()
413                    finally:
414                        dlg.Destroy()
415                    if result == wx.ID_NO: return []
416                           
417                self.lastimport = filename
418                # try the file first with Readers that specify the
419                # file's extension and later with ones that merely allow it
420                errorReport = ''
421                for rd in primaryReaders+secondaryReaders:
422                    rd.ReInitialize() # purge anything from a previous read
423                    fp.seek(0)  # rewind
424                    rd.errors = "" # clear out any old errors
425                    if not rd.ContentsValidator(fp): # rejected on cursory check
426                        errorReport += "\n  "+rd.formatName + ' validator error'
427                        if rd.errors: 
428                            errorReport += ': '+rd.errors
429                        continue 
430                    repeat = True
431                    rdbuffer = {} # create temporary storage for file reader
432                    block = 0
433                    while repeat: # loop if the reader asks for another pass on the file
434                        block += 1
435                        repeat = False
436                        fp.seek(0)  # rewind
437                        rd.objname = os.path.basename(filename)
438                        flag = False
439                        try:
440                            flag = rd.Reader(filename,fp,self,
441                                             buffer=rdbuffer,
442                                             blocknum=block,
443                                             usedRanIdList=usedRanIdList,
444                                             )
445                        except rd.ImportException as detail:
446                            rd.errors += "\n  Read exception: "+str(detail)
447                        except Exception as detail:
448                            rd.errors += "\n  Unhandled read exception: "+str(detail)
449                            rd.errors += "\n  Traceback info:\n"+str(traceback.format_exc())
450                        if flag: # this read succeeded
451                            rd_list.append(copy.deepcopy(rd)) # save the result before it is written over
452                            if rd.repeat:
453                                repeat = True
454                            continue
455                        errorReport += '\n'+rd.formatName + ' read error'
456                        if rd.errors:
457                            errorReport += ': '+rd.errors
458                    if rd_list: # read succeeded, was there a warning or any errors?
459                        if rd.warnings:
460                            self.ErrorDialog('Read Warning','The '+ rd.formatName+
461                                             ' reader reported a warning message:\n\n'+
462                                             rd.warnings)
463                        break # success in reading, try no further
464                else:
465                    if singlereader:
466                        self.ErrorDialog('Read Error','The '+ rd.formatName+
467                                         ' reader was not able to read file '+filename+msg+
468                                         '\n\nError message(s):\n'+errorReport
469                                         )
470                    else:
471                        self.ErrorDialog('Read Error','No reader was able to read file '+filename+msg+
472                                         '\n\nError messages:\n'+errorReport
473                                         )
474            except:
475                import traceback
476                print traceback.format_exc()
477                self.ErrorDialog('Open Error','Unexpected error trying to open or read file '+filename)
478            if fp: fp.close()
479        return rd_list
480
481    def _Add_ImportMenu_Phase(self,parent):
482        '''configure the Import Phase menus accord to the readers found in _init_Imports
483        '''
484        submenu = wx.Menu()
485        item = parent.AppendMenu(wx.ID_ANY, 'Phase',
486            submenu, help='Import phase data')
487        for reader in self.ImportPhaseReaderlist:
488            item = submenu.Append(wx.ID_ANY,help=reader.longFormatName,
489                kind=wx.ITEM_NORMAL,text='from '+reader.formatName+' file')
490            self.ImportMenuId[item.GetId()] = reader
491            self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnImportPhase, id=item.GetId())
492        item = submenu.Append(wx.ID_ANY,
493                              help='Import phase data, use file to try to determine format',
494                              kind=wx.ITEM_NORMAL,
495                              text='guess format from file')
496        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnImportPhase, id=item.GetId())
497
498    def OnImportPhase(self,event):
499        '''Called in response to an Import/Phase/... menu item
500        to read phase information.
501        dict self.ImportMenuId is used to look up the specific
502        reader item associated with the menu item, which will be
503        None for the last menu item, which is the "guess" option
504        where all appropriate formats will be tried.
505        '''
506        # look up which format was requested
507        reqrdr = self.ImportMenuId.get(event.GetId())
508       
509        # make a list of phase names, ranId's and the histograms used in those phases
510        phaseRIdList,usedHistograms = self.GetPhaseInfofromTree()
511        phaseNameList = usedHistograms.keys() # phase names in use
512        usedHKLFhists = [] # used single-crystal histograms
513        for p in usedHistograms:
514            for h in usedHistograms[p]:
515                if h.startswith('HKLF ') and h not in usedHKLFhists:
516                    usedHKLFhists.append(h)
517        rdlist = self.OnImportGeneric(reqrdr,
518                                  self.ImportPhaseReaderlist,
519                                  'phase',usedRanIdList=phaseRIdList)
520        if len(rdlist) == 0: return
521        # for now rdlist is only expected to have one element
522        # but below will allow multiple phases to be imported
523        # if ever the import routines ever implement multiple phase reads.
524        self.CheckNotebook()
525        newPhaseList = []
526        for rd in rdlist:
527            dlg = wx.TextEntryDialog( # allow editing of phase name
528                self, 'Enter the name for the new phase',
529                'Edit phase name', rd.Phase['General']['Name'],
530                style=wx.OK)
531            dlg.CenterOnParent()
532            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
533                rd.Phase['General']['Name'] = dlg.GetValue()
534            dlg.Destroy()
535            # make new phase names unique
536            rd.Phase['General']['Name'] = G2obj.MakeUniqueLabel(rd.Phase['General']['Name'],phaseNameList)
537            PhaseName = rd.Phase['General']['Name']
538            newPhaseList.append(PhaseName)
539            print 'Read phase '+str(PhaseName)+' from file '+str(self.lastimport)
540            if not G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases'):
541                sub = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text='Phases')
542            else:
543                sub = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases')
544            psub = self.PatternTree.AppendItem(parent=sub,text=PhaseName)
545            self.PatternTree.SetItemPyData(psub,rd.Phase)
546            self.PatternTree.Expand(self.root) # make sure phases are seen
547            self.PatternTree.Expand(sub) 
548            self.PatternTree.Expand(psub)
549            self.PatternTree.SelectItem(psub) # show the page to complete the initialization (yuk!)
550            wx.Yield() # make sure call of GSASII.OnPatternTreeSelChanged happens before we go on
551
552            if rd.Constraints:
553                sub = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Constraints') # was created in CheckNotebook if needed
554                Constraints = self.PatternTree.GetItemPyData(sub)               
555                # TODO: make sure that NEWVAR names are unique here?
556                for i in rd.Constraints:
557                    if type(i) is dict:
558                        #for j in i: print j,' --> ',i[j]
559                        if '_Explain' not in Constraints: Constraints['_Explain'] = {}
560                        Constraints['_Explain'].update(i)
561                        continue
562                    Constraints['Phase'].append(i)
563        if not newPhaseList: return # somehow, no new phases
564        # get a list of existing histograms
565        PWDRlist = []
566        HKLFlist = []
567        if self.PatternTree.GetCount():
568            item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
569            while item:
570                name = self.PatternTree.GetItemText(item)
571                if name.startswith('PWDR ') and name not in PWDRlist:
572                    PWDRlist.append(name)
573                if name.startswith('HKLF ') and name not in HKLFlist:
574                    HKLFlist.append(name)
575                item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)
576        TextList = PWDRlist + HKLFlist
577        if not len(TextList): return # no data loaded yet
578        header = 'Select histogram(s) to add to new phase(s):'
579        for phaseName in newPhaseList:
580            header += '\n  '+str(phaseName)
581
582        notOK = True
583        while notOK:
584            result = G2gd.ItemSelector(TextList,self,header,header='Add histogram(s)',multiple=True)
585            if not result: return
586            # check that selected single crystal histograms are not already in use!
587            used = [TextList[i] for i in result if TextList[i] in usedHKLFhists]
588            #for i in result:
589            #    if TextList[i] in usedHKLFhists: used.append(TextList[i])
590            if used:
591                msg = 'The following single crystal histogram(s) are already in use'
592                for i in used:
593                    msg += '\n  '+str(i)
594                msg += '\nAre you sure you want to add them to this phase? '
595                msg += 'Associating a single crystal dataset to >1 histogram is usually an error, '
596                msg += 'so No is suggested here.'
597                if self.ErrorDialog('Likely error',msg,self,wtype=wx.YES_NO) == wx.ID_YES: notOK = False
598            else:
599                notOK = False
600        # connect new phases to histograms
601        sub = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases')
602        if not sub:
603            raise Exception('ERROR -- why are there no phases here?')
604        wx.BeginBusyCursor()
605        item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(sub)
606        while item: # loop over (new) phases
607            phaseName = self.PatternTree.GetItemText(item)
608            data = self.PatternTree.GetItemPyData(item)
609            item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(sub, cookie)
610            if phaseName not in newPhaseList: continue
611            generalData = data['General']
612            SGData = generalData['SGData']
613            UseList = data['Histograms']
614            NShkl = len(G2spc.MustrainNames(SGData))
615            NDij = len(G2spc.HStrainNames(SGData))
616            for i in result:
617                histoName = TextList[i]
618                if histoName in HKLFlist:
619                    UseList[histoName] = {
620                        'Histogram':histoName,'Show':False,'Scale':[1.0,True],
621                        'Babinet':{'BabA':[0.0,False],'BabU':[0.0,False]},
622                        'Extinction':['Lorentzian','None', {'Tbar':0.1,'Cos2TM':0.955,
623                                                            'Eg':[1.e-10,False],
624                                                            'Es':[1.e-10,False],
625                                                            'Ep':[1.e-10,False]},]
626                        }
627                    #redo UpdateHKLFdata(histoName) here:
628                    Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,histoName)
629                    refDict,reflData = self.PatternTree.GetItemPyData(Id)
630                    G,g = G2lat.cell2Gmat(generalData['Cell'][1:7])
631                    for iref,ref in enumerate(reflData['RefList']):
632                        H = list(ref[:3])
633                        ref[4] = np.sqrt(1./G2lat.calc_rDsq2(H,G))
634                        iabsnt,ref[3],Uniq,phi = G2spc.GenHKLf(H,SGData)
635                elif histoName in PWDRlist:
636                    UseList[histoName] = {
637                        'Histogram':histoName,'Show':False,
638                        'Scale':[1.0,False],'Pref.Ori.':['MD',1.0,False,[0,0,1],0,{}],
639                        'Size':['isotropic',[1.,1.,1.],[False,False,False],[0,0,1],
640                                [1.,1.,1.,0.,0.,0.],6*[False,]],
641                        'Mustrain':['isotropic',[1000.0,1000.0,1.0],[False,False,False],[0,0,1],
642                                    NShkl*[0.01,],NShkl*[False,]],
643                        'HStrain':[NDij*[0.0,],NDij*[False,]],                         
644                        'Extinction':[0.0,False],'Babinet':{'BabA':[0.0,False],'BabU':[0.0,False]}}
645                    Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,histoName)
646                    refList = self.PatternTree.GetItemPyData(
647                        G2gd.GetPatternTreeItemId(self,Id,'Reflection Lists'))
648                    refList[generalData['Name']] = []
649                else:
650                    raise Exception('Unexpected histogram '+str(histoName))
651        wx.EndBusyCursor()
652        return # success
653       
654    def _Add_ImportMenu_Sfact(self,parent):
655        '''configure the Import Structure Factor menus accord to the readers found in _init_Imports
656        '''
657        submenu = wx.Menu()
658        item = parent.AppendMenu(wx.ID_ANY, 'Structure Factor',
659            submenu, help='Import Structure Factor data')
660        for reader in self.ImportSfactReaderlist:
661            item = submenu.Append(wx.ID_ANY,help=reader.longFormatName,               
662                kind=wx.ITEM_NORMAL,text='from '+reader.formatName+' file')
663            self.ImportMenuId[item.GetId()] = reader
664            self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnImportSfact, id=item.GetId())
665        item = submenu.Append(wx.ID_ANY,
666            help='Import Structure Factor, use file to try to determine format',
667            kind=wx.ITEM_NORMAL,
668            text='guess format from file')
669        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnImportSfact, id=item.GetId())
670
671    def OnImportSfact(self,event):
672        '''Called in response to an Import/Structure Factor/... menu item
673        to read single crystal datasets.
674        dict self.ImportMenuId is used to look up the specific
675        reader item associated with the menu item, which will be
676        None for the last menu item, which is the "guess" option
677        where all appropriate formats will be tried.
678        '''
679        # get a list of existing histograms
680        HKLFlist = []
681        if self.PatternTree.GetCount():
682            item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
683            while item:
684                name = self.PatternTree.GetItemText(item)
685                if name.startswith('HKLF ') and name not in HKLFlist:
686                    HKLFlist.append(name)
687                item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)
688        # look up which format was requested
689        reqrdr = self.ImportMenuId.get(event.GetId())
690        rdlist = self.OnImportGeneric(reqrdr,self.ImportSfactReaderlist,
691            'Structure Factor')
692        if len(rdlist) == 0: return
693        self.CheckNotebook()
694        newHistList = []
695        for rd in rdlist:
696            HistName = rd.objname
697            if len(rdlist) <= 2: 
698                dlg = wx.TextEntryDialog( # allow editing of Structure Factor name
699                    self, 'Enter the name for the new Structure Factor',
700                    'Edit Structure Factor name', HistName,
701                    style=wx.OK)
702                dlg.CenterOnParent()
703                if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
704                    HistName = dlg.GetValue()
705                dlg.Destroy()
706            HistName = 'HKLF '+HistName
707            # make new histogram names unique
708            HistName = G2obj.MakeUniqueLabel(HistName,HKLFlist)
709            print 'Read structure factor table '+str(HistName)+' from file '+str(self.lastimport)
710            if not rd.RefDict.get('FF'):
711                rd.RefDict['FF'] = [{} for i in range(len(rd.RefDict['RefList']))]
712            Id = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text=HistName)
713            valuesdict = {
714                'wtFactor':1.0,
715                'Dummy':False,
716                'ranId':ran.randint(0,sys.maxint),
717                }
718            self.PatternTree.SetItemPyData(Id,[valuesdict,rd.RefDict])
719            Sub = self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Instrument Parameters')
720            self.PatternTree.SetItemPyData(Sub,rd.Parameters)
721            self.PatternTree.SetItemPyData(
722                self.PatternTree.AppendItem(Id,text='HKL Plot Controls'),
723                rd.Controls)
724            self.PatternTree.SetItemPyData(
725                self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Reflection List'),[])  #dummy entry for GUI use
726            self.PatternTree.SelectItem(Id)
727            self.PatternTree.Expand(Id)
728            self.Sngl = Id
729            newHistList.append(HistName)
730
731        if not newHistList: return # somehow, no new histograms
732        # make a list of phase names
733        phaseRIdList,usedHistograms = self.GetPhaseInfofromTree()
734        phaseNameList = usedHistograms.keys() # phase names in use
735        if not phaseNameList: return # no phases yet, nothing to do
736        header = 'Select phase(s) to add the new\nsingle crystal dataset(s) to:'
737        for Name in newHistList:
738            header += '\n  '+str(Name)
739        result = G2gd.ItemSelector(phaseNameList,self,header,header='Add to phase(s)',multiple=True)
740        if not result: return
741        # connect new phases to histograms
742        sub = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases')
743        if not sub:
744            raise Exception('ERROR -- why are there no phases here?')
745        wx.BeginBusyCursor()
746        item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(sub)
747        iph = -1
748        while item: # loop over (new) phases
749            iph += 1
750            phaseName = self.PatternTree.GetItemText(item)
751            data = self.PatternTree.GetItemPyData(item)
752            item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(sub, cookie)
753            if iph not in result: continue
754            generalData = data['General']
755            SGData = generalData['SGData']
756            UseList = data['Histograms']
757            NShkl = len(G2spc.MustrainNames(SGData))
758            NDij = len(G2spc.HStrainNames(SGData))
759            for histoName in newHistList:
760                UseList[histoName] = {
761                    'Histogram':histoName,'Show':False,'Scale':[1.0,True],
762                    'Babinet':{'BabA':[0.0,False],'BabU':[0.0,False]},
763                    'Extinction':['Lorentzian','None', {'Tbar':0.1,'Cos2TM':0.955,
764                                                        'Eg':[1.e-10,False],
765                                                        'Es':[1.e-10,False],
766                                                        'Ep':[1.e-10,False]},]
767                    }
768                #redo UpdateHKLFdata(histoName) here:
769                Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,histoName)
770                refDict,reflData = self.PatternTree.GetItemPyData(Id)
771                G,g = G2lat.cell2Gmat(generalData['Cell'][1:7])
772                for iref,ref in enumerate(reflData['RefList']):
773                    H = list(ref[:3])
774                    ref[4] = np.sqrt(1./G2lat.calc_rDsq2(H,G))
775                    iabsnt,ref[3],Uniq,phi = G2spc.GenHKLf(H,SGData)
776        wx.EndBusyCursor()
777       
778        return # success
779
780    def _Add_ImportMenu_powder(self,parent):
781        '''configure the Powder Data menus accord to the readers found in _init_Imports
782        '''
783        submenu = wx.Menu()
784        item = parent.AppendMenu(wx.ID_ANY, 'Powder Data',
785            submenu, help='Import Powder data')
786        for reader in self.ImportPowderReaderlist:
787            item = submenu.Append(wx.ID_ANY,help=reader.longFormatName,
788                kind=wx.ITEM_NORMAL,text='from '+reader.formatName+' file')
789            self.ImportMenuId[item.GetId()] = reader
790            self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnImportPowder, id=item.GetId())
791        item = submenu.Append(wx.ID_ANY,
792            help='Import powder data, use file to try to determine format',
793            kind=wx.ITEM_NORMAL,text='guess format from file')
794        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnImportPowder, id=item.GetId())
795        submenu.AppendSeparator()
796        item = submenu.Append(wx.ID_ANY,
797            help='Create a powder data set entry that will be simulated',
798            kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Simulate a dataset')
799        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnDummyPowder, id=item.GetId())
800           
801    def ReadPowderInstprm(self,instfile):       #fix the write routine for [inst1,inst2] style
802        '''Read a GSAS-II (new) instrument parameter file
803
804        :param str instfile: name of instrument parameter file
805
806        '''
807        if os.path.splitext(instfile)[1].lower() != '.instprm': # invalid file
808            return None           
809        if not os.path.exists(instfile): # no such file
810            return None
811        File = open(instfile,'r')
812        S = File.readline()
813        if not S.startswith('#GSAS-II'): # not a valid file
814            File.close()
815            return None
816        newItems = []
817        newVals = []
818        while S:
819            if S[0] == '#':
820                S = File.readline()
821                continue
822            [item,val] = S[:-1].split(':')
823            newItems.append(item)
824            try:
825                newVals.append(float(val))
826            except ValueError:
827                newVals.append(val)                       
828            S = File.readline()               
829        File.close()
830        # add a second MT dict here. TOF parms? (BHT)
831        return G2IO.makeInstDict(newItems,newVals,len(newVals)*[False,]),{}
832       
833    def ReadPowderIparm(self,instfile,bank,databanks,rd):
834        '''Read a GSAS (old) instrument parameter file
835
836        :param str instfile: name of instrument parameter file
837
838        :param int bank: the bank number read in the raw data file
839
840        :param int databanks: the number of banks in the raw data file.
841          If the number of banks in the data and instrument parameter files
842          agree, then the sets of banks are assumed to match up and bank
843          is used to select the instrument parameter file. If not, the user
844          is asked to make a selection.
845
846        :param obj rd: the raw data (histogram) data object. This
847          sets rd.instbank.
848
849        '''
850        if not os.path.exists(instfile): # no such file
851            return {}
852        fp = 0
853        try:
854            fp = open(instfile,'Ur')
855            Iparm = {}
856            for S in fp:
857                Iparm[S[:12]] = S[12:-1]
858        except IOError:
859            print('Error reading file:'+str(instfile))
860        if fp:       
861            fp.close()
862
863        ibanks = int(Iparm.get('INS   BANK  ','1').strip())
864        hType = Iparm['INS   HTYPE '].strip()
865        if ibanks == 1: # there is only one bank here, return it
866            rd.instbank = 1
867            return Iparm
868        if 'PNT' in hType:
869            rd.instbank = bank
870        elif ibanks != databanks:
871            # number of banks in data and prm file not not agree, need a
872            # choice from a human here
873            choices = []
874            for i in range(1,1+ibanks):
875                choices.append('Bank '+str(i))
876            bank = rd.BlockSelector(
877                choices, self,
878                title='Select an instrument parameter bank for '+
879                os.path.split(rd.powderentry[0])[1]+' BANK '+str(bank)+
880                '\nOr use Cancel to select from the default parameter sets',
881                header='Block Selector')
882        if bank is None: return {}
883        # pull out requested bank # bank from the data, and change the bank to 1
884        IparmS = {}
885        for key in Iparm:
886            if key[4:6] == "  ":
887                IparmS[key] = Iparm[key]
888            elif int(key[4:6].strip()) == bank:
889                IparmS[key[:4]+' 1'+key[6:]] = Iparm[key]
890        rd.instbank = bank
891        return IparmS
892                       
893    def GetPowderIparm(self,rd, prevIparm, lastIparmfile, lastdatafile):
894        '''Open and read an instrument parameter file for a data file
895        Returns the list of parameters used in the data tree
896
897        :param obj rd: the raw data (histogram) data object.
898
899        :param str prevIparm: not used
900
901        :param str lastIparmfile: Name of last instrument parameter
902          file that was read, or a empty string.
903
904        :param str lastdatafile: Name of last data file that was read.
905
906        :returns: a list of two dicts, the first containing instrument parameters
907          and the second used for future TOF datasets (timemaps?)
908
909        '''
910        def SetPowderInstParms(Iparm, rd):
911            '''extracts values from instrument parameters in rd.instdict
912            or in array Iparm.
913            Create and return the contents of the instrument parameter tree entry.
914            '''
915            DataType = Iparm['INS   HTYPE '].strip()[:3]  # take 1st 3 chars
916            # override inst values with values read from data file
917            if rd.instdict.get('type'):
918                DataType = rd.instdict.get('type')
919            data = [DataType,]
920            instname = Iparm.get('INS  1INAME ')
921            if instname:
922                rd.Sample['InstrName'] = instname.strip()
923            if 'C' in DataType:
924                wave1 = None
925                wave2 = 0.0
926                if rd.instdict.get('wave'):
927                    wl = rd.instdict.get('wave')
928                    wave1 = wl[0]
929                    if len(wl) > 1: wave2 = wl[1]
930                s = Iparm['INS  1 ICONS']
931                if not wave1:
932                    wave1 = G2IO.sfloat(s[:10])
933                    wave2 = G2IO.sfloat(s[10:20])
934                v = (wave1,wave2,
935                     G2IO.sfloat(s[20:30]),G2IO.sfloat(s[55:65]),G2IO.sfloat(s[40:50])) #get lam1, lam2, zero, pola & ratio
936                if not v[1]:
937                    names = ['Type','Lam','Zero','Polariz.','U','V','W','X','Y','SH/L','Azimuth'] 
938                    v = (v[0],v[2],v[4])
939                    codes = [0,0,0,0]
940                else:
941                    names = ['Type','Lam1','Lam2','Zero','I(L2)/I(L1)','Polariz.','U','V','W','X','Y','SH/L','Azimuth']
942                    codes = [0,0,0,0,0,0]
943                data.extend(v)
944                v1 = Iparm['INS  1PRCF1 '].split()                                                 
945                v = Iparm['INS  1PRCF11'].split()
946                data.extend([float(v[0]),float(v[1]),float(v[2])])                  #get GU, GV & GW - always here
947                azm = float(Iparm.get('INS  1DETAZM','0.0'))
948                v = Iparm['INS  1PRCF12'].split()
949                if v1[0] == 3:
950                    data.extend([float(v[0]),float(v[1]),float(v[2])+float(v[3],azm)])  #get LX, LY, S+H/L & azimuth
951                else:
952                    data.extend([0.0,0.0,0.002,azm])                                      #OK defaults if fxn #3 not 1st in iprm file
953                codes.extend([0,0,0,0,0,0,0])
954                return [G2IO.makeInstDict(names,data,codes),{}]
955            elif 'T' in DataType:
956                names = ['Type','2-theta','difC','difA','Zero','alpha','beta-0','beta-1',
957                    'beta-q','sig-0','sig-1','sig-q','X','Y','Azimuth']
958                codes = [0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0]
959                azm = 0.
960                if 'INS  1DETAZM' in Iparm:
961                    azm = float(Iparm['INS  1DETAZM'])
962                s = Iparm['INS  1BNKPAR'].split()
963                data.extend([G2IO.sfloat(s[1]),])               #2-theta for bank
964                s = Iparm['INS  1 ICONS'].split()
965                data.extend([G2IO.sfloat(s[0]),G2IO.sfloat(s[1]),G2IO.sfloat(s[2])])    #difC, difA, Zero
966                s = Iparm['INS  1PRCF1 '].split()
967                pfType = int(s[0])
968                s = Iparm['INS  1PRCF11'].split()
969                if abs(pfType) == 1:
970                    data.extend([G2IO.sfloat(s[1]),G2IO.sfloat(s[2]),G2IO.sfloat(s[3])])
971                    s = Iparm['INS  1PRCF12'].split()
972                    data.extend([0.0,0.0,G2IO.sfloat(s[1]),0.0,0.0,0.0,azm])
973                elif abs(pfType) in [3,4,5]:
974                    data.extend([G2IO.sfloat(s[0]),G2IO.sfloat(s[1]),G2IO.sfloat(s[2])])
975                    if abs(pfType) == 4:
976                        data.extend([0.0,0.0,G2IO.sfloat(s[3]),0.0,0.0,0.0,azm])
977                    else:
978                        s = Iparm['INS  1PRCF12'].split()
979                        data.extend([0.0,0.0,G2IO.sfloat(s[0]),0.0,0.0,0.0,azm])                       
980                Inst1 = G2IO.makeInstDict(names,data,codes)
981                Inst2 = {}
982                if pfType < 0:
983                    Ipab = 'INS  1PAB'+str(-pfType)
984                    Npab = int(Iparm[Ipab+'  '].strip())
985                    Inst2['Pdabc'] = []
986                    for i in range(Npab):
987                        k = Ipab+str(i+1).rjust(2)
988                        s = Iparm[k].split()
989                        Inst2['Pdabc'].append([float(t) for t in s])
990                    Inst2['Pdabc'] = np.array(Inst2['Pdabc'])
991                    Inst2['Pdabc'].T[3] += Inst2['Pdabc'].T[0]*Inst1['difC'][0] #turn 3rd col into TOF
992                if 'INS  1I ITYP' in Iparm:
993                    s = Iparm['INS  1I ITYP'].split()
994                    Ityp = int(s[0])
995                    Tminmax = [float(s[1])*1000.,float(s[2])*1000.]
996                    Itypes = ['Exponential','Maxwell/Exponential','','Maxwell/Chebyschev','']
997                    if Ityp in [1,2,4]:
998                        Inst2['Itype'] = Itypes[Ityp-1]
999                        Inst2['Tminmax'] = Tminmax
1000                        Icoeff = []
1001                        Iesd = []
1002                        Icovar = []                   
1003                        for i in range(3):
1004                            s = Iparm['INS  1ICOFF'+str(i+1)].split()
1005                            Icoeff += [float(S) for S in s]
1006                            s = Iparm['INS  1IECOF'+str(i+1)].split()
1007                            Iesd += [float(S) for S in s]
1008                        for i in range(8):
1009                            s = Iparm['INS  1IECOR'+str(i+1)].split()
1010                            Icovar += [float(S) for S in s]
1011                        Inst2['Icoeff'] = Icoeff
1012                        Inst2['Iesd'] = Iesd
1013                        Inst2['Icovar'] = Icovar
1014                return [Inst1,Inst2]
1015
1016        # stuff we might need from the reader
1017        filename = rd.powderentry[0]
1018        bank = rd.powderentry[2]
1019        numbanks = rd.numbanks
1020        # is there an instrument parameter file defined for the current data set?
1021        if rd.instparm or (lastdatafile == filename and lastIparmfile):
1022            if rd.instparm:
1023                instfile = os.path.join(os.path.split(filename)[0],
1024                                    rd.instparm)
1025            else:
1026                # for multiple reads of one data file, reuse the inst parm file
1027                instfile = lastIparmfile
1028            if os.path.exists(instfile):
1029                #print 'debug: try read',instfile
1030                instParmList = self.ReadPowderInstprm(instfile)
1031                if instParmList is not None:
1032                    rd.instfile = instfile
1033                    rd.instmsg = 'GSAS-II file '+instfile
1034                    return instParmList
1035                Iparm = self.ReadPowderIparm(instfile,bank,numbanks,rd)
1036                if Iparm:
1037                    #print 'debug: success'
1038                    rd.instfile = instfile
1039                    rd.instmsg = instfile + ' bank ' + str(rd.instbank)
1040                    return SetPowderInstParms(Iparm,rd)
1041            else:
1042                self.ErrorDialog('Open Error','Error opening instrument parameter file '
1043                    +str(instfile)+' requested by file '+ filename)
1044        # is there an instrument parameter file matching the current file
1045        # with extension .inst or .prm? If so read it
1046        basename = os.path.splitext(filename)[0]
1047        for ext in '.instprm','.prm','.inst','.ins':
1048            instfile = basename + ext
1049            instParmList = self.ReadPowderInstprm(instfile)
1050            if instParmList is not None:
1051                rd.instfile = instfile
1052                rd.instmsg = 'GSAS-II file '+instfile
1053                return instParmList
1054            Iparm = self.ReadPowderIparm(instfile,bank,numbanks,rd)
1055            if Iparm:
1056                #print 'debug: success'
1057                rd.instfile = instfile
1058                rd.instmsg = instfile + ' bank ' + str(rd.instbank)
1059                return SetPowderInstParms(Iparm,rd)
1060            else:
1061                #print 'debug: open/read failed',instfile
1062                pass # fail silently
1063
1064        # did we read the data file from a zip? If so, look there for a
1065        # instrument parameter file
1066        if self.zipfile:
1067            for ext in '.instprm','.prm','.inst','.ins':
1068                instfile = G2IO.ExtractFileFromZip(
1069                    self.zipfile,
1070                    selection=os.path.split(basename + ext)[1],
1071                    parent=self)
1072                if instfile is not None and instfile != self.zipfile:
1073                    print 'debug:',instfile,'created from ',self.zipfile
1074                    instParmList = self.ReadPowderInstprm(instfile)
1075                    if instParmList is not None:
1076                        rd.instfile = instfile
1077                        rd.instmsg = 'GSAS-II file '+instfile
1078                        return instParmList
1079                    Iparm = self.ReadPowderIparm(instfile,bank,numbanks,rd)
1080                    if Iparm:
1081                        rd.instfile = instfile
1082                        rd.instmsg = instfile + ' bank ' + str(rd.instbank)
1083                        return SetPowderInstParms(Iparm,rd)
1084                    else:
1085                        #print 'debug: open/read for',instfile,'from',self.zipfile,'failed'
1086                        pass # fail silently
1087
1088        while True: # loop until we get a file that works or we get a cancel
1089            instfile = ''
1090            dlg = wx.FileDialog(
1091                self,
1092                'Choose inst. param file for "'
1093                +rd.idstring
1094                +'" (or Cancel for default)',
1095                '.', '',
1096                'GSAS iparm file (*.prm,*.inst,*.ins)|*.prm;*.inst;*.ins|'
1097                'GSAS-II iparm file (*.instprm)|*.instprm|'
1098                'All files (*.*)|*.*', 
1099                wx.OPEN|wx.CHANGE_DIR)
1100            if os.path.exists(lastIparmfile):
1101                dlg.SetFilename(lastIparmfile)
1102            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
1103                instfile = dlg.GetPath()
1104            dlg.Destroy()
1105            if not instfile: break
1106            instParmList = self.ReadPowderInstprm(instfile)
1107            if instParmList is not None:
1108                rd.instfile = instfile
1109                rd.instmsg = 'GSAS-II file '+instfile
1110                return instParmList
1111            Iparm = self.ReadPowderIparm(instfile,bank,numbanks,rd)
1112            if Iparm:
1113                #print 'debug: success with',instfile
1114                rd.instfile = instfile
1115                rd.instmsg = instfile + ' bank ' + str(rd.instbank)
1116                return SetPowderInstParms(Iparm,rd)
1117            else:
1118                self.ErrorDialog('Read Error',
1119                                 'Error opening/reading file '+str(instfile))
1120       
1121        # still no success: offer user choice of defaults
1122        while True: # loop until we get a choice
1123            choices = []
1124            head = 'Select from default instrument parameters for '+rd.idstring
1125
1126            for l in rd.defaultIparm_lbl:
1127                choices.append('Defaults for '+l)
1128            res = rd.BlockSelector(
1129                choices,
1130                ParentFrame=self,
1131                title=head,
1132                header='Select default inst parms',
1133                useCancel=False)
1134            if res is None: continue
1135            rd.instfile = ''
1136            rd.instmsg = 'default: '+rd.defaultIparm_lbl[res]
1137            return SetPowderInstParms(rd.defaultIparms[res],rd)
1138
1139    def OnImportPowder(self,event):
1140        '''Called in response to an Import/Powder Data/... menu item
1141        to read a powder diffraction data set.
1142        dict self.ImportMenuId is used to look up the specific
1143        reader item associated with the menu item, which will be
1144        None for the last menu item, which is the "guess" option
1145        where all appropriate formats will be tried.
1146
1147        Also reads an instrument parameter file for each dataset.
1148        '''
1149        # get a list of existing histograms
1150        PWDRlist = []
1151        if self.PatternTree.GetCount():
1152            item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
1153            while item:
1154                name = self.PatternTree.GetItemText(item)
1155                if name.startswith('PWDR ') and name not in PWDRlist:
1156                    PWDRlist.append(name)
1157                item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)
1158        # look up which format was requested
1159        reqrdr = self.ImportMenuId.get(event.GetId()) 
1160        rdlist = self.OnImportGeneric(
1161            reqrdr,self.ImportPowderReaderlist,'Powder Data',multiple=True)
1162        if len(rdlist) == 0: return
1163        self.CheckNotebook()
1164        Iparm = None
1165        lastIparmfile = ''
1166        lastdatafile = ''
1167        newHistList = []
1168        for rd in rdlist:
1169            # get instrument parameters for each dataset
1170            Iparm1,Iparm2 = self.GetPowderIparm(rd, Iparm, lastIparmfile, lastdatafile)
1171            if rd.repeat_instparm: 
1172                lastIparmfile = rd.instfile
1173            lastdatafile = rd.powderentry[0]
1174            HistName = rd.idstring
1175            HistName = 'PWDR '+HistName
1176            # make new histogram names unique
1177            HistName = G2obj.MakeUniqueLabel(HistName,PWDRlist)
1178            print 'Read powder data '+str(HistName)+ \
1179                ' from file '+str(self.lastimport) + \
1180                ' with parameters from '+str(rd.instmsg)
1181            # data are read, now store them in the tree
1182            Id = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text=HistName)
1183            if 'T' in Iparm1['Type'][0]:
1184                if not rd.clockWd and rd.GSAS:
1185                    rd.powderdata[0] *= 100.        #put back the CW centideg correction
1186                cw = np.diff(rd.powderdata[0])
1187                rd.powderdata[0] = rd.powderdata[0][:-1]+cw/2.
1188                rd.powderdata[1] = rd.powderdata[1][:-1]/cw
1189                rd.powderdata[2] = rd.powderdata[2][:-1]*cw**2  #1/var=w at this point
1190                if 'Itype' in Iparm2:
1191                    Ibeg = np.searchsorted(rd.powderdata[0],Iparm2['Tminmax'][0])
1192                    Ifin = np.searchsorted(rd.powderdata[0],Iparm2['Tminmax'][1])
1193                    rd.powderdata[0] = rd.powderdata[0][Ibeg:Ifin]
1194                    YI,WYI = G2pwd.calcIncident(Iparm2,rd.powderdata[0])
1195                    rd.powderdata[1] = rd.powderdata[1][Ibeg:Ifin]/YI
1196                    var = 1./rd.powderdata[2][Ibeg:Ifin]
1197                    var += WYI*rd.powderdata[1]**2
1198                    var /= YI**2
1199                    rd.powderdata[2] = 1./var
1200                rd.powderdata[3] = np.zeros_like(rd.powderdata[0])                                       
1201                rd.powderdata[4] = np.zeros_like(rd.powderdata[0])                                       
1202                rd.powderdata[5] = np.zeros_like(rd.powderdata[0])                                       
1203            Tmin = min(rd.powderdata[0])
1204            Tmax = max(rd.powderdata[0])
1205            valuesdict = {
1206                'wtFactor':1.0,
1207                'Dummy':False,
1208                'ranId':ran.randint(0,sys.maxint),
1209                }
1210            rd.Sample['ranId'] = valuesdict['ranId'] # this should be removed someday
1211            self.PatternTree.SetItemPyData(Id,[valuesdict,rd.powderdata])
1212            self.PatternTree.SetItemPyData(
1213                self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Comments'),
1214                rd.comments)
1215            self.PatternTree.SetItemPyData(
1216                self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Limits'),
1217                [(Tmin,Tmax),[Tmin,Tmax]])
1218            self.PatternId = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,Id,'Limits')
1219            self.PatternTree.SetItemPyData(
1220                self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Background'),
1221                [['chebyschev',True,3,1.0,0.0,0.0],
1222                 {'nDebye':0,'debyeTerms':[],'nPeaks':0,'peaksList':[]}])
1223            self.PatternTree.SetItemPyData(
1224                self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Instrument Parameters'),
1225                [Iparm1,Iparm2])
1226            self.PatternTree.SetItemPyData(
1227                self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Sample Parameters'),
1228                rd.Sample)
1229            self.PatternTree.SetItemPyData(
1230                self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Peak List')
1231                ,[])
1232            self.PatternTree.SetItemPyData(
1233                self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Index Peak List'),
1234                [])
1235            self.PatternTree.SetItemPyData(
1236                self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Unit Cells List'),
1237                [])
1238            self.PatternTree.SetItemPyData(
1239                self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Reflection Lists'),
1240                {})
1241            self.PatternTree.Expand(Id)
1242            self.PatternTree.SelectItem(Id)
1243            newHistList.append(HistName)
1244           
1245        if not newHistList: return # somehow, no new histograms
1246        # make a list of phase names
1247        phaseRIdList,usedHistograms = self.GetPhaseInfofromTree()
1248        phaseNameList = usedHistograms.keys() # phase names in use
1249        if not phaseNameList: return # no phases yet, nothing to do
1250        header = 'Select phase(s) to add the new\npowder dataset(s) to:'
1251        for Name in newHistList:
1252            header += '\n  '+str(Name)
1253
1254        result = G2gd.ItemSelector(phaseNameList,self,header,header='Add to phase(s)',multiple=True)
1255        if not result: return
1256        # connect new phases to histograms
1257        sub = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases')
1258        if not sub:
1259            raise Exception('ERROR -- why are there no phases here?')
1260        item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(sub)
1261        iph = -1
1262        while item: # loop over (new) phases
1263            iph += 1
1264            phaseName = self.PatternTree.GetItemText(item)
1265            data = self.PatternTree.GetItemPyData(item)
1266            item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(sub, cookie)
1267            if iph not in result: continue
1268            generalData = data['General']
1269            SGData = generalData['SGData']
1270            UseList = data['Histograms']
1271            NShkl = len(G2spc.MustrainNames(SGData))
1272            NDij = len(G2spc.HStrainNames(SGData))
1273            for histoName in newHistList:
1274                UseList[histoName] = {
1275                    'Histogram':histoName,'Show':False,
1276                    'Scale':[1.0,False],'Pref.Ori.':['MD',1.0,False,[0,0,1],0,{}],
1277                    'Size':['isotropic',[1.,1.,1.],[False,False,False],[0,0,1],
1278                            [1.,1.,1.,0.,0.,0.],6*[False,]],
1279                    'Mustrain':['isotropic',[1000.0,1000.0,1.0],[False,False,False],[0,0,1],
1280                                NShkl*[0.01,],NShkl*[False,]],
1281                    'HStrain':[NDij*[0.0,],NDij*[False,]],                         
1282                    'Extinction':[0.0,False],'Babinet':{'BabA':[0.0,False],'BabU':[0.0,False]}}
1283                Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,histoName)
1284                refList = self.PatternTree.GetItemPyData(
1285                    G2gd.GetPatternTreeItemId(self,Id,'Reflection Lists'))
1286                refList[generalData['Name']] = []
1287        return # success
1288
1289    def OnDummyPowder(self,event):
1290        '''Called in response to Import/Powder Data/Simulate menu item
1291        to create a Dummy powder diffraction data set.
1292
1293        Reads an instrument parameter file and then gets input from the user
1294        '''
1295        # get a list of existing histograms
1296        PWDRlist = []
1297        if self.PatternTree.GetCount():
1298            item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
1299            while item:
1300                name = self.PatternTree.GetItemText(item)
1301                if name.startswith('PWDR ') and name not in PWDRlist:
1302                    PWDRlist.append(name)
1303                item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)
1304        # Initialize a base class reader
1305        rd = G2IO.ImportPowderData(
1306            extensionlist=tuple(),
1307            strictExtension=False,
1308            formatName = 'Simulate dataset',
1309            longFormatName = 'Compute a simulated pattern')
1310        rd.powderentry[0] = '' # no filename
1311        # #self.powderentry[1] = pos # bank offset (N/A here)
1312        rd.powderentry[2] = 1 # only one bank
1313        rd.comments.append('This is a dummy dataset for powder pattern simulation')
1314        self.CheckNotebook()
1315        Iparm = None
1316        lastIparmfile = ''
1317        lastdatafile = ''
1318        self.zipfile = None
1319        # get instrument parameters for it
1320        Iparm1,Iparm2 = self.GetPowderIparm(rd, Iparm, lastIparmfile, lastdatafile)
1321        if 'T' in Iparm1['Type'][0]:
1322            print('TOF simulation not supported yet')
1323            return False
1324        else:
1325            # need to get name, 2theta start, end, step
1326            rd.idstring = ' CW'
1327            if 'X' in Iparm1['Type'][0]:
1328                rd.idstring = 'CW x-ray simulation'
1329            else:
1330                rd.idstring = 'CW neutron simulation'
1331            # base initial range on wavelength
1332            wave = Iparm1.get('Lam')
1333            if wave:
1334                wave = wave[0]
1335            else:
1336                wave = Iparm1.get('Lam1')
1337                if wave:
1338                    wave = wave[0]
1339        N = 0
1340        while (N < 3): # insist on a dataset with a few points
1341            names = ('dataset name', 'start angle', 'end angle', 'step size')
1342            if not wave or wave < 1.0:
1343                inp = [rd.idstring, 10.,40.,0.005] # see names for what's what
1344            else:
1345                inp = [rd.idstring, 10.,80.,0.01] # see names for what's what
1346            dlg = G2gd.ScrolledMultiEditor(
1347                self,[inp] * len(inp),range(len(inp)),names,
1348                header='Enter simulation name and range',
1349                minvals=(None,0.001,0.001,0.0001),
1350                maxvals=(None,180.,180.,.1),
1351                sizevals=((225,-1),)
1352                )
1353            dlg.CenterOnParent()
1354            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
1355                if inp[1] > inp[2]:
1356                    end,start,step = inp[1:]
1357                else:               
1358                    start,end,step = inp[1:]
1359                step = abs(step)
1360            else:
1361                return False
1362            N = int((end-start)/step)+1
1363            x = np.linspace(start,end,N,True)
1364            N = len(x)
1365        rd.powderdata = [
1366            np.array(x), # x-axis values
1367            np.zeros_like(x), # powder pattern intensities
1368            np.ones_like(x), # 1/sig(intensity)^2 values (weights)
1369            np.zeros_like(x), # calc. intensities (zero)
1370            np.zeros_like(x), # calc. background (zero)
1371            np.zeros_like(x), # obs-calc profiles
1372            ]
1373        Tmin = rd.powderdata[0][0]
1374        Tmax = rd.powderdata[0][-1]
1375        # data are read, now store them in the tree
1376        HistName = inp[0]
1377        HistName = 'PWDR '+HistName
1378        HistName = G2obj.MakeUniqueLabel(HistName,PWDRlist)  # make new histogram names unique
1379        Id = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text=HistName)
1380        valuesdict = {
1381            'wtFactor':1.0,
1382            'Dummy':True,
1383            'ranId':ran.randint(0,sys.maxint),
1384            }
1385        self.PatternTree.SetItemPyData(Id,[valuesdict,rd.powderdata])
1386        self.PatternTree.SetItemPyData(
1387            self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Comments'),
1388            rd.comments)
1389        self.PatternTree.SetItemPyData(
1390            self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Limits'),
1391            [(Tmin,Tmax),[Tmin,Tmax]])
1392        self.PatternId = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,Id,'Limits')
1393        self.PatternTree.SetItemPyData(
1394            self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Background'),
1395            [['chebyschev',True,3,1.0,0.0,0.0],
1396             {'nDebye':0,'debyeTerms':[],'nPeaks':0,'peaksList':[]}])
1397        self.PatternTree.SetItemPyData(
1398            self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Instrument Parameters'),
1399            [Iparm1,Iparm2])
1400        self.PatternTree.SetItemPyData(
1401            self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Sample Parameters'),
1402            rd.Sample)
1403        self.PatternTree.SetItemPyData(
1404            self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Peak List')
1405            ,[])
1406        self.PatternTree.SetItemPyData(
1407            self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Index Peak List'),
1408            [])
1409        self.PatternTree.SetItemPyData(
1410            self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Unit Cells List'),
1411            [])
1412        self.PatternTree.SetItemPyData(
1413            self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Reflection Lists'),
1414            {})
1415        self.PatternTree.Expand(Id)
1416        self.PatternTree.SelectItem(Id)
1417        print('Added simulation powder data '+str(HistName)+ 
1418              ' with parameters from '+str(rd.instmsg))
1419
1420        # make a list of phase names
1421        phaseRIdList,usedHistograms = self.GetPhaseInfofromTree()
1422        phaseNameList = usedHistograms.keys() # phase names in use
1423        if not phaseNameList: return # no phases yet, nothing to do
1424        header = 'Select phase(s) to add the new\npowder simulation (dummy) dataset to:'
1425        result = G2gd.ItemSelector(phaseNameList,self,header,header='Add to phase(s)',multiple=True)
1426        if not result: return
1427        # connect new phases to histograms
1428        sub = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases')
1429        if not sub:
1430            raise Exception('ERROR -- why are there no phases here?')
1431        item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(sub)
1432        iph = -1
1433        while item: # loop over (new) phases
1434            iph += 1
1435            phaseName = self.PatternTree.GetItemText(item)
1436            data = self.PatternTree.GetItemPyData(item)
1437            item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(sub, cookie)
1438            if iph not in result: continue
1439            generalData = data['General']
1440            SGData = generalData['SGData']
1441            UseList = data['Histograms']
1442            NShkl = len(G2spc.MustrainNames(SGData))
1443            NDij = len(G2spc.HStrainNames(SGData))
1444            UseList[HistName] = {
1445                'Histogram':HistName,'Show':False,
1446                'Scale':[1.0,False],'Pref.Ori.':['MD',1.0,False,[0,0,1],0,{}],
1447                'Size':['isotropic',[1.,1.,1.],[False,False,False],[0,0,1],
1448                        [1.,1.,1.,0.,0.,0.],6*[False,]],
1449                'Mustrain':['isotropic',[1000.0,1000.0,1.0],[False,False,False],[0,0,1],
1450                            NShkl*[0.01,],NShkl*[False,]],
1451                'HStrain':[NDij*[0.0,],NDij*[False,]],                         
1452                'Extinction':[0.0,False],'Babinet':{'BabA':[0.0,False],'BabU':[0.0,False]}}
1453            Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,HistName)
1454            refList = self.PatternTree.GetItemPyData(
1455                G2gd.GetPatternTreeItemId(self,Id,'Reflection Lists'))
1456            refList[generalData['Name']] = []
1457        return # success
1458
1459    def _Add_ImportMenu_smallangle(self,parent):
1460        '''configure the Small Angle Data menus accord to the readers found in _init_Imports
1461        '''
1462        submenu = wx.Menu()
1463        item = parent.AppendMenu(wx.ID_ANY, 'Small Angle Data',
1464            submenu, help='Import small angle data')
1465        for reader in self.ImportSmallAngleReaderlist:
1466            item = submenu.Append(wx.ID_ANY,help=reader.longFormatName,
1467                kind=wx.ITEM_NORMAL,text='from '+reader.formatName+' file')
1468            self.ImportMenuId[item.GetId()] = reader
1469            self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnImportSmallAngle, id=item.GetId())
1470        item = submenu.Append(wx.ID_ANY,
1471            help='Import small angle data, use file to try to determine format',
1472            kind=wx.ITEM_NORMAL,text='guess format from file')
1473        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnImportSmallAngle, id=item.GetId())
1474           
1475
1476    def OnImportSmallAngle(self,event):
1477        '''Called in response to an Import/Small Angle Data/... menu item
1478        to read a small angle diffraction data set.
1479        dict self.ImportMenuId is used to look up the specific
1480        reader item associated with the menu item, which will be
1481        None for the last menu item, which is the "guess" option
1482        where all appropriate formats will be tried.
1483
1484        '''
1485       
1486        def GetSASDIparm(reader):
1487            parm = reader.instdict
1488            Iparm = {'Type':[parm['type'],parm['type'],0],'Lam':[parm['wave'],
1489                parm['wave'],0],'Azimuth':[0.,0.,0]}           
1490            return Iparm,{}
1491           
1492        # get a list of existing histograms
1493        SASDlist = []
1494        if self.PatternTree.GetCount():
1495            item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
1496            while item:
1497                name = self.PatternTree.GetItemText(item)
1498                if name.startswith('SASD ') and name not in SASDlist:
1499                    SASDlist.append(name)
1500                item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)
1501        # look up which format was requested
1502        reqrdr = self.ImportMenuId.get(event.GetId()) 
1503        rdlist = self.OnImportGeneric(
1504            reqrdr,self.ImportSmallAngleReaderlist,'Small Angle Data',multiple=True)
1505        if len(rdlist) == 0: return
1506        self.CheckNotebook()
1507        Iparm = None
1508        lastdatafile = ''
1509        newHistList = []
1510        for rd in rdlist:
1511            lastdatafile = rd.smallangleentry[0]
1512            HistName = rd.idstring
1513            HistName = 'SASD '+HistName
1514            # make new histogram names unique
1515            HistName = G2obj.MakeUniqueLabel(HistName,SASDlist)
1516            print 'Read small angle data '+str(HistName)+ \
1517                ' from file '+str(self.lastimport)
1518            # data are read, now store them in the tree
1519            Id = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text=HistName)
1520            Iparm1,Iparm2 = GetSASDIparm(rd)
1521#            if 'T' in Iparm1['Type'][0]:
1522#                if not rd.clockWd and rd.GSAS:
1523#                    rd.powderdata[0] *= 100.        #put back the CW centideg correction
1524#                cw = np.diff(rd.powderdata[0])
1525#                rd.powderdata[0] = rd.powderdata[0][:-1]+cw/2.
1526#                rd.powderdata[1] = rd.powderdata[1][:-1]/cw
1527#                rd.powderdata[2] = rd.powderdata[2][:-1]*cw**2  #1/var=w at this point
1528#                if 'Itype' in Iparm2:
1529#                    Ibeg = np.searchsorted(rd.powderdata[0],Iparm2['Tminmax'][0])
1530#                    Ifin = np.searchsorted(rd.powderdata[0],Iparm2['Tminmax'][1])
1531#                    rd.powderdata[0] = rd.powderdata[0][Ibeg:Ifin]
1532#                    YI,WYI = G2pwd.calcIncident(Iparm2,rd.powderdata[0])
1533#                    rd.powderdata[1] = rd.powderdata[1][Ibeg:Ifin]/YI
1534#                    var = 1./rd.powderdata[2][Ibeg:Ifin]
1535#                    var += WYI*rd.powderdata[1]**2
1536#                    var /= YI**2
1537#                    rd.powderdata[2] = 1./var
1538#                rd.powderdata[3] = np.zeros_like(rd.powderdata[0])                                       
1539#                rd.powderdata[4] = np.zeros_like(rd.powderdata[0])                                       
1540#                rd.powderdata[5] = np.zeros_like(rd.powderdata[0])                                       
1541            Tmin = min(rd.smallangledata[0])
1542            Tmax = max(rd.smallangledata[0])
1543            valuesdict = {
1544                'wtFactor':1.0,
1545                'Dummy':False,
1546                'ranId':ran.randint(0,sys.maxint),
1547                }
1548            rd.Sample['ranId'] = valuesdict['ranId'] # this should be removed someday
1549            self.PatternTree.SetItemPyData(Id,[valuesdict,rd.smallangledata])
1550            self.PatternTree.SetItemPyData(
1551                self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Comments'),
1552                rd.comments)
1553            self.PatternTree.SetItemPyData(
1554                self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Limits'),
1555                [(Tmin,Tmax),[Tmin,Tmax]])
1556            self.PatternId = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,Id,'Limits')
1557            self.PatternTree.SetItemPyData(
1558                self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Instrument Parameters'),
1559                [Iparm1,Iparm2])
1560            self.PatternTree.SetItemPyData(
1561                self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Sample Parameters'),
1562                rd.Sample)
1563            self.PatternTree.Expand(Id)
1564            self.PatternTree.SelectItem(Id)
1565            newHistList.append(HistName)
1566           
1567        if not newHistList: return # somehow, no new histograms
1568        return # success
1569
1570    def _init_Exports(self,menu):
1571        '''Find exporter routines and add them into menus
1572        '''
1573        # set up the top-level menus
1574        projectmenu = wx.Menu()
1575        item = menu.AppendMenu(
1576            wx.ID_ANY, 'Entire project as',
1577            projectmenu, help='Export entire project')
1578
1579        phasemenu = wx.Menu()
1580        item = menu.AppendMenu(
1581            wx.ID_ANY, 'Phase as',
1582            phasemenu, help='Export phase or sometimes phases')
1583
1584        powdermenu = wx.Menu()
1585        item = menu.AppendMenu(
1586            wx.ID_ANY, 'Powder data as',
1587            powdermenu, help='Export powder diffraction histogram(s)')
1588
1589        singlemenu = wx.Menu()
1590        item = menu.AppendMenu(
1591            wx.ID_ANY, 'Single crystal data as',
1592            singlemenu, help='Export single crystal histogram(s)')
1593
1594        imagemenu = wx.Menu()
1595        item = menu.AppendMenu(
1596            wx.ID_ANY, 'Image data as',
1597            imagemenu, help='Export powder image(s) data')
1598
1599        mapmenu = wx.Menu()
1600        item = menu.AppendMenu(
1601            wx.ID_ANY, 'Maps as',
1602            mapmenu, help='Export density map(s)')
1603
1604        # pdfmenu = wx.Menu()
1605        # item = menu.AppendMenu(
1606        #     wx.ID_ANY, 'PDFs as',
1607        #     pdfmenu, help='Export pair distribution function(s)')
1608
1609        # find all the exporter files
1610        pathlist = sys.path
1611        filelist = []
1612        for path in pathlist:
1613            for filename in glob.iglob(os.path.join(
1614                path,
1615                "G2export*.py")):
1616                filelist.append(filename)   
1617        filelist = sorted(list(set(filelist))) # remove duplicates
1618        exporterlist = []
1619        # go through the routines and import them, saving objects that
1620        # have export routines (method Exporter)
1621        for filename in filelist:
1622            path,rootname = os.path.split(filename)
1623            pkg = os.path.splitext(rootname)[0]
1624            try:
1625                fp = None
1626                fp, fppath,desc = imp.find_module(pkg,[path,])
1627                pkg = imp.load_module(pkg,fp,fppath,desc)
1628                for clss in inspect.getmembers(pkg): # find classes defined in package
1629                    if clss[0].startswith('_'): continue
1630                    if inspect.isclass(clss[1]):
1631                        # check if we have the required methods
1632                        for m in 'Exporter','loadParmDict':
1633                            if not hasattr(clss[1],m): break
1634                            if not callable(getattr(clss[1],m)): break
1635                        else:
1636                            exporter = clss[1](self) # create an export instance
1637                            exporterlist.append(exporter)
1638            except AttributeError:
1639                print 'Import_'+errprefix+': Attribute Error'+str(filename)
1640                pass
1641            except ImportError:
1642                print 'Import_'+errprefix+': Error importing file'+str(filename)
1643                pass
1644            if fp: fp.close()
1645        # Add submenu item(s) for each Exporter by its self-declared type (can be more than one)
1646        for obj in exporterlist:
1647            #print 'exporter',obj
1648            for typ in obj.exporttype:
1649                if typ == "project":
1650                    submenu = projectmenu
1651                elif typ == "phase":
1652                    submenu = phasemenu
1653                elif typ == "powder":
1654                    submenu = powdermenu
1655                elif typ == "single":
1656                    submenu = singlemenu
1657                elif typ == "image":
1658                    submenu = imagemenu
1659                elif typ == "map":
1660                    submenu = mapmenu
1661                # elif typ == "pdf":
1662                #     submenu = pdfmenu
1663                else:
1664                    print("Error, unknown type in "+str(obj))
1665                    break
1666                item = submenu.Append(
1667                    wx.ID_ANY,
1668                    help=obj.longFormatName,
1669                    kind=wx.ITEM_NORMAL,
1670                    text=obj.formatName)
1671                self.Bind(wx.EVT_MENU, obj.Exporter, id=item.GetId())
1672                self.ExportLookup[item.GetId()] = typ # lookup table for submenu item
1673        #code to debug an Exporter. much is hard-coded below, but code is reloaded before
1674        # each use allowing faster development
1675        # def DebugExport(event):
1676        #     print 'start reload'
1677        #     reload(G2IO)
1678        #     import G2export_ASCIImap as dev
1679        #     reload(dev)
1680        #     dev.ExportMapASCII(self).Exporter(event)
1681        # item = menu.Append(
1682        #     wx.ID_ANY,kind=wx.ITEM_NORMAL,
1683        #     help="debug exporter",text="test Export")
1684        # self.Bind(wx.EVT_MENU, DebugExport, id=item.GetId())
1685        # #self.ExportLookup[item.GetId()] = 'image'
1686        # self.ExportLookup[item.GetId()] = 'map'
1687
1688    def _Add_ExportMenuItems(self,parent):
1689        item = parent.Append(
1690            help='Select PWDR item to enable',id=wx.ID_ANY,
1691            kind=wx.ITEM_NORMAL,
1692            text='Export Powder Patterns...')
1693        self.ExportPattern.append(item)
1694        item.Enable(False)
1695        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnExportPatterns, id=item.GetId())
1696
1697        item = parent.Append(
1698            help='',id=wx.ID_ANY,
1699            kind=wx.ITEM_NORMAL,
1700            text='Export All Peak Lists...')
1701        self.ExportPeakList.append(item)
1702        item.Enable(True)
1703        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnExportPeakList, id=item.GetId())
1704
1705        item = parent.Append(
1706            help='',id=wx.ID_ANY,
1707            kind=wx.ITEM_NORMAL,
1708            text='Export HKLs...')
1709        self.ExportHKL.append(item)
1710        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnExportHKL, id=item.GetId())
1711
1712        item = parent.Append(
1713            help='Select PDF item to enable',
1714            id=wx.ID_ANY,
1715            kind=wx.ITEM_NORMAL,
1716            text='Export PDF...')
1717        self.ExportPDF.append(item)
1718        item.Enable(False)
1719        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnExportPDF, id=item.GetId())
1720
1721    def FillMainMenu(self,menubar):
1722        '''Define contents of the main GSAS-II menu for the (main) data tree window
1723        in the mac, used also for the data item windows as well.
1724        '''
1725        File = wx.Menu(title='')
1726        menubar.Append(menu=File, title='&File')
1727        self._Add_FileMenuItems(File)
1728        Data = wx.Menu(title='')
1729        menubar.Append(menu=Data, title='Data')
1730        self._Add_DataMenuItems(Data)
1731        Calculate = wx.Menu(title='')       
1732        menubar.Append(menu=Calculate, title='&Calculate')
1733        self._Add_CalculateMenuItems(Calculate)
1734        Import = wx.Menu(title='')       
1735        menubar.Append(menu=Import, title='Import')
1736        self._Add_ImportMenu_Phase(Import)
1737        self._Add_ImportMenu_powder(Import)
1738        self._Add_ImportMenu_Sfact(Import)
1739        self._Add_ImportMenu_smallangle(Import)
1740        #======================================================================
1741        # Code to help develop/debug an importer, much is hard-coded below
1742        # but module is reloaded before each use, allowing faster testing
1743        # def DebugImport(event):
1744        #     print 'start reload'
1745        #     import G2phase_ISO as dev
1746        #     reload(dev)
1747        #     rd = dev.ISODISTORTPhaseReader()
1748        #     self.ImportMenuId[event.GetId()] = rd
1749        #     self.OnImportPhase(event)
1750            # or ----------------------------------------------------------------------
1751            #self.OnImportGeneric(rd,[],'test of ISODISTORTPhaseReader')
1752            # special debug code
1753            # or ----------------------------------------------------------------------
1754            # filename = '/Users/toby/projects/branton/subgroup_cif.txt'
1755            # fp = open(filename,'Ur')
1756            # if not rd.ContentsValidator(fp):
1757            #     print 'not validated'
1758            #     # make a list of used phase ranId's
1759            # phaseRIdList = []
1760            # sub = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases')
1761            # if sub:
1762            #     item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(sub)
1763            #     while item:
1764            #         phaseName = self.PatternTree.GetItemText(item)
1765            #         ranId = self.PatternTree.GetItemPyData(item).get('ranId')
1766            #         if ranId: phaseRIdList.append(ranId)
1767            #         item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(sub, cookie)
1768            # if rd.Reader(filename,fp,usedRanIdList=phaseRIdList):
1769            #     print 'read OK'
1770        # item = Import.Append(
1771        #     wx.ID_ANY,kind=wx.ITEM_NORMAL,
1772        #     help="debug importer",text="test importer")
1773        # self.Bind(wx.EVT_MENU, DebugImport, id=item.GetId())
1774        #======================================================================
1775        self.ExportMenu = wx.Menu(title='')
1776        menubar.Append(menu=self.ExportMenu, title='Export')
1777        self._init_Exports(self.ExportMenu)
1778        self._Add_ExportMenuItems(self.ExportMenu)
1779        HelpMenu=G2gd.MyHelp(self,helpType='Data tree',
1780            morehelpitems=[('&Tutorials','Tutorials')])
1781        menubar.Append(menu=HelpMenu,title='&Help')
1782
1783    def _init_ctrls(self, parent):
1784        wx.Frame.__init__(self, name='GSASII', parent=parent,
1785            size=wx.Size(400, 250),style=wx.DEFAULT_FRAME_STYLE, title='GSAS-II data tree')
1786        clientSize = wx.ClientDisplayRect()
1787        Size = self.GetSize()
1788        xPos = clientSize[2]-Size[0]
1789        self.SetPosition(wx.Point(xPos,clientSize[1]))
1790        self._init_Imports()
1791        #initialize Menu item objects (these contain lists of menu items that are enabled or disabled)
1792        self.MakePDF = []
1793        self.Refine = []
1794        self.SeqRefine = []
1795        self.ExportPattern = []
1796        self.ExportPeakList = []
1797        self.ExportHKL = []
1798        self.ExportPDF = []
1799        self.ExportPhase = []
1800        self.ExportCIF = []
1801        #
1802        self.GSASIIMenu = wx.MenuBar()
1803        self.FillMainMenu(self.GSASIIMenu)
1804        self.SetMenuBar(self.GSASIIMenu)
1805        self.Bind(wx.EVT_SIZE, self.OnSize)
1806        self.CreateStatusBar()
1807        self.mainPanel = wx.Panel(self,-1)
1808       
1809        wxID_PATTERNTREE = wx.NewId()
1810        self.PatternTree = wx.TreeCtrl(id=wxID_PATTERNTREE,
1811            parent=self.mainPanel, pos=wx.Point(0, 0),style=wx.TR_DEFAULT_STYLE )
1812        self.PatternTree.Bind(wx.EVT_TREE_SEL_CHANGED,
1813            self.OnPatternTreeSelChanged, id=wxID_PATTERNTREE)
1814        self.PatternTree.Bind(wx.EVT_TREE_ITEM_COLLAPSED,
1815            self.OnPatternTreeItemCollapsed, id=wxID_PATTERNTREE)
1816        self.PatternTree.Bind(wx.EVT_TREE_ITEM_EXPANDED,
1817            self.OnPatternTreeItemExpanded, id=wxID_PATTERNTREE)
1818        self.PatternTree.Bind(wx.EVT_TREE_DELETE_ITEM,
1819            self.OnPatternTreeItemDelete, id=wxID_PATTERNTREE)
1820        self.PatternTree.Bind(wx.EVT_TREE_KEY_DOWN,
1821            self.OnPatternTreeKeyDown, id=wxID_PATTERNTREE)
1822        self.root = self.PatternTree.AddRoot('Loaded Data: ')
1823       
1824        plotFrame = wx.Frame(None,-1,'GSASII Plots',size=wx.Size(700,600), \
1825            style=wx.DEFAULT_FRAME_STYLE ^ wx.CLOSE_BOX)
1826        self.G2plotNB = G2plt.G2PlotNoteBook(plotFrame)
1827        plotFrame.Show()
1828       
1829        self.dataDisplay = None
1830       
1831    def __init__(self, parent):
1832        self.ExportLookup = {}
1833        self._init_ctrls(parent)
1834        self.Image = wx.Image(
1835            os.path.join(GSASIIpath.path2GSAS2,'gsas2.ico'),
1836            wx.BITMAP_TYPE_ICO)
1837        if "wxMSW" in wx.PlatformInfo:
1838            img = self.Image.Scale(16, 16).ConvertToBitmap()
1839        elif "wxGTK" in wx.PlatformInfo:
1840            img = self.Image.Scale(22, 22).ConvertToBitmap()
1841        else:
1842            img = self.Image.ConvertToBitmap()
1843        self.SetIcon(wx.IconFromBitmap(img))
1844        self.Bind(wx.EVT_CLOSE, self.ExitMain)
1845        # various defaults
1846        self.oldFocus = None
1847        self.GSASprojectfile = ''
1848        self.dirname = os.path.expanduser('~')       #start in the users home directory by default; may be meaningless
1849        self.undofile = ''
1850        self.TreeItemDelete = False
1851        self.Offset = [0.0,0.0]
1852        self.delOffset = .02
1853        self.refOffset = -100.0
1854        self.refDelt = .01
1855        self.Weight = False
1856        self.IparmName = ''  # to be removed when SelectPowderData & GetInstrumentFile is
1857        self.IfPlot = False
1858        self.PatternId = 0
1859        self.PickId = 0
1860        self.PeakTable = []
1861        self.LimitsTable = []
1862        self.HKL = []
1863        self.Lines = []
1864        self.itemPicked = None
1865        self.dataFrame = None
1866        self.Interpolate = 'nearest'
1867        self.ContourColor = 'Paired'
1868        self.VcovColor = 'RdYlGn'
1869        self.RamaColor = 'Blues'
1870        self.Projection = 'equal area'
1871        self.logPlot = False
1872        self.qPlot = False
1873        self.Contour = False
1874        self.Legend = False
1875        self.SinglePlot = False
1876        self.SubBack = False
1877        self.plotView = 0
1878        self.Image = 0
1879        self.oldImagefile = ''
1880        self.ImageZ = []
1881        self.Integrate = 0
1882        self.imageDefault = {}
1883        self.Sngl = 0
1884        self.ifGetRing = False
1885        self.MaskKey = ''           #trigger for making image masks
1886        self.StrainKey = ''         #ditto for new strain d-zeros
1887        arg = sys.argv
1888        if len(arg) > 1:
1889            self.GSASprojectfile = os.path.splitext(arg[1])[0]+'.gpx'
1890            self.dirname = os.path.dirname(arg[1])
1891            if self.dirname: os.chdir(self.dirname)
1892            try:
1893                G2IO.ProjFileOpen(self)
1894                self.PatternTree.Expand(self.root)
1895                for item in self.Refine: item.Enable(True)
1896                for item in self.SeqRefine: item.Enable(True)
1897            except:
1898                print 'Error opening file',arg[1]
1899
1900    def OnSize(self,event):
1901        'Called when the main window is resized. Not sure why'
1902        w,h = self.GetClientSizeTuple()
1903        self.mainPanel.SetSize(wx.Size(w,h))
1904        self.PatternTree.SetSize(wx.Size(w,h))
1905                       
1906    def OnPatternTreeSelChanged(self, event):
1907        '''Called when a data tree item is selected'''
1908        if self.TreeItemDelete:
1909            self.TreeItemDelete = False
1910        else:
1911            pltNum = self.G2plotNB.nb.GetSelection()
1912            if pltNum >= 0:                         #to avoid the startup with no plot!
1913                pltPage = self.G2plotNB.nb.GetPage(pltNum)
1914                pltPlot = pltPage.figure
1915            item = event.GetItem()
1916            G2gd.MovePatternTreeToGrid(self,item)
1917            if self.oldFocus:
1918                self.oldFocus.SetFocus()
1919       
1920    def OnPatternTreeItemCollapsed(self, event):
1921        'Called when a tree item is collapsed'
1922        event.Skip()
1923
1924    def OnPatternTreeItemExpanded(self, event):
1925        'Called when a tree item is expanded'
1926        event.Skip()
1927       
1928    def OnPatternTreeItemDelete(self, event):
1929        'Called when a tree item is deleted -- not sure what this does'
1930        self.TreeItemDelete = True
1931
1932    def OnPatternTreeItemActivated(self, event):
1933        'Called when a tree item is activated'
1934        event.Skip()
1935       
1936    def OnPatternTreeKeyDown(self,event):
1937        'Not sure what this does'
1938        key = event.GetKeyCode()
1939        item = self.PickId
1940        if type(item) is int: return # is this the toplevel in tree?
1941        if key == wx.WXK_UP:
1942            self.oldFocus = wx.Window.FindFocus()
1943            self.PatternTree.GetPrevSibling(item)
1944        elif key == wx.WXK_DOWN:
1945            self.oldFocus = wx.Window.FindFocus()
1946            self.PatternTree.GetNextSibling(item)
1947               
1948    def OnReadPowderPeaks(self,event):
1949        'Bound to menu Data/Read Powder Peaks -- still needed?'
1950        Cuka = 1.54052
1951        self.CheckNotebook()
1952        dlg = wx.FileDialog(self, 'Choose file with peak list', '.', '', 
1953            'peak files (*.txt)|*.txt|All files (*.*)|*.*',wx.OPEN|wx.CHANGE_DIR)
1954        try:
1955            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
1956                self.HKL = []
1957                self.powderfile = dlg.GetPath()
1958                comments,peaks = G2IO.GetPowderPeaks(self.powderfile)
1959                Id = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text='PKS '+os.path.basename(self.powderfile))
1960                data = ['PKS',Cuka,0.0]
1961                names = ['Type','Lam','Zero'] 
1962                codes = [0,0,0]
1963                inst = [G2IO.makeInstDict(names,data,codes),{}]
1964                self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Instrument Parameters'),inst)
1965                self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Comments'),comments)
1966                self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Index Peak List'),peaks)
1967                self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Unit Cells List'),[])             
1968                self.PatternTree.Expand(Id)
1969                self.PatternTree.SelectItem(Id)
1970                os.chdir(dlg.GetDirectory())           # to get Mac/Linux to change directory!
1971        finally:
1972            dlg.Destroy()
1973                       
1974    def OnImageRead(self,event):
1975        'Called to read in an image in any known format'
1976        self.CheckNotebook()
1977        dlg = wx.FileDialog(
1978            self, 'Choose image files', '.', '',
1979            'Any image file (*.edf;*.tif;*.tiff;*.mar*;*.avg;*.sum;*.img;*.G2img)|'
1980            '*.edf;*.tif;*.tiff;*.mar*;*.avg;*.sum;*.img;*.G2img;*.zip|'
1981            'European detector file (*.edf)|*.edf|'
1982            'Any detector tif (*.tif;*.tiff)|*.tif;*.tiff|'
1983            'MAR file (*.mar*)|*.mar*|'
1984            'GE Image (*.avg;*.sum)|*.avg;*.sum|'
1985            'ADSC Image (*.img)|*.img|'
1986            'GSAS-II Image (*.G2img)|*.G2img|'
1987            'Zip archive (*.zip)|*.zip|'
1988            'All files (*.*)|*.*',
1989            wx.OPEN | wx.MULTIPLE|wx.CHANGE_DIR)
1990        try:
1991            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
1992                imagefiles = dlg.GetPaths()
1993                imagefiles.sort()
1994                for imagefile in imagefiles:
1995                    # if a zip file, open and extract
1996                    if os.path.splitext(imagefile)[1].lower() == '.zip':
1997                        extractedfile = G2IO.ExtractFileFromZip(imagefile,parent=self)
1998                        if extractedfile is not None and extractedfile != imagefile:
1999                            imagefile = extractedfile
2000                    Comments,Data,Npix,Image = G2IO.GetImageData(self,imagefile)
2001                    if Comments:
2002                        Id = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text='IMG '+os.path.basename(imagefile))
2003                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Comments'),Comments)
2004                        Imax = np.amax(Image)
2005                        Imin = max(0.0,np.amin(Image))          #force positive
2006                        if self.imageDefault:
2007                            Data = copy.copy(self.imageDefault)
2008                            Data['showLines'] = True
2009                            Data['ring'] = []
2010                            Data['rings'] = []
2011                            Data['cutoff'] = 10
2012                            Data['pixLimit'] = 20
2013                            Data['edgemin'] = 100000000
2014                            Data['calibdmin'] = 0.5
2015                            Data['calibskip'] = 0
2016                            Data['ellipses'] = []
2017                            Data['calibrant'] = ''
2018                            Data['GonioAngles'] = [0.,0.,0.]
2019                            Data['DetDepth'] = 0.
2020                            Data['DetDepthRef'] = False
2021                        else:
2022                            Data['type'] = 'PWDR'
2023                            Data['color'] = 'Paired'
2024                            Data['tilt'] = 0.0
2025                            Data['rotation'] = 0.0
2026                            Data['showLines'] = False
2027                            Data['ring'] = []
2028                            Data['rings'] = []
2029                            Data['cutoff'] = 10
2030                            Data['pixLimit'] = 20
2031                            Data['calibdmin'] = 0.5
2032                            Data['calibskip'] = 0
2033                            Data['edgemin'] = 100000000
2034                            Data['ellipses'] = []
2035                            Data['GonioAngles'] = [0.,0.,0.]
2036                            Data['DetDepth'] = 0.
2037                            Data['DetDepthRef'] = False
2038                            Data['calibrant'] = ''
2039                            Data['IOtth'] = [2.0,5.0]
2040                            Data['LRazimuth'] = [135,225]
2041                            Data['azmthOff'] = 0.0
2042                            Data['outChannels'] = 2500
2043                            Data['outAzimuths'] = 1
2044                            Data['centerAzm'] = False
2045                            Data['fullIntegrate'] = False
2046                            Data['setRings'] = False
2047                            Data['background image'] = ['',1.0]                           
2048                        Data['setDefault'] = False
2049                        Data['range'] = [(Imin,Imax),[Imin,Imax]]
2050                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Image Controls'),Data)
2051                        Masks = {'Points':[],'Rings':[],'Arcs':[],'Polygons':[],'Frames':[],'Thresholds':[(Imin,Imax),[Imin,Imax]]}
2052                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Masks'),Masks)
2053                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Stress/Strain'),
2054                            {'Type':'True','d-zero':[],'Sample phi':0.0,'Sample z':0.0,'strain':np.zeros((3,3))})
2055                        self.PatternTree.SetItemPyData(Id,[Npix,imagefile])
2056                        self.PickId = Id
2057                        self.Image = Id
2058                os.chdir(dlg.GetDirectory())           # to get Mac/Linux to change directory!
2059                self.PatternTree.SelectItem(G2gd.GetPatternTreeItemId(self,Id,'Image Controls'))             #show last one
2060        finally:
2061            path = dlg.GetDirectory()           # to get Mac/Linux to change directory!
2062            os.chdir(path)
2063            dlg.Destroy()
2064
2065    def CheckNotebook(self):
2066        '''Make sure the data tree has the minimally expected controls.
2067        (BHT) correct?
2068        '''
2069        if not G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Notebook'):
2070            sub = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text='Notebook')
2071            self.PatternTree.SetItemPyData(sub,[''])
2072        if not G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Controls'):
2073            sub = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text='Controls')
2074            self.PatternTree.SetItemPyData(sub,copy.copy(G2obj.DefaultControls))
2075        if not G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Covariance'):
2076            sub = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text='Covariance')
2077            self.PatternTree.SetItemPyData(sub,{})
2078        if not G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Constraints'):
2079            sub = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text='Constraints')
2080            self.PatternTree.SetItemPyData(sub,{'Hist':[],'HAP':[],'Phase':[]})
2081        if not G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Restraints'):
2082            sub = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text='Restraints')
2083            self.PatternTree.SetItemPyData(sub,{})
2084        if not G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Rigid bodies'):
2085            sub = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text='Rigid bodies')
2086            self.PatternTree.SetItemPyData(sub,{'Vector':{'AtInfo':{}},
2087                'Residue':{'AtInfo':{}},'RBIds':{'Vector':[],'Residue':[]}})
2088               
2089    class CopyDialog(wx.Dialog):
2090        '''Creates a dialog for copying control settings between
2091        data tree items'''
2092        def __init__(self,parent,title,text,data):
2093            wx.Dialog.__init__(self,parent,-1,title, 
2094                pos=wx.DefaultPosition,style=wx.DEFAULT_DIALOG_STYLE)
2095            self.data = data
2096            panel = wx.Panel(self)
2097            mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
2098            topLabl = wx.StaticText(panel,-1,text)
2099            mainSizer.Add((10,10),1)
2100            mainSizer.Add(topLabl,0,wx.ALIGN_CENTER_VERTICAL|wx.LEFT,10)
2101            mainSizer.Add((10,10),1)
2102            ncols = len(data)/40+1
2103            dataGridSizer = wx.FlexGridSizer(rows=len(data),cols=ncols,hgap=2,vgap=2)
2104            for id,item in enumerate(self.data):
2105                ckbox = wx.CheckBox(panel,id,item[1])
2106                ckbox.Bind(wx.EVT_CHECKBOX,self.OnCopyChange)                   
2107                dataGridSizer.Add(ckbox,0,wx.LEFT,10)
2108            mainSizer.Add(dataGridSizer,0,wx.EXPAND)
2109            OkBtn = wx.Button(panel,-1,"Ok")
2110            OkBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnOk)
2111            cancelBtn = wx.Button(panel,-1,"Cancel")
2112            cancelBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnCancel)
2113            btnSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
2114            btnSizer.Add((20,20),1)
2115            btnSizer.Add(OkBtn)
2116            btnSizer.Add((20,20),1)
2117            btnSizer.Add(cancelBtn)
2118            btnSizer.Add((20,20),1)
2119           
2120            mainSizer.Add(btnSizer,0,wx.EXPAND|wx.BOTTOM|wx.TOP, 10)
2121            panel.SetSizer(mainSizer)
2122            panel.Fit()
2123            self.Fit()
2124       
2125        def OnCopyChange(self,event):
2126            id = event.GetId()
2127            self.data[id][0] = self.FindWindowById(id).GetValue()       
2128           
2129        def OnOk(self,event):
2130            parent = self.GetParent()
2131            parent.Raise()
2132            self.EndModal(wx.ID_OK)             
2133           
2134        def OnCancel(self,event):
2135            parent = self.GetParent()
2136            parent.Raise()
2137            self.EndModal(wx.ID_CANCEL)             
2138           
2139        def GetData(self):
2140            return self.data
2141       
2142    class SumDialog(wx.Dialog):
2143        'Allows user to supply scale factor(s) when summing data'
2144        def __init__(self,parent,title,text,dataType,data):
2145            wx.Dialog.__init__(self,parent,-1,title, 
2146                pos=wx.DefaultPosition,style=wx.DEFAULT_DIALOG_STYLE)
2147            self.data = data
2148            panel = wx.Panel(self)
2149            mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
2150            topLabl = wx.StaticText(panel,-1,text)
2151            mainSizer.Add((10,10),1)
2152            mainSizer.Add(topLabl,0,wx.ALIGN_CENTER_VERTICAL|wx.LEFT,10)
2153            mainSizer.Add((10,10),1)
2154            dataGridSizer = wx.FlexGridSizer(rows=len(data),cols=2,hgap=2,vgap=2)
2155            for id,item in enumerate(self.data[:-1]):
2156                name = wx.TextCtrl(panel,-1,item[1],size=wx.Size(200,20))
2157                name.SetEditable(False)
2158                scale = wx.TextCtrl(panel,id,'%.3f'%(item[0]),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
2159                scale.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,self.OnScaleChange)
2160                scale.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,self.OnScaleChange)
2161                dataGridSizer.Add(scale,0,wx.LEFT,10)
2162                dataGridSizer.Add(name,0,wx.RIGHT,10)
2163            if dataType:
2164                dataGridSizer.Add(wx.StaticText(panel,-1,'Sum result name: '+dataType),0, \
2165                    wx.LEFT|wx.TOP|wx.ALIGN_CENTER_VERTICAL,10)
2166                self.name = wx.TextCtrl(panel,-1,self.data[-1],size=wx.Size(200,20),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
2167                self.name.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,self.OnNameChange)
2168                self.name.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,self.OnNameChange)
2169                dataGridSizer.Add(self.name,0,wx.RIGHT|wx.TOP,10)
2170            mainSizer.Add(dataGridSizer,0,wx.EXPAND)
2171            OkBtn = wx.Button(panel,-1,"Ok")
2172            OkBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnOk)
2173            cancelBtn = wx.Button(panel,-1,"Cancel")
2174            cancelBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnCancel)
2175            btnSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
2176            btnSizer.Add((20,20),1)
2177            btnSizer.Add(OkBtn)
2178            btnSizer.Add((20,20),1)
2179            btnSizer.Add(cancelBtn)
2180            btnSizer.Add((20,20),1)
2181           
2182            mainSizer.Add(btnSizer,0,wx.EXPAND|wx.BOTTOM|wx.TOP, 10)
2183            panel.SetSizer(mainSizer)
2184            panel.Fit()
2185            self.Fit()
2186
2187        def OnScaleChange(self,event):
2188            id = event.GetId()
2189            value = self.FindWindowById(id).GetValue()
2190            try:
2191                self.data[id][0] = float(value)
2192                self.FindWindowById(id).SetValue('%.3f'%(self.data[id][0]))
2193            except ValueError:
2194                if value and '-' not in value[0]:
2195                    print 'bad input - numbers only'
2196                    self.FindWindowById(id).SetValue('0.000')
2197           
2198        def OnNameChange(self,event):
2199            self.data[-1] = self.name.GetValue() 
2200           
2201        def OnOk(self,event):
2202            parent = self.GetParent()
2203            parent.Raise()
2204            self.EndModal(wx.ID_OK)             
2205           
2206        def OnCancel(self,event):
2207            parent = self.GetParent()
2208            parent.Raise()
2209            self.EndModal(wx.ID_CANCEL)             
2210           
2211        def GetData(self):
2212            return self.data
2213                       
2214    def OnPwdrSum(self,event):
2215        'Sum together powder data(?)'
2216        TextList = []
2217        DataList = []
2218        SumList = []
2219        Names = []
2220        Inst = None
2221        SumItemList = []
2222        Comments = ['Sum equals: \n']
2223        if self.PatternTree.GetCount():
2224            item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
2225            while item:
2226                name = self.PatternTree.GetItemText(item)
2227                Names.append(name)
2228                if 'PWDR' in name:
2229                    TextList.append([0.0,name])
2230                    DataList.append(self.PatternTree.GetItemPyData(item)[1])    # (x,y,w,yc,yb,yd)
2231                    if not Inst:
2232                        Inst = self.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(self,item, 'Instrument Parameters'))
2233                item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)
2234            if len(TextList) < 2:
2235                self.ErrorDialog('Not enough data to sum','There must be more than one "PWDR" pattern')
2236                return
2237            TextList.append('default_sum_name')               
2238            dlg = self.SumDialog(self,'Sum data','Enter scale for each pattern in summation','PWDR',TextList)
2239            try:
2240                if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
2241                    lenX = 0
2242                    Xminmax = [0,0]
2243                    Xsum = []
2244                    Ysum = []
2245                    Vsum = []
2246                    result = dlg.GetData()
2247                    for i,item in enumerate(result[:-1]):
2248                        scale,name = item
2249                        data = DataList[i]
2250                        if scale:
2251                            Comments.append("%10.3f %s" % (scale,' * '+name))
2252                            x,y,w,yc,yb,yd = data   #numpy arrays!
2253                            v = 1./w
2254                            if lenX:
2255                                if lenX != len(x):
2256                                    self.ErrorDialog('Data length error','Data to be summed must have same number of points'+ \
2257                                        '\nExpected:'+str(lenX)+ \
2258                                        '\nFound:   '+str(len(x))+'\nfor '+name)
2259                                    return
2260                            else:
2261                                lenX = len(x)
2262                            if Xminmax[1]:
2263                                if Xminmax != [x[0],x[-1]]:
2264                                    self.ErrorDialog('Data range error','Data to be summed must span same range'+ \
2265                                        '\nExpected:'+str(Xminmax[0])+' '+str(Xminmax[1])+ \
2266                                        '\nFound:   '+str(x[0])+' '+str(x[-1])+'\nfor '+name)
2267                                    return
2268                                else:
2269                                    for j,yi in enumerate(y):
2270                                         Ysum[j] += scale*yi
2271                                         Vsum[j] += abs(scale)*v[j]
2272                            else:
2273                                Xminmax = [x[0],x[-1]]
2274                                YCsum = YBsum = YDsum = [0.0 for i in range(lenX)]
2275                                for j,yi in enumerate(y):
2276                                    Xsum.append(x[j])
2277                                    Ysum.append(scale*yi)
2278                                    Vsum.append(abs(scale*v[j]))
2279                    Wsum = 1./np.array(Vsum)
2280                    outname = 'PWDR '+result[-1]
2281                    Id = 0
2282                    if outname in Names:
2283                        dlg2 = wx.MessageDialog(self,'Overwrite data?','Duplicate data name',wx.OK|wx.CANCEL)
2284                        try:
2285                            if dlg2.ShowModal() == wx.ID_OK:
2286                                Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,name)
2287                                self.PatternTree.Delete(Id)
2288                        finally:
2289                            dlg2.Destroy()
2290                    Id = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text=outname)
2291                    if Id:
2292                        Sample = G2pdG.SetDefaultSample()
2293                        valuesdict = {
2294                            'wtFactor':1.0,
2295                            'Dummy':False,
2296                            'ranId':ran.randint(0,sys.maxint),
2297                            }
2298                        self.PatternTree.SetItemPyData(Id,[valuesdict,[np.array(Xsum),np.array(Ysum),np.array(Wsum),
2299                            np.array(YCsum),np.array(YBsum),np.array(YDsum)]])
2300                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Comments'),Comments)                   
2301                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Limits'),[tuple(Xminmax),Xminmax])
2302                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Background'),[['chebyschev',True,3,1.0,0.0,0.0],
2303                            {'nDebye':0,'debyeTerms':[],'nPeaks':0,'peaksList':[]}])
2304                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Instrument Parameters'),Inst)
2305                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Sample Parameters'),Sample)
2306                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Peak List'),[])
2307                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Index Peak List'),[])
2308                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Unit Cells List'),[])             
2309                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Reflection Lists'),{})             
2310                        self.PatternTree.SelectItem(Id)
2311                        self.PatternTree.Expand(Id)
2312            finally:
2313                dlg.Destroy()
2314
2315    def OnImageSum(self,event):
2316        'Sum together image data(?)'
2317        TextList = []
2318        DataList = []
2319        SumList = []
2320        Names = []
2321        Inst = []
2322        SumItemList = []
2323        Comments = ['Sum equals: \n']
2324        if self.PatternTree.GetCount():
2325            item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
2326            while item:
2327                name = self.PatternTree.GetItemText(item)
2328                Names.append(name)
2329                if 'IMG' in name:
2330                    TextList.append([0.0,name])
2331                    DataList.append(self.PatternTree.GetItemPyData(item))        #Size,Image
2332                    Data = self.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(self,item,'Image Controls'))
2333                item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)
2334            if len(TextList) < 2:
2335                self.ErrorDialog('Not enough data to sum','There must be more than one "IMG" pattern')
2336                return
2337            TextList.append('default_sum_name')               
2338            dlg = self.SumDialog(self,'Sum data','Enter scale for each image in summation','IMG',TextList)
2339            try:
2340                if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
2341                    imSize = 0
2342                    result = dlg.GetData()
2343                    First = True
2344                    Found = False
2345                    for i,item in enumerate(result[:-1]):
2346                        scale,name = item
2347                        data = DataList[i]
2348                        if scale:
2349                            Found = True                               
2350                            Comments.append("%10.3f %s" % (scale,' * '+name))
2351                            Npix,imagefile = data
2352                            image = G2IO.GetImageData(self,imagefile,imageOnly=True)
2353                            if First:
2354                                newImage = np.zeros_like(image)
2355                                First = False
2356                            if imSize:
2357                                if imSize != Npix:
2358                                    self.ErrorDialog('Image size error','Images to be summed must be same size'+ \
2359                                        '\nExpected:'+str(imSize)+ \
2360                                        '\nFound:   '+str(Npix)+'\nfor '+name)
2361                                    return
2362                                newImage = newImage+scale*image
2363                            else:
2364                                imSize = Npix
2365                                newImage = newImage+scale*image
2366                            del(image)
2367                    if not Found:
2368                        self.ErrorDialog('Image sum error','No nonzero image multipliers found')
2369                        return
2370                       
2371                    newImage = np.asfarray(newImage,dtype=np.float32)                       
2372                    outname = 'IMG '+result[-1]
2373                    Id = 0
2374                    if outname in Names:
2375                        dlg2 = wx.MessageDialog(self,'Overwrite data?','Duplicate data name',wx.OK|wx.CANCEL)
2376                        try:
2377                            if dlg2.ShowModal() == wx.ID_OK:
2378                                Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,name)
2379                        finally:
2380                            dlg2.Destroy()
2381                    else:
2382                        Id = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text=outname)
2383                    if Id:
2384                        dlg = wx.FileDialog(self, 'Choose sum image filename', '.', '', 
2385                            'G2img files (*.G2img)|*.G2img', 
2386                            wx.SAVE|wx.FD_OVERWRITE_PROMPT|wx.CHANGE_DIR)
2387                        if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
2388                            newimagefile = dlg.GetPath()
2389                            newimagefile = G2IO.FileDlgFixExt(dlg,newimagefile)
2390                            G2IO.PutG2Image(newimagefile,Comments,Data,Npix,newImage)
2391                            Imax = np.amax(newImage)
2392                            Imin = np.amin(newImage)
2393                            newImage = []
2394                            self.PatternTree.SetItemPyData(Id,[imSize,newimagefile])
2395                            self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Comments'),Comments)
2396                        del(newImage)
2397                        if self.imageDefault:
2398                            Data = copy.copy(self.imageDefault)
2399                        Data['showLines'] = True
2400                        Data['ring'] = []
2401                        Data['rings'] = []
2402                        Data['cutoff'] = 10
2403                        Data['pixLimit'] = 20
2404                        Data['ellipses'] = []
2405                        Data['calibrant'] = ''
2406                        Data['range'] = [(Imin,Imax),[Imin,Imax]]
2407                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Image Controls'),Data)                                           
2408                        Masks = {'Points':[],'Rings':[],'Arcs':[],'Polygons':[],'Frames':[],'Thresholds':[(Imin,Imax),[Imin,Imax]]}
2409                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Masks'),Masks)
2410                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Stress/Strain'),{})
2411                        self.PatternTree.SelectItem(Id)
2412                        self.PatternTree.Expand(Id)
2413                        self.PickId = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,outname)
2414                        self.Image = self.PickId
2415            finally:
2416                dlg.Destroy()
2417                     
2418    def OnAddPhase(self,event):
2419        'Add a new, empty phase to the tree. Called by Data/Add Phase menu'
2420        if not G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases'):
2421            sub = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text='Phases')
2422        else:
2423            sub = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases')
2424        PhaseName = ''
2425        dlg = wx.TextEntryDialog(None,'Enter a name for this phase','Phase Name Entry','New phase',
2426            style=wx.OK)
2427        if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
2428            PhaseName = dlg.GetValue()
2429        dlg.Destroy()
2430        sub = self.PatternTree.AppendItem(parent=sub,text=PhaseName)
2431        E,SGData = G2spc.SpcGroup('P 1')
2432        self.PatternTree.SetItemPyData(sub,G2IO.SetNewPhase(Name=PhaseName,SGData=SGData))
2433       
2434    def OnDeletePhase(self,event):
2435        'Delete a phase from the tree. Called by Data/Delete Phase menu'
2436        #Hmm, also need to delete this phase from Reflection Lists for each PWDR histogram
2437        if self.dataFrame:
2438            self.dataFrame.Clear() 
2439        TextList = []
2440        DelList = []
2441        DelItemList = []
2442        if G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases'):
2443            sub = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases')
2444        else:
2445            return
2446        if sub:
2447            item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(sub)
2448            while item:
2449                TextList.append(self.PatternTree.GetItemText(item))
2450                item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(sub, cookie)               
2451            dlg = wx.MultiChoiceDialog(self, 'Which phase to delete?', 'Delete phase', TextList, wx.CHOICEDLG_STYLE)
2452            try:
2453                if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
2454                    result = dlg.GetSelections()
2455                    for i in result: DelList.append([i,TextList[i]])
2456                    item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(sub)
2457                    i = 0
2458                    while item:
2459                        if [i,self.PatternTree.GetItemText(item)] in DelList: DelItemList.append(item)
2460                        item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(sub, cookie)
2461                        i += 1
2462                    for item in DelItemList:
2463                        name = self.PatternTree.GetItemText(item)
2464                        self.PatternTree.Delete(item)
2465                        self.G2plotNB.Delete(name)
2466                    item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
2467                    while item:
2468                        name = self.PatternTree.GetItemText(item)
2469                        if 'PWDR' in name:
2470                            Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,item, 'Reflection Lists')
2471                            refList = self.PatternTree.GetItemPyData(Id)
2472                            for i,item in DelList:
2473                                del(refList[item])
2474                            self.PatternTree.SetItemPyData(Id,refList)
2475                        item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)
2476            finally:
2477                dlg.Destroy()
2478               
2479    def OnRenameData(self,event):
2480        'Renames an existing phase. Called by Data/Rename Phase menu'
2481        name = self.PatternTree.GetItemText(self.PickId)     
2482        if 'PWDR' in name or 'HKLF' in name or 'IMG' in name:
2483            dataType = name[:name.index(' ')+1]                 #includes the ' '
2484            dlg = wx.TextEntryDialog(self,'Data name: '+dataType,'Change data name',
2485                defaultValue=name[name.index(' ')+1:])
2486            try:
2487                if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
2488                    self.PatternTree.SetItemText(self.PickId,dataType+dlg.GetValue())
2489            finally:
2490                dlg.Destroy()
2491       
2492    def GetFileList(self,fileType,skip=None):        #potentially useful?
2493        'Appears unused. Note routine of same name in GSASIIpwdGUI'
2494        fileList = []
2495        Source = ''
2496        id, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
2497        while id:
2498            name = self.PatternTree.GetItemText(id)
2499            if fileType in name:
2500                if id == skip:
2501                    Source = name
2502                else:
2503                    fileList.append([False,name,id])
2504            id, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)
2505        if skip:
2506            return fileList,Source
2507        else:
2508            return fileList
2509           
2510    def OnDataDelete(self, event):
2511        '''Delete one or more histograms from data tree. Called by the
2512        Data/DeleteData menu
2513        '''
2514        TextList = ['All Data']
2515        DelList = []
2516        DelItemList = []
2517        ifPWDR = False
2518        ifSASD = False
2519        ifIMG = False
2520        ifHKLF = False
2521        ifPDF = False
2522        if self.PatternTree.GetCount():
2523            item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
2524            while item:
2525                name = self.PatternTree.GetItemText(item)
2526                if name not in ['Notebook','Controls','Covariance','Constraints',
2527                    'Restraints','Phases','Rigid bodies']:
2528                    if 'PWDR' in name: ifPWDR = True
2529                    if 'SASD' in name: ifSASD = True
2530                    if 'IMG' in name: ifIMG = True
2531                    if 'HKLF' in name: ifHKLF = True
2532                    if 'PDF' in name: ifPDF = True
2533                    TextList.append(name)
2534                item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)
2535            if ifPWDR: TextList.insert(1,'All PWDR')
2536            if ifSASD: TextList.insert(1,'All SASD')
2537            if ifIMG: TextList.insert(1,'All IMG')
2538            if ifHKLF: TextList.insert(1,'All HKLF')
2539            if ifPDF: TextList.insert(1,'All PDF')               
2540            dlg = wx.MultiChoiceDialog(self, 'Which data to delete?', 'Delete data', TextList, wx.CHOICEDLG_STYLE)
2541            try:
2542                if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
2543                    result = dlg.GetSelections()
2544                    for i in result: DelList.append(TextList[i])
2545                    if 'All Data' in DelList:
2546                        DelList = [item for item in TextList if item[:3] != 'All']
2547                    elif 'All PWDR' in DelList:
2548                        DelList = [item for item in TextList if item[:4] == 'PWDR']
2549                    elif 'All SASD' in DelList:
2550                        DelList = [item for item in TextList if item[:4] == 'SASD']
2551                    elif 'All IMG' in DelList:
2552                        DelList = [item for item in TextList if item[:3] == 'IMG']
2553                    elif 'All HKLF' in DelList:
2554                        DelList = [item for item in TextList if item[:4] == 'HKLF']
2555                    elif 'All PDF' in DelList:
2556                        DelList = [item for item in TextList if item[:3] == 'PDF']
2557                    item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
2558                    while item:
2559                        if self.PatternTree.GetItemText(item) in DelList: DelItemList.append(item)
2560                        item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)
2561                    for item in DelItemList:
2562                        self.PatternTree.Delete(item)
2563                    self.PickId = 0
2564                    wx.CallAfter(G2plt.PlotPatterns,self,True)                        #so plot gets updated
2565            finally:
2566                dlg.Destroy()
2567
2568    def OnFileOpen(self, event, filename=None):
2569        '''Reads in a GSAS-II .gpx project file in response to the
2570        File/Open Project menu button
2571        '''
2572        result = wx.ID_OK
2573        Id = 0
2574        if self.PatternTree.GetChildrenCount(self.root,False):
2575            if self.dataFrame:
2576                self.dataFrame.Clear() 
2577            dlg = wx.MessageDialog(
2578                self,
2579                'Do you want to overwrite the current project? '
2580                'Any unsaved changes will be lost. Press OK to continue.',
2581                'Overwrite?',  wx.OK | wx.CANCEL)
2582            try:
2583                result = dlg.ShowModal()
2584                if result == wx.ID_OK:
2585                    self.PatternTree.DeleteChildren(self.root)
2586                    self.GSASprojectfile = ''
2587                    if self.HKL: self.HKL = []
2588                    if self.G2plotNB.plotList:
2589                        self.G2plotNB.clear()
2590            finally:
2591                dlg.Destroy()
2592        if result != wx.ID_OK: return
2593
2594        if not filename:
2595            if self.dataDisplay: self.dataDisplay.Destroy()
2596            dlg = wx.FileDialog(self, 'Choose GSAS-II project file', '.', '', 
2597                'GSAS-II project file (*.gpx)|*.gpx',wx.OPEN|wx.CHANGE_DIR)
2598            try:
2599                if dlg.ShowModal() != wx.ID_OK: return
2600                self.GSASprojectfile = dlg.GetPath()
2601                self.GSASprojectfile = G2IO.FileDlgFixExt(dlg,self.GSASprojectfile)
2602                self.dirname = dlg.GetDirectory()
2603            finally:
2604                dlg.Destroy()
2605        else:
2606            self.GSASprojectfile = os.path.splitext(filename)[0]+'.gpx'
2607            self.dirname = os.path.split(filename)[0]
2608
2609        G2IO.ProjFileOpen(self)
2610        self.PatternTree.SetItemText(self.root,'Loaded Data: '+self.GSASprojectfile)
2611        self.PatternTree.Expand(self.root)
2612        self.HKL = []
2613        item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
2614        while item and not Id:
2615            name = self.PatternTree.GetItemText(item)
2616            if name[:4] in ['PWDR','HKLF','IMG ','PDF ']:
2617                Id = item
2618            elif name == 'Controls':
2619                data = self.PatternTree.GetItemPyData(item)
2620                if data:
2621                    for item in self.Refine: item.Enable(True)
2622                    for item in self.SeqRefine: item.Enable(True)
2623            item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)
2624        if Id:
2625            self.PatternTree.SelectItem(Id)
2626        self.CheckNotebook()
2627        os.chdir(self.dirname)           # to get Mac/Linux to change directory!
2628
2629    def OnFileClose(self, event):
2630        '''Clears the data tree in response to the
2631        File/New Project menu button. User is given option to save
2632        the project.
2633        '''
2634        if self.dataFrame:
2635            self.dataFrame.Clear()
2636            self.dataFrame.SetLabel('GSAS-II data display') 
2637        dlg = wx.MessageDialog(self, 'Save current project?', ' ', wx.YES | wx.NO | wx.CANCEL)
2638        try:
2639            result = dlg.ShowModal()
2640            if result == wx.ID_OK:
2641                self.OnFileSaveMenu(event)
2642            if result != wx.ID_CANCEL:
2643                self.GSASprojectfile = ''
2644                self.PatternTree.SetItemText(self.root,'Loaded Data: ')
2645                self.PatternTree.DeleteChildren(self.root)
2646                if self.HKL: self.HKL = []
2647                if self.G2plotNB.plotList:
2648                    self.G2plotNB.clear()
2649        finally:
2650            dlg.Destroy()
2651
2652    def OnFileSave(self, event):
2653        '''Save the current project in response to the
2654        File/Save Project menu button
2655        '''
2656       
2657        if self.GSASprojectfile: 
2658            self.PatternTree.SetItemText(self.root,'Loaded Data: '+self.GSASprojectfile)
2659            G2IO.ProjFileSave(self)
2660        else:
2661            self.OnFileSaveas(event)
2662
2663    def OnFileSaveas(self, event):
2664        '''Save the current project in response to the
2665        File/Save as menu button
2666        '''
2667        dlg = wx.FileDialog(self, 'Choose GSAS-II project file name', '.', '', 
2668            'GSAS-II project file (*.gpx)|*.gpx',wx.FD_SAVE|wx.FD_OVERWRITE_PROMPT|wx.CHANGE_DIR)
2669        try:
2670            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
2671                self.GSASprojectfile = dlg.GetPath()
2672                self.GSASprojectfile = G2IO.FileDlgFixExt(dlg,self.GSASprojectfile)
2673                self.PatternTree.SetItemText(self.root,'Saving project as'+self.GSASprojectfile)
2674                self.SetTitle("GSAS-II data tree: "+os.path.split(self.GSASprojectfile)[1])
2675                G2IO.ProjFileSave(self)
2676                os.chdir(dlg.GetDirectory())           # to get Mac/Linux to change directory!
2677        finally:
2678            dlg.Destroy()
2679
2680    def ExitMain(self, event):
2681        '''Called if the main window is closed'''
2682        if self.undofile:
2683            os.remove(self.undofile)
2684        sys.exit()
2685       
2686    def OnFileExit(self, event):
2687        '''Called in response to the File/Quit menu button'''
2688        if self.dataFrame:
2689            self.dataFrame.Clear() 
2690            self.dataFrame.Destroy()
2691        self.Close()
2692       
2693    def OnExportPatterns(self,event):
2694        names = ['All']
2695        exports = []
2696        item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
2697        while item:
2698            name = self.PatternTree.GetItemText(item)
2699            if 'PWDR' in name:
2700                names.append(name)
2701            item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)
2702        if names:
2703            dlg = wx.MultiChoiceDialog(self,'Select','Powder patterns to export',names)
2704            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
2705                sel = dlg.GetSelections()
2706                if sel[0] == 0:
2707                    exports = names[1:]
2708                else:
2709                    for x in sel:
2710                        exports.append(names[x])
2711            dlg.Destroy()
2712        if exports:
2713            dlg = wx.FileDialog(self, 'Choose output powder file name', '.', '', 
2714                'GSAS fxye file (*.fxye)|*.fxye|xye file (*.xye)|*.xye',
2715                wx.FD_SAVE|wx.FD_OVERWRITE_PROMPT|wx.CHANGE_DIR)
2716            try:
2717                if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
2718                    powderfile = dlg.GetPath()
2719                    powderfile = G2IO.FileDlgFixExt(dlg,powderfile)
2720                    if 'fxye' in powderfile:
2721                        G2IO.powderFxyeSave(self,exports,powderfile)
2722                    else:       #just xye
2723                        G2IO.powderXyeSave(self,exports,powderfile)
2724            finally:
2725                dlg.Destroy()
2726       
2727    def OnExportPeakList(self,event):
2728        dlg = wx.FileDialog(self, 'Choose output peak list file name', '.', '', 
2729            '(*.*)|*.*',wx.FD_SAVE|wx.FD_OVERWRITE_PROMPT|wx.CHANGE_DIR)
2730        try:
2731            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
2732                self.peaklistfile = dlg.GetPath()
2733                self.peaklistfile = G2IO.FileDlgFixExt(dlg,self.peaklistfile)
2734                file = open(self.peaklistfile,'w')               
2735                item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
2736                while item:
2737                    name = self.PatternTree.GetItemText(item)
2738                    if 'PWDR' in name:
2739                        item2, cookie2 = self.PatternTree.GetFirstChild(item)
2740                        while item2:
2741                            name2 = self.PatternTree.GetItemText(item2)
2742                            if name2 == 'Peak List':
2743                                peaks = self.PatternTree.GetItemPyData(item2)
2744                                file.write("%s \n" % (name+' Peak List'))               
2745                                for peak in peaks:
2746                                    file.write("%10.5f %12.2f %10.3f %10.3f \n" % \
2747                                        (peak[0],peak[2],peak[4],peak[6]))
2748                            item2, cookie2 = self.PatternTree.GetNextChild(item, cookie2)                           
2749                    item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)                           
2750                file.close()
2751        finally:
2752            dlg.Destroy()
2753       
2754    def OnExportHKL(self,event):
2755        dlg = wx.FileDialog(self, 'Choose output reflection list file name', '.', '', 
2756            '(*.*)|*.*',wx.FD_SAVE|wx.FD_OVERWRITE_PROMPT|wx.CHANGE_DIR)
2757        try:
2758            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
2759                self.peaklistfile = dlg.GetPath()
2760                self.peaklistfile = G2IO.FileDlgFixExt(dlg,self.peaklistfile)
2761                file = open(self.peaklistfile,'w')               
2762                item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
2763                while item:
2764                    name = self.PatternTree.GetItemText(item)
2765                    if 'PWDR' in name:
2766                        item2, cookie2 = self.PatternTree.GetFirstChild(item)
2767                        while item2:
2768                            name2 = self.PatternTree.GetItemText(item2)
2769                            if name2 == 'Reflection Lists':
2770                                data = self.PatternTree.GetItemPyData(item2)
2771                                phases = data.keys()
2772                                for phase in phases:
2773                                    peaks = data[phase]
2774                                    file.write("%s %s %s \n" % (name,phase,' Reflection List'))
2775                                    file.write('%s \n'%(' h  k  l  m  d-space 2-theta wid F**2'))               
2776                                    for peak in peaks:
2777                                        FWHM = G2pwd.getgamFW(peak[7],peak[6])/50.      #to get delta-2-theta in deg.
2778                                        file.write(" %3d %3d %3d %3d %10.5f %10.5f %10.5f %10.3f \n" % \
2779                                            (int(peak[0]),int(peak[1]),int(peak[2]),int(peak[3]),peak[4],peak[5],FWHM,peak[8]))
2780                            item2, cookie2 = self.PatternTree.GetNextChild(item, cookie2)                           
2781                    item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)                           
2782                file.close()
2783        finally:
2784            dlg.Destroy()
2785       
2786    def OnExportPDF(self,event):
2787        #need S(Q) and G(R) to be saved here - probably best from selection?
2788        names = ['All']
2789        exports = []
2790        item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
2791        while item:
2792            name = self.PatternTree.GetItemText(item)
2793            if 'PDF' in name:
2794                names.append(name)
2795            item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)
2796        if names:
2797            dlg = wx.MultiChoiceDialog(self,'Select','PDF patterns to export',names)
2798            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
2799                sel = dlg.GetSelections()
2800                if sel[0] == 0:
2801                    exports = names[1:]
2802                else:
2803                    for x in sel:
2804                        exports.append(names[x])
2805            dlg.Destroy()
2806        if exports:
2807            G2IO.PDFSave(self,exports)
2808       
2809    def OnMakePDFs(self,event):
2810        '''Calculates PDFs
2811        '''
2812        tth2q = lambda t,w:4.0*math.pi*sind(t/2.0)/w
2813        TextList = ['All PWDR']
2814        PDFlist = []
2815        Names = []
2816        if self.PatternTree.GetCount():
2817            id, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
2818            while id:
2819                name = self.PatternTree.GetItemText(id)
2820                Names.append(name)
2821                if 'PWDR' in name:
2822                    TextList.append(name)
2823                id, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)
2824            if len(TextList) == 1:
2825                self.ErrorDialog('Nothing to make PDFs for','There must be at least one "PWDR" pattern')
2826                return
2827            dlg = wx.MultiChoiceDialog(self,'Make PDF controls','Make PDF controls for:',TextList, wx.CHOICEDLG_STYLE)
2828            try:
2829                if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
2830                    result = dlg.GetSelections()
2831                    for i in result: PDFlist.append(TextList[i])
2832                    if 0 in result:
2833                        PDFlist = [item for item in TextList if item[:4] == 'PWDR']                       
2834                    for item in PDFlist:
2835                        PWDRname = item[4:]
2836                        Id = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text='PDF '+PWDRname)
2837                        Data = {
2838                            'Sample':{'Name':item,'Mult':1.0,'Add':0.0},
2839                            'Sample Bkg.':{'Name':'','Mult':-1.0,'Add':0.0},
2840                            'Container':{'Name':'','Mult':-1.0,'Add':0.0},
2841                            'Container Bkg.':{'Name':'','Mult':-1.0,'Add':0.0},'ElList':{},
2842                            'Geometry':'Cylinder','Diam':1.0,'Pack':0.50,'Form Vol':10.0,
2843                            'DetType':'Image plate','ObliqCoeff':0.2,'Ruland':0.025,'QScaleLim':[0,100],
2844                            'Lorch':True,}
2845                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='PDF Controls'),Data)
2846                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='I(Q)'+PWDRname),[])       
2847                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='S(Q)'+PWDRname),[])       
2848                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='F(Q)'+PWDRname),[])       
2849                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='G(R)'+PWDRname),[])       
2850                for item in self.ExportPDF: item.Enable(True)
2851            finally:
2852                dlg.Destroy()
2853               
2854    def GetPWDRdatafromTree(self,PWDRname):
2855        ''' Returns powder data from GSASII tree
2856
2857        :param str PWDRname: a powder histogram name as obtained from
2858          :meth:`GSASIIstruct.GetHistogramNames`
2859
2860        :returns: PWDRdata = powder data dictionary with
2861          Powder data arrays, Limits, Instrument Parameters,
2862          Sample Parameters           
2863        '''
2864        PWDRdata = {}
2865        try:
2866            PWDRdata.update(self.PatternTree.GetItemPyData(PWDRname)[0])            #wtFactor + ?
2867        except ValueError:
2868            PWDRdata['wtFactor'] = 1.0
2869        PWDRdata['Data'] = self.PatternTree.GetItemPyData(PWDRname)[1]          #powder data arrays
2870        PWDRdata['Limits'] = self.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(self,PWDRname,'Limits'))
2871        PWDRdata['Background'] = self.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(self,PWDRname,'Background'))
2872        PWDRdata['Instrument Parameters'] = self.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(self,PWDRname,'Instrument Parameters'))
2873        PWDRdata['Sample Parameters'] = self.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(self,PWDRname,'Sample Parameters'))
2874        PWDRdata['Reflection Lists'] = self.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(self,PWDRname,'Reflection Lists'))
2875        if 'ranId' not in PWDRdata:  # patch, add a random Id
2876            PWDRdata['ranId'] = ran.randint(0,sys.maxint)
2877        if 'ranId' not in PWDRdata['Sample Parameters']:  # I hope this becomes obsolete at some point
2878            PWDRdata['Sample Parameters']['ranId'] = PWDRdata['ranId']
2879        return PWDRdata
2880
2881    def GetHKLFdatafromTree(self,HKLFname):
2882        ''' Returns single crystal data from GSASII tree
2883
2884        :param str HKLFname: a single crystal histogram name as obtained
2885          from
2886          :meth:`GSASIIstruct.GetHistogramNames`
2887
2888        :returns: HKLFdata = single crystal data list of reflections
2889
2890        '''
2891        HKLFdata = {}
2892        HKLFdata.update(self.PatternTree.GetItemPyData(HKLFname)[0])            #wtFactor + ?
2893#        try:
2894#            HKLFdata.update(self.PatternTree.GetItemPyData(HKLFname)[0])            #wtFactor + ?
2895#        except ValueError:
2896#            HKLFdata['wtFactor'] = 1.0
2897        HKLFdata['Data'] = self.PatternTree.GetItemPyData(HKLFname)[1]
2898        HKLFdata['Instrument Parameters'] = self.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(self,HKLFname,'Instrument Parameters'))
2899        return HKLFdata
2900       
2901    def GetPhaseData(self):
2902        '''Returns a dict with defined phases.
2903        Note routine :func:`GSASIIstrIO.GetPhaseData` also exists to
2904        get same info from GPX file.
2905        '''
2906        phaseData = {}
2907        if G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases'):
2908            sub = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases')
2909        else:
2910            print 'no phases found in GetPhaseData'
2911            sub = None
2912        if sub:
2913            item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(sub)
2914            while item:
2915                phaseName = self.PatternTree.GetItemText(item)
2916                phaseData[phaseName] =  self.PatternTree.GetItemPyData(item)
2917                if 'ranId' not in phaseData[phaseName]:
2918                    phaseData[phaseName]['ranId'] = ran.randint(0,sys.maxint)         
2919                item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(sub, cookie)
2920        return phaseData
2921
2922    def GetPhaseInfofromTree(self):
2923        '''Get the phase names and their rId values,
2924        also the histograms used in each phase.
2925
2926        :returns: (phaseRIdList, usedHistograms) where
2927
2928          * phaseRIdList is a list of random Id values for each phase
2929          * usedHistograms is a dict where the keys are the phase names
2930            and the values for each key are a list of the histogram names
2931            used in each phase.
2932        '''
2933        phaseRIdList = []
2934        usedHistograms = {}
2935        sub = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases')
2936        if sub:
2937            item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(sub)
2938            while item:
2939                phaseName = self.PatternTree.GetItemText(item)
2940                ranId = self.PatternTree.GetItemPyData(item).get('ranId')
2941                if ranId: phaseRIdList.append(ranId)
2942                data = self.PatternTree.GetItemPyData(item)
2943                UseList = data['Histograms']
2944                usedHistograms[phaseName] = UseList.keys()
2945                item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(sub, cookie)
2946        return phaseRIdList,usedHistograms
2947
2948    def GetPhaseNames(self):
2949        '''Returns a list of defined phases.
2950        Note routine :func:`GSASIIstrIO.GetPhaseNames` also exists to
2951        get same info from GPX file.
2952        '''
2953        phaseNames = []
2954        if G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases'):
2955            sub = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases')
2956        else:
2957            print 'no phases found in GetPhaseNames'
2958            sub = None
2959        if sub:
2960            item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(sub)
2961            while item:
2962                phase = self.PatternTree.GetItemText(item)
2963                phaseNames.append(phase)
2964                item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(sub, cookie)
2965        return phaseNames
2966   
2967    def GetHistogramNames(self,hType):
2968        """ Returns a list of histogram names found in the GSASII data tree
2969        Note routine :func:`GSASIIstrIO.GetHistogramNames` also exists to
2970        get same info from GPX file.
2971       
2972        :param str hType: list of histogram types
2973        :return: list of histogram names
2974       
2975        """
2976        HistogramNames = []
2977        if self.PatternTree.GetCount():
2978            item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
2979            while item:
2980                name = self.PatternTree.GetItemText(item)
2981                if name[:4] in hType:
2982                    HistogramNames.append(name)       
2983                item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)               
2984
2985        return HistogramNames
2986
2987                   
2988    def GetUsedHistogramsAndPhasesfromTree(self):
2989        ''' Returns all histograms that are found in any phase
2990        and any phase that uses a histogram.
2991        This also assigns numbers to used phases and histograms by the
2992        order they appear in the file.
2993        Note routine :func:`GSASIIstrIO.GetUsedHistogramsAndPhasesfromTree` also exists to
2994        get same info from GPX file.
2995
2996        :returns: (Histograms,Phases)
2997
2998            * Histograms = dictionary of histograms as {name:data,...}
2999            * Phases = dictionary of phases that use histograms
3000        '''
3001        Histograms = {}
3002        Phases = {}
3003        phaseNames = self.GetPhaseNames()
3004        phaseData = self.GetPhaseData()
3005        histoList = self.GetHistogramNames(['PWDR','HKLF'])
3006
3007        for phase in phaseData:
3008            Phase = phaseData[phase]
3009            pId = phaseNames.index(phase)
3010            Phase['pId'] = pId
3011            if Phase['Histograms']:
3012                if phase not in Phases:
3013                    Phases[phase] = Phase
3014                for hist in Phase['Histograms']:
3015                    if 'Use' not in Phase['Histograms'][hist]:      #patch: add Use flag as True
3016                        Phase['Histograms'][hist]['Use'] = True         
3017                    if hist not in Histograms and Phase['Histograms'][hist]['Use']:
3018                        item = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,hist)
3019                        if item:
3020                            if 'PWDR' in hist[:4]: 
3021                                Histograms[hist] = self.GetPWDRdatafromTree(item)
3022                            elif 'HKLF' in hist[:4]:
3023                                Histograms[hist] = self.GetHKLFdatafromTree(item)
3024                            hId = histoList.index(hist)
3025                            Histograms[hist]['hId'] = hId
3026                        else: # would happen if a referenced histogram were renamed or deleted
3027                            print('For phase "'+str(phase)+
3028                                  '" unresolved reference to histogram "'+str(hist)+'"')
3029        #G2obj.IndexAllIds(Histograms=Histograms,Phases=Phases)
3030        G2obj.IndexAllIds(Histograms=Histograms,Phases=phaseData)
3031        return Histograms,Phases
3032       
3033    def MakeLSParmDict(self):
3034        '''Load all parameters used for computation from the tree into a
3035        dict of paired values [value, refine flag]. Note that this is
3036        different than the parmDict used in the refinement, which only has
3037        values.
3038
3039        Note that similar things are done in
3040        :meth:`GSASIIIO.ExportBaseclass.loadParmDict` (from the tree) and
3041        :func:`GSASIIstrMain.Refine` and :func:`GSASIIstrMain.SeqRefine` (from
3042        a GPX file).
3043
3044        :returns: (parmDict,varyList) where:
3045
3046         * parmDict is a dict with values and refinement flags
3047           for each parameter and
3048         * varyList is a list of variables (refined parameters).
3049        '''
3050        parmDict = {}
3051        Histograms,Phases = self.GetUsedHistogramsAndPhasesfromTree()
3052        for phase in Phases:
3053            if 'pId' not in Phases[phase]:
3054                self.ErrorDialog('View parameter error','You must run least squares at least once')
3055                raise Exception,'No pId for phase '+str(phase)
3056        rigidbodyDict = self.PatternTree.GetItemPyData(   
3057            G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Rigid bodies'))
3058        rbVary,rbDict = G2stIO.GetRigidBodyModels(rigidbodyDict,Print=False)
3059        rbIds = rigidbodyDict.get('RBIds',{'Vector':[],'Residue':[]})
3060        Natoms,atomIndx,phaseVary,phaseDict,pawleyLookup,FFtable,BLtable = G2stIO.GetPhaseData(Phases,RestraintDict=None,rbIds=rbIds,Print=False)       
3061        hapVary,hapDict,controlDict = G2stIO.GetHistogramPhaseData(Phases,Histograms,Print=False)
3062        histVary,histDict,controlDict = G2stIO.GetHistogramData(Histograms,Print=False)
3063        varyList = rbVary+phaseVary+hapVary+histVary
3064        parmDict.update(rbDict)
3065        parmDict.update(phaseDict)
3066        parmDict.update(hapDict)
3067        parmDict.update(histDict)
3068        for parm in parmDict:
3069            if parm.split(':')[-1] in ['Azimuth','Gonio. radius','Lam1','Lam2',
3070                'Omega','Chi','Phi','nDebye','nPeaks']:
3071                parmDict[parm] = [parmDict[parm],'-']
3072            elif parm.split(':')[-2] in ['Ax','Ay','Az','SHmodel','SHord']:
3073                parmDict[parm] = [parmDict[parm],'-']
3074            elif parm in varyList:
3075                parmDict[parm] = [parmDict[parm],'T']
3076            else:
3077                parmDict[parm] = [parmDict[parm],'F']
3078        # for i in parmDict: print i,'\t',parmDict[i]
3079        # fl = open('parmDict.dat','wb')
3080        # import cPickle
3081        # cPickle.dump(parmDict,fl,1)
3082        # fl.close()
3083        return parmDict,varyList
3084
3085    def ShowLSParms(self,event):
3086        '''Displays a window showing all parameters in the refinement.
3087        Called from the Calculate/View LS Parms menu.
3088        '''
3089        parmDict,varyList = self.MakeLSParmDict()
3090        parmValDict = {}
3091        for i in parmDict:
3092            parmValDict[i] = parmDict[i][0]
3093           
3094        reqVaryList = tuple(varyList) # save requested variables
3095        try:
3096            # process constraints
3097            sub = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Constraints') 
3098            Constraints = self.PatternTree.GetItemPyData(sub)
3099            constList = []
3100            for item in Constraints:
3101                if item.startswith('_'): continue
3102                constList += Constraints[item]
3103            G2mv.InitVars()
3104            constrDict,fixedList,ignored = G2stIO.ProcessConstraints(constList)
3105            groups,parmlist = G2mv.GroupConstraints(constrDict)
3106            G2mv.GenerateConstraints(groups,parmlist,varyList,constrDict,fixedList)
3107            G2mv.Map2Dict(parmValDict,varyList)
3108        except:
3109            pass
3110        dlg = G2gd.ShowLSParms(self,'Least Squares Parameters',parmValDict,varyList,reqVaryList)
3111        dlg.ShowModal()
3112        dlg.Destroy()
3113       
3114    def OnRefine(self,event):
3115        '''Perform a refinement.
3116        Called from the Calculate/Refine menu.
3117        '''       
3118        self.OnFileSave(event)
3119        # check that constraints are OK here
3120        errmsg, warnmsg = G2stIO.CheckConstraints(self.GSASprojectfile)
3121        if errmsg:
3122            print('Error in constraints:\n'+errmsg+
3123                  '\nRefinement not possible')
3124            self.ErrorDialog('Constraint Error',
3125                             'Error in constraints:\n'+errmsg+
3126                             '\nRefinement not possible')
3127            return
3128        if warnmsg:
3129            print('Conflict between refinment flag settings and constraints:\n'+
3130                  warnmsg+'\nRefinement not possible')
3131            self.ErrorDialog('Refinement Flag Error',
3132                             'Conflict between refinment flag settings and constraints:\n'+
3133                             warnmsg+
3134                             '\nRefinement not possible')
3135            return
3136        #works - but it'd be better if it could restore plots
3137        dlg = wx.ProgressDialog('Residual','All data Rw =',101.0, 
3138            style = wx.PD_ELAPSED_TIME|wx.PD_AUTO_HIDE|wx.PD_CAN_ABORT)
3139        screenSize = wx.ClientDisplayRect()
3140        Size = dlg.GetSize()
3141        Size = (int(Size[0]*1.2),Size[1]) # increase size a bit along x
3142        dlg.SetPosition(wx.Point(screenSize[2]-Size[0]-305,screenSize[1]+5))
3143        dlg.SetSize(Size)
3144        Rw = 100.00
3145        try:
3146            Rw = G2stMn.Refine(self.GSASprojectfile,dlg)
3147        finally:
3148            dlg.Destroy()
3149        oldId =  self.PatternTree.GetSelection()
3150        oldName = self.PatternTree.GetItemText(oldId)
3151        parentId = self.PatternTree.GetItemParent(oldId)
3152        parentName = ''
3153        if parentId:
3154            parentName = self.PatternTree.GetItemText(parentId)
3155        dlg = wx.MessageDialog(self,'Load new result?','Refinement results, Rw =%.3f'%(Rw),wx.OK|wx.CANCEL)
3156        try:
3157            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
3158                Id = 0
3159                self.PatternTree.DeleteChildren(self.root)
3160                if self.HKL: self.HKL = []
3161                if self.G2plotNB.plotList:
3162                    self.G2plotNB.clear()
3163                G2IO.ProjFileOpen(self)
3164                item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
3165                while item and not Id:
3166                    name = self.PatternTree.GetItemText(item)
3167                    if name[:4] in ['PWDR','HKLF']:
3168                        Id = item
3169                    item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)               
3170                if parentName:
3171                    parentId = G2gd.GetPatternTreeItemId(self, self.root, parentName)
3172                    if parentId:
3173                        itemId = G2gd.GetPatternTreeItemId(self, parentId, oldName)
3174                    else:
3175                        itemId = G2gd.GetPatternTreeItemId(self, self.root, oldName)
3176                    self.PatternTree.SelectItem(itemId)
3177                elif Id:
3178                    self.PatternTree.SelectItem(Id)
3179        finally:
3180            dlg.Destroy()
3181
3182    def OnSeqRefine(self,event):
3183        '''Perform a sequential refinement.
3184        Called from the Calculate/Sequential refine menu.
3185        '''       
3186        Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Sequential results')
3187        if not Id:
3188            Id = self.PatternTree.AppendItem(self.root,text='Sequential results')
3189            self.PatternTree.SetItemPyData(Id,{})           
3190        self.OnFileSave(event)
3191        # check that constraints are OK here
3192        errmsg, warnmsg = G2stIO.CheckConstraints(self.GSASprojectfile)
3193        if errmsg:
3194            print('Error in constraints:\n'+errmsg+
3195                  '\nRefinement not possible')
3196            self.ErrorDialog('Constraint Error',
3197                             'Error in constraints:\n'+errmsg+
3198                             '\nRefinement not possible')
3199            return
3200        if warnmsg:
3201            print('Conflict between refinment flag settings and constraints:\n'+
3202                  warnmsg+'\nRefinement not possible')
3203            self.ErrorDialog('Refinement Flag Error',
3204                             'Conflict between refinment flag settings and constraints:\n'+
3205                             warnmsg+'\nRefinement not possible')
3206            return
3207        dlg = wx.ProgressDialog('Residual for histogram 0','Powder profile Rwp =',101.0, 
3208            style = wx.PD_ELAPSED_TIME|wx.PD_AUTO_HIDE|wx.PD_CAN_ABORT)
3209        screenSize = wx.ClientDisplayRect()
3210        Size = dlg.GetSize()
3211        Size = (int(Size[0]*1.2),Size[1]) # increase size a bit along x
3212        dlg.SetPosition(wx.Point(screenSize[2]-Size[0]-305,screenSize[1]+5))
3213        dlg.SetSize(Size)
3214        try:
3215            G2stMn.SeqRefine(self.GSASprojectfile,dlg)
3216        finally:
3217            dlg.Destroy()       
3218        dlg = wx.MessageDialog(self,'Load new result?','Refinement results',wx.OK|wx.CANCEL)
3219        try:
3220            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
3221                Id = 0
3222                self.PatternTree.DeleteChildren(self.root)
3223                if self.HKL: self.HKL = []
3224                if self.G2plotNB.plotList:
3225                    self.G2plotNB.clear()
3226                G2IO.ProjFileOpen(self)
3227                item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
3228                while item and not Id:
3229                    name = self.PatternTree.GetItemText(item)
3230                    if name[:4] in ['PWDR','HKLF']:
3231                        Id = item
3232                    item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)               
3233                if Id:
3234                    self.PatternTree.SelectItem(Id)
3235        finally:
3236            dlg.Destroy()
3237       
3238    def ErrorDialog(self,title,message,parent=None, wtype=wx.OK):
3239        'Display an error message'
3240        result = None
3241        if parent is None:
3242            dlg = wx.MessageDialog(self, message, title,  wtype)
3243        else:
3244            dlg = wx.MessageDialog(parent, message, title,  wtype)
3245            dlg.CenterOnParent() # not working on Mac
3246        try:
3247            result = dlg.ShowModal()
3248        finally:
3249            dlg.Destroy()
3250        return result
3251
3252class GSASIImain(wx.App):
3253    '''Defines a wxApp for GSAS-II
3254
3255    Creates a wx frame (self.main) which contains the display of the
3256    data tree.
3257    '''
3258    def OnInit(self):
3259        '''Called automatically when the app is created.'''
3260        self.main = GSASII(None)
3261        self.main.Show()
3262        self.SetTopWindow(self.main)
3263        return True
3264    def MacOpenFile(self, filename):
3265        '''Called on Mac every time a file is dropped on the app when it is running,
3266        treat this like a File/Open project menu action.
3267        Should be ignored on other platforms
3268        '''
3269        self.main.OnFileOpen(None,filename)
3270
3271def main():
3272    '''Start up the GSAS-II application'''
3273    #application = GSASIImain() # don't redirect output, someday we
3274    # may want to do this if we can
3275    application = GSASIImain(0)
3276    if wxInspector:
3277        import wx.lib.inspection as wxeye
3278        wxeye.InspectionTool().Show()
3279
3280    #application.main.OnRefine(None)
3281    application.MainLoop()
3282   
3283if __name__ == '__main__':
3284    main() # start the GUI
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.