source: trunk/Absorb.py @ 4258

Last change on this file since 4258 was 4197, checked in by vondreele, 5 years ago

put reference to Cromer & Liberman in Absorb & Fprime as well as refinement LST output & atmdata.py
File size: 27.5 KB
Line 
1#!/usr/bin/env python
2
3"""main Absorb routines
4   Copyright: 2009, Robert B. Von Dreele (Argonne National Laboratory)
5"""
6from __future__ import division, print_function
7import platform
8import math
9import wx
10import numpy as np
11import sys
12import matplotlib as mpl
13import GSASIIpath
14GSASIIpath.SetVersionNumber("$Revision: 3765 $")
15import GSASIIElem as G2elem
16import GSASIIElemGUI as G2elemGUI
17
18try:
19    wx.NewIdRef
20    wx.NewId = wx.NewIdRef
21except AttributeError:
22    pass
23
24if '2' in platform.python_version_tuple()[0]:
25    Gktheta = unichr(0x3b8)
26    Gklambda = unichr(0x3bb)
27    GkDelta = unichr(0x0394)
28    Pwr10 = unichr(0x0b9)+unichr(0x2070)
29    Pwr20 = unichr(0x0b2)+unichr(0x2070)
30    Pwrm1 = unichr(0x207b)+unichr(0x0b9)
31    Pwrm2 = unichr(0x207b)+unichr(0x0b2)
32    Pwrm6 = unichr(0x207b)+unichr(0x2076)
33    Pwrm4 = unichr(0x207b)+unichr(0x2074)
34    Angstr = unichr(0x00c5)
35    Gkmu = unichr(0x3bc)
36    Pwr3 = unichr(0x0b3)
37    Pwr4 = unichr(0x2074)
38    Pwr20 = unichr(0x0b2)+unichr(0x0b0)
39    Pwrm1 = unichr(0x207b)+unichr(0x0b9)
40
41else:
42    Gktheta = chr(0x3b8)
43    Gklambda = chr(0x3bb)
44    GkDelta = chr(0x0394)
45    Pwr10 = chr(0x0b9)+chr(0x2070)
46    Pwr20 = chr(0x0b2)+chr(0x2070)
47    Pwrm1 = chr(0x207b)+chr(0x0b9)
48    Pwrm2 = chr(0x207b)+chr(0x0b2)
49    Pwrm6 = chr(0x207b)+chr(0x2076)
50    Pwrm4 = chr(0x207b)+chr(0x2074)
51    Angstr = chr(0x00c5)   
52    Gkmu = chr(0x3bc)
53    Pwr3 = chr(0x0b3)
54    Pwr4 = chr(0x2074)
55    Pwr20 = chr(0x0b2)+chr(0x0b0)
56    Pwrm1 = chr(0x207b)+chr(0x0b9)
57
58[wxID_CHOICE1, wxID_SPINTEXT1, wxID_SPINTEXT2, wxID_SPINTEXT3, wxID_SPINTEXT4,
59 wxID_RESULTS,wxID_SLIDER1, wxID_SPINBUTTON, wxID_NUMELEM, wxID_SPINTEXT5,wxID_SPINTEXT6,
60] = [wx.NewId() for _init_ctrls in range(11)]
61
62[wxID_EXIT, wxID_DELETE, wxID_NEW, 
63] = [wx.NewId() for _init_coll_ABSORB_Items in range(3)]
64   
65[wxID_KALPHAAGKA, wxID_KALPHACOKA, wxID_KALPHACRKA, 
66 wxID_KALPHACUKA, wxID_KALPHAFEKA, wxID_KALPHAMNKA, 
67 wxID_KALPHAMOKA, wxID_KALPHANIKA, wxID_KALPHAZNKA, 
68] = [wx.NewId() for _init_coll_KALPHA_Items in range(9)]
69
70[wxID_ABSORBABOUT] = [wx.NewId() for _init_coll_ABOUT_Items in range(1)]
71
72class Absorb(wx.Frame):
73    ''' '''
74    Elems = []
75    Wave = 1.5405      #CuKa default
76    Kev = 12.397639    #keV for 1A x-rays
77    for arg in sys.argv:
78        if '-w' in arg:
79            Wave = float(arg.split('-w')[1])
80        elif '-e' in arg:
81            E = float(arg.split('-e')[1])
82            Wave = Kev/E
83        elif '-h' in arg:
84            print ('''
85Absorb.py can take the following arguments:
86-h   -  this help listing
87-wv  -  set default wavelength to v, e.g. -w1.54 sets wavelength to 1.54A
88-ev  -  set default energy to v, e.g. -e27 sets energy to 27keV
89without arguments Absorb uses CuKa as default (Wave=1.54052A, E=8.0478keV)
90''')
91            sys.exit()
92    Wmin = 0.05        #wavelength range
93    Wmax = 3.0
94    Wres = 0.004094    #plot resolution step size as const delta-lam/lam - gives 1000 steps for Wmin to Wmax
95    Eres = 1.5e-4      #typical energy resolution for synchrotron x-ray sources
96    Energy = Kev/Wave
97    ifWave = True
98    Volume = 0
99    ifVol = False
100    Zcell = 1
101    Pack = 0.50
102    Radius = 0.4
103    def _init_coll_ABOUT_Items(self, parent):
104
105        parent.Append(wxID_ABSORBABOUT,'About')
106        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnABOUTItems0Menu, id=wxID_ABSORBABOUT)
107
108    def _init_coll_menuBar1_Menus(self, parent):
109
110        parent.Append(menu=self.ABSORB, title='Absorb')
111        parent.Append(menu=self.KALPHA, title='Kalpha')
112        parent.Append(menu=self.ABOUT, title='About')
113
114    def _init_coll_KALPHA_Items(self, parent):
115        "Set of characteristic radiation from sealed tube sources"
116        def OnCrkaMenu(event):
117            self.SetWaveEnergy(2.28962)
118   
119        def OnMnkaMenu(event):
120            self.SetWaveEnergy(2.10174)
121   
122        def OnFekaMenu(event):
123            self.SetWaveEnergy(1.93597)
124   
125        def OnCokaMenu(event):
126            self.SetWaveEnergy(1.78896)
127   
128        def OnNikaMenu(event):
129            self.SetWaveEnergy(1.65784)
130   
131        def OnCukaMenu(event):
132            self.SetWaveEnergy(1.54052)
133   
134        def OnZnkaMenu(event):
135            self.SetWaveEnergy(1.43510)
136   
137        def OnMokaMenu(event):
138            self.SetWaveEnergy(0.70926)
139   
140        def OnAgkaMenu(event):
141            self.SetWaveEnergy(0.55936)
142           
143        parent.Append(wxID_KALPHACRKA, 'CrKa')
144        parent.Append(wxID_KALPHAMNKA, 'MnKa')
145        parent.Append(wxID_KALPHAFEKA, 'FeKa')
146        parent.Append(wxID_KALPHACOKA, 'CoKa')
147        parent.Append(wxID_KALPHANIKA, 'NiKa')
148        parent.Append(wxID_KALPHACUKA, 'CuKa')
149        parent.Append(wxID_KALPHAZNKA, 'ZnKa')
150        parent.Append(wxID_KALPHAMOKA, 'MoKa')
151        parent.Append(wxID_KALPHAAGKA, 'AgKa')
152        self.Bind(wx.EVT_MENU, OnCrkaMenu, id=wxID_KALPHACRKA)
153        self.Bind(wx.EVT_MENU, OnMnkaMenu, id=wxID_KALPHAMNKA)
154        self.Bind(wx.EVT_MENU, OnFekaMenu, id=wxID_KALPHAFEKA)
155        self.Bind(wx.EVT_MENU, OnCokaMenu, id=wxID_KALPHACOKA)
156        self.Bind(wx.EVT_MENU, OnNikaMenu, id=wxID_KALPHANIKA)
157        self.Bind(wx.EVT_MENU, OnCukaMenu, id=wxID_KALPHACUKA)
158        self.Bind(wx.EVT_MENU, OnZnkaMenu, id=wxID_KALPHAZNKA)
159        self.Bind(wx.EVT_MENU, OnMokaMenu, id=wxID_KALPHAMOKA)
160        self.Bind(wx.EVT_MENU, OnAgkaMenu, id=wxID_KALPHAAGKA)
161
162    def _init_coll_ABSORB_Items(self, parent):
163        parent.Append(wxID_NEW,'&New Element','Add new element')
164        self.Delete = parent.Append(wxID_DELETE,'&Delete Element','Delete an element')
165        self.Delete.Enable(False)
166        parent.Append(wxID_EXIT,'&Exit','Exit Fprime')
167        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnExitMenu, id=wxID_EXIT)
168        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnNewMenu, id=wxID_NEW)
169        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnDeleteMenu, id=wxID_DELETE)
170       
171    def _init_utils(self):
172        self.ABSORB = wx.Menu(title='')
173
174        self.KALPHA = wx.Menu(title='')
175        self.KALPHA.SetEvtHandlerEnabled(True)
176
177        self.ABOUT = wx.Menu(title='')
178
179        self.menuBar1 = wx.MenuBar()
180
181        self._init_coll_ABSORB_Items(self.ABSORB)
182        self._init_coll_KALPHA_Items(self.KALPHA)
183        self._init_coll_ABOUT_Items(self.ABOUT)
184        self._init_coll_menuBar1_Menus(self.menuBar1)
185
186    def _init_ctrls(self, parent):
187        wx.Frame.__init__(self, parent=parent,
188              size=wx.Size(500, 400),style=wx.DEFAULT_FRAME_STYLE ^ wx.CLOSE_BOX, title='Absorb')             
189        self._init_utils()
190        self.SetMenuBar(self.menuBar1)
191        self.DrawPanel()
192       
193    def SetSize(self):
194        w,h = self.GetClientSize()
195        self.panel.SetSize(wx.Size(w,h))
196
197    def DrawPanel(self):
198        self.panel = wx.Panel(self)
199
200        mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
201        self.Results = wx.TextCtrl( parent=self.panel,
202            style=wx.TE_MULTILINE|wx.TE_DONTWRAP )
203        self.Results.SetEditable(False)
204        mainSizer.Add(self.Results,1,wx.ALIGN_CENTER_HORIZONTAL|wx.EXPAND)
205        mainSizer.Add((10,15),0)
206       
207        if self.Elems:
208            lablSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
209            lablSizer.Add((5,10),0)
210            lablSizer.Add(wx.StaticText(parent=self.panel,label='Chemical Formula:'),0,
211                wx.ALIGN_CENTER_VERTICAL|wx.ALIGN_LEFT)
212            mainSizer.Add(lablSizer,0)
213            mainSizer.Add((5,5),0)
214            nRow = len(self.Elems)/5
215            compSizer = wx.FlexGridSizer(nRow+1,10,0,0)
216            for Elem in self.Elems:
217                compSizer.Add(wx.StaticText(parent=self.panel,label="  "+Elem[0].capitalize(),
218                    size=wx.Size(30,20)),0,wx.ALIGN_CENTER_VERTICAL|wx.ALIGN_RIGHT)
219                numElem = wx.TextCtrl(id=wxID_NUMELEM,parent=self.panel,name=Elem[0],
220                    size=wx.Size(70,20),value="%.2f" % (Elem[2]),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
221                compSizer.Add(numElem,0)
222                numElem.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER, self.OnNumElem, id=wxID_NUMELEM)
223            mainSizer.Add(compSizer,0)
224            mainSizer.Add((10,15),0)           
225
226        selSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
227        selSizer.Add((5,10),0)
228        selSizer.Add(wx.StaticText(parent=self.panel, label='Wavelength:'),0,
229            wx.ALIGN_CENTER_VERTICAL|wx.EXPAND)
230        selSizer.Add((5,10),0)
231        self.SpinText1 = wx.TextCtrl(id=wxID_SPINTEXT1, parent=self.panel, 
232            size=wx.Size(100,20), value = "%.4f" % (self.Wave),style=wx.TE_PROCESS_ENTER )
233        selSizer.Add(self.SpinText1,0)
234        selSizer.Add((5,10),0)
235        self.SpinText1.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER, self.OnSpinText1, id=wxID_SPINTEXT1)
236       
237        selSizer.Add(wx.StaticText(parent=self.panel, label='Energy:'),0,
238            wx.ALIGN_CENTER_VERTICAL|wx.EXPAND)
239        selSizer.Add((5,10),0)
240        self.SpinText2 = wx.TextCtrl(id=wxID_SPINTEXT2, parent=self.panel, 
241            size=wx.Size(100,20), value = "%.4f" % (self.Energy),style=wx.TE_PROCESS_ENTER) 
242        selSizer.Add(self.SpinText2,0)
243        selSizer.Add((5,10),0)
244        self.SpinText2.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER, self.OnSpinText2, id=wxID_SPINTEXT2)
245       
246        selSizer.Add(wx.StaticText(parent=self.panel, label='Plot scale:'),
247            0,wx.ALIGN_CENTER_VERTICAL|wx.EXPAND)
248        selSizer.Add((5,10),0)
249        self.choice1 = wx.ComboBox(id=wxID_CHOICE1, parent=self.panel, value='Wavelength',
250             choices=['Wavelength','Energy'],style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
251        selSizer.Add(self.choice1,0)
252        selSizer.Add((10,10),0)
253        self.choice1.Bind(wx.EVT_COMBOBOX, self.OnChoice1, id=wxID_CHOICE1)
254        mainSizer.Add(selSizer,0)
255        mainSizer.Add((10,10),0)
256       
257        slideSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
258        self.SpinButton = wx.SpinButton(id=wxID_SPINBUTTON, parent=self.panel, 
259              size=wx.Size(25,24), style=wx.SP_VERTICAL | wx.SP_ARROW_KEYS)
260        slideSizer.Add(self.SpinButton,0,wx.ALIGN_RIGHT)
261        self.SpinButton.SetRange(-1,1)
262        self.SpinButton.SetValue(0)
263        self.SpinButton.Bind(wx.EVT_SPIN, self.OnSpinButton, id=wxID_SPINBUTTON)
264
265        self.slider1 = wx.Slider(id=wxID_SLIDER1, maxValue=int(1000.*self.Wmax),
266            minValue=int(1000.*self.Wmin), parent=self.panel,style=wx.SL_HORIZONTAL,
267            value=int(self.Wave*1000.), )
268        slideSizer.Add(self.slider1,1,wx.EXPAND|wx.ALIGN_RIGHT)
269        self.slider1.Bind(wx.EVT_SLIDER, self.OnSlider1, id=wxID_SLIDER1)
270        mainSizer.Add(slideSizer,0,wx.EXPAND)
271        mainSizer.Add((10,10),0)
272       
273        cellSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
274        cellSizer.Add((5,10),0)
275        cellSizer.Add(wx.StaticText(parent=self.panel, label='Volume:'),0,
276            wx.ALIGN_CENTER_VERTICAL|wx.EXPAND)
277        cellSizer.Add((5,10),0)
278        self.SpinText3 = wx.TextCtrl(id=wxID_SPINTEXT3, parent=self.panel, 
279              size=wx.Size(100,20), value = "%.2f" % (self.Volume),style=wx.TE_PROCESS_ENTER )
280        cellSizer.Add(self.SpinText3,0)
281        cellSizer.Add((5,10),0)
282        self.SpinText3.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER, self.OnSpinText3, id=wxID_SPINTEXT3)
283       
284        cellSizer.Add((5,10),0)
285        cellSizer.Add(wx.StaticText(parent=self.panel, label='Z(vol):'),0,
286            wx.ALIGN_CENTER_VERTICAL|wx.EXPAND)
287        cellSizer.Add((5,10),0)
288        self.SpinText4 = wx.TextCtrl(id=wxID_SPINTEXT4, parent=self.panel, 
289              size=wx.Size(50,20), value = "%d" % (self.Zcell),style=wx.TE_PROCESS_ENTER )
290        cellSizer.Add(self.SpinText4,0)
291        cellSizer.Add((5,10),0)
292        self.SpinText4.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER, self.OnSpinText4, id=wxID_SPINTEXT4)
293       
294        cellSizer.Add((5,10),0)
295        cellSizer.Add(wx.StaticText(parent=self.panel, label='Sample R:'),0,
296            wx.ALIGN_CENTER_VERTICAL|wx.EXPAND)
297        cellSizer.Add((5,10),0)
298        self.SpinText5 = wx.TextCtrl(id=wxID_SPINTEXT5, parent=self.panel, 
299              size=wx.Size(50,20), value = "%.2f" % (self.Radius),style=wx.TE_PROCESS_ENTER )
300        cellSizer.Add(self.SpinText5,0)
301        cellSizer.Add((5,10),0)
302        self.SpinText5.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER, self.OnSpinText5, id=wxID_SPINTEXT5)
303
304        cellSizer.Add((5,10),0)
305        cellSizer.Add(wx.StaticText(parent=self.panel, label='packing:'),0,
306            wx.ALIGN_CENTER_VERTICAL|wx.EXPAND)
307        cellSizer.Add((5,10),0)
308        self.SpinText6 = wx.TextCtrl(id=wxID_SPINTEXT6, parent=self.panel, 
309              size=wx.Size(50,20), value = "%.2f" % (self.Pack),style=wx.TE_PROCESS_ENTER )
310        cellSizer.Add(self.SpinText6,0)
311        cellSizer.Add((5,10),0)
312        self.SpinText6.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER, self.OnSpinText6, id=wxID_SPINTEXT6)
313
314        mainSizer.Add(cellSizer,0)
315        mainSizer.Add((10,10),0)
316        self.panel.SetSizer(mainSizer)
317        self.panel.Fit()
318        self.panel.GetParent().SetSize()
319
320    def __init__(self, parent):
321        self._init_ctrls(parent)
322        self.parent = parent
323        self.Lines = []
324        self.Elems = []
325        self.linePicked = None
326
327    def OnExitMenu(self, event):
328        self.parent.G2plotNB.Delete('Absorb')
329        self.Close()
330        self.Destroy()
331
332    def OnNewMenu(self, event):
333        ElList = []
334        for Elem in self.Elems: ElList.append(Elem[0])
335        PE = G2elemGUI.PickElements(self,ElList)
336        if PE.ShowModal() == wx.ID_OK:
337            Elem = PE.Elem
338        PE.Destroy()
339        if Elem:
340            for El in Elem:
341                ElemSym = El.strip().upper()
342                if ElemSym not in ElList:
343                    atomData = G2elem.GetAtomInfo(ElemSym.capitalize())
344                    FormFactors = G2elem.GetFormFactorCoeff(ElemSym)
345                    for FormFac in FormFactors:
346                        FormSym = FormFac['Symbol'].strip()
347                        if FormSym == ElemSym:
348                            Z = FormFac['Z']                #At. No.
349                            N = 1.                          #no atoms / formula unit
350                            Orbs = G2elem.GetXsectionCoeff(ElemSym)
351                            Elem = [ElemSym,Z,N,FormFac,Orbs,atomData]
352                    self.Elems.append(Elem)
353            self.Delete.Enable(True)
354            self.panel.Destroy()
355            self.DrawPanel()
356            self.NewFPPlot = True
357            self.SetWaveEnergy(self.Wave)
358           
359    def OnDeleteMenu(self, event):
360        if len(self.Elems):
361            ElList = []
362            for Elem in self.Elems: ElList.append(Elem[0])
363            S = []
364            DE = G2elemGUI.DeleteElement(self,ElList)
365            if DE.ShowModal() == wx.ID_OK:
366                El = DE.GetDeleteElement().strip().upper()
367                for Elem in self.Elems:
368                    if Elem[0] != El:
369                        S.append(Elem)
370                self.Elems = S
371                self.CalcFPPS()
372                if not self.Elems:
373                    self.Delete.Enable(False)
374                self.panel.Destroy()
375                self.DrawPanel()
376                self.NewFPPlot = True
377                self.SetWaveEnergy(self.Wave)
378       
379    def OnNumElem(self, event):
380        for Elem in self.Elems:
381            if event.GetEventObject().GetName() == Elem[0]:
382                Elem[2] = float(event.GetEventObject().GetValue())
383                event.GetEventObject().SetValue("%8.2f" % (Elem[2]))
384                self.SetWaveEnergy(self.Wave)               
385       
386    def OnSpinText1(self, event):
387        self.SetWaveEnergy(float(self.SpinText1.GetValue()))
388       
389    def OnSpinText2(self, event):
390        self.SetWaveEnergy(self.Kev/(float(self.SpinText2.GetValue())))
391       
392    def OnSpinText3(self,event):
393        self.Volume = max(10.,float(self.SpinText3.GetValue()))
394        self.ifVol = True
395        self.SetWaveEnergy(self.Wave)
396       
397    def OnSpinText4(self,event):
398        self.Zcell = max(1,float(self.SpinText4.GetValue()))
399        self.SetWaveEnergy(self.Wave)
400       
401    def OnSpinText5(self, event):
402        self.Radius = max(0.01,float(self.SpinText5.GetValue()))
403        self.SetWaveEnergy(self.Wave)
404       
405    def OnSpinText6(self, event):
406        self.Pack = min(1.0,max(0.01,float(self.SpinText6.GetValue())))
407        self.SetWaveEnergy(self.Wave)
408       
409    def OnSpinButton(self, event):
410        move = self.SpinButton.GetValue()/10000.
411        self.Wave = min(max(self.Wave+move,self.Wmin),self.Wmax)
412        self.SpinButton.SetValue(0)
413        self.SetWaveEnergy(self.Wave)
414
415    def OnSlider1(self, event):
416        if self.ifWave:
417            Wave = float(self.slider1.GetValue())/1000.
418        else:
419            Wave = self.Kev/(float(self.slider1.GetValue())/1000.)
420        self.SetWaveEnergy(Wave)
421       
422    def SetWaveEnergy(self,Wave):
423        self.Wave = Wave
424        self.Energy = self.Kev/self.Wave
425        self.Energy = round(self.Energy,4)
426        E = self.Energy
427        DE = E*self.Eres                         #smear by defined source resolution
428        self.SpinText1.SetValue("%.4f" % (self.Wave))
429        self.SpinText2.SetValue("%.4f" % (self.Energy))
430        self.SpinText1.Update()
431        self.SpinText2.Update()
432        if self.ifWave:
433            self.slider1.SetValue(int(1000.*self.Wave))
434        else:
435            self.slider1.SetValue(int(1000.*self.Energy))
436        Text = ''
437        if not self.ifVol:
438            self.Volume = 0
439            for Elem in self.Elems:
440                self.Volume += 10.*Elem[2]
441        muT = 0
442        Mass = 0
443        Fo = 0
444        Fop = 0
445        for Elem in self.Elems:
446            Mass += self.Zcell*Elem[2]*Elem[5]['Mass']
447            r1 = G2elem.FPcalc(Elem[4],E+DE)
448            r2 = G2elem.FPcalc(Elem[4],E-DE)
449            Els = Elem[0]
450            Els = Els.ljust(2).lower().capitalize()
451            mu = 0
452            Fo += Elem[2]*Elem[1]
453            if Elem[1] > 78 and self.Energy+DE > self.Kev/0.16:
454                mu = self.Zcell*Elem[2]*(r1[2]+r2[2])/2.0
455                Text += "%s\t%s%8.2f  %s%6s  %s%6.3f  %s%10.2f %s\n" %    (
456                    'Element= '+str(Els),"N = ",Elem[2]," f'=",'not valid',
457                    ' f"=',(r1[1]+r2[1])/2.0,' '+Gkmu+'=',mu,'barns')
458            elif Elem[1] > 94 and self.Energy-DE < self.Kev/2.67:
459                mu = 0
460                Text += "%s\t%s%8.2f  %s%6s  %s%6s  %s%10s%s\n" %    (
461                    'Element= '+str(Els),"N = ",Elem[2]," f'=",'not valid',
462                    ' f"=','not valid',' '+Gkmu+'=','not valid')
463            else:
464                mu = self.Zcell*Elem[2]*(r1[2]+r2[2])/2.0
465                Fop += Elem[2]*(Elem[1]+(r1[0]+r2[0])/2.0)
466                Text += "%s\t%s%8.2f  %s%6.3f  %s%6.3f  %s%10.2f %s\n" %    (
467                    'Element= '+str(Els),"N = ",Elem[2]," f'=",(r1[0]+r2[0])/2.0,
468                    ' f"=',(r1[1]+r2[1])/2.0,' '+Gkmu+'=',mu,'barns')
469            muT += mu
470       
471        if self.Volume:
472            Text += "%s %s%10.2f %s" % ("Total",' '+Gkmu+'=',self.Pack*muT/self.Volume,'cm'+Pwrm1+', ')
473            Text += "%s%10.2f%s" % ('Total '+Gkmu+'R=',self.Radius*self.Pack*muT/(10.0*self.Volume),', ')
474            Text += "%s%10.4f%s\n" % ('Transmission exp(-2'+Gkmu+'R)=', \
475                100.0*math.exp(-2*self.Radius*self.Pack*muT/(10.0*self.Volume)),'%')
476            self.Results.SetValue(Text)
477            den = Mass/(0.602*self.Volume)               
478            if self.ifVol:
479                Text += '%s' % ('Theor. density=')
480            else: 
481                Text += '%s' % ('Est. density=')
482            Text += '%6.3f %s%.3f %s\n' % (den,'g/cm'+Pwr3+', Powder density=',self.Pack*den,'g/cm'+Pwr3)
483            Text += '%s%10.2f%s\n'%('X-ray small angle scattering contrast',(28.179*Fo/self.Volume)**2,'*10'+Pwr20+'/cm'+Pwr4)
484            if Fop:
485                Text += '%s%10.2f%s\n'%('Anomalous X-ray small angle scattering contrast',(28.179*Fop/self.Volume)**2,'*10'+Pwr20+'/cm'+Pwr4)
486            self.Results.SetValue(Text)
487        self.Results.Update()
488        self.SpinText3.SetValue("%.2f" % (self.Volume))
489        self.SpinText3.Update()
490        self.SpinText4.SetValue("%d" % (self.Zcell))
491        self.SpinText4.Update()
492        self.SpinText5.SetValue("%.2f" % (self.Radius))
493        self.SpinText5.Update()
494        self.SpinText6.SetValue("%.2f" % (self.Pack))
495        self.SpinText6.Update()
496        if len(self.Elems):
497            self.CalcFPPS()
498            self.UpDateAbsPlot(Wave,rePlot=True)
499
500    def CalcFPPS(self):
501        """generate f" curves for selected elements
502           does constant delta-lambda/lambda steps over defined range
503        """
504        FPPS = []
505        if self.Elems:
506            wx.BeginBusyCursor()
507            Corr = self.Zcell*self.Radius*self.Pack/(10.0*self.Volume)
508            try:
509                muT = []
510                for iE,Elem in enumerate(self.Elems):
511                    Els = Elem[0]
512                    Els = Els = Els.ljust(2).lower().capitalize()
513                    Wmin = self.Wmin
514                    Wmax = self.Wmax
515                    lWmin = math.log(Wmin)
516                    N = int(round(math.log(Wmax/Wmin)/self.Wres))    #number of constant delta-lam/lam steps
517                    I = range(N+1)
518                    Ws = []
519                    for i in I: Ws.append(math.exp(i*self.Wres+lWmin))
520                    mus = []
521                    Es = []
522                    for j,W in enumerate(Ws):
523                        E = self.Kev/W
524                        DE = E*self.Eres                         #smear by defined source resolution
525                        res1 = G2elem.FPcalc(Elem[4],E+DE)
526                        res2 = G2elem.FPcalc(Elem[4],E-DE)
527                        muR = Corr*Elem[2]*(res1[2]+res2[2])/2.0
528                        mus.append(muR)
529                        if iE:
530                            muT[j] += muR
531                        else:
532                            muT.append(muR)
533                        Es.append(E)
534                    if self.ifWave:
535                        Fpps = (Els,Ws,mus)
536                    else:
537                        Fpps = (Els,Es,mus)
538                    FPPS.append(Fpps)
539                if self.ifWave:
540                    Fpps = ('Total',Ws,muT)
541                else:
542                    Fpps = ('Total',Es,muT)
543                FPPS.append(Fpps)
544            finally:
545                wx.EndBusyCursor()
546        self.FPPS = FPPS
547
548    def OnChoice1(self, event):
549        if event.GetString() == "Wavelength":
550            self.ifWave = True
551            self.NewFPPlot = True
552            self.Wave = round(self.Wave,4)
553            self.slider1.SetRange(int(1000.*self.Wmin),int(1000.*self.Wmax))
554            self.slider1.SetValue(int(1000.*self.Wave))
555            self.SpinText1.SetValue("%6.4f" % (self.Wave))
556            self.SpinText2.SetValue("%7.4f" % (self.Energy))
557        else:
558            self.ifWave = False
559            self.NewFPPlot = True
560            Emin = self.Kev/self.Wmax
561            Emax = self.Kev/self.Wmin
562            self.Energy = round(self.Energy,4)
563            self.slider1.SetRange(int(1000.*Emin),int(1000.*Emax))
564            self.slider1.SetValue(int(1000.*self.Energy))
565            self.SpinText1.SetValue("%6.4f" % (self.Wave))
566            self.SpinText2.SetValue("%7.4f" % (self.Energy))
567        if len(self.Elems):
568            self.CalcFPPS()
569            self.UpDateAbsPlot(self.Wave,rePlot=False)
570       
571    def OnKeyPress(self,event):
572        if event.key == 'g':
573            mpl.rcParams['axes.grid'] = not mpl.rcParams['axes.grid']
574            self.UpDateAbsPlot(self.Wave,rePlot=False)
575
576    def UpDateAbsPlot(self,Wave,rePlot=True):
577        """Plot mu vs wavelength 0.05-3.0A"""
578        xylim = []
579        try:
580            if rePlot:
581                asb = self.Page.figure.get_axes()[1]
582                xylim = asb.get_xlim(),asb.get_ylim()
583            newPlot = False
584        except:
585            new,plotNum,self.Page,self.fplot,lim = self.parent.G2plotNB.FindPlotTab('Absorb','mpl')
586            self.Page.canvas.mpl_connect('pick_event', self.OnPick)
587            self.Page.canvas.mpl_connect('button_release_event', self.OnRelease)
588            self.Page.canvas.mpl_connect('motion_notify_event', self.OnMotion)
589            self.Page.canvas.mpl_connect('key_press_event', self.OnKeyPress)
590            newPlot = True
591        ax = self.Page.figure.add_subplot(111,label='absorb')
592        self.fplot.set_visible(False)
593        self.Page.Choice = (' key press','g: toggle grid',)
594        self.Page.keyPress = self.OnKeyPress   
595        ax.clear()
596        ax.set_title('X-Ray Absorption',x=0,ha='left')
597        ax.set_ylabel(r"$\mu R$",fontsize=14)
598        Ymin = 0.0
599        Ymax = 0.0
600        if self.FPPS: 
601            for Fpps in self.FPPS:
602                Ymin = min(Ymin,min(Fpps[2]))
603                Ymax = max(Ymax,max(Fpps[2]))
604                fppsP1 = np.array(Fpps[1])
605                fppsP2 = np.array(Fpps[2])
606                ax.plot(fppsP1,fppsP2,label=r'$\mu R$ '+Fpps[0])
607        if self.ifWave: 
608            ax.set_xlabel(r'$\mathsf{\lambda, \AA}$',fontsize=14)
609            ax.axvline(x=Wave,picker=3,color='black')
610        else:
611            ax.set_xlabel(r'$\mathsf{E, keV}$',fontsize=14)
612            ax.set_xscale('log')
613            ax.axvline(x=self.Kev/Wave,picker=3,color='black')
614        ax.axhline(y=1.0,color='b')
615        ax.axhline(y=5.0,color='r')
616        ax.set_ylim(Ymin,Ymax)
617        if self.FPPS:
618            ax.legend(loc='best')
619        if newPlot:
620            newPlot = False
621            self.Page.canvas.draw()
622        else:
623            if rePlot:
624                tb = self.Page.canvas.toolbar
625                tb.push_current()
626                ax.set_xlim(xylim[0])
627                ax.set_ylim(xylim[1])
628                xylim = []
629                tb.push_current()
630            self.Page.canvas.draw()
631       
632    def OnPick(self, event):
633        self.linePicked = event.artist
634       
635    def OnMotion(self,event):
636        xpos = event.xdata
637        if xpos and xpos>0.1:
638            ypos = event.ydata
639            if self.ifWave:
640                Wave = xpos
641            else:
642                Wave = self.Kev/xpos
643            Wave = min(max(Wave,self.Wmin),self.Wmax)
644            self.parent.G2plotNB.status.SetStatusText('Wavelength: %.4f, Energy: %.3f, %sR: %.3f'%(Wave,self.Kev/Wave,Gkmu,ypos),1)
645        if self.linePicked:
646            self.SetWaveEnergy(Wave)
647               
648    def OnRelease(self, event):
649        if self.linePicked is None: return
650        self.linePicked = None
651        xpos = event.xdata
652        if xpos:
653            if self.ifWave:
654                Wave = xpos
655            else:
656                Wave = self.Kev/xpos               
657            self.SetWaveEnergy(Wave)
658           
659    def OnABOUTItems0Menu(self, event):
660        ''' '''
661        try:
662            import wx.adv as wxadv  # AboutBox moved here in Phoenix
663        except:
664            wxadv = wx
665        info = wxadv.AboutDialogInfo()
666        info.Name = 'Absorb'
667        info.Copyright = '''
668Robert B. Von Dreele, 2009(C)
669Argonne National Laboratory
670This product includes software developed
671by the UChicago Argonne, LLC, as
672Operator of Argonne National Laboratory.        '''
673        info.Description = '''
674For calculating X-ray absorption factors to 250keV for cylindrical     
675powder samples; based on Fortran program Fprime of Cromer & Liberman
676(D. T. Cromer and D. A. Liberman, Acta Cryst. (1981). A37, 267-268.)
677corrected for Kissel & Pratt energy term; Jensen term not included
678        '''
679        wxadv.AboutBox(info)
680
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.