source: trunk/Absorb.py @ 3826

Last change on this file since 3826 was 3826, checked in by vondreele, 3 years ago

fix future problem with wx.NewId? --> wx.NewIdRef?

File size: 27.3 KB
Line 
1#!/usr/bin/env python
2
3"""main Absorb routines
4   Copyright: 2009, Robert B. Von Dreele (Argonne National Laboratory)
5"""
6from __future__ import division, print_function
7import platform
8import math
9import wx
10import numpy as np
11import matplotlib as mpl
12import pylab
13import sys
14import GSASIIpath
15GSASIIpath.SetVersionNumber("$Revision: 3765 $")
16import GSASIIElem as G2elem
17import GSASIIElemGUI as G2elemGUI
18
19try:
20    wx.NewIdRef
21    wx.NewId = wx.NewIdRef
22except AttributeError:
23    pass
24
25if '2' in platform.python_version_tuple()[0]:
26    Gktheta = unichr(0x3b8)
27    Gklambda = unichr(0x3bb)
28    GkDelta = unichr(0x0394)
29    Pwr10 = unichr(0x0b9)+unichr(0x2070)
30    Pwr20 = unichr(0x0b2)+unichr(0x2070)
31    Pwrm1 = unichr(0x207b)+unichr(0x0b9)
32    Pwrm2 = unichr(0x207b)+unichr(0x0b2)
33    Pwrm6 = unichr(0x207b)+unichr(0x2076)
34    Pwrm4 = unichr(0x207b)+unichr(0x2074)
35    Angstr = unichr(0x00c5)
36    Gkmu = unichr(0x3bc)
37    Pwr3 = unichr(0x0b3)
38    Pwr4 = unichr(0x2074)
39    Pwr20 = unichr(0x0b2)+unichr(0x0b0)
40    Pwrm1 = unichr(0x207b)+unichr(0x0b9)
41
42else:
43    Gktheta = chr(0x3b8)
44    Gklambda = chr(0x3bb)
45    GkDelta = chr(0x0394)
46    Pwr10 = chr(0x0b9)+chr(0x2070)
47    Pwr20 = chr(0x0b2)+chr(0x2070)
48    Pwrm1 = chr(0x207b)+chr(0x0b9)
49    Pwrm2 = chr(0x207b)+chr(0x0b2)
50    Pwrm6 = chr(0x207b)+chr(0x2076)
51    Pwrm4 = chr(0x207b)+chr(0x2074)
52    Angstr = chr(0x00c5)   
53    Gkmu = chr(0x3bc)
54    Pwr3 = chr(0x0b3)
55    Pwr4 = chr(0x2074)
56    Pwr20 = chr(0x0b2)+chr(0x0b0)
57    Pwrm1 = chr(0x207b)+chr(0x0b9)
58
59[wxID_CHOICE1, wxID_SPINTEXT1, wxID_SPINTEXT2, wxID_SPINTEXT3, wxID_SPINTEXT4,
60 wxID_RESULTS,wxID_SLIDER1, wxID_SPINBUTTON, wxID_NUMELEM, wxID_SPINTEXT5,wxID_SPINTEXT6,
61] = [wx.NewId() for _init_ctrls in range(11)]
62
63[wxID_EXIT, wxID_DELETE, wxID_NEW, 
64] = [wx.NewId() for _init_coll_ABSORB_Items in range(3)]
65   
66[wxID_KALPHAAGKA, wxID_KALPHACOKA, wxID_KALPHACRKA, 
67 wxID_KALPHACUKA, wxID_KALPHAFEKA, wxID_KALPHAMNKA, 
68 wxID_KALPHAMOKA, wxID_KALPHANIKA, wxID_KALPHAZNKA, 
69] = [wx.NewId() for _init_coll_KALPHA_Items in range(9)]
70
71[wxID_ABSORBABOUT] = [wx.NewId() for _init_coll_ABOUT_Items in range(1)]
72
73class Absorb(wx.Frame):
74    ''' '''
75    Elems = []
76    Wave = 1.5405      #CuKa default
77    Kev = 12.397639    #keV for 1A x-rays
78    for arg in sys.argv:
79        if '-w' in arg:
80            Wave = float(arg.split('-w')[1])
81        elif '-e' in arg:
82            E = float(arg.split('-e')[1])
83            Wave = Kev/E
84        elif '-h' in arg:
85            print ('''
86Absorb.py can take the following arguments:
87-h   -  this help listing
88-wv  -  set default wavelength to v, e.g. -w1.54 sets wavelength to 1.54A
89-ev  -  set default energy to v, e.g. -e27 sets energy to 27keV
90without arguments Absorb uses CuKa as default (Wave=1.54052A, E=8.0478keV)
91''')
92            sys.exit()
93    Wmin = 0.05        #wavelength range
94    Wmax = 3.0
95    Wres = 0.004094    #plot resolution step size as const delta-lam/lam - gives 1000 steps for Wmin to Wmax
96    Eres = 1.5e-4      #typical energy resolution for synchrotron x-ray sources
97    Energy = Kev/Wave
98    ifWave = True
99    Volume = 0
100    ifVol = False
101    Zcell = 1
102    Pack = 0.50
103    Radius = 0.4
104    def _init_coll_ABOUT_Items(self, parent):
105
106        parent.Append(wxID_ABSORBABOUT,'About')
107        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnABOUTItems0Menu, id=wxID_ABSORBABOUT)
108
109    def _init_coll_menuBar1_Menus(self, parent):
110
111        parent.Append(menu=self.ABSORB, title='Absorb')
112        parent.Append(menu=self.KALPHA, title='Kalpha')
113        parent.Append(menu=self.ABOUT, title='About')
114
115    def _init_coll_KALPHA_Items(self, parent):
116        "Set of characteristic radiation from sealed tube sources"
117        def OnCrkaMenu(event):
118            self.SetWaveEnergy(2.28962)
119   
120        def OnMnkaMenu(event):
121            self.SetWaveEnergy(2.10174)
122   
123        def OnFekaMenu(event):
124            self.SetWaveEnergy(1.93597)
125   
126        def OnCokaMenu(event):
127            self.SetWaveEnergy(1.78896)
128   
129        def OnNikaMenu(event):
130            self.SetWaveEnergy(1.65784)
131   
132        def OnCukaMenu(event):
133            self.SetWaveEnergy(1.54052)
134   
135        def OnZnkaMenu(event):
136            self.SetWaveEnergy(1.43510)
137   
138        def OnMokaMenu(event):
139            self.SetWaveEnergy(0.70926)
140   
141        def OnAgkaMenu(event):
142            self.SetWaveEnergy(0.55936)
143           
144        parent.Append(wxID_KALPHACRKA, 'CrKa')
145        parent.Append(wxID_KALPHAMNKA, 'MnKa')
146        parent.Append(wxID_KALPHAFEKA, 'FeKa')
147        parent.Append(wxID_KALPHACOKA, 'CoKa')
148        parent.Append(wxID_KALPHANIKA, 'NiKa')
149        parent.Append(wxID_KALPHACUKA, 'CuKa')
150        parent.Append(wxID_KALPHAZNKA, 'ZnKa')
151        parent.Append(wxID_KALPHAMOKA, 'MoKa')
152        parent.Append(wxID_KALPHAAGKA, 'AgKa')
153        self.Bind(wx.EVT_MENU, OnCrkaMenu, id=wxID_KALPHACRKA)
154        self.Bind(wx.EVT_MENU, OnMnkaMenu, id=wxID_KALPHAMNKA)
155        self.Bind(wx.EVT_MENU, OnFekaMenu, id=wxID_KALPHAFEKA)
156        self.Bind(wx.EVT_MENU, OnCokaMenu, id=wxID_KALPHACOKA)
157        self.Bind(wx.EVT_MENU, OnNikaMenu, id=wxID_KALPHANIKA)
158        self.Bind(wx.EVT_MENU, OnCukaMenu, id=wxID_KALPHACUKA)
159        self.Bind(wx.EVT_MENU, OnZnkaMenu, id=wxID_KALPHAZNKA)
160        self.Bind(wx.EVT_MENU, OnMokaMenu, id=wxID_KALPHAMOKA)
161        self.Bind(wx.EVT_MENU, OnAgkaMenu, id=wxID_KALPHAAGKA)
162
163    def _init_coll_ABSORB_Items(self, parent):
164        parent.Append(wxID_NEW,'&New Element','Add new element')
165        self.Delete = parent.Append(wxID_DELETE,'&Delete Element','Delete an element')
166        self.Delete.Enable(False)
167        parent.Append(wxID_EXIT,'&Exit','Exit Fprime')
168        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnExitMenu, id=wxID_EXIT)
169        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnNewMenu, id=wxID_NEW)
170        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnDeleteMenu, id=wxID_DELETE)
171       
172    def _init_utils(self):
173        self.ABSORB = wx.Menu(title='')
174
175        self.KALPHA = wx.Menu(title='')
176        self.KALPHA.SetEvtHandlerEnabled(True)
177
178        self.ABOUT = wx.Menu(title='')
179
180        self.menuBar1 = wx.MenuBar()
181
182        self._init_coll_ABSORB_Items(self.ABSORB)
183        self._init_coll_KALPHA_Items(self.KALPHA)
184        self._init_coll_ABOUT_Items(self.ABOUT)
185        self._init_coll_menuBar1_Menus(self.menuBar1)
186
187    def _init_ctrls(self, parent):
188        wx.Frame.__init__(self, parent=parent,
189              size=wx.Size(500, 400),style=wx.DEFAULT_FRAME_STYLE ^ wx.CLOSE_BOX, title='Absorb')             
190        self._init_utils()
191        self.SetMenuBar(self.menuBar1)
192        self.DrawPanel()
193       
194    def SetSize(self):
195        w,h = self.GetClientSize()
196        self.panel.SetSize(wx.Size(w,h))
197
198    def DrawPanel(self):
199        self.panel = wx.Panel(self)
200
201        mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
202        self.Results = wx.TextCtrl( parent=self.panel,
203            style=wx.TE_MULTILINE|wx.TE_DONTWRAP )
204        self.Results.SetEditable(False)
205        mainSizer.Add(self.Results,1,wx.ALIGN_CENTER_HORIZONTAL|wx.EXPAND)
206        mainSizer.Add((10,15),0)
207       
208        if self.Elems:
209            lablSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
210            lablSizer.Add((5,10),0)
211            lablSizer.Add(wx.StaticText(parent=self.panel,label='Chemical Formula:'),0,
212                wx.ALIGN_CENTER_VERTICAL|wx.ALIGN_LEFT)
213            mainSizer.Add(lablSizer,0)
214            mainSizer.Add((5,5),0)
215            nRow = len(self.Elems)/5
216            compSizer = wx.FlexGridSizer(nRow+1,10,0,0)
217            for Elem in self.Elems:
218                compSizer.Add(wx.StaticText(parent=self.panel,label="  "+Elem[0].capitalize(),
219                    size=wx.Size(30,20)),0,wx.ALIGN_CENTER_VERTICAL|wx.ALIGN_RIGHT)
220                numElem = wx.TextCtrl(id=wxID_NUMELEM,parent=self.panel,name=Elem[0],
221                    size=wx.Size(70,20),value="%.2f" % (Elem[2]),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
222                compSizer.Add(numElem,0)
223                numElem.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER, self.OnNumElem, id=wxID_NUMELEM)
224            mainSizer.Add(compSizer,0)
225            mainSizer.Add((10,15),0)           
226
227        selSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
228        selSizer.Add((5,10),0)
229        selSizer.Add(wx.StaticText(parent=self.panel, label='Wavelength:'),0,
230            wx.ALIGN_CENTER_VERTICAL|wx.EXPAND)
231        selSizer.Add((5,10),0)
232        self.SpinText1 = wx.TextCtrl(id=wxID_SPINTEXT1, parent=self.panel, 
233            size=wx.Size(100,20), value = "%.4f" % (self.Wave),style=wx.TE_PROCESS_ENTER )
234        selSizer.Add(self.SpinText1,0)
235        selSizer.Add((5,10),0)
236        self.SpinText1.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER, self.OnSpinText1, id=wxID_SPINTEXT1)
237       
238        selSizer.Add(wx.StaticText(parent=self.panel, label='Energy:'),0,
239            wx.ALIGN_CENTER_VERTICAL|wx.EXPAND)
240        selSizer.Add((5,10),0)
241        self.SpinText2 = wx.TextCtrl(id=wxID_SPINTEXT2, parent=self.panel, 
242            size=wx.Size(100,20), value = "%.4f" % (self.Energy),style=wx.TE_PROCESS_ENTER) 
243        selSizer.Add(self.SpinText2,0)
244        selSizer.Add((5,10),0)
245        self.SpinText2.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER, self.OnSpinText2, id=wxID_SPINTEXT2)
246       
247        selSizer.Add(wx.StaticText(parent=self.panel, label='Plot scale:'),
248            0,wx.ALIGN_CENTER_VERTICAL|wx.EXPAND)
249        selSizer.Add((5,10),0)
250        self.choice1 = wx.ComboBox(id=wxID_CHOICE1, parent=self.panel, value='Wavelength',
251             choices=['Wavelength','Energy'],style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
252        selSizer.Add(self.choice1,0)
253        selSizer.Add((10,10),0)
254        self.choice1.Bind(wx.EVT_COMBOBOX, self.OnChoice1, id=wxID_CHOICE1)
255        mainSizer.Add(selSizer,0)
256        mainSizer.Add((10,10),0)
257       
258        slideSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
259        self.SpinButton = wx.SpinButton(id=wxID_SPINBUTTON, parent=self.panel, 
260              size=wx.Size(25,24), style=wx.SP_VERTICAL | wx.SP_ARROW_KEYS)
261        slideSizer.Add(self.SpinButton,0,wx.ALIGN_RIGHT)
262        self.SpinButton.SetRange(int(10000.*self.Wmin),int(10000.*self.Wmax))
263        self.SpinButton.SetValue(int(10000.*self.Wave))
264        self.SpinButton.Bind(wx.EVT_SPIN, self.OnSpinButton, id=wxID_SPINBUTTON)
265
266        self.slider1 = wx.Slider(id=wxID_SLIDER1, maxValue=int(1000.*self.Wmax),
267            minValue=int(1000.*self.Wmin), parent=self.panel,style=wx.SL_HORIZONTAL,
268            value=int(self.Wave*1000.), )
269        slideSizer.Add(self.slider1,1,wx.EXPAND|wx.ALIGN_RIGHT)
270        self.slider1.Bind(wx.EVT_SLIDER, self.OnSlider1, id=wxID_SLIDER1)
271        mainSizer.Add(slideSizer,0,wx.EXPAND)
272        mainSizer.Add((10,10),0)
273       
274        cellSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
275        cellSizer.Add((5,10),0)
276        cellSizer.Add(wx.StaticText(parent=self.panel, label='Volume:'),0,
277            wx.ALIGN_CENTER_VERTICAL|wx.EXPAND)
278        cellSizer.Add((5,10),0)
279        self.SpinText3 = wx.TextCtrl(id=wxID_SPINTEXT3, parent=self.panel, 
280              size=wx.Size(100,20), value = "%.2f" % (self.Volume),style=wx.TE_PROCESS_ENTER )
281        cellSizer.Add(self.SpinText3,0)
282        cellSizer.Add((5,10),0)
283        self.SpinText3.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER, self.OnSpinText3, id=wxID_SPINTEXT3)
284       
285        cellSizer.Add((5,10),0)
286        cellSizer.Add(wx.StaticText(parent=self.panel, label='Z(vol):'),0,
287            wx.ALIGN_CENTER_VERTICAL|wx.EXPAND)
288        cellSizer.Add((5,10),0)
289        self.SpinText4 = wx.TextCtrl(id=wxID_SPINTEXT4, parent=self.panel, 
290              size=wx.Size(50,20), value = "%d" % (self.Zcell),style=wx.TE_PROCESS_ENTER )
291        cellSizer.Add(self.SpinText4,0)
292        cellSizer.Add((5,10),0)
293        self.SpinText4.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER, self.OnSpinText4, id=wxID_SPINTEXT4)
294       
295        cellSizer.Add((5,10),0)
296        cellSizer.Add(wx.StaticText(parent=self.panel, label='Sample R:'),0,
297            wx.ALIGN_CENTER_VERTICAL|wx.EXPAND)
298        cellSizer.Add((5,10),0)
299        self.SpinText5 = wx.TextCtrl(id=wxID_SPINTEXT5, parent=self.panel, 
300              size=wx.Size(50,20), value = "%.2f" % (self.Radius),style=wx.TE_PROCESS_ENTER )
301        cellSizer.Add(self.SpinText5,0)
302        cellSizer.Add((5,10),0)
303        self.SpinText5.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER, self.OnSpinText5, id=wxID_SPINTEXT5)
304
305        cellSizer.Add((5,10),0)
306        cellSizer.Add(wx.StaticText(parent=self.panel, label='packing:'),0,
307            wx.ALIGN_CENTER_VERTICAL|wx.EXPAND)
308        cellSizer.Add((5,10),0)
309        self.SpinText6 = wx.TextCtrl(id=wxID_SPINTEXT6, parent=self.panel, 
310              size=wx.Size(50,20), value = "%.2f" % (self.Pack),style=wx.TE_PROCESS_ENTER )
311        cellSizer.Add(self.SpinText6,0)
312        cellSizer.Add((5,10),0)
313        self.SpinText6.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER, self.OnSpinText6, id=wxID_SPINTEXT6)
314
315        mainSizer.Add(cellSizer,0)
316        mainSizer.Add((10,10),0)
317        self.panel.SetSizer(mainSizer)
318        self.panel.Fit()
319        self.panel.GetParent().SetSize()
320
321    def __init__(self, parent):
322        self._init_ctrls(parent)
323        mpl.rcParams['axes.grid'] = True
324        mpl.rcParams['legend.fontsize'] = 10
325        self.Lines = []
326        self.linePicked = None
327
328    def OnExitMenu(self, event):
329        pylab.close('all')
330        self.Close()
331        self.Destroy()
332
333    def OnNewMenu(self, event):
334        ElList = []
335        for Elem in self.Elems: ElList.append(Elem[0])
336        PE = G2elemGUI.PickElements(self,ElList)
337        if PE.ShowModal() == wx.ID_OK:
338            Elem = PE.Elem
339        PE.Destroy()
340        if Elem:
341            for El in Elem:
342                ElemSym = El.strip().upper()
343                if ElemSym not in ElList:
344                    atomData = G2elem.GetAtomInfo(ElemSym.capitalize())
345                    FormFactors = G2elem.GetFormFactorCoeff(ElemSym)
346                    for FormFac in FormFactors:
347                        FormSym = FormFac['Symbol'].strip()
348                        if FormSym == ElemSym:
349                            Z = FormFac['Z']                #At. No.
350                            N = 1.                          #no atoms / formula unit
351                            Orbs = G2elem.GetXsectionCoeff(ElemSym)
352                            Elem = [ElemSym,Z,N,FormFac,Orbs,atomData]
353                    self.Elems.append(Elem)
354            self.Delete.Enable(True)
355            self.panel.Destroy()
356            self.DrawPanel()
357            self.SetWaveEnergy(self.Wave)
358           
359    def OnDeleteMenu(self, event):
360        if len(self.Elems):
361            ElList = []
362            for Elem in self.Elems: ElList.append(Elem[0])
363            S = []
364            DE = G2elemGUI.DeleteElement(self,ElList)
365            if DE.ShowModal() == wx.ID_OK:
366                El = DE.GetDeleteElement().strip().upper()
367                for Elem in self.Elems:
368                    if Elem[0] != El:
369                        S.append(Elem)
370                self.Elems = S
371                self.CalcFPPS()
372                if not self.Elems:
373                    self.Delete.Enable(False)
374                self.panel.Destroy()
375                self.DrawPanel()
376                self.SetWaveEnergy(self.Wave)
377       
378    def OnNumElem(self, event):
379        for Elem in self.Elems:
380            if event.GetEventObject().GetName() == Elem[0]:
381                Elem[2] = float(event.GetEventObject().GetValue())
382                event.GetEventObject().SetValue("%8.2f" % (Elem[2]))
383                self.SetWaveEnergy(self.Wave)               
384       
385    def OnSpinText1(self, event):
386        self.SetWaveEnergy(float(self.SpinText1.GetValue()))
387       
388    def OnSpinText2(self, event):
389        self.SetWaveEnergy(self.Kev/(float(self.SpinText2.GetValue())))
390       
391    def OnSpinText3(self,event):
392        self.Volume = max(10.,float(self.SpinText3.GetValue()))
393        self.ifVol = True
394        self.SetWaveEnergy(self.Wave)
395       
396    def OnSpinText4(self,event):
397        self.Zcell = max(1,float(self.SpinText4.GetValue()))
398        self.SetWaveEnergy(self.Wave)
399       
400    def OnSpinText5(self, event):
401        self.Radius = max(0.01,float(self.SpinText5.GetValue()))
402        self.SetWaveEnergy(self.Wave)
403       
404    def OnSpinText6(self, event):
405        self.Pack = min(1.0,max(0.01,float(self.SpinText6.GetValue())))
406        self.SetWaveEnergy(self.Wave)
407       
408    def OnSpinButton(self, event):
409        if self.ifWave:
410            Wave = float(self.SpinButton.GetValue())/10000.
411        else:
412            Wave = self.Kev/(float(self.SpinButton.GetValue())/10000.)
413        self.SetWaveEnergy(Wave)
414
415    def OnSlider1(self, event):
416        if self.ifWave:
417            Wave = float(self.slider1.GetValue())/1000.
418        else:
419            Wave = self.Kev/(float(self.slider1.GetValue())/1000.)
420        self.SetWaveEnergy(Wave)
421       
422    def SetWaveEnergy(self,Wave):
423        self.Wave = Wave
424        self.Energy = self.Kev/self.Wave
425        self.Energy = round(self.Energy,4)
426        E = self.Energy
427        DE = E*self.Eres                         #smear by defined source resolution
428        self.SpinText1.SetValue("%.4f" % (self.Wave))
429        self.SpinText2.SetValue("%.4f" % (self.Energy))
430        self.SpinText1.Update()
431        self.SpinText2.Update()
432        if self.ifWave:
433            self.slider1.SetValue(int(1000.*self.Wave))
434            self.SpinButton.SetValue(int(10000.*self.Wave))
435        else:
436            self.slider1.SetValue(int(1000.*self.Energy))
437            self.SpinButton.SetValue(int(10000.*self.Energy))
438        Text = ''
439        if not self.ifVol:
440            self.Volume = 0
441            for Elem in self.Elems:
442                self.Volume += 10.*Elem[2]
443        muT = 0
444        Mass = 0
445        Fo = 0
446        Fop = 0
447        for Elem in self.Elems:
448            Mass += self.Zcell*Elem[2]*Elem[5]['Mass']
449            r1 = G2elem.FPcalc(Elem[4],E+DE)
450            r2 = G2elem.FPcalc(Elem[4],E-DE)
451            Els = Elem[0]
452            Els = Els.ljust(2).lower().capitalize()
453            mu = 0
454            Fo += Elem[2]*Elem[1]
455            if Elem[1] > 78 and self.Energy+DE > self.Kev/0.16:
456                mu = self.Zcell*Elem[2]*(r1[2]+r2[2])/2.0
457                Text += "%s\t%s%8.2f  %s%6s  %s%6.3f  %s%10.2f %s\n" %    (
458                    'Element= '+str(Els),"N = ",Elem[2]," f'=",'not valid',
459                    ' f"=',(r1[1]+r2[1])/2.0,' '+Gkmu+'=',mu,'barns')
460            elif Elem[1] > 94 and self.Energy-DE < self.Kev/2.67:
461                mu = 0
462                Text += "%s\t%s%8.2f  %s%6s  %s%6s  %s%10s%s\n" %    (
463                    'Element= '+str(Els),"N = ",Elem[2]," f'=",'not valid',
464                    ' f"=','not valid',' '+Gkmu+'=','not valid')
465            else:
466                mu = self.Zcell*Elem[2]*(r1[2]+r2[2])/2.0
467                Fop += Elem[2]*(Elem[1]+(r1[0]+r2[0])/2.0)
468                Text += "%s\t%s%8.2f  %s%6.3f  %s%6.3f  %s%10.2f %s\n" %    (
469                    'Element= '+str(Els),"N = ",Elem[2]," f'=",(r1[0]+r2[0])/2.0,
470                    ' f"=',(r1[1]+r2[1])/2.0,' '+Gkmu+'=',mu,'barns')
471            muT += mu
472       
473        if self.Volume:
474            Text += "%s %s%10.2f %s" % ("Total",' '+Gkmu+'=',self.Pack*muT/self.Volume,'cm'+Pwrm1+', ')
475            Text += "%s%10.2f%s" % ('Total '+Gkmu+'R=',self.Radius*self.Pack*muT/(10.0*self.Volume),', ')
476            Text += "%s%10.4f%s\n" % ('Transmission exp(-2'+Gkmu+'R)=', \
477                100.0*math.exp(-2*self.Radius*self.Pack*muT/(10.0*self.Volume)),'%')
478            self.Results.SetValue(Text)
479            den = Mass/(0.602*self.Volume)               
480            if self.ifVol:
481                Text += '%s' % ('Theor. density=')
482            else: 
483                Text += '%s' % ('Est. density=')
484            Text += '%6.3f %s%.3f %s\n' % (den,'g/cm'+Pwr3+', Powder density=',self.Pack*den,'g/cm'+Pwr3)
485            Text += '%s%10.2f%s\n'%('X-ray small angle scattering contrast',(28.179*Fo/self.Volume)**2,'*10'+Pwr20+'/cm'+Pwr4)
486            if Fop:
487                Text += '%s%10.2f%s\n'%('Anomalous X-ray small angle scattering contrast',(28.179*Fop/self.Volume)**2,'*10'+Pwr20+'/cm'+Pwr4)
488            self.Results.SetValue(Text)
489        self.Results.Update()
490        self.SpinText3.SetValue("%.2f" % (self.Volume))
491        self.SpinText3.Update()
492        self.SpinText4.SetValue("%d" % (self.Zcell))
493        self.SpinText4.Update()
494        self.SpinText5.SetValue("%.2f" % (self.Radius))
495        self.SpinText5.Update()
496        self.SpinText6.SetValue("%.2f" % (self.Pack))
497        self.SpinText6.Update()
498        self.CalcFPPS()
499        self.UpDateAbsPlot(Wave,rePlot=True)
500
501    def CalcFPPS(self):
502        """generate f" curves for selected elements
503           does constant delta-lambda/lambda steps over defined range
504        """
505        FPPS = []
506        if self.Elems:
507            wx.BeginBusyCursor()
508            Corr = self.Zcell*self.Radius*self.Pack/(10.0*self.Volume)
509            try:
510                muT = []
511                for iE,Elem in enumerate(self.Elems):
512                    Els = Elem[0]
513                    Els = Els = Els.ljust(2).lower().capitalize()
514                    Wmin = self.Wmin
515                    Wmax = self.Wmax
516                    lWmin = math.log(Wmin)
517                    N = int(round(math.log(Wmax/Wmin)/self.Wres))    #number of constant delta-lam/lam steps
518                    I = range(N+1)
519                    Ws = []
520                    for i in I: Ws.append(math.exp(i*self.Wres+lWmin))
521                    mus = []
522                    Es = []
523                    for j,W in enumerate(Ws):
524                        E = self.Kev/W
525                        DE = E*self.Eres                         #smear by defined source resolution
526                        res1 = G2elem.FPcalc(Elem[4],E+DE)
527                        res2 = G2elem.FPcalc(Elem[4],E-DE)
528                        muR = Corr*Elem[2]*(res1[2]+res2[2])/2.0
529                        mus.append(muR)
530                        if iE:
531                            muT[j] += muR
532                        else:
533                            muT.append(muR)
534                        Es.append(E)
535                    if self.ifWave:
536                        Fpps = (Els,Ws,mus)
537                    else:
538                        Fpps = (Els,Es,mus)
539                    FPPS.append(Fpps)
540                if self.ifWave:
541                    Fpps = ('Total',Ws,muT)
542                else:
543                    Fpps = ('Total',Es,muT)
544                FPPS.append(Fpps)
545            finally:
546                wx.EndBusyCursor()
547        self.FPPS = FPPS
548
549    def OnChoice1(self, event):
550        if event.GetString() == "Wavelength":
551            self.ifWave = True
552            self.NewFPPlot = True
553            self.Wave = round(self.Wave,4)
554            self.slider1.SetRange(int(1000.*self.Wmin),int(1000.*self.Wmax))
555            self.slider1.SetValue(int(1000.*self.Wave))
556            self.SpinButton.SetRange(int(10000.*self.Wmin),int(10000.*self.Wmax))
557            self.SpinButton.SetValue(int(10000.*self.Wave))
558            self.SpinText1.SetValue("%6.4f" % (self.Wave))
559            self.SpinText2.SetValue("%7.4f" % (self.Energy))
560        else:
561            self.ifWave = False
562            self.NewFPPlot = True
563            Emin = self.Kev/self.Wmax
564            Emax = self.Kev/self.Wmin
565            self.Energy = round(self.Energy,4)
566            self.slider1.SetRange(int(1000.*Emin),int(1000.*Emax))
567            self.slider1.SetValue(int(1000.*self.Energy))
568            self.SpinButton.SetRange(int(10000.*Emin),int(10000.*Emax))
569            self.SpinButton.SetValue(int(10000.*self.Energy))
570            self.SpinText1.SetValue("%6.4f" % (self.Wave))
571            self.SpinText2.SetValue("%7.4f" % (self.Energy))
572        self.CalcFPPS()
573        self.UpDateAbsPlot(self.Wave,rePlot=False)
574       
575    def UpDateAbsPlot(self,Wave,rePlot=True):
576        """Plot mu vs wavelength 0.05-3.0A"""
577        xylim = []
578        try:
579            self.fplot.canvas.set_window_title('X-Ray Absorption')
580            if rePlot:
581                asb = self.fplot.get_children()[1]
582                xylim = asb.get_xlim(),asb.get_ylim()
583            newPlot = False
584        except:
585            self.fplot = pylab.figure(facecolor='white',figsize=(8,6))  #BTW: default figsize is (8,6)
586            self.fplot.canvas.set_window_title('X-Ray Absorption')
587            self.fplot.canvas.mpl_connect('pick_event', self.OnPick)
588            self.fplot.canvas.mpl_connect('button_release_event', self.OnRelease)
589            self.fplot.canvas.mpl_connect('motion_notify_event', self.OnMotion)
590            newPlot = True
591        ax = self.fplot.add_subplot(111)
592        ax.clear()
593        ax.set_title('X-Ray Absorption',x=0,ha='left')
594        ax.set_ylabel(r"$\mu R$",fontsize=14)
595        Ymin = 0.0
596        Ymax = 0.0
597        if self.FPPS: 
598            for Fpps in self.FPPS:
599                Ymin = min(Ymin,min(Fpps[2]))
600                Ymax = max(Ymax,max(Fpps[2]))
601                fppsP1 = np.array(Fpps[1])
602                fppsP2 = np.array(Fpps[2])
603                ax.plot(fppsP1,fppsP2,label=r'$\mu R$ '+Fpps[0])
604        if self.ifWave: 
605            ax.set_xlabel(r'$\mathsf{\lambda, \AA}$',fontsize=14)
606            ax.axvline(x=Wave,picker=3,color='black')
607        else:
608            ax.set_xlabel(r'$\mathsf{E, keV}$',fontsize=14)
609            ax.set_xscale('log')
610            ax.axvline(x=self.Kev/Wave,picker=3,color='black')
611        ax.axhline(y=1.0,color='b')
612        ax.axhline(y=5.0,color='r')
613        ax.set_ylim(Ymin,Ymax)
614        if self.FPPS:
615            ax.legend(loc='best')
616        if newPlot:
617            newPlot = False
618            pylab.show()
619        else:
620            if rePlot:
621                tb = self.fplot.canvas.toolbar
622                tb.push_current()
623                ax.set_xlim(xylim[0])
624                ax.set_ylim(xylim[1])
625                xylim = []
626                tb.push_current()
627            pylab.draw()
628       
629    def OnPick(self, event):
630        self.linePicked = event.artist
631       
632    def OnMotion(self,event):
633        if self.linePicked:
634            xpos = event.xdata
635            if xpos>0.1:
636                if self.ifWave:
637                    Wave = xpos
638                else:
639                    Wave = self.Kev/xpos               
640                self.SetWaveEnergy(Wave)
641               
642    def OnRelease(self, event):
643        if self.linePicked is None: return
644        self.linePicked = None
645        xpos = event.xdata
646        if xpos:
647            if self.ifWave:
648                Wave = xpos
649            else:
650                Wave = self.Kev/xpos               
651            self.SetWaveEnergy(Wave)
652           
653    def OnABOUTItems0Menu(self, event):
654        ''' '''
655        try:
656            import wx.adv as wxadv  # AboutBox moved here in Phoenix
657        except:
658            wxadv = wx
659        info = wxadv.AboutDialogInfo()
660        info.Name = 'Absorb'
661        info.Copyright = '''
662Robert B. Von Dreele, 2009(C)
663Argonne National Laboratory
664This product includes software developed
665by the UChicago Argonne, LLC, as
666Operator of Argonne National Laboratory.        '''
667        info.Description = '''
668For calculating X-ray absorption factors to 250keV for cylindrical     
669powder samples; based on Fortran program Fprime of Cromer & Liberman
670corrected for Kissel & Pratt energy term; Jensen term not included
671        '''
672        wxadv.AboutBox(info)
673
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.