source: trunk/G2compare.py @ 4335

Last change on this file since 4335 was 4335, checked in by toby, 20 months ago

add autoInt routine, add f-test; updates for documentation

  • Property svn:eol-style set to native
File size: 24.7 KB
Line 
1#!/usr/bin/env python
2# -*- coding: utf-8 -*-
3#GSAS-II Data/Model Comparison
4########### SVN repository information ###################
5# $Date: $
6# $Author: toby $
7# $Revision: $
8# $URL: $
9# $Id: $
10########### SVN repository information ###################
11'''
12*G2compare: Tool for project comparison*
13---------------------------------------------
14'''
15
16#TODO: in OnDataTreeSelChanged want to plot patterns
17# Make PWDR unique (use histlist)
18# add graphics
19# implement project
20
21import sys
22import os
23import platform
24if '2' in platform.python_version_tuple()[0]:
25    import cPickle
26else:
27    try:
28        import _pickle as cPickle
29    except:
30        print('Warning: failed to import the optimized Py3 pickle (_pickle)')
31        import pickle as cPickle
32
33import wx
34import numpy as np
35import matplotlib as mpl
36try:
37    import OpenGL as ogl
38except ImportError:
39    pass
40import scipy as sp
41
42import GSASIIpath
43GSASIIpath.SetVersionNumber("$Revision: 4154 $")
44import GSASIIfiles as G2fil
45import GSASIIplot as G2plt
46import GSASIIctrlGUI as G2G
47import GSASIIobj as G2obj
48
49__version__ = '0.0.1'
50
51# math to do F-test
52def RC2Ftest(npts,RChiSq0,nvar0,RChiSq1,nvar1):
53    '''Compute the F-test probability that a model expanded with added
54    parameters (relaxed model) is statistically more likely than the
55    constrained (base) model
56    :param int npts: number of observed diffraction data points
57    :param float RChiSq0: Reduced Chi**2 for the base model
58    :param int nvar0: number of refined variables in the base model
59    :param float RChiSq0: Reduced Chi**2 for the relaxed model
60    :param int nvar1: number of refined variables in the relaxed model
61    '''
62    if nvar1 == nvar0:
63        raise Exception("parameter # agree, test is not valid")
64    elif nvar1 < nvar0:
65        print("Warning: RwFtest used with base/relaxed models reversed")
66        RChiSq0,nvar0,RChiSq1,nvar1 = RChiSq1,nvar1,RChiSq0,nvar0
67    ratio = RChiSq0 / RChiSq1
68    nu1 = float(nvar1 - nvar0)
69    nu2 = float(npts - nvar1)
70    F = (ratio - 1.) * nu2 / nu1
71    import scipy.stats
72    return scipy.stats.f.cdf(F,nu1,nu2)
73
74def RwFtest(npts,Rwp0,nvar0,Rwp1,nvar1):
75    '''Compute the F-test probability that a model expanded with added
76    parameters (relaxed model) is statistically more likely than the
77    constrained (base) model
78    :param int npts: number of observed diffraction data points
79    :param float Rwp0: Weighted profile R-factor or GOF for the base model
80    :param int nvar0: number of refined variables in the base model
81    :param float Rwp1: Weighted profile R-factor or GOF for the relaxed model
82    :param int nvar1: number of refined variables in the relaxed model
83    '''
84    if nvar1 == nvar0:
85        raise Exception("parameter # agree, test is not valid")
86    elif nvar1 < nvar0:
87        print("Warning: RwFtest used with base/relaxed models reversed")
88        Rwp0,nvar0,Rwp1,nvar1 = Rwp1,nvar1,Rwp0,nvar0
89    ratio = (Rwp0 / Rwp1)**2
90    nu1 = float(nvar1 - nvar0)
91    nu2 = float(npts - nvar1)
92    F = (ratio - 1.) * nu2 / nu1
93    import scipy.stats
94    return scipy.stats.f.cdf(F,nu1,nu2)
95
96def cPickleLoad(fp):
97    if '2' in platform.python_version_tuple()[0]:
98        return cPickle.load(fp)
99    else:
100       return cPickle.load(fp,encoding='latin-1')
101           
102def main(application):
103    '''Start up the GSAS-II GUI'''                       
104    knownVersions = ['2.7','3.6','3.7','3.8']
105    if platform.python_version()[:3] not in knownVersions: 
106        dlg = wx.MessageDialog(None, 
107                'GSAS-II requires Python 2.7.x or 3.6+\n Yours is '+sys.version.split()[0],
108                'Python version error',  wx.OK)
109        try:
110            dlg.ShowModal()
111        finally:
112            dlg.Destroy()
113        sys.exit()
114           
115    application.main = MakeTopWindow(None)  # application.main is the main wx.Frame
116    application.SetTopWindow(application.main)
117    # save the current package versions
118    application.main.PackageVersions = G2fil.get_python_versions([wx, mpl, np, sp, ogl])
119    try:
120        application.SetAppDisplayName('GSAS-II Compare')
121    except:
122        pass
123    #application.GetTopWindow().SendSizeEvent()
124    application.GetTopWindow().Show(True)
125    return application.GetTopWindow()
126   
127class MakeTopWindow(wx.Frame):
128    '''Define the main frame and its associated menu items
129    '''
130    def __init__(self, parent):
131        size = wx.Size(700,450)
132        wx.Frame.__init__(self, name='dComp', parent=parent,
133            size=size,style=wx.DEFAULT_FRAME_STYLE, title='GSAS-II data/model comparison')
134        # plot window
135        self.plotFrame = wx.Frame(None,-1,'dComp Plots',size=size,
136            style=wx.DEFAULT_FRAME_STYLE ^ wx.CLOSE_BOX)
137        self.G2plotNB = G2plt.G2PlotNoteBook(self.plotFrame,G2frame=self)
138        #self.plotFrame.Show()
139        self.plotFrame.Show(False)  # until we have some graphics, hide the plot window
140        # menus
141        Frame = self.GetTopLevelParent() # same as self
142        self.MenuBar = wx.MenuBar()
143        File = wx.Menu(title='')
144        self.MenuBar.Append(menu=File, title='&File')
145        item = File.Append(wx.ID_ANY,'&Import project...\tCtrl+O','Open a GSAS-II project file (*.gpx)')           
146        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.onLoadGPX, id=item.GetId())
147#        item = File.Append(wx.ID_ANY,'&Import selected...','Open a GSAS-II project file (*.gpx)')
148#        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.onLoadSel, id=item.GetId())
149
150        self.Mode = wx.Menu(title='')
151        self.MenuBar.Append(menu=self.Mode, title='&Mode')
152        self.wxID_Mode = {}
153        for m in "Histogram","Phase","Project":
154            i = self.wxID_Mode[m] = wx.NewId()
155            item = self.Mode.AppendRadioItem(i,m,'Display {}s'.format(m))
156            self.Bind(wx.EVT_MENU, self.onRefresh, id=item.GetId())
157        item = self.Mode.Append(wx.ID_ANY,'Set histogram filter','Set a filter for histograms to display')
158        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.onHistFilter, id=item.GetId())
159        modeMenu = wx.Menu(title='')
160        self.MenuBar.Append(menu=modeMenu, title='TBD')
161        self.modeMenuPos = self.MenuBar.FindMenu('TBD')
162        #item = modeMenu.Append(wx.ID_ANY,'test') # menu can't be empty
163       
164        Frame.SetMenuBar(self.MenuBar)
165        # status bar
166        self.Status = self.CreateStatusBar()
167        self.Status.SetFieldsCount(2)
168        # split the frame and add the tree
169        self.mainPanel = wx.SplitterWindow(self, wx.ID_ANY, style=wx.SP_LIVE_UPDATE|wx.SP_3D)
170        self.mainPanel.SetMinimumPaneSize(100)
171        self.treePanel = wx.Panel(self.mainPanel, wx.ID_ANY,
172            style = wx.TAB_TRAVERSAL|wx.SUNKEN_BORDER)
173       
174#        self.dataWindow = G2DataWindow(self.mainPanel)
175        self.dataWindow = wx.ScrolledWindow(self.mainPanel)
176        dataSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
177        self.dataWindow.SetSizer(dataSizer)
178        self.mainPanel.SplitVertically(self.treePanel, self.dataWindow, 200)
179        self.Status.SetStatusWidths([200,-1])   # make these match?
180       
181        treeSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
182        self.treePanel.SetSizer(treeSizer)
183        self.GPXtree = G2G.G2TreeCtrl(id=wx.ID_ANY,
184            parent=self.treePanel, size=self.treePanel.GetClientSize(),style=wx.TR_DEFAULT_STYLE )
185        TreeId = self.GPXtree.Id
186
187        treeSizer.Add(self.GPXtree,1,wx.EXPAND|wx.ALL,0)
188        #self.GPXtree.Bind(wx.EVT_TREE_SEL_CHANGED,self.OnDataTreeSelChanged)
189        self.GPXtree.Bind(wx.EVT_TREE_SEL_CHANGED,self.OnDataTreeSelChanged)
190        # self.GPXtree.Bind(wx.EVT_TREE_ITEM_RIGHT_CLICK,self.OnDataTreeSelChanged)
191        # self.GPXtree.Bind(wx.EVT_TREE_ITEM_COLLAPSED,
192        #     self.OnGPXtreeItemCollapsed, id=TreeId)
193        #self.GPXtree.Bind(wx.EVT_TREE_ITEM_EXPANDED,
194        #     self.OnGPXtreeItemExpanded, id=TreeId)
195        # self.GPXtree.Bind(wx.EVT_TREE_DELETE_ITEM,
196        #     self.OnGPXtreeItemDelete, id=TreeId)
197        # self.GPXtree.Bind(wx.EVT_TREE_KEY_DOWN,
198        #     self.OnGPXtreeKeyDown, id=TreeId)
199        # self.GPXtree.Bind(wx.EVT_TREE_BEGIN_RDRAG,
200        #     self.OnGPXtreeBeginRDrag, id=TreeId)       
201        # self.GPXtree.Bind(wx.EVT_TREE_END_DRAG,
202        #     self.OnGPXtreeEndDrag, id=TreeId)       
203        self.root = self.GPXtree.root       
204        self.Bind(wx.EVT_CLOSE, lambda event: sys.exit())
205
206        self.fileList = []  # list of files read for use in Reload
207        self.histList = []  # list of histograms loaded for unique naming
208
209        self.PWDRfilter = None
210        self.SetModeMenu()
211       
212    def SelectGPX(self):
213        '''Select a .GPX file to be read
214        '''
215        dlg = wx.FileDialog(self, 'Choose GSAS-II project file', 
216                wildcard='GSAS-II project file (*.gpx)|*.gpx',style=wx.FD_OPEN)
217        try:
218            if dlg.ShowModal() != wx.ID_OK: return
219            fil = os.path.splitext(dlg.GetPath())[0]+'.gpx'
220        finally:
221            dlg.Destroy()
222        if os.path.exists(fil):
223            self.fileList.append([fil,'GPX'])
224            return fil
225        else:
226            print('File {} not found, skipping'.format(fil))
227            return
228       
229    def getMode(self):
230        '''returns the display mode (one of "Histogram","Phase","Project").
231        Could return '?' in case of an error.
232        '''
233        for m in self.wxID_Mode:
234            if self.Mode.FindItemById(self.wxID_Mode[m]).IsChecked():
235                break
236        else:
237            m = '?'
238        return m
239   
240    def onRefresh(self,event):
241        '''reread all files, in response to a change in mode, etc.
242        '''
243        self.GPXtree.DeleteChildren(self.root)  # delete tree contents
244        self.histList = []  # clear list of loaded histograms
245        for fil,mode in self.fileList:
246            self.loadFile(fil)
247        self.SetModeMenu()
248           
249    def SetModeMenu(self):
250        '''Create the mode-specific menu and its contents
251        '''
252        modeMenu = wx.Menu(title='')
253        oldmenu = self.MenuBar.Replace(self.modeMenuPos,modeMenu,self.getMode())
254        wx.CallAfter(oldmenu.Destroy)
255        if self.getMode() == "Histogram":
256            pass
257        elif self.getMode() == "Phase":
258            pass
259        elif self.getMode() == "Project":
260            item = modeMenu.Append(wx.ID_ANY,'F-test')
261            self.Bind(wx.EVT_MENU, self.onProjFtest, id=item.GetId())
262
263    def loadFile(self,fil):
264        '''read or reread a file
265        '''
266        if self.getMode() == "Histogram":
267            self.LoadPwdr(fil)
268        elif self.getMode() == "Phase":
269            self.LoadPhase(fil)
270        elif self.getMode() == "Project":
271            self.LoadProject(fil)
272        else:
273            print("mode not implemented")
274            #raise Exception("mode not implemented")
275       
276    def onLoadGPX(self,event):
277        '''Initial load of GPX file in response to a menu command
278        '''
279        fil = self.SelectGPX()
280        if not fil: return
281        if not os.path.exists(fil): return
282        self.fileList.append([fil,'GPX'])
283        self.loadFile(fil)
284
285    def LoadPwdr(self,fil):
286        '''Load PWDR entries from a .GPX file to the tree.
287        see :func:`GSASIIIO.ProjFileOpen`
288        '''
289        G2frame = self
290        filep = open(fil,'rb')
291        shortname = os.path.splitext(os.path.split(fil)[1])[0]
292
293        wx.BeginBusyCursor()
294        histLoadList = []
295        try:
296            while True:
297                try:
298                    data = cPickleLoad(filep)
299                except EOFError:
300                    break
301                if not data[0][0].startswith('PWDR'): continue
302                if self.PWDRfilter is not None: # implement filter
303                    if self.PWDRfilter not in data[0][0]: continue
304                data[0][0] += ' ('
305                data[0][0] += shortname
306                data[0][0] += ')'
307                histLoadList.append(data)
308                       
309        except Exception as errmsg:
310            if GSASIIpath.GetConfigValue('debug'):
311                print('\nError reading GPX file:',errmsg)
312                import traceback
313                print (traceback.format_exc())
314            msg = wx.MessageDialog(G2frame,message="Error reading file "+
315                str(fil)+". This is not a current GSAS-II .gpx file",
316                caption="Load Error",style=wx.ICON_ERROR | wx.OK | wx.STAY_ON_TOP)
317            msg.ShowModal()
318        finally:
319            filep.close()
320            wx.EndBusyCursor()
321
322        datum = None
323        for i,data in enumerate(histLoadList):
324            datum = data[0]
325            datum[0] = G2obj.MakeUniqueLabel(datum[0],self.histList)
326            Id = G2frame.GPXtree.AppendItem(parent=G2frame.root,text=datum[0])
327            self.histList.append(datum[0])
328            # if 'ranId' not in datum[1][0]: # patch: add random Id if not present
329            #     datum[1][0]['ranId'] = ran.randint(0,sys.maxsize)
330            G2frame.GPXtree.SetItemPyData(Id,datum[1][:3])  #temp. trim off junk (patch?)
331            for datus in data[1:]:
332                sub = G2frame.GPXtree.AppendItem(Id,datus[0])
333    #patch
334                if datus[0] == 'Instrument Parameters' and len(datus[1]) == 1:
335                    if datum[0].startswith('PWDR'):
336                        datus[1] = [dict(zip(datus[1][3],zip(datus[1][0],datus[1][1],datus[1][2]))),{}]
337                    else:
338                        datus[1] = [dict(zip(datus[1][2],zip(datus[1][0],datus[1][1]))),{}]
339                    for item in datus[1][0]:               #zip makes tuples - now make lists!
340                        datus[1][0][item] = list(datus[1][0][item])
341    #end patch
342                G2frame.GPXtree.SetItemPyData(sub,datus[1])
343        if datum: # was anything loaded?
344            print('project load successful for {}'.format(datum[0]))
345    #        G2frame.Status.SetStatusText('Mouse RB drag/drop to reorder',0)
346    #    G2frame.SetTitleByGPX()
347        self.GPXtree.Expand(self.root)
348       
349    def onHistFilter(self,event):
350        'Load a filter string via a dialog in response to a menu event'
351        lbl = ''
352        if self.PWDRfilter is not None:
353            lbl = self.PWDRfilter
354        dlg = G2G.SingleStringDialog(self,'Set string',
355                                'Set a string that must be in histogram name',
356                                 lbl,size=(400,-1))
357        if dlg.Show():
358            if dlg.GetValue().strip() == '':
359                self.PWDRfilter = None
360            else:
361                self.PWDRfilter = dlg.GetValue()
362            dlg.Destroy()
363            self.onRefresh(event)
364        else:
365            dlg.Destroy()
366
367    def LoadPhase(self,fil):
368        '''Load Phase entries from a .GPX file to the tree.
369        see :func:`GSASIIIO.ProjFileOpen`
370        '''
371        G2frame = self
372        filep = open(fil,'rb')
373        shortname = os.path.splitext(os.path.split(fil)[1])[0]
374
375        wx.BeginBusyCursor()
376        Phases = None
377        try:
378            while True:
379                try:
380                    data = cPickleLoad(filep)
381                except EOFError:
382                    break
383                if not data[0][0].startswith('Phase'): continue
384                Phases = data
385                #if self.PWDRfilter is not None: # implement filter
386                #    if self.PWDRfilter not in data[0][0]: continue
387                data[0][0] += ' ('
388                if Phases:
389                    data[0][0] += shortname
390                    data[0][0] += ')'
391                else: 
392                    data[0][0] += shortname
393                    data[0][0] += 'has no phases)'
394                Phases = data
395                break
396               
397        except Exception as errmsg:
398            if GSASIIpath.GetConfigValue('debug'):
399                print('\nError reading GPX file:',errmsg)
400                import traceback
401                print (traceback.format_exc())
402            msg = wx.MessageDialog(G2frame,message="Error reading file "+
403                str(fil)+". This is not a current GSAS-II .gpx file",
404                caption="Load Error",style=wx.ICON_ERROR | wx.OK | wx.STAY_ON_TOP)
405            msg.ShowModal()
406        finally:
407            filep.close()
408            wx.EndBusyCursor()
409
410        datum = None
411        if Phases:
412            datum = data[0]
413            #datum[0] = G2obj.MakeUniqueLabel(datum[0],self.histList)
414            Id = G2frame.GPXtree.AppendItem(parent=G2frame.root,text=datum[0])
415            G2frame.GPXtree.SetItemPyData(Id,datum[1])
416            for datus in data[1:]:
417                #datus[0] += ' ('
418                #datus[0] += shortname
419                #datus[0] += ')'
420                sub = G2frame.GPXtree.AppendItem(Id,datus[0])
421                G2frame.GPXtree.SetItemPyData(sub,datus[1])
422        if datum: # was anything loaded?
423            self.GPXtree.Expand(Id)
424            print('project load successful for {}'.format(datum[0]))
425    #        G2frame.Status.SetStatusText('Mouse RB drag/drop to reorder',0)
426    #    G2frame.SetTitleByGPX()
427        self.GPXtree.Expand(self.root)
428
429    def LoadProject(self,fil):
430        '''Load the Covariance entry from a .GPX file to the tree.
431        see :func:`GSASIIIO.ProjFileOpen`
432        '''
433        G2frame = self
434        filep = open(fil,'rb')
435        shortname = os.path.splitext(os.path.split(fil)[1])[0]
436
437        wx.BeginBusyCursor()
438        Phases = None
439        try:
440            while True:
441                try:
442                    data = cPickleLoad(filep)
443                except EOFError:
444                    break
445                if not data[0][0].startswith('Covariance'): continue
446                Covar = data[0]
447                #GSASIIpath.IPyBreak_base()
448                #if self.PWDRfilter is not None: # implement filter
449                #    if self.PWDRfilter not in data[0][0]: continue
450                Covar[0] = shortname + ' Covariance'
451                Id = G2frame.GPXtree.AppendItem(parent=G2frame.root,text=Covar[0])
452                G2frame.GPXtree.SetItemPyData(Id,Covar[1])
453                break
454            else:
455                print("{} does not have refinement results".format(shortname))
456        except Exception as errmsg:
457            if GSASIIpath.GetConfigValue('debug'):
458                print('\nError reading GPX file:',errmsg)
459                import traceback
460                print (traceback.format_exc())
461            msg = wx.MessageDialog(G2frame,message="Error reading file "+
462                str(fil)+". This is not a current GSAS-II .gpx file",
463                caption="Load Error",style=wx.ICON_ERROR | wx.OK | wx.STAY_ON_TOP)
464            msg.ShowModal()
465        finally:
466            filep.close()
467            wx.EndBusyCursor()
468        self.GPXtree.Expand(self.root)
469       
470    def OnDataTreeSelChanged(self,event):
471        item = event.GetItem()
472        print('selected',item)
473       
474        #print(self.GPXtree._getTreeItemsList(item))
475        # pltNum = self.G2plotNB.nb.GetSelection()
476        # print(pltNum)
477        # if pltNum >= 0:                         #to avoid the startup with no plot!
478        #     self.G2plotNB.nb.GetPage(pltNum)
479        #     NewPlot = False
480        # else:
481        #     NewPlot = True
482        #if self.getMode() == "Histogram":
483        #self.PatternId = self.PickId  = item
484        #G2plt.PlotPatterns(self,plotType='PWDR',newPlot=NewPlot)
485           
486    # def OnGPXtreeItemExpanded(self,event):
487    #     item = event.GetItem()
488    #     print('expanded',item)
489    #     print(self.GPXtree._getTreeItemsList(item))
490    #     if item == self.root:
491    #         event.StopPropagation()
492    #     else:
493    #         event.Skip(False)
494   
495    def onProjFtest(self,event):
496        '''Compare two projects (selected here if more than two are present)
497        using the statistical F-test (aka Hamilton R-factor test), see:
498
499            * Hamilton, R. W. (1965), Acta Crystallogr. 18, 502-510.
500            * Prince, E., Mathematical Techniques in Crystallography and Materials Science, Second ed. (Springer-Verlag, New York, 1994).
501        '''
502        items = []
503        item, cookie = self.GPXtree.GetFirstChild(self.root)
504        while item:
505            items.append(item)
506            item, cookie = self.GPXtree.GetNextChild(self.root, cookie)
507        if len(items) < 2:
508            G2G.G2MessageBox(self,'F-test requires two more more projects','Need more projects')
509            return
510        elif len(items) == 2:
511            s0 = items[0]
512            baseDict = self.GPXtree.GetItemPyData(s0)
513            s1 = items[1]           
514            relxDict = self.GPXtree.GetItemPyData(s1)
515            # sort out the dicts in order of number of refined variables
516            if len(baseDict['varyList']) > len(relxDict['varyList']):
517                s0,s1,baseDict,relxDict = s1,s0,relxDict,baseDict
518        else:
519            # need to make selection here
520            sel = []
521            for i in items:
522                sel.append(self.GPXtree.GetItemText(i))
523            dlg = G2G.G2SingleChoiceDialog(self,'Select constrained refinement',
524                                             'Choose refinement',sel)
525            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
526                s0 = dlg.GetSelection()
527                dlg.Destroy()
528            else:
529                dlg.Destroy()
530                return
531            inds = list(range(len(items)))
532            del sel[s0]
533            del inds[s0]
534            dlg = G2G.G2SingleChoiceDialog(self,'Select relaxed refinement',
535                                             'Choose refinement',sel)
536            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
537                s1 = dlg.GetSelection()
538                s1 = inds[s1]
539                dlg.Destroy()
540            else:
541                dlg.Destroy()
542                return
543            baseDict = self.GPXtree.GetItemPyData(items[s0])
544            relxDict = self.GPXtree.GetItemPyData(items[s1])
545            if len(baseDict['varyList']) > len(relxDict['varyList']):
546                G2G.G2MessageBox(self,
547                            'F-test warning: constrained refinement has more '+
548                            'variables ({}) than relaxed refinement ({}). Swapping'
549                            .format(len(baseDict['varyList']), len(relxDict['varyList'])),
550                            'Fits reversed?')
551                s0,s1,baseDict,relxDict = s1,s0,relxDict,baseDict
552                baseDict,relxDict = relxDict,baseDict
553        if len(baseDict['varyList']) == len(relxDict['varyList']):
554            G2G.G2MessageBox(self,'F-test requires differing numbers of variables','F-test not valid')
555            return
556        elif baseDict['Rvals']['Nobs'] != relxDict['Rvals']['Nobs']:
557            G2G.G2MessageBox(self,'F-test requires same number of observations in each refinement','F-test not valid')
558            return
559        prob = RwFtest(baseDict['Rvals']['Nobs'],
560                   baseDict['Rvals']['GOF'],len(baseDict['varyList']),
561                   relxDict['Rvals']['GOF'],len(relxDict['varyList']))
562        fmt = "{} model is \n{}\n{} variables and Reduced Chi**2 = {:.3f}"
563        msg = fmt.format('Constrained',self.GPXtree.GetItemText(s0)[:-11],
564                       len(baseDict['varyList']),
565                       baseDict['Rvals']['GOF']**2)
566        msg += '\n\n'
567        msg += fmt.format('Relaxed',self.GPXtree.GetItemText(s1)[:-11],
568                       len(relxDict['varyList']),
569                       relxDict['Rvals']['GOF']**2)
570        msg += '\n\nCumulative F-test probability {:.2f}%\n'.format(prob*100)
571        if prob > 0.95:
572            msg += "The relaxed model is statistically preferred to the constrained model."
573        elif prob > 0.75:
574            msg += "There is little ability to differentiate between the two models on a statistical basis."
575        else:
576            msg += "The constrained model is statistically preferred to the relaxed model."
577        G2G.G2MessageBox(self,msg,'F-test result')
578        #GSASIIpath.IPyBreak_base()
579   
580if __name__ == '__main__':
581    #if sys.platform == "darwin":
582    #    application = G2App(0) # create the GUI framework
583    #else:
584    application = wx.App(0) # create the GUI framework
585    try:
586        GSASIIpath.SetBinaryPath(True)
587    except:
588        print('Unable to run with current setup, do you want to update to the')
589        try:
590            if '2' in platform.python_version_tuple()[0]:           
591                ans = raw_input("latest GSAS-II version? Update ([Yes]/no): ")
592            else:
593                ans = input("latest GSAS-II version? Update ([Yes]/no): ")               
594        except:
595            ans = 'no'
596        if ans.strip().lower() == "no":
597            import sys
598            print('Exiting')
599            sys.exit()
600        print('Updating...')
601        GSASIIpath.svnUpdateProcess()
602    GSASIIpath.InvokeDebugOpts()
603    Frame = main(application) # start the GUI
604    argLoadlist = sys.argv[1:]
605    for arg in argLoadlist:
606        fil = os.path.splitext(arg)[0] + '.gpx'
607        if os.path.exists(fil):
608            Frame.fileList.append([fil,'GPX'])
609            Frame.loadFile(fil)
610        else:
611            print('File {} not found. Skipping'.format(fil))
612
613    # debug code to select in initial mode
614    #self=Frame
615    #self.Mode.FindItemById(self.wxID_Mode['Project']).Check(True)
616    #self.onRefresh(None)
617   
618    application.MainLoop()
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.