source: branch/2frame/GSASIIconstrGUI.py @ 2905

Last change on this file since 2905 was 2905, checked in by toby, 4 years ago

use GPXtree in place of PatternTree?

  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Date Author Revision URL Id
File size: 91.2 KB
Line 
1# -*- coding: utf-8 -*-
2#GSASIIconstrGUI - constraint GUI routines
3########### SVN repository information ###################
4# $Date: 2017-07-04 17:11:29 +0000 (Tue, 04 Jul 2017) $
5# $Author: toby $
6# $Revision: 2905 $
7# $URL: branch/2frame/GSASIIconstrGUI.py $
8# $Id: GSASIIconstrGUI.py 2905 2017-07-04 17:11:29Z toby $
9########### SVN repository information ###################
10'''
11*GSASIIconstrGUI: Constraint GUI routines*
12------------------------------------------
13
14Used to define constraints and rigid bodies.
15
16'''
17import sys
18import wx
19import wx.grid as wg
20import random as ran
21import numpy as np
22import numpy.ma as ma
23import numpy.linalg as nl
24import os.path
25import GSASIIpath
26GSASIIpath.SetVersionNumber("$Revision: 2905 $")
27import GSASIIElem as G2elem
28import GSASIIElemGUI as G2elemGUI
29import GSASIIstrIO as G2stIO
30import GSASIImapvars as G2mv
31import GSASIImath as G2mth
32import GSASIIlattice as G2lat
33import GSASIIdataGUI as G2gd
34import GSASIIctrlGUI as G2G
35import GSASIIplot as G2plt
36import GSASIIobj as G2obj
37import GSASIIspc as G2spc
38VERY_LIGHT_GREY = wx.Colour(235,235,235)
39
40class MultiIntegerDialog(wx.Dialog):
41    '''Input a series of integers based on prompts
42    '''
43    def __init__(self,parent,title,prompts,values):
44        wx.Dialog.__init__(self,parent,-1,title, 
45            pos=wx.DefaultPosition,style=wx.DEFAULT_DIALOG_STYLE)
46        self.panel = wx.Panel(self)         #just a dummy - gets destroyed in Draw!
47        self.values = values
48        self.prompts = prompts
49        self.Draw()
50       
51    def Draw(self):
52       
53        def OnValItem(event):
54            event.Skip()
55            Obj = event.GetEventObject()
56            ind = Indx[Obj.GetId()]
57            try:
58                val = int(Obj.GetValue())
59                if val <= 0:
60                    raise ValueError
61            except ValueError:
62                val = self.values[ind]
63            self.values[ind] = val
64            Obj.SetValue('%d'%(val))
65           
66        self.panel.Destroy()
67        self.panel = wx.Panel(self)
68        mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
69        Indx = {}
70        for ival,[prompt,value] in enumerate(zip(self.prompts,self.values)):
71            mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,-1,prompt),0,wx.ALIGN_CENTER)
72            valItem = wx.TextCtrl(self.panel,-1,value='%d'%(value),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
73            mainSizer.Add(valItem,0,wx.ALIGN_CENTER)
74            Indx[valItem.GetId()] = ival
75            valItem.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnValItem)
76            valItem.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnValItem)
77        OkBtn = wx.Button(self.panel,-1,"Ok")
78        OkBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnOk)
79        CancelBtn = wx.Button(self.panel,-1,'Cancel')
80        CancelBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnCancel)
81        btnSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
82        btnSizer.Add((20,20),1)
83        btnSizer.Add(OkBtn)
84        btnSizer.Add(CancelBtn)
85        btnSizer.Add((20,20),1)
86        mainSizer.Add(btnSizer,0,wx.EXPAND|wx.BOTTOM|wx.TOP, 10)
87        self.panel.SetSizer(mainSizer)
88        self.panel.Fit()
89        self.Fit()
90
91    def GetValues(self):
92        return self.values
93       
94    def OnOk(self,event):
95        parent = self.GetParent()
96        parent.Raise()
97        self.EndModal(wx.ID_OK)             
98       
99    def OnCancel(self,event):
100        parent = self.GetParent()
101        parent.Raise()
102        self.EndModal(wx.ID_CANCEL)
103
104class ConstraintDialog(wx.Dialog):
105    '''Window to edit Constraint values
106    '''
107    def __init__(self,parent,title,text,data,separator='*',varname="",varyflag=False):
108        wx.Dialog.__init__(self,parent,-1,'Edit '+title, 
109            pos=wx.DefaultPosition,style=wx.DEFAULT_DIALOG_STYLE)
110        self.data = data[:]
111        self.newvar = [varname,varyflag]
112        panel = wx.Panel(self)
113        mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
114        topLabl = wx.StaticText(panel,-1,text)
115        mainSizer.Add((10,10),1)
116        mainSizer.Add(topLabl,0,wx.ALIGN_CENTER_VERTICAL|wx.LEFT,10)
117        mainSizer.Add((10,10),1)
118        dataGridSizer = wx.FlexGridSizer(cols=3,hgap=2,vgap=2)
119        self.OkBtn = wx.Button(panel,wx.ID_OK)
120        for id in range(len(self.data)):
121            lbl1 = lbl = str(self.data[id][1])
122            if lbl[-1] != '=': lbl1 = lbl + ' ' + separator + ' '
123            name = wx.StaticText(panel,wx.ID_ANY,lbl1,
124                                 style=wx.ALIGN_RIGHT)
125            scale = G2G.ValidatedTxtCtrl(panel,self.data[id],0,
126                                          typeHint=float,
127                                          OKcontrol=self.DisableOK)
128            dataGridSizer.Add(name,0,wx.LEFT|wx.RIGHT|wx.ALIGN_CENTER_VERTICAL,5)
129            dataGridSizer.Add(scale,0,wx.RIGHT,3)
130            if ':' in lbl:
131                dataGridSizer.Add(
132                    wx.StaticText(panel,-1,G2obj.fmtVarDescr(lbl)),
133                    0,wx.RIGHT|wx.ALIGN_CENTER_VERTICAL,3)
134            else:
135                dataGridSizer.Add((-1,-1))
136        if title == 'New Variable':
137            name = wx.StaticText(panel,wx.ID_ANY,"New variable's\nname (optional)",
138                                 style=wx.ALIGN_CENTER)
139            scale = G2G.ValidatedTxtCtrl(panel,self.newvar,0,
140                                          typeHint=str,notBlank=False)
141            dataGridSizer.Add(name,0,wx.LEFT|wx.RIGHT|wx.ALIGN_CENTER_VERTICAL,5)
142            dataGridSizer.Add(scale,0,wx.RIGHT|wx.ALIGN_CENTER_VERTICAL,3)
143            self.refine = wx.CheckBox(panel,label='Refine?')
144            self.refine.SetValue(self.newvar[1]==True)
145            self.refine.Bind(wx.EVT_CHECKBOX, self.OnCheckBox)
146            dataGridSizer.Add(self.refine,0,wx.RIGHT|wx.ALIGN_CENTER_VERTICAL,3)
147           
148        mainSizer.Add(dataGridSizer,0,wx.EXPAND)
149        self.OkBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnOk)
150        self.OkBtn.SetDefault()
151        cancelBtn = wx.Button(panel,wx.ID_CANCEL)
152        cancelBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnCancel)
153        btnSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
154        btnSizer.Add((20,20),1)
155        btnSizer.Add(self.OkBtn)
156        btnSizer.Add((20,20),1)
157        btnSizer.Add(cancelBtn)
158        btnSizer.Add((20,20),1)
159
160        mainSizer.Add(btnSizer,0,wx.EXPAND|wx.BOTTOM|wx.TOP, 10)
161        panel.SetSizer(mainSizer)
162        panel.Fit()
163        self.Fit()
164        self.CenterOnParent()
165       
166    def DisableOK(self,setting):
167        if setting:
168            self.OkBtn.Enable()
169        else:
170            self.OkBtn.Disable()
171
172    def OnCheckBox(self,event):
173        self.newvar[1] = self.refine.GetValue()
174
175    def OnOk(self,event):
176        parent = self.GetParent()
177        parent.Raise()
178        self.EndModal(wx.ID_OK)             
179
180    def OnCancel(self,event):
181        parent = self.GetParent()
182        parent.Raise()
183        self.EndModal(wx.ID_CANCEL)             
184
185    def GetData(self):
186        return self.data
187       
188################################################################################
189#####  Constraints
190################################################################################           
191       
192def UpdateConstraints(G2frame,data):
193    '''Called when Constraints tree item is selected.
194    Displays the constraints in the data window
195    '''
196    if not data:
197        data.update({'Hist':[],'HAP':[],'Phase':[],'Global':[]})       #empty dict - fill it
198    if 'Global' not in data:                                            #patch
199        data['Global'] = []
200    # DEBUG code ########################################
201    #import GSASIIconstrGUI
202    #reload(GSASIIconstrGUI)
203    #reload(G2obj)
204    #reload(G2stIO)
205    #import GSASIIstrMain
206    #reload(GSASIIstrMain)   
207    #reload(G2mv)
208    #reload(G2gd)
209    ###################################################
210    Histograms,Phases = G2frame.GetUsedHistogramsAndPhasesfromTree()
211    G2obj.IndexAllIds(Histograms,Phases)
212    ##################################################################################
213    # patch: convert old-style (str) variables in constraints to G2VarObj objects
214    for key,value in data.items():
215        if key.startswith('_'): continue
216        j = 0
217        for cons in value:
218            #print cons             # DEBUG
219            for i in range(len(cons[:-3])):
220                if type(cons[i][1]) is str:
221                    cons[i][1] = G2obj.G2VarObj(cons[i][1])
222                    j += 1
223        if j:
224            print str(key) + ': '+str(j)+' variable(s) as strings converted to objects'
225    ##################################################################################
226    rigidbodyDict = G2frame.GPXtree.GetItemPyData(
227        G2gd.GetGPXtreeItemId(G2frame,G2frame.root,'Rigid bodies'))
228    rbIds = rigidbodyDict.get('RBIds',{'Vector':[],'Residue':[]})
229    rbVary,rbDict = G2stIO.GetRigidBodyModels(rigidbodyDict,Print=False)
230    badPhaseParms = ['Ax','Ay','Az','Amul','AI/A','Atype','SHorder','mV0','mV1','mV2','waveType','Vol','isMag',]
231    globalList = rbDict.keys()
232    globalList.sort()
233    try:
234        AtomDict = dict([Phases[phase]['pId'],Phases[phase]['Atoms']] for phase in Phases)
235    except KeyError:
236        G2frame.ErrorDialog('Constraint Error','You must run least squares at least once before setting constraints\n'+ \
237            'We suggest you refine scale factor first')
238        return
239
240    # create a list of the phase variables
241    Natoms,atomIndx,phaseVary,phaseDict,pawleyLookup,FFtable,BLtable,MFtable,maxSSwave = G2stIO.GetPhaseData(Phases,rbIds=rbIds,Print=False)
242    phaseList = []
243    for item in phaseDict:
244        if item.split(':')[2] not in badPhaseParms:
245            phaseList.append(item)
246    phaseList.sort()
247    phaseAtNames = {}
248    phaseAtTypes = {}
249    TypeList = []
250    for item in phaseList:
251        Split = item.split(':')
252        if Split[2][:2] in ['AU','Af','dA','AM']:
253            Id = int(Split[0])
254            phaseAtNames[item] = AtomDict[Id][int(Split[3])][0]
255            phaseAtTypes[item] = AtomDict[Id][int(Split[3])][1]
256            if phaseAtTypes[item] not in TypeList:
257                TypeList.append(phaseAtTypes[item])
258        else:
259            phaseAtNames[item] = ''
260            phaseAtTypes[item] = ''
261             
262    # create a list of the hist*phase variables; include wildcards here
263    hapVary,hapDict,controlDict = G2stIO.GetHistogramPhaseData(Phases,Histograms,Print=False)
264    hapList = [i for i in hapDict.keys() if i.split(':')[2] not in ('Type',)]
265    hapList.sort()
266    wildList = [] # list of variables with "*" for histogram number
267    for i in hapList:
268        s = i.split(':')
269        if s[1] == "": continue
270        s[1] = '*'
271        sj = ':'.join(s)
272        if sj not in wildList: wildList.append(sj)
273    #wildList.sort() # unneeded
274    hapList += wildList
275    histVary,histDict,controlDict = G2stIO.GetHistogramData(Histograms,Print=False)
276    histList = []
277    for item in histDict:
278        if item.split(':')[2] not in ['Omega','Type','Chi','Phi',
279                                      'Azimuth','Gonio. radius',
280                                      'Lam1','Lam2','Back','Temperature','Pressure',
281                                      'FreePrm1','FreePrm2','FreePrm3',
282                                      ]:
283            histList.append(item)
284    histList.sort()
285    wildList = []
286    # for i in histList: # any reason to have this for hist constraints?
287    #     s = i.split(':')
288    #     if s[1] == "": continue
289    #     s[1] = '*'
290    #     sj = ':'.join(s)
291    #     if sj not in wildList: wildList.append(sj)
292    # histList += wildList
293    Indx = {}
294    G2frame.Page = [0,'phs']
295       
296    def FindEquivVarb(name,nameList):
297        'Creates a list of variables appropriate to constrain with name'
298        outList = []
299        #phlist = []
300        items = name.split(':')
301        namelist = [items[2],]
302        if 'dA' in name:
303            namelist = ['dAx','dAy','dAz']
304        elif 'AU' in name:
305            namelist = ['AUiso','AU11','AU22','AU33','AU12','AU13','AU23']
306        elif 'AM' in name:
307            namelist = ['AMx','AMy','AMz']
308        elif items[-1] in ['A0','A1','A2','A3','A4','A5']:
309            namelist = ['A0','A1','A2','A3','A4','A5']
310        elif items[-1] in ['D11','D22','D33','D12','D13','D23']:
311            namelist = ['D11','D22','D33','D12','D13','D23']
312        elif 'Tm' in name:
313            namelist = ['Tmin','Tmax']
314        elif 'RB' in name:
315            rbfx = 'RB'+items[2][2]
316            if 'T' in name and 'Tr' not in name:
317                namelist = [rbfx+'T11',rbfx+'T22',rbfx+'T33',rbfx+'T12',rbfx+'T13',rbfx+'T23']
318            if 'L' in name:
319                namelist = [rbfx+'L11',rbfx+'L22',rbfx+'L33',rbfx+'L12',rbfx+'L13',rbfx+'L23']
320            if 'S' in name:
321                namelist = [rbfx+'S12',rbfx+'S13',rbfx+'S21',rbfx+'S23',rbfx+'S31',rbfx+'S32',rbfx+'SAA',rbfx+'SBB']
322            if 'U' in name:
323                namelist = [rbfx+'U',]
324
325        for item in nameList:
326            keys = item.split(':')
327            #if keys[0] not in phlist:
328            #    phlist.append(keys[0])
329            if items[1] == '*' and keys[2] in namelist: # wildcard -- select only sequential options
330                keys[1] = '*'
331                mitem = ':'.join(keys)
332                if mitem == name: continue
333                if mitem not in outList: outList.append(mitem)
334            elif keys[2] in namelist and item != name:
335                outList.append(item)
336        return outList
337       
338    def SelectVarbs(page,FrstVarb,varList,legend,constType):
339        '''Select variables used in constraints after one variable has
340        been selected. This routine determines the appropriate variables to be
341        used based on the one that has been selected and asks for more to be added.
342
343        It then creates the constraint and adds it to the constraints list.
344       
345        Called from OnAddEquivalence, OnAddFunction & OnAddConstraint (all but
346        OnAddHold)
347
348        :param list page: defines calling page -- type of variables to be used
349        :parm GSASIIobj.G2VarObj FrstVarb: reference to first selected variable
350        :param list varList: list of other appropriate variables to select from
351        :param str legend: header for selection dialog
352        :param str constType: type of constraint to be generated
353        :returns: a constraint, as defined in
354          :ref:`GSASIIobj <Constraint_definitions_table>`
355        '''
356        choices = [[i]+list(G2obj.VarDescr(i)) for i in varList]
357        meaning = G2obj.getDescr(FrstVarb.name)
358        if not meaning:
359            meaning = "(no definition found!)"
360        l = str(FrstVarb).split(':')
361        # make lists of phases & histograms to iterate over
362        phaselist = [l[0]]
363        if l[0]:
364            phaselbl = ['phase #'+l[0]]
365            if len(Phases) > 1:
366                phaselist += ['all'] 
367                phaselbl += ['all phases']
368        else:
369            phaselbl = ['']
370        histlist = [l[1]]
371        if l[1] == '*':
372            pass
373        elif l[1]:
374            histlbl = ['histogram #'+l[1]]
375            if len(Histograms) > 1:
376                histlist += ['all']
377                histlbl += ['all histograms']
378                typ = Histograms[G2obj.LookupHistName(l[1])[0]]['Instrument Parameters'][0]['Type'][1]
379                i = 0
380                for hist in Histograms:
381                    if Histograms[hist]['Instrument Parameters'][0]['Type'][1] == typ: i += 1
382                if i > 1:
383                    histlist += ['all='+typ]
384                    histlbl += ['all '+typ+' histograms']
385        else:
386            histlbl = ['']
387        # make a list of equivalent parameter names
388        nameList = [FrstVarb.name]
389        for var in varList:
390            nam = var.split(":")[2]
391            if nam not in nameList: nameList += [nam]
392        # add "wild-card" names to the list of variables
393        if l[1] == '*':
394            pass
395        elif page[1] == 'phs':
396            if 'RB' in FrstVarb.name:
397                pass
398            elif FrstVarb.atom is None:
399                for nam in nameList:
400                    for ph,plbl in zip(phaselist,phaselbl):
401                        if plbl: plbl = 'For ' + plbl
402                        var = ph+"::"+nam
403                        if var == str(FrstVarb) or var in varList: continue
404                        varList += [var]
405                        choices.append([var,plbl,meaning])
406            else:
407                for nam in nameList:
408                    for ph,plbl in zip(phaselist,phaselbl):
409                        if plbl: plbl = ' in ' + plbl
410                        for atype in ['']+TypeList:
411                            if atype:
412                                albl = "For "+atype+" atoms"
413                                akey = "all="+atype                       
414                            else:
415                                albl = "For all atoms"
416                                akey = "all"
417                            var = ph+"::"+nam+":"+akey
418                            if var == str(FrstVarb) or var in varList: continue
419                            varList += [var]
420                            choices.append([var,albl+plbl,meaning])
421        elif page[1] == 'hap':
422            if FrstVarb.name == "Scale":
423                meaning = "Phase fraction"
424            for nam in nameList:
425                for ph,plbl in zip(phaselist,phaselbl):
426                    if plbl: plbl = 'For ' + plbl
427                    for hst,hlbl in zip(histlist,histlbl):
428                        if hlbl:
429                            if plbl:
430                                hlbl = ' in ' + hlbl
431                            else:
432                                hlbl = 'For ' + hlbl                               
433                            var = ph+":"+hst+":"+nam
434                            if var == str(FrstVarb) or var in varList: continue
435                            varList += [var]
436                            choices.append([var,plbl+hlbl,meaning])
437        elif page[1] == 'hst':
438            if FrstVarb.name == "Scale":
439                meaning = "Scale factor"
440            for nam in nameList:
441                for hst,hlbl in zip(histlist,histlbl):
442                    if hlbl:
443                        hlbl = 'For ' + hlbl                               
444                        var = ":"+hst+":"+nam
445                        if var == str(FrstVarb) or var in varList: continue
446                        varList += [var]
447                        choices.append([var,hlbl,meaning])
448        elif page[1] == 'glb':
449            pass
450        else:
451            raise Exception, 'Unknown constraint page '+ page[1]                   
452        if len(choices):
453            l1 = l2 = 1
454            for i1,i2,i3 in choices:
455                l1 = max(l1,len(i1))
456                l2 = max(l2,len(i2))
457            fmt = "{:"+str(l1)+"s} {:"+str(l2)+"s} {:s}"
458            atchoice = [fmt.format(*i1) for i1 in choices]
459            dlg = G2G.G2MultiChoiceDialog(
460                G2frame.dataFrame,legend,
461                'Constrain '+str(FrstVarb)+' with...',atchoice,
462                toggle=False,size=(625,400),monoFont=True)
463            dlg.CenterOnParent()
464            res = dlg.ShowModal()
465            Selections = dlg.GetSelections()[:]
466            dlg.Destroy()
467            if res != wx.ID_OK: return []
468            if len(Selections) == 0:
469                dlg = wx.MessageDialog(
470                    G2frame.dataFrame,
471                    'No variables were selected to include with '+str(FrstVarb),
472                    'No variables')
473                dlg.CenterOnParent()
474                dlg.ShowModal()
475                dlg.Destroy()
476                return []
477        else:
478            dlg = wx.MessageDialog(
479                G2frame.dataFrame,
480                'There are no appropriate variables to include with '+str(FrstVarb),
481                'No variables')
482            dlg.CenterOnParent()
483            dlg.ShowModal()
484            dlg.Destroy()
485            return []
486        # now process the variables provided by the user
487        varbs = [str(FrstVarb),] # list of selected variables
488        for sel in Selections:
489            var = varList[sel]
490            # phase(s) included
491            l = var.split(':')
492            if l[0] == "all":
493                phlist = [str(Phases[phase]['pId']) for phase in Phases]
494            else:
495                phlist = [l[0]]
496            # histogram(s) included
497            if l[1] == "all":
498                hstlist = [str(Histograms[hist]['hId']) for hist in Histograms]
499            elif '=' in l[1]:
500                htyp = l[1].split('=')[1]
501                hstlist = [str(Histograms[hist]['hId']) for hist in Histograms if 
502                           Histograms[hist]['Instrument Parameters'][0]['Type'][1] == htyp]
503            else:
504                hstlist = [l[1]]
505            if len(l) == 3:
506                for ph in phlist:
507                    for hst in hstlist:
508                        var = ph + ":" + hst + ":" + l[2]
509                        if var in varbs: continue
510                        varbs.append(var)
511            else: # constraints with atoms or rigid bodies
512                if len(l) == 5: # rigid body parameter
513                    var = ':'.join(l)
514                    if var in varbs: continue
515                    varbs.append(var)
516                elif l[3] == "all":
517                    for ph in phlist:
518                        key = G2obj.LookupPhaseName(l[0])[0]
519                        for hst in hstlist: # should be blank
520                            for iatm,at in enumerate(Phases[key]['Atoms']):
521                                var = ph + ":" + hst + ":" + l[2] + ":" + str(iatm)
522                                if var in varbs: continue
523                                varbs.append(var)
524                elif '=' in l[3]:
525                    for ph in phlist:
526                        key = G2obj.LookupPhaseName(l[0])[0]
527                        cx,ct,cs,cia = Phases[key]['General']['AtomPtrs']
528                        for hst in hstlist: # should be blank
529                            atyp = l[3].split('=')[1]
530                            for iatm,at in enumerate(Phases[key]['Atoms']):
531                                if at[ct] != atyp: continue
532                                var = ph + ":" + hst + ":" + l[2] + ":" + str(iatm)
533                                if var in varbs: continue
534                                varbs.append(var)
535                else:
536                    for ph in phlist:
537                        key = G2obj.LookupPhaseName(l[0])[0]
538                        for hst in hstlist: # should be blank
539                            var = ph + ":" + hst + ":" + l[2] + ":" + l[3]
540                            if var in varbs: continue
541                            varbs.append(var)
542        if len(varbs) >= 1 or 'constraint' in constType:
543            constr = [[1.0,FrstVarb]]
544            for item in varbs[1:]:
545                constr += [[1.0,G2obj.G2VarObj(item)]]
546            if 'equivalence' in constType:
547                return [constr+[None,None,'e']]
548            elif 'function' in constType:
549                return [constr+[None,False,'f']]
550            elif 'constraint' in constType:
551                return [constr+[1.0,None,'c']]
552            else:
553                raise Exception,'Unknown constraint type: '+str(constType)
554        else:
555            dlg = wx.MessageDialog(
556                G2frame.dataFrame,
557                'There are no selected variables to include with '+str(FrstVarb),
558                'No variables')
559            dlg.CenterOnParent()
560            dlg.ShowModal()
561            dlg.Destroy()
562        return []
563
564    def CheckAddedConstraint(newcons):
565        '''Check a new constraint that has just been input.
566        If there is an error display a message and give the user a
567        choice to keep or discard the last entry (why keep? -- they
568        may want to delete something else or edit multipliers).
569        Since the varylist is not available, no warning messages
570        should be generated.
571
572        :returns: True if constraint should be added
573        '''
574        allcons = []
575        for key in data:
576            if key.startswith('_'): continue
577            allcons += data[key]
578        allcons += newcons
579        if not len(allcons): return True
580        G2mv.InitVars()   
581        constDictList,fixedList,ignored = G2stIO.ProcessConstraints(allcons)
582        errmsg, warnmsg = G2mv.CheckConstraints('',constDictList,fixedList)
583        if errmsg:
584            res = G2frame.ErrorDialog('Constraint Error',
585                'Error with newly added constraint:\n'+errmsg+
586                '\n\nDiscard newly added constraint?',parent=G2frame.dataFrame,
587                wtype=wx.YES_NO)
588            return res != wx.ID_YES
589        elif warnmsg:
590            print 'Unexpected contraint warning:\n',warnmsg
591        return True
592
593    def CheckChangedConstraint():
594        '''Check all constraints after an edit has been made.
595        If there is an error display a message and give the user a
596        choice to keep or discard the last edit.
597        Since the varylist is not available, no warning messages
598        should be generated.
599       
600        :returns: True if the edit should be retained
601        '''
602        allcons = []
603        for key in data:
604            if key.startswith('_'): continue
605            allcons += data[key]
606        if not len(allcons): return True
607        G2mv.InitVars()   
608        constDictList,fixedList,ignored = G2stIO.ProcessConstraints(allcons)
609        errmsg, warnmsg = G2mv.CheckConstraints('',constDictList,fixedList)
610        if errmsg:
611            res = G2frame.ErrorDialog('Constraint Error',
612                'Error after editing constraint:\n'+errmsg+
613                '\n\nDiscard last constraint edit?',parent=G2frame.dataFrame,
614                wtype=wx.YES_NO)
615            return res != wx.ID_YES
616        elif warnmsg:
617            print 'Unexpected contraint warning:\n',warnmsg
618        return True
619             
620    def PageSelection(page):
621        'Decode page reference'
622        if page[1] == "phs":
623            vartype = "phase"
624            varList = phaseList
625            constrDictEnt = 'Phase'
626        elif page[1] == "hap":
627            vartype = "Histogram*Phase"
628            varList = hapList
629            constrDictEnt = 'HAP'
630        elif page[1] == "hst":
631            vartype = "Histogram"
632            varList = histList
633            constrDictEnt = 'Hist'
634        elif page[1] == "glb":
635            vartype = "Global"
636            varList = globalList
637            constrDictEnt = 'Global'
638        else:
639            raise Exception,'Should not happen!'
640        return vartype,varList,constrDictEnt
641
642    def OnAddHold(event):
643        '''Create a new Hold constraint
644
645        Hold constraints allows the user to select one variable (the list of available
646        variables depends on which tab is currently active).
647        '''
648        page = G2frame.Page
649        vartype,varList,constrDictEnt = PageSelection(page)
650        title1 = "Hold "+vartype+" variable"
651        if not varList:
652            G2frame.ErrorDialog('No variables','There are no variables of type '+vartype,
653                parent=G2frame.dataFrame)
654            return
655        l2 = l1 = 1
656        for i in varList:
657            l1 = max(l1,len(i))
658            loc,desc = G2obj.VarDescr(i)
659            l2 = max(l2,len(loc))
660        fmt = "{:"+str(l1)+"s} {:"+str(l2)+"s} {:s}"
661        varListlbl = [fmt.format(i,*G2obj.VarDescr(i)) for i in varList]
662        #varListlbl = ["("+i+") "+G2obj.fmtVarDescr(i) for i in varList]
663        legend = "Select variables to hold (Will not be varied, even if vary flag is set)"
664        dlg = G2G.G2MultiChoiceDialog(G2frame.dataFrame,
665            legend,title1,varListlbl,toggle=False,size=(625,400),monoFont=True)
666        dlg.CenterOnParent()
667        if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
668            for sel in dlg.GetSelections():
669                Varb = varList[sel]
670                VarObj = G2obj.G2VarObj(Varb)
671                newcons = [[[0.0,VarObj],None,None,'h']]
672                if CheckAddedConstraint(newcons):
673                    data[constrDictEnt] += newcons
674        dlg.Destroy()
675        wx.CallAfter(OnPageChanged,None)
676       
677    def OnAddEquivalence(event):
678        '''add an Equivalence constraint'''
679        page = G2frame.Page
680        vartype,varList,constrDictEnt = PageSelection(page)
681        title1 = "Setup equivalent "+vartype+" variables"
682        title2 = "Select additional "+vartype+" variable(s) to be equivalent with "
683        if not varList:
684            G2frame.ErrorDialog('No variables','There are no variables of type '+vartype,
685                parent=G2frame.dataFrame)
686            return
687#        legend = "Select variables to make equivalent (only one of the variables will be varied when all are set to be varied)"
688        GetAddVars(page,title1,title2,varList,constrDictEnt,'equivalence')
689       
690    def OnAddAtomEquiv(event):
691        ''' Add equivalences between all parameters on atoms '''
692        page = G2frame.Page
693        vartype,varList,constrDictEnt = PageSelection(page)
694        title1 = "Setup equivalent atom variables"
695        title2 = "Select additional atoms(s) to be equivalent with "
696        if not varList:
697            G2frame.ErrorDialog('No variables','There are no variables of type '+vartype,
698                parent=G2frame.dataFrame)
699            return
700#        legend = "Select atoms to make equivalent (only one of the atom variables will be varied when all are set to be varied)"
701        GetAddAtomVars(page,title1,title2,varList,constrDictEnt,'equivalence')
702       
703    def OnAddRiding(event):
704        ''' Add riding equivalences between all parameters on atoms '''
705        page = G2frame.Page
706        vartype,varList,constrDictEnt = PageSelection(page)
707        title1 = "Setup riding atoms "
708        title2 = "Select additional atoms(s) to ride on "
709        if not varList:
710            G2frame.ErrorDialog('No variables','There are no variables of type '+vartype,
711                parent=G2frame.dataFrame)
712            return
713#        legend = "Select atoms to ride (only one of the atom variables will be varied when all are set to be varied)"
714        GetAddAtomVars(page,title1,title2,varList,constrDictEnt,'riding')
715   
716    def OnAddFunction(event):
717        '''add a Function (new variable) constraint'''
718        page = G2frame.Page
719        vartype,varList,constrDictEnt = PageSelection(page)
720        title1 = "Setup new variable based on "+vartype+" variables"
721        title2 = "Include additional "+vartype+" variable(s) to be included with "
722        if not varList:
723            G2frame.ErrorDialog('No variables','There are no variables of type '+vartype,
724                parent=G2frame.dataFrame)
725            return
726#        legend = "Select variables to include in a new variable (the new variable will be varied when all included variables are varied)"
727        GetAddVars(page,title1,title2,varList,constrDictEnt,'function')
728                       
729    def OnAddConstraint(event):
730        '''add a constraint equation to the constraints list'''
731        page = G2frame.Page
732        vartype,varList,constrDictEnt = PageSelection(page)
733        title1 = "Setup constraint on "+vartype+" variables"
734        title2 = "Select additional "+vartype+" variable(s) to include in constraint with "
735        if not varList:
736            G2frame.ErrorDialog('No variables','There are no variables of type '+vartype,
737                parent=G2frame.dataFrame)
738            return
739#        legend = "Select variables to include in a constraint equation (the values will be constrainted to equal a specified constant)"
740        GetAddVars(page,title1,title2,varList,constrDictEnt,'constraint')
741
742    def GetAddVars(page,title1,title2,varList,constrDictEnt,constType):
743        '''Get the variables to be added for OnAddEquivalence, OnAddFunction,
744        and OnAddConstraint. Then create and check the constraint.
745        '''
746        #varListlbl = ["("+i+") "+G2obj.fmtVarDescr(i) for i in varList]
747        l2 = l1 = 1
748        for i in varList:
749            l1 = max(l1,len(i))
750            loc,desc = G2obj.VarDescr(i)
751            l2 = max(l2,len(loc))
752        fmt = "{:"+str(l1)+"s} {:"+str(l2)+"s} {:s}"
753        varListlbl = [fmt.format(i,*G2obj.VarDescr(i)) for i in varList]       
754        dlg = G2G.G2SingleChoiceDialog(G2frame.dataFrame,'Select 1st variable:',
755            title1,varListlbl,monoFont=True,size=(625,400))
756        dlg.CenterOnParent()
757        if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
758            sel = dlg.GetSelection()
759            FrstVarb = varList[sel]
760            VarObj = G2obj.G2VarObj(FrstVarb)
761            moreVarb = FindEquivVarb(FrstVarb,varList)
762            newcons = SelectVarbs(page,VarObj,moreVarb,title2+FrstVarb,constType)
763            if len(newcons) > 0:
764                if CheckAddedConstraint(newcons):
765                    data[constrDictEnt] += newcons
766        dlg.Destroy()
767        wx.CallAfter(OnPageChanged,None)
768                       
769    def FindNeighbors(phase,FrstName,AtNames):
770        General = phase['General']
771        cx,ct,cs,cia = General['AtomPtrs']
772        Atoms = phase['Atoms']
773        atNames = [atom[ct-1] for atom in Atoms]
774        Cell = General['Cell'][1:7]
775        Amat,Bmat = G2lat.cell2AB(Cell)
776        atTypes = General['AtomTypes']
777        Radii = np.array(General['BondRadii'])
778        AtInfo = dict(zip(atTypes,Radii)) #or General['BondRadii']
779        Orig = atNames.index(FrstName.split()[1])
780        OType = Atoms[Orig][ct]
781        XYZ = G2mth.getAtomXYZ(Atoms,cx)       
782        Neigh = []
783        Dx = np.inner(Amat,XYZ-XYZ[Orig]).T
784        dist = np.sqrt(np.sum(Dx**2,axis=1))
785        sumR = AtInfo[OType]+0.5    #H-atoms only!
786        IndB = ma.nonzero(ma.masked_greater(dist-0.85*sumR,0.))
787        for j in IndB[0]:
788            if j != Orig:
789                Neigh.append(AtNames[j])
790        return Neigh
791       
792    def GetAddAtomVars(page,title1,title2,varList,constrDictEnt,constType):
793        '''Get the atom variables to be added for OnAddAtomEquiv. Then create and
794        check the constraints. Riding for H atoms only.
795        '''
796        Atoms = {G2obj.VarDescr(i)[0]:[] for i in varList if 'Atom' in G2obj.VarDescr(i)[0]}
797        for item in varList:
798            atName = G2obj.VarDescr(item)[0]
799            if atName in Atoms:
800                Atoms[atName].append(item)
801        AtNames = Atoms.keys()
802        AtNames.sort()
803        dlg = G2G.G2SingleChoiceDialog(G2frame.dataFrame,'Select 1st atom:',
804            title1,AtNames,monoFont=True,size=(625,400))
805        dlg.CenterOnParent()
806        FrstAtom = ''
807        if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
808            sel = dlg.GetSelection()
809            FrstAtom = AtNames[sel]
810            if 'riding' in constType:
811                phaseName = (FrstAtom.split(' in ')[1]).strip()
812                phase = Phases[phaseName]
813                AtNames = FindNeighbors(phase,FrstAtom,AtNames)
814            else:
815                AtNames.remove(FrstAtom)
816        dlg.Destroy()
817        if FrstAtom == '':
818            print 'no atom selected'
819            return
820        dlg = G2G.G2MultiChoiceDialog(
821            G2frame.dataFrame,title2+FrstAtom,
822            'Constrain '+str(FrstAtom)+' with...',AtNames,
823            toggle=False,size=(625,400),monoFont=True)
824        if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
825            Selections = dlg.GetSelections()[:]
826        else:
827            print 'no target atom selected'
828            dlg.Destroy()
829            return
830        dlg.Destroy()
831        for name in Atoms[FrstAtom]:
832            newcons = []
833            constr = []
834            if 'riding' in constType:
835                if 'AUiso' in name:
836                    constr = [[1.0,G2obj.G2VarObj(name)]]
837                elif 'AU11' in name:
838                    pass
839                elif 'AU' not in name:
840                    constr = [[1.0,G2obj.G2VarObj(name)]]
841            else:
842                constr = [[1.0,G2obj.G2VarObj(name)]]
843            pref = ':'+name.rsplit(':',1)[0].split(':',1)[1]    #get stuff between phase id & atom id
844            for sel in Selections:
845                name2 = Atoms[AtNames[sel]][0]
846                pid = name2.split(':',1)[0]                     #get phase id for 2nd atom
847                id = name2.rsplit(':',1)[-1]                    #get atom no. for 2nd atom
848                if 'riding' in constType:
849                    pref = pid+pref
850                    if 'AUiso' in pref:
851                        parts = pref.split('AUiso')
852                        constr += [[1.2,G2obj.G2VarObj('%s:%s'%(parts[0]+'AUiso',id))]]
853                    elif 'AU' not in pref:
854                        constr += [[1.0,G2obj.G2VarObj('%s:%s'%(pref,id))]]
855                else:
856                    constr += [[1.0,G2obj.G2VarObj('%s:%s'%(pid+pref,id))]]
857            if not constr:
858                continue
859            if 'frac' in pref and 'riding' not in constType:
860                newcons = [constr+[1.0,None,'c']]
861            else:
862                newcons = [constr+[None,None,'e']]
863            if len(newcons) > 0:
864                if CheckAddedConstraint(newcons):
865                    data[constrDictEnt] += newcons
866        wx.CallAfter(OnPageChanged,None)
867                       
868    def MakeConstraintsSizer(name,pageDisplay):
869        '''Creates a sizer displaying all of the constraints entered of
870        the specified type.
871
872        :param str name: the type of constraints to be displayed ('HAP',
873          'Hist', 'Phase', or 'Global')
874        :param wx.Panel pageDisplay: parent panel for sizer
875        :returns: wx.Sizer created by method
876        '''
877        #TODO: show symmetry generated constraints - no clue how to do this.
878        constSizer = wx.FlexGridSizer(0,6,0,0)
879        maxlen = 70 # characters before wrapping a constraint
880        for Id,item in enumerate(data[name]):
881            refineflag = False
882            helptext = ""
883            eqString = ['',]
884            if item[-1] == 'h': # Hold on variable
885                constSizer.Add((-1,-1),0)              # blank space for edit button
886                typeString = 'FIXED'
887                var = str(item[0][1])
888                varMean = G2obj.fmtVarDescr(var)
889                eqString[-1] =  var +'   '
890                helptext = "Prevents variable:\n"+ var + " ("+ varMean + ")\nfrom being changed"
891            elif isinstance(item[-1],str): # not true on original-style (2011?) constraints
892                constEdit = wx.Button(pageDisplay,-1,'Edit',style=wx.BU_EXACTFIT)
893                constEdit.Bind(wx.EVT_BUTTON,OnConstEdit)
894                constSizer.Add(constEdit,0,wx.LEFT|wx.RIGHT|wx.ALIGN_CENTER_VERTICAL|wx.ALIGN_CENTER,1)            # edit button
895                Indx[constEdit.GetId()] = [Id,name]
896                if item[-1] == 'f':
897                    helptext = "A new variable"
898                    if item[-3]:
899                        helptext += " named "+str(item[-3])
900                    helptext += " is created from a linear combination of the following variables:\n"
901                    for term in item[:-3]:
902                        var = str(term[1])
903                        if len(eqString[-1]) > maxlen:
904                            eqString.append(' ')
905                        m = term[0]
906                        if eqString[-1] != '':
907                            if m >= 0:
908                                eqString[-1] += ' + '
909                            else:
910                                eqString[-1] += ' - '
911                                m = abs(m)
912                        eqString[-1] += '%.3f*%s '%(m,var)
913                        varMean = G2obj.fmtVarDescr(var)
914                        helptext += "\n" + var + " ("+ varMean + ")"
915                    if '_Explain' in data:
916                        if data['_Explain'].get(item[-3]):
917                            helptext += '\n\n'
918                            helptext += data['_Explain'][item[-3]]
919                    # typeString = 'NEWVAR'
920                    # if item[-3]:
921                    #     eqString[-1] += ' = '+item[-3]
922                    # else:
923                    #     eqString[-1] += ' = New Variable'
924                    if item[-3]:
925                        typeString = item[-3] + ' = '
926                    else:
927                        typeString = 'New Variable = '
928                    #print 'refine',item[-2]
929                    refineflag = True
930                elif item[-1] == 'c':
931                    helptext = "The following variables constrained to equal a constant:"
932                    for term in item[:-3]:
933                        var = str(term[1])
934                        if len(eqString[-1]) > maxlen:
935                            eqString.append(' ')
936                        if eqString[-1] != '':
937                            if term[0] > 0:
938                                eqString[-1] += ' + '
939                            else:
940                                eqString[-1] += ' - '
941                        eqString[-1] += '%.3f*%s '%(abs(term[0]),var)
942                        varMean = G2obj.fmtVarDescr(var)
943                        helptext += "\n" + var + " ("+ varMean + ")"
944                    typeString = 'CONST'
945                    eqString[-1] += ' = '+str(item[-3])
946                elif item[-1] == 'e':
947                    helptext = "The following variables are set to be equivalent, noting multipliers:"
948                    for term in item[:-3]:
949                        var = str(term[1])
950                        if term[0] == 0: term[0] = 1.0
951                        if len(eqString[-1]) > maxlen:
952                            eqString.append(' ')
953                        if eqString[-1] == '':
954                            eqString[-1] += var+' '
955                            first = term[0]
956                        else:
957                            eqString[-1] += ' = %.3f*%s '%(first/term[0],var)
958                        varMean = G2obj.fmtVarDescr(var)
959                        helptext += "\n" + var + " ("+ varMean + ")"
960                    typeString = 'EQUIV'
961                else:
962                    print 'Unexpected constraint',item
963               
964            else:
965                print 'Removing old-style constraints'
966                data[name] = []
967                return constSizer
968            constDel = wx.Button(pageDisplay,-1,'Delete',style=wx.BU_EXACTFIT)
969            constDel.Bind(wx.EVT_BUTTON,OnConstDel)
970            Indx[constDel.GetId()] = [Id,name]
971            constSizer.Add(constDel,0,wx.LEFT|wx.RIGHT|wx.ALIGN_CENTER_VERTICAL|wx.ALIGN_CENTER,1)             # delete button
972            if helptext:
973                ch = G2G.HelpButton(pageDisplay,helptext)
974                constSizer.Add(ch,0,wx.LEFT|wx.RIGHT|wx.ALIGN_CENTER_VERTICAL|wx.ALIGN_CENTER,1)
975            else:
976                constSizer.Add((-1,-1))
977            if refineflag:
978                ch = G2G.G2CheckBox(pageDisplay,'',item,-2)
979                constSizer.Add(ch,0,wx.LEFT|wx.RIGHT|wx.ALIGN_CENTER_VERTICAL|wx.ALIGN_CENTER,1)
980            else:
981                constSizer.Add((-1,-1))               
982            constSizer.Add(wx.StaticText(pageDisplay,-1,typeString),
983                           0,wx.ALIGN_CENTER_VERTICAL|wx.ALIGN_CENTER|wx.RIGHT|wx.LEFT,3)
984            if len(eqString) > 1:
985                Eq = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
986                for s in eqString:
987                    Eq.Add(wx.StaticText(pageDisplay,-1,s),0,wx.ALIGN_CENTER_VERTICAL)
988            else:
989                Eq = wx.StaticText(pageDisplay,-1,eqString[0])
990            constSizer.Add(Eq,1,wx.ALIGN_CENTER_VERTICAL)
991        return constSizer
992               
993    def OnConstDel(event):
994        'Delete a constraint'
995        Obj = event.GetEventObject()
996        Id,name = Indx[Obj.GetId()]
997        del(data[name][Id])
998        wx.CallAfter(OnPageChanged,None)
999       
1000    def OnConstEdit(event):
1001        '''Called to edit an individual contraint in response to a
1002        click on its Edit button
1003        '''
1004        Obj = event.GetEventObject()
1005        Id,name = Indx[Obj.GetId()]
1006        if data[name][Id][-1] == 'f':
1007            items = data[name][Id][:-3]
1008            constType = 'New Variable'
1009            if data[name][Id][-3]:
1010                varname = data[name][Id][-3]
1011            else:
1012                varname = ""
1013            lbl = 'Enter value for each term in constraint; sum = new variable'
1014            dlg = ConstraintDialog(G2frame.dataFrame,constType,lbl,items,
1015                                   varname=varname,varyflag=data[name][Id][-2])
1016        elif data[name][Id][-1] == 'c':
1017            items = data[name][Id][:-3]+[
1018                [data[name][Id][-3],'fixed value =']]
1019            constType = 'Constraint'
1020            lbl = 'Edit value for each term in constant constraint sum'
1021            dlg = ConstraintDialog(G2frame.dataFrame,constType,lbl,items)
1022        elif data[name][Id][-1] == 'e':
1023            items = data[name][Id][:-3]
1024            constType = 'Equivalence'
1025            lbl = 'The following terms are set to be equal:'
1026            dlg = ConstraintDialog(G2frame.dataFrame,constType,lbl,items,'/')
1027        else:
1028            return
1029        try:
1030            prev = data[name][Id][:]
1031            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
1032                result = dlg.GetData()
1033                for i in range(len(data[name][Id][:-3])):
1034                    if type(data[name][Id][i]) is tuple: # fix non-mutable construct
1035                        data[name][Id][i] = list(data[name][Id][i])
1036                    data[name][Id][i][0] = result[i][0]
1037                if data[name][Id][-1] == 'c':
1038                    data[name][Id][-3] = str(result[-1][0])
1039                elif data[name][Id][-1] == 'f':
1040                    # process the variable name to put in global form (::var)
1041                    varname = str(dlg.newvar[0]).strip().replace(' ','_')
1042                    if varname.startswith('::'):
1043                        varname = varname[2:]
1044                    varname = varname.replace(':',';')
1045                    if varname:
1046                        data[name][Id][-3] = varname
1047                    else:
1048                        data[name][Id][-3] = ''
1049                    data[name][Id][-2] = dlg.newvar[1]
1050                if not CheckChangedConstraint():
1051                    data[name][Id] = prev
1052        except:
1053            import traceback
1054            print traceback.format_exc()
1055        finally:
1056            dlg.Destroy()
1057        wx.CallAfter(OnPageChanged,None)
1058   
1059    def UpdateConstraintPanel(panel,typ):
1060        '''Update the contents of the selected Constraint
1061        notebook tab. Called in :func:`OnPageChanged`
1062        '''
1063#        if panel.GetSizer(): panel.GetSizer().Clear(True) # N.B. don't use panel.DestroyChildren()
1064        # because it deletes scrollbars on Mac
1065        Siz = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
1066        Siz.Add((5,5),0)
1067        Siz.Add(MakeConstraintsSizer(typ,panel),1,wx.EXPAND)
1068        panel.SetSizer(Siz,True)
1069        Size = Siz.GetMinSize()
1070        Size[0] += 40
1071        Size[1] = max(Size[1],450) + 20
1072        panel.SetSize(Size)
1073        panel.SetScrollbars(10,10,Size[0]/10-4,Size[1]/10-1)
1074        panel.Show()
1075
1076    def OnPageChanged(event):
1077        '''Called when a tab is pressed or when a "select tab" menu button is
1078        used (see RaisePage), or to refresh the current tab contents (event=None)
1079        '''
1080        if event:       #page change event!
1081            page = event.GetSelection()
1082        else: # called directly, get current page
1083            page = G2frame.constr.GetSelection()
1084        G2frame.constr.SetSize(G2frame.dataWindow.GetClientSize())    #TODO -almost right
1085        G2frame.constr.ChangeSelection(page)
1086        text = G2frame.constr.GetPageText(page)
1087        G2frame.dataFrame.ConstraintEdit.Enable(G2gd.wxID_EQUIVALANCEATOMS,False)
1088#        G2frame.dataFrame.ConstraintEdit.Enable(G2gd.wxID_ADDRIDING,False)
1089        if text == 'Histogram/Phase':
1090            G2frame.Page = [page,'hap']
1091            UpdateConstraintPanel(HAPConstr,'HAP')
1092        elif text == 'Histogram':
1093            G2frame.Page = [page,'hst']
1094            UpdateConstraintPanel(HistConstr,'Hist')
1095        elif text == 'Phase':
1096            G2frame.Page = [page,'phs']
1097            G2frame.dataFrame.ConstraintEdit.Enable(G2gd.wxID_EQUIVALANCEATOMS,True)
1098#            G2frame.dataFrame.ConstraintEdit.Enable(G2gd.wxID_ADDRIDING,True)
1099            if 'DELETED' in str(PhaseConstr):   #seems to be no other way to do this (wx bug)
1100                if GSASIIpath.GetConfigValue('debug'):
1101                    print 'wx error: PhaseConstr not cleanly deleted after Refine'
1102                return
1103            UpdateConstraintPanel(PhaseConstr,'Phase')
1104        elif text == 'Global':
1105            G2frame.Page = [page,'glb']
1106            UpdateConstraintPanel(GlobalConstr,'Global')
1107
1108    def RaisePage(event):
1109        'Respond to a "select tab" menu button'
1110        try:
1111            i = (G2gd.wxID_CONSPHASE,
1112                 G2gd.wxID_CONSHAP,
1113                 G2gd.wxID_CONSHIST,
1114                 G2gd.wxID_CONSGLOBAL).index(event.GetId())
1115            G2frame.constr.SetSelection(i)
1116            wx.CallAfter(OnPageChanged,None)
1117        except ValueError:
1118            print('Unexpected event in RaisePage')
1119
1120    def SetStatusLine(text):
1121        G2frame.GetStatusBar().SetStatusText(text)                                     
1122       
1123    G2gd.SetDataMenuBar(G2frame,G2frame.dataWindow.ConstraintMenu)
1124    G2frame.SetLabel(G2frame.GetLabel().split('||')[0]+' || '+'Constraints')
1125    SetStatusLine('')
1126   
1127    G2frame.Bind(wx.EVT_MENU, OnAddConstraint, id=G2gd.wxID_CONSTRAINTADD)
1128    G2frame.Bind(wx.EVT_MENU, OnAddFunction, id=G2gd.wxID_FUNCTADD)
1129    G2frame.Bind(wx.EVT_MENU, OnAddEquivalence, id=G2gd.wxID_EQUIVADD)
1130    G2frame.Bind(wx.EVT_MENU, OnAddHold, id=G2gd.wxID_HOLDADD)
1131    G2frame.Bind(wx.EVT_MENU, OnAddAtomEquiv, id=G2gd.wxID_EQUIVALANCEATOMS)
1132#    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, OnAddRiding, id=G2gd.wxID_ADDRIDING)
1133    # tab commands
1134    for id in (G2gd.wxID_CONSPHASE,
1135               G2gd.wxID_CONSHAP,
1136               G2gd.wxID_CONSHIST,
1137               G2gd.wxID_CONSGLOBAL):
1138        G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, RaisePage,id=id)
1139
1140    G2frame.dataWindow.ClearData()
1141    G2frame.constr = G2G.GSNoteBook(parent=G2frame.dataWindow,size=G2frame.dataWindow.GetClientSize())
1142    # note that order of pages is hard-coded in RaisePage
1143    PhaseConstr = wx.ScrolledWindow(G2frame.constr)
1144    G2frame.constr.AddPage(PhaseConstr,'Phase')
1145    HAPConstr = wx.ScrolledWindow(G2frame.constr)
1146    G2frame.constr.AddPage(HAPConstr,'Histogram/Phase')
1147    HistConstr = wx.ScrolledWindow(G2frame.constr)
1148    G2frame.constr.AddPage(HistConstr,'Histogram')
1149    GlobalConstr = wx.ScrolledWindow(G2frame.constr)
1150    G2frame.constr.AddPage(GlobalConstr,'Global')
1151    wx.CallAfter(OnPageChanged,None)
1152    G2frame.constr.Bind(wx.aui.EVT_AUINOTEBOOK_PAGE_CHANGED, OnPageChanged)
1153    # validate all the constrants -- should not see any errors here normally
1154    allcons = []
1155    for key in data:
1156        if key.startswith('_'): continue
1157        allcons += data[key]
1158    if not len(allcons): return
1159    G2mv.InitVars()   
1160    constDictList,fixedList,ignored = G2stIO.ProcessConstraints(allcons)
1161    errmsg, warnmsg = G2mv.CheckConstraints('',constDictList,fixedList)
1162    if errmsg:
1163        G2frame.ErrorDialog('Constraint Error','Error in constraints:\n'+errmsg,
1164            parent=G2frame.dataFrame)
1165    elif warnmsg:
1166        print 'Unexpected contraint warning:\n',warnmsg
1167
1168################################################################################
1169#### Make nuclear-magnetic phase constraints - called by OnTransform in G2phsGUI
1170################################################################################       
1171       
1172def MagConstraints(G2frame,oldPhase,newPhase,Trans,Vec,atCodes):
1173    '''Add constraints for new magnetic phase created via transformation of old
1174    nuclear one
1175    NB: A = [G11,G22,G33,2*G12,2*G13,2*G23]
1176    '''
1177   
1178    def SetUniqAj(pId,iA,Aname,SGLaue):
1179        if SGLaue in ['4/m','4/mmm'] and iA in [0,1]:
1180            parm = '%d::%s'%(pId,'A0')
1181        elif SGLaue in ['m3','m3m'] and iA in [0,1,2]:
1182            parm = '%d::%s'%(pId,'A0')
1183        elif SGLaue in ['6/m','6/mmm','3m1', '31m', '3'] and iA in [0,1,3]:
1184            parm = '%d::%s'%(pId,'A0')
1185        elif SGLaue in ['3R', '3mR']:
1186            if ia in [0,1,2]:
1187                parm = '%d::%s'%(pId,'A0')
1188            else:
1189                parm = '%d::%s'%(pId,'A3')
1190        else:
1191            parm = '%d::%s'%(pId,Aname)
1192        return parm
1193       
1194    Histograms,Phases = G2frame.GetUsedHistogramsAndPhasesfromTree()
1195    UseList = newPhase['Histograms']
1196    detTrans = np.abs(nl.det(Trans))
1197    invTrans = nl.inv(Trans)
1198#    print 'invTrans',invTrans
1199    nAcof = G2lat.cell2A(newPhase['General']['Cell'][1:7])
1200   
1201    opId = oldPhase['pId']
1202    npId = newPhase['pId']
1203    cx,ct,cs,cia = newPhase['General']['AtomPtrs']
1204    nAtoms = newPhase['Atoms']
1205    oSGData = oldPhase['General']['SGData']
1206    nSGData = newPhase['General']['SGData']
1207    oAcof = G2lat.cell2A(oldPhase['General']['Cell'][1:7])
1208    nAcof = G2lat.cell2A(newPhase['General']['Cell'][1:7])
1209    item = G2gd.GetGPXtreeItemId(G2frame,G2frame.root,'Constraints') 
1210    constraints = G2frame.GPXtree.GetItemPyData(item)
1211#    GSASIIpath.IPyBreak()
1212    parmDict = {}
1213    varyList = []
1214    for ia,code in enumerate(atCodes):
1215        atom = nAtoms[ia]
1216        siteSym = G2spc.SytSym(atom[cx:cx+3],nSGData)[0]
1217        CSX = G2spc.GetCSxinel(siteSym)
1218        item = code.split('+')[0]
1219        iat,opr = item.split(':')
1220        Nop = abs(int(opr))%100-1
1221        if '-' in opr:
1222            Nop *= -1
1223        Opr = oldPhase['General']['SGData']['SGOps'][abs(Nop)][0]
1224        if Nop < 0:         #inversion
1225            Opr *= -1
1226        XOpr = np.inner(Opr,Trans.T)
1227        names = ['dAx','dAy','dAz']
1228        for ix,name in enumerate(names):
1229            IndpCon = [1.0,G2obj.G2VarObj('%d::%s:%s'%(opId,name,iat))]
1230            DepCons = []
1231            for iop,opval in enumerate(XOpr[ix]):
1232                if opval and CSX[0][ix]:    #-opval from defn of dAx, etc.
1233                    DepCons.append([-opval,G2obj.G2VarObj('%d::%s:%d'%(npId,names[iop],ia))])
1234            if len(DepCons) == 1:
1235                constraints['Phase'].append([IndpCon,DepCons[0],None,None,'e'])
1236            elif len(DepCons) > 1:
1237                for Dep in DepCons:
1238                    Dep[0] *= -1
1239                constraints['Phase'].append([IndpCon]+DepCons+[0.0,None,'c'])
1240        for name in ['Afrac','AUiso']:
1241            IndpCon = [1.0,G2obj.G2VarObj('%d::%s:%s'%(opId,name,iat))]
1242            DepCons = [1.0,G2obj.G2VarObj('%d::%s:%d'%(npId,name,ia))]
1243            constraints['Phase'].append([IndpCon,DepCons,None,None,'e'])
1244        #how do I do Uij's for most Trans?
1245    Anames = [['A0','A3','A4'],['A3','A1','A5'],['A4','A5','A2']]
1246    As = ['A0','A1','A2','A3','A4','A5']
1247    Aids = [[0,0,'A0',-1],[1,1,'A1',-1],[2,2,'A2',-1],[0,1,'A3',2],[0,2,'A4',1],[1,2,'A5',0]]
1248    Axes = ['a','b','c']
1249    Holds = []
1250    for iA,Aid in enumerate(Aids):
1251        parm = SetUniqAj(opId,iA,Aid[2],oSGData['SGLaue'])
1252        parmDict[parm] = oAcof[iA]
1253        varyList.append(parm)
1254        IndpCon = [1.0,G2obj.G2VarObj(parm)]
1255        DepCons = []
1256        for iat in range(3):
1257            if nSGData['SGLaue'] in ['-1','2/m']:       #set holds
1258                if (abs(nAcof[iA]) < 1.e-8) and (abs(Trans[Aid[0],Aid[1]]) < 1.e-8):
1259                    if Axes[iat] != oSGData['SGUniq'] and oSGData['SGLaue'] != nSGData['SGLaue']:
1260                        HoldObj = G2obj.G2VarObj('%d::%s'%(npId,Aid[2]))
1261                        if not HoldObj in Holds: 
1262                            constraints['Phase'].append([[0.0,HoldObj],None,None,'h'])
1263                            Holds.append(HoldObj)
1264                            continue
1265#            print iA,Aid,iat,invTrans[iat][Aid[0]],invTrans[Aid[1]][iat],Anames[Aid[0]][Aid[1]],parm
1266            if abs(invTrans[iat,Aid[1]]) > 1.e-8 and abs(nAcof[iA]) > 1.e-8:
1267                parm = SetUniqAj(npId,iA,Anames[Aid[0]][Aid[1]],nSGData['SGLaue'])
1268                parmDict[parm] = nAcof[As.index(Aid[2])]
1269                if not parm in varyList:
1270                    varyList.append(parm)
1271                DepCons.append([Trans[Aid[0],Aid[0]]*Trans[Aid[1],Aid[1]],G2obj.G2VarObj(parm)])
1272        if len(DepCons) == 1:
1273            constraints['Phase'].append([IndpCon,DepCons[0],None,None,'e'])
1274        elif len(DepCons) > 1:       
1275            for Dep in DepCons:
1276                Dep[0] *= -1
1277            constraints['Phase'].append([IndpCon]+DepCons+[0.0,None,'c'])
1278#    constDict,fixedList,ignored = G2stIO.ProcessConstraints(constraints['Phase'])
1279#    groups,parmlist = G2mv.GroupConstraints(constDict)
1280#    G2mv.GenerateConstraints(groups,parmlist,varyList,constDict,fixedList,parmDict)
1281#    print 'old',parmDict
1282#    G2mv.Dict2Map(parmDict,varyList)
1283#    print 'new',parmDict
1284    for hId,hist in enumerate(UseList):    #HAP - seems OK
1285        ohapkey = '%d:%d:'%(opId,hId)
1286        nhapkey = '%d:%d:'%(npId,hId)
1287        IndpCon = [1.0,G2obj.G2VarObj(ohapkey+'Scale')]
1288        DepCons = [detTrans,G2obj.G2VarObj(nhapkey+'Scale')]
1289        constraints['HAP'].append([IndpCon,DepCons,None,None,'e'])
1290        for name in ['Size;i','Mustrain;i']:
1291            IndpCon = [1.0,G2obj.G2VarObj(ohapkey+name)]
1292            DepCons = [1.0,G2obj.G2VarObj(nhapkey+name)]
1293            constraints['HAP'].append([IndpCon,DepCons,None,None,'e'])
1294       
1295################################################################################
1296#### Rigid bodies
1297################################################################################
1298
1299def UpdateRigidBodies(G2frame,data):
1300    '''Called when Rigid bodies tree item is selected.
1301    Displays the rigid bodies in the data window
1302    '''
1303    if not data.get('RBIds') or not data:
1304        data.update({'Vector':{'AtInfo':{}},'Residue':{'AtInfo':{}},
1305            'RBIds':{'Vector':[],'Residue':[]}})       #empty/bad dict - fill it
1306           
1307    global resList
1308    Indx = {}
1309    resList = []
1310    plotDefaults = {'oldxy':[0.,0.],'Quaternion':[0.,0.,0.,1.],'cameraPos':30.,'viewDir':[0,0,1],}
1311   
1312    def OnPageChanged(event):
1313        global resList
1314        resList = []
1315        if event:       #page change event!
1316            page = event.GetSelection()
1317        else:
1318            page = G2frame.rbBook.GetSelection()
1319        G2frame.rbBook.SetSize(G2frame.dataWindow.GetClientSize())    #TODO -almost right
1320        G2frame.rbBook.ChangeSelection(page)
1321        text = G2frame.rbBook.GetPageText(page)
1322        if text == 'Vector rigid bodies':
1323            G2gd.SetDataMenuBar(G2frame,G2frame.dataWindow.VectorBodyMenu)
1324            G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, AddVectorRB, id=G2gd.wxID_VECTORBODYADD)
1325            G2frame.Page = [page,'vrb']
1326            UpdateVectorRB()
1327        elif text == 'Residue rigid bodies':
1328            G2gd.SetDataMenuBar(G2frame,G2frame.dataWindow.RigidBodyMenu)
1329            G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, AddResidueRB, id=G2gd.wxID_RIGIDBODYADD)
1330            G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, OnImportRigidBody, id=G2gd.wxID_RIGIDBODYIMPORT)
1331            G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, OnDefineTorsSeq, id=G2gd.wxID_RESIDUETORSSEQ) #enable only if residue RBs exist?
1332            G2frame.Page = [page,'rrb']
1333            UpdateResidueRB()
1334           
1335    def getMacroFile(macName):
1336        defDir = os.path.join(os.path.split(__file__)[0],'GSASIImacros')
1337        dlg = wx.FileDialog(G2frame,message='Choose '+macName+' rigid body macro file',
1338            defaultDir=defDir,defaultFile="",wildcard="GSAS-II macro file (*.mac)|*.mac",
1339            style=wx.OPEN | wx.CHANGE_DIR)
1340        try:
1341            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
1342                macfile = dlg.GetPath()
1343                macro = open(macfile,'Ur')
1344                head = macro.readline()
1345                if macName not in head:
1346                    print head
1347                    print '**** ERROR - wrong restraint macro file selected, try again ****'
1348                    macro = []
1349            else: # cancel was pressed
1350                macro = []
1351        finally:
1352            dlg.Destroy()
1353        return macro        #advanced past 1st line
1354       
1355    def getTextFile():
1356        dlg = wx.FileDialog(G2frame,'Choose rigid body text file', '.', '',
1357            "GSAS-II text file (*.txt)|*.txt|XYZ file (*.xyz)|*.xyz|"
1358            "Sybyl mol2 file (*.mol2)|*.mol2|PDB file (*.pdb;*.ent)|*.pdb;*.ent",
1359            wx.OPEN | wx.CHANGE_DIR)
1360        try:
1361            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
1362                txtfile = dlg.GetPath()
1363                ext = os.path.splitext(txtfile)[1]
1364                text = open(txtfile,'Ur')
1365            else: # cancel was pressed
1366                ext = ''
1367                text = []
1368        finally:
1369            dlg.Destroy()
1370        if 'ent' in ext:
1371            ext = '.pdb'
1372        return text,ext.lower()
1373       
1374    def OnImportRigidBody(event):
1375        page = G2frame.dataDisplay.GetSelection()
1376        if 'Vector' in G2frame.dataDisplay.GetPageText(page):
1377            pass
1378        elif 'Residue' in G2frame.dataDisplay.GetPageText(page):
1379            ImportResidueRB()
1380           
1381    def AddVectorRB(event):
1382        AtInfo = data['Vector']['AtInfo']
1383        dlg = MultiIntegerDialog(G2frame.dataDisplay,'New Rigid Body',['No. atoms','No. translations'],[1,1])
1384        if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
1385            nAtoms,nTrans = dlg.GetValues()
1386            rbId = ran.randint(0,sys.maxint)
1387            vecMag = [1.0 for i in range(nTrans)]
1388            vecRef = [False for i in range(nTrans)]
1389            vecVal = [np.zeros((nAtoms,3)) for j in range(nTrans)]
1390            rbTypes = ['C' for i in range(nAtoms)]
1391            Info = G2elem.GetAtomInfo('C')
1392            AtInfo['C'] = [Info['Drad'],Info['Color']]
1393            data['Vector'][rbId] = {'RBname':'UNKRB','VectMag':vecMag,'rbXYZ':np.zeros((nAtoms,3)),
1394                'rbRef':[0,1,2,False],'VectRef':vecRef,'rbTypes':rbTypes,'rbVect':vecVal,'useCount':0}
1395            data['RBIds']['Vector'].append(rbId)
1396        dlg.Destroy()
1397        UpdateVectorRB()
1398       
1399    def AddResidueRB(event):
1400        AtInfo = data['Residue']['AtInfo']
1401        macro = getMacroFile('rigid body')
1402        if not macro:
1403            return
1404        macStr = macro.readline()
1405        while macStr:
1406            items = macStr.split()
1407            if 'I' == items[0]:
1408                rbId = ran.randint(0,sys.maxint)
1409                rbName = items[1]
1410                rbTypes = []
1411                rbXYZ = []
1412                rbSeq = []
1413                atNames = []
1414                nAtms,nSeq,nOrig,mRef,nRef = [int(items[i]) for i in [2,3,4,5,6]]
1415                for iAtm in range(nAtms):
1416                    macStr = macro.readline().split()
1417                    atName = macStr[0]
1418                    atType = macStr[1]
1419                    atNames.append(atName)
1420                    rbXYZ.append([float(macStr[i]) for i in [2,3,4]])
1421                    rbTypes.append(atType)
1422                    if atType not in AtInfo:
1423                        Info = G2elem.GetAtomInfo(atType)
1424                        AtInfo[atType] = [Info['Drad'],Info['Color']]
1425                rbXYZ = np.array(rbXYZ)-np.array(rbXYZ[nOrig-1])
1426                for iSeq in range(nSeq):
1427                    macStr = macro.readline().split()
1428                    mSeq = int(macStr[0])
1429                    for jSeq in range(mSeq):
1430                        macStr = macro.readline().split()
1431                        iBeg = int(macStr[0])-1
1432                        iFin = int(macStr[1])-1
1433                        angle = 0.0
1434                        nMove = int(macStr[2])
1435                        iMove = [int(macStr[i])-1 for i in range(3,nMove+3)]
1436                        rbSeq.append([iBeg,iFin,angle,iMove])
1437                data['Residue'][rbId] = {'RBname':rbName,'rbXYZ':rbXYZ,'rbTypes':rbTypes,
1438                    'atNames':atNames,'rbRef':[nOrig-1,mRef-1,nRef-1,True],'rbSeq':rbSeq,
1439                    'SelSeq':[0,0],'useCount':0}
1440                data['RBIds']['Residue'].append(rbId)
1441                print 'Rigid body '+rbName+' added'
1442            macStr = macro.readline()
1443        macro.close()
1444        UpdateResidueRB()
1445       
1446    def ImportResidueRB():
1447        AtInfo = data['Residue']['AtInfo']
1448        text,ext = getTextFile()
1449        if not text:
1450            return
1451        rbId = ran.randint(0,sys.maxint)
1452        rbTypes = []
1453        rbXYZ = []
1454        atNames = []
1455        txtStr = text.readline()
1456        if 'xyz' in ext:
1457            txtStr = text.readline()
1458            txtStr = text.readline()
1459        elif 'mol2' in ext:
1460            while 'ATOM' not in txtStr:
1461                txtStr = text.readline()
1462            txtStr = text.readline()
1463        elif 'pdb' in ext:
1464            while 'ATOM' not in txtStr[:6] and 'HETATM' not in txtStr[:6]:
1465                txtStr = text.readline()
1466                #print txtStr
1467        items = txtStr.split()
1468        while len(items):
1469            if 'txt' in ext:
1470                atName = items[0]
1471                atType = items[1]
1472                rbXYZ.append([float(items[i]) for i in [2,3,4]])
1473            elif 'xyz' in ext:
1474                atType = items[0]
1475                rbXYZ.append([float(items[i]) for i in [1,2,3]])
1476                atName = atType+str(len(rbXYZ))
1477            elif 'mol2' in ext:
1478                atType = items[1]
1479                atName = items[1]+items[0]
1480                rbXYZ.append([float(items[i]) for i in [2,3,4]])
1481            elif 'pdb' in ext:
1482                atType = items[-1]
1483                atName = items[2]
1484                xyz = txtStr[30:55].split()                   
1485                rbXYZ.append([float(x) for x in xyz])
1486            atNames.append(atName)
1487            rbTypes.append(atType)
1488            if atType not in AtInfo:
1489                Info = G2elem.GetAtomInfo(atType)
1490                AtInfo[atType] = [Info['Drad'],Info['Color']]
1491            txtStr = text.readline()
1492            if 'mol2' in ext and 'BOND' in txtStr:
1493                break
1494            if 'pdb' in ext and ('ATOM' not in txtStr[:6] and 'HETATM' not in txtStr[:6]):
1495                break
1496            items = txtStr.split()
1497        rbXYZ = np.array(rbXYZ)-np.array(rbXYZ[0])
1498        data['Residue'][rbId] = {'RBname':'UNKRB','rbXYZ':rbXYZ,'rbTypes':rbTypes,
1499            'atNames':atNames,'rbRef':[0,1,2,False],'rbSeq':[],'SelSeq':[0,0],'useCount':0}
1500        data['RBIds']['Residue'].append(rbId)
1501        print 'Rigid body UNKRB added'
1502        text.close()
1503        UpdateResidueRB()
1504       
1505    def FindNeighbors(Orig,XYZ,atTypes,atNames,AtInfo):
1506        Radii = []
1507        for Atype in atTypes:
1508            Radii.append(AtInfo[Atype][0])
1509        Radii = np.array(Radii)
1510        Neigh = []
1511        Dx = XYZ-XYZ[Orig]
1512        dist = np.sqrt(np.sum(Dx**2,axis=1))
1513        sumR = Radii[Orig]+Radii
1514        IndB = ma.nonzero(ma.masked_greater(dist-0.85*sumR,0.))
1515        for j in IndB[0]:
1516            if j != Orig:
1517                Neigh.append(atNames[j])
1518        return Neigh
1519       
1520    def FindAllNeighbors(XYZ,atTypes,atNames,AtInfo):
1521        NeighDict = {}
1522        for iat,xyz in enumerate(atNames):
1523            NeighDict[atNames[iat]] = FindNeighbors(iat,XYZ,atTypes,atNames,AtInfo)
1524        return NeighDict
1525       
1526    def FindRiding(Orig,Pivot,NeighDict):
1527        riding = [Orig,Pivot]
1528        iAdd = 1
1529        new = True
1530        while new:
1531            newAtms = NeighDict[riding[iAdd]]
1532            for At in newAtms:
1533                new = False
1534                if At not in riding:
1535                    riding.append(At)
1536                    new = True
1537            iAdd += 1
1538            if iAdd < len(riding):
1539                new = True
1540        return riding[2:]
1541                       
1542    def OnDefineTorsSeq(event):
1543        rbKeys = data['Residue'].keys()
1544        rbKeys.remove('AtInfo')
1545        rbNames = [data['Residue'][k]['RBname'] for k in rbKeys]
1546        rbIds = dict(zip(rbNames,rbKeys))
1547        rbNames.sort()
1548        rbId = 0
1549        if len(rbNames) == 0:
1550            print 'There are no rigid bodies defined'
1551            G2frame.ErrorDialog('No rigid bodies','There are no rigid bodies defined',
1552                                parent=G2frame.dataFrame)
1553            return
1554        elif len(rbNames) > 1:
1555            dlg = wx.SingleChoiceDialog(G2frame,'Select rigid body for torsion sequence','Torsion sequence',rbNames)
1556            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
1557                sel = dlg.GetSelection()
1558                rbId = rbIds[rbNames[sel]]
1559                rbData = data['Residue'][rbId]
1560            dlg.Destroy()
1561        else:
1562            rbId = rbIds[rbNames[0]]
1563            rbData = data['Residue'][rbId]
1564        if not len(rbData):
1565            return
1566        atNames = rbData['atNames']
1567        AtInfo = data['Residue']['AtInfo']
1568        atTypes = rbData['rbTypes']
1569        XYZ = rbData['rbXYZ']
1570        neighDict = FindAllNeighbors(XYZ,atTypes,atNames,AtInfo)
1571        TargList = []           
1572        dlg = wx.SingleChoiceDialog(G2frame,'Select origin atom for torsion sequence','Origin atom',rbData['atNames'])
1573        if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
1574            Orig = dlg.GetSelection()
1575            TargList = neighDict[atNames[Orig]]
1576        dlg.Destroy()
1577        if not len(TargList):
1578            return
1579        dlg = wx.SingleChoiceDialog(G2frame,'Select pivot atom for torsion sequence','Pivot atom',TargList)
1580        if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
1581            Piv = atNames.index(TargList[dlg.GetSelection()])
1582            riding = FindRiding(atNames[Orig],atNames[Piv],neighDict)
1583            Riding = []
1584            for atm in riding:
1585                Riding.append(atNames.index(atm))
1586            rbData['rbSeq'].append([Orig,Piv,0.0,Riding])           
1587        dlg.Destroy()
1588        UpdateResidueRB()
1589
1590    def UpdateVectorRB(Scroll=0):
1591        AtInfo = data['Vector']['AtInfo']
1592        refChoice = {}
1593        if 'DELETED' in str(G2frame.GetStatusBar()):   #seems to be no other way to do this (wx bug)
1594            if GSASIIpath.GetConfigValue('debug'):
1595                print 'wx error: Rigid Body/Status not cleanly deleted after Refine'
1596            return
1597        SetStatusLine(' You may use e.g. "c60" or "s60" for a vector entry')
1598        def rbNameSizer(rbId,rbData):
1599
1600            def OnRBName(event):
1601                event.Skip()
1602                Obj = event.GetEventObject()
1603                rbData['RBname'] = Obj.GetValue()
1604               
1605            def OnDelRB(event):
1606                Obj = event.GetEventObject()
1607                rbId = Indx[Obj.GetId()]
1608                if rbId in data['Vector']:
1609                    del data['Vector'][rbId]
1610                    data['RBIds']['Vector'].remove(rbId)
1611                    rbData['useCount'] -= 1
1612                wx.CallAfter(UpdateVectorRB)
1613               
1614            def OnPlotRB(event):
1615                Obj = event.GetEventObject()
1616                Obj.SetValue(False)
1617                G2plt.PlotRigidBody(G2frame,'Vector',AtInfo,rbData,plotDefaults)
1618           
1619            nameSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1620            nameSizer.Add(wx.StaticText(VectorRBDisplay,-1,'Rigid body name: '),
1621                0,wx.ALIGN_CENTER_VERTICAL)
1622            RBname = wx.TextCtrl(VectorRBDisplay,-1,rbData['RBname'])
1623            Indx[RBname.GetId()] = rbId
1624            RBname.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnRBName)
1625            RBname.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnRBName)
1626            nameSizer.Add(RBname,0,wx.ALIGN_CENTER_VERTICAL)
1627            nameSizer.Add((5,0),)
1628            plotRB = wx.CheckBox(VectorRBDisplay,-1,'Plot?')
1629            Indx[plotRB.GetId()] = rbId
1630            plotRB.Bind(wx.EVT_CHECKBOX,OnPlotRB)
1631            nameSizer.Add(plotRB,0,wx.ALIGN_CENTER_VERTICAL)
1632            nameSizer.Add((5,0),)
1633            if not rbData['useCount']:
1634                delRB = wx.CheckBox(VectorRBDisplay,-1,'Delete?')
1635                Indx[delRB.GetId()] = rbId
1636                delRB.Bind(wx.EVT_CHECKBOX,OnDelRB)
1637                nameSizer.Add(delRB,0,wx.ALIGN_CENTER_VERTICAL)
1638            return nameSizer
1639           
1640        def rbRefAtmSizer(rbId,rbData):
1641           
1642            def OnRefSel(event):
1643                Obj = event.GetEventObject()
1644                iref = Indx[Obj.GetId()]
1645                sel = Obj.GetValue()
1646                rbData['rbRef'][iref] = atNames.index(sel)
1647                FillRefChoice(rbId,rbData)
1648           
1649            refAtmSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1650            atNames = [name+str(i) for i,name in enumerate(rbData['rbTypes'])]
1651            rbRef = rbData.get('rbRef',[0,1,2,False])
1652            rbData['rbRef'] = rbRef
1653            if rbData['useCount']:
1654                refAtmSizer.Add(wx.StaticText(VectorRBDisplay,-1,
1655                    'Orientation reference atoms A-B-C: %s, %s, %s'%(atNames[rbRef[0]], \
1656                     atNames[rbRef[1]],atNames[rbRef[2]])),0)
1657            else:
1658                refAtmSizer.Add(wx.StaticText(VectorRBDisplay,-1,
1659                    'Orientation reference atoms A-B-C: '),0,wx.ALIGN_CENTER_VERTICAL)
1660                for i in range(3):
1661                    choices = [atNames[j] for j in refChoice[rbId][i]]
1662                    refSel = wx.ComboBox(VectorRBDisplay,-1,value='',
1663                        choices=choices,style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
1664                    refSel.SetValue(atNames[rbRef[i]])
1665                    refSel.Bind(wx.EVT_COMBOBOX, OnRefSel)
1666                    Indx[refSel.GetId()] = i
1667                    refAtmSizer.Add(refSel,0,wx.ALIGN_CENTER_VERTICAL)
1668            return refAtmSizer
1669                       
1670        def rbVectMag(rbId,imag,rbData):
1671           
1672            def OnRBVectorMag(event):
1673                event.Skip()
1674                Obj = event.GetEventObject()
1675                rbId,imag = Indx[Obj.GetId()]
1676                try:
1677                    val = float(Obj.GetValue())
1678                    if val <= 0.:
1679                        raise ValueError
1680                    rbData['VectMag'][imag] = val
1681                except ValueError:
1682                    pass
1683                Obj.SetValue('%8.4f'%(val))
1684                wx.CallAfter(UpdateVectorRB,VectorRB.GetScrollPos(wx.VERTICAL))
1685                G2plt.PlotRigidBody(G2frame,'Vector',AtInfo,data['Vector'][rbId],plotDefaults)
1686               
1687            def OnRBVectorRef(event):
1688                Obj = event.GetEventObject()
1689                rbId,imag = Indx[Obj.GetId()]
1690                rbData['VectRef'][imag] = Obj.GetValue()
1691                       
1692            magSizer = wx.wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1693            magSizer.Add(wx.StaticText(VectorRBDisplay,-1,'Translation magnitude: '),
1694                0,wx.ALIGN_CENTER_VERTICAL)
1695            magValue = wx.TextCtrl(VectorRBDisplay,-1,'%8.4f'%(rbData['VectMag'][imag]))
1696            Indx[magValue.GetId()] = [rbId,imag]
1697            magValue.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnRBVectorMag)
1698            magValue.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnRBVectorMag)
1699            magSizer.Add(magValue,0,wx.ALIGN_CENTER_VERTICAL)
1700            magSizer.Add((5,0),)
1701            magref = wx.CheckBox(VectorRBDisplay,-1,label=' Refine?') 
1702            magref.SetValue(rbData['VectRef'][imag])
1703            magref.Bind(wx.EVT_CHECKBOX,OnRBVectorRef)
1704            Indx[magref.GetId()] = [rbId,imag]
1705            magSizer.Add(magref,0,wx.ALIGN_CENTER_VERTICAL)
1706            return magSizer
1707           
1708        def rbVectors(rbId,imag,mag,XYZ,rbData):
1709
1710            def TypeSelect(event):
1711                AtInfo = data['Vector']['AtInfo']
1712                r,c = event.GetRow(),event.GetCol()
1713                if vecGrid.GetColLabelValue(c) == 'Type':
1714                    PE = G2elemGUI.PickElement(G2frame,oneOnly=True)
1715                    if PE.ShowModal() == wx.ID_OK:
1716                        if PE.Elem != 'None':
1717                            El = PE.Elem.strip().lower().capitalize()
1718                            if El not in AtInfo:
1719                                Info = G2elem.GetAtomInfo(El)
1720                                AtInfo[El] = [Info['Drad'],Info['Color']]
1721                            rbData['rbTypes'][r] = El
1722                            vecGrid.SetCellValue(r,c,El)
1723                    PE.Destroy()
1724                wx.CallAfter(UpdateVectorRB,VectorRB.GetScrollPos(wx.VERTICAL))
1725
1726            def ChangeCell(event):
1727                r,c =  event.GetRow(),event.GetCol()
1728                if r >= 0 and (0 <= c < 3):
1729                    try:
1730                        val = float(vecGrid.GetCellValue(r,c))
1731                        rbData['rbVect'][imag][r][c] = val
1732                    except ValueError:
1733                        pass
1734                G2plt.PlotRigidBody(G2frame,'Vector',AtInfo,data['Vector'][rbId],plotDefaults)
1735                wx.CallAfter(UpdateVectorRB,VectorRB.GetScrollPos(wx.VERTICAL))
1736
1737            vecSizer = wx.BoxSizer()
1738            Types = 3*[wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,5',]+[wg.GRID_VALUE_STRING,]+3*[wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,5',]
1739            colLabels = ['Vector x','Vector y','Vector z','Type','Cart x','Cart y','Cart z']
1740            table = []
1741            rowLabels = []
1742            for ivec,xyz in enumerate(rbData['rbVect'][imag]):
1743                table.append(list(xyz)+[rbData['rbTypes'][ivec],]+list(XYZ[ivec]))
1744                rowLabels.append(str(ivec))
1745            vecTable = G2G.Table(table,rowLabels=rowLabels,colLabels=colLabels,types=Types)
1746            vecGrid = G2G.GSGrid(VectorRBDisplay)
1747            vecGrid.SetTable(vecTable, True)
1748            vecGrid.Bind(wg.EVT_GRID_CELL_CHANGE, ChangeCell)
1749            if not imag:
1750                vecGrid.Bind(wg.EVT_GRID_CELL_LEFT_DCLICK, TypeSelect)
1751            attr = wx.grid.GridCellAttr()
1752            attr.SetEditor(G2G.GridFractionEditor(vecGrid))
1753            for c in range(3):
1754                vecGrid.SetColAttr(c, attr)
1755            for row in range(vecTable.GetNumberRows()):
1756                if imag:
1757                    vecGrid.SetCellStyle(row,3,VERY_LIGHT_GREY,True)                   
1758                for col in [4,5,6]:
1759                    vecGrid.SetCellStyle(row,col,VERY_LIGHT_GREY,True)
1760            vecGrid.SetMargins(0,0)
1761            vecGrid.AutoSizeColumns(False)
1762            vecSizer.Add(vecGrid)
1763            return vecSizer
1764       
1765        def FillRefChoice(rbId,rbData):
1766            choiceIds = [i for i in range(len(rbData['rbTypes']))]
1767           
1768            rbRef = rbData.get('rbRef',[-1,-1,-1,False])
1769            for i in range(3):
1770                choiceIds.remove(rbRef[i])
1771            refChoice[rbId] = [choiceIds[:],choiceIds[:],choiceIds[:]]
1772            for i in range(3):
1773                refChoice[rbId][i].append(rbRef[i])
1774                refChoice[rbId][i].sort()     
1775           
1776        #VectorRB.DestroyChildren() # bad, deletes scrollbars on Mac!
1777        if VectorRB.GetSizer():
1778            VectorRB.GetSizer().Clear(True)
1779        VectorRBDisplay = wx.Panel(VectorRB)
1780        VectorRBSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
1781        for rbId in data['RBIds']['Vector']:
1782            if rbId != 'AtInfo':
1783                rbData = data['Vector'][rbId]
1784                FillRefChoice(rbId,rbData)
1785                VectorRBSizer.Add(rbNameSizer(rbId,rbData),0)
1786                VectorRBSizer.Add(rbRefAtmSizer(rbId,rbData),0)
1787                XYZ = np.array([[0.,0.,0.] for Ty in rbData['rbTypes']])
1788                for imag,mag in enumerate(rbData['VectMag']):
1789                    XYZ += mag*rbData['rbVect'][imag]
1790                    VectorRBSizer.Add(rbVectMag(rbId,imag,rbData),0)
1791                    VectorRBSizer.Add(rbVectors(rbId,imag,mag,XYZ,rbData),0)
1792                VectorRBSizer.Add((5,5),0)
1793                data['Vector'][rbId]['rbXYZ'] = XYZ       
1794        VectorRBSizer.Layout()   
1795        VectorRBDisplay.SetSizer(VectorRBSizer,True)
1796        Size = VectorRBSizer.GetMinSize()
1797        Size[0] += 40
1798        Size[1] = max(Size[1],450) + 20
1799        VectorRBDisplay.SetSize(Size)
1800        VectorRB.SetScrollbars(10,10,Size[0]/10-4,Size[1]/10-1)
1801        VectorRB.Scroll(0,Scroll)
1802       
1803    def UpdateResidueRB():
1804        AtInfo = data['Residue']['AtInfo']
1805        refChoice = {}
1806        RefObjs = []
1807
1808        def rbNameSizer(rbId,rbData):
1809
1810            def OnRBName(event):
1811                Obj = event.GetEventObject()
1812                rbData['RBname'] = Obj.GetValue()
1813               
1814            def OnDelRB(event):
1815                Obj = event.GetEventObject()
1816                rbId = Indx[Obj.GetId()]
1817                if rbId in data['Residue']: 
1818                    del data['Residue'][rbId]
1819                    data['RBIds']['Residue'].remove(rbId)
1820                wx.CallAfter(UpdateResidueRB)
1821               
1822            def OnPlotRB(event):
1823                Obj = event.GetEventObject()
1824                Obj.SetValue(False)
1825                G2plt.PlotRigidBody(G2frame,'Residue',AtInfo,rbData,plotDefaults)
1826           
1827            nameSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1828            nameSizer.Add(wx.StaticText(ResidueRBDisplay,-1,'Residue name: '),
1829                0,wx.ALIGN_CENTER_VERTICAL)
1830            RBname = wx.TextCtrl(ResidueRBDisplay,-1,rbData['RBname'])
1831            Indx[RBname.GetId()] = rbId
1832            RBname.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnRBName)
1833            RBname.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnRBName)
1834            nameSizer.Add(RBname,0,wx.ALIGN_CENTER_VERTICAL)
1835            nameSizer.Add((5,0),)
1836            plotRB = wx.CheckBox(ResidueRBDisplay,-1,'Plot?')
1837            Indx[plotRB.GetId()] = rbId
1838            plotRB.Bind(wx.EVT_CHECKBOX,OnPlotRB)
1839            nameSizer.Add(plotRB,0,wx.ALIGN_CENTER_VERTICAL)
1840            nameSizer.Add((5,0),)
1841            if not rbData['useCount']:
1842                delRB = wx.CheckBox(ResidueRBDisplay,-1,'Delete?')
1843                Indx[delRB.GetId()] = rbId
1844                delRB.Bind(wx.EVT_CHECKBOX,OnDelRB)
1845                nameSizer.Add(delRB,0,wx.ALIGN_CENTER_VERTICAL)
1846            return nameSizer
1847           
1848        def rbResidues(rbId,rbData):
1849           
1850            def TypeSelect(event):
1851                AtInfo = data['Residue']['AtInfo']
1852                r,c = event.GetRow(),event.GetCol()
1853                if vecGrid.GetColLabelValue(c) == 'Type':
1854                    PE = G2elemGUI.PickElement(G2frame,oneOnly=True)
1855                    if PE.ShowModal() == wx.ID_OK:
1856                        if PE.Elem != 'None':
1857                            El = PE.Elem.strip().lower().capitalize()
1858                            if El not in AtInfo:
1859                                Info = G2elem.GetAtomInfo(El)
1860                                AtInfo[El] = [Info['Drad']['Color']]
1861                            rbData['rbTypes'][r] = El
1862                            vecGrid.SetCellValue(r,c,El)
1863                    PE.Destroy()
1864
1865            def ChangeCell(event):
1866                r,c =  event.GetRow(),event.GetCol()
1867                if r >= 0 and (0 <= c < 3):
1868                    try:
1869                        val = float(vecGrid.GetCellValue(r,c))
1870                        rbData['rbXYZ'][r][c] = val
1871                    except ValueError:
1872                        pass
1873                       
1874            def RowSelect(event):
1875                r,c =  event.GetRow(),event.GetCol()
1876                if c < 0:                   #only row clicks
1877                    for vecgrid in resList:
1878                        vecgrid.ClearSelection()
1879                    vecGrid.SelectRow(r,True)
1880
1881            def OnRefSel(event):
1882                Obj = event.GetEventObject()
1883                iref,res,jref = Indx[Obj.GetId()]
1884                sel = Obj.GetValue()
1885                ind = atNames.index(sel)
1886                rbData['rbRef'][iref] = ind
1887                FillRefChoice(rbId,rbData)
1888                for i,ref in enumerate(RefObjs[jref]):
1889                    ref.SetItems([atNames[j] for j in refChoice[rbId][i]])
1890                    ref.SetValue(atNames[rbData['rbRef'][i]])
1891                if not iref:     #origin change
1892                    rbXYZ = rbData['rbXYZ']
1893                    rbXYZ -= rbXYZ[ind]
1894                    res.ClearSelection()
1895                    resTable = res.GetTable()
1896                    for r in range(res.GetNumberRows()):
1897                        row = resTable.GetRowValues(r)
1898                        row[2:4] = rbXYZ[r]
1899                        resTable.SetRowValues(r,row)
1900                    res.ForceRefresh()
1901                    G2plt.PlotRigidBody(G2frame,'Residue',AtInfo,rbData,plotDefaults)
1902               
1903            Types = 2*[wg.GRID_VALUE_STRING,]+3*[wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,5',]
1904            colLabels = ['Name','Type','Cart x','Cart y','Cart z']
1905            table = []
1906            rowLabels = []
1907            for ivec,xyz in enumerate(rbData['rbXYZ']):
1908                table.append([rbData['atNames'][ivec],]+[rbData['rbTypes'][ivec],]+list(xyz))
1909                rowLabels.append(str(ivec))
1910            vecTable = G2G.Table(table,rowLabels=rowLabels,colLabels=colLabels,types=Types)
1911            vecGrid = G2G.GSGrid(ResidueRBDisplay)
1912            Indx[vecGrid.GetId()] = rbId
1913            resList.append(vecGrid)
1914            vecGrid.SetTable(vecTable, True)
1915            vecGrid.Bind(wg.EVT_GRID_CELL_CHANGE, ChangeCell)
1916            vecGrid.Bind(wg.EVT_GRID_CELL_LEFT_DCLICK, TypeSelect)
1917            vecGrid.Bind(wg.EVT_GRID_LABEL_LEFT_CLICK, RowSelect)
1918            attr = wx.grid.GridCellAttr()
1919            attr.SetEditor(G2G.GridFractionEditor(vecGrid))
1920            for c in range(3):
1921                vecGrid.SetColAttr(c, attr)
1922            for row in range(vecTable.GetNumberRows()):
1923                for col in range(5):
1924                    vecGrid.SetCellStyle(row,col,VERY_LIGHT_GREY,True)
1925            vecGrid.SetMargins(0,0)
1926            vecGrid.AutoSizeColumns(False)
1927            vecSizer = wx.BoxSizer()
1928            vecSizer.Add(vecGrid)
1929           
1930            refAtmSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1931            atNames = rbData['atNames']
1932            rbRef = rbData['rbRef']
1933            if rbData['rbRef'][3] or rbData['useCount']:
1934                refAtmSizer.Add(wx.StaticText(ResidueRBDisplay,-1,
1935                    'Orientation reference atoms A-B-C: %s, %s, %s'%(atNames[rbRef[0]], \
1936                     atNames[rbRef[1]],atNames[rbRef[2]])),0)
1937            else:
1938                refAtmSizer.Add(wx.StaticText(ResidueRBDisplay,-1,
1939                    'Orientation reference atoms A-B-C: '),0,wx.ALIGN_CENTER_VERTICAL)
1940                refObj = [0,0,0]
1941                for i in range(3):
1942                    choices = [atNames[j] for j in refChoice[rbId][i]]
1943                    refSel = wx.ComboBox(ResidueRBDisplay,-1,value='',
1944                        choices=choices,style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
1945                    refSel.SetValue(atNames[rbRef[i]])
1946                    refSel.Bind(wx.EVT_COMBOBOX, OnRefSel)
1947                    Indx[refSel.GetId()] = [i,vecGrid,len(RefObjs)]
1948                    refObj[i] = refSel
1949                    refAtmSizer.Add(refSel,0,wx.ALIGN_CENTER_VERTICAL)
1950                RefObjs.append(refObj)
1951           
1952            mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
1953            mainSizer.Add(refAtmSizer)
1954            mainSizer.Add(vecSizer)
1955            return mainSizer
1956           
1957        def SeqSizer(angSlide,rbId,iSeq,Seq,atNames):
1958           
1959            def ChangeAngle(event):
1960                event.Skip()
1961                Obj = event.GetEventObject()
1962                rbId,Seq = Indx[Obj.GetId()][:2]
1963                val = Seq[2]
1964                try:
1965                    val = float(Obj.GetValue())
1966                    Seq[2] = val
1967                except ValueError:
1968                    pass
1969                Obj.SetValue('%8.2f'%(val))
1970                G2plt.PlotRigidBody(G2frame,'Residue',AtInfo,data['Residue'][rbId],plotDefaults)
1971               
1972            def OnRadBtn(event):
1973                Obj = event.GetEventObject()
1974                Seq,iSeq,angId = Indx[Obj.GetId()]
1975                data['Residue'][rbId]['SelSeq'] = [iSeq,angId]
1976                angSlide.SetValue(int(100*Seq[2]))
1977               
1978            def OnDelBtn(event):
1979                Obj = event.GetEventObject()
1980                rbId,Seq = Indx[Obj.GetId()]
1981                data['Residue'][rbId]['rbSeq'].remove(Seq)       
1982                wx.CallAfter(UpdateResidueRB)
1983           
1984            seqSizer = wx.FlexGridSizer(0,5,2,2)
1985            seqSizer.AddGrowableCol(3,0)
1986            iBeg,iFin,angle,iMove = Seq
1987            ang = wx.TextCtrl(ResidueRBDisplay,-1,'%8.2f'%(angle),size=(50,20))
1988            if not iSeq:
1989                radBt = wx.RadioButton(ResidueRBDisplay,-1,'',style=wx.RB_GROUP)
1990                data['Residue'][rbId]['SelSeq'] = [iSeq,ang.GetId()]
1991            else:
1992                radBt = wx.RadioButton(ResidueRBDisplay,-1,'')
1993            radBt.Bind(wx.EVT_RADIOBUTTON,OnRadBtn)                   
1994            seqSizer.Add(radBt)
1995            delBt = wx.RadioButton(ResidueRBDisplay,-1,'')
1996            delBt.Bind(wx.EVT_RADIOBUTTON,OnDelBtn)
1997            seqSizer.Add(delBt)
1998            bond = wx.TextCtrl(ResidueRBDisplay,-1,'%s %s'%(atNames[iBeg],atNames[iFin]),size=(50,20))
1999            seqSizer.Add(bond,0,wx.ALIGN_CENTER_VERTICAL)
2000            Indx[radBt.GetId()] = [Seq,iSeq,ang.GetId()]
2001            Indx[delBt.GetId()] = [rbId,Seq]
2002            Indx[ang.GetId()] = [rbId,Seq,ang]
2003            ang.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,ChangeAngle)
2004            ang.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,ChangeAngle)
2005            seqSizer.Add(ang,0,wx.ALIGN_CENTER_VERTICAL)
2006            atms = ''
2007            for i in iMove:   
2008                atms += ' %s,'%(atNames[i])
2009            moves = wx.TextCtrl(ResidueRBDisplay,-1,atms[:-1],size=(200,20))
2010            seqSizer.Add(moves,1,wx.ALIGN_CENTER_VERTICAL|wx.EXPAND|wx.RIGHT)
2011            return seqSizer
2012           
2013        def SlideSizer():
2014           
2015            def OnSlider(event):
2016                Obj = event.GetEventObject()
2017                rbData = Indx[Obj.GetId()]
2018                iSeq,angId = rbData['SelSeq']
2019                val = float(Obj.GetValue())/100.
2020                rbData['rbSeq'][iSeq][2] = val
2021                Indx[angId][2].SetValue('%8.2f'%(val))
2022                G2plt.PlotRigidBody(G2frame,'Residue',AtInfo,rbData,plotDefaults)
2023           
2024            slideSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
2025            slideSizer.Add(wx.StaticText(ResidueRBDisplay,-1,'Selected torsion angle:'),0)
2026            iSeq,angId = rbData['SelSeq']
2027            angSlide = wx.Slider(ResidueRBDisplay,-1,
2028                int(100*rbData['rbSeq'][iSeq][2]),0,36000,size=(200,20),
2029                style=wx.SL_HORIZONTAL)
2030            angSlide.Bind(wx.EVT_SLIDER, OnSlider)
2031            Indx[angSlide.GetId()] = rbData
2032            slideSizer.Add(angSlide,0)           
2033            return slideSizer,angSlide
2034           
2035        def FillRefChoice(rbId,rbData):
2036            choiceIds = [i for i in range(len(rbData['atNames']))]
2037            for seq in rbData['rbSeq']:
2038                for i in seq[3]:
2039                    try:
2040                        choiceIds.remove(i)
2041                    except ValueError:
2042                        pass
2043            rbRef = rbData['rbRef']
2044            for i in range(3):
2045                try:
2046                    choiceIds.remove(rbRef[i])
2047                except ValueError:
2048                    pass
2049            refChoice[rbId] = [choiceIds[:],choiceIds[:],choiceIds[:]]
2050            for i in range(3):
2051                refChoice[rbId][i].append(rbRef[i])
2052                refChoice[rbId][i].sort()     
2053           
2054        ResidueRBDisplay = wx.Panel(ResidueRB)
2055        ResidueRBSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
2056        for rbId in data['RBIds']['Residue']:
2057            rbData = data['Residue'][rbId]
2058            FillRefChoice(rbId,rbData)
2059            ResidueRBSizer.Add(rbNameSizer(rbId,rbData),0)
2060            ResidueRBSizer.Add(rbResidues(rbId,rbData),0)
2061            ResidueRBSizer.Add((5,5),0)
2062            if rbData['rbSeq']:
2063                slideSizer,angSlide = SlideSizer()
2064            if len(rbData['rbSeq']):
2065                ResidueRBSizer.Add(wx.StaticText(ResidueRBDisplay,-1,
2066                    'Sel  Del  Bond             Angle      Riding atoms'),
2067                    0,wx.ALIGN_CENTER_VERTICAL)                       
2068            for iSeq,Seq in enumerate(rbData['rbSeq']):
2069                ResidueRBSizer.Add(SeqSizer(angSlide,rbId,iSeq,Seq,rbData['atNames']))
2070            if rbData['rbSeq']:
2071                ResidueRBSizer.Add(slideSizer,)
2072            ResidueRBSizer.Add(wx.StaticText(ResidueRBDisplay,-1,100*'-'))
2073
2074        ResidueRBSizer.Add((5,25),)
2075        ResidueRBSizer.Layout()   
2076        ResidueRBDisplay.SetSizer(ResidueRBSizer,True)
2077        Size = ResidueRBSizer.GetMinSize()
2078        Size[0] += 40
2079        Size[1] = max(Size[1],450) + 20
2080        ResidueRBDisplay.SetSize(Size)
2081        ResidueRB.SetScrollbars(10,10,Size[0]/10-4,Size[1]/10-1)
2082       
2083    def SetStatusLine(text):
2084        G2frame.GetStatusBar().SetStatusText(text)                                     
2085
2086    G2gd.SetDataMenuBar(G2frame,G2frame.dataWindow.RigidBodyMenu)
2087    G2frame.SetLabel(G2frame.GetLabel().split('||')[0]+' || '+'Rigid bodies')
2088    SetStatusLine('')
2089    G2frame.dataWindow.ClearData()
2090    G2frame.rbBook = G2G.GSNoteBook(parent=G2frame.dataFrame,size=G2frame.dataWindow.GetClientSize())
2091
2092    VectorRB = wx.ScrolledWindow(G2frame.rbBook)
2093    G2frame.rbBook.AddPage(VectorRB,'Vector rigid bodies')
2094    ResidueRB = wx.ScrolledWindow(G2frame.rbBook)
2095    G2frame.rbBook.AddPage(ResidueRB,'Residue rigid bodies')
2096    UpdateVectorRB()
2097    G2frame.rbBook.Bind(wx.aui.EVT_AUINOTEBOOK_PAGE_CHANGED, OnPageChanged)
2098    wx.CallAfter(OnPageChanged,None)
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.