source: branches/sandbox/rigid.tcl @ 1131

Last change on this file since 1131 was 1131, checked in by lake, 10 years ago

Rigid.tcl, expgui, addcmds.tcl and rbimport_cartesian.tcl updates. Simple sort routine added to Edit Matrix.

File size: 82.4 KB
Line 
1 #proc RB_Load_RBdata   loads rigid body data
2 #proc RB_Load_Mapdata  loads rigid body mapping data
3 #proc RB_Control_Panel
4 #proc RB_View_Matrix
5 #proc RB_Populate
6
7# debug code to load test files when run as an independent script
8if {[array name expgui shell] == ""} {
9    lappend auto_path c:/gsas/expgui
10    package require Tk
11    package require BWidget
12    set expgui(debug) 1
13    #package require La
14    #namespace import La::*
15    source c:/gsas/sandboxexpgui/readexp.tcl
16    source c:/gsas/sandboxexpgui/gsascmds.tcl
17    source C:/gsas/sandboxexpgui/rb.tcl
18#    puts beforeread
19    expload c:/crystals/expgui/rigid/rb6norb.exp
20    mapexp
21#    puts after
22} else {
23    source [file join $expgui(scriptdir) rb.tcl]
24}
25################################################################
26# Procedure to determine possible RB file formats available
27
28proc RB_Import_Data_Type {args} {
29    global expgui tcl_platform
30    # only needs to be done once
31    set ::rbtypelist ""
32
33    set files [glob -nocomplain [file join $expgui(scriptdir) rbimport_*.tcl]]
34    foreach filetype $files {
35          set temp [lindex [string map {_ " "} $filetype] 1]
36          lappend ::rbtypelist $temp
37    }
38    if {$::rbtypelist == ""} {lappend ::rbtypelist "no rigid body file types available"}
39    foreach filetype $::rbtypelist {
40            source $::expgui(scriptdir)/rbimport_$filetype
41    }
42    return $::rbtypelist
43}
44############################################################
45#global variables generated by RB_Load         (x = rigid body number
46#                                              y = matrix number
47#                                              z = coordinate number
48#          ::rb_map(bodytyp)                   number of times rigid body is mapped.
49#          ::rb_matrix_num(bodytyp)            number of matrices in rigid body.
50#          ::rb_mult(bodytyp,matrixnum)        multiplier for matrix.
51#          ::rb_damp(bodytyp,matrixnum)        damping factor for matrix.
52#          ::rb_var(bodytyp,matrixnum)         variable for matrix.
53#          ::rb_coord_num(bodytyp,matrixnum)   number of coordinates associated with matrix.
54#          ::rb_coord(bodytyp,matrixnum,coord) coordinates
55#          ::rb_x(bodytyp,matrixnum,coordnum)  x coordinate
56#          ::rb_y(bodytyp,matrixnum,coordnum)  y coordinate
57#          ::rb_z(bodytyp,matrixnum,coordnum   z coordinate
58#          ::rb_lbl(bodytyp,matrixnum,coordnum label for coordinate triplet
59
60proc RB_Load_RBdata {args} {
61    catch {unset ::rb}
62    #Loop over the rigid body types in EXP file
63    foreach bodytyp [RigidBodyList] {
64             set rb($bodytyp) [ReadRigidBody $bodytyp]
65             #Set the number of times rigid body is mapped.
66             set ::rb_map($bodytyp) [lindex $rb($bodytyp) 0]
67
68             #define the matrices
69             set rb_mat [lindex $rb($bodytyp) 1]
70             set ::rb_matrix_num($bodytyp) [llength $rb_mat]
71             for {set matrixnum 1} {$matrixnum <= $::rb_matrix_num($bodytyp)} {incr matrixnum} {
72                 set temp [lindex $rb_mat [expr $matrixnum - 1]]
73                 set ::rb_mult($bodytyp,$matrixnum) [lindex $temp 0]
74                 set ::rb_damp($bodytyp,$matrixnum) [lindex $temp 1]
75                 set ::rb_var($bodytyp,$matrixnum)  [lindex $temp 2]
76                 set coords [lindex $temp 3]
77                 set ::rb_coord_num($bodytyp,$matrixnum) [llength $coords]
78                 #load all coordniate information for matrix matrixnum
79                 for {set coordnum 0} {$coordnum < $::rb_coord_num($bodytyp,$matrixnum)} {incr coordnum} {
80                     set ::rb_coord($bodytyp,$matrixnum,$coordnum) [lindex $coords $coordnum]
81                     set ::rb_x($bodytyp,$matrixnum,$coordnum) [lindex $::rb_coord($bodytyp,$matrixnum,$coordnum) 0]
82                     set ::rb_y($bodytyp,$matrixnum,$coordnum) [lindex $::rb_coord($bodytyp,$matrixnum,$coordnum) 0]
83                     set ::rb_z($bodytyp,$matrixnum,$coordnum) [lindex $::rb_coord($bodytyp,$matrixnum,$coordnum) 0]
84                     set ::rb_lbl($bodytyp,$matrixnum,$coordnum) [lindex $::rb_coord($bodytyp,$matrixnum,$coordnum) 0]
85                 }
86             }
87     }
88}
89
90############################################
91#           ::rb_map_beginning(phase,bodytyp,mapnum)   first atom in list
92#           ::rb_map_origin(phase,bodytyp,mapnum)      origin of rigid body
93#           ::rb_map_euler(phase,bodytyp,mapnum)       euler angles of rigid body
94#           ::rb_map_positions(phase,bodytyp,mapnum)   positions
95#           ::rb_map_damping(phase,bodytyp,mapnum)     damping
96#           ::rb_map_tls(phase,bodytyp,mapnum)         tls
97#           ::rb_map_tls_var(phase,bodytyp,mapnum)
98#           ::rb_map_tls_damp(phase,bodytyp,mapnum)
99proc RB_Load_Mapdata {phase bodytyp mapnum} {
100     set rb_map [ReadRigidBodyMapping $phase $bodytyp $mapnum]
101     set ::rb_map_beginning($phase,$bodytyp,$mapnum) [lindex $rb_map 0]
102     set ::rb_map_origin($phase,$bodytyp,$mapnum) [lindex $rb_map 1]
103     set ::rb_map_euler($phase,$bodytyp,$mapnum) [lindex $rb_map 2]
104     set ::rb_map_positionvars($phase,$bodytyp,$mapnum) [lindex $rb_map 3]
105     set ::rb_map_damping($phase,$bodytyp,$mapnum) [lindex $rb_map 4]
106     set ::rb_map_tls($phase,$bodytyp,$mapnum) [lindex $rb_map 5]
107     set ::rb_map_tls_var($phase,$bodytyp,$mapnum) [lindex $rb_map 6]
108     set ::rb_map_tls_damp($phase,$bodytyp,$mapnum) [lindex $rb_map 7]
109}
110
111#############################################
112#   rcb     .a               initial rigid body control panel.
113#   panelnum                 the notebook panel to be accessed.
114#::rb_notebook              the notebook containing all rigid body panels.
115
116proc RB_Control_Panel {panelnum args} {
117     #set rcb .a
118     #destroy $rcb
119     #catch {toplevel $rcb} err
120     set rcb $::expgui(rbFrame)
121     eval destroy [winfo children $rcb]
122     #wm title $rcb "Rigid Body Control Panel"
123     #wm geometry $rcb 700x600+10+10
124     set rb_nb $rcb.nb
125
126     # Enable NoteBook from BWidget package
127
128     set ::rb_notebook [NoteBook $rb_nb -side bottom]
129     # loop over rigid body types, create notebook pages
130     set pagelist {}
131
132     # add create rigid body page and populate page
133     $::rb_notebook insert 0 rb_body0 -text "Create Rigid Body" \
134     -raisecmd "RB_Create"
135     lappend pagelist rb_body0
136
137
138     foreach bodnum [RigidBodyList] {
139         $::rb_notebook insert $bodnum rb_body$bodnum -text "Rigid Body Type $bodnum"  \
140         -raisecmd "RB_Populate $::rb_notebook $bodnum"
141        lappend pagelist rb_body$bodnum
142     }
143
144    # grid notebook
145    grid $::rb_notebook -sticky news -column 0 -row 1 -columnspan 2
146    grid columnconfig $rcb 1 -weight 1
147    grid rowconfig    $rcb 1 -weight 1
148    $::rb_notebook raise [lindex $pagelist $panelnum]
149}
150
151############################################
152# Procedure to create new rigid body
153
154proc RB_Create {args} {
155     RB_Import_Data_Type
156     $::rb_notebook raise [$::rb_notebook page 0]
157     #sets the new rigidbody number
158     set bodytyp [expr [llength [RigidBodyList]] + 1]
159     #sets the phase list
160     set phase $::expmap(phaselist)
161     set pane [$::rb_notebook getframe rb_body0]
162     eval destroy [winfo children $pane]
163     set con0 $pane.con0
164     #set con1 $pane.con1
165     #set con2 $pane.con2
166     #set con3 $pane.con3
167
168     #initialize matrix number, multiplier and number of coordinates
169     set ::rb_matrix_num($bodytyp) 1
170     set ::rb_mult($bodytyp,1) 1.000
171     
172     if {[info vars ::rb_coord_num($bodytyp,1)] == ""} {set ::rb_coord_num($bodytyp,1) 1}
173
174     #set check variables to see if number of matricies or coordinates incremented.
175     set ::rb_mat_num_check 0
176     set ::rb_atom_num_check 0
177
178     #building rigid body creation frames
179     pack [frame $con0 -bd 2 -relief groove] -side top -pady 10
180     
181      set ::rb_loader(manual) NewBodyTypeWindow
182     set ::rb_descriptor(manual) "Manual Input"
183
184
185     set filedescriptors ""
186     set filearray [array names ::rb_descriptor]
187     foreach file $filearray {
188             lappend filedescriptors $::rb_descriptor($file)
189     }
190
191     set filecount 0
192     set ::rb_file_loader "File Descriptions"
193     grid [label $con0.lbl -text "Data Input Type: "] -row 0 -column 0
194     set menu [eval tk_optionMenu $con0.filematrix ::rb_file_loader $filedescriptors]
195         foreach file $filearray {
196                 $menu entryconfig $filecount -command "eval $::rb_loader($file)"
197                 incr filecount
198         }
199     $con0.filematrix configure -width 17
200     grid $con0.filematrix -row 0 -column 1
201
202
203     #grid [button $con0.but -text "Create from window" -width 20 -command NewBodyTypeWindow] -row 2 -column 0 -padx 5 -pady 5 -columnspan 2
204     #grid [button $con0.cartload -text "Create from file \n cartesian coordinates" -width 20 -command "RB_Cartesian_Load"] -row 0 -column 1
205     #grid [button $con0.cartz -text "Create from \n Z-Matrix" -width 20 -command "RB_Zmat_Load"] -row 1 -column 1 -padx 5 -pady 5
206     grid [button $con0.fixfrag -text "Fix Molecular \n Fragment" -width 20 -command "RB_Fixfrag_Load"] -row 1 -column 0 -padx 5 -pady 5 -columnspan 2
207
208
209}
210
211############################################################
212#procedure to create tables of cartesian coordinates
213
214proc RB_Create_Cart {bodytyp location args} {
215     if {$::rb_matrix_num($bodytyp) == $::rb_mat_num_check && $::rb_coord_num($bodytyp,1) == $::rb_atom_num_check} {return}
216     if {[catch {expr $::rb_matrix_num($bodytyp)}] == 1 || [catch {expr $::rb_coord_num($bodytyp,1)}] == 1} {return}
217     if {$::rb_matrix_num($bodytyp) != int($::rb_matrix_num($bodytyp)) || $::rb_coord_num($bodytyp,1) != int($::rb_coord_num($bodytyp,1)) } {return}
218     eval destroy [winfo children $location]
219
220     foreach {top main side lbl} [MakeScrollTable $location] {}
221     set ::rb_atom_num_check $::rb_coord_num($bodytyp,1)
222     set ::rb_mat_num_check $::rb_matrix_num($bodytyp)
223     set col 0
224     grid [label $top.multilbl -text "Matrix Multiplier"] -row 1 -column 0
225     grid [label $top.damplbl -text "Damping Factor"] -row 2 -column 0
226     for {set matrixnum 1} {$matrixnum <= $::rb_matrix_num($bodytyp)} {incr matrixnum} {
227          grid [label $top.matlbl$matrixnum -text "Matrix $matrixnum"] -row 0 -column [expr $col + 2]
228          grid [entry $top.multi$matrixnum -textvariable ::rb_mult($bodytyp,$matrixnum) -width 7 -takefocus 1] -row 1 -column [expr $col +2]
229          grid [entry $top.damp$matrixnum -textvariable ::rb_damp($bodytyp,$matrixnum) -width 7 -takefocus 1] -row 2 -column  [expr $col +2]
230          if {$::rb_mult($bodytyp,$matrixnum) == ""} {set ::rb_mult($bodytyp,$matrixnum) 1.000}
231          if {$::rb_damp($bodytyp,$matrixnum) == ""} {set ::rb_damp($bodytyp,$matrixnum) 0}
232
233          grid [label $main.x$matrixnum -text "X"] -row 0 -column [expr $col + 1]
234          grid [label $main.y$matrixnum -text "Y"] -row 0 -column [expr $col + 2]
235          grid [label $main.z$matrixnum -text "Z"] -row 0 -column [expr $col + 3]
236          grid [label $main.b$matrixnum -text "    "] -row 0 -column [expr $col +4]
237          incr col 4
238     }
239
240     for {set coordnum 1} {$coordnum <= $::rb_coord_num($bodytyp,1)} {incr coordnum} {
241          grid [label $main.lbl$coordnum -text "Site $coordnum"] -row [expr $coordnum+10] -column 0
242          set col 0
243          for {set matrixnum 1} {$matrixnum <= $::rb_matrix_num($bodytyp)} {incr matrixnum} {
244              grid [entry $main.x($matrixnum,$coordnum) -textvariable ::rb_x($bodytyp,$matrixnum,$coordnum) -width 8 -takefocus 1] -row [expr $coordnum+10] -column [expr $col + 1]
245              if {$::rb_x($bodytyp,$matrixnum,$coordnum) == ""} {set ::rb_x($bodytyp,$matrixnum,$coordnum) 0}
246              grid [entry $main.y($matrixnum,$coordnum) -textvariable ::rb_y($bodytyp,$matrixnum,$coordnum) -width 8 -takefocus 1] -row [expr $coordnum+10] -column [expr $col + 2]
247              if {$::rb_y($bodytyp,$matrixnum,$coordnum) == ""} {set ::rb_y($bodytyp,$matrixnum,$coordnum) 0}
248              grid [entry $main.z($matrixnum,$coordnum) -textvariable ::rb_z($bodytyp,$matrixnum,$coordnum) -width 8 -takefocus 1] -row [expr $coordnum+10] -column [expr $col + 3]
249              if {$::rb_z($bodytyp,$matrixnum,$coordnum) == ""} {set ::rb_z($bodytyp,$matrixnum,$coordnum) 0}
250              grid [label $main.b($matrixnum,$coordnum) -text "    "] -row [expr $coordnum+10]  -column [expr $col +4]
251              incr col 4
252          }
253          ResizeScrollTable $location
254     }
255}
256########################################################
257# Procedure to save new rigid body to EXP file.
258
259proc RB_Create_Save {bodytyp args} {
260     set temp_mat ""
261     set temp_car ""
262     set temp_mat_group ""
263     set temp_car_group ""
264     set total ""
265#     puts $::::rb_coord_num($bodytyp,1)
266     for {set matrixnum 1} {$matrixnum <= $::rb_matrix_num($bodytyp)} {incr matrixnum} {
267         lappend temp_mat $::rb_mult($bodytyp,$matrixnum)
268     }
269
270     for {set matrixnum 1} {$matrixnum <= $::rb_matrix_num($bodytyp)} {incr matrixnum} {
271         for {set coordnum 1} {$coordnum <= $::rb_coord_num($bodytyp,1)} {incr coordnum} {
272                  set temp_cart_triplet "$::rb_x($bodytyp,$matrixnum,$coordnum) $::rb_y($bodytyp,$matrixnum,$coordnum) $::rb_z($bodytyp,$matrixnum,$coordnum)"
273                  lappend temp $temp_cart_triplet
274         }
275         lappend temp_car $temp
276     }
277#     puts "sites: $::rb_coord_num($bodytyp,1)"
278#     puts "matrix multiplier:  $temp_mat"
279#     puts "cartesian coords:   $temp_car"
280     AddRigidBody $temp_mat $temp_car
281
282     incr ::expgui(changed)
283     destroy .nbt
284     RB_Load_RBdata
285     RB_Control_Panel $bodytyp
286}
287
288###################################################
289# Procedures to delete rigid bodies
290
291proc RB_Delete_Body {bodytyp location args} {
292     destroy $location.delete
293     set really $location.delete
294     toplevel $really
295     putontop $really
296     wm title $really "Delete Rigid Body"
297     #wm geometry $really 250x250+10+10
298     grid [label $really.lbl -text "Confirm \n Is rigid body $bodytyp to be deleted?"] -row 0 -column 0 -columnspan 2 -pady 15
299
300     grid [button $really.save -text "Delete" -bg red -command "RB_Delete_Body_Confirm $bodytyp $location.delete"] \
301          -row 1 -column 0 -padx 5 -pady 5
302     grid [button $really.abort -text "Abort" -bg green -command "RB_Control_Panel $bodytyp"] -row 1 -column 1 \
303          -padx 5 -pady 5
304}
305
306proc RB_Delete_Body_Confirm {bodytyp location args} {
307
308 #   unmap all instances of the rigid body
309     foreach p $::expmap(phaselist) {
310             foreach map [RigidBodyMappingList $p $bodytyp] {
311                     UnMapRigidBody $p $bodytyp $map
312             }
313#       lappend pagelist rb_body$x
314     }
315#    delete the rigid body
316#     puts "delete rigid body number $bodytyp"
317     DeleteRigidBody $bodytyp
318#     puts "destroy location $location"
319     destroy $location
320#    increment expgui
321     incr ::expgui(changed)
322     RB_Load_RBdata
323     RB_Control_Panel 0
324}
325
326############################################################
327# Procedure to populate notebook pages
328
329proc RB_Populate {rb_notebook bodytyp args} {
330     set ::rb_panel $bodytyp
331     set phaselist $::expmap(phaselist)
332     # set notebook frame
333     set pane [$rb_notebook getframe rb_body$bodytyp]
334     eval destroy [winfo children $pane]
335     set con $pane.con
336     grid [frame $con -bd 2 -relief groove] -row 0 -column 1 -pady 10
337
338     #Rigid body mapping control panel along with matrix multipliers and damping factor labels
339     grid [label  $con.rb_num -text "Rigid Body Type $bodytyp"] -row 0 -column 0 -padx 5 -pady 5
340     grid [button $con.rb_newmap -text "Map Body $bodytyp" -command "RB_Map_New $bodytyp" -width 18] -row 0 -column 1 -padx 5 -pady 5
341     grid [button $con.rb_unmap -text "Unmap Body $bodytyp" -command "RB_Unmap $bodytyp" -width 18] -row 0 -column 2 -padx 5 -pady 5
342     button $con.rb_delete -text "Delete Body $bodytyp" -command "RB_Delete_Body $bodytyp $con.rb_delete" -width 18
343     grid   $con.rb_delete -row 4 -column 2 -padx 5 -pady 5
344
345
346     grid [label $con.rb_mlbl1 -text "Matrix"] -row 1 -column 0
347     grid [label $con.rb_mlbl2 -text "Multiplier"] -row 2 -column 0
348     grid [label $con.rb_mlbl3 -text "Damping Factor"] -row 3 -column 0
349     grid [button $con.plot -text "Plot Rigid Body" -command "PlotRBtype $bodytyp" -width 18] -row 4 -column 0
350
351     set matrixnum 0
352     for {set mnum 1} {$mnum <= $::rb_matrix_num($bodytyp)} {incr mnum} {
353        incr matrixnum
354        grid [label $con.rb_mm$mnum   -text "$mnum"]                -row 1 -column $matrixnum
355        grid [label $con.rb_mult$mnum -text "$::rb_mult($bodytyp,$mnum)"] -row 2 -column $matrixnum
356        grid [label $con.rb_damp$mnum -text "$::rb_damp($bodytyp,$mnum)"] -row 3 -column $matrixnum
357     }
358
359     button $con.rb_vmatrix -text "Edit Matrix" -command "RB_Edit_Matrix $matrixnum" -width 18
360     grid   $con.rb_vmatrix -row 4 -column 1 -padx 5 -pady 5
361     grid [button $con.refine -text "Refinement \n Flags" -command "RB_Refine_Con" -width 18 ] -row 5 -column 1
362
363     # create header for mapping data
364     foreach {top main side lbl} [MakeScrollTable $pane] {}
365     grid [label $main.rb_origin -text "Origin"] -row 0 -column 3 -columnspan 3
366     grid [label $main.rb_euler -text "Euler Angles"] -row 0 -column 6 -columnspan 3
367     grid [label $main.rb_site -text "Sites"] -row 0 -column 10 -columnspan 3
368     grid [label $main.rb_ref -text "Phase"] -row 1 -column 2
369     grid [label $main.rb_map -text "Map"] -row 1 -column 1
370     grid [label $main.rb_x   -text "x"] -row 1 -column 3
371     grid [label $main.rb_y   -text "y"] -row 1 -column 4
372     grid [label $main.rb_z   -text "z"] -row 1 -column 5
373     grid [label $main.rb_euler_x -text "x"] -row 1 -column 6
374     grid [label $main.rb_euler_y -text "y"] -row 1 -column 7
375     grid [label $main.rb_euler_z -text "z"] -row 1 -column 8
376#     grid [label $main.rb_opt     -text "Refine"] -row 1 -column 9 -padx 8
377     set col 11
378     for {set coordnum 1} {$coordnum <= $::rb_coord_num($bodytyp,1)} {incr coordnum} {
379        label $main.rb_site$coordnum -text "$coordnum"
380        grid $main.rb_site$coordnum -row 1 -column $col -padx 5
381        incr col
382     }
383
384     # populate mapping data table
385     set row 2
386     foreach phase $phaselist {
387             incr row
388             foreach mapnum [RigidBodyMappingList $phase $bodytyp] {
389                      set row [expr $row + $mapnum]
390                      RB_Load_Mapdata $phase $bodytyp $mapnum
391                      grid [label $main.rb_map$phase$mapnum -text "$mapnum"] -row $row -column 1
392                      grid [label $main.rb_cb$phase$mapnum -text $phase] -row $row -column 2
393                      set origin $::rb_map_origin($phase,$bodytyp,$mapnum)
394
395                      grid [label $main.rb_x$phase$mapnum   -text "[format %1.3f [lindex $origin 0]]"] -row $row -column 3 -padx 5
396                      grid [label $main.rb_y$phase$mapnum   -text "[format %1.3f [lindex $origin 1]]"] -row $row -column 4 -padx 5
397                      grid [label $main.rb_z$phase$mapnum   -text "[format %1.3f [lindex $origin 2]]"] -row $row -column 5 -padx 5
398                      set euler $::rb_map_euler($phase,$bodytyp,$mapnum)
399                      for {set j 0} {$j < 3} {incr j} {
400                                  set euler1 [lindex $euler $j]
401                                  set angle  [lindex $euler1 0]
402                                  set axis   [lindex $euler1 1]
403                                  label $main.rb_euler_$phase$mapnum$axis -text "[format %1.2f $angle]"
404                      }
405#                      grid [button $main.rb_tls$phase$mapnum -text "Refine" -command "RB_Refine_Con" -width 7] -row $row -column 9
406                       grid [label $main.rb_tls$phase$mapnum -text "     "] -row $row -column 9
407                      set q 1
408                      grid $main.rb_euler_$phase$mapnum$q -row $row -column 6  -padx 5
409                      set q 2
410                      grid $main.rb_euler_$phase$mapnum$q -row $row -column 7 -padx 5
411                      set q 3
412                      grid $main.rb_euler_$phase$mapnum$q -row $row -column 8 -padx 5
413                      set col 11
414                      set atomnum $::rb_map_beginning($phase,$bodytyp,$mapnum)
415                      for {set j 1} {$j <=$::rb_coord_num($bodytyp,1)} {incr j} {
416                          set atom [atominfo $phase $atomnum label]
417                          grid [label $main.rb_site$phase$mapnum$j -text "$atom"] -row $row -column $col -padx 5
418                          incr atomnum
419                          incr col
420                      }
421             }
422     incr row
423     }
424     ResizeScrollTable $pane
425}
426
427
428#######################################################################
429# New Mapping Event
430# not updated
431
432proc RB_Map_New {bodytyp args} {
433    catch {unset ::rb_finput}
434    set ::rb_finput ""
435    set ::body_type $bodytyp
436    catch {destroy .newmap}
437    set nm .newmap
438    toplevel $nm
439    putontop $nm
440    wm title $nm "Map Rigid Body #$bodytyp"
441
442    foreach item [trace vinfo ::rb_phase] {
443            eval trace vdelete ::rb_phase $item
444    }
445
446    set ::rb_phase [lindex $::expmap(phaselist) 0]
447    set nmap [expr $::rb_map($bodytyp) + 1]
448    eval tk_optionMenu $nm.pinput ::rb_phase $::expmap(phaselist)
449    grid [label $nm.phase -text "Phase: "] -row 3 -column 1
450    grid [label $nm.f_atom -text "Choose first atom Number"] -row 4 -column 1
451    grid [label $nm.origin -text "input origin in fractional coordinates: "] -row 6 -column 1
452    grid [label $nm.euler -text "input Euler angles: "] -row 7 -column 1
453    grid [entry $nm.finputm -textvariable ::rb_finput -width 8 -takefocus 1] -row 4 -column 2
454
455    foreach item [trace vinfo ::rb_finput] {
456            eval trace vdelete ::rb_finput $item
457    }
458    trace variable ::rb_finput w "RB_Atom_List \$::rb_phase \$::rb_finput $nm $bodytyp 1"
459
460    grid [button $nm.finput -text "list allowed" -command "RB_Choose_Atom $bodytyp"] -row 4 -column 3
461    grid [label $nm.o1l -text "x"] -row 5 -column 2
462    grid [label $nm.o2l -text "y"] -row 5 -column 3
463    grid [label $nm.o3l -text "z"] -row 5 -column 4
464    grid [entry $nm.o1 -width 8 -textvariable ::origin1 -takefocus 1] -row 6 -column 2
465    grid [entry $nm.o2 -width 8 -textvariable ::origin2 -takefocus 1] -row 6 -column 3
466    grid [entry $nm.o3 -width 8 -textvariable ::origin3 -takefocus 1] -row 6 -column 4
467    grid [entry $nm.e1 -width 8 -textvariable ::euler1 -takefocus 1] -row 7 -column 2
468    grid [entry $nm.e2 -width 8 -textvariable ::euler2 -takefocus 1] -row 7 -column 3
469    grid [entry $nm.e3 -width 8 -textvariable ::euler3 -takefocus 1] -row 7 -column 4
470
471    grid $nm.pinput -row 3 -column 3
472
473    grid [frame $nm.p] -row 8 -column 1 -columnspan 4 -sticky e
474    grid [button $nm.p.fit -text "Fit rigid body to phase" -command "FitBody2coords $bodytyp $nm"] -row 0 -column 1
475    grid [button $nm.p.plot -text "Plot rigid body & phase" -command "PlotStrBody $bodytyp $nm"] -row 1 -column 1
476    grid [label $nm.p.l -text "Bonds: "] -row 1 -column 2
477    grid [entry $nm.p.e] -row 1 -column 3
478    $nm.p.e delete 0 end
479    $nm.p.e insert 0 "0.9-1.1, 1.3-1.6"
480
481    grid [frame $nm.l] -row 9 -column 2 -columnspan 3
482    grid [button $nm.l.s -text "map update" -width 12 -command {RB_Write_Map}] -column 1 -row 1
483    grid [button $nm.l.q -text "Quit" -width 6 -command "destroy $nm"] -column 2  -row 1
484
485    foreach item [trace vinfo ::rb_phase] {
486            eval trace vdelete ::rb_phase $item
487    }
488    trace variable ::rb_phase w "RB_ProcessPhase $bodytyp"
489
490
491}
492
493###########################################################
494# Procedure for choosing first atom during mapping event.
495# not updated
496
497proc RB_Choose_Atom {bodytyp args} {
498#     set ::rb_finput ""
499    set phase $::rb_phase
500    # get the number of atoms in this type of body
501    set natoms [llength [lindex [lindex [lindex [ReadRigidBody $bodytyp] 1] 0] 3]]
502    set atomlist [RigidStartAtoms $::rb_phase $natoms]
503    if {[llength $atomlist] == 0} {
504        RB_ProcessPhase $bodytyp
505        return
506    }
507     catch {destroy .chooseatom}
508     set ca .chooseatom
509     toplevel $ca
510     wm title $ca "Choose Atom"
511#     puts $atomlist
512     foreach {top main side lbl} [MakeScrollTable $ca] {}
513     set row 0
514     set column 0
515     foreach atom $atomlist {
516        set label "[atominfo $phase $atom label] \($atom\)"
517# fix next line need global variable to send.
518#        button $main.$atom -text "$label" -command "set ::rb_finput [list $label]; destroy $ca"
519        button $main.$atom -text $label -command "set ::rb_finput $atom; destroy $ca"
520        incr row
521        if {$row > 5} {
522           set row 1
523           incr column
524        }
525      grid $main.$atom -row $row -column $column -padx 5 -pady 5
526      }
527      ResizeScrollTable $ca
528      putontop $ca
529      tkwait window $ca
530      afterputontop
531      raise .newmap
532}
533
534
535
536##########################################################
537##########################################################
538
539 
540proc FitBody2coords {rbtype menu} {
541    set warn ""
542    foreach i {1 2 3} lbl {x y z} {
543        if {[string trim [set ::euler$i]] == ""} {
544            set ::euler$i 0.0
545        }
546        if {[string trim [set ::origin$i]] == ""} {
547            set ::origin$i .0
548        }
549        if {[catch {expr [set ::euler$i]}]} {
550            append warn "\tError in Euler angle around $lbl\n"
551        }
552        if {[catch {expr [set ::origin$i]}]} {
553            append warn "\tError in origin $lbl\n"
554        }
555    }
556    if {[catch {expr $::rb_finput}]} {
557        append warn "\tError in 1st atom number\n"
558    }
559    if {$warn != ""} {
560        MyMessageBox -parent $menu -title "Input error" \
561                -message "Invalid input:\n$warn" -icon warning
562        return
563    }
564    set Euler [list "1 $::euler1" "2 $::euler2" "3 $::euler3"]
565    set origin "$::origin1 $::origin2 $::origin3"
566    set phase $::rb_phase
567    set cell {}
568    foreach p {a b c alpha beta gamma} {
569        lappend cell [phaseinfo $phase $p]
570    }
571    set coords [RB2cart [lindex [ReadRigidBody $rbtype] 1]]
572    set natom [llength $coords]
573    set firstind [lsearch $::expmap(atomlist_$phase) $::rb_finput]
574    set atoms [lrange \
575                   [lrange $::expmap(atomlist_$phase) $firstind end] \
576                   0 [expr {$natom-1}]]
577    # now loop over atoms
578    set frcoords {}
579    foreach atom $atoms {
580        set xyz {}
581        foreach v {x y z} {
582            lappend xyz [atominfo $phase $atom $v]
583        }
584        lappend frcoords $xyz
585    }
586    # it would be nice to have checkboxes for each atom, but for now use em all
587    set useflags {}
588    foreach i $coords {lappend useflags 1}
589#    puts "frcoords $frcoords"
590#    puts "coords $coords"
591    # do the fit
592    foreach {neworigin newEuler rmsdev newfrac rmsbyatom} \
593        [FitBody $Euler $cell $coords $useflags $frcoords $origin] {}
594    foreach i {1 2 3} val $neworigin pair $newEuler {
595        set ::origin$i $val
596        set ::euler$i [lindex $pair 1]
597    }
598    # show deviations
599    foreach atom $atoms rms $rmsbyatom {
600#       puts "[atominfo $phase $atom label]\t$rms"
601    }
602    #puts "CalcBody $Euler $cell $coords $origin"
603    #puts $coords
604    #puts $frcoords
605    #DRAWxtlPlotRBFit $frcoords $phase $::rb_finput 0 $bondlist $bondlist
606 }
607
608proc PlotStrBody {rbtype menu} {
609    set warn ""
610    foreach i {1 2 3} lbl {x y z} {
611        if {[catch {expr [set ::euler$i]}]} {
612            append warn "\tError in Euler angle around $lbl\n"
613        }
614        if {[catch {expr [set ::origin$i]}]} {
615            append warn "\tError in origin $lbl\n"
616        }
617    }
618    if {[catch {expr $::rb_finput}]} {
619        append warn "\tError in 1st atom number\n"
620    }
621    if {$warn != ""} {
622        MyMessageBox -parent $menu -title "Input error" \
623                -message "Invalid input:\n$warn" -icon warning
624        return
625    }
626    # translate bond list
627    set bl [$menu.p.e get]
628    regsub -all "," $bl " " bl
629    set bondlist {}
630    set warn ""
631    foreach b $bl {
632        if {[llength [split $b "-"]] == 2} {
633            lappend bondlist [split $b "-"]
634        } else {
635            set warn "error parsing bond list"
636        }
637    }
638    if {$warn != ""} {
639        MyMessageBox -parent . -title "Input warning" \
640                -message "Invalid bond input" -icon warning
641    }
642     set Euler [list "1 $::euler1" "2 $::euler2" "3 $::euler3"]
643     set origin "$::origin1 $::origin2 $::origin3"
644     set phase $::rb_phase
645     set cell {}
646     foreach p {a b c alpha beta gamma} {
647        lappend cell [phaseinfo $phase $p]
648    }
649    set coords [RB2cart [lindex [ReadRigidBody $rbtype] 1]]
650    set frcoords [CalcBody $Euler $cell $coords $origin]
651    #puts "CalcBody $Euler $cell $coords $origin"
652    #puts $coords
653    #puts $frcoords
654    DRAWxtlPlotRBFit $frcoords $phase $::rb_finput 0 $bondlist $bondlist
655 }
656#
657
658proc RB_Write_Map {args} {
659   set origin "$::origin1 $::origin2 $::origin3"
660   set euler "$::euler1 $::euler2 $::euler3"
661#   puts "phase = $::rb_phase"
662#   puts "bodytyp = $::body_type"
663#   puts "firstatom = $::rb_finput"
664#   puts "position = $origin"
665#   puts "Euler = $euler"
666   MapRigidBody $::rb_phase $::body_type $::rb_finput $origin $euler
667   incr ::rb_map($::body_type)
668   incr ::expgui(changed)
669   set curpage [$::rb_notebook raise]
670   $::rb_notebook raise [$::rb_notebook page end]
671   $::rb_notebook raise $curpage
672#   RB_Control_Panel $::body_type
673   destroy .newmap
674   RunRecalcRBCoords
675   incr ::expgui(changed)
676   RB_Control_Panel $::body_type
677
678}
679
680proc RB_Atom_List {phase atomnum address x y args} {
681     foreach w [winfo children $address] {
682             if {[string first ".atom" $w] != -1} {destroy $w}
683     }
684     set col 8
685    if {$atomnum == ""} return
686     grid [label $address.atomlbl -text "Atoms Mapped to Rigid Body"] -row 3 -column 8 -columnspan 99
687    # get the number of atoms in this type of body
688    set natoms [llength [lindex [lindex [lindex [ReadRigidBody $x] 1] 0] 3]]
689    set atoms [RigidStartAtoms $phase $natoms]
690    if {[lsearch $atoms $atomnum] == -1} {
691         grid [label $address.atomerr -text "(invalid 1st atom)"] -row 4 -column $col
692        return
693    }
694    set atoms [lrange $::expmap(atomlist_$phase) \
695                   [lsearch $::expmap(atomlist_$phase) $atomnum] end]
696    foreach j [lrange $atoms 0 [expr {$natoms - 1}]] {
697        set atom [atominfo $phase $j label]
698        grid [label $address.atom$phase$x$j -text $atom] -row 4 -column $col
699        incr col
700     }
701}
702
703proc RB_ProcessPhase {rbnum args} {
704    if {$::rb_phase == ""} {
705        set atoms {}
706    } else {
707        # get the number of atoms in this type of body
708        set natoms [llength [lindex [lindex [lindex [ReadRigidBody $rbnum] 1] 0] 3]]
709
710        set atoms [RigidStartAtoms $::rb_phase $natoms]
711    }
712    set nm .newmap
713    if {[llength $atoms] == 0} {
714        foreach w "$nm.finputm $nm.p.plot $nm.p.fit $nm.p.e $nm.l.s" {
715            $w config -state disabled
716        }
717        $nm.finput config -text "None allowed" -state disabled
718    } else {
719        foreach w "$nm.finputm $nm.p.plot $nm.p.fit $nm.p.e $nm.l.s" {
720            $w config -state normal
721        }
722        $nm.finput config -text "Show allowed" -state normal
723    }
724}
725
726proc RB_Unmap {x args} {
727    catch {unset ::rb_finput}
728    set ::rb_finput ""
729    set ::body_type $x
730    catch {destroy .unmap}
731    set um .unmap
732    toplevel $um
733    putontop $um
734    wm title $um "Map Rigid Body #$x"
735    set ::phase 1
736    set umap $::rb_map($x)
737#    eval tk_optionMenu $um.pinput ::rb_phase $::expmap(phaselist)
738#    grid [label $um.phase -text "Phase: "] -row 3 -column 1
739#    grid $um.pinput -row 3 -column 2
740
741    set mapnumber $::rb_map($x)
742    set unpane $um.pane
743    foreach {top main side lbl} [MakeScrollTable $um] {}
744    grid [label $main.cb -text "unmap"] -row 1 -column 0 -padx 5
745    grid [label $main.map -text "map"] -row 1 -column 1 -padx 5
746    grid [label $main.ph -text "Phase"] -row 1 -column 2 -padx 5
747    set y $::rb_matrix_num($x)
748    for {set z 1} {$z <= $::rb_coord_num($x,$y)} {incr z} {
749        label $main.rb_site$z -text "Site $z"
750        grid $main.rb_site$z -row 1 -column [expr 2 + $z]
751    }
752    set row 2
753    foreach p $::expmap(phaselist) {
754        incr row
755        foreach z [RigidBodyMappingList $p $x] {
756                set row [expr $row + $z]
757                RB_Load_Mapdata $p $x $z
758                checkbutton $main.unmap$p$z -variable ::rb_unmap($p,$x,$z)
759                grid $main.unmap$p$z -row $row -column 0
760                grid [label $main.rb_map$p$z -text "$z"] -row $row -column 1
761                grid [label $main.rb_cb$p$z -text $p] -row $row -column 2
762                      set atomnum $::rb_map_beginning($p,$x,$z)
763                      set col 3
764                      for {set j 1} {$j <=$::rb_coord_num($x,$y)} {incr j} {
765                          set atom [atominfo $p $atomnum label]
766                          grid [label $main.rb_site$p$z$j -text "$atom"] -row $row -column $col
767                          incr atomnum
768                          incr col
769                      }
770             }
771     incr row
772     }
773     ResizeScrollTable $um
774
775     grid [frame $um.update -bd 2 -relief groove] -row 0 -column 1 -pady 10
776     button $um.update.con -text "Update Rigid Body Mapping" -command "RB_unmap_delete $um $x"
777     button $um.update.quit -text "Quit" -command "destroy $um"
778     grid $um.update.con -row 0 -column 0 -padx 5 -pady 5
779     grid $um.update.quit -row 0 -column 1
780     incr ::expgui(changed)
781
782#     UnMapRigidBody $phase $bodytyp $mapnum
783#     incr ::expgui(changed)
784#     RB_Control_Panel $bodytyp
785}
786
787proc RB_unmap_delete {panel x args} {
788#     puts $panel
789     foreach p $::expmap(phaselist) {
790        foreach z [RigidBodyMappingList $p $x] {
791                if {$::rb_unmap($p,$x,$z) == 1} {
792                   UnMapRigidBody $p $x $z
793                }
794        }
795        incr ::expgui(changed)
796        destroy $panel
797        set curpage [$::rb_notebook raise]
798        $::rb_notebook raise [$::rb_notebook page end]
799        $::rb_notebook raise $curpage
800        RB_Control_Panel $x
801     }
802}
803
804
805proc RB_Edit_Matrix {bodnum args} {
806     catch {destroy .viewmatrix}
807     set em .viewmatrix
808     toplevel $em
809     putontop $em
810     wm title $em "Edit Matrices for Rigid Body $bodnum"
811
812     set vm $em.entry
813     set um $em.update
814     grid [frame $vm -bd 2 -relief groove] -row 0 -column 0
815     grid [frame $um -bd 2 -relief groove] -row 1 -column 0
816     grid [button $um.update -text "Update Matrix Info" -bg green -command "RB_Matrix_Update $bodnum"] -row 0 -column 0
817 #    grid [button $um.sort -text "Sort Matrix Info" -command "RB_Cart_Sort $bodnum"] -row 0 -column 1
818     grid [button $um.abort -text "Abort" -command "destroy $em"] -row 0 -column 2
819
820     grid [label $vm.lbldamp -text "Matrix Multiplier"] -row 3 -column 2
821     grid [label $vm.lblvar -text "Damping Factor"] -row 4 -column 2
822
823     set w 1
824     grid [label $vm.site -text "sort"] -row 5 -column 0 -columnspan 2
825
826     for {set z 0} {$z < $::rb_coord_num($bodnum,$w)} {incr z} {
827         grid [button $vm.inc$z -text "\u2191" -command "RB_Sort_Inc $bodnum inc $z"] -row [expr $z + 6] -column 0
828         grid [button $vm.dec$z -text "\u2193" -command "RB_Sort_Inc $bodnum dec $z"] -row [expr $z + 6] -column 1
829         grid [label $vm.lbls$z -text "Site [expr $z+ 1]"] -row [expr $z+6] -column 2
830     }
831     set col 3
832     for {set i 1} {$i <= $::rb_matrix_num($bodnum)} {incr i} {
833         grid [label $vm.lblm$i -text "Matrix #$i"] -row 2 -column [expr $col +1]
834         grid [entry $vm.mult$i -textvariable ::rb_mult($bodnum,$i) -width 8 -takefocus 1] -row 3 -column [expr $col + 1]
835         grid [entry $vm.damp$i -textvariable ::rb_damp($bodnum,$i) -width 8 -takefocus 1 -state disable] -row 4 -column [expr $col + 1]
836
837         grid [label $vm.x$i -text "X"] -row 5 -column [expr $col]
838         grid [label $vm.y$i -text "Y"] -row 5 -column [expr $col + 1]
839         grid [label $vm.z$i -text "Z"] -row 5 -column [expr $col + 2]
840         for {set j 0} {$j < $::rb_coord_num($bodnum,$w)} {incr j} {
841#             puts $::rb_coord($bodnum,$i,$j)
842             set ::x($i,$j) [lindex $::rb_coord($bodnum,$i,$j) 0]
843             set ::y($i,$j) [lindex $::rb_coord($bodnum,$i,$j) 1]
844             set ::z($i,$j) [lindex $::rb_coord($bodnum,$i,$j) 2]
845             set ::lbl($i,$j) [lindex $::rb_coord($bodnum,$i,$j) 3]
846
847             grid [entry $vm.lblcx$i$j -textvariable ::x($i,$j) -width 8 -takefocus 1] -row [expr $j+6] -column [expr $col]
848             grid [entry $vm.lblcy$i$j -textvariable ::y($i,$j) -width 8 -takefocus 1] -row [expr $j+6] -column [expr $col + 1]
849             grid [entry $vm.lblcz$i$j -textvariable ::z($i,$j) -width 8 -takefocus 1] -row [expr $j+6] -column [expr $col + 2]
850             grid [label $vm.lblcb$i$j -text "    "] -row [expr  $j+6] -column [expr $col + 3]
851         }
852     incr col 4
853     }
854}
855
856
857
858proc RB_Sort_Inc {bodnum dir site2 args} {
859     for {set i 1} {$i <= $::rb_matrix_num($bodnum)} {incr i} {
860         if {$dir == "inc"} {set site1 [expr $site2 - 1]}
861         if {$dir == "dec"} {set site1 [expr $site2 + 1]}
862         if {$site1 >= 0 && $site1 < $::rb_coord_num($bodnum,1)} {
863            set x1dum $::x($i,$site1)
864            set y1dum $::y($i,$site1)
865            set z1dum $::z($i,$site1)
866            set ::x($i,$site1) $::x($i,$site2)
867            set ::y($i,$site1) $::y($i,$site2)
868            set ::z($i,$site1) $::z($i,$site2)
869            set ::x($i,$site2) $x1dum
870            set ::y($i,$site2) $y1dum
871            set ::z($i,$site2) $z1dum
872         } else {bell}
873
874
875     }
876}
877
878proc RB_Matrix_Update {bodnum args} {
879     set temp_mat ""
880     set temp_car ""
881     set temp_mat_group ""
882     set temp_car_group ""
883     set total ""
884
885     for {set matrixnum 1} {$matrixnum <= $::rb_matrix_num($bodnum)} {incr matrixnum} {
886         lappend temp_mat "$::rb_mult($bodnum,$matrixnum)"
887     }
888
889     for {set matrixnum 1} {$matrixnum <= $::rb_matrix_num($bodnum)} {incr matrixnum} {
890         set temp ""
891         for {set atomnum 0} {$atomnum < $::::rb_coord_num($bodnum,1)} {incr atomnum} {
892                  set temp_cart_triplet "$::x($matrixnum,$atomnum) $::y($matrixnum,$atomnum) $::z($matrixnum,$atomnum)"
893                  lappend temp $temp_cart_triplet
894                           }
895         lappend temp_car $temp
896     }
897     puts "Matrix Update Info = $bodnum $temp_mat $temp_car"
898     ReplaceRigidBody $bodnum $temp_mat $temp_car
899     incr ::expgui(changed)
900     RB_Load_RBdata
901     RB_Control_Panel $bodnum
902     destroy .viewmatrix
903
904}
905
906############################################################################################
907proc RB_View_Parameters {phase x y args} {
908   set euler     $::rb_map_euler($phase,$x,$y)
909   set positions $::rb_map_positions($phase,$x,$y)
910   set damping   $::rb_map_damping($phase,$x,$y)
911   catch {destroy .viewparam}
912   set vp .viewparam
913   toplevel $vp
914   wm title $vp "Refinement Options"
915   frame $vp.con -bd 2 -relief groove
916   frame $vp.spa -bd 2 -relief groove
917   frame $vp.refflag -bd 2 -relief groove
918   grid $vp.con -row 0 -column 0
919
920   grid $vp.spa -row 2 -column 0
921   grid $vp.refflag -row 1 -column 0
922
923   set con $vp.con
924   label $con.lbl -text "Refine: "
925   button $con.tog -text "off"
926   grid $con.lbl -row 0 -column 0
927   grid $con.tog -row 0 -column 1
928
929   grid [label $vp.spa.lbl1 -text "Supplemental Position Angles"] row 0 -column 0 -columnspan 3
930   set ::e_angle1$y [lindex [lindex $euler 3] 0]
931
932   set ::e_angle2$y [lindex [lindex $euler 4] 0]
933   set ::e_angle3$y [lindex [lindex $euler 5] 0]
934   grid [label $vp.spa.angle1l -text "Sup. Angle 1"] -row 1 -column 0
935   grid [label $vp.spa.angle2l -text "Sup. Angle 2"] -row 2 -column 0
936   grid [label $vp.spa.angle3l -text "Sup. Angle 3"] -row 3 -column 0
937   grid [entry $vp.spa.angle1 -textvariable ::e_angle1$y] -row 1 -column 1
938   grid [entry $vp.spa.angle2 -textvariable ::e_angle2$y] -row 2 -column 1
939   grid [entry $vp.spa.angle3 -textvariable ::e_angle3$y] -row 3 -column 1
940
941   set e_axis1 [lindex [lindex $euler 3] 1]
942   set e_axis2 [lindex [lindex $euler 4] 1]
943   set e_axis3 [lindex [lindex $euler 5] 1]
944
945   grid [label $vp.refflag.lbl1 -text "Refinement Flags"] -row 0 -column 0 -columnspan 3
946   grid [label $vp.refflag.x_axis -text "X-axis"] -row 1 -column 0
947   grid [label $vp.refflag.y_axis -text "Y-axis"] -row 1 -column 1
948   grid [label $vp.refflag.z_axis -text "Z-axis"] -row 1 -column 2
949   grid [label $vp.refflag.euler1 -text "Euler Angle 1"] -row 3 -column 0
950   grid [label $vp.refflag.euler2 -text "Euler Angle 2"] -row 3 -column 1
951   grid [label $vp.refflag.euler3 -text "Euler Angle 3"] -row 3 -column 2
952   grid [label $vp.refflag.sup1 -text "Sup. Angle 1"] -row 5 -column 0
953   grid [label $vp.refflag.sup2 -text "Sup. Angle 2"] -row 5 -column 1
954   grid [label $vp.refflag.sup3 -text "Sup. Angle 3"] -row 5 -column 2
955
956   for {set j 0} {$j < 9} {incr j} {
957       label $vp.refflag.$j -text [lindex $positions $j]
958   }
959   grid $vp.refflag.0 -row 2 -column 0
960   grid $vp.refflag.1 -row 2 -column 1
961   grid $vp.refflag.2 -row 2 -column 2
962   grid $vp.refflag.3 -row 4 -column 0
963   grid $vp.refflag.4 -row 4 -column 1
964   grid $vp.refflag.5 -row 4 -column 2
965   grid $vp.refflag.6 -row 6 -column 0
966   grid $vp.refflag.7 -row 6 -column 1
967   grid $vp.refflag.8 -row 6 -column 2
968
969
970
971   putontop $vp
972}
973   proc GetImportFormats {} {
974    global expgui tcl_platform
975    # only needs to be done once
976    if [catch {set expgui(importFormatList)}] {
977        set filelist [glob -nocomplain [file join $expgui(scriptdir) import_*.tcl]]
978        foreach file $filelist {
979            set description ""
980            source $file
981            if {$description != ""} {
982                lappend expgui(importFormatList) $description
983                if {$tcl_platform(platform) == "unix"} {
984                    set extensions "[string tolower $extensions] [string toupper $extensions]"
985                }
986                set expgui(extensions_$description) $extensions
987                set expgui(proc_$description) $procname
988            }
989        }
990    }
991}
992
993
994
995proc RB_Load_File {location args} {
996#     eval destroy [winfo children $location]
997      destroy $location.display
998      set filelist [RB_Import_Data_Type]
999#      puts $filelist
1000#     menubutton $location.but -text "File Type" -menu $location.but.menu
1001#      grid [frame $location.display -bd 2 -relief groove] -row 1 -column 0
1002
1003#      set menuloc $location.display
1004#      menu $menuloc.menu
1005#      grid $menuloc.menu -row 1 -column 0
1006#     foreach filetype $filelist {
1007#             $location.but.menu add command -label $filetype -command "puts $filetype"
1008#     }
1009}
1010
1011proc NewBodyTypeWindow {} {
1012     destroy .nbt
1013     toplevel .nbt
1014     set con1 .nbt.1
1015     set con2 .nbt.2
1016     set con3 .nbt.3
1017     set bodytyp [expr [llength [RigidBodyList]] + 1]
1018     pack [frame $con1 -bd 2 -relief groove] -side top -pady 10
1019     pack [frame $con2 -bd 2 -relief groove] -side top -expand 1 -fill both
1020     pack [frame $con3 -bd 2 -relief groove] -side top
1021     grid [label $con1.lbl -text "New Rigid Body Type $bodytyp"] -row 0 -column 0
1022     grid [label $con1.mat -text "Number of Matricies Describing Rigid Body"] -row 1 -column 0
1023     
1024
1025
1026     spinbox $con1.matnum -from 0 -to 10 -textvariable ::rb_matrix_num($bodytyp) -width 5 -command "RB_Create_Cart $bodytyp $con2"
1027     grid $con1.matnum -row 1 -column 1 -padx 10
1028     grid [label $con1.atoms -text "Number of Cartesian Sites"] -row 2 -column 0
1029     spinbox $con1.atomsnum -from 0 -to 1000 -textvariable ::rb_coord_num($bodytyp,1) -width 5 -command "RB_Create_Cart $bodytyp $con2"
1030     grid $con1.atomsnum -row 2 -column 1 -padx 10
1031
1032
1033     grid [button $con3.save -text "Save \n Rigid Body" -command "RB_Create_Save $bodytyp"] -row 0 -column 2 -padx 5 -pady 5
1034     grid [button $con3.abort -text "Abort \n Rigid Body" -command "destroy .nbt; RB_Control_Panel end"] -row 0 -column 3 -padx 5 -pady 5
1035
1036     RB_Create_Cart $bodytyp $con2
1037     bind $con1.atomsnum <Leave> "RB_Create_Cart $bodytyp $con2"
1038     bind $con1.atomsnum <Return> "RB_Create_Cart $bodytyp $con2"
1039     bind $con1.matnum <Leave> "RB_Create_Cart $bodytyp $con2"
1040     bind $con1.matnum <Return> "RB_Create_Cart $bodytyp $con2"
1041}
1042
1043proc RB_Fixfrag_Load {args} {
1044     destroy .geometry
1045     toplevel .geometry
1046     set geo .geometry
1047
1048     pack [frame $geo.con2 -bd 2 -relief groove] -side top
1049     pack [frame $geo.con -bd 2 -relief groove] -side top
1050     pack [frame $geo.display -bd 2 -relief groove] -side top -expand 1 -fill both
1051
1052     wm title $geo "Fix Molecular Fragment from EXP File"
1053     wm geometry $geo 800x400+10+10
1054
1055     set phase 1
1056     set gcon $geo.con
1057     set gcon2 $geo.con2
1058     set gdisplay $geo.display
1059     set ::gcon_atoms 3
1060
1061     eval tk_optionMenu $geo.con.phaseinput ::rb_phase $::expmap(phaselist)
1062     grid [label $gcon.phaselbl -text "Input Phase"] -row 0 -column 0
1063     grid $gcon.phaseinput -row 0 -column 1
1064     set ::gcon_atoms_total $::expmap(atomlist_$phase)
1065     grid [label $gcon.atomlbl -text "Number of atoms in fragment: "] -row 1 -column 0
1066     spinbox $gcon.atom -from 3 -to [lrange $::expmap(atomlist_$phase) end end] -textvariable ::gcon_atoms -width 5
1067     grid $gcon.atom -row 1 -column 1 -padx 5
1068     grid [button $gcon.atomchoice -text "Choose Start Atom" -command "RB_FixStartAtom $phase $gdisplay $gcon2"] -row 1 -column 2
1069     grid [button $gcon2.save -text "Save Rigid Body" -width 22 -command "RB_Geom_Save"] -row 0 -column 0
1070          $gcon2.save config -state disable
1071     grid [button $gcon2.abort -text "Quit" -width 22 -command "destroy .geometry"] -row 1 -column 0
1072
1073}
1074
1075proc RB_FixStartAtom {phase gdisplay gcon2 args} {
1076     set possible_start [RigidStartAtoms $phase $::gcon_atoms]
1077
1078     catch {destroy .chooseatom}
1079     set ca .chooseatom
1080     toplevel $ca
1081     wm title $ca "Choose Atom"
1082#     puts $atomlist
1083     foreach {top main side lbl} [MakeScrollTable $ca] {}
1084
1085     set row 0
1086     set column 0
1087     foreach atom $possible_start {
1088        set label "[atominfo $phase $atom label] \($atom\)"
1089        button $main.$atom -text $label -command "set ::gcon_start $atom; destroy $ca"
1090        incr row
1091        if {$row > 5} {
1092           set row 1
1093           incr column
1094        }
1095      grid $main.$atom -row $row -column $column -padx 5 -pady 5
1096      }
1097      ResizeScrollTable $ca
1098      putontop $ca
1099      tkwait window $ca
1100      afterputontop
1101      $gcon2.save config -state normal
1102      RB_Atom_Fixlist $phase $gdisplay
1103}
1104
1105proc RB_Atom_Fixlist {phase gdisplay} {
1106
1107     set start_loc [lsearch $::expmap(atomlist_$phase) $::gcon_start]
1108     set ::rb_atom_range [lrange $::expmap(atomlist_$phase) $start_loc [expr $start_loc + $::gcon_atoms - 1]]
1109#     puts "location = $start_loc  range = $::rb_atom_range"
1110     set rownum 1
1111     set colnum 1
1112
1113     eval destroy [winfo children $gdisplay]
1114     grid [frame $gdisplay.lbl -bd 2 -relief groove] -row 0 -column 0
1115     grid [frame $gdisplay.atoms -bd 2 -relief groove] -row 1 -column 0
1116     grid [frame $gdisplay.param -bd 2 -relief groove] -row 1 -column 1
1117
1118     grid [label $gdisplay.lbl.state -text "Select atoms to define centroid for origin"] -row 0 -column 0
1119  #   grid [button $gdisplay.lbl.set -text "Set Origin" -command "RB_Atom_Origin_Set"] -row 3 -column 0
1120
1121     foreach {top main side lbl} [MakeScrollTable $gdisplay.atoms] {}
1122     eval destroy [winfo children $main]
1123     foreach atom $::rb_atom_range {
1124
1125
1126             if {[expr $colnum % 4] == 0} {incr rownum; set colnum 1}
1127             set atomid [atominfo $phase $atom  label]
1128#             puts $atomid
1129             set ::rb_atom_origin_set($atom) 1
1130             grid [checkbutton $main.$atom -text "$atomid" -variable ::rb_atom_origin_set($atom)] -row $rownum -column $colnum
1131             incr colnum
1132
1133             }
1134      ResizeScrollTable $gdisplay.atoms
1135
1136
1137  set paramlist $gdisplay.param
1138# [atominfo $phase $::rb_atom_range label]
1139  grid [label $paramlist.lbl -text "Define Axes"] -row 0 -column 0 -columnspan 2
1140  grid [label $paramlist.lbl1 -text "Atom 1"] -row 1 -column 0
1141  grid [label $paramlist.lbl2 -text "Atom 2"] -row 1 -column 1
1142  grid [label $paramlist.lblx -text "Choose two atoms to define vector for x-axis: "] -row 2 -column 0 -pady 10 -columnspan 2
1143  grid [label $paramlist.lbly -text "Choose two atoms to define second vector defining xy plane: "] -row 4 -column 0 -pady 10 -columnspan 2
1144
1145  set atom_info_list ""
1146  set atom_list ""
1147  foreach atom $::rb_atom_range {
1148          lappend atom_info_list $atom
1149          lappend atom_info_list [atominfo $phase $atom label]
1150          lappend atom_list [atominfo $phase $atom label]
1151  }
1152
1153#                  puts $atom_info_list
1154       set ::rb_param_x1 [lindex $atom_list 0]
1155       set ::rb_param_x2 [lindex $atom_list 1]
1156       set ::rb_param_y1 [lindex $atom_list 0]
1157       set ::rb_param_y2 [lindex $atom_list 2]
1158       set ::geom_x1     [lindex $::rb_atom_range 0]
1159       set ::geom_x2     [lindex $::rb_atom_range 1]
1160       set ::geom_y1     [lindex $::rb_atom_range 0]
1161       set ::geom_y2     [lindex $::rb_atom_range 2]
1162
1163       set menu [eval tk_optionMenu $paramlist.x1 ::rb_param_x1 $atom_list]
1164           foreach item $atom {
1165              set max [llength $atom]
1166              for {set count 0} {$count <= [expr $max - 1]} {incr count} {
1167                 $menu entryconfig $count -command "set ::geom_x1 [lindex $atom_info_list [expr $count*2]]"
1168              }
1169       }
1170
1171       set menu [eval tk_optionMenu $paramlist.x2 ::rb_param_x2 $atom_list]
1172           foreach item $atom {
1173              set max [llength $atom]
1174              for {set count 0} {$count <= [expr $max - 1]} {incr count} {
1175                 $menu entryconfig $count -command "set ::geom_x2 [lindex $atom_info_list [expr $count*2]]"
1176              }
1177       }
1178
1179       set menu [eval tk_optionMenu $paramlist.y1 ::rb_param_y1 $atom_list]
1180           foreach item $atom {
1181              set max [llength $atom]
1182              for {set count 0} {$count <= [expr $max - 1]} {incr count} {
1183                 $menu entryconfig $count -command "set ::geom_y1 [lindex $atom_info_list [expr $count*2]]"
1184              }
1185       }
1186
1187       set menu [eval tk_optionMenu $paramlist.y2 ::rb_param_y2 $atom_list]
1188           foreach item $atom {
1189              set max [llength $atom]
1190              for {set count 0} {$count <= [expr $max - 1]} {incr count} {
1191                 $menu entryconfig $count -command "set ::geom_y2 [lindex $atom_info_list [expr $count*2]]"
1192              }
1193       }
1194
1195
1196       grid $paramlist.x1 -row 3 -column 0
1197       grid $paramlist.x2 -row 3 -column 1
1198       grid $paramlist.y1 -row 5 -column 0
1199       grid $paramlist.y2 -row 5 -column 1
1200
1201
1202         $paramlist.x1 config -width 4
1203         $paramlist.x2 config -width 4
1204         $paramlist.y1 config -width 4
1205         $paramlist.y2 config -width 4
1206
1207  }
1208
1209
1210proc RB_Atom_Origin_Set {args} {
1211        set ::rb_origin_list ""
1212        foreach item $::rb_atom_range {
1213                if {$::rb_atom_origin_set($item) == 1} {
1214                   lappend ::rb_origin_list $item
1215                }
1216        }
1217#        puts "Origin list = $::rb_origin_list"
1218}
1219
1220proc RB_Geom_Save {args} {
1221# number of atoms in rigid body  ::gcon_atoms
1222# first atom in rigid body       ::gcon_start
1223# origin list                    ::gcon_origin_list
1224
1225     set vector1list "X"
1226     set vector2list "Y"
1227   
1228     lappend vector1list [expr $::geom_x1 - [expr $::gcon_start -1]]
1229     lappend vector1list [expr $::geom_x2 - [expr $::gcon_start -1]]
1230     lappend vector2list [expr $::geom_y1 - [expr $::gcon_start -1]]
1231     lappend vector2list [expr $::geom_y2 - [expr $::gcon_start -1]]
1232
1233     set ::gcon_origin_list ""
1234        foreach item $::rb_atom_range {
1235                if {$::rb_atom_origin_set($item) == 1} {
1236                set temp [expr $item - [expr $::gcon_start - 1]]
1237                   lappend ::gcon_origin_list $temp
1238                }
1239        }
1240#        puts "Origin list = $::gcon_origin_list"
1241#        puts "vector 1 list = $vector1list"
1242#        puts "vector 2 list = $vector2list"
1243#        puts "number atoms = $::gcon_atoms"
1244#        puts "start atom  = $::gcon_start"
1245
1246set temp1 [ExtractRigidBody $::rb_phase $::gcon_atoms $::gcon_start $::gcon_origin_list $vector1list $vector2list]
1247if {[lindex $temp1 0] == {} || [lindex $temp1 1] == {} || [lindex $temp1 2] == {}} {
1248#   puts "Geometry Crashed"
1249   }
1250#puts "string 1 = [lindex $temp1 0]"
1251#puts "string 2 = [lindex $temp1 1]"
1252#puts "string 3 = [lindex $temp1 2]"
1253
1254set cartesian ""
1255lappend cartesian [lindex $temp1 2]
1256#puts "Cartesian = $cartesian"
1257
1258set bodytyp [AddRigidBody 1 $cartesian]
1259set ::rb_damp($bodytyp,1) 0
1260set ::rb_coord_num($bodytyp,1) $::gcon_atoms
1261
1262MapRigidBody $::rb_phase $bodytyp $::gcon_start [lindex $temp1 0] [lindex $temp1 1]
1263
1264destroy .geometry
1265
1266
1267RB_Control_Panel 0
1268}
1269
1270
1271proc MakeRBPane {} {     ;# called to create the panel intially
1272#    label $::expgui(rbFrame).l -text "RB Parameters"
1273#    grid $::expgui(rbFrame).l -column 1 -row 1
1274#    ResizeNotebook
1275}
1276
1277proc DisplayRB {} {     ;# called each time the panel is raised
1278    eval destroy [winfo children $::expgui(rbFrame)]
1279     RB_Load_RBdata
1280     RB_Control_Panel 0
1281    #label $::expgui(rbFrame).l -text "RB Parameters"
1282    #grid $::expgui(rbFrame).l -column 1 -row 1
1283    ResizeNotebook
1284}
1285
1286proc RB_Refine_Con {args} {
1287     catch {destroy .refcon}
1288     set con .refcon
1289     toplevel $con
1290     wm title $con "Rigid Body Refinement Controls"
1291     wm geometry $con 1150x600+10+10
1292     set ::rb_var_list ""
1293     set ::rb_var_list_tls ""
1294     set ::varnum 1
1295     set ::rb_var_name "var$::varnum"
1296#     putontop $con
1297      grid [frame $con.info -bd 2 -relief groove] -row 1 -column 0 -sticky news
1298      grid columnconfig $con 0 -weight 1
1299      grid [frame $con.con -bd 2 -relief groove] -row 0 -column 0 
1300      grid [frame $con.terminate -bd 2 -relief groove] -row 2 -column 0
1301
1302
1303
1304      #grid rowconfig $con 0 -weight 1
1305
1306     foreach {top main side lbl} [MakeScrollTable $con.info] {}
1307             grid [label $top.rb -text "Body"] -row 1 -column 1 -padx 3
1308             grid [label $top.phase -text "Ph"] -row 1 -column 2 -padx 3
1309             grid [label $top.mapnum -text "Map"] -row 1 -column 3 -padx 3
1310             grid [label $top.x -text "X"] -row 1 -column 4 -padx 3
1311             grid [label $top.y -text "Y"] -row 1 -column 5 -padx 3
1312             grid [label $top.z -text "Z"] -row 1 -column 6 -padx 3
1313             grid [label $top.b1 -text "   "] -row 1 -column 7 -padx 3
1314             grid [label $top.e1 -text "E1"] -row 1 -column 8 -padx 3
1315             grid [label $top.e2 -text "E2"] -row 1 -column 9 -padx 3
1316             grid [label $top.e3 -text "E3"] -row 1 -column 10 -padx 3
1317             grid [label $top.tlscon1 -text "on/off"] -row 1 -column 11 -padx 3
1318#             grid [label $top.b2 -text "   "] -row 1 -column 11 -padx 3
1319             grid [label $top.t11 -text "T11"] -row 1 -column 12 -padx 3
1320             grid [label $top.t22 -text "T22"] -row 1 -column 13 -padx 3
1321             grid [label $top.t33 -text "T33"] -row 1 -column 14 -padx 3
1322             grid [label $top.t12 -text "T12"] -row 1 -column 15 -padx 3
1323             grid [label $top.t13 -text "T13"] -row 1 -column 16 -padx 3
1324             grid [label $top.t23 -text "T23"] -row 1 -column 17 -padx 3
1325             grid [label $top.b3 -text "   "] -row 1 -column 18 -padx 3
1326             grid [label $top.l11 -text "L11"] -row 1 -column 19 -padx 3
1327             grid [label $top.l22 -text "L22"] -row 1 -column 20 -padx 3
1328             grid [label $top.l33 -text "L33"] -row 1 -column 21 -padx 3
1329             grid [label $top.l12 -text "L12"] -row 1 -column 22 -padx 3
1330             grid [label $top.l13 -text "L13"] -row 1 -column 23 -padx 3
1331             grid [label $top.l23 -text "L23"] -row 1 -column 24 -padx 3
1332             grid [label $top.zb4 -text "   "] -row 1 -column 25 -padx 3
1333             grid [label $top.s12 -text "S12"] -row 1 -column 26 -padx 3
1334             grid [label $top.s13 -text "S13"] -row 1 -column 27 -padx 3
1335             grid [label $top.s21 -text "S21"] -row 1 -column 28 -padx 3
1336             grid [label $top.s23 -text "S23"] -row 1 -column 29 -padx 3
1337             grid [label $top.s31 -text "S31"] -row 1 -column 30 -padx 3
1338             grid [label $top.s32 -text "S32"] -row 1 -column 31 -padx 3
1339             grid [label $top.saa -text "SAA"] -row 1 -column 32 -padx 3
1340             grid [label $top.sbb -text "SBB"] -row 1 -column 33 -padx 3
1341
1342             grid [label $top.refcoord -text "Origin"] -row 0 -column 4 -padx 5 -columnspan 3
1343             grid [label $top.refeuler -text "Euler Angles"] -row 0 -column 8 -padx 5 -columnspan 3
1344             grid [label $top.tlscon2 -text "TLS"] -row 0 -column 11
1345             grid [label $top.tls -text "TLS"] -row 0 -column 12 -padx 5 -columnspan 6
1346#             grid [label $top.atoms -text "Atoms in Mapping"] -row 0 -column 6 -padx 5 -columnspan 10
1347
1348             #Determine number of rigid bodies and rigid body mappings
1349             set rb_num [RigidBodyList]
1350             set row 1
1351             foreach phasenum $::expmap(phaselist) {
1352                 foreach bodnum $rb_num {
1353                     set rb_map_num($phasenum,$bodnum) [RigidBodyMappingList $phasenum $bodnum]
1354
1355                  foreach mapnum $rb_map_num($phasenum,$bodnum) {
1356#                         puts "mapnum = $mapnum"
1357                         grid [checkbutton $main.check($phasenum,$bodnum,$mapnum)] -row $row -column 0
1358                         grid [label $main.body($phasenum,$bodnum,$mapnum) -text $bodnum] -row $row -column 1
1359                         grid [label $main.phase($phasenum,$bodnum,$mapnum) -text $phasenum] -row $row -column 2
1360                         grid [label $main.map($phasenum,$bodnum,$mapnum) -text $mapnum] -row $row -column 3
1361                         RB_Load_Vars $phasenum $bodnum $mapnum
1362#                         puts "the checkbutton variable is $::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,tls)"
1363
1364#                         puts $main
1365                         grid [button $main.cfefx($phasenum,$bodnum,$mapnum) -command "RB_Con_Button $main.cfefx($phasenum,$bodnum,$mapnum)" -textvariable ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,x) -width 5] -row $row -column 4
1366                         grid [button $main.cfefy($phasenum,$bodnum,$mapnum) -command "RB_Con_Button $main.cfefy($phasenum,$bodnum,$mapnum)" -textvariable ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,y) -width 5]  -row $row -column 5
1367                         grid [button $main.cfefz($phasenum,$bodnum,$mapnum) -command "RB_Con_Button $main.cfefz($phasenum,$bodnum,$mapnum)" -textvariable ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,z) -width 5] -row $row -column 6
1368                         grid [label $main.b1($phasenum,$bodnum,$mapnum) -text "   "] -row $row -column 7
1369
1370                         grid [button $main.eref1($phasenum,$bodnum,$mapnum) -command "RB_Con_Button $main.eref1($phasenum,$bodnum,$mapnum)" -textvariable ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,e1) -width 5] -row $row -column 8
1371                         grid [button $main.eref2($phasenum,$bodnum,$mapnum) -command "RB_Con_Button $main.eref2($phasenum,$bodnum,$mapnum)" -textvariable ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,e2) -width 5] -row $row -column 9
1372                         grid [button $main.eref3($phasenum,$bodnum,$mapnum) -command "RB_Con_Button $main.eref3($phasenum,$bodnum,$mapnum)" -textvariable ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,e3) -width 5] -row $row -column 10
1373#                         grid [label $main.b2($phasenum,$bodnum,$mapnum) -text "   "] -row $row -column 11
1374
1375                         grid [checkbutton $main.tlscon($phasenum,$bodnum,$mapnum) -variable ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,tls) -command "RB_TLS_Onoff $phasenum $main $bodnum $mapnum" -width 5] -row $row -column 11
1376
1377
1378                         grid [button $main.t11ref($phasenum,$bodnum,$mapnum) -command "RB_Con_Button $main.t11ref($phasenum,$bodnum,$mapnum)" -textvariable ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,t11) -width 5] -row $row -column 12
1379                         grid [button $main.t22ref($phasenum,$bodnum,$mapnum) -command "RB_Con_Button $main.t22ref($phasenum,$bodnum,$mapnum)" -textvariable ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,t22) -width 5] -row $row -column 13
1380                         grid [button $main.t33ref($phasenum,$bodnum,$mapnum) -command "RB_Con_Button $main.t33ref($phasenum,$bodnum,$mapnum)" -textvariable ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,t33) -width 5] -row $row -column 14
1381                         grid [button $main.t12ref($phasenum,$bodnum,$mapnum) -command "RB_Con_Button $main.t12ref($phasenum,$bodnum,$mapnum)" -textvariable ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,t12) -width 5] -row $row -column 15
1382                         grid [button $main.t13ref($phasenum,$bodnum,$mapnum) -command "RB_Con_Button $main.t13ref($phasenum,$bodnum,$mapnum)" -textvariable ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,t13) -width 5] -row $row -column 16
1383                         grid [button $main.t23ref($phasenum,$bodnum,$mapnum) -command "RB_Con_Button $main.t23ref($phasenum,$bodnum,$mapnum)" -textvariable ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,t23) -width 5] -row $row -column 17
1384                         grid [label $main.b3($phasenum,$bodnum,$mapnum) -text "   "] -row $row -column 18
1385
1386                         grid [button $main.l11ref($phasenum,$bodnum,$mapnum) -command "RB_Con_Button $main.l11ref($phasenum,$bodnum,$mapnum)" -textvariable ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,l11) -width 5] -row $row -column 19
1387                         grid [button $main.l22ref($phasenum,$bodnum,$mapnum) -command "RB_Con_Button $main.l22ref($phasenum,$bodnum,$mapnum)" -textvariable ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,l22) -width 5] -row $row -column 20
1388                         grid [button $main.l33ref($phasenum,$bodnum,$mapnum) -command "RB_Con_Button $main.l33ref($phasenum,$bodnum,$mapnum)" -textvariable ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,l33) -width 5] -row $row -column 21
1389                         grid [button $main.l12ref($phasenum,$bodnum,$mapnum) -command "RB_Con_Button $main.l12ref($phasenum,$bodnum,$mapnum)" -textvariable ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,l12) -width 5] -row $row -column 22
1390                         grid [button $main.l13ref($phasenum,$bodnum,$mapnum) -command "RB_Con_Button $main.l13ref($phasenum,$bodnum,$mapnum)" -textvariable ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,l13) -width 5] -row $row -column 23
1391                         grid [button $main.l23ref($phasenum,$bodnum,$mapnum) -command "RB_Con_Button $main.l23ref($phasenum,$bodnum,$mapnum)" -textvariable ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,l23) -width 5] -row $row -column 24
1392                         grid [label $main.b4($phasenum,$bodnum,$mapnum) -text "   "] -row $row -column 25
1393
1394                         grid [button $main.s12ref($phasenum,$bodnum,$mapnum) -command "RB_Con_Button $main.s12ref($phasenum,$bodnum,$mapnum)" -textvariable ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,s12) -width 5] -row $row -column 26
1395                         grid [button $main.s13ref($phasenum,$bodnum,$mapnum) -command "RB_Con_Button $main.s13ref($phasenum,$bodnum,$mapnum)" -textvariable ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,s13) -width 5] -row $row -column 27
1396                         grid [button $main.s21ref($phasenum,$bodnum,$mapnum) -command "RB_Con_Button $main.s21ref($phasenum,$bodnum,$mapnum)" -textvariable ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,s21) -width 5] -row $row -column 28
1397                         grid [button $main.s23ref($phasenum,$bodnum,$mapnum) -command "RB_Con_Button $main.s23ref($phasenum,$bodnum,$mapnum)" -textvariable ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,s23) -width 5] -row $row -column 29
1398                         grid [button $main.s31ref($phasenum,$bodnum,$mapnum) -command "RB_Con_Button $main.s31ref($phasenum,$bodnum,$mapnum)" -textvariable ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,s31) -width 5] -row $row -column 30
1399                         grid [button $main.s32ref($phasenum,$bodnum,$mapnum) -command "RB_Con_Button $main.s32ref($phasenum,$bodnum,$mapnum)" -textvariable ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,s32) -width 5] -row $row -column 31
1400                         grid [button $main.saaref($phasenum,$bodnum,$mapnum) -command "RB_Con_Button $main.saaref($phasenum,$bodnum,$mapnum)" -textvariable ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,saa) -width 5] -row $row -column 32
1401                         grid [button $main.sbbref($phasenum,$bodnum,$mapnum) -command "RB_Con_Button $main.sbbref($phasenum,$bodnum,$mapnum)" -textvariable ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,sbb) -width 5] -row $row -column 33
1402
1403                         RB_TLS_Onoff $phasenum $main $bodnum $mapnum
1404
1405
1406#                         set col 4
1407                         set atomnum $::rb_map_beginning($phasenum,$bodnum,$mapnum)
1408#                         puts "first atom = $atomnum"
1409#                         set atomlist "atoms in rigid body #$bodnum:    "
1410                         set atomlist "atoms in rigid body:    "
1411                         for {set j 1} {$j <=$::rb_coord_num($bodnum,1)} {incr j} {
1412                             set atom [atominfo $phasenum $atomnum label]
1413                             lappend atomlist $atom
1414#                            grid [label $main.rb_site$phasenum$mapnum$j -text "$atom"] -row [expr $row +1] -column $col -padx 5
1415                             incr atomnum
1416#                             incr col
1417                        }
1418                        grid [label $main.rb_site$phasenum$mapnum$j -text "$atomlist"] -row [expr $row + 1] -column 4 -padx 5 -columnspan 999 -sticky w
1419                        incr row 2
1420                     }
1421                 }
1422             }
1423             ResizeScrollTable $con.info
1424             set ::rbaddresses [winfo children .refcon.info.can.f]
1425
1426             set ::rb_var_name "var$::varnum"
1427             set free "free"
1428             set const ""
1429
1430             grid [label $con.con.lbl -text "Set Variables Selected Below"] -row 1 -column 1
1431             grid [button $con.con.free -width 22 -text "Set Free Variable" -command {RB_Con_But_Proc $::rbaddresses free}] -row 2 -column 1
1432             grid [button $con.con.const -width 22 -text "Do Not Refine Variables" -command {RB_Con_But_Proc $::rbaddresses ""}] -row 3 -column 1
1433             grid [button $con.con.var -width 22 -text "Set Constrained Variables" -command {RB_Con_But_Proc $::rbaddresses $::rb_var_name; incr ::varnum; set ::rb_var_name "var$::varnum"}] -row 4 -column 1
1434             grid [entry $con.con.vare -textvariable ::rb_var_name -width 5] -row 4 -column 2
1435             grid [button $con.con.clear -width 22 -text "Clear All Variables" -command {RB_Variable_Clear}] -row 5 -column 1
1436             grid [button $con.terminate.save -width 22 -text "Assign Variables and Save" -command RB_Var_Assign] -row 5 -column 1
1437             grid [button $con.terminate.quit -width 22 -text "Quit" -command  {destroy .refcon}] -row 6 -column 1
1438
1439}
1440
1441proc RB_Variable_Clear {} {
1442     foreach var $::rb_var_list {
1443             set $var ""
1444     }
1445     foreach var $::rb_var_list_tls {
1446             set $var ""
1447     }
1448
1449}
1450
1451proc RB_Con_But_Proc {addresses change args} {
1452#     puts "$addresses $change"
1453     foreach address $addresses {
1454             set a [eval $address cget -bg]
1455             if {$a == "yellow"} {
1456                set var [eval $address cget -textvariable]
1457                set $var $change
1458                $address config -relief raised -bg lightgray
1459              }
1460     }
1461}
1462
1463#procedure to turn buttons on (sunken yellow) and off (lightgray raised).
1464proc RB_Con_Button {address args} {
1465     set a [eval $address cget -relief]
1466     if {$a == "raised"} {
1467        $address config -relief sunken -bg yellow
1468     }
1469     if {$a == "sunken"} {
1470        $address config -relief raised
1471        $address config -bg lightgray
1472     }
1473}
1474
1475
1476
1477#procedure to determine next available variable number for GSAS
1478proc RB_Var_Gen {varcount args} {
1479     while {[lsearch $::rb_varlist $varcount] != -1} {incr varcount}
1480     lappend ::rb_varlist $varcount
1481     return $varcount
1482}
1483
1484#procedure to assign variable names to relationships
1485proc RB_Var_Assign {args} {
1486     set ::rb_varlist [RigidBodyGetVarNums]
1487     set varcount 1
1488     set varlist ""
1489     catch {array unset rb_var_temp}
1490     foreach var $::rb_var_list {
1491            if {[set $var] == ""} {
1492               set $var 0
1493            } elseif {[set $var] == "free"} {
1494                     set $var [RB_Var_Gen $varcount]
1495                     set varcount [set $var]
1496            } else {
1497#                     puts [lsearch $varlist [set $var]]
1498                     if {[lsearch $varlist [set $var]] == -1} {
1499                        lappend varlist [set $var]
1500#                        puts $varlist
1501                        set rb_variable([set $var]) [RB_Var_Gen $varcount]
1502                        set $var $rb_variable([set $var])
1503
1504                     } else {
1505                        set $var $rb_variable([set $var])
1506                     }
1507             }
1508     }
1509
1510          foreach var $::rb_var_list_tls {
1511            if {[set $var] == ""} {
1512               set $var 0
1513            } elseif {[set $var] == "free"} {
1514                     set $var [RB_Var_Gen $varcount]
1515                     set varcount [set $var]
1516            } else {
1517#                     puts [lsearch $varlist [set $var]]
1518                     if {[lsearch $varlist [set $var]] == -1} {
1519                        lappend varlist [set $var]
1520#                        puts $varlist
1521                        set rb_variable([set $var]) [RB_Var_Gen $varcount]
1522                        set $var $rb_variable([set $var])
1523
1524                     } else {
1525                        set $var $rb_variable([set $var])
1526                     }
1527             }
1528     }
1529
1530     RB_Var_Save
1531     incr ::expgui(changed)
1532     destroy .refcon
1533}
1534
1535#procedure for enabling refinement flags
1536proc RB_Ref_FlagEnable {phasenum bodnum mapnum var val args} {
1537          set atomlist ""
1538          set atomnum $::rb_map_beginning($phasenum,$bodnum,$mapnum)
1539          for {set j 1} {$j <=$::rb_coord_num($bodnum,1)} {incr j} {
1540               lappend atomlist $atomnum
1541               incr atomnum
1542          }
1543          atominfo $phasenum $atomlist $var set $val
1544
1545 }
1546
1547
1548
1549
1550#procedure to send variable numbers to EXP file.
1551proc RB_Var_Save {args} {
1552
1553     #Determine number of rigid bodies and rigid body mappings
1554     set rb_num [RigidBodyList]
1555     foreach phasenum $::expmap(phaselist) {
1556          foreach bodnum $rb_num {
1557               set rb_map_num($phasenum,$bodnum) [RigidBodyMappingList $phasenum $bodnum]
1558               foreach mapnum $rb_map_num($phasenum,$bodnum) {
1559                       set refcoordflag 0
1560                       set reftlsflag 0
1561                       set rb_list "$::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,x) \
1562                           $::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,y) $::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,z) \
1563                           $::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,e1) $::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,e2) \
1564                           $::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,e3) 0 0 0"
1565                       RigidBodyVary $phasenum $bodnum $mapnum $rb_list
1566
1567                       foreach test $rb_list {
1568                            if {$test != 0} {
1569                               set refcoordflag 1
1570                            }
1571                       }
1572                          RB_Ref_FlagEnable $phasenum $bodnum $mapnum xref $refcoordflag
1573
1574                       if {$::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,tls) == 1} {
1575                           set rb_tls "$::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,t11) $::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,t22) \
1576                               $::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,t33) $::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,t12) \
1577                               $::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,t13) $::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,t23) \
1578                               $::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,l11) $::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,l22) \
1579                               $::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,l33) $::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,l12) \
1580                               $::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,l13) $::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,l23) \
1581                               $::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,s12) $::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,s13) \
1582                               $::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,s21) $::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,s23) \
1583                               $::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,s31) $::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,s32) \
1584                               $::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,saa) $::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,sbb)"
1585                           puts "TLS param save for $rb_tls"
1586                           RigidBodyTLSVary $phasenum $bodnum $mapnum $rb_tls
1587
1588                           foreach test $rb_tls {
1589                            if {$test != 0} {
1590                               set reftlsflag 1
1591                            }
1592                       }
1593                          RB_Ref_FlagEnable $phasenum $bodnum $mapnum uref $reftlsflag
1594                       }
1595                       incr ::expgui(changed)
1596
1597               }
1598          }
1599#     puts "phasenumber is $phasenum"
1600     DisplayAllAtoms $phasenum
1601#need to track body number from button on notebook page.  Below is a temporary fix
1602      RB_Control_Panel $::rb_panel
1603#     RB_Populate $::rb_notebook 1
1604     }
1605}
1606
1607# procedure to turn tls buttons on or off
1608proc RB_TLS_Onoff {phasenum main bodnum mapnum} {
1609
1610      lappend tlsparam $main.t11ref($phasenum,$bodnum,$mapnum) $main.t22ref($phasenum,$bodnum,$mapnum) $main.t33ref($phasenum,$bodnum,$mapnum) \
1611              $main.t12ref($phasenum,$bodnum,$mapnum) $main.t13ref($phasenum,$bodnum,$mapnum) $main.t23ref($phasenum,$bodnum,$mapnum) \
1612              $main.l11ref($phasenum,$bodnum,$mapnum) $main.l22ref($phasenum,$bodnum,$mapnum) $main.l33ref($phasenum,$bodnum,$mapnum) \
1613              $main.l12ref($phasenum,$bodnum,$mapnum) $main.l13ref($phasenum,$bodnum,$mapnum) $main.l23ref($phasenum,$bodnum,$mapnum) \
1614              $main.s12ref($phasenum,$bodnum,$mapnum) $main.s13ref($phasenum,$bodnum,$mapnum) $main.s21ref($phasenum,$bodnum,$mapnum) \
1615              $main.s23ref($phasenum,$bodnum,$mapnum) $main.s31ref($phasenum,$bodnum,$mapnum) $main.s32ref($phasenum,$bodnum,$mapnum) \
1616              $main.saaref($phasenum,$bodnum,$mapnum) $main.sbbref($phasenum,$bodnum,$mapnum)
1617#      puts $tlsparam
1618              if {$::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,tls) == 0} {
1619                        RigidBodyEnableTLS $phasenum $bodnum $mapnum 0
1620                        foreach x $tlsparam {
1621                                $x config -state disable -relief sunken
1622                        }
1623              } else {
1624                        RigidBodyEnableTLS $phasenum $bodnum $mapnum 1
1625                        foreach x $tlsparam {
1626                                $x config -state normal -relief raised
1627                        }
1628              }
1629}
1630
1631
1632
1633
1634
1635proc RB_Load_Vars {phasenum bodnum mapnum args} {
1636     foreach var $::rb_map_positionvars($phasenum,$bodnum,$mapnum) {
1637             catch {unset temp($var)}
1638     }
1639
1640     foreach var $::rb_map_positionvars($phasenum,$bodnum,$mapnum) {
1641             if {[info exists temp($var)] == "0"} {
1642                set temp($var) $var
1643                } else {
1644                  lappend mulvarlist $var
1645             }
1646     }
1647
1648          foreach var $::rb_map_tls_var($phasenum,$bodnum,$mapnum) {
1649             if {[info exists temp($var)] == "0"} {
1650                set temp($var) $var
1651                } else {
1652                  lappend mulvarlist $var
1653             }
1654          }
1655
1656
1657
1658     set ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,x) [RB_VarSet [lindex $::rb_map_positionvars($phasenum,$bodnum,$mapnum) 0] $mulvarlist]
1659     set ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,y) [RB_VarSet [lindex $::rb_map_positionvars($phasenum,$bodnum,$mapnum) 1] $mulvarlist]
1660     set ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,z) [RB_VarSet [lindex $::rb_map_positionvars($phasenum,$bodnum,$mapnum) 2] $mulvarlist]
1661
1662     lappend ::rb_var_list ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,x) ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,y) ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,z)
1663
1664     set ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,e1) [RB_VarSet [lindex $::rb_map_positionvars($phasenum,$bodnum,$mapnum) 3] $mulvarlist]
1665     set ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,e2) [RB_VarSet [lindex $::rb_map_positionvars($phasenum,$bodnum,$mapnum) 4] $mulvarlist]
1666     set ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,e3) [RB_VarSet [lindex $::rb_map_positionvars($phasenum,$bodnum,$mapnum) 5] $mulvarlist]
1667
1668     lappend ::rb_var_list ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,e1) ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,e2) ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,e3)
1669
1670     if {$::rb_map_tls_var($phasenum,$bodnum,$mapnum) != ""} {
1671
1672
1673          set ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,t11) [RB_VarSet [lindex $::rb_map_tls_var($phasenum,$bodnum,$mapnum) 0] $mulvarlist]
1674          set ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,t22) [RB_VarSet [lindex $::rb_map_tls_var($phasenum,$bodnum,$mapnum) 1] $mulvarlist]
1675          set ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,t33) [RB_VarSet [lindex $::rb_map_tls_var($phasenum,$bodnum,$mapnum) 2] $mulvarlist]
1676          set ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,t12) [RB_VarSet [lindex $::rb_map_tls_var($phasenum,$bodnum,$mapnum) 3] $mulvarlist]
1677          set ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,t13) [RB_VarSet [lindex $::rb_map_tls_var($phasenum,$bodnum,$mapnum) 4] $mulvarlist]
1678          set ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,t23) [RB_VarSet [lindex $::rb_map_tls_var($phasenum,$bodnum,$mapnum) 5] $mulvarlist]
1679
1680          lappend ::rb_var_list_tls ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,t11) ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,t22) ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,t33)
1681          lappend ::rb_var_list_tls ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,t12) ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,t13) ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,t23)
1682
1683          set ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,l11) [RB_VarSet [lindex $::rb_map_tls_var($phasenum,$bodnum,$mapnum) 6] $mulvarlist]
1684          set ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,l22) [RB_VarSet [lindex $::rb_map_tls_var($phasenum,$bodnum,$mapnum) 7] $mulvarlist]
1685          set ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,l33) [RB_VarSet [lindex $::rb_map_tls_var($phasenum,$bodnum,$mapnum) 8] $mulvarlist]
1686          set ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,l12) [RB_VarSet [lindex $::rb_map_tls_var($phasenum,$bodnum,$mapnum) 9] $mulvarlist]
1687          set ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,l13) [RB_VarSet [lindex $::rb_map_tls_var($phasenum,$bodnum,$mapnum) 10] $mulvarlist]
1688          set ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,l23) [RB_VarSet [lindex $::rb_map_tls_var($phasenum,$bodnum,$mapnum) 11] $mulvarlist]
1689
1690          lappend ::rb_var_list_tls ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,l11) ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,l22) ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,l33)
1691          lappend ::rb_var_list_tls ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,l12) ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,l13) ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,l23)
1692
1693          set ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,s12) [RB_VarSet [lindex $::rb_map_tls_var($phasenum,$bodnum,$mapnum) 12] $mulvarlist]
1694          set ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,s13) [RB_VarSet [lindex $::rb_map_tls_var($phasenum,$bodnum,$mapnum) 13] $mulvarlist]
1695          set ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,s21) [RB_VarSet [lindex $::rb_map_tls_var($phasenum,$bodnum,$mapnum) 14] $mulvarlist]
1696          set ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,s23) [RB_VarSet [lindex $::rb_map_tls_var($phasenum,$bodnum,$mapnum) 15] $mulvarlist]
1697          set ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,s31) [RB_VarSet [lindex $::rb_map_tls_var($phasenum,$bodnum,$mapnum) 16] $mulvarlist]
1698          set ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,s32) [RB_VarSet [lindex $::rb_map_tls_var($phasenum,$bodnum,$mapnum) 17] $mulvarlist]
1699          set ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,saa) [RB_VarSet [lindex $::rb_map_tls_var($phasenum,$bodnum,$mapnum) 18] $mulvarlist]
1700          set ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,sbb) [RB_VarSet [lindex $::rb_map_tls_var($phasenum,$bodnum,$mapnum) 19] $mulvarlist]
1701
1702          lappend ::rb_var_list_tls ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,s12) ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,s13) ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,s21)
1703          lappend ::rb_var_list_tls ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,s23) ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,s31) ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,s32)
1704          lappend ::rb_var_list_tls ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,saa) ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,sbb)
1705
1706          set ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,tls) 1
1707
1708     } else {
1709          set ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,t11) ""
1710          set ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,t22) ""
1711          set ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,t33) ""
1712          set ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,t12) ""
1713          set ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,t13) ""
1714          set ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,t23) ""
1715
1716          lappend ::rb_var_list_tls ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,t11) ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,t22) ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,t33)
1717          lappend ::rb_var_list_tls ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,t12) ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,t13) ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,t23)
1718
1719          set ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,l11) ""
1720          set ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,l22) ""
1721          set ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,l33) ""
1722          set ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,l12) ""
1723          set ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,l13) ""
1724          set ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,l23) ""
1725
1726          lappend ::rb_var_list_tls ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,l11) ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,l22) ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,l33)
1727          lappend ::rb_var_list_tls ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,l12) ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,l13) ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,l23)
1728
1729          set ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,s12) ""
1730          set ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,s13) ""
1731          set ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,s21) ""
1732          set ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,s23) ""
1733          set ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,s31) ""
1734          set ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,s32) ""
1735          set ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,saa) ""
1736          set ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,sbb) ""
1737
1738          lappend ::rb_var_list_tls ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,s12) ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,s13) ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,s21)
1739          lappend ::rb_var_list_tls ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,s23) ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,s31) ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,s32)
1740          lappend ::rb_var_list_tls ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,saa) ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,sbb)
1741
1742          set ::rb_var($phasenum,$bodnum,$mapnum,tls) 0
1743     }
1744
1745}
1746
1747proc RB_VarSet {varin mulvarlist args} {
1748     if {$varin == 0} {set varout ""
1749        } else {
1750          set temp [lsearch $mulvarlist $varin]
1751          if {$temp == "-1"} {set varout "free"
1752                 } else {
1753                   set varout var$varin
1754              }
1755     }
1756     return $varout
1757}
1758#RB_Refine_Con - sets matrix to set refinement constrols
1759#RB_Var_Assign - assigns variable numbers to refinement parameters
1760#RB_Var_Set    - sends variable numbers back to EXP file.
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.