source: branches/sandbox/liveplot @ 1182

Last change on this file since 1182 was 1182, checked in by toby, 10 years ago

bug fixes: dummy hist: disable CIF read; remove default phase when loading from a EXP; fix bug where .EXP files were read twice after an update; ShowCallStack?: new routine for debug; liveplot: new option to set title from histogram file name (requested by Ling Yang)

  • Property svn:keywords set to Author Date Revision Id
File size: 92.6 KB
Line 
1#!/bin/sh
2# the next line restarts this script using wish found in the path\
3exec wish "$0" "$@"
4# If this does not work, change the #!/usr/bin/wish line below
5# to reflect the actual wish location and delete all preceeding lines
6#
7# (delete here and above)
8#!/usr/bin/wish
9# $Id: liveplot 1182 2011-12-06 20:40:30Z toby $
10set Revision {$Revision: 1182 $ $Date: 2011-12-06 20:40:30 +0000 (Tue, 06 Dec 2011) $}
11
12package require Tk
13bind all <Control-KeyPress-c> {destroy .}
14# process command line arguments
15set exitstat 0
16set expnam [file root [lindex $argv 0]]
17#if {$expnam == ""} {catch {puts "error -- no experiment name"}; set exitstat 1}
18if $exitstat {
19    catch {puts "usage: $argv0 expnam \[hist #\] \[legend\]"}
20    exit
21}
22# work in .EXP directory (in case files will be exported).
23catch {
24    cd [file dirname $expnam]
25}
26# get name of script
27set expgui(script) [info script]
28# what are we running here?
29set program [file tail $argv0]
30# fix up problem with starkit tcl
31if {$program != "liveplot" && $program != "bkgedit"} {
32        set program [file tail $expgui(script)]
33}
34# for debug
35#set program bkgedit
36
37if {[lindex $argv 1] == ""} {
38    set hst 1
39} else {
40    set hst [lindex $argv 1]
41}
42if {[lindex $argv 2] == ""} {
43    set graph(legend) 1
44} else {
45    set graph(legend) [lindex $argv 2]
46}
47set plot_title "(None)"
48
49set graph(backsub) 0
50
51if {$tcl_platform(platform) == "windows"} {
52    set graph(printout) 1
53    set expgui(tcldump) tcldump.exe
54} else {
55    set graph(printout) 0
56    set expgui(tcldump) tcldump
57}
58
59# default values
60set cmprdir {};     # location for the cmpr package
61set weightlist {}
62set graph(outname) out.ps
63set graph(outcmd) lpr
64set xunits {}
65set yunits {}
66set graph(chi2) 0
67set graph(OmCoS) 0
68set graph(xunits) 0
69set graph(yunits) 0
70set graph(autoraise) 1
71set graph(color_diff) blue
72set graph(color_chi2) magenta
73set graph(color_OmCoS) magenta
74set graph(color_bkg) green
75set graph(color_obs) black
76set graph(color_input) magenta
77set graph(color_fit) blue
78set expgui(debug) 0
79catch {if $env(DEBUG) {set expgui(debug) 1}}
80#set expgui(debug) 1
81set expgui(font) 14
82set expgui(lblfontsize) 15
83set expgui(fadetime) 10
84set expgui(hklbox) 1
85set expgui(autotick) 1
86set expgui(phaselabel) 0
87set expgui(pixelregion) 5
88# location for web pages, if not found locally
89set expgui(website) 11bm.xor.aps.anl.gov/expguidoc/
90set peakinfo(obssym) scross
91if {$program == "bkgedit"}  {
92    set peakinfo(obssize) 0.15
93    set graph(color_calc) pink
94} else {
95    set peakinfo(obssize) 1.0
96    set graph(color_calc) red
97}
98set peakinfo(inpsym) triangle
99set peakinfo(inpsize) 1.0
100# create a set of markers for each phase
101for {set i 1} {$i < 10} {incr i} {
102    set peakinfo(flag$i) 0
103    set peakinfo(max$i) Inf
104    set peakinfo(min$i) -Inf
105    set peakinfo(dashes$i) 1
106    set graph(label$i) Phase$i
107}
108set expgui(RadiiList) {}
109set ::expmap(phaselist) {}
110
111proc waitmsg {message} {
112    set w .wait
113    # kill any window/frame with this name
114    catch {destroy $w}
115    pack [frame $w]
116    frame $w.bot -relief raised -bd 1
117    pack $w.bot -side bottom -fill both
118    frame $w.top -relief raised -bd 1
119    pack $w.top -side top -fill both -expand 1
120    label $w.msg -justify left -text $message -wrap 3i
121    catch {$w.msg configure -font \
122                -Adobe-Times-Medium-R-Normal--*-180-*-*-*-*-*-*
123    }
124    pack $w.msg -in $w.top -side right -expand 1 -fill both -padx 3m -pady 3m
125    label $w.bitmap -bitmap info
126    pack $w.bitmap -in $w.top -side left -padx 3m -pady 3m
127    update
128}
129
130proc donewaitmsg {} {
131    catch {destroy .wait}
132    update
133}
134
135waitmsg "Loading histogram, Please wait"
136
137#--------------------------------------------------------------
138# define constants
139array set peakinfo {
140    color1 magenta
141    color2 cyan
142    color3 black
143    color4 sienna
144    color5 orange
145    color6 DarkViolet
146    color7 HotPink
147    color8 salmon
148    color9 LimeGreen
149}
150set cycle -1
151set modtime 0
152
153#----------------------------------------------------------------
154# find location of other files relative to the current script
155# 1st, translate links -- go six levels deep
156foreach i {1 2 3 4 5 6} {
157    if {[file type $expgui(script)] == "link"} {
158        set link [file readlink $expgui(script)]
159        if { [file  pathtype  $link] == "absolute" } {
160            set expgui(script) $link
161        } {
162            set expgui(script) [file dirname $expgui(script)]/$link
163        }
164    } else {
165        break
166    }
167}
168
169# fixup relative paths
170if {[file pathtype $expgui(script)] == "relative"} {
171    set expgui(script) [file join [pwd] $expgui(script)]
172}
173set expgui(scriptdir) [file dirname $expgui(script) ]
174set expgui(gsasdir) [file dirname $expgui(scriptdir)]
175set expgui(gsasexe) [file join $expgui(gsasdir) exe]
176set expgui(docdir) [file join $expgui(scriptdir) doc]
177
178source [file join $expgui(scriptdir) gsascmds.tcl]
179source [file join $expgui(scriptdir) readexp.tcl]
180source [file join $expgui(scriptdir) opts.tcl]
181#----------------------------------------------------------------
182# use EXPGUI directory for packages
183lappend auto_path $expgui(scriptdir)
184
185if {$program == "bkgedit"}  {
186    lappend auto_path $expgui(scriptdir)
187    if {$tcl_version < 8.1} {
188        MyMessageBox -parent . -title "La Load Error" \
189                -message "$program requires Tcl/Tk version 8.1 or higher" \
190                -helplink "expgui.html La" \
191                -icon error -type Exit -default exit
192        exit
193    }
194    if [catch {package require La} errmsg] {
195        MyMessageBox -parent . -title "La Load Error" \
196                -message "Error -- Unable to load the La (Linear Algebra) package; cannot run $program" \
197                -helplink "expgui.html La" \
198                -icon error -type Exit -default exit
199        exit
200    }
201}
202
203if [catch {package require BLT} errmsg] {
204    MyMessageBox -parent . -title "BLT Error" \
205            -message "Error -- Unable to load the BLT package; cannot run $program" \
206            -helplink "expgui.html blt" \
207            -icon error -type Exit -default exit
208    exit
209}
210# handle Tcl/Tk v8+ where BLT is in a namespace
211#  use the command so that it is loaded
212catch {blt::graph}
213catch {
214    namespace import blt::graph
215    namespace import blt::vector
216}
217# old versions of blt don't report a version number
218if [catch {set blt_version}] {set blt_version 0}
219# option for coloring markers: note that GH keeps changing how to do this!
220# also element -mapped => -show
221if {$blt_version < 2.3 || $blt_version >= 8.0} {
222    # version 8.0 is ~same as 2.3
223    set graph(MarkerColorOpt) -fg
224    # mapped is needed in 8.0, both are OK in 2.3
225    set graph(ElementShowOption) "-mapped 1"
226    set graph(ElementHideOption) "-mapped 0"
227} elseif {$blt_version >= 2.4} {
228    set graph(MarkerColorOpt) -outline
229    set graph(ElementShowOption) "-hide 0"
230    set graph(ElementHideOption) "-hide 1"
231} else {
232    set graph(MarkerColorOpt) -color
233    set graph(ElementShowOption) "-mapped 1"
234    set graph(ElementHideOption) "-mapped 0"
235}
236
237# called by a trace on expgui(lblfontsize)
238proc setfontsize {a b c} {
239    global expgui graph
240    catch {
241        font config lblfont -size [expr -$expgui(lblfontsize)]
242        # this forces a redraw of the plot by changing the title to itself
243        .g configure -title [.g cget -title]
244    }
245}
246# define a font used for labels
247if {$tcl_version >= 8.0} {
248    font create lblfont -family Helvetica -size [expr -$expgui(lblfontsize)]
249    trace variable expgui(lblfontsize) w setfontsize
250}
251
252proc readdata {box} { 
253    global expgui modtime expnam
254    if [catch {
255        set loadtime [time {
256        set modtime 0
257            if {$::topasfile != ""} {
258                set p "TOPAS import"
259                readdata_topas $box
260            } elseif {$expgui(tcldump) == ""} {
261                set modtime [file mtime $expnam.EXP]
262                set p HSTDMP
263                readdata_hst $box
264            } else {
265                set modtime [file mtime $expnam.EXP]
266                set p TCLDUMP
267                readdata_tcl $box
268            }
269        }]
270        if $expgui(debug) {
271            tk_dialog .time "Timing info" \
272                    "Histogram loading took $loadtime" "" 0 OK
273        }
274    } errmsg] {
275        if $expgui(debug) {
276            catch {console show}
277            error $errmsg
278        }
279        $box config -title "Read error"
280        MyMessageBox -parent . -title "$p Error" \
281                -message "There was an error running the $p program. The most common reason for this is that POWPREF & GENLES have not been run.\n\nError message: $errmsg" \
282                -icon error -type Continue -default continue \
283                -helplink "expguierr.html TCLDUMPError"
284        update
285    }
286    $box element show [lsort -decreasing [$box element show]]
287    global program
288    if {$program == "bkgedit"}  bkghstInit
289}
290   
291proc readdata_hst {box} {
292    global expgui expnam reflns
293    global lasthst
294    global hst peakinfo xunits weightlist
295    $box config -title "(Histogram update in progress)"
296    update
297    # parse the output of a file
298    set lasthst $hst
299###########################################################################
300#       set input [open histdump.inp w]
301#       puts $input "$hst"
302#       close $input
303#       set input [open "| $expgui(gsasexe)/hstdump $expnam  < histdump.inp" w+]
304###########################################################################
305    # use histdmp for histogram info
306    set input [open histdump$hst.inp w]
307    puts $input "$expnam"
308    puts $input "L"
309    puts $input "$hst"
310    puts $input "0"
311    close $input
312    # use hstdmp without an experiment name so that output
313    # is not sent to the .LST file
314    set input [open "| $expgui(gsasexe)/hstdmp < histdump$hst.inp" r]
315   
316    # initalize arrays
317    set num -1
318    set xlist {}
319    set obslist {}
320    set calclist {}
321    set bcklist {}
322    set xunits {}
323    set weightlist {}
324    # define a list of reflection positions for each phase
325    for {set i 1} {$i < 10} {incr i} {
326        set reflns($i) {}
327    }
328    set i 0
329    while {[gets $input line] >= 0} {
330        incr i
331        # run update every 50th line
332        if {$i > 50} {set i 0; update}
333        if [scan $line %d num] {
334            if {$num > 0} {
335                set Ispec 0
336                set X -999
337                scan [string range $line 8 end] %e%e%e%e%e%e \
338                        X Iobs Icalc Ispec fixB fitB
339                #puts $line
340                # eliminate excluded points
341                if {$Ispec > 0.0 && $X >= 0} {
342                    lappend xlist $X
343                    lappend obslist $Iobs
344                    lappend calclist $Icalc
345                    lappend bcklist [expr {$fixB + $fitB}]
346                }
347                # add peaks to peak lists
348                #    puts "[string range $line 6 6]"
349                # is this 6 or 7; 6 on win & 7 on SGI
350                if [regexp {[1-9]} [string range $line 6 7] ph] {
351                    lappend reflns($ph) $X
352                }
353            } 
354        } else {
355            regexp {Time|Theta|keV} $line xunits
356        }
357    }
358    if {$xunits == "Theta"} {set xunits "2-Theta"}
359    close $input
360    catch {file delete histdump$hst.inp}
361    xvec set $xlist
362    obsvec set $obslist
363    calcvec set $calclist
364    bckvec set $bcklist
365    #diffvec set [obsvec - calcvec]
366    foreach vec {obsvec calcvec} {
367        # probably not needed with recent versions of BLT:
368        global $vec
369        # sometimes needed for latest version of BLT (2.4z)
370        catch {$vec variable $vec}
371    }
372    ApplyMag
373    plotdata
374}
375
376proc readdata_tcl {box} {
377    global expgui expnam reflns program
378    global lasthst graph weightlist
379    global hst peakinfo xunits yunits
380    $box config -title "(Histogram update in progress)"
381    update
382    # parse the output of a file
383    set lasthst $hst
384    # use tcldump
385    set input [open histdump$hst.inp w]
386    puts $input "$hst"
387    # x units -- native
388    puts $input "$graph(xunits)" 
389    # y units  -- native
390    if {$program == "bkgedit"} {
391        puts $input "1"
392    } else {
393        puts $input "$graph(yunits)" 
394    }
395    # format (if implemented someday)
396    puts $input "0" 
397    close $input
398    # initalize arrays
399    set X {}
400    set OBS {}
401    set CALC {}
402    set BKG {}
403    set WGT {}
404    global refhkllist refphaselist refpos
405    set refpos {}
406    set refhkllist {}
407    set refphaselist {}
408    for {set i 1} {$i < 10} {incr i} {
409        set reflns($i) {}
410    }
411    eval [exec $expgui(tcldump) $expnam < histdump$hst.inp]
412    catch {file delete histdump$hst.inp}
413    if {$X == ""} {
414        $box config -title "(Error reading Histogram $hst)"
415        foreach elem [$box element show] {
416           eval $box element config $elem $graph(ElementHideOption)
417        }
418        return
419    }
420    foreach elem [$box element names] {
421        eval $box element config $elem $graph(ElementShowOption)
422    }
423    xvec set $X
424    obsvec set $OBS
425    calcvec set $CALC
426    bckvec set $BKG
427    refposvec set $refpos
428    diffvec set [obsvec - calcvec]
429    set weightlist $WGT
430    if {$graph(chi2)} {
431        wifdvec set $WGT
432        wifdvec set [wifdvec * diffvec]
433        wifdvec set [wifdvec * diffvec]
434        # now do a running sum
435        set sum 0
436        set sumlist {}
437        foreach n [wifdvec range 0 end] {
438            set sum [expr {$sum + $n}]
439            lappend sumlist $sum
440        }
441        wifdvec set $sumlist
442        wifdvec set [wifdvec / [wifdvec length]]
443    } elseif {$graph(OmCoS)} {
444        wifdvec set $WGT
445        wifdvec expr sqrt(wifdvec)
446        wifdvec set [wifdvec * diffvec]
447    } else {
448        wifdvec length 0
449    }
450    if $graph(backsub) {
451        obsvec set [obsvec - bckvec]
452        calcvec set [calcvec - bckvec]
453    }
454    ApplyMag
455    plotdata
456}
457
458set ::topasfile ""
459proc get_topas_file {} {
460    set ::topasfile [tk_getOpenFile -title "Select Topas File" -parent . \
461                         -defaultextension .ascii \
462                         -filetypes {
463                             {"Topas ascii export" ".ascii"}
464                             {"all files" "*"}
465                         }]
466    if {$::topasfile == ""} return
467    if {[catch {set input [open $::topasfile r]} errmsg]} {
468        MyMessageBox -parent . -title "Open Error" \
469            -message "An error occured trying to open file $::topasfile: $errmsg" \
470            -icon error -type Ignore -default ignore
471        set ::topasfile ""
472        return
473    }
474    close $input
475    readdata .g
476}
477
478proc readdata_topas {box} {
479    global expgui expnam reflns graph
480    global lasthst
481    global hst peakinfo xunits weightlist
482    #set file "liveplot_output.ascii"
483    if {$::topasfile == ""} return
484    if {[catch {set input [open $::topasfile r]} errmsg]} {
485        MyMessageBox -parent . -title "Open Error" \
486            -message "An error occured trying to open file $::topasfile: $errmsg" \
487            -icon error -type Ignore -default ignore
488        return
489    }
490
491    $box config -title "(TOPAS import in progress)"
492    update
493    # parse the output of a file
494    set lasthst $hst
495    # initalize arrays
496    set num -1
497    set xlist {}
498    set obslist {}
499    set calclist {}
500    set bcklist {}
501    set xunits {}
502    set weightlist {}
503    global refhkllist refphaselist refpos
504    set refhkllist {}
505    set refphaselist {} 
506    set refpos {}
507    # define a list of reflection positions for each phase
508    for {set i 1} {$i < 10} {incr i} {
509        set reflns($i) {}
510    }
511    set i 0
512    while {[gets $input line] >= 0} {
513        incr i
514        if {[string first ":" $line] != -1} continue
515        # run update every 50th line
516        if {$i > 50} {set i 0; update}
517        if {[llength $line] == 5} {
518            scan $line %e%e%e%e%e X d Iobs Icalc Isig
519            if {$Isig > 0} {
520                if {$graph(xunits) == 0} {
521                    lappend xlist $X
522                } elseif {$graph(xunits) == 1} {
523                    lappend xlist $d
524                } else {
525                    lappend xlist [expr {6.283185307179586 / $d}]
526                }
527                lappend obslist $Iobs
528                lappend calclist $Icalc
529                #lappend bcklist 0
530                lappend weightlist [expr {1./($Isig * $Isig)}]
531            }
532        } elseif {[llength $line] == 7} {
533            scan $line %e%e%e%e%e%e%d h k l m d tt ph
534            if {$graph(xunits) == 0} {
535                set x $tt
536            } elseif {$graph(xunits) == 1} {
537                set x $d
538            } else {
539                set x [expr {6.283185307179586 / $d}]
540            }
541            set ph [expr {int($ph)}]
542            lappend reflns($ph) $x
543            lappend refhkllist "$h,$k,$l"
544            lappend refphaselist $ph 
545            lappend refpos $x
546        } elseif {[llength $line] == 3} {
547            scan $line %e%e%e x d b
548            lappend bcklist $b
549        } else {
550            puts "unexpected input: $line"
551        }
552    }
553    close $input
554
555    if {$graph(xunits) == 0} {
556        set xunits "2-Theta"
557    } elseif {$graph(xunits) == 1} {
558        set xunits "d"
559    } else {
560        set xunits "Q"
561    }
562    foreach elem [$box element names] {
563        eval $box element config $elem $graph(ElementShowOption)
564    }
565    xvec set $xlist
566    obsvec set $obslist
567    calcvec set $calclist
568    bckvec set $bcklist
569    #diffvec set [obsvec - calcvec]
570    refposvec set $refpos
571    set ::expmap(phaselist) [lsort -unique $refphaselist]
572    RegisterPhases $::expmap(phaselist)
573    if {$expgui(autotick)} {
574        foreach i $::expmap(phaselist) {
575            set peakinfo(flag$i) 1
576        }
577    }
578    #wifdvec length 0
579    # if {$graph(chi2)} {
580    #     wifdvec set $WGT
581    #     wifdvec set [wifdvec * diffvec]
582    #     wifdvec set [wifdvec * diffvec]
583    #     # now do a running sum
584    #     set sum 0
585    #     set sumlist {}
586    #     foreach n [wifdvec range 0 end] {
587    #         set sum [expr {$sum + $n}]
588    #         lappend sumlist $sum
589    #     }
590    #     wifdvec set $sumlist
591    #     wifdvec set [wifdvec / [wifdvec length]]
592    # } elseif {$graph(OmCoS)} {
593    #     wifdvec set $WGT
594    #     wifdvec expr sqrt(wifdvec)
595    #     wifdvec set [wifdvec * diffvec]
596    # }
597    if $graph(backsub) {
598        obsvec set [obsvec - bckvec]
599        calcvec set [calcvec - bckvec]
600    }
601    foreach vec {obsvec calcvec} {
602        # probably not needed with recent versions of BLT:
603        global $vec
604        # sometimes needed for latest version of BLT (2.4z)
605        catch {$vec variable $vec}
606    }
607    ApplyMag
608    plotdata
609}
610
611proc SetTitle {} {
612    set bx .title
613    toplevel $bx
614    wm title $bx "Edit plot title"
615    wm iconname $bx "Edit plot title"
616    grid [label $bx.txt -text "Enter plot title below"] -row 1 -column 1
617    grid [entry $bx.title -width 70] -row 2 -column 1
618    grid [frame $bx.a] -row 3 -column 1
619    grid [button $bx.a.save -text "Save" \
620              -command "set plot_title \"\[$bx.title get\]\"; destroy $bx" \
621             ] -row 1 -column 1
622    grid [button $bx.a.quit -text "Quit" \
623              -command "destroy $bx" \
624             ] -row 1 -column 2
625    putontop $bx
626    tkwait window $bx
627    afterputontop
628    plotdata
629}
630
631proc SetHistTitle {} {
632    set ::plot_title [histinfo $::hst file]
633    plotdata
634}
635
636proc lblhkl {plot x} {
637    global blt_version expgui tcl_platform tcl_version
638    global refhkllist refphaselist peakinfo refpos
639    # look for peaks within pixelregion pixels or the entire plot range
640    if {$x == "all"} {
641        foreach {xmin xmax} [$plot xaxis limits] {}
642    } else {
643        set xmin [$plot xaxis invtransform [expr {$x - $expgui(pixelregion)}]]
644        set xmax [$plot xaxis invtransform [expr {$x + $expgui(pixelregion)}]]
645    }
646    set peaknums [refposvec search $xmin $xmax]
647    set peaklist {}
648    # create a box, if needed
649    if {$expgui(hklbox)} {
650        catch {
651            toplevel .hkl
652            text .hkl.txt -width 30 -height 10 -wrap none \
653                    -yscrollcommand ".hkl.yscroll set" 
654            scrollbar .hkl.yscroll -command ".hkl.txt yview"
655            grid .hkl.txt -column 0 -row 1 -sticky nsew
656            grid .hkl.yscroll -column 1 -row 1 -sticky ns
657            grid columnconfigure .hkl 0 -weight 1
658            grid rowconfigure .hkl 1 -weight 1
659            wm title .hkl "Liveplot HKL Labels"
660            wm iconname .hkl HKL
661            .hkl.txt insert end "Phase\thkl\tPosition"
662        }
663    }
664    set xcen 0
665    set lbls 0
666    foreach peak $peaknums {
667        # put all hkls, all phases in the box
668        if {$expgui(hklbox)} {
669            catch {
670                .hkl.txt insert end "\n[lindex $refphaselist $peak]"
671                .hkl.txt insert end "\t[lindex $refhkllist $peak]"
672                .hkl.txt insert end "\t[lindex $refpos $peak]"
673                .hkl.txt see end
674            }
675        }
676        # label phases with tick marks
677        if [set peakinfo(flag[lindex $refphaselist $peak])] {
678            set pos [refposvec range $peak $peak]
679            if {$lbls <= 0} {
680                set xcen $pos
681                set peaklist [lindex $refhkllist $peak]
682                set lbls 1
683            } elseif {abs($xcen/$lbls-$pos) <= $expgui(pixelregion)} {
684                set xcen [expr {$xcen + $pos}]
685                lappend peaklist [lindex $refhkllist $peak]
686                incr lbls
687            } else {
688                puthkllbl $plot $peaklist $xcen $lbls 
689                set xcen $pos
690                set peaklist [lindex $refhkllist $peak]
691                set lbls 1
692            }
693        }
694    }
695    puthkllbl $plot $peaklist $xcen $lbls 
696}
697
698proc puthkllbl {plot peaklist xcen lbls} {
699    global blt_version tcl_platform tcl_version expgui
700    if {$peaklist == ""} return
701    set xcen [expr {$xcen / $lbls}]
702    # avoid bug in BLT 2.3 where Inf does not work for text markers
703    if {$blt_version == 2.3} {
704        set ycen [lindex [$plot yaxis limits] 1]
705    } else  {
706        set ycen Inf
707    }
708    # older BLT versions can't rotate text in windows
709    if {$tcl_platform(platform) == "windows" && \
710            ($blt_version <= 2.3 || $blt_version == 8.0)} {
711        regsub -all { } $peaklist "\n" peaklist
712        set mark [$plot marker create text -coords "$xcen $ycen" \
713                -text $peaklist -anchor n -bg "" -name hkl$xcen] 
714    } else {
715        set mark [$plot marker create text -coords "$xcen $ycen" \
716                -rotate 90 -text $peaklist -anchor n -bg "" -name hkl$xcen]
717    }
718    if {$tcl_version >= 8.0} {
719        $plot marker config hkl$xcen -font lblfont
720    }
721    if {$expgui(fadetime) > 0} {
722        catch {
723            after [expr {$expgui(fadetime) * 1000 }] \
724                    "catch \{ $plot marker delete $mark \}"
725        }
726    }
727}
728
729proc delallhkllbl {plot} {
730    catch {
731        eval $plot marker delete [$plot marker names hkl*]
732    }
733}
734
735proc plotdata {} {
736    global expnam hst peakinfo xunits yunits cycle reflns modtime
737    global lasthst graph expgui box
738    global obsvec calcvec diffvec bckvec
739
740    if {$graph(yunits) == 0} {
741        diffvec set [obsvec - calcvec]
742        $box element config 1 -label bckgr -line 1 -hide 0
743        $box element config 4 -label diff  -line 1 -hide 0
744    } elseif {$graph(yunits) == 1} {
745        diffvec set [obsvec - calcvec]
746        $box element config 1 -label bckgr -line 1 -hide 0
747        $box element config 4 -label diff  -line 1 -hide 0
748    } elseif {$graph(yunits) == 2} {
749        set yunits {Intensity/sigma(I)}
750        wifdvec set $::weightlist
751        wifdvec expr sqrt(wifdvec)
752        obsvec set [obsvec * wifdvec]
753        calcvec set [calcvec * wifdvec]
754        bckvec set {}
755        diffvec set [obsvec - calcvec]
756        wifdvec set {}
757        $box element config 1 -label {} -line 0 -hide 1
758        $box element config 4 -label diff  -line 1 -hide 0
759    } elseif {$graph(yunits) == 3} {
760        bckvec expr 0*bckvec
761        set msg {}
762        if {[set calcvec(min)] <= 0} {
763            if {$msg != ""} {append msg ", "}
764            append msg "calculated" 
765        }
766        if {[set obsvec(min)] <= 0} {
767            if {$msg != ""} {append msg " & "}
768            append msg "observed" 
769        }
770        if {$msg != ""} {
771            MyMessageBox -parent . -title "Invalid Range" \
772                -message "Log computation impossible due to zero or negative $msg intensity values" \
773                -icon warning -type Continue -default continue
774        } else {
775            set yunits {log(Intensity)}
776            obsvec expr log10(obsvec)
777            calcvec expr log10(calcvec)
778            if {[set bckvec(min)] <= 0} {
779                bckvec set {}
780                $box element config 1 -label {} -line 0 -hide 1
781            } else {
782                bckvec expr log10(bckvec)
783                $box element config 1 -label bckgr -line 1 -hide 0
784            }
785            diffvec set {}
786            $box element config 4 -label {} -line 0 -hide 1
787        }
788    } else {
789        $box element config 1 -label bckgr -line 1 -hide 0
790        $box element config 4 -label diff  -line 1 -hide 0
791    }
792
793    set cmin [set calcvec(min)]
794    set omin [set obsvec(min)]
795    set cmax [set calcvec(max)]
796    set omax [set obsvec(max)]
797    set expgui(min) [expr {$omin < $cmin ? $omin : $cmin}]
798    set expgui(max) [expr {$omax > $cmax ? $omax : $cmax}]
799
800    foreach p $::expmap(phaselist) {
801        if {$expgui(phaselabel)} {
802            # 20 characters, max
803            set graph(label$p) [string range [phaseinfo $p name] 0 19]
804           
805        } else {
806            set graph(label$p) Phase$p
807        }
808    }
809    # is there a new histogram to load?
810    if {$hst != $lasthst} {
811        xvec set {}
812        xvec notify now
813        set cycle -1
814        set modtime 0
815        $box config -title "Please wait: loading histogram $hst"
816        update
817        return
818    }
819    if {$::plot_title == "(None)"} {
820        $box config -title "$expnam cycle $cycle Hist $hst"
821    } else {
822        $box config -title $::plot_title
823    }
824    $box xaxis config -title $xunits
825    $box yaxis config -title $yunits
826    setlegend $box $graph(legend)
827    # reconfigure the data
828    catch {$box element configure 3 -symbol $peakinfo(obssym)}
829    catch {$box element configure 3 -color $graph(color_obs)}
830    catch {$box element configure 3 -pixels [expr 0.125 * $peakinfo(obssize)]i}
831    if $graph(chi2) {
832        $box element config 0 -dash 0 -line 3
833        catch {$box element config 0 -color $graph(color_chi2)}
834    } else {
835        $box element config 0 -dash 4 -line 2
836        catch {$box element config 0 -color $graph(color_OmCoS)}
837    }
838    catch {$box element config 1 -color $graph(color_bkg)}
839    catch {$box element config 2 -color $graph(color_calc)}
840    catch {$box element config 4 -color $graph(color_diff)}
841    global program
842    if {$program == "bkgedit"}  {
843        catch {$box element config 12 -color $graph(color_input)}
844        catch {$box element config 12 
845            -pixels [expr 0.125 * $peakinfo(inpsize)]i}
846        catch {$box element config 12 -symbol $peakinfo(inpsym)}
847        catch {$box element config 11 -color $graph(color_fit)}
848    }
849    xvec notify now
850    obsvec notify now
851    calcvec notify now
852    bckvec notify now
853    wifdvec notify now
854    # now deal with peaks
855    #for {set i 1} {$i < 10} {incr i}
856    set k 0
857    set cmin $expgui(min)
858    foreach i $::expmap(phaselist) {
859        if {[set peakinfo(flag$i)]} {
860            incr k
861            if {$expgui(autotick)} {
862                set div [expr {( $expgui(max) - $expgui(min) )/40.}]
863                set ymin [expr {$expgui(min) - ($k+1) * $div}]
864                set ymax [expr {$expgui(min) - $k * $div}]
865                if {$cmin > $ymin} {set cmin $ymin}
866            } else {
867                set ymin $peakinfo(min$i)
868                set ymax $peakinfo(max$i)
869            }
870            set j 0
871            foreach X $reflns($i) {
872                incr j
873                catch {
874                    $box marker create line -name peaks${i}_$j 
875                }
876                $box marker config peaks${i}_$j  -under 1 \
877                    -coords "$X $ymin $X $ymax" 
878                catch {
879                    $box marker config peaks${i}_$j \
880                        $graph(MarkerColorOpt) [list $peakinfo(color$i)]
881                    if {$peakinfo(dashes$i) && ! $expgui(autotick)} {
882                        $box marker config peaks${i}_$j -dashes "5 5"
883                    }
884                }
885            }
886            catch {$box element create phase$i}
887            catch {
888                $box element config phase$i -color $peakinfo(color$i) \
889                    -label $graph(label$i)
890            }
891        } else {
892            eval $box marker delete [$box marker names peaks${i}_*]
893            eval $box element delete [$box element names phase$i]
894        }
895    }
896    catch {
897        # offset the difference pattern
898        set maxdiff  [set diffvec(max)]
899        if {$expgui(autotick)} {
900            diffvec set [diffvec + [expr {$cmin - $maxdiff}]]
901        } else {
902            diffvec set [diffvec + [expr {$cmin - 1.1*$maxdiff}]]
903        }
904        diffvec notify now
905    }
906    # force an update of the plot as BLT may not
907    $box config -title [$box cget -title]
908    update
909}
910
911proc setlegend {box legend} {
912    global blt_version
913    if {$blt_version >= 2.3 && $blt_version < 8.0} {
914        if $legend {
915            $box legend config -hide no
916        } else {
917            $box legend config -hide yes
918        }
919    } else {
920        if $legend {
921            $box legend config -mapped yes
922        } else {
923            $box legend config -mapped no
924        }
925    }
926}
927
928proc minioptionsbox {num} {
929    global blt_version tcl_platform peakinfo expgui
930    set bx .opt$num
931    catch {destroy $bx}
932    toplevel $bx
933    wm iconname $bx "Phase $num options"
934    wm title $bx "Phase $num options"
935
936    set i $num
937    pack [label $bx.0 -text "Phase $i reflns" ] -side top
938    pack [checkbutton $bx.1 -text "Show reflections" \
939            -variable peakinfo(flag$i)] -side top
940    # remove option that does not work
941    if {$blt_version != 8.0 || $tcl_platform(platform) != "windows"} {
942        pack [checkbutton $bx.2 -text "Use dashed line" \
943                -variable peakinfo(dashes$i)] -side top
944    }
945    if !$expgui(autotick) {
946        pack [frame $bx.p$i -bd 2 -relief groove] -side top
947        #       pack [checkbutton $bx.p$i.0 -text "Show phase $i reflns" \
948                #               -variable peakinfo(flag$i)] -side left -anchor w
949        pack [label $bx.p$i.1 -text "  Y min:"] -side left
950        pack [entry $bx.p$i.2 -textvariable peakinfo(min$i) -width 5] \
951                -side left
952        pack [label $bx.p$i.3 -text "  Y max:"] -side left
953        pack [entry $bx.p$i.4 -textvariable peakinfo(max$i) -width 5] \
954                -side left
955    }
956    pack [frame $bx.c$i -bd 2 -relief groove] -side top
957   
958    pack [label $bx.c$i.5 -text " color:"] -side left
959    pack [entry $bx.c$i.6 -textvariable peakinfo(color$i) -width 12] \
960            -side left
961    pack [button $bx.c$i.2 -bg $peakinfo(color$i) -state disabled] -side left
962    pack [button $bx.c$i.1 -text "Color\nmenu" \
963            -command "setcolor $i"] -side left
964
965    pack [frame $bx.l$i -bd 2 -relief groove] -side top
966   
967    pack [label $bx.l$i.1 -text " Phase label:"] -side left
968   
969    pack [entry $bx.l$i.2 -textvariable graph(label$i) -width 20] \
970            -side left
971
972    pack [frame $bx.b] -side top
973    pack [button $bx.b.4 -command "destroy $bx; plotdata" \
974            -text Close ] -side right
975}
976
977proc setcolor {num} {
978    global peakinfo
979    set color [tk_chooseColor -initialcolor $peakinfo(color$num) -title "Choose color"]
980    if {$color == ""} return
981    set peakinfo(color$num) $color
982}
983
984proc setSymcolor {var lbl} {
985    global graph
986    set color [tk_chooseColor -initialcolor $graph(color_$var) \
987            -title "Choose $lbl color"]
988    if {$color == ""} return
989    set graph(color_$var) $color
990}
991
992proc makepostscriptout {} {
993    global graph box
994    if !$graph(printout) {
995        set out [open "| $graph(outcmd) >& liveplot.msg" w]
996        catch {
997            puts $out [$box postscript output -landscape 1 \
998                -decorations no -height 7.i -width 9.5i]
999            close $out
1000        } msg
1001        catch {
1002            set out [open liveplot.msg r]
1003            if {$msg != ""} {append msg "\n"}
1004            append msg [read $out]
1005            close $out
1006            catch {file delete liveplot.msg}
1007        }
1008        if {$msg != ""} {
1009            tk_dialog .msg "file created" \
1010                    "Postscript file processed with command \
1011                    $graph(outcmd). Result: $msg" "" 0 OK
1012        } else {
1013            tk_dialog .msg "file created" \
1014                    "Postscript file processed with command \
1015                    $graph(outcmd)" "" 0 OK
1016        }
1017    } else {
1018        $box postscript output $graph(outname) -landscape 1 \
1019                -decorations no -height 7.i -width 9.5i   
1020        tk_dialog .msg "file created" \
1021                "Postscript file $graph(outname) created" "" 0 OK
1022    }
1023}
1024
1025proc setprintopt {page} {
1026    global graph
1027    if $graph(printout) { 
1028        $page.4.1 config -fg black
1029        $page.4.2 config -fg black -state normal
1030        $page.6.1 config -fg #888
1031        $page.6.2 config -fg #888 -state disabled
1032    } else {
1033        $page.4.1 config -fg #888
1034        $page.4.2 config -fg #888 -state disabled
1035        $page.6.1 config -fg black
1036        $page.6.2 config -fg black -state normal
1037    }
1038}
1039
1040proc setpostscriptout {} {
1041    global graph tcl_platform
1042    set box .out
1043    catch {destroy $box}
1044    toplevel $box
1045    focus $box
1046    wm title $box "Set PS options"
1047    pack [frame $box.4] -side top -anchor w -fill x
1048    pack [checkbutton $box.4.a -text "Write PostScript files" \
1049            -variable graph(printout) -offvalue 0 -onvalue 1 \
1050            -command "setprintopt $box"] -side left -anchor w
1051    pack [entry $box.4.2 -textvariable graph(outname)] -side right -anchor w
1052    pack [label $box.4.1 -text "PostScript file name:"] -side right -anchor w
1053    pack [frame $box.6] -side top -anchor w -fill x
1054    pack [checkbutton $box.6.a -text "Print PostScript files" \
1055            -variable graph(printout) -offvalue 1 -onvalue 0 \
1056            -command "setprintopt $box" ] -side left -anchor w
1057    pack [entry $box.6.2 -textvariable graph(outcmd)] -side right -anchor w
1058    pack [label $box.6.1 -text "Command to print files:"] -side right -anchor w
1059
1060    pack [button $box.a -text "Close" -command "destroy $box"] -side top
1061    if {$tcl_platform(platform) == "windows"} {
1062        set graph(printout) 1
1063        $box.4.a config -state disabled
1064        $box.6.a config -fg #888 -state disabled
1065    }
1066    setprintopt $box
1067}
1068
1069#-------------------------------------------------------------------------
1070# export current plot to Grace
1071#-------------------------------------------------------------------------
1072if {$tcl_platform(platform) == "unix"} {
1073    set graph(GraceFile) /tmp/grace_out.agr
1074} else {
1075    set graph(GraceFile) C:/graceout.agr
1076}
1077proc exportgrace {} {
1078    global graph box
1079    global tcl_platform graph
1080    catch {toplevel .export}
1081    raise .export
1082    eval destroy [grid slaves .export]
1083    set col 5
1084    grid [label .export.1a -text Title:] -column 1 -row 1
1085    set graph(title) [$box cget -title]
1086    grid [entry .export.1b -width 60 -textvariable graph(title)] \
1087            -column 2 -row 1 -columnspan 4
1088    grid [label .export.2a -text Subtitle:] -column 1 -row 2
1089    grid [entry .export.2b -width 60 -textvariable graph(subtitle)] \
1090            -column 2 -row 2 -columnspan 4
1091    grid [label .export.3a -text "File name:"] -column 1 -row 3
1092    grid [entry .export.3b -width 60 -textvariable graph(GraceFile)] \
1093            -column 2 -row 3 -columnspan 4
1094    grid [button .export.help -text Help -bg yellow \
1095            -command "MakeWWWHelp liveplot.html grace"] \
1096            -column [incr col -1] -row 4
1097    grid [button .export.c -text "Close" \
1098            -command "set graph(export) 0; destroy .export"] \
1099            -column [incr col -1] -row 4
1100    if {$tcl_platform(platform) == "unix" && [auto_execok xmgrace] != ""} {
1101        grid [button .export.d -text "Export & \nstart grace" \
1102            -command "set graph(export) 1; destroy .export"] \
1103                -column [incr col -1] -row 4
1104    }
1105    grid [button .export.e -text "Export" \
1106            -command "set graph(export) 2; destroy .export"] \
1107            -column [incr col -1] -row 4
1108    tkwait window .export
1109    if {$graph(export) == 0} return
1110    if {[catch {
1111        set fp [open $graph(GraceFile) w]
1112        puts $fp [output_grace $box $graph(title) $graph(subtitle)]
1113        close $fp
1114    } errmsg]} {
1115        MyMessageBox -parent . -title "Export Error" \
1116                -message "An error occured during the export: $errmsg" \
1117                -icon error -type Ignore -default ignore
1118        return
1119    }
1120
1121    if {$graph(export) == 1} {
1122        set err [catch {exec xmgrace $graph(GraceFile) &} errmsg]
1123        if $err {
1124        MyMessageBox -parent . -title "Grace Error" \
1125                -message "An error occured launching grace (xmgrace): $errmsg" \
1126                -icon error -type Ignore -default ignore
1127        }
1128    } else {
1129        MyMessageBox -parent . -title "OK" \
1130                -message "File $graph(GraceFile) created" \
1131                -type OK -default ok
1132    }
1133}
1134#-------------------------------------------------------------------------
1135# export current plot as .csv file
1136#-------------------------------------------------------------------------
1137proc makecsvfile {} {
1138    global graph box expnam hst
1139    global tcl_platform graph
1140    set typelist {
1141        {{Comma separated} {.csv}        }
1142        {{Text File}       {.txt}        }
1143    }
1144    set file [tk_getSaveFile -filetypes $typelist \
1145            -initialfile ${expnam}_$hst.csv]
1146    if {$file == ""} return
1147    foreach vec {xvec obsvec calcvec bckvec diffvec wifdvec} \
1148            var {X    O      C       B      D       CC     } {
1149        set $var {}
1150        catch {set $var [$vec range 0 end]}
1151    }
1152    set fp [open $file w]
1153    # get x and y axis limits
1154    foreach v {x y} {
1155        foreach "${v}min ${v}max" [$graph(blt) ${v}axis limits] {}
1156        puts $fp "\"$v axis range [set ${v}min] to [set ${v}max]\""
1157        global ${v}units
1158        puts $fp "\"$v axis label [set ${v}units]\""
1159    }
1160    puts $fp {"Columns are X I(obs) I(calc) I(bkg) Obs-Calc cum-chi**2 refpos ref-phase ref-hkl"}
1161    global refhkllist refphaselist refpos
1162    foreach x $X o $O c $C b $B d $D cc $CC \
1163            hkl $refhkllist rphase $refphaselist rp $refpos {
1164        # replace commas with spaces
1165        regsub -all "," $hkl " " hkl
1166        puts $fp ", $x, $o, $c, $b, $d, $cc, $rp, $rphase, [list $hkl],"
1167    }
1168    close $fp
1169}
1170
1171proc setlblopts {} {
1172    global expgui tcl_platform tcl_version
1173    set box .out
1174    catch {destroy $box}
1175    toplevel $box
1176    focus $box
1177    wm title $box "Set hkl options"
1178    pack [frame $box.c] -side top  -anchor w
1179    pack [label $box.c.l -text "HKL label\nerase time:"] -side left
1180    pack [entry $box.c.e -textvariable expgui(fadetime) -width 8] \
1181            -side left
1182    pack [label $box.c.l1 -text seconds] -side left
1183    pack [frame $box.d] -side top  -anchor w
1184    pack [label $box.d.l -text "HKL label size:"] -side left
1185    pack [entry $box.d.e -textvariable expgui(lblfontsize) -width 4] \
1186            -side left
1187    pack [label $box.d.l1 -text pixels] -side left
1188    # old versions if tcl/tk don't support the font command
1189    if {$tcl_version < 8.0} {
1190        $box.d.l config -fg #888
1191        $box.d.e config -fg #888 -state disabled
1192        $box.d.l1 config -fg #888
1193    }
1194    pack [frame $box.f] -side top  -anchor w
1195    pack [label $box.f.l -text "HKL search region:"] -side left
1196    pack [entry $box.f.e -textvariable expgui(pixelregion) -width 3] \
1197            -side left
1198    pack [label $box.f.l1 -text pixels] -side left
1199    pack [frame $box.e] -side top  -anchor w
1200    pack [checkbutton $box.e.b -text "Separate window for HKL labels"\
1201            -variable expgui(hklbox)] -side left
1202    pack [button $box.a -text "Close" -command "destroy $box"] -side top
1203}
1204
1205proc getsymopts {"sym obs"} {
1206    global expgui peakinfo
1207    set box .out
1208    catch {destroy $box}
1209    toplevel $box
1210    focus $box
1211    wm title .out "set $sym symbol"
1212    pack [frame $box.d] -side left -anchor n
1213    pack [label $box.d.t -text "Symbol type"] -side top
1214    set expgui(sym) $peakinfo(${sym}sym) 
1215    set expgui(size) $peakinfo(${sym}size) 
1216    foreach symbol {square circle diamond triangle plus cross \
1217            splus scross} \
1218            symbol_name {square circle diamond triangle plus cross \
1219            thin-plus thin-cross} {
1220        pack [radiobutton $box.d.$symbol \
1221                -text $symbol_name -variable expgui(sym) \
1222                -value $symbol] -side top -anchor w
1223    }
1224    pack [frame $box.e] -side left -anchor n -fill y
1225    pack [label $box.e.l -text "Symbol Size"] -side top
1226    pack [scale $box.e.s -variable expgui(size) \
1227            -from .1 -to 3 -resolution 0.05] -side top
1228    pack [frame $box.a] -side bottom
1229    pack [button $box.a.1 -text "Apply" -command "setsymopts $sym"] -side left
1230    pack [button $box.a.2 -text "Close" -command "destroy $box"] -side left
1231}
1232proc setsymopts {sym} {
1233    global peakinfo expgui
1234    if {$peakinfo(${sym}sym) != $expgui(sym)} {set peakinfo(${sym}sym) $expgui(sym)}
1235    if {$peakinfo(${sym}size) != $expgui(size)} {set peakinfo(${sym}size) $expgui(size)}
1236}
1237
1238# save some of the global options in ~/.gsas_config
1239proc SaveOptions {} {
1240    global graph expgui peakinfo tcl_platform
1241    if {$tcl_platform(platform) == "windows"} {
1242        set fp [open c:/gsas.config a]
1243    } else {
1244        set fp [open [file join ~ .gsas_config] a]
1245    }
1246    puts $fp "# LIVEPLOT saved options from [clock format [clock seconds]]"
1247    foreach v {printout legend outname outcmd autoraise chi2 xunits yunits OmCoS} {
1248        puts $fp "set graph($v) [list $graph($v)]"
1249    }
1250    foreach v {diff chi2 bkg calc obs input fit OmCoS} {
1251        puts $fp "set graph(color_$v) [list $graph(color_$v)]"
1252    }
1253    foreach v {font lblfontsize fadetime hklbox pixelregion autotick phaselabel} {
1254        puts $fp "set expgui($v) [list $expgui($v)]"
1255    }
1256    foreach v {obssym obssize inpsym inpsize} {
1257        puts $fp "set peakinfo($v) [list $peakinfo($v)]"
1258    }
1259    close $fp
1260}
1261
1262proc aboutliveplot {} {
1263    global Revision
1264    tk_dialog .warn About "
1265GSAS\n\
1266R. B. Von Dreele, Argonne National Lab\n
1267and A. C. Larson, Los Alamos (retired)\n\n\
1268LIVEPLOT\nB. H. Toby, Argonne National Lab\n\n\
1269$Revision\n\
1270" {} 0 OK
1271}
1272
1273proc getcycle {} {
1274    global expnam
1275    set cycle -1
1276    catch {
1277        set fp [open $expnam.EXP r]
1278        set text [read $fp]
1279        close $fp
1280        regexp {GNLS  RUN.*Total cycles run *([0-9]*) } $text x cycle
1281    }
1282    return $cycle
1283}
1284
1285proc updateifnew {} {
1286    global cycle modtime expnam env tcl_platform graph
1287    # has the .EXP file been changed?
1288    set newmodtime $modtime
1289    catch {set newmodtime [file mtime $expnam.EXP]}
1290    if {$newmodtime != $modtime} {
1291        # are we in windows and are "locked?" If not, OK to update
1292        if {$tcl_platform(platform) == "windows" && [file exists expgui.lck]} {
1293            .g config -title "(Experiment directory locked)"
1294        } else { 
1295            set modtime [file mtime $expnam.EXP]
1296            set newcycle [getcycle]
1297            if {$newcycle != $cycle} {
1298                set cycle $newcycle
1299                readdata .g
1300            }
1301            if {$tcl_platform(platform) == "windows" && $graph(autoraise)} {
1302                # raise does not seem to be global in Windows,
1303                # but this works in Win-95
1304                # nothing seems to work in Win-NT
1305                wm withdraw .
1306                wm deiconify .
1307            } elseif {$graph(autoraise)} {
1308                raise .
1309            }
1310        }
1311    }
1312    # check again in a second
1313    after 1000 updateifnew
1314}
1315
1316proc plotdataupdate {array element action} {
1317    global box peakinfo reflns graph
1318    # parse the element
1319    regexp {([a-z]*)([0-9]*)} $element junk var num
1320    if {$var == "color"} {
1321        if {$peakinfo($element) == ""} return
1322        if [catch {
1323            .opt$num.c$num.2 config -bg $peakinfo($element)
1324        } ] return
1325        set i $num
1326        set j 0
1327        if [set peakinfo(flag$i)] {
1328            catch {
1329                $box element config phase$i -color $peakinfo(color$i) 
1330            } 
1331            foreach X $reflns($i) {
1332                incr j
1333                catch {
1334                    $box marker config peaks${i}_$j \
1335                            $graph(MarkerColorOpt) [list $peakinfo(color$i)]
1336                }
1337            }
1338        }
1339        return
1340    }
1341    waitmsg {Updating}
1342    plotdata
1343    donewaitmsg
1344}
1345proc ShowCumulativeChi2 {} {
1346    global graph box
1347    if $graph(chi2) {
1348        catch {$box y2axis config -min 0}
1349        $box y2axis config -title {Cumulative Chi Squared}
1350        eval $box y2axis config $graph(ElementShowOption)
1351        eval $box element config 0 $graph(ElementShowOption) -label "Chi2"
1352        #$box elem conf 0 -dash 0 -line 3
1353        set cycle [getcycle]
1354        readdata .g
1355    } elseif $graph(OmCoS) {
1356        catch {$box y2axis config -min ""}
1357        $box y2axis config -title {(obs-calc)/sigma}
1358        eval $box y2axis config $graph(ElementShowOption)
1359        eval $box element config 0 $graph(ElementShowOption) -label "(O-C)/s"
1360        #$box elem conf 0 -dash 4 -line 2
1361        set cycle [getcycle]
1362        readdata .g
1363    } else {
1364        eval $box element config 0 $graph(ElementHideOption) 
1365        eval $box y2axis config $graph(ElementHideOption) 
1366        $box element config 0 -label ""
1367        # clear the vector
1368        wifdvec set {}
1369        wifdvec notify now
1370    }
1371}
1372
1373# evaluate the Chebyshev polynomial with coefficients A at point x
1374# coordinates are rescaled from $xmin=-1 to $xmax=1
1375proc chebeval {A x xmin xmax} {
1376    set xs [expr {-1 + 2 * (1.*$x - $xmin) / (1.*$xmax - 1.*$xmin)}]
1377    set Tpp 0
1378    set Tp 0
1379    set total 0
1380    foreach a $A {
1381        if {$Tpp == $Tp && $Tp == 0} {
1382            set T 1
1383        } elseif {$Tpp == 0} {
1384            set T $xs
1385        } else {       
1386            set T [expr {2. * $xs * $Tp - $Tpp}]
1387        }
1388        set total [expr {$total + $a * $T}]
1389        set Tpp $Tp
1390        set Tp $T
1391    }
1392    return $total
1393}
1394
1395# change the binding of the mouse, based on the selected mode
1396proc bkgEditMode {b} {
1397    global zoomcommand graph box
1398    # save the zoom command
1399    if [catch {set zoomcommand}] {
1400        set zoomcommand [bind $graph(bindtag) <1>]
1401        .bkg.f.fit1 config -state disabled
1402        .bkg.f.terms config -state disabled
1403    }
1404    if {$b == ""} {
1405        foreach c {1 2 3} {
1406            if {[.bkg.l.b$c cget -relief] == "sunken"} {set b $c}
1407        }
1408    }
1409    foreach c {1 2 3} {
1410        if {$c == $b} {
1411            .bkg.l.b$c config -relief sunken
1412        } else {
1413            .bkg.l.b$c config -relief raised
1414        }
1415    }
1416    # reset previous mode; if in the middle
1417    if {[string trim [bind $box <Motion>]] != ""} {
1418        blt::ResetZoom $box
1419    }
1420    if {$b == 2} {
1421        bind $graph(bindtag) <1> "bkgAddPoint %x %y"
1422        .g config -cursor arrow
1423    } elseif {$b == 3} {
1424        bind $graph(bindtag) <1> "bkgDelPoint %x %y"
1425        .g config -cursor circle
1426    } else {
1427        bind $graph(bindtag) <1> $zoomcommand
1428        .g config -cursor crosshair
1429    }
1430}
1431
1432# plot the background points
1433proc bkgPointPlot {} {
1434    global bkglist termmenu expgui expnam hst tmin tmax
1435    set l {}
1436    set fp [open $expnam.bkg$hst w]
1437    puts $fp "y p h e $hst b ! fixed background points for use in BKGEDIT"
1438    foreach p $bkglist {
1439        puts $fp "i\t$p\t0.0"
1440        append l " $p"
1441    }
1442    if {[llength $bkglist] > 0} {
1443        puts $fp "i\t[expr $tmin*0.99] [lindex [lindex $bkglist 0] 1]\t0.0"
1444        puts $fp "i\t[expr $tmax*1.01] [lindex [lindex $bkglist end] 1]\t0.0"
1445    }
1446    close $fp
1447    .g element config 12 -data $l
1448    if {[set l [llength $bkglist]] > 3} {
1449        .bkg.f.fit1 config -state normal
1450        .bkg.f.terms config -state normal
1451        $termmenu delete 0 end
1452        set imax {}
1453        set termmax [expr {$l/1.5}]
1454        if {$termmax > 36} {set termmax 36}
1455        for {set i 2} {$i <= $termmax} {incr i 2} {
1456            $termmenu insert end radiobutton -label $i \
1457                    -variable expgui(FitOrder) -command "BkgFillTermBoxes nosave"
1458            set imax $i
1459        }
1460        if {$imax < $expgui(FitOrder)} {set expgui(FitOrder) $imax}
1461    } else {
1462        .bkg.f.fit1 config -state disabled
1463        .bkg.f.terms config -state disabled
1464        set expgui(FitOrder) 2
1465    }
1466}
1467
1468# add a bkg point at screen coordinates x,y
1469proc bkgAddPoint {x y} {
1470    global bkglist tmin tmax
1471    set xy [.g invtransform $x $y]
1472    set x [lindex $xy 0]
1473    if {$x < $tmin} {set x $tmin}
1474    if {$x > $tmax} {set x $tmax}
1475    lappend bkglist [list $x [lindex $xy 1]]
1476    set bkglist [lsort -real -index 0  $bkglist]
1477    bkgFillPoints
1478    bkgPointPlot
1479}
1480
1481# delete the bkg point closest to screen coordinates x,y
1482proc bkgDelPoint {x y} {
1483    global bkglist
1484    set closest {}
1485    set dist2 {}
1486    set i -1
1487    foreach p $bkglist {
1488        incr i
1489        set sxy [eval .g transform $p]
1490        if {$closest == ""} {
1491            set closest $i
1492            set dist2 0
1493            foreach v1 $sxy v2 "$x $y" {
1494                set dist2 [expr {$dist2 + ($v1 - $v2)*($v1 - $v2)}]
1495            }
1496        } else {
1497            set d2 0
1498            foreach v1 $sxy v2 "$x $y" {
1499                set d2 [expr {$d2 + ($v1 - $v2)*($v1 - $v2)}]
1500            }
1501            if {$d2 < $dist2} {
1502                set closest $i
1503                set dist2 $d2
1504            }           
1505        }
1506    }
1507    set bkglist [lreplace $bkglist $closest $closest]
1508    bkgPointPlot
1509    bkgFillPoints
1510}
1511
1512# initialize the background plot
1513proc bkghstInit {} {
1514    global bkglist tmin tmax hst expnam termlist expgui
1515    set tmin [histinfo $hst tmin]
1516    set tmax [histinfo $hst tmax]
1517    if {[catch {expr $tmin}] || [catch {expr $tmax}]} {
1518        tk_dialog .err "MIN/MAX Error" "Error -- Unable read tmin or tmax (has POWPREF been run?" \
1519                error 0 Quit
1520        destroy .
1521    }
1522
1523    set bkglist {}
1524    if [file exists $expnam.bkg$hst] {
1525        catch {
1526            set fp [open $expnam.bkg$hst r]
1527            gets $fp line
1528            while {[gets $fp line]>=0} {
1529                set x [lindex $line 1]
1530                set y [lindex $line 2]
1531                if {$x >= $tmin && $x <= $tmax} {
1532                    lappend bkglist [list $x $y]
1533                }
1534            }
1535        }
1536        close $fp
1537    }
1538
1539    bkgEditMode 1
1540    bkgPointPlot
1541    bkgFillPoints
1542    set termlist ""
1543    set expgui(FitOrder) 2
1544    BkgFillTermBoxes nosave
1545}
1546
1547proc bkgFit {button} {
1548    global bkglist termlist expgui
1549    # if there <3 points, a fit is not possible
1550    if {[llength $bkglist] < 3} {
1551        bell
1552        return
1553    }
1554    # keep the button down while working
1555    $button config -relief sunken
1556    update
1557    # make a list of X & Y values
1558    foreach p $bkglist {
1559        lappend S 1.
1560        foreach v $p var {X Y} {
1561            lappend $var $v
1562        }
1563    }
1564
1565    # perform the Fit
1566    set termlist [FitBkgFunc $X $Y $expgui(FitOrder) $expgui(FitFunction) \
1567            $expgui(RadiiList)]
1568    # set the bkg terms in the edit boxes & update the plot
1569    BkgFillTermBoxes
1570    $button config -relief raised
1571}
1572
1573# put the Background coefficients into edit widgets
1574proc BkgFillTermBoxes {"save {}"} {
1575    global termlist expgui
1576    global bkgeditbox
1577    catch {destroy .bkg.canvas.fr}
1578    set top [frame .bkg.canvas.fr]
1579    .bkg.canvas create window 0 0 -anchor nw -window $top
1580    # delete trace on bkgeditbox
1581    foreach v [ trace vinfo bkgeditbox] {
1582        eval trace vdelete bkgeditbox $v
1583    }
1584
1585    .bkg.cw config -state normal
1586    set k 0
1587#    if {$expgui(FitFunction) == 3} {
1588#       # o is number of refinable terms
1589#       set o [expr {2 + ($expgui(FitOrder) - 2)/2}]
1590#       grid [label $top.lbl -text terms] -column $k -row 1
1591#       if {$expgui(FitOrder) >= 4} {
1592#           grid [label $top.rlbl -text radii] -column $k -row 2
1593#       }
1594#       incr k
1595#       set width 7
1596#    } else {
1597        set o $expgui(FitOrder)
1598        set width 10
1599#    }
1600    for {set i 0} {$i < $o} {incr i} {
1601        if {$i >= [llength $termlist]} {lappend termlist 0.}
1602        set bkgeditbox($i) [lindex $termlist $i]
1603        grid [frame $top.$i -relief groove -bd 3] -column $k -row 1
1604        grid [label $top.$i.l -text "[expr 1+$i]"] -column 1 -row 1
1605        grid [entry $top.$i.e -textvariable bkgeditbox($i) -width $width] \
1606                -column 2 -row 1
1607#       if {$expgui(FitFunction) == 3 && $i > 1} {
1608#           set j [expr $i-2]
1609#           if {$j >= [llength $expgui(RadiiList)]} {lappend expgui(RadiiList) 0.}
1610#           set bkgeditbox(r$j) [lindex $expgui(RadiiList) $j]
1611#           if {$bkgeditbox(r$j) == 0} {
1612#               set bkgeditbox(r$j) ??
1613#           }
1614#           grid [frame $top.r$j -relief groove -bd 3] \
1615#                   -column [expr $k-2] -row 2
1616#           grid [label $top.r$j.l -text "[expr -1+$i]"] -column 1 -row 1
1617#           grid [entry $top.r$j.e -textvariable bkgeditbox(r$j) -width $width] \
1618#                   -column 2 -row 1   
1619#       }
1620        incr k
1621    }
1622    trace variable bkgeditbox w "BkgRecalcPlot $top" 
1623    BkgRecalcPlot $top x x x
1624    update idletasks
1625    set sizes [grid bbox $top]
1626    .bkg.canvas config -scrollregion $sizes -height [lindex $sizes 3]
1627    # inhibit the save button, if requested
1628    if {$save == "nosave"} {
1629        .bkg.cw config -state disabled
1630        .g element configure 11 -xdata {} -ydata {}
1631        update
1632    }
1633}
1634
1635# respond to edits made to background terms
1636proc BkgRecalcPlot {top var i mode} {
1637    global bkgeditbox termlist expgui
1638
1639    set good 1
1640
1641    set o $expgui(FitOrder)
1642
1643    set termlist {}
1644    for {set j 0} {$j < $o} {incr j} {
1645        lappend termlist $bkgeditbox($j)
1646        if {[catch {expr $bkgeditbox($j)}]} {
1647            $top.$j.e config -fg red
1648            set good 0
1649        } else {
1650            $top.$j.e config -fg black
1651        }
1652    }
1653
1654    # disable fit for invalid values
1655    if {$good} {
1656        .bkg.cw config -state normal
1657        .bkg.f.fit1 config -state normal
1658        # plot it
1659        set calcb [BkgEval $termlist $expgui(FitFunction) \
1660                [xvec range 0 end] $expgui(RadiiList)]
1661        .g element configure 11 -xdata xvec -ydata $calcb
1662        update
1663    } else {
1664        .bkg.cw config -state disabled
1665        .bkg.f.fit1 config -state disabled
1666        .g element configure 11 -xdata {} -ydata {}
1667        update
1668    }
1669}
1670
1671# put the bkg points into edit widgets
1672proc bkgFillPoints {} {
1673    global bkglist tmin tmax bkgedit
1674    # delete trace on bkgedit
1675    foreach v [ trace vinfo bkgedit] {
1676        eval trace vdelete bkgedit $v
1677    }
1678    catch {destroy .bkg.bc.fr}
1679    set top [frame .bkg.bc.fr]
1680    .bkg.bc create window 0 0 -anchor nw -window $top
1681    if {[llength $bkglist] == 0} {
1682        grid [label $top.0 -text "(no points defined)"] -column 1 -row 1
1683    } else {
1684        set i -1
1685        foreach p $bkglist {
1686            incr i
1687            grid [frame $top.$i -relief groove -bd 3] -column $i -row 1
1688            grid [label $top.$i.l -text "[expr 1+$i]"] -column 1 -rowspan 2 -row 1
1689            grid [entry $top.$i.ex -textvariable bkgedit(x$i) -width 13] \
1690                    -column 2 -row 1
1691            grid [entry $top.$i.ey -textvariable bkgedit(y$i) -width 13] \
1692                    -column 2 -row 2
1693            foreach val $p var {x y} {
1694                set bkgedit(${var}$i) $val
1695            }
1696        }
1697        trace variable bkgedit w "BkgRecalcBkg $top" 
1698    }
1699    update idletasks
1700    set sizes [grid bbox $top]
1701    .bkg.bc config -scrollregion $sizes -height [lindex $sizes 3]
1702}
1703
1704# respond to edits made to bkg points
1705proc BkgRecalcBkg {top var i mode} {
1706    global bkgedit bkglist tmin tmax
1707    regexp {(.)([0-9]*)} $i junk var num
1708    if [catch {expr {$bkgedit($i)}}] {
1709        $top.$num.e$var config -fg red
1710    } else {
1711        $top.$num.e$var config -fg black
1712        set p [lindex $bkglist $num]
1713        if {$var == "x"} {
1714            set x $bkgedit($i)
1715            if {$x < $tmin} {set x $tmin}
1716            if {$x > $tmax} {set x $tmax}
1717            set bkglist [lreplace $bkglist $num $num \
1718                    [list $x [lindex $p 1]]]
1719        } else {
1720            set bkglist [lreplace $bkglist $num $num \
1721                    [list [lindex $p 0] $bkgedit($i)]]
1722        }
1723    }
1724        bkgPointPlot
1725}
1726
1727# convert x values to Q
1728proc bkgtoQ {xlist hst} {
1729    global expmap
1730    if {[string range $expmap(htype_$hst) 2 2] == "T"} {
1731        return [bkgtof2Q $xlist $hst]
1732    } elseif {[string range $expmap(htype_$hst) 2 2] == "C"} {
1733        return [tttoQ $xlist $hst]
1734    } elseif {[string range $expmap(htype_$hst) 2 2] == "E"} {
1735        return [engtoQ $xlist $hst]
1736    } else {
1737        return {}
1738    }
1739}
1740# convert tof to Q (as done in BKG routines -- no zero or difa)
1741proc bkgtof2Q {toflist hst} {
1742    set difc [expr {[histinfo $hst difc]/1000.}]
1743    set 2pi [expr {4.*acos(0.)}]
1744    set ans {}
1745    foreach tof $toflist {
1746        if {$tof == 0.} {
1747            lappend ans 99999.
1748        } elseif {$tof == 1000.} {
1749            lappend ans 0.
1750        } else {
1751            lappend ans [expr {$2pi * $difc / $tof}]
1752        }
1753    }
1754    return $ans
1755}
1756
1757# convert two-theta to Q
1758proc tttoQ {twotheta hst} {
1759    set lamo2 [expr {0.5 * [histinfo $hst lam1]}]
1760    set zero [expr [histinfo $hst zero]/100.]
1761    set ans {}
1762    set cnv [expr {acos(0.)/180.}]
1763    set 2pi [expr {4.*acos(0.)}]
1764    foreach tt $twotheta {
1765        if {$tt == 0.} {
1766            lappend ans 0.
1767        } elseif {$tt == 1000.} {
1768            lappend ans 1000.
1769        } else {
1770            lappend ans [expr {$2pi * sin($cnv*($tt-$zero)) / $lamo2}]
1771        }
1772    }
1773    return $ans
1774}
1775# convert energy (edx-ray) to Q
1776# (note that this ignores the zero correction)
1777proc engtoQ {eng hst} {
1778    set lam [histinfo $hst lam1]
1779    set zero [histinfo $hst zero]
1780    set ans {}
1781    set v [expr {12.398/(2.0*[sind[expr ($lam/2.0)]])}]
1782    set 2pi [expr {4.*acos(0.)}]
1783    foreach e $eng {
1784        if {$e == 0.} {
1785            lappend ans 0.
1786        } elseif {$e == 1000.} {
1787            lappend ans 1000.
1788        } else {
1789            lappend ans [expr {$2pi * $e / $v}]
1790        }
1791    }
1792    return $ans
1793}
1794
1795proc BkgEval {terms num tlist "rlist {}"} {
1796    global expmap hst
1797    if {$num == 1} {
1798        global tmin tmax
1799        foreach x $tlist {
1800            lappend blist [chebeval $terms $x $tmin $tmax]
1801        }
1802        return $blist
1803    } elseif {$num == 2} {
1804        set ts 1
1805        if {[string range $expmap(htype_$hst) 2 2] == "T"} {
1806            catch {
1807                set line [histinfo $hst ITYP]
1808                set ts [expr 180./ [lindex $line 2]]
1809            }
1810        }
1811        foreach tof $tlist {
1812            set tofm [expr {$tof * $ts}]
1813            set bkg 0
1814            set i -1
1815            foreach t $terms {
1816                incr i
1817                set bkg [expr {$bkg + $t * cos($i * $tofm * 3.14159/180.)}]
1818            }
1819            lappend blist $bkg
1820        }
1821        return $blist
1822    } elseif {$num == 4} {
1823        set Qlist [bkgtoQ $tlist $hst]
1824        foreach Q $Qlist {
1825            set i -1
1826            set QT 1
1827            foreach t $terms {
1828                incr i
1829                if {$i == 0} {
1830                    set bkg $t
1831                } else {
1832                    set QT [expr {$QT * $Q * $Q / $i}]
1833                    set bkg [expr {$bkg + $t * $QT}]
1834                }
1835            }
1836            lappend blist $bkg
1837        }
1838        return $blist
1839    } elseif {$num == 5} {
1840        set Qlist [bkgtoQ $tlist $hst]
1841        foreach Q $Qlist {
1842            set i -1
1843            set QT 1
1844            foreach t $terms {
1845                incr i
1846                if {$i == 0} {
1847                    set bkg $t
1848                } else {
1849                    set QT [expr {$QT * $i /($Q * $Q)}]
1850                    set bkg [expr {$bkg + $t * $QT}]
1851                }
1852            }
1853            lappend blist $bkg
1854        }
1855        return $blist
1856    } elseif {$num == 6} {
1857        set Qlist [bkgtoQ $tlist $hst]
1858        foreach Q $Qlist {
1859            set i 0
1860            set QT 1
1861            foreach t $terms {
1862                incr i
1863                if {$i == 1} {
1864                    set bkg $t
1865                } elseif {$i % 2} {
1866                    # odd
1867                    set QT1 [expr {1./$QT}]
1868                    set bkg [expr {$bkg + $t * $QT1}]
1869                } else {
1870                    # even
1871                    set QT [expr {2*$QT*$Q*$Q/$i}]
1872                    set QT1 $QT
1873                    set bkg [expr {$bkg + $t * $QT1}]
1874                }
1875            }
1876            lappend blist $bkg     
1877        }
1878        return $blist
1879    }
1880}
1881
1882proc backderivcal {nterms num tof "rlist {}"} {
1883    global expmap hst
1884    if {$num == 1} {
1885        global tmin tmax
1886        # rescale x
1887        set xs [expr {-1 + 2 * (1.*$tof - $tmin) / (1.*$tmax - 1.*$tmin)}]
1888        # compute the Chebyschev term Tn(xs)
1889        set deriv {}
1890        set Tpp 0
1891        set Tp 0
1892        for {set i 0} {$i < $nterms} {incr i} {
1893            if {$Tpp == $Tp && $Tp == 0} {
1894                set T 1
1895            } elseif {$Tpp == 0} {
1896                set T $xs
1897            } else {
1898                set T [expr {2. * $xs * $Tp - $Tpp}]
1899            }
1900            lappend deriv $T
1901            set Tpp $Tp
1902            set Tp $T
1903        }
1904        return $deriv
1905    } elseif {$num == 2} {
1906        set ts 1
1907        if {[string range $expmap(htype_$hst) 2 2] == "T"} {
1908            catch {
1909                set line [histinfo $hst ITYP]
1910                set ts [expr 180./ [lindex $line 2]]
1911            }
1912            set tofm [expr {$tof * $ts}]
1913        } else {
1914            set tofm $tof
1915        }
1916        set deriv {}
1917        for {set i 0} {$i < $nterms} {incr i} {
1918            lappend deriv [expr {cos($i * $tofm * 3.14159/180.)}]
1919        }
1920        return $deriv
1921    } elseif {$num == 3} {
1922        set Q [bkgtoQ $tof $hst]
1923        set j -1
1924        #set n [expr {2 + ($nterms - 2)/2}]
1925        for {set i 1} {$i <= $nterms} {incr i} {
1926            if {$i == 1} {
1927                set deriv 1
1928            } elseif {$i == 2} {
1929                lappend deriv $tof
1930            } else {
1931                incr j
1932                set r [lindex $rlist $j]
1933                set QR [expr {$Q * $r}]
1934                lappend deriv [expr {sin($QR)/$QR}]
1935            }
1936        }
1937        return $deriv
1938    } elseif {$num == 4} {
1939        set Q [bkgtoQ $tof $hst]
1940        set QT 1
1941        for {set i 0} {$i < $nterms} {incr i} {
1942            if {$i == 0} {
1943                set deriv 1
1944            } else {
1945                lappend deriv [set QT [expr {$QT * $Q * $Q / $i}]]
1946            }
1947        }
1948        return $deriv
1949    } elseif {$num == 5} {
1950        set Q [bkgtoQ $tof $hst]
1951        set QT 1
1952        for {set i 0} {$i < $nterms} {incr i} {
1953            if {$i == 0} {
1954                set deriv 1
1955            } else {
1956                lappend deriv [set QT [expr {$QT * $i /($Q * $Q)}]]
1957            }
1958        }
1959        return $deriv
1960    } elseif {$num == 6} {
1961        set Q [bkgtoQ $tof $hst]
1962        set QT 1
1963        for {set i 1} {$i <= $nterms} {incr i} {
1964            if {$i == 1} {
1965                set deriv 1
1966            } elseif {$i % 2} {
1967                # odd
1968                lappend deriv [set QT1 [expr {1./$QT}]]
1969            } else {
1970                # even
1971                set QT [expr {2*$QT*$Q*$Q/$i}]
1972                lappend deriv [set QT1 $QT]
1973            }
1974        }
1975        return $deriv
1976    }
1977}
1978
1979# evaluate the best-fit background terms to fit GSAS background functions 1-6
1980# to a set of X and Y values.
1981# num is the function number,
1982# order is the # of terms
1983# rlist is used only for function type 3; there must be (order-2)/2 values
1984proc FitBkgFunc {X Y order num "rlist {}"} {
1985    if {$num == 3} {
1986        set o [expr {2 + ($order - 2)/2}]
1987    } else {
1988        set o $order
1989    }
1990    # zero the matrix and vector
1991    for {set j 0} {$j < $o} {incr j} {
1992        set sum($j) 0.
1993        for {set i 0} {$i <= $j} {incr i} {
1994            set sum(${i}_$j) 0.
1995        }
1996    }
1997#global octave
1998#set octave {}
1999#append octave {des = [}
2000    foreach y $Y x $X {
2001        # compute derivatives at point x
2002        set derivlist [backderivcal $o $num $x $rlist]
2003#append octave " $derivlist ;\n"
2004        # compute matrix elements
2005        for {set j 0} {$j < $o} {incr j} {
2006            set Tj [lindex $derivlist $j]
2007            # weighted
2008            # set sum($j) [expr {$sum($j) + $y * $Tj / ($sigma*$sigma)}]
2009            set sum($j) [expr {$sum($j) + $y * $Tj}]
2010            for {set i 0} {$i <= $j} {incr i} {
2011                set Ti [lindex $derivlist $i]
2012                # weighted
2013                # set sum(${i}_$j) [expr {$sum(${i}_$j) + $Ti * $Tj / ($sigma * $sigma)}]
2014                set sum(${i}_$j) [expr {$sum(${i}_$j) + $Ti * $Tj}]
2015            }
2016        }
2017    }
2018    # populate the matrix & vector in La format
2019    lappend V 2 $o 0
2020    lappend A 2 $o $o
2021    for {set i 0} {$i < $o} {incr i} {
2022        lappend V $sum($i)
2023        for {set j 0} {$j < $o} {incr j} {
2024            if {$j < $i} {
2025                lappend A $sum(${j}_$i)
2026            } else {
2027                lappend A $sum(${i}_$j)
2028            }
2029        }
2030    }
2031    set termlist {}
2032    if {[catch {
2033        set termlist [lrange [La::msolve $A $V] 3 end]
2034    }]} {
2035        tk_dialog .singlar "Singular Matrix" \
2036            "Unable to fit function: singular matrix. Too many terms or something else is wrong." ""\
2037            0 OK
2038    }
2039    return $termlist
2040}
2041
2042# save the Chebyshev terms in the .EXP file
2043proc bkgSave {} {
2044# results not saved in the Macro file
2045    global hst termlist expgui Revision expmap expnam
2046    histinfo $hst backtype set $expgui(FitFunction)
2047    # stick the r values into the list
2048#    if {$expgui(FitFunction) == 3} {
2049#       set t [lrange $termlist 0 1]
2050#       foreach a [lrange $termlist 2 end] b $expgui(RadiiList) {lappend t $a $b}
2051#    } else {
2052        set t $termlist
2053#    }
2054    histinfo $hst backterms set [llength $t]
2055    set num 0
2056    foreach v $t {
2057        set var "bterm[incr num]"
2058        histinfo $hst $var set $v
2059    }
2060    histinfo $hst bref set 0
2061    # add a history record
2062    exphistory add " BKGEDIT [lindex $Revision 1] [lindex $expmap(Revision) 1] -- [clock format [clock seconds]]"
2063    # now save the file
2064    expwrite $expnam.EXP
2065}
2066
2067#-------------------------------------------------------------------------
2068# manual zoom option
2069proc BLTmanualZoom {} {
2070    global graph
2071    catch {toplevel .zoom}
2072    eval destroy [grid slaves .zoom]
2073    raise .zoom
2074    wm title .zoom {Manual Scaling}
2075    grid [label .zoom.l1 -text minimum] -row 1 -column 2 
2076    grid [label .zoom.l2 -text maximum] -row 1 -column 3 
2077    grid [label .zoom.l3 -text x] -row 2 -column 1 
2078    grid [label .zoom.l4 -text y] -row 3 -column 1 
2079    grid [entry .zoom.xmin -textvariable graph(xmin) -width 10] -row 2 -column 2 
2080    grid [entry .zoom.xmax -textvariable graph(xmax) -width 10] -row 2 -column 3 
2081    grid [entry .zoom.ymin -textvariable graph(ymin) -width 10] -row 3 -column 2 
2082    grid [entry .zoom.ymax -textvariable graph(ymax) -width 10] -row 3 -column 3 
2083    grid [frame .zoom.b] -row 4 -column 1 -columnspan 3
2084    grid [button .zoom.b.1 -text "Set Scaling" \
2085             -command "SetManualZoom set"]  -row 4 -column 1 -columnspan 2
2086    grid [button .zoom.b.2 -text Reset \
2087            -command "SetManualZoom clear"] -row 4 -column 3
2088    grid [button .zoom.b.3 -text Close -command "destroy .zoom"] -row 4 -column 4 
2089    grid rowconfigure .zoom 1 -weight 1 -pad 5
2090    grid rowconfigure .zoom 2 -weight 1 -pad 5
2091    grid rowconfigure .zoom 3 -weight 1 -pad 5
2092    grid rowconfigure .zoom 4 -weight 0 -pad 5
2093    grid columnconfigure .zoom 1 -weight 1 -pad 20
2094    grid columnconfigure .zoom 1 -weight 1 
2095    grid columnconfigure .zoom 3 -weight 1 -pad 10
2096    foreach item {min min max max} \
2097            format {3   2   3   2} \
2098            axis   {x   y   x   y} {
2099        set val [$graph(blt) ${axis}axis cget -${item}]
2100        set graph(${axis}${item}) {(auto)}
2101        catch {set graph(${axis}${item}) [format %.${format}f $val]}
2102    }
2103    bind .zoom <Return> "SetManualZoom set"
2104}
2105
2106proc SetManualZoom {mode} {
2107    global graph
2108    if {$mode == "clear"} {
2109        foreach item {xmin ymin xmax ymax} {
2110            set graph($item) {(auto)}
2111        }
2112    }
2113    foreach item {xmin ymin xmax ymax} {
2114        if {[catch {expr $graph($item)}]} {
2115            set $item ""
2116        } else {
2117            set $item $graph($item)
2118        }
2119    }
2120    # reset the zoomstack
2121    catch {Blt_ZoomStack $graph(blt)}
2122    catch {$graph(blt) xaxis config -min $xmin -max $xmax}
2123    catch {$graph(blt) yaxis config -min $ymin -max $ymax}
2124    global program
2125    if {$program == "bkgedit"} {bkgEditMode ""}
2126}
2127
2128# define a binding to show the cursor location
2129proc ToggleLiveCursor {} {
2130    global box graph
2131    if {[bind $box <Any-Motion>] == ""} {
2132        .a.options.menu entryconfig $graph(CursorLabel) -label "Hide Cursor Position"
2133        pack [frame .bot -bd 2 -relief sunken] -side bottom -fill x
2134        pack [label .bot.val1 -textvariable graph(position)] -side left
2135        pack [button .bot.close -command ToggleLiveCursor -text "Close cursor display"] -side right
2136        bind $box <Any-Motion> {FormatLiveCursor %x %y}
2137    } else {
2138        .a.options.menu entryconfig $graph(CursorLabel) -label "Show Cursor Position"
2139        destroy .bot
2140        bind $box <Any-Motion> {}
2141    }
2142}
2143proc FormatLiveCursor {x y} {
2144    global graph
2145    set graph(position) \
2146            "x=[format %.3f [$graph(blt) xaxis invtransform $x]] y=[format %.3f [$graph(blt) yaxis invtransform $y]]"
2147}
2148
2149#-------------------------------------------------------------------------
2150# override options with locally defined values
2151set filelist [file join $expgui(scriptdir) localconfig]
2152if {$tcl_platform(platform) == "windows"} {
2153    lappend filelist "c:/gsas.config"
2154} else {
2155    lappend filelist [file join ~ .gsas_config]
2156}
2157if {[catch {
2158    foreach file $filelist {
2159        if [file exists $file] {source $file}
2160    }
2161} errmsg]} {
2162    set msg "Error reading file $file (aka [file nativename $file]): $errmsg"
2163    MyMessageBox -parent . -title "Customize warning" \
2164        -message $msg -icon warning -type Ignore -default ignore \
2165        -helplink "expguierr.html Customizewarning"
2166}
2167
2168SetTkDefaultOptions $expgui(font)
2169
2170if [file executable [file join $expgui(gsasexe) $expgui(tcldump)]] {
2171    set expgui(tcldump) [file join $expgui(gsasexe) $expgui(tcldump)]
2172} else {
2173    set expgui(tcldump) {}
2174}
2175
2176# vectors
2177if [catch {
2178    foreach vec {xvec obsvec calcvec bckvec diffvec refposvec wifdvec} {
2179        vector $vec
2180        $vec notify never
2181    }
2182} errmsg] {
2183    MyMessageBox -parent . -title "BLT Error" \
2184            -message "BLT Setup Error: could not define vectors \
2185(msg: $errmsg). \
2186$program cannot be run without vectors." \
2187            -helplink "expgui.html blt" \
2188            -icon error -type Skip -default skip
2189    exit
2190}
2191
2192# create the graph
2193if [catch {
2194    set box [graph .g -plotbackground white]
2195    set graph(blt) $box
2196} errmsg] {
2197    MyMessageBox -parent . -title "BLT Error" \
2198            -message "BLT Setup Error: could not create a graph \
2199(error msg: $errmsg). \
2200There is a problem with the setup of BLT on your system. \
2201See the expgui.html file for more info." \
2202            -helplink "expgui.html blt" \
2203            -icon warning -type Exit -default "exit" 
2204    exit
2205}
2206if [catch {
2207    Blt_ZoomStack $box
2208} errmsg] {
2209    MyMessageBox -parent . -title "BLT Error" \
2210            -message "BLT Setup Error: could not access a Blt_ routine \
2211(msg: $errmsg). \
2212The pkgIndex.tcl is probably not loading bltGraph.tcl.
2213See the expgui.html file for more info." \
2214        -helplink "expgui.html blt" \
2215        -icon warning -type {"Limp Ahead"} -default "limp Ahead" 
2216}
2217# modify zoom so that y2axis is not zoomed in for blt2.4u+
2218catch {
2219    regsub -all y2axis [info body blt::PushZoom] " " b1
2220    proc blt::PushZoom {graph} $b1
2221}
2222# get binding for zoom
2223set graph(bindtag) $box
2224catch {
2225    if {[bind zoom-$box] != ""} {
2226        # blt2.4z
2227        set graph(bindtag) zoom-$box
2228    } elseif {[bind bltZoomGraph] != ""} {
2229        # blt2.4?
2230        set graph(bindtag) bltZoomGraph
2231    }
2232}
2233
2234$box element create 0 -xdata xvec -ydata wifdvec \
2235        -line 3 -symbol none -label "Chi2" -mapy y2
2236catch {$box element config 0 -color $graph(color_chi2)}
2237
2238$box element create 1 -label bckgr -symbol none 
2239$box element config 1 -xdata xvec -ydata bckvec
2240catch {$box element config 1 -color $graph(color_bkg)}
2241$box element create 3 -linewidth 0 -label Obs
2242catch {$box element configure 3 -symbol $peakinfo(obssym)}
2243catch {$box element configure 3 -color $graph(color_obs)}
2244catch {$box element configure 3 -pixels [expr 0.125 * $peakinfo(obssize)]i}
2245$box element create 2 -label Calc -symbol none 
2246catch {$box element config 2 -color $graph(color_calc)}
2247$box element create 4 -label diff -symbol none 
2248catch {$box element config 4 -color $graph(color_diff)}
2249
2250if {$program == "liveplot"} {
2251    $box y2axis config -title {Cumulative Chi Squared}
2252    catch {$box y2axis config -min 0}
2253} elseif {$program == "bkgedit"}  {
2254    eval $box element config 0 $graph(ElementHideOption) 
2255    eval $box y2axis config $graph(ElementHideOption) 
2256    $box element config 0 -label ""
2257    eval $box element config 1 $graph(ElementHideOption) 
2258    $box element config 1 -label ""
2259    eval $box element config 4 $graph(ElementHideOption) 
2260    $box element config 4 -label ""
2261    $box element create 11
2262    $box element create 12
2263    $box element configure 12 -line 0 -label "bkg pts"
2264    catch {$box element config 12 -color $graph(color_input)}
2265    catch {$box element config 12 -pixels [expr 0.125 * $peakinfo(inpsize)]i}
2266    catch {$box element config 12 -symbol $peakinfo(inpsym)}
2267    $box element configure 11 -symbol none -label "bkg fit" -dashes 5 -line 2
2268    catch {$box element config 11 -color $graph(color_fit)}
2269    $box element show "3 2 11 12"
2270}
2271$box element config 3 -xdata xvec -ydata obsvec
2272$box element config 2 -xdata xvec -ydata calcvec
2273$box element config 4 -xdata xvec -ydata diffvec
2274
2275if {$expgui(tcldump) != ""} {
2276    bind . <Key-h> "lblhkl $box %x"
2277    bind . <Key-H> "lblhkl $box %x"
2278    bind . <Key-a> "lblhkl $box all"
2279    bind . <Key-A> "lblhkl $box all"
2280    bind . <Key-d> "delallhkllbl $box"
2281    bind . <Key-D> "delallhkllbl $box"
2282    bind $graph(bindtag) <Shift-Button-1> "lblhkl $box %x"
2283    bind $graph(bindtag) <Shift-Button-3> "delallhkllbl %W"
2284} else {
2285    $box element config 1 -label ""
2286    eval $box element config 4 $graph(ElementHideOption) 
2287}
2288bind . <Key-z> {BLTmanualZoom}
2289bind . <Key-Z> {BLTmanualZoom}
2290
2291$box yaxis config -title {} 
2292setlegend $box $graph(legend)
2293
2294set ps2pdfcmd {}
2295set gnuplotpath {}
2296# find gnuplot
2297if {$::tcl_platform(platform) == "windows"} {
2298    set gnuplotpath [file join $::expgui(gsasexe) "gnuplot/gnuplot.exe"]
2299    if {![file exists $gnuplotpath]} {
2300        set gnuplotpath [auto_execok gnuplot.exe]
2301    }
2302} else {
2303    set ::env(PATH) "${::expgui(gsasexe)}:${::env(PATH)}"
2304    auto_reset
2305    set gnuplotpath [auto_execok gnuplot]
2306}
2307# find postscript conversion routine
2308if {$::tcl_platform(platform) == "windows"} {
2309    set gspath [file join $::expgui(gsasexe) "gs/bin/gswin32c.exe"]
2310    if {![file exists $gspath]} {
2311        set gspath [auto_execok gswin32c.exe]
2312    }
2313    if {[file exists $gspath]} {
2314        set ps2pdfcmd "$gspath -q -P- -dSAFER -dNOPAUSE -dBATCH -sDEVICE=pdfwrite -sOutputFile=\$pdfoutname -c save pop -f \$psoutname"
2315    }
2316} else {
2317    # look for ghostscript
2318    set gspath [auto_execok gs]
2319    if {[file exists $gspath]} {
2320        set ps2pdfcmd "$gspath -q -P- -dSAFER -dNOPAUSE -dBATCH -sDEVICE=pdfwrite -sOutputFile=\$pdfoutname -c save pop -f \$psoutname"
2321    } else {
2322        set gspath [auto_execok pstopdf]; # this is on Mac only
2323        if {[file exists $gspath]} {
2324            set ps2pdfcmd "$gspath \$psoutname -o \$pdfoutname"
2325        }
2326    }
2327}
2328set gnuplotexport {}
2329catch {
2330    source [file join $expgui(scriptdir) gnuplot.tcl]
2331}
2332
2333#======================================================================
2334# make menus
2335frame .a -bd 3 -relief groove
2336pack [menubutton .a.file -text File -underline 0 -menu .a.file.menu] -side left
2337menu .a.file.menu
2338.a.file.menu add cascade -label Tickmarks -menu .a.file.menu.tick
2339menu .a.file.menu.tick
2340.a.file.menu add cascade -label Histogram -menu .a.file.menu.hist -state disabled
2341.a.file.menu add command -label "Update Plot" \
2342        -command {set cycle [getcycle];readdata .g}
2343.a.file.menu add command -label "Set Plot Title" \
2344        -command SetTitle
2345.a.file.menu add command -label "Set Plot Title to data file" \
2346        -command SetHistTitle
2347.a.file.menu add cascade -label "Export plot" -menu .a.file.menu.export
2348menu .a.file.menu.export
2349.a.file.menu.export add command -label "to PostScript" \
2350        -command makepostscriptout
2351if {$blt_version > 2.3 && $blt_version != 8.0} {
2352    source [file join $expgui(scriptdir) graceexport.tcl]
2353    .a.file.menu.export add command -label "to Grace" -command exportgrace
2354}
2355if {$gnuplotpath == {}} {
2356    .a.file.menu.export add cascade -label "gnuplot program not found"
2357} elseif {$gnuplotexport == ""} {
2358    .a.file.menu.export add cascade -label "file gnuplot.tcl not found"
2359} elseif {$ps2pdfcmd == ""} {
2360    .a.file.menu.export add cascade -label "gs or pstopdf program not found"
2361} else {
2362    .a.file.menu.export add command -label "to PDF" -command ExportPDF
2363}
2364
2365.a.file.menu add command -label "Import from Topas" \
2366    -command {get_topas_file}
2367
2368.a.file.menu add command -label Quit -command "destroy ."
2369.a.file.menu.export add command -label "as .csv file" \
2370        -command makecsvfile
2371# source additional export routines
2372set filelist [glob -nocomplain [file join $expgui(scriptdir) liveplot_*.tcl]]
2373foreach file $filelist {
2374    if [catch {
2375        source $file
2376        .a.file.menu.export add command -label $label -command $action
2377    } errmsg] {catch {puts "source error = $errmsg"}}
2378}
2379pack [menubutton .a.options -text Options -underline 0 -menu .a.options.menu] \
2380        -side left   
2381menu .a.options.menu
2382.a.options.menu add cascade -label "Configure Tickmarks" -menu .a.options.menu.tick
2383menu .a.options.menu.tick
2384.a.options.menu.tick add radiobutton -label "Manual Placement" \
2385        -value 0 -variable expgui(autotick) -command plotdata
2386.a.options.menu.tick add radiobutton -label "Auto locate" \
2387        -value 1 -variable expgui(autotick) -command plotdata
2388.a.options.menu.tick add separator
2389.a.options.menu.tick add radiobutton -label "Label by phase number" \
2390        -value 0 -variable expgui(phaselabel) -command plotdata
2391.a.options.menu.tick add radiobutton -label "Label by phase name" \
2392        -value 1 -variable expgui(phaselabel) -command plotdata
2393.a.options.menu.tick add separator
2394
2395pack [menubutton .a.mag -text Magnification -underline 0 -menu .a.mag.menu] \
2396        -side left
2397menu .a.mag.menu
2398set maglist {}
2399set mag0 1.0
2400# display magnification routines
2401proc ShowMag {} {
2402    global blt_version tcl_platform peakinfo expgui
2403    set bx .opt
2404    catch {destroy $bx}
2405    toplevel $bx
2406    putontop $bx
2407    wm iconname $bx "Mag Regs"
2408    wm title $bx "Plot Magnification Regions"
2409    pack [label $bx.0 -text "Magnification Regions:"] -side top
2410    if {[llength $::maglist] == 0} {
2411        set lbl "None"
2412    } else {
2413        set lbl ""
2414        set xm $::xvec(min)
2415        set ym $::mag0
2416        set ::maglist [lsort -real -index 0 $::maglist]
2417        foreach pair $::maglist {
2418            foreach {xh ymh} $pair {}
2419            append lbl "\tfrom $xm to $xh: times $ym\n"
2420            set xm $xh
2421            set ym $ymh
2422        }
2423        set xh $::xvec(max)
2424        append lbl "\tfrom $xm to $xh: times $ym"
2425    }
2426    pack [label $bx.1 -text $lbl -justify left] -side top
2427    pack [button $bx.2 -text "Close" -command "destroy $bx"] -side top
2428    tkwait window $bx
2429    afterputontop
2430}
2431
2432# edit magnification regions
2433proc EditMag {} {
2434    set ::multrow 1
2435    set bx .opt
2436    catch {destroy $bx}
2437    toplevel $bx
2438    putontop $bx
2439    wm iconname $bx "Mag Regs"
2440    wm title $bx "Edit Magnification Regions"
2441    pack [label $bx.0 -text "Vertical Magnification Regions:"] -side top
2442    if {[llength $::maglist] == 0} {
2443        set lbl "None"
2444        pack [label $bx.1 -text $lbl -justify left] -side top
2445        pack [button $bx.2 -text "Close" -command "destroy $bx"] -side top
2446        tkwait window $bx
2447        afterputontop
2448        return
2449    } else {
2450        pack [frame $bx.1] -side top
2451        set ::maglist [lsort -real -index 0 $::maglist]
2452        set row 0
2453        foreach pair $::maglist {
2454            foreach {xh ymh} $pair {}
2455            set row1 [expr {$row + 1}]
2456            set ::xmag($row1) $xh
2457            set ::mag($row1) $ymh
2458            if {$row == 0} {
2459                grid [label $bx.1.a$row -text "From "] -column 1 -row $row
2460                grid [label $bx.1.b$row -text $::xvec(min)] -column 2 -row $row
2461                grid [label $bx.1.c$row -text " to "] -column 3 -row $row
2462                grid [entry $bx.1.d$row -textvariable xmag(1) -width 6] -column 4 -row $row
2463                grid [label $bx.1.e$row -text " times "] -column 5 -row $row
2464                grid [entry $bx.1.f$row -textvariable mag0 -width 4] -column 6 -row $row
2465            } else {
2466                grid [label $bx.1.a$row -text "From "] -column 1 -row $row
2467                grid [entry $bx.1.b$row -textvariable xmag($row) -width 6] -column 2 -row $row
2468                grid [label $bx.1.c$row -text " to "] -column 3 -row $row
2469                grid [entry $bx.1.d$row -textvariable xmag($row1) -width 6] -column 4 -row $row
2470                grid [label $bx.1.e$row -text " times "] -column 5 -row $row
2471                grid [entry $bx.1.f$row -textvariable mag($row) -width 4] -column 6 -row $row
2472            }
2473            incr row
2474        }
2475        grid [label $bx.1.a$row -text "From "] -column 1 -row $row
2476        grid [entry $bx.1.b$row -textvariable xmag($row) -width 6] -column 2 -row $row
2477        grid [label $bx.1.c$row -text " to "] -column 3 -row $row
2478        grid [label $bx.1.d$row -text $::xvec(max)] -column 4 -row $row
2479        grid [label $bx.1.e$row -text " times "] -column 5 -row $row
2480        grid [entry $bx.1.f$row -textvariable mag($row) -width 4] -column 6 -row $row
2481        set ::multrow $row
2482    }
2483    pack [label $bx.l -text "\nSet the multiplier to zero to delete a region"] -side top
2484    pack [frame $bx.2] -side top
2485    pack [button $bx.2.a -text "Edit" -command "destroy $bx"] -side left
2486    pack [button $bx.2.b -text "Cancel" -command "set multrow 0; destroy $bx"] -side left
2487    tkwait window $bx
2488    afterputontop
2489    if {$::multrow == 0} return
2490    set newmaglist {}
2491    set xp $::xvec(min)
2492    for {set i 1} {$i <= $::multrow} {incr i} {
2493        if {$::mag($i) > 0} {
2494            lappend newmaglist [list $::xmag($i) $::mag($i)]
2495        }
2496        set xp $::xmag($i)
2497    }
2498    set ::maglist $newmaglist
2499    readdata .g
2500}
2501
2502# show a menu to add a magnification region
2503proc AddMag {} {
2504    set bx .opt
2505    catch {destroy $bx}
2506    toplevel $bx
2507    putontop $bx
2508    wm iconname $bx "Add Regs"
2509    wm title $bx "Add Plot Magnification Region"
2510    pack [frame $bx.0] -side top
2511    pack [label $bx.0.a -text "Magnify from "] -side left
2512    pack [entry $bx.0.b -textvariable xmin -width 6] -side left
2513    pack [label $bx.0.c -text " to next region. Multiply by "] -side left
2514    pack [entry $bx.0.d -textvariable mult -width 4] -side left
2515    pack [frame $bx.2] -side top
2516    pack [button $bx.2.a -text "Add" -command "destroy $bx"] -side left
2517    pack [button $bx.2.b -text "Cancel" -command "set mult {}; destroy $bx"] -side left
2518    if {[catch {expr $::mult}]} {set ::mult 1.0}
2519    if {$::mult <= 0} {set ::mult 1.0}
2520    tkwait window $bx
2521    afterputontop
2522    catch {
2523        if {$::xmin < $::xvec(min)} {set ::xmin $::xvec(min)} 
2524        if {$::xmin > $::xvec(max)} {set ::xmin $::xvec(max)} 
2525        if {$::mult > 0} {
2526            lappend ::maglist [list $::xmin $::mult]
2527            readdata .g
2528        } else {
2529            MyMessageBox -parent . -title "Invalid" \
2530                -message "Invalid input, try again" \
2531                -icon error -type Continue -default continue
2532        }
2533    }
2534}
2535proc AddCursorMag {p m} {
2536    set x [.g xaxis invtransform $p]
2537    if {$x < $::xvec(min) || $x > $::xvec(max) } {
2538        bell
2539        return
2540    }
2541    lappend ::maglist [list $x $m]
2542    readdata .g
2543}
2544
2545# scale the data with magnification regions
2546proc ApplyMag {} {
2547    foreach mrk [.g marker names mag*] {
2548        .g marker delete $mrk
2549    }
2550    if {[llength $::maglist] == 0} return
2551    global xvec
2552    vector create ymult([xvec length])
2553    set xl $xvec(min)
2554    set ym $::mag0
2555    set i 0
2556    set ::maglist [lsort -real -index 0 $::maglist]
2557    foreach pair $::maglist {
2558        foreach {xh ymh} $pair {}
2559        set xr [xvec search $xl $xh]
2560        #puts "$xl $xh [lindex $xr 0]:[lindex $xr end] $ym"
2561        if {[lindex $xr 0] != [lindex $xr end]} {
2562            set ymult([lindex $xr 0]:[lindex $xr end]) $ym
2563            if {$xl != $xvec(min)} {
2564                .g marker create line -coords "$xl -Inf $xl Inf" -name mag[incr i]
2565            }
2566            .g marker create text -coords "$xl Inf" -name mag[incr i] -text "x$ym" -anchor w
2567        }
2568        set xl $xh
2569        set ym $ymh
2570    }
2571    set xh $xvec(max)
2572    set xr [xvec search $xl $xh]
2573    set ymult([lindex $xr 0]:[lindex $xr end]) $ym
2574    #puts "$xl $xh [lindex $xr 0]:[lindex $xr end] $ym"
2575    .g marker create line -coords "$xl -Inf $xl Inf" -name mag[incr i]
2576    .g marker create text -coords "$xl Inf" -name mag[incr i] -text "x$ym" -anchor w
2577    foreach vec {obsvec calcvec bckvec} {
2578        global $vec
2579        $vec expr {$vec * ymult}
2580    }
2581}
2582
2583# create a PDF using GNUPLOT & GhostScript
2584proc ExportPDF {} {
2585    set msg {}
2586    if {$::gnuplotpath == {}} {
2587        append msg "\n\tThe gnuplot program was not found"
2588    } 
2589    if {$::gnuplotexport == ""} {
2590        append msg "\n\tfile gnuplot.tcl not found in $::expgui(scriptdir)"
2591    } 
2592    if {$::ps2pdfcmd == ""} {
2593        append msg "\n\tNo PDF conversion routine (ghostscript or pstopdf on Mac was found"
2594    }
2595    if {$msg != ""} {
2596        MyMessageBox -parent . -title "Gnuplot/GS Error" \
2597                -message $msg \
2598                -icon error -type OK -default OK
2599        return 0
2600    }
2601
2602    set pdfoutname [tk_getSaveFile -title "Select output file" -parent . \
2603                        -defaultextension ".pdf" \
2604                        -initialdir [pwd] \
2605                        -initialfile "[file rootname $::expnam].pdf"]
2606    if { $pdfoutname == "" } { return }
2607    cd [file dirname $pdfoutname]
2608    set pdfoutname [regsub -all " " [file tail $pdfoutname] "_"]
2609    set rootname [file root $pdfoutname]
2610    set csvoutname "$rootname.csv"
2611    set gplotname "$rootname.gplot"
2612    set psoutname "$rootname.ps"
2613    foreach filename [list $pdfoutname $csvoutname $gplotname $psoutname] {
2614        catch {file -force delete $filename}
2615    }
2616    waitmsg "running gnuplot, Please wait"
2617    Graph2Gnuplot .g $gplotname $psoutname $csvoutname
2618    if {![file exists $gplotname]} {
2619        set msg "\n  Output file for gnuplot not created! ($gplotname)"
2620    }
2621    if {![file exists $csvoutname]} {
2622        append msg "\n   Output file for gnuplot not created! ($csvoutname)"
2623    }
2624    if {$msg == ""} {
2625        if {[catch { exec $::gnuplotpath $gplotname } err]} {
2626            if {[string first "Warning" $err] == -1} {
2627                append msg "Error in running gnuplot: $err"
2628            }
2629        }
2630        if {![file exists $psoutname]} {
2631            append msg "\n   Output file from gnuplot not created! ($psoutname)"
2632        }
2633    }
2634    if {$msg == ""} {
2635        if {[catch { eval exec [subst $::ps2pdfcmd]} err]} {
2636            append msg "Error in PDF conversion: $err"
2637        }
2638        if {![file exists $pdfoutname]} {
2639            append msg "\n   PDF file not created! ($pdfoutname)"
2640        }
2641    }
2642    donewaitmsg
2643    if {$msg == ""} {
2644        # clean up
2645        foreach filename [list $csvoutname $gplotname $psoutname] {
2646            catch {file -force delete $filename}
2647        }
2648        MyMessageBox -parent . -title "PDF created" \
2649            -message "Success: PDF file created ($pdfoutname)" \
2650            -type OK -default OK
2651        return 1
2652    } else {
2653        # something failed
2654        MyMessageBox -parent . -title "Gnuplot/GS Error" \
2655                -message "Error: $msg" \
2656                -icon error -type OK -default OK
2657        return 0
2658    }
2659}
2660
2661# resize graph font only
2662proc ResizeGraphFont {graph font} {
2663    foreach w {legend xaxis yaxis xaxis yaxis \
2664                   x2axis y2axis x2axis y2axis} \
2665        o {-font -tickfont -tickfont -titlefont -titlefont \
2666               -tickfont -tickfont -titlefont -titlefont} {
2667                   catch {
2668                       $graph $w configure $o $font
2669                   }
2670               }
2671    catch {
2672        set curfont [$graph cget -font]
2673        if {[string tolower [lindex $curfont 0]] == "symbol"} {
2674            $graph configure -font "Symbol [lrange $font 1 end]"
2675        } else {
2676            $graph configure -font $font
2677        }
2678    }
2679}
2680
2681if {$program == "liveplot"} {
2682    .a.mag.menu add command -label "Add region" -command "AddMag"
2683    .a.mag.menu add command -label "Edit Regions" -command "EditMag"
2684    .a.mag.menu add separator
2685    .a.mag.menu add command -label "Clear" \
2686        -command "set maglist {}; readdata .g"
2687    .a.options.menu add command -label "Obs symbol" -command getsymopts
2688    foreach i {1 2 3 4 5 6 7 8 9} {
2689        bind . <Control-Key-$i> "AddCursorMag %x $i"
2690    }
2691} else {
2692    .a.options.menu add cascade -label "Symbol Type" -menu .a.options.menu.sym
2693    menu .a.options.menu.sym
2694    foreach var {obs inp} lbl {Observed "Input bkg"} {
2695        .a.options.menu.sym add command -label $lbl -command "getsymopts $var"
2696    }
2697}
2698.a.options.menu add cascade -label "Symbol color" -menu .a.options.menu.color
2699menu .a.options.menu.color
2700set l1 {obs calc diff bkg chi2 OmCoS}
2701set l2 {Observed Calculated Obs-Calc Background Cumulative-Chi2 (obs-calc)/sig}
2702if {$program != "liveplot"} {
2703    lappend l1 input fit
2704    lappend l2 "Input points" "bkg fit"
2705}
2706   
2707foreach var $l1 lbl $l2 {
2708    .a.options.menu.color add command -label $lbl \
2709        -command "setSymcolor $var $lbl; plotdata"
2710}
2711if {$expgui(tcldump) != "" && $program == "liveplot"} {
2712    .a.options.menu add cascade -label "X units" -menu .a.options.menu.xunits
2713    menu .a.options.menu.xunits
2714    .a.options.menu.xunits add radiobutton -label "As collected" \
2715            -variable graph(xunits) -value 0 \
2716            -command {set cycle [getcycle];readdata .g}
2717    .a.options.menu.xunits add radiobutton -label "d-space" \
2718            -variable graph(xunits) -value 1 \
2719            -command {set cycle [getcycle];readdata .g}
2720    .a.options.menu.xunits add radiobutton -label "Q" \
2721            -variable graph(xunits) -value 2 \
2722            -command {set cycle [getcycle];readdata .g}
2723    .a.options.menu add cascade -label "Y units" -menu .a.options.menu.yunits
2724    menu .a.options.menu.yunits
2725    .a.options.menu.yunits add radiobutton -label "As collected" \
2726            -variable graph(yunits) -value 0 \
2727            -command {set cycle [getcycle];readdata .g}
2728    .a.options.menu.yunits add radiobutton -label "Normalized" \
2729            -variable graph(yunits) -value 1 \
2730            -command {set cycle [getcycle];readdata .g}
2731    .a.options.menu.yunits add radiobutton -label "I/Sigma(I)" \
2732            -variable graph(yunits) -value 2 \
2733            -command {set cycle [getcycle];readdata .g}
2734    .a.options.menu.yunits add radiobutton -label "log(I)" \
2735            -variable graph(yunits) -value 3 \
2736            -command {set cycle [getcycle];readdata .g}
2737    .a.options.menu add command -label "HKL labeling" -command setlblopts
2738    .a.options.menu add checkbutton -label "Subtract background" \
2739            -variable graph(backsub) \
2740            -command {set cycle [getcycle];readdata .g}
2741} else {
2742    set graph(xunits) 0
2743}
2744   
2745.a.options.menu add checkbutton -label "Include legend" \
2746        -variable graph(legend) \
2747        -command {setlegend $box $graph(legend)}
2748.a.options.menu add command -label "Show Cursor Position" \
2749        -command ToggleLiveCursor
2750set graph(CursorLabel) [.a.options.menu index "Show Cursor Position"]
2751.a.options.menu add command -label "Set PS output" -command setpostscriptout
2752.a.options.menu add cascade -menu  .a.options.menu.font \
2753        -label "Screen font"
2754menu .a.options.menu.font
2755foreach f {10 11 12 13 14 16 18 20 22} {
2756    .a.options.menu.font add radiobutton \
2757            -command {SetTkDefaultOptions $expgui(font); ResizeFont .} \
2758        -label $f -value $f -variable expgui(font) -font "Helvetica -$f"
2759}
2760if {$program == "liveplot"} {
2761    .a.options.menu add cascade -menu  .a.options.menu.gfont \
2762        -label "Graph font"
2763    menu .a.options.menu.gfont
2764    foreach f {12 14 16 18 20 22 24 26 28 32 36 40} {
2765        .a.options.menu.gfont add radiobutton \
2766            -command "ResizeGraphFont .g \[list Helvetica -$f\]" \
2767            -label $f -font "Helvetica -$f"
2768    }
2769    .a.options.menu add checkbutton -label "Raise on update" \
2770            -variable graph(autoraise)
2771    .a.options.menu add checkbutton -label "Cumulative Chi2" \
2772            -variable graph(chi2) \
2773            -command "set graph(OmCoS) 0; ShowCumulativeChi2"
2774    .a.options.menu add checkbutton -label "(Obs-Calc)/sig" \
2775            -variable graph(OmCoS) \
2776            -command "set graph(chi2) 0; ShowCumulativeChi2"
2777    .a.options.menu add command -label "Save Options" -underline 1 \
2778            -command "SaveOptions"
2779    ShowCumulativeChi2
2780} elseif {$program == "bkgedit"}  {
2781    catch {pack [frame .bkg -bd 3 -relief sunken] -side bottom -fill both}
2782#    grid [label .bkg.top -text "Background Point Editing"] \
2783#           -column 0 -row 0 -columnspan 4
2784#    grid [button .bkg.help -text Help -bg yellow \
2785#           -command "MakeWWWHelp liveplot.html bkgedit"] \
2786#           -column 5 -row 0 -rowspan 2 -sticky n
2787   
2788    grid [frame .bkg.l -bd 3 -relief groove] \
2789            -column 0 -row 1 -columnspan 2 -sticky nse
2790    grid [label .bkg.l.1 -text "Mouse click\naction"] -column 0 -row 0
2791    foreach c {1 2 3} l {zoom add delete} {
2792        grid [button .bkg.l.b$c -text $l -command "bkgEditMode $c"] \
2793                -column $c -row 0
2794    }
2795    # leave a small blank space
2796    grid columnconfigure .bkg 2 -pad 0 -min 10
2797    grid [frame .bkg.f -bd 3 -relief groove] \
2798            -column 3 -row 1 -columnspan 2 -sticky nsw
2799    grid [button .bkg.f.fit1 -text "Fit" -command {bkgFit .bkg.f.fit1}] \
2800            -column 1 -row 1
2801    grid [label .bkg.f.tl -text "with"] -column 3 -row 1
2802    set termmenu [tk_optionMenu .bkg.f.terms expgui(FitOrder) 0]
2803    grid .bkg.f.terms -column 4 -row 1
2804    grid [label .bkg.f.tl1 -text "terms"] -column 5 -row 1
2805
2806    grid [frame .bkg.c1 -bd 3 -relief groove] \
2807            -column 0 -row 5 -rowspan 2 -sticky nsew
2808    grid [label .bkg.c1.0 -text "Background\nfunction #"] -column 0 -row 0
2809    set bkgmenu [tk_optionMenu .bkg.c1.1 expgui(FitFunction) stuff]
2810    grid .bkg.c1.1 -column 0 -row 1
2811    $bkgmenu delete 0 end
2812    foreach item {
2813        "1 - Shifted Chebyschev polynomial"
2814        "2 - Cosine Fourier series"
2815        "4 - Power series in Q**2n/n!"
2816        "5 - Power series in n!/Q**2n"
2817        "6 - Power series in Q**2n/n! and n!/Q**2n"
2818    } {
2819        set val [lindex $item 0]
2820        $bkgmenu insert end radiobutton -variable expgui(FitFunction) \
2821                -label $item -value $val \
2822                -command "set termlist {};BkgFillTermBoxes nosave"
2823    }
2824#       "3 - Radial distribution peaks"
2825    set expgui(FitFunction) 1
2826
2827    grid [canvas .bkg.canvas \
2828            -scrollregion {0 0 5000 500} -width 0 -height 0 \
2829            -xscrollcommand ".bkg.scroll set"] \
2830            -column 1 -row 5 -columnspan 3 -sticky nsew
2831    grid [scrollbar .bkg.scroll -command ".bkg.canvas xview" \
2832            -orient horizontal] -column 1 -row 6 -columnspan 3 -sticky nsew
2833    grid [button .bkg.cw -text "Save in\nEXP file\n& Exit" \
2834            -command "bkgSave;exit"] \
2835            -column 4 -columnspan 2 -row 5 -rowspan 2 -sticky ns
2836
2837    grid [frame .bkg.bl -bd 3 -relief groove] \
2838            -column 0 -row 3 -rowspan 2 -sticky nsew
2839    grid [label .bkg.bl.1 -text "Background\npoints"] -column 0 -row 0
2840    grid [canvas .bkg.bc \
2841            -scrollregion {0 0 5000 500} -width 0 -height 0 \
2842            -xscrollcommand ".bkg.bs set"] \
2843            -column 1 -row 3 -columnspan 5 -sticky nsew
2844    grid [scrollbar .bkg.bs -command ".bkg.bc xview" -orient horizontal] \
2845            -column 1 -row 4 -columnspan 5 -sticky nsew
2846
2847    grid columnconfigure .bkg 1 -weight 1
2848    grid columnconfigure .bkg 2 -weight 1
2849    grid columnconfigure .bkg 3 -weight 1
2850    grid rowconfigure .bkg 3 -weight 1
2851    grid rowconfigure .bkg 5 -weight 1
2852    .g config -title ""
2853}
2854
2855pack [menubutton .a.help -text Help -underline 0 -menu .a.help.menu] -side right
2856menu .a.help.menu -tearoff 0
2857if {$program == "bkgedit"}  {
2858    .a.help.menu add command -command "MakeWWWHelp liveplot.html bkgedit" \
2859            -label "Web page"
2860} else {
2861    .a.help.menu add command -command "MakeWWWHelp liveplot.html" \
2862            -label "Web page"
2863}
2864if {![catch {package require tkcon} errmsg]} {
2865    .a.help.menu add command -label "Open console" -command {tkcon show}
2866} elseif {$tcl_platform(platform) == "windows"} {
2867    .a.help.menu add command -label "Open console" -command {console show}
2868}
2869.a.help.menu add command -command aboutliveplot -label About
2870
2871pack .a -side top -fill both
2872pack $box -fill both -expand yes
2873
2874# assume cmpr is in the same location as GSAS
2875lappend cmprdir [file join [file dirname $expgui(scriptdir)] cmpr]
2876
2877# append to the list a number of other likely places where CMPR might be found
2878if {$tcl_platform(platform) == "windows"} {
2879    lappend cmprdir c:/cmpr "c:/Program files/cmpr"
2880} else {
2881    lappend cmprdir /usr/local/cmpr ~/cmpr
2882}
2883# add the CMPR & LOGIC interface options
2884set CMPR_OK 0
2885foreach dir $cmprdir {
2886    if {[file exists [set file [file join $dir cellgen.tcl]]]} {
2887        if {[catch {source $file} errmsg]} {
2888            catch {puts "source $file error = $errmsg"}
2889        } else {
2890            if {$CMPR_OK} {
2891                catch {
2892                    pack [menubutton .a.peaks -text "Peak Gen" \
2893                            -underline 0 -menu .a.peaks.menu] \
2894                            -side left   
2895                    menu .a.peaks.menu
2896                }
2897                .a.peaks.menu add command -label "Display a cell" \
2898                        -command {cellgen .cell}
2899                break
2900            }
2901        }
2902    }
2903}
2904
2905set CMPR_OK 0
2906foreach dir $cmprdir {
2907    if {[file exists [set file [file join $dir logic icddcmd.tcl]]]} {
2908        if {[catch {source $file} errmsg]} {
2909            catch {puts "source $file error = $errmsg"}
2910        } else {
2911            if {$CMPR_OK} {
2912                catch {
2913                    pack [menubutton .a.peaks -text "Peak Gen" \
2914                            -underline 0 -menu .a.peaks.menu] \
2915                            -side left   
2916                    menu .a.peaks.menu
2917                }
2918                .a.peaks.menu add command -label "Plot ICDD Entry" \
2919                        -command MakeLogicWin
2920                break
2921            }
2922        }
2923    }
2924}
2925
2926if {$expnam != ""} {
2927    expload $expnam.EXP
2928    mapexp
2929    if {$expgui(autotick)} {
2930        foreach i $::expmap(phaselist) {
2931            set peakinfo(flag$i) 1
2932        }
2933    }
2934} else {
2935    mapexp
2936}
2937
2938# fill the histogram menu
2939if {[llength $expmap(powderlist)] > 15} {
2940    set expgui(plotlist) {}
2941    .a.file.menu entryconfigure Histogram -state normal
2942    menu .a.file.menu.hist
2943    set i 0
2944    foreach num [lsort -integer $expmap(powderlist)] {
2945        incr i
2946        # for now include, but disable histograms
2947        set state disabled
2948        if {[string range $expmap(htype_$num) 3 3] != "*"} {
2949            set state normal
2950            lappend expgui(plotlist) $num
2951        }
2952        if {$i == 1} {
2953            set num1 $num
2954            menu .a.file.menu.hist.$num1
2955        }
2956        .a.file.menu.hist.$num1 add radiobutton -label $num -value $num \
2957                -variable hst -state $state \
2958                -command {set cycle [getcycle];readdata .g}
2959        if {$i >= 10} {
2960            set i 0
2961            .a.file.menu.hist add cascade -label "$num1-$num" \
2962                    -menu .a.file.menu.hist.$num1
2963        }
2964    }
2965    if {$i != 0} {
2966        .a.file.menu.hist add cascade -label "$num1-$num" \
2967                -menu .a.file.menu.hist.$num1
2968    }
2969} elseif {[llength $expmap(powderlist)] > 1} {
2970    set expgui(plotlist) {}
2971    .a.file.menu entryconfigure Histogram -state normal
2972    menu .a.file.menu.hist
2973    foreach num [lsort -integer $expmap(powderlist)] {
2974        # for now include, but disable unprocessed histograms
2975        set state disabled
2976        if {[string range $expmap(htype_$num) 3 3] != "*"} {
2977            set state normal
2978            lappend expgui(plotlist) $num
2979        }
2980        .a.file.menu.hist add radiobutton -label $num -value $num \
2981                -variable hst -state $state \
2982                -command {set cycle [getcycle];readdata .g}
2983    }
2984} else {
2985    set expgui(plotlist) [lindex $expmap(powderlist) 0]
2986}
2987
2988proc RegisterPhases {phaselist } { 
2989    foreach num $phaselist {
2990        .a.file.menu.tick add checkbutton -label "Phase $num" \
2991            -variable  peakinfo(flag$num) \
2992            -command plotdata
2993        if {$::program != "bkgedit"}  {
2994            bind . <Key-$num> ".a.file.menu.tick invoke [.a.file.menu.tick index end]"
2995        }
2996        .a.options.menu.tick add command -label "Phase $num opts" \
2997            -command "minioptionsbox $num"
2998    }
2999}
3000RegisterPhases $expmap(phaselist)
3001
3002# N = load next histogram
3003bind . <Key-n> {
3004    set i [lsearch $expgui(plotlist) $hst]
3005    incr i
3006    if {$i >= [llength $expgui(plotlist)]} {set i 0}
3007    set hst [lindex $expgui(plotlist) $i]
3008    set cycle [getcycle];readdata .g
3009}
3010bind . <Key-N> {
3011    set i [lsearch $expgui(plotlist) $hst]
3012    incr i
3013    if {$i >= [llength $expgui(plotlist)]} {set i 0}
3014    set hst [lindex $expgui(plotlist) $i]
3015    set cycle [getcycle];readdata .g
3016}
3017bind . <Key-l> {ToggleLiveCursor}
3018bind . <Key-L> {ToggleLiveCursor}
3019# move the zoom region around
3020proc ScanZoom {box key frac} {
3021    foreach var  {xl xh yl yh} axis {xaxis  xaxis  yaxis  yaxis} \
3022            flg  {-min -max -min -max} {
3023        set $var [$box $axis cget $flg]
3024        if {$var == ""} return
3025    }
3026    catch {
3027        switch -- $key {
3028            Right {set a x; set l $xl; set h $xh; set d [expr {$frac*($h-$l)}]}
3029            Left {set a x; set l $xl; set h $xh; set d [expr {-$frac*($h-$l)}]}
3030            Up   {set a y; set l $yl; set h $yh; set d [expr {$frac*($h-$l)}]}
3031            Down {set a y; set l $yl; set h $yh; set d [expr {-$frac*($h-$l)}]}
3032        }
3033        $box ${a}axis configure -min [expr {$l + $d}] -max [expr {$h + $d}]
3034    }
3035}
3036bind . <Key-Up> "ScanZoom $box %K .1"
3037bind . <Key-Left> "ScanZoom $box %K .1"
3038bind . <Key-Right> "ScanZoom $box %K .1"
3039bind . <Key-Down> "ScanZoom $box %K .1"
3040bind . <Control-Key-Up> "ScanZoom $box %K 1.0"
3041bind . <Control-Key-Left> "ScanZoom $box %K 1.0"
3042bind . <Control-Key-Right> "ScanZoom $box %K 1.0"
3043bind . <Control-Key-Down> "ScanZoom $box %K 1.0"
3044# seems to be needed in OSX
3045update
3046wm geom . [winfo reqwidth .]x[winfo reqheight .]
3047#
3048updateifnew
3049donewaitmsg
3050trace variable peakinfo w plotdataupdate
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.