source: trunk/GSASII.py @ 1048

Last change on this file since 1048 was 1048, checked in by toby, 9 years ago

fix About box

  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Date Author Revision URL Id
File size: 118.2 KB
Line 
1#!/usr/bin/env python
2# -*- coding: utf-8 -*-
3#GSASII
4########### SVN repository information ###################
5# $Date: 2013-08-30 21:01:05 +0000 (Fri, 30 Aug 2013) $
6# $Author: toby $
7# $Revision: 1048 $
8# $URL: trunk/GSASII.py $
9# $Id: GSASII.py 1048 2013-08-30 21:01:05Z toby $
10########### SVN repository information ###################
11'''
12*GSAS-II Main Module*
13=====================
14
15Main routines for the GSAS-II program
16'''
17
18import os
19import sys
20import math
21import copy
22import random as ran
23import time
24import copy
25import glob
26import imp
27import inspect
28import numpy as np
29import scipy as sp
30import wx
31import matplotlib as mpl
32import wx.lib.inspection as wxeye
33try:
34    import OpenGL as ogl
35except ImportError:
36    print('*******************************************************')
37    print('PyOpenGL is missing from your python installation')
38    print('     - we will try to install it')
39    print('*******************************************************')
40    def install_with_easyinstall(package):
41        try: 
42            print "trying a system-wide PyOpenGl install"
43            easy_install.main(['-f',os.path.split(__file__)[0],package])
44            return
45        except:
46            pass
47        try: 
48            print "trying a user level PyOpenGl install"
49            easy_install.main(['-f',os.path.split(__file__)[0],'--user',package])
50            return
51        except:
52            print "Install of '+package+' failed. Please report this information:"
53            import traceback
54            print traceback.format_exc()
55            sys.exit()
56    from setuptools.command import easy_install
57    install_with_easyinstall('PyOpenGl')
58    print('*******************************************************')         
59    print('OpenGL has been installed. Please restart GSAS-II')
60    print('*******************************************************')         
61    sys.exit()
62
63# load the GSAS routines
64import GSASIIpath
65GSASIIpath.SetVersionNumber("$Revision: 1048 $")
66import GSASIIIO as G2IO
67import GSASIIgrid as G2gd
68import GSASIIplot as G2plt
69import GSASIIpwd as G2pwd
70import GSASIIpwdGUI as G2pdG
71import GSASIIspc as G2spc
72import GSASIIstrMain as G2stMn
73import GSASIIstrIO as G2stIO
74import GSASIImapvars as G2mv
75import GSASIIsolve as G2sol
76
77#wx inspector - use as needed
78wxInspector = False
79
80# print versions
81print "Python module versions loaded:"
82print "python:     ",sys.version[:5]
83print "wxpython:   ",wx.__version__
84print "matplotlib: ",mpl.__version__
85print "numpy:      ",np.__version__
86print "scipy:      ",sp.__version__
87print "OpenGL:     ",ogl.__version__
88try:
89    import mkl
90    print "Max threads ",mkl.get_max_threads()
91except:
92    pass
93#    print "MKL module not present"
94__version__ = '0.2.0'
95G2gd.__version__ = __version__
96print "This is GSAS-II version:     ",__version__,' revision '+str(GSASIIpath.GetVersionNumber())
97
98# useful degree trig functions
99sind = lambda x: math.sin(x*math.pi/180.)
100cosd = lambda x: math.cos(x*math.pi/180.)
101tand = lambda x: math.tan(x*math.pi/180.)
102asind = lambda x: 180.*math.asin(x)/math.pi
103acosd = lambda x: 180.*math.acos(x)/math.pi
104atan2d = lambda x,y: 180.*math.atan2(y,x)/math.pi
105
106def create(parent):
107    return GSASII(parent)
108
109class GSASII(wx.Frame):
110    '''Define the main GSAS-II frame and its associated menu items
111    '''
112    def _Add_FileMenuItems(self, parent):
113        item = parent.Append(
114            help='Open a gsasii project file (*.gpx)', id=wx.ID_ANY,
115            kind=wx.ITEM_NORMAL,text='&Open project...')
116        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnFileOpen, id=item.GetId())
117        item = parent.Append(
118            help='Save project to old file', id=wx.ID_ANY,
119            kind=wx.ITEM_NORMAL,text='&Save project')
120        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnFileSave, id=item.GetId())
121        item = parent.Append(
122            help='Save project to new file', id=wx.ID_ANY,
123            kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Save As...')
124        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnFileSaveas, id=item.GetId())
125        item = parent.Append(
126            help='Close project, saving is optional', id=wx.ID_ANY,
127            kind=wx.ITEM_NORMAL,text='&Close project')
128        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnFileClose, id=item.GetId())
129        item = parent.Append(
130            help='Exit from gsasii', id=wx.ID_ANY,
131            kind=wx.ITEM_NORMAL,text='&Exit')
132        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnFileExit, id=item.GetId())
133       
134    def _Add_DataMenuItems(self,parent):
135        item = parent.Append(
136            help='',id=wx.ID_ANY,
137            kind=wx.ITEM_NORMAL,
138            text='Read image data...')
139        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnImageRead, id=item.GetId())
140        item = parent.Append(
141            help='',id=wx.ID_ANY,
142            kind=wx.ITEM_NORMAL,
143            text='Read Powder Pattern Peaks...')
144        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnReadPowderPeaks, id=item.GetId())
145        item = parent.Append(
146            help='',id=wx.ID_ANY,
147            kind=wx.ITEM_NORMAL,
148            text='Sum powder data')
149        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnPwdrSum, id=item.GetId())
150        item = parent.Append(
151            help='',id=wx.ID_ANY,
152            kind=wx.ITEM_NORMAL,
153            text='Sum image data')
154        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnImageSum, id=item.GetId())
155        item = parent.Append(
156            help='',id=wx.ID_ANY,
157            kind=wx.ITEM_NORMAL,
158            text='Add phase')
159        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnAddPhase, id=item.GetId())
160        item = parent.Append(
161            help='',id=wx.ID_ANY,
162            kind=wx.ITEM_NORMAL,
163            text='Delete phase')
164        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnDeletePhase, id=item.GetId())
165        item = parent.Append(
166            help='',id=wx.ID_ANY,
167            kind=wx.ITEM_NORMAL,
168            text='Rename data') 
169        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnRenameData, id=item.GetId())
170        item = parent.Append(
171            help='',id=wx.ID_ANY,
172            kind=wx.ITEM_NORMAL,
173            text='Delete data')
174        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnDataDelete, id=item.GetId())
175               
176    def _Add_CalculateMenuItems(self,parent):
177        item = parent.Append(help='Make new PDFs from selected powder patterns', 
178            id=wx.ID_ANY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Make new PDFs')
179        self.MakePDF.append(item)
180#        item.Enable(False)
181        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnMakePDFs, id=item.GetId())
182       
183        item = parent.Append(help='View least squares parameters', 
184            id=wx.ID_ANY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='&View LS parms')
185        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnViewLSParms, id=item.GetId())
186       
187        item = parent.Append(help='', id=wx.ID_ANY, kind=wx.ITEM_NORMAL,
188            text='&Refine')
189        if len(self.Refine): # extend state for new menus to match main (on mac)
190            state = self.Refine[0].IsEnabled()
191        else:
192            state = False
193        item.Enable(state)
194        self.Refine.append(item)
195        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnRefine, id=item.GetId())
196       
197        item = parent.Append(help='', id=wx.ID_ANY, kind=wx.ITEM_NORMAL,
198            text='Sequental refine')
199        if len(self.SeqRefine): # extend state for new menus to match main (on mac)
200            state = self.SeqRefine[0].IsEnabled()
201        else:
202            state = False
203        item.Enable(state)
204        self.SeqRefine.append(item)
205        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnSeqRefine, id=item.GetId())
206       
207    def _init_Imports(self):
208        '''import all the G2phase*.py & G2sfact*.py & G2pwd*.py files that
209        are found in the path
210        '''
211
212        self.ImportPhaseReaderlist = []
213        self._init_Import_routines('phase',self.ImportPhaseReaderlist,'Phase')
214        self.ImportSfactReaderlist = []
215        self._init_Import_routines('sfact',self.ImportSfactReaderlist,'Struct_Factor')
216        self.ImportPowderReaderlist = []
217        self._init_Import_routines('pwd',self.ImportPowderReaderlist,'Powder_Data')
218        self.ImportMenuId = {}
219
220    def _init_Import_routines(self,prefix,readerlist,errprefix):
221        '''import all the import readers matching the prefix
222        '''
223        #path2GSAS2 = os.path.dirname(os.path.realpath(__file__)) # location of this file
224        #pathlist = sys.path[:]
225        #if path2GSAS2 not in pathlist: pathlist.append(path2GSAS2)
226        #path2GSAS2 = os.path.join(
227        #    os.path.dirname(os.path.realpath(__file__)), # location of this file
228        #    'imports')
229        pathlist = sys.path[:]
230        #if path2GSAS2 not in pathlist: pathlist.append(path2GSAS2)
231
232        filelist = []
233        for path in pathlist:
234            for filename in glob.iglob(os.path.join(
235                path,
236                "G2"+prefix+"*.py")):
237                filelist.append(filename)   
238                #print 'debug: found',filename
239        filelist = sorted(list(set(filelist))) # remove duplicates
240        for filename in filelist:
241            path,rootname = os.path.split(filename)
242            pkg = os.path.splitext(rootname)[0]
243            try:
244                fp = None
245                fp, fppath,desc = imp.find_module(pkg,[path,])
246                pkg = imp.load_module(pkg,fp,fppath,desc)
247                for clss in inspect.getmembers(pkg): # find classes defined in package
248                    if clss[0].startswith('_'): continue
249                    if inspect.isclass(clss[1]):
250                        # check if we have the required methods
251                        for m in 'Reader','ExtensionValidator','ContentsValidator':
252                            if not hasattr(clss[1],m): break
253                            if not callable(getattr(clss[1],m)): break
254                        else:
255                            reader = clss[1]() # create an import instance
256                            readerlist.append(reader)
257            except AttributeError:
258                print 'Import_'+errprefix+': Attribute Error'+str(filename)
259                pass
260            except ImportError:
261                print 'Import_'+errprefix+': Error importing file'+str(filename)
262                pass
263            if fp: fp.close()
264
265    def OnImportGeneric(self,reader,readerlist,label,multiple=False):
266        '''Used to import Phases, powder dataset or single
267        crystal datasets (structure factor tables) using reader objects
268        subclassed from GSASIIIO.ImportPhase, GSASIIIO.ImportStructFactor
269        or GSASIIIO.ImportPowderData. If a reader is specified, only
270        that will be attempted, but if no reader is specified, every one
271        that is potentially compatible (by file extension) will
272        be tried on the selected file(s).
273
274        :param readerobject reader: This will be a reference to
275          a particular object to be used to read a file or None,
276          if every appropriate reader should be used.
277
278        :param list readerlist: a list of reader objects appropriate for
279          the current read attempt. At present, this will be either
280          self.ImportPhaseReaderlist, self.ImportSfactReaderlist or
281          self.ImportPowderReaderlist (defined in _init_Imports from
282          the files found in the path), but in theory this list could
283          be tailored. Used only when reader is None.
284
285        :param str label: string to place on the open file dialog:
286          Open `label` input file
287
288        :param bool multiple: True if multiple files can be selected
289          in the file dialog. False is default. At present True is used
290          only for reading of powder data.
291         
292        :returns: a list of reader objects (rd_list) that were able
293          to read the specified file(s). This list may be empty.
294        '''
295        self.lastimport = ''
296        self.zipfile = None
297        if reader is None:
298            multiple = False
299            #print "use all formats"
300            choices = "any file (*.*)|*.*"
301            choices += "|zip archive (.zip)|*.zip"
302            extdict = {}
303            # compile a list of allowed extensions
304            for rd in readerlist:
305                fmt = rd.formatName
306                for extn in rd.extensionlist:
307                    if not extdict.get(extn): extdict[extn] = []
308                    extdict[extn] += [fmt,]
309            for extn in sorted(extdict.keys(),cmp=lambda x,y: cmp(x.lower(), y.lower())):
310                fmt = ''
311                for f in extdict[extn]:
312                    if fmt != "": fmt += ', '
313                    fmt += f
314                choices += "|" + fmt + " file (*" + extn + ")|*" + extn
315        else:
316            readerlist = [reader,]
317            # compile a list of allowed extensions
318            choices = reader.formatName + " file ("
319            w = ""
320            for extn in reader.extensionlist:
321                if w != "": w += ";"
322                w += "*" + extn
323            choices += w + ")|" + w
324            choices += "|zip archive (.zip)|*.zip"
325            if not reader.strictExtension:
326                choices += "|any file (*.*)|*.*"
327        # get the file(s)
328        if multiple:
329            mode = style=wx.OPEN | wx.CHANGE_DIR | wx.MULTIPLE
330        else:
331            mode = style=wx.OPEN | wx.CHANGE_DIR
332        dlg = wx.FileDialog(self, message="Choose "+label+" input file",
333            defaultFile="",wildcard=choices, style=mode)
334        try:
335            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
336                if multiple:
337                    filelist = dlg.GetPaths()
338                    if len(filelist) == 0: return []
339                else:
340                    filename = dlg.GetPath()
341                    filelist = [filename,]
342                os.chdir(dlg.GetDirectory())           # to get Mac/Linux to change directory!
343            else: # cancel was pressed
344                return []
345        finally:
346            dlg.Destroy()
347        rd_list = []
348        filelist1 = []
349        for filename in filelist:
350            # is this a zip file?
351            if os.path.splitext(filename)[1].lower() == '.zip':
352                extractedfiles = G2IO.ExtractFileFromZip(
353                    filename,parent=self,
354                    multipleselect=True)
355                if extractedfiles is None: continue # error or Cancel
356                if extractedfiles != filename:
357                    self.zipfile = filename # save zip name
358                    filelist1 += extractedfiles
359                    continue
360            filelist1.append(filename)
361        filelist = filelist1
362        for filename in filelist:
363            # is this a zip file?
364            if os.path.splitext(filename)[1].lower() == '.zip':
365                extractedfile = G2IO.ExtractFileFromZip(filename,parent=self)
366                if extractedfile is None: continue # error or Cancel
367                if extractedfile != filename:
368                    filename,self.zipfile = extractedfile,filename # now use the file that was created
369            # set what formats are compatible with this file
370            primaryReaders = []
371            secondaryReaders = []
372            for r in readerlist:
373                flag = r.ExtensionValidator(filename)
374                if flag is None: 
375                    secondaryReaders.append(r)
376                elif flag:
377                    primaryReaders.append(r)
378            if len(secondaryReaders) + len(primaryReaders) == 0:
379                self.ErrorDialog('No Format','No matching format for file '+filename)
380                return []
381
382            fp = None
383            msg = ''
384            try:
385                fp = open(filename,'Ur')
386                if len(filelist) == 1:
387                    # confirm we have the right file
388                    rdmsg = 'File '+str(filename)+' begins:\n\n'
389                    for i in range(3):
390                        rdmsg += fp.readline()
391                    rdmsg += '\n\nDo you want to read this file?'
392                    if not all([ord(c) < 128 and ord(c) != 0 for c in rdmsg]): # show only if ASCII
393                        rdmsg = 'File '+str(
394                            filename)+' is a binary file. Do you want to read this file?'
395                    result = wx.ID_NO
396                    # it would be better to use something that
397                    # would resize better, but this will do for now
398                    dlg = wx.MessageDialog(
399                        self, rdmsg,
400                        'Is this the file you want?', 
401                        wx.YES_NO | wx.ICON_QUESTION,
402                        )
403                    dlg.SetSize((700,300)) # does not resize on Mac
404                    try:
405                        result = dlg.ShowModal()
406                    finally:
407                        dlg.Destroy()
408                    if result == wx.ID_NO: return []
409                           
410                self.lastimport = filename
411                # try the file first with Readers that specify the
412                # files extension and later with ones that allow it
413                flag = False
414                for rd in primaryReaders+secondaryReaders:
415                    try:
416                        fp.seek(0)  # rewind
417                        if not rd.ContentsValidator(fp): continue # rejected on cursory check
418                        repeat = True
419                        rdbuffer = {} # create temporary storage for file reader
420                        block = 0
421                        while repeat:
422                            block += 1
423                            repeat = False
424                            fp.seek(0)  # rewind
425                            rd.objname = os.path.basename(filename)
426                            flag = rd.Reader(filename,fp,self,
427                                             buffer=rdbuffer,
428                                             blocknum=block)
429                            if flag:
430                                rd_list.append(copy.deepcopy(rd)) # success
431                                if rd.repeat: repeat = True
432                    except:
433                        import traceback
434                        print traceback.format_exc()
435                        msg += '\nError reading file '+filename+' with format '+ rd.formatName
436                        #self.ErrorDialog('Read Error',
437                        #                 'Error reading file '+filename
438                        #                 +' with format '+ rd.formatName)
439                        continue
440                    if flag:
441                        if rd.warnings:
442                            self.ErrorDialog('Read Warning','The '+ rd.formatName+
443                                             ' reader reported a warning message:\n\n'+
444                                             rd.warnings)
445                        break # success reading
446                else:
447                    if reader:
448                        self.ErrorDialog('Read Error','The '+ rd.formatName+
449                                         ' reader was not able to read file '+filename+msg)
450                    else:
451                        self.ErrorDialog('Read Error','No reader is able to read file '+filename+msg)
452            except:
453                import traceback
454                print traceback.format_exc()
455                self.ErrorDialog('Open Error','Error on open of file '+filename)
456            if fp: fp.close()
457        return rd_list
458
459    def _Add_ImportMenu_Phase(self,parent):
460        '''configure the Import Phase menus accord to the readers found in _init_Imports
461        '''
462        submenu = wx.Menu()
463        item = parent.AppendMenu(wx.ID_ANY, 'Phase',
464            submenu, help='Import phase data')
465        for reader in self.ImportPhaseReaderlist:
466            item = submenu.Append(wx.ID_ANY,help=reader.longFormatName,
467                kind=wx.ITEM_NORMAL,text='from '+reader.formatName+' file')
468            self.ImportMenuId[item.GetId()] = reader
469            self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnImportPhase, id=item.GetId())
470        item = submenu.Append(wx.ID_ANY,
471                              help='Import phase data, use file to try to determine format',
472                              kind=wx.ITEM_NORMAL,
473                              text='guess format from file')
474        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnImportPhase, id=item.GetId())
475
476    def OnImportPhase(self,event):
477        '''Called in response to an Import/Phase/... menu item
478        to read phase information.
479        dict self.ImportMenuId is used to look up the specific
480        reader item associated with the menu item, which will be
481        None for the last menu item, which is the "guess" option
482        where all appropriate formats will be tried.
483        '''
484        # look up which format was requested
485        reqrdr = self.ImportMenuId.get(event.GetId())
486        rdlist = self.OnImportGeneric(reqrdr,
487                                  self.ImportPhaseReaderlist,
488                                  'phase')
489        if len(rdlist) == 0: return
490        # for now rdlist is only expected to have one element
491        # but this will allow multiple phases to be imported
492        self.CheckNotebook()
493        for rd in rdlist:
494            dlg = wx.TextEntryDialog( # allow editing of phase name
495                self, 'Enter the name for the new phase',
496                'Edit phase name', rd.Phase['General']['Name'],
497                style=wx.OK)
498            dlg.CenterOnParent()
499            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
500                rd.Phase['General']['Name'] = dlg.GetValue()
501            dlg.Destroy()
502            PhaseName = rd.Phase['General']['Name']
503            print 'Read phase '+str(PhaseName)+' from file '+str(self.lastimport)
504            if not G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases'):
505                sub = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text='Phases')
506            else:
507                sub = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases')
508            psub = self.PatternTree.AppendItem(parent=sub,text=PhaseName)
509            self.PatternTree.SetItemPyData(psub,rd.Phase)
510            self.PatternTree.Expand(self.root) # make sure phases are seen
511            self.PatternTree.Expand(sub) 
512            self.PatternTree.Expand(psub) 
513        return # success
514       
515    def _Add_ImportMenu_Sfact(self,parent):
516        '''configure the Import Structure Factor menus accord to the readers found in _init_Imports
517        '''
518        submenu = wx.Menu()
519        item = parent.AppendMenu(wx.ID_ANY, 'Structure Factor',
520            submenu, help='Import Structure Factor data')
521        for reader in self.ImportSfactReaderlist:
522            item = submenu.Append(wx.ID_ANY,help=reader.longFormatName,               
523                kind=wx.ITEM_NORMAL,text='from '+reader.formatName+' file')
524            self.ImportMenuId[item.GetId()] = reader
525            self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnImportSfact, id=item.GetId())
526        item = submenu.Append(wx.ID_ANY,
527            help='Import Structure Factor, use file to try to determine format',
528            kind=wx.ITEM_NORMAL,
529            text='guess format from file')
530        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnImportSfact, id=item.GetId())
531
532    def OnImportSfact(self,event):
533        '''Called in response to an Import/Structure Factor/... menu item
534        to read single crystal datasets.
535        dict self.ImportMenuId is used to look up the specific
536        reader item associated with the menu item, which will be
537        None for the last menu item, which is the "guess" option
538        where all appropriate formats will be tried.
539        '''
540        # look up which format was requested
541        reqrdr = self.ImportMenuId.get(event.GetId())
542        rdlist = self.OnImportGeneric(reqrdr,self.ImportSfactReaderlist,
543            'Structure Factor')
544        if len(rdlist) == 0: return
545        self.CheckNotebook()
546        for rd in rdlist:
547            HistName = rd.objname
548            if len(rdlist) <= 2: 
549                dlg = wx.TextEntryDialog( # allow editing of Structure Factor name
550                    self, 'Enter the name for the new Structure Factor',
551                    'Edit Structure Factor name', HistName,
552                    style=wx.OK)
553                dlg.CenterOnParent()
554                if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
555                    HistName = dlg.GetValue()
556                dlg.Destroy()
557            print 'Read structure factor table '+str(HistName)+' from file '+str(self.lastimport)
558            Id = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,
559                                             text='HKLF '+HistName)
560            self.PatternTree.SetItemPyData(Id,[{'wtFactor':1.0},rd.RefList])
561            Sub = self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Instrument Parameters')
562            self.PatternTree.SetItemPyData(Sub,rd.Parameters)
563            self.PatternTree.SetItemPyData(
564                self.PatternTree.AppendItem(Id,text='HKL Plot Controls'),
565                rd.Controls)
566            self.PatternTree.SetItemPyData(
567                self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Reflection List'),[])  #dummy entry for GUI use
568            self.PatternTree.SelectItem(Id)
569            self.PatternTree.Expand(Id)
570            self.Sngl = Id
571        return # success
572
573    def _Add_ImportMenu_powder(self,parent):
574        '''configure the Powder Data menus accord to the readers found in _init_Imports
575        '''
576        submenu = wx.Menu()
577        item = parent.AppendMenu(wx.ID_ANY, 'Powder Data',
578            submenu, help='Import Powder data')
579        for reader in self.ImportPowderReaderlist:
580            item = submenu.Append(wx.ID_ANY,help=reader.longFormatName,
581                kind=wx.ITEM_NORMAL,text='from '+reader.formatName+' file')
582            self.ImportMenuId[item.GetId()] = reader
583            self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnImportPowder, id=item.GetId())
584        item = submenu.Append(wx.ID_ANY,
585            help='Import powder data, use file to try to determine format',
586            kind=wx.ITEM_NORMAL,text='guess format from file')
587        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnImportPowder, id=item.GetId())
588           
589    def ReadPowderInstprm(self,instfile):       #fix the write routine for [inst1,inst2] style
590        '''Read a GSAS-II (new) instrument parameter file
591
592        :param str instfile: name of instrument parameter file
593
594        '''
595        if os.path.splitext(instfile)[1].lower() != '.instprm': # invalid file
596            return None           
597        if not os.path.exists(instfile): # no such file
598            return None
599        File = open(instfile,'r')
600        S = File.readline()
601        if not S.startswith('#GSAS-II'): # not a valid file
602            File.close()
603            return None
604        newItems = []
605        newVals = []
606        while S:
607            if S[0] == '#':
608                S = File.readline()
609                continue
610            [item,val] = S[:-1].split(':')
611            newItems.append(item)
612            try:
613                newVals.append(float(val))
614            except ValueError:
615                newVals.append(val)                       
616            S = File.readline()               
617        File.close()
618        # add a second MT dict here. TOF parms? (BHT)
619        return G2IO.makeInstDict(newItems,newVals,len(newVals)*[False,]),{}
620       
621    def ReadPowderIparm(self,instfile,bank,databanks,rd):
622        '''Read a GSAS (old) instrument parameter file
623
624        :param str instfile: name of instrument parameter file
625
626        :param int bank: the bank number read in the raw data file
627
628        :param int databanks: the number of banks in the raw data file.
629          If the number of banks in the data and instrument parameter files
630          agree, then the sets of banks are assumed to match up and bank
631          is used to select the instrument parameter file. If not, the user
632          is asked to make a selection.
633
634        :param obj rd: the raw data (histogram) data object. This
635          sets rd.instbank.
636
637        '''
638        if not os.path.exists(instfile): # no such file
639            return {}
640        fp = 0
641        try:
642            fp = open(instfile,'Ur')
643            Iparm = {}
644            for S in fp:
645                Iparm[S[:12]] = S[12:-1]
646        except IOError:
647            print('Error reading file:'+str(instfile))
648        if fp:       
649            fp.close()
650
651        ibanks = int(Iparm.get('INS   BANK  ','1').strip())
652        hType = Iparm['INS   HTYPE '].strip()
653        if ibanks == 1: # there is only one bank here, return it
654            rd.instbank = 1
655            return Iparm
656        if 'PNT' in hType:
657            rd.instbank = bank
658        elif ibanks != databanks:
659            # number of banks in data and prm file not not agree, need a
660            # choice from a human here
661            choices = []
662            for i in range(1,1+ibanks):
663                choices.append('Bank '+str(i))
664            bank = rd.BlockSelector(
665                choices, self,
666                title='Select an instrument parameter bank for '+
667                os.path.split(rd.powderentry[0])[1]+' BANK '+str(bank)+
668                '\nOr use Cancel to select from the default parameter sets',
669                header='Block Selector')
670        if bank is None: return {}
671        # pull out requested bank # bank from the data, and change the bank to 1
672        IparmS = {}
673        for key in Iparm:
674            if key[4:6] == "  ":
675                IparmS[key] = Iparm[key]
676            elif int(key[4:6].strip()) == bank:
677                IparmS[key[:4]+' 1'+key[6:]] = Iparm[key]
678        rd.instbank = bank
679        return IparmS
680                       
681    def GetPowderIparm(self,rd, prevIparm, lastIparmfile, lastdatafile):
682        '''Open and read an instrument parameter file for a data file
683        Returns the list of parameters used in the data tree
684
685        :param obj rd: the raw data (histogram) data object.
686
687        :param str prevIparm: not used
688
689        :param str lastIparmfile: Name of last instrument parameter
690          file that was read, or a empty string.
691
692        :param str lastdatafile: Name of last data file that was read.
693
694        :returns: a list of two dicts, the first containing instrument parameters
695          and the second used for future TOF datasets (timemaps?)
696
697        '''
698        def SetPowderInstParms(Iparm, rd):
699            '''extracts values from instrument parameters in rd.instdict
700            or in array Iparm.
701            Create and return the contents of the instrument parameter tree entry.
702            '''
703            DataType = Iparm['INS   HTYPE '].strip()[:3]  # take 1st 3 chars
704            # override inst values with values read from data file
705            if rd.instdict.get('type'):
706                DataType = rd.instdict.get('type')
707            data = [DataType,]
708            instname = Iparm.get('INS  1INAME ')
709            if instname:
710                rd.Sample['InstrName'] = instname.strip()
711            if 'C' in DataType:
712                wave1 = None
713                wave2 = 0.0
714                if rd.instdict.get('wave'):
715                    wl = rd.instdict.get('wave')
716                    wave1 = wl[0]
717                    if len(wl) > 1: wave2 = wl[1]
718                s = Iparm['INS  1 ICONS']
719                if not wave1:
720                    wave1 = G2IO.sfloat(s[:10])
721                    wave2 = G2IO.sfloat(s[10:20])
722                v = (wave1,wave2,
723                     G2IO.sfloat(s[20:30]),G2IO.sfloat(s[55:65]),G2IO.sfloat(s[40:50])) #get lam1, lam2, zero, pola & ratio
724                if not v[1]:
725                    names = ['Type','Lam','Zero','Polariz.','U','V','W','X','Y','SH/L','Azimuth'] 
726                    v = (v[0],v[2],v[4])
727                    codes = [0,0,0,0]
728                else:
729                    names = ['Type','Lam1','Lam2','Zero','I(L2)/I(L1)','Polariz.','U','V','W','X','Y','SH/L','Azimuth']
730                    codes = [0,0,0,0,0,0]
731                data.extend(v)
732                v1 = Iparm['INS  1PRCF1 '].split()                                                 
733                v = Iparm['INS  1PRCF11'].split()
734                data.extend([float(v[0]),float(v[1]),float(v[2])])                  #get GU, GV & GW - always here
735                azm = float(Iparm.get('INS  1DETAZM','0.0'))
736                v = Iparm['INS  1PRCF12'].split()
737                if v1[0] == 3:
738                    data.extend([float(v[0]),float(v[1]),float(v[2])+float(v[3],azm)])  #get LX, LY, S+H/L & azimuth
739                else:
740                    data.extend([0.0,0.0,0.002,azm])                                      #OK defaults if fxn #3 not 1st in iprm file
741                codes.extend([0,0,0,0,0,0,0])
742                return [G2IO.makeInstDict(names,data,codes),{}]
743            elif 'T' in DataType:
744                names = ['Type','2-theta','difC','difA','Zero','alpha','beta-0','beta-1',
745                    'beta-q','sig-0','sig-1','sig-q','X','Y','Azimuth']
746                codes = [0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0]
747                azm = 0.
748                if 'INS  1DETAZM' in Iparm:
749                    azm = float(Iparm['INS  1DETAZM'])
750                s = Iparm['INS  1BNKPAR'].split()
751                data.extend([G2IO.sfloat(s[1]),])               #2-theta for bank
752                s = Iparm['INS  1 ICONS'].split()
753                data.extend([G2IO.sfloat(s[0]),G2IO.sfloat(s[1]),G2IO.sfloat(s[2])])    #difC, difA, Zero
754                s = Iparm['INS  1PRCF1 '].split()
755                pfType = int(s[0])
756                s = Iparm['INS  1PRCF11'].split()
757                if abs(pfType) == 1:
758                    data.extend([G2IO.sfloat(s[1]),G2IO.sfloat(s[2]),G2IO.sfloat(s[3])])
759                    s = Iparm['INS  1PRCF12'].split()
760                    data.extend([0.0,0.0,G2IO.sfloat(s[1]),0.0,0.0,0.0,azm])
761                elif abs(pfType) in [3,4,5]:
762                    data.extend([G2IO.sfloat(s[0]),G2IO.sfloat(s[1]),G2IO.sfloat(s[2])])
763                    if abs(pfType) == 4:
764                        data.extend([0.0,0.0,G2IO.sfloat(s[3]),0.0,0.0,0.0,azm])
765                    else:
766                        s = Iparm['INS  1PRCF12'].split()
767                        data.extend([0.0,0.0,G2IO.sfloat(s[0]),0.0,0.0,0.0,azm])                       
768                Inst1 = G2IO.makeInstDict(names,data,codes)
769                Inst2 = {}
770                if pfType < 0:
771                    Ipab = 'INS  1PAB'+str(-pfType)
772                    Npab = int(Iparm[Ipab+'  '].strip())
773                    Inst2['Pdabc'] = []
774                    for i in range(Npab):
775                        k = Ipab+str(i+1).rjust(2)
776                        s = Iparm[k].split()
777                        Inst2['Pdabc'].append([float(t) for t in s])
778                    Inst2['Pdabc'] = np.array(Inst2['Pdabc'])
779                    Inst2['Pdabc'].T[3] += Inst2['Pdabc'].T[0]*Inst1['difC'][0] #turn 3rd col into TOF
780                if 'INS  1I ITYP' in Iparm:
781                    s = Iparm['INS  1I ITYP'].split()
782                    Ityp = int(s[0])
783                    Tminmax = [float(s[1])*1000.,float(s[2])*1000.]
784                    Itypes = ['Exponential','Maxwell/Exponential','','Maxwell/Chebyschev','']
785                    if Ityp in [1,2,4]:
786                        Inst2['Itype'] = Itypes[Ityp-1]
787                        Inst2['Tminmax'] = Tminmax
788                        Icoeff = []
789                        Iesd = []
790                        Icovar = []                   
791                        for i in range(3):
792                            s = Iparm['INS  1ICOFF'+str(i+1)].split()
793                            Icoeff += [float(S) for S in s]
794                            s = Iparm['INS  1IECOF'+str(i+1)].split()
795                            Iesd += [float(S) for S in s]
796                        for i in range(8):
797                            s = Iparm['INS  1IECOR'+str(i+1)].split()
798                            Icovar += [float(S) for S in s]
799                        Inst2['Icoeff'] = Icoeff
800                        Inst2['Iesd'] = Iesd
801                        Inst2['Icovar'] = Icovar
802                return [Inst1,Inst2]
803
804        # stuff we might need from the reader
805        filename = rd.powderentry[0]
806        bank = rd.powderentry[2]
807        numbanks = rd.numbanks
808        # is there an instrument parameter file defined for the current data set?
809        if rd.instparm or (lastdatafile == filename and lastIparmfile):
810            if rd.instparm:
811                instfile = os.path.join(os.path.split(filename)[0],
812                                    rd.instparm)
813            else:
814                # for multiple reads of one data file, reuse the inst parm file
815                instfile = lastIparmfile
816            if os.path.exists(instfile):
817                #print 'debug: try read',instfile
818                instParmList = self.ReadPowderInstprm(instfile)
819                if instParmList is not None:
820                    rd.instfile = instfile
821                    rd.instmsg = 'GSAS-II file '+instfile
822                    return instParmList
823                Iparm = self.ReadPowderIparm(instfile,bank,numbanks,rd)
824                if Iparm:
825                    #print 'debug: success'
826                    rd.instfile = instfile
827                    rd.instmsg = instfile + ' bank ' + str(rd.instbank)
828                    return SetPowderInstParms(Iparm,rd)
829            else:
830                self.ErrorDialog('Open Error','Error opening instrument parameter file '
831                    +str(instfile)+' requested by file '+ filename)
832        # is there an instrument parameter file matching the current file
833        # with extension .inst or .prm? If so read it
834        basename = os.path.splitext(filename)[0]
835        for ext in '.instprm','.prm','.inst','.ins':
836            instfile = basename + ext
837            instParmList = self.ReadPowderInstprm(instfile)
838            if instParmList is not None:
839                rd.instfile = instfile
840                rd.instmsg = 'GSAS-II file '+instfile
841                return instParmList
842            Iparm = self.ReadPowderIparm(instfile,bank,numbanks,rd)
843            if Iparm:
844                #print 'debug: success'
845                rd.instfile = instfile
846                rd.instmsg = instfile + ' bank ' + str(rd.instbank)
847                return SetPowderInstParms(Iparm,rd)
848            else:
849                #print 'debug: open/read failed',instfile
850                pass # fail silently
851
852        # did we read the data file from a zip? If so, look there for a
853        # instrument parameter file
854        if self.zipfile:
855            for ext in '.instprm','.prm','.inst','.ins':
856                instfile = G2IO.ExtractFileFromZip(
857                    self.zipfile,
858                    selection=os.path.split(basename + ext)[1],
859                    parent=self)
860                if instfile is not None and instfile != self.zipfile:
861                    print 'debug:',instfile,'created from ',self.zipfile
862                    instParmList = self.ReadPowderInstprm(instfile)
863                    if instParmList is not None:
864                        rd.instfile = instfile
865                        rd.instmsg = 'GSAS-II file '+instfile
866                        return instParmList
867                    Iparm = self.ReadPowderIparm(instfile,bank,numbanks,rd)
868                    if Iparm:
869                        rd.instfile = instfile
870                        rd.instmsg = instfile + ' bank ' + str(rd.instbank)
871                        return SetPowderInstParms(Iparm,rd)
872                    else:
873                        #print 'debug: open/read for',instfile,'from',self.zipfile,'failed'
874                        pass # fail silently
875
876        while True: # loop until we get a file that works or we get a cancel
877            instfile = ''
878            dlg = wx.FileDialog(
879                self,
880                'Choose inst. param file for "'
881                +rd.idstring
882                +'" (or Cancel for default)',
883                '.', '',
884                'GSAS iparm file (*.prm,*.inst,*.ins)|*.prm;*.inst;*.ins|'
885                'GSAS-II iparm file (*.instprm)|*.instprm|'
886                'All files (*.*)|*.*', 
887                wx.OPEN|wx.CHANGE_DIR)
888            if os.path.exists(lastIparmfile):
889                dlg.SetFilename(lastIparmfile)
890            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
891                instfile = dlg.GetPath()
892            dlg.Destroy()
893            if not instfile: break
894            instParmList = self.ReadPowderInstprm(instfile)
895            if instParmList is not None:
896                rd.instfile = instfile
897                rd.instmsg = 'GSAS-II file '+instfile
898                return instParmList
899            Iparm = self.ReadPowderIparm(instfile,bank,numbanks,rd)
900            if Iparm:
901                #print 'debug: success with',instfile
902                rd.instfile = instfile
903                rd.instmsg = instfile + ' bank ' + str(rd.instbank)
904                return SetPowderInstParms(Iparm,rd)
905            else:
906                self.ErrorDialog('Read Error',
907                                 'Error opening/reading file '+str(instfile))
908       
909        # still no success: offer user choice of defaults
910        while True: # loop until we get a choice
911            choices = []
912            head = 'Select from default instrument parameters for '+rd.idstring
913
914            for l in rd.defaultIparm_lbl:
915                choices.append('Defaults for '+l)
916            res = rd.BlockSelector(
917                choices,
918                ParentFrame=self,
919                title=head,
920                header='Select default inst parms',
921                useCancel=False)
922            if res is None: continue
923            rd.instfile = ''
924            rd.instmsg = 'default: '+rd.defaultIparm_lbl[res]
925            return SetPowderInstParms(rd.defaultIparms[res],rd)
926
927    def OnImportPowder(self,event):
928        '''Called in response to an Import/Powder Data/... menu item
929        to read a powder diffraction data set.
930        dict self.ImportMenuId is used to look up the specific
931        reader item associated with the menu item, which will be
932        None for the last menu item, which is the "guess" option
933        where all appropriate formats will be tried.
934
935        Also reads an instrument parameter file for each dataset.
936        '''
937        reqrdr = self.ImportMenuId.get(event.GetId())  # look up which format was requested
938        rdlist = self.OnImportGeneric(
939            reqrdr,self.ImportPowderReaderlist,'Powder Data',multiple=True)
940        if len(rdlist) == 0: return
941        self.CheckNotebook()
942        Iparm = None
943        lastIparmfile = ''
944        lastdatafile = ''
945        for rd in rdlist:
946            # get instrument parameters for each dataset
947            Iparm1,Iparm2 = self.GetPowderIparm(rd, Iparm, lastIparmfile, lastdatafile)
948            if rd.repeat_instparm: 
949                lastIparmfile = rd.instfile
950            lastdatafile = rd.powderentry[0]
951            print 'Read powder data '+str(rd.idstring)+ \
952                ' from file '+str(self.lastimport) + \
953                ' with parameters from '+str(rd.instmsg)
954            # data are read, now store them in the tree
955            Id = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,
956                text='PWDR '+rd.idstring)
957            if 'T' in Iparm1['Type'][0]:
958                if not rd.clockWd and rd.GSAS:
959                    rd.powderdata[0] *= 100.        #put back the CW centideg correction
960                cw = np.diff(rd.powderdata[0])
961                rd.powderdata[0] = rd.powderdata[0][:-1]+cw/2.
962                rd.powderdata[1] = rd.powderdata[1][:-1]/cw
963                rd.powderdata[2] = rd.powderdata[2][:-1]*cw**2  #1/var=w at this point
964                if 'Itype' in Iparm2:
965                    Ibeg = np.searchsorted(rd.powderdata[0],Iparm2['Tminmax'][0])
966                    Ifin = np.searchsorted(rd.powderdata[0],Iparm2['Tminmax'][1])
967                    rd.powderdata[0] = rd.powderdata[0][Ibeg:Ifin]
968                    YI,WYI = G2pwd.calcIncident(Iparm2,rd.powderdata[0])
969                    rd.powderdata[1] = rd.powderdata[1][Ibeg:Ifin]/YI
970                    var = 1./rd.powderdata[2][Ibeg:Ifin]
971                    var += WYI*rd.powderdata[1]**2
972                    var /= YI**2
973                    rd.powderdata[2] = 1./var
974                rd.powderdata[3] = np.zeros_like(rd.powderdata[0])                                       
975                rd.powderdata[4] = np.zeros_like(rd.powderdata[0])                                       
976                rd.powderdata[5] = np.zeros_like(rd.powderdata[0])                                       
977            Tmin = min(rd.powderdata[0])
978            Tmax = max(rd.powderdata[0])
979            self.PatternTree.SetItemPyData(Id,[{'wtFactor':1.0},rd.powderdata])
980            self.PatternTree.SetItemPyData(
981                self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Comments'),
982                rd.comments)
983            self.PatternTree.SetItemPyData(
984                self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Limits'),
985                [(Tmin,Tmax),[Tmin,Tmax]])
986            self.PatternId = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,Id,'Limits')
987            self.PatternTree.SetItemPyData(
988                self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Background'),
989                [['chebyschev',True,3,1.0,0.0,0.0],
990                 {'nDebye':0,'debyeTerms':[],'nPeaks':0,'peaksList':[]}])
991            self.PatternTree.SetItemPyData(
992                self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Instrument Parameters'),
993                [Iparm1,Iparm2])
994            self.PatternTree.SetItemPyData(
995                self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Sample Parameters'),
996                rd.Sample)
997            self.PatternTree.SetItemPyData(
998                self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Peak List')
999                ,[])
1000            self.PatternTree.SetItemPyData(
1001                self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Index Peak List'),
1002                [])
1003            self.PatternTree.SetItemPyData(
1004                self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Unit Cells List'),
1005                [])
1006            self.PatternTree.SetItemPyData(
1007                self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Reflection Lists'),
1008                {})
1009            self.PatternTree.Expand(Id)
1010        self.PatternTree.SelectItem(Id)
1011        return # success
1012
1013    def _init_Exports(self,menu):
1014        '''This is a place holder for when exports are handled in a manner similar to imports
1015        '''
1016#        submenu = wx.Menu()
1017#        item = menu.AppendMenu(
1018#            wx.ID_ANY, 'entire project',
1019#            submenu, help='Export entire project')
1020
1021        # for now hard-code CIF testing here
1022        item = menu.Append(
1023            wx.ID_ANY,
1024            help='full CIF file includes powder/reflection data',
1025            kind=wx.ITEM_NORMAL,
1026            text='full CIF file')
1027        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnTestCIF, id=item.GetId())
1028        item = menu.Append(
1029            wx.ID_ANY,
1030            help='quick CIF file with no data, no distance/angle table',
1031            kind=wx.ITEM_NORMAL,
1032            text='quick CIF file')
1033        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnTestCIF, id=item.GetId())
1034
1035    def OnTestCIF(self,event):
1036        # hard-code CIF testing here
1037       
1038        # get the menu command on Windows and Linux
1039        menu = self.ExportMenu.FindItemById(event.GetId())
1040        mode = 'full'
1041        if menu:
1042            if 'quick' in menu.GetLabel():
1043                mode = 'simple'
1044        else: # this works on the Mac
1045            try: 
1046                if 'quick' in event.EventObject.GetLabelText(event.Id):
1047                    mode = 'simple'
1048            except:
1049                pass
1050        #path2GSAS2 = os.path.join(
1051        #    os.path.dirname(os.path.realpath(__file__)), # location of this file
1052        #    'exports')
1053        #if path2GSAS2 not in sys.path: sys.path.append(path2GSAS2)
1054        #reload(G2IO)
1055        import G2cif
1056        reload(G2cif)
1057        exp = G2cif.ExportCIF(self)
1058        exp.export(mode)
1059
1060    def _Add_ExportMenuItems(self,parent):
1061        item = parent.Append(
1062            help='Select PWDR item to enable',id=wx.ID_ANY,
1063            kind=wx.ITEM_NORMAL,
1064            text='Export Powder Patterns...')
1065        self.ExportPattern.append(item)
1066        item.Enable(False)
1067        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnExportPatterns, id=item.GetId())
1068
1069        item = parent.Append(
1070            help='',id=wx.ID_ANY,
1071            kind=wx.ITEM_NORMAL,
1072            text='Export All Peak Lists...')
1073        self.ExportPeakList.append(item)
1074        item.Enable(True)
1075        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnExportPeakList, id=item.GetId())
1076
1077        item = parent.Append(
1078            help='',id=wx.ID_ANY,
1079            kind=wx.ITEM_NORMAL,
1080            text='Export HKLs...')
1081        self.ExportHKL.append(item)
1082        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnExportHKL, id=item.GetId())
1083
1084        item = parent.Append(
1085            help='Select PDF item to enable',
1086            id=wx.ID_ANY,
1087            kind=wx.ITEM_NORMAL,
1088            text='Export PDF...')
1089        self.ExportPDF.append(item)
1090        item.Enable(False)
1091        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnExportPDF, id=item.GetId())
1092
1093        item = parent.Append(
1094            help='',id=wx.ID_ANY,
1095            kind=wx.ITEM_NORMAL,
1096            text='Export Phase...')
1097        self.ExportPhase.append(item)
1098        item.Enable(False)
1099        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnExportPhase, id=item.GetId())
1100
1101#        item = parent.Append(
1102#            help='',id=wx.ID_ANY,
1103#            kind=wx.ITEM_NORMAL,
1104#            text='Export CIF...')
1105#        self.ExportCIF.append(item)
1106#        item.Enable(False)
1107#        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnExportCIF, id=item.GetId())
1108               
1109    def FillMainMenu(self,menubar):
1110        '''Define contents of the main GSAS-II menu for the (main) data tree window
1111        in the mac, used also for the data item windows as well.
1112        '''
1113        File = wx.Menu(title='')
1114        menubar.Append(menu=File, title='&File')
1115        self._Add_FileMenuItems(File)
1116        Data = wx.Menu(title='')
1117        menubar.Append(menu=Data, title='Data')
1118        self._Add_DataMenuItems(Data)
1119        Calculate = wx.Menu(title='')       
1120        menubar.Append(menu=Calculate, title='&Calculate')
1121        self._Add_CalculateMenuItems(Calculate)
1122        Import = wx.Menu(title='')       
1123        menubar.Append(menu=Import, title='Import')
1124        self._Add_ImportMenu_Phase(Import)
1125        self._Add_ImportMenu_powder(Import)
1126        self._Add_ImportMenu_Sfact(Import)
1127        self.ExportMenu = wx.Menu(title='')
1128        menubar.Append(menu=self.ExportMenu, title='Export')
1129        self._init_Exports(self.ExportMenu)
1130        self._Add_ExportMenuItems(self.ExportMenu)
1131        HelpMenu=G2gd.MyHelp(self,helpType='Data tree',
1132            morehelpitems=[('&Tutorials','Tutorials')])
1133        menubar.Append(menu=HelpMenu,title='&Help')
1134
1135    def _init_ctrls(self, parent):
1136        wx.Frame.__init__(self, name='GSASII', parent=parent,
1137            size=wx.Size(400, 250),style=wx.DEFAULT_FRAME_STYLE, title='GSAS-II data tree')
1138        clientSize = wx.ClientDisplayRect()
1139        Size = self.GetSize()
1140        xPos = clientSize[2]-Size[0]
1141        self.SetPosition(wx.Point(xPos,clientSize[1]))
1142        self._init_Imports()
1143        #initialize Menu item objects (these contain lists of menu items that are enabled or disabled)
1144        self.MakePDF = []
1145        self.Refine = []
1146        self.SeqRefine = []
1147        self.ExportPattern = []
1148        self.ExportPeakList = []
1149        self.ExportHKL = []
1150        self.ExportPDF = []
1151        self.ExportPhase = []
1152        self.ExportCIF = []
1153        #
1154        self.GSASIIMenu = wx.MenuBar()
1155        self.FillMainMenu(self.GSASIIMenu)
1156        self.SetMenuBar(self.GSASIIMenu)
1157        self.Bind(wx.EVT_SIZE, self.OnSize)
1158        self.CreateStatusBar()
1159        self.mainPanel = wx.Panel(self,-1)
1160       
1161        wxID_PATTERNTREE = wx.NewId()
1162        self.PatternTree = wx.TreeCtrl(id=wxID_PATTERNTREE,
1163            parent=self.mainPanel, pos=wx.Point(0, 0),style=wx.TR_DEFAULT_STYLE )
1164        self.PatternTree.Bind(wx.EVT_TREE_SEL_CHANGED,
1165            self.OnPatternTreeSelChanged, id=wxID_PATTERNTREE)
1166        self.PatternTree.Bind(wx.EVT_TREE_ITEM_COLLAPSED,
1167            self.OnPatternTreeItemCollapsed, id=wxID_PATTERNTREE)
1168        self.PatternTree.Bind(wx.EVT_TREE_ITEM_EXPANDED,
1169            self.OnPatternTreeItemExpanded, id=wxID_PATTERNTREE)
1170        self.PatternTree.Bind(wx.EVT_TREE_DELETE_ITEM,
1171            self.OnPatternTreeItemDelete, id=wxID_PATTERNTREE)
1172        self.PatternTree.Bind(wx.EVT_TREE_KEY_DOWN,
1173            self.OnPatternTreeKeyDown, id=wxID_PATTERNTREE)
1174        self.root = self.PatternTree.AddRoot('Loaded Data: ')
1175       
1176        plotFrame = wx.Frame(None,-1,'GSASII Plots',size=wx.Size(700,600), \
1177            style=wx.DEFAULT_FRAME_STYLE ^ wx.CLOSE_BOX)
1178        self.G2plotNB = G2plt.G2PlotNoteBook(plotFrame)
1179        plotFrame.Show()
1180       
1181        self.dataDisplay = None
1182       
1183    def __init__(self, parent):
1184        self._init_ctrls(parent)
1185        self.Image = wx.Image(
1186            os.path.join(GSASIIpath.path2GSAS2,'gsas2.ico'),
1187            wx.BITMAP_TYPE_ICO)
1188        if "wxMSW" in wx.PlatformInfo:
1189            img = self.Image.Scale(16, 16).ConvertToBitmap()
1190        elif "wxGTK" in wx.PlatformInfo:
1191            img = self.Image.Scale(22, 22).ConvertToBitmap()
1192        else:
1193            img = self.Image.ConvertToBitmap()
1194        self.SetIcon(wx.IconFromBitmap(img))
1195        self.Bind(wx.EVT_CLOSE, self.ExitMain)
1196        # various defaults
1197        self.oldFocus = None
1198        self.GSASprojectfile = ''
1199        self.dirname = os.path.expanduser('~')       #start in the users home directory by default; may be meaningless
1200        self.undofile = ''
1201        self.TreeItemDelete = False
1202        self.Offset = [0.0,0.0]
1203        self.delOffset = .02
1204        self.refOffset = -100.0
1205        self.refDelt = .01
1206        self.Weight = False
1207        self.IparmName = ''  # to be removed when SelectPowderData & GetInstrumentFile is
1208        self.IfPlot = False
1209        self.PatternId = 0
1210        self.PickId = 0
1211        self.PeakTable = []
1212        self.LimitsTable = []
1213        self.HKL = []
1214        self.Lines = []
1215        self.itemPicked = None
1216        self.dataFrame = None
1217        self.Interpolate = 'nearest'
1218        self.ContourColor = 'Paired'
1219        self.VcovColor = 'RdYlGn'
1220        self.RamaColor = 'Blues'
1221        self.Projection = 'equal area'
1222        self.logPlot = False
1223        self.qPlot = False
1224        self.Contour = False
1225        self.Legend = False
1226        self.SinglePlot = False
1227        self.SubBack = False
1228        self.plotView = 0
1229        self.Image = 0
1230        self.oldImagefile = ''
1231        self.ImageZ = []
1232        self.Integrate = 0
1233        self.imageDefault = {}
1234        self.Sngl = 0
1235        self.ifGetRing = False
1236        self.setPoly = False
1237        arg = sys.argv
1238        if len(arg) > 1:
1239            self.GSASprojectfile = os.path.splitext(arg[1])[0]+'.gpx'
1240            self.dirname = os.path.dirname(arg[1])
1241            if self.dirname: os.chdir(self.dirname)
1242            try:
1243                G2IO.ProjFileOpen(self)
1244                self.PatternTree.Expand(self.root)
1245                for item in self.Refine: item.Enable(True)
1246                for item in self.SeqRefine: item.Enable(True)
1247            except:
1248                print 'Error opening file',arg[1]
1249
1250    def OnSize(self,event):
1251        'Called when the main window is resized. Not sure why'
1252        w,h = self.GetClientSizeTuple()
1253        self.mainPanel.SetSize(wx.Size(w,h))
1254        self.PatternTree.SetSize(wx.Size(w,h))
1255                       
1256    def OnPatternTreeSelChanged(self, event):
1257        '''Called when a data tree item is selected'''
1258        if self.TreeItemDelete:
1259            self.TreeItemDelete = False
1260        else:
1261            pltNum = self.G2plotNB.nb.GetSelection()
1262            if pltNum >= 0:                         #to avoid the startup with no plot!
1263                pltPage = self.G2plotNB.nb.GetPage(pltNum)
1264                pltPlot = pltPage.figure
1265            item = event.GetItem()
1266            G2gd.MovePatternTreeToGrid(self,item)
1267            if self.oldFocus:
1268                self.oldFocus.SetFocus()
1269       
1270    def OnPatternTreeItemCollapsed(self, event):
1271        'Called when a tree item is collapsed'
1272        event.Skip()
1273
1274    def OnPatternTreeItemExpanded(self, event):
1275        'Called when a tree item is expanded'
1276        event.Skip()
1277       
1278    def OnPatternTreeItemDelete(self, event):
1279        'Called when a tree item is deleted -- not sure what this does'
1280        self.TreeItemDelete = True
1281
1282    def OnPatternTreeItemActivated(self, event):
1283        'Called when a tree item is activated'
1284        event.Skip()
1285       
1286    def OnPatternTreeKeyDown(self,event):
1287        'Not sure what this does'
1288        key = event.GetKeyCode()
1289        item = self.PickId
1290        if type(item) is int: return # is this the toplevel in tree?
1291        if key == wx.WXK_UP:
1292            self.oldFocus = wx.Window.FindFocus()
1293            self.PatternTree.GetPrevSibling(item)
1294        elif key == wx.WXK_DOWN:
1295            self.oldFocus = wx.Window.FindFocus()
1296            self.PatternTree.GetNextSibling(item)
1297               
1298    def OnReadPowderPeaks(self,event):
1299        'Bound to menu Data/Read Powder Peaks -- still needed?'
1300        Cuka = 1.54052
1301        self.CheckNotebook()
1302        dlg = wx.FileDialog(self, 'Choose file with peak list', '.', '', 
1303            'peak files (*.txt)|*.txt|All files (*.*)|*.*',wx.OPEN|wx.CHANGE_DIR)
1304        try:
1305            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
1306                self.HKL = []
1307                self.powderfile = dlg.GetPath()
1308                comments,peaks = G2IO.GetPowderPeaks(self.powderfile)
1309                Id = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text='PKS '+os.path.basename(self.powderfile))
1310                data = ['PKS',Cuka,0.0]
1311                names = ['Type','Lam','Zero'] 
1312                codes = [0,0,0]
1313                inst = [G2IO.makeInstDict(names,data,codes),{}]
1314                self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Instrument Parameters'),inst)
1315                self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Comments'),comments)
1316                self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Index Peak List'),peaks)
1317                self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Unit Cells List'),[])             
1318                self.PatternTree.Expand(Id)
1319                self.PatternTree.SelectItem(Id)
1320                os.chdir(dlg.GetDirectory())           # to get Mac/Linux to change directory!
1321        finally:
1322            dlg.Destroy()
1323           
1324    def OnImageRead(self,event):
1325        'Called to read in an image in any known format'
1326        self.CheckNotebook()
1327        dlg = wx.FileDialog(
1328            self, 'Choose image files', '.', '',
1329            'Any image file (*.edf;*.tif;*.tiff;*.mar*;*.avg;*.sum;*.img;*.G2img)|'
1330            '*.edf;*.tif;*.tiff;*.mar*;*.avg;*.sum;*.img;*.G2img;*.zip|'
1331            'European detector file (*.edf)|*.edf|'
1332            'Any detector tif (*.tif;*.tiff)|*.tif;*.tiff|'
1333            'MAR file (*.mar*)|*.mar*|'
1334            'GE Image (*.avg;*.sum)|*.avg;*.sum|'
1335            'ADSC Image (*.img)|*.img|'
1336            'GSAS-II Image (*.G2img)|*.G2img|'
1337            'Zip archive (*.zip)|*.zip|'
1338            'All files (*.*)|*.*',
1339            wx.OPEN | wx.MULTIPLE|wx.CHANGE_DIR)
1340        try:
1341            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
1342                imagefiles = dlg.GetPaths()
1343                imagefiles.sort()
1344                for imagefile in imagefiles:
1345                    # if a zip file, open and extract
1346                    if os.path.splitext(imagefile)[1].lower() == '.zip':
1347                        extractedfile = G2IO.ExtractFileFromZip(imagefile,parent=self)
1348                        if extractedfile is not None and extractedfile != imagefile:
1349                            imagefile = extractedfile
1350                    Comments,Data,Npix,Image = G2IO.GetImageData(self,imagefile)
1351                    if Comments:
1352                        Id = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text='IMG '+os.path.basename(imagefile))
1353                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Comments'),Comments)
1354                        Imax = np.amax(Image)
1355                        Imin = max(0.0,np.amin(Image))          #force positive
1356                        if self.imageDefault:
1357                            Data = copy.copy(self.imageDefault)
1358                            Data['showLines'] = True
1359                            Data['ring'] = []
1360                            Data['rings'] = []
1361                            Data['cutoff'] = 10
1362                            Data['pixLimit'] = 20
1363                            Data['edgemin'] = 100000000
1364                            Data['calibdmin'] = 0.5
1365                            Data['calibskip'] = 0
1366                            Data['ellipses'] = []
1367                            Data['calibrant'] = ''
1368                            Data['GonioAngles'] = [0.,0.,0.]
1369                        else:
1370                            Data['type'] = 'PWDR'
1371                            Data['color'] = 'Paired'
1372                            Data['tilt'] = 0.0
1373                            Data['rotation'] = 0.0
1374                            Data['showLines'] = False
1375                            Data['ring'] = []
1376                            Data['rings'] = []
1377                            Data['cutoff'] = 10
1378                            Data['pixLimit'] = 20
1379                            Data['calibdmin'] = 0.5
1380                            Data['calibskip'] = 0
1381                            Data['edgemin'] = 100000000
1382                            Data['ellipses'] = []
1383                            Data['GonioAngles'] = [0.,0.,0.]
1384                            Data['calibrant'] = ''
1385                            Data['IOtth'] = [2.0,5.0]
1386                            Data['LRazimuth'] = [135,225]
1387                            Data['azmthOff'] = 0.0
1388                            Data['outChannels'] = 2500
1389                            Data['outAzimuths'] = 1
1390                            Data['centerAzm'] = False
1391                            Data['fullIntegrate'] = False
1392                            Data['setRings'] = False
1393                            Data['background image'] = ['',1.0]                           
1394                        Data['setDefault'] = False
1395                        Data['range'] = [(Imin,Imax),[Imin,Imax]]
1396                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Image Controls'),Data)
1397                        Masks = {'Points':[],'Rings':[],'Arcs':[],'Polygons':[],'Thresholds':[(Imin,Imax),[Imin,Imax]]}
1398                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Masks'),Masks)
1399                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Stress/Strain'),
1400                            {'Type':'True','d-zero':[],'Sample phi':0.0,'Sample z':0.0,'strain':np.zeros((3,3))})
1401                        self.PatternTree.SetItemPyData(Id,[Npix,imagefile])
1402                        self.PickId = Id
1403                        self.Image = Id
1404                os.chdir(dlg.GetDirectory())           # to get Mac/Linux to change directory!
1405                self.PatternTree.SelectItem(G2gd.GetPatternTreeItemId(self,Id,'Image Controls'))             #show last one
1406        finally:
1407            path = dlg.GetDirectory()           # to get Mac/Linux to change directory!
1408            os.chdir(path)
1409            dlg.Destroy()
1410
1411    def CheckNotebook(self):
1412        '''Make sure the data tree has the minimally expected controls.
1413        (BHT) correct?
1414        '''
1415        if not G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Notebook'):
1416            sub = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text='Notebook')
1417            self.PatternTree.SetItemPyData(sub,[''])
1418        if not G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Controls'):
1419            sub = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text='Controls')
1420            self.PatternTree.SetItemPyData(sub,{'deriv type':'analytic Hessian',    #default controls
1421                'min dM/M':0.0001,'shift factor':1.,'max cyc':3,'F**2':True,
1422                'minF/sig':0,})
1423        if not G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Covariance'):
1424            sub = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text='Covariance')
1425            self.PatternTree.SetItemPyData(sub,{})
1426        if not G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Constraints'):
1427            sub = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text='Constraints')
1428            self.PatternTree.SetItemPyData(sub,{'Hist':[],'HAP':[],'Phase':[]})
1429        if not G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Restraints'):
1430            sub = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text='Restraints')
1431            self.PatternTree.SetItemPyData(sub,{})
1432        if not G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Rigid bodies'):
1433            sub = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text='Rigid bodies')
1434            self.PatternTree.SetItemPyData(sub,{'Vector':{'AtInfo':{}},
1435                'Residue':{'AtInfo':{}},'RBIds':{'Vector':[],'Residue':[]}})
1436               
1437    class CopyDialog(wx.Dialog):
1438        '''Creates a dialog for copying control settings between
1439        data tree items'''
1440        def __init__(self,parent,title,text,data):
1441            wx.Dialog.__init__(self,parent,-1,title, 
1442                pos=wx.DefaultPosition,style=wx.DEFAULT_DIALOG_STYLE)
1443            self.data = data
1444            panel = wx.Panel(self)
1445            mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
1446            topLabl = wx.StaticText(panel,-1,text)
1447            mainSizer.Add((10,10),1)
1448            mainSizer.Add(topLabl,0,wx.ALIGN_CENTER_VERTICAL|wx.LEFT,10)
1449            mainSizer.Add((10,10),1)
1450            ncols = len(data)/40+1
1451            dataGridSizer = wx.FlexGridSizer(rows=len(data),cols=ncols,hgap=2,vgap=2)
1452            for id,item in enumerate(self.data):
1453                ckbox = wx.CheckBox(panel,id,item[1])
1454                ckbox.Bind(wx.EVT_CHECKBOX,self.OnCopyChange)                   
1455                dataGridSizer.Add(ckbox,0,wx.LEFT,10)
1456            mainSizer.Add(dataGridSizer,0,wx.EXPAND)
1457            OkBtn = wx.Button(panel,-1,"Ok")
1458            OkBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnOk)
1459            cancelBtn = wx.Button(panel,-1,"Cancel")
1460            cancelBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnCancel)
1461            btnSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1462            btnSizer.Add((20,20),1)
1463            btnSizer.Add(OkBtn)
1464            btnSizer.Add((20,20),1)
1465            btnSizer.Add(cancelBtn)
1466            btnSizer.Add((20,20),1)
1467           
1468            mainSizer.Add(btnSizer,0,wx.EXPAND|wx.BOTTOM|wx.TOP, 10)
1469            panel.SetSizer(mainSizer)
1470            panel.Fit()
1471            self.Fit()
1472       
1473        def OnCopyChange(self,event):
1474            id = event.GetId()
1475            self.data[id][0] = self.FindWindowById(id).GetValue()       
1476           
1477        def OnOk(self,event):
1478            parent = self.GetParent()
1479            parent.Raise()
1480            self.EndModal(wx.ID_OK)             
1481           
1482        def OnCancel(self,event):
1483            parent = self.GetParent()
1484            parent.Raise()
1485            self.EndModal(wx.ID_CANCEL)             
1486           
1487        def GetData(self):
1488            return self.data
1489       
1490    class SumDialog(wx.Dialog):
1491        'Allows user to supply scale factor(s) when summing data'
1492        def __init__(self,parent,title,text,dataType,data):
1493            wx.Dialog.__init__(self,parent,-1,title, 
1494                pos=wx.DefaultPosition,style=wx.DEFAULT_DIALOG_STYLE)
1495            self.data = data
1496            panel = wx.Panel(self)
1497            mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
1498            topLabl = wx.StaticText(panel,-1,text)
1499            mainSizer.Add((10,10),1)
1500            mainSizer.Add(topLabl,0,wx.ALIGN_CENTER_VERTICAL|wx.LEFT,10)
1501            mainSizer.Add((10,10),1)
1502            dataGridSizer = wx.FlexGridSizer(rows=len(data),cols=2,hgap=2,vgap=2)
1503            for id,item in enumerate(self.data[:-1]):
1504                name = wx.TextCtrl(panel,-1,item[1],size=wx.Size(200,20))
1505                name.SetEditable(False)
1506                scale = wx.TextCtrl(panel,id,'%.3f'%(item[0]),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
1507                scale.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,self.OnScaleChange)
1508                scale.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,self.OnScaleChange)
1509                dataGridSizer.Add(scale,0,wx.LEFT,10)
1510                dataGridSizer.Add(name,0,wx.RIGHT,10)
1511            if dataType:
1512                dataGridSizer.Add(wx.StaticText(panel,-1,'Sum result name: '+dataType),0, \
1513                    wx.LEFT|wx.TOP|wx.ALIGN_CENTER_VERTICAL,10)
1514                self.name = wx.TextCtrl(panel,-1,self.data[-1],size=wx.Size(200,20),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
1515                self.name.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,self.OnNameChange)
1516                self.name.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,self.OnNameChange)
1517                dataGridSizer.Add(self.name,0,wx.RIGHT|wx.TOP,10)
1518            mainSizer.Add(dataGridSizer,0,wx.EXPAND)
1519            OkBtn = wx.Button(panel,-1,"Ok")
1520            OkBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnOk)
1521            cancelBtn = wx.Button(panel,-1,"Cancel")
1522            cancelBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnCancel)
1523            btnSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1524            btnSizer.Add((20,20),1)
1525            btnSizer.Add(OkBtn)
1526            btnSizer.Add((20,20),1)
1527            btnSizer.Add(cancelBtn)
1528            btnSizer.Add((20,20),1)
1529           
1530            mainSizer.Add(btnSizer,0,wx.EXPAND|wx.BOTTOM|wx.TOP, 10)
1531            panel.SetSizer(mainSizer)
1532            panel.Fit()
1533            self.Fit()
1534
1535        def OnScaleChange(self,event):
1536            id = event.GetId()
1537            value = self.FindWindowById(id).GetValue()
1538            try:
1539                self.data[id][0] = float(value)
1540                self.FindWindowById(id).SetValue('%.3f'%(self.data[id][0]))
1541            except ValueError:
1542                if value and '-' not in value[0]:
1543                    print 'bad input - numbers only'
1544                    self.FindWindowById(id).SetValue('0.000')
1545           
1546        def OnNameChange(self,event):
1547            self.data[-1] = self.name.GetValue() 
1548           
1549        def OnOk(self,event):
1550            parent = self.GetParent()
1551            parent.Raise()
1552            self.EndModal(wx.ID_OK)             
1553           
1554        def OnCancel(self,event):
1555            parent = self.GetParent()
1556            parent.Raise()
1557            self.EndModal(wx.ID_CANCEL)             
1558           
1559        def GetData(self):
1560            return self.data
1561           
1562    class ConstraintDialog(wx.Dialog):
1563        '''Window to edit Constraint values
1564        '''
1565        def __init__(self,parent,title,text,data,separator='*'):
1566            wx.Dialog.__init__(self,parent,-1,title, 
1567                pos=wx.DefaultPosition,style=wx.DEFAULT_DIALOG_STYLE)
1568            self.data = data
1569            panel = wx.Panel(self)
1570            mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
1571            topLabl = wx.StaticText(panel,-1,text)
1572            mainSizer.Add((10,10),1)
1573            mainSizer.Add(topLabl,0,wx.ALIGN_CENTER_VERTICAL|wx.LEFT,10)
1574            mainSizer.Add((10,10),1)
1575            dataGridSizer = wx.FlexGridSizer(rows=len(data),cols=2,hgap=2,vgap=2)
1576            for id,item in enumerate(self.data[:-1]):
1577                lbl = item[1]
1578                if lbl[-1] != '=': lbl += ' ' + separator + ' '
1579                name = wx.StaticText(panel,-1,lbl,size=wx.Size(200,20),
1580                                     style=wx.ALIGN_RIGHT)
1581                scale = wx.TextCtrl(panel,id,'%.3f'%(item[0]),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
1582                scale.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,self.OnScaleChange)
1583                scale.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,self.OnScaleChange)
1584                dataGridSizer.Add(name,0,wx.LEFT,10)
1585                dataGridSizer.Add(scale,0,wx.RIGHT,10)
1586            mainSizer.Add(dataGridSizer,0,wx.EXPAND)
1587            OkBtn = wx.Button(panel,-1,"Ok")
1588            OkBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnOk)
1589            cancelBtn = wx.Button(panel,-1,"Cancel")
1590            cancelBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnCancel)
1591            btnSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1592            btnSizer.Add((20,20),1)
1593            btnSizer.Add(OkBtn)
1594            btnSizer.Add((20,20),1)
1595            btnSizer.Add(cancelBtn)
1596            btnSizer.Add((20,20),1)
1597           
1598            mainSizer.Add(btnSizer,0,wx.EXPAND|wx.BOTTOM|wx.TOP, 10)
1599            panel.SetSizer(mainSizer)
1600            panel.Fit()
1601            self.Fit()
1602            self.CenterOnParent()
1603           
1604        def OnNameChange(self,event):
1605            self.data[-1] = self.name.GetValue() 
1606           
1607        def OnScaleChange(self,event):
1608            id = event.GetId()
1609            value = self.FindWindowById(id).GetValue()
1610            try:
1611                self.data[id][0] = float(value)
1612                self.FindWindowById(id).SetValue('%.3f'%(self.data[id][0]))
1613            except ValueError:
1614                if value and '-' not in value[0]:
1615                    print 'bad input - numbers only'
1616                    self.FindWindowById(id).SetValue('0.000')
1617           
1618        def OnOk(self,event):
1619            parent = self.GetParent()
1620            parent.Raise()
1621            self.EndModal(wx.ID_OK)             
1622           
1623        def OnCancel(self,event):
1624            parent = self.GetParent()
1625            parent.Raise()
1626            self.EndModal(wx.ID_CANCEL)             
1627           
1628        def GetData(self):
1629            return self.data
1630           
1631    def OnPwdrSum(self,event):
1632        'Sum together powder data(?)'
1633        TextList = []
1634        DataList = []
1635        SumList = []
1636        Names = []
1637        Inst = None
1638        SumItemList = []
1639        Comments = ['Sum equals: \n']
1640        if self.PatternTree.GetCount():
1641            item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
1642            while item:
1643                name = self.PatternTree.GetItemText(item)
1644                Names.append(name)
1645                if 'PWDR' in name:
1646                    TextList.append([0.0,name])
1647                    DataList.append(self.PatternTree.GetItemPyData(item)[1])    # (x,y,w,yc,yb,yd)
1648                    if not Inst:
1649                        Inst = self.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(self,item, 'Instrument Parameters'))
1650                item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)
1651            if len(TextList) < 2:
1652                self.ErrorDialog('Not enough data to sum','There must be more than one "PWDR" pattern')
1653                return
1654            TextList.append('default_sum_name')               
1655            dlg = self.SumDialog(self,'Sum data','Enter scale for each pattern in summation','PWDR',TextList)
1656            try:
1657                if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
1658                    lenX = 0
1659                    Xminmax = [0,0]
1660                    Xsum = []
1661                    Ysum = []
1662                    Vsum = []
1663                    result = dlg.GetData()
1664                    for i,item in enumerate(result[:-1]):
1665                        scale,name = item
1666                        data = DataList[i]
1667                        if scale:
1668                            Comments.append("%10.3f %s" % (scale,' * '+name))
1669                            x,y,w,yc,yb,yd = data   #numpy arrays!
1670                            v = 1./w
1671                            if lenX:
1672                                if lenX != len(x):
1673                                    self.ErrorDialog('Data length error','Data to be summed must have same number of points'+ \
1674                                        '\nExpected:'+str(lenX)+ \
1675                                        '\nFound:   '+str(len(x))+'\nfor '+name)
1676                                    return
1677                            else:
1678                                lenX = len(x)
1679                            if Xminmax[1]:
1680                                if Xminmax != [x[0],x[-1]]:
1681                                    self.ErrorDialog('Data range error','Data to be summed must span same range'+ \
1682                                        '\nExpected:'+str(Xminmax[0])+' '+str(Xminmax[1])+ \
1683                                        '\nFound:   '+str(x[0])+' '+str(x[-1])+'\nfor '+name)
1684                                    return
1685                                else:
1686                                    for j,yi in enumerate(y):
1687                                         Ysum[j] += scale*yi
1688                                         Vsum[j] += abs(scale)*v[j]
1689                            else:
1690                                Xminmax = [x[0],x[-1]]
1691                                YCsum = YBsum = YDsum = [0.0 for i in range(lenX)]
1692                                for j,yi in enumerate(y):
1693                                    Xsum.append(x[j])
1694                                    Ysum.append(scale*yi)
1695                                    Vsum.append(abs(scale*v[j]))
1696                    Wsum = 1./np.array(Vsum)
1697                    outname = 'PWDR '+result[-1]
1698                    Id = 0
1699                    if outname in Names:
1700                        dlg2 = wx.MessageDialog(self,'Overwrite data?','Duplicate data name',wx.OK|wx.CANCEL)
1701                        try:
1702                            if dlg2.ShowModal() == wx.ID_OK:
1703                                Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,name)
1704                                self.PatternTree.Delete(Id)
1705                        finally:
1706                            dlg2.Destroy()
1707                    Id = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text=outname)
1708                    if Id:
1709                        Sample = G2pdG.SetDefaultSample()
1710                        self.PatternTree.SetItemPyData(Id,[{'wtFactor':1.0},[np.array(Xsum),np.array(Ysum),np.array(Wsum),
1711                            np.array(YCsum),np.array(YBsum),np.array(YDsum)]])
1712                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Comments'),Comments)                   
1713                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Limits'),[tuple(Xminmax),Xminmax])
1714                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Background'),[['chebyschev',True,3,1.0,0.0,0.0],
1715                            {'nDebye':0,'debyeTerms':[],'nPeaks':0,'peaksList':[]}])
1716                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Instrument Parameters'),Inst)
1717                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Sample Parameters'),Sample)
1718                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Peak List'),[])
1719                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Index Peak List'),[])
1720                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Unit Cells List'),[])             
1721                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Reflection Lists'),{})             
1722                        self.PatternTree.SelectItem(Id)
1723                        self.PatternTree.Expand(Id)
1724                   
1725            finally:
1726                dlg.Destroy()
1727
1728    def OnImageSum(self,event):
1729        'Sum together image data(?)'
1730        TextList = []
1731        DataList = []
1732        SumList = []
1733        Names = []
1734        Inst = []
1735        SumItemList = []
1736        Comments = ['Sum equals: \n']
1737        if self.PatternTree.GetCount():
1738            item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
1739            while item:
1740                name = self.PatternTree.GetItemText(item)
1741                Names.append(name)
1742                if 'IMG' in name:
1743                    TextList.append([0.0,name])
1744                    DataList.append(self.PatternTree.GetItemPyData(item))        #Size,Image
1745                    Data = self.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(self,item,'Image Controls'))
1746                item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)
1747            if len(TextList) < 2:
1748                self.ErrorDialog('Not enough data to sum','There must be more than one "IMG" pattern')
1749                return
1750            TextList.append('default_sum_name')               
1751            dlg = self.SumDialog(self,'Sum data','Enter scale for each image in summation','IMG',TextList)
1752            try:
1753                if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
1754                    imSize = 0
1755                    result = dlg.GetData()
1756                    First = True
1757                    Found = False
1758                    for i,item in enumerate(result[:-1]):
1759                        scale,name = item
1760                        data = DataList[i]
1761                        if scale:
1762                            Found = True                               
1763                            Comments.append("%10.3f %s" % (scale,' * '+name))
1764                            Npix,imagefile = data
1765                            image = G2IO.GetImageData(self,imagefile,imageOnly=True)
1766                            if First:
1767                                newImage = np.zeros_like(image)
1768                                First = False
1769                            if imSize:
1770                                if imSize != Npix:
1771                                    self.ErrorDialog('Image size error','Images to be summed must be same size'+ \
1772                                        '\nExpected:'+str(imSize)+ \
1773                                        '\nFound:   '+str(Npix)+'\nfor '+name)
1774                                    return
1775                                newImage = newImage+scale*image
1776                            else:
1777                                imSize = Npix
1778                                newImage = newImage+scale*image
1779                            del(image)
1780                    if not Found:
1781                        self.ErrorDialog('Image sum error','No nonzero image multipliers found')
1782                        return
1783                       
1784                    newImage = np.asfarray(newImage,dtype=np.float32)                       
1785                    outname = 'IMG '+result[-1]
1786                    Id = 0
1787                    if outname in Names:
1788                        dlg2 = wx.MessageDialog(self,'Overwrite data?','Duplicate data name',wx.OK|wx.CANCEL)
1789                        try:
1790                            if dlg2.ShowModal() == wx.ID_OK:
1791                                Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,name)
1792                        finally:
1793                            dlg2.Destroy()
1794                    else:
1795                        Id = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text=outname)
1796                    if Id:
1797                        dlg = wx.FileDialog(self, 'Choose sum image filename', '.', '', 
1798                            'G2img files (*.G2img)|*.G2img', 
1799                            wx.SAVE|wx.FD_OVERWRITE_PROMPT|wx.CHANGE_DIR)
1800                        if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
1801                            newimagefile = dlg.GetPath()
1802                            newimagefile = G2IO.FileDlgFixExt(dlg,newimagefile)
1803                            G2IO.PutG2Image(newimagefile,Comments,Data,Npix,newImage)
1804                            Imax = np.amax(newImage)
1805                            Imin = np.amin(newImage)
1806                            newImage = []
1807                            self.PatternTree.SetItemPyData(Id,[imSize,newimagefile])
1808                            self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Comments'),Comments)
1809                        del(newImage)
1810                        if self.imageDefault:
1811                            Data = copy.copy(self.imageDefault)
1812                        Data['showLines'] = True
1813                        Data['ring'] = []
1814                        Data['rings'] = []
1815                        Data['cutoff'] = 10
1816                        Data['pixLimit'] = 20
1817                        Data['ellipses'] = []
1818                        Data['calibrant'] = ''
1819                        Data['range'] = [(Imin,Imax),[Imin,Imax]]
1820                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Image Controls'),Data)                                           
1821                        Masks = {'Points':[],'Rings':[],'Arcs':[],'Polygons':[],'Thresholds':[(Imin,Imax),[Imin,Imax]]}
1822                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Masks'),Masks)
1823                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Stress/Strain'),{})
1824                        self.PatternTree.SelectItem(Id)
1825                        self.PatternTree.Expand(Id)
1826                        self.PickId = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,outname)
1827                        self.Image = self.PickId
1828            finally:
1829                dlg.Destroy()
1830                     
1831    def OnAddPhase(self,event):
1832        'Add a new, empty phase to the tree. Called by Data/Add Phase menu'
1833        if not G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases'):
1834            sub = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text='Phases')
1835        else:
1836            sub = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases')
1837        PhaseName = ''
1838        dlg = wx.TextEntryDialog(None,'Enter a name for this phase','Phase Name Entry','New phase',
1839            style=wx.OK)
1840        if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
1841            PhaseName = dlg.GetValue()
1842        dlg.Destroy()
1843        sub = self.PatternTree.AppendItem(parent=sub,text=PhaseName)
1844        E,SGData = G2spc.SpcGroup('P 1')
1845        self.PatternTree.SetItemPyData(sub,G2IO.SetNewPhase(Name=PhaseName,SGData=SGData))
1846       
1847    def OnDeletePhase(self,event):
1848        'Delete a phase from the tree. Called by Data/Delete Phase menu'
1849        #Hmm, also need to delete this phase from Reflection Lists for each PWDR histogram
1850        if self.dataFrame:
1851            self.dataFrame.Clear() 
1852        TextList = []
1853        DelList = []
1854        DelItemList = []
1855        if G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases'):
1856            sub = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases')
1857        else:
1858            return
1859        if sub:
1860            item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(sub)
1861            while item:
1862                TextList.append(self.PatternTree.GetItemText(item))
1863                item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(sub, cookie)               
1864            dlg = wx.MultiChoiceDialog(self, 'Which phase to delete?', 'Delete phase', TextList, wx.CHOICEDLG_STYLE)
1865            try:
1866                if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
1867                    result = dlg.GetSelections()
1868                    for i in result: DelList.append([i,TextList[i]])
1869                    item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(sub)
1870                    i = 0
1871                    while item:
1872                        if [i,self.PatternTree.GetItemText(item)] in DelList: DelItemList.append(item)
1873                        item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(sub, cookie)
1874                        i += 1
1875                    for item in DelItemList:
1876                        name = self.PatternTree.GetItemText(item)
1877                        self.PatternTree.Delete(item)
1878                        self.G2plotNB.Delete(name)
1879                    item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
1880                    while item:
1881                        name = self.PatternTree.GetItemText(item)
1882                        if 'PWDR' in name:
1883                            Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,item, 'Reflection Lists')
1884                            refList = self.PatternTree.GetItemPyData(Id)
1885                            for i,item in DelList:
1886                                del(refList[item])
1887                            self.PatternTree.SetItemPyData(Id,refList)
1888                        item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)
1889            finally:
1890                dlg.Destroy()
1891               
1892    def OnRenameData(self,event):
1893        'Renames an existing phase. Called by Data/Rename Phase menu'
1894        name = self.PatternTree.GetItemText(self.PickId)     
1895        if 'PWDR' in name or 'HKLF' in name or 'IMG' in name:
1896            dataType = name[:name.index(' ')+1]                 #includes the ' '
1897            dlg = wx.TextEntryDialog(self,'Data name: '+dataType,'Change data name',
1898                defaultValue=name[name.index(' ')+1:])
1899            try:
1900                if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
1901                    self.PatternTree.SetItemText(self.PickId,dataType+dlg.GetValue())
1902            finally:
1903                dlg.Destroy()
1904       
1905    def GetFileList(self,fileType,skip=None):        #potentially useful?
1906        'Appears unused. Note routine of same name in GSASIIpwdGUI'
1907        fileList = []
1908        Source = ''
1909        id, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
1910        while id:
1911            name = self.PatternTree.GetItemText(id)
1912            if fileType in name:
1913                if id == skip:
1914                    Source = name
1915                else:
1916                    fileList.append([False,name,id])
1917            id, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)
1918        if skip:
1919            return fileList,Source
1920        else:
1921            return fileList
1922           
1923    def OnDataDelete(self, event):
1924        '''Delete one or more histograms from data tree. Called by the
1925        Data/DeleteData menu
1926        '''
1927        TextList = ['All Data']
1928        DelList = []
1929        DelItemList = []
1930        ifPWDR = False
1931        ifIMG = False
1932        ifHKLF = False
1933        ifPDF = False
1934        if self.PatternTree.GetCount():
1935            item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
1936            while item:
1937                name = self.PatternTree.GetItemText(item)
1938                if name not in ['Notebook','Controls','Covariance','Constraints','Restraints','Phases']:
1939                    if 'PWDR' in name: ifPWDR = True
1940                    if 'IMG' in name: ifIMG = True
1941                    if 'HKLF' in name: ifHKLF = True
1942                    if 'PDF' in name: ifPDF = True
1943                    TextList.append(name)
1944                item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)
1945            if ifPWDR: TextList.insert(1,'All PWDR')
1946            if ifIMG: TextList.insert(1,'All IMG')
1947            if ifHKLF: TextList.insert(1,'All HKLF')
1948            if ifPDF: TextList.insert(1,'All PDF')               
1949            dlg = wx.MultiChoiceDialog(self, 'Which data to delete?', 'Delete data', TextList, wx.CHOICEDLG_STYLE)
1950            try:
1951                if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
1952                    result = dlg.GetSelections()
1953                    for i in result: DelList.append(TextList[i])
1954                    if 'All Data' in DelList:
1955                        DelList = [item for item in TextList if item[:3] != 'All']
1956                    elif 'All PWDR' in DelList:
1957                        DelList = [item for item in TextList if item[:4] == 'PWDR']
1958                    elif 'All IMG' in DelList:
1959                        DelList = [item for item in TextList if item[:3] == 'IMG']
1960                    elif 'All HKLF' in DelList:
1961                        DelList = [item for item in TextList if item[:4] == 'HKLF']
1962                    elif 'All PDF' in DelList:
1963                        DelList = [item for item in TextList if item[:3] == 'PDF']
1964                    item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
1965                    while item:
1966                        if self.PatternTree.GetItemText(item) in DelList: DelItemList.append(item)
1967                        item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)
1968                    for item in DelItemList:
1969                        self.PatternTree.Delete(item)
1970                    self.PickId = 0
1971                    wx.CallAfter(G2plt.PlotPatterns,self,True)                        #so plot gets updated
1972            finally:
1973                dlg.Destroy()
1974
1975    def OnFileOpen(self, event, filename=None):
1976        '''Reads in a GSAS-II .gpx project file in response to the
1977        File/Open Project menu button
1978        '''
1979        result = wx.ID_OK
1980        Id = 0
1981        if self.PatternTree.GetChildrenCount(self.root,False):
1982            if self.dataFrame:
1983                self.dataFrame.Clear() 
1984            dlg = wx.MessageDialog(
1985                self,
1986                'Do you want to overwrite the current project? '
1987                'Any unsaved changes will be lost. Press OK to continue.',
1988                'Overwrite?',  wx.OK | wx.CANCEL)
1989            try:
1990                result = dlg.ShowModal()
1991                if result == wx.ID_OK:
1992                    self.PatternTree.DeleteChildren(self.root)
1993                    self.GSASprojectfile = ''
1994                    if self.HKL: self.HKL = []
1995                    if self.G2plotNB.plotList:
1996                        self.G2plotNB.clear()
1997            finally:
1998                dlg.Destroy()
1999        if result != wx.ID_OK: return
2000
2001        if not filename:
2002            if self.dataDisplay: self.dataDisplay.Destroy()
2003            dlg = wx.FileDialog(self, 'Choose GSAS-II project file', '.', '', 
2004                'GSAS-II project file (*.gpx)|*.gpx',wx.OPEN|wx.CHANGE_DIR)
2005            try:
2006                if dlg.ShowModal() != wx.ID_OK: return
2007                self.GSASprojectfile = dlg.GetPath()
2008                self.GSASprojectfile = G2IO.FileDlgFixExt(dlg,self.GSASprojectfile)
2009                self.dirname = dlg.GetDirectory()
2010            finally:
2011                dlg.Destroy()
2012        else:
2013            self.GSASprojectfile = os.path.splitext(filename)[0]+'.gpx'
2014            self.dirname = os.path.split(filename)[0]
2015
2016        G2IO.ProjFileOpen(self)
2017        self.PatternTree.SetItemText(self.root,'Loaded Data: '+self.GSASprojectfile)
2018        self.PatternTree.Expand(self.root)
2019        self.HKL = []
2020        item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
2021        while item and not Id:
2022            name = self.PatternTree.GetItemText(item)
2023            if name[:4] in ['PWDR','HKLF','IMG ','PDF ']:
2024                Id = item
2025            elif name == 'Controls':
2026                data = self.PatternTree.GetItemPyData(item)
2027                if data:
2028                    for item in self.Refine: item.Enable(True)
2029                    for item in self.SeqRefine: item.Enable(True)
2030            item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)               
2031        if Id:
2032            self.PatternTree.SelectItem(Id)
2033        self.CheckNotebook()
2034        os.chdir(self.dirname)           # to get Mac/Linux to change directory!
2035
2036    def OnFileClose(self, event):
2037        '''Clears the data tree in response to the
2038        File/Close Project menu button. User is given option to save
2039        the project.
2040        '''
2041        if self.dataFrame:
2042            self.dataFrame.Clear()
2043            self.dataFrame.SetLabel('GSAS-II data display') 
2044        dlg = wx.MessageDialog(self, 'Save current project?', ' ', wx.YES | wx.NO | wx.CANCEL)
2045        try:
2046            result = dlg.ShowModal()
2047            if result == wx.ID_OK:
2048                self.OnFileSaveMenu(event)
2049            if result != wx.ID_CANCEL:
2050                self.GSASprojectfile = ''
2051                self.PatternTree.SetItemText(self.root,'Loaded Data: ')
2052                self.PatternTree.DeleteChildren(self.root)
2053                if self.HKL: self.HKL = []
2054                if self.G2plotNB.plotList:
2055                    self.G2plotNB.clear()
2056        finally:
2057            dlg.Destroy()
2058
2059    def OnFileSave(self, event):
2060        '''Save the current project in response to the
2061        File/Save Project menu button
2062        '''
2063       
2064        if self.GSASprojectfile: 
2065            self.PatternTree.SetItemText(self.root,'Loaded Data: '+self.GSASprojectfile)
2066            G2IO.ProjFileSave(self)
2067        else:
2068            self.OnFileSaveas(event)
2069
2070    def OnFileSaveas(self, event):
2071        '''Save the current project in response to the
2072        File/Save as menu button
2073        '''
2074        dlg = wx.FileDialog(self, 'Choose GSAS-II project file name', '.', '', 
2075            'GSAS-II project file (*.gpx)|*.gpx',wx.FD_SAVE|wx.FD_OVERWRITE_PROMPT|wx.CHANGE_DIR)
2076        try:
2077            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
2078                self.GSASprojectfile = dlg.GetPath()
2079                self.GSASprojectfile = G2IO.FileDlgFixExt(dlg,self.GSASprojectfile)
2080                self.PatternTree.SetItemText(self.root,'Saving project as'+self.GSASprojectfile)
2081                self.SetTitle("GSAS-II data tree: "+os.path.split(self.GSASprojectfile)[1])
2082                G2IO.ProjFileSave(self)
2083                os.chdir(dlg.GetDirectory())           # to get Mac/Linux to change directory!
2084        finally:
2085            dlg.Destroy()
2086
2087    def ExitMain(self, event):
2088        '''Called if the main window is closed'''
2089        if self.undofile:
2090            os.remove(self.undofile)
2091        sys.exit()
2092       
2093    def OnFileExit(self, event):
2094        '''Called in response to the File/Quit menu button'''
2095        if self.dataFrame:
2096            self.dataFrame.Clear() 
2097            self.dataFrame.Destroy()
2098        self.Close()
2099       
2100    def OnExportPatterns(self,event):
2101        names = ['All']
2102        exports = []
2103        item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
2104        while item:
2105            name = self.PatternTree.GetItemText(item)
2106            if 'PWDR' in name:
2107                names.append(name)
2108            item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)
2109        if names:
2110            dlg = wx.MultiChoiceDialog(self,'Select','Powder patterns to export',names)
2111            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
2112                sel = dlg.GetSelections()
2113                if sel[0] == 0:
2114                    exports = names[1:]
2115                else:
2116                    for x in sel:
2117                        exports.append(names[x])
2118            dlg.Destroy()
2119        if exports:
2120            dlg = wx.FileDialog(self, 'Choose output powder file name', '.', '', 
2121                'GSAS fxye file (*.fxye)|*.fxye|xye file (*.xye)|*.xye',
2122                wx.FD_SAVE|wx.FD_OVERWRITE_PROMPT|wx.CHANGE_DIR)
2123            try:
2124                if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
2125                    powderfile = dlg.GetPath()
2126                    powderfile = G2IO.FileDlgFixExt(dlg,powderfile)
2127                    if 'fxye' in powderfile:
2128                        G2IO.powderFxyeSave(self,exports,powderfile)
2129                    else:       #just xye
2130                        G2IO.powderXyeSave(self,exports,powderfile)
2131            finally:
2132                dlg.Destroy()
2133       
2134    def OnExportPeakList(self,event):
2135        dlg = wx.FileDialog(self, 'Choose output peak list file name', '.', '', 
2136            '(*.*)|*.*',wx.FD_SAVE|wx.FD_OVERWRITE_PROMPT|wx.CHANGE_DIR)
2137        try:
2138            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
2139                self.peaklistfile = dlg.GetPath()
2140                self.peaklistfile = G2IO.FileDlgFixExt(dlg,self.peaklistfile)
2141                file = open(self.peaklistfile,'w')               
2142                item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
2143                while item:
2144                    name = self.PatternTree.GetItemText(item)
2145                    if 'PWDR' in name:
2146                        item2, cookie2 = self.PatternTree.GetFirstChild(item)
2147                        while item2:
2148                            name2 = self.PatternTree.GetItemText(item2)
2149                            if name2 == 'Peak List':
2150                                peaks = self.PatternTree.GetItemPyData(item2)
2151                                file.write("%s \n" % (name+' Peak List'))               
2152                                for peak in peaks:
2153                                    file.write("%10.5f %12.2f %10.3f %10.3f \n" % \
2154                                        (peak[0],peak[2],peak[4],peak[6]))
2155                            item2, cookie2 = self.PatternTree.GetNextChild(item, cookie2)                           
2156                    item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)                           
2157                file.close()
2158        finally:
2159            dlg.Destroy()
2160       
2161    def OnExportHKL(self,event):
2162        dlg = wx.FileDialog(self, 'Choose output reflection list file name', '.', '', 
2163            '(*.*)|*.*',wx.FD_SAVE|wx.FD_OVERWRITE_PROMPT|wx.CHANGE_DIR)
2164        try:
2165            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
2166                self.peaklistfile = dlg.GetPath()
2167                self.peaklistfile = G2IO.FileDlgFixExt(dlg,self.peaklistfile)
2168                file = open(self.peaklistfile,'w')               
2169                item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
2170                while item:
2171                    name = self.PatternTree.GetItemText(item)
2172                    if 'PWDR' in name:
2173                        item2, cookie2 = self.PatternTree.GetFirstChild(item)
2174                        while item2:
2175                            name2 = self.PatternTree.GetItemText(item2)
2176                            if name2 == 'Reflection Lists':
2177                                data = self.PatternTree.GetItemPyData(item2)
2178                                phases = data.keys()
2179                                for phase in phases:
2180                                    peaks = data[phase]
2181                                    file.write("%s %s %s \n" % (name,phase,' Reflection List'))
2182                                    file.write('%s \n'%(' h  k  l  m  d-space 2-theta wid F**2'))               
2183                                    for peak in peaks:
2184                                        FWHM = G2pwd.getgamFW(peak[7],peak[6])/50.      #to get delta-2-theta in deg.
2185                                        file.write(" %3d %3d %3d %3d %10.5f %10.5f %10.5f %10.3f \n" % \
2186                                            (int(peak[0]),int(peak[1]),int(peak[2]),int(peak[3]),peak[4],peak[5],FWHM,peak[8]))
2187                            item2, cookie2 = self.PatternTree.GetNextChild(item, cookie2)                           
2188                    item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)                           
2189                file.close()
2190        finally:
2191            dlg.Destroy()
2192       
2193    def OnExportPDF(self,event):
2194        #need S(Q) and G(R) to be saved here - probably best from selection?
2195        names = ['All']
2196        exports = []
2197        item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
2198        while item:
2199            name = self.PatternTree.GetItemText(item)
2200            if 'PDF' in name:
2201                names.append(name)
2202            item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)
2203        if names:
2204            dlg = wx.MultiChoiceDialog(self,'Select','PDF patterns to export',names)
2205            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
2206                sel = dlg.GetSelections()
2207                if sel[0] == 0:
2208                    exports = names[1:]
2209                else:
2210                    for x in sel:
2211                        exports.append(names[x])
2212            dlg.Destroy()
2213        if exports:
2214            G2IO.PDFSave(self,exports)
2215       
2216    def OnExportPhase(self,event):
2217        event.Skip()
2218       
2219    def OnExportCIF(self,event):
2220        event.Skip()
2221
2222    def OnMakePDFs(self,event):
2223        '''Calculates PDFs
2224        '''
2225        tth2q = lambda t,w:4.0*math.pi*sind(t/2.0)/w
2226        TextList = ['All PWDR']
2227        PDFlist = []
2228        Names = []
2229        if self.PatternTree.GetCount():
2230            id, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
2231            while id:
2232                name = self.PatternTree.GetItemText(id)
2233                Names.append(name)
2234                if 'PWDR' in name:
2235                    TextList.append(name)
2236                id, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)
2237            if len(TextList) == 1:
2238                self.ErrorDialog('Nothing to make PDFs for','There must be at least one "PWDR" pattern')
2239                return
2240            dlg = wx.MultiChoiceDialog(self,'Make PDF controls','Make PDF controls for:',TextList, wx.CHOICEDLG_STYLE)
2241            try:
2242                if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
2243                    result = dlg.GetSelections()
2244                    for i in result: PDFlist.append(TextList[i])
2245                    if 0 in result:
2246                        PDFlist = [item for item in TextList if item[:4] == 'PWDR']                       
2247                    for item in PDFlist:
2248                        PWDRname = item[4:]
2249                        Id = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text='PDF '+PWDRname)
2250                        Data = {
2251                            'Sample':{'Name':item,'Mult':1.0,'Add':0.0},
2252                            'Sample Bkg.':{'Name':'','Mult':-1.0,'Add':0.0},
2253                            'Container':{'Name':'','Mult':-1.0,'Add':0.0},
2254                            'Container Bkg.':{'Name':'','Mult':-1.0,'Add':0.0},'ElList':{},
2255                            'Geometry':'Cylinder','Diam':1.0,'Pack':0.50,'Form Vol':10.0,
2256                            'DetType':'Image plate','ObliqCoeff':0.2,'Ruland':0.025,'QScaleLim':[0,100],
2257                            'Lorch':True,}
2258                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='PDF Controls'),Data)
2259                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='I(Q)'+PWDRname),[])       
2260                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='S(Q)'+PWDRname),[])       
2261                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='F(Q)'+PWDRname),[])       
2262                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='G(R)'+PWDRname),[])       
2263                for item in self.ExportPDF: item.Enable(True)
2264            finally:
2265                dlg.Destroy()
2266               
2267    def GetPWDRdatafromTree(self,PWDRname):
2268        ''' Returns powder data from GSASII tree
2269
2270        :param str PWDRname: a powder histogram name as obtained from
2271          :meth:`GSASIIstruct.GetHistogramNames`
2272
2273        :returns: PWDRdata = powder data dictionary with
2274          Powder data arrays, Limits, Instrument Parameters,
2275          Sample Parameters           
2276        '''
2277        PWDRdata = {}
2278        try:
2279            PWDRdata.update(self.PatternTree.GetItemPyData(PWDRname)[0])            #wtFactor + ?
2280        except ValueError:
2281            PWDRdata['wtFactor'] = 1.0
2282        PWDRdata['Data'] = self.PatternTree.GetItemPyData(PWDRname)[1]          #powder data arrays
2283        PWDRdata['Limits'] = self.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(self,PWDRname,'Limits'))
2284        PWDRdata['Background'] = self.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(self,PWDRname,'Background'))
2285        PWDRdata['Instrument Parameters'] = self.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(self,PWDRname,'Instrument Parameters'))
2286        PWDRdata['Sample Parameters'] = self.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(self,PWDRname,'Sample Parameters'))
2287        PWDRdata['Reflection Lists'] = self.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(self,PWDRname,'Reflection Lists'))
2288        if 'ranId' not in PWDRdata['Sample Parameters']:
2289            PWDRdata['Sample Parameters']['ranId'] = ran.randint(0,sys.maxint)
2290        PWDRdata['ranId'] = PWDRdata['Sample Parameters']['ranId']
2291        return PWDRdata
2292
2293    def GetHKLFdatafromTree(self,HKLFname):
2294        ''' Returns single crystal data from GSASII tree
2295
2296        :param str HKLFname: a single crystal histogram name as obtained
2297          from
2298          :meth:`GSASIIstruct.GetHistogramNames`
2299
2300        :returns: HKLFdata = single crystal data list of reflections
2301
2302        '''
2303        HKLFdata = {}
2304        HKLFdata.update(self.PatternTree.GetItemPyData(HKLFname)[0])            #wtFactor + ?
2305#        try:
2306#            HKLFdata.update(self.PatternTree.GetItemPyData(HKLFname)[0])            #wtFactor + ?
2307#        except ValueError:
2308#            HKLFdata['wtFactor'] = 1.0
2309        HKLFdata['Data'] = self.PatternTree.GetItemPyData(HKLFname)[1]
2310        HKLFdata['Instrument Parameters'] = self.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(self,HKLFname,'Instrument Parameters'))
2311        return HKLFdata
2312       
2313    def GetPhaseData(self):
2314        '''Returns a list of defined phases. Used only in GSASIIgrid
2315        Note routine :meth:`GSASIIstruct.GetPhaseData` also exists.
2316        '''
2317        phaseData = {}
2318        if G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases'):
2319            sub = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases')
2320        else:
2321            print 'no phases to be refined'
2322            return
2323        if sub:
2324            item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(sub)
2325            while item:
2326                phaseName = self.PatternTree.GetItemText(item)
2327                phaseData[phaseName] =  self.PatternTree.GetItemPyData(item)
2328                if 'ranId' not in phaseData[phaseName]:
2329                    phaseData[phaseName]['ranId'] = ran.randint(0,sys.maxint)         
2330                item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(sub, cookie)
2331        return phaseData               
2332                   
2333    def GetUsedHistogramsAndPhasesfromTree(self):
2334        ''' Returns all histograms that are found in any phase
2335        and any phase that uses a histogram
2336        :returns: two dicts:
2337
2338            * Histograms = dictionary of histograms as {name:data,...}
2339            * Phases = dictionary of phases that use histograms
2340        '''
2341        phaseData = self.GetPhaseData()
2342        if not phaseData:
2343            return {},{}
2344        Histograms = {}
2345        Phases = {}
2346        for phase in phaseData:
2347            Phase = phaseData[phase]
2348            if Phase['Histograms']:
2349                if phase not in Phases:
2350                    Phases[phase] = Phase
2351                for hist in Phase['Histograms']:
2352                    if hist not in Histograms:
2353                        item = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,hist)
2354                        if 'PWDR' in hist[:4]: 
2355                            Histograms[hist] = self.GetPWDRdatafromTree(item)
2356                        elif 'HKLF' in hist[:4]:
2357                            Histograms[hist] = self.GetHKLFdatafromTree(item)
2358                        #future restraint, etc. histograms here
2359        return Histograms,Phases
2360       
2361    class ViewParmDialog(wx.Dialog):
2362        '''Window to show all parameters in the refinement.
2363        Called from :meth:`OnViewLSParms`
2364        '''
2365        def __init__(self,parent,title,parmDict):
2366            wx.Dialog.__init__(self,parent,-1,title,size=(300,430),
2367                pos=wx.DefaultPosition,style=wx.DEFAULT_DIALOG_STYLE)
2368            panel = wx.Panel(self,size=(300,430))
2369            parmNames = parmDict.keys()
2370            parmNames.sort()
2371            parmText = ' p:h:Parameter       refine?              value\n'
2372            for name in parmNames:
2373                parmData = parmDict[name]
2374                try:
2375                    parmText += ' %s \t%12.4g \n'%(name.ljust(19)+'\t'+parmData[1],parmData[0])
2376                except TypeError:
2377                    pass
2378            parmTable = wx.TextCtrl(panel,-1,parmText,
2379                style=wx.TE_MULTILINE|wx.TE_READONLY,size=(290,400))
2380            mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
2381            mainSizer.Add(parmTable)
2382            panel.SetSizer(mainSizer)
2383                           
2384    def OnViewLSParms(self,event):
2385        '''Displays a window showing all parameters in the refinement.
2386        Called from the Calculate/View LS Parms menu.
2387        '''
2388        parmDict = {}
2389        Histograms,Phases = self.GetUsedHistogramsAndPhasesfromTree()
2390        for phase in Phases:
2391            if 'pId' not in Phases[phase]:
2392                self.ErrorDialog('View parameter error','You must run least squares at least once')
2393                return
2394        rigidbodyDict = self.PatternTree.GetItemPyData(   
2395            G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Rigid bodies'))
2396        rbVary,rbDict = G2stIO.GetRigidBodyModels(rigidbodyDict,Print=False)
2397        rbIds = rigidbodyDict.get('RBIds',{'Vector':[],'Residue':[]})
2398        Natoms,atomIndx,phaseVary,phaseDict,pawleyLookup,FFtable,BLtable = G2stIO.GetPhaseData(Phases,RestraintDict=None,rbIds=rbIds,Print=False)       
2399        hapVary,hapDict,controlDict = G2stIO.GetHistogramPhaseData(Phases,Histograms,Print=False)
2400        histVary,histDict,controlDict = G2stIO.GetHistogramData(Histograms,Print=False)
2401        varyList = rbVary+phaseVary+hapVary+histVary
2402        parmDict.update(rbDict)
2403        parmDict.update(phaseDict)
2404        parmDict.update(hapDict)
2405        parmDict.update(histDict)
2406        for parm in parmDict:
2407            if parm.split(':')[-1] in ['Azimuth','Gonio. radius','Lam1','Lam2',
2408                'Omega','Chi','Phi','nDebye','nPeaks']:
2409                parmDict[parm] = [parmDict[parm],' ']
2410            elif parm.split(':')[-2] in ['Ax','Ay','Az','SHmodel','SHord']:
2411                parmDict[parm] = [parmDict[parm],' ']
2412            elif parm in varyList:
2413                parmDict[parm] = [parmDict[parm],'True']
2414            else:
2415                parmDict[parm] = [parmDict[parm],'False']
2416        parmDict[' Num refined'] = [len(varyList),'']
2417        dlg = self.ViewParmDialog(self,'Parameters for least squares',parmDict)
2418        try:
2419            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
2420                print 'do something with changes?? - No!'
2421        finally:
2422            dlg.Destroy()
2423       
2424    def OnRefine(self,event):
2425        '''Perform a refinement.
2426        Called from the Calculate/Refine menu.
2427        '''       
2428        self.OnFileSave(event)
2429        # check that constraints are OK here
2430        errmsg, warnmsg = G2stIO.CheckConstraints(self.GSASprojectfile)
2431        if errmsg:
2432            print('Error in constraints:\n'+errmsg+
2433                  '\nRefinement not possible')
2434            self.ErrorDialog('Constraint Error',
2435                             'Error in constraints:\n'+errmsg+
2436                             '\nRefinement not possible')
2437            return
2438        if warnmsg:
2439            print('Conflict between refinment flag settings and constraints:\n'+
2440                  warnmsg+'\nRefinement not possible')
2441            self.ErrorDialog('Refinement Flag Error',
2442                             'Conflict between refinment flag settings and constraints:\n'+
2443                             warnmsg+
2444                             '\nRefinement not possible')
2445            return
2446        #works - but it'd be better if it could restore plots
2447        dlg = wx.ProgressDialog('Residual','All data Rw =',101.0, 
2448            style = wx.PD_ELAPSED_TIME|wx.PD_AUTO_HIDE|wx.PD_CAN_ABORT)
2449        screenSize = wx.ClientDisplayRect()
2450        Size = dlg.GetSize()
2451        Size = (int(Size[0]*1.2),Size[1]) # increase size a bit along x
2452        dlg.SetPosition(wx.Point(screenSize[2]-Size[0]-305,screenSize[1]+5))
2453        dlg.SetSize(Size)
2454        Rw = 100.00
2455        try:
2456            Rw = G2stMn.Refine(self.GSASprojectfile,dlg)
2457        finally:
2458            dlg.Destroy()
2459        oldId =  self.PatternTree.GetSelection()
2460        oldName = self.PatternTree.GetItemText(oldId)
2461        parentId = self.PatternTree.GetItemParent(oldId)
2462        parentName = ''
2463        if parentId:
2464            parentName = self.PatternTree.GetItemText(parentId)
2465        dlg = wx.MessageDialog(self,'Load new result?','Refinement results, Rw =%.3f'%(Rw),wx.OK|wx.CANCEL)
2466        try:
2467            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
2468                Id = 0
2469                self.PatternTree.DeleteChildren(self.root)
2470                if self.HKL: self.HKL = []
2471                if self.G2plotNB.plotList:
2472                    self.G2plotNB.clear()
2473                G2IO.ProjFileOpen(self)
2474                item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
2475                while item and not Id:
2476                    name = self.PatternTree.GetItemText(item)
2477                    if name[:4] in ['PWDR','HKLF']:
2478                        Id = item
2479                    item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)               
2480                if parentName:
2481                    parentId = G2gd.GetPatternTreeItemId(self, self.root, parentName)
2482                    if parentId:
2483                        itemId = G2gd.GetPatternTreeItemId(self, parentId, oldName)
2484                    else:
2485                        itemId = G2gd.GetPatternTreeItemId(self, self.root, oldName)
2486                    self.PatternTree.SelectItem(itemId)
2487                elif Id:
2488                    self.PatternTree.SelectItem(Id)
2489        finally:
2490            dlg.Destroy()
2491
2492    def OnSeqRefine(self,event):
2493        '''Perform a sequential refinement.
2494        Called from the Calculate/Sequential refine menu.
2495        '''       
2496        Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Sequental results')
2497        if not Id:
2498            Id = self.PatternTree.AppendItem(self.root,text='Sequental results')
2499            self.PatternTree.SetItemPyData(Id,{})           
2500        self.OnFileSave(event)
2501        # check that constraints are OK here
2502        errmsg, warnmsg = G2stIO.CheckConstraints(self.GSASprojectfile)
2503        if errmsg:
2504            print('Error in constraints:\n'+errmsg+
2505                  '\nRefinement not possible')
2506            self.ErrorDialog('Constraint Error',
2507                             'Error in constraints:\n'+errmsg+
2508                             '\nRefinement not possible')
2509            return
2510        if warnmsg:
2511            print('Conflict between refinment flag settings and constraints:\n'+
2512                  warnmsg+'\nRefinement not possible')
2513            self.ErrorDialog('Refinement Flag Error',
2514                             'Conflict between refinment flag settings and constraints:\n'+
2515                             warnmsg+'\nRefinement not possible')
2516            return
2517        dlg = wx.ProgressDialog('Residual for histogram 0','Powder profile Rwp =',101.0, 
2518            style = wx.PD_ELAPSED_TIME|wx.PD_AUTO_HIDE|wx.PD_CAN_ABORT)
2519        screenSize = wx.ClientDisplayRect()
2520        Size = dlg.GetSize()
2521        Size = (int(Size[0]*1.2),Size[1]) # increase size a bit along x
2522        dlg.SetPosition(wx.Point(screenSize[2]-Size[0]-305,screenSize[1]+5))
2523        dlg.SetSize(Size)
2524        try:
2525            G2stMn.SeqRefine(self.GSASprojectfile,dlg)
2526        finally:
2527            dlg.Destroy()       
2528        dlg = wx.MessageDialog(self,'Load new result?','Refinement results',wx.OK|wx.CANCEL)
2529        try:
2530            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
2531                Id = 0
2532                self.PatternTree.DeleteChildren(self.root)
2533                if self.HKL: self.HKL = []
2534                if self.G2plotNB.plotList:
2535                    self.G2plotNB.clear()
2536                G2IO.ProjFileOpen(self)
2537                item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
2538                while item and not Id:
2539                    name = self.PatternTree.GetItemText(item)
2540                    if name[:4] in ['PWDR','HKLF']:
2541                        Id = item
2542                    item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)               
2543                if Id:
2544                    self.PatternTree.SelectItem(Id)
2545        finally:
2546            dlg.Destroy()
2547       
2548    def ErrorDialog(self,title,message,parent=None, wtype=wx.OK):
2549        'Display an error message'
2550        result = None
2551        if parent is None:
2552            dlg = wx.MessageDialog(self, message, title,  wtype)
2553        else:
2554            dlg = wx.MessageDialog(parent, message, title,  wtype)
2555            dlg.CenterOnParent() # not working on Mac
2556        try:
2557            result = dlg.ShowModal()
2558        finally:
2559            dlg.Destroy()
2560        return result
2561
2562class GSASIImain(wx.App):
2563    '''Defines a wxApp for GSAS-II
2564
2565    Creates a wx frame (self.main) which contains the display of the
2566    data tree.
2567    '''
2568    def OnInit(self):
2569        '''Called automatically when the app is created.'''
2570        self.main = GSASII(None)
2571        self.main.Show()
2572        self.SetTopWindow(self.main)
2573        return True
2574    def MacOpenFile(self, filename):
2575        '''Called on Mac every time a file is dropped on the app when it is running,
2576        treat this like a File/Open project menu action.
2577        Should be ignored on other platforms
2578        '''
2579        self.main.OnFileOpen(None,filename)
2580
2581def main():
2582    '''Start up the GSAS-II application'''
2583    #application = GSASIImain() # don't redirect output, someday we
2584    # may want to do this if we can
2585    application = GSASIImain(0)
2586    if wxInspector: wxeye.InspectionTool().Show()
2587
2588    #application.main.OnRefine(None)
2589    application.MainLoop()
2590   
2591if __name__ == '__main__':
2592    main() # start the GUI
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.