source: trunk/import_cell.tcl

Last change on this file was 1251, checked in by toby, 7 years ago

use svn ps svn:eol-style "native" * to change line ends

  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Author Date Revision Id
File size: 2.7 KB
RevLine 
[263]1# $Id: import_cell.tcl 1251 2014-03-10 22:17:29Z toby $
2
3#-------------------------------------------------
4# define info used in addcmds.tcl
5set description "PowderCell .CEL file"
6set extensions .cel
7set procname ReadPowderCellFile
8#-------------------------------------------------
9
10proc ReadPowderCellFile {filename} {
11    set fp [open $filename r]
12    set cell {}
13    set atomlist {}
14    set spg {}
[266]15    set shift {}
[263]16    set sgnum {}
17    set setting {}
18    set warnlist {
19        3 4 5 6 7 8 10 11 12 13 14 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 27 32 34 35
20        37 42 43 44 45 47 48 49 50 55 56 58 59 65 66 68 69 70 71 72
21    }
22
23    while {[gets $fp line] >= 0} {
24        set token [lindex $line 0] 
25        switch [string toupper $token] {
26            CELL {
27                set cell [lrange $line 1 end]
28            }
29            RGNR {
30                set sgnum [lindex $line 1]
31                set setting [lindex $line 2]
32                if {$setting == ""} {set setting 1}
[562]33                # note that RGNR comes at the end of the file; ignore
34                # anything beyond here
[263]35                close $fp
36                global expgui
37                set fp [open [file join $expgui(scriptdir) spacegrp.ref] r]
38                while {[gets $fp line] >= 0} {
39                    if {$sgnum == [lindex $line 1] && \
40                            $setting == [lindex $line 2]} {
[266]41                        set spg [lindex $line 8]
42                        set shift [lindex $line 9]
[263]43                        break
44                    }
45                }
[562]46                close $fp
[263]47                break
48            }
49            default {
50                set lbl [lindex $line 0]
51                set type [lindex $line 1]
52                # if the type is a number, convert it to an element symbol
53                catch {set type [lindex {
54                    dummy-entry
55                    H HE LI BE B C N O F NE NA MG AL SI P S CL AR K CA SC TI V CR MN FE CO
56                    NI CU ZN GA GE AS SE BR KR RB SR Y ZR NB MO TC RU RH PD AG CD IN SN SB
57                    TE I XE CS BA LA CE PR ND PM SM EU GD TB DY HO ER TM YB LU HF TA W RE
58                    OS IR PT AU HG TL PB BI PO AT RN FR RA AC TH PA U NP PU AM CM BK CF
59                } $type]}
60                # convert  F-, K+ and  Al3+ to F, K and Al
61                regsub {[1-9]*\+} $type {} type   
62                regsub {[1-9]*-} $type {} type   
[266]63                lappend typelist $type
64                lappend lbllist $lbl
65                lappend xyzlist [lrange $line 2 4]
[263]66            }
67        }
68    }
[266]69    # create the atomlist
70    foreach type $typelist lbl $lbllist xyz $xyzlist {
71        if {$shift == ""} {
72            set l "$lbl $xyz $type"
73        } else {
74            set l $lbl
75            foreach x $xyz offset $shift {
76                lappend l [expr $x + $offset]
77            }
78            lappend l $type
79        }
80        lappend atomlist $l
81    }
[263]82    # exact spacegroup was not found
[266]83    if {$spg == ""} {
[263]84        # how did this happen
85        MyMessageBox -parent . -type ok -icon error \
[266]86                -message "Error: The space group number ($sgnum) and setting ($setting) in file $filename is invalid!"
87    } elseif {$shift != ""} {
[263]88        # don't have the correct setting
89        MyMessageBox -parent . -type ok -icon warning \
[266]90                -message "Note: an origin shift ($shift) has been added to the coordinates to convert them to the Origin Choice 2 setting (-1 at 000)"
[263]91    }
92    return "[list $spg] [list $cell] [list $atomlist]"
93}
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.