source: branches/sandbox/rigid.tcl @ 1125

Last change on this file since 1125 was 1125, checked in by toby, 10 years ago

resolve conflict by returning to CHL last
File size: 67.2 KB
Line 
1 #proc RB_Load_RBdata   loads rigid body data
2 #proc RB_Load_Mapdata  loads rigid body mapping data
3 #proc RB_Control_Panel
4 #proc RB_View_Matrix
5 #proc RB_Populate
6
7# debug code to load test files when run as an independent script
8if {[array name expgui shell] == ""} {
9    lappend auto_path c:/gsas/expgui
10    package require Tk
11    package require BWidget
12    set expgui(debug) 1
13    #package require La
14    #namespace import La::*
15    source c:/gsas/sandboxexpgui/readexp.tcl
16    source c:/gsas/sandboxexpgui/gsascmds.tcl
17    source C:/gsas/sandboxexpgui/rb.tcl
18    puts beforeread
19    expload c:/crystals/expgui/rigid/rb6norb.exp
20    mapexp
21    puts after
22} else {
23    source [file join $expgui(scriptdir) rb.tcl]
24}
25################################################################
26# Procedure to determine possible RB file formats available
27
28proc RB_Import_Data_Type {args} {
29    global expgui tcl_platform
30    # only needs to be done once
31    set ::rbtypelist ""
32
33    set files [glob -nocomplain [file join $expgui(scriptdir) rbimport_*.tcl]]
34    foreach filetype $files {
35          set temp [lindex [string map {_ " "} $filetype] 1]
36          lappend ::rbtypelist $temp
37    }
38    if {$::rbtypelist == ""} {lappend ::rbtypelist "no rigid body file types available"}
39    foreach filetype $::rbtypelist {
40            source $::expgui(scriptdir)/rbimport_$filetype
41    }
42    return $::rbtypelist
43}
44############################################################
45#global variables generated by RB_Load         (x = rigid body number
46#                                              y = matrix number
47#                                              z = coordinate number
48#          ::rb_map(bodytyp)                   number of times rigid body is mapped.
49#          ::rb_matrix_num(bodytyp)            number of matrices in rigid body.
50#          ::rb_mult(bodytyp,matrixnum)        multiplier for matrix.
51#          ::rb_damp(bodytyp,matrixnum)        damping factor for matrix.
52#          ::rb_var(bodytyp,matrixnum)         variable for matrix.
53#          ::rb_coord_num(bodytyp,matrixnum)   number of coordinates associated with matrix.
54#          ::rb_coord(bodytyp,matrixnum,coord) coordinates
55#          ::rb_x(bodytyp,matrixnum,coordnum)  x coordinate
56#          ::rb_y(bodytyp,matrixnum,coordnum)  y coordinate
57#          ::rb_z(bodytyp,matrixnum,coordnum   z coordinate
58#          ::rb_lbl(bodytyp,matrixnum,coordnum label for coordinate triplet
59
60proc RB_Load_RBdata {args} {
61    catch {unset ::rb}
62    #Loop over the rigid body types in EXP file
63    foreach bodytyp [RigidBodyList] {
64             set rb($bodytyp) [ReadRigidBody $bodytyp]
65             #Set the number of times rigid body is mapped.
66             set ::rb_map($bodytyp) [lindex $rb($bodytyp) 0]
67
68             #define the matrices
69             set rb_mat [lindex $rb($bodytyp) 1]
70             set ::rb_matrix_num($bodytyp) [llength $rb_mat]
71             for {set matrixnum 1} {$matrixnum <= $::rb_matrix_num($bodytyp)} {incr matrixnum} {
72                 set temp [lindex $rb_mat [expr $matrixnum - 1]]
73                 set ::rb_mult($bodytyp,$matrixnum) [lindex $temp 0]
74                 set ::rb_damp($bodytyp,$matrixnum) [lindex $temp 1]
75                 set ::rb_var($bodytyp,$matrixnum)  [lindex $temp 2]
76                 set coords [lindex $temp 3]
77                 set ::rb_coord_num($bodytyp,$matrixnum) [llength $coords]
78                 #load all coordniate information for matrix matrixnum
79                 for {set coordnum 0} {$coordnum < $::rb_coord_num($bodytyp,$matrixnum)} {incr coordnum} {
80                     set ::rb_coord($bodytyp,$matrixnum,$coordnum) [lindex $coords $coordnum]
81                     set ::rb_x($bodytyp,$matrixnum,$coordnum) [lindex $::rb_coord($bodytyp,$matrixnum,$coordnum) 0]
82                     set ::rb_y($bodytyp,$matrixnum,$coordnum) [lindex $::rb_coord($bodytyp,$matrixnum,$coordnum) 0]
83                     set ::rb_z($bodytyp,$matrixnum,$coordnum) [lindex $::rb_coord($bodytyp,$matrixnum,$coordnum) 0]
84                     set ::rb_lbl($bodytyp,$matrixnum,$coordnum) [lindex $::rb_coord($bodytyp,$matrixnum,$coordnum) 0]
85                 }
86             }
87     }
88}
89
90############################################
91#           ::rb_map_beginning(phase,bodytyp,mapnum)   first atom in list
92#           ::rb_map_origin(phase,bodytyp,mapnum)      origin of rigid body
93#           ::rb_map_euler(phase,bodytyp,mapnum)       euler angles of rigid body
94#           ::rb_map_positions(phase,bodytyp,mapnum)   positions
95#           ::rb_map_damping(phase,bodytyp,mapnum)     damping
96#           ::rb_map_tls(phase,bodytyp,mapnum)         tls
97#           ::rb_map_tls_var(phase,bodytyp,mapnum)
98#           ::rb_map_tls_damp(phase,bodytyp,mapnum)
99proc RB_Load_Mapdata {phase bodytyp mapnum} {
100     set rb_map [ReadRigidBodyMapping $phase $bodytyp $mapnum]
101     set ::rb_map_beginning($phase,$bodytyp,$mapnum) [lindex $rb_map 0]
102     set ::rb_map_origin($phase,$bodytyp,$mapnum) [lindex $rb_map 1]
103     set ::rb_map_euler($phase,$bodytyp,$mapnum) [lindex $rb_map 2]
104     set ::rb_map_positions($phase,$bodytyp,$mapnum) [lindex $rb_map 3]
105     set ::rb_map_damping($phase,$bodytyp,$mapnum) [lindex $rb_map 4]
106     set ::rb_map_tls($phase,$bodytyp,$mapnum) [lindex $rb_map 5]
107     set ::rb_map_tls_var($phase,$bodytyp,$mapnum) [lindex $rb_map 6]
108     set ::rb_map_tls_damp($phase,$bodytyp,$mapnum) [lindex $rb_map 7]
109}
110
111#############################################
112#   rcb     .a               initial rigid body control panel.
113#   panelnum                 the notebook panel to be accessed.
114#::rb_notebook              the notebook containing all rigid body panels.
115
116proc RB_Control_Panel {panelnum args} {
117     #set rcb .a
118     #destroy $rcb
119     #catch {toplevel $rcb} err
120     set rcb $::expgui(rbFrame)
121     eval destroy [winfo children $rcb]
122     #wm title $rcb "Rigid Body Control Panel"
123     #wm geometry $rcb 700x600+10+10
124     set rb_nb $rcb.nb
125
126     # Enable NoteBook from BWidget package
127
128     set ::rb_notebook [NoteBook $rb_nb -side bottom]
129     # loop over rigid body types, create notebook pages
130     set pagelist {}
131
132     # add create rigid body page and populate page
133     $::rb_notebook insert 0 rb_body0 -text "Create Rigid Body" \
134     -raisecmd "RB_Create"
135     lappend pagelist rb_body0
136
137
138     foreach bodynum [RigidBodyList] {
139         $::rb_notebook insert $bodynum rb_body$bodynum -text "Rigid Body Type $bodynum"  \
140         -raisecmd "RB_Populate $::rb_notebook $bodynum"
141        lappend pagelist rb_body$bodynum
142     }
143
144    # grid notebook
145    grid $::rb_notebook -sticky news -column 0 -row 1 -columnspan 2
146    grid columnconfig $rcb 1 -weight 1
147    grid rowconfig    $rcb 1 -weight 1
148    $::rb_notebook raise [lindex $pagelist $panelnum]
149}
150
151############################################
152# Procedure to create new rigid body
153
154proc RB_Create {args} {
155     RB_Import_Data_Type
156     $::rb_notebook raise [$::rb_notebook page 0]
157     #sets the new rigidbody number
158     set bodytyp [expr [llength [RigidBodyList]] + 1]
159     #sets the phase list
160     set phase $::expmap(phaselist)
161     set pane [$::rb_notebook getframe rb_body0]
162     eval destroy [winfo children $pane]
163     set con0 $pane.con0
164     #set con1 $pane.con1
165     #set con2 $pane.con2
166     #set con3 $pane.con3
167
168     #initialize matrix number, multiplier and number of coordinates
169     set ::rb_matrix_num($bodytyp) 1
170     set ::rb_mult($bodytyp,1) 1.000
171     
172     if {[info vars ::rb_coord_num($bodytyp,1)] == ""} {set ::rb_coord_num($bodytyp,1) 1}
173
174     #set check variables to see if number of matricies or coordinates incremented.
175     set ::rb_mat_num_check 0
176     set ::rb_atom_num_check 0
177
178     #building rigid body creation frames
179     pack [frame $con0 -bd 2 -relief groove] -side top -pady 10
180     
181      set ::rb_loader(manual) NewBodyTypeWindow
182     set ::rb_descriptor(manual) "Manual Input"
183
184
185     set filedescriptors ""
186     set filearray [array names ::rb_descriptor]
187     foreach file $filearray {
188             lappend filedescriptors $::rb_descriptor($file)
189     }
190
191     set filecount 0
192     set ::rb_file_loader "File Descriptions"
193     grid [label $con0.lbl -text "Data Input Type: "] -row 0 -column 0
194     set menu [eval tk_optionMenu $con0.filematrix ::rb_file_loader $filedescriptors]
195         foreach file $filearray {
196                 $menu entryconfig $filecount -command "eval $::rb_loader($file)"
197                 incr filecount
198         }
199     $con0.filematrix configure -width 17
200     grid $con0.filematrix -row 0 -column 1
201
202
203     #grid [button $con0.but -text "Create from window" -width 20 -command NewBodyTypeWindow] -row 2 -column 0 -padx 5 -pady 5 -columnspan 2
204     #grid [button $con0.cartload -text "Create from file \n cartesian coordinates" -width 20 -command "RB_Cartesian_Load"] -row 0 -column 1
205     #grid [button $con0.cartz -text "Create from \n Z-Matrix" -width 20 -command "RB_Zmat_Load"] -row 1 -column 1 -padx 5 -pady 5
206     grid [button $con0.fixfrag -text "Fix Molecular \n Fragment" -width 20 -command "RB_Fixfrag_Load"] -row 1 -column 0 -padx 5 -pady 5 -columnspan 2
207
208
209}
210
211############################################################
212#procedure to create tables of cartesian coordinates
213
214proc RB_Create_Cart {bodytyp location args} {
215     if {$::rb_matrix_num($bodytyp) == $::rb_mat_num_check && $::rb_coord_num($bodytyp,1) == $::rb_atom_num_check} {return}
216     if {[catch {expr $::rb_matrix_num($bodytyp)}] == 1 || [catch {expr $::rb_coord_num($bodytyp,1)}] == 1} {return}
217     if {$::rb_matrix_num($bodytyp) != int($::rb_matrix_num($bodytyp)) || $::rb_coord_num($bodytyp,1) != int($::rb_coord_num($bodytyp,1)) } {return}
218     eval destroy [winfo children $location]
219
220     foreach {top main side lbl} [MakeScrollTable $location] {}
221     set ::rb_atom_num_check $::rb_coord_num($bodytyp,1)
222     set ::rb_mat_num_check $::rb_matrix_num($bodytyp)
223     set col 0
224     grid [label $top.multilbl -text "Matrix Multiplier"] -row 1 -column 0
225     grid [label $top.damplbl -text "Damping Factor"] -row 2 -column 0
226     for {set matrixnum 1} {$matrixnum <= $::rb_matrix_num($bodytyp)} {incr matrixnum} {
227          grid [label $top.matlbl$matrixnum -text "Matrix $matrixnum"] -row 0 -column [expr $col + 2]
228          grid [entry $top.multi$matrixnum -textvariable ::rb_mult($bodytyp,$matrixnum) -width 7 -takefocus 1] -row 1 -column [expr $col +2]
229          grid [entry $top.damp$matrixnum -textvariable ::rb_damp($bodytyp,$matrixnum) -width 7 -takefocus 1] -row 2 -column  [expr $col +2]
230          if {$::rb_mult($bodytyp,$matrixnum) == ""} {set ::rb_mult($bodytyp,$matrixnum) 1.000}
231          if {$::rb_damp($bodytyp,$matrixnum) == ""} {set ::rb_damp($bodytyp,$matrixnum) 0}
232
233          grid [label $main.x$matrixnum -text "X"] -row 0 -column [expr $col + 1]
234          grid [label $main.y$matrixnum -text "Y"] -row 0 -column [expr $col + 2]
235          grid [label $main.z$matrixnum -text "Z"] -row 0 -column [expr $col + 3]
236          grid [label $main.b$matrixnum -text "    "] -row 0 -column [expr $col +4]
237          incr col 4
238     }
239
240     for {set coordnum 1} {$coordnum <= $::rb_coord_num($bodytyp,1)} {incr coordnum} {
241          grid [label $main.lbl$coordnum -text "Site $coordnum"] -row [expr $coordnum+10] -column 0
242          set col 0
243          for {set matrixnum 1} {$matrixnum <= $::rb_matrix_num($bodytyp)} {incr matrixnum} {
244              grid [entry $main.x($matrixnum,$coordnum) -textvariable ::rb_x($bodytyp,$matrixnum,$coordnum) -width 8 -takefocus 1] -row [expr $coordnum+10] -column [expr $col + 1]
245              if {$::rb_x($bodytyp,$matrixnum,$coordnum) == ""} {set ::rb_x($bodytyp,$matrixnum,$coordnum) 0}
246              grid [entry $main.y($matrixnum,$coordnum) -textvariable ::rb_y($bodytyp,$matrixnum,$coordnum) -width 8 -takefocus 1] -row [expr $coordnum+10] -column [expr $col + 2]
247              if {$::rb_y($bodytyp,$matrixnum,$coordnum) == ""} {set ::rb_y($bodytyp,$matrixnum,$coordnum) 0}
248              grid [entry $main.z($matrixnum,$coordnum) -textvariable ::rb_z($bodytyp,$matrixnum,$coordnum) -width 8 -takefocus 1] -row [expr $coordnum+10] -column [expr $col + 3]
249              if {$::rb_z($bodytyp,$matrixnum,$coordnum) == ""} {set ::rb_z($bodytyp,$matrixnum,$coordnum) 0}
250              grid [label $main.b($matrixnum,$coordnum) -text "    "] -row [expr $coordnum+10]  -column [expr $col +4]
251              incr col 4
252          }
253          ResizeScrollTable $location
254     }
255}
256########################################################
257# Procedure to save new rigid body to EXP file.
258
259proc RB_Create_Save {bodytyp args} {
260     set temp_mat ""
261     set temp_car ""
262     set temp_mat_group ""
263     set temp_car_group ""
264     set total ""
265     puts $::::rb_coord_num($bodytyp,1)
266     for {set matrixnum 1} {$matrixnum <= $::rb_matrix_num($bodytyp)} {incr matrixnum} {
267         lappend temp_mat $::rb_mult($bodytyp,$matrixnum)
268     }
269
270     for {set matrixnum 1} {$matrixnum <= $::rb_matrix_num($bodytyp)} {incr matrixnum} {
271         for {set coordnum 1} {$coordnum <= $::rb_coord_num($bodytyp,1)} {incr coordnum} {
272                  set temp_cart_triplet "$::rb_x($bodytyp,$matrixnum,$coordnum) $::rb_y($bodytyp,$matrixnum,$coordnum) $::rb_z($bodytyp,$matrixnum,$coordnum)"
273                  lappend temp $temp_cart_triplet
274         }
275         lappend temp_car $temp
276     }
277     puts "sites: $::rb_coord_num($bodytyp,1)"
278     puts "matrix multiplier:  $temp_mat"
279     puts "cartesian coords:   $temp_car"
280     AddRigidBody $temp_mat $temp_car
281
282     incr ::expgui(changed)
283     destroy .nbt
284     RB_Load_RBdata
285     RB_Control_Panel $bodytyp
286}
287
288###################################################
289# Procedures to delete rigid bodies
290
291proc RB_Delete_Body {bodytyp location args} {
292     destroy $location.delete
293     set really $location.delete
294     toplevel $really
295     putontop $really
296     wm title $really "Delete Rigid Body"
297     wm geometry $really 250x250+10+10
298     grid [label $really.lbl -text "Confirm \n Is rigid body $bodytyp to be deleted?"] -row 0 -column 0 -columnspan 2 -pady 15
299
300     grid [button $really.save -text "Delete" -bg red -command "RB_Delete_Body_Confirm $bodytyp $location.delete"] \
301          -row 1 -column 0 -padx 5 -pady 5
302     grid [button $really.abort -text "Abort" -bg green -command "RB_Control_Panel $bodytyp"] -row 1 -column 1 \
303          -padx 5 -pady 5
304}
305
306proc RB_Delete_Body_Confirm {bodytyp location args} {
307
308 #   unmap all instances of the rigid body
309     foreach p $::expmap(phaselist) {
310             foreach map [RigidBodyMappingList $p $bodytyp] {
311                     UnMapRigidBody $p $bodytyp $map
312             }
313        lappend pagelist rb_body$x
314     }
315#    delete the rigid body
316     puts "delete rigid body number $bodytyp"
317     DeleteRigidBody $bodytyp
318     puts "destroy location $location"
319     destroy $location
320#    increment expgui
321     incr ::expgui(changed)
322     RB_Load_RBdata
323     RB_Control_Panel 0
324}
325
326############################################################
327# Procedure to populate notebook pages
328
329proc RB_Populate {rb_notebook bodytyp args} {
330     set phaselist $::expmap(phaselist)
331     # set notebook frame
332     set pane [$rb_notebook getframe rb_body$bodytyp]
333     eval destroy [winfo children $pane]
334     set con $pane.con
335     grid [frame $con -bd 2 -relief groove] -row 0 -column 1 -pady 10
336
337     #Rigid body mapping control panel along with matrix multipliers and damping factor labels
338     grid [label  $con.rb_num -text "Rigid Body Type $bodytyp"] -row 0 -column 0 -padx 5 -pady 5
339     grid [button $con.rb_newmap -text "Map Body $bodytyp" -command "RB_Map_New $bodytyp"] -row 0 -column 1 -padx 5 -pady 5
340     grid [button $con.rb_unmap -text "Unmap Body $bodytyp" -command "RB_Unmap $bodytyp"] -row 0 -column 2 -padx 5 -pady 5
341     button $con.rb_delete -text "Delete Body $bodytyp" -command "RB_Delete_Body $bodytyp $con.rb_delete"
342     grid   $con.rb_delete -row 4 -column 2 -padx 5 -pady 5
343
344
345     grid [label $con.rb_mlbl1 -text "Matrix"] -row 1 -column 0
346     grid [label $con.rb_mlbl2 -text "Multiplier"] -row 2 -column 0
347     grid [label $con.rb_mlbl3 -text "Damping Factor"] -row 3 -column 0
348     grid [button $con.plot -text "Plot Rigid Body" -command "PlotRBtype $bodytyp"] -row 4 -column 0
349
350     set matrixnum 0
351     for {set mnum 1} {$mnum <= $::rb_matrix_num($bodytyp)} {incr mnum} {
352        incr matrixnum
353        grid [label $con.rb_mm$mnum   -text "$mnum"]                -row 1 -column $matrixnum
354        grid [label $con.rb_mult$mnum -text "$::rb_mult($bodytyp,$mnum)"] -row 2 -column $matrixnum
355        grid [label $con.rb_damp$mnum -text "$::rb_damp($bodytyp,$mnum)"] -row 3 -column $matrixnum
356     }
357
358     button $con.rb_vmatrix -text "Edit Matrix Info" -command "RB_Edit_Matrix $matrixnum"
359     grid   $con.rb_vmatrix -row 4 -column 1 -padx 5 -pady 5
360
361
362     # create header for mapping data
363     foreach {top main side lbl} [MakeScrollTable $pane] {}
364     grid [label $main.rb_origin -text "Origin"] -row 0 -column 3 -columnspan 3
365     grid [label $main.rb_euler -text "Euler Angles"] -row 0 -column 6 -columnspan 3
366     grid [label $main.rb_site -text "Sites"] -row 0 -column 10 -columnspan 3
367     grid [label $main.rb_ref -text "Phase"] -row 1 -column 2
368     grid [label $main.rb_map -text "Map"] -row 1 -column 1
369     grid [label $main.rb_x   -text "x"] -row 1 -column 3
370     grid [label $main.rb_y   -text "y"] -row 1 -column 4
371     grid [label $main.rb_z   -text "z"] -row 1 -column 5
372     grid [label $main.rb_euler_x -text "x"] -row 1 -column 6
373     grid [label $main.rb_euler_y -text "y"] -row 1 -column 7
374     grid [label $main.rb_euler_z -text "z"] -row 1 -column 8
375#     grid [label $main.rb_opt     -text "Refine"] -row 1 -column 9 -padx 8
376     set col 11
377     for {set coordnum 1} {$coordnum <= $::rb_coord_num($bodytyp,1)} {incr coordnum} {
378        label $main.rb_site$coordnum -text "$coordnum"
379        grid $main.rb_site$coordnum -row 1 -column $col -padx 5
380        incr col
381     }
382
383     # populate mapping data table
384     set row 2
385     foreach phase $phaselist {
386             incr row
387             foreach mapnum [RigidBodyMappingList $phase $bodytyp] {
388                      set row [expr $row + $mapnum]
389                      RB_Load_Mapdata $phase $bodytyp $mapnum
390                      grid [label $main.rb_map$phase$mapnum -text "$mapnum"] -row $row -column 1
391                      grid [label $main.rb_cb$phase$mapnum -text $mapnum] -row $row -column 2
392                      set origin $::rb_map_origin($phase,$bodytyp,$mapnum)
393
394                      grid [label $main.rb_x$phase$mapnum   -text "[format %1.3f [lindex $origin 0]]"] -row $row -column 3 -padx 5
395                      grid [label $main.rb_y$phase$mapnum   -text "[format %1.3f [lindex $origin 1]]"] -row $row -column 4 -padx 5
396                      grid [label $main.rb_z$phase$mapnum   -text "[format %1.3f [lindex $origin 2]]"] -row $row -column 5 -padx 5
397                      set euler $::rb_map_euler($phase,$bodytyp,$mapnum)
398                      for {set j 0} {$j < 3} {incr j} {
399                                  set euler1 [lindex $euler $j]
400                                  set angle  [lindex $euler1 0]
401                                  set axis   [lindex $euler1 1]
402                                  label $main.rb_euler_$phase$mapnum$axis -text "[format %1.2f $angle]"
403                      }
404                      grid [button $main.rb_tls$phase$mapnum -text "Refine" -command "RB_Refine_Con" -width 7] -row $row -column 9
405                      set q 1
406                      grid $main.rb_euler_$phase$mapnum$q -row $row -column 6  -padx 5
407                      set q 2
408                      grid $main.rb_euler_$phase$mapnum$q -row $row -column 7 -padx 5
409                      set q 3
410                      grid $main.rb_euler_$phase$mapnum$q -row $row -column 8 -padx 5
411                      set col 11
412                      set atomnum $::rb_map_beginning($phase,$bodytyp,$mapnum)
413                      for {set j 1} {$j <=$::rb_coord_num($bodytyp,1)} {incr j} {
414                          set atom [atominfo $phase $atomnum label]
415                          grid [label $main.rb_site$phase$mapnum$j -text "$atom"] -row $row -column $col -padx 5
416                          incr atomnum
417                          incr col
418                      }
419             }
420     incr row
421     }
422     ResizeScrollTable $pane
423}
424
425
426#######################################################################
427# New Mapping Event
428# not updated
429
430proc RB_Map_New {bodytyp args} {
431    catch {unset ::rb_finput}
432    set ::rb_finput ""
433    set ::body_type $bodytyp
434    catch {destroy .newmap}
435    set nm .newmap
436    toplevel $nm
437    wm title $nm "Map Rigid Body #$bodytyp"
438
439    foreach item [trace vinfo ::rb_phase] {
440            eval trace vdelete ::rb_phase $item
441    }
442
443    set ::rb_phase [lindex $::expmap(phaselist) 0]
444    set nmap [expr $::rb_map($bodytyp) + 1]
445    eval tk_optionMenu $nm.pinput ::rb_phase $::expmap(phaselist)
446    grid [label $nm.phase -text "Phase: "] -row 3 -column 1
447    grid [label $nm.f_atom -text "Choose first atom Number"] -row 4 -column 1
448    grid [label $nm.origin -text "input origin in fractional coordinates: "] -row 6 -column 1
449    grid [label $nm.euler -text "input Euler angles: "] -row 7 -column 1
450    grid [entry $nm.finputm -textvariable ::rb_finput -width 8 -takefocus 1] -row 4 -column 2
451
452    foreach item [trace vinfo ::rb_finput] {
453            eval trace vdelete ::rb_finput $item
454    }
455    trace variable ::rb_finput w "RB_Atom_List \$::rb_phase \$::rb_finput $nm $bodytyp 1"
456
457    grid [button $nm.finput -text "list allowed" -command "RB_Choose_Atom $bodytyp"] -row 4 -column 3
458    grid [label $nm.o1l -text "x"] -row 5 -column 2
459    grid [label $nm.o2l -text "y"] -row 5 -column 3
460    grid [label $nm.o3l -text "z"] -row 5 -column 4
461    grid [entry $nm.o1 -width 8 -textvariable ::origin1 -takefocus 1] -row 6 -column 2
462    grid [entry $nm.o2 -width 8 -textvariable ::origin2 -takefocus 1] -row 6 -column 3
463    grid [entry $nm.o3 -width 8 -textvariable ::origin3 -takefocus 1] -row 6 -column 4
464    grid [entry $nm.e1 -width 8 -textvariable ::euler1 -takefocus 1] -row 7 -column 2
465    grid [entry $nm.e2 -width 8 -textvariable ::euler2 -takefocus 1] -row 7 -column 3
466    grid [entry $nm.e3 -width 8 -textvariable ::euler3 -takefocus 1] -row 7 -column 4
467
468    grid $nm.pinput -row 3 -column 3
469
470    grid [frame $nm.p] -row 8 -column 1 -columnspan 4 -sticky e
471    grid [button $nm.p.fit -text "Fit rigid body to phase" -command "FitBody2coords $bodytyp $nm"] -row 0 -column 1
472    grid [button $nm.p.plot -text "Plot rigid body & phase" -command "PlotStrBody $bodytyp $nm"] -row 1 -column 1
473    grid [label $nm.p.l -text "Bonds: "] -row 1 -column 2
474    grid [entry $nm.p.e] -row 1 -column 3
475    $nm.p.e delete 0 end
476    $nm.p.e insert 0 "0.9-1.1, 1.3-1.6"
477
478    grid [frame $nm.l] -row 9 -column 2 -columnspan 3
479    grid [button $nm.l.s -text "map update" -width 12 -command {RB_Write_Map}] -column 1 -row 1
480    grid [button $nm.l.q -text "Quit" -width 6 -command "destroy $nm"] -column 2  -row 1
481
482    foreach item [trace vinfo ::rb_phase] {
483            eval trace vdelete ::rb_phase $item
484    }
485    trace variable ::rb_phase w "RB_ProcessPhase $bodytyp"
486    RB_Control_Panel $bodytyp
487}
488
489###########################################################
490# Procedure for choosing first atom during mapping event.
491# not updated
492
493proc RB_Choose_Atom {bodytyp args} {
494#     set ::rb_finput ""
495    set phase $::rb_phase
496    # get the number of atoms in this type of body
497    set natoms [llength [lindex [lindex [lindex [ReadRigidBody $bodytyp] 1] 0] 3]]
498    set atomlist [RigidStartAtoms $::rb_phase $natoms]
499    if {[llength $atomlist] == 0} {
500        RB_ProcessPhase $bodytyp
501        return
502    }
503     catch {destroy .chooseatom}
504     set ca .chooseatom
505     toplevel $ca
506     wm title $ca "Choose Atom"
507#     puts $atomlist
508     foreach {top main side lbl} [MakeScrollTable $ca] {}
509     set row 0
510     set column 0
511     foreach atom $atomlist {
512        set label "[atominfo $phase $atom label] \($atom\)"
513# fix next line need global variable to send.
514#        button $main.$atom -text "$label" -command "set ::rb_finput [list $label]; destroy $ca"
515        button $main.$atom -text $label -command "set ::rb_finput $atom; destroy $ca"
516        incr row
517        if {$row > 5} {
518           set row 1
519           incr column
520        }
521      grid $main.$atom -row $row -column $column -padx 5 -pady 5
522      }
523      ResizeScrollTable $ca
524      putontop $ca
525      tkwait window $ca
526      afterputontop
527}
528
529
530
531##########################################################
532##########################################################
533
534 
535proc FitBody2coords {rbtype menu} {
536    set warn ""
537    foreach i {1 2 3} lbl {x y z} {
538        if {[string trim [set ::euler$i]] == ""} {
539            set ::euler$i 0.0
540        }
541        if {[string trim [set ::origin$i]] == ""} {
542            set ::origin$i .0
543        }
544        if {[catch {expr [set ::euler$i]}]} {
545            append warn "\tError in Euler angle around $lbl\n"
546        }
547        if {[catch {expr [set ::origin$i]}]} {
548            append warn "\tError in origin $lbl\n"
549        }
550    }
551    if {[catch {expr $::rb_finput}]} {
552        append warn "\tError in 1st atom number\n"
553    }
554    if {$warn != ""} {
555        MyMessageBox -parent $menu -title "Input error" \
556                -message "Invalid input:\n$warn" -icon warning
557        return
558    }
559    set Euler [list "1 $::euler1" "2 $::euler2" "3 $::euler3"]
560    set origin "$::origin1 $::origin2 $::origin3"
561    set phase $::rb_phase
562    set cell {}
563    foreach p {a b c alpha beta gamma} {
564        lappend cell [phaseinfo $phase $p]
565    }
566    set coords [RB2cart [lindex [ReadRigidBody $rbtype] 1]]
567    set natom [llength $coords]
568    set firstind [lsearch $::expmap(atomlist_$phase) $::rb_finput]
569    set atoms [lrange \
570                   [lrange $::expmap(atomlist_$phase) $firstind end] \
571                   0 [expr {$natom-1}]]
572    # now loop over atoms
573    set frcoords {}
574    foreach atom $atoms {
575        set xyz {}
576        foreach v {x y z} {
577            lappend xyz [atominfo $phase $atom $v]
578        }
579        lappend frcoords $xyz
580    }
581    # it would be nice to have checkboxes for each atom, but for now use em all
582    set useflags {}
583    foreach i $coords {lappend useflags 1}
584    puts "frcoords $frcoords"
585    puts "coords $coords"
586    # do the fit
587    foreach {neworigin newEuler rmsdev newfrac rmsbyatom} \
588        [FitBody $Euler $cell $coords $useflags $frcoords $origin] {}
589    foreach i {1 2 3} val $neworigin pair $newEuler {
590        set ::origin$i $val
591        set ::euler$i [lindex $pair 1]
592    }
593    # show deviations
594    foreach atom $atoms rms $rmsbyatom {
595        puts "[atominfo $phase $atom label]\t$rms"
596    }
597    #puts "CalcBody $Euler $cell $coords $origin"
598    #puts $coords
599    #puts $frcoords
600    #DRAWxtlPlotRBFit $frcoords $phase $::rb_finput 0 $bondlist $bondlist
601 }
602
603proc PlotStrBody {rbtype menu} {
604    set warn ""
605    foreach i {1 2 3} lbl {x y z} {
606        if {[catch {expr [set ::euler$i]}]} {
607            append warn "\tError in Euler angle around $lbl\n"
608        }
609        if {[catch {expr [set ::origin$i]}]} {
610            append warn "\tError in origin $lbl\n"
611        }
612    }
613    if {[catch {expr $::rb_finput}]} {
614        append warn "\tError in 1st atom number\n"
615    }
616    if {$warn != ""} {
617        MyMessageBox -parent $menu -title "Input error" \
618                -message "Invalid input:\n$warn" -icon warning
619        return
620    }
621    # translate bond list
622    set bl [$menu.p.e get]
623    regsub -all "," $bl " " bl
624    set bondlist {}
625    set warn ""
626    foreach b $bl {
627        if {[llength [split $b "-"]] == 2} {
628            lappend bondlist [split $b "-"]
629        } else {
630            set warn "error parsing bond list"
631        }
632    }
633    if {$warn != ""} {
634        MyMessageBox -parent . -title "Input warning" \
635                -message "Invalid bond input" -icon warning
636    }
637     set Euler [list "1 $::euler1" "2 $::euler2" "3 $::euler3"]
638     set origin "$::origin1 $::origin2 $::origin3"
639     set phase $::rb_phase
640     set cell {}
641     foreach p {a b c alpha beta gamma} {
642        lappend cell [phaseinfo $phase $p]
643    }
644    set coords [RB2cart [lindex [ReadRigidBody $rbtype] 1]]
645    set frcoords [CalcBody $Euler $cell $coords $origin]
646    #puts "CalcBody $Euler $cell $coords $origin"
647    #puts $coords
648    #puts $frcoords
649    DRAWxtlPlotRBFit $frcoords $phase $::rb_finput 0 $bondlist $bondlist
650 }
651#
652
653proc RB_Write_Map {args} {
654   set origin "$::origin1 $::origin2 $::origin3"
655   set euler "$::euler1 $::euler2 $::euler3"
656   puts "phase = $::rb_phase"
657   puts "bodytyp = $::body_type"
658   puts "firstatom = $::rb_finput"
659   puts "position = $origin"
660   puts "Euler = $euler"
661   MapRigidBody $::rb_phase $::body_type $::rb_finput $origin $euler
662   incr ::rb_map($::body_type)
663   incr ::expgui(changed)
664   set curpage [$::rb_notebook raise]
665   $::rb_notebook raise [$::rb_notebook page end]
666   $::rb_notebook raise $curpage
667#   RB_Control_Panel $::body_type
668   destroy .newmap
669}
670
671proc RB_Atom_List {phase atomnum address x y args} {
672     foreach w [winfo children $address] {
673             if {[string first ".atom" $w] != -1} {destroy $w}
674     }
675     set col 8
676    if {$atomnum == ""} return
677     grid [label $address.atomlbl -text "Atoms Mapped to Rigid Body"] -row 3 -column 8 -columnspan 99
678    # get the number of atoms in this type of body
679    set natoms [llength [lindex [lindex [lindex [ReadRigidBody $x] 1] 0] 3]]
680    set atoms [RigidStartAtoms $phase $natoms]
681    if {[lsearch $atoms $atomnum] == -1} {
682         grid [label $address.atomerr -text "(invalid 1st atom)"] -row 4 -column $col
683        return
684    }
685    set atoms [lrange $::expmap(atomlist_$phase) \
686                   [lsearch $::expmap(atomlist_$phase) $atomnum] end]
687    foreach j [lrange $atoms 0 [expr {$natoms - 1}]] {
688        set atom [atominfo $phase $j label]
689        grid [label $address.atom$phase$x$j -text $atom] -row 4 -column $col
690        incr col
691     }
692}
693
694proc RB_ProcessPhase {rbnum args} {
695    if {$::rb_phase == ""} {
696        set atoms {}
697    } else {
698        # get the number of atoms in this type of body
699        set natoms [llength [lindex [lindex [lindex [ReadRigidBody $rbnum] 1] 0] 3]]
700
701        set atoms [RigidStartAtoms $::rb_phase $natoms]
702    }
703    set nm .newmap
704    if {[llength $atoms] == 0} {
705        foreach w "$nm.finputm $nm.p.plot $nm.p.fit $nm.p.e $nm.l.s" {
706            $w config -state disabled
707        }
708        $nm.finput config -text "None allowed" -state disabled
709    } else {
710        foreach w "$nm.finputm $nm.p.plot $nm.p.fit $nm.p.e $nm.l.s" {
711            $w config -state normal
712        }
713        $nm.finput config -text "Show allowed" -state normal
714    }
715}
716
717proc RB_Unmap {x args} {
718    catch {unset ::rb_finput}
719    set ::rb_finput ""
720    set ::body_type $x
721    catch {destroy .unmap}
722    set um .unmap
723    toplevel $um
724    wm title $um "Map Rigid Body #$x"
725    set ::phase 1
726    set umap $::rb_map($x)
727#    eval tk_optionMenu $um.pinput ::rb_phase $::expmap(phaselist)
728#    grid [label $um.phase -text "Phase: "] -row 3 -column 1
729#    grid $um.pinput -row 3 -column 2
730
731    set mapnumber $::rb_map($x)
732    set unpane $um.pane
733    foreach {top main side lbl} [MakeScrollTable $um] {}
734    grid [label $main.cb -text "unmap"] -row 1 -column 0 -padx 5
735    grid [label $main.map -text "map"] -row 1 -column 1 -padx 5
736    grid [label $main.ph -text "Phase"] -row 1 -column 2 -padx 5
737    set y $::rb_matrix_num($x)
738    for {set z 1} {$z <= $::rb_coord_num($x,$y)} {incr z} {
739        label $main.rb_site$z -text "Site $z"
740        grid $main.rb_site$z -row 1 -column [expr 2 + $z]
741    }
742    set row 2
743    foreach p $::expmap(phaselist) {
744        incr row
745        foreach z [RigidBodyMappingList $p $x] {
746                set row [expr $row + $z]
747                RB_Load_Mapdata $p $x $z
748                checkbutton $main.unmap$p$z -variable ::rb_unmap($p,$x,$z)
749                grid $main.unmap$p$z -row $row -column 0
750                grid [label $main.rb_map$p$z -text "$z"] -row $row -column 1
751                grid [label $main.rb_cb$p$z -text $p] -row $row -column 2
752                      set atomnum $::rb_map_beginning($p,$x,$z)
753                      set col 3
754                      for {set j 1} {$j <=$::rb_coord_num($x,$y)} {incr j} {
755                          set atom [atominfo $p $atomnum label]
756                          grid [label $main.rb_site$p$z$j -text "$atom"] -row $row -column $col
757                          incr atomnum
758                          incr col
759                      }
760             }
761     incr row
762     }
763     ResizeScrollTable $um
764
765     grid [frame $um.update -bd 2 -relief groove] -row 0 -column 1 -pady 10
766     button $um.update.con -text "Update Rigid Body Mapping" -command "RB_unmap_delete $um $x"
767     button $um.update.quit -text "Quit" -command "destroy $um"
768     grid $um.update.con -row 0 -column 0 -padx 5 -pady 5
769     grid $um.update.quit -row 0 -column 1
770
771#     UnMapRigidBody $phase $bodytyp $mapnum
772#     incr ::expgui(changed)
773#     RB_Control_Panel $bodytyp
774}
775
776proc RB_unmap_delete {panel x args} {
777     puts $panel
778     foreach p $::expmap(phaselist) {
779        foreach z [RigidBodyMappingList $p $x] {
780                if {$::rb_unmap($p,$x,$z) == 1} {
781                   UnMapRigidBody $p $x $z
782                }
783        }
784        incr ::expgui(changed)
785        destroy $panel
786        set curpage [$::rb_notebook raise]
787        $::rb_notebook raise [$::rb_notebook page end]
788        $::rb_notebook raise $curpage
789#        RB_Control_Panel $x
790     }
791}
792
793
794proc RB_Edit_Matrix {bodynum args} {
795     catch {destroy .viewmatrix}
796     set em .viewmatrix
797     toplevel $em
798     wm title $em "View Matrices for Rigid Body $bodynum"
799
800     set vm $em.entry
801     set um $em.update
802     grid [frame $vm -bd 2 -relief groove] -row 0 -column 0
803     grid [frame $um -bd 2 -relief groove] -row 1 -column 0
804     grid [button $um.update -text "Update Matrix Info" -bg green -command "RB_Matrix_Update $bodynum"] -row 0 -column 0
805     grid [button $um.abort -text "Abort" -command "destroy $em"] -row 0 -column 1
806
807     grid [label $vm.lbldamp -text "Matrix Multiplier"] -row 3 -column 0
808     grid [label $vm.lblvar -text "Damping Factor"] -row 4 -column 0
809
810     set w 1
811     for {set z 0} {$z < $::rb_coord_num($bodynum,$w)} {incr z} {
812         grid [label $vm.lbls$z -text "Site [expr $z+ 1]"] -row [expr $z+6] -column 0
813     }
814     set col 1
815     for {set i 1} {$i <= $::rb_matrix_num($bodynum)} {incr i} {
816         grid [label $vm.lblm$i -text "Matrix #$i"] -row 2 -column [expr $col +1]
817         grid [entry $vm.mult$i -textvariable ::rb_mult($bodynum,$i) -width 8 -takefocus 1] -row 3 -column [expr $col + 1]
818         grid [entry $vm.damp$i -textvariable ::rb_damp($bodynum,$i) -width 8 -takefocus 1] -row 4 -column [expr $col + 1]
819         grid [label $vm.x$i -text "X"] -row 5 -column [expr $col]
820         grid [label $vm.y$i -text "Y"] -row 5 -column [expr $col + 1]
821         grid [label $vm.z$i -text "Z"] -row 5 -column [expr $col + 2]
822         for {set j 0} {$j < $::rb_coord_num($bodynum,$w)} {incr j} {
823#             puts $::rb_coord($bodynum,$i,$j)
824             set ::x($i,$j) [lindex $::rb_coord($bodynum,$i,$j) 0]
825             set ::y($i,$j) [lindex $::rb_coord($bodynum,$i,$j) 1]
826             set ::z($i,$j) [lindex $::rb_coord($bodynum,$i,$j) 2]
827             set ::lbl($i,$j) [lindex $::rb_coord($bodynum,$i,$j) 3]
828
829             grid [entry $vm.lblcx$i$j -textvariable ::x($i,$j) -width 8 -takefocus 1] -row [expr $j+6] -column [expr $col]
830             grid [entry $vm.lblcy$i$j -textvariable ::y($i,$j) -width 8 -takefocus 1] -row [expr $j+6] -column [expr $col + 1]
831             grid [entry $vm.lblcz$i$j -textvariable ::z($i,$j) -width 8 -takefocus 1] -row [expr $j+6] -column [expr $col + 2]
832             grid [label $vm.lblcb$i$j -text "    "] -row [expr  $j+6] -column [expr $col + 3]
833         }
834     incr col 4
835     }
836
837     putontop $em
838}
839
840
841proc RB_Matrix_Update {bodytyp args} {
842     set temp_mat ""
843     set temp_car ""
844     set temp_mat_group ""
845     set temp_car_group ""
846     set total ""
847
848     for {set matrixnum 1} {$matrixnum <= $::rb_matrix_num($bodytyp)} {incr matrixnum} {
849         lappend temp_mat "$::rb_mult($bodytyp,$matrixnum)"
850     }
851
852     for {set matrixnum 1} {$matrixnum <= $::rb_matrix_num($bodytyp)} {incr matrixnum} {
853         set temp ""
854         for {set atomnum 1} {$atomnum <= $::::rb_coord_num($bodytyp,1)} {incr atomnum} {
855                  set temp_cart_triplet "$::x($matrixnum,$atomnum) $::y($matrixnum,$atomnum) $::z($matrixnum,$atomnum)"
856                  lappend temp $temp_cart_triplet
857                           }
858         lappend temp_car $temp
859     }
860     puts "Matrix Update Info = $bodynum $temp_mat $temp_car"
861#     ReplaceRigidBody $bodynum $temp_mat $temp_car
862#     incr ::expgui(changed)
863#     RB_Load_RBdata
864#     RB_Control_Panel 1
865
866}
867
868############################################################################################
869proc RB_View_Parameters {phase x y args} {
870   set euler     $::rb_map_euler($phase,$x,$y)
871   set positions $::rb_map_positions($phase,$x,$y)
872   set damping   $::rb_map_damping($phase,$x,$y)
873   catch {destroy .viewparam}
874   set vp .viewparam
875   toplevel $vp
876   wm title $vp "Refinement Options"
877   frame $vp.con -bd 2 -relief groove
878   frame $vp.spa -bd 2 -relief groove
879   frame $vp.refflag -bd 2 -relief groove
880   grid $vp.con -row 0 -column 0
881
882   grid $vp.spa -row 2 -column 0
883   grid $vp.refflag -row 1 -column 0
884
885   set con $vp.con
886   label $con.lbl -text "Refine: "
887   button $con.tog -text "off"
888   grid $con.lbl -row 0 -column 0
889   grid $con.tog -row 0 -column 1
890
891   grid [label $vp.spa.lbl1 -text "Supplemental Position Angles"] row 0 -column 0 -columnspan 3
892   set ::e_angle1$y [lindex [lindex $euler 3] 0]
893
894   set ::e_angle2$y [lindex [lindex $euler 4] 0]
895   set ::e_angle3$y [lindex [lindex $euler 5] 0]
896   grid [label $vp.spa.angle1l -text "Sup. Angle 1"] -row 1 -column 0
897   grid [label $vp.spa.angle2l -text "Sup. Angle 2"] -row 2 -column 0
898   grid [label $vp.spa.angle3l -text "Sup. Angle 3"] -row 3 -column 0
899   grid [entry $vp.spa.angle1 -textvariable ::e_angle1$y] -row 1 -column 1
900   grid [entry $vp.spa.angle2 -textvariable ::e_angle2$y] -row 2 -column 1
901   grid [entry $vp.spa.angle3 -textvariable ::e_angle3$y] -row 3 -column 1
902
903   set e_axis1 [lindex [lindex $euler 3] 1]
904   set e_axis2 [lindex [lindex $euler 4] 1]
905   set e_axis3 [lindex [lindex $euler 5] 1]
906
907   grid [label $vp.refflag.lbl1 -text "Refinement Flags"] -row 0 -column 0 -columnspan 3
908   grid [label $vp.refflag.x_axis -text "X-axis"] -row 1 -column 0
909   grid [label $vp.refflag.y_axis -text "Y-axis"] -row 1 -column 1
910   grid [label $vp.refflag.z_axis -text "Z-axis"] -row 1 -column 2
911   grid [label $vp.refflag.euler1 -text "Euler Angle 1"] -row 3 -column 0
912   grid [label $vp.refflag.euler2 -text "Euler Angle 2"] -row 3 -column 1
913   grid [label $vp.refflag.euler3 -text "Euler Angle 3"] -row 3 -column 2
914   grid [label $vp.refflag.sup1 -text "Sup. Angle 1"] -row 5 -column 0
915   grid [label $vp.refflag.sup2 -text "Sup. Angle 2"] -row 5 -column 1
916   grid [label $vp.refflag.sup3 -text "Sup. Angle 3"] -row 5 -column 2
917
918   for {set j 0} {$j < 9} {incr j} {
919       label $vp.refflag.$j -text [lindex $positions $j]
920   }
921   grid $vp.refflag.0 -row 2 -column 0
922   grid $vp.refflag.1 -row 2 -column 1
923   grid $vp.refflag.2 -row 2 -column 2
924   grid $vp.refflag.3 -row 4 -column 0
925   grid $vp.refflag.4 -row 4 -column 1
926   grid $vp.refflag.5 -row 4 -column 2
927   grid $vp.refflag.6 -row 6 -column 0
928   grid $vp.refflag.7 -row 6 -column 1
929   grid $vp.refflag.8 -row 6 -column 2
930
931
932
933   putontop $vp
934}
935   proc GetImportFormats {} {
936    global expgui tcl_platform
937    # only needs to be done once
938    if [catch {set expgui(importFormatList)}] {
939        set filelist [glob -nocomplain [file join $expgui(scriptdir) import_*.tcl]]
940        foreach file $filelist {
941            set description ""
942            source $file
943            if {$description != ""} {
944                lappend expgui(importFormatList) $description
945                if {$tcl_platform(platform) == "unix"} {
946                    set extensions "[string tolower $extensions] [string toupper $extensions]"
947                }
948                set expgui(extensions_$description) $extensions
949                set expgui(proc_$description) $procname
950            }
951        }
952    }
953}
954
955
956
957proc RB_Load_File {location args} {
958#     eval destroy [winfo children $location]
959      destroy $location.display
960      set filelist [RB_Import_Data_Type]
961      puts $filelist
962#     menubutton $location.but -text "File Type" -menu $location.but.menu
963#      grid [frame $location.display -bd 2 -relief groove] -row 1 -column 0
964
965#      set menuloc $location.display
966#      menu $menuloc.menu
967#      grid $menuloc.menu -row 1 -column 0
968#     foreach filetype $filelist {
969#             $location.but.menu add command -label $filetype -command "puts $filetype"
970#     }
971}
972
973proc NewBodyTypeWindow {} {
974     destroy .nbt
975     toplevel .nbt
976     set con1 .nbt.1
977     set con2 .nbt.2
978     set con3 .nbt.3
979     set bodytyp [expr [llength [RigidBodyList]] + 1]
980     pack [frame $con1 -bd 2 -relief groove] -side top -pady 10
981     pack [frame $con2 -bd 2 -relief groove] -side top -expand 1 -fill both
982     pack [frame $con3 -bd 2 -relief groove] -side top
983     grid [label $con1.lbl -text "New Rigid Body Type $bodytyp"] -row 0 -column 0
984     grid [label $con1.mat -text "Number of Matricies Describing Rigid Body"] -row 1 -column 0
985     
986
987
988     spinbox $con1.matnum -from 0 -to 10 -textvariable ::rb_matrix_num($bodytyp) -width 5 -command "RB_Create_Cart $bodytyp $con2"
989     grid $con1.matnum -row 1 -column 1 -padx 10
990     grid [label $con1.atoms -text "Number of Cartesian Sites"] -row 2 -column 0
991     spinbox $con1.atomsnum -from 0 -to 1000 -textvariable ::rb_coord_num($bodytyp,1) -width 5 -command "RB_Create_Cart $bodytyp $con2"
992     grid $con1.atomsnum -row 2 -column 1 -padx 10
993
994
995     grid [button $con3.save -text "Save \n Rigid Body" -command "RB_Create_Save $bodytyp"] -row 0 -column 2 -padx 5 -pady 5
996     grid [button $con3.abort -text "Abort \n Rigid Body" -command "destroy .nbt; RB_Control_Panel end"] -row 0 -column 3 -padx 5 -pady 5
997
998     RB_Create_Cart $bodytyp $con2
999     bind $con1.atomsnum <Leave> "RB_Create_Cart $bodytyp $con2"
1000     bind $con1.atomsnum <Return> "RB_Create_Cart $bodytyp $con2"
1001     bind $con1.matnum <Leave> "RB_Create_Cart $bodytyp $con2"
1002     bind $con1.matnum <Return> "RB_Create_Cart $bodytyp $con2"
1003}
1004
1005proc RB_Fixfrag_Load {args} {
1006     destroy .geometry
1007     toplevel .geometry
1008     set geo .geometry
1009
1010     pack [frame $geo.con2 -bd 2 -relief groove] -side top
1011     pack [frame $geo.con -bd 2 -relief groove] -side top
1012     pack [frame $geo.display -bd 2 -relief groove] -side top -expand 1 -fill both
1013
1014     wm title $geo "Fix Molecular Fragment from EXP File"
1015     wm geometry $geo 800x400+10+10
1016
1017     set phase 1
1018     set gcon $geo.con
1019     set gcon2 $geo.con2
1020     set gdisplay $geo.display
1021     set ::gcon_atoms 3
1022
1023     eval tk_optionMenu $geo.con.phaseinput ::rb_phase $::expmap(phaselist)
1024     grid [label $gcon.phaselbl -text "Input Phase"] -row 0 -column 0
1025     grid $gcon.phaseinput -row 0 -column 1
1026     set ::gcon_atoms_total $::expmap(atomlist_$phase)
1027     grid [label $gcon.atomlbl -text "Number of atoms in fragment: "] -row 1 -column 0
1028     spinbox $gcon.atom -from 3 -to [lrange $::expmap(atomlist_$phase) end end] -textvariable ::gcon_atoms -width 5
1029     grid $gcon.atom -row 1 -column 1 -padx 5
1030     grid [button $gcon.atomchoice -text "Choose Start Atom" -command "RB_FixStartAtom $phase $gdisplay $gcon2"] -row 1 -column 2
1031     grid [button $gcon2.save -text "Save Rigid Body" -width 22 -command "RB_Geom_Save"] -row 0 -column 0
1032          $gcon2.save config -state disable
1033     grid [button $gcon2.abort -text "Quit" -width 22 -command "destroy .geometry"] -row 1 -column 0
1034
1035}
1036
1037proc RB_FixStartAtom {phase gdisplay gcon2 args} {
1038     set possible_start [RigidStartAtoms $phase $::gcon_atoms]
1039
1040     catch {destroy .chooseatom}
1041     set ca .chooseatom
1042     toplevel $ca
1043     wm title $ca "Choose Atom"
1044#     puts $atomlist
1045     foreach {top main side lbl} [MakeScrollTable $ca] {}
1046
1047     set row 0
1048     set column 0
1049     foreach atom $possible_start {
1050        set label "[atominfo $phase $atom label] \($atom\)"
1051        button $main.$atom -text $label -command "set ::gcon_start $atom; destroy $ca"
1052        incr row
1053        if {$row > 5} {
1054           set row 1
1055           incr column
1056        }
1057      grid $main.$atom -row $row -column $column -padx 5 -pady 5
1058      }
1059      ResizeScrollTable $ca
1060      putontop $ca
1061      tkwait window $ca
1062      afterputontop
1063      $gcon2.save config -state normal
1064      RB_Atom_Fixlist $phase $gdisplay
1065}
1066
1067proc RB_Atom_Fixlist {phase gdisplay} {
1068
1069     set start_loc [lsearch $::expmap(atomlist_$phase) $::gcon_start]
1070     set ::rb_atom_range [lrange $::expmap(atomlist_$phase) $start_loc [expr $start_loc + $::gcon_atoms - 1]]
1071     puts "location = $start_loc  range = $::rb_atom_range"
1072     set rownum 1
1073     set colnum 1
1074
1075     eval destroy [winfo children $gdisplay]
1076     grid [frame $gdisplay.lbl -bd 2 -relief groove] -row 0 -column 0
1077     grid [frame $gdisplay.atoms -bd 2 -relief groove] -row 1 -column 0
1078     grid [frame $gdisplay.param -bd 2 -relief groove] -row 1 -column 1
1079
1080     grid [label $gdisplay.lbl.state -text "Select atoms to define centroid for origin"] -row 0 -column 0
1081  #   grid [button $gdisplay.lbl.set -text "Set Origin" -command "RB_Atom_Origin_Set"] -row 3 -column 0
1082
1083     foreach {top main side lbl} [MakeScrollTable $gdisplay.atoms] {}
1084     eval destroy [winfo children $main]
1085     foreach atom $::rb_atom_range {
1086
1087
1088             if {[expr $colnum % 4] == 0} {incr rownum; set colnum 1}
1089             set atomid [atominfo $phase $atom  label]
1090             puts $atomid
1091             set ::rb_atom_origin_set($atom) 1
1092             grid [checkbutton $main.$atom -text "$atomid" -variable ::rb_atom_origin_set($atom)] -row $rownum -column $colnum
1093             incr colnum
1094
1095             }
1096      ResizeScrollTable $gdisplay.atoms
1097
1098
1099  set paramlist $gdisplay.param
1100# [atominfo $phase $::rb_atom_range label]
1101  grid [label $paramlist.lbl -text "Define Axes"] -row 0 -column 0 -columnspan 2
1102  grid [label $paramlist.lbl1 -text "Atom 1"] -row 1 -column 0
1103  grid [label $paramlist.lbl2 -text "Atom 2"] -row 1 -column 1
1104  grid [label $paramlist.lblx -text "Choose two atoms to define vector for x-axis: "] -row 2 -column 0 -pady 10 -columnspan 2
1105  grid [label $paramlist.lbly -text "Choose two atoms to define second vector defining xy plane: "] -row 4 -column 0 -pady 10 -columnspan 2
1106
1107  set atom_info_list ""
1108  set atom_list ""
1109  foreach atom $::rb_atom_range {
1110          lappend atom_info_list $atom
1111          lappend atom_info_list [atominfo $phase $atom label]
1112          lappend atom_list [atominfo $phase $atom label]
1113  }
1114
1115                  puts $atom_info_list
1116       set ::rb_param_x1 [lindex $atom_list 0]
1117       set ::rb_param_x2 [lindex $atom_list 1]
1118       set ::rb_param_y1 [lindex $atom_list 0]
1119       set ::rb_param_y2 [lindex $atom_list 2]
1120       set ::geom_x1     [lindex $::rb_atom_range 0]
1121       set ::geom_x2     [lindex $::rb_atom_range 1]
1122       set ::geom_y1     [lindex $::rb_atom_range 0]
1123       set ::geom_y2     [lindex $::rb_atom_range 2]
1124
1125       set menu [eval tk_optionMenu $paramlist.x1 ::rb_param_x1 $atom_list]
1126           foreach item $atom {
1127              set max [llength $atom]
1128              for {set count 0} {$count <= [expr $max - 1]} {incr count} {
1129                 $menu entryconfig $count -command "set ::geom_x1 [lindex $atom_info_list [expr $count*2]]"
1130              }
1131       }
1132
1133       set menu [eval tk_optionMenu $paramlist.x2 ::rb_param_x2 $atom_list]
1134           foreach item $atom {
1135              set max [llength $atom]
1136              for {set count 0} {$count <= [expr $max - 1]} {incr count} {
1137                 $menu entryconfig $count -command "set ::geom_x2 [lindex $atom_info_list [expr $count*2]]"
1138              }
1139       }
1140
1141       set menu [eval tk_optionMenu $paramlist.y1 ::rb_param_y1 $atom_list]
1142           foreach item $atom {
1143              set max [llength $atom]
1144              for {set count 0} {$count <= [expr $max - 1]} {incr count} {
1145                 $menu entryconfig $count -command "set ::geom_y1 [lindex $atom_info_list [expr $count*2]]"
1146              }
1147       }
1148
1149       set menu [eval tk_optionMenu $paramlist.y2 ::rb_param_y2 $atom_list]
1150           foreach item $atom {
1151              set max [llength $atom]
1152              for {set count 0} {$count <= [expr $max - 1]} {incr count} {
1153                 $menu entryconfig $count -command "set ::geom_y2 [lindex $atom_info_list [expr $count*2]]"
1154              }
1155       }
1156
1157
1158       grid $paramlist.x1 -row 3 -column 0
1159       grid $paramlist.x2 -row 3 -column 1
1160       grid $paramlist.y1 -row 5 -column 0
1161       grid $paramlist.y2 -row 5 -column 1
1162
1163
1164         $paramlist.x1 config -width 4
1165         $paramlist.x2 config -width 4
1166         $paramlist.y1 config -width 4
1167         $paramlist.y2 config -width 4
1168
1169  }
1170
1171
1172proc RB_Atom_Origin_Set {args} {
1173        set ::rb_origin_list ""
1174        foreach item $::rb_atom_range {
1175                if {$::rb_atom_origin_set($item) == 1} {
1176                   lappend ::rb_origin_list $item
1177                }
1178        }
1179        puts "Origin list = $::rb_origin_list"
1180}
1181
1182proc RB_Geom_Save {args} {
1183# number of atoms in rigid body  ::gcon_atoms
1184# first atom in rigid body       ::gcon_start
1185# origin list                    ::gcon_origin_list
1186
1187     set vector1list "X"
1188     set vector2list "Y"
1189   
1190     lappend vector1list [expr $::geom_x1 - [expr $::gcon_start -1]]
1191     lappend vector1list [expr $::geom_x2 - [expr $::gcon_start -1]]
1192     lappend vector2list [expr $::geom_y1 - [expr $::gcon_start -1]]
1193     lappend vector2list [expr $::geom_y2 - [expr $::gcon_start -1]]
1194
1195     set ::gcon_origin_list ""
1196        foreach item $::rb_atom_range {
1197                if {$::rb_atom_origin_set($item) == 1} {
1198                set temp [expr $item - [expr $::gcon_start - 1]]
1199                   lappend ::gcon_origin_list $temp
1200                }
1201        }
1202        puts "Origin list = $::gcon_origin_list"
1203        puts "vector 1 list = $vector1list"
1204        puts "vector 2 list = $vector2list"
1205        puts "number atoms = $::gcon_atoms"
1206        puts "start atom  = $::gcon_start"
1207
1208set temp1 [ExtractRigidBody $::rb_phase $::gcon_atoms $::gcon_start $::gcon_origin_list $vector1list $vector2list]
1209if {[lindex $temp1 0] == {} || [lindex $temp1 1] == {} || [lindex $temp1 2] == {}} {
1210   puts "Geometry Crashed"
1211   }
1212#puts "string 1 = [lindex $temp1 0]"
1213#puts "string 2 = [lindex $temp1 1]"
1214#puts "string 3 = [lindex $temp1 2]"
1215
1216set cartesian ""
1217lappend cartesian [lindex $temp1 2]
1218puts "Cartesian = $cartesian"
1219
1220set bodytyp [AddRigidBody 1 $cartesian]
1221set ::rb_damp($bodytyp,1) 0
1222set ::rb_coord_num($bodytyp,1) $::gcon_atoms
1223
1224MapRigidBody $::rb_phase $bodytyp $::gcon_start [lindex $temp1 0] [lindex $temp1 1]
1225
1226destroy .geometry
1227
1228
1229RB_Control_Panel 0
1230}
1231
1232
1233proc MakeRBPane {} {     ;# called to create the panel intially
1234#    label $::expgui(rbFrame).l -text "RB Parameters"
1235#    grid $::expgui(rbFrame).l -column 1 -row 1
1236#    ResizeNotebook
1237}
1238
1239proc DisplayRB {} {     ;# called each time the panel is raised
1240    eval destroy [winfo children $::expgui(rbFrame)]
1241     RB_Load_RBdata
1242     RB_Control_Panel 0
1243    #label $::expgui(rbFrame).l -text "RB Parameters"
1244    #grid $::expgui(rbFrame).l -column 1 -row 1
1245    ResizeNotebook
1246}
1247
1248proc RB_Refine_Con {args} {
1249     catch {destroy .refcon}
1250     set con .refcon
1251     toplevel $con
1252     wm title $con "Rigid Body Refinement Controls"
1253     wm geometry $con 1150x600+10+10
1254     set ::rb_var_list ""
1255#     putontop $con
1256      grid [frame $con.info -bd 2 -relief groove] -row 1 -column 0 -sticky news
1257      grid columnconfig $con 0 -weight 1
1258      grid [frame $con.con -bd 2 -relief groove] -row 0 -column 0
1259
1260
1261
1262      #grid rowconfig $con 0 -weight 1
1263
1264     foreach {top main side lbl} [MakeScrollTable $con.info] {}
1265             grid [label $top.rb -text "Body"] -row 1 -column 1 -padx 3
1266             grid [label $top.phase -text "Ph"] -row 1 -column 2 -padx 3
1267             grid [label $top.mapnum -text "Map"] -row 1 -column 3 -padx 3
1268             grid [label $top.x -text "X"] -row 1 -column 4 -padx 3
1269             grid [label $top.y -text "Y"] -row 1 -column 5 -padx 3
1270             grid [label $top.z -text "Z"] -row 1 -column 6 -padx 3
1271             grid [label $top.b1 -text "   "] -row 1 -column 7 -padx 3
1272             grid [label $top.e1 -text "E1"] -row 1 -column 8 -padx 3
1273             grid [label $top.e2 -text "E2"] -row 1 -column 9 -padx 3
1274             grid [label $top.e3 -text "E3"] -row 1 -column 10 -padx 3
1275             grid [label $top.b2 -text "   "] -row 1 -column 11 -padx 3
1276             grid [label $top.t11 -text "T11"] -row 1 -column 12 -padx 3
1277             grid [label $top.t22 -text "T22"] -row 1 -column 13 -padx 3
1278             grid [label $top.t33 -text "T33"] -row 1 -column 14 -padx 3
1279             grid [label $top.t12 -text "T12"] -row 1 -column 15 -padx 3
1280             grid [label $top.t13 -text "T13"] -row 1 -column 16 -padx 3
1281             grid [label $top.t23 -text "T23"] -row 1 -column 17 -padx 3
1282             grid [label $top.b3 -text "   "] -row 1 -column 18 -padx 3
1283             grid [label $top.l11 -text "L11"] -row 1 -column 19 -padx 3
1284             grid [label $top.l22 -text "L22"] -row 1 -column 20 -padx 3
1285             grid [label $top.l33 -text "L33"] -row 1 -column 21 -padx 3
1286             grid [label $top.l12 -text "L12"] -row 1 -column 22 -padx 3
1287             grid [label $top.l13 -text "L13"] -row 1 -column 23 -padx 3
1288             grid [label $top.l23 -text "L23"] -row 1 -column 24 -padx 3
1289             grid [label $top.zb4 -text "   "] -row 1 -column 25 -padx 3
1290             grid [label $top.s12 -text "S12"] -row 1 -column 26 -padx 3
1291             grid [label $top.s13 -text "S13"] -row 1 -column 27 -padx 3
1292             grid [label $top.s21 -text "S21"] -row 1 -column 28 -padx 3
1293             grid [label $top.s23 -text "S23"] -row 1 -column 29 -padx 3
1294             grid [label $top.s31 -text "S31"] -row 1 -column 30 -padx 3
1295             grid [label $top.s32 -text "S32"] -row 1 -column 31 -padx 3
1296             grid [label $top.saa -text "SAA"] -row 1 -column 32 -padx 3
1297             grid [label $top.sbb -text "SBB"] -row 1 -column 33 -padx 3
1298
1299             grid [label $top.refcoord -text "Origin"] -row 0 -column 4 -padx 5 -columnspan 3
1300             grid [label $top.refeuler -text "Euler Angles"] -row 0 -column 8 -padx 5 -columnspan 3
1301             grid [label $top.tls -text "TLS"] -row 0 -column 12 -padx 5 -columnspan 6
1302#             grid [label $top.atoms -text "Atoms in Mapping"] -row 0 -column 6 -padx 5 -columnspan 10
1303
1304             #Determine number of rigid bodies and rigid body mappings
1305             set rb_num [RigidBodyList]
1306#             set rb_phase $::expmap(phaselist)
1307             set row 1
1308             foreach phasenum $::expmap(phaselist) {
1309 #                puts "phase = $phasenum"
1310                 foreach bodnum $rb_num {
1311#                 puts "bodnum = $bodnum  rb_num = $rb_num"
1312                     set rb_map_num($phasenum,$bodnum) [RigidBodyMappingList $phasenum $bodnum]
1313#                 puts "number of maps = rb_map_num($phasenum,$bodnum)"
1314                     for {set mapnum 1} {$mapnum <= $rb_map_num($phasenum,$bodnum)} {incr mapnum} {
1315#                         puts "mapnum = $mapnum"
1316                         grid [checkbutton $main.check($bodnum,$mapnum)] -row $row -column 0
1317                         grid [label $main.body($bodnum,$mapnum) -text $bodnum] -row $row -column 1
1318                         grid [label $main.phase($bodnum,$mapnum) -text $phasenum] -row $row -column 2
1319                         grid [label $main.map($bodnum,$mapnum) -text $mapnum] -row $row -column 3
1320
1321                         set ::rb_var($bodnum,$mapnum,x) ""
1322                         set ::rb_var($bodnum,$mapnum,y) ""
1323                         set ::rb_var($bodnum,$mapnum,z) ""
1324
1325                         lappend ::rb_var_list ::rb_var($bodnum,$mapnum,x) ::rb_var($bodnum,$mapnum,y) ::rb_var($bodnum,$mapnum,z)
1326
1327                         set ::rb_var($bodnum,$mapnum,e1) ""
1328                         set ::rb_var($bodnum,$mapnum,e2) ""
1329                         set ::rb_var($bodnum,$mapnum,e3) ""
1330
1331                         lappend ::rb_var_list ::rb_var($bodnum,$mapnum,e1) ::rb_var($bodnum,$mapnum,e2) ::rb_var($bodnum,$mapnum,e3)
1332
1333
1334                         set ::rb_var($bodnum,$mapnum,t11) ""
1335                         set ::rb_var($bodnum,$mapnum,t22) ""
1336                         set ::rb_var($bodnum,$mapnum,t33) ""
1337                         set ::rb_var($bodnum,$mapnum,t12) ""
1338                         set ::rb_var($bodnum,$mapnum,t13) ""
1339                         set ::rb_var($bodnum,$mapnum,t23) ""
1340
1341                         lappend ::rb_var_list ::rb_var($bodnum,$mapnum,t11) ::rb_var($bodnum,$mapnum,t22) ::rb_var($bodnum,$mapnum,t33)
1342                         lappend ::rb_var_list ::rb_var($bodnum,$mapnum,t12) ::rb_var($bodnum,$mapnum,t13) ::rb_var($bodnum,$mapnum,t23)
1343
1344                         set ::rb_var($bodnum,$mapnum,l11) ""
1345                         set ::rb_var($bodnum,$mapnum,l22) ""
1346                         set ::rb_var($bodnum,$mapnum,l33) ""
1347                         set ::rb_var($bodnum,$mapnum,l12) ""
1348                         set ::rb_var($bodnum,$mapnum,l13) ""
1349                         set ::rb_var($bodnum,$mapnum,l23) ""
1350
1351                         lappend ::rb_var_list ::rb_var($bodnum,$mapnum,l11) ::rb_var($bodnum,$mapnum,l22) ::rb_var($bodnum,$mapnum,l33)
1352                         lappend ::rb_var_list ::rb_var($bodnum,$mapnum,l12) ::rb_var($bodnum,$mapnum,l13) ::rb_var($bodnum,$mapnum,l23)
1353
1354                         set ::rb_var($bodnum,$mapnum,s12) ""
1355                         set ::rb_var($bodnum,$mapnum,s13) ""
1356                         set ::rb_var($bodnum,$mapnum,s21) ""
1357                         set ::rb_var($bodnum,$mapnum,s23) ""
1358                         set ::rb_var($bodnum,$mapnum,s31) ""
1359                         set ::rb_var($bodnum,$mapnum,s32) ""
1360                         set ::rb_var($bodnum,$mapnum,saa) ""
1361                         set ::rb_var($bodnum,$mapnum,sbb) ""
1362
1363                         lappend ::rb_var_list ::rb_var($bodnum,$mapnum,s12) ::rb_var($bodnum,$mapnum,s13) ::rb_var($bodnum,$mapnum,s21)
1364                         lappend ::rb_var_list ::rb_var($bodnum,$mapnum,s23) ::rb_var($bodnum,$mapnum,s31) ::rb_var($bodnum,$mapnum,s32)
1365                         lappend ::rb_var_list ::rb_var($bodnum,$mapnum,saa) ::rb_var($bodnum,$mapnum,sbb)
1366
1367                         puts $main
1368                         grid [button $main.cfefx($bodnum,$mapnum) -command "RB_Con_Button $main.cfefx($bodnum,$mapnum)" -textvariable ::rb_var($bodnum,$mapnum,x) -width 5] -row $row -column 4
1369                         grid [button $main.cfefy($bodnum,$mapnum) -command "RB_Con_Button $main.cfefy($bodnum,$mapnum)" -textvariable ::rb_var($bodnum,$mapnum,y) -width 5]  -row $row -column 5
1370                         grid [button $main.cfefz($bodnum,$mapnum) -command "RB_Con_Button $main.cfefz($bodnum,$mapnum)" -textvariable ::rb_var($bodnum,$mapnum,z) -width 5] -row $row -column 6
1371                         grid [label $main.b1($bodnum,$mapnum) -text "   "] -row $row -column 7
1372
1373                         grid [button $main.eref1($bodnum,$mapnum) -command "RB_Con_Button $main.eref1($bodnum,$mapnum)" -textvariable ::rb_var($bodnum,$mapnum,e1) -width 5] -row $row -column 8
1374                         grid [button $main.eref2($bodnum,$mapnum) -command "RB_Con_Button $main.eref2($bodnum,$mapnum)" -textvariable ::rb_var($bodnum,$mapnum,e2) -width 5] -row $row -column 9
1375                         grid [button $main.eref3($bodnum,$mapnum) -command "RB_Con_Button $main.eref3($bodnum,$mapnum)" -textvariable ::rb_var($bodnum,$mapnum,e3) -width 5] -row $row -column 10
1376                         grid [label $main.b2($bodnum,$mapnum) -text "   "] -row $row -column 11
1377
1378                         grid [button $main.t11ref($bodnum,$mapnum) -command "RB_Con_Button $main.t11ref($bodnum,$mapnum)" -textvariable ::rb_var($bodnum,$mapnum,t11) -width 5] -row $row -column 12
1379                         grid [button $main.t22ref($bodnum,$mapnum) -command "RB_Con_Button $main.t22ref($bodnum,$mapnum)" -textvariable ::rb_var($bodnum,$mapnum,t22) -width 5] -row $row -column 13
1380                         grid [button $main.t33ref($bodnum,$mapnum) -command "RB_Con_Button $main.t33ref($bodnum,$mapnum)" -textvariable ::rb_var($bodnum,$mapnum,t33) -width 5] -row $row -column 14
1381                         grid [button $main.t12ref($bodnum,$mapnum) -command "RB_Con_Button $main.t12ref($bodnum,$mapnum)" -textvariable ::rb_var($bodnum,$mapnum,t12) -width 5] -row $row -column 15
1382                         grid [button $main.t13ref($bodnum,$mapnum) -command "RB_Con_Button $main.t13ref($bodnum,$mapnum)" -textvariable ::rb_var($bodnum,$mapnum,t13) -width 5] -row $row -column 16
1383                         grid [button $main.t23ref($bodnum,$mapnum) -command "RB_Con_Button $main.t23ref($bodnum,$mapnum)" -textvariable ::rb_var($bodnum,$mapnum,t23) -width 5] -row $row -column 17
1384                         grid [label $main.b3($bodnum,$mapnum) -text "   "] -row $row -column 18
1385
1386                         grid [button $main.l11ref($bodnum,$mapnum) -command "RB_Con_Button $main.l11ref($bodnum,$mapnum)" -textvariable ::rb_var($bodnum,$mapnum,l11) -width 5] -row $row -column 19
1387                         grid [button $main.l22ref($bodnum,$mapnum) -command "RB_Con_Button $main.l22ref($bodnum,$mapnum)" -textvariable ::rb_var($bodnum,$mapnum,l22) -width 5] -row $row -column 20
1388                         grid [button $main.l33ref($bodnum,$mapnum) -command "RB_Con_Button $main.l33ref($bodnum,$mapnum)" -textvariable ::rb_var($bodnum,$mapnum,l33) -width 5] -row $row -column 21
1389                         grid [button $main.l12ref($bodnum,$mapnum) -command "RB_Con_Button $main.l12ref($bodnum,$mapnum)" -textvariable ::rb_var($bodnum,$mapnum,l12) -width 5] -row $row -column 22
1390                         grid [button $main.l13ref($bodnum,$mapnum) -command "RB_Con_Button $main.l13ref($bodnum,$mapnum)" -textvariable ::rb_var($bodnum,$mapnum,l13) -width 5] -row $row -column 23
1391                         grid [button $main.l23ref($bodnum,$mapnum) -command "RB_Con_Button $main.l23ref($bodnum,$mapnum)" -textvariable ::rb_var($bodnum,$mapnum,l23) -width 5] -row $row -column 24
1392                         grid [label $main.b4($bodnum,$mapnum) -text "   "] -row $row -column 25
1393
1394                         grid [button $main.s12ref($bodnum,$mapnum) -command "RB_Con_Button $main.s12ref($bodnum,$mapnum)" -textvariable ::rb_var($bodnum,$mapnum,s12) -width 5] -row $row -column 26
1395                         grid [button $main.s13ref($bodnum,$mapnum) -command "RB_Con_Button $main.s13ref($bodnum,$mapnum)" -textvariable ::rb_var($bodnum,$mapnum,s13) -width 5] -row $row -column 27
1396                         grid [button $main.s21ref($bodnum,$mapnum) -command "RB_Con_Button $main.s21ref($bodnum,$mapnum)" -textvariable ::rb_var($bodnum,$mapnum,s21) -width 5] -row $row -column 28
1397                         grid [button $main.s23ref($bodnum,$mapnum) -command "RB_Con_Button $main.s23ref($bodnum,$mapnum)" -textvariable ::rb_var($bodnum,$mapnum,s23) -width 5] -row $row -column 29
1398                         grid [button $main.s31ref($bodnum,$mapnum) -command "RB_Con_Button $main.s31ref($bodnum,$mapnum)" -textvariable ::rb_var($bodnum,$mapnum,s31) -width 5] -row $row -column 30
1399                         grid [button $main.s32ref($bodnum,$mapnum) -command "RB_Con_Button $main.s32ref($bodnum,$mapnum)" -textvariable ::rb_var($bodnum,$mapnum,s32) -width 5] -row $row -column 31
1400                         grid [button $main.saaref($bodnum,$mapnum) -command "RB_Con_Button $main.saaref($bodnum,$mapnum)" -textvariable ::rb_var($bodnum,$mapnum,saa) -width 5] -row $row -column 32
1401                         grid [button $main.sbbref($bodnum,$mapnum) -command "RB_Con_Button $main.sbbref($bodnum,$mapnum)" -textvariable ::rb_var($bodnum,$mapnum,sbb) -width 5] -row $row -column 33
1402
1403
1404                         set col 4
1405                         set atomnum $::rb_map_beginning($phasenum,$bodnum,$mapnum)
1406#                         puts "first atom = $atomnum"
1407                         for {set j 1} {$j <=$::rb_coord_num($bodnum,1)} {incr j} {
1408                             set atom [atominfo $phasenum $atomnum label]
1409                             grid [label $main.rb_site$phasenum$mapnum$j -text "$atom"] -row [expr $row +1] -column $col -padx 5
1410                             incr atomnum
1411                             incr col
1412                        }
1413
1414                         incr row 2
1415                     }
1416                 }
1417             }
1418             ResizeScrollTable $con.info
1419             set ::rbaddresses [winfo children .refcon.info.can.f]
1420
1421             set ::rb_var_name "var1"
1422             set free "free"
1423             set const ""
1424
1425             grid [label $con.con.lbl -text "Set Variables Selected Below"] -row 1 -column 1
1426             grid [button $con.con.free -width 20 -text "Set Free Variable" -command {RB_Con_But_Proc $::rbaddresses free}] -row 2 -column 1
1427             grid [button $con.con.const -width 20 -text "Do Not Refine Variables" -command {RB_Con_But_Proc $::rbaddresses ""}] -row 3 -column 1
1428             grid [button $con.con.var -width 20 -text "Set Constrained Variables" -command {RB_Con_But_Proc $::rbaddresses $::rb_var_name}] -row 4 -column 1
1429             grid [entry $con.con.vare -textvariable ::rb_var_name -width 5] -row 4 -column 2
1430
1431
1432
1433}
1434
1435proc RB_Con_But_Proc {addresses change args} {
1436     puts "$addresses $change"
1437     foreach address $addresses {
1438             set a [eval $address cget -relief]
1439             if {$a == "sunken"} {
1440                set var [eval $address cget -textvariable]
1441                set $var $change
1442                $address config -relief raised -bg lightgray
1443              }
1444     }
1445}
1446
1447#procedure to turn buttons on (sunken yellow) and off (lightgray raised).
1448proc RB_Con_Button {address args} {
1449     set a [eval $address cget -relief]
1450     if {$a == "raised"} {
1451        $address config -relief sunken -bg yellow
1452     }
1453     if {$a == "sunken"} {
1454        $address config -relief raised
1455        $address config -bg lightgray
1456     }
1457}
1458
1459
1460proc RB_Var_Assignqw {args} {
1461     #Determine number of rigid bodies and rigid body mappings
1462     set ::rb_var_used [RigidBodyGetNavNums]
1463     set var_count 1
1464     set rb_num [RigidBodyList]
1465     set varnames ""
1466     foreach phasenum $::expmap(phaselist) {
1467          foreach bodnum $rb_num {
1468               set rb_map_num($phasenum,$bodnum) [RigidBodyMappingList $phasenum $bodnum]
1469               for {set mapnum 1} {$mapnum <= $rb_map_num($phasenum,$bodnum)} {incr mapnum} {
1470
1471               }
1472          }
1473     }
1474}
1475
1476#procedure to determine next available variable number for GSAS
1477proc RB_Var_Gen {varcount args} {
1478     while {[lsearch $::rb_varlist $varcount] != -1} {incr varcount}
1479     lappend ::rb_varlist $varcount
1480     return $varcount
1481}
1482
1483#procedure to assign variable names to relationships
1484proc RB_Var_Assign {args} {
1485     set varcount 1
1486     set varlist ""
1487     catch {array unset rb_var_temp}
1488     foreach var $::rb_var_list {
1489            if {[set $var] == ""} {
1490               set $var 0
1491            } elseif {[set $var] == "free"} {
1492                     set $var [RB_Var_Gen $varcount]
1493                     set $varcount $var
1494            } else {
1495                     lappend varlist $var
1496            }
1497
1498
1499
1500     puts "$var = [set $var]"
1501     puts "list = $varlist"
1502     }
1503}
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.