source: trunk/addcmds.tcl @ 977

Last change on this file since 977 was 977, checked in by toby, 11 years ago

fix bug that adds brackets to spacegroup in phase replace

  • Property svn:keywords set to Author Date Revision Id
File size: 82.1 KB
Line 
1# $Id: addcmds.tcl 977 2010-04-14 15:15:50Z toby $
2
3#----------- Add Phase routines ----------------------------------------
4
5proc MakeAddPhaseBox {} {
6    global expmap expgui
7
8    set expgui(coordList) {}
9    set nextphase ""
10    foreach p {1 2 3 4 5 6 7 8 9} {
11        if {[lsearch $expmap(phaselist) $p] == -1} {
12            set nextphase $p
13            break
14        }
15    }
16
17    # no more room
18    if {$nextphase == ""} {
19        MyMessageBox -parent . -title "Add Phase Error" \
20                -message "There are already 9 phases. You cannot add more." \
21                -icon error
22        return
23    }
24
25    set np .newphase
26    catch {destroy $np}
27    toplevel $np
28    bind $np <Key-F1> "MakeWWWHelp expgui2.html addphase"
29
30    grid [label $np.l1 -text "Adding phase #$nextphase"] \
31            -column 0 -row 0 -sticky w
32    grid [label $np.l2 -text "Phase title:"] -column 0 -row 1 
33    grid [entry $np.t1 -width 68] -column 1 -row 1 -columnspan 8
34    grid [label $np.l3 -text "Space Group:"] -column 0 -row 2 
35    grid [entry $np.t2 -width 12] -column 1 -row 2 
36    grid [frame $np.ct -bd 2 -relief groove] -column 3 -row 2
37    grid [frame $np.f -bd 4 -relief groove] -column 4 -row 2 -columnspan 8
38    grid [label $np.ct.l -text "Cell\nType"] -column 0 -row 2 
39    set menu [tk_optionMenu $np.ct.s expgui(addPhaseCellType) ""]
40    $menu delete 0
41    foreach val {Any Cubic Tetragonal Hexagonal Rhombohedral Orthorhombic Monoclinic} \
42        lbl {Any Cubic Tetrag Hexag Rhomb. Ortho Mono} {
43            $menu add radiobutton -value $lbl -label $val \
44                -command "set expgui(addPhaseCellType) $lbl"
45        }
46    grid $np.ct.s
47    foreach v [ trace vinfo expgui(addPhaseCellType)] {
48        eval trace vdelete expgui(addPhaseCellType) $v
49    }
50    #set expgui(addPhaseCellType) Any
51    $menu invoke 0
52    trace variable expgui(addPhaseCellType) w "SetAddCellSymConstr $np.f"
53
54    set col -1
55    foreach i {a b c} {
56        grid [label $np.f.l1$i -text " $i "] -column [incr col] -row 1
57        grid [entry $np.f.e1$i -width 12] -column [incr col]  -row 1
58    }
59    set col -1
60    foreach i {a b g} {
61        grid [label $np.f.l2$i -text $i] -column [incr col] -row 2
62        set font [$np.f.l2$i cget -font]
63        $np.f.l2$i config -font "Symbol [lrange $font 1 end]"
64        grid [entry $np.f.e2$i -width 12] -column [incr col]  -row 2
65        $np.f.e2$i insert 0 90.
66    }   
67   
68    grid [frame $np.bf] -row 3 -column 0 -columnspan 10 -sticky ew
69    grid [button $np.bf.b1 -text Add \
70            -command "addphase $np"] -column 2 -row 3
71    bind $np <Return> "addphase $np"
72    grid [button $np.bf.b2 -text Cancel \
73            -command "destroy $np"] -column 3 -row 3
74    grid columnconfig $np.bf 4 -weight 1
75    grid [button $np.bf.help -text Help -bg yellow \
76            -command "MakeWWWHelp expgui2.html addphase"] \
77            -column 4 -row 3
78
79    # get the input formats if not already defined
80    GetImportFormats
81    if {[llength $expgui(importFormatList)] > 0} {
82        grid [frame $np.bf.fr -bd 4 -relief groove] -column 5 -row 3
83        grid [button $np.bf.fr.b3 -text "Import phase from: " \
84                -command "ImportPhase \$expgui(importFormat) $np"] \
85                -column 0 -row 0 -sticky e
86        set menu [eval tk_optionMenu $np.bf.fr.b4 expgui(importFormat) \
87                $expgui(importFormatList)]
88        for {set i 0} {$i <= [$menu index end]} {incr i} {
89            $menu entryconfig $i -command "ImportPhase \$expgui(importFormat) $np"
90        }
91        grid $np.bf.fr.b4 -column 1 -row 0 -sticky w
92        grid rowconfig $np.bf.fr 0 -pad 10
93        grid columnconfig $np.bf.fr 0 -pad 10
94        grid columnconfig $np.bf.fr 1 -pad 10
95    }
96    wm title $np "add new phase"
97
98    # set grab, etc.
99    putontop $np
100   
101    tkwait window $np
102   
103    # fix grab...
104    afterputontop
105}
106proc SetAddCellSymConstr {box args} {
107    switch $::expgui(addPhaseCellType) {
108        Any {
109            foreach i {a b c} {
110                $box.e1$i configure -textvariable "" -state normal
111            }
112            foreach i {a b g} {
113                $box.e2$i configure -textvariable "" -state normal
114            }
115        }
116        Cubic {
117            set ::expgui(AddCella) [$box.e1a get]
118            foreach i {a b c} {
119                $box.e1$i configure -textvariable expgui(AddCella) -state normal
120            }
121            foreach i {a b g} {
122                $box.e2$i configure -textvariable "" -state normal
123                $box.e2$i delete 0 end
124                $box.e2$i insert 0 90.
125                $box.e2$i configure -textvariable "" -state disabled
126            }
127        }
128        Tetrag {
129            set ::expgui(AddCella) [$box.e1a get]
130            foreach i {a b} {
131                $box.e1$i configure -textvariable expgui(AddCella) -state normal
132            }
133            $box.e1c configure -textvariable "" -state normal
134            foreach i {a b g} {
135                $box.e2$i configure -textvariable "" -state normal
136                $box.e2$i delete 0 end
137                $box.e2$i insert 0 90.
138                $box.e2$i configure -textvariable "" -state disabled
139            }
140        }
141        Hexag {
142            set ::expgui(AddCella) [$box.e1a get]
143            foreach i {a b} {
144                $box.e1$i configure -textvariable expgui(AddCella) -state normal
145            }
146            $box.e1c configure -textvariable "" -state normal
147            foreach i {a b g} {
148                $box.e2$i configure -textvariable "" -state normal
149                $box.e2$i delete 0 end
150                if {$i == "g"} {
151                    $box.e2$i insert 0 120.
152                } else {
153                    $box.e2$i insert 0 90.
154                }
155                $box.e2$i configure -textvariable "" -state disabled
156            }
157        }
158        Rhomb. {
159            set ::expgui(AddCella) [$box.e1a get]
160            foreach i {a b c} {
161                $box.e1$i configure -textvariable expgui(AddCella) -state normal
162            }
163            set ::expgui(AddCellalpha) [$box.e2a get]
164            foreach i {a b g} {
165                $box.e2$i configure -textvariable expgui(AddCellalpha) -state normal
166            }
167        }
168        Ortho {
169            foreach i {a b c} {
170                $box.e1$i configure -textvariable "" -state normal
171            }
172            foreach i {a b g} {
173                $box.e2$i configure -textvariable "" -state normal
174                $box.e2$i delete 0 end
175                $box.e2$i insert 0 90.
176                $box.e2$i configure -textvariable "" -state disabled
177            }
178        }
179        Mono {
180            foreach i {a b c} {
181                $box.e1$i configure -textvariable "" -state normal
182            }
183            foreach i {a g} {
184                $box.e2$i configure -textvariable "" -state normal
185                $box.e2$i delete 0 end
186                $box.e2$i insert 0 90.
187                $box.e2$i configure -textvariable "" -state disabled
188            }
189            $box.e2b configure -textvariable "" -state normal
190        }
191    }
192}
193
194
195proc addphase {np} {
196    global expgui expmap
197    # validate the input
198    set err {}
199    set title [$np.t1 get]
200    if {[string trim $title] == ""} {
201        append err "  Title cannot be blank\n"
202    }
203    set spg [$np.t2 get]
204    if {[string trim $spg] == ""} {
205        append err "  Space group cannot be blank\n"
206    }
207    foreach i {a b c} {
208        set cell($i) [$np.f.e1$i get]
209        if {[string trim $cell($i)] == ""} {
210            append err "  $i cannot be blank\n"
211        } elseif {[catch {expr $cell($i)}]} {
212            append err "  $i is not valid\n"
213        }
214    }
215
216    foreach i {a b g} lbl {alpha beta gamma} {
217        set cell($lbl) [$np.f.e2$i get]
218        if {[string trim $cell($lbl)] == ""} {
219            append err "  $lbl cannot be blank\n"
220        } elseif {[catch {expr $cell($lbl)}]} {
221            append err "  $lbl is not valid\n"
222        }
223    }
224
225    if {$expgui(addPhaseCellType) == "Rhomb."} {
226        # check for proper use of space group in Rhomb. setting
227        if {[string toupper [string range [string trim $spg] 0 0]] != "R"} {
228            append err "Rhombohedral cell specified, but space group does not start with R\n"
229        }
230        if {[string toupper [string range [string trim $spg] end end]] != "R"} {
231            append spg " R"
232            if {$err == ""} {
233                # no need to warn on error
234                MyMessageBox -parent $np -title "Space Group Fix" \
235                -message "Adding a final 'R' to the space group for rhombohedral space group set in rhombohedral cell, as required in GSAS" \
236                -icon warning
237            }
238        }
239    }
240    if {$err != ""} {
241        MyMessageBox -parent . -title "Add Phase Error" \
242                -message "The following error(s) were found in your input:\n$err" \
243                -icon error
244        set expgui(oldphaselist) -1
245        return
246    }
247
248    # check the space group
249    set fp [open spg.in w]
250    puts $fp "N"
251    puts $fp "N"
252    puts $fp $spg
253    puts $fp "Q"
254    close $fp
255    global tcl_platform
256    catch {
257        if {$tcl_platform(platform) == "windows"} {
258            exec [file join $expgui(gsasexe) spcgroup.exe] < spg.in >& spg.out
259        } else {
260            exec [file join $expgui(gsasexe) spcgroup] < spg.in >& spg.out
261        }
262    }
263    set fp [open spg.out r]
264    set out [read $fp]
265    close $fp
266    # attempt to parse out the output (fix up if parse did not work)
267    if {[regexp "space group symbol.*>(.*)Enter a new space group symbol" \
268            $out a b ] != 1} {set b $out}
269    if {[string first Error $b] != -1} {
270        # got an error, show it
271        ShowBigMessage \
272                 $np.error \
273                 "Error processing space group\nReview error message below" \
274                 $b OK "" 1
275        set expgui(oldphaselist) -1
276        return
277    } else {
278        # show the result and confirm
279        set opt [ShowBigMessage \
280                $np.check \
281                "Check the symmetry operators in the output below" \
282                $b \
283                {Continue Redo} ]
284        if {$opt > 1} {
285            set expgui(oldphaselist) -1
286            return
287        }
288    }
289    file delete spg.in spg.out
290    # ok do it!
291    set errmsg [runAddPhase $title $spg \
292                    $cell(a) $cell(b) $cell(c) \
293                    $cell(alpha) $cell(beta) $cell(gamma)]
294    RecordMacroEntry "runAddPhase [list $title] [list $spg] \
295                    $cell(a) $cell(b) $cell(c) \
296                    $cell(alpha) $cell(beta) $cell(gamma)" 0
297    destroy $np
298    if {$expgui(showexptool) || $errmsg != ""} {
299        if {$errmsg != ""} {
300            set err 1
301            append errmsg "\n" $expgui(exptoolout) 
302        } else {
303            set err 0
304            set errmsg $expgui(exptoolout) 
305        }
306        set msg "Please review the result from adding the phase" 
307        if { $errmsg != ""} {append msg "\nIt appears an error occurred!"}
308        ShowBigMessage $np $msg $errmsg OK "" $err
309    }
310    # set the powpref warning (2 = required)
311    set expgui(needpowpref) 2
312    set msg "A phase was added" 
313    if {[string first $msg $expgui(needpowpref_why)] == -1} {
314        append expgui(needpowpref_why) "\t$msg\n"
315    }
316    # now select the new phase
317    SelectOnePhase [lindex $expmap(phaselist) end]   
318}
319
320proc runAddPhase {title spg a b c alpha beta gamma} {
321    global expgui expmap tcl_platform
322    set fp [open exptool.in w]
323    puts $fp "P"
324    puts $fp $title
325    puts $fp $spg
326    puts $fp "$a $b $c $alpha $beta $gamma"
327    puts $fp "/"
328    close $fp
329    # Save the current exp file
330    savearchiveexp
331    # disable the file changed monitor
332    set expgui(expModifiedLast) 0
333    set expnam [file root [file tail $expgui(expfile)]]
334    # save the previous phase list
335    set expgui(oldphaselist) $expmap(phaselist)
336    set err [catch {
337        if {$tcl_platform(platform) == "windows"} {
338            exec [file join $expgui(gsasexe) exptool.exe] $expnam \
339                    < exptool.in >& exptool.out
340        } else {
341            exec [file join $expgui(gsasexe) exptool] $expnam \
342                    < exptool.in >& exptool.out
343        }
344    } errmsg]
345    # load the revised exp file
346    set oldphaselist $expmap(phaselist)
347    loadexp $expgui(expfile)
348    set fp [open exptool.out r]
349    set expgui(exptoolout) [read $fp]
350    close $fp
351    catch {file delete exptool.in exptool.out}
352
353    if {[llength $oldphaselist] == [llength $expmap(phaselist)]} {
354        set err 1
355        if {$errmsg == ""} {set errmsg "No phase added"}
356    }
357    if {$err} {
358        return $errmsg
359    } else {
360        return ""
361    }
362}
363
364
365#----------- Add Histogram routines --------------------------------------
366proc LabelInstParm {args} {
367    global newhist
368    switch $newhist(insttype) {
369        TOF {
370            set newhist(instfiletext) "Neutron Time of Flight"
371            catch {
372                set b $newhist(setnum)
373                append newhist(instfiletext) ", 2theta = $newhist(inst${b}Angle)"
374            }
375        }
376        ED {set newhist(instfiletext) "X-ray Energy Dispersive"}
377        "CW X" {set newhist(instfiletext) "CW X-ray"}
378        "CW N" {set newhist(instfiletext) "CW Neutron"}
379    }
380}
381trace variable newhist(setnum) w LabelInstParm
382trace variable newhist(LimitMode) w ClearHistLimit
383set newhist(LimitMode_boxes) {}
384
385proc ClearHistLimit {args} {
386    global newhist
387    if {$newhist(LimitMode) == 1} {return}
388    foreach box $newhist(LimitMode_boxes) {
389        catch {$box delete 0 end}
390    }
391}
392
393proc MakeAddHistBox {} {
394    global expmap newhist
395
396    # --> should check here if room for another histogram, but only texture
397    # folks will ever need that
398
399
400    # set if the CIF import loads OK
401    set OK 1
402    catch {
403        if {[info procs ReadCIF4GSAS] == ""} {
404            set OK 0
405            source [file join $::expgui(scriptdir) cif2fxye.tcl]
406        }
407    } errmsg
408
409    set np .newhist
410    catch {destroy $np}
411    toplevel $np
412    bind $np <Key-F1> "MakeWWWHelp expgui3.html AddHist"
413
414    grid [label $np.l0 -text "Adding a new histogram"] \
415            -column 0 -row 0 -sticky ew -columnspan 7
416    grid [checkbutton $np.d0 -text "Dummy Histogram" -variable newhist(dummy) \
417            -command "PostDummyOpts $np" \
418            ] -column 2 -row 0 -columnspan 99 -sticky e
419    grid [label $np.l1 -text "Data file:"] -column 0 -row 2
420    grid [label $np.t1 -textvariable newhist(rawfile) -bd 2 -relief ridge] \
421            -column 1 -row 2 -columnspan 3 -sticky ew
422    grid [button $np.b1 -text "Select File" \
423            -command "getrawfile $np" \
424            ] -column 4 -row 2
425    if {$OK} {
426        grid [button $np.b1a -text "Import CIF" \
427                  -command "ReadCIF4GSAS $np" \
428                 ] -column 5 -row 2
429    }
430
431    grid [label $np.lbank -text "Select bank" -anchor w] -column 1 -row 3 -sticky w
432    grid [frame $np.bank]  -column 2 -row 3 -columnspan 7 -sticky ew
433
434    grid [label $np.l2 -text "Instrument\nParameter file:"] -column 0 -row 5
435    grid [label $np.t2 -textvariable newhist(instfile) -bd 2 -relief ridge] \
436            -column 1 -row 5 -columnspan 3 -sticky ew
437    grid [button $np.b2 -text "Select File" \
438            -command "getinstfile $np" \
439            ] -column 4 -row 5
440    grid [button $np.edit -text "Edit file" \
441            -command {EditInstFile $newhist(instfile)}] \
442            -column 5 -row 5
443
444    grid [label $np.lset -text "Select set" -anchor w] -column 1 -row 6 -sticky w
445    grid [frame $np.set]  -column 2 -row 6 -columnspan 7 -sticky ew
446    grid [label $np.t2a -textvariable newhist(instfiletext) \
447            -justify center -anchor center -fg blue] \
448            -column 0 -row 8 -columnspan 99 -sticky ew
449
450    grid [button $np.f6a -text "Run\nRAWPLOT" -command "RunRawplot $np"] \
451            -column 4 -row 18 -rowspan 2
452    grid [label $np.l3 -text "Usable data limit:"] -column 0 -row 18 -rowspan 3 
453    grid [entry $np.e3 -width 12 -textvariable newhist(2tLimit) \
454            ] -column 1 -row 18 -rowspan 3
455    grid [radiobutton $np.cb3 -text "d-min" -variable newhist(LimitMode) \
456            -value 0] -column 2 -row 18 -sticky w
457    grid [radiobutton $np.cb4 -textvariable newhist(limitLbl)  \
458            -variable newhist(LimitMode) -anchor w -justify l \
459            -value 1] -column 2 -row 20 -sticky w
460    set newhist(LimitMode_boxes) $np.e3
461    grid [radiobutton $np.cb5 -text "Q-max" -variable newhist(LimitMode) \
462            -value 2] -column 2 -row 19 -sticky w
463    set newhist(limitLbl) "TOF-min\n2-Theta Max"
464    # spacers
465    grid [frame $np.sp0 -bg white] \
466            -columnspan 20 -column 0 -row 1 -sticky nsew -ipady 2
467    grid [frame $np.sp1 -bg white] \
468            -columnspan 20 -column 0 -row 4 -sticky nsew -ipady 2
469    grid [frame $np.sp2 -bg white] \
470            -columnspan 20 -column 0 -row 17 -sticky nsew -ipady 2
471    grid [frame $np.sp3 -bg white] \
472            -columnspan 20 -column 0 -row 98 -sticky nsew -ipady 2
473    grid [frame $np.f6] -column 0 -row 99 -columnspan 5 -sticky ew
474    grid [button $np.f6.b6a -text Add \
475            -command "addhist $np"] -column 0 -row 0
476    bind $np <Return> "addhist $np"
477    grid [button $np.f6.b6b -text Cancel \
478            -command "destroy $np"] -column 1 -row 0
479    grid [button $np.f6.b6c -text "Add multiple banks" \
480            -command "addMultiplehist $np" -state disabled] -column 2 -row 0
481    grid [button $np.f6.help -text Help -bg yellow \
482            -command "MakeWWWHelp expgui3.html AddHist"] \
483            -column 2 -row 0 -sticky e
484    grid columnconfigure $np.f6 2 -weight 1
485    grid columnconfigure $np 3 -weight 1
486
487    # dummy histogram stuff
488    frame $np.d1
489    grid [label $np.d1.l1 -text min] -column 1 -row 1
490    grid [label $np.d1.l2 -text max] -column 2 -row 1
491    grid [label $np.d1.l3 -text step] -column 3 -row 1
492    grid [label $np.d1.lu -text ""] -column 4 -row 1 -rowspan 2
493    grid [entry $np.d1.e1 -width 10 -textvariable newhist(tmin)] -column 1 -row 2
494    grid [entry $np.d1.e2 -width 10 -textvariable newhist(tmax)] -column 2 -row 2
495    grid [entry $np.d1.e3 -width 10 -textvariable newhist(tstep)] -column 3 -row 2
496    grid [label $np.d1.m1 -anchor w] -column 1 -row 3 -sticky ew
497    grid [label $np.d1.m2 -anchor w] -column 2 -row 3 -sticky ew
498    label $np.dl1 -text "Data range:"
499    label $np.dl2 -text "Allowed"
500    label $np.dl3 -text "\n" -justify left -fg blue
501    wm title $np "add new histogram"
502
503    set newhist(banknum) {}
504    set newhist(setnum) {}
505    if {[string trim $newhist(rawfile)] != {}} {
506        validaterawfile $np $newhist(rawfile)
507    }
508    if {[string trim $newhist(instfile)] != {}} {
509        validateinstfile $np $newhist(instfile)
510    }
511
512    PostDummyOpts $np
513    # set grab, etc.
514    putontop $np
515
516    tkwait window $np
517
518    # fix grab...
519    afterputontop
520}
521
522# convert a file to Win-95 direct access
523proc WinCvt {file win} {
524    global expgui
525    if ![file exists $file] {
526        MyMessageBox -parent $win -title "Convert Error" \
527                -message "File $file does not exist" -icon error
528        return
529    }
530
531    set tmpname "[file join [file dirname $file] tempfile.xxx]"
532    set oldname "[file rootname $file].org"
533    if [file exists $oldname] {
534        set ans [MyMessageBox -parent $win -title "OK to overwrite?" \
535                -message "File [file tail $oldname] exists in [file dirname $oldname]. OK to overwrite?" \
536                -icon question -type yesno -default yes]
537        if {$ans == "no"} return
538        catch {file delete $oldname}
539    }
540
541    if [catch {
542        set in [open $file r]
543        # needed to test under UNIX
544        set out [open $tmpname w]
545        fconfigure $out -translation crlf
546        set len [gets $in line]
547        if {$len > 160} {
548            # this is an old-style UNIX file. Hope there are no control characters
549            set i 0
550            set j 79
551            while {$j < $len} {
552                puts $out [string range $line $i $j]
553                incr i 80
554                incr j 80
555            }
556        } else {
557            while {$len >= 0} {
558                append line "                                        "
559                append line "                                        "
560                set line [string range $line 0 79]
561                puts $out $line
562                set len [gets $in line]
563            }
564        }
565        close $in
566        close $out
567        file rename $file $oldname
568        file rename $tmpname $file
569    } errmsg] {
570        MyMessageBox -parent $win -title Notify \
571                -message "Error in conversion:\n$errmsg" -icon warning
572    }
573    return $file
574}
575
576proc getrawfile {np} {
577    global newhist tcl_platform
578    if {$tcl_platform(platform) == "windows"} {
579        set inp [
580        tk_getOpenFile -parent $np -initialfile $newhist(rawfile) -filetypes {
581            {"Data files" .GSAS} {"Data files" .GSA} 
582            {"Data files" .RAW}  {"Data files" .FXYE} {"All files" *}
583        }
584        ]
585    } else {
586        set inp [
587        tk_getOpenFile -parent $np -initialfile $newhist(rawfile) -filetypes {
588            {"Data files" .GSA*} {"Data files" .RAW} 
589            {"Data files" .gsa*} {"Data files" .raw} {"Data files" .fxye}   
590            {"All files" *}
591        } 
592        ]
593    }
594    validaterawfile $np $inp
595}
596
597proc validaterawfile {np inp} {
598    global expgui newhist
599    if {$inp == ""} return
600    if [catch {set in [open $inp r]}] {
601        MyMessageBox -parent $np -title "Open error" \
602                -message "Unable to open file $inp" -icon error
603        return 
604    }
605    set newhist(banklist) {}
606    foreach child [winfo children $np.bank] {destroy $child}
607    # is this a properly formatted file?
608    # -- are lines the correct length & terminated with a CR-LF?   
609    fconfigure $in -translation lf
610    set i 0
611    while {[set len [gets $in line]] > 0} {
612        incr i
613        #if {$len != 81 || [string range $line end end] != "\r"} {
614        #    set ans [MyMessageBox -parent $np -title "Convert?" \
615        #           -message "File $inp is not in the correct format for GSAS.\nOK to convert?" \
616        #           -icon warning -type {OK Quit} -default OK]
617        #    if {$ans == "ok"} {
618        #       # convert and reopen the file
619        #       close $in
620        #       WinCvt $inp $np
621        #       set i 0
622        #       set in [open $inp r]
623        #       fconfigure $in -translation lf
624        #       set line {}
625        #    } else {
626        #       return
627        #    }
628        #}
629        # scan for BANK lines
630        if {[string first BANK $line] == 0} {
631            scan $line "BANK%d" num
632            lappend newhist(banklist) $num
633            # compute last point
634            set tmin 0
635            set tmax 0
636            catch {
637                scan $line "BANK%d%d%d%s%f%f" num nchan nrec rest start step
638                set tmin [expr $start/100.]
639                set tmax [expr ($start + $step*($nchan-1))/100.]
640            }
641            set newhist(tmin$num) $tmin
642            set newhist(tmax$num) $tmax
643        }
644        # check for "Instrument parameter file" line
645        if {$i == 2 && [string first "Instrument parameter" $line] == 0} {
646            validateinstfile $np \
647                    [file join [file dirname $inp] \
648                    [string trim [string range $line 26 end]]]
649        }
650    }
651    # were banks found?
652    if {$newhist(banklist) == ""} {
653        MyMessageBox -parent $np -title "Read error" \
654                -message "File $inp has no BANK lines.\nThis is not a valid GSAS data file." \
655                -icon warning
656        return
657    }
658    # don't use a full path unless needed
659    if {[pwd] == [file dirname $inp]} {
660        set newhist(rawfile) [file tail $inp]
661    } else {
662        set newhist(rawfile) $inp
663    }
664    set row 0
665    set col -1
666    set flag 0
667    foreach i $newhist(banklist) {
668        if {$col > 8} {
669            set col -1
670            incr row
671        }
672        grid [radiobutton $np.bank.$i -text $i -command SetTmax \
673                -variable newhist(banknum) -value $i] \
674                -column [incr col] -row $row -sticky w
675        # only 1 choice, so set it
676        if {[llength $newhist(banklist)] == 1} {
677            set newhist(banknum) $i
678            SetTmax
679        } else {
680            set flag 1
681        }
682    }
683    if {$flag} {
684        set newhist(2tLimit) {}
685        set newhist(LimitMode) {}
686    }
687    SetMultipleAdd $np
688}
689
690proc SetTmax {} {
691    global newhist
692    set num $newhist(banknum)
693    if {$newhist(insttype) == "TOF"} {
694        set newhist(2tLimit) [expr {$newhist(tmin$num) / 10.}]
695        if {[llength $newhist(banklist)] == $newhist(instbanks)} {
696            set newhist(setnum) $newhist(banknum)
697        }
698    } else {
699        set newhist(2tLimit) $newhist(tmax$num)
700    }
701    set newhist(LimitMode) 1
702
703}
704
705proc getinstfile {np} {
706    global newhist tcl_platform
707    if {$tcl_platform(platform) == "windows"} {
708        set inp [
709        tk_getOpenFile -parent $np -initialfile $newhist(instfile) -filetypes {
710            {"Inst files" .INST} {"Inst files" .INS} 
711            {"Inst files" .PRM} {"All files" *}
712        }
713        ]
714    } else {
715        set inp [
716        tk_getOpenFile -parent $np -initialfile $newhist(instfile) -filetypes {
717            {"Inst files" .INS*} {"Inst files" .ins*} 
718            {"Inst files" .PRM}  {"Inst files" .prm} 
719            {"All files" *}
720        }
721        ]
722    }
723    set newhist(setnum) {}
724    validateinstfile $np $inp
725}
726
727proc validateinstfile {np inp} {
728    global expgui newhist
729    if {$inp == ""} return
730    if [catch {set in [open $inp r]}] {
731        MyMessageBox -parent $np -title "Open error" \
732                -message "Unable to open file $inp" -icon error
733        return 
734    }
735    set newhist(instbanks) {}
736    foreach child [winfo children $np.set] {destroy $child}
737    # is this a properly formatted file?
738    # -- are lines the correct length & terminated with a CR-LF?   
739    fconfigure $in -translation lf
740    while {[set len [gets $in line]] >= 0} {
741        if {$len != 81 || [string range $line end end] != "\r"} {
742            set ans [MyMessageBox -parent $np -title "Convert?" \
743                    -message "File $inp is not in the correct format for GSAS.\nOK to convert?" \
744                    -icon warning -type {OK Quit} -default OK]
745            if {$ans == "ok"} {
746                # convert and reopen the file
747                close $in
748                WinCvt $inp $np
749                set in [open $inp r]
750                fconfigure $in -translation lf
751                set line {}
752            } else {
753                return
754            }
755        }
756        # scan for the INS   BANK line
757        if {[string first "INS   BANK" $line] == 0} {
758            set newhist(instbanks) \
759                    [string trim [string range $line 12 end]]
760        }
761        # scan for the INS   HTYPE line
762        if {[string first "INS   HTYPE" $line] == 0} {
763            if {[string index [lindex $line 2] 2] == "T"} {
764                set newhist(insttype) TOF
765            } elseif {[string index [lindex $line 2] 2] == "E"} {
766                set newhist(insttype) ED
767            } elseif {[string index [lindex $line 2] 1] == "X"} {
768                set newhist(insttype) "CW X"
769            } else {
770                set newhist(insttype) "CW N"
771            }
772        }
773        # scan for the instrument constants
774        if {[regexp {INS ([ 1-9][0-9]) ICONS(.*)} $line a b c]} {
775            set b [string trim $b]
776            set newhist(inst${b}ICONS) [string trim $c]
777        }
778        if {[regexp {INS ([ 1-9][0-9])I ITYP(.*)} $line a b c]} {
779            set b [string trim $b]
780            set newhist(inst${b}ITYP) [string trim $c]
781        }
782        if {[regexp {INS ([ 1-9][0-9])BNKPAR(.*)} $line a b c]} {
783            set b [string trim $b]
784            set newhist(inst${b}Angle) [string trim [lindex $c 1]]
785        }
786    }
787    # were banks found?
788    if {$newhist(instbanks) == ""} {
789        MyMessageBox -parent $np -title "Read error" -message \
790                "File $inp has no \"INS   BANK\" line.\nThis is not a valid GSAS Instrument Parameter file." \
791                -icon warning
792        return
793    }
794    # don't use a full path unless needed
795    if {[pwd] == [file dirname $inp]} {
796        set newhist(instfile) [file tail $inp]
797    } else {
798        set newhist(instfile) $inp
799    }
800    set col -1
801    set row 0
802    for {set i 1} {$i <= $newhist(instbanks)} {incr i} {
803        if {$col > 8} {
804            set col -1
805            incr row
806        }
807        grid [radiobutton $np.set.$i -text $i \
808                -command "PostDummyOpts $np; ValidateDummyHist $np" \
809                -variable newhist(setnum) -value $i] \
810                -column [incr col] -row $row -sticky w
811        if {$newhist(instbanks) == 1} {set newhist(setnum) $i}
812    }
813    if {$newhist(dummy)} {PostDummyOpts $np; ValidateDummyHist $np}
814    LabelInstParm
815    SetMultipleAdd $np
816}
817
818proc addhist {np} {
819    global expgui newhist tcl_platform expmap
820    if {$newhist(dummy)} {
821        AddDummyHist $np
822        return
823    }
824    # validate the input
825    set err {}
826    if {[string trim $newhist(rawfile)] == ""} {
827        append err "  No data file specified\n"
828    }
829    if {[string trim $newhist(instfile)] == ""} {
830        append err "  No instrument parameter file specified\n"
831    }
832    if {[string trim $newhist(banknum)] == ""} {
833            append err "  Bank number must be specified\n"
834    } elseif {[catch {expr $newhist(banknum)}]} {
835            append err "  Bank number is not valid\n"
836    }
837    if {[string trim $newhist(setnum)] == ""} {
838        append err "  Parameter set number must be specified\n"
839    } elseif {[catch {expr $newhist(setnum)}]} {
840        append err "  Parameter set number is not valid\n"
841    }
842    if {[string trim $newhist(2tLimit)] == ""} {
843        append err "  2Theta/d-space limit must be specified\n"
844    } elseif {[catch {expr $newhist(2tLimit)}]} {
845        append err "  The 2Theta/d-space limit is not valid\n"
846    } elseif {$newhist(2tLimit) <= 0} {
847        append err "  The 2Theta/d-space limit is not valid\n"
848    }
849    if {[string trim $newhist(LimitMode)] == ""} {
850        append err "  Please choose between either a 2Theta, Q or d-space limit\n"
851    }
852
853    if {$err != ""} {
854        MyMessageBox -parent $np -title  "Add Histogram Error" \
855                -message "The following error(s) were found in your input:\n$err" \
856                -icon error -type ok -default ok \
857                -helplink "expgui3.html AddHistErr"
858        return
859    }
860
861    if {$newhist(LimitMode) == 1} {
862        set mode "T"
863        set value $newhist(2tLimit)
864    } elseif {$newhist(LimitMode) == 2} {
865        set mode "D"
866        set Q 100
867        catch {set Q [expr {4*acos(0)/$newhist(2tLimit)}]}
868        set value $Q
869    } else {
870        set mode "D"
871        set value $newhist(2tLimit)
872    }
873
874    # ok do it!
875    set errmsg [runAddHist $newhist(rawfile) $newhist(instfile) $newhist(banknum) $newhist(setnum) $mode $value]
876    # save call to Macro file
877    RecordMacroEntry "runAddHist [list $newhist(rawfile)] [list $newhist(instfile)] $newhist(banknum) $newhist(setnum) $mode $value" 0
878   
879    destroy $np
880    if {$expgui(showexptool) || $errmsg != ""} {
881        if {$errmsg != ""} {
882            set errcode 1
883            append errmsg "\n" $expgui(exptoolout)
884            set err "error"
885        } else {
886            set errcode 0
887            set errmsg $expgui(exptoolout) 
888        }
889        set msg "Please review the result from adding the histogram" 
890        if {$errmsg != ""} {append msg "\nIt appears an error occurred!"}
891        ShowBigMessage $np $msg $errmsg OK "" $errcode
892    }
893    # select the most recently added histogram
894    if {$err != ""} {
895        # set the powpref warning (2 = required)
896        set expgui(needpowpref) 2
897        set msg "A histogram was added" 
898        if {[string first $msg $expgui(needpowpref_why)] == -1} {
899            append expgui(needpowpref_why) "\t$msg\n"
900        }
901        set i [llength $expmap(histlistboxcontents)]
902        if {$i > 0} {
903            incr i -1
904            set expgui(curhist) $i
905            sethistlist
906        }
907    }
908}
909proc runAddHist {rawfile instfile banknum setnum mode value} {
910    global expgui expmap tcl_platform
911    set fp [open exptool.in w]
912    puts $fp "H"
913    if {$tcl_platform(platform) == "windows"} {
914        puts $fp [file attributes $rawfile -shortname]
915        puts $fp [file attributes $instfile -shortname]
916    } else {
917        puts $fp $rawfile
918        puts $fp $instfile
919    }
920    puts $fp $banknum
921    puts $fp $setnum
922    puts $fp $mode
923    puts $fp "$value"
924    puts $fp "/"
925    puts $fp "X"
926    puts $fp "X"
927    close $fp
928    # Save the current exp file
929    savearchiveexp
930    # disable the file changed monitor
931    set expgui(expModifiedLast) 0
932    set expnam [file root [file tail $expgui(expfile)]]
933    set err [catch {
934        if {$tcl_platform(platform) == "windows"} {
935            exec [file join $expgui(gsasexe) exptool.exe] $expnam \
936                    < exptool.in >& exptool.out
937        } else {
938            exec [file join $expgui(gsasexe) exptool] $expnam \
939                    < exptool.in >& exptool.out
940        }
941    } errmsg]
942    # load the revised exp file
943    set oldpowderlist $expmap(powderlist)
944    loadexp $expgui(expfile)
945    if {[llength $oldpowderlist] == [llength $expmap(powderlist)]} {
946        append errmsg "\nNo histogram added"
947        set err 1
948    }
949    set fp [open exptool.out r]
950    set expgui(exptoolout) [read $fp]
951    close $fp
952    catch {file delete exptool.in exptool.out}
953    if {$err} {
954        return $errmsg
955    } else {
956        return ""
957    }
958}
959
960proc RunRawplot {parent} {
961    global newhist tcl_platform
962    set f1 $newhist(rawfile)
963    set f2 $newhist(instfile)
964    # for Windows put a message on top, in case file names must be shortened
965    if {$tcl_platform(platform) == "windows"} {
966        catch {set f1 [file nativename \
967                    [file attributes $newhist(rawfile) -shortname]]}
968        catch {set f2 [file nativename \
969                [file attributes $newhist(instfile) -shortname]]}
970    }
971    if {$f1 != "" || $f2 != ""} {
972        #set msg "Note: input to RAWPLOT\n"
973        #if {$f1 != ""} {append msg "data file: $f1\n"}
974        #if {$f2 != ""} {append msg "instrument file: $f2"}
975        catch {toplevel $parent.msg}
976        catch {eval destroy [winfo children $parent.msg]}
977        wm title $parent.msg "File names"
978        grid [label $parent.msg.1 \
979                -text "File names to be input to RAWPLOT" \
980                -justify center -anchor center] \
981                -column 0 -row 0 -columnspan 2
982        if {$f1 != ""} {
983            grid [label $parent.msg.2a \
984                    -text "Raw histogram: $f1" \
985                    -justify center -anchor e] \
986                    -column 0 -row 1
987            grid [button $parent.msg.2b \
988                    -command "clipboard clear; clipboard append $f1" \
989                    -text "put name\nin clipboard"] \
990                    -column 1 -row 1
991        }           
992        if {$f2 != ""} {
993            grid [label $parent.msg.3a \
994                    -text "Raw histogram: $f2" \
995                    -justify center -anchor e] \
996                    -column 0 -row 2
997            grid [button $parent.msg.3b \
998                    -command "clipboard clear; clipboard append $f2" \
999                    -text "put name\nin clipboard"] \
1000                    -column 1 -row 2
1001        }           
1002        grid [button $parent.msg.4 \
1003                -command "destroy $parent.msg" \
1004                -text "Close"] \
1005                -column 0 -columnspan 2 -row 9
1006    }
1007    # start RAWPLOT
1008    runGSASprog rawplot 1
1009    if {[winfo exists $parent.msg]} {raise $parent.msg}
1010    update
1011}
1012#--- Dummy histogram stuff
1013proc PostDummyOpts {np} {
1014    global newhist
1015    if {$newhist(dummy)} {
1016        trace variable newhist(tmin) w "ValidateDummyHist $np"
1017        trace variable newhist(tmax) w "ValidateDummyHist $np"
1018        trace variable newhist(tstep) w "ValidateDummyHist $np"
1019        foreach w {l1 t1 lbank} {
1020            $np.$w config -fg grey
1021        }
1022        $np.d1.m1 config -text {}
1023        $np.d1.m2 config -text {}
1024        $np.b1 config -state disabled
1025        grid forget $np.l3 $np.e3 $np.cb3 $np.cb4 $np.cb5 $np.bank $np.f6a
1026        grid $np.dl1 -column 0 -row 18
1027        grid $np.d1 -column 1 -row 18 -rowspan 2 -columnspan 4 -sticky e
1028        grid $np.dl3 -column 0 -columnspan 99 -row 20 -sticky ew
1029        if {$newhist(insttype) == "TOF"} {
1030            $np.dl1 config -text "Data range:\n(TOF)"
1031            $np.d1.lu config -text millisec
1032            grid $np.dl2 -column 0 -row 19
1033            catch {
1034                set s $newhist(setnum)
1035                foreach {x tmin tmax x} $newhist(inst${s}ITYP) {}
1036                $np.d1.m1 config -text $tmin
1037                $np.d1.m2 config -text $tmax
1038            }
1039        } elseif {[lindex $newhist(insttype) 0] == "CW"} {
1040            $np.dl1 config -text "Data range:\n(2Theta)"
1041            $np.d1.lu config -text degrees
1042            #grid forget $np.dl2
1043            $np.d1.m1 config -text >0.
1044            $np.d1.m2 config -text <180.
1045        } elseif {$newhist(insttype) == "ED"} {
1046            $np.dl1 config -text "Data range:\n(Energy)"
1047            $np.d1.lu config -text KeV
1048            $np.d1.m1 config -text 1.
1049            $np.d1.m2 config -text 200.
1050            grid $np.dl2 -column 0 -row 19
1051        } else {
1052            $np.dl1 config -text "No file\nselected"
1053            $np.d1.lu config -text {}
1054        }
1055    } else {
1056        foreach var {tmin tmax tstep} {
1057            foreach v [ trace vinfo newhist($var)] {
1058                eval trace vdelete newhist($var) $v
1059            }
1060        }
1061        grid forget $np.dl1 $np.d1 $np.dl2 $np.dl3
1062        foreach w {l1 t1 lbank} {
1063            $np.$w config -fg black
1064        }
1065        $np.b1 config -state normal
1066        grid $np.bank -column 2 -row 3 -columnspan 7 -sticky ew
1067        grid $np.f6a -column 4 -row 18 -rowspan 3
1068        grid $np.l3 -column 0 -row 18 -rowspan 3
1069        grid $np.e3 -column 1 -row 18 -rowspan 3 
1070        grid $np.cb3 -column 2 -row 18 -sticky w
1071        grid $np.cb4 -column 2 -row 20 -sticky w
1072        grid $np.cb5 -column 2 -row 19 -sticky w
1073     }
1074}
1075
1076proc ValidateDummyHist {np args} {
1077    # validate input
1078    global newhist
1079    set msg {}
1080    $np.dl3 config -text "\n"
1081    foreach e {e1 e2 e3} v {tmin tmax tstep} {
1082        if [catch {expr $newhist($v)}] {
1083            $np.d1.$e config -fg red
1084            append msg "Value of $newhist($v) is invalid for $v\n"
1085        } else {
1086            $np.d1.$e config -fg black
1087        }
1088    }
1089    if {[catch {expr $newhist(setnum)}]} {
1090        append msg "An instrument file bank number must be selected\n"
1091    } elseif {$newhist(setnum) <= 0 || \
1092            $newhist(setnum) > $newhist(instbanks)} {
1093        append msg "An invalid instrument file bank has been selected\n"
1094    }
1095
1096    if {$msg != ""} {return $msg}
1097
1098    if {$newhist(tmax) <= $newhist(tmin)} {
1099        $np.d1.e1 config -fg red
1100        $np.d1.e2 config -fg red
1101        return "Tmax <= Tmin\n"
1102    }
1103
1104
1105    set dmin -1
1106    set dmax -1
1107    if {$newhist(insttype) == "TOF"} {
1108        catch {
1109            set s $newhist(setnum)
1110            foreach {x tmin tmax x} $newhist(inst${s}ITYP) {}
1111            if {$newhist(tmin) <$tmin } {
1112                $np.d1.e1 config -fg red
1113                append msg "Min value of $newhist(tmin) msec is invalid.\n"
1114            }
1115            if {$newhist(tmax) >$tmax } {
1116                $np.d1.e2 config -fg red
1117                append msg "Max value of $newhist(tmax) msec is invalid.\n"
1118            }
1119            set s $newhist(setnum)
1120            set dmin [expr {1000. * $newhist(tmin) / \
1121                    [lindex $newhist(inst${s}ICONS) 0]}]
1122            set dmax [expr {1000. * $newhist(tmax) / \
1123                    [lindex $newhist(inst${s}ICONS) 0]}]
1124        }
1125    } elseif {[lindex $newhist(insttype) 0] == "CW"} {
1126        if {$newhist(tmin) <= 0 } {
1127            $np.d1.e1 config -fg red
1128            append msg "Min value of $newhist(tmin) degrees is invalid.\n"
1129        }
1130        if {$newhist(tmax) >=180 } {
1131            $np.d1.e2 config -fg red
1132            append msg "Max value of $newhist(tmax) degrees is invalid.\n"
1133        }
1134        catch {
1135            set s $newhist(setnum)
1136            set dmin [expr {[lindex $newhist(inst${s}ICONS) 0]\
1137                    * 0.5 / sin(acos(0.)*$newhist(tmax)/180.)}]
1138            set dmax [expr {[lindex $newhist(inst${s}ICONS) 0]\
1139                    * 0.5 / sin(acos(0.)*$newhist(tmin)/180.)}]
1140        }
1141    } else {
1142        if {$newhist(tmin) <1 } {
1143            $np.d1.e1 config -fg red
1144            append msg "Min value of $newhist(tmin) KeV is invalid.\n"
1145        }
1146        if {$newhist(tmax) >200 } {
1147            $np.d1.e2 config -fg red
1148            append msg "Max value of $newhist(tmax) KeV is invalid.\n"
1149        }
1150        catch {
1151            set s $newhist(setnum)
1152            set ang [lindex $newhist(inst${s}ICONS) 0]
1153            set dmin [expr {12.398/ (2.0*sin($ang*acos(0.)/180) * \
1154                    $newhist(tmax))}]
1155            set dmax [expr {12.398/ (2.0*sin($ang*acos(0.)/180) * \
1156                    $newhist(tmin))}]
1157        }
1158    }
1159    if {$msg != ""} {return $msg}
1160    set pnts -1
1161    catch {
1162        set pnts [expr {1+int(($newhist(tmax) - $newhist(tmin))/$newhist(tstep))}]
1163        set qmin [expr {4.*acos(0)/$dmax}]
1164        set qmax [expr {4.*acos(0)/$dmin}]
1165    }
1166    if {$pnts <= 0} {
1167        $np.d1.e3 config -fg red
1168        append msg "Step value of $newhist(tstep) is invalid.\n"
1169    }
1170    if {$pnts >20000} {
1171        $np.d1.e3 config -fg red
1172        append msg "Step value of $newhist(tstep) is too small (>20000 points).\n"
1173    }
1174    if {$msg != ""} {return $msg}
1175    if {$dmin > 0 && $dmax > 0} {
1176        catch {
1177            set msg [format \
1178                    {  %d points.%s  D-space range: %.2f-%.2f A,  Q: %.2f-%.2f/A} \
1179                    $pnts "\n" $dmin $dmax $qmin $qmax]
1180            $np.dl3 config -text $msg
1181        }
1182    }
1183    if {$msg != ""} {return ""}
1184    $np.dl3 config -text [format {  %d points.%s  Range: ?} $pnts "\n"]
1185    return "Invalid data range -- something is wrong!"
1186}
1187
1188proc AddDummyHist {np} {
1189    global newhist expgui expmap
1190    global tcl_platform
1191    set msg [ValidateDummyHist $np]
1192    if {$msg != ""} {
1193        MyMessageBox -parent $np -title  "Add Histogram Error" \
1194                -message "The following error(s) were found in your input:\n$msg" \
1195                -icon error -type ok -default ok \
1196                -helplink "expgui3.html AddHistErr"
1197        return
1198    }
1199
1200    set errmsg [runAddDummyHist $newhist(instfile) $newhist(setnum) \
1201                    $newhist(insttype) \
1202                    $newhist(tmin) $newhist(tmax) $newhist(tstep)]
1203    RecordMacroEntry "runAddDummyHist [list $newhist(instfile)] $newhist(setnum) $newhist(insttype) $newhist(tmin) $newhist(tmax) $newhist(tstep)" 0
1204
1205    if {[regexp {\(P,H,A\)} $expgui(exptoolout)]} {
1206        set msg {You must upgrade the EXPTOOL program.}
1207        append msg { This version cannot add dummy histograms.}
1208        MyMessageBox -icon error -title "Old EXPTOOL program" \
1209                -message $msg -parent $np \
1210                -helplink "expguierr.html OldEXPTOOL"
1211        # update the documentation & link
1212        destroy $np
1213    } elseif {$expgui(showexptool) || $errmsg != ""} {
1214        if {$errmsg != ""} {
1215            set err 1
1216            append errmsg "\n" $expgui(exptoolout) 
1217        } else {
1218            set err 0
1219            set errmsg $expgui(exptoolout) 
1220        }
1221        set msg "Please review the result from adding the dummy histogram" 
1222        if {$err} {append msg "\nIt appears an error occurred!"}
1223        ShowBigMessage $np $msg $errmsg OK "" $err
1224    } else {
1225        destroy $np
1226    }
1227    file delete exptool.in exptool.out
1228    # set the powpref warning (2 = required)
1229    set expgui(needpowpref) 2
1230    set msg "A histogram was added" 
1231    if {[string first $msg $expgui(needpowpref_why)] == -1} {
1232        append expgui(needpowpref_why) "\t$msg\n"
1233    }
1234}
1235proc runAddDummyHist {instfile setnum insttype tmin tmax tstep} {
1236    global expgui expmap tcl_platform
1237    set fp [open exptool.in w]
1238    puts $fp "D"
1239    puts $fp $instfile
1240    puts $fp $setnum
1241    if {$insttype == "TOF"} {
1242        puts $fp "C"
1243    }
1244    puts $fp $tmin
1245    puts $fp $tmax
1246    puts $fp $tstep
1247    puts $fp "X"
1248    puts $fp "0"
1249    close $fp
1250    # Save the current exp file
1251    savearchiveexp
1252    # disable the file changed monitor
1253    set expgui(expModifiedLast) 0
1254    set expnam [file root [file tail $expgui(expfile)]]
1255    set err [catch {
1256        if {$tcl_platform(platform) == "windows"} {
1257            exec [file join $expgui(gsasexe) exptool.exe] $expnam \
1258                    < exptool.in >& exptool.out
1259        } else {
1260            exec [file join $expgui(gsasexe) exptool] $expnam \
1261                    < exptool.in >& exptool.out
1262        }
1263    } errmsg ]
1264    # load the revised exp file
1265    set oldpowderlist $expmap(powderlist)
1266    loadexp $expgui(expfile)
1267    set fp [open exptool.out r]
1268    set expgui(exptoolout) [read $fp]
1269    close $fp
1270    catch {file delete exptool.in exptool.out}
1271    if {[llength $oldpowderlist] == [llength $expmap(powderlist)]} {
1272        set err 1
1273        if {$errmsg == ""} {set errmsg "No histogram added"}
1274    }
1275    if {$err} {
1276        return $errmsg
1277    } else {
1278        return ""
1279    }
1280}
1281
1282#--- multiple histogram stuff
1283proc SetMultipleAdd {np} {
1284    global newhist
1285    $np.f6.b6c configure -state disabled
1286    catch {
1287        if {$newhist(instbanks) == [llength $newhist(banklist)] \
1288                && $newhist(instbanks) > 1} {
1289            $np.f6.b6c configure -state normal
1290        }
1291    }
1292}
1293
1294proc addMultiplehist {np} {
1295    global newhist
1296    # should not happen, but just in case
1297    if {$newhist(instbanks) != [llength $newhist(banklist)]} {
1298        $np.f6.b6c configure -state disable
1299        return
1300    }
1301    catch {destroy [set top $np.addMult]}
1302    toplevel $top
1303    grid [canvas $top.canvas \
1304            -scrollregion {0 0 5000 500} -width 0 -height 250 \
1305            -yscrollcommand "$top.scroll set"] \
1306            -column 0 -columnspan 2 -row 2 -sticky ns
1307    grid columnconfigure $top 0 -weight 1
1308    grid rowconfigure $top 2 -weight 1
1309    scrollbar $top.scroll \
1310            -command "$top.canvas yview"
1311    frame [set cfr $top.canvas.fr]
1312    $top.canvas create window 0 0 -anchor nw -window $cfr
1313    grid [label $top.top -text "Select banks to add" -bg beige] \
1314            -column 0 -columnspan 3 -row 0 -sticky ew
1315    grid [frame $top.vartyp -bd 2 -relief groove] \
1316            -column 0 -columnspan 3 -row 1 -sticky ew
1317    grid [label $top.vartyp.top -text "Data limit units:"] -column 0 -row 0 -columnspan 3 -sticky w
1318    grid [radiobutton $top.vartyp.cb3 -text "d-min" -variable newhist(LimitMode) \
1319            -value 0] -column 0 -row 1 -sticky w
1320    grid [radiobutton $top.vartyp.cb4 -textvariable newhist(datalimlbl)  \
1321            -variable newhist(LimitMode) -anchor w -justify l \
1322            -value 1] -column 1 -row 1 -sticky w
1323    grid [radiobutton $top.vartyp.cb5 -text "Q-max" -variable newhist(LimitMode) \
1324            -value 2] -column 2 -row 1 -sticky w
1325    set newhist(LimitMode) 1
1326   
1327    grid [button $top.add -text Add -command "destroy $np"] -column 0 -row 3
1328    grid [button $top.cancel -text Cancel -command "destroy $top"] \
1329            -column 1 -row 3 -columnspan 2
1330    set row 1
1331    grid [label $cfr.t1 -text "Bank\n#"] -column 0 -row 0
1332    switch $newhist(insttype) {
1333        TOF {set newhist(datalimlbl) "T-min\n(ms)"}
1334        ED  {set newhist(datalimlbl) "E-max\n(KeV)"}
1335        default {set newhist(datalimlbl) "2theta\nmax"}
1336    }
1337    grid [label $cfr.t2 -textvariable newhist(datalimlbl)] -column 1 -row 0
1338    foreach i $newhist(banklist) {
1339        grid [checkbutton $cfr.c$i -text $i \
1340                -variable newhist(usebank$i)] \
1341                -column 0 -row [incr row] -sticky w
1342        set newhist(usebank$i) 1
1343        grid [entry $cfr.e$i -width 8 -textvariable newhist(tlimit$i)] \
1344            -column 1 -row $row -sticky w
1345        lappend newhist(LimitMode_boxes) $cfr.e$i
1346        if {$newhist(insttype) == "TOF"} {
1347            set newhist(tlimit$i) $newhist(tmin$i)
1348        } else {
1349            set newhist(tlimit$i) $newhist(tmax$i)
1350        }
1351    }
1352    # resize the list
1353    update
1354    set sizes [grid bbox $top.canvas.fr]
1355    $top.canvas config -scrollregion $sizes -width [lindex $sizes 2]
1356    # use the scroll for BIG lists
1357    if {[lindex $sizes 3] > [winfo height $top.canvas]} {
1358        grid $top.scroll -sticky ns -column 3 -row 2
1359    } else {
1360        grid forget $top.scroll 
1361    }
1362    update
1363    putontop $top
1364    tkwait window $top
1365    afterputontop
1366
1367    if {[winfo exists $np]} return
1368
1369    # validate the input
1370    set err {}
1371    if {[string trim $newhist(rawfile)] == ""} {
1372        append err "  No data file specified\n"
1373    }
1374    if {[string trim $newhist(instfile)] == ""} {
1375        append err "  No instrument parameter file specified\n"
1376    }
1377    foreach i $newhist(banklist) {
1378        if {$newhist(usebank$i)} {
1379            if {[catch {expr $newhist(tlimit$i)}]} {
1380                append err "  The Max/Min limit is not valid for bank $i\n"
1381            } elseif {$newhist(tlimit$i) <= 0} {
1382                append err "  The Max/Min limit is not valid for bank $i\n"
1383            }
1384        }
1385    }
1386    if {$err != ""} {
1387        MyMessageBox -parent $np -title  "Add Histogram Error" \
1388                -message "The following error(s) were found in your input:\n$err" \
1389                -icon error -type ok -default ok \
1390                -helplink "expgui3.html AddHistErr"
1391        return
1392    }
1393
1394    # ok do it!
1395    global tcl_platform expmap expgui
1396    # Save the current exp file
1397    savearchiveexp
1398    set oldpowderlist $expmap(powderlist)
1399    # disable the file changed monitor
1400    set expgui(expModifiedLast) 0
1401    set k 0
1402    set added 0
1403    set outlog {}
1404    set err 0
1405    pleasewait "adding histograms" expgui(temp)
1406    foreach i $newhist(banklist) {
1407        incr k
1408        if {$newhist(usebank$i)} {
1409            incr added
1410            set expgui(temp) "adding bank $i"
1411            update
1412
1413            if {$newhist(LimitMode) == 1} {
1414                set mode "T"
1415                set value $newhist(tlimit$i)
1416            } elseif {$newhist(LimitMode) == 2} {
1417                set mode "D"
1418                set Q 100
1419                catch {set Q [expr {4*acos(0)/$newhist(tlimit$i)}]}
1420                set value $Q
1421            } else {
1422                set mode "D"
1423                set value $newhist(tlimit$i)
1424            }
1425            set errmsg [runAddHist $newhist(rawfile) $newhist(instfile) $i $k $mode $value]
1426            # save call to Macro file
1427            RecordMacroEntry "runAddHist [list $newhist(rawfile)] [list $newhist(instfile)] $i $k $mode $value" 0
1428            if {$errmsg != ""} {
1429                append outlog "\n\n\nNOTE ERROR:\n" $errmsg $expgui(exptoolout)
1430                set err 1
1431            } else {
1432                append outlog $expgui(exptoolout)
1433            }
1434        }
1435    }
1436    # load the revised exp file
1437    loadexp $expgui(expfile)
1438    if {[llength $oldpowderlist]+$added != [llength $expmap(powderlist)]} {
1439        set err 1
1440    }
1441    # set the powpref warning (2 = required)
1442    set expgui(needpowpref) 2
1443    set msg "A histogram was added" 
1444    if {[string first $msg $expgui(needpowpref_why)] == -1} {
1445        append expgui(needpowpref_why) "\t$msg\n"
1446    }
1447    donewait 
1448    if {$expgui(showexptool) || $err} {
1449        set msg "Please review the result from adding the histogram" 
1450        if {$err} {append msg "\nIt appears an error occurred!"}
1451        ShowBigMessage $np $msg $outlog OK "" $err
1452    }
1453    # select the most recently added histogram
1454    if {!$err} {
1455        set i [llength $expmap(histlistboxcontents)]
1456        if {$i > 0} {
1457            incr i -1
1458            set expgui(curhist) $i
1459            sethistlist
1460        }
1461    }
1462}
1463
1464#----------- Add Atoms routines ----------------------------------------
1465proc MakeAddAtomsBox {phase "atomlist {}"} {
1466    global expmap expgui
1467
1468    # is there room for more atoms? Well, we will check this someday
1469    if {$phase == ""} return
1470    if {[llength $phase] != 1} return
1471
1472    set top .newatoms
1473    catch {destroy $top}
1474    toplevel $top
1475    bind $top <Key-F1> "MakeWWWHelp expgui2.html addatoms"
1476
1477    grid [label $top.l1 -relief groove -bd 4 -anchor center\
1478            -text "Adding atoms to phase #$phase"] \
1479            -column 0 -row 0 \
1480            -sticky we -columnspan 10
1481   
1482    grid [canvas $top.canvas \
1483            -scrollregion {0 0 5000 500} -width 0 -height 250 \
1484            -yscrollcommand "$top.scroll set"] \
1485            -column 0 -row 2 -columnspan 4 -sticky nsew
1486    grid columnconfigure $top 3 -weight 1
1487    grid rowconfigure $top 2 -weight 1
1488    grid rowconfigure $top 1 -pad 5
1489    scrollbar $top.scroll \
1490            -command "$top.canvas yview"
1491    frame $top.canvas.fr
1492    $top.canvas create window 0 0 -anchor nw -window $top.canvas.fr
1493
1494    set np $top.canvas.fr
1495    set row 0
1496    set col 0
1497    grid [label $np.l_${row}0 -text "  #  "] -column $col -row $row
1498    foreach i {Atom\ntype Name x y z Occ Uiso} \
1499            var {type name x y z occ uiso} {
1500        grid [button $np.l_${row}$i -text $i -padx 0 -pady 0 \
1501                -command "sortAddAtoms $phase $top $var"] \
1502                -column [incr col] -row $row -sticky nsew
1503    }
1504    grid [label $np.l_${row}Use -text Use\nFlag] -column [incr col] -row $row
1505
1506    set expgui(SetAddAtomsScroll) 0
1507    set i [llength $atomlist]
1508    if {$i == 0} {incr i}
1509    for {set j 0} {$j < $i} {incr j} {
1510        MakeAddAtomsRow $top
1511    }
1512    set row 0
1513    foreach item $atomlist {
1514        incr row
1515        foreach val $item w {n x y z t o u} {
1516            if {$val != ""} {
1517                $np.e${row}$w delete 0 end
1518                $np.e${row}$w insert end $val
1519            }
1520        }
1521    }
1522    bind $top <Configure> "SetAddAtomsScroll $top"
1523    grid rowconfigure $top 3 -min 10
1524    grid [button $top.b1 -text "Add Atoms"\
1525            -command "addatom $phase $top"] -column 0 -row 5 -sticky w
1526    bind $top <Return> "addatom $phase $top"
1527    grid [button $top.b2 -text Cancel \
1528            -command "destroy $top"] -column 1 -row 5 -sticky w
1529    grid [button $top.help -text Help -bg yellow \
1530            -command "MakeWWWHelp expgui2.html addatoms"] \
1531            -column 0 -columnspan 2 -row 4
1532
1533    # get the input formats if not already defined
1534    GetImportFormats
1535    if {[llength $expgui(importFormatList)] > 0} {
1536        grid [frame $top.fr -bd 4 -relief groove] \
1537                -column 3 -row 5 -columnspan 2 -sticky e
1538        grid [button $top.fr.b3 -text "Import atoms from: " \
1539                -command "ImportAtoms \$expgui(importFormat) $top $phase"] \
1540                -column 0 -row 0 -sticky e
1541        set menu [eval tk_optionMenu $top.fr.b4 expgui(importFormat) \
1542                $expgui(importFormatList)]
1543        for {set i 0} {$i <= [$menu index end]} {incr i} {
1544            $menu entryconfig $i -command "ImportAtoms \$expgui(importFormat) $top $phase"
1545        }
1546        grid $top.fr.b4 -column 1 -row 0 -sticky w
1547        grid rowconfig $top.fr 0 -pad 10
1548        grid columnconfig $top.fr 0 -pad 10
1549        grid columnconfig $top.fr 1 -pad 10
1550    }
1551
1552    grid [button $top.b3 -text  "More atom boxes" \
1553            -command "MakeAddAtomsRow $top"] -column 3 \
1554            -columnspan 2 -row 4 -sticky e
1555   
1556    wm title $top "add new atom"
1557
1558    # set grab, etc.
1559    putontop $top
1560
1561    tkwait window $top
1562
1563    # fix grab...
1564    afterputontop
1565}
1566
1567proc MakeAddAtomsRow {top} {
1568    set np $top.canvas.fr
1569    set col -1
1570    set row 1
1571    # find an empty row
1572    while {![catch {grid info $np.e${row}t}]} {incr row}
1573    grid [label $np.e${row}num -text $row] -column [incr col]  -row $row
1574    grid [entry $np.e${row}t -width 5] -column [incr col]  -row $row
1575    grid [entry $np.e${row}n -width 8] -column [incr col]  -row $row
1576    foreach i {x y z o u} {
1577        grid [entry $np.e${row}$i -width 9] -column [incr col] -row $row
1578    }
1579    grid [checkbutton $np.e${row}use -variable expgui(UseAtom$row)] \
1580            -column [incr col] -row $row
1581    # default occupancy
1582    $np.e${row}o delete 0 end
1583    $np.e${row}o insert end 1.0
1584    # default Uiso
1585    $np.e${row}u delete 0 end
1586    $np.e${row}u insert end 0.025
1587    # default label
1588    $np.e${row}n delete 0 end
1589    $np.e${row}n insert end (default)
1590    # use by default
1591    $np.e${row}use select
1592
1593    SetAddAtomsScroll $top
1594    return $row
1595}
1596
1597proc SetAddAtomsScroll {top} {
1598    global expgui
1599    if $expgui(SetAddAtomsScroll) return
1600    # prevent reentrance
1601    set expgui(SetAddAtomsScroll) 1
1602    update
1603    set sizes [grid bbox $top.canvas.fr]
1604    $top.canvas config -scrollregion $sizes -width [lindex $sizes 2]
1605    # use the scroll for BIG atom lists
1606    if {[lindex $sizes 3] > [winfo height $top.canvas]} {
1607        grid $top.scroll -sticky ns -column 4 -row 2
1608    } else {
1609        grid forget $top.scroll 
1610    }
1611    update
1612    set expgui(SetAddAtomsScroll) 0
1613}
1614
1615# Validate the atoms in the atoms add/phase replace box
1616# returns a null string on error or a list of atoms
1617proc ValidateAtomsBox {top np} {
1618    global expgui
1619    set row 0
1620    # loop over the defined rows
1621    set err {}
1622    set atomlist {}
1623    set validatmtypes {
1624        H H-1 H_1 H_2 D H_3 HE HE_3 HE_4 LI LI+1 LI_6 LI_7 BE BE+2 B B_10
1625        B_11 C CV C_12 C_13 N N_14 N_15 O O-1 O-2 O_16 O_17 O_18 F F-1 F_19 NE
1626        NE_20 NE_21 NE_22 NA NA+1 NA_23 MG MG+2 MG_24 MG_25 MG_26 AL AL+3
1627        AL_27 SI SI+4 SIV SI_28 SI_29 SI_30 P P_31 S S_32 S_33 S_34 CL CL-1
1628        CL_35 CL_37 AR AR_36 AR_40 K K+1 K_39 K_41 CA CA+2 CA_40 CA_44 SC SC+3
1629        SC_45 TI TI+2 TI+3 TI+4 TI_46 TI_47 TI_48 TI_49 TI_50 V V+2 V+3 V+5
1630        V_51 CR CR+2 CR+3 CR_50 CR_52 CR_53 CR_54 MN MN+2 MN+3 MN+4 MN_55 FE
1631        FE+2 FE+3 FE_54 FE_56 FE_57 FE_58 CO CO+2 CO+3 CO_59 NI NI+2 NI+3
1632        NI_58 NI_60 NI_61 NI_62 NI_64 CU CU+1 CU+2 CU_63 CU_65 ZN ZN+2 ZN_64
1633        ZN_66 ZN_67 ZN_68 GA GA+3 GE GE+4 AS AS_75 SE BR BR-1 BR_79 BR_81 KR
1634        RB RB+1 SR SR+2 Y Y+3 Y_89 ZR ZR+4 NB NB+3 NB+5 NB_93 MO MO+3 MO+5
1635        MO+6 TC TC_98 RU RU+3 RU+4 RH RH+3 RH+4 RH_103 PD PD+2 PD+4 AG AG+1
1636        AG+2 CD CD+2 CD_112 CD_113 CD_114 CD_116 IN IN+3 IN_113 IN_115 SN SN+2
1637        SN+4 SB SB+3 SB+5 TE I I-1 I_127 XE CS CS+1 CS_133 BA BA+2 LA LA+3 CE
1638        CE+3 CE+4 PR PR+3 PR+4 PR_141 ND ND+3 PM PM+3 PM_147 SM SM+3 SM_152
1639        SM_154 EU EU+2 EU+3 EU_153 GD GD+3 GD_160 TB TB+3 TB_159 DY DY+3 HO
1640        HO+3 HO_165 ER ER+3 TM TM+3 TM_169 YB YB+2 YB+3 LU LU+3 HF HF+4 TA
1641        TA+5 TA_181 W W+6 RE OS OS+4 IR IR+3 IR+4 PT PT+2 PT+4 AU AU+1 AU+3
1642        AU_197 HG HG+1 HG+2 TL TL+1 TL+3 PB PB+2 PB+4 BI BI+3 BI+5 BI_209 PO
1643        PO_210 AT AT_210 RN RN_222 FR FR_223 RA RA+2 RA_226 AC AC+3 AC_227 TH
1644        TH+4 TH_232 PA PA_231 U U+3 U+4 U+6 U_235 U_238 NP NP+3 NP+4 NP+6
1645        NP_237 PU PU+3 PU+4 PU+6 PU_239 PU_240 PU_242 AM AM_243 CM CM_244 BK
1646        BK_247 CF CF_249
1647    }
1648    # loop over the defined rows
1649    while {![catch {grid info $np.e[incr row]t}]} {
1650        if !{$expgui(UseAtom$row)} continue
1651        # ignore blank entries
1652        set line {}
1653        foreach i {t x y z} {
1654            append line [string trim [$np.e${row}$i get]]
1655        }
1656        if {$line == ""} continue
1657
1658        # validate the input
1659        if {[set type [string trim [$np.e${row}t get]]] == ""} {
1660            append err "  line $row: No atom type specified\n"
1661        }
1662        if {[lsearch $validatmtypes [string toupper $type]] == -1} {
1663            append err "  line $row: Atom type $type is not defined for x-rays in GSAS. If you are fitting magnetic scattering, this could be defined. If so, use a different type and use EXPEDT to change the type back.\n\n"
1664        }
1665        set name [string trim [$np.e${row}n get]]
1666        if {$name == "(default)"} {set name "/"}
1667        if {$name == ""} {set name "/"}
1668        foreach i {x y z o u} n {x y z Occ Uiso} {
1669            if {[set $i [string trim [$np.e${row}$i get]]] == ""} {
1670                append err "  line $row: No value specified for $n\n"
1671            } elseif {[catch {expr [set $i]}]} {
1672                append err "  line $row: The value for $n is invalid\n"
1673            }
1674        }
1675        lappend atomlist "$type $x $y $z $o $name I $u"
1676    }
1677    if {$err != ""} {
1678        MyMessageBox -icon warning -message "Note Errors:\n$err" -parent $top
1679        return {}
1680    }
1681    if {[llength $atomlist] == 0} {
1682        MyMessageBox -icon warning -message "No atoms to load!" -parent $top
1683        return {}
1684    }
1685    return $atomlist
1686}
1687
1688proc runAddAtoms {phase atomlist} {
1689    global expgui env expmap tcl_platform
1690    # needed in UNIX
1691    set env(ATOMDATA) [file join $expgui(gsasdir) data atmdata.dat]
1692    set env(gsas) [file nativename $expgui(gsasdir)]
1693    # needed in Windows
1694    set env(GSAS) [file nativename $expgui(gsasdir)]
1695
1696    set fp [open exptool.in w]
1697    puts $fp "A"
1698    puts $fp $phase
1699    # number of atoms
1700    puts $fp [llength $atomlist]
1701    foreach atomline $atomlist {
1702        puts $fp $atomline
1703    }
1704    close $fp
1705 
1706    # Save the current exp file
1707    savearchiveexp
1708    # disable the file changed monitor
1709    set expgui(expModifiedLast) 0
1710    set expnam [file root [file tail $expgui(expfile)]]
1711
1712    set err [catch {
1713        if {$tcl_platform(platform) == "windows"} {
1714            exec [file join $expgui(gsasexe) exptool.exe] $expnam \
1715                    < exptool.in >& exptool.out
1716        } else {
1717            exec [file join $expgui(gsasexe) exptool] $expnam \
1718                    < exptool.in >& exptool.out
1719        }
1720    } errmsg]
1721    # load the revised exp file
1722    set oldatomlist $expmap(atomlist_$phase)
1723    loadexp $expgui(expfile)
1724    set fp [open exptool.out r]
1725    set expgui(exptoolout) [read $fp]
1726    close $fp
1727    catch {file delete exptool.in exptool.out}
1728    if {[llength $oldatomlist] == [llength $expmap(atomlist_$phase))]} {
1729        set err 1
1730        if {$errmsg == ""} {set errmsg "No atom(s) added"}
1731    }
1732}
1733
1734proc addatom {phase top} {
1735    global expgui env expmap
1736    set np $top.canvas.fr
1737    # validate the atoms info
1738    set atomlist [ValidateAtomsBox $top $np]
1739    if {$atomlist == ""} return
1740
1741    # ok add the atoms!
1742    set errmsg [runAddAtoms $phase $atomlist]
1743    RecordMacroEntry "runAddAtoms $phase [list $atomlist]" 0
1744
1745    destroy $top
1746    set err 0
1747    if {$errmsg != ""} {
1748        append errmsg "\n" $expgui(exptoolout)
1749        set err 1
1750    } else {
1751        set errmsg $expgui(exptoolout)
1752    }
1753    if {$expgui(showexptool) || $err} {
1754        set msg "Please review the result from adding the atom(s)" 
1755        if {$err} {append msg "\nIt appears an error occurred!"}
1756        ShowBigMessage $top $msg $errmsg OK "" $err
1757    }
1758}
1759
1760#---------------------------------------------------------------------------
1761# commands to modify a group of selected atoms
1762#---------------------------------------------------------------------------
1763
1764# make the dialog to choose an action
1765proc MakeXformAtomsBox {phase} {
1766    global expgui expmap
1767    set numberList {}
1768    set p $expgui(curPhase)
1769    foreach AtomIndex $expgui(selectedatomlist) {
1770        # get atom number & phase
1771        set tuple [lindex $expmap(atomlistboxcontents) $AtomIndex]
1772        lappend numberList [lindex $tuple 0]
1773    }
1774    if {$numberList == ""} return
1775    if {[llength $numberList] > 1} {
1776        set suffix s
1777        set suffixy "ies"
1778    } else {
1779        set suffix ""
1780        set suffixy "y"
1781    }
1782    set w .global
1783    catch {destroy $w}
1784    toplevel $w
1785    wm title $w "Edit Atomic Parameter -- phase #$phase"
1786    bind $w <Key-F1> "MakeWWWHelp expgui2.html xform"
1787    # this needs to track by phase
1788    grid [label $w.0 \
1789            -text "Modifying atom${suffix} [CompressList $numberList] Phase $phase" \
1790            -bg yellow -anchor center] -row 0 -column 0 -columnspan 10 \
1791            -sticky nsew
1792    grid rowconfigure $w 0 -pad 5
1793    grid rowconfigure $w 1 -minsize 2
1794
1795    grid [TitleFrame $w.1 -bd 6 -relief groove -text "Modify coordinates"] \
1796            -row 2 -column 0 -columnspan 10 -sticky news
1797    set w1 [$w.1 getframe]
1798    set row 0
1799    foreach v {x y z} {
1800        incr row
1801        set col -1
1802        grid [label $w1.l$v -text "new $v   =   "] -column [incr col] -row $row
1803        foreach o {x y z} {
1804            grid [entry $w1.e${v}${o} -width 6] -column [incr col] -row $row
1805            $w1.e${v}${o} delete 0 end
1806            if {$v == $o} {
1807                $w1.e${v}${o} insert end "1.0"
1808            } else {
1809                $w1.e${v}${o} insert end "0."
1810            }
1811            grid [label $w1.p${v}${o} -text " $o  +  "] \
1812                    -column [incr col] -row $row
1813        }
1814        grid [entry $w1.e${v} -width 6] -column [incr col] -row $row
1815        $w1.e${v} delete 0 end
1816        $w1.e${v} insert end "0."
1817    }
1818    grid [button $w1.do -text "Transform Coordinates" \
1819            -command "XformAtomsCoord $phase [list $numberList] $w1" \
1820            ] -row [incr row] -column 0 -columnspan 10
1821
1822    set shift [GetOrigin1Shift $phase]
1823    grid [button $w1.d1 -text "Xform Origin 1 to Origin 2" \
1824              -command "XformAtoms2Origin2 $phase [list $numberList] $w1 [list $shift]" \
1825             ] -row [incr row] -column 3 -columnspan 10 -sticky e
1826    if {$shift == ""} {$w1.d1 config -state disabled}
1827
1828    grid [button $w1.d4 -text "Reset Multiplicities" \
1829                -command "ResetMultiplicities $phase $w" \
1830                ] -row $row -column 0 -columnspan 3 -sticky w
1831
1832
1833    grid rowconfigure $w 3 -minsize 5
1834    grid [TitleFrame $w.4 -bd 6 -relief groove -text "Modify occupanc${suffixy}"] \
1835            -row 4 -column 0 -columnspan 10 -sticky news
1836    set w2 [$w.4 getframe]
1837    grid [label $w2.1 -text "Occupancy: "] -row 1 -column 0
1838    grid [entry $w2.e -width 10] -column 1 -row 1
1839    $w2.e delete 0 end
1840    $w2.e insert end 1.0
1841    grid columnconfigure $w2 2 -weight 1
1842    grid [button $w2.do -text "Set Occupanc${suffixy}" \
1843            -command "XformAtomsOcc $phase [list $numberList] $w2" \
1844            ] -row 2 -column 0 -columnspan 10
1845
1846    grid rowconfigure $w 5 -minsize 5
1847    grid [TitleFrame $w.6 -bd 6 -relief groove \
1848            -text "Modify Displacement Parameter$suffix"] \
1849            -row 6 -column 0 -columnspan 10 -sticky news
1850    set w2 [$w.6 getframe]
1851    grid [entry $w2.e -width 10] -column 1 -row 1
1852    $w2.e delete 0 end
1853    $w2.e insert end 0.025
1854    grid columnconfigure $w2 2 -weight 1
1855    grid [button $w2.do -text "Set U" \
1856            -command "XformAtomsU $phase [list $numberList] $w2" \
1857            ] -row 2 -column 0 -columnspan 10
1858    grid [frame $w2.f] -row 3 -column 0 -columnspan 10
1859
1860    if {[lindex $expmap(phasetype) [expr {$p - 1}]] != 4} {
1861        grid [label $w2.1 -text "Uiso or Uequiv: "] -row 1 -column 0
1862        grid [button $w2.f.iso -text "Set Isotropic" \
1863                -command "XformAtomsU $phase [list $numberList] iso" \
1864                ] -row 0 -column 0
1865        grid [button $w2.f.aniso -text "Set Anisotropic" \
1866                -command "XformAtomsU $phase [list $numberList] aniso" \
1867                ] -row 0 -column 1
1868    } else {
1869        grid [label $w2.1 -text "Uiso: "] -row 1 -column 0
1870    }
1871
1872    grid rowconfigure $w 7 -minsize 5
1873    if {[lindex $expmap(phasetype) [expr {$p - 1}]] != 4} {
1874        grid [TitleFrame $w.8 -bd 6 -relief groove \
1875                -text "Erase Atom$suffix"] \
1876                -row 8 -column 0 -columnspan 10 -sticky news
1877        set w2 [$w.8 getframe]
1878        grid [button $w2.do -text "Erase Atom${suffix}" \
1879                -command "EraseAtoms $phase [list $numberList] $w" \
1880                ] -row 2 -column 0 -columnspan 10
1881    }
1882
1883    grid rowconfigure $w 11 -minsize 5
1884    grid [frame $w.b] -row 12 -column 0 -columnspan 10 -sticky ew
1885    pack [button $w.b.3 -text Close -command "destroy $w"] -side left \
1886            -padx 5 -pady 5
1887    pack [button $w.b.help -text Help -bg yellow \
1888            -command "MakeWWWHelp expgui2.html xform"] -side right \
1889            -padx 5 -pady 5
1890    bind $w <Return> "destroy $w"
1891
1892    # force the window to stay on top
1893    putontop $w
1894    focus $w.b.3
1895    tkwait window $w
1896    afterputontop
1897    # if there are selected atoms, reset their display
1898    if {[llength $expgui(selectedatomlist)] != 0} editRecord
1899}
1900
1901# transform the coordinates
1902proc XformAtomsCoord {phase numberList w1} {
1903    global expgui expmap
1904    if {[lindex $expmap(phasetype) [expr {$phase - 1}]] == 4} {
1905        set cmd mmatominfo
1906    } else {
1907        set cmd atominfo
1908    }
1909    # get the matrix
1910    foreach v {x y z} {
1911        foreach o {x y z} {
1912            set matrix(${v}${o}) [$w1.e${v}${o} get]
1913        }
1914        set matrix(${v}) [$w1.e${v} get]
1915    }
1916    foreach atom $numberList {
1917        foreach v {x y z} {
1918            set $v [$cmd $phase $atom $v]
1919        }
1920        foreach v {x y z} {
1921            set new$v $matrix(${v})
1922            foreach o {x y z} {
1923                set new$v [expr [set new$v] + $matrix(${v}${o})*[set $o]]
1924            }
1925            $cmd $phase $atom $v set [set new$v]
1926            RecordMacroEntry "$cmd $phase $atom $v set [set new$v]" 0
1927        }
1928        incr expgui(changed)
1929    }
1930    RecordMacroEntry "incr expgui(changed)" 0
1931    # update multiplicities for the phase
1932    set parent [winfo toplevel $w1]
1933    ResetMultiplicities $phase $parent
1934    SelectOnePhase $phase
1935    MyMessageBox -parent $parent -type OK -default ok -title "Transform applied" \
1936        -message "The coordinates of atoms [CompressList $numberList] have been transformed"
1937#    UpdateAtomLine $numberList $phase
1938    destroy $parent
1939}
1940
1941# set the occupancies to a single value
1942proc XformAtomsOcc {phase numberList w2} {
1943    global expgui expmap
1944    if {[lindex $expmap(phasetype) [expr {$phase - 1}]] == 4} {
1945        set cmd mmatominfo
1946    } else {
1947        set cmd atominfo
1948    }
1949    # get the value
1950    set val [$w2.e get]
1951    foreach atom $numberList {
1952        $cmd $phase $atom frac set $val
1953        RecordMacroEntry "$cmd $phase $atom frac set $val" 0
1954        incr expgui(changed)
1955    }
1956    RecordMacroEntry "incr expgui(changed)" 0
1957    UpdateAtomLine $numberList $phase
1958}
1959
1960# transform Uiso or Uij; if anisotropic set Uequiv to Uij
1961proc XformAtomsU {phase numberList w2} {
1962    global expgui
1963    set istart $expgui(changed)
1964    if {$w2 == "iso"} {
1965        foreach atom $numberList {
1966            if {[atominfo $phase $atom temptype] != "I"} {
1967                atominfo $phase $atom temptype set I
1968                RecordMacroEntry "atominfo $phase $atom temptype set I" 0
1969                incr expgui(changed)
1970            }
1971        }
1972    } elseif {$w2 == "aniso"} {
1973        foreach atom $numberList {
1974            if {[atominfo $phase $atom temptype] == "I"} {
1975                atominfo $phase $atom temptype set A
1976                RecordMacroEntry "atominfo $phase $atom temptype set A" 0
1977                incr expgui(changed)
1978            }
1979        }
1980    } else {
1981        # get the value
1982        set val [$w2.e get]
1983        foreach atom $numberList {
1984            global expmap
1985            if {[lindex $expmap(phasetype) [expr {$phase - 1}]] == 4} {
1986                mmatominfo $phase $atom Uiso set $val
1987                RecordMacroEntry "mmatominfo $phase $atom Uiso set $val" 0
1988            } elseif {[atominfo $phase $atom temptype] == "I"} {
1989                atominfo $phase $atom Uiso set $val
1990                RecordMacroEntry "atominfo $phase $atom Uiso set $val" 0
1991            } else {
1992                foreach var {U11 U22 U33} {
1993                    atominfo $phase $atom $var set $val
1994                    RecordMacroEntry "atominfo $phase $atom $var set $val" 0
1995                }
1996                foreach var {U12 U13 U23} {
1997                    atominfo $phase $atom $var set 0.0
1998                    RecordMacroEntry "atominfo $phase $atom $var set 0.0" 0
1999                }
2000            }
2001            incr expgui(changed)
2002        }
2003    }
2004    if {$istart != $expgui(changed)} {RecordMacroEntry "incr expgui(changed)" 0}
2005    UpdateAtomLine $numberList $phase
2006}
2007
2008# confirm and erase atoms
2009proc EraseAtoms {phase numberList w2} {
2010    global expgui
2011    if {[llength $numberList] <= 0} return
2012    # make a list of atoms
2013    foreach atom $numberList {
2014        append atomlist "\n\t$atom  [atominfo $phase $atom label]"
2015    }
2016    set msg "OK to remove the following [llength $numberList] atoms from phase $phase:$atomlist"
2017    set val [MyMessageBox -parent $w2 -type okcancel -icon warning \
2018            -default cancel -title "Confirm Erase" -message $msg]
2019    if {$val == "ok"} {
2020        foreach atom $numberList {
2021            EraseAtom $atom $phase
2022            RecordMacroEntry "EraseAtom $atom $phase" 0
2023            incr expgui(changed)
2024        }
2025        RecordMacroEntry "incr expgui(changed)" 0
2026        mapexp
2027        RecordMacroEntry "mapexp" 0
2028        DisplayAllAtoms $phase
2029        destroy $w2
2030    }
2031}
2032
2033#----------- more Add Phase routines (import) -------------------------------
2034proc ImportPhase {format np} {
2035    global expgui
2036    if {[llength $expgui(extensions_$format)] == 1} {
2037        lappend typelist [list $format $expgui(extensions_$format)]
2038    } else {
2039        foreach item $expgui(extensions_$format) {
2040            lappend typelist [list "All $format" $item]
2041            lappend typelist [list "$format $item" $item]
2042        }
2043    }
2044    lappend typelist [list "All files" *]
2045    set file [tk_getOpenFile -parent $np -filetypes $typelist]
2046    if {![file exists $file]} return
2047    # read in the file
2048    set input [$expgui(proc_$format) $file]
2049    catch {
2050        $np.bf.b1 config -text "Continue" -command "addphase $np; AddAtomsList"
2051        bind $np <Return> "addphase $np; AddAtomsList"
2052    }
2053    catch {
2054        $np.t1 delete 0 end
2055        $np.t1 insert end "from $file"
2056    }
2057    $np.t2 delete 0 end
2058    $np.t2 insert end [lindex $input 0]
2059    foreach i {.e1a .e1b .e1c .e2a .e2b .e2g} val [lindex $input 1] {
2060        $np.f$i delete 0 end
2061        $np.f$i insert end $val
2062    }
2063    set expgui(coordList) [lindex $input 2]
2064    set msg [lindex $input 3]
2065    if {$msg != ""} {
2066        catch {destroy $np.msg}
2067        grid [label $np.msg -text $msg -fg red -anchor center -bd 4 -relief raised] \
2068                -column 0 -columnspan 99 -row 20 -sticky ew
2069    }
2070}
2071
2072proc ImportAtoms {format top phase} {
2073    global expgui
2074    if {[llength $expgui(extensions_$format)] == 1} {
2075        lappend typelist [list $format $expgui(extensions_$format)]
2076    } else {
2077        foreach item $expgui(extensions_$format) {
2078            lappend typelist [list "All $format" $item]
2079            lappend typelist [list "$format $item" $item]
2080        }
2081    }
2082    lappend typelist [list "All files" *]
2083    set file [tk_getOpenFile -parent $top -filetypes $typelist]
2084    if {![file exists $file]} return
2085    # disable during read
2086    catch {
2087        foreach b "$top.b1 $top.b2 $top.fr.b3" {
2088            $b config -state disabled
2089        }
2090    }
2091    # read in the file
2092    set input [$expgui(proc_$format) $file]
2093    # add atoms to table
2094    foreach item [lindex $input 2] {
2095        set row [MakeAddAtomsRow $top]
2096        set np $top.canvas.fr
2097        foreach val $item w {n x y z t o u} {
2098            if {$val != ""} {
2099                $np.e${row}$w delete 0 end
2100                $np.e${row}$w insert end $val
2101            }
2102        }
2103    }
2104    # sort the atoms by number, so that empty entries are at the bottom
2105    sortAddAtoms $phase $top number
2106    # reenable
2107    catch {
2108        foreach b "$top.b1 $top.b2 $top.fr.b3" {
2109            $b config -state normal
2110        }
2111    }
2112}
2113
2114proc AddAtomsList {} {
2115    global expgui expmap
2116    # skip if we aborted out of addphase
2117    if {$expgui(oldphaselist) == -1} return
2118    # find the new phase
2119    set phase {}
2120    foreach p $expmap(phaselist) {
2121        if {[lsearch $expgui(oldphaselist) $p] == -1} {
2122            set phase $p
2123            break
2124        }
2125    }
2126    if {$phase == ""} return
2127    MakeAddAtomsBox $phase $expgui(coordList)
2128}
2129
2130# get the input formats by sourcing files named import_*.tcl
2131proc GetImportFormats {} {
2132    global expgui tcl_platform
2133    # only needs to be done once
2134    if [catch {set expgui(importFormatList)}] {
2135        set filelist [glob -nocomplain [file join $expgui(scriptdir) import_*.tcl]]
2136        foreach file $filelist {
2137            set description ""
2138            source $file
2139            if {$description != ""} {
2140                lappend expgui(importFormatList) $description
2141                if {$tcl_platform(platform) == "unix"} {
2142                    set extensions "[string tolower $extensions] [string toupper $extensions]"
2143                }
2144                set expgui(extensions_$description) $extensions
2145                set expgui(proc_$description) $procname
2146            }
2147        }
2148    }
2149}
2150
2151proc MakeReplacePhaseBox {} {
2152    global expmap expgui tcl_platform
2153
2154    set expgui(coordList) {}
2155    # ignore the command if no phase is selected
2156    foreach p {1 2 3 4 5 6 7 8 9} {
2157        if {[lsearch $expmap(phaselist) $expgui(curPhase)] == -1} {
2158            return
2159        }
2160    }
2161
2162    set top .newphase
2163    catch {destroy $top}
2164    toplevel $top
2165    bind $top <Key-F1> "MakeWWWHelp expgui2.html replacephase"
2166
2167    grid [label $top.l1 -text "Replacing phase #$expgui(curPhase)" \
2168            -bg yellow -anchor center] -column 0 -columnspan 8 -row 0 -sticky ew
2169    grid [label $top.l3a -text "Current Space Group: "] \
2170            -column 0 -row 2 -columnspan 2 -sticky e
2171    grid [label $top.l3b -text [phaseinfo $expgui(curPhase) spacegroup]\
2172            -bd 4 -relief groove] \
2173            -column 2 -row 2  -sticky ew
2174    grid [label $top.l4 -text "New Space Group: "] \
2175            -column 0 -row 3 -columnspan 2 -sticky e
2176    grid [entry $top.t2 -width 12] -column 2 -row 3 -sticky w
2177    grid [radiobutton $top.r1 -text "Keep atoms in phase"\
2178            -variable expgui(DeleteAllAtoms) -value 0] \
2179            -column 1 -row 4 -columnspan 8 -sticky w
2180    grid [radiobutton $top.r2 -text "Delete current atoms" \
2181            -variable expgui(DeleteAllAtoms) -value 1] \
2182            -column 1 -row 5 -columnspan 8 -sticky w
2183   
2184    grid [frame $top.f -bd 4 -relief groove] \
2185            -column 3 -row 2 -columnspan 3 -rowspan 4
2186    set col -1
2187    foreach i {a b c} {
2188        grid [label $top.f.l1$i -text " $i "] -column [incr col] -row 1
2189        grid [entry $top.f.e1$i -width 12] -column [incr col]  -row 1
2190        $top.f.e1$i delete 0 end
2191        $top.f.e1$i insert 0 [phaseinfo $expgui(curPhase) $i]
2192    }
2193    set col -1
2194    foreach i {a b g} var {alpha beta gamma} {
2195        grid [label $top.f.l2$i -text $i] -column [incr col] -row 2
2196        set font [$top.f.l2$i cget -font]
2197        $top.f.l2$i config -font "Symbol [lrange $font 1 end]"
2198        grid [entry $top.f.e2$i -width 12] -column [incr col]  -row 2
2199        $top.f.e2$i delete 0 end
2200        $top.f.e2$i insert 0 [phaseinfo $expgui(curPhase) $var]
2201    } 
2202
2203    grid [button $top.b1 -text Continue \
2204            -command "replacephase1 $top $expgui(curPhase)"] \
2205            -column 0 -row 6 -sticky w
2206    bind $top <Return> "replacephase1 $top $expgui(curPhase)"
2207    grid [button $top.b2 -text Cancel \
2208            -command "destroy $top"] -column 1 -row 6 -sticky w
2209    grid [button $top.help -text Help -bg yellow \
2210            -command "MakeWWWHelp expgui2.html replacephase"] \
2211            -column 2 -row 6
2212
2213    # get the input formats if not already defined
2214    GetImportFormats
2215    if {[llength $expgui(importFormatList)] > 0} {
2216        grid [frame $top.fr -bd 4 -relief groove] \
2217                -column 2 -row 6 -columnspan 8 -sticky e
2218        grid [button $top.fr.b3 -text "Import phase from: " \
2219                -command "ImportPhase \$expgui(importFormat) $top"] \
2220                -column 0 -row 0 -sticky e
2221        set menu [eval tk_optionMenu $top.fr.b4 expgui(importFormat) \
2222                $expgui(importFormatList)]
2223        for {set i 0} {$i <= [$menu index end]} {incr i} {
2224            $menu entryconfig $i -command "ImportPhase \$expgui(importFormat) $top"
2225        }
2226        grid $top.fr.b4 -column 1 -row 0 -sticky w
2227        grid rowconfig $top.fr 0 -pad 10
2228        grid columnconfig $top.fr 0 -pad 10
2229        grid columnconfig $top.fr 1 -pad 10
2230#       grid columnconfig $top 4 -weight 1
2231        grid columnconfig $top 2 -weight 1
2232    }
2233   
2234    wm title $top "Replace phase $expgui(curPhase)"
2235
2236    # set grab, etc.
2237    putontop $top
2238
2239    tkwait window $top
2240
2241    # fix grab...
2242    afterputontop
2243}
2244
2245proc replacephase1 {top phase} {
2246    # validate cell & space group & save to pass
2247    global expgui expmap
2248    set expgui(SetAddAtomsScroll) 0
2249    # validate the input
2250    set err {}
2251    set spg [$top.t2 get]
2252    if {[string trim $spg] == ""} {
2253        append err "  Space group cannot be blank\n"
2254    }
2255    set cell {}
2256    foreach i {a b c a b g} lbl {a b c alpha beta gamma} n {1 1 1 2 2 2} {
2257        set $lbl [$top.f.e${n}$i get]
2258        if {[string trim [set $lbl]] == ""} {
2259            append err "  $lbl cannot be blank\n"
2260        } elseif {[catch {expr [set $lbl]}]} {
2261            append err "  [set $lbl] is not valid for $lbl\n"
2262        }
2263        lappend cell [set $lbl]
2264    }
2265
2266    if {$err != ""} {
2267        MyMessageBox -parent $top -title "Replace Phase Error" -icon warning \
2268                -message "The following error(s) were found in your input:\n$err" 
2269        return
2270    }
2271
2272    # check the space group
2273    set fp [open spg.in w]
2274    puts $fp "N"
2275    puts $fp "N"
2276    puts $fp $spg
2277    puts $fp "Q"
2278    close $fp
2279    global tcl_platform
2280    catch {
2281        if {$tcl_platform(platform) == "windows"} {
2282            exec [file join $expgui(gsasexe) spcgroup.exe] < spg.in >& spg.out
2283        } else {
2284            exec [file join $expgui(gsasexe) spcgroup] < spg.in >& spg.out
2285        }
2286    }
2287    set fp [open spg.out r]
2288    set out [read $fp]
2289    close $fp
2290    # attempt to parse out the output (fix up if parse did not work)
2291    if {[regexp "space group symbol.*>(.*)Enter a new space group symbol" \
2292            $out a b ] != 1} {set b $out}
2293    if {[string first Error $b] != -1} {
2294        # got an error, show it
2295        ShowBigMessage \
2296                 $top.error \
2297                 "Error processing space group\nReview error message below" \
2298                 $b OK "" 1
2299        return
2300    } else {
2301        # show the result and confirm
2302        set opt [ShowBigMessage \
2303                $top.check \
2304                "Check the symmetry operators in the output below" \
2305                $b \
2306                {Continue Redo} ]
2307        if {$opt > 1} return
2308    }
2309    file delete spg.in spg.out
2310    # draw coordinates box
2311    eval destroy [winfo children $top]
2312    grid [label $top.l1 -relief groove -bd 4 -anchor center\
2313            -text "Atom list for phase #$phase"] \
2314            -column 0 -row 0 \
2315            -sticky we -columnspan 10
2316    grid [canvas $top.canvas \
2317            -scrollregion {0 0 5000 500} -width 0 -height 250 \
2318            -yscrollcommand "$top.scroll set"] \
2319            -column 0 -row 2 -columnspan 4 -sticky nsew
2320    grid columnconfigure $top 3 -weight 1
2321    grid rowconfigure $top 2 -weight 1
2322    grid rowconfigure $top 1 -pad 5
2323    scrollbar $top.scroll \
2324            -command "$top.canvas yview"
2325    frame $top.canvas.fr
2326    $top.canvas create window 0 0 -anchor nw -window $top.canvas.fr
2327
2328    set np $top.canvas.fr
2329    set row 0
2330    set col 0
2331    grid [label $np.l_${row}0 -text "  #  "] -column $col -row $row
2332    foreach i {Atom\ntype Name x y z Occ Uiso} \
2333            var {type name x y z occ uiso} {
2334        grid [button $np.l_${row}$i -text $i -padx 0 -pady 0 \
2335                -command "sortAddAtoms $phase $top $var"] \
2336                -column [incr col] -row $row -sticky nsew
2337    }
2338    grid [label $np.l_${row}Use -text Use\nFlag] -column [incr col] -row $row
2339
2340    # add the old atoms, if appropriate
2341    if {!$expgui(DeleteAllAtoms)} {
2342        # loop over all atoms
2343        foreach atom $expmap(atomlist_$phase) {
2344            set row [MakeAddAtomsRow $top]
2345            # add all atoms in the current phase to the list
2346            foreach w {n x y z t o} var {label x y z type frac} {
2347                $np.e${row}$w delete 0 end
2348                $np.e${row}$w insert end [atominfo $phase $atom $var]
2349            }
2350            $np.e${row}u delete 0 end
2351            if {[atominfo $phase $atom temptype] == "I"} {
2352                $np.e${row}u insert end [atominfo $phase $atom Uiso]
2353            } else {
2354                $np.e${row}u insert end [expr ( \
2355                        [atominfo $phase $atom U11] + \
2356                        [atominfo $phase $atom U22] + \
2357                        [atominfo $phase $atom U33]) / 3.]
2358            }
2359        }
2360    }
2361
2362    # add coordinates that have been read in, if any
2363    foreach item $expgui(coordList) {
2364        set row [MakeAddAtomsRow $top]
2365        foreach val $item w {n x y z t o u} {
2366            if {$val != ""} {
2367                $np.e${row}$w delete 0 end
2368                $np.e${row}$w insert end $val
2369            }
2370        }
2371    }
2372    # a blank spot in the table
2373    MakeAddAtomsRow $top
2374
2375    bind $top <Configure> "SetAddAtomsScroll $top"
2376    grid rowconfigure $top 3 -min 10
2377    grid [button $top.b1 -text "Continue"\
2378            -command "replacephase2 $phase $top [list $spg] [list $cell]"] \
2379            -column 0 -row 5 -sticky w
2380    bind $top <Return> "replacephase2 $phase $top [list $spg] [list $cell]"
2381    grid [button $top.b2 -text Cancel \
2382            -command "destroy $top"] -column 1 -row 5 -sticky w
2383    if {[llength $expgui(importFormatList)] > 0} {
2384        grid [frame $top.fr -bd 4 -relief groove] \
2385                -column 3 -row 5 -columnspan 2 -sticky e
2386        grid [button $top.fr.b3 -text "Import atoms from: " \
2387                -command "ImportAtoms \$expgui(importFormat) $top $phase"] \
2388                -column 0 -row 0 -sticky e
2389        set menu [eval tk_optionMenu $top.fr.b4 expgui(importFormat) \
2390                $expgui(importFormatList)]
2391        for {set i 0} {$i <= [$menu index end]} {incr i} {
2392            $menu entryconfig $i -command "ImportAtoms \$expgui(importFormat) $top $phase"
2393        }
2394        grid $top.fr.b4 -column 1 -row 0 -sticky w
2395        grid rowconfig $top.fr 0 -pad 10
2396        grid columnconfig $top.fr 0 -pad 10
2397        grid columnconfig $top.fr 1 -pad 10
2398    }
2399
2400    grid [button $top.b3 -text  "More atom boxes" \
2401            -command "MakeAddAtomsRow $top"] -column 3 \
2402            -columnspan 2 -row 4 -sticky e
2403   
2404    wm title $top "Replacing phase: Enter atoms"
2405    SetAddAtomsScroll $top
2406
2407    # fix grab for old window
2408    afterputontop
2409    # set grab, etc.
2410    putontop $top
2411}
2412
2413proc replacephase2 {phase top spg cell} {
2414    global expgui expmap
2415    # validate coordinates
2416    set np $top.canvas.fr
2417    # validate the atoms info
2418    set atomlist [ValidateAtomsBox $top $np]
2419    if {$atomlist == ""} return
2420
2421    pleasewait "updating phase"
2422    set errmsg [replacephase3 $phase $spg $cell $atomlist]
2423
2424    set err 0
2425    if {[llength $atomlist] != [llength $expmap(atomlist_$phase))]} {
2426        set err 1
2427    }
2428    if {$errmsg != ""} {
2429        set err 1
2430    }
2431    donewait 
2432    if {$expgui(showexptool) || $err} {
2433        set msg "Please review the result from adding the atom(s)" 
2434        if {$err} {append msg "\nIt appears an error occurred!"}
2435        ShowBigMessage $top $msg $errmsg OK "" $err
2436    }
2437    # set the powpref warning (2 = required)
2438    set expgui(needpowpref) 2
2439    set msg "A phase was replaced"
2440    if {[string first $msg $expgui(needpowpref_why)] == -1} {
2441        append expgui(needpowpref_why) "\t$msg\n"
2442    }
2443    destroy $top
2444}
2445
2446
2447proc replacephase3 {phase spg cell atomlist} {
2448    global expgui expmap
2449    # replace spacegroup and cell
2450    if $::expgui(debug) {puts "phaseinfo $phase spacegroup set $spg"}
2451    phaseinfo $phase spacegroup set $spg
2452    RecordMacroEntry "phaseinfo $phase spacegroup set [list $spg]" 0
2453    foreach val $cell var {a b c alpha beta gamma} {
2454        phaseinfo $phase $var set $val
2455        RecordMacroEntry "phaseinfo $phase $var set $val" 0
2456    }
2457    incr expgui(changed) 
2458    # delete all atoms
2459    foreach i $expmap(atomlist_$phase) {
2460        EraseAtom $i $phase
2461        RecordMacroEntry "EraseAtom $i $phase" 0
2462        incr expgui(changed)
2463    }
2464    RecordMacroEntry "incr expgui(changed)" 0
2465    # write new atoms from table as input to exptool
2466    set errmsg [runAddAtoms $phase $atomlist]
2467    RecordMacroEntry "runAddAtoms $phase [list $atomlist]" 0
2468    return $errmsg
2469}
2470
2471proc sortAddAtoms {phase top sortvar} {
2472    global expgui
2473    set np $top.canvas.fr
2474    set validlist {}
2475    set invalidlist {}
2476    set row 0
2477    while {![catch {grid info $np.e[incr row]t}]} {
2478        set valid 1
2479        set line $row
2480        if !{$expgui(UseAtom$row)} {set valid 0}
2481        lappend line $expgui(UseAtom$row)
2482        if {[set type [string trim [$np.e${row}t get]]] == ""} {set valid 0}
2483        lappend line [string trim [$np.e${row}t get]]
2484        lappend line [string trim [$np.e${row}n get]]
2485        foreach i {x y z o u} {
2486            set tmp [string trim [$np.e${row}$i get]]
2487            lappend line $tmp
2488            if {$tmp == "" || [catch {expr $tmp}]} {set valid 0}
2489        }
2490        if {$valid} {
2491            lappend validlist $line
2492        } else {
2493            lappend invalidlist $line
2494        }
2495    }
2496    switch $sortvar {
2497        type {set sortlist [lsort -index 2 -dictionary $validlist]}
2498        name {set sortlist [lsort -index 3 -dictionary $validlist]}
2499        x {set sortlist [lsort -index 4 -real $validlist]}
2500        y {set sortlist [lsort -index 5 -real $validlist]}
2501        z {set sortlist [lsort -index 6 -real $validlist]}
2502        occ {set sortlist [lsort -index 7 -real $validlist]}
2503        uiso  {set sortlist [lsort -index 8 -real $validlist]}
2504        default {set sortlist $validlist}
2505    }
2506
2507    if {[llength $invalidlist] > 0} {append sortlist " $invalidlist"}
2508    set row 0
2509    foreach line $sortlist {
2510        incr row
2511        set expgui(UseAtom$row) [lindex $line 1]
2512        foreach item [lrange $line 2 end] \
2513                var {t n x y z o u} {
2514            $np.e${row}$var delete 0 end
2515            $np.e${row}$var insert end $item
2516        }
2517    }
2518}
2519
2520proc EditInstFile {"filename {}"} {
2521    global expgui
2522    # on the first call, load the commands
2523    if {[catch {
2524        if {[info procs instMakeWindow] == ""} {
2525            source [file join $expgui(scriptdir) instedit.tcl]
2526        }
2527    } errmsg]} {
2528        MyMessageBox -parent . -title "Load error" \
2529                -message "Unexpected error while sourcing file instedit.tcl: $errmsg" \
2530                -icon error
2531    }
2532    instMakeWindow $filename
2533}
2534
2535# load a list of Origin 1/2 space groups
2536proc GetOrigin12List {} {
2537    # don't need to read the file twice
2538    if {[array names ::Origin1list] != ""} return
2539    set line {}
2540    set fp1 [open [file join $::expgui(scriptdir) spacegrp.ref] r]
2541    while {[lindex $line 1] != 230} {
2542        if {[gets $fp1 line] < 0} break
2543    }
2544    while {[gets $fp1 line] >= 0} {
2545        set key [string tolower [lindex $line 8]]
2546        regsub -all " " $key "" key
2547        regsub -- "-3" $key "3" key
2548        if {$key != ""} {
2549#       puts "$key -- [lindex $line 1] [lindex $line 8] [lindex $line 9]"
2550            set ::Origin1list($key) [lindex $line 9]
2551        }
2552    }
2553    close $fp1
2554}
2555
2556# get the shift to be added to origin 1 coordinates to obtain origin 2 settings
2557proc GetOrigin1Shift {phase} {
2558    GetOrigin12List
2559    set spg [string tolower [phaseinfo $phase spacegroup]]
2560    regsub -all " " $spg "" spg
2561    regsub -- "-3" $spg "3" spg
2562    if {[catch {set shift $::Origin1list($spg)}]} {
2563        return ""
2564    } else {
2565        return $shift
2566    }
2567}
2568
2569proc XformAtoms2Origin2 {phase numberList w1 shift} {
2570    global expgui expmap
2571    set parent [winfo toplevel $w1]
2572    if {[llength $numberList] != [llength $expmap(atomlist_$phase)]} {
2573        # not all atoms were selected in phase -- do a sanity check
2574        set msg {You have selected only some atoms to be shifted. Do you want to shift all atoms or only the selected atoms?}
2575        set val [MyMessageBox -parent $parent -icon warning \
2576                     -type "{Use all} {Use Selection}" -default "use all" \
2577                     -title "Shift all" -message $msg]
2578#       puts "$phase $numberList $w1 $shift"
2579        if {$val == "use all"} {set numberList $expmap(atomlist_$phase)}
2580    }
2581    if {[lindex $expmap(phasetype) [expr {$phase - 1}]] == 4} {
2582        set cmd mmatominfo
2583    } else {
2584        set cmd atominfo
2585    }
2586    foreach atom $numberList {
2587        foreach v {x y z} vs $shift {
2588            set c [$cmd $phase $atom $v]
2589            $cmd $phase $atom $v set [expr {$c + $vs}]
2590            RecordMacroEntry "$cmd $phase $atom $v set [expr {$c + $vs}]" 0
2591        }
2592        incr expgui(changed)
2593    }
2594
2595    RecordMacroEntry "incr expgui(changed)" 0
2596    ResetMultiplicities $phase $parent
2597    SelectOnePhase $phase
2598    MyMessageBox -parent $parent -type OK -default ok -title "Shift applied" \
2599        -message "A shift of \"$shift\" has been added to coordinates of atoms [CompressList $numberList]"
2600#    UpdateAtomLine $numberList $phase
2601    destroy $parent
2602}
2603
2604# reset the site multiplicities using the EXPEDT program
2605proc ResetMultiplicities {phase parent} {
2606    global expgui
2607    set errmsg [RunResetMultiplicities $phase]
2608    RecordMacroEntry "RunResetMultiplicities $phase" 0
2609
2610    if {$expgui(showexptool) || $errmsg != ""} {
2611        if {$errmsg != ""} {
2612            set err 1
2613            append errmsg "\n" $expgui(exptoolout) 
2614        } else {
2615            set err 0
2616            set errmsg $expgui(exptoolout) 
2617        }
2618        set msg "Please review the result from listing the phase." 
2619        if {$errmsg != ""} {append msg "\nIt appears an error occurred!"}
2620        ShowBigMessage $parent.msg $msg $errmsg OK "" $err
2621    }
2622}
2623proc RunResetMultiplicities {phase} {
2624    global expgui tcl_platform
2625    set input [open resetmult.inp w]
2626    puts $input "Y"
2627    puts $input "l a p $phase"
2628    puts $input "l"
2629    puts $input "x x x"
2630    puts $input "x"
2631    close $input
2632    # Save the current exp file
2633    savearchiveexp
2634    # disable the file changed monitor
2635    set expgui(expModifiedLast) 0
2636    set expnam [file root [file tail $expgui(expfile)]]
2637    set err [catch {
2638        if {$tcl_platform(platform) == "windows"} {
2639            exec [file join $expgui(gsasexe) expedt.exe] $expnam < resetmult.inp >& resetmult.out
2640        } else {
2641            exec [file join $expgui(gsasexe) expedt] $expnam < resetmult.inp >& resetmult.out
2642        }
2643    } errmsg]
2644    loadexp $expgui(expfile)
2645    set fp [open resetmult.out r]
2646    set out [read $fp]
2647    close $fp
2648    set expgui(exptoolout) $out
2649    catch {file delete resetmult.inp resetmult.out}
2650    if {$err} {
2651        return $errmsg
2652    } else {
2653        return ""
2654    }
2655}
2656
2657# default values
2658set newhist(insttype) {}
2659set newhist(dummy) 0
2660set newhist(instfiletext) {}
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.