source: trunk/GSASII.py @ 1047

Last change on this file since 1047 was 1047, checked in by toby, 9 years ago

change update for new windows; improve About box

  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Date Author Revision URL Id
File size: 118.2 KB
Line 
1#!/usr/bin/env python
2# -*- coding: utf-8 -*-
3#GSASII
4########### SVN repository information ###################
5# $Date: 2013-08-30 20:46:39 +0000 (Fri, 30 Aug 2013) $
6# $Author: toby $
7# $Revision: 1047 $
8# $URL: trunk/GSASII.py $
9# $Id: GSASII.py 1047 2013-08-30 20:46:39Z toby $
10########### SVN repository information ###################
11'''
12*GSAS-II Main Module*
13=====================
14
15Main routines for the GSAS-II program
16'''
17
18import os
19import sys
20import math
21import copy
22import random as ran
23import time
24import copy
25import glob
26import imp
27import inspect
28import numpy as np
29import scipy as sp
30import wx
31import matplotlib as mpl
32import wx.lib.inspection as wxeye
33try:
34    import OpenGL as ogl
35except ImportError:
36    print('*******************************************************')
37    print('PyOpenGL is missing from your python installation')
38    print('     - we will try to install it')
39    print('*******************************************************')
40    def install_with_easyinstall(package):
41        try: 
42            print "trying a system-wide PyOpenGl install"
43            easy_install.main(['-f',os.path.split(__file__)[0],package])
44            return
45        except:
46            pass
47        try: 
48            print "trying a user level PyOpenGl install"
49            easy_install.main(['-f',os.path.split(__file__)[0],'--user',package])
50            return
51        except:
52            print "Install of '+package+' failed. Please report this information:"
53            import traceback
54            print traceback.format_exc()
55            sys.exit()
56    from setuptools.command import easy_install
57    install_with_easyinstall('PyOpenGl')
58    print('*******************************************************')         
59    print('OpenGL has been installed. Please restart GSAS-II')
60    print('*******************************************************')         
61    sys.exit()
62
63# load the GSAS routines
64import GSASIIpath
65GSASIIpath.SetVersionNumber("$Revision: 1047 $")
66import GSASIIIO as G2IO
67import GSASIIgrid as G2gd
68import GSASIIplot as G2plt
69import GSASIIpwd as G2pwd
70import GSASIIpwdGUI as G2pdG
71import GSASIIspc as G2spc
72import GSASIIstrMain as G2stMn
73import GSASIIstrIO as G2stIO
74import GSASIImapvars as G2mv
75import GSASIIsolve as G2sol
76
77#wx inspector - use as needed
78wxInspector = False
79
80# print versions
81print "Python module versions loaded:"
82print "python:     ",sys.version[:5]
83print "wxpython:   ",wx.__version__
84print "matplotlib: ",mpl.__version__
85print "numpy:      ",np.__version__
86print "scipy:      ",sp.__version__
87print "OpenGL:     ",ogl.__version__
88try:
89    import mkl
90    print "Max threads ",mkl.get_max_threads()
91except:
92    pass
93#    print "MKL module not present"
94__version__ = '0.2.0'
95G2gd.__version__ = __version__
96print "This is GSAS-II version:     ",__version__,' revision '+str(GSASIIpath.GetVersionNumber())
97
98# useful degree trig functions
99sind = lambda x: math.sin(x*math.pi/180.)
100cosd = lambda x: math.cos(x*math.pi/180.)
101tand = lambda x: math.tan(x*math.pi/180.)
102asind = lambda x: 180.*math.asin(x)/math.pi
103acosd = lambda x: 180.*math.acos(x)/math.pi
104atan2d = lambda x,y: 180.*math.atan2(y,x)/math.pi
105
106def create(parent):
107    return GSASII(parent)
108
109class GSASII(wx.Frame):
110    '''Define the main GSAS-II frame and its associated menu items
111    '''
112    def _Add_FileMenuItems(self, parent):
113        item = parent.Append(
114            help='Open a gsasii project file (*.gpx)', id=wx.ID_ANY,
115            kind=wx.ITEM_NORMAL,text='&Open project...')
116        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnFileOpen, id=item.GetId())
117        item = parent.Append(
118            help='Save project to old file', id=wx.ID_ANY,
119            kind=wx.ITEM_NORMAL,text='&Save project')
120        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnFileSave, id=item.GetId())
121        item = parent.Append(
122            help='Save project to new file', id=wx.ID_ANY,
123            kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Save As...')
124        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnFileSaveas, id=item.GetId())
125        item = parent.Append(
126            help='Close project, saving is optional', id=wx.ID_ANY,
127            kind=wx.ITEM_NORMAL,text='&Close project')
128        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnFileClose, id=item.GetId())
129        item = parent.Append(
130            help='Exit from gsasii', id=wx.ID_ANY,
131            kind=wx.ITEM_NORMAL,text='&Exit')
132        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnFileExit, id=item.GetId())
133       
134    def _Add_DataMenuItems(self,parent):
135        item = parent.Append(
136            help='',id=wx.ID_ANY,
137            kind=wx.ITEM_NORMAL,
138            text='Read image data...')
139        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnImageRead, id=item.GetId())
140        item = parent.Append(
141            help='',id=wx.ID_ANY,
142            kind=wx.ITEM_NORMAL,
143            text='Read Powder Pattern Peaks...')
144        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnReadPowderPeaks, id=item.GetId())
145        item = parent.Append(
146            help='',id=wx.ID_ANY,
147            kind=wx.ITEM_NORMAL,
148            text='Sum powder data')
149        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnPwdrSum, id=item.GetId())
150        item = parent.Append(
151            help='',id=wx.ID_ANY,
152            kind=wx.ITEM_NORMAL,
153            text='Sum image data')
154        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnImageSum, id=item.GetId())
155        item = parent.Append(
156            help='',id=wx.ID_ANY,
157            kind=wx.ITEM_NORMAL,
158            text='Add phase')
159        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnAddPhase, id=item.GetId())
160        item = parent.Append(
161            help='',id=wx.ID_ANY,
162            kind=wx.ITEM_NORMAL,
163            text='Delete phase')
164        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnDeletePhase, id=item.GetId())
165        item = parent.Append(
166            help='',id=wx.ID_ANY,
167            kind=wx.ITEM_NORMAL,
168            text='Rename data') 
169        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnRenameData, id=item.GetId())
170        item = parent.Append(
171            help='',id=wx.ID_ANY,
172            kind=wx.ITEM_NORMAL,
173            text='Delete data')
174        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnDataDelete, id=item.GetId())
175               
176    def _Add_CalculateMenuItems(self,parent):
177        item = parent.Append(help='Make new PDFs from selected powder patterns', 
178            id=wx.ID_ANY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Make new PDFs')
179        self.MakePDF.append(item)
180#        item.Enable(False)
181        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnMakePDFs, id=item.GetId())
182       
183        item = parent.Append(help='View least squares parameters', 
184            id=wx.ID_ANY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='&View LS parms')
185        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnViewLSParms, id=item.GetId())
186       
187        item = parent.Append(help='', id=wx.ID_ANY, kind=wx.ITEM_NORMAL,
188            text='&Refine')
189        if len(self.Refine): # extend state for new menus to match main (on mac)
190            state = self.Refine[0].IsEnabled()
191        else:
192            state = False
193        item.Enable(state)
194        self.Refine.append(item)
195        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnRefine, id=item.GetId())
196       
197        item = parent.Append(help='', id=wx.ID_ANY, kind=wx.ITEM_NORMAL,
198            text='Sequental refine')
199        if len(self.SeqRefine): # extend state for new menus to match main (on mac)
200            state = self.SeqRefine[0].IsEnabled()
201        else:
202            state = False
203        item.Enable(state)
204        self.SeqRefine.append(item)
205        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnSeqRefine, id=item.GetId())
206       
207    def _init_Imports(self):
208        '''import all the G2phase*.py & G2sfact*.py & G2pwd*.py files that
209        are found in the path
210        '''
211
212        self.ImportPhaseReaderlist = []
213        self._init_Import_routines('phase',self.ImportPhaseReaderlist,'Phase')
214        self.ImportSfactReaderlist = []
215        self._init_Import_routines('sfact',self.ImportSfactReaderlist,'Struct_Factor')
216        self.ImportPowderReaderlist = []
217        self._init_Import_routines('pwd',self.ImportPowderReaderlist,'Powder_Data')
218        self.ImportMenuId = {}
219
220    def _init_Import_routines(self,prefix,readerlist,errprefix):
221        '''import all the import readers matching the prefix
222        '''
223        #path2GSAS2 = os.path.dirname(os.path.realpath(__file__)) # location of this file
224        #pathlist = sys.path[:]
225        #if path2GSAS2 not in pathlist: pathlist.append(path2GSAS2)
226        #path2GSAS2 = os.path.join(
227        #    os.path.dirname(os.path.realpath(__file__)), # location of this file
228        #    'imports')
229        pathlist = sys.path[:]
230        #if path2GSAS2 not in pathlist: pathlist.append(path2GSAS2)
231
232        filelist = []
233        for path in pathlist:
234            for filename in glob.iglob(os.path.join(
235                path,
236                "G2"+prefix+"*.py")):
237                filelist.append(filename)   
238                #print 'debug: found',filename
239        filelist = sorted(list(set(filelist))) # remove duplicates
240        for filename in filelist:
241            path,rootname = os.path.split(filename)
242            pkg = os.path.splitext(rootname)[0]
243            try:
244                fp = None
245                fp, fppath,desc = imp.find_module(pkg,[path,])
246                pkg = imp.load_module(pkg,fp,fppath,desc)
247                for clss in inspect.getmembers(pkg): # find classes defined in package
248                    if clss[0].startswith('_'): continue
249                    if inspect.isclass(clss[1]):
250                        # check if we have the required methods
251                        for m in 'Reader','ExtensionValidator','ContentsValidator':
252                            if not hasattr(clss[1],m): break
253                            if not callable(getattr(clss[1],m)): break
254                        else:
255                            reader = clss[1]() # create an import instance
256                            readerlist.append(reader)
257            except AttributeError:
258                print 'Import_'+errprefix+': Attribute Error'+str(filename)
259                pass
260            except ImportError:
261                print 'Import_'+errprefix+': Error importing file'+str(filename)
262                pass
263            if fp: fp.close()
264
265    def OnImportGeneric(self,reader,readerlist,label,multiple=False):
266        '''Used to import Phases, powder dataset or single
267        crystal datasets (structure factor tables) using reader objects
268        subclassed from GSASIIIO.ImportPhase, GSASIIIO.ImportStructFactor
269        or GSASIIIO.ImportPowderData. If a reader is specified, only
270        that will be attempted, but if no reader is specified, every one
271        that is potentially compatible (by file extension) will
272        be tried on the selected file(s).
273
274        :param readerobject reader: This will be a reference to
275          a particular object to be used to read a file or None,
276          if every appropriate reader should be used.
277
278        :param list readerlist: a list of reader objects appropriate for
279          the current read attempt. At present, this will be either
280          self.ImportPhaseReaderlist, self.ImportSfactReaderlist or
281          self.ImportPowderReaderlist (defined in _init_Imports from
282          the files found in the path), but in theory this list could
283          be tailored. Used only when reader is None.
284
285        :param str label: string to place on the open file dialog:
286          Open `label` input file
287
288        :param bool multiple: True if multiple files can be selected
289          in the file dialog. False is default. At present True is used
290          only for reading of powder data.
291         
292        :returns: a list of reader objects (rd_list) that were able
293          to read the specified file(s). This list may be empty.
294        '''
295        self.lastimport = ''
296        self.zipfile = None
297        if reader is None:
298            multiple = False
299            #print "use all formats"
300            choices = "any file (*.*)|*.*"
301            choices += "|zip archive (.zip)|*.zip"
302            extdict = {}
303            # compile a list of allowed extensions
304            for rd in readerlist:
305                fmt = rd.formatName
306                for extn in rd.extensionlist:
307                    if not extdict.get(extn): extdict[extn] = []
308                    extdict[extn] += [fmt,]
309            for extn in sorted(extdict.keys(),cmp=lambda x,y: cmp(x.lower(), y.lower())):
310                fmt = ''
311                for f in extdict[extn]:
312                    if fmt != "": fmt += ', '
313                    fmt += f
314                choices += "|" + fmt + " file (*" + extn + ")|*" + extn
315        else:
316            readerlist = [reader,]
317            # compile a list of allowed extensions
318            choices = reader.formatName + " file ("
319            w = ""
320            for extn in reader.extensionlist:
321                if w != "": w += ";"
322                w += "*" + extn
323            choices += w + ")|" + w
324            choices += "|zip archive (.zip)|*.zip"
325            if not reader.strictExtension:
326                choices += "|any file (*.*)|*.*"
327        # get the file(s)
328        if multiple:
329            mode = style=wx.OPEN | wx.CHANGE_DIR | wx.MULTIPLE
330        else:
331            mode = style=wx.OPEN | wx.CHANGE_DIR
332        dlg = wx.FileDialog(self, message="Choose "+label+" input file",
333            defaultFile="",wildcard=choices, style=mode)
334        try:
335            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
336                if multiple:
337                    filelist = dlg.GetPaths()
338                    if len(filelist) == 0: return []
339                else:
340                    filename = dlg.GetPath()
341                    filelist = [filename,]
342                os.chdir(dlg.GetDirectory())           # to get Mac/Linux to change directory!
343            else: # cancel was pressed
344                return []
345        finally:
346            dlg.Destroy()
347        rd_list = []
348        filelist1 = []
349        for filename in filelist:
350            # is this a zip file?
351            if os.path.splitext(filename)[1].lower() == '.zip':
352                extractedfiles = G2IO.ExtractFileFromZip(
353                    filename,parent=self,
354                    multipleselect=True)
355                if extractedfiles is None: continue # error or Cancel
356                if extractedfiles != filename:
357                    self.zipfile = filename # save zip name
358                    filelist1 += extractedfiles
359                    continue
360            filelist1.append(filename)
361        filelist = filelist1
362        for filename in filelist:
363            # is this a zip file?
364            if os.path.splitext(filename)[1].lower() == '.zip':
365                extractedfile = G2IO.ExtractFileFromZip(filename,parent=self)
366                if extractedfile is None: continue # error or Cancel
367                if extractedfile != filename:
368                    filename,self.zipfile = extractedfile,filename # now use the file that was created
369            # set what formats are compatible with this file
370            primaryReaders = []
371            secondaryReaders = []
372            for r in readerlist:
373                flag = r.ExtensionValidator(filename)
374                if flag is None: 
375                    secondaryReaders.append(r)
376                elif flag:
377                    primaryReaders.append(r)
378            if len(secondaryReaders) + len(primaryReaders) == 0:
379                self.ErrorDialog('No Format','No matching format for file '+filename)
380                return []
381
382            fp = None
383            msg = ''
384            try:
385                fp = open(filename,'Ur')
386                if len(filelist) == 1:
387                    # confirm we have the right file
388                    rdmsg = 'File '+str(filename)+' begins:\n\n'
389                    for i in range(3):
390                        rdmsg += fp.readline()
391                    rdmsg += '\n\nDo you want to read this file?'
392                    if not all([ord(c) < 128 and ord(c) != 0 for c in rdmsg]): # show only if ASCII
393                        rdmsg = 'File '+str(
394                            filename)+' is a binary file. Do you want to read this file?'
395                    result = wx.ID_NO
396                    # it would be better to use something that
397                    # would resize better, but this will do for now
398                    dlg = wx.MessageDialog(
399                        self, rdmsg,
400                        'Is this the file you want?', 
401                        wx.YES_NO | wx.ICON_QUESTION,
402                        )
403                    dlg.SetSize((700,300)) # does not resize on Mac
404                    try:
405                        result = dlg.ShowModal()
406                    finally:
407                        dlg.Destroy()
408                    if result == wx.ID_NO: return []
409                           
410                self.lastimport = filename
411                # try the file first with Readers that specify the
412                # files extension and later with ones that allow it
413                flag = False
414                for rd in primaryReaders+secondaryReaders:
415                    try:
416                        fp.seek(0)  # rewind
417                        if not rd.ContentsValidator(fp): continue # rejected on cursory check
418                        repeat = True
419                        rdbuffer = {} # create temporary storage for file reader
420                        block = 0
421                        while repeat:
422                            block += 1
423                            repeat = False
424                            fp.seek(0)  # rewind
425                            rd.objname = os.path.basename(filename)
426                            flag = rd.Reader(filename,fp,self,
427                                             buffer=rdbuffer,
428                                             blocknum=block)
429                            if flag:
430                                rd_list.append(copy.deepcopy(rd)) # success
431                                if rd.repeat: repeat = True
432                    except:
433                        import traceback
434                        print traceback.format_exc()
435                        msg += '\nError reading file '+filename+' with format '+ rd.formatName
436                        #self.ErrorDialog('Read Error',
437                        #                 'Error reading file '+filename
438                        #                 +' with format '+ rd.formatName)
439                        continue
440                    if flag:
441                        if rd.warnings:
442                            self.ErrorDialog('Read Warning','The '+ rd.formatName+
443                                             ' reader reported a warning message:\n\n'+
444                                             rd.warnings)
445                        break # success reading
446                else:
447                    if reader:
448                        self.ErrorDialog('Read Error','The '+ rd.formatName+
449                                         ' reader was not able to read file '+filename+msg)
450                    else:
451                        self.ErrorDialog('Read Error','No reader is able to read file '+filename+msg)
452            except:
453                import traceback
454                print traceback.format_exc()
455                self.ErrorDialog('Open Error','Error on open of file '+filename)
456            if fp: fp.close()
457        return rd_list
458
459    def _Add_ImportMenu_Phase(self,parent):
460        '''configure the Import Phase menus accord to the readers found in _init_Imports
461        '''
462        submenu = wx.Menu()
463        item = parent.AppendMenu(wx.ID_ANY, 'Phase',
464            submenu, help='Import phase data')
465        for reader in self.ImportPhaseReaderlist:
466            item = submenu.Append(wx.ID_ANY,help=reader.longFormatName,
467                kind=wx.ITEM_NORMAL,text='from '+reader.formatName+' file')
468            self.ImportMenuId[item.GetId()] = reader
469            self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnImportPhase, id=item.GetId())
470        item = submenu.Append(wx.ID_ANY,
471                              help='Import phase data, use file to try to determine format',
472                              kind=wx.ITEM_NORMAL,
473                              text='guess format from file')
474        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnImportPhase, id=item.GetId())
475
476    def OnImportPhase(self,event):
477        '''Called in response to an Import/Phase/... menu item
478        to read phase information.
479        dict self.ImportMenuId is used to look up the specific
480        reader item associated with the menu item, which will be
481        None for the last menu item, which is the "guess" option
482        where all appropriate formats will be tried.
483        '''
484        # look up which format was requested
485        reqrdr = self.ImportMenuId.get(event.GetId())
486        rdlist = self.OnImportGeneric(reqrdr,
487                                  self.ImportPhaseReaderlist,
488                                  'phase')
489        if len(rdlist) == 0: return
490        # for now rdlist is only expected to have one element
491        # but this will allow multiple phases to be imported
492        self.CheckNotebook()
493        for rd in rdlist:
494            dlg = wx.TextEntryDialog( # allow editing of phase name
495                self, 'Enter the name for the new phase',
496                'Edit phase name', rd.Phase['General']['Name'],
497                style=wx.OK)
498            dlg.CenterOnParent()
499            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
500                rd.Phase['General']['Name'] = dlg.GetValue()
501            dlg.Destroy()
502            PhaseName = rd.Phase['General']['Name']
503            print 'Read phase '+str(PhaseName)+' from file '+str(self.lastimport)
504            if not G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases'):
505                sub = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text='Phases')
506            else:
507                sub = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases')
508            psub = self.PatternTree.AppendItem(parent=sub,text=PhaseName)
509            self.PatternTree.SetItemPyData(psub,rd.Phase)
510            self.PatternTree.Expand(self.root) # make sure phases are seen
511            self.PatternTree.Expand(sub) 
512            self.PatternTree.Expand(psub) 
513        return # success
514       
515    def _Add_ImportMenu_Sfact(self,parent):
516        '''configure the Import Structure Factor menus accord to the readers found in _init_Imports
517        '''
518        submenu = wx.Menu()
519        item = parent.AppendMenu(wx.ID_ANY, 'Structure Factor',
520            submenu, help='Import Structure Factor data')
521        for reader in self.ImportSfactReaderlist:
522            item = submenu.Append(wx.ID_ANY,help=reader.longFormatName,               
523                kind=wx.ITEM_NORMAL,text='from '+reader.formatName+' file')
524            self.ImportMenuId[item.GetId()] = reader
525            self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnImportSfact, id=item.GetId())
526        item = submenu.Append(wx.ID_ANY,
527            help='Import Structure Factor, use file to try to determine format',
528            kind=wx.ITEM_NORMAL,
529            text='guess format from file')
530        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnImportSfact, id=item.GetId())
531
532    def OnImportSfact(self,event):
533        '''Called in response to an Import/Structure Factor/... menu item
534        to read single crystal datasets.
535        dict self.ImportMenuId is used to look up the specific
536        reader item associated with the menu item, which will be
537        None for the last menu item, which is the "guess" option
538        where all appropriate formats will be tried.
539        '''
540        # look up which format was requested
541        reqrdr = self.ImportMenuId.get(event.GetId())
542        rdlist = self.OnImportGeneric(reqrdr,self.ImportSfactReaderlist,
543            'Structure Factor')
544        if len(rdlist) == 0: return
545        self.CheckNotebook()
546        for rd in rdlist:
547            HistName = rd.objname
548            if len(rdlist) <= 2: 
549                dlg = wx.TextEntryDialog( # allow editing of Structure Factor name
550                    self, 'Enter the name for the new Structure Factor',
551                    'Edit Structure Factor name', HistName,
552                    style=wx.OK)
553                dlg.CenterOnParent()
554                if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
555                    HistName = dlg.GetValue()
556                dlg.Destroy()
557            print 'Read structure factor table '+str(HistName)+' from file '+str(self.lastimport)
558            Id = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,
559                                             text='HKLF '+HistName)
560            self.PatternTree.SetItemPyData(Id,[{'wtFactor':1.0},rd.RefList])
561            Sub = self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Instrument Parameters')
562            self.PatternTree.SetItemPyData(Sub,rd.Parameters)
563            self.PatternTree.SetItemPyData(
564                self.PatternTree.AppendItem(Id,text='HKL Plot Controls'),
565                rd.Controls)
566            self.PatternTree.SetItemPyData(
567                self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Reflection List'),[])  #dummy entry for GUI use
568            self.PatternTree.SelectItem(Id)
569            self.PatternTree.Expand(Id)
570            self.Sngl = Id
571        return # success
572
573    def _Add_ImportMenu_powder(self,parent):
574        '''configure the Powder Data menus accord to the readers found in _init_Imports
575        '''
576        submenu = wx.Menu()
577        item = parent.AppendMenu(wx.ID_ANY, 'Powder Data',
578            submenu, help='Import Powder data')
579        for reader in self.ImportPowderReaderlist:
580            item = submenu.Append(wx.ID_ANY,help=reader.longFormatName,
581                kind=wx.ITEM_NORMAL,text='from '+reader.formatName+' file')
582            self.ImportMenuId[item.GetId()] = reader
583            self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnImportPowder, id=item.GetId())
584        item = submenu.Append(wx.ID_ANY,
585            help='Import powder data, use file to try to determine format',
586            kind=wx.ITEM_NORMAL,text='guess format from file')
587        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnImportPowder, id=item.GetId())
588           
589    def ReadPowderInstprm(self,instfile):       #fix the write routine for [inst1,inst2] style
590        '''Read a GSAS-II (new) instrument parameter file
591
592        :param str instfile: name of instrument parameter file
593
594        '''
595        if os.path.splitext(instfile)[1].lower() != '.instprm': # invalid file
596            return None           
597        if not os.path.exists(instfile): # no such file
598            return None
599        File = open(instfile,'r')
600        S = File.readline()
601        if not S.startswith('#GSAS-II'): # not a valid file
602            File.close()
603            return None
604        newItems = []
605        newVals = []
606        while S:
607            if S[0] == '#':
608                S = File.readline()
609                continue
610            [item,val] = S[:-1].split(':')
611            newItems.append(item)
612            try:
613                newVals.append(float(val))
614            except ValueError:
615                newVals.append(val)                       
616            S = File.readline()               
617        File.close()
618        # add a second MT dict here. TOF parms? (BHT)
619        return G2IO.makeInstDict(newItems,newVals,len(newVals)*[False,]),{}
620       
621    def ReadPowderIparm(self,instfile,bank,databanks,rd):
622        '''Read a GSAS (old) instrument parameter file
623
624        :param str instfile: name of instrument parameter file
625
626        :param int bank: the bank number read in the raw data file
627
628        :param int databanks: the number of banks in the raw data file.
629          If the number of banks in the data and instrument parameter files
630          agree, then the sets of banks are assumed to match up and bank
631          is used to select the instrument parameter file. If not, the user
632          is asked to make a selection.
633
634        :param obj rd: the raw data (histogram) data object. This
635          sets rd.instbank.
636
637        '''
638        if not os.path.exists(instfile): # no such file
639            return {}
640        fp = 0
641        try:
642            fp = open(instfile,'Ur')
643            Iparm = {}
644            for S in fp:
645                Iparm[S[:12]] = S[12:-1]
646        except IOError:
647            print('Error reading file:'+str(instfile))
648        if fp:       
649            fp.close()
650
651        ibanks = int(Iparm.get('INS   BANK  ','1').strip())
652        hType = Iparm['INS   HTYPE '].strip()
653        if ibanks == 1: # there is only one bank here, return it
654            rd.instbank = 1
655            return Iparm
656        if 'PNT' in hType:
657            rd.instbank = bank
658        elif ibanks != databanks:
659            # number of banks in data and prm file not not agree, need a
660            # choice from a human here
661            choices = []
662            for i in range(1,1+ibanks):
663                choices.append('Bank '+str(i))
664            bank = rd.BlockSelector(
665                choices, self,
666                title='Select an instrument parameter bank for '+
667                os.path.split(rd.powderentry[0])[1]+' BANK '+str(bank)+
668                '\nOr use Cancel to select from the default parameter sets',
669                header='Block Selector')
670        if bank is None: return {}
671        # pull out requested bank # bank from the data, and change the bank to 1
672        IparmS = {}
673        for key in Iparm:
674            if key[4:6] == "  ":
675                IparmS[key] = Iparm[key]
676            elif int(key[4:6].strip()) == bank:
677                IparmS[key[:4]+' 1'+key[6:]] = Iparm[key]
678        rd.instbank = bank
679        return IparmS
680                       
681    def GetPowderIparm(self,rd, prevIparm, lastIparmfile, lastdatafile):
682        '''Open and read an instrument parameter file for a data file
683        Returns the list of parameters used in the data tree
684
685        :param obj rd: the raw data (histogram) data object.
686
687        :param str prevIparm: not used
688
689        :param str lastIparmfile: Name of last instrument parameter
690          file that was read, or a empty string.
691
692        :param str lastdatafile: Name of last data file that was read.
693
694        :returns: a list of two dicts, the first containing instrument parameters
695          and the second used for future TOF datasets (timemaps?)
696
697        '''
698        def SetPowderInstParms(Iparm, rd):
699            '''extracts values from instrument parameters in rd.instdict
700            or in array Iparm.
701            Create and return the contents of the instrument parameter tree entry.
702            '''
703            DataType = Iparm['INS   HTYPE '].strip()[:3]  # take 1st 3 chars
704            # override inst values with values read from data file
705            if rd.instdict.get('type'):
706                DataType = rd.instdict.get('type')
707            data = [DataType,]
708            instname = Iparm.get('INS  1INAME ')
709            if instname:
710                rd.Sample['InstrName'] = instname.strip()
711            if 'C' in DataType:
712                wave1 = None
713                wave2 = 0.0
714                if rd.instdict.get('wave'):
715                    wl = rd.instdict.get('wave')
716                    wave1 = wl[0]
717                    if len(wl) > 1: wave2 = wl[1]
718                s = Iparm['INS  1 ICONS']
719                if not wave1:
720                    wave1 = G2IO.sfloat(s[:10])
721                    wave2 = G2IO.sfloat(s[10:20])
722                v = (wave1,wave2,
723                     G2IO.sfloat(s[20:30]),G2IO.sfloat(s[55:65]),G2IO.sfloat(s[40:50])) #get lam1, lam2, zero, pola & ratio
724                if not v[1]:
725                    names = ['Type','Lam','Zero','Polariz.','U','V','W','X','Y','SH/L','Azimuth'] 
726                    v = (v[0],v[2],v[4])
727                    codes = [0,0,0,0]
728                else:
729                    names = ['Type','Lam1','Lam2','Zero','I(L2)/I(L1)','Polariz.','U','V','W','X','Y','SH/L','Azimuth']
730                    codes = [0,0,0,0,0,0]
731                data.extend(v)
732                v1 = Iparm['INS  1PRCF1 '].split()                                                 
733                v = Iparm['INS  1PRCF11'].split()
734                data.extend([float(v[0]),float(v[1]),float(v[2])])                  #get GU, GV & GW - always here
735                azm = float(Iparm.get('INS  1DETAZM','0.0'))
736                v = Iparm['INS  1PRCF12'].split()
737                if v1[0] == 3:
738                    data.extend([float(v[0]),float(v[1]),float(v[2])+float(v[3],azm)])  #get LX, LY, S+H/L & azimuth
739                else:
740                    data.extend([0.0,0.0,0.002,azm])                                      #OK defaults if fxn #3 not 1st in iprm file
741                codes.extend([0,0,0,0,0,0,0])
742                return [G2IO.makeInstDict(names,data,codes),{}]
743            elif 'T' in DataType:
744                names = ['Type','2-theta','difC','difA','Zero','alpha','beta-0','beta-1',
745                    'beta-q','sig-0','sig-1','sig-q','X','Y','Azimuth']
746                codes = [0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0]
747                azm = 0.
748                if 'INS  1DETAZM' in Iparm:
749                    azm = float(Iparm['INS  1DETAZM'])
750                s = Iparm['INS  1BNKPAR'].split()
751                data.extend([G2IO.sfloat(s[1]),])               #2-theta for bank
752                s = Iparm['INS  1 ICONS'].split()
753                data.extend([G2IO.sfloat(s[0]),G2IO.sfloat(s[1]),G2IO.sfloat(s[2])])    #difC, difA, Zero
754                s = Iparm['INS  1PRCF1 '].split()
755                pfType = int(s[0])
756                s = Iparm['INS  1PRCF11'].split()
757                if abs(pfType) == 1:
758                    data.extend([G2IO.sfloat(s[1]),G2IO.sfloat(s[2]),G2IO.sfloat(s[3])])
759                    s = Iparm['INS  1PRCF12'].split()
760                    data.extend([0.0,0.0,G2IO.sfloat(s[1]),0.0,0.0,0.0,azm])
761                elif abs(pfType) in [3,4,5]:
762                    data.extend([G2IO.sfloat(s[0]),G2IO.sfloat(s[1]),G2IO.sfloat(s[2])])
763                    if abs(pfType) == 4:
764                        data.extend([0.0,0.0,G2IO.sfloat(s[3]),0.0,0.0,0.0,azm])
765                    else:
766                        s = Iparm['INS  1PRCF12'].split()
767                        data.extend([0.0,0.0,G2IO.sfloat(s[0]),0.0,0.0,0.0,azm])                       
768                Inst1 = G2IO.makeInstDict(names,data,codes)
769                Inst2 = {}
770                if pfType < 0:
771                    Ipab = 'INS  1PAB'+str(-pfType)
772                    Npab = int(Iparm[Ipab+'  '].strip())
773                    Inst2['Pdabc'] = []
774                    for i in range(Npab):
775                        k = Ipab+str(i+1).rjust(2)
776                        s = Iparm[k].split()
777                        Inst2['Pdabc'].append([float(t) for t in s])
778                    Inst2['Pdabc'] = np.array(Inst2['Pdabc'])
779                    Inst2['Pdabc'].T[3] += Inst2['Pdabc'].T[0]*Inst1['difC'][0] #turn 3rd col into TOF
780                if 'INS  1I ITYP' in Iparm:
781                    s = Iparm['INS  1I ITYP'].split()
782                    Ityp = int(s[0])
783                    Tminmax = [float(s[1])*1000.,float(s[2])*1000.]
784                    Itypes = ['Exponential','Maxwell/Exponential','','Maxwell/Chebyschev','']
785                    if Ityp in [1,2,4]:
786                        Inst2['Itype'] = Itypes[Ityp-1]
787                        Inst2['Tminmax'] = Tminmax
788                        Icoeff = []
789                        Iesd = []
790                        Icovar = []                   
791                        for i in range(3):
792                            s = Iparm['INS  1ICOFF'+str(i+1)].split()
793                            Icoeff += [float(S) for S in s]
794                            s = Iparm['INS  1IECOF'+str(i+1)].split()
795                            Iesd += [float(S) for S in s]
796                        for i in range(8):
797                            s = Iparm['INS  1IECOR'+str(i+1)].split()
798                            Icovar += [float(S) for S in s]
799                        Inst2['Icoeff'] = Icoeff
800                        Inst2['Iesd'] = Iesd
801                        Inst2['Icovar'] = Icovar
802                return [Inst1,Inst2]
803
804        # stuff we might need from the reader
805        filename = rd.powderentry[0]
806        bank = rd.powderentry[2]
807        numbanks = rd.numbanks
808        # is there an instrument parameter file defined for the current data set?
809        if rd.instparm or (lastdatafile == filename and lastIparmfile):
810            if rd.instparm:
811                instfile = os.path.join(os.path.split(filename)[0],
812                                    rd.instparm)
813            else:
814                # for multiple reads of one data file, reuse the inst parm file
815                instfile = lastIparmfile
816            if os.path.exists(instfile):
817                #print 'debug: try read',instfile
818                instParmList = self.ReadPowderInstprm(instfile)
819                if instParmList is not None:
820                    rd.instfile = instfile
821                    rd.instmsg = 'GSAS-II file '+instfile
822                    return instParmList
823                Iparm = self.ReadPowderIparm(instfile,bank,numbanks,rd)
824                if Iparm:
825                    #print 'debug: success'
826                    rd.instfile = instfile
827                    rd.instmsg = instfile + ' bank ' + str(rd.instbank)
828                    return SetPowderInstParms(Iparm,rd)
829            else:
830                self.ErrorDialog('Open Error','Error opening instrument parameter file '
831                    +str(instfile)+' requested by file '+ filename)
832        # is there an instrument parameter file matching the current file
833        # with extension .inst or .prm? If so read it
834        basename = os.path.splitext(filename)[0]
835        for ext in '.instprm','.prm','.inst','.ins':
836            instfile = basename + ext
837            instParmList = self.ReadPowderInstprm(instfile)
838            if instParmList is not None:
839                rd.instfile = instfile
840                rd.instmsg = 'GSAS-II file '+instfile
841                return instParmList
842            Iparm = self.ReadPowderIparm(instfile,bank,numbanks,rd)
843            if Iparm:
844                #print 'debug: success'
845                rd.instfile = instfile
846                rd.instmsg = instfile + ' bank ' + str(rd.instbank)
847                return SetPowderInstParms(Iparm,rd)
848            else:
849                #print 'debug: open/read failed',instfile
850                pass # fail silently
851
852        # did we read the data file from a zip? If so, look there for a
853        # instrument parameter file
854        if self.zipfile:
855            for ext in '.instprm','.prm','.inst','.ins':
856                instfile = G2IO.ExtractFileFromZip(
857                    self.zipfile,
858                    selection=os.path.split(basename + ext)[1],
859                    parent=self)
860                if instfile is not None and instfile != self.zipfile:
861                    print 'debug:',instfile,'created from ',self.zipfile
862                    instParmList = self.ReadPowderInstprm(instfile)
863                    if instParmList is not None:
864                        rd.instfile = instfile
865                        rd.instmsg = 'GSAS-II file '+instfile
866                        return instParmList
867                    Iparm = self.ReadPowderIparm(instfile,bank,numbanks,rd)
868                    if Iparm:
869                        rd.instfile = instfile
870                        rd.instmsg = instfile + ' bank ' + str(rd.instbank)
871                        return SetPowderInstParms(Iparm,rd)
872                    else:
873                        #print 'debug: open/read for',instfile,'from',self.zipfile,'failed'
874                        pass # fail silently
875
876        while True: # loop until we get a file that works or we get a cancel
877            instfile = ''
878            dlg = wx.FileDialog(
879                self,
880                'Choose inst. param file for "'
881                +rd.idstring
882                +'" (or Cancel for default)',
883                '.', '',
884                'GSAS iparm file (*.prm,*.inst,*.ins)|*.prm;*.inst;*.ins|'
885                'GSAS-II iparm file (*.instprm)|*.instprm|'
886                'All files (*.*)|*.*', 
887                wx.OPEN|wx.CHANGE_DIR)
888            if os.path.exists(lastIparmfile):
889                dlg.SetFilename(lastIparmfile)
890            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
891                instfile = dlg.GetPath()
892            dlg.Destroy()
893            if not instfile: break
894            instParmList = self.ReadPowderInstprm(instfile)
895            if instParmList is not None:
896                rd.instfile = instfile
897                rd.instmsg = 'GSAS-II file '+instfile
898                return instParmList
899            Iparm = self.ReadPowderIparm(instfile,bank,numbanks,rd)
900            if Iparm:
901                #print 'debug: success with',instfile
902                rd.instfile = instfile
903                rd.instmsg = instfile + ' bank ' + str(rd.instbank)
904                return SetPowderInstParms(Iparm,rd)
905            else:
906                self.ErrorDialog('Read Error',
907                                 'Error opening/reading file '+str(instfile))
908       
909        # still no success: offer user choice of defaults
910        while True: # loop until we get a choice
911            choices = []
912            head = 'Select from default instrument parameters for '+rd.idstring
913
914            for l in rd.defaultIparm_lbl:
915                choices.append('Defaults for '+l)
916            res = rd.BlockSelector(
917                choices,
918                ParentFrame=self,
919                title=head,
920                header='Select default inst parms',
921                useCancel=False)
922            if res is None: continue
923            rd.instfile = ''
924            rd.instmsg = 'default: '+rd.defaultIparm_lbl[res]
925            return SetPowderInstParms(rd.defaultIparms[res],rd)
926
927    def OnImportPowder(self,event):
928        '''Called in response to an Import/Powder Data/... menu item
929        to read a powder diffraction data set.
930        dict self.ImportMenuId is used to look up the specific
931        reader item associated with the menu item, which will be
932        None for the last menu item, which is the "guess" option
933        where all appropriate formats will be tried.
934
935        Also reads an instrument parameter file for each dataset.
936        '''
937        reqrdr = self.ImportMenuId.get(event.GetId())  # look up which format was requested
938        rdlist = self.OnImportGeneric(
939            reqrdr,self.ImportPowderReaderlist,'Powder Data',multiple=True)
940        if len(rdlist) == 0: return
941        self.CheckNotebook()
942        Iparm = None
943        lastIparmfile = ''
944        lastdatafile = ''
945        for rd in rdlist:
946            # get instrument parameters for each dataset
947            Iparm1,Iparm2 = self.GetPowderIparm(rd, Iparm, lastIparmfile, lastdatafile)
948            if rd.repeat_instparm: 
949                lastIparmfile = rd.instfile
950            lastdatafile = rd.powderentry[0]
951            print 'Read powder data '+str(rd.idstring)+ \
952                ' from file '+str(self.lastimport) + \
953                ' with parameters from '+str(rd.instmsg)
954            # data are read, now store them in the tree
955            Id = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,
956                text='PWDR '+rd.idstring)
957            if 'T' in Iparm1['Type'][0]:
958                if not rd.clockWd and rd.GSAS:
959                    rd.powderdata[0] *= 100.        #put back the CW centideg correction
960                cw = np.diff(rd.powderdata[0])
961                rd.powderdata[0] = rd.powderdata[0][:-1]+cw/2.
962                rd.powderdata[1] = rd.powderdata[1][:-1]/cw
963                rd.powderdata[2] = rd.powderdata[2][:-1]*cw**2  #1/var=w at this point
964                if 'Itype' in Iparm2:
965                    Ibeg = np.searchsorted(rd.powderdata[0],Iparm2['Tminmax'][0])
966                    Ifin = np.searchsorted(rd.powderdata[0],Iparm2['Tminmax'][1])
967                    rd.powderdata[0] = rd.powderdata[0][Ibeg:Ifin]
968                    YI,WYI = G2pwd.calcIncident(Iparm2,rd.powderdata[0])
969                    rd.powderdata[1] = rd.powderdata[1][Ibeg:Ifin]/YI
970                    var = 1./rd.powderdata[2][Ibeg:Ifin]
971                    var += WYI*rd.powderdata[1]**2
972                    var /= YI**2
973                    rd.powderdata[2] = 1./var
974                rd.powderdata[3] = np.zeros_like(rd.powderdata[0])                                       
975                rd.powderdata[4] = np.zeros_like(rd.powderdata[0])                                       
976                rd.powderdata[5] = np.zeros_like(rd.powderdata[0])                                       
977            Tmin = min(rd.powderdata[0])
978            Tmax = max(rd.powderdata[0])
979            self.PatternTree.SetItemPyData(Id,[{'wtFactor':1.0},rd.powderdata])
980            self.PatternTree.SetItemPyData(
981                self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Comments'),
982                rd.comments)
983            self.PatternTree.SetItemPyData(
984                self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Limits'),
985                [(Tmin,Tmax),[Tmin,Tmax]])
986            self.PatternId = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,Id,'Limits')
987            self.PatternTree.SetItemPyData(
988                self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Background'),
989                [['chebyschev',True,3,1.0,0.0,0.0],
990                 {'nDebye':0,'debyeTerms':[],'nPeaks':0,'peaksList':[]}])
991            self.PatternTree.SetItemPyData(
992                self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Instrument Parameters'),
993                [Iparm1,Iparm2])
994            self.PatternTree.SetItemPyData(
995                self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Sample Parameters'),
996                rd.Sample)
997            self.PatternTree.SetItemPyData(
998                self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Peak List')
999                ,[])
1000            self.PatternTree.SetItemPyData(
1001                self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Index Peak List'),
1002                [])
1003            self.PatternTree.SetItemPyData(
1004                self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Unit Cells List'),
1005                [])
1006            self.PatternTree.SetItemPyData(
1007                self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Reflection Lists'),
1008                {})
1009            self.PatternTree.Expand(Id)
1010        self.PatternTree.SelectItem(Id)
1011        return # success
1012
1013    def _init_Exports(self,menu):
1014        '''This is a place holder for when exports are handled in a manner similar to imports
1015        '''
1016#        submenu = wx.Menu()
1017#        item = menu.AppendMenu(
1018#            wx.ID_ANY, 'entire project',
1019#            submenu, help='Export entire project')
1020
1021        # for now hard-code CIF testing here
1022        item = menu.Append(
1023            wx.ID_ANY,
1024            help='full CIF file includes powder/reflection data',
1025            kind=wx.ITEM_NORMAL,
1026            text='full CIF file')
1027        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnTestCIF, id=item.GetId())
1028        item = menu.Append(
1029            wx.ID_ANY,
1030            help='quick CIF file with no data, no distance/angle table',
1031            kind=wx.ITEM_NORMAL,
1032            text='quick CIF file')
1033        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnTestCIF, id=item.GetId())
1034
1035    def OnTestCIF(self,event):
1036        # hard-code CIF testing here
1037       
1038        # get the menu command on Windows and Linux
1039        menu = self.ExportMenu.FindItemById(event.GetId())
1040        mode = 'full'
1041        if menu:
1042            if 'quick' in menu.GetLabel():
1043                mode = 'simple'
1044        else: # this works on the Mac
1045            try: 
1046                if 'quick' in event.EventObject.GetLabelText(event.Id):
1047                    mode = 'simple'
1048            except:
1049                pass
1050        #path2GSAS2 = os.path.join(
1051        #    os.path.dirname(os.path.realpath(__file__)), # location of this file
1052        #    'exports')
1053        #if path2GSAS2 not in sys.path: sys.path.append(path2GSAS2)
1054        #reload(G2IO)
1055        import G2cif
1056        reload(G2cif)
1057        exp = G2cif.ExportCIF(self)
1058        exp.export(mode)
1059
1060    def _Add_ExportMenuItems(self,parent):
1061        item = parent.Append(
1062            help='Select PWDR item to enable',id=wx.ID_ANY,
1063            kind=wx.ITEM_NORMAL,
1064            text='Export Powder Patterns...')
1065        self.ExportPattern.append(item)
1066        item.Enable(False)
1067        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnExportPatterns, id=item.GetId())
1068
1069        item = parent.Append(
1070            help='',id=wx.ID_ANY,
1071            kind=wx.ITEM_NORMAL,
1072            text='Export All Peak Lists...')
1073        self.ExportPeakList.append(item)
1074        item.Enable(True)
1075        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnExportPeakList, id=item.GetId())
1076
1077        item = parent.Append(
1078            help='',id=wx.ID_ANY,
1079            kind=wx.ITEM_NORMAL,
1080            text='Export HKLs...')
1081        self.ExportHKL.append(item)
1082        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnExportHKL, id=item.GetId())
1083
1084        item = parent.Append(
1085            help='Select PDF item to enable',
1086            id=wx.ID_ANY,
1087            kind=wx.ITEM_NORMAL,
1088            text='Export PDF...')
1089        self.ExportPDF.append(item)
1090        item.Enable(False)
1091        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnExportPDF, id=item.GetId())
1092
1093        item = parent.Append(
1094            help='',id=wx.ID_ANY,
1095            kind=wx.ITEM_NORMAL,
1096            text='Export Phase...')
1097        self.ExportPhase.append(item)
1098        item.Enable(False)
1099        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnExportPhase, id=item.GetId())
1100
1101#        item = parent.Append(
1102#            help='',id=wx.ID_ANY,
1103#            kind=wx.ITEM_NORMAL,
1104#            text='Export CIF...')
1105#        self.ExportCIF.append(item)
1106#        item.Enable(False)
1107#        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnExportCIF, id=item.GetId())
1108               
1109    def FillMainMenu(self,menubar):
1110        '''Define contents of the main GSAS-II menu for the (main) data tree window
1111        in the mac, used also for the data item windows as well.
1112        '''
1113        File = wx.Menu(title='')
1114        menubar.Append(menu=File, title='&File')
1115        self._Add_FileMenuItems(File)
1116        Data = wx.Menu(title='')
1117        menubar.Append(menu=Data, title='Data')
1118        self._Add_DataMenuItems(Data)
1119        Calculate = wx.Menu(title='')       
1120        menubar.Append(menu=Calculate, title='&Calculate')
1121        self._Add_CalculateMenuItems(Calculate)
1122        Import = wx.Menu(title='')       
1123        menubar.Append(menu=Import, title='Import')
1124        self._Add_ImportMenu_Phase(Import)
1125        self._Add_ImportMenu_powder(Import)
1126        self._Add_ImportMenu_Sfact(Import)
1127        self.ExportMenu = wx.Menu(title='')
1128        menubar.Append(menu=self.ExportMenu, title='Export')
1129        self._init_Exports(self.ExportMenu)
1130        self._Add_ExportMenuItems(self.ExportMenu)
1131        HelpMenu=G2gd.MyHelp(self,helpType='Data tree',
1132            morehelpitems=[('&Tutorials','Tutorials')])
1133        menubar.Append(menu=HelpMenu,title='&Help')
1134
1135    def _init_ctrls(self, parent):
1136        wx.Frame.__init__(self, name='GSASII', parent=parent,
1137            size=wx.Size(400, 250),style=wx.DEFAULT_FRAME_STYLE, title='GSAS-II data tree')
1138        clientSize = wx.ClientDisplayRect()
1139        Size = self.GetSize()
1140        xPos = clientSize[2]-Size[0]
1141        self.SetPosition(wx.Point(xPos,clientSize[1]))
1142        self._init_Imports()
1143        #initialize Menu item objects (these contain lists of menu items that are enabled or disabled)
1144        self.MakePDF = []
1145        self.Refine = []
1146        self.SeqRefine = []
1147        self.ExportPattern = []
1148        self.ExportPeakList = []
1149        self.ExportHKL = []
1150        self.ExportPDF = []
1151        self.ExportPhase = []
1152        self.ExportCIF = []
1153        #
1154        self.GSASIIMenu = wx.MenuBar()
1155        self.FillMainMenu(self.GSASIIMenu)
1156        self.SetMenuBar(self.GSASIIMenu)
1157        self.Bind(wx.EVT_SIZE, self.OnSize)
1158        self.CreateStatusBar()
1159        self.mainPanel = wx.Panel(self,-1)
1160       
1161        wxID_PATTERNTREE = wx.NewId()
1162        self.PatternTree = wx.TreeCtrl(id=wxID_PATTERNTREE,
1163            parent=self.mainPanel, pos=wx.Point(0, 0),style=wx.TR_DEFAULT_STYLE )
1164        self.PatternTree.Bind(wx.EVT_TREE_SEL_CHANGED,
1165            self.OnPatternTreeSelChanged, id=wxID_PATTERNTREE)
1166        self.PatternTree.Bind(wx.EVT_TREE_ITEM_COLLAPSED,
1167            self.OnPatternTreeItemCollapsed, id=wxID_PATTERNTREE)
1168        self.PatternTree.Bind(wx.EVT_TREE_ITEM_EXPANDED,
1169            self.OnPatternTreeItemExpanded, id=wxID_PATTERNTREE)
1170        self.PatternTree.Bind(wx.EVT_TREE_DELETE_ITEM,
1171            self.OnPatternTreeItemDelete, id=wxID_PATTERNTREE)
1172        self.PatternTree.Bind(wx.EVT_TREE_KEY_DOWN,
1173            self.OnPatternTreeKeyDown, id=wxID_PATTERNTREE)
1174        self.root = self.PatternTree.AddRoot('Loaded Data: ')
1175       
1176        plotFrame = wx.Frame(None,-1,'GSASII Plots',size=wx.Size(700,600), \
1177            style=wx.DEFAULT_FRAME_STYLE ^ wx.CLOSE_BOX)
1178        self.G2plotNB = G2plt.G2PlotNoteBook(plotFrame)
1179        plotFrame.Show()
1180       
1181        self.dataDisplay = None
1182       
1183    def __init__(self, parent):
1184        self._init_ctrls(parent)
1185        self.Image = wx.Image(
1186            os.path.join(GSASIIpath.path2GSAS2,'gsas2.ico'),
1187            wx.BITMAP_TYPE_ICO)
1188        if "wxMSW" in wx.PlatformInfo:
1189            self.SetIcon(self.Image.Scale(16, 16))
1190        elif "wxGTK" in wx.PlatformInfo:
1191            self.SetIcon(self.Image.Scale(22, 22))
1192        else:
1193            self.SetIcon(wx.IconFromBitmap(self.Image.ConvertToBitmap()))
1194        self.Bind(wx.EVT_CLOSE, self.ExitMain)
1195        # various defaults
1196        self.oldFocus = None
1197        self.GSASprojectfile = ''
1198        self.dirname = os.path.expanduser('~')       #start in the users home directory by default; may be meaningless
1199        self.undofile = ''
1200        self.TreeItemDelete = False
1201        self.Offset = [0.0,0.0]
1202        self.delOffset = .02
1203        self.refOffset = -100.0
1204        self.refDelt = .01
1205        self.Weight = False
1206        self.IparmName = ''  # to be removed when SelectPowderData & GetInstrumentFile is
1207        self.IfPlot = False
1208        self.PatternId = 0
1209        self.PickId = 0
1210        self.PeakTable = []
1211        self.LimitsTable = []
1212        self.HKL = []
1213        self.Lines = []
1214        self.itemPicked = None
1215        self.dataFrame = None
1216        self.Interpolate = 'nearest'
1217        self.ContourColor = 'Paired'
1218        self.VcovColor = 'RdYlGn'
1219        self.RamaColor = 'Blues'
1220        self.Projection = 'equal area'
1221        self.logPlot = False
1222        self.qPlot = False
1223        self.Contour = False
1224        self.Legend = False
1225        self.SinglePlot = False
1226        self.SubBack = False
1227        self.plotView = 0
1228        self.Image = 0
1229        self.oldImagefile = ''
1230        self.ImageZ = []
1231        self.Integrate = 0
1232        self.imageDefault = {}
1233        self.Sngl = 0
1234        self.ifGetRing = False
1235        self.setPoly = False
1236        arg = sys.argv
1237        if len(arg) > 1:
1238            self.GSASprojectfile = os.path.splitext(arg[1])[0]+'.gpx'
1239            self.dirname = os.path.dirname(arg[1])
1240            if self.dirname: os.chdir(self.dirname)
1241            try:
1242                G2IO.ProjFileOpen(self)
1243                self.PatternTree.Expand(self.root)
1244                for item in self.Refine: item.Enable(True)
1245                for item in self.SeqRefine: item.Enable(True)
1246            except:
1247                print 'Error opening file',arg[1]
1248
1249    def OnSize(self,event):
1250        'Called when the main window is resized. Not sure why'
1251        w,h = self.GetClientSizeTuple()
1252        self.mainPanel.SetSize(wx.Size(w,h))
1253        self.PatternTree.SetSize(wx.Size(w,h))
1254                       
1255    def OnPatternTreeSelChanged(self, event):
1256        '''Called when a data tree item is selected'''
1257        if self.TreeItemDelete:
1258            self.TreeItemDelete = False
1259        else:
1260            pltNum = self.G2plotNB.nb.GetSelection()
1261            if pltNum >= 0:                         #to avoid the startup with no plot!
1262                pltPage = self.G2plotNB.nb.GetPage(pltNum)
1263                pltPlot = pltPage.figure
1264            item = event.GetItem()
1265            G2gd.MovePatternTreeToGrid(self,item)
1266            if self.oldFocus:
1267                self.oldFocus.SetFocus()
1268       
1269    def OnPatternTreeItemCollapsed(self, event):
1270        'Called when a tree item is collapsed'
1271        event.Skip()
1272
1273    def OnPatternTreeItemExpanded(self, event):
1274        'Called when a tree item is expanded'
1275        event.Skip()
1276       
1277    def OnPatternTreeItemDelete(self, event):
1278        'Called when a tree item is deleted -- not sure what this does'
1279        self.TreeItemDelete = True
1280
1281    def OnPatternTreeItemActivated(self, event):
1282        'Called when a tree item is activated'
1283        event.Skip()
1284       
1285    def OnPatternTreeKeyDown(self,event):
1286        'Not sure what this does'
1287        key = event.GetKeyCode()
1288        item = self.PickId
1289        if type(item) is int: return # is this the toplevel in tree?
1290        if key == wx.WXK_UP:
1291            self.oldFocus = wx.Window.FindFocus()
1292            self.PatternTree.GetPrevSibling(item)
1293        elif key == wx.WXK_DOWN:
1294            self.oldFocus = wx.Window.FindFocus()
1295            self.PatternTree.GetNextSibling(item)
1296               
1297    def OnReadPowderPeaks(self,event):
1298        'Bound to menu Data/Read Powder Peaks -- still needed?'
1299        Cuka = 1.54052
1300        self.CheckNotebook()
1301        dlg = wx.FileDialog(self, 'Choose file with peak list', '.', '', 
1302            'peak files (*.txt)|*.txt|All files (*.*)|*.*',wx.OPEN|wx.CHANGE_DIR)
1303        try:
1304            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
1305                self.HKL = []
1306                self.powderfile = dlg.GetPath()
1307                comments,peaks = G2IO.GetPowderPeaks(self.powderfile)
1308                Id = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text='PKS '+os.path.basename(self.powderfile))
1309                data = ['PKS',Cuka,0.0]
1310                names = ['Type','Lam','Zero'] 
1311                codes = [0,0,0]
1312                inst = [G2IO.makeInstDict(names,data,codes),{}]
1313                self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Instrument Parameters'),inst)
1314                self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Comments'),comments)
1315                self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Index Peak List'),peaks)
1316                self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Unit Cells List'),[])             
1317                self.PatternTree.Expand(Id)
1318                self.PatternTree.SelectItem(Id)
1319                os.chdir(dlg.GetDirectory())           # to get Mac/Linux to change directory!
1320        finally:
1321            dlg.Destroy()
1322           
1323    def OnImageRead(self,event):
1324        'Called to read in an image in any known format'
1325        self.CheckNotebook()
1326        dlg = wx.FileDialog(
1327            self, 'Choose image files', '.', '',
1328            'Any image file (*.edf;*.tif;*.tiff;*.mar*;*.avg;*.sum;*.img;*.G2img)|'
1329            '*.edf;*.tif;*.tiff;*.mar*;*.avg;*.sum;*.img;*.G2img;*.zip|'
1330            'European detector file (*.edf)|*.edf|'
1331            'Any detector tif (*.tif;*.tiff)|*.tif;*.tiff|'
1332            'MAR file (*.mar*)|*.mar*|'
1333            'GE Image (*.avg;*.sum)|*.avg;*.sum|'
1334            'ADSC Image (*.img)|*.img|'
1335            'GSAS-II Image (*.G2img)|*.G2img|'
1336            'Zip archive (*.zip)|*.zip|'
1337            'All files (*.*)|*.*',
1338            wx.OPEN | wx.MULTIPLE|wx.CHANGE_DIR)
1339        try:
1340            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
1341                imagefiles = dlg.GetPaths()
1342                imagefiles.sort()
1343                for imagefile in imagefiles:
1344                    # if a zip file, open and extract
1345                    if os.path.splitext(imagefile)[1].lower() == '.zip':
1346                        extractedfile = G2IO.ExtractFileFromZip(imagefile,parent=self)
1347                        if extractedfile is not None and extractedfile != imagefile:
1348                            imagefile = extractedfile
1349                    Comments,Data,Npix,Image = G2IO.GetImageData(self,imagefile)
1350                    if Comments:
1351                        Id = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text='IMG '+os.path.basename(imagefile))
1352                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Comments'),Comments)
1353                        Imax = np.amax(Image)
1354                        Imin = max(0.0,np.amin(Image))          #force positive
1355                        if self.imageDefault:
1356                            Data = copy.copy(self.imageDefault)
1357                            Data['showLines'] = True
1358                            Data['ring'] = []
1359                            Data['rings'] = []
1360                            Data['cutoff'] = 10
1361                            Data['pixLimit'] = 20
1362                            Data['edgemin'] = 100000000
1363                            Data['calibdmin'] = 0.5
1364                            Data['calibskip'] = 0
1365                            Data['ellipses'] = []
1366                            Data['calibrant'] = ''
1367                            Data['GonioAngles'] = [0.,0.,0.]
1368                        else:
1369                            Data['type'] = 'PWDR'
1370                            Data['color'] = 'Paired'
1371                            Data['tilt'] = 0.0
1372                            Data['rotation'] = 0.0
1373                            Data['showLines'] = False
1374                            Data['ring'] = []
1375                            Data['rings'] = []
1376                            Data['cutoff'] = 10
1377                            Data['pixLimit'] = 20
1378                            Data['calibdmin'] = 0.5
1379                            Data['calibskip'] = 0
1380                            Data['edgemin'] = 100000000
1381                            Data['ellipses'] = []
1382                            Data['GonioAngles'] = [0.,0.,0.]
1383                            Data['calibrant'] = ''
1384                            Data['IOtth'] = [2.0,5.0]
1385                            Data['LRazimuth'] = [135,225]
1386                            Data['azmthOff'] = 0.0
1387                            Data['outChannels'] = 2500
1388                            Data['outAzimuths'] = 1
1389                            Data['centerAzm'] = False
1390                            Data['fullIntegrate'] = False
1391                            Data['setRings'] = False
1392                            Data['background image'] = ['',1.0]                           
1393                        Data['setDefault'] = False
1394                        Data['range'] = [(Imin,Imax),[Imin,Imax]]
1395                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Image Controls'),Data)
1396                        Masks = {'Points':[],'Rings':[],'Arcs':[],'Polygons':[],'Thresholds':[(Imin,Imax),[Imin,Imax]]}
1397                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Masks'),Masks)
1398                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Stress/Strain'),
1399                            {'Type':'True','d-zero':[],'Sample phi':0.0,'Sample z':0.0,'strain':np.zeros((3,3))})
1400                        self.PatternTree.SetItemPyData(Id,[Npix,imagefile])
1401                        self.PickId = Id
1402                        self.Image = Id
1403                os.chdir(dlg.GetDirectory())           # to get Mac/Linux to change directory!
1404                self.PatternTree.SelectItem(G2gd.GetPatternTreeItemId(self,Id,'Image Controls'))             #show last one
1405        finally:
1406            path = dlg.GetDirectory()           # to get Mac/Linux to change directory!
1407            os.chdir(path)
1408            dlg.Destroy()
1409
1410    def CheckNotebook(self):
1411        '''Make sure the data tree has the minimally expected controls.
1412        (BHT) correct?
1413        '''
1414        if not G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Notebook'):
1415            sub = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text='Notebook')
1416            self.PatternTree.SetItemPyData(sub,[''])
1417        if not G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Controls'):
1418            sub = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text='Controls')
1419            self.PatternTree.SetItemPyData(sub,{'deriv type':'analytic Hessian',    #default controls
1420                'min dM/M':0.0001,'shift factor':1.,'max cyc':3,'F**2':True,
1421                'minF/sig':0,})
1422        if not G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Covariance'):
1423            sub = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text='Covariance')
1424            self.PatternTree.SetItemPyData(sub,{})
1425        if not G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Constraints'):
1426            sub = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text='Constraints')
1427            self.PatternTree.SetItemPyData(sub,{'Hist':[],'HAP':[],'Phase':[]})
1428        if not G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Restraints'):
1429            sub = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text='Restraints')
1430            self.PatternTree.SetItemPyData(sub,{})
1431        if not G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Rigid bodies'):
1432            sub = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text='Rigid bodies')
1433            self.PatternTree.SetItemPyData(sub,{'Vector':{'AtInfo':{}},
1434                'Residue':{'AtInfo':{}},'RBIds':{'Vector':[],'Residue':[]}})
1435               
1436    class CopyDialog(wx.Dialog):
1437        '''Creates a dialog for copying control settings between
1438        data tree items'''
1439        def __init__(self,parent,title,text,data):
1440            wx.Dialog.__init__(self,parent,-1,title, 
1441                pos=wx.DefaultPosition,style=wx.DEFAULT_DIALOG_STYLE)
1442            self.data = data
1443            panel = wx.Panel(self)
1444            mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
1445            topLabl = wx.StaticText(panel,-1,text)
1446            mainSizer.Add((10,10),1)
1447            mainSizer.Add(topLabl,0,wx.ALIGN_CENTER_VERTICAL|wx.LEFT,10)
1448            mainSizer.Add((10,10),1)
1449            ncols = len(data)/40+1
1450            dataGridSizer = wx.FlexGridSizer(rows=len(data),cols=ncols,hgap=2,vgap=2)
1451            for id,item in enumerate(self.data):
1452                ckbox = wx.CheckBox(panel,id,item[1])
1453                ckbox.Bind(wx.EVT_CHECKBOX,self.OnCopyChange)                   
1454                dataGridSizer.Add(ckbox,0,wx.LEFT,10)
1455            mainSizer.Add(dataGridSizer,0,wx.EXPAND)
1456            OkBtn = wx.Button(panel,-1,"Ok")
1457            OkBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnOk)
1458            cancelBtn = wx.Button(panel,-1,"Cancel")
1459            cancelBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnCancel)
1460            btnSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1461            btnSizer.Add((20,20),1)
1462            btnSizer.Add(OkBtn)
1463            btnSizer.Add((20,20),1)
1464            btnSizer.Add(cancelBtn)
1465            btnSizer.Add((20,20),1)
1466           
1467            mainSizer.Add(btnSizer,0,wx.EXPAND|wx.BOTTOM|wx.TOP, 10)
1468            panel.SetSizer(mainSizer)
1469            panel.Fit()
1470            self.Fit()
1471       
1472        def OnCopyChange(self,event):
1473            id = event.GetId()
1474            self.data[id][0] = self.FindWindowById(id).GetValue()       
1475           
1476        def OnOk(self,event):
1477            parent = self.GetParent()
1478            parent.Raise()
1479            self.EndModal(wx.ID_OK)             
1480           
1481        def OnCancel(self,event):
1482            parent = self.GetParent()
1483            parent.Raise()
1484            self.EndModal(wx.ID_CANCEL)             
1485           
1486        def GetData(self):
1487            return self.data
1488       
1489    class SumDialog(wx.Dialog):
1490        'Allows user to supply scale factor(s) when summing data'
1491        def __init__(self,parent,title,text,dataType,data):
1492            wx.Dialog.__init__(self,parent,-1,title, 
1493                pos=wx.DefaultPosition,style=wx.DEFAULT_DIALOG_STYLE)
1494            self.data = data
1495            panel = wx.Panel(self)
1496            mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
1497            topLabl = wx.StaticText(panel,-1,text)
1498            mainSizer.Add((10,10),1)
1499            mainSizer.Add(topLabl,0,wx.ALIGN_CENTER_VERTICAL|wx.LEFT,10)
1500            mainSizer.Add((10,10),1)
1501            dataGridSizer = wx.FlexGridSizer(rows=len(data),cols=2,hgap=2,vgap=2)
1502            for id,item in enumerate(self.data[:-1]):
1503                name = wx.TextCtrl(panel,-1,item[1],size=wx.Size(200,20))
1504                name.SetEditable(False)
1505                scale = wx.TextCtrl(panel,id,'%.3f'%(item[0]),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
1506                scale.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,self.OnScaleChange)
1507                scale.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,self.OnScaleChange)
1508                dataGridSizer.Add(scale,0,wx.LEFT,10)
1509                dataGridSizer.Add(name,0,wx.RIGHT,10)
1510            if dataType:
1511                dataGridSizer.Add(wx.StaticText(panel,-1,'Sum result name: '+dataType),0, \
1512                    wx.LEFT|wx.TOP|wx.ALIGN_CENTER_VERTICAL,10)
1513                self.name = wx.TextCtrl(panel,-1,self.data[-1],size=wx.Size(200,20),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
1514                self.name.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,self.OnNameChange)
1515                self.name.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,self.OnNameChange)
1516                dataGridSizer.Add(self.name,0,wx.RIGHT|wx.TOP,10)
1517            mainSizer.Add(dataGridSizer,0,wx.EXPAND)
1518            OkBtn = wx.Button(panel,-1,"Ok")
1519            OkBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnOk)
1520            cancelBtn = wx.Button(panel,-1,"Cancel")
1521            cancelBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnCancel)
1522            btnSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1523            btnSizer.Add((20,20),1)
1524            btnSizer.Add(OkBtn)
1525            btnSizer.Add((20,20),1)
1526            btnSizer.Add(cancelBtn)
1527            btnSizer.Add((20,20),1)
1528           
1529            mainSizer.Add(btnSizer,0,wx.EXPAND|wx.BOTTOM|wx.TOP, 10)
1530            panel.SetSizer(mainSizer)
1531            panel.Fit()
1532            self.Fit()
1533
1534        def OnScaleChange(self,event):
1535            id = event.GetId()
1536            value = self.FindWindowById(id).GetValue()
1537            try:
1538                self.data[id][0] = float(value)
1539                self.FindWindowById(id).SetValue('%.3f'%(self.data[id][0]))
1540            except ValueError:
1541                if value and '-' not in value[0]:
1542                    print 'bad input - numbers only'
1543                    self.FindWindowById(id).SetValue('0.000')
1544           
1545        def OnNameChange(self,event):
1546            self.data[-1] = self.name.GetValue() 
1547           
1548        def OnOk(self,event):
1549            parent = self.GetParent()
1550            parent.Raise()
1551            self.EndModal(wx.ID_OK)             
1552           
1553        def OnCancel(self,event):
1554            parent = self.GetParent()
1555            parent.Raise()
1556            self.EndModal(wx.ID_CANCEL)             
1557           
1558        def GetData(self):
1559            return self.data
1560           
1561    class ConstraintDialog(wx.Dialog):
1562        '''Window to edit Constraint values
1563        '''
1564        def __init__(self,parent,title,text,data,separator='*'):
1565            wx.Dialog.__init__(self,parent,-1,title, 
1566                pos=wx.DefaultPosition,style=wx.DEFAULT_DIALOG_STYLE)
1567            self.data = data
1568            panel = wx.Panel(self)
1569            mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
1570            topLabl = wx.StaticText(panel,-1,text)
1571            mainSizer.Add((10,10),1)
1572            mainSizer.Add(topLabl,0,wx.ALIGN_CENTER_VERTICAL|wx.LEFT,10)
1573            mainSizer.Add((10,10),1)
1574            dataGridSizer = wx.FlexGridSizer(rows=len(data),cols=2,hgap=2,vgap=2)
1575            for id,item in enumerate(self.data[:-1]):
1576                lbl = item[1]
1577                if lbl[-1] != '=': lbl += ' ' + separator + ' '
1578                name = wx.StaticText(panel,-1,lbl,size=wx.Size(200,20),
1579                                     style=wx.ALIGN_RIGHT)
1580                scale = wx.TextCtrl(panel,id,'%.3f'%(item[0]),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
1581                scale.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,self.OnScaleChange)
1582                scale.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,self.OnScaleChange)
1583                dataGridSizer.Add(name,0,wx.LEFT,10)
1584                dataGridSizer.Add(scale,0,wx.RIGHT,10)
1585            mainSizer.Add(dataGridSizer,0,wx.EXPAND)
1586            OkBtn = wx.Button(panel,-1,"Ok")
1587            OkBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnOk)
1588            cancelBtn = wx.Button(panel,-1,"Cancel")
1589            cancelBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnCancel)
1590            btnSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1591            btnSizer.Add((20,20),1)
1592            btnSizer.Add(OkBtn)
1593            btnSizer.Add((20,20),1)
1594            btnSizer.Add(cancelBtn)
1595            btnSizer.Add((20,20),1)
1596           
1597            mainSizer.Add(btnSizer,0,wx.EXPAND|wx.BOTTOM|wx.TOP, 10)
1598            panel.SetSizer(mainSizer)
1599            panel.Fit()
1600            self.Fit()
1601            self.CenterOnParent()
1602           
1603        def OnNameChange(self,event):
1604            self.data[-1] = self.name.GetValue() 
1605           
1606        def OnScaleChange(self,event):
1607            id = event.GetId()
1608            value = self.FindWindowById(id).GetValue()
1609            try:
1610                self.data[id][0] = float(value)
1611                self.FindWindowById(id).SetValue('%.3f'%(self.data[id][0]))
1612            except ValueError:
1613                if value and '-' not in value[0]:
1614                    print 'bad input - numbers only'
1615                    self.FindWindowById(id).SetValue('0.000')
1616           
1617        def OnOk(self,event):
1618            parent = self.GetParent()
1619            parent.Raise()
1620            self.EndModal(wx.ID_OK)             
1621           
1622        def OnCancel(self,event):
1623            parent = self.GetParent()
1624            parent.Raise()
1625            self.EndModal(wx.ID_CANCEL)             
1626           
1627        def GetData(self):
1628            return self.data
1629           
1630    def OnPwdrSum(self,event):
1631        'Sum together powder data(?)'
1632        TextList = []
1633        DataList = []
1634        SumList = []
1635        Names = []
1636        Inst = None
1637        SumItemList = []
1638        Comments = ['Sum equals: \n']
1639        if self.PatternTree.GetCount():
1640            item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
1641            while item:
1642                name = self.PatternTree.GetItemText(item)
1643                Names.append(name)
1644                if 'PWDR' in name:
1645                    TextList.append([0.0,name])
1646                    DataList.append(self.PatternTree.GetItemPyData(item)[1])    # (x,y,w,yc,yb,yd)
1647                    if not Inst:
1648                        Inst = self.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(self,item, 'Instrument Parameters'))
1649                item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)
1650            if len(TextList) < 2:
1651                self.ErrorDialog('Not enough data to sum','There must be more than one "PWDR" pattern')
1652                return
1653            TextList.append('default_sum_name')               
1654            dlg = self.SumDialog(self,'Sum data','Enter scale for each pattern in summation','PWDR',TextList)
1655            try:
1656                if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
1657                    lenX = 0
1658                    Xminmax = [0,0]
1659                    Xsum = []
1660                    Ysum = []
1661                    Vsum = []
1662                    result = dlg.GetData()
1663                    for i,item in enumerate(result[:-1]):
1664                        scale,name = item
1665                        data = DataList[i]
1666                        if scale:
1667                            Comments.append("%10.3f %s" % (scale,' * '+name))
1668                            x,y,w,yc,yb,yd = data   #numpy arrays!
1669                            v = 1./w
1670                            if lenX:
1671                                if lenX != len(x):
1672                                    self.ErrorDialog('Data length error','Data to be summed must have same number of points'+ \
1673                                        '\nExpected:'+str(lenX)+ \
1674                                        '\nFound:   '+str(len(x))+'\nfor '+name)
1675                                    return
1676                            else:
1677                                lenX = len(x)
1678                            if Xminmax[1]:
1679                                if Xminmax != [x[0],x[-1]]:
1680                                    self.ErrorDialog('Data range error','Data to be summed must span same range'+ \
1681                                        '\nExpected:'+str(Xminmax[0])+' '+str(Xminmax[1])+ \
1682                                        '\nFound:   '+str(x[0])+' '+str(x[-1])+'\nfor '+name)
1683                                    return
1684                                else:
1685                                    for j,yi in enumerate(y):
1686                                         Ysum[j] += scale*yi
1687                                         Vsum[j] += abs(scale)*v[j]
1688                            else:
1689                                Xminmax = [x[0],x[-1]]
1690                                YCsum = YBsum = YDsum = [0.0 for i in range(lenX)]
1691                                for j,yi in enumerate(y):
1692                                    Xsum.append(x[j])
1693                                    Ysum.append(scale*yi)
1694                                    Vsum.append(abs(scale*v[j]))
1695                    Wsum = 1./np.array(Vsum)
1696                    outname = 'PWDR '+result[-1]
1697                    Id = 0
1698                    if outname in Names:
1699                        dlg2 = wx.MessageDialog(self,'Overwrite data?','Duplicate data name',wx.OK|wx.CANCEL)
1700                        try:
1701                            if dlg2.ShowModal() == wx.ID_OK:
1702                                Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,name)
1703                                self.PatternTree.Delete(Id)
1704                        finally:
1705                            dlg2.Destroy()
1706                    Id = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text=outname)
1707                    if Id:
1708                        Sample = G2pdG.SetDefaultSample()
1709                        self.PatternTree.SetItemPyData(Id,[{'wtFactor':1.0},[np.array(Xsum),np.array(Ysum),np.array(Wsum),
1710                            np.array(YCsum),np.array(YBsum),np.array(YDsum)]])
1711                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Comments'),Comments)                   
1712                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Limits'),[tuple(Xminmax),Xminmax])
1713                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Background'),[['chebyschev',True,3,1.0,0.0,0.0],
1714                            {'nDebye':0,'debyeTerms':[],'nPeaks':0,'peaksList':[]}])
1715                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Instrument Parameters'),Inst)
1716                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Sample Parameters'),Sample)
1717                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Peak List'),[])
1718                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Index Peak List'),[])
1719                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Unit Cells List'),[])             
1720                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Reflection Lists'),{})             
1721                        self.PatternTree.SelectItem(Id)
1722                        self.PatternTree.Expand(Id)
1723                   
1724            finally:
1725                dlg.Destroy()
1726
1727    def OnImageSum(self,event):
1728        'Sum together image data(?)'
1729        TextList = []
1730        DataList = []
1731        SumList = []
1732        Names = []
1733        Inst = []
1734        SumItemList = []
1735        Comments = ['Sum equals: \n']
1736        if self.PatternTree.GetCount():
1737            item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
1738            while item:
1739                name = self.PatternTree.GetItemText(item)
1740                Names.append(name)
1741                if 'IMG' in name:
1742                    TextList.append([0.0,name])
1743                    DataList.append(self.PatternTree.GetItemPyData(item))        #Size,Image
1744                    Data = self.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(self,item,'Image Controls'))
1745                item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)
1746            if len(TextList) < 2:
1747                self.ErrorDialog('Not enough data to sum','There must be more than one "IMG" pattern')
1748                return
1749            TextList.append('default_sum_name')               
1750            dlg = self.SumDialog(self,'Sum data','Enter scale for each image in summation','IMG',TextList)
1751            try:
1752                if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
1753                    imSize = 0
1754                    result = dlg.GetData()
1755                    First = True
1756                    Found = False
1757                    for i,item in enumerate(result[:-1]):
1758                        scale,name = item
1759                        data = DataList[i]
1760                        if scale:
1761                            Found = True                               
1762                            Comments.append("%10.3f %s" % (scale,' * '+name))
1763                            Npix,imagefile = data
1764                            image = G2IO.GetImageData(self,imagefile,imageOnly=True)
1765                            if First:
1766                                newImage = np.zeros_like(image)
1767                                First = False
1768                            if imSize:
1769                                if imSize != Npix:
1770                                    self.ErrorDialog('Image size error','Images to be summed must be same size'+ \
1771                                        '\nExpected:'+str(imSize)+ \
1772                                        '\nFound:   '+str(Npix)+'\nfor '+name)
1773                                    return
1774                                newImage = newImage+scale*image
1775                            else:
1776                                imSize = Npix
1777                                newImage = newImage+scale*image
1778                            del(image)
1779                    if not Found:
1780                        self.ErrorDialog('Image sum error','No nonzero image multipliers found')
1781                        return
1782                       
1783                    newImage = np.asfarray(newImage,dtype=np.float32)                       
1784                    outname = 'IMG '+result[-1]
1785                    Id = 0
1786                    if outname in Names:
1787                        dlg2 = wx.MessageDialog(self,'Overwrite data?','Duplicate data name',wx.OK|wx.CANCEL)
1788                        try:
1789                            if dlg2.ShowModal() == wx.ID_OK:
1790                                Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,name)
1791                        finally:
1792                            dlg2.Destroy()
1793                    else:
1794                        Id = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text=outname)
1795                    if Id:
1796                        dlg = wx.FileDialog(self, 'Choose sum image filename', '.', '', 
1797                            'G2img files (*.G2img)|*.G2img', 
1798                            wx.SAVE|wx.FD_OVERWRITE_PROMPT|wx.CHANGE_DIR)
1799                        if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
1800                            newimagefile = dlg.GetPath()
1801                            newimagefile = G2IO.FileDlgFixExt(dlg,newimagefile)
1802                            G2IO.PutG2Image(newimagefile,Comments,Data,Npix,newImage)
1803                            Imax = np.amax(newImage)
1804                            Imin = np.amin(newImage)
1805                            newImage = []
1806                            self.PatternTree.SetItemPyData(Id,[imSize,newimagefile])
1807                            self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Comments'),Comments)
1808                        del(newImage)
1809                        if self.imageDefault:
1810                            Data = copy.copy(self.imageDefault)
1811                        Data['showLines'] = True
1812                        Data['ring'] = []
1813                        Data['rings'] = []
1814                        Data['cutoff'] = 10
1815                        Data['pixLimit'] = 20
1816                        Data['ellipses'] = []
1817                        Data['calibrant'] = ''
1818                        Data['range'] = [(Imin,Imax),[Imin,Imax]]
1819                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Image Controls'),Data)                                           
1820                        Masks = {'Points':[],'Rings':[],'Arcs':[],'Polygons':[],'Thresholds':[(Imin,Imax),[Imin,Imax]]}
1821                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Masks'),Masks)
1822                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Stress/Strain'),{})
1823                        self.PatternTree.SelectItem(Id)
1824                        self.PatternTree.Expand(Id)
1825                        self.PickId = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,outname)
1826                        self.Image = self.PickId
1827            finally:
1828                dlg.Destroy()
1829                     
1830    def OnAddPhase(self,event):
1831        'Add a new, empty phase to the tree. Called by Data/Add Phase menu'
1832        if not G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases'):
1833            sub = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text='Phases')
1834        else:
1835            sub = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases')
1836        PhaseName = ''
1837        dlg = wx.TextEntryDialog(None,'Enter a name for this phase','Phase Name Entry','New phase',
1838            style=wx.OK)
1839        if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
1840            PhaseName = dlg.GetValue()
1841        dlg.Destroy()
1842        sub = self.PatternTree.AppendItem(parent=sub,text=PhaseName)
1843        E,SGData = G2spc.SpcGroup('P 1')
1844        self.PatternTree.SetItemPyData(sub,G2IO.SetNewPhase(Name=PhaseName,SGData=SGData))
1845       
1846    def OnDeletePhase(self,event):
1847        'Delete a phase from the tree. Called by Data/Delete Phase menu'
1848        #Hmm, also need to delete this phase from Reflection Lists for each PWDR histogram
1849        if self.dataFrame:
1850            self.dataFrame.Clear() 
1851        TextList = []
1852        DelList = []
1853        DelItemList = []
1854        if G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases'):
1855            sub = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases')
1856        else:
1857            return
1858        if sub:
1859            item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(sub)
1860            while item:
1861                TextList.append(self.PatternTree.GetItemText(item))
1862                item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(sub, cookie)               
1863            dlg = wx.MultiChoiceDialog(self, 'Which phase to delete?', 'Delete phase', TextList, wx.CHOICEDLG_STYLE)
1864            try:
1865                if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
1866                    result = dlg.GetSelections()
1867                    for i in result: DelList.append([i,TextList[i]])
1868                    item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(sub)
1869                    i = 0
1870                    while item:
1871                        if [i,self.PatternTree.GetItemText(item)] in DelList: DelItemList.append(item)
1872                        item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(sub, cookie)
1873                        i += 1
1874                    for item in DelItemList:
1875                        name = self.PatternTree.GetItemText(item)
1876                        self.PatternTree.Delete(item)
1877                        self.G2plotNB.Delete(name)
1878                    item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
1879                    while item:
1880                        name = self.PatternTree.GetItemText(item)
1881                        if 'PWDR' in name:
1882                            Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,item, 'Reflection Lists')
1883                            refList = self.PatternTree.GetItemPyData(Id)
1884                            for i,item in DelList:
1885                                del(refList[item])
1886                            self.PatternTree.SetItemPyData(Id,refList)
1887                        item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)
1888            finally:
1889                dlg.Destroy()
1890               
1891    def OnRenameData(self,event):
1892        'Renames an existing phase. Called by Data/Rename Phase menu'
1893        name = self.PatternTree.GetItemText(self.PickId)     
1894        if 'PWDR' in name or 'HKLF' in name or 'IMG' in name:
1895            dataType = name[:name.index(' ')+1]                 #includes the ' '
1896            dlg = wx.TextEntryDialog(self,'Data name: '+dataType,'Change data name',
1897                defaultValue=name[name.index(' ')+1:])
1898            try:
1899                if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
1900                    self.PatternTree.SetItemText(self.PickId,dataType+dlg.GetValue())
1901            finally:
1902                dlg.Destroy()
1903       
1904    def GetFileList(self,fileType,skip=None):        #potentially useful?
1905        'Appears unused. Note routine of same name in GSASIIpwdGUI'
1906        fileList = []
1907        Source = ''
1908        id, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
1909        while id:
1910            name = self.PatternTree.GetItemText(id)
1911            if fileType in name:
1912                if id == skip:
1913                    Source = name
1914                else:
1915                    fileList.append([False,name,id])
1916            id, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)
1917        if skip:
1918            return fileList,Source
1919        else:
1920            return fileList
1921           
1922    def OnDataDelete(self, event):
1923        '''Delete one or more histograms from data tree. Called by the
1924        Data/DeleteData menu
1925        '''
1926        TextList = ['All Data']
1927        DelList = []
1928        DelItemList = []
1929        ifPWDR = False
1930        ifIMG = False
1931        ifHKLF = False
1932        ifPDF = False
1933        if self.PatternTree.GetCount():
1934            item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
1935            while item:
1936                name = self.PatternTree.GetItemText(item)
1937                if name not in ['Notebook','Controls','Covariance','Constraints','Restraints','Phases']:
1938                    if 'PWDR' in name: ifPWDR = True
1939                    if 'IMG' in name: ifIMG = True
1940                    if 'HKLF' in name: ifHKLF = True
1941                    if 'PDF' in name: ifPDF = True
1942                    TextList.append(name)
1943                item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)
1944            if ifPWDR: TextList.insert(1,'All PWDR')
1945            if ifIMG: TextList.insert(1,'All IMG')
1946            if ifHKLF: TextList.insert(1,'All HKLF')
1947            if ifPDF: TextList.insert(1,'All PDF')               
1948            dlg = wx.MultiChoiceDialog(self, 'Which data to delete?', 'Delete data', TextList, wx.CHOICEDLG_STYLE)
1949            try:
1950                if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
1951                    result = dlg.GetSelections()
1952                    for i in result: DelList.append(TextList[i])
1953                    if 'All Data' in DelList:
1954                        DelList = [item for item in TextList if item[:3] != 'All']
1955                    elif 'All PWDR' in DelList:
1956                        DelList = [item for item in TextList if item[:4] == 'PWDR']
1957                    elif 'All IMG' in DelList:
1958                        DelList = [item for item in TextList if item[:3] == 'IMG']
1959                    elif 'All HKLF' in DelList:
1960                        DelList = [item for item in TextList if item[:4] == 'HKLF']
1961                    elif 'All PDF' in DelList:
1962                        DelList = [item for item in TextList if item[:3] == 'PDF']
1963                    item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
1964                    while item:
1965                        if self.PatternTree.GetItemText(item) in DelList: DelItemList.append(item)
1966                        item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)
1967                    for item in DelItemList:
1968                        self.PatternTree.Delete(item)
1969                    self.PickId = 0
1970                    wx.CallAfter(G2plt.PlotPatterns,self,True)                        #so plot gets updated
1971            finally:
1972                dlg.Destroy()
1973
1974    def OnFileOpen(self, event, filename=None):
1975        '''Reads in a GSAS-II .gpx project file in response to the
1976        File/Open Project menu button
1977        '''
1978        result = wx.ID_OK
1979        Id = 0
1980        if self.PatternTree.GetChildrenCount(self.root,False):
1981            if self.dataFrame:
1982                self.dataFrame.Clear() 
1983            dlg = wx.MessageDialog(
1984                self,
1985                'Do you want to overwrite the current project? '
1986                'Any unsaved changes will be lost. Press OK to continue.',
1987                'Overwrite?',  wx.OK | wx.CANCEL)
1988            try:
1989                result = dlg.ShowModal()
1990                if result == wx.ID_OK:
1991                    self.PatternTree.DeleteChildren(self.root)
1992                    self.GSASprojectfile = ''
1993                    if self.HKL: self.HKL = []
1994                    if self.G2plotNB.plotList:
1995                        self.G2plotNB.clear()
1996            finally:
1997                dlg.Destroy()
1998        if result != wx.ID_OK: return
1999
2000        if not filename:
2001            if self.dataDisplay: self.dataDisplay.Destroy()
2002            dlg = wx.FileDialog(self, 'Choose GSAS-II project file', '.', '', 
2003                'GSAS-II project file (*.gpx)|*.gpx',wx.OPEN|wx.CHANGE_DIR)
2004            try:
2005                if dlg.ShowModal() != wx.ID_OK: return
2006                self.GSASprojectfile = dlg.GetPath()
2007                self.GSASprojectfile = G2IO.FileDlgFixExt(dlg,self.GSASprojectfile)
2008                self.dirname = dlg.GetDirectory()
2009            finally:
2010                dlg.Destroy()
2011        else:
2012            self.GSASprojectfile = os.path.splitext(filename)[0]+'.gpx'
2013            self.dirname = os.path.split(filename)[0]
2014
2015        G2IO.ProjFileOpen(self)
2016        self.PatternTree.SetItemText(self.root,'Loaded Data: '+self.GSASprojectfile)
2017        self.PatternTree.Expand(self.root)
2018        self.HKL = []
2019        item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
2020        while item and not Id:
2021            name = self.PatternTree.GetItemText(item)
2022            if name[:4] in ['PWDR','HKLF','IMG ','PDF ']:
2023                Id = item
2024            elif name == 'Controls':
2025                data = self.PatternTree.GetItemPyData(item)
2026                if data:
2027                    for item in self.Refine: item.Enable(True)
2028                    for item in self.SeqRefine: item.Enable(True)
2029            item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)               
2030        if Id:
2031            self.PatternTree.SelectItem(Id)
2032        self.CheckNotebook()
2033        os.chdir(self.dirname)           # to get Mac/Linux to change directory!
2034
2035    def OnFileClose(self, event):
2036        '''Clears the data tree in response to the
2037        File/Close Project menu button. User is given option to save
2038        the project.
2039        '''
2040        if self.dataFrame:
2041            self.dataFrame.Clear()
2042            self.dataFrame.SetLabel('GSAS-II data display') 
2043        dlg = wx.MessageDialog(self, 'Save current project?', ' ', wx.YES | wx.NO | wx.CANCEL)
2044        try:
2045            result = dlg.ShowModal()
2046            if result == wx.ID_OK:
2047                self.OnFileSaveMenu(event)
2048            if result != wx.ID_CANCEL:
2049                self.GSASprojectfile = ''
2050                self.PatternTree.SetItemText(self.root,'Loaded Data: ')
2051                self.PatternTree.DeleteChildren(self.root)
2052                if self.HKL: self.HKL = []
2053                if self.G2plotNB.plotList:
2054                    self.G2plotNB.clear()
2055        finally:
2056            dlg.Destroy()
2057
2058    def OnFileSave(self, event):
2059        '''Save the current project in response to the
2060        File/Save Project menu button
2061        '''
2062       
2063        if self.GSASprojectfile: 
2064            self.PatternTree.SetItemText(self.root,'Loaded Data: '+self.GSASprojectfile)
2065            G2IO.ProjFileSave(self)
2066        else:
2067            self.OnFileSaveas(event)
2068
2069    def OnFileSaveas(self, event):
2070        '''Save the current project in response to the
2071        File/Save as menu button
2072        '''
2073        dlg = wx.FileDialog(self, 'Choose GSAS-II project file name', '.', '', 
2074            'GSAS-II project file (*.gpx)|*.gpx',wx.FD_SAVE|wx.FD_OVERWRITE_PROMPT|wx.CHANGE_DIR)
2075        try:
2076            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
2077                self.GSASprojectfile = dlg.GetPath()
2078                self.GSASprojectfile = G2IO.FileDlgFixExt(dlg,self.GSASprojectfile)
2079                self.PatternTree.SetItemText(self.root,'Saving project as'+self.GSASprojectfile)
2080                self.SetTitle("GSAS-II data tree: "+os.path.split(self.GSASprojectfile)[1])
2081                G2IO.ProjFileSave(self)
2082                os.chdir(dlg.GetDirectory())           # to get Mac/Linux to change directory!
2083        finally:
2084            dlg.Destroy()
2085
2086    def ExitMain(self, event):
2087        '''Called if the main window is closed'''
2088        if self.undofile:
2089            os.remove(self.undofile)
2090        sys.exit()
2091       
2092    def OnFileExit(self, event):
2093        '''Called in response to the File/Quit menu button'''
2094        if self.dataFrame:
2095            self.dataFrame.Clear() 
2096            self.dataFrame.Destroy()
2097        self.Close()
2098       
2099    def OnExportPatterns(self,event):
2100        names = ['All']
2101        exports = []
2102        item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
2103        while item:
2104            name = self.PatternTree.GetItemText(item)
2105            if 'PWDR' in name:
2106                names.append(name)
2107            item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)
2108        if names:
2109            dlg = wx.MultiChoiceDialog(self,'Select','Powder patterns to export',names)
2110            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
2111                sel = dlg.GetSelections()
2112                if sel[0] == 0:
2113                    exports = names[1:]
2114                else:
2115                    for x in sel:
2116                        exports.append(names[x])
2117            dlg.Destroy()
2118        if exports:
2119            dlg = wx.FileDialog(self, 'Choose output powder file name', '.', '', 
2120                'GSAS fxye file (*.fxye)|*.fxye|xye file (*.xye)|*.xye',
2121                wx.FD_SAVE|wx.FD_OVERWRITE_PROMPT|wx.CHANGE_DIR)
2122            try:
2123                if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
2124                    powderfile = dlg.GetPath()
2125                    powderfile = G2IO.FileDlgFixExt(dlg,powderfile)
2126                    if 'fxye' in powderfile:
2127                        G2IO.powderFxyeSave(self,exports,powderfile)
2128                    else:       #just xye
2129                        G2IO.powderXyeSave(self,exports,powderfile)
2130            finally:
2131                dlg.Destroy()
2132       
2133    def OnExportPeakList(self,event):
2134        dlg = wx.FileDialog(self, 'Choose output peak list file name', '.', '', 
2135            '(*.*)|*.*',wx.FD_SAVE|wx.FD_OVERWRITE_PROMPT|wx.CHANGE_DIR)
2136        try:
2137            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
2138                self.peaklistfile = dlg.GetPath()
2139                self.peaklistfile = G2IO.FileDlgFixExt(dlg,self.peaklistfile)
2140                file = open(self.peaklistfile,'w')               
2141                item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
2142                while item:
2143                    name = self.PatternTree.GetItemText(item)
2144                    if 'PWDR' in name:
2145                        item2, cookie2 = self.PatternTree.GetFirstChild(item)
2146                        while item2:
2147                            name2 = self.PatternTree.GetItemText(item2)
2148                            if name2 == 'Peak List':
2149                                peaks = self.PatternTree.GetItemPyData(item2)
2150                                file.write("%s \n" % (name+' Peak List'))               
2151                                for peak in peaks:
2152                                    file.write("%10.5f %12.2f %10.3f %10.3f \n" % \
2153                                        (peak[0],peak[2],peak[4],peak[6]))
2154                            item2, cookie2 = self.PatternTree.GetNextChild(item, cookie2)                           
2155                    item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)                           
2156                file.close()
2157        finally:
2158            dlg.Destroy()
2159       
2160    def OnExportHKL(self,event):
2161        dlg = wx.FileDialog(self, 'Choose output reflection list file name', '.', '', 
2162            '(*.*)|*.*',wx.FD_SAVE|wx.FD_OVERWRITE_PROMPT|wx.CHANGE_DIR)
2163        try:
2164            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
2165                self.peaklistfile = dlg.GetPath()
2166                self.peaklistfile = G2IO.FileDlgFixExt(dlg,self.peaklistfile)
2167                file = open(self.peaklistfile,'w')               
2168                item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
2169                while item:
2170                    name = self.PatternTree.GetItemText(item)
2171                    if 'PWDR' in name:
2172                        item2, cookie2 = self.PatternTree.GetFirstChild(item)
2173                        while item2:
2174                            name2 = self.PatternTree.GetItemText(item2)
2175                            if name2 == 'Reflection Lists':
2176                                data = self.PatternTree.GetItemPyData(item2)
2177                                phases = data.keys()
2178                                for phase in phases:
2179                                    peaks = data[phase]
2180                                    file.write("%s %s %s \n" % (name,phase,' Reflection List'))
2181                                    file.write('%s \n'%(' h  k  l  m  d-space 2-theta wid F**2'))               
2182                                    for peak in peaks:
2183                                        FWHM = G2pwd.getgamFW(peak[7],peak[6])/50.      #to get delta-2-theta in deg.
2184                                        file.write(" %3d %3d %3d %3d %10.5f %10.5f %10.5f %10.3f \n" % \
2185                                            (int(peak[0]),int(peak[1]),int(peak[2]),int(peak[3]),peak[4],peak[5],FWHM,peak[8]))
2186                            item2, cookie2 = self.PatternTree.GetNextChild(item, cookie2)                           
2187                    item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)                           
2188                file.close()
2189        finally:
2190            dlg.Destroy()
2191       
2192    def OnExportPDF(self,event):
2193        #need S(Q) and G(R) to be saved here - probably best from selection?
2194        names = ['All']
2195        exports = []
2196        item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
2197        while item:
2198            name = self.PatternTree.GetItemText(item)
2199            if 'PDF' in name:
2200                names.append(name)
2201            item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)
2202        if names:
2203            dlg = wx.MultiChoiceDialog(self,'Select','PDF patterns to export',names)
2204            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
2205                sel = dlg.GetSelections()
2206                if sel[0] == 0:
2207                    exports = names[1:]
2208                else:
2209                    for x in sel:
2210                        exports.append(names[x])
2211            dlg.Destroy()
2212        if exports:
2213            G2IO.PDFSave(self,exports)
2214       
2215    def OnExportPhase(self,event):
2216        event.Skip()
2217       
2218    def OnExportCIF(self,event):
2219        event.Skip()
2220
2221    def OnMakePDFs(self,event):
2222        '''Calculates PDFs
2223        '''
2224        tth2q = lambda t,w:4.0*math.pi*sind(t/2.0)/w
2225        TextList = ['All PWDR']
2226        PDFlist = []
2227        Names = []
2228        if self.PatternTree.GetCount():
2229            id, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
2230            while id:
2231                name = self.PatternTree.GetItemText(id)
2232                Names.append(name)
2233                if 'PWDR' in name:
2234                    TextList.append(name)
2235                id, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)
2236            if len(TextList) == 1:
2237                self.ErrorDialog('Nothing to make PDFs for','There must be at least one "PWDR" pattern')
2238                return
2239            dlg = wx.MultiChoiceDialog(self,'Make PDF controls','Make PDF controls for:',TextList, wx.CHOICEDLG_STYLE)
2240            try:
2241                if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
2242                    result = dlg.GetSelections()
2243                    for i in result: PDFlist.append(TextList[i])
2244                    if 0 in result:
2245                        PDFlist = [item for item in TextList if item[:4] == 'PWDR']                       
2246                    for item in PDFlist:
2247                        PWDRname = item[4:]
2248                        Id = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text='PDF '+PWDRname)
2249                        Data = {
2250                            'Sample':{'Name':item,'Mult':1.0,'Add':0.0},
2251                            'Sample Bkg.':{'Name':'','Mult':-1.0,'Add':0.0},
2252                            'Container':{'Name':'','Mult':-1.0,'Add':0.0},
2253                            'Container Bkg.':{'Name':'','Mult':-1.0,'Add':0.0},'ElList':{},
2254                            'Geometry':'Cylinder','Diam':1.0,'Pack':0.50,'Form Vol':10.0,
2255                            'DetType':'Image plate','ObliqCoeff':0.2,'Ruland':0.025,'QScaleLim':[0,100],
2256                            'Lorch':True,}
2257                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='PDF Controls'),Data)
2258                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='I(Q)'+PWDRname),[])       
2259                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='S(Q)'+PWDRname),[])       
2260                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='F(Q)'+PWDRname),[])       
2261                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='G(R)'+PWDRname),[])       
2262                for item in self.ExportPDF: item.Enable(True)
2263            finally:
2264                dlg.Destroy()
2265               
2266    def GetPWDRdatafromTree(self,PWDRname):
2267        ''' Returns powder data from GSASII tree
2268
2269        :param str PWDRname: a powder histogram name as obtained from
2270          :meth:`GSASIIstruct.GetHistogramNames`
2271
2272        :returns: PWDRdata = powder data dictionary with
2273          Powder data arrays, Limits, Instrument Parameters,
2274          Sample Parameters           
2275        '''
2276        PWDRdata = {}
2277        try:
2278            PWDRdata.update(self.PatternTree.GetItemPyData(PWDRname)[0])            #wtFactor + ?
2279        except ValueError:
2280            PWDRdata['wtFactor'] = 1.0
2281        PWDRdata['Data'] = self.PatternTree.GetItemPyData(PWDRname)[1]          #powder data arrays
2282        PWDRdata['Limits'] = self.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(self,PWDRname,'Limits'))
2283        PWDRdata['Background'] = self.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(self,PWDRname,'Background'))
2284        PWDRdata['Instrument Parameters'] = self.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(self,PWDRname,'Instrument Parameters'))
2285        PWDRdata['Sample Parameters'] = self.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(self,PWDRname,'Sample Parameters'))
2286        PWDRdata['Reflection Lists'] = self.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(self,PWDRname,'Reflection Lists'))
2287        if 'ranId' not in PWDRdata['Sample Parameters']:
2288            PWDRdata['Sample Parameters']['ranId'] = ran.randint(0,sys.maxint)
2289        PWDRdata['ranId'] = PWDRdata['Sample Parameters']['ranId']
2290        return PWDRdata
2291
2292    def GetHKLFdatafromTree(self,HKLFname):
2293        ''' Returns single crystal data from GSASII tree
2294
2295        :param str HKLFname: a single crystal histogram name as obtained
2296          from
2297          :meth:`GSASIIstruct.GetHistogramNames`
2298
2299        :returns: HKLFdata = single crystal data list of reflections
2300
2301        '''
2302        HKLFdata = {}
2303        HKLFdata.update(self.PatternTree.GetItemPyData(HKLFname)[0])            #wtFactor + ?
2304#        try:
2305#            HKLFdata.update(self.PatternTree.GetItemPyData(HKLFname)[0])            #wtFactor + ?
2306#        except ValueError:
2307#            HKLFdata['wtFactor'] = 1.0
2308        HKLFdata['Data'] = self.PatternTree.GetItemPyData(HKLFname)[1]
2309        HKLFdata['Instrument Parameters'] = self.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(self,HKLFname,'Instrument Parameters'))
2310        return HKLFdata
2311       
2312    def GetPhaseData(self):
2313        '''Returns a list of defined phases. Used only in GSASIIgrid
2314        Note routine :meth:`GSASIIstruct.GetPhaseData` also exists.
2315        '''
2316        phaseData = {}
2317        if G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases'):
2318            sub = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases')
2319        else:
2320            print 'no phases to be refined'
2321            return
2322        if sub:
2323            item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(sub)
2324            while item:
2325                phaseName = self.PatternTree.GetItemText(item)
2326                phaseData[phaseName] =  self.PatternTree.GetItemPyData(item)
2327                if 'ranId' not in phaseData[phaseName]:
2328                    phaseData[phaseName]['ranId'] = ran.randint(0,sys.maxint)         
2329                item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(sub, cookie)
2330        return phaseData               
2331                   
2332    def GetUsedHistogramsAndPhasesfromTree(self):
2333        ''' Returns all histograms that are found in any phase
2334        and any phase that uses a histogram
2335        :returns: two dicts:
2336
2337            * Histograms = dictionary of histograms as {name:data,...}
2338            * Phases = dictionary of phases that use histograms
2339        '''
2340        phaseData = self.GetPhaseData()
2341        if not phaseData:
2342            return {},{}
2343        Histograms = {}
2344        Phases = {}
2345        for phase in phaseData:
2346            Phase = phaseData[phase]
2347            if Phase['Histograms']:
2348                if phase not in Phases:
2349                    Phases[phase] = Phase
2350                for hist in Phase['Histograms']:
2351                    if hist not in Histograms:
2352                        item = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,hist)
2353                        if 'PWDR' in hist[:4]: 
2354                            Histograms[hist] = self.GetPWDRdatafromTree(item)
2355                        elif 'HKLF' in hist[:4]:
2356                            Histograms[hist] = self.GetHKLFdatafromTree(item)
2357                        #future restraint, etc. histograms here
2358        return Histograms,Phases
2359       
2360    class ViewParmDialog(wx.Dialog):
2361        '''Window to show all parameters in the refinement.
2362        Called from :meth:`OnViewLSParms`
2363        '''
2364        def __init__(self,parent,title,parmDict):
2365            wx.Dialog.__init__(self,parent,-1,title,size=(300,430),
2366                pos=wx.DefaultPosition,style=wx.DEFAULT_DIALOG_STYLE)
2367            panel = wx.Panel(self,size=(300,430))
2368            parmNames = parmDict.keys()
2369            parmNames.sort()
2370            parmText = ' p:h:Parameter       refine?              value\n'
2371            for name in parmNames:
2372                parmData = parmDict[name]
2373                try:
2374                    parmText += ' %s \t%12.4g \n'%(name.ljust(19)+'\t'+parmData[1],parmData[0])
2375                except TypeError:
2376                    pass
2377            parmTable = wx.TextCtrl(panel,-1,parmText,
2378                style=wx.TE_MULTILINE|wx.TE_READONLY,size=(290,400))
2379            mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
2380            mainSizer.Add(parmTable)
2381            panel.SetSizer(mainSizer)
2382                           
2383    def OnViewLSParms(self,event):
2384        '''Displays a window showing all parameters in the refinement.
2385        Called from the Calculate/View LS Parms menu.
2386        '''
2387        parmDict = {}
2388        Histograms,Phases = self.GetUsedHistogramsAndPhasesfromTree()
2389        for phase in Phases:
2390            if 'pId' not in Phases[phase]:
2391                self.ErrorDialog('View parameter error','You must run least squares at least once')
2392                return
2393        rigidbodyDict = self.PatternTree.GetItemPyData(   
2394            G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Rigid bodies'))
2395        rbVary,rbDict = G2stIO.GetRigidBodyModels(rigidbodyDict,Print=False)
2396        rbIds = rigidbodyDict.get('RBIds',{'Vector':[],'Residue':[]})
2397        Natoms,atomIndx,phaseVary,phaseDict,pawleyLookup,FFtable,BLtable = G2stIO.GetPhaseData(Phases,RestraintDict=None,rbIds=rbIds,Print=False)       
2398        hapVary,hapDict,controlDict = G2stIO.GetHistogramPhaseData(Phases,Histograms,Print=False)
2399        histVary,histDict,controlDict = G2stIO.GetHistogramData(Histograms,Print=False)
2400        varyList = rbVary+phaseVary+hapVary+histVary
2401        parmDict.update(rbDict)
2402        parmDict.update(phaseDict)
2403        parmDict.update(hapDict)
2404        parmDict.update(histDict)
2405        for parm in parmDict:
2406            if parm.split(':')[-1] in ['Azimuth','Gonio. radius','Lam1','Lam2',
2407                'Omega','Chi','Phi','nDebye','nPeaks']:
2408                parmDict[parm] = [parmDict[parm],' ']
2409            elif parm.split(':')[-2] in ['Ax','Ay','Az','SHmodel','SHord']:
2410                parmDict[parm] = [parmDict[parm],' ']
2411            elif parm in varyList:
2412                parmDict[parm] = [parmDict[parm],'True']
2413            else:
2414                parmDict[parm] = [parmDict[parm],'False']
2415        parmDict[' Num refined'] = [len(varyList),'']
2416        dlg = self.ViewParmDialog(self,'Parameters for least squares',parmDict)
2417        try:
2418            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
2419                print 'do something with changes?? - No!'
2420        finally:
2421            dlg.Destroy()
2422       
2423    def OnRefine(self,event):
2424        '''Perform a refinement.
2425        Called from the Calculate/Refine menu.
2426        '''       
2427        self.OnFileSave(event)
2428        # check that constraints are OK here
2429        errmsg, warnmsg = G2stIO.CheckConstraints(self.GSASprojectfile)
2430        if errmsg:
2431            print('Error in constraints:\n'+errmsg+
2432                  '\nRefinement not possible')
2433            self.ErrorDialog('Constraint Error',
2434                             'Error in constraints:\n'+errmsg+
2435                             '\nRefinement not possible')
2436            return
2437        if warnmsg:
2438            print('Conflict between refinment flag settings and constraints:\n'+
2439                  warnmsg+'\nRefinement not possible')
2440            self.ErrorDialog('Refinement Flag Error',
2441                             'Conflict between refinment flag settings and constraints:\n'+
2442                             warnmsg+
2443                             '\nRefinement not possible')
2444            return
2445        #works - but it'd be better if it could restore plots
2446        dlg = wx.ProgressDialog('Residual','All data Rw =',101.0, 
2447            style = wx.PD_ELAPSED_TIME|wx.PD_AUTO_HIDE|wx.PD_CAN_ABORT)
2448        screenSize = wx.ClientDisplayRect()
2449        Size = dlg.GetSize()
2450        Size = (int(Size[0]*1.2),Size[1]) # increase size a bit along x
2451        dlg.SetPosition(wx.Point(screenSize[2]-Size[0]-305,screenSize[1]+5))
2452        dlg.SetSize(Size)
2453        Rw = 100.00
2454        try:
2455            Rw = G2stMn.Refine(self.GSASprojectfile,dlg)
2456        finally:
2457            dlg.Destroy()
2458        oldId =  self.PatternTree.GetSelection()
2459        oldName = self.PatternTree.GetItemText(oldId)
2460        parentId = self.PatternTree.GetItemParent(oldId)
2461        parentName = ''
2462        if parentId:
2463            parentName = self.PatternTree.GetItemText(parentId)
2464        dlg = wx.MessageDialog(self,'Load new result?','Refinement results, Rw =%.3f'%(Rw),wx.OK|wx.CANCEL)
2465        try:
2466            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
2467                Id = 0
2468                self.PatternTree.DeleteChildren(self.root)
2469                if self.HKL: self.HKL = []
2470                if self.G2plotNB.plotList:
2471                    self.G2plotNB.clear()
2472                G2IO.ProjFileOpen(self)
2473                item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
2474                while item and not Id:
2475                    name = self.PatternTree.GetItemText(item)
2476                    if name[:4] in ['PWDR','HKLF']:
2477                        Id = item
2478                    item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)               
2479                if parentName:
2480                    parentId = G2gd.GetPatternTreeItemId(self, self.root, parentName)
2481                    if parentId:
2482                        itemId = G2gd.GetPatternTreeItemId(self, parentId, oldName)
2483                    else:
2484                        itemId = G2gd.GetPatternTreeItemId(self, self.root, oldName)
2485                    self.PatternTree.SelectItem(itemId)
2486                elif Id:
2487                    self.PatternTree.SelectItem(Id)
2488        finally:
2489            dlg.Destroy()
2490
2491    def OnSeqRefine(self,event):
2492        '''Perform a sequential refinement.
2493        Called from the Calculate/Sequential refine menu.
2494        '''       
2495        Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Sequental results')
2496        if not Id:
2497            Id = self.PatternTree.AppendItem(self.root,text='Sequental results')
2498            self.PatternTree.SetItemPyData(Id,{})           
2499        self.OnFileSave(event)
2500        # check that constraints are OK here
2501        errmsg, warnmsg = G2stIO.CheckConstraints(self.GSASprojectfile)
2502        if errmsg:
2503            print('Error in constraints:\n'+errmsg+
2504                  '\nRefinement not possible')
2505            self.ErrorDialog('Constraint Error',
2506                             'Error in constraints:\n'+errmsg+
2507                             '\nRefinement not possible')
2508            return
2509        if warnmsg:
2510            print('Conflict between refinment flag settings and constraints:\n'+
2511                  warnmsg+'\nRefinement not possible')
2512            self.ErrorDialog('Refinement Flag Error',
2513                             'Conflict between refinment flag settings and constraints:\n'+
2514                             warnmsg+'\nRefinement not possible')
2515            return
2516        dlg = wx.ProgressDialog('Residual for histogram 0','Powder profile Rwp =',101.0, 
2517            style = wx.PD_ELAPSED_TIME|wx.PD_AUTO_HIDE|wx.PD_CAN_ABORT)
2518        screenSize = wx.ClientDisplayRect()
2519        Size = dlg.GetSize()
2520        Size = (int(Size[0]*1.2),Size[1]) # increase size a bit along x
2521        dlg.SetPosition(wx.Point(screenSize[2]-Size[0]-305,screenSize[1]+5))
2522        dlg.SetSize(Size)
2523        try:
2524            G2stMn.SeqRefine(self.GSASprojectfile,dlg)
2525        finally:
2526            dlg.Destroy()       
2527        dlg = wx.MessageDialog(self,'Load new result?','Refinement results',wx.OK|wx.CANCEL)
2528        try:
2529            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
2530                Id = 0
2531                self.PatternTree.DeleteChildren(self.root)
2532                if self.HKL: self.HKL = []
2533                if self.G2plotNB.plotList:
2534                    self.G2plotNB.clear()
2535                G2IO.ProjFileOpen(self)
2536                item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
2537                while item and not Id:
2538                    name = self.PatternTree.GetItemText(item)
2539                    if name[:4] in ['PWDR','HKLF']:
2540                        Id = item
2541                    item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)               
2542                if Id:
2543                    self.PatternTree.SelectItem(Id)
2544        finally:
2545            dlg.Destroy()
2546       
2547    def ErrorDialog(self,title,message,parent=None, wtype=wx.OK):
2548        'Display an error message'
2549        result = None
2550        if parent is None:
2551            dlg = wx.MessageDialog(self, message, title,  wtype)
2552        else:
2553            dlg = wx.MessageDialog(parent, message, title,  wtype)
2554            dlg.CenterOnParent() # not working on Mac
2555        try:
2556            result = dlg.ShowModal()
2557        finally:
2558            dlg.Destroy()
2559        return result
2560
2561class GSASIImain(wx.App):
2562    '''Defines a wxApp for GSAS-II
2563
2564    Creates a wx frame (self.main) which contains the display of the
2565    data tree.
2566    '''
2567    def OnInit(self):
2568        '''Called automatically when the app is created.'''
2569        self.main = GSASII(None)
2570        self.main.Show()
2571        self.SetTopWindow(self.main)
2572        return True
2573    def MacOpenFile(self, filename):
2574        '''Called on Mac every time a file is dropped on the app when it is running,
2575        treat this like a File/Open project menu action.
2576        Should be ignored on other platforms
2577        '''
2578        self.main.OnFileOpen(None,filename)
2579
2580def main():
2581    '''Start up the GSAS-II application'''
2582    #application = GSASIImain() # don't redirect output, someday we
2583    # may want to do this if we can
2584    application = GSASIImain(0)
2585    if wxInspector: wxeye.InspectionTool().Show()
2586
2587    #application.main.OnRefine(None)
2588    application.MainLoop()
2589   
2590if __name__ == '__main__':
2591    main() # start the GUI
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.