source: trunk/ElementTable.py @ 4267

Last change on this file since 4267 was 4267, checked in by vondreele, 21 months ago

add element "Va" for vacancy with small radius, & zero scattering factors

  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Date Author Revision URL Id
File size: 14.8 KB
Line 
1# -*- coding: utf-8 -*-
2'''
3*ElementTable: Periodic Table Data*
4-----------------------------------
5
6Element table data for building periodic table with valences & JMOL colors.
7Need these in case we go back to this periodic table coloring scheme.
8
9Defines list ``ElTable`` which contains all defined oxidation states for each
10element, the location in the table, an element name, a color, a size and a
11second color.
12'''
13REcolor = (128, 128, 255)
14Metcolor = (192, 192, 192)
15Noblecolor = (255, 128, 255)
16Alkcolor = (255, 255, 128)
17AlkEcolor = (255, 128, 0)
18SemMetcolor = (128, 255, 0)
19NonMetcolor = (0, 255, 255)
20White = (255, 255, 255)           
21ElTable = [
22    (["H","H-1","D","D-1","T","T-1"],0,0, "Hydrogen",    White,           0.0000,(255,255,255)),
23    (["D","D-1"],                  -1,-1, "Deuterium",   White,           0.0000,(255,255,255)),
24    (["T","T-1"],                  -1,-1, "Tritium",     White,           0.0000,(255,255,255)),
25    (["He",],                     17,0, "Helium",      Noblecolor,      0.0000,(217,255,255)),
26    (["Li","Li+1"],                0,1, "Lithium",     Alkcolor,        0.0004,(204,128,255)),
27    (["Be","Be+2"],                1,1, "Beryllium",   AlkEcolor,       0.0006,(194,255,0)),
28    (["B",],                      12,1, "Boron",       NonMetcolor,     0.0012,(255,181,181)),
29    (["C",],                      13,1, "Carbon",      NonMetcolor,     0.0018,(144,144,144)),
30    (["N",],                      14,1, "Nitrogen",    NonMetcolor,     0.0030,(48,80,248)),
31    (["O","O-1","O-2"],           15,1, "Oxygen",      NonMetcolor,     0.0042,(255,13,13)),
32    (["F","F-1"],                 16,1, "Fluorine",    NonMetcolor,     0.0054,(144,224,80)),
33    (["Ne",],                     17,1, "Neon",        Noblecolor,      0.0066,(179,227,245)),
34    (["Na","Na+1"],                0,2, "Sodium",      Alkcolor,        0.0084,(171,92,242)),
35    (["Mg","Mg+2"],                1,2, "Magnesium",   AlkEcolor,       0.0110,(138,255,0)),
36    (["Al","Al+3"],               12,2, "Aluminum",    SemMetcolor,     0.0125,(191,166,166)),
37    (["Si","Si+4"],               13,2, "Silicon",     NonMetcolor,     0.0158,(240,200,160)),
38    (["P",],                      14,2, "Phosphorus",  NonMetcolor,     0.0180,(255,128,0)),
39    (["S",],                      15,2, "Sulphur",     NonMetcolor,     0.0210,(255,255,48)),
40    (["Cl","Cl-1"],               16,2, "Chlorine",    NonMetcolor,     0.0250,(31,240,31)),
41    (["Ar",],                     17,2, "Argon",       Noblecolor,      0.0285,(128,209,227)),
42    (["K","K+1"],                  0,3, "Potassium",   Alkcolor,        0.0320,(61,255,0)),
43    (["Ca","Ca+2"],                1,3, "Calcium",     AlkEcolor,       0.0362,(61,255,0)),
44    (["Sc","Sc+3"],                2,3, "Scandium",    Metcolor,        0.0410,(230,230,230)),
45    (["Ti","Ti+2","Ti+3","Ti+4"],  3,3, "Titanium",    Metcolor,        0.0460,(191,194,199)),
46    (["V","V+2","V+3","V+5"],      4,3, "Vanadium",    Metcolor,        0.0510,(166,166,171)),
47    (["Cr","Cr+2","Cr+3"],         5,3, "Chromium",    Metcolor,        0.0560,(138,153,199)),
48    (["Mn","Mn+2","Mn+3","Mn+4"],  6,3, "Manganese",   Metcolor,        0.0616,(156,122,199)),
49    (["Fe","Fe+2","Fe+3"],         7,3, "Iron",        Metcolor,        0.0680,(224,102,51)),
50    (["Co","Co+2","Co+3"],         8,3, "Cobalt",      Metcolor,        0.0740,(240,144,160)),
51    (["Ni","Ni+2","Ni+3"],         9,3, "Nickel",      Metcolor,        0.0815,(80,208,80)),
52    (["Cu","Cu+1","Cu+2"],        10,3, "Copper",      Metcolor,        0.0878,(200,128,51)),
53    (["Zn","Zn+2"],               11,3, "Zinc",        Metcolor,        0.0960,(125,128,176)),
54    (["Ga","Ga+3"],               12,3, "Gallium",     SemMetcolor,      0.104,(194,143,143)),
55    (["Ge","Ge+4"],               13,3, "Germanium",   SemMetcolor,      0.114,(102,143,143)),
56    (["As",],                     14,3, "Arsenic",     NonMetcolor,      0.120,(189,128,227)),
57    (["Se",],                     15,3, "Selenium",    NonMetcolor,      0.132,(255,161,0)),
58    (["Br","Br-1"],               16,3, "Bromine",     NonMetcolor,      0.141,(166,41,41)),
59    (["Kr",],                     17,3, "Krypton",     Noblecolor,       0.150,(92,184,209)),
60    (["Rb","Rb+1"],                0,4, "Rubidium",    Alkcolor,         0.159,(112,46,176)),
61    (["Sr","Sr+2"],                1,4, "Strontium",   AlkEcolor,        0.171,(0,255,0)),
62    (["Y","Y+3"],                  2,4, "Yittrium",    Metcolor,         0.180,(148,255,255)),
63    (["Zr","Zr+4"],                3,4, "Zirconium",   Metcolor,         0.192,(148,224,224)),
64    (["Nb","Nb+3","Nb+5"],         4,4, "Niobium",     Metcolor,         0.204,(115,194,201)),
65    (["Mo","Mo+3","Mo+5","Mo+6"],  5,4, "Molybdenium", Metcolor,         0.216,(84,181,181)),
66    (["Tc",],                      6,4, "Technetium",  Metcolor,         0.228,(59,158,158)),
67    (["Ru","Ru+3","Ru+4"],         7,4, "Ruthenium",   Metcolor,         0.246,(36,143,143)),
68    (["Rh","Rh+3","Rh+4"],         8,4, "Rhodium",     Metcolor,         0.258,(10,125,140)),
69    (["Pd","Pd+2","Pd+4"],         9,4, "Palladium",   Metcolor,         0.270,(0,105,133)),
70    (["Ag","Ag+1","Ag+2"],        10,4, "Silver",      Metcolor,         0.285,(192,192,192)),
71    (["Cd","Cd+2"],               11,4, "Cadmium",     Metcolor,         0.300,(255,217,143)),
72    (["In","In+3"],               12,4, "Indium",      SemMetcolor,      0.318,(166,117,115)),
73    (["Sn","Sn+2","Sn+4"],        13,4, "Tin",         SemMetcolor,      0.330,(102,128,128)),
74    (["Sb","Sb+3","Sb+5"],        14,4, "Antimony",    SemMetcolor,      0.348,(158,99,181)),
75    (["Te",],                     15,4, "Tellurium",   NonMetcolor,      0.363,(212,122,0)),
76    (["I","I-1"],                 16,4, "Iodine",      NonMetcolor,      0.384,(148,0,148)),
77    (["Xe",],                     17,4, "Xenon",       Noblecolor,       0.396,(66,158,176)),
78    (["Cs","Cs+1"],                0,5, "Caesium",     Alkcolor,         0.414,(87,23,143)),
79    (["Ba","Ba+2"],                1,5, "Barium",      AlkEcolor,        0.438,(0,201,0)),
80    (["La","La+3"],                2,5, "Lanthanium",  Metcolor,         0.456,(112,212,255)),
81    (["Ce","Ce+3","Ce+4"],     3.5,6.5, "Cerium",      REcolor,          0.474,(255,255,199)),
82    (["Pr","Pr+3","Pr+4"],     4.5,6.5, "Praseodymium",REcolor,          0.492,(217,255,199)),
83    (["Nd","Nd+3"],            5.5,6.5, "Neodymium",   REcolor,          0.516,(199,255,199)),
84    (["Pm","Pm+3"],            6.5,6.5, "Promethium",  REcolor,          0.534,(163,255,199)),
85    (["Sm","Sm+3"],            7.5,6.5, "Samarium",    REcolor,          0.558,(143,255,199)),
86    (["Eu","Eu+2","Eu+3"],     8.5,6.5, "Europium",    REcolor,          0.582,(97,255,199)),
87    (["Gd","Gd+3"],            9.5,6.5, "Gadolinium",  REcolor,          0.610,(69,255,199)),
88    (["Tb","Tb+3"],           10.5,6.5, "Terbium",     REcolor,          0.624,(48,255,199)),
89    (["Dy","Dy+3"],           11.5,6.5, "Dysprosium",  REcolor,          0.648,(31,255,199)),
90    (["Ho","Ho+3"],           12.5,6.5, "Holmium",     REcolor,          0.672,(0,255,156)),
91    (["Er","Er+3"],           13.5,6.5, "Erbium",      REcolor,          0.696,(0,230,117)),
92    (["Tm","Tm+3"],           14.5,6.5, "Thulium",     REcolor,          0.723,(0,212,82)),
93    (["Yb","Yb+2","Yb+3"],    15.5,6.5, "Ytterbium",   REcolor,          0.750,(0,191,56)),
94    (["Lu","Lu+3"],           16.5,6.5, "Lutetium",    REcolor,          0.780,(0,171,36)),
95    (["Hf","Hf+4"],                3,5, "Hafnium",     Metcolor,         0.804,(77,194,255)),
96    (["Ta","Ta+5"],                4,5, "Tantalum",    Metcolor,         0.834,(77,166,255)),
97    (["W","W+6"],                  5,5, "Tungsten",    Metcolor,         0.864,(33,148,214)),
98    (["Re",],                      6,5, "Rhenium",     Metcolor,         0.900,(38,125,171)),
99    (["Os","Os+4"],                7,5, "Osmium",      Metcolor,         0.919,(38,102,150)),
100    (["Ir","Ir+3","Ir+4"],         8,5, "Iridium",     Metcolor,         0.948,(23,84,135)),
101    (["Pt","Pt+2","Pt+4"],         9,5, "Platinium",   Metcolor,         0.984,(208,208,224)),
102    (["Au","Au+1","Au+3"],        10,5, "Gold",        Metcolor,         1.014,(255,209,35)),
103    (["Hg","Hg+1","Hg+2"],        11,5, "Mercury",     Metcolor,         1.046,(184,184,208)),
104    (["Tl","Tl+1","Tl+3"],        12,5, "Thallium",    SemMetcolor,      1.080,(166,84,77)),
105    (["Pb","Pb+2","Pb+4"],        13,5, "Lead",        SemMetcolor,      1.116,(87,89,97)),
106    (["Bi","Bi+3","Bi+5"],        14,5, "Bismuth",     SemMetcolor,      1.149,(158,79,181)),
107    (["Po",],                     15,5, "Polonium",    SemMetcolor,      1.189,(171,92,0)),
108    (["At",],                     16,5, "Astatine",    NonMetcolor,      1.224,(117,79,69)),
109    (["Rn",],                     17,5, "Radon",       Noblecolor,       1.260,(66,130,150)),
110    (["Fr",],                      0,6, "Francium",    Alkcolor,         1.296,(66,0,102)),
111    (["Ra","Ra+2"],                1,6, "Radium",      AlkEcolor,        1.332,(0,125,0)),
112    (["Ac","Ac+3"],                2,6, "Actinium",    Metcolor,         1.374,(112,171,250)),
113    (["Th","Th+4"],            3.5,7.5, "Thorium",     REcolor,          1.416,(0,186,255)),
114    (["Pa",],                  4.5,7.5, "Protactinium",REcolor,          1.458,(0,161,255)),
115    (["U","U+3","U+4","U+6"],  5.5,7.5, "Uranium",     REcolor,          1.470,(0,143,255)),
116    (["Np","Np+3","Np+4","Np+6"], 6.5,7.5, "Neptunium",   REcolor,       1.536,(0,128,255)),
117    (["Pu","Pu+3","Pu+4","Pu+6"], 7.5,7.5, "Plutonium",   REcolor,       1.584,(0,107,255)),
118    (["Am",],                  8.5,7.5, "Americium",   REcolor,          1.626,(84,92,242)),
119    (["Cm",],                  9.5,7.5, "Curium",      REcolor,          1.669,(120,92,227)),
120    (["Bk",],                 10.5,7.5, "Berkelium",   REcolor,          1.716,(138,79,227)),
121    (["Cf",],                 11.5,7.5, "Californium", REcolor,          1.764,(161,54,212)),
122    (["Va",],                 13.5,7.5, "Vacancy",     White,            0.000,(255,255,255)),
123    (["Q","QA","QB","QC","QD"],  14.5,7.5, "Special form factor", REcolor,  0.000,(161,54,212)),
124    (["None",],                  15.5,7.5, "No element choice",REcolor,     0.000,(161,54,212)),
125    ]
126
127MagElTable = [
128    (["Sc","Sc+1","Sc+2","Sc+3"],                       2,3, "Scandium",    Metcolor,        0.0410,(230,230,230)),
129    (["Ti","Ti+2","Ti+3"],                              3,3, "Titanium",    Metcolor,        0.0460,(191,194,199)),
130    (["V","V+1","V+2","V+3"],                           4,3, "Vanadium",    Metcolor,        0.0510,(166,166,171)),
131    (["Cr","Cr+1","Cr+2","Cr+3","Cr+4"],                5,3, "Chromium",    Metcolor,        0.0560,(138,153,199)),
132    (["Mn","Mn+1","Mn+2","Mn+3","Mn+4"],                6,3, "Manganese",   Metcolor,        0.0616,(156,122,199)),
133    (["Fe","Fe+1","Fe+2","Fe+3","Fe+4"],                7,3, "Iron",        Metcolor,        0.0680,(224,102,51)),
134    (["Co","Co+1","Co+2","Co+3","Co+4"],                8,3, "Cobalt",      Metcolor,        0.0740,(240,144,160)),
135    (["Ni","Ni+1","Ni+2","Ni+3","Ni+4"],                9,3, "Nickel",      Metcolor,        0.0815,(80,208,80)),
136    (["Cu","Cu+1","Cu+2","Cu+3","Cu+4"],               10,3, "Copper",      Metcolor,        0.0878,(200,128,51)),
137    (["Y"],                                             2,4, "Yittrium",    Metcolor,         0.180,(148,255,255)),
138    (["Zr","Zr+1"],                                     3,4, "Zirconium",   Metcolor,         0.192,(148,224,224)),
139    (["Nb","Nb+1"],                                     4,4, "Niobium",     Metcolor,         0.204,(115,194,201)),
140    (["Mo","Mo+1"],                                     5,4, "Molybdenium", Metcolor,         0.216,(84,181,181)),
141    (["Tc","Tc+1"],                                     6,4, "Technetium",  Metcolor,         0.228,(59,158,158)),
142    (["Ru","Ru+1"],                                     7,4, "Ruthenium",   Metcolor,         0.246,(36,143,143)),
143    (["Rh","Rh+1"],                                     8,4, "Rhodium",     Metcolor,         0.258,(10,125,140)),
144    (["Pd","Pd+1"],                                     9,4, "Palladium",   Metcolor,         0.270,(0,105,133)),
145    #NB: zero valent atoms are copied from lowest valent ion for many of these
146    (["Ce","Ce+2"],                                      3.5,6.5, "Cerium",      REcolor,          0.474,(255,255,199)),
147    (["Nd","Nd+2"],                                      5.5,6.5, "Neodymium",   REcolor,          0.516,(199,255,199)),
148    (["Sm","Sm+2","Sm+3"],                               7.5,6.5, "Samarium",    REcolor,          0.558,(143,255,199)),
149    (["Eu","Eu+2","Eu+3"],                               8.5,6.5, "Europium",    REcolor,          0.582,(97,255,199)),
150    (["Gd","Gd+2","Gd+3"],                               9.5,6.5, "Gadolinium",  REcolor,          0.610,(69,255,199)),
151    (["Tb","Tb+2","Tb+3"],                              10.5,6.5, "Terbium",     REcolor,          0.624,(48,255,199)),
152    (["Dy","Dy+2","Dy+3"],                              11.5,6.5, "Dysprosium",  REcolor,          0.648,(31,255,199)),
153    (["Ho","Ho+2","Ho+3"],                              12.5,6.5, "Holmium",     REcolor,          0.672,(0,255,156)),
154    (["Er","Er+2","Er+3"],                              13.5,6.5, "Erbium",      REcolor,          0.696,(0,230,117)),
155    (["Tm","Tm+2","Tm+3"],                              14.5,6.5, "Thulium",     REcolor,          0.723,(0,212,82)),
156    (["Yb","Yb+2","Yb+3"],                              15.5,6.5, "Ytterbium",   REcolor,          0.750,(0,191,56)),
157    (["Hf","Hf+2","Hf+3"],                                   3,5, "Hafnium",     Metcolor,         0.804,(77,194,255)),
158    (["Ta","Ta+2","Ta+3","Ta+4"],                            4,5, "Tantalum",    Metcolor,         0.834,(77,166,255)),
159    (["W","W+1","W+2","W+3","W+4","W+5"],               5,5, "Tungsten",    Metcolor,         0.864,(33,148,214)),
160    (["Re","Re+1","Re+2","Re+3","Re+4","Re+5","Re+6"],  6,5, "Rhenium",     Metcolor,         0.900,(38,125,171)),
161    (["Os","Os+1","Os+2","Os+3","Os+4","Os+5","Os+6","Os+7"],  7,5, "Osmium",      Metcolor,         0.919,(38,102,150)),
162    (["Ir","Ir+1","Ir+2","Ir+3","Ir+4","Ir+5","Ir+6"],  8,5, "Iridium",     Metcolor,         0.948,(23,84,135)),
163    (["Pt","Pt+1","Pt+2","Pt+3","Pt+4","Pt+5","Pt+6"],       9,5, "Platinium",   Metcolor,         0.984,(208,208,224)),
164    (["Au","Au+1","Au+2","Au+3","Au+4","Au+5"],             10,5, "Gold",        Metcolor,         1.014,(255,209,35)),
165    (["U","U+3","U+4","U+5"],                           5.5,7.5, "Uranium",     REcolor,          1.470,(0,143,255)),
166    (["Np","Np+3","Np+4","Np+5","Np+6"],                 6.5,7.5, "Neptunium",   REcolor,       1.536,(0,128,255)),
167    (["Pu","Pu+3","Pu+4","Pu+5","Pu+6"],                 7.5,7.5, "Plutonium",   REcolor,       1.584,(0,107,255)),
168    (["Am","Am+2","Am+3","Am+4","Am+5","Am+6","Am+7"],   8.5,7.5, "Americium",   REcolor,          1.626,(84,92,242)),
169    ]
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.