source: trunk/rigid.tcl @ 1166

Last change on this file since 1166 was 1166, checked in by toby, 9 years ago

bring sandbox changes over to main release

File size: 103.7 KB
Line 
1# Procedure list:
2# RB_Import_Data_Type {args}            determines types of input available for rigid body creation panel.
3# RB_Load_RBdata {args}                 parses variables from ReadRigidBody
4# RB_Load_Mapdata {phase bodnum mapnum} parses variables from ReadRigidBodyMapping
5# RB_Control_Panel {panelnum args}      builds notebook for rigid bodies
6# RB_Create {args}                      builds rigid body create panel
7# RB_Create_Cart {bodnum location args} creates cartesian coordinate frame in nbt window. (nbt = new body type)
8# RB_Create_save {bodnum args}          builds rigid body from nbt window
9# RB_Delete_Body {bodnum location args} panel queries user confirm rigid body deletion
10# RB_Delete_Body_Confirm {bodnum location args} deletes and unmaps rigid body with UnMapRigidBody and DeleteRigidBody
11# RB_Populate {rb_notebook bodnum args} populates notebook pages with rigid body information
12# RB_Map_New {bodnum args}              adds new map for bodnum
13# RB_VarNums                            determines (add) or removes (sub ##) rigid body variable numbers.
14# RB_View_RMS {address args}            prints RMS data from Fit Rigid Body on mapping panel
15# RB_Choose_Atom {bodnum args}          finds possible first atom for rigid body mapping
16# RB_FitBody2Coords {bodnum menu}          fits rigid body to coordinates.
17# RB_PlotStrBody {bodnum menu}             plots rigid body onto structure
18# RB_Write_Map {args}                   writes mapping information with MapRigidBody
19# RB_Atom_List {phase atomnum address bodnum args} returns a list of atoms in rigid body
20# proc RB_ProcessPhase {bodnum args}    activate / deactivate buttons on rigid body mapping panel
21# RB_Unmap {bodnum args}                writes panel for unmapping rigid body
22# RB_unmap_delete {panel bodnum args}   unmaps rigid body
23# RB_Edit_Matrix {bodnum args}          build edit matrix panel
24# RB_Sort_Inc {bodnum dir args}         sort routine for edit matrix panel (dir = inc or dec)
25# RB_String_Reverse {string args}       reverses the order or elements in a string
26# RB_Matrix_Update {bodnum args}        updates the information in the edit matrix panel
27# proc RB_View_Parameters {phase x y args} not used at this time.
28# proc GetImportFormats {}              locates the file formats for rigid body creation panel not used at this time
29# MakeRBPane {}                         called to initialize pane in notebook
30# NewBodyTypeWindow                      build new rigid body save panel
31# RB_Fixfrag_Load {args}                build panel for generating rigid bodies from exp file
32# RB_FixFragSaveCoord {args}            build rigid body from information on rigid bodies from exp panel
33# RB_FixStartAtom {phase gdisplay gcon2 args}
34# RB_Atom_Fixlist {phase gdisplay}
35# RB_Atom_Origin_Set {args}
36# RB_Geom_Save {args}
37# RB_Refine_Con {args}                  sets matrix to set refinement constrols
38# RB_Variable_Clear {}
39# RB_Con_But_Proc {addresses change args}
40# RB_Con_Button {address args}
41# RB_Var_Gen {varcount args}
42# RB_Var_Assign {args}                   assigns variable numbers to refinement parameters
43# RB_Ref_FlagEnable {phasenum bodnum mapnum var val args}
44# RB_Var_Save {args}
45# RB_TLS_Onoff {phasenum main bodnum mapnum}
46# RB_Load_Vars {phasenum bodnum mapnum args}
47# RB_VarSet {varin mulvarlist args}
48# RB_New_RBnum {args}
49# RB_CartesianTextFile {bodnum args}
50
51
52
53# Important Global variable list:
54#          ::rbtypelist                               variable that contains RB file format types.
55#          ::rb_map(bodnum)                           number of times rigid body is mapped.
56#          ::rb_matrix_num(bodnum)                    number of matrices in rigid body.
57#          ::rb_mult(bodnum,matrixnum)                multiplier for matrix.
58#          ::rb_damp(bodnum,matrixnum)                damping factor for matrix multiplier.
59#          ::rb_var(bodnum,matrixnum)                 variable id for matrix multiplier.
60#          ::rb_coord_num(bodnum,matrixnum)           number of coordinates associated with matrix.
61#          ::rb_coord(bodnum,matrixnum,coord)         coordinate list
62#          ::rb_x(bodnum,matrixnum,coordnum)          x coordinate
63#          ::rb_y(bodnum,matrixnum,coordnum)          y coordinate
64#          ::rb_z(bodnum,matrixnum,coordnum)          z coordinate
65#          ::rb_lbl(bodnum,matrixnum,coordnum)        label for coordinate triplet
66#          ::rb_map_beginning(phase,bodnum,mapnum)    first atom in list
67#          ::rb_map_origin(phase,bodnum,mapnum)       origin of rigid body
68#          ::rb_map_euler(phase,bodnum,mapnum)        euler angles of rigid body
69#          ::rb_map_positions(phase,bodnum,mapnum)    positions
70#          ::rb_map_damping(phase,bodnum,mapnum)      damping
71#          ::rb_map_tls(phase,bodnum,mapnum)          tls
72#          ::rb_map_tls_var(phase,bodnum,mapnum)      tls variable id number
73#          ::rb_map_tls_damp(phase,bodnum,mapnum)     tls damping factor
74#          ::rb_notebook                              contains address of rigid body notebook
75#          ::rb_firstatom                             contains first atom on active rigid body.  Must be gobal for variable has trace.
76#$         ::rb_phase                                 phase for active map
77
78# debug code to load test files when run as an independent script
79if {[array name expgui shell] == ""} {
80    lappend auto_path c:/gsas/expgui
81    package require Tk
82    package require BWidget
83    set expgui(debug) 1
84    #package require La
85    #namespace import La::*
86    source c:/gsas/sandboxexpgui/readexp.tcl
87    source c:/gsas/sandboxexpgui/gsascmds.tcl
88    # test code (package already loaded in expgui)
89    lappend auto_path [file dirname [info script]]
90    package require La
91    source C:/gsas/sandboxexpgui/rb.tcl
92#    puts beforeread
93    expload c:/crystals/expgui/rigid/rb6norb.exp
94    mapexp
95#    puts after
96} else {
97    source [file join $expgui(scriptdir) rb.tcl]
98}
99
100# Procedure to determine possible RB file formats available
101
102proc RB_Import_Data_Type {args} {
103    global expgui tcl_platform
104    # only needs to be done once
105    set ::rbtypelist ""
106
107    set files [glob -nocomplain [file join $expgui(scriptdir) rbimport_*.tcl]]
108    foreach filetype $files {
109          set temp [lindex [string map {_ " "} $filetype] 1]
110          lappend ::rbtypelist $temp
111    }
112    if {$::rbtypelist == ""} {lappend ::rbtypelist "no rigid body file types available"}
113    foreach filetype $::rbtypelist {
114            source $::expgui(scriptdir)/rbimport_$filetype
115    }
116    return $::rbtypelist
117}
118
119#global variables generated by RB_Load
120#
121#
122#          ::rb_map(bodnum)                   number of times rigid body is mapped.
123#          ::rb_matrix_num(bodnum)            number of matrices in rigid body.
124#          ::rb_mult(bodnum,matrixnum)        multiplier for matrix.
125#          ::rb_damp(bodnum,matrixnum)        damping factor for matrix.
126#          ::rb_var(bodnum,matrixnum)         variable for matrix.
127#          ::rb_coord_num(bodnum,matrixnum)   number of coordinates associated with matrix.
128#          ::rb_coord(bodnum,matrixnum,coord) coordinates
129#          ::rb_x(bodnum,matrixnum,coordnum)  x coordinate
130#          ::rb_y(bodnum,matrixnum,coordnum)  y coordinate
131#          ::rb_z(bodnum,matrixnum,coordnum   z coordinate
132#          ::rb_lbl(bodnum,matrixnum,coordnum label for coordinate triplet
133
134proc RB_Load_RBdata {args} {
135    catch {unset ::rb}
136    #Loop over the rigid body types in EXP file
137    foreach bodnum [RigidBodyList] {
138             set rb($bodnum) [ReadRigidBody $bodnum]
139             #Set the number of times rigid body is mapped.
140             set ::rb_map($bodnum) [lindex $rb($bodnum) 0]
141             #define the matrices
142             set rb_mat [lindex $rb($bodnum) 1]
143             set ::rb_matrix_num($bodnum) [llength $rb_mat]
144             for {set matrixnum 1} {$matrixnum <= $::rb_matrix_num($bodnum)} {incr matrixnum} {
145                 set temp [lindex $rb_mat [expr $matrixnum - 1]]
146                 set ::rb_mult($bodnum,$matrixnum) [lindex $temp 0]
147                 set ::rb_damp($bodnum,$matrixnum) [lindex $temp 1]
148                 set ::rb_var($bodnum,$matrixnum)  [lindex $temp 2]
149                 if {$::rb_var($bodnum,$matrixnum) == 0} {
150                    set ::rb_varcheck($bodnum,$matrixnum) 0
151                 } else {
152                    set ::rb_varcheck($bodnum,$matrixnum) 1
153                 }
154#                 puts "in RB_Load_RBdata ::rb_damp = $::rb_damp($bodnum,$matrixnum)"
155                 set coords [lindex $temp 3]
156                 set ::rb_coord_num($bodnum,$matrixnum) [llength $coords]
157                 #load all coordniate information for matrix matrixnum
158                 for {set coordnum 0} {$coordnum < $::rb_coord_num($bodnum,$matrixnum)} {incr coordnum} {
159                     set ::rb_coord($bodnum,$matrixnum,$coordnum) [lindex $coords $coordnum]
160                     set ::rb_x($bodnum,$matrixnum,$coordnum) [lindex $::rb_coord($bodnum,$matrixnum,$coordnum) 0]
161                     set ::rb_y($bodnum,$matrixnum,$coordnum) [lindex $::rb_coord($bodnum,$matrixnum,$coordnum) 0]
162                     set ::rb_z($bodnum,$matrixnum,$coordnum) [lindex $::rb_coord($bodnum,$matrixnum,$coordnum) 0]
163                     set ::rb_lbl($bodnum,$matrixnum,$coordnum) [lindex $::rb_coord($bodnum,$matrixnum,$coordnum) 0]
164#                    restore values                     
165                     set ::rb_matrix_num_temp($bodnum) $::rb_matrix_num($bodnum)
166                     set ::rb_coord_num_temp($bodnum,1) $::rb_coord_num($bodnum,1)
167                     set ::rb_coord_temp($bodnum,$matrixnum,$coordnum) $::rb_coord($bodnum,$matrixnum,$coordnum)
168
169                 }
170             }
171     }
172}
173
174############################################
175#           ::rb_map_beginning(phase,bodnum,mapnum)   first atom in list
176#           ::rb_map_origin(phase,bodnum,mapnum)      origin of rigid body
177#           ::rb_map_euler(phase,bodnum,mapnum)       euler angles of rigid body
178#           ::rb_map_positions(phase,bodnum,mapnum)   positions
179#           ::rb_map_damping(phase,bodnum,mapnum)     damping
180#           ::rb_map_tls(phase,bodnum,mapnum)         tls
181#           ::rb_map_tls_var(phase,bodnum,mapnum)
182#           ::rb_map_tls_damp(phase,bodnum,mapnum)
183proc RB_Load_Mapdata {phase bodnum mapnum} {
184     set rb_map [ReadRigidBodyMapping $phase $bodnum $mapnum]
185     set ::rb_map_beginning($phase,$bodnum,$mapnum) [lindex $rb_map 0]
186     set ::rb_map_origin($phase,$bodnum,$mapnum) [lindex $rb_map 1]
187     set ::rb_map_euler($phase,$bodnum,$mapnum) [lindex $rb_map 2]
188     set ::rb_map_positionvars($phase,$bodnum,$mapnum) [lindex $rb_map 3]
189     set ::rb_map_damping($phase,$bodnum,$mapnum) [lindex $rb_map 4]
190     set ::rb_map_tls($phase,$bodnum,$mapnum) [lindex $rb_map 5]
191     set ::rb_map_tls_var($phase,$bodnum,$mapnum) [lindex $rb_map 6]
192     set ::rb_map_tls_damp($phase,$bodnum,$mapnum) [lindex $rb_map 7]
193}
194
195#############################################
196#   rcb     .a               initial rigid body control panel.
197#   panelnum                 the notebook panel to be accessed.
198#::rb_notebook              the notebook containing all rigid body panels.
199
200proc RB_Control_Panel {panelnum args} {
201     #set rcb .a
202     #destroy $rcb
203     #catch {toplevel $rcb} err
204     set rcb $::expgui(rbFrame)
205     eval destroy [winfo children $rcb]
206     #wm title $rcb "Rigid Body Control Panel"
207     #wm geometry $rcb 700x600+10+10
208     set rb_nb $rcb.nb
209
210     # Enable NoteBook from BWidget package
211
212     set ::rb_notebook [NoteBook $rb_nb -side bottom]
213     # loop over rigid body types, create notebook pages
214     set pagelist {}
215
216     # add create rigid body page and populate page
217     $::rb_notebook insert 0 rb_body0 -text "Create Rigid Body" \
218     -raisecmd "RB_Create"
219     lappend pagelist rb_body0
220
221
222     foreach bodnum [RigidBodyList] {
223         $::rb_notebook insert $bodnum rb_body$bodnum -text "Rigid Body Type $bodnum"  \
224         -raisecmd "RB_Populate $::rb_notebook $bodnum"
225        lappend pagelist rb_body$bodnum
226     }
227
228    # grid notebook
229    grid $::rb_notebook -sticky news -column 0 -row 1 -columnspan 2
230    grid columnconfig $rcb 1 -weight 1
231    grid rowconfig    $rcb 1 -weight 1
232    $::rb_notebook raise [lindex $pagelist $panelnum]
233}
234
235############################################
236# Procedure to create new rigid body
237
238proc RB_Create {args} {
239     RB_Import_Data_Type
240     $::rb_notebook raise [$::rb_notebook page 0]
241     #sets the new rigidbody number
242     set bodnum [expr [llength [RigidBodyList]] + 1]
243     #sets the phase list
244     set phase $::expmap(phaselist)
245     set pane [$::rb_notebook getframe rb_body0]
246     eval destroy [winfo children $pane]
247     set con0 $pane.con0
248     #set con1 $pane.con1
249     #set con2 $pane.con2
250     #set con3 $pane.con3
251
252     #initialize matrix number, multiplier and number of coordinates
253     set ::rb_matrix_num($bodnum) 1
254     set ::rb_mult($bodnum,1) 1.000
255
256     if {[info vars ::rb_coord_num($bodnum,1)] == ""} {set ::rb_coord_num($bodnum,1) 1}
257
258     #set check variables to see if number of matricies or coordinates incremented.
259     set ::rb_mat_num_check 0
260     set ::rb_atom_num_check 0
261
262     #building rigid body creation frames
263     pack [frame $con0 -bd 2 -relief groove] -side top -pady 10
264
265     set ::rb_loader(manual) NewBodyTypeWindow
266     set ::rb_descriptor(manual) "Manual Input"
267
268
269     set filedescriptors ""
270     set filearray [array names ::rb_descriptor]
271     foreach file $filearray {
272             lappend filedescriptors $::rb_descriptor($file)
273     }
274
275     set filecount 0
276     set ::rb_file_loader "Choose Method"
277     grid [label $con0.lbl -text "How are rigid body coordinates \n to be entered?"] -row 0 -column 0 -sticky ns
278     set menu [eval tk_optionMenu $con0.filematrix ::rb_file_loader $filedescriptors]
279         foreach file $filearray {
280                 $menu entryconfig $filecount -command "eval $::rb_loader($file)"
281                 incr filecount
282         }
283     $con0.filematrix configure -width 50
284     grid $con0.filematrix -row 0 -column 1
285
286}
287
288############################################################
289#procedure to create tables of cartesian coordinates
290
291proc RB_Create_Cart {bodnum location args} {
292     if {$::rb_matrix_num($bodnum) == $::rb_mat_num_check && $::rb_coord_num($bodnum,1) == $::rb_atom_num_check} {return}
293     if {[catch {expr $::rb_matrix_num($bodnum)}] == 1 || [catch {expr $::rb_coord_num($bodnum,1)}] == 1} {return}
294     if {$::rb_matrix_num($bodnum) != int($::rb_matrix_num($bodnum)) || $::rb_coord_num($bodnum,1) != int($::rb_coord_num($bodnum,1)) } {return}
295     eval destroy [winfo children $location]
296     foreach {top main side lbl} [MakeScrollTable $location] {}
297     set ::rb_atom_num_check $::rb_coord_num($bodnum,1)
298     set ::rb_mat_num_check $::rb_matrix_num($bodnum)
299     set col 0
300     grid [label $top.multilbl -text "Matrix Multiplier"] -row 1 -column 0
301#     grid [label $top.damplbl -text "Damping Factor"] -row 2 -column 0
302     for {set matrixnum 1} {$matrixnum <= $::rb_matrix_num($bodnum)} {incr matrixnum} {
303          grid [label $top.matlbl$matrixnum -text "Matrix $matrixnum"] -row 0 -column [expr $col + 2]
304          grid [entry $top.multi$matrixnum -textvariable ::rb_mult($bodnum,$matrixnum) -width 7 -takefocus 1] -row 1 -column [expr $col +2]
305#          puts "in RB_Create_Cart damp = $::rb_damp($bodnum,$matrixnum)"
306
307#          set dampfactors "0 1 2 3 4 5 6 7 8 9"
308#          eval tk_optionMenu $top.damp$matrixnum ::rb_damp($bodnum,$matrixnum) $dampfactors
309#          grid $top.damp$matrixnum -row 2 -column [expr $col +2]
310#          $top.damp$matrixnum config -width 4
311
312
313#          grid [entry $top.damp$matrixnum -textvariable ::rb_damp($bodnum,$matrixnum) -width 7 -takefocus 1] -row 2 -column  [expr $col +2]
314
315
316          if {$::rb_mult($bodnum,$matrixnum) == ""} {set ::rb_mult($bodnum,$matrixnum) 1.000}
317#          if {$::rb_damp($bodnum,$matrixnum) == ""} {set ::rb_damp($bodnum,$matrixnum) 0}
318
319          grid [label $main.x$matrixnum -text "X"] -row 0 -column [expr $col + 1]
320          grid [label $main.y$matrixnum -text "Y"] -row 0 -column [expr $col + 2]
321          grid [label $main.z$matrixnum -text "Z"] -row 0 -column [expr $col + 3]
322          grid [label $main.b$matrixnum -text "    "] -row 0 -column [expr $col +4]
323          incr col 4
324     }
325
326     for {set coordnum 0} {$coordnum <= [expr $::rb_coord_num($bodnum,1) - 1]} {incr coordnum} {
327          grid [label $main.lbl$coordnum -text "Site [expr $coordnum + 1]"] -row [expr $coordnum+10] -column 0
328          set col 0
329          for {set matrixnum 1} {$matrixnum <= $::rb_matrix_num($bodnum)} {incr matrixnum} {
330              grid [entry $main.x($matrixnum,$coordnum) -textvariable ::rb_x($bodnum,$matrixnum,$coordnum) -width 8 -takefocus 1] -row [expr $coordnum+10] -column [expr $col + 1]
331              if {$::rb_x($bodnum,$matrixnum,$coordnum) == ""} {set ::rb_x($bodnum,$matrixnum,$coordnum) 0}
332              grid [entry $main.y($matrixnum,$coordnum) -textvariable ::rb_y($bodnum,$matrixnum,$coordnum) -width 8 -takefocus 1] -row [expr $coordnum+10] -column [expr $col + 2]
333              if {$::rb_y($bodnum,$matrixnum,$coordnum) == ""} {set ::rb_y($bodnum,$matrixnum,$coordnum) 0}
334              grid [entry $main.z($matrixnum,$coordnum) -textvariable ::rb_z($bodnum,$matrixnum,$coordnum) -width 8 -takefocus 1] -row [expr $coordnum+10] -column [expr $col + 3]
335              if {$::rb_z($bodnum,$matrixnum,$coordnum) == ""} {set ::rb_z($bodnum,$matrixnum,$coordnum) 0}
336              grid [label $main.b($matrixnum,$coordnum) -text "    "] -row [expr $coordnum+10]  -column [expr $col +4]
337              incr col 4
338          }
339          ResizeScrollTable $location
340     }
341}
342########################################################
343# Procedure to save new rigid body to EXP file.
344
345proc RB_Create_Save {bodnum args} {
346     set temp_mat ""
347     set temp_car ""
348     set temp_mat_group ""
349     set temp_car_group ""
350     set total ""
351#     puts $::::rb_coord_num($bodnum,1)
352     for {set matrixnum 1} {$matrixnum <= $::rb_matrix_num($bodnum)} {incr matrixnum} {
353         lappend temp_mat $::rb_mult($bodnum,$matrixnum)
354     }
355
356     for {set matrixnum 1} {$matrixnum <= $::rb_matrix_num($bodnum)} {incr matrixnum} {
357         for {set coordnum 0} {$coordnum < $::rb_coord_num($bodnum,1)} {incr coordnum} {
358                  set temp_cart_triplet "$::rb_x($bodnum,$matrixnum,$coordnum) $::rb_y($bodnum,$matrixnum,$coordnum) $::rb_z($bodnum,$matrixnum,$coordnum)"
359                  lappend temp $temp_cart_triplet
360         }
361         lappend temp_car $temp
362     }
363#     puts "sites: $::rb_coord_num($bodnum,1)"
364#     puts "matrix multiplier:  $temp_mat"
365#     puts "cartesian coords:   $temp_car"
366     AddRigidBody $temp_mat $temp_car
367     RecordMacroEntry "AddRigidBody $temp_mat $temp_car" 0
368
369     incr ::expgui(changed)
370     destroy .nbt
371     RB_Load_RBdata
372     RB_Control_Panel $bodnum
373}
374
375###################################################
376# Procedures to delete rigid bodies
377
378proc RB_Delete_Body {bodnum location args} {
379     destroy $location.delete
380     set really $location.delete
381     toplevel $really
382     putontop $really
383     wm title $really "Delete Rigid Body"
384     grid [label $really.lbl -text "Confirm \n Is rigid body $bodnum to be deleted?"] -row 0 -column 0 -columnspan 2 -pady 15
385     grid [button $really.save -text "Delete" -bg red -command "RB_Delete_Body_Confirm $bodnum $location.delete"] \
386          -row 1 -column 0 -padx 5 -pady 5
387     grid [button $really.abort -text "Abort" -bg green -command "RB_Populate $::rb_notebook $bodnum; \
388     $::rb_notebook raise rb_body$bodnum"] -row 1 -column 1 \
389          -padx 5 -pady 5
390}
391
392proc RB_Delete_Body_Confirm {bodnum location args} {
393
394 #   unmap all instances of the rigid body
395     foreach phase $::expmap(phaselist) {
396             foreach mapnum [RigidBodyMappingList $phase $bodnum] {
397                     UnMapRigidBody $phase $bodnum $mapnum
398                     RecordMacroEntry "UnMapRigidBody $phase $bodnum $mapnum" 0
399             }
400     }
401#    puts "delete rigid body number $bodnum"
402     DeleteRigidBody $bodnum
403     RecordMacroEntry "DeleteRigidBody $bodnum" 0
404#    puts "destroy location $location"
405     destroy $location
406#    increment expgui
407     incr ::expgui(changed)
408     RB_Load_RBdata
409     RB_Control_Panel 0
410}
411
412############################################################
413# Procedure to populate notebook pages
414
415proc RB_Populate {rb_notebook bodnum args} {
416     RB_Load_RBdata
417     set ::rb_panel $bodnum
418     set phaselist $::expmap(phaselist)
419     # set notebook frame
420     set pane [$rb_notebook getframe rb_body$bodnum]
421     eval destroy [winfo children $pane]
422     set con $pane.con
423     grid [frame $con -bd 2 -relief groove] -row 0 -column 1 -pady 10
424
425     #Rigid body mapping control panel along with matrix multipliers and damping factor labels
426     grid [label  $con.rb_num -text "Rigid Body Type $bodnum"] -row 0 -column 0 -padx 5 -pady 5
427     grid [button $con.rb_newmap -text "Map Body $bodnum" -command "RB_Map_New $bodnum" -width 18] -row 0 -column 1 -padx 5 -pady 5
428     grid [button $con.rb_unmap -text "Unmap Body $bodnum" -command "RB_Unmap $bodnum" -width 18] -row 0 -column 2 -padx 5 -pady 5
429     button $con.rb_delete -text "Delete Body $bodnum" -command "RB_Delete_Body $bodnum $con.rb_delete" -width 18
430     grid   $con.rb_delete -row 4 -column 2 -padx 5 -pady 5
431
432     grid [label $con.rb_mlbl1 -text "Matrix"] -row 1 -column 0
433     grid [label $con.rb_mlbl2 -text "Multiplier"] -row 2 -column 0
434     grid [label $con.rb_mlbl3 -text "Damping Factor"] -row 3 -column 0
435     grid [button $con.plot -text "Plot Rigid Body" -command "PlotRBtype $bodnum" -width 18] -row 4 -column 0
436
437     set matrixnum 0
438     for {set mnum 1} {$mnum <= $::rb_matrix_num($bodnum)} {incr mnum} {
439        incr matrixnum
440        grid [label $con.rb_mm$mnum   -text "$mnum"]                -row 1 -column $matrixnum
441        grid [label $con.rb_mult$mnum -text "$::rb_mult($bodnum,$mnum)"] -row 2 -column $matrixnum
442        grid [label $con.rb_damp$mnum -text "$::rb_damp($bodnum,$mnum)"] -row 3 -column $matrixnum
443     }
444
445     button $con.rb_vmatrix -text "Edit Matrix" -command "RB_Edit_Matrix $bodnum" -width 18
446     grid   $con.rb_vmatrix -row 4 -column 1 -padx 5 -pady 5
447     grid [button $con.refine -text "Refinement \n Flags" -command "RB_Refine_Con" -width 18 ] -row 5 -column 1
448
449     # create header for mapping data
450     foreach {top main side lbl} [MakeScrollTable $pane] {}
451     grid [label $main.rb_origin -text "Origin"] -row 0 -column 3 -columnspan 3
452     grid [label $main.rb_euler -text "Euler Angles"] -row 0 -column 6 -columnspan 3
453     grid [label $main.rb_site -text "Sites"] -row 0 -column 10 -columnspan 3
454     grid [label $main.rb_ref -text "Phase"] -row 1 -column 2
455     grid [label $main.rb_map -text "Map"] -row 1 -column 1
456     grid [label $main.rb_x   -text "x"] -row 1 -column 3
457     grid [label $main.rb_y   -text "y"] -row 1 -column 4
458     grid [label $main.rb_z   -text "z"] -row 1 -column 5
459     grid [label $main.rb_euler_x -text "x"] -row 1 -column 6
460     grid [label $main.rb_euler_y -text "y"] -row 1 -column 7
461     grid [label $main.rb_euler_z -text "z"] -row 1 -column 8
462     set col 11
463     for {set coordnum 1} {$coordnum <= $::rb_coord_num($bodnum,1)} {incr coordnum} {
464        label $main.rb_site$coordnum -text "$coordnum"
465        grid $main.rb_site$coordnum -row 1 -column $col -padx 5
466        incr col
467     }
468
469     # populate mapping data table
470     set row 2
471     foreach phase $phaselist {
472             incr row
473             foreach mapnum [RigidBodyMappingList $phase $bodnum] {
474                      set row [expr $row + $mapnum]
475                      RB_Load_Mapdata $phase $bodnum $mapnum
476                      grid [label $main.rb_map$phase$mapnum -text "$mapnum"] -row $row -column 1
477                      grid [label $main.rb_cb$phase$mapnum -text $phase] -row $row -column 2
478                      set origin $::rb_map_origin($phase,$bodnum,$mapnum)
479
480                      grid [label $main.rb_x$phase$mapnum   -text "[format %1.3f [lindex $origin 0]]"] -row $row -column 3 -padx 5
481                      grid [label $main.rb_y$phase$mapnum   -text "[format %1.3f [lindex $origin 1]]"] -row $row -column 4 -padx 5
482                      grid [label $main.rb_z$phase$mapnum   -text "[format %1.3f [lindex $origin 2]]"] -row $row -column 5 -padx 5
483                      set euler $::rb_map_euler($phase,$bodnum,$mapnum)
484                      for {set j 0} {$j < 3} {incr j} {
485                                  set euler1 [lindex $euler $j]
486                                  set angle  [lindex $euler1 0]
487                                  set axis   [lindex $euler1 1]
488                                  label $main.rb_euler_$phase$mapnum$axis -text "[format %1.2f $angle]"
489                      }
490
491                      grid [label $main.rb_tls$phase$mapnum -text "     "] -row $row -column 9
492                      set q 1
493                      grid $main.rb_euler_$phase$mapnum$q -row $row -column 6  -padx 5
494                      set q 2
495                      grid $main.rb_euler_$phase$mapnum$q -row $row -column 7 -padx 5
496                      set q 3
497                      grid $main.rb_euler_$phase$mapnum$q -row $row -column 8 -padx 5
498                      set col 11
499                      set atomnum $::rb_map_beginning($phase,$bodnum,$mapnum)
500                      for {set coordnum 1} {$coordnum <=$::rb_coord_num($bodnum,1)} {incr coordnum} {
501                          set atom [atominfo $phase $atomnum label]
502                          grid [label $main.rb_site$phase$mapnum$coordnum -text "$atom"] -row $row -column $col -padx 5
503                          incr atomnum
504                          incr col
505                      }
506             }
507     incr row
508     }
509     ResizeScrollTable $pane
510}
511
512proc DisplayRB {} {     ;# called each time the panel is raised
513    eval destroy [winfo children $::expgui(rbFrame)]
514     RB_Load_RBdata
515     RB_Control_Panel 0
516    #label $::expgui(rbFrame).l -text "RB Parameters"
517    #grid $::expgui(rbFrame).l -column 1 -row 1
518    ResizeNotebook
519}
520
521proc MakeRBPane {} {     ;# called to create the panel intially
522#    label $::expgui(rbFrame).l -text "RB Parameters"
523#    grid $::expgui(rbFrame).l -column 1 -row 1
524#    ResizeNotebook
525}
526
527#######################################################################
528# New Mapping Event
529# not updated
530
531proc RB_Map_New {bodnum args} {
532    catch {unset ::rb_firstatom}
533    set ::rb_firstatom ""
534    set ::body_type $bodnum
535    catch {destroy .newmap}
536    set nm .newmap
537    toplevel $nm
538    putontop $nm
539    wm title $nm "Map Rigid Body #$bodnum"
540
541    foreach item [trace vinfo ::rb_phase] {
542            eval trace vdelete ::rb_phase $item
543    }
544
545    set ::rb_phase [lindex $::expmap(phaselist) 0]
546    set nmap [expr $::rb_map($bodnum) + 1]
547    eval tk_optionMenu $nm.pinput ::rb_phase $::expmap(phaselist)
548    grid [label $nm.phase -text "Phase: "] -row 3 -column 1
549    grid [label $nm.f_atom -text "Choose first atom Number"] -row 4 -column 1
550    grid [label $nm.origin -text "input origin in fractional coordinates: "] -row 6 -column 1
551    grid [label $nm.euler -text "input Euler angles: "] -row 7 -column 1
552    grid [entry $nm.finputm -textvariable ::rb_firstatom -width 8 -takefocus 1] -row 4 -column 2
553
554    foreach item [trace vinfo ::rb_firstatom] {
555            eval trace vdelete ::rb_firstatom $item
556    }
557    trace variable ::rb_firstatom w "RB_Atom_List \$::rb_phase \$::rb_firstatom $nm $bodnum"
558
559    grid [button $nm.finput -text "list allowed" -command "RB_Choose_Atom $bodnum"] -row 4 -column 3
560    grid [label $nm.o1l -text "x"] -row 5 -column 2
561    grid [label $nm.o2l -text "y"] -row 5 -column 3
562    grid [label $nm.o3l -text "z"] -row 5 -column 4
563
564    set ::origin1 0
565    set ::origin2 0
566    set ::origin3 0
567    set ::euler1 0
568    set ::euler2 0
569    set ::euler3 0
570
571    grid [entry $nm.o1 -width 8 -textvariable ::origin1 -takefocus 1] -row 6 -column 2
572    grid [entry $nm.o2 -width 8 -textvariable ::origin2 -takefocus 1] -row 6 -column 3
573    grid [entry $nm.o3 -width 8 -textvariable ::origin3 -takefocus 1] -row 6 -column 4
574    grid [entry $nm.e1 -width 8 -textvariable ::euler1 -takefocus 1] -row 7 -column 2
575    grid [entry $nm.e2 -width 8 -textvariable ::euler2 -takefocus 1] -row 7 -column 3
576    grid [entry $nm.e3 -width 8 -textvariable ::euler3 -takefocus 1] -row 7 -column 4
577
578    grid $nm.pinput -row 3 -column 3
579
580    grid [frame $nm.p] -row 8 -column 1 -columnspan 4 -sticky e
581    grid [button $nm.p.fit -text "Fit rigid body to phase" -command "RB_FitBody2Coords $bodnum $nm; RB_View_RMS $nm"] -row 0 -column 1
582    grid [button $nm.p.plot -text "Plot rigid body & phase" -command "RB_PlotStrBody $bodnum $nm"] -row 1 -column 1
583    grid [label $nm.p.l -text "Bonds: "] -row 1 -column 2
584    grid [entry $nm.p.e] -row 1 -column 3
585    $nm.p.e delete 0 end
586    $nm.p.e insert 0 "0.9-1.1, 1.3-1.6"
587
588    grid [frame $nm.l] -row 9 -column 2 -columnspan 3
589    grid [button $nm.l.s -text "map update" -width 12 -command {RB_Write_Map}] -column 1 -row 1
590    grid [button $nm.l.q -text "Abort" -width 6 -command "destroy $nm"] -column 2  -row 1
591
592    foreach item [trace vinfo ::rb_phase] {
593            eval trace vdelete ::rb_phase $item
594    }
595    trace variable ::rb_phase w "RB_ProcessPhase $bodnum"
596}
597
598proc RB_View_RMS {address args} {
599     set addrms $address.rms
600     catch {destroy $addrms}
601     grid [frame $addrms -bd 2] -row 5 -column 8 -columnspan 99 -rowspan 99
602     set row 1
603
604     grid [label $addrms.atomlbl -text "   atom"] -row 0 -column 0
605     grid [label $addrms.rmslbl -text "\t rms"] -row 0 -column 1
606     foreach i $::rb_atom_rms {
607             set atom [lindex $i 0]
608             set temp [lindex $i 1]
609             set rms [format %.3f $temp]
610             set id [string tolower $atom]
611             grid [label $addrms.$id$row -text "   $atom"] -row $row -column 0
612             grid [label $addrms.rms$id$row -text "\t $rms"] -row $row -column 1
613             incr row
614     }
615}
616
617###########################################################
618# Procedure for choosing first atom during mapping event.
619# not updated
620
621proc RB_Choose_Atom {bodnum args} {
622    set phase $::rb_phase
623    # get the number of atoms in this type of body
624    set natoms [llength [lindex [lindex [lindex [ReadRigidBody $bodnum] 1] 0] 3]]
625    set atomlist [RigidStartAtoms $::rb_phase $natoms]
626    if {[llength $atomlist] == 0} {
627        RB_ProcessPhase $bodnum
628        return
629    }
630     catch {destroy .chooseatom}
631     set ca .chooseatom
632     toplevel $ca
633     wm title $ca "Choose Atom"
634#     puts $atomlist
635     foreach {top main side lbl} [MakeScrollTable $ca] {}
636     set row 0
637     set column 0
638     foreach atom $atomlist {
639        set label "[atominfo $phase $atom label] \($atom\)"
640        button $main.$atom -text $label -command "set ::rb_firstatom $atom; destroy $ca"
641        incr row
642        if {$row > 5} {
643           set row 1
644           incr column
645        }
646      grid $main.$atom -row $row -column $column -padx 5 -pady 5
647      }
648      ResizeScrollTable $ca
649      putontop $ca
650      tkwait window $ca
651      afterputontop
652      raise .newmap
653}
654
655##########################################################
656##########################################################
657
658proc RB_FitBody2Coords {bodnum menu} {
659    set warn ""
660    foreach i {1 2 3} lbl {x y z} {
661        if {[string trim [set ::euler$i]] == ""} {
662            set ::euler$i 0.0
663        }
664        if {[string trim [set ::origin$i]] == ""} {
665            set ::origin$i .0
666        }
667        if {[catch {expr [set ::euler$i]}]} {
668            append warn "\tError in Euler angle around $lbl\n"
669        }
670        if {[catch {expr [set ::origin$i]}]} {
671            append warn "\tError in origin $lbl\n"
672        }
673    }
674    if {[catch {expr $::rb_firstatom}]} {
675        append warn "\tError in 1st atom number\n"
676    }
677    if {$warn != ""} {
678        MyMessageBox -parent $menu -title "Input error" \
679                -message "Invalid input:\n$warn" -icon warning
680        return
681    }
682    set Euler [list "1 $::euler1" "2 $::euler2" "3 $::euler3"]
683    set origin "$::origin1 $::origin2 $::origin3"
684    set phase $::rb_phase
685    set cell {}
686    foreach p {a b c alpha beta gamma} {
687        lappend cell [phaseinfo $phase $p]
688    }
689    set coords [RB2cart [lindex [ReadRigidBody $bodnum] 1]]
690    set natom [llength $coords]
691    set firstind [lsearch $::expmap(atomlist_$phase) $::rb_firstatom]
692    set atoms [lrange \
693                   [lrange $::expmap(atomlist_$phase) $firstind end] \
694                   0 [expr {$natom-1}]]
695    # now loop over atoms
696    set frcoords {}
697    foreach atom $atoms {
698        set xyz {}
699        foreach v {x y z} {
700            lappend xyz [atominfo $phase $atom $v]
701        }
702        lappend frcoords $xyz
703    }
704    # it would be nice to have checkboxes for each atom, but for now use em all
705    set useflags {}
706    foreach i $coords {lappend useflags 1}
707#    puts "frcoords $frcoords"
708#    puts "coords $coords"
709    # do the fit
710    foreach {neworigin newEuler rmsdev newfrac rmsbyatom} \
711        [FitBody $Euler $cell $coords $useflags $frcoords $origin] {}
712    foreach i {1 2 3} val $neworigin pair $newEuler {
713        set ::origin$i $val
714        set ::euler$i [lindex $pair 1]
715    }
716    # show deviations
717
718    set ::rb_atom_rms ""
719    foreach atom $atoms rms $rmsbyatom {
720#       puts "[atominfo $phase $atom label]\t$rms"
721        lappend ::rb_atom_rms "[atominfo $phase $atom label] $rms"
722    }
723    #puts "CalcBody $Euler $cell $coords $origin"
724    #puts $coords
725    #puts $frcoords
726    #DRAWxtlPlotRBFit $frcoords $phase $::rb_firstatom 0 $bondlist $bondlist
727 }
728
729proc RB_PlotStrBody {bodnum menu} {
730    set warn ""
731    foreach i {1 2 3} lbl {x y z} {
732        if {[catch {expr [set ::euler$i]}]} {
733            append warn "\tError in Euler angle around $lbl\n"
734        }
735        if {[catch {expr [set ::origin$i]}]} {
736            append warn "\tError in origin $lbl\n"
737        }
738    }
739    if {[catch {expr $::rb_firstatom}]} {
740        append warn "\tError in 1st atom number\n"
741    }
742    if {$warn != ""} {
743        MyMessageBox -parent $menu -title "Input error" \
744                -message "Invalid input:\n$warn" -icon warning
745        return
746    }
747    # translate bond list
748    set bl [$menu.p.e get]
749    regsub -all "," $bl " " bl
750    set bondlist {}
751    set warn ""
752    foreach b $bl {
753        if {[llength [split $b "-"]] == 2} {
754            lappend bondlist [split $b "-"]
755        } else {
756            set warn "error parsing bond list"
757        }
758    }
759    if {$warn != ""} {
760        MyMessageBox -parent . -title "Input warning" \
761                -message "Invalid bond input" -icon warning
762    }
763     set Euler [list "1 $::euler1" "2 $::euler2" "3 $::euler3"]
764     set origin "$::origin1 $::origin2 $::origin3"
765     set phase $::rb_phase
766     set cell {}
767     foreach p {a b c alpha beta gamma} {
768        lappend cell [phaseinfo $phase $p]
769    }
770    set coords [RB2cart [lindex [ReadRigidBody $bodnum] 1]]
771    set frcoords [CalcBody $Euler $cell $coords $origin]
772    #puts "CalcBody $Euler $cell $coords $origin"
773    #puts $coords
774    #puts $frcoords
775    DRAWxtlPlotRBFit $frcoords $phase $::rb_firstatom 0 $bondlist $bondlist
776 }
777#
778
779proc RB_Write_Map {args} {
780   if {$::rb_firstatom == ""} {
781      MyMessageBox -title "warning" -message "The first atom for the rigid body must be choosen to update mapping"
782      return
783   }
784   set origin "$::origin1 $::origin2 $::origin3"
785   set euler "$::euler1 $::euler2 $::euler3"
786#   puts "phase = $::rb_phase"
787#   puts "bodnum = $::body_type"
788#   puts "firstatom = $::rb_firstatom"
789#   puts "position = $origin"
790#   puts "Euler = $euler"
791   MapRigidBody $::rb_phase $::body_type $::rb_firstatom $origin $euler
792   RecordMacroEntry "MapRigidBody $::rb_phase $::body_type $::rb_firstatom $origin $euler" 0
793   incr ::rb_map($::body_type)
794   incr ::expgui(changed)
795   set curpage [$::rb_notebook raise]
796   $::rb_notebook raise [$::rb_notebook page end]
797   $::rb_notebook raise $curpage
798   destroy .newmap
799   RunRecalcRBCoords
800   incr ::expgui(changed)
801   RB_Populate $::rb_notebook $::body_type
802   $::rb_notebook raise rb_body$::body_type
803}
804
805proc RB_Atom_List {phase atomnum address bodnum args} {
806     foreach w [winfo children $address] {
807             if {[string first ".atom" $w] != -1} {destroy $w}
808     }
809     set col 8
810    if {$atomnum == ""} return
811    grid [label $address.atomlbl -text "Atoms Mapped to Rigid Body"] -row 3 -column 8 -columnspan 99
812    # get the number of atoms in this type of body
813    set natoms [llength [lindex [lindex [lindex [ReadRigidBody $bodnum] 1] 0] 3]]
814    set atoms [RigidStartAtoms $phase $natoms]
815    if {[lsearch $atoms $atomnum] == -1} {
816         grid [label $address.atomerr -text "(invalid 1st atom)"] -row 4 -column $col
817        return
818    }
819    set atoms [lrange $::expmap(atomlist_$phase) \
820                   [lsearch $::expmap(atomlist_$phase) $atomnum] end]
821    foreach j [lrange $atoms 0 [expr {$natoms - 1}]] {
822        set atom [atominfo $phase $j label]
823        grid [label $address.atom$phase$bodnum$j -text $atom] -row 4 -column $col
824        incr col
825     }
826}
827
828proc RB_ProcessPhase {bodnum args} {
829    if {$::rb_phase == ""} {
830        set atoms {}
831    } else {
832        # get the number of atoms in this type of body
833        set natoms [llength [lindex [lindex [lindex [ReadRigidBody $bodnum] 1] 0] 3]]
834
835        set atoms [RigidStartAtoms $::rb_phase $natoms]
836    }
837    set nm .newmap
838    if {[llength $atoms] == 0} {
839        foreach w "$nm.finputm $nm.p.plot $nm.p.fit $nm.p.e $nm.l.s" {
840            $w config -state disabled
841        }
842        $nm.finput config -text "None allowed" -state disabled
843    } else {
844        foreach w "$nm.finputm $nm.p.plot $nm.p.fit $nm.p.e $nm.l.s" {
845            $w config -state normal
846        }
847        $nm.finput config -text "Show allowed" -state normal
848    }
849}
850
851proc RB_Unmap {bodnum args} {
852    catch {unset ::rb_firstatom}
853    set ::rb_firstatom ""
854    set ::body_type $bodnum
855    catch {destroy .unmap}
856    set um .unmap
857    toplevel $um
858    putontop $um
859    wm title $um "Map Rigid Body #$bodnum"
860    set ::phase 1
861    set umap $::rb_map($bodnum)
862#    eval tk_optionMenu $um.pinput ::rb_phase $::expmap(phaselist)
863#    grid [label $um.phase -text "Phase: "] -row 3 -column 1
864#    grid $um.pinput -row 3 -column 2
865
866    set mapnumber $::rb_map($bodnum)
867    set unpane $um.pane
868    foreach {top main side lbl} [MakeScrollTable $um] {}
869    grid [label $main.cb -text "unmap"] -row 1 -column 0 -padx 5
870    grid [label $main.map -text "map"] -row 1 -column 1 -padx 5
871    grid [label $main.ph -text "Phase"] -row 1 -column 2 -padx 5
872    set matrixnum $::rb_matrix_num($bodnum)
873    for {set coordnum 1} {$coordnum <= $::rb_coord_num($bodnum,$matrixnum)} {incr coordnum} {
874        label $main.rb_site$coordnum -text "Site $coordnum"
875        grid $main.rb_site$coordnum -row 1 -column [expr 2 + $coordnum]
876    }
877    set row 2
878    foreach phase $::expmap(phaselist) {
879        incr row
880        foreach coordnum [RigidBodyMappingList $phase $bodnum] {
881                set row [expr $row + $coordnum]
882                RB_Load_Mapdata $phase $bodnum $coordnum
883                checkbutton $main.unmap$phase$coordnum -variable ::rb_unmap($phase,$bodnum,$coordnum)
884                grid $main.unmap$phase$coordnum -row $row -column 0
885                grid [label $main.rb_map$phase$coordnum -text "$coordnum"] -row $row -column 1
886                grid [label $main.rb_cb$phase$coordnum -text $phase] -row $row -column 2
887                      set atomnum $::rb_map_beginning($phase,$bodnum,$coordnum)
888                      set col 3
889                      for {set j 1} {$j <=$::rb_coord_num($bodnum,$matrixnum)} {incr j} {
890                          set atom [atominfo $phase $atomnum label]
891                          grid [label $main.rb_site$phase$coordnum$j -text "$atom"] -row $row -column $col
892                          incr atomnum
893                          incr col
894                      }
895             }
896     incr row
897     }
898     ResizeScrollTable $um
899
900     grid [frame $um.update -bd 2 -relief groove] -row 0 -column 1 -pady 10
901     button $um.update.con -text "Update Rigid Body Mapping" -command "RB_unmap_delete $um $bodnum"
902     button $um.update.abort -text "Abort" -command "destroy $um"
903     grid $um.update.con -row 0 -column 0 -padx 5 -pady 5
904     grid $um.update.abort -row 0 -column 1
905     incr ::expgui(changed)
906
907}
908
909proc RB_unmap_delete {panel bodnum args} {
910#     puts $panel
911     foreach phase $::expmap(phaselist) {
912        foreach mapnum [RigidBodyMappingList $phase $bodnum] {
913                if {$::rb_unmap($phase,$bodnum,$mapnum) == 1} {
914                   UnMapRigidBody $phase $bodnum $mapnum
915                   RecordMacroEntry "MapRigidBody $::rb_phase $::body_type $::rb_firstatom $origin $euler" 0
916                }
917        }
918        incr ::expgui(changed)
919        destroy $panel
920        set curpage [$::rb_notebook raise]
921        RB_Populate $::rb_notebook $bodnum
922        $::rb_notebook raise rb_body$bodnum
923     }
924}
925
926proc RB_Create_from_Edit {args} {
927     set bodnum [RB_New_RBnum]
928     RB_Create_Save $bodnum
929}
930
931
932
933proc RB_Edit_Matrix {bodnum args} {
934#     puts "Bodnum = $bodnum"
935     catch {destroy .viewmatrix}
936     set em .viewmatrix
937     toplevel $em
938     putontop $em
939     wm title $em "Edit Matrices for Rigid Body $bodnum"
940
941     set vm $em.entry
942     set um $em.update
943     set sm $em.sort
944     grid [frame $vm -bd 2 -relief groove] -row 0 -column 0 -columnspan 2
945     grid [frame $sm -bd 2 -relief groove] -row 1 -column 0 -columnspan 2 -pady 10
946     grid [frame $um -bd 2 -relief groove] -row 2 -column 0 -columnspan 2
947
948#    Editor Options
949     grid [label $sm.title -text "Matrix Editor Control Panel"] -row 0 -column 0 -columnspan 4
950     grid [label $sm.sort -width 21 -text "Move Checked Elements"] -row 1 -column 0
951     grid [button $sm.inc -text "\u2191" -command "RB_Sort_Inc $bodnum inc"] -row 1 -column 1 -padx 5
952     grid [button $sm.dec -text "\u2193" -command "RB_Sort_Inc $bodnum dec"] -row 1 -column 2 -padx 5
953     grid [button $sm.swap -width 21 -text "Swap Checked Elements" -command "RB_Sort_Swap $bodnum"] -row 2 -column 0 -columnspan 3
954     grid [button $sm.delete -width 21 -text "Delete Checked Elements" -command "RB_Delete_Element $bodnum"] -row 3 -column 0 -columnspan 3
955     grid [button $sm.add   -width 21 -text "Add New Matrix Elements" -command "RB_Add_Element $bodnum"] -row 4 -column 0 -columnspan 3
956     grid [button $sm.addmatrix -width 21 -text "Add New Matrix" -command "RB_Add_New_Matrix $bodnum"] -row 5 -column 0 -columnspan 3
957
958#    Save Options
959     grid [button $um.update -width 24 -text "Update Matrix Info" -bg green -command "RB_Matrix_Update $bodnum"] -row 3 -column 0 -padx 5
960     grid [button $um.new -width 24 -text "New Rigid Body Type" -command "RB_Create_from_Edit"] -row 0 -column 1 -padx 5
961 #    grid [button $um.sort -text "Sort Matrix Info" -command "RB_Cart_Sort $bodnum"] -row 0 -column 1
962
963     grid [button $um.print -width 24 -text "Save Cartesian \n Coordinates to File" -command "RB_CartesianTextFile $bodnum"] -row 2 -column 1 -pady 5
964     grid [button $um.restore -width 24 -text "Restore Original Matrix" -command "RB_Restore_Matrix $bodnum"] -row 3 -column 1 -padx 5
965     grid [button $um.abort -text "Abort" -width 24 -command "RB_Edit_Matrix_Abort $bodnum $em"] -row 3 -column 2 -padx 5
966
967     grid [label $vm.lblmm -text "Matrix Multiplier"] -row 3 -column 2
968     grid [label $vm.lbldamp -text "Damping Factor"] -row 4 -column 2
969     grid [label $vm.lblvar -text "Refine Multiplier"] -row 5 -column 2
970
971     set w 1
972     grid [label $vm.site -text "sort"] -row 6 -column 0 -columnspan 2
973
974
975     for {set coordnum 0} {$coordnum < $::rb_coord_num($bodnum,$w)} {incr coordnum} {
976         grid [checkbutton $vm.sort$coordnum -variable ::rb_sort($coordnum)] -row [expr $coordnum + 7] -column 1
977         grid [label $vm.lbls$coordnum -text "Site [expr $coordnum + 1]"] -row [expr $coordnum + 7] -column 2
978     }
979     set col 3
980     for {set matrixnum 1} {$matrixnum <= $::rb_matrix_num($bodnum)} {incr matrixnum} {
981         grid [label $vm.lblm$matrixnum -text "Matrix #$matrixnum"] -row 2 -column [expr $col +1]
982         grid [entry $vm.mult$matrixnum -textvariable ::rb_mult($bodnum,$matrixnum) -width 8 -takefocus 1] -row 3 -column [expr $col + 1]
983         set dampfactors "0 1 2 3 4 5 6 7 8 9"
984         eval tk_optionMenu $vm.damp$matrixnum ::rb_damp($bodnum,$matrixnum) $dampfactors
985         grid $vm.damp$matrixnum -row 4 -column [expr $col + 1]
986         $vm.damp$matrixnum config -width 4
987#         grid [entry $vm.damp$matrixnum -textvariable ::rb_damp($bodnum,$matrixnum) -width 8 -takefocus 1 -state normal] -row 4 -column [expr $col + 1]
988         grid [checkbutton $vm.var$matrixnum -variable ::rb_varcheck($bodnum,$matrixnum) -text $::rb_var($bodnum,$matrixnum) \
989              -state normal -command "RB_MMultRef $bodnum $matrixnum"] -row 5 -column [expr $col +1]
990
991         grid [label $vm.x$matrixnum -text "X"] -row 6 -column [expr $col]
992         grid [label $vm.y$matrixnum -text "Y"] -row 6 -column [expr $col + 1]
993         grid [label $vm.z$matrixnum -text "Z"] -row 6 -column [expr $col + 2]
994         for {set coordnum 0} {$coordnum < $::rb_coord_num($bodnum,$w)} {incr coordnum} {
995#             puts $::rb_coord($bodnum,$i,$j)
996
997              set ::rb_x($bodnum,$matrixnum,$coordnum) [lindex $::rb_coord($bodnum,$matrixnum,$coordnum) 0]
998              set ::rb_y($bodnum,$matrixnum,$coordnum) [lindex $::rb_coord($bodnum,$matrixnum,$coordnum) 1]
999              set ::rb_z($bodnum,$matrixnum,$coordnum) [lindex $::rb_coord($bodnum,$matrixnum,$coordnum) 2]
1000              set ::rb_lbl($bodnum,$matrixnum,$coordnum) [lindex $::rb_coord($bodnum,$matrixnum,$coordnum) 3]
1001
1002
1003             grid [entry $vm.lblcx$matrixnum$coordnum -textvariable ::rb_x($bodnum,$matrixnum,$coordnum) -width 8 -takefocus 1] -row [expr $coordnum+7] -column [expr $col]
1004             grid [entry $vm.lblcy$matrixnum$coordnum -textvariable ::rb_y($bodnum,$matrixnum,$coordnum) -width 8 -takefocus 1] -row [expr $coordnum+7] -column [expr $col + 1]
1005             grid [entry $vm.lblcz$matrixnum$coordnum -textvariable ::rb_z($bodnum,$matrixnum,$coordnum) -width 8 -takefocus 1] -row [expr $coordnum+7] -column [expr $col + 2]
1006             grid [label $vm.lblcb$matrixnum$coordnum -text "    "] -row [expr  $coordnum+6] -column [expr $col + 3]
1007         }
1008     incr col 4
1009     }
1010}
1011
1012proc RB_Restore_Matrix {bodnum} {
1013     set ::rb_matrix_num($bodnum) $::rb_matrix_num_temp($bodnum)
1014     set ::rb_coord_num($bodnum,1) $::rb_coord_num_temp($bodnum,1)
1015         for {set coordnum 0} {$coordnum < $::rb_coord_num($bodnum,1)} {incr coordnum} {
1016             for {set matrixnum 1} {$matrixnum <= $::rb_matrix_num($bodnum)} {incr matrixnum} {
1017                 set ::rb_coord($bodnum,$matrixnum,$coordnum) $::rb_coord_temp($bodnum,$matrixnum,$coordnum)
1018
1019             }
1020     }
1021RB_Edit_Matrix $bodnum
1022}
1023
1024proc RB_Add_New_Matrix {bodnum} {
1025     incr ::rb_matrix_num($bodnum)
1026     set matrixnum $::rb_matrix_num($bodnum)
1027     set ::rb_var($bodnum,$matrixnum) 0
1028     set ::rb_mult($bodnum,$matrixnum) 1.000
1029     for {set coordnum 0} {$coordnum < $::rb_coord_num($bodnum,1)} {incr coordnum} {
1030         set ::rb_coord($bodnum,$matrixnum,$::rb_coord_num($bodnum,1) ""
1031         lappend ::rb_coord($bodnum,$matrixnum,$coordnum) 0 0 0 lbl
1032     }
1033     RB_Edit_Matrix $bodnum
1034
1035
1036}
1037
1038
1039
1040proc RB_Edit_Matrix_Abort {bodnum location} {
1041#    reset matrix
1042#     set ::rb_coord_num($bodnum,1) $::rb_coord_num_temp($bodnum,1)
1043#     for {set matrixnum 1} {$matrixnum <= $::rb_matrix_num($bodnum)} {incr matrixnum} {
1044#         for {set coordnum 0} {$coordnum < $::rb_coord_num_temp($bodnum,1)} {incr coordnum} {
1045#             set ::rb_coord($bodnum,$matrixnum,$coordnum) $::rb_coord_temp($bodnum,$matrixnum,$coordnum)
1046#         }
1047#     }
1048     destroy $location
1049}
1050
1051proc RB_Add_Element {bodnum} {
1052     incr ::rb_coord_num($bodnum,1)
1053     for {set matrixnum 1} {$matrixnum <= $::rb_matrix_num($bodnum)} {incr matrixnum} {
1054         set ::rb_coord($bodnum,$matrixnum,$::rb_coord_num($bodnum,1) ""
1055         lappend ::rb_coord($bodnum,$matrixnum,[expr $::rb_coord_num($bodnum,1)- 1]) 0 0 0 lbl
1056         puts $::rb_coord($bodnum,$matrixnum,[expr $::rb_coord_num($bodnum,1) - 1])
1057     }
1058     RB_Edit_Matrix $bodnum
1059}
1060
1061proc RB_Delete_Element {bodnum} {
1062
1063     set newcoord 0
1064     set deletedrecords 0
1065
1066     for {set coordnum 0} {$coordnum < $::rb_coord_num($bodnum,1)} {incr coordnum} {
1067           for {set matrixnum 1} {$matrixnum <= $::rb_matrix_num($bodnum)} {incr matrixnum} {
1068
1069               if {$::rb_sort($coordnum) != 1} {
1070                  set xtemp $::rb_x($bodnum,$matrixnum,$coordnum)
1071                  set ytemp $::rb_y($bodnum,$matrixnum,$coordnum)
1072                  set ztemp $::rb_z($bodnum,$matrixnum,$coordnum)
1073                  set lbltemp [lindex $::rb_coord($bodnum,$matrixnum,$coordnum) 3]
1074
1075
1076                  set ::rb_x($bodnum,$matrixnum,$newcoord) $xtemp
1077                  set ::rb_y($bodnum,$matrixnum,$newcoord) $ytemp
1078                  set ::rb_z($bodnum,$matrixnum,$newcoord) $ztemp
1079                  puts "array element = $::rb_coord($bodnum,$matrixnum,$coordnum)"
1080                  set ::rb_coord($bodnum,$matrixnum,$newcoord) ""
1081                  puts "xyztemp = $xtemp $ytemp $ztemp $lbltemp"
1082                  lappend ::rb_coord($bodnum,$matrixnum,$newcoord) $xtemp $ytemp $ztemp $lbltemp
1083                  puts "goofy output = $::rb_coord($bodnum,$matrixnum,$newcoord)"
1084                  incr newcoord
1085               } else {
1086                  incr deletedrecords
1087               }
1088           }
1089     }
1090     for {set coordnum 0} {$coordnum < $::rb_coord_num($bodnum,1)} {incr coordnum} {
1091         set ::rb_sort($coordnum) 0
1092     }
1093     set tempcoord [expr $::rb_coord_num($bodnum,1) - $deletedrecords]
1094     set ::rb_coord_num($bodnum,1) $tempcoord
1095     RB_Edit_Matrix $bodnum
1096}
1097
1098
1099
1100proc RB_VarNums {toggle {var ""} args} {
1101#    initalize rigid body variable list if not already initialized
1102#    toggle can be:
1103#           add      This returns the smallest unused variable number
1104#           sub ##   This removes variable ## from the varlist.
1105
1106     if {[info vars ::rb_varlist] == ""} {
1107        set ::rb_varlist ""
1108     }
1109     if {$::rb_varlist == ""} {
1110          set ::rb_varlist [RigidBodyGetVarNums]
1111     }
1112
1113     if {$toggle == "add"} {
1114          set count 1
1115          while {[lsearch $::rb_varlist $count] > 0} {
1116               incr count
1117          }
1118          lappend ::rb_varlist $count
1119#          puts $::rb_varlist
1120          return $count
1121     }
1122     if {$toggle == "sub"} {
1123          set temp ""
1124          foreach v $::rb_varlist {
1125                  if {$v != $var} {
1126                     lappend temp $v
1127                  }
1128          }
1129          set ::rb_varlist $temp
1130#          puts $::rb_varlist
1131          return 0
1132      }
1133}
1134
1135proc RB_MMultRef {bodnum matrixnum args} {
1136#    procedure sets or unsets the variable number for the matrix multiplier
1137#     puts "boing:"
1138     if {$::rb_varcheck($bodnum,$matrixnum) == "0"} {
1139        set ::rb_var($bodnum,$matrixnum) [RB_VarNums sub $::rb_var($bodnum,$matrixnum)]
1140     } else {
1141        set ::rb_var($bodnum,$matrixnum) [RB_VarNums add]
1142     }
1143     destroy .viewmatrix
1144     RB_Edit_Matrix $bodnum
1145}
1146
1147proc RB_Sort_Swap {bodnum args} {
1148     set count 0
1149     set rb_swap_list ""
1150     for {set coordnum 0} {$coordnum < $::rb_coord_num($bodnum,1)} {incr coordnum} {
1151         if {$::rb_sort($coordnum) == 1} {
1152            incr count
1153            lappend rb_swap_list $coordnum
1154         }
1155     }
1156     if {$count != 2} {
1157#        puts "wrong number of arguments, swap failed"
1158        bell
1159        return
1160     }
1161#     puts "swap happens"
1162#     puts $rb_swap_list
1163     for {set i 1} {$i <= $::rb_matrix_num($bodnum)} {incr i} {
1164         set coord1 [lindex $rb_swap_list 0]
1165         set coord2 [lindex $rb_swap_list 1]
1166         set x1dum $::rb_x($bodnum,$i,$coord1)
1167         set y1dum $::rb_y($bodnum,$i,$coord1)
1168         set z1dum $::rb_z($bodnum,$i,$coord1)
1169         set ::rb_x($bodnum,$i,$coord1) $::rb_x($bodnum,$i,$coord2)
1170         set ::rb_y($bodnum,$i,$coord1) $::rb_y($bodnum,$i,$coord2)
1171         set ::rb_z($bodnum,$i,$coord1) $::rb_z($bodnum,$i,$coord2)
1172         set ::rb_x($bodnum,$i,$coord2) $x1dum
1173         set ::rb_y($bodnum,$i,$coord2) $y1dum
1174         set ::rb_z($bodnum,$i,$coord2) $z1dum
1175     }
1176
1177}
1178
1179proc RB_Sort_Inc {bodnum dir args} {
1180     set sortlist ""
1181     for {set count 0} {$count < $::rb_coord_num($bodnum,1)} {incr count} {
1182         if {$::rb_sort($count) == 1} {
1183            lappend sortlist $count
1184         }
1185     }
1186#     puts $sortlist
1187
1188     foreach check $sortlist {
1189             set checkup [expr $check - 1]
1190             set checkdwn [expr $check + 1]
1191             if {$checkup < 0} {
1192                if {$dir == "inc"} {
1193                   bell
1194                   return
1195                }
1196             }
1197             if {$checkdwn >= $::rb_coord_num($bodnum,1)} {
1198                if {$dir == "dec"} {
1199                   bell
1200                   return
1201                }
1202             }
1203     }
1204     if {$dir == "dec"} {set sortlist [RB_String_Reverse $sortlist]}
1205
1206     for {set i 1} {$i <= $::rb_matrix_num($bodnum)} {incr i} {
1207         foreach sort $sortlist {
1208             if {$dir == "inc"} {set line1 [expr $sort - 1]}
1209             if {$dir == "dec"} {set line1 [expr $sort + 1]}
1210             set x1dum $::rb_x($bodnum,$i,$line1)
1211             set y1dum $::rb_y($bodnum,$i,$line1)
1212             set z1dum $::rb_z($bodnum,$i,$line1)
1213             set ::rb_x($bodnum,$i,$line1) $::rb_x($bodnum,$i,$sort)
1214             set ::rb_y($bodnum,$i,$line1) $::rb_y($bodnum,$i,$sort)
1215             set ::rb_z($bodnum,$i,$line1) $::rb_z($bodnum,$i,$sort)
1216             set ::rb_x($bodnum,$i,$sort) $x1dum
1217             set ::rb_y($bodnum,$i,$sort) $y1dum
1218             set ::rb_z($bodnum,$i,$sort) $z1dum
1219
1220             set ::rb_sort($sort) 0
1221             if {$dir == "inc"} {set ::rb_sort([expr $sort - 1]) 1}
1222             if {$dir == "dec"} {
1223                foreach relabel $sortlist {
1224                    set ::rb_sort([expr $relabel +1]) 1
1225                }
1226             }
1227        }
1228     }
1229
1230}
1231
1232proc RB_String_Reverse {string args} {
1233#    puts "$string"
1234    set rstring ""
1235    set len [expr [llength $string] - 1]
1236    while {$len > -1} {
1237        lappend rstring [lindex $string $len]
1238        incr len -1
1239    }
1240#    puts "contents of rstring = $rstring"
1241    return $rstring
1242}
1243
1244proc RB_Matrix_Update {bodnum args} {
1245     set temp_mat ""
1246     set temp_damp ""
1247     set temp_var ""
1248     set temp_car ""
1249     set temp_mat_group ""
1250     set temp_car_group ""
1251     set total ""
1252
1253     for {set matrixnum 1} {$matrixnum <= $::rb_matrix_num($bodnum)} {incr matrixnum} {
1254         set temp ""
1255         lappend temp_mat $::rb_mult($bodnum,$matrixnum)
1256         lappend temp_var $::rb_var($bodnum,$matrixnum)
1257         lappend temp_damp $::rb_damp($bodnum,$matrixnum)
1258#         puts "temp_damp = $::rb_damp($bodnum,$matrixnum)"
1259         for {set atomnum 0} {$atomnum < $::::rb_coord_num($bodnum,1)} {incr atomnum} {
1260             set temp_cart_triplet "$::rb_x($bodnum,$matrixnum,$atomnum) $::rb_y($bodnum,$matrixnum,$atomnum) $::rb_z($bodnum,$matrixnum,$atomnum)"
1261             lappend temp $temp_cart_triplet
1262         }
1263         lappend temp_car $temp
1264     }
1265
1266#     puts "Matrix Update Info = $bodnum $temp_mat $temp_car"
1267#     puts "Matrix damping = $temp_damp"
1268#     puts "Matrix vars = $temp_var"
1269     SetRigidBodyVar $bodnum $temp_var $temp_damp
1270     RecordMacroEntry "SetRigidBodyVar $bodnum $temp_var $temp_damp" 0
1271     ReplaceRigidBody $bodnum $temp_mat $temp_car $temp_var $temp_damp
1272     RecordMacroEntry "SetRigidBodyVar $bodnum $temp_var $temp_damp" 0
1273     #SetRigidBodyVar $bodnum $temp_var $temp_damp
1274     incr ::expgui(changed)
1275     RB_Load_RBdata
1276     RB_Control_Panel $bodnum
1277     destroy .viewmatrix
1278
1279}
1280
1281
1282proc GetImportFormats {} {
1283    global expgui tcl_platform
1284    # only needs to be done once
1285    if [catch {set expgui(importFormatList)}] {
1286        set filelist [glob -nocomplain [file join $expgui(scriptdir) import_*.tcl]]
1287        foreach file $filelist {
1288            set description ""
1289            source $file
1290            if {$description != ""} {
1291                lappend expgui(importFormatList) $description
1292                if {$tcl_platform(platform) == "unix"} {
1293                    set extensions "[string tolower $extensions] [string toupper $extensions]"
1294                }
1295                set expgui(extensions_$description) $extensions
1296                set expgui(proc_$description) $procname
1297            }
1298        }
1299    }
1300}
1301
1302proc NewBodyTypeWindow {} {
1303     destroy .nbt
1304     toplevel .nbt
1305     putontop .nbt
1306     set con1 .nbt.1
1307     set con2 .nbt.2
1308     set con3 .nbt.3
1309
1310     set bodnum [RB_New_RBnum]
1311#     set bodnum [expr [llength [RigidBodyList]] + 1]
1312     pack [frame $con1 -bd 2 -relief groove] -side top -pady 10
1313     pack [frame $con2 -bd 2 -relief groove] -side top -expand 1 -fill both
1314     pack [frame $con3 -bd 2 -relief groove] -side top
1315     grid [label $con1.lbl -text "New Rigid Body Type $bodnum"] -row 0 -column 0
1316     grid [label $con1.mat -text "Number of Matricies Describing Rigid Body"] -row 1 -column 0
1317
1318
1319
1320     spinbox $con1.matnum -from 1 -to 10 -textvariable ::rb_matrix_num($bodnum) -width 5 -command "RB_Create_Cart $bodnum $con2"
1321     grid $con1.matnum -row 1 -column 1 -padx 10
1322     grid [label $con1.atoms -text "Number of Cartesian Sites"] -row 2 -column 0
1323     spinbox $con1.atomsnum -from 3 -to 1000 -textvariable ::rb_coord_num($bodnum,1) -width 5 -command "RB_Create_Cart $bodnum $con2"
1324     grid $con1.atomsnum -row 2 -column 1 -padx 10
1325
1326
1327     grid [button $con3.save -text "Save \n Rigid Body" -command "RB_Create_Save $bodnum"] -row 0 -column 2 -padx 5 -pady 5
1328     grid [button $con3.print -text "Save Cartesian \n Coordinates to File" -command "RB_CartesianTextFile $bodnum"] -row 0 -column 3 -padx 5
1329#     $con3.print configure -status disable
1330     grid [button $con3.abort -text "Abort \n Rigid Body" -command "destroy .nbt; RB_Control_Panel end"] -row 0 -column 4 -padx 5 -pady 5
1331
1332     RB_Create_Cart $bodnum $con2
1333
1334     bind $con1.atomsnum <Leave> "RB_Create_Cart $bodnum $con2"
1335     bind $con1.atomsnum <Return> "RB_Create_Cart $bodnum $con2"
1336     bind $con1.matnum <Leave> "RB_Create_Cart $bodnum $con2"
1337     bind $con1.matnum <Return> "RB_Create_Cart $bodnum $con2"
1338}
1339
1340proc RB_Fixfrag_Load {args} {
1341     destroy .geometry
1342     toplevel .geometry
1343     putontop .geometry
1344     set geo .geometry
1345
1346
1347     pack [frame $geo.con -bd 2 -relief groove] -side top
1348     pack [frame $geo.display -bd 2 -relief groove] -side top -expand 1 -fill both
1349     pack [frame $geo.con2 -bd 2 -relief groove] -side bottom
1350#     pack [frame $geo.save -bd 2 -relief groove] -side bottom
1351
1352     wm title $geo "Fix Molecular Fragment from EXP File"
1353     wm geometry $geo 800x400+10+10
1354
1355     set phase 1
1356     set gcon $geo.con
1357     set gcon2 $geo.con2
1358     set gdisplay $geo.display
1359     set ::gcon_atoms 3
1360
1361     eval tk_optionMenu $geo.con.phaseinput ::rb_phase $::expmap(phaselist)
1362     grid [label $gcon.phaselbl -text "Input Phase"] -row 0 -column 0
1363     grid $gcon.phaseinput -row 0 -column 1
1364     set ::gcon_atoms_total $::expmap(atomlist_$phase)
1365     grid [label $gcon.atomlbl -text "Number of atoms in fragment: "] -row 1 -column 0
1366     spinbox $gcon.atom -from 3 -to [lrange $::expmap(atomlist_$phase) end end] -textvariable ::gcon_atoms -width 5
1367     grid $gcon.atom -row 1 -column 1 -padx 5
1368     grid [button $gcon.atomchoice -text "Choose Start Atom" -command "RB_FixStartAtom $phase $gdisplay $gcon2"] -row 1 -column 2
1369     grid [button $gcon2.save -text "Save and Map \n Rigid Body" -width 15 -command "RB_Geom_Save"] -row 0 -column 0 -padx 5
1370          $gcon2.save config -state disable
1371     grid [button $gcon2.savec -text "Save Cartesian \n Coordinates" -width 15 -command "RB_FixFragSaveCoord"] -row 0 -column 1 -padx 5
1372          $gcon2.savec config -state disable
1373     grid [button $gcon2.abort -text "Abort" -width 15 -command "destroy .geometry"] -row 0 -column 2 -sticky ns -padx 5
1374
1375}
1376
1377proc RB_FixFragSaveCoord {args} {
1378# number of atoms in rigid body  ::gcon_atoms
1379# first atom in rigid body       ::gcon_start
1380# origin list                    ::gcon_origin_list
1381
1382     set vector1list "X"
1383     set vector2list "Y"
1384
1385     lappend vector1list [expr $::geom_x1 - [expr $::gcon_start -1]]
1386     lappend vector1list [expr $::geom_x2 - [expr $::gcon_start -1]]
1387     lappend vector2list [expr $::geom_y1 - [expr $::gcon_start -1]]
1388     lappend vector2list [expr $::geom_y2 - [expr $::gcon_start -1]]
1389
1390     set ::gcon_origin_list ""
1391     foreach item $::rb_atom_range {
1392                if {$::rb_atom_origin_set($item) == 1} {
1393                set temp [expr $item - [expr $::gcon_start - 1]]
1394                   lappend ::gcon_origin_list $temp
1395                }
1396        }
1397
1398        set temp1 [ExtractRigidBody $::rb_phase $::gcon_atoms $::gcon_start $::gcon_origin_list $vector1list $vector2list]
1399        if {[lindex $temp1 0] == {} || [lindex $temp1 1] == {} || [lindex $temp1 2] == {}} {
1400   }
1401
1402   set coordlist ""
1403   lappend coordlist [lindex $temp1 2]
1404#   puts $coordlist
1405
1406   set bodnum [RB_New_RBnum]
1407#   puts "body number = $bodnum"
1408   set coordnum 0
1409#   set ::rb_damp($bodnum,1) 0
1410   set ::rb_coord_num($bodnum,1) $::gcon_atoms
1411
1412   catch {array unset ::rb_x $bodnum,1,*}
1413   catch {array unset ::rb_y $bodnum,1,*}
1414   catch {array unset ::rb_z $bodnum,1,*}
1415
1416
1417   foreach coord $coordlist {
1418
1419           set ::rb_x($bodnum,1,$coordnum) [lindex $coord 1]
1420           set ::rb_y($bodnum,1,$coordnum) [lindex $coord 2]
1421           set ::rb_z($bodnum,1,$coordnum) [lindex $coord 3]
1422           incr coordnum
1423   }
1424
1425
1426   NewBodyTypeWindow
1427   destroy .geometry
1428#   RB_Control_Panel 0
1429
1430
1431}
1432
1433proc RB_FixStartAtom {phase gdisplay gcon2 args} {
1434     set ::gcon_start ""
1435     set possible_start [RigidStartAtoms $phase $::gcon_atoms]
1436
1437     if {$possible_start == ""} {
1438        set ::gdisplay $gdisplay
1439        #grid [label $ca.stop -text "Warning, action failed due to lack of unmapped atoms."] -row 0 -column 0
1440        #grid [button $ca.cont -text "continue" -command "destroy $ca"] -row 1 -column 0
1441        MyMessageBox -parent $gdisplay \
1442          -message "There are not enough atoms in this phase that are not already mapped to a rigid body to use."
1443        return
1444     }
1445
1446     catch {destroy .chooseatom}
1447     set ca .chooseatom
1448     toplevel $ca
1449     wm title $ca "Choose Atom"
1450
1451#     puts $atomlist
1452     foreach {top main side lbl} [MakeScrollTable $ca] {}
1453
1454     set row 0
1455     set column 0
1456     foreach atom $possible_start {
1457        set label "[atominfo $phase $atom label] \($atom\)"
1458        button $main.$atom -text $label -command "set ::gcon_start $atom; destroy $ca"
1459
1460        incr row
1461        if {$row > 5} {
1462           set row 1
1463           incr column
1464        }
1465      grid $main.$atom -row $row -column $column -padx 5 -pady 5
1466      }
1467      ResizeScrollTable $ca
1468      putontop $ca
1469      tkwait window $ca
1470      afterputontop
1471      $gcon2.save config -state normal
1472      $gcon2.savec config -state normal
1473      RB_Atom_Fixlist $phase $gdisplay
1474}
1475
1476proc RB_Atom_Fixlist {phase gdisplay} {
1477#     set ::gcon_start ""
1478     set start_loc [lsearch $::expmap(atomlist_$phase) $::gcon_start]
1479     set ::rb_atom_range [lrange $::expmap(atomlist_$phase) $start_loc [expr $start_loc + $::gcon_atoms - 1]]
1480#     puts "location = $start_loc  range = $::rb_atom_range"
1481     set rownum 1
1482     set colnum 1
1483
1484     eval destroy [winfo children $gdisplay]
1485     grid [frame $gdisplay.lbl -bd 2 -relief groove] -row 0 -column 0
1486     grid [frame $gdisplay.atoms -bd 2 -relief groove] -row 1 -column 0
1487     grid [frame $gdisplay.param -bd 2 -relief groove] -row 1 -column 1
1488
1489     grid [label $gdisplay.lbl.state -text "Select atoms to define centroid for origin"] -row 0 -column 0
1490  #   grid [button $gdisplay.lbl.set -text "Set Origin" -command "RB_Atom_Origin_Set"] -row 3 -column 0
1491
1492     foreach {top main side lbl} [MakeScrollTable $gdisplay.atoms] {}
1493     eval destroy [winfo children $main]
1494     foreach atom $::rb_atom_range {
1495
1496
1497             if {[expr $colnum % 4] == 0} {incr rownum; set colnum 1}
1498             set atomid [atominfo $phase $atom  label]
1499#             puts $atomid
1500             set ::rb_atom_origin_set($atom) 1
1501             grid [checkbutton $main.$atom -text "$atomid" -variable ::rb_atom_origin_set($atom)] -row $rownum -column $colnum
1502             incr colnum
1503
1504             }
1505      ResizeScrollTable $gdisplay.atoms
1506
1507
1508  set paramlist $gdisplay.param
1509# [atominfo $phase $::rb_atom_range label]
1510  grid [label $paramlist.lbl -text "Define Axes"] -row 0 -column 0 -columnspan 2
1511  grid [label $paramlist.lbl1 -text "Atom 1"] -row 1 -column 0
1512  grid [label $paramlist.lbl2 -text "Atom 2"] -row 1 -column 1
1513  grid [label $paramlist.lblx -text "Choose two atoms to define vector for x-axis: "] -row 2 -column 0 -pady 10 -columnspan 2
1514  grid [label $paramlist.lbly -text "Choose two atoms to define second vector defining xy plane: "] -row 4 -column 0 -pady 10 -columnspan 2
1515
1516  set atom_info_list ""
1517  set atom_list ""
1518  foreach atom $::rb_atom_range {
1519          lappend atom_info_list $atom
1520          lappend atom_info_list [atominfo $phase $atom label]
1521          lappend atom_list [atominfo $phase $atom label]
1522  }
1523
1524#                  puts $atom_info_list
1525       set ::rb_param_x1 [lindex $atom_list 0]
1526       set ::rb_param_x2 [lindex $atom_list 1]
1527       set ::rb_param_y1 [lindex $atom_list 0]
1528       set ::rb_param_y2 [lindex $atom_list 2]
1529       set ::geom_x1     [lindex $::rb_atom_range 0]
1530       set ::geom_x2     [lindex $::rb_atom_range 1]
1531       set ::geom_y1     [lindex $::rb_atom_range 0]
1532       set ::geom_y2     [lindex $::rb_atom_range 2]
1533
1534       set menu [eval tk_optionMenu $paramlist.x1 ::rb_param_x1 $atom_list]
1535           foreach item $atom {
1536              set max [llength $atom]
1537              for {set count 0} {$count <= [expr $max - 1]} {incr count} {
1538                 $menu entryconfig $count -command "set ::geom_x1 [lindex $atom_info_list [expr $count*2]]"
1539              }
1540       }
1541
1542       set menu [eval tk_optionMenu $paramlist.x2 ::rb_param_x2 $atom_list]
1543           foreach item $atom {
1544              set max [llength $atom]
1545              for {set count 0} {$count <= [expr $max - 1]} {incr count} {
1546                 $menu entryconfig $count -command "set ::geom_x2 [lindex $atom_info_list [expr $count*2]]"
1547              }
1548       }
1549
1550       set menu [eval tk_optionMenu $paramlist.y1 ::rb_param_y1 $atom_list]
1551           foreach item $atom {
1552              set max [llength $atom]
1553              for {set count 0} {$count <= [expr $max - 1]} {incr count} {
1554                 $menu entryconfig $count -command "set ::geom_y1 [lindex $atom_info_list [expr $count*2]]"
1555              }
1556       }
1557
1558       set menu [eval tk_optionMenu $paramlist.y2 ::rb_param_y2 $atom_list]
1559           foreach item $atom {
1560              set max [llength $atom]
1561              for {set count 0} {$count <= [expr $max - 1]} {incr count} {
1562                 $menu entryconfig $count -command "set ::geom_y2 [lindex $atom_info_list [expr $count*2]]"
1563              }
1564       }
1565
1566
1567       grid $paramlist.x1 -row 3 -column 0
1568       grid $paramlist.x2 -row 3 -column 1
1569       grid $paramlist.y1 -row 5 -column 0
1570       grid $paramlist.y2 -row 5 -column 1
1571
1572
1573         $paramlist.x1 config -width 4
1574         $paramlist.x2 config -width 4
1575         $paramlist.y1 config -width 4
1576         $paramlist.y2 config -width 4
1577
1578  }
1579
1580
1581proc RB_Atom_Origin_Set {args} {
1582        set ::rb_origin_list ""
1583        foreach item $::rb_atom_range {
1584                if {$::rb_atom_origin_set($item) == 1} {
1585                   lappend ::rb_origin_list $item
1586                }
1587        }
1588#        puts "Origin list = $::rb_origin_list"
1589}
1590
1591proc RB_Geom_Save {args} {
1592# number of atoms in rigid body  ::gcon_atoms
1593# first atom in rigid body       ::gcon_start
1594# origin list                    ::gcon_origin_list
1595
1596     set vector1list "X"
1597     set vector2list "Y"
1598
1599     lappend vector1list [expr $::geom_x1 - [expr $::gcon_start -1]]
1600     lappend vector1list [expr $::geom_x2 - [expr $::gcon_start -1]]
1601     lappend vector2list [expr $::geom_y1 - [expr $::gcon_start -1]]
1602     lappend vector2list [expr $::geom_y2 - [expr $::gcon_start -1]]
1603
1604     set ::gcon_origin_list ""
1605     foreach item $::rb_atom_range {
1606                if {$::rb_atom_origin_set($item) == 1} {
1607                set temp [expr $item - [expr $::gcon_start - 1]]
1608                   lappend ::gcon_origin_list $temp
1609                }
1610        }
1611#        puts "Origin list = $::gcon_origin_list"
1612#        puts "vector 1 list = $vector1list"
1613#        puts "vector 2 list = $vector2list"
1614#        puts "number atoms = $::gcon_atoms"
1615#        puts "start atom  = $::gcon_start"
1616
1617        set temp1 [ExtractRigidBody $::rb_phase $::gcon_atoms $::gcon_start $::gcon_origin_list $vector1list $vector2list]
1618        if {[lindex $temp1 0] == {} || [lindex $temp1 1] == {} || [lindex $temp1 2] == {}} {
1619           #   puts "Geometry Crashed"
1620        }
1621        #puts "string 1 = [lindex $temp1 0]"
1622        #puts "string 2 = [lindex $temp1 1]"
1623        #puts "string 3 = [lindex $temp1 2]"
1624
1625        set cartesian ""
1626        lappend cartesian [lindex $temp1 2]
1627        #puts "Cartesian = $cartesian"
1628
1629        set bodnum [AddRigidBody 1 $cartesian]
1630        # set ::rb_damp($bodnum,1) 0
1631        set ::rb_coord_num($bodnum,1) $::gcon_atoms
1632
1633        MapRigidBody $::rb_phase $bodnum $::gcon_start [lindex $temp1 0] [lindex $temp1 1]
1634        RecordMacroEntry "MapRigidBody $::rb_phase $bodnum $::gcon_start [lindex $temp1 0] [lindex $temp1 1]" 0
1635        destroy .geometry
1636        RB_Control_Panel 0
1637}
1638
1639proc RB_Refine_Con {args} {
1640     catch {destroy .refcon}
1641     set con .refcon
1642     toplevel $con
1643     wm title $con "Rigid Body Refinement Controls"
1644     wm geometry $con 1150x600+10+10
1645     set ::rb_var_list ""
1646     set ::rb_var_list_tls ""
1647     set ::varnum 1
1648     set ::rb_var_name "var$::varnum"
1649#     putontop $con
1650      grid [frame $con.info -bd 2 -relief groove] -row 1 -column 0 -sticky news
1651      grid columnconfig $con 0 -weight 1
1652      grid [frame $con.con -bd 2 -relief groove] -row 0 -column 0
1653      grid [frame $con.terminate -bd 2 -relief groove] -row 2 -column 0
1654
1655      #bandaid fix:  load all mapping data
1656      foreach phase $::expmap(phaselist) {
1657              foreach bodnum [RigidBodyList] {
1658                      foreach mapnum [RigidBodyMappingList $phase $bodnum] {
1659                              RB_Load_Mapdata $phase $bodnum $mapnum
1660                      }
1661              }
1662      }
1663
1664      #grid rowconfig $con 0 -weight 1
1665
1666     foreach {top main side lbl} [MakeScrollTable $con.info] {}
1667             grid [label $top.rb -text "Body"] -row 1 -column 1 -padx 3
1668             grid [label $top.phase -text "Ph"] -row 1 -column 2 -padx 3
1669             grid [label $top.mapnum -text "Map"] -row 1 -column 3 -padx 3
1670             grid [label $top.x -text "X"] -row 1 -column 4 -padx 3
1671             grid [label $top.y -text "Y"] -row 1 -column 5 -padx 3
1672             grid [label $top.z -text "Z"] -row 1 -column 6 -padx 3
1673             grid [label $top.b1 -text "   "] -row 1 -column 7 -padx 3
1674             grid [label $top.e1 -text "E1"] -row 1 -column 8 -padx 3
1675             grid [label $top.e2 -text "E2"] -row 1 -column 9 -padx 3
1676             grid [label $top.e3 -text "E3"] -row 1 -column 10 -padx 3
1677             grid [label $top.tlscon1 -text "on/off"] -row 1 -column 11 -padx 3
1678#             grid [label $top.b2 -text "   "] -row 1 -column 11 -padx 3
1679             grid [label $top.t11 -text "T11"] -row 1 -column 12 -padx 3
1680             grid [label $top.t22 -text "T22"] -row 1 -column 13 -padx 3
1681             grid [label $top.t33 -text "T33"] -row 1 -column 14 -padx 3
1682             grid [label $top.t12 -text "T12"] -row 1 -column 15 -padx 3
1683             grid [label $top.t13 -text "T13"] -row 1 -column 16 -padx 3
1684             grid [label $top.t23 -text "T23"] -row 1 -column 17 -padx 3
1685             grid [label $top.b3 -text "   "] -row 1 -column 18 -padx 3
1686             grid [label $top.l11 -text "L11"] -row 1 -column 19 -padx 3
1687             grid [label $top.l22 -text "L22"] -row 1 -column 20 -padx 3
1688             grid [label $top.l33 -text "L33"] -row 1 -column 21 -padx 3
1689             grid [label $top.l12 -text "L12"] -row 1 -column 22 -padx 3
1690             grid [label $top.l13 -text "L13"] -row 1 -column 23 -padx 3
1691             grid [label $top.l23 -text "L23"] -row 1 -column 24 -padx 3
1692             grid [label $top.zb4 -text "   "] -row 1 -column 25 -padx 3
1693             grid [label $top.s12 -text "S12"] -row 1 -column 26 -padx 3
1694             grid [label $top.s13 -text "S13"] -row 1 -column 27 -padx 3
1695             grid [label $top.s21 -text "S21"] -row 1 -column 28 -padx 3
1696             grid [label $top.s23 -text "S23"] -row 1 -column 29 -padx 3
1697             grid [label $top.s31 -text "S31"] -row 1 -column 30 -padx 3
1698             grid [label $top.s32 -text "S32"] -row 1 -column 31 -padx 3
1699             grid [label $top.saa -text "SAA"] -row 1 -column 32 -padx 3
1700             grid [label $top.sbb -text "SBB"] -row 1 -column 33 -padx 3
1701
1702             grid [label $top.refcoord -text "Origin"] -row 0 -column 4 -padx 5 -columnspan 3
1703             grid [label $top.refeuler -text "Euler Angles"] -row 0 -column 8 -padx 5 -columnspan 3
1704             grid [label $top.tlscon2 -text "TLS"] -row 0 -column 11
1705             grid [label $top.tls -text "TLS"] -row 0 -column 12 -padx 5 -columnspan 6
1706#             grid [label $top.atoms -text "Atoms in Mapping"] -row 0 -column 6 -padx 5 -columnspan 10
1707
1708             #Determine number of rigid bodies and rigid body mappings
1709             set rb_num [RigidBodyList]
1710             set row 1
1711             foreach phasenum $::expmap(phaselist) {
1712                 foreach bodnum $rb_num {
1713                     set rb_map_num($phasenum,$bodnum) [RigidBodyMappingList $phasenum $bodnum]
1714
1715                  foreach mapnum $rb_map_num($phasenum,$bodnum) {
1716#                         puts "mapnum = $mapnum"
1717#                         grid [checkbutton $main.check($phasenum,$bodnum,$mapnum)] -row $row -column 0
1718                         grid [label $main.body($phasenum,$bodnum,$mapnum) -text $bodnum] -row $row -column 1
1719                         grid [label $main.phase($phasenum,$bodnum,$mapnum) -text $phasenum] -row $row -column 2
1720                         grid [label $main.map($phasenum,$bodnum,$mapnum) -text $mapnum] -row $row -column 3
1721                         RB_Load_Vars $phasenum $bodnum $mapnum
1722#                         puts "the checkbutton variable is $::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,tls)"
1723
1724#                         puts $main
1725                         grid [button $main.cfefx($phasenum,$bodnum,$mapnum) -command "RB_Con_Button $main.cfefx($phasenum,$bodnum,$mapnum)" -textvariable ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,x) -width 5] -row $row -column 4
1726                         grid [button $main.cfefy($phasenum,$bodnum,$mapnum) -command "RB_Con_Button $main.cfefy($phasenum,$bodnum,$mapnum)" -textvariable ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,y) -width 5]  -row $row -column 5
1727                         grid [button $main.cfefz($phasenum,$bodnum,$mapnum) -command "RB_Con_Button $main.cfefz($phasenum,$bodnum,$mapnum)" -textvariable ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,z) -width 5] -row $row -column 6
1728                         grid [label $main.b1($phasenum,$bodnum,$mapnum) -text "   "] -row $row -column 7
1729
1730                         grid [button $main.eref1($phasenum,$bodnum,$mapnum) -command "RB_Con_Button $main.eref1($phasenum,$bodnum,$mapnum)" -textvariable ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,e1) -width 5] -row $row -column 8
1731                         grid [button $main.eref2($phasenum,$bodnum,$mapnum) -command "RB_Con_Button $main.eref2($phasenum,$bodnum,$mapnum)" -textvariable ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,e2) -width 5] -row $row -column 9
1732                         grid [button $main.eref3($phasenum,$bodnum,$mapnum) -command "RB_Con_Button $main.eref3($phasenum,$bodnum,$mapnum)" -textvariable ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,e3) -width 5] -row $row -column 10
1733#                         grid [label $main.b2($phasenum,$bodnum,$mapnum) -text "   "] -row $row -column 11
1734
1735                         grid [checkbutton $main.tlscon($phasenum,$bodnum,$mapnum) -variable ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,tls) -command "RB_TLS_Onoff $phasenum $main $bodnum $mapnum" -width 5] -row $row -column 11
1736
1737
1738                         grid [button $main.t11ref($phasenum,$bodnum,$mapnum) -command "RB_Con_Button $main.t11ref($phasenum,$bodnum,$mapnum)" -textvariable ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,t11) -width 5] -row $row -column 12
1739                         grid [button $main.t22ref($phasenum,$bodnum,$mapnum) -command "RB_Con_Button $main.t22ref($phasenum,$bodnum,$mapnum)" -textvariable ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,t22) -width 5] -row $row -column 13
1740                         grid [button $main.t33ref($phasenum,$bodnum,$mapnum) -command "RB_Con_Button $main.t33ref($phasenum,$bodnum,$mapnum)" -textvariable ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,t33) -width 5] -row $row -column 14
1741                         grid [button $main.t12ref($phasenum,$bodnum,$mapnum) -command "RB_Con_Button $main.t12ref($phasenum,$bodnum,$mapnum)" -textvariable ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,t12) -width 5] -row $row -column 15
1742                         grid [button $main.t13ref($phasenum,$bodnum,$mapnum) -command "RB_Con_Button $main.t13ref($phasenum,$bodnum,$mapnum)" -textvariable ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,t13) -width 5] -row $row -column 16
1743                         grid [button $main.t23ref($phasenum,$bodnum,$mapnum) -command "RB_Con_Button $main.t23ref($phasenum,$bodnum,$mapnum)" -textvariable ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,t23) -width 5] -row $row -column 17
1744                         grid [label $main.b3($phasenum,$bodnum,$mapnum) -text "   "] -row $row -column 18
1745
1746                         grid [button $main.l11ref($phasenum,$bodnum,$mapnum) -command "RB_Con_Button $main.l11ref($phasenum,$bodnum,$mapnum)" -textvariable ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,l11) -width 5] -row $row -column 19
1747                         grid [button $main.l22ref($phasenum,$bodnum,$mapnum) -command "RB_Con_Button $main.l22ref($phasenum,$bodnum,$mapnum)" -textvariable ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,l22) -width 5] -row $row -column 20
1748                         grid [button $main.l33ref($phasenum,$bodnum,$mapnum) -command "RB_Con_Button $main.l33ref($phasenum,$bodnum,$mapnum)" -textvariable ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,l33) -width 5] -row $row -column 21
1749                         grid [button $main.l12ref($phasenum,$bodnum,$mapnum) -command "RB_Con_Button $main.l12ref($phasenum,$bodnum,$mapnum)" -textvariable ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,l12) -width 5] -row $row -column 22
1750                         grid [button $main.l13ref($phasenum,$bodnum,$mapnum) -command "RB_Con_Button $main.l13ref($phasenum,$bodnum,$mapnum)" -textvariable ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,l13) -width 5] -row $row -column 23
1751                         grid [button $main.l23ref($phasenum,$bodnum,$mapnum) -command "RB_Con_Button $main.l23ref($phasenum,$bodnum,$mapnum)" -textvariable ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,l23) -width 5] -row $row -column 24
1752                         grid [label $main.b4($phasenum,$bodnum,$mapnum) -text "   "] -row $row -column 25
1753
1754                         grid [button $main.s12ref($phasenum,$bodnum,$mapnum) -command "RB_Con_Button $main.s12ref($phasenum,$bodnum,$mapnum)" -textvariable ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,s12) -width 5] -row $row -column 26
1755                         grid [button $main.s13ref($phasenum,$bodnum,$mapnum) -command "RB_Con_Button $main.s13ref($phasenum,$bodnum,$mapnum)" -textvariable ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,s13) -width 5] -row $row -column 27
1756                         grid [button $main.s21ref($phasenum,$bodnum,$mapnum) -command "RB_Con_Button $main.s21ref($phasenum,$bodnum,$mapnum)" -textvariable ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,s21) -width 5] -row $row -column 28
1757                         grid [button $main.s23ref($phasenum,$bodnum,$mapnum) -command "RB_Con_Button $main.s23ref($phasenum,$bodnum,$mapnum)" -textvariable ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,s23) -width 5] -row $row -column 29
1758                         grid [button $main.s31ref($phasenum,$bodnum,$mapnum) -command "RB_Con_Button $main.s31ref($phasenum,$bodnum,$mapnum)" -textvariable ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,s31) -width 5] -row $row -column 30
1759                         grid [button $main.s32ref($phasenum,$bodnum,$mapnum) -command "RB_Con_Button $main.s32ref($phasenum,$bodnum,$mapnum)" -textvariable ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,s32) -width 5] -row $row -column 31
1760                         grid [button $main.saaref($phasenum,$bodnum,$mapnum) -command "RB_Con_Button $main.saaref($phasenum,$bodnum,$mapnum)" -textvariable ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,saa) -width 5] -row $row -column 32
1761                         grid [button $main.sbbref($phasenum,$bodnum,$mapnum) -command "RB_Con_Button $main.sbbref($phasenum,$bodnum,$mapnum)" -textvariable ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,sbb) -width 5] -row $row -column 33
1762
1763                         RB_TLS_Onoff $phasenum $main $bodnum $mapnum
1764
1765
1766#                         set col 4
1767                         set atomnum $::rb_map_beginning($phasenum,$bodnum,$mapnum)
1768#                         puts "first atom = $atomnum"
1769#                         set atomlist "atoms in rigid body #$bodnum:    "
1770                         set atomlist "atoms in rigid body:    "
1771                         for {set j 1} {$j <=$::rb_coord_num($bodnum,1)} {incr j} {
1772                             set atom [atominfo $phasenum $atomnum label]
1773                             lappend atomlist $atom
1774#                            grid [label $main.rb_site$phasenum$mapnum$j -text "$atom"] -row [expr $row +1] -column $col -padx 5
1775                             incr atomnum
1776#                             incr col
1777                        }
1778                        grid [label $main.rb_site$phasenum$bodnum$mapnum -text "$atomlist"] -row [expr $row + 1] -column 4 -padx 5 -columnspan 999 -sticky w
1779                        incr row 2
1780                     }
1781                 }
1782             }
1783             ResizeScrollTable $con.info
1784             set ::rbaddresses [winfo children .refcon.info.can.f]
1785
1786             set ::rb_var_name "var$::varnum"
1787             set free "free"
1788             set const ""
1789
1790             grid [label $con.con.lbl -text "Set Variables Selected Below"] -row 1 -column 1
1791             grid [button $con.con.free -width 22 -text "Set Free Variable" -command {RB_Con_But_Proc $::rbaddresses free}] -row 2 -column 1
1792             grid [button $con.con.const -width 22 -text "Do Not Refine Variables" -command {RB_Con_But_Proc $::rbaddresses ""}] -row 3 -column 1
1793             grid [button $con.con.var -width 22 -text "Set Constrained Variables" -command {RB_Con_But_Proc $::rbaddresses $::rb_var_name; incr ::varnum; set ::rb_var_name "var$::varnum"}] -row 4 -column 1
1794             grid [entry $con.con.vare -textvariable ::rb_var_name -width 5] -row 4 -column 2
1795             grid [button $con.con.clear -width 22 -text "Clear All Variables" -command {RB_Variable_Clear}] -row 5 -column 1
1796
1797             grid [label $con.terminate.originlabel -text "Origin Damping Factor "] -row 5 -column 1
1798             eval tk_optionMenu $con.terminate.origindamp ::rb_damp_origin 0 1 2 3 4 5 6 7 8 9
1799             grid $con.terminate.origindamp -row 5 -column 2
1800             $con.terminate.origindamp config -width 4 -state disable
1801
1802             grid [label $con.terminate.anglelabel -text "Angle Damping Factor "] -row 6 -column 1
1803             eval tk_optionMenu $con.terminate.angledamp ::rb_damp_angle 0 1 2 3 4 5 6 7 8 9
1804             grid $con.terminate.angledamp -row 6 -column 2
1805             $con.terminate.angledamp config -width 4 -state disable
1806
1807             grid [button $con.terminate.save -width 22 -text "Assign Variables and Save" -command RB_Var_Assign] -row 7 -column 1 -columnspan 2
1808             grid [button $con.terminate.abort -width 22 -text "Abort" -command  {destroy .refcon}] -row 8 -column 1 -columnspan 2
1809
1810}
1811
1812proc RB_Variable_Clear {} {
1813     foreach var $::rb_var_list {
1814             set $var ""
1815     }
1816     foreach var $::rb_var_list_tls {
1817             set $var ""
1818     }
1819
1820}
1821
1822proc RB_Con_But_Proc {addresses change args} {
1823#     puts "$addresses $change"
1824     foreach address $addresses {
1825             set a [eval $address cget -bg]
1826             if {$a == "yellow"} {
1827                set var [eval $address cget -textvariable]
1828                set $var $change
1829                $address config -relief raised -bg lightgray
1830              }
1831     }
1832}
1833
1834#procedure to turn buttons on (sunken yellow) and off (lightgray raised).
1835proc RB_Con_Button {address args} {
1836     set a [eval $address cget -relief]
1837     if {$a == "raised"} {
1838        $address config -relief sunken -bg yellow
1839     }
1840     if {$a == "sunken"} {
1841        $address config -relief raised
1842        $address config -bg lightgray
1843     }
1844}
1845
1846
1847
1848#procedure to determine next available variable number for GSAS
1849proc RB_Var_Gen {varcount args} {
1850     while {[lsearch $::rb_varlist $varcount] != -1} {incr varcount}
1851     lappend ::rb_varlist $varcount
1852     return $varcount
1853}
1854
1855#procedure to assign variable names to relationships
1856proc RB_Var_Assign {args} {
1857     set ::rb_varlist [RigidBodyGetVarNums]
1858     set varcount 1
1859     set varlist ""
1860     catch {array unset rb_var_temp}
1861     foreach var $::rb_var_list {
1862            if {[set $var] == ""} {
1863               set $var 0
1864            } elseif {[set $var] == "free"} {
1865                     set $var [RB_Var_Gen $varcount]
1866                     set varcount [set $var]
1867            } else {
1868#                     puts [lsearch $varlist [set $var]]
1869                     if {[lsearch $varlist [set $var]] == -1} {
1870                        lappend varlist [set $var]
1871#                        puts $varlist
1872                        set rb_variable([set $var]) [RB_Var_Gen $varcount]
1873                        set $var $rb_variable([set $var])
1874
1875                     } else {
1876                        set $var $rb_variable([set $var])
1877                     }
1878             }
1879     }
1880
1881          foreach var $::rb_var_list_tls {
1882            if {[set $var] == ""} {
1883               set $var 0
1884            } elseif {[set $var] == "free"} {
1885                     set $var [RB_Var_Gen $varcount]
1886                     set varcount [set $var]
1887            } else {
1888#                     puts [lsearch $varlist [set $var]]
1889                     if {[lsearch $varlist [set $var]] == -1} {
1890                        lappend varlist [set $var]
1891#                        puts $varlist
1892                        set rb_variable([set $var]) [RB_Var_Gen $varcount]
1893                        set $var $rb_variable([set $var])
1894
1895                     } else {
1896                        set $var $rb_variable([set $var])
1897                     }
1898             }
1899     }
1900
1901     RB_Var_Save
1902     incr ::expgui(changed)
1903     destroy .refcon
1904}
1905
1906#procedure for enabling refinement flags
1907proc RB_Ref_FlagEnable {phasenum bodnum mapnum var val args} {
1908          set atomlist ""
1909          set atomnum $::rb_map_beginning($phasenum,$bodnum,$mapnum)
1910          for {set j 1} {$j <=$::rb_coord_num($bodnum,1)} {incr j} {
1911               lappend atomlist $atomnum
1912               incr atomnum
1913          }
1914          atominfo $phasenum $atomlist $var set $val
1915
1916 }
1917
1918
1919
1920
1921#procedure to send variable numbers to EXP file.
1922proc RB_Var_Save {args} {
1923
1924     #Determine number of rigid bodies and rigid body mappings
1925     set rb_num [RigidBodyList]
1926     foreach phasenum $::expmap(phaselist) {
1927          foreach bodnum $rb_num {
1928               set rb_map_num($phasenum,$bodnum) [RigidBodyMappingList $phasenum $bodnum]
1929               foreach mapnum $rb_map_num($phasenum,$bodnum) {
1930                       set refcoordflag 0
1931                       set reftlsflag 0
1932                       set rb_list "$::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,x) \
1933                           $::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,y) $::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,z) \
1934                           $::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,e1) $::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,e2) \
1935                           $::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,e3) 0 0 0"
1936                       RigidBodyVary $phasenum $bodnum $mapnum $rb_list
1937                       RecordMacroEntry "incr expgui(changed); RigidBodyVary $phasenum $bodnum $mapnum [list $rb_list]" 0
1938                       foreach test $rb_list {
1939                            if {$test != 0} {
1940                               set refcoordflag 1
1941                            }
1942                       }
1943                          RB_Ref_FlagEnable $phasenum $bodnum $mapnum xref $refcoordflag
1944
1945                       if {$::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,tls) == 1} {
1946                           set rb_tls "$::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,t11) $::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,t22) \
1947                               $::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,t33) $::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,t12) \
1948                               $::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,t13) $::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,t23) \
1949                               $::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,l11) $::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,l22) \
1950                               $::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,l33) $::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,l12) \
1951                               $::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,l13) $::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,l23) \
1952                               $::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,s12) $::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,s13) \
1953                               $::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,s21) $::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,s23) \
1954                               $::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,s31) $::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,s32) \
1955                               $::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,saa) $::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,sbb)"
1956#                           puts "TLS param save for $rb_tls"
1957                           RigidBodyTLSVary $phasenum $bodnum $mapnum $rb_tls
1958                           RecordMacroEntry "RigidBodyTLSVary $phasenum $bodnum $mapnum [list $rb_tls]" 0
1959                           foreach test $rb_tls {
1960                            if {$test != 0} {
1961                               set reftlsflag 1
1962                            }
1963                       }
1964                          RB_Ref_FlagEnable $phasenum $bodnum $mapnum uref $reftlsflag
1965                       }
1966                       incr ::expgui(changed)
1967                       #RecordMacroEntry "incr expgui(changed)" 0
1968
1969               }
1970          }
1971#     puts "phasenumber is $phasenum"
1972     DisplayAllAtoms $phasenum
1973#need to track body number from button on notebook page.  Below is a temporary fix
1974      RB_Control_Panel $::rb_panel
1975#     RB_Populate $::rb_notebook 1
1976     }
1977}
1978
1979# procedure to turn tls buttons on or off
1980proc RB_TLS_Onoff {phasenum main bodnum mapnum} {
1981
1982      lappend tlsparam $main.t11ref($phasenum,$bodnum,$mapnum) $main.t22ref($phasenum,$bodnum,$mapnum) $main.t33ref($phasenum,$bodnum,$mapnum) \
1983              $main.t12ref($phasenum,$bodnum,$mapnum) $main.t13ref($phasenum,$bodnum,$mapnum) $main.t23ref($phasenum,$bodnum,$mapnum) \
1984              $main.l11ref($phasenum,$bodnum,$mapnum) $main.l22ref($phasenum,$bodnum,$mapnum) $main.l33ref($phasenum,$bodnum,$mapnum) \
1985              $main.l12ref($phasenum,$bodnum,$mapnum) $main.l13ref($phasenum,$bodnum,$mapnum) $main.l23ref($phasenum,$bodnum,$mapnum) \
1986              $main.s12ref($phasenum,$bodnum,$mapnum) $main.s13ref($phasenum,$bodnum,$mapnum) $main.s21ref($phasenum,$bodnum,$mapnum) \
1987              $main.s23ref($phasenum,$bodnum,$mapnum) $main.s31ref($phasenum,$bodnum,$mapnum) $main.s32ref($phasenum,$bodnum,$mapnum) \
1988              $main.saaref($phasenum,$bodnum,$mapnum) $main.sbbref($phasenum,$bodnum,$mapnum)
1989#      puts $tlsparam
1990              if {$::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,tls) == 0} {
1991                        RigidBodyEnableTLS $phasenum $bodnum $mapnum 0
1992                        foreach x $tlsparam {
1993                                $x config -state disable -relief sunken
1994                        }
1995              } else {
1996                        RigidBodyEnableTLS $phasenum $bodnum $mapnum 1
1997                        foreach x $tlsparam {
1998                                $x config -state normal -relief raised
1999                        }
2000              }
2001}
2002
2003
2004proc RB_Load_Vars {phasenum bodnum mapnum args} {
2005     foreach var $::rb_map_positionvars($phasenum,$bodnum,$mapnum) {
2006             catch {unset temp($var)}
2007     }
2008
2009     foreach var $::rb_map_positionvars($phasenum,$bodnum,$mapnum) {
2010             if {[info exists temp($var)] == "0"} {
2011                set temp($var) $var
2012                } else {
2013                  lappend mulvarlist $var
2014             }
2015     }
2016
2017     foreach var $::rb_map_tls_var($phasenum,$bodnum,$mapnum) {
2018             if {[info exists temp($var)] == "0"} {
2019                set temp($var) $var
2020             } else {
2021                lappend mulvarlist $var
2022             }
2023     }
2024
2025     set ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,x) [RB_VarSet [lindex $::rb_map_positionvars($phasenum,$bodnum,$mapnum) 0] $mulvarlist]
2026     set ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,y) [RB_VarSet [lindex $::rb_map_positionvars($phasenum,$bodnum,$mapnum) 1] $mulvarlist]
2027     set ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,z) [RB_VarSet [lindex $::rb_map_positionvars($phasenum,$bodnum,$mapnum) 2] $mulvarlist]
2028
2029     lappend ::rb_var_list ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,x) ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,y) ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,z)
2030
2031     set ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,e1) [RB_VarSet [lindex $::rb_map_positionvars($phasenum,$bodnum,$mapnum) 3] $mulvarlist]
2032     set ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,e2) [RB_VarSet [lindex $::rb_map_positionvars($phasenum,$bodnum,$mapnum) 4] $mulvarlist]
2033     set ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,e3) [RB_VarSet [lindex $::rb_map_positionvars($phasenum,$bodnum,$mapnum) 5] $mulvarlist]
2034
2035     lappend ::rb_var_list ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,e1) ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,e2) ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,e3)
2036
2037     if {$::rb_map_tls_var($phasenum,$bodnum,$mapnum) != ""} {
2038
2039
2040          set ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,t11) [RB_VarSet [lindex $::rb_map_tls_var($phasenum,$bodnum,$mapnum) 0] $mulvarlist]
2041          set ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,t22) [RB_VarSet [lindex $::rb_map_tls_var($phasenum,$bodnum,$mapnum) 1] $mulvarlist]
2042          set ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,t33) [RB_VarSet [lindex $::rb_map_tls_var($phasenum,$bodnum,$mapnum) 2] $mulvarlist]
2043          set ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,t12) [RB_VarSet [lindex $::rb_map_tls_var($phasenum,$bodnum,$mapnum) 3] $mulvarlist]
2044          set ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,t13) [RB_VarSet [lindex $::rb_map_tls_var($phasenum,$bodnum,$mapnum) 4] $mulvarlist]
2045          set ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,t23) [RB_VarSet [lindex $::rb_map_tls_var($phasenum,$bodnum,$mapnum) 5] $mulvarlist]
2046
2047          lappend ::rb_var_list_tls ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,t11) ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,t22) ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,t33)
2048          lappend ::rb_var_list_tls ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,t12) ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,t13) ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,t23)
2049
2050          set ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,l11) [RB_VarSet [lindex $::rb_map_tls_var($phasenum,$bodnum,$mapnum) 6] $mulvarlist]
2051          set ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,l22) [RB_VarSet [lindex $::rb_map_tls_var($phasenum,$bodnum,$mapnum) 7] $mulvarlist]
2052          set ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,l33) [RB_VarSet [lindex $::rb_map_tls_var($phasenum,$bodnum,$mapnum) 8] $mulvarlist]
2053          set ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,l12) [RB_VarSet [lindex $::rb_map_tls_var($phasenum,$bodnum,$mapnum) 9] $mulvarlist]
2054          set ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,l13) [RB_VarSet [lindex $::rb_map_tls_var($phasenum,$bodnum,$mapnum) 10] $mulvarlist]
2055          set ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,l23) [RB_VarSet [lindex $::rb_map_tls_var($phasenum,$bodnum,$mapnum) 11] $mulvarlist]
2056
2057          lappend ::rb_var_list_tls ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,l11) ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,l22) ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,l33)
2058          lappend ::rb_var_list_tls ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,l12) ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,l13) ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,l23)
2059
2060          set ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,s12) [RB_VarSet [lindex $::rb_map_tls_var($phasenum,$bodnum,$mapnum) 12] $mulvarlist]
2061          set ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,s13) [RB_VarSet [lindex $::rb_map_tls_var($phasenum,$bodnum,$mapnum) 13] $mulvarlist]
2062          set ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,s21) [RB_VarSet [lindex $::rb_map_tls_var($phasenum,$bodnum,$mapnum) 14] $mulvarlist]
2063          set ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,s23) [RB_VarSet [lindex $::rb_map_tls_var($phasenum,$bodnum,$mapnum) 15] $mulvarlist]
2064          set ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,s31) [RB_VarSet [lindex $::rb_map_tls_var($phasenum,$bodnum,$mapnum) 16] $mulvarlist]
2065          set ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,s32) [RB_VarSet [lindex $::rb_map_tls_var($phasenum,$bodnum,$mapnum) 17] $mulvarlist]
2066          set ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,saa) [RB_VarSet [lindex $::rb_map_tls_var($phasenum,$bodnum,$mapnum) 18] $mulvarlist]
2067          set ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,sbb) [RB_VarSet [lindex $::rb_map_tls_var($phasenum,$bodnum,$mapnum) 19] $mulvarlist]
2068
2069          lappend ::rb_var_list_tls ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,s12) ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,s13) ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,s21)
2070          lappend ::rb_var_list_tls ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,s23) ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,s31) ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,s32)
2071          lappend ::rb_var_list_tls ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,saa) ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,sbb)
2072
2073          set ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,tls) 1
2074
2075     } else {
2076          set ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,t11) ""
2077          set ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,t22) ""
2078          set ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,t33) ""
2079          set ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,t12) ""
2080          set ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,t13) ""
2081          set ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,t23) ""
2082
2083          lappend ::rb_var_list_tls ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,t11) ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,t22) ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,t33)
2084          lappend ::rb_var_list_tls ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,t12) ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,t13) ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,t23)
2085
2086          set ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,l11) ""
2087          set ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,l22) ""
2088          set ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,l33) ""
2089          set ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,l12) ""
2090          set ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,l13) ""
2091          set ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,l23) ""
2092
2093          lappend ::rb_var_list_tls ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,l11) ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,l22) ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,l33)
2094          lappend ::rb_var_list_tls ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,l12) ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,l13) ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,l23)
2095
2096          set ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,s12) ""
2097          set ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,s13) ""
2098          set ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,s21) ""
2099          set ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,s23) ""
2100          set ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,s31) ""
2101          set ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,s32) ""
2102          set ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,saa) ""
2103          set ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,sbb) ""
2104
2105          lappend ::rb_var_list_tls ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,s12) ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,s13) ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,s21)
2106          lappend ::rb_var_list_tls ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,s23) ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,s31) ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,s32)
2107          lappend ::rb_var_list_tls ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,saa) ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,sbb)
2108
2109          set ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,tls) 0
2110     }
2111
2112}
2113
2114proc RB_VarSet {varin mulvarlist args} {
2115     if {$varin == 0} {set varout ""
2116        } else {
2117          set temp [lsearch $mulvarlist $varin]
2118          if {$temp == "-1"} {set varout "free"
2119                 } else {
2120                   set varout var$varin
2121              }
2122     }
2123     return $varout
2124}
2125
2126#returns next unused rigid body number
2127proc RB_New_RBnum {args} {
2128
2129     set temp [RigidBodyList]
2130     for {set count 1} {[lsearch $temp $count] != -1} {incr count} {
2131     }
2132     return $count
2133}
2134
2135proc RB_CartesianTextFile {bodnum args} {
2136    if {$::rb_matrix_num($bodnum) > 1} {
2137       MyMessageBox -message "Multiple matrices present, cannot save coordinates to file"
2138       return
2139    }
2140    set rb_file_write [tk_getSaveFile -filetypes {{"Cartesian output" .cart} {"All files" *}}]
2141    set fh [open $rb_file_write w]
2142    set coordnummax $::rb_coord_num($bodnum,1)
2143    for {set coord 0} {$coord < $coordnummax} {incr coord} {
2144        set line [list $::rb_x($bodnum,1,$coord) $::rb_y($bodnum,1,$coord) $::rb_z($bodnum,1,$coord)]
2145#        puts $line
2146#        puts $fh $line
2147    }
2148    close $fh
2149}
2150
2151############################################################################################
2152proc RB_View_Parameters {phase x y args} {
2153   set euler     $::rb_map_euler($phase,$x,$y)
2154   set positions $::rb_map_positions($phase,$x,$y)
2155   set damping   $::rb_map_damping($phase,$x,$y)
2156   catch {destroy .viewparam}
2157   set vp .viewparam
2158   toplevel $vp
2159   wm title $vp "Refinement Options"
2160   frame $vp.con -bd 2 -relief groove
2161   frame $vp.spa -bd 2 -relief groove
2162   frame $vp.refflag -bd 2 -relief groove
2163   grid $vp.con -row 0 -column 0
2164
2165   grid $vp.spa -row 2 -column 0
2166   grid $vp.refflag -row 1 -column 0
2167
2168   set con $vp.con
2169   label $con.lbl -text "Refine: "
2170   button $con.tog -text "off"
2171   grid $con.lbl -row 0 -column 0
2172   grid $con.tog -row 0 -column 1
2173
2174   grid [label $vp.spa.lbl1 -text "Supplemental Position Angles"] row 0 -column 0 -columnspan 3
2175   set ::e_angle1$y [lindex [lindex $euler 3] 0]
2176
2177   set ::e_angle2$y [lindex [lindex $euler 4] 0]
2178   set ::e_angle3$y [lindex [lindex $euler 5] 0]
2179   grid [label $vp.spa.angle1l -text "Sup. Angle 1"] -row 1 -column 0
2180   grid [label $vp.spa.angle2l -text "Sup. Angle 2"] -row 2 -column 0
2181   grid [label $vp.spa.angle3l -text "Sup. Angle 3"] -row 3 -column 0
2182   grid [entry $vp.spa.angle1 -textvariable ::e_angle1$y] -row 1 -column 1
2183   grid [entry $vp.spa.angle2 -textvariable ::e_angle2$y] -row 2 -column 1
2184   grid [entry $vp.spa.angle3 -textvariable ::e_angle3$y] -row 3 -column 1
2185
2186   set e_axis1 [lindex [lindex $euler 3] 1]
2187   set e_axis2 [lindex [lindex $euler 4] 1]
2188   set e_axis3 [lindex [lindex $euler 5] 1]
2189
2190   grid [label $vp.refflag.lbl1 -text "Refinement Flags"] -row 0 -column 0 -columnspan 3
2191   grid [label $vp.refflag.x_axis -text "X-axis"] -row 1 -column 0
2192   grid [label $vp.refflag.y_axis -text "Y-axis"] -row 1 -column 1
2193   grid [label $vp.refflag.z_axis -text "Z-axis"] -row 1 -column 2
2194   grid [label $vp.refflag.euler1 -text "Euler Angle 1"] -row 3 -column 0
2195   grid [label $vp.refflag.euler2 -text "Euler Angle 2"] -row 3 -column 1
2196   grid [label $vp.refflag.euler3 -text "Euler Angle 3"] -row 3 -column 2
2197   grid [label $vp.refflag.sup1 -text "Sup. Angle 1"] -row 5 -column 0
2198   grid [label $vp.refflag.sup2 -text "Sup. Angle 2"] -row 5 -column 1
2199   grid [label $vp.refflag.sup3 -text "Sup. Angle 3"] -row 5 -column 2
2200
2201   for {set j 0} {$j < 9} {incr j} {
2202       label $vp.refflag.$j -text [lindex $positions $j]
2203   }
2204   grid $vp.refflag.0 -row 2 -column 0
2205   grid $vp.refflag.1 -row 2 -column 1
2206   grid $vp.refflag.2 -row 2 -column 2
2207   grid $vp.refflag.3 -row 4 -column 0
2208   grid $vp.refflag.4 -row 4 -column 1
2209   grid $vp.refflag.5 -row 4 -column 2
2210   grid $vp.refflag.6 -row 6 -column 0
2211   grid $vp.refflag.7 -row 6 -column 1
2212   grid $vp.refflag.8 -row 6 -column 2
2213
2214}
2215
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.