source: branches/sandbox/rigid.tcl @ 1172

Last change on this file since 1172 was 1172, checked in by toby, 10 years ago

fix/enhance rigid bodies some

File size: 104.3 KB
Line 
1# Procedure list:
2# RB_Import_Data_Type {args}            determines types of input available for rigid body creation panel.
3# RB_Load_RBdata {args}                 parses variables from ReadRigidBody
4# RB_Load_Mapdata {phase bodnum mapnum} parses variables from ReadRigidBodyMapping
5# RB_Control_Panel {panelnum args}      builds notebook for rigid bodies
6# RB_Create {args}                      builds rigid body create panel
7# RB_Create_Cart {bodnum location args} creates cartesian coordinate frame in nbt window. (nbt = new body type)
8# RB_Create_save {bodnum args}          builds rigid body from nbt window
9# RB_Delete_Body {bodnum location args} panel queries user confirm rigid body deletion
10# RB_Delete_Body_Confirm {bodnum location args} deletes and unmaps rigid body with UnMapRigidBody and DeleteRigidBody
11# RB_Populate {rb_notebook bodnum args} populates notebook pages with rigid body information
12# RB_Map_New {bodnum args}              adds new map for bodnum
13# RB_VarNums                            determines (add) or removes (sub ##) rigid body variable numbers.
14# RB_View_RMS {address args}            prints RMS data from Fit Rigid Body on mapping panel
15# RB_Choose_Atom {bodnum args}          finds possible first atom for rigid body mapping
16# RB_FitBody2Coords {bodnum menu}          fits rigid body to coordinates.
17# RB_PlotStrBody {bodnum menu}             plots rigid body onto structure
18# RB_Write_Map {args}                   writes mapping information with MapRigidBody
19# RB_Atom_List {phase atomnum address bodnum args} returns a list of atoms in rigid body
20# proc RB_ProcessPhase {bodnum args}    activate / deactivate buttons on rigid body mapping panel
21# RB_Unmap {bodnum args}                writes panel for unmapping rigid body
22# RB_unmap_delete {panel bodnum args}   unmaps rigid body
23# RB_Edit_Matrix {bodnum args}          build edit matrix panel
24# RB_Sort_Inc {bodnum dir args}         sort routine for edit matrix panel (dir = inc or dec)
25# RB_String_Reverse {string args}       reverses the order or elements in a string
26# RB_Matrix_Update {bodnum args}        updates the information in the edit matrix panel
27# proc RB_View_Parameters {phase x y args} not used at this time.
28# proc GetImportFormats {}              locates the file formats for rigid body creation panel not used at this time
29# MakeRBPane {}                         called to initialize pane in notebook
30# NewBodyTypeWindow                      build new rigid body save panel
31# RB_Fixfrag_Load {args}                build panel for generating rigid bodies from exp file
32# RB_FixFragSaveCoord {args}            build rigid body from information on rigid bodies from exp panel
33# RB_FixStartAtom {phase gdisplay gcon2 args}
34# RB_Atom_Fixlist {phase gdisplay}
35# RB_Atom_Origin_Set {args}
36# RB_Geom_Save {args}
37# RB_Refine_Con {args}                  sets matrix to set refinement constrols
38# RB_Variable_Clear {}
39# RB_Con_But_Proc {addresses change args}
40# RB_Con_Button {address args}
41# RB_Var_Gen {varcount args}
42# RB_Var_Assign {args}                   assigns variable numbers to refinement parameters
43# RB_Ref_FlagEnable {phasenum bodnum mapnum var val args}
44# RB_Var_Save {args}
45# RB_TLS_Onoff {phasenum main bodnum mapnum}
46# RB_Load_Vars {phasenum bodnum mapnum args}
47# RB_VarSet {varin mulvarlist args}
48# RB_New_RBnum {args}
49# RB_CartesianTextFile {bodnum args}
50
51
52
53# Important Global variable list:
54#          ::rbtypelist                               variable that contains RB file format types.
55#          ::rb_map(bodnum)                           number of times rigid body is mapped.
56#          ::rb_matrix_num(bodnum)                    number of matrices in rigid body.
57#          ::rb_mult(bodnum,matrixnum)                multiplier for matrix.
58#          ::rb_damp(bodnum,matrixnum)                damping factor for matrix multiplier.
59#          ::rb_var(bodnum,matrixnum)                 variable id for matrix multiplier.
60#          ::rb_coord_num(bodnum,matrixnum)           number of coordinates associated with matrix.
61#          ::rb_coord(bodnum,matrixnum,coord)         coordinate list
62#          ::rb_x(bodnum,matrixnum,coordnum)          x coordinate
63#          ::rb_y(bodnum,matrixnum,coordnum)          y coordinate
64#          ::rb_z(bodnum,matrixnum,coordnum)          z coordinate
65#          ::rb_lbl(bodnum,matrixnum,coordnum)        label for coordinate triplet
66#          ::rb_map_beginning(phase,bodnum,mapnum)    first atom in list
67#          ::rb_map_origin(phase,bodnum,mapnum)       origin of rigid body
68#          ::rb_map_euler(phase,bodnum,mapnum)        euler angles of rigid body
69#          ::rb_map_positions(phase,bodnum,mapnum)    positions
70#          ::rb_map_damping(phase,bodnum,mapnum)      damping
71#          ::rb_map_tls(phase,bodnum,mapnum)          tls
72#          ::rb_map_tls_var(phase,bodnum,mapnum)      tls variable id number
73#          ::rb_map_tls_damp(phase,bodnum,mapnum)     tls damping factor
74#          ::rb_notebook                              contains address of rigid body notebook
75#          ::rb_firstatom                             contains first atom on active rigid body.  Must be gobal for variable has trace.
76#$         ::rb_phase                                 phase for active map
77
78# debug code to load test files when run as an independent script
79if {[array name expgui shell] == ""} {
80    lappend auto_path c:/gsas/expgui
81    package require Tk
82    package require BWidget
83    set expgui(debug) 1
84    #package require La
85    #namespace import La::*
86    source c:/gsas/sandboxexpgui/readexp.tcl
87    source c:/gsas/sandboxexpgui/gsascmds.tcl
88    # test code (package already loaded in expgui)
89    lappend auto_path [file dirname [info script]]
90    source C:/gsas/sandboxexpgui/rb.tcl
91#    puts beforeread
92    expload c:/crystals/expgui/rigid/rb6norb.exp
93    mapexp
94#    puts after
95} else {
96    source [file join $expgui(scriptdir) rb.tcl]
97}
98package require La
99
100# Procedure to determine possible RB file formats available
101
102proc RB_Import_Data_Type {args} {
103    global expgui tcl_platform
104    # only needs to be done once
105    set ::rbtypelist ""
106
107    set files [glob -nocomplain [file join $expgui(scriptdir) rbimport_*.tcl]]
108    foreach filetype $files {
109          set temp [lindex [string map {_ " "} $filetype] 1]
110          lappend ::rbtypelist $temp
111    }
112    if {$::rbtypelist == ""} {lappend ::rbtypelist "no rigid body file types available"}
113    foreach filetype $::rbtypelist {
114            source $::expgui(scriptdir)/rbimport_$filetype
115    }
116    return $::rbtypelist
117}
118
119#global variables generated by RB_Load
120#
121#
122#          ::rb_map(bodnum)                   number of times rigid body is mapped.
123#          ::rb_matrix_num(bodnum)            number of matrices in rigid body.
124#          ::rb_mult(bodnum,matrixnum)        multiplier for matrix.
125#          ::rb_damp(bodnum,matrixnum)        damping factor for matrix.
126#          ::rb_var(bodnum,matrixnum)         variable for matrix.
127#          ::rb_coord_num(bodnum,matrixnum)   number of coordinates associated with matrix.
128#          ::rb_coord(bodnum,matrixnum,coord) coordinates
129#          ::rb_x(bodnum,matrixnum,coordnum)  x coordinate
130#          ::rb_y(bodnum,matrixnum,coordnum)  y coordinate
131#          ::rb_z(bodnum,matrixnum,coordnum   z coordinate
132#          ::rb_lbl(bodnum,matrixnum,coordnum label for coordinate triplet
133
134proc RB_Load_RBdata {args} {
135    catch {unset ::rb}
136    #Loop over the rigid body types in EXP file
137    foreach bodnum [RigidBodyList] {
138             set rb($bodnum) [ReadRigidBody $bodnum]
139             #Set the number of times rigid body is mapped.
140             set ::rb_map($bodnum) [lindex $rb($bodnum) 0]
141             #define the matrices
142             set rb_mat [lindex $rb($bodnum) 1]
143             set ::rb_matrix_num($bodnum) [llength $rb_mat]
144             for {set matrixnum 1} {$matrixnum <= $::rb_matrix_num($bodnum)} {incr matrixnum} {
145                 set temp [lindex $rb_mat [expr $matrixnum - 1]]
146                 set ::rb_mult($bodnum,$matrixnum) [lindex $temp 0]
147                 set ::rb_damp($bodnum,$matrixnum) [lindex $temp 1]
148                 set ::rb_var($bodnum,$matrixnum)  [lindex $temp 2]
149                 if {$::rb_var($bodnum,$matrixnum) == 0} {
150                    set ::rb_varcheck($bodnum,$matrixnum) 0
151                 } else {
152                    set ::rb_varcheck($bodnum,$matrixnum) 1
153                 }
154#                 puts "in RB_Load_RBdata ::rb_damp = $::rb_damp($bodnum,$matrixnum)"
155                 set coords [lindex $temp 3]
156                 set ::rb_coord_num($bodnum,$matrixnum) [llength $coords]
157                 #load all coordniate information for matrix matrixnum
158                 for {set coordnum 0} {$coordnum < $::rb_coord_num($bodnum,$matrixnum)} {incr coordnum} {
159                     set ::rb_coord($bodnum,$matrixnum,$coordnum) [lindex $coords $coordnum]
160                     set ::rb_x($bodnum,$matrixnum,$coordnum) [lindex $::rb_coord($bodnum,$matrixnum,$coordnum) 0]
161                     set ::rb_y($bodnum,$matrixnum,$coordnum) [lindex $::rb_coord($bodnum,$matrixnum,$coordnum) 0]
162                     set ::rb_z($bodnum,$matrixnum,$coordnum) [lindex $::rb_coord($bodnum,$matrixnum,$coordnum) 0]
163                     set ::rb_lbl($bodnum,$matrixnum,$coordnum) [lindex $::rb_coord($bodnum,$matrixnum,$coordnum) 0]
164#                    restore values                     
165                     set ::rb_matrix_num_temp($bodnum) $::rb_matrix_num($bodnum)
166                     set ::rb_coord_num_temp($bodnum,1) $::rb_coord_num($bodnum,1)
167                     set ::rb_coord_temp($bodnum,$matrixnum,$coordnum) $::rb_coord($bodnum,$matrixnum,$coordnum)
168
169                 }
170             }
171     }
172}
173
174############################################
175#           ::rb_map_beginning(phase,bodnum,mapnum)   first atom in list
176#           ::rb_map_origin(phase,bodnum,mapnum)      origin of rigid body
177#           ::rb_map_euler(phase,bodnum,mapnum)       euler angles of rigid body
178#           ::rb_map_positions(phase,bodnum,mapnum)   positions
179#           ::rb_map_damping(phase,bodnum,mapnum)     damping
180#           ::rb_map_tls(phase,bodnum,mapnum)         tls
181#           ::rb_map_tls_var(phase,bodnum,mapnum)
182#           ::rb_map_tls_damp(phase,bodnum,mapnum)
183proc RB_Load_Mapdata {phase bodnum mapnum} {
184     set rb_map [ReadRigidBodyMapping $phase $bodnum $mapnum]
185     set ::rb_map_beginning($phase,$bodnum,$mapnum) [lindex $rb_map 0]
186     set ::rb_map_origin($phase,$bodnum,$mapnum) [lindex $rb_map 1]
187     set ::rb_map_euler($phase,$bodnum,$mapnum) [lindex $rb_map 2]
188     set ::rb_map_positionvars($phase,$bodnum,$mapnum) [lindex $rb_map 3]
189     set ::rb_map_damping($phase,$bodnum,$mapnum) [lindex $rb_map 4]
190     set ::rb_map_tls($phase,$bodnum,$mapnum) [lindex $rb_map 5]
191     set ::rb_map_tls_var($phase,$bodnum,$mapnum) [lindex $rb_map 6]
192     set ::rb_map_tls_damp($phase,$bodnum,$mapnum) [lindex $rb_map 7]
193}
194
195#############################################
196#   rcb     .a               initial rigid body control panel.
197#   panelnum                 the notebook panel to be accessed.
198#::rb_notebook              the notebook containing all rigid body panels.
199
200proc RB_Control_Panel {panelnum args} {
201     #set rcb .a
202     #destroy $rcb
203     #catch {toplevel $rcb} err
204     set rcb $::expgui(rbFrame)
205     eval destroy [winfo children $rcb]
206     #wm title $rcb "Rigid Body Control Panel"
207     #wm geometry $rcb 700x600+10+10
208     set rb_nb $rcb.nb
209
210     # Enable NoteBook from BWidget package
211
212     set ::rb_notebook [NoteBook $rb_nb -side bottom]
213     # loop over rigid body types, create notebook pages
214     set pagelist {}
215
216     # add create rigid body page and populate page
217     $::rb_notebook insert 0 rb_body0 -text "Create Rigid Body" \
218     -raisecmd "RB_Create"
219     lappend pagelist rb_body0
220
221
222     foreach bodnum [RigidBodyList] {
223         $::rb_notebook insert $bodnum rb_body$bodnum -text "Rigid Body Type $bodnum"  \
224         -raisecmd "RB_Populate $::rb_notebook $bodnum"
225        lappend pagelist rb_body$bodnum
226     }
227
228    # grid notebook
229    grid $::rb_notebook -sticky news -column 0 -row 1 -columnspan 2
230    grid columnconfig $rcb 1 -weight 1
231    grid rowconfig    $rcb 1 -weight 1
232    $::rb_notebook raise [lindex $pagelist $panelnum]
233}
234
235############################################
236# Procedure to create new rigid body
237
238proc RB_Create {args} {
239     RB_Import_Data_Type
240     $::rb_notebook raise [$::rb_notebook page 0]
241     #sets the new rigidbody number
242     set bodnum [expr [llength [RigidBodyList]] + 1]
243     #sets the phase list
244     set phase $::expmap(phaselist)
245     set pane [$::rb_notebook getframe rb_body0]
246     eval destroy [winfo children $pane]
247     set con0 $pane.con0
248     #set con1 $pane.con1
249     #set con2 $pane.con2
250     #set con3 $pane.con3
251
252     #initialize matrix number, multiplier and number of coordinates
253     set ::rb_matrix_num($bodnum) 1
254     set ::rb_mult($bodnum,1) 1.000
255
256     if {[info vars ::rb_coord_num($bodnum,1)] == ""} {set ::rb_coord_num($bodnum,1) 1}
257
258     #set check variables to see if number of matricies or coordinates incremented.
259     set ::rb_mat_num_check 0
260     set ::rb_atom_num_check 0
261
262     #building rigid body creation frames
263     pack [frame $con0 -bd 2 -relief groove] -side top -pady 10
264
265     set ::rb_loader(manual) NewBodyTypeWindow
266     set ::rb_descriptor(manual) "Manual Input"
267
268
269     set filedescriptors ""
270     set filearray [array names ::rb_descriptor]
271     foreach file $filearray {
272             lappend filedescriptors $::rb_descriptor($file)
273     }
274
275     set filecount 0
276     set ::rb_file_loader "Choose Method"
277     grid [label $con0.lbl -text "How are rigid body coordinates \n to be entered?"] -row 0 -column 0 -sticky ns
278     set menu [eval tk_optionMenu $con0.filematrix ::rb_file_loader $filedescriptors]
279         foreach file $filearray {
280                 $menu entryconfig $filecount -command "eval $::rb_loader($file)"
281                 incr filecount
282         }
283     $con0.filematrix configure -width 50
284     grid $con0.filematrix -row 0 -column 1
285
286}
287
288############################################################
289#procedure to create tables of cartesian coordinates
290
291proc RB_Create_Cart {bodnum location args} {
292     if {$::rb_matrix_num($bodnum) == $::rb_mat_num_check && $::rb_coord_num($bodnum,1) == $::rb_atom_num_check} {return}
293     if {[catch {expr $::rb_matrix_num($bodnum)}] == 1 || [catch {expr $::rb_coord_num($bodnum,1)}] == 1} {return}
294     if {$::rb_matrix_num($bodnum) != int($::rb_matrix_num($bodnum)) || $::rb_coord_num($bodnum,1) != int($::rb_coord_num($bodnum,1)) } {return}
295     eval destroy [winfo children $location]
296     foreach {top main side lbl} [MakeScrollTable $location] {}
297     set ::rb_atom_num_check $::rb_coord_num($bodnum,1)
298     set ::rb_mat_num_check $::rb_matrix_num($bodnum)
299     set col 0
300     grid [label $top.multilbl -text "Matrix Multiplier"] -row 1 -column 0
301#     grid [label $top.damplbl -text "Damping Factor"] -row 2 -column 0
302     for {set matrixnum 1} {$matrixnum <= $::rb_matrix_num($bodnum)} {incr matrixnum} {
303          grid [label $top.matlbl$matrixnum -text "Matrix $matrixnum"] -row 0 -column [expr $col + 2]
304          grid [entry $top.multi$matrixnum -textvariable ::rb_mult($bodnum,$matrixnum) -width 7 -takefocus 1] -row 1 -column [expr $col +2]
305#          puts "in RB_Create_Cart damp = $::rb_damp($bodnum,$matrixnum)"
306
307#          set dampfactors "0 1 2 3 4 5 6 7 8 9"
308#          eval tk_optionMenu $top.damp$matrixnum ::rb_damp($bodnum,$matrixnum) $dampfactors
309#          grid $top.damp$matrixnum -row 2 -column [expr $col +2]
310#          $top.damp$matrixnum config -width 4
311
312
313#          grid [entry $top.damp$matrixnum -textvariable ::rb_damp($bodnum,$matrixnum) -width 7 -takefocus 1] -row 2 -column  [expr $col +2]
314
315
316          if {$::rb_mult($bodnum,$matrixnum) == ""} {set ::rb_mult($bodnum,$matrixnum) 1.000}
317#          if {$::rb_damp($bodnum,$matrixnum) == ""} {set ::rb_damp($bodnum,$matrixnum) 0}
318
319          grid [label $main.x$matrixnum -text "X"] -row 0 -column [expr $col + 1]
320          grid [label $main.y$matrixnum -text "Y"] -row 0 -column [expr $col + 2]
321          grid [label $main.z$matrixnum -text "Z"] -row 0 -column [expr $col + 3]
322          grid [label $main.b$matrixnum -text "    "] -row 0 -column [expr $col +4]
323          incr col 4
324     }
325
326     for {set coordnum 0} {$coordnum <= [expr $::rb_coord_num($bodnum,1) - 1]} {incr coordnum} {
327          grid [label $main.lbl$coordnum -text "Site [expr $coordnum + 1]"] -row [expr $coordnum+10] -column 0
328          set col 0
329          for {set matrixnum 1} {$matrixnum <= $::rb_matrix_num($bodnum)} {incr matrixnum} {
330              grid [entry $main.x($matrixnum,$coordnum) -textvariable ::rb_x($bodnum,$matrixnum,$coordnum) -width 8 -takefocus 1] -row [expr $coordnum+10] -column [expr $col + 1]
331              if {$::rb_x($bodnum,$matrixnum,$coordnum) == ""} {set ::rb_x($bodnum,$matrixnum,$coordnum) 0}
332              grid [entry $main.y($matrixnum,$coordnum) -textvariable ::rb_y($bodnum,$matrixnum,$coordnum) -width 8 -takefocus 1] -row [expr $coordnum+10] -column [expr $col + 2]
333              if {$::rb_y($bodnum,$matrixnum,$coordnum) == ""} {set ::rb_y($bodnum,$matrixnum,$coordnum) 0}
334              grid [entry $main.z($matrixnum,$coordnum) -textvariable ::rb_z($bodnum,$matrixnum,$coordnum) -width 8 -takefocus 1] -row [expr $coordnum+10] -column [expr $col + 3]
335              if {$::rb_z($bodnum,$matrixnum,$coordnum) == ""} {set ::rb_z($bodnum,$matrixnum,$coordnum) 0}
336              grid [label $main.b($matrixnum,$coordnum) -text "    "] -row [expr $coordnum+10]  -column [expr $col +4]
337              incr col 4
338          }
339          ResizeScrollTable $location
340     }
341}
342########################################################
343# Procedure to save new rigid body to EXP file.
344
345proc RB_Create_Save {bodnum args} {
346     set temp_mat ""
347     set temp_car ""
348     set temp_mat_group ""
349     set temp_car_group ""
350     set total ""
351#     puts $::::rb_coord_num($bodnum,1)
352     for {set matrixnum 1} {$matrixnum <= $::rb_matrix_num($bodnum)} {incr matrixnum} {
353         lappend temp_mat $::rb_mult($bodnum,$matrixnum)
354     }
355
356     for {set matrixnum 1} {$matrixnum <= $::rb_matrix_num($bodnum)} {incr matrixnum} {
357         for {set coordnum 0} {$coordnum < $::rb_coord_num($bodnum,1)} {incr coordnum} {
358                  set temp_cart_triplet "$::rb_x($bodnum,$matrixnum,$coordnum) $::rb_y($bodnum,$matrixnum,$coordnum) $::rb_z($bodnum,$matrixnum,$coordnum)"
359                  lappend temp $temp_cart_triplet
360         }
361         lappend temp_car $temp
362     }
363#     puts "sites: $::rb_coord_num($bodnum,1)"
364#     puts "matrix multiplier:  $temp_mat"
365#     puts "cartesian coords:   $temp_car"
366     AddRigidBody $temp_mat $temp_car
367     RecordMacroEntry "AddRigidBody $temp_mat $temp_car" 0
368    RecordMacroEntry "incr expgui(changed)" 0
369     incr ::expgui(changed)
370     destroy .nbt
371     RB_Load_RBdata
372     RB_Control_Panel $bodnum
373}
374
375###################################################
376# Procedures to delete rigid bodies
377
378proc RB_Delete_Body {bodnum location args} {
379     destroy $location.delete
380     set really $location.delete
381     toplevel $really
382     putontop $really
383     wm title $really "Delete Rigid Body"
384     grid [label $really.lbl -text "Confirm \n Is rigid body $bodnum to be deleted?"] -row 0 -column 0 -columnspan 2 -pady 15
385     grid [button $really.save -text "Delete" -bg red -command "RB_Delete_Body_Confirm $bodnum $location.delete"] \
386          -row 1 -column 0 -padx 5 -pady 5
387     grid [button $really.abort -text "Abort" -bg green -command "RB_Populate $::rb_notebook $bodnum; \
388     $::rb_notebook raise rb_body$bodnum"] -row 1 -column 1 \
389          -padx 5 -pady 5
390}
391
392proc RB_Delete_Body_Confirm {bodnum location args} {
393
394 #   unmap all instances of the rigid body
395     foreach phase $::expmap(phaselist) {
396             foreach mapnum [RigidBodyMappingList $phase $bodnum] {
397                     UnMapRigidBody $phase $bodnum $mapnum
398                     RecordMacroEntry "UnMapRigidBody $phase $bodnum $mapnum" 0
399             }
400     }
401#    puts "delete rigid body number $bodnum"
402     DeleteRigidBody $bodnum
403     RecordMacroEntry "DeleteRigidBody $bodnum" 0
404#    puts "destroy location $location"
405     destroy $location
406#    increment expgui
407     incr ::expgui(changed)
408    RecordMacroEntry "incr expgui(changed)" 0
409     RB_Load_RBdata
410     RB_Control_Panel 0
411}
412
413############################################################
414# Procedure to populate notebook pages
415
416proc RB_Populate {rb_notebook bodnum args} {
417     RB_Load_RBdata
418     set ::rb_panel $bodnum
419     set phaselist $::expmap(phaselist)
420     # set notebook frame
421     set pane [$rb_notebook getframe rb_body$bodnum]
422     eval destroy [winfo children $pane]
423     set con $pane.con
424     grid [frame $con -bd 2 -relief groove] -row 0 -column 1 -pady 10
425
426     #Rigid body mapping control panel along with matrix multipliers and damping factor labels
427    set n [lindex [ReadRigidBody $bodnum] 0]
428    if {$n == 0} {
429        set str "(not mapped)"
430    } elseif {$n == 1} {
431        set str "(mapped 1 time)"
432    } else {
433        set str "(mapped $n times)"
434    }
435     grid [label  $con.rb_num -text "Rigid Body Type $bodnum\n$str"] -row 0 -column 0 -padx 5 -pady 5
436     grid [button $con.rb_newmap -text "Map Body $bodnum" -command "RB_Map_New $bodnum" -width 18] -row 0 -column 1 -padx 5 -pady 5
437     grid [button $con.rb_unmap -text "Unmap Body $bodnum" -command "RB_Unmap $bodnum" -width 18] -row 0 -column 2 -padx 5 -pady 5
438     button $con.rb_delete -text "Delete Body $bodnum" -command "RB_Delete_Body $bodnum $con.rb_delete" -width 18
439     grid   $con.rb_delete -row 4 -column 2 -padx 5 -pady 5
440
441     grid [label $con.rb_mlbl1 -text "Matrix"] -row 1 -column 0
442     grid [label $con.rb_mlbl2 -text "Multiplier"] -row 2 -column 0
443     grid [label $con.rb_mlbl3 -text "Damping Factor"] -row 3 -column 0
444     grid [button $con.plot -text "Plot Rigid Body" -command "PlotRBtype $bodnum" -width 18] -row 4 -column 0
445
446     set matrixnum 0
447     for {set mnum 1} {$mnum <= $::rb_matrix_num($bodnum)} {incr mnum} {
448        incr matrixnum
449        grid [label $con.rb_mm$mnum   -text "$mnum"]                -row 1 -column $matrixnum
450        grid [label $con.rb_mult$mnum -text "$::rb_mult($bodnum,$mnum)"] -row 2 -column $matrixnum
451        grid [label $con.rb_damp$mnum -text "$::rb_damp($bodnum,$mnum)"] -row 3 -column $matrixnum
452     }
453
454     button $con.rb_vmatrix -text "Edit Matrix" -command "RB_Edit_Matrix $bodnum" -width 18
455     grid   $con.rb_vmatrix -row 4 -column 1 -padx 5 -pady 5
456     grid [button $con.refine -text "Refinement \n Flags" -command "RB_Refine_Con" -width 18 ] -row 5 -column 1
457
458     # create header for mapping data
459     foreach {top main side lbl} [MakeScrollTable $pane] {}
460     grid [label $main.rb_origin -text "Origin"] -row 0 -column 3 -columnspan 3
461     grid [label $main.rb_euler -text "Euler Angles"] -row 0 -column 6 -columnspan 3
462     grid [label $main.rb_site -text "Sites"] -row 0 -column 10 -columnspan 3
463     grid [label $main.rb_ref -text "Phase"] -row 1 -column 2
464     grid [label $main.rb_map -text "Map"] -row 1 -column 1
465     grid [label $main.rb_x   -text "x"] -row 1 -column 3
466     grid [label $main.rb_y   -text "y"] -row 1 -column 4
467     grid [label $main.rb_z   -text "z"] -row 1 -column 5
468     grid [label $main.rb_euler_x -text "x"] -row 1 -column 6
469     grid [label $main.rb_euler_y -text "y"] -row 1 -column 7
470     grid [label $main.rb_euler_z -text "z"] -row 1 -column 8
471     set col 11
472     for {set coordnum 1} {$coordnum <= $::rb_coord_num($bodnum,1)} {incr coordnum} {
473        label $main.rb_site$coordnum -text "$coordnum"
474        grid $main.rb_site$coordnum -row 1 -column $col -padx 5
475        incr col
476     }
477
478     # populate mapping data table
479     set row 2
480     foreach phase $phaselist {
481             incr row
482             foreach mapnum [RigidBodyMappingList $phase $bodnum] {
483                      set row [expr $row + $mapnum]
484                      RB_Load_Mapdata $phase $bodnum $mapnum
485                      grid [label $main.rb_map$phase$mapnum -text "$mapnum"] -row $row -column 1
486                      grid [label $main.rb_cb$phase$mapnum -text $phase] -row $row -column 2
487                      set origin $::rb_map_origin($phase,$bodnum,$mapnum)
488
489                      grid [label $main.rb_x$phase$mapnum   -text "[format %1.3f [lindex $origin 0]]"] -row $row -column 3 -padx 5
490                      grid [label $main.rb_y$phase$mapnum   -text "[format %1.3f [lindex $origin 1]]"] -row $row -column 4 -padx 5
491                      grid [label $main.rb_z$phase$mapnum   -text "[format %1.3f [lindex $origin 2]]"] -row $row -column 5 -padx 5
492                      set euler $::rb_map_euler($phase,$bodnum,$mapnum)
493                      for {set j 0} {$j < 3} {incr j} {
494                                  set euler1 [lindex $euler $j]
495                                  set angle  [lindex $euler1 0]
496                                  set axis   [lindex $euler1 1]
497                                  label $main.rb_euler_$phase$mapnum$axis -text "[format %1.2f $angle]"
498                      }
499
500                      grid [label $main.rb_tls$phase$mapnum -text "     "] -row $row -column 9
501                      set q 1
502                      grid $main.rb_euler_$phase$mapnum$q -row $row -column 6  -padx 5
503                      set q 2
504                      grid $main.rb_euler_$phase$mapnum$q -row $row -column 7 -padx 5
505                      set q 3
506                      grid $main.rb_euler_$phase$mapnum$q -row $row -column 8 -padx 5
507                      set col 11
508                      set atomnum $::rb_map_beginning($phase,$bodnum,$mapnum)
509                      for {set coordnum 1} {$coordnum <=$::rb_coord_num($bodnum,1)} {incr coordnum} {
510                          set atom [atominfo $phase $atomnum label]
511                          grid [label $main.rb_site$phase$mapnum$coordnum -text "$atom"] -row $row -column $col -padx 5
512                          incr atomnum
513                          incr col
514                      }
515             }
516     incr row
517     }
518     ResizeScrollTable $pane
519}
520
521proc DisplayRB {} {     ;# called each time the panel is raised
522    eval destroy [winfo children $::expgui(rbFrame)]
523     RB_Load_RBdata
524     RB_Control_Panel 0
525    #label $::expgui(rbFrame).l -text "RB Parameters"
526    #grid $::expgui(rbFrame).l -column 1 -row 1
527    ResizeNotebook
528}
529
530proc MakeRBPane {} {     ;# called to create the panel intially
531#    label $::expgui(rbFrame).l -text "RB Parameters"
532#    grid $::expgui(rbFrame).l -column 1 -row 1
533#    ResizeNotebook
534}
535
536#######################################################################
537# New Mapping Event
538# not updated
539
540proc RB_Map_New {bodnum args} {
541    catch {unset ::rb_firstatom}
542    set ::rb_firstatom ""
543    set ::body_type $bodnum
544    catch {destroy .newmap}
545    set nm .newmap
546    toplevel $nm
547    putontop $nm
548    wm title $nm "Map Rigid Body #$bodnum"
549
550    foreach item [trace vinfo ::rb_phase] {
551            eval trace vdelete ::rb_phase $item
552    }
553
554    set ::rb_phase [lindex $::expmap(phaselist) 0]
555    set nmap [expr $::rb_map($bodnum) + 1]
556    eval tk_optionMenu $nm.pinput ::rb_phase $::expmap(phaselist)
557    grid [label $nm.phase -text "Phase: "] -row 3 -column 1
558    grid [label $nm.f_atom -text "Choose first atom Number"] -row 4 -column 1
559    grid [label $nm.origin -text "input origin in fractional coordinates: "] -row 6 -column 1
560    grid [label $nm.euler -text "input Euler angles: "] -row 7 -column 1
561    grid [entry $nm.finputm -textvariable ::rb_firstatom -width 8 -takefocus 1] -row 4 -column 2
562
563    foreach item [trace vinfo ::rb_firstatom] {
564            eval trace vdelete ::rb_firstatom $item
565    }
566    trace variable ::rb_firstatom w "RB_Atom_List \$::rb_phase \$::rb_firstatom $nm $bodnum"
567
568    grid [button $nm.finput -text "list allowed" -command "RB_Choose_Atom $bodnum"] -row 4 -column 3
569    grid [label $nm.o1l -text "x"] -row 5 -column 2
570    grid [label $nm.o2l -text "y"] -row 5 -column 3
571    grid [label $nm.o3l -text "z"] -row 5 -column 4
572
573    set ::origin1 0
574    set ::origin2 0
575    set ::origin3 0
576    set ::euler1 0
577    set ::euler2 0
578    set ::euler3 0
579
580    grid [entry $nm.o1 -width 8 -textvariable ::origin1 -takefocus 1] -row 6 -column 2
581    grid [entry $nm.o2 -width 8 -textvariable ::origin2 -takefocus 1] -row 6 -column 3
582    grid [entry $nm.o3 -width 8 -textvariable ::origin3 -takefocus 1] -row 6 -column 4
583    grid [entry $nm.e1 -width 8 -textvariable ::euler1 -takefocus 1] -row 7 -column 2
584    grid [entry $nm.e2 -width 8 -textvariable ::euler2 -takefocus 1] -row 7 -column 3
585    grid [entry $nm.e3 -width 8 -textvariable ::euler3 -takefocus 1] -row 7 -column 4
586
587    grid $nm.pinput -row 3 -column 3
588
589    grid [frame $nm.p] -row 8 -column 1 -columnspan 4 -sticky e
590    grid [button $nm.p.fit -text "Fit rigid body to phase" -command "RB_FitBody2Coords $bodnum $nm; RB_View_RMS $nm"] -row 0 -column 1
591    grid [button $nm.p.plot -text "Plot rigid body & phase" -command "RB_PlotStrBody $bodnum $nm"] -row 1 -column 1
592    grid [label $nm.p.l -text "Bonds: "] -row 1 -column 2
593    grid [entry $nm.p.e] -row 1 -column 3
594    $nm.p.e delete 0 end
595    $nm.p.e insert 0 "0.9-1.1, 1.3-1.6"
596
597    grid [frame $nm.l] -row 9 -column 2 -columnspan 3
598    grid [button $nm.l.s -text "map update" -width 12 -command {RB_Write_Map}] -column 1 -row 1
599    grid [button $nm.l.q -text "Abort" -width 6 -command "destroy $nm"] -column 2  -row 1
600
601    foreach item [trace vinfo ::rb_phase] {
602            eval trace vdelete ::rb_phase $item
603    }
604    trace variable ::rb_phase w "RB_ProcessPhase $bodnum"
605}
606
607proc RB_View_RMS {address args} {
608     set addrms $address.rms
609     catch {destroy $addrms}
610     grid [frame $addrms -bd 2] -row 5 -column 8 -columnspan 99 -rowspan 99
611     set row 1
612
613     grid [label $addrms.atomlbl -text "   atom"] -row 0 -column 0
614     grid [label $addrms.rmslbl -text "\t rms"] -row 0 -column 1
615     foreach i $::rb_atom_rms {
616             set atom [lindex $i 0]
617             set temp [lindex $i 1]
618             set rms [format %.3f $temp]
619             set id [string tolower $atom]
620             grid [label $addrms.$id$row -text "   $atom"] -row $row -column 0
621             grid [label $addrms.rms$id$row -text "\t $rms"] -row $row -column 1
622             incr row
623     }
624}
625
626###########################################################
627# Procedure for choosing first atom during mapping event.
628# not updated
629
630proc RB_Choose_Atom {bodnum args} {
631    set phase $::rb_phase
632    # get the number of atoms in this type of body
633    set natoms [llength [lindex [lindex [lindex [ReadRigidBody $bodnum] 1] 0] 3]]
634    set atomlist [RigidStartAtoms $::rb_phase $natoms]
635    if {[llength $atomlist] == 0} {
636        RB_ProcessPhase $bodnum
637        return
638    }
639     catch {destroy .chooseatom}
640     set ca .chooseatom
641     toplevel $ca
642     wm title $ca "Choose Atom"
643#     puts $atomlist
644     foreach {top main side lbl} [MakeScrollTable $ca] {}
645     set row 0
646     set column 0
647     foreach atom $atomlist {
648        set label "[atominfo $phase $atom label] \($atom\)"
649        button $main.$atom -text $label -command "set ::rb_firstatom $atom; destroy $ca"
650        incr row
651        if {$row > 5} {
652           set row 1
653           incr column
654        }
655      grid $main.$atom -row $row -column $column -padx 5 -pady 5
656      }
657      ResizeScrollTable $ca
658      putontop $ca
659      tkwait window $ca
660      afterputontop
661      raise .newmap
662}
663
664##########################################################
665##########################################################
666
667proc RB_FitBody2Coords {bodnum menu} {
668    set warn ""
669    foreach i {1 2 3} lbl {x y z} {
670        if {[string trim [set ::euler$i]] == ""} {
671            set ::euler$i 0.0
672        }
673        if {[string trim [set ::origin$i]] == ""} {
674            set ::origin$i .0
675        }
676        if {[catch {expr [set ::euler$i]}]} {
677            append warn "\tError in Euler angle around $lbl\n"
678        }
679        if {[catch {expr [set ::origin$i]}]} {
680            append warn "\tError in origin $lbl\n"
681        }
682    }
683    if {[catch {expr $::rb_firstatom}]} {
684        append warn "\tError in 1st atom number\n"
685    }
686    if {$warn != ""} {
687        MyMessageBox -parent $menu -title "Input error" \
688                -message "Invalid input:\n$warn" -icon warning
689        return
690    }
691    set Euler [list "1 $::euler1" "2 $::euler2" "3 $::euler3"]
692    set origin "$::origin1 $::origin2 $::origin3"
693    set phase $::rb_phase
694    set cell {}
695    foreach p {a b c alpha beta gamma} {
696        lappend cell [phaseinfo $phase $p]
697    }
698    set coords [RB2cart [lindex [ReadRigidBody $bodnum] 1]]
699    set natom [llength $coords]
700    set firstind [lsearch $::expmap(atomlist_$phase) $::rb_firstatom]
701    set atoms [lrange \
702                   [lrange $::expmap(atomlist_$phase) $firstind end] \
703                   0 [expr {$natom-1}]]
704    # now loop over atoms
705    set frcoords {}
706    foreach atom $atoms {
707        set xyz {}
708        foreach v {x y z} {
709            lappend xyz [atominfo $phase $atom $v]
710        }
711        lappend frcoords $xyz
712    }
713    # it would be nice to have checkboxes for each atom, but for now use em all
714    set useflags {}
715    foreach i $coords {lappend useflags 1}
716#    puts "frcoords $frcoords"
717#    puts "coords $coords"
718    # do the fit
719    foreach {neworigin newEuler rmsdev newfrac rmsbyatom} \
720        [FitBody $Euler $cell $coords $useflags $frcoords $origin] {}
721    foreach i {1 2 3} val $neworigin pair $newEuler {
722        set ::origin$i $val
723        set ::euler$i [lindex $pair 1]
724    }
725    # show deviations
726
727    set ::rb_atom_rms ""
728    foreach atom $atoms rms $rmsbyatom {
729#       puts "[atominfo $phase $atom label]\t$rms"
730        lappend ::rb_atom_rms "[atominfo $phase $atom label] $rms"
731    }
732    #puts "CalcBody $Euler $cell $coords $origin"
733    #puts $coords
734    #puts $frcoords
735    #DRAWxtlPlotRBFit $frcoords $phase $::rb_firstatom 0 $bondlist $bondlist
736 }
737
738proc RB_PlotStrBody {bodnum menu} {
739    set warn ""
740    foreach i {1 2 3} lbl {x y z} {
741        if {[catch {expr [set ::euler$i]}]} {
742            append warn "\tError in Euler angle around $lbl\n"
743        }
744        if {[catch {expr [set ::origin$i]}]} {
745            append warn "\tError in origin $lbl\n"
746        }
747    }
748    if {[catch {expr $::rb_firstatom}]} {
749        append warn "\tError in 1st atom number\n"
750    }
751    if {$warn != ""} {
752        MyMessageBox -parent $menu -title "Input error" \
753                -message "Invalid input:\n$warn" -icon warning
754        return
755    }
756    # translate bond list
757    set bl [$menu.p.e get]
758    regsub -all "," $bl " " bl
759    set bondlist {}
760    set warn ""
761    foreach b $bl {
762        if {[llength [split $b "-"]] == 2} {
763            lappend bondlist [split $b "-"]
764        } else {
765            set warn "error parsing bond list"
766        }
767    }
768    if {$warn != ""} {
769        MyMessageBox -parent . -title "Input warning" \
770                -message "Invalid bond input" -icon warning
771    }
772     set Euler [list "1 $::euler1" "2 $::euler2" "3 $::euler3"]
773     set origin "$::origin1 $::origin2 $::origin3"
774     set phase $::rb_phase
775     set cell {}
776     foreach p {a b c alpha beta gamma} {
777        lappend cell [phaseinfo $phase $p]
778    }
779    set coords [RB2cart [lindex [ReadRigidBody $bodnum] 1]]
780    set frcoords [CalcBody $Euler $cell $coords $origin]
781    #puts "CalcBody $Euler $cell $coords $origin"
782    #puts $coords
783    #puts $frcoords
784    DRAWxtlPlotRBFit $frcoords $phase $::rb_firstatom 0 $bondlist $bondlist
785 }
786#
787
788proc RB_Write_Map {args} {
789   if {$::rb_firstatom == ""} {
790      MyMessageBox -title "warning" -message "The first atom for the rigid body must be choosen to update mapping"
791      return
792   }
793   set origin "$::origin1 $::origin2 $::origin3"
794   set euler "$::euler1 $::euler2 $::euler3"
795#   puts "phase = $::rb_phase"
796#   puts "bodnum = $::body_type"
797#   puts "firstatom = $::rb_firstatom"
798#   puts "position = $origin"
799#   puts "Euler = $euler"
800   MapRigidBody $::rb_phase $::body_type $::rb_firstatom $origin $euler
801   RecordMacroEntry "MapRigidBody $::rb_phase $::body_type $::rb_firstatom $origin $euler" 0
802   incr ::rb_map($::body_type)
803   incr ::expgui(changed)
804   set curpage [$::rb_notebook raise]
805   $::rb_notebook raise [$::rb_notebook page end]
806   $::rb_notebook raise $curpage
807   destroy .newmap
808   RunRecalcRBCoords
809   incr ::expgui(changed)
810   RecordMacroEntry "incr expgui(changed)" 0
811   RB_Populate $::rb_notebook $::body_type
812   $::rb_notebook raise rb_body$::body_type
813}
814
815proc RB_Atom_List {phase atomnum address bodnum args} {
816     foreach w [winfo children $address] {
817             if {[string first ".atom" $w] != -1} {destroy $w}
818     }
819     set col 8
820    if {$atomnum == ""} return
821    grid [label $address.atomlbl -text "Atoms Mapped to Rigid Body"] -row 3 -column 8 -columnspan 99
822    # get the number of atoms in this type of body
823    set natoms [llength [lindex [lindex [lindex [ReadRigidBody $bodnum] 1] 0] 3]]
824    set atoms [RigidStartAtoms $phase $natoms]
825    if {[lsearch $atoms $atomnum] == -1} {
826         grid [label $address.atomerr -text "(invalid 1st atom)"] -row 4 -column $col
827        return
828    }
829    set atoms [lrange $::expmap(atomlist_$phase) \
830                   [lsearch $::expmap(atomlist_$phase) $atomnum] end]
831    foreach j [lrange $atoms 0 [expr {$natoms - 1}]] {
832        set atom [atominfo $phase $j label]
833        grid [label $address.atom$phase$bodnum$j -text $atom] -row 4 -column $col
834        incr col
835     }
836}
837
838proc RB_ProcessPhase {bodnum args} {
839    if {$::rb_phase == ""} {
840        set atoms {}
841    } else {
842        # get the number of atoms in this type of body
843        set natoms [llength [lindex [lindex [lindex [ReadRigidBody $bodnum] 1] 0] 3]]
844
845        set atoms [RigidStartAtoms $::rb_phase $natoms]
846    }
847    set nm .newmap
848    if {[llength $atoms] == 0} {
849        foreach w "$nm.finputm $nm.p.plot $nm.p.fit $nm.p.e $nm.l.s" {
850            $w config -state disabled
851        }
852        $nm.finput config -text "None allowed" -state disabled
853    } else {
854        foreach w "$nm.finputm $nm.p.plot $nm.p.fit $nm.p.e $nm.l.s" {
855            $w config -state normal
856        }
857        $nm.finput config -text "Show allowed" -state normal
858    }
859}
860
861proc RB_Unmap {bodnum args} {
862    catch {unset ::rb_firstatom}
863    set ::rb_firstatom ""
864    set ::body_type $bodnum
865    catch {destroy .unmap}
866    set um .unmap
867    toplevel $um
868    putontop $um
869    wm title $um "Map Rigid Body #$bodnum"
870    set ::phase 1
871    set umap $::rb_map($bodnum)
872#    eval tk_optionMenu $um.pinput ::rb_phase $::expmap(phaselist)
873#    grid [label $um.phase -text "Phase: "] -row 3 -column 1
874#    grid $um.pinput -row 3 -column 2
875
876    set mapnumber $::rb_map($bodnum)
877    set unpane $um.pane
878    foreach {top main side lbl} [MakeScrollTable $um] {}
879    grid [label $main.cb -text "unmap"] -row 1 -column 0 -padx 5
880    grid [label $main.map -text "map"] -row 1 -column 1 -padx 5
881    grid [label $main.ph -text "Phase"] -row 1 -column 2 -padx 5
882    set matrixnum $::rb_matrix_num($bodnum)
883    for {set coordnum 1} {$coordnum <= $::rb_coord_num($bodnum,$matrixnum)} {incr coordnum} {
884        label $main.rb_site$coordnum -text "Site $coordnum"
885        grid $main.rb_site$coordnum -row 1 -column [expr 2 + $coordnum]
886    }
887    set row 2
888    foreach phase $::expmap(phaselist) {
889        incr row
890        foreach coordnum [RigidBodyMappingList $phase $bodnum] {
891                set row [expr $row + $coordnum]
892                RB_Load_Mapdata $phase $bodnum $coordnum
893                checkbutton $main.unmap$phase$coordnum -variable ::rb_unmap($phase,$bodnum,$coordnum)
894                grid $main.unmap$phase$coordnum -row $row -column 0
895                grid [label $main.rb_map$phase$coordnum -text "$coordnum"] -row $row -column 1
896                grid [label $main.rb_cb$phase$coordnum -text $phase] -row $row -column 2
897                      set atomnum $::rb_map_beginning($phase,$bodnum,$coordnum)
898                      set col 3
899                      for {set j 1} {$j <=$::rb_coord_num($bodnum,$matrixnum)} {incr j} {
900                          set atom [atominfo $phase $atomnum label]
901                          grid [label $main.rb_site$phase$coordnum$j -text "$atom"] -row $row -column $col
902                          incr atomnum
903                          incr col
904                      }
905             }
906     incr row
907     }
908     ResizeScrollTable $um
909
910     grid [frame $um.update -bd 2 -relief groove] -row 0 -column 1 -pady 10
911     button $um.update.con -text "Update Rigid Body Mapping" -command "RB_unmap_delete $um $bodnum"
912     button $um.update.abort -text "Abort" -command "destroy $um"
913     grid $um.update.con -row 0 -column 0 -padx 5 -pady 5
914     grid $um.update.abort -row 0 -column 1
915     incr ::expgui(changed)
916
917}
918
919proc RB_unmap_delete {panel bodnum args} {
920#     puts $panel
921     foreach phase $::expmap(phaselist) {
922        foreach mapnum [RigidBodyMappingList $phase $bodnum] {
923                if {$::rb_unmap($phase,$bodnum,$mapnum) == 1} {
924                   RecordMacroEntry "UnMapRigidBody $phase $bodnum $mapnum" 0
925                   UnMapRigidBody $phase $bodnum $mapnum
926                }
927        }
928        incr ::expgui(changed)
929         RecordMacroEntry "incr expgui(changed)" 0
930        destroy $panel
931        set curpage [$::rb_notebook raise]
932        RB_Populate $::rb_notebook $bodnum
933        $::rb_notebook raise rb_body$bodnum
934     }
935}
936
937proc RB_Create_from_Edit {args} {
938     set bodnum [RB_New_RBnum]
939     RB_Create_Save $bodnum
940}
941
942
943
944proc RB_Edit_Matrix {bodnum args} {
945#     puts "Bodnum = $bodnum"
946     catch {destroy .viewmatrix}
947     set em .viewmatrix
948     toplevel $em
949     putontop $em
950     wm title $em "Edit Matrices for Rigid Body $bodnum"
951
952     set vm $em.entry
953     set um $em.update
954     set sm $em.sort
955     grid [frame $vm -bd 2 -relief groove] -row 0 -column 0 -columnspan 2
956     grid [frame $sm -bd 2 -relief groove] -row 1 -column 0 -columnspan 2 -pady 10
957     grid [frame $um -bd 2 -relief groove] -row 2 -column 0 -columnspan 2
958
959#    Editor Options
960     grid [label $sm.title -text "Matrix Editor Control Panel"] -row 0 -column 0 -columnspan 4
961     grid [label $sm.sort -width 21 -text "Move Checked Elements"] -row 1 -column 0
962     grid [button $sm.inc -text "\u2191" -command "RB_Sort_Inc $bodnum inc"] -row 1 -column 1 -padx 5
963     grid [button $sm.dec -text "\u2193" -command "RB_Sort_Inc $bodnum dec"] -row 1 -column 2 -padx 5
964     grid [button $sm.swap -width 21 -text "Swap Checked Elements" -command "RB_Sort_Swap $bodnum"] -row 2 -column 0 -columnspan 3
965     grid [button $sm.delete -width 21 -text "Delete Checked Elements" -command "RB_Delete_Element $bodnum"] -row 3 -column 0 -columnspan 3
966     grid [button $sm.add   -width 21 -text "Increase Number of Sites" -command "RB_Add_Element $bodnum"] -row 4 -column 0 -columnspan 3
967     grid [button $sm.addmatrix -width 21 -text "Add New Matrix" -command "RB_Add_New_Matrix $bodnum"] -row 5 -column 0 -columnspan 3
968
969#    Save Options
970     grid [button $um.update -width 24 -text "Save Changes" -bg green -command "RB_Matrix_Update $bodnum"] -row 3 -column 0 -padx 5
971     grid [button $um.new -width 24 -text "Save Rigid Body Type" -command "RB_Create_from_Edit"] -row 0 -column 1 -padx 5
972 #    grid [button $um.sort -text "Sort Matrix Info" -command "RB_Cart_Sort $bodnum"] -row 0 -column 1
973
974     grid [button $um.print -width 24 -text "Export Cartesian \n Coordinates to File" -command "RB_CartesianTextFile $bodnum"] -row 2 -column 1 -pady 5
975     grid [button $um.restore -width 24 -text "Undo Changes" -command "RB_Restore_Matrix $bodnum"] -row 3 -column 1 -padx 5
976     grid [button $um.abort -text "Abort" -width 24 -command "RB_Edit_Matrix_Abort $bodnum $em"] -row 3 -column 2 -padx 5
977
978     grid [label $vm.lblmm -text "Matrix Multiplier"] -row 3 -column 2
979     grid [label $vm.lbldamp -text "Damping Factor"] -row 4 -column 2
980     grid [label $vm.lblvar -text "Refine Multiplier"] -row 5 -column 2
981
982     set w 1
983     grid [label $vm.site -text "sort"] -row 6 -column 0 -columnspan 2
984
985
986     for {set coordnum 0} {$coordnum < $::rb_coord_num($bodnum,$w)} {incr coordnum} {
987         grid [checkbutton $vm.sort$coordnum -variable ::rb_sort($coordnum)] -row [expr $coordnum + 7] -column 1
988         grid [label $vm.lbls$coordnum -text "Site [expr $coordnum + 1]"] -row [expr $coordnum + 7] -column 2
989     }
990     set col 3
991     for {set matrixnum 1} {$matrixnum <= $::rb_matrix_num($bodnum)} {incr matrixnum} {
992         grid [label $vm.lblm$matrixnum -text "Matrix #$matrixnum"] -row 2 -column [expr $col +1]
993         grid [entry $vm.mult$matrixnum -textvariable ::rb_mult($bodnum,$matrixnum) -width 8 -takefocus 1] -row 3 -column [expr $col + 1]
994         set dampfactors "0 1 2 3 4 5 6 7 8 9"
995         eval tk_optionMenu $vm.damp$matrixnum ::rb_damp($bodnum,$matrixnum) $dampfactors
996         grid $vm.damp$matrixnum -row 4 -column [expr $col + 1]
997         $vm.damp$matrixnum config -width 4
998#         grid [entry $vm.damp$matrixnum -textvariable ::rb_damp($bodnum,$matrixnum) -width 8 -takefocus 1 -state normal] -row 4 -column [expr $col + 1]
999         grid [checkbutton $vm.var$matrixnum -variable ::rb_varcheck($bodnum,$matrixnum) -text $::rb_var($bodnum,$matrixnum) \
1000              -state normal -command "RB_MMultRef $bodnum $matrixnum"] -row 5 -column [expr $col +1]
1001
1002         grid [label $vm.x$matrixnum -text "X"] -row 6 -column [expr $col]
1003         grid [label $vm.y$matrixnum -text "Y"] -row 6 -column [expr $col + 1]
1004         grid [label $vm.z$matrixnum -text "Z"] -row 6 -column [expr $col + 2]
1005         for {set coordnum 0} {$coordnum < $::rb_coord_num($bodnum,$w)} {incr coordnum} {
1006#             puts $::rb_coord($bodnum,$i,$j)
1007
1008              set ::rb_x($bodnum,$matrixnum,$coordnum) [lindex $::rb_coord($bodnum,$matrixnum,$coordnum) 0]
1009              set ::rb_y($bodnum,$matrixnum,$coordnum) [lindex $::rb_coord($bodnum,$matrixnum,$coordnum) 1]
1010              set ::rb_z($bodnum,$matrixnum,$coordnum) [lindex $::rb_coord($bodnum,$matrixnum,$coordnum) 2]
1011              set ::rb_lbl($bodnum,$matrixnum,$coordnum) [lindex $::rb_coord($bodnum,$matrixnum,$coordnum) 3]
1012
1013
1014             grid [entry $vm.lblcx$matrixnum$coordnum -textvariable ::rb_x($bodnum,$matrixnum,$coordnum) -width 8 -takefocus 1] -row [expr $coordnum+7] -column [expr $col]
1015             grid [entry $vm.lblcy$matrixnum$coordnum -textvariable ::rb_y($bodnum,$matrixnum,$coordnum) -width 8 -takefocus 1] -row [expr $coordnum+7] -column [expr $col + 1]
1016             grid [entry $vm.lblcz$matrixnum$coordnum -textvariable ::rb_z($bodnum,$matrixnum,$coordnum) -width 8 -takefocus 1] -row [expr $coordnum+7] -column [expr $col + 2]
1017             grid [label $vm.lblcb$matrixnum$coordnum -text "    "] -row [expr  $coordnum+6] -column [expr $col + 3]
1018         }
1019     incr col 4
1020     }
1021}
1022
1023proc RB_Restore_Matrix {bodnum} {
1024     set ::rb_matrix_num($bodnum) $::rb_matrix_num_temp($bodnum)
1025     set ::rb_coord_num($bodnum,1) $::rb_coord_num_temp($bodnum,1)
1026         for {set coordnum 0} {$coordnum < $::rb_coord_num($bodnum,1)} {incr coordnum} {
1027             for {set matrixnum 1} {$matrixnum <= $::rb_matrix_num($bodnum)} {incr matrixnum} {
1028                 set ::rb_coord($bodnum,$matrixnum,$coordnum) $::rb_coord_temp($bodnum,$matrixnum,$coordnum)
1029
1030             }
1031     }
1032RB_Edit_Matrix $bodnum
1033}
1034
1035proc RB_Add_New_Matrix {bodnum} {
1036     incr ::rb_matrix_num($bodnum)
1037     set matrixnum $::rb_matrix_num($bodnum)
1038     set ::rb_var($bodnum,$matrixnum) 0
1039     set ::rb_mult($bodnum,$matrixnum) 1.000
1040     for {set coordnum 0} {$coordnum < $::rb_coord_num($bodnum,1)} {incr coordnum} {
1041         set ::rb_coord($bodnum,$matrixnum,$::rb_coord_num($bodnum,1) ""
1042         lappend ::rb_coord($bodnum,$matrixnum,$coordnum) 0 0 0 lbl
1043     }
1044     RB_Edit_Matrix $bodnum
1045
1046
1047}
1048
1049
1050
1051proc RB_Edit_Matrix_Abort {bodnum location} {
1052#    reset matrix
1053#     set ::rb_coord_num($bodnum,1) $::rb_coord_num_temp($bodnum,1)
1054#     for {set matrixnum 1} {$matrixnum <= $::rb_matrix_num($bodnum)} {incr matrixnum} {
1055#         for {set coordnum 0} {$coordnum < $::rb_coord_num_temp($bodnum,1)} {incr coordnum} {
1056#             set ::rb_coord($bodnum,$matrixnum,$coordnum) $::rb_coord_temp($bodnum,$matrixnum,$coordnum)
1057#         }
1058#     }
1059     destroy $location
1060}
1061
1062proc RB_Add_Element {bodnum} {
1063     incr ::rb_coord_num($bodnum,1)
1064     for {set matrixnum 1} {$matrixnum <= $::rb_matrix_num($bodnum)} {incr matrixnum} {
1065         set ::rb_coord($bodnum,$matrixnum,$::rb_coord_num($bodnum,1) ""
1066         lappend ::rb_coord($bodnum,$matrixnum,[expr $::rb_coord_num($bodnum,1)- 1]) 0 0 0 lbl
1067         puts $::rb_coord($bodnum,$matrixnum,[expr $::rb_coord_num($bodnum,1) - 1])
1068     }
1069     RB_Edit_Matrix $bodnum
1070}
1071
1072proc RB_Delete_Element {bodnum} {
1073
1074     set newcoord 0
1075     set deletedrecords 0
1076
1077     for {set coordnum 0} {$coordnum < $::rb_coord_num($bodnum,1)} {incr coordnum} {
1078           for {set matrixnum 1} {$matrixnum <= $::rb_matrix_num($bodnum)} {incr matrixnum} {
1079
1080               if {$::rb_sort($coordnum) != 1} {
1081                  set xtemp $::rb_x($bodnum,$matrixnum,$coordnum)
1082                  set ytemp $::rb_y($bodnum,$matrixnum,$coordnum)
1083                  set ztemp $::rb_z($bodnum,$matrixnum,$coordnum)
1084                  set lbltemp [lindex $::rb_coord($bodnum,$matrixnum,$coordnum) 3]
1085
1086
1087                  set ::rb_x($bodnum,$matrixnum,$newcoord) $xtemp
1088                  set ::rb_y($bodnum,$matrixnum,$newcoord) $ytemp
1089                  set ::rb_z($bodnum,$matrixnum,$newcoord) $ztemp
1090                  puts "array element = $::rb_coord($bodnum,$matrixnum,$coordnum)"
1091                  set ::rb_coord($bodnum,$matrixnum,$newcoord) ""
1092                  puts "xyztemp = $xtemp $ytemp $ztemp $lbltemp"
1093                  lappend ::rb_coord($bodnum,$matrixnum,$newcoord) $xtemp $ytemp $ztemp $lbltemp
1094                  puts "goofy output = $::rb_coord($bodnum,$matrixnum,$newcoord)"
1095                  incr newcoord
1096               } else {
1097                  incr deletedrecords
1098               }
1099           }
1100     }
1101     for {set coordnum 0} {$coordnum < $::rb_coord_num($bodnum,1)} {incr coordnum} {
1102         set ::rb_sort($coordnum) 0
1103     }
1104     set tempcoord [expr $::rb_coord_num($bodnum,1) - $deletedrecords]
1105     set ::rb_coord_num($bodnum,1) $tempcoord
1106     RB_Edit_Matrix $bodnum
1107}
1108
1109
1110
1111proc RB_VarNums {toggle {var ""} args} {
1112#    initalize rigid body variable list if not already initialized
1113#    toggle can be:
1114#           add      This returns the smallest unused variable number
1115#           sub ##   This removes variable ## from the varlist.
1116
1117     if {[info vars ::rb_varlist] == ""} {
1118        set ::rb_varlist ""
1119     }
1120     if {$::rb_varlist == ""} {
1121          set ::rb_varlist [RigidBodyGetVarNums]
1122     }
1123
1124     if {$toggle == "add"} {
1125          set count 1
1126          while {[lsearch $::rb_varlist $count] > 0} {
1127               incr count
1128          }
1129          lappend ::rb_varlist $count
1130#          puts $::rb_varlist
1131          return $count
1132     }
1133     if {$toggle == "sub"} {
1134          set temp ""
1135          foreach v $::rb_varlist {
1136                  if {$v != $var} {
1137                     lappend temp $v
1138                  }
1139          }
1140          set ::rb_varlist $temp
1141#          puts $::rb_varlist
1142          return 0
1143      }
1144}
1145
1146proc RB_MMultRef {bodnum matrixnum args} {
1147#    procedure sets or unsets the variable number for the matrix multiplier
1148#     puts "boing:"
1149     if {$::rb_varcheck($bodnum,$matrixnum) == "0"} {
1150        set ::rb_var($bodnum,$matrixnum) [RB_VarNums sub $::rb_var($bodnum,$matrixnum)]
1151     } else {
1152        set ::rb_var($bodnum,$matrixnum) [RB_VarNums add]
1153     }
1154     destroy .viewmatrix
1155     RB_Edit_Matrix $bodnum
1156}
1157
1158proc RB_Sort_Swap {bodnum args} {
1159     set count 0
1160     set rb_swap_list ""
1161     for {set coordnum 0} {$coordnum < $::rb_coord_num($bodnum,1)} {incr coordnum} {
1162         if {$::rb_sort($coordnum) == 1} {
1163            incr count
1164            lappend rb_swap_list $coordnum
1165         }
1166     }
1167     if {$count != 2} {
1168#        puts "wrong number of arguments, swap failed"
1169        bell
1170        return
1171     }
1172#     puts "swap happens"
1173#     puts $rb_swap_list
1174     for {set i 1} {$i <= $::rb_matrix_num($bodnum)} {incr i} {
1175         set coord1 [lindex $rb_swap_list 0]
1176         set coord2 [lindex $rb_swap_list 1]
1177         set x1dum $::rb_x($bodnum,$i,$coord1)
1178         set y1dum $::rb_y($bodnum,$i,$coord1)
1179         set z1dum $::rb_z($bodnum,$i,$coord1)
1180         set ::rb_x($bodnum,$i,$coord1) $::rb_x($bodnum,$i,$coord2)
1181         set ::rb_y($bodnum,$i,$coord1) $::rb_y($bodnum,$i,$coord2)
1182         set ::rb_z($bodnum,$i,$coord1) $::rb_z($bodnum,$i,$coord2)
1183         set ::rb_x($bodnum,$i,$coord2) $x1dum
1184         set ::rb_y($bodnum,$i,$coord2) $y1dum
1185         set ::rb_z($bodnum,$i,$coord2) $z1dum
1186     }
1187
1188}
1189
1190proc RB_Sort_Inc {bodnum dir args} {
1191     set sortlist ""
1192     for {set count 0} {$count < $::rb_coord_num($bodnum,1)} {incr count} {
1193         if {$::rb_sort($count) == 1} {
1194            lappend sortlist $count
1195         }
1196     }
1197#     puts $sortlist
1198
1199     foreach check $sortlist {
1200             set checkup [expr $check - 1]
1201             set checkdwn [expr $check + 1]
1202             if {$checkup < 0} {
1203                if {$dir == "inc"} {
1204                   bell
1205                   return
1206                }
1207             }
1208             if {$checkdwn >= $::rb_coord_num($bodnum,1)} {
1209                if {$dir == "dec"} {
1210                   bell
1211                   return
1212                }
1213             }
1214     }
1215     if {$dir == "dec"} {set sortlist [RB_String_Reverse $sortlist]}
1216
1217     for {set i 1} {$i <= $::rb_matrix_num($bodnum)} {incr i} {
1218         foreach sort $sortlist {
1219             if {$dir == "inc"} {set line1 [expr $sort - 1]}
1220             if {$dir == "dec"} {set line1 [expr $sort + 1]}
1221             set x1dum $::rb_x($bodnum,$i,$line1)
1222             set y1dum $::rb_y($bodnum,$i,$line1)
1223             set z1dum $::rb_z($bodnum,$i,$line1)
1224             set ::rb_x($bodnum,$i,$line1) $::rb_x($bodnum,$i,$sort)
1225             set ::rb_y($bodnum,$i,$line1) $::rb_y($bodnum,$i,$sort)
1226             set ::rb_z($bodnum,$i,$line1) $::rb_z($bodnum,$i,$sort)
1227             set ::rb_x($bodnum,$i,$sort) $x1dum
1228             set ::rb_y($bodnum,$i,$sort) $y1dum
1229             set ::rb_z($bodnum,$i,$sort) $z1dum
1230
1231             set ::rb_sort($sort) 0
1232             if {$dir == "inc"} {set ::rb_sort([expr $sort - 1]) 1}
1233             if {$dir == "dec"} {
1234                foreach relabel $sortlist {
1235                    set ::rb_sort([expr $relabel +1]) 1
1236                }
1237             }
1238        }
1239     }
1240
1241}
1242
1243proc RB_String_Reverse {string args} {
1244#    puts "$string"
1245    set rstring ""
1246    set len [expr [llength $string] - 1]
1247    while {$len > -1} {
1248        lappend rstring [lindex $string $len]
1249        incr len -1
1250    }
1251#    puts "contents of rstring = $rstring"
1252    return $rstring
1253}
1254
1255proc RB_Matrix_Update {bodnum args} {
1256     set temp_mat ""
1257     set temp_damp ""
1258     set temp_var ""
1259     set temp_car ""
1260     set temp_mat_group ""
1261     set temp_car_group ""
1262     set total ""
1263
1264     for {set matrixnum 1} {$matrixnum <= $::rb_matrix_num($bodnum)} {incr matrixnum} {
1265         set temp ""
1266         lappend temp_mat $::rb_mult($bodnum,$matrixnum)
1267         lappend temp_var $::rb_var($bodnum,$matrixnum)
1268         lappend temp_damp $::rb_damp($bodnum,$matrixnum)
1269#         puts "temp_damp = $::rb_damp($bodnum,$matrixnum)"
1270         for {set atomnum 0} {$atomnum < $::::rb_coord_num($bodnum,1)} {incr atomnum} {
1271             set temp_cart_triplet "$::rb_x($bodnum,$matrixnum,$atomnum) $::rb_y($bodnum,$matrixnum,$atomnum) $::rb_z($bodnum,$matrixnum,$atomnum)"
1272             lappend temp $temp_cart_triplet
1273         }
1274         lappend temp_car $temp
1275     }
1276
1277#     puts "Matrix Update Info = $bodnum $temp_mat $temp_car"
1278#     puts "Matrix damping = $temp_damp"
1279#     puts "Matrix vars = $temp_var"
1280     SetRigidBodyVar $bodnum $temp_var $temp_damp
1281     RecordMacroEntry "SetRigidBodyVar $bodnum $temp_var $temp_damp" 0
1282     ReplaceRigidBody $bodnum $temp_mat $temp_car $temp_var $temp_damp
1283     RecordMacroEntry "ReplaceRigidBody $bodnum $temp_mat $temp_car $temp_var $temp_damp" 0
1284     #SetRigidBodyVar $bodnum $temp_var $temp_damp
1285     incr ::expgui(changed)
1286    RecordMacroEntry "incr expgui(changed)" 0
1287     RB_Load_RBdata
1288     RB_Control_Panel $bodnum
1289     destroy .viewmatrix
1290
1291}
1292
1293
1294proc GetImportFormats {} {
1295    global expgui tcl_platform
1296    # only needs to be done once
1297    if [catch {set expgui(importFormatList)}] {
1298        set filelist [glob -nocomplain [file join $expgui(scriptdir) import_*.tcl]]
1299        foreach file $filelist {
1300            set description ""
1301            source $file
1302            if {$description != ""} {
1303                lappend expgui(importFormatList) $description
1304                if {$tcl_platform(platform) == "unix"} {
1305                    set extensions "[string tolower $extensions] [string toupper $extensions]"
1306                }
1307                set expgui(extensions_$description) $extensions
1308                set expgui(proc_$description) $procname
1309            }
1310        }
1311    }
1312}
1313
1314proc NewBodyTypeWindow {} {
1315     destroy .nbt
1316     toplevel .nbt
1317     putontop .nbt
1318     set con1 .nbt.1
1319     set con2 .nbt.2
1320     set con3 .nbt.3
1321
1322     set bodnum [RB_New_RBnum]
1323#     set bodnum [expr [llength [RigidBodyList]] + 1]
1324     pack [frame $con1 -bd 2 -relief groove] -side top -pady 10
1325     pack [frame $con2 -bd 2 -relief groove] -side top -expand 1 -fill both
1326     pack [frame $con3 -bd 2 -relief groove] -side top
1327     grid [label $con1.lbl -text "New Rigid Body Type $bodnum"] -row 0 -column 0
1328     grid [label $con1.mat -text "Number of Matricies Describing Rigid Body"] -row 1 -column 0
1329
1330
1331
1332     spinbox $con1.matnum -from 1 -to 10 -textvariable ::rb_matrix_num($bodnum) -width 5 -command "RB_Create_Cart $bodnum $con2"
1333     grid $con1.matnum -row 1 -column 1 -padx 10
1334     grid [label $con1.atoms -text "Number of Cartesian Sites"] -row 2 -column 0
1335     spinbox $con1.atomsnum -from 3 -to 1000 -textvariable ::rb_coord_num($bodnum,1) -width 5 -command "RB_Create_Cart $bodnum $con2"
1336     grid $con1.atomsnum -row 2 -column 1 -padx 10
1337
1338
1339     grid [button $con3.save -text "Save \n Rigid Body" -command "RB_Create_Save $bodnum"] -row 0 -column 2 -padx 5 -pady 5
1340     grid [button $con3.print -text "Export Cartesian \n Coordinates to File" -command "RB_CartesianTextFile $bodnum"] -row 0 -column 3 -padx 5
1341#     $con3.print configure -status disable
1342     grid [button $con3.abort -text "Abort \n Rigid Body" -command "destroy .nbt; RB_Control_Panel end"] -row 0 -column 4 -padx 5 -pady 5
1343
1344     RB_Create_Cart $bodnum $con2
1345
1346     bind $con1.atomsnum <Leave> "RB_Create_Cart $bodnum $con2"
1347     bind $con1.atomsnum <Return> "RB_Create_Cart $bodnum $con2"
1348     bind $con1.matnum <Leave> "RB_Create_Cart $bodnum $con2"
1349     bind $con1.matnum <Return> "RB_Create_Cart $bodnum $con2"
1350}
1351
1352proc RB_Fixfrag_Load {args} {
1353     destroy .geometry
1354     toplevel .geometry
1355     putontop .geometry
1356     set geo .geometry
1357
1358
1359     pack [frame $geo.con -bd 2 -relief groove] -side top
1360     pack [frame $geo.display -bd 2 -relief groove] -side top -expand 1 -fill both
1361     pack [frame $geo.con2 -bd 2 -relief groove] -side bottom
1362#     pack [frame $geo.save -bd 2 -relief groove] -side bottom
1363
1364     wm title $geo "Fix Molecular Fragment from EXP File"
1365     wm geometry $geo 800x400+10+10
1366
1367     set phase 1
1368     set gcon $geo.con
1369     set gcon2 $geo.con2
1370     set gdisplay $geo.display
1371     set ::gcon_atoms 3
1372
1373     eval tk_optionMenu $geo.con.phaseinput ::rb_phase $::expmap(phaselist)
1374     grid [label $gcon.phaselbl -text "Input Phase"] -row 0 -column 0
1375     grid $gcon.phaseinput -row 0 -column 1
1376     set ::gcon_atoms_total $::expmap(atomlist_$phase)
1377     grid [label $gcon.atomlbl -text "Number of atoms in fragment: "] -row 1 -column 0
1378     spinbox $gcon.atom -from 3 -to [lrange $::expmap(atomlist_$phase) end end] -textvariable ::gcon_atoms -width 5
1379     grid $gcon.atom -row 1 -column 1 -padx 5
1380     grid [button $gcon.atomchoice -text "Choose Start Atom" -command "RB_FixStartAtom $phase $gdisplay $gcon2"] -row 1 -column 2
1381     grid [button $gcon2.save -text "Save and Map \n Rigid Body" -width 15 -command "RB_Geom_Save"] -row 0 -column 0 -padx 5
1382          $gcon2.save config -state disable
1383     grid [button $gcon2.savec -text "Export Cartesian \n Coordinates" -width 15 -command "RB_FixFragSaveCoord"] -row 0 -column 1 -padx 5
1384          $gcon2.savec config -state disable
1385     grid [button $gcon2.abort -text "Abort" -width 15 -command "destroy .geometry"] -row 0 -column 2 -sticky ns -padx 5
1386
1387}
1388
1389proc RB_FixFragSaveCoord {args} {
1390# number of atoms in rigid body  ::gcon_atoms
1391# first atom in rigid body       ::gcon_start
1392# origin list                    ::gcon_origin_list
1393
1394     set vector1list "X"
1395     set vector2list "Y"
1396
1397     lappend vector1list [expr $::geom_x1 - [expr $::gcon_start -1]]
1398     lappend vector1list [expr $::geom_x2 - [expr $::gcon_start -1]]
1399     lappend vector2list [expr $::geom_y1 - [expr $::gcon_start -1]]
1400     lappend vector2list [expr $::geom_y2 - [expr $::gcon_start -1]]
1401
1402     set ::gcon_origin_list ""
1403     foreach item $::rb_atom_range {
1404                if {$::rb_atom_origin_set($item) == 1} {
1405                set temp [expr $item - [expr $::gcon_start - 1]]
1406                   lappend ::gcon_origin_list $temp
1407                }
1408        }
1409
1410        set temp1 [ExtractRigidBody $::rb_phase $::gcon_atoms $::gcon_start $::gcon_origin_list $vector1list $vector2list]
1411        if {[lindex $temp1 0] == {} || [lindex $temp1 1] == {} || [lindex $temp1 2] == {}} {
1412            # an error occurred
1413            return
1414        }
1415
1416   set coordlist ""
1417   lappend coordlist [lindex $temp1 2]
1418#   puts $coordlist
1419
1420   set bodnum [RB_New_RBnum]
1421#   puts "body number = $bodnum"
1422   set coordnum 0
1423#   set ::rb_damp($bodnum,1) 0
1424   set ::rb_coord_num($bodnum,1) $::gcon_atoms
1425
1426   catch {array unset ::rb_x $bodnum,1,*}
1427   catch {array unset ::rb_y $bodnum,1,*}
1428   catch {array unset ::rb_z $bodnum,1,*}
1429
1430
1431   foreach coord $coordlist {
1432
1433           set ::rb_x($bodnum,1,$coordnum) [lindex $coord 1]
1434           set ::rb_y($bodnum,1,$coordnum) [lindex $coord 2]
1435           set ::rb_z($bodnum,1,$coordnum) [lindex $coord 3]
1436           incr coordnum
1437   }
1438
1439
1440   NewBodyTypeWindow
1441   destroy .geometry
1442#   RB_Control_Panel 0
1443
1444
1445}
1446
1447proc RB_FixStartAtom {phase gdisplay gcon2 args} {
1448     set ::gcon_start ""
1449     set possible_start [RigidStartAtoms $phase $::gcon_atoms]
1450
1451     if {$possible_start == ""} {
1452        set ::gdisplay $gdisplay
1453        #grid [label $ca.stop -text "Warning, action failed due to lack of unmapped atoms."] -row 0 -column 0
1454        #grid [button $ca.cont -text "continue" -command "destroy $ca"] -row 1 -column 0
1455        MyMessageBox -parent $gdisplay \
1456          -message "There are not enough atoms in this phase that are not already mapped to a rigid body to use."
1457        return
1458     }
1459
1460     catch {destroy .chooseatom}
1461     set ca .chooseatom
1462     toplevel $ca
1463     wm title $ca "Choose Atom"
1464
1465#     puts $atomlist
1466     foreach {top main side lbl} [MakeScrollTable $ca] {}
1467
1468     set row 0
1469     set column 0
1470     foreach atom $possible_start {
1471        set label "[atominfo $phase $atom label] \($atom\)"
1472        button $main.$atom -text $label -command "set ::gcon_start $atom; destroy $ca"
1473
1474        incr row
1475        if {$row > 5} {
1476           set row 1
1477           incr column
1478        }
1479      grid $main.$atom -row $row -column $column -padx 5 -pady 5
1480      }
1481      ResizeScrollTable $ca
1482      putontop $ca
1483      tkwait window $ca
1484      afterputontop
1485      $gcon2.save config -state normal
1486      $gcon2.savec config -state normal
1487      RB_Atom_Fixlist $phase $gdisplay
1488}
1489
1490proc RB_Atom_Fixlist {phase gdisplay} {
1491#     set ::gcon_start ""
1492     set start_loc [lsearch $::expmap(atomlist_$phase) $::gcon_start]
1493     set ::rb_atom_range [lrange $::expmap(atomlist_$phase) $start_loc [expr $start_loc + $::gcon_atoms - 1]]
1494#     puts "location = $start_loc  range = $::rb_atom_range"
1495     set rownum 1
1496     set colnum 1
1497
1498     eval destroy [winfo children $gdisplay]
1499     grid [frame $gdisplay.lbl -bd 2 -relief groove] -row 0 -column 0
1500     grid [frame $gdisplay.atoms -bd 2 -relief groove] -row 1 -column 0
1501     grid [frame $gdisplay.param -bd 2 -relief groove] -row 1 -column 1
1502
1503     grid [label $gdisplay.lbl.state -text "Select atoms to define centroid for origin"] -row 0 -column 0
1504  #   grid [button $gdisplay.lbl.set -text "Set Origin" -command "RB_Atom_Origin_Set"] -row 3 -column 0
1505
1506     foreach {top main side lbl} [MakeScrollTable $gdisplay.atoms] {}
1507     eval destroy [winfo children $main]
1508     foreach atom $::rb_atom_range {
1509
1510
1511             if {[expr $colnum % 4] == 0} {incr rownum; set colnum 1}
1512             set atomid [atominfo $phase $atom  label]
1513#             puts $atomid
1514             set ::rb_atom_origin_set($atom) 1
1515             grid [checkbutton $main.$atom -text "$atomid" -variable ::rb_atom_origin_set($atom)] -row $rownum -column $colnum
1516             incr colnum
1517
1518             }
1519      ResizeScrollTable $gdisplay.atoms
1520
1521
1522  set paramlist $gdisplay.param
1523# [atominfo $phase $::rb_atom_range label]
1524  grid [label $paramlist.lbl -text "Define Axes"] -row 0 -column 0 -columnspan 2
1525  grid [label $paramlist.lbl1 -text "Atom 1"] -row 1 -column 0
1526  grid [label $paramlist.lbl2 -text "Atom 2"] -row 1 -column 1
1527  grid [label $paramlist.lblx -text "Choose two atoms to define vector for x-axis: "] -row 2 -column 0 -pady 10 -columnspan 2
1528  grid [label $paramlist.lbly -text "Choose two atoms to define second vector defining xy plane: "] -row 4 -column 0 -pady 10 -columnspan 2
1529
1530  set atom_info_list ""
1531  set atom_list ""
1532  foreach atom $::rb_atom_range {
1533          lappend atom_info_list $atom
1534          lappend atom_info_list [atominfo $phase $atom label]
1535          lappend atom_list [atominfo $phase $atom label]
1536  }
1537
1538#                  puts $atom_info_list
1539       set ::rb_param_x1 [lindex $atom_list 0]
1540       set ::rb_param_x2 [lindex $atom_list 1]
1541       set ::rb_param_y1 [lindex $atom_list 0]
1542       set ::rb_param_y2 [lindex $atom_list 2]
1543       set ::geom_x1     [lindex $::rb_atom_range 0]
1544       set ::geom_x2     [lindex $::rb_atom_range 1]
1545       set ::geom_y1     [lindex $::rb_atom_range 0]
1546       set ::geom_y2     [lindex $::rb_atom_range 2]
1547
1548       set menu [eval tk_optionMenu $paramlist.x1 ::rb_param_x1 $atom_list]
1549           foreach item $atom {
1550              set max [llength $atom]
1551              for {set count 0} {$count <= [expr $max - 1]} {incr count} {
1552                 $menu entryconfig $count -command "set ::geom_x1 [lindex $atom_info_list [expr $count*2]]"
1553              }
1554       }
1555
1556       set menu [eval tk_optionMenu $paramlist.x2 ::rb_param_x2 $atom_list]
1557           foreach item $atom {
1558              set max [llength $atom]
1559              for {set count 0} {$count <= [expr $max - 1]} {incr count} {
1560                 $menu entryconfig $count -command "set ::geom_x2 [lindex $atom_info_list [expr $count*2]]"
1561              }
1562       }
1563
1564       set menu [eval tk_optionMenu $paramlist.y1 ::rb_param_y1 $atom_list]
1565           foreach item $atom {
1566              set max [llength $atom]
1567              for {set count 0} {$count <= [expr $max - 1]} {incr count} {
1568                 $menu entryconfig $count -command "set ::geom_y1 [lindex $atom_info_list [expr $count*2]]"
1569              }
1570       }
1571
1572       set menu [eval tk_optionMenu $paramlist.y2 ::rb_param_y2 $atom_list]
1573           foreach item $atom {
1574              set max [llength $atom]
1575              for {set count 0} {$count <= [expr $max - 1]} {incr count} {
1576                 $menu entryconfig $count -command "set ::geom_y2 [lindex $atom_info_list [expr $count*2]]"
1577              }
1578       }
1579
1580
1581       grid $paramlist.x1 -row 3 -column 0
1582       grid $paramlist.x2 -row 3 -column 1
1583       grid $paramlist.y1 -row 5 -column 0
1584       grid $paramlist.y2 -row 5 -column 1
1585
1586
1587         $paramlist.x1 config -width 4
1588         $paramlist.x2 config -width 4
1589         $paramlist.y1 config -width 4
1590         $paramlist.y2 config -width 4
1591
1592  }
1593
1594
1595proc RB_Atom_Origin_Set {args} {
1596        set ::rb_origin_list ""
1597        foreach item $::rb_atom_range {
1598                if {$::rb_atom_origin_set($item) == 1} {
1599                   lappend ::rb_origin_list $item
1600                }
1601        }
1602#        puts "Origin list = $::rb_origin_list"
1603}
1604
1605proc RB_Geom_Save {args} {
1606# number of atoms in rigid body  ::gcon_atoms
1607# first atom in rigid body       ::gcon_start
1608# origin list                    ::gcon_origin_list
1609
1610     set vector1list "X"
1611     set vector2list "Y"
1612
1613     lappend vector1list [expr $::geom_x1 - [expr $::gcon_start -1]]
1614     lappend vector1list [expr $::geom_x2 - [expr $::gcon_start -1]]
1615     lappend vector2list [expr $::geom_y1 - [expr $::gcon_start -1]]
1616     lappend vector2list [expr $::geom_y2 - [expr $::gcon_start -1]]
1617
1618     set ::gcon_origin_list ""
1619     foreach item $::rb_atom_range {
1620                if {$::rb_atom_origin_set($item) == 1} {
1621                set temp [expr $item - [expr $::gcon_start - 1]]
1622                   lappend ::gcon_origin_list $temp
1623                }
1624        }
1625#        puts "Origin list = $::gcon_origin_list"
1626#        puts "vector 1 list = $vector1list"
1627#        puts "vector 2 list = $vector2list"
1628#        puts "number atoms = $::gcon_atoms"
1629#        puts "start atom  = $::gcon_start"
1630
1631        set temp1 [ExtractRigidBody $::rb_phase $::gcon_atoms $::gcon_start $::gcon_origin_list $vector1list $vector2list]
1632        if {[lindex $temp1 0] == {} || [lindex $temp1 1] == {} || [lindex $temp1 2] == {}} {
1633           #   puts "Geometry Crashed"
1634        }
1635        #puts "string 1 = [lindex $temp1 0]"
1636        #puts "string 2 = [lindex $temp1 1]"
1637        #puts "string 3 = [lindex $temp1 2]"
1638
1639        set cartesian ""
1640        lappend cartesian [lindex $temp1 2]
1641        #puts "Cartesian = $cartesian"
1642
1643        set bodnum [AddRigidBody 1 $cartesian]
1644     RecordMacroEntry "AddRigidBody 1 [list $cartesian]" 0
1645        # set ::rb_damp($bodnum,1) 0
1646        set ::rb_coord_num($bodnum,1) $::gcon_atoms
1647
1648        MapRigidBody $::rb_phase $bodnum $::gcon_start [lindex $temp1 0] [lindex $temp1 1]
1649        RecordMacroEntry "MapRigidBody $::rb_phase $bodnum $::gcon_start [lindex $temp1 0] [lindex $temp1 1]" 0
1650     incr ::expgui(changed)
1651     RecordMacroEntry "incr expgui(changed)" 0
1652     destroy .geometry
1653     RB_Control_Panel 0
1654}
1655
1656proc RB_Refine_Con {args} {
1657     catch {destroy .refcon}
1658     set con .refcon
1659     toplevel $con
1660     wm title $con "Rigid Body Refinement Controls"
1661     wm geometry $con 1150x600+10+10
1662     set ::rb_var_list ""
1663     set ::rb_var_list_tls ""
1664     set ::varnum 1
1665     set ::rb_var_name "var$::varnum"
1666#     putontop $con
1667      grid [frame $con.info -bd 2 -relief groove] -row 1 -column 0 -sticky news
1668      grid columnconfig $con 0 -weight 1
1669      grid [frame $con.con -bd 2 -relief groove] -row 0 -column 0
1670      grid [frame $con.terminate -bd 2 -relief groove] -row 2 -column 0
1671
1672      #bandaid fix:  load all mapping data
1673      foreach phase $::expmap(phaselist) {
1674              foreach bodnum [RigidBodyList] {
1675                      foreach mapnum [RigidBodyMappingList $phase $bodnum] {
1676                              RB_Load_Mapdata $phase $bodnum $mapnum
1677                      }
1678              }
1679      }
1680
1681      #grid rowconfig $con 0 -weight 1
1682
1683     foreach {top main side lbl} [MakeScrollTable $con.info] {}
1684             grid [label $top.rb -text "Body"] -row 1 -column 1 -padx 3
1685             grid [label $top.phase -text "Ph"] -row 1 -column 2 -padx 3
1686             grid [label $top.mapnum -text "Map"] -row 1 -column 3 -padx 3
1687             grid [label $top.x -text "X"] -row 1 -column 4 -padx 3
1688             grid [label $top.y -text "Y"] -row 1 -column 5 -padx 3
1689             grid [label $top.z -text "Z"] -row 1 -column 6 -padx 3
1690             grid [label $top.b1 -text "   "] -row 1 -column 7 -padx 3
1691             grid [label $top.e1 -text "E1"] -row 1 -column 8 -padx 3
1692             grid [label $top.e2 -text "E2"] -row 1 -column 9 -padx 3
1693             grid [label $top.e3 -text "E3"] -row 1 -column 10 -padx 3
1694             grid [label $top.tlscon1 -text "on/off"] -row 1 -column 11 -padx 3
1695#             grid [label $top.b2 -text "   "] -row 1 -column 11 -padx 3
1696             grid [label $top.t11 -text "T11"] -row 1 -column 12 -padx 3
1697             grid [label $top.t22 -text "T22"] -row 1 -column 13 -padx 3
1698             grid [label $top.t33 -text "T33"] -row 1 -column 14 -padx 3
1699             grid [label $top.t12 -text "T12"] -row 1 -column 15 -padx 3
1700             grid [label $top.t13 -text "T13"] -row 1 -column 16 -padx 3
1701             grid [label $top.t23 -text "T23"] -row 1 -column 17 -padx 3
1702             grid [label $top.b3 -text "   "] -row 1 -column 18 -padx 3
1703             grid [label $top.l11 -text "L11"] -row 1 -column 19 -padx 3
1704             grid [label $top.l22 -text "L22"] -row 1 -column 20 -padx 3
1705             grid [label $top.l33 -text "L33"] -row 1 -column 21 -padx 3
1706             grid [label $top.l12 -text "L12"] -row 1 -column 22 -padx 3
1707             grid [label $top.l13 -text "L13"] -row 1 -column 23 -padx 3
1708             grid [label $top.l23 -text "L23"] -row 1 -column 24 -padx 3
1709             grid [label $top.zb4 -text "   "] -row 1 -column 25 -padx 3
1710             grid [label $top.s12 -text "S12"] -row 1 -column 26 -padx 3
1711             grid [label $top.s13 -text "S13"] -row 1 -column 27 -padx 3
1712             grid [label $top.s21 -text "S21"] -row 1 -column 28 -padx 3
1713             grid [label $top.s23 -text "S23"] -row 1 -column 29 -padx 3
1714             grid [label $top.s31 -text "S31"] -row 1 -column 30 -padx 3
1715             grid [label $top.s32 -text "S32"] -row 1 -column 31 -padx 3
1716             grid [label $top.saa -text "SAA"] -row 1 -column 32 -padx 3
1717             grid [label $top.sbb -text "SBB"] -row 1 -column 33 -padx 3
1718
1719             grid [label $top.refcoord -text "Origin"] -row 0 -column 4 -padx 5 -columnspan 3
1720             grid [label $top.refeuler -text "Euler Angles"] -row 0 -column 8 -padx 5 -columnspan 3
1721             grid [label $top.tlscon2 -text "TLS"] -row 0 -column 11
1722             grid [label $top.tls -text "TLS"] -row 0 -column 12 -padx 5 -columnspan 6
1723#             grid [label $top.atoms -text "Atoms in Mapping"] -row 0 -column 6 -padx 5 -columnspan 10
1724
1725             #Determine number of rigid bodies and rigid body mappings
1726             set rb_num [RigidBodyList]
1727             set row 1
1728             foreach phasenum $::expmap(phaselist) {
1729                 foreach bodnum $rb_num {
1730                     set rb_map_num($phasenum,$bodnum) [RigidBodyMappingList $phasenum $bodnum]
1731
1732                  foreach mapnum $rb_map_num($phasenum,$bodnum) {
1733#                         puts "mapnum = $mapnum"
1734#                         grid [checkbutton $main.check($phasenum,$bodnum,$mapnum)] -row $row -column 0
1735                         grid [label $main.body($phasenum,$bodnum,$mapnum) -text $bodnum] -row $row -column 1
1736                         grid [label $main.phase($phasenum,$bodnum,$mapnum) -text $phasenum] -row $row -column 2
1737                         grid [label $main.map($phasenum,$bodnum,$mapnum) -text $mapnum] -row $row -column 3
1738                         RB_Load_Vars $phasenum $bodnum $mapnum
1739#                         puts "the checkbutton variable is $::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,tls)"
1740
1741#                         puts $main
1742                         grid [button $main.cfefx($phasenum,$bodnum,$mapnum) -command "RB_Con_Button $main.cfefx($phasenum,$bodnum,$mapnum)" -textvariable ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,x) -width 5] -row $row -column 4
1743                         grid [button $main.cfefy($phasenum,$bodnum,$mapnum) -command "RB_Con_Button $main.cfefy($phasenum,$bodnum,$mapnum)" -textvariable ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,y) -width 5]  -row $row -column 5
1744                         grid [button $main.cfefz($phasenum,$bodnum,$mapnum) -command "RB_Con_Button $main.cfefz($phasenum,$bodnum,$mapnum)" -textvariable ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,z) -width 5] -row $row -column 6
1745                         grid [label $main.b1($phasenum,$bodnum,$mapnum) -text "   "] -row $row -column 7
1746
1747                         grid [button $main.eref1($phasenum,$bodnum,$mapnum) -command "RB_Con_Button $main.eref1($phasenum,$bodnum,$mapnum)" -textvariable ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,e1) -width 5] -row $row -column 8
1748                         grid [button $main.eref2($phasenum,$bodnum,$mapnum) -command "RB_Con_Button $main.eref2($phasenum,$bodnum,$mapnum)" -textvariable ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,e2) -width 5] -row $row -column 9
1749                         grid [button $main.eref3($phasenum,$bodnum,$mapnum) -command "RB_Con_Button $main.eref3($phasenum,$bodnum,$mapnum)" -textvariable ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,e3) -width 5] -row $row -column 10
1750#                         grid [label $main.b2($phasenum,$bodnum,$mapnum) -text "   "] -row $row -column 11
1751
1752                         grid [checkbutton $main.tlscon($phasenum,$bodnum,$mapnum) -variable ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,tls) -command "RB_TLS_Onoff $phasenum $main $bodnum $mapnum" -width 5] -row $row -column 11
1753
1754
1755                         grid [button $main.t11ref($phasenum,$bodnum,$mapnum) -command "RB_Con_Button $main.t11ref($phasenum,$bodnum,$mapnum)" -textvariable ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,t11) -width 5] -row $row -column 12
1756                         grid [button $main.t22ref($phasenum,$bodnum,$mapnum) -command "RB_Con_Button $main.t22ref($phasenum,$bodnum,$mapnum)" -textvariable ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,t22) -width 5] -row $row -column 13
1757                         grid [button $main.t33ref($phasenum,$bodnum,$mapnum) -command "RB_Con_Button $main.t33ref($phasenum,$bodnum,$mapnum)" -textvariable ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,t33) -width 5] -row $row -column 14
1758                         grid [button $main.t12ref($phasenum,$bodnum,$mapnum) -command "RB_Con_Button $main.t12ref($phasenum,$bodnum,$mapnum)" -textvariable ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,t12) -width 5] -row $row -column 15
1759                         grid [button $main.t13ref($phasenum,$bodnum,$mapnum) -command "RB_Con_Button $main.t13ref($phasenum,$bodnum,$mapnum)" -textvariable ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,t13) -width 5] -row $row -column 16
1760                         grid [button $main.t23ref($phasenum,$bodnum,$mapnum) -command "RB_Con_Button $main.t23ref($phasenum,$bodnum,$mapnum)" -textvariable ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,t23) -width 5] -row $row -column 17
1761                         grid [label $main.b3($phasenum,$bodnum,$mapnum) -text "   "] -row $row -column 18
1762
1763                         grid [button $main.l11ref($phasenum,$bodnum,$mapnum) -command "RB_Con_Button $main.l11ref($phasenum,$bodnum,$mapnum)" -textvariable ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,l11) -width 5] -row $row -column 19
1764                         grid [button $main.l22ref($phasenum,$bodnum,$mapnum) -command "RB_Con_Button $main.l22ref($phasenum,$bodnum,$mapnum)" -textvariable ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,l22) -width 5] -row $row -column 20
1765                         grid [button $main.l33ref($phasenum,$bodnum,$mapnum) -command "RB_Con_Button $main.l33ref($phasenum,$bodnum,$mapnum)" -textvariable ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,l33) -width 5] -row $row -column 21
1766                         grid [button $main.l12ref($phasenum,$bodnum,$mapnum) -command "RB_Con_Button $main.l12ref($phasenum,$bodnum,$mapnum)" -textvariable ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,l12) -width 5] -row $row -column 22
1767                         grid [button $main.l13ref($phasenum,$bodnum,$mapnum) -command "RB_Con_Button $main.l13ref($phasenum,$bodnum,$mapnum)" -textvariable ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,l13) -width 5] -row $row -column 23
1768                         grid [button $main.l23ref($phasenum,$bodnum,$mapnum) -command "RB_Con_Button $main.l23ref($phasenum,$bodnum,$mapnum)" -textvariable ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,l23) -width 5] -row $row -column 24
1769                         grid [label $main.b4($phasenum,$bodnum,$mapnum) -text "   "] -row $row -column 25
1770
1771                         grid [button $main.s12ref($phasenum,$bodnum,$mapnum) -command "RB_Con_Button $main.s12ref($phasenum,$bodnum,$mapnum)" -textvariable ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,s12) -width 5] -row $row -column 26
1772                         grid [button $main.s13ref($phasenum,$bodnum,$mapnum) -command "RB_Con_Button $main.s13ref($phasenum,$bodnum,$mapnum)" -textvariable ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,s13) -width 5] -row $row -column 27
1773                         grid [button $main.s21ref($phasenum,$bodnum,$mapnum) -command "RB_Con_Button $main.s21ref($phasenum,$bodnum,$mapnum)" -textvariable ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,s21) -width 5] -row $row -column 28
1774                         grid [button $main.s23ref($phasenum,$bodnum,$mapnum) -command "RB_Con_Button $main.s23ref($phasenum,$bodnum,$mapnum)" -textvariable ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,s23) -width 5] -row $row -column 29
1775                         grid [button $main.s31ref($phasenum,$bodnum,$mapnum) -command "RB_Con_Button $main.s31ref($phasenum,$bodnum,$mapnum)" -textvariable ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,s31) -width 5] -row $row -column 30
1776                         grid [button $main.s32ref($phasenum,$bodnum,$mapnum) -command "RB_Con_Button $main.s32ref($phasenum,$bodnum,$mapnum)" -textvariable ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,s32) -width 5] -row $row -column 31
1777                         grid [button $main.saaref($phasenum,$bodnum,$mapnum) -command "RB_Con_Button $main.saaref($phasenum,$bodnum,$mapnum)" -textvariable ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,saa) -width 5] -row $row -column 32
1778                         grid [button $main.sbbref($phasenum,$bodnum,$mapnum) -command "RB_Con_Button $main.sbbref($phasenum,$bodnum,$mapnum)" -textvariable ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,sbb) -width 5] -row $row -column 33
1779
1780                         RB_TLS_Onoff $phasenum $main $bodnum $mapnum
1781
1782
1783#                         set col 4
1784                         set atomnum $::rb_map_beginning($phasenum,$bodnum,$mapnum)
1785#                         puts "first atom = $atomnum"
1786#                         set atomlist "atoms in rigid body #$bodnum:    "
1787                         set atomlist "atoms in rigid body:    "
1788                         for {set j 1} {$j <=$::rb_coord_num($bodnum,1)} {incr j} {
1789                             set atom [atominfo $phasenum $atomnum label]
1790                             lappend atomlist $atom
1791#                            grid [label $main.rb_site$phasenum$mapnum$j -text "$atom"] -row [expr $row +1] -column $col -padx 5
1792                             incr atomnum
1793#                             incr col
1794                        }
1795                        grid [label $main.rb_site$phasenum$bodnum$mapnum -text "$atomlist"] -row [expr $row + 1] -column 4 -padx 5 -columnspan 999 -sticky w
1796                        incr row 2
1797                     }
1798                 }
1799             }
1800             ResizeScrollTable $con.info
1801             set ::rbaddresses [winfo children .refcon.info.can.f]
1802
1803             set ::rb_var_name "var$::varnum"
1804             set free "free"
1805             set const ""
1806
1807             grid [label $con.con.lbl -text "Set Variables Selected Below"] -row 1 -column 1
1808             grid [button $con.con.free -width 22 -text "Set Free Variable" -command {RB_Con_But_Proc $::rbaddresses free}] -row 2 -column 1
1809             grid [button $con.con.const -width 22 -text "Do Not Refine Variables" -command {RB_Con_But_Proc $::rbaddresses ""}] -row 3 -column 1
1810             grid [button $con.con.var -width 22 -text "Set Constrained Variables" -command {RB_Con_But_Proc $::rbaddresses $::rb_var_name; incr ::varnum; set ::rb_var_name "var$::varnum"}] -row 4 -column 1
1811             grid [entry $con.con.vare -textvariable ::rb_var_name -width 5] -row 4 -column 2
1812             grid [button $con.con.clear -width 22 -text "Clear All Variables" -command {RB_Variable_Clear}] -row 5 -column 1
1813
1814             grid [label $con.terminate.originlabel -text "Origin Damping Factor "] -row 5 -column 1
1815             eval tk_optionMenu $con.terminate.origindamp ::rb_damp_origin 0 1 2 3 4 5 6 7 8 9
1816             grid $con.terminate.origindamp -row 5 -column 2
1817             $con.terminate.origindamp config -width 4 -state disable
1818
1819             grid [label $con.terminate.anglelabel -text "Angle Damping Factor "] -row 6 -column 1
1820             eval tk_optionMenu $con.terminate.angledamp ::rb_damp_angle 0 1 2 3 4 5 6 7 8 9
1821             grid $con.terminate.angledamp -row 6 -column 2
1822             $con.terminate.angledamp config -width 4 -state disable
1823
1824             grid [button $con.terminate.save -width 22 -text "Assign Variables and Save" -command RB_Var_Assign] -row 7 -column 1 -columnspan 2
1825             grid [button $con.terminate.abort -width 22 -text "Abort" -command  {destroy .refcon}] -row 8 -column 1 -columnspan 2
1826
1827}
1828
1829proc RB_Variable_Clear {} {
1830     foreach var $::rb_var_list {
1831             set $var ""
1832     }
1833     foreach var $::rb_var_list_tls {
1834             set $var ""
1835     }
1836
1837}
1838
1839proc RB_Con_But_Proc {addresses change args} {
1840#     puts "$addresses $change"
1841     foreach address $addresses {
1842             set a [eval $address cget -bg]
1843             if {$a == "yellow"} {
1844                set var [eval $address cget -textvariable]
1845                set $var $change
1846                $address config -relief raised -bg lightgray
1847              }
1848     }
1849}
1850
1851#procedure to turn buttons on (sunken yellow) and off (lightgray raised).
1852proc RB_Con_Button {address args} {
1853     set a [eval $address cget -relief]
1854     if {$a == "raised"} {
1855        $address config -relief sunken -bg yellow
1856     }
1857     if {$a == "sunken"} {
1858        $address config -relief raised
1859        $address config -bg lightgray
1860     }
1861}
1862
1863
1864
1865#procedure to determine next available variable number for GSAS
1866proc RB_Var_Gen {varcount args} {
1867     while {[lsearch $::rb_varlist $varcount] != -1} {incr varcount}
1868     lappend ::rb_varlist $varcount
1869     return $varcount
1870}
1871
1872#procedure to assign variable names to relationships
1873proc RB_Var_Assign {args} {
1874     set ::rb_varlist [RigidBodyGetVarNums]
1875     set varcount 1
1876     set varlist ""
1877     catch {array unset rb_var_temp}
1878     foreach var $::rb_var_list {
1879            if {[set $var] == ""} {
1880               set $var 0
1881            } elseif {[set $var] == "free"} {
1882                     set $var [RB_Var_Gen $varcount]
1883                     set varcount [set $var]
1884            } else {
1885#                     puts [lsearch $varlist [set $var]]
1886                     if {[lsearch $varlist [set $var]] == -1} {
1887                        lappend varlist [set $var]
1888#                        puts $varlist
1889                        set rb_variable([set $var]) [RB_Var_Gen $varcount]
1890                        set $var $rb_variable([set $var])
1891
1892                     } else {
1893                        set $var $rb_variable([set $var])
1894                     }
1895             }
1896     }
1897
1898          foreach var $::rb_var_list_tls {
1899            if {[set $var] == ""} {
1900               set $var 0
1901            } elseif {[set $var] == "free"} {
1902                     set $var [RB_Var_Gen $varcount]
1903                     set varcount [set $var]
1904            } else {
1905#                     puts [lsearch $varlist [set $var]]
1906                     if {[lsearch $varlist [set $var]] == -1} {
1907                        lappend varlist [set $var]
1908#                        puts $varlist
1909                        set rb_variable([set $var]) [RB_Var_Gen $varcount]
1910                        set $var $rb_variable([set $var])
1911
1912                     } else {
1913                        set $var $rb_variable([set $var])
1914                     }
1915             }
1916     }
1917
1918     RB_Var_Save
1919     incr ::expgui(changed)
1920     destroy .refcon
1921}
1922
1923#procedure for enabling refinement flags
1924proc RB_Ref_FlagEnable {phasenum bodnum mapnum var val args} {
1925          set atomlist ""
1926          set atomnum $::rb_map_beginning($phasenum,$bodnum,$mapnum)
1927          for {set j 1} {$j <=$::rb_coord_num($bodnum,1)} {incr j} {
1928               lappend atomlist $atomnum
1929               incr atomnum
1930          }
1931          atominfo $phasenum $atomlist $var set $val
1932
1933 }
1934
1935
1936
1937
1938#procedure to send variable numbers to EXP file.
1939proc RB_Var_Save {args} {
1940
1941     #Determine number of rigid bodies and rigid body mappings
1942     set rb_num [RigidBodyList]
1943     foreach phasenum $::expmap(phaselist) {
1944          foreach bodnum $rb_num {
1945               set rb_map_num($phasenum,$bodnum) [RigidBodyMappingList $phasenum $bodnum]
1946               foreach mapnum $rb_map_num($phasenum,$bodnum) {
1947                       set refcoordflag 0
1948                       set reftlsflag 0
1949                       set rb_list "$::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,x) \
1950                           $::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,y) $::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,z) \
1951                           $::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,e1) $::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,e2) \
1952                           $::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,e3) 0 0 0"
1953                       RigidBodyVary $phasenum $bodnum $mapnum $rb_list
1954                       RecordMacroEntry "incr expgui(changed); RigidBodyVary $phasenum $bodnum $mapnum [list $rb_list]" 0
1955                       foreach test $rb_list {
1956                            if {$test != 0} {
1957                               set refcoordflag 1
1958                            }
1959                       }
1960                          RB_Ref_FlagEnable $phasenum $bodnum $mapnum xref $refcoordflag
1961
1962                       if {$::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,tls) == 1} {
1963                           set rb_tls "$::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,t11) $::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,t22) \
1964                               $::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,t33) $::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,t12) \
1965                               $::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,t13) $::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,t23) \
1966                               $::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,l11) $::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,l22) \
1967                               $::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,l33) $::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,l12) \
1968                               $::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,l13) $::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,l23) \
1969                               $::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,s12) $::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,s13) \
1970                               $::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,s21) $::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,s23) \
1971                               $::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,s31) $::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,s32) \
1972                               $::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,saa) $::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,sbb)"
1973#                           puts "TLS param save for $rb_tls"
1974                           RigidBodyTLSVary $phasenum $bodnum $mapnum $rb_tls
1975                           RecordMacroEntry "RigidBodyTLSVary $phasenum $bodnum $mapnum [list $rb_tls]" 0
1976                           foreach test $rb_tls {
1977                            if {$test != 0} {
1978                               set reftlsflag 1
1979                            }
1980                       }
1981                          RB_Ref_FlagEnable $phasenum $bodnum $mapnum uref $reftlsflag
1982                       }
1983                       incr ::expgui(changed)
1984                       RecordMacroEntry "incr expgui(changed)" 0
1985
1986               }
1987          }
1988#     puts "phasenumber is $phasenum"
1989     DisplayAllAtoms $phasenum
1990#need to track body number from button on notebook page.  Below is a temporary fix
1991      RB_Control_Panel $::rb_panel
1992#     RB_Populate $::rb_notebook 1
1993     }
1994}
1995
1996# procedure to turn tls buttons on or off
1997proc RB_TLS_Onoff {phasenum main bodnum mapnum} {
1998
1999      lappend tlsparam $main.t11ref($phasenum,$bodnum,$mapnum) $main.t22ref($phasenum,$bodnum,$mapnum) $main.t33ref($phasenum,$bodnum,$mapnum) \
2000              $main.t12ref($phasenum,$bodnum,$mapnum) $main.t13ref($phasenum,$bodnum,$mapnum) $main.t23ref($phasenum,$bodnum,$mapnum) \
2001              $main.l11ref($phasenum,$bodnum,$mapnum) $main.l22ref($phasenum,$bodnum,$mapnum) $main.l33ref($phasenum,$bodnum,$mapnum) \
2002              $main.l12ref($phasenum,$bodnum,$mapnum) $main.l13ref($phasenum,$bodnum,$mapnum) $main.l23ref($phasenum,$bodnum,$mapnum) \
2003              $main.s12ref($phasenum,$bodnum,$mapnum) $main.s13ref($phasenum,$bodnum,$mapnum) $main.s21ref($phasenum,$bodnum,$mapnum) \
2004              $main.s23ref($phasenum,$bodnum,$mapnum) $main.s31ref($phasenum,$bodnum,$mapnum) $main.s32ref($phasenum,$bodnum,$mapnum) \
2005              $main.saaref($phasenum,$bodnum,$mapnum) $main.sbbref($phasenum,$bodnum,$mapnum)
2006#      puts $tlsparam
2007              if {$::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,tls) == 0} {
2008                        RigidBodyEnableTLS $phasenum $bodnum $mapnum 0
2009                        foreach x $tlsparam {
2010                                $x config -state disable -relief sunken
2011                        }
2012              } else {
2013                        RigidBodyEnableTLS $phasenum $bodnum $mapnum 1
2014                        foreach x $tlsparam {
2015                                $x config -state normal -relief raised
2016                        }
2017              }
2018}
2019
2020
2021proc RB_Load_Vars {phasenum bodnum mapnum args} {
2022     foreach var $::rb_map_positionvars($phasenum,$bodnum,$mapnum) {
2023             catch {unset temp($var)}
2024     }
2025
2026     foreach var $::rb_map_positionvars($phasenum,$bodnum,$mapnum) {
2027             if {[info exists temp($var)] == "0"} {
2028                set temp($var) $var
2029                } else {
2030                  lappend mulvarlist $var
2031             }
2032     }
2033
2034     foreach var $::rb_map_tls_var($phasenum,$bodnum,$mapnum) {
2035             if {[info exists temp($var)] == "0"} {
2036                set temp($var) $var
2037             } else {
2038                lappend mulvarlist $var
2039             }
2040     }
2041
2042     set ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,x) [RB_VarSet [lindex $::rb_map_positionvars($phasenum,$bodnum,$mapnum) 0] $mulvarlist]
2043     set ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,y) [RB_VarSet [lindex $::rb_map_positionvars($phasenum,$bodnum,$mapnum) 1] $mulvarlist]
2044     set ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,z) [RB_VarSet [lindex $::rb_map_positionvars($phasenum,$bodnum,$mapnum) 2] $mulvarlist]
2045
2046     lappend ::rb_var_list ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,x) ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,y) ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,z)
2047
2048     set ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,e1) [RB_VarSet [lindex $::rb_map_positionvars($phasenum,$bodnum,$mapnum) 3] $mulvarlist]
2049     set ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,e2) [RB_VarSet [lindex $::rb_map_positionvars($phasenum,$bodnum,$mapnum) 4] $mulvarlist]
2050     set ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,e3) [RB_VarSet [lindex $::rb_map_positionvars($phasenum,$bodnum,$mapnum) 5] $mulvarlist]
2051
2052     lappend ::rb_var_list ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,e1) ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,e2) ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,e3)
2053
2054     if {$::rb_map_tls_var($phasenum,$bodnum,$mapnum) != ""} {
2055
2056
2057          set ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,t11) [RB_VarSet [lindex $::rb_map_tls_var($phasenum,$bodnum,$mapnum) 0] $mulvarlist]
2058          set ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,t22) [RB_VarSet [lindex $::rb_map_tls_var($phasenum,$bodnum,$mapnum) 1] $mulvarlist]
2059          set ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,t33) [RB_VarSet [lindex $::rb_map_tls_var($phasenum,$bodnum,$mapnum) 2] $mulvarlist]
2060          set ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,t12) [RB_VarSet [lindex $::rb_map_tls_var($phasenum,$bodnum,$mapnum) 3] $mulvarlist]
2061          set ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,t13) [RB_VarSet [lindex $::rb_map_tls_var($phasenum,$bodnum,$mapnum) 4] $mulvarlist]
2062          set ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,t23) [RB_VarSet [lindex $::rb_map_tls_var($phasenum,$bodnum,$mapnum) 5] $mulvarlist]
2063
2064          lappend ::rb_var_list_tls ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,t11) ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,t22) ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,t33)
2065          lappend ::rb_var_list_tls ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,t12) ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,t13) ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,t23)
2066
2067          set ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,l11) [RB_VarSet [lindex $::rb_map_tls_var($phasenum,$bodnum,$mapnum) 6] $mulvarlist]
2068          set ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,l22) [RB_VarSet [lindex $::rb_map_tls_var($phasenum,$bodnum,$mapnum) 7] $mulvarlist]
2069          set ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,l33) [RB_VarSet [lindex $::rb_map_tls_var($phasenum,$bodnum,$mapnum) 8] $mulvarlist]
2070          set ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,l12) [RB_VarSet [lindex $::rb_map_tls_var($phasenum,$bodnum,$mapnum) 9] $mulvarlist]
2071          set ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,l13) [RB_VarSet [lindex $::rb_map_tls_var($phasenum,$bodnum,$mapnum) 10] $mulvarlist]
2072          set ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,l23) [RB_VarSet [lindex $::rb_map_tls_var($phasenum,$bodnum,$mapnum) 11] $mulvarlist]
2073
2074          lappend ::rb_var_list_tls ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,l11) ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,l22) ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,l33)
2075          lappend ::rb_var_list_tls ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,l12) ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,l13) ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,l23)
2076
2077          set ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,s12) [RB_VarSet [lindex $::rb_map_tls_var($phasenum,$bodnum,$mapnum) 12] $mulvarlist]
2078          set ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,s13) [RB_VarSet [lindex $::rb_map_tls_var($phasenum,$bodnum,$mapnum) 13] $mulvarlist]
2079          set ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,s21) [RB_VarSet [lindex $::rb_map_tls_var($phasenum,$bodnum,$mapnum) 14] $mulvarlist]
2080          set ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,s23) [RB_VarSet [lindex $::rb_map_tls_var($phasenum,$bodnum,$mapnum) 15] $mulvarlist]
2081          set ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,s31) [RB_VarSet [lindex $::rb_map_tls_var($phasenum,$bodnum,$mapnum) 16] $mulvarlist]
2082          set ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,s32) [RB_VarSet [lindex $::rb_map_tls_var($phasenum,$bodnum,$mapnum) 17] $mulvarlist]
2083          set ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,saa) [RB_VarSet [lindex $::rb_map_tls_var($phasenum,$bodnum,$mapnum) 18] $mulvarlist]
2084          set ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,sbb) [RB_VarSet [lindex $::rb_map_tls_var($phasenum,$bodnum,$mapnum) 19] $mulvarlist]
2085
2086          lappend ::rb_var_list_tls ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,s12) ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,s13) ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,s21)
2087          lappend ::rb_var_list_tls ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,s23) ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,s31) ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,s32)
2088          lappend ::rb_var_list_tls ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,saa) ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,sbb)
2089
2090          set ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,tls) 1
2091
2092     } else {
2093          set ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,t11) ""
2094          set ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,t22) ""
2095          set ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,t33) ""
2096          set ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,t12) ""
2097          set ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,t13) ""
2098          set ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,t23) ""
2099
2100          lappend ::rb_var_list_tls ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,t11) ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,t22) ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,t33)
2101          lappend ::rb_var_list_tls ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,t12) ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,t13) ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,t23)
2102
2103          set ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,l11) ""
2104          set ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,l22) ""
2105          set ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,l33) ""
2106          set ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,l12) ""
2107          set ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,l13) ""
2108          set ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,l23) ""
2109
2110          lappend ::rb_var_list_tls ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,l11) ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,l22) ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,l33)
2111          lappend ::rb_var_list_tls ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,l12) ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,l13) ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,l23)
2112
2113          set ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,s12) ""
2114          set ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,s13) ""
2115          set ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,s21) ""
2116          set ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,s23) ""
2117          set ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,s31) ""
2118          set ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,s32) ""
2119          set ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,saa) ""
2120          set ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,sbb) ""
2121
2122          lappend ::rb_var_list_tls ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,s12) ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,s13) ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,s21)
2123          lappend ::rb_var_list_tls ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,s23) ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,s31) ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,s32)
2124          lappend ::rb_var_list_tls ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,saa) ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,sbb)
2125
2126          set ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,tls) 0
2127     }
2128
2129}
2130
2131proc RB_VarSet {varin mulvarlist args} {
2132     if {$varin == 0} {set varout ""
2133        } else {
2134          set temp [lsearch $mulvarlist $varin]
2135          if {$temp == "-1"} {set varout "free"
2136                 } else {
2137                   set varout var$varin
2138              }
2139     }
2140     return $varout
2141}
2142
2143#returns next unused rigid body number
2144proc RB_New_RBnum {args} {
2145
2146     set temp [RigidBodyList]
2147     for {set count 1} {[lsearch $temp $count] != -1} {incr count} {
2148     }
2149     return $count
2150}
2151
2152proc RB_CartesianTextFile {bodnum args} {
2153    if {$::rb_matrix_num($bodnum) > 1} {
2154       MyMessageBox -message "Multiple matrices present, cannot save coordinates to file"
2155       return
2156    }
2157    set rb_file_write [tk_getSaveFile -filetypes {{"Cartesian output" .cart} {"All files" *}}]
2158    set fh [open $rb_file_write w]
2159    set coordnummax $::rb_coord_num($bodnum,1)
2160    for {set coord 0} {$coord < $coordnummax} {incr coord} {
2161        set line [list $::rb_x($bodnum,1,$coord) $::rb_y($bodnum,1,$coord) $::rb_z($bodnum,1,$coord)]
2162#        puts $line
2163#        puts $fh $line
2164    }
2165    close $fh
2166}
2167
2168############################################################################################
2169proc RB_View_Parameters {phase x y args} {
2170   set euler     $::rb_map_euler($phase,$x,$y)
2171   set positions $::rb_map_positions($phase,$x,$y)
2172   set damping   $::rb_map_damping($phase,$x,$y)
2173   catch {destroy .viewparam}
2174   set vp .viewparam
2175   toplevel $vp
2176   wm title $vp "Refinement Options"
2177   frame $vp.con -bd 2 -relief groove
2178   frame $vp.spa -bd 2 -relief groove
2179   frame $vp.refflag -bd 2 -relief groove
2180   grid $vp.con -row 0 -column 0
2181
2182   grid $vp.spa -row 2 -column 0
2183   grid $vp.refflag -row 1 -column 0
2184
2185   set con $vp.con
2186   label $con.lbl -text "Refine: "
2187   button $con.tog -text "off"
2188   grid $con.lbl -row 0 -column 0
2189   grid $con.tog -row 0 -column 1
2190
2191   grid [label $vp.spa.lbl1 -text "Supplemental Position Angles"] row 0 -column 0 -columnspan 3
2192   set ::e_angle1$y [lindex [lindex $euler 3] 0]
2193
2194   set ::e_angle2$y [lindex [lindex $euler 4] 0]
2195   set ::e_angle3$y [lindex [lindex $euler 5] 0]
2196   grid [label $vp.spa.angle1l -text "Sup. Angle 1"] -row 1 -column 0
2197   grid [label $vp.spa.angle2l -text "Sup. Angle 2"] -row 2 -column 0
2198   grid [label $vp.spa.angle3l -text "Sup. Angle 3"] -row 3 -column 0
2199   grid [entry $vp.spa.angle1 -textvariable ::e_angle1$y] -row 1 -column 1
2200   grid [entry $vp.spa.angle2 -textvariable ::e_angle2$y] -row 2 -column 1
2201   grid [entry $vp.spa.angle3 -textvariable ::e_angle3$y] -row 3 -column 1
2202
2203   set e_axis1 [lindex [lindex $euler 3] 1]
2204   set e_axis2 [lindex [lindex $euler 4] 1]
2205   set e_axis3 [lindex [lindex $euler 5] 1]
2206
2207   grid [label $vp.refflag.lbl1 -text "Refinement Flags"] -row 0 -column 0 -columnspan 3
2208   grid [label $vp.refflag.x_axis -text "X-axis"] -row 1 -column 0
2209   grid [label $vp.refflag.y_axis -text "Y-axis"] -row 1 -column 1
2210   grid [label $vp.refflag.z_axis -text "Z-axis"] -row 1 -column 2
2211   grid [label $vp.refflag.euler1 -text "Euler Angle 1"] -row 3 -column 0
2212   grid [label $vp.refflag.euler2 -text "Euler Angle 2"] -row 3 -column 1
2213   grid [label $vp.refflag.euler3 -text "Euler Angle 3"] -row 3 -column 2
2214   grid [label $vp.refflag.sup1 -text "Sup. Angle 1"] -row 5 -column 0
2215   grid [label $vp.refflag.sup2 -text "Sup. Angle 2"] -row 5 -column 1
2216   grid [label $vp.refflag.sup3 -text "Sup. Angle 3"] -row 5 -column 2
2217
2218   for {set j 0} {$j < 9} {incr j} {
2219       label $vp.refflag.$j -text [lindex $positions $j]
2220   }
2221   grid $vp.refflag.0 -row 2 -column 0
2222   grid $vp.refflag.1 -row 2 -column 1
2223   grid $vp.refflag.2 -row 2 -column 2
2224   grid $vp.refflag.3 -row 4 -column 0
2225   grid $vp.refflag.4 -row 4 -column 1
2226   grid $vp.refflag.5 -row 4 -column 2
2227   grid $vp.refflag.6 -row 6 -column 0
2228   grid $vp.refflag.7 -row 6 -column 1
2229   grid $vp.refflag.8 -row 6 -column 2
2230
2231}
2232
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.